BAKTER GENET

Prof.Dr.Dilek Yaylal

BAKTER GENET

Nukleik asitler, do ada bilinen tm canl lar n (insan, hayvan, bitki, mikroorganizma) yap , karakter ve tm ya amsal i levlerini belirleyen ve yneten, ya am n s rlar n saklayan maddelerdir. Her bakteri hcresi ya amayla ilgili tm i leri yapabilen ba ms z tam bir varl kt r. Di er canl larda oldu u gibi bakterilerde de belirli karakterin bir nesilden teki nesle geerek srp gitmesi her blnmede ikile en bir rgtlenme ile olabilir ve bu zellikler kromozom zerindeki genlerle ilgilidir. Genler kal t m n biyolojik birimleridir, kendi kendine o al rlar ve kromozom zerindeki zel bir yerde bulunurlar. Bunlar incelenerek bakterilerin kromozom haritas yap lm t r. Genlerin yap ve i levleri en iyi E.colinin kromozomu zerinde incelenmi tir. 5.000.000 baz ifti (5.000 kilo baz) ierir. Uzunlu u 1,3 mmdir.

BAKTER GENET

nce kromozomlarda DNA bulundu u gsterilebilmi , daha sonra da (50 y l sonra) DNAn n genetik bir grevi oldu u gsterilebilmi tir. ncelemeler tm hcrelerde genlerin replikasyonu ve fonksiyonundan sorumlu olan maddenin DNA oldu unu ortaya koymu tur. Tam bir hcre zelli i gstermeyen viruslarda bu sorumluluk DNA da olabildi i gibi baz viruslarda RNAdad r. Bakterilerin ve viruslar n sratli remeleri, genetik al malarda yeni nesillerin meydana gelebilmesi iin beklenecek sreyi ok azaltm t r. rne in birok bakteri uygun ko ullarda yar m saatten k sa bir srede yeni nesiller verirler. Bu ekilde, genetik olaylar hcre dzeyinde incelemek daha kolay olmu ve molekler genetik, molekler biyoloji gibi h zla geli en yeni bilim dallar ortaya km t r. Watson ve Crickin 1953de yay nlam olduklar ve Wilkins ile birlikte Nobel dl kazand klar DNA modeli bugn hala DNAn n tm yap ve i levini en iyi a klayan model olarak de erini korumaktad r.

James Watson and Francis Crick, crackers of the DNA code, in 1959

BAKTER GENET

Nkleik Asitlerin Yap s l.Deoksiribonukleik asit (DNA) in yap s : Canl lar n genetik zelliklerini belirleyen maddeye genetik madde denir. Canl larda RNA ieren baz viruslar d nda genetik madde DNA d r. Watson ve Crickin l953de yay nlad klar ve Nobel dl kazand klar DNA modeli bugn hala DNAn n tm yap ve i levlerini en iyi a klayan model olarak de erini korumaktad r. DNA molekl, deoksiribonukleotid k saca nukleotid ad verilen yap ta lar ndan (monomer) meydana gelen iki polinukleotid ipliki inin, sarmal biimde birbirine ba lanmas yla olu an ok byk bir polimer molekldr. Her nukleotidin yap s nda: a-bir azotlu baz molekl olan purin veya pirimidin b-bir fosfat grubu c-5 karbonlu bir eker (pentoz) molekl olmak zere para bulunur.

BAKTER GENET

Azotlu bazlar Adenin, Guanin, Sitosin ve Timindir. Adenin ve Guanin purin; Sitozin ve Timin pirimidin bazlar d r. Bunlara azot ierdikleri ve bazik olduklar iin azotlu bazlar denir. Pentoz molekl DNAda deoksiriboz, RNAda ise riboz yap s ndad r. Nkleik asitler (DNA veya RNA) bu ekerin yap s na gre adland r l rlar. Azotlu bazlar n pentoz moleklleri ile yapt klar birle iklere Nucleosid (Nukleozid) ad verilir. Bir nukleozid moleklnn fosforik asit ile yapt bile i e Nukleotid ad verilir. Deoksiriboz molekl 1 no.lu C atomuyla azotlu baza, 5 no.lu C atomuyla fosforik asite ba lan r ve bir nukleotid meydana getirir.

BAKTER GENET

Bu ekilde olu an nukleotidler fosfodiester ba lar ile birle erek ok say da nkleotid ieren, DNA moleklnn bir zinciri (ipi i) meydana gelir. DNA zincirinin devaml l n sa layan deoksiriboz moleklleri ve aralar ndaki fosfodiester ba lar ndan olu an diziye DNA zincirinin belkemi i denir. DNA zincirinin belkemi i btn zincir boyunca ayn d r. e itli k s mlar n farkl l klar azotlu bazlar n s ras ndad r. Bu bak mdan bir DNA zincirinin zel bir k sm n belirtmek iin bu zincirdeki bazlar gsteren harfleri alt alta yazmak yeterlidir.

BAKTER GENET

DNA molekl, bir eksen ve birbiri etraf nda dnen sarmal ekilde iki DNA zincirinden (ipi inden) meydana gelir. ki zincirin kar l kl bulunmas nukleotidlerdeki azotlu bazlar aras nda H ba lar n n olu mas ile sa lan r. Drt azotlu bazdan Timin ancak Adenin ile, Guanin ancak Sitozin ile ba lanabilir. Bylece bir zincirdeki Timin, Adenin, Guanin, Sitozin molekllerinin kar s nda di er zincirde Adenin, Timin, Sitozin, Guanin bulunabilir. T-A A-T G-C C-G

BAKTER GENET

Demek ki bir zincirdeki bazlar n s ras kar zincirdeki bazlar n s ras n belirler ve bir zincirdeki belli bir baz n kar s nda di er zincirde hangi baz n bulunaca bilinebilir. Bu nedenle bir DNAn n iki zincirinin birbirinin tamamlay c s oldu u sylenir. Timin, Adenin ; Sitozin, Guanin ile birle ti ine gre bir DNA moleklndeki T miktar Aya, C miktar Gye e ittir. Ancak bir DNA moleklnde bulunan A + T miktar , C + G miktar ile e it de ildir. A+T/C+G oran her canl tr iin zgl olup de i mez niteliktedir. Bu nedenle bu zellikten mikroorganizmalar n s n fland r lmas nda yararlan lmakta ve G+Cnin tm DNA moleklne oran birbirine yak n olanlar, ayn cins ve tre dahil edilmektedirler.

BAKTER GENET

Bir DNA moleklndeki purin ve pirimidin bazlar n n (A,T,G,C) say s ve dizili i her canl varl k iin de i meyen ve zgllk gsteren genetik bir zelliktir. Bunun sonucunda do ada milyonlarca farkl canl tr ve bunlar n farkl bireyleri (fenotip) bulunmaktad r. Bir canl n n fenotipini belirleyen binlerce biyolojik karakter ve ya amsal i levden her birinden gen ad verilen genetik birimler sorumludur. Genler sorumlu olduklar fonksiyonlar sentez ettirdikleri enzimlerle sa larlar (genler enzimlerin sentezini ynetirler). Enzimler protein yap s nda olduklar ndan gen, protein yap s n belirleyen DNA paras olarak tan mlanmaktad r. Uzunluklar 1000- 5000 nukleotid ifti kadar olabilen genlerdeki bu say s z e itlilik azotlu bazlar n farkl say ve de i ik dizili dzeninde s ralanmas ile olu maktad r

BAKTER GENET

Proteinler, belli say ve s rada amino asitlerin yanyana gelip birbirleriyle ba lanmalar (polimerizasyon) sonucu olu urlar. Her bir protein moleklnn gen zerinde spesifik bir kodlanma dzeni vard r. Protein ile ilgili kodlama nukleotidlerin l gruplar halinde dizili i ile sa lanmaktad r. Her birisi bir amino asidi kodlayan bu l gruplara triplet, genetik dilinde kodon ad verilir. Triplet veya kodonlar niversaldir. Bir triplet bakteride hangi amino asidi kodluyorsa insanda da ayn amino asidi kodlar. Bir gen zerinde en az, olu turulacak proteinde bulunan amino asit say s kadar triplet bulunur.

BAKTER GENET

Bir DNA molekl ift iplikli bir sarmald r.Ancak bu sarmal da kendi zerinde katlanarak 4 iplikli sarmal olu turur. Sper sarmal denilen bu olu umun meydana gelmesinde DNA gyrase, sper sarmal n a lmas nda da topoisomerase enzimleri i grr. DNA gyrase n blokaj ile DNA sentezi aksar.Kinolonlar n bakteriler zerinde etkisi bu yollad r. DNA moleklnn 2 nemli zelli i vard r : A- ki polinukleotid zinciri birbirlerinden ayr ld klar zaman herbir ipik, kar s ndaki di er yar m aynen olu turabilme yetene indedir. Ba ka hi bir moleklde olmayan bu zellikle reme s ras nda 2 ipik kendilerini tamamlayarak ayn yap ve zellikte 2 DNA molekl olu ur (Replikasyon). B- Gerekti i anda zerindeki nukleotid s ras na uygun zellikte RNA moleklleri olu turarak hcrenin ya amsal i levlerini ynetir (Transkripsiyon).

BAKTER GENET

DNAn n Replikasyonu ( kile mesi) Bir DNA moleklnden onun ayn baz s ras n gsteren 2 DNA moleklnn olu mas na DNAn n replikasyonu yani kendi kendini e letmesi ad verilir. DNAn n bu zelli inden yararlanarak DNA hibridizasyon ve polimeraz zincir reaksiyonlar (PCR) geli tirilmi olup, canl lar n tm zellik ve biyolojik i levlerinin a klanmas sa lanm t r.

BAKTER GENET

DNA molekl 60-70 Cye kadar yava yava s t l rsa veya de i ik konsantrasyonlardaki re zeltileri ile kar la t r l rsa, purin ve pirimidin bazlar aras ndaki hidrojen ba lar zlr ve iki polinukleotid zinciri birbirinden ayr l r. Denatrasyon denilen bu olay reversibl olup, ortam n yava yava so utulmas veya hidrojen ba lar n k ran etkenlerden ar nd r lmas sonucu, iki polinukleotid ipliki i yeniden birle ir. DNA moleklnn bu e iz zelli inden yararlanarak, ayr tr hatta farkl cinslere ait canl lar n birbirinden ayr lm DNA iplikikleri bir araya getirilip e letilebilmektedir (DNA hibridizasyon tekni i).

BAKTER GENET

l960 y l nda Kornberg ve arkada lar n n, E.coli bakterisinden ayr lm olan DNA n n bir tp iinde polimeraz enzimi ve gerekli birtak m kimyasal maddelerle birarada b rak lmas ndan bir sre sonra, yeni DNA molekllerinin sentez edilerek DNA miktar n n iki kat na kadar o ald n gstermeleri, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile ilgili ilk deneme olarak kabul edilebilir. PCR , l985 y l nda Erlich ve arkada lar taraf ndan geli tirilmi olan ve kk bir DNA sekans n n bir milyon sarmaldan daha fazla say da spesifik DNA sekanslar na o alt labilmesine (amplifikasyon) imkan sa layan gl ve ok duyarl bir tekniktir. Bu yntem insan sa ndan, a z alkant suyundaki hrelerden, tek bir lenfoid hcreden, kadavradan veya sperm hcrelerinden elde edilen DNA sekanslar n n incelenebilmesini mmkn k lar. mmnoloji,mikrobiyoloji, genetik, hematoloji ve adli t p alan nda yayg n biimde kullan lan bir yntemdir. E. coli ve S. thyphimurium ile yap lan al malar, bakteri kromozomlar n n genellikle ember(sirkler) biiminde oldu unu gstermi tir.Ancak yap lan son al malarda baz bakterilerin lineer(izgi eklinde) kromozomlara baz lar n n ise birden fazla kromozoma sahip olduklar saptanm t r.

BAKTER GENET

DNA sarmal n n replikasyonu, replikon denilen bir noktadan ba lar. DNA bu noktada mezozoma ba lanm t r ve mezozomda replikasyon iin gerekli enzimler bulunmaktad r. nce mezozomdaki replikondan itibaren 2 DNA ipliki i birbirinden ayr lmaya ba lar ve ayr lan iplikikten birisi mezozomun yak n ndaki ikinci bir noktaya ba lan r. plikikler bir yandan birbirlerinden ayr l rken bir yandan da ayr lan her bir ipliki e hemen kendi kar l olan (tamamlay c ) ipikler sentez edilmeye ba lar. Eski ipik yeninin yap lmas iin kal p grevi yapar. Bu ekilde bir DNA moleklnden olu an iki DNA moleklnn her biri, esas (rnek) DNA moleklnn bir zincirini ve yeni sentez edilmi tamamlay c zinciri ierir. ki polinukleotid ipliki in ayr lmas tmyle bitti inde, bakteri iinde birbirinin t pat p benzeri olan 2 DNA sarmal olu mu tur.

BAKTER GENET

Bu s rada uzayan bakteri hcresinde, ana bakteri DNAs n n iplikiklerinin sitoplazma zar nda ba l oldu u noktalar da (mezozom) birbirlerinden uzakla m lard r. Daha sonra,nce sitoplazmik zar, arkas ndan hcre duvar ieriye do ru girinti yapar. Bylece uzayan bakteriyi enine ikiye blen bir hcre zar ve hcre duvar yap m tamamlanarak birbirinin ayn olan iki yavru bakteri olu ur.

BAKTER GENET

2-Ribonkleik asitlerin (RNA) yap s : RNA moleklnn yap s baz farklarla DNAn nkine benzer. DNAdan farkl olarak RNAda deoksiriboz yerine riboz, timin (T) yerine urasil (U) bulunur. Ayr ca RNA tek iplikikli bir polinukleotid zincirinden olu mu tur. Yer yer kendi zerine katlanarak ift katl grnen RNA blgeleri meydana gelir. Hcre iinde 3 tip RNA bulunur: a) Messenger RNA (m-RNA) b) Ribozom RNAs (r-RNA) c) Transfer RNA (t-RNA)

BAKTER GENET

a)Messenger RNA (m-RNA) =Mesaj leten RNA = Ulak RNA DNA moleklnn belli k s mlar belli genleri olu turur. Bakterilerde kromozom zerinde 6000 kadar gen bulunur (1 gen 1000 - 5000 nukleotid iftinden olu ur). Genler ya amsal i levde yeri olan protein (enzim ya da yap ta ) moleklnn yap labilmesi iin gerekli bilgiye sahiptirler. Ba ka bir deyi le proteinlerin sentezi iin gerekli bilgi DNA moleklnde kaydedilmi ( ifrelenmi ) durumdad r. Buna genetik ifre denir.

BAKTER GENET

Enzimlerin sentezi iin gerekli genler aras ndaki fark, (btn DNA boyunca fosforik asit- deoksiriboz zinciri ayn oldu una gre) zincirdeki kar l kl baz iftlerinin s ras ndad r. Yani genetik ifre DNA moleklndeki baz iftlerinin s ras nda kay tl d r. te bu bilginin ribozomlara ula t r lmas gerekir. nk enzimlerin ve di er yap ta proteinlerin sentezi ribozomlarda olur. DNAdaki bu bilginin proteinlerin yap m yeri olan ribozomlara ula t r labilmesi iin genler m-RNA molekllerini yaparlar. Genetik ifre DNAdan ribozomlara m-RNA moleklleri ile ta n r. m-RNA, DNAdaki bazlar n s ras na gre dizilen ribonukleotidlerden olu ur. DNAn n replikasyonunda oldu u gibi m-RNAn n olu umunda da DNAdaki Guanin kar s na Sitozin, Timin kar s na Adenin,Adenin kar s na Urasil gelir. DNA m-RNA G C T A U A -

BAKTER GENET

Bylece DNAdaki bir gen k sm n n ifresini kaydetmi olan m-RNA moleklnn olu mas na transkripsiyon =kopya karma i lemi denir. Genler, bu ekilde olu turduklar mRNAya kendilerinde bulunan,protein yap m ile ilgili bilgiyi 3l kodlar eklinde aktarm yani yap lmas istenen protein kal b n yapm olurlar. (mRNAda da her 3 baz 1 amino aside i aret eder). Bu l koda yani triplete de kodon ad verilir. ekirdekte yap lan bu m-RNA sitoplazmaya sal n r ve proteinlerin yap m yeri olan ribozomlara gider. b)Ribozomal RNA ve ribozomlar : Ribozomal RNA ribozomlarda bulunur, hcredeki tm RNAn n % 80nini olu turur. Ribozomdaki proteinlere ba l olarak bulunur.

BAKTER GENET

c)Transfer RNA (t-RNA)= Ta y c RNA = Solubl RNA Sitoplazmada yayg n bulunur. Yap bak m ndan zellik ta r. RNA zinciri kendi zerinde katlanarak ift katl bir yap halini alm t r. Grevi sitoplazmadaki amino asitlere ba lan p onlar aktive ederek ribozomlara yerle en m-RNAdaki uygun kodonlara ta makt r. Yonca yapra biimindedir, 5 k nt olu turur. k nt lardan birisi t-RNA taraf ndan ta nacak amino asit iin zgl olan l yap s ndad r. Antikodon ismi verilen bu l, m-RNAdaki kendi kar t olan kodon tripletindeki bazlarla H ba lar ile birle ir. Bir ba ka kolu antikodondaki tripletin belirledi i amino asidi ta r. Bir hcredeki 20 e it amino asit iin zgl olan t-RNA vard r.

BAKTER GENET

Protein Sentezi
Protein ve enzimlerin sentezi ribozomlarda olur. Bu olay n gerekle mesi iin nce DNAdaki belirli bir proteinin yap lmas ndan sorumlu olan genin genetik ifresine uyan m-RNA n n sentezlenmesi gerekir (Transkripsiyon). m-RNA sentezlenecek protein iin bir kal p grevi yapar. Olu an m-RNAlar sitoplazmaya sal n rlar. Ayn zamanda bu kal ba uygun amino asitleri ba layabilecek t-RNAlar da sal nm lard r. m-RNA ribozomdaki olu una yerle ir. Burada mRNAdaki kodonlar s ras ile okunup (translasyon, eviri) her kodon kar t antikodonu ta yan t-RNA, kendine zg amino asidini yklenerek ribozoma gelir ve m-RNAdaki kodon ile H ba lar olu turarak birle ir. Bylece amino asitleri ta yan tRNAlar ribozomda, m-RNAdaki s raya uygun biimde dizilirler. Bir yandan da amino asitler birbiri ile birle irler (polimerizasyon). Amino asidi polimerize olan t-RNA, serbest kal r ve ribozomdan ayr l r. Olay bu dzen iinde ve ok h zl bir ekilde, polipeptid zincirinin tamamlanmas na kadar srer. Bu ekilde olu an bir ok polipeptid birle erek protein moleklleri olan enzimler sentez edilmi olur. Demek ki bir enzimin e idi o enzimin sentezi ile ilgili gendeki bazlar n s ras nda kay tl d r.

BAKTER GENET M KROORGAN ZMALARDA GRLEN DE KL KLER

y y y y y y y

e itli etmenlerin etkisi ile mikroorganzimalar n ana zelliklerinden bir ya da birka de i meye u rayabilir. Mikroorganzimalarda grlen bu de i iklikler iki blmde incelenebilir: 1-Fenotipik de i meler (Modifikasyon) : Daha ok s , k, nem, pH, yzey gerilimi, baz kimyasal maddeler gibi d ortam ko ullar n n etkisi ile olu an, mikroorganziman n geneti inde bir de i meye yol amayan de i ikliklerdir. Bu de i iklikler, etmen ortadan kalk nca kolayca geri dnebilir. Kirpik de i meleri Kapsl de i meleri Fimbria de i ikli i Spor de i iklikleri Hcre duvar de i ikliklerine ba l involusyon ekilleri, protoplast, sferoplast ve L eklindeki dn m Koloni de i iklikleri Mp Sp R R p Sp M Boyanma zelli i de i ikli i : taze ve eski kltrlerde Enzim de i meleri Pigment de i meleri, granl olu turma de i meleri fenotipik de i melerdir.

y y y

BAKTER GENET M KROORGAN ZMALARDA GRLEN DE KL KLER

BAKTER GENET

2-Genotipik de i meler : Bakterilerin genetik yap s nda olu an geli melerdir. Genlere ba l de i meler mutasyonla veya rekombinasyon (bakteriden bakteriye genetik madde aktar m ) ile olu ur. Mutasyon : Mutasyonlar, bir canl n n genomunda meydana gelen kal tsal de i ikliklerdir. Mutasyon sonucunda ortaya kan yeni ve de i ik tip canl ya da mutant denir. Ayn trn do adan izole edilen farkl zellik gsteren bireyleri de varyant olarak kabul edilir.DNA moleklnn baz blgeleri, di er blgelerine gre mutasyona daha duyarl d r. Mutasyona u rama olas l daha yksek olan bu blgelere s cak blge ad verilir. rne in normal bir gendeki 10-7 lik mutasyona u rama oran s cak blgede 10-4 e kabilir. Muutasyonlar, bakteri blnmesinde DNAn n replikasyonu s ras nda meydana gelebilir. Bakterilerin ok uzun bir DNA molekl vard r. Bir genin ortalama 1000-2500 nukleotid iftinden olu tu u saptanm t r ve genler DNA molekl zerinde bulunurlar. Bu kadar uzun bir DNA moleklnn replikasyonu s ras nda baz iftlerinde e itli de i iklikler olu abilir.

BAKTER GENET

Bu de i meler 3 ekilde olabilir; 1)Delesyon : DNA moleklnde replikasyon s ras nda bir, birka veya birok baz iftinin kaybolmas , noksanla mas d r. (Biz replikasyonu sekretere verdi imiz bir kitab aynen kopya etmesine benzetebiliriz. Sekreter kitab kopya ederken bir veya birka harf, kelime, sat r veya sayfa atlayabilir). te bir bakteri o al rken DNAn n milyarlarca defa replikasyonu s ras nda nadiren buna benzer hatalar olur ve yeni olu an DNA ipi inde bir veya birok nukleotid noksanla abilir. 2)Addisyon veya insersiyon : DNA moleklnn replikasyonunda bir, birka veya birok nukleotid DNA yap s nda olmamas gereken bir yere girebilir, ilave olur (Kitab kopya eden sekreter fazladan bir harf basabilir, bir kelimeyi ya da sat r iki defa yazabilir, ya da sayfalar kar t rarak orada olmamas gereken baz sat rlar oraya koyabilir). Bu olaya da addisyon veya insersiyon denir. 3)Transversiyon ve transisyon : Sekreterin yapaca en basit hata bir harf yerine ba ka bir harf basmak olacakt r. Benzer ekilde DNAn n replikasyonunda da bazen bir nukleotid yerine ba ka bir nukleotid girebilir. Bu de i me ile bir purin (adenin veya quanin) yerine pirimidin (timin veya sitozin) veya pirimidin yerine purin girerse olay transversiyon; bir purin yerine di er purin, bir pirimidin yerine di er pirimidin girerse olay transisyon olarak adland r l r.

Mutasyonlar, tek bir nukleotid de i ikli ine ba l olarak nokta mutasyonlar veya ok say da nukleotidin etkilendi i byk mutasyonlar eklinde meydana gelebilir.

BAKTER GENET

Nokta mutasyonlarda bir nukleotidin eksilmesi veya artmas yla DNA daki btn tripletler kayar ve mRNAda olu acak kodonlar de i ir. Bu tip mutasyonlara ereve kaymas eklinde mutasyonlar denir.Bunun sonucunda yap s ve fonksiyonu tamamen kaybolmu bir polipeptid sentezlenir. rnek: AMA ODA OK LO cmlesine d ar dan herhangi bir yere bir A harfi eklenirse,l kelime (triplet) yap s n bozmadan AMA OAD AO KLO eklinde anlams z bir mle olacakt r.

BAKTER GENET

Tm bu de i meler sonucunda bakteri baz zelikler kaybeder veya kazan r. Mutasyonlar n o u spontan olarak (kendili inden) meydana gelirler. Bir genin mutasyona u rama olas l 10-7-10-12 aras ndad r. Ancak baz fiziksel ve kimyasal etkiler mutasyon olas l n art r r. Mutajen denilen bu etkiler fiziksel ve kimyasal mutajenler olarak ayr labilirler. Fiziksel mutajenler: Ultraviyole (UV) nlar X nlar P 32 gibi etkilerdir. Kimyasal mutajenler: Baz analoglar (DNAdaki purin veya primidinlere benzeyen maddeler), Nitrz asidi, Nitrojen mustard (zehirli harp gaz ), Akridin boyalar (akridin oranj, proflavin, akriflavin) gibi kimyasal maddelerdir. Bu mutajen etkiler DNA moleklnde replikasyon hatalar na, kopmalara ve de i melere neden olurlar.

BAKTER GENET Mutasyonla Olu an De i meler E er mutasyon,enzim sentezi ile ilgili bir yap geninde meydana gelmi se ve bu enzim bakteri iin vazgeilmez cinsten ise mutasyon sonucu bakteri lr veya remesi durur. E er bu enzim mikroorganizman n onsuz da ya ayabilece i bir reaksiyonu katalize ediyorsa, bakteri baz zelliklerini kaybedebilir ama ya am n srdrr. Bakterilerin e itli zelliklerini ilgilendiren mutasyonlar meydana gelir. rne in bakterinin bir fermantasyon yetene i kaybolabilir. Bylece laktozu fermente edemeyen bir E.coli mutant meydana gelebilir. Pigment, spor, kirpik, kapsl olu umu ile ilgili genlerdeki mutasyonlar pigmentsiz, sporsuz, kirpiksiz, kapslsz mutantlar n olu mas na yol aar. Bazen, mutasyon bakterinin fenotipik zelliklerine de etki eder. Hcre duvar nda de i meye neden olan bir mutasyon, bakterinin koloni morfolojisi, antijenik yap s ve virulans nda de i melere yol aabilir. Btn bu rneklerdeki gibi mutasyon ok defa bir yetene in kayb na yol aar ve bakterinin zarar nad r. Fakat bakteriye yeni zellikler kazand ran ve bakterinin yarar na olabilen mutasyonlar da vard r. rne in antibiyotiklere, di er kemoteraptiklere direnli mutantlar olu abilir. Direnle ilgili mutasyonlar tek ynl de ildir.Bir bakteri kltrnde direnli mutantlar meydana geldi i gibi, daha duyarl mutantlar da meydana gelebilir.

BAKTER GENET

Bakteriler Aras nda Genetik Madde Aktar m (Rekombinasyon) Bilindi i gibi yksek canl larda reme esnas nda iki ayr haploid genetik hcreden birinin genetik materyalinin tm di er hcreye aktar lmakta, her iki hcrenin genetik materyali birle erek bir Zigot olu turmaktad r. Bakterilerde reme tek hcrenin genetik materyalinden ba layarak tm hcrenin ikiye blnmesi ile olur. Ancak bakteriler aras nda genetik materyalin bir k sm n n hcreden hcreye e itli ekilde aktar ld ve bu aktarmalar sonunda bakterilerde nemli genetik de i ikliklerin olageldi i bilinmektedir. Birbirine ok yak n iki mikroorganizman n genetik maddeleri bir arada bulundu unda, bir DNA moleklnde bulunan farkl genler, di er DNA molekl taraf ndan kazan labilir. Bylece baz genleri bir genetik maddeden, baz lar n di erinden alan yeni tip genetik madde olu mas na rekombinasyon=yeni bile im; olu an melez bakteriye de rekombinant=yeni bile en denir. Di er deyi le rekombinasyon, yabanc DNA paralar n n bakteri kromozomuna (DNs na) kar mas olay d r.

BAKTER GENET

Bakterilerde rekombinasyon olay n n olu mas iin bir bakteri hcresine di er bir bakteri hcresindeki DNAn n girmesi gerekir. Bunu sa layan, transformasyon, transdksiyon, konjugasyon olaylar d r. Transformasyon : Bir bakteri hcresinin DNAs n n bir k sm n n, bir di er bakteri hcresine, iki bakteri aras nda fiziksel bir birle me veya bir bakteriyofaj arac l olmaks z n girmesi olay na transformasyon denir. Burada genetik maddeyi veren hcreye verici (donor), alan hcreye de al c (resipient) denir. Transformasyon olay n ilk kez 1928de Griffith, S.pneumoniaede gstermi tir. S.pneumoniae kapsll bir bakteridir. S eklinde koloni yapar ve deney hayvanlar iin viruland r. Kapsl yapma yetene ini kaybeden R mutantlar ise aviruland r. S eklindeki bakterilerin deney hayvanlar na r ngas hayvan n lmne neden olur. R eklindekilerin veya s ile ldrlm S eklindeki bakterilerin r ngas nda ise hayvan sa l kl kal r.

BAKTER GENET

Griffith, R eklindeki canl ve s ile ldrlm S eklindeki bakterilerin ayr ayr deney hayvanlar na verdi inde, hayvanlar n sa l kl kald klar n fakat beraber verildiklerinde ise hayvanlar n septisemi ile ldklerini ve kanlar nda I.tipten S eklinde canl S.pneumoniaenin redