HEM 111 Biyokimya Seyhun YURDUGL

Ders 6 Termodinamik ve Metabolizmaya Giri

Ders ieri i
Tan mlar Termodinami in kurallar Serbest enerji kavram Metabolizma Biyoenerjetik

Termodinamik nedir?
Fizik ile ilgili bir bilim dal olup, herhangi bir s cakl olan, ayr ca bir yerden bir ba ka yere enerji de i imini inceleyen; tm sistemlerin zelliklerini al r.

Sistem
evre ile ba lant l d r. evre ve sistem: Evren.

Termodinamik nedir?
Ayn zamanda i , s ve enerjinin bir sistem zerine etkilerini inceleyen bilim dal d r.

Termodinami in kurallar
S f r nc kural, Birinci kural, kinci kural.

S f r nc kural
Termodinamikte denge ve s cakl k ba lant s n vurgular. ki cisim kendilerinden farkl bir nc cisim ile termodinamik a dan dengede ise, Bu iki cisim de birbiri ile dengededir. Termodinamik a lardan denge her iki cismin de ayn s cakl kta olmas n gerektirir.

Is
Yksek s cakl a sahip bir maddenin d k s cakl ktaki maddeye akan transit haldeki (kal c olmayan) enerjisidir. Bir madde s kavram na srekli sahip de ildir. Buradaki uygun terim, bir maddedeki mikroskopik, gzle grlemeyen enerji olarak tan mlan r: i enerji.

Is
enerji: S cak bir cisimden enerji aktar m ile artt r labilir. Bu s tma olarak adland r l r.

zgl s
Birim ktlenin s cakl k derecesini bir santigrat ykseltebilmek iin gerekli s miktar d r.

zgl s
Suyun zgl s s : 1 kalori/gram C = 4.186 joule/gram C Su s cakl n dzenlenmesinde nemli bir rol oynad iin, Suyun zgl s s : Herhangi bir metalden daha fazlad r.

zgl s
lave edilen s =zgl s . ktle. s cakl k de i imi

Buharla ma ile s transferi

Bu yol ile s transferine rnek: normal vcut s cakl n n zerine k lmas ile: nsan vcudunun terlemesi.

Birinci kural
Enerji yoktan var edilemez ya da yok edilemez, ancak bir formdan di erine dn ebilir. Is , i ve enerji kavram ile ilgilenir.

Termodinami in birinci kural

Bilinen bir hacimdeki gaza s ilave edilirse, Gaz genle me yolu ile i retecektir, Benzer durum pistonun ileri itilerek gaz s k t r p i enerjiyi artt r nca da gzlenir.

Termodinami in birinci kural

E: i enerji Q: s W :i

Adyabatik(kapal )sistemlerde i lev

Adyabatik sistem: Hibir s kazanc veya kayb grlmez. Termodinami in birinci kural iinde e er Q=0 ise: enerjideki de i im yap lan i e e ittir.

zotermal(a k)sistemlerde i lev

Bas n-hacim ba lant s ile a klan r: Bas n hacim ile ters orant l d r, ancak s cakl k ile do ru orant l d r. Gaz n bas n artt r lmas ile s k t r lmas yolu ile hacim azalmaktad r, Ayn anda s cakl k art meydana gelir. PV=sabit.

Bas n-hacim (PV) grafi i

Gaz taraf ndan yap lan i :

E er i : Termodinamik olarak bir sistem iinde yap l rsa, rnek olarak gaz ieren bir sistemdeki i .

Sabit bas nta yap lan i :

Entalpi
Kimyasal tepkimelerde s cakl k a s ndan gsterge niteli inde bir nicel ifadedir. Eksotermik(d ar ya s veren) sistemlertepkimeler, Endotermik(d ar dan s alan) sistemlertepkimeler bu ifadeyi gzel bir ekilde yans tmaktad r.

Entalpi
Entalpideki art H = U + PV ifadesi ile a klan r: i enerjideki art ve sistem taraf ndan yap lan i miktar ile do ru orant l d r, Kalorimetri ad verilen lm yntemi buradaki s de i imini ler.

Serbest enerji ( G)
Gibbs serbest enerjisi yapabilme yetene ine sahip enerjidir. G = H-T S Standard hali ( Gr) : 1 M deri im, 25r C s cakl k ve 1 atm (760 mm Hg) bas n: Gr= Hr-T Sr

Entropi (S)- Entropi de i imi ( S)

Bir sistemdeki en fazla(maksimum) molekler dzensizli e eri im iste i olarak adland r l r. Byle bir sistem iin az miktarda i gerekmektedir. S= Q/T

Gibbs serbest enerjisinin formlle ifadesi

Gibbs serbest enerjisi

Bir tepkimeden elde edilebilecek en fazla i olarak tan mlan r. r. Bir mol glukoz un oksidasyonu ile olu an Gibbs serbest enerjisi: G = 686 kcal = 2870 kJ. Bu tepkime: canl hcrelerdeki ba l ca enerji tepkimesidir.

Metabolizma
Canl organizmalar denge halinde de ildir. Metabolizma: canl sistemlerin enerjiyi kazanmalar (elde etmeleri) ve kullan mlar ile ilgilidir.

Canl lar enerjiyi nas l elde eder?

1. Ototrofik (Fototroflar) kendilerinden ya da gn - ile beslenme Enerji gne yolu ile elde edilir. Karbonhidrat retirler ve d ar O2 atarlar.

Canl lar enerjiyi nas l elde eder?

2. Heterotroflar (Kemotroflar) Besin maddelerini d ar dan al p zmserler. CO2 atmosfere sal n r. retilen serbest enerji: ATP yap m nda kullan l r.

Metabolizma
ki k s mdan olu ur: Anabolizma (Metabolitlerin olu umu, yap m tepkimeleri) Katabolizma (Metabolitlerin olu umu, y k m tepkimeleri) Metabolit: metabolizma rnleri

Metabolizma ekilde kontrol edilir

Aktivitesi sa lam de i ikliklerle kontrol edilen enzimler ile, Hormonal dzenleme ile, ayr ca: enzim deri iminin hcre iinde dzenlenmesi ile sa lan r.

Metabolizman n genel tan m

Canl daki kimyasal de i imlerin toplam iinde: g da maddeleri kullan labilir enerjiye dn trlr. Karma k biyolojik molekller bu enerjiden ve bu hammaddeden temel alarak olu ur.

Biyoenerjetik tan m
Enerji kullan m : canl organizma iin temeldir. Biyoenerjetik: canl hcrelerdeki enerji aktar mlar n nicel olarak inceleyen bilim dal d r.

Katabolizma
Sindirilen g da maddelerinin daha da alt birimlere paralanmas n ierir. Depo enerji de bu yolla karbonhidrat, lipid ve proteini kullan labilir enerji formlar na dn trr. Byk karma k molekller daha kk molekllere dn r (CO2 ve H2O gibi).

Anabolizma
Biyosentez tepkimelerinde byk, karma k molekllerin: kk nc molekllerden olu mas ile tan mlan r. Enerji harcanmas n gerektirir. Bu harcama ATP ve NADPH eklinde olur.

Katabolizma
Katabolik tepkimeler oksijen harcanmas n gerektirir. r. Sinir impuls iletimi, kas kas lmas , byme ve; hcre blnmesi.

ATP
Adenozin-5-trifosfat Prin nkleotid lerden adenin: Bir glikozidik ba a D-riboz ba lant s ile ba l olup, ekerin be inci karbonunda fosfat eklenmi tir.

ATP
adet fosfor grubu ierir: Bunlar 5 riboz karbonuna fosfoanhidrit ba lar ile ba l d r. Di er iki u(terminal) fosfor gruplar (r. eta ve gamma fosfatlar) yksek enerji ieren fosfor ba lar d r.

ATP nin yap s

Piridin nkleotidleri:
Piridin nkleotid koenzimleri: NADH / NAD+ ve NADPH / NADP+ nikotinamid trevi olan (niyasin, vitamin B3) taraf ndan sentezlenir. Elektron ta y c olarak grev yaparlar.

Flavin koenzimleri:
Flavin trevleri: FAD ve FMN: FAD (flavin adenin dinkleotid) FMN (flavin mono nkleotid) Besinler ile al nan riboflavin (B2 vitamini). Bu bile iklerin temel yap s n olu turur.

Flavinler:
Srekli olarak indirgenme-ykseltgenme(redoks) tepkimelerindeki enzimlere ba lan r ve, burada katalitik mekanizman n bir sonucu olarak; bu tepkimelerde elektron ta y c l n temel grev olarak stlenir.

Kimyasal tepkimelerde enerji de i imini belirten baz nicel ifadeler:

G: Gibbs Serbest Enerjisi G = Serbest enerji de i imi - G = eksergonik tepkime (serbest enerji salan) + G = endergonik tepkime (serbest enerji alan)

Kimyasal tepkimelerde enerji de i imini belirten baz nicel ifadeler:

H: Entalpi ( s miktar ) - H: eksotermik + H: endotermik S: Entropi + S = entropi art

Kimyasal tepkimelerde enerji de i imini belirten baz nicel ifadeler:

Sabit s cakl k ve bas nta: G= H-T S

Kimyasal tepkimelerde enerji de i imini belirten baz nicel ifadeler:

Herhangi bir hcre ii tepkime isteniyor ve tercih ediliyorsa, S: + H: G: de erli e sahiptir.

Serbest enerji ve hcreler

Standard serbest enerji de i imi ( Gr) Kdenge ile do ru orant l d r. Tepkimeye giren ve olu an rnler denge olu ana kadar de i im gsterir. Tepkimeye giren ve olu an rnler deri imi ve denge hali Kdengeyi ortaya kar r. Standard sabitler: Gr ve Kdenge iin 25oC pH=7 Su= 55.5M

Biyokimyasal tepkimelerde:
G=0, dengeyi belirler. Standard sabitlerin de eri: 25oC (298oK) pH=7 Su= 55.5M

Standard serbest enerji ile denge aras ndaki ba lant

G0 olarak ifade edilir. Kdenge ve G0: G0 = -RT ln Kdenge

Standard serbest enerji ile denge sabiti aras ndaki ba lant

E er Kdenge = 1.0, G0 = 0 E er Kdenge = >1.0, G0 eksi de erliktedir. E er Kdenge = <1.0, G0 art de erliktedir.

Standard serbest enerji de i imleri toplanabilir.

rnek: Glukoz-6-fosfat sentezi Glukoz + Pi Glukoz-6-fosfat + H20 ATP + H20 ADP + Pi ATP + Glukoz ADP + Glukoz-6-fosfat

Asetil Co-A
Aerobik artlarda glukoz y k m n n (glikoliz) son rn: piruvik asit(pirvat). Pirvattan sonraki basamakta: asetil koenzim A (asetil CoA) sentezlenerek sitrik asit dngsne zemin haz rlan r.

Asetil Co-A
Karbonhidrat metabolizmas nda, asetil CoA: Glikoliz ve sitrik asit dngs aras ndaki ba lant y sa lar.

Yararlan lan kaynaklar: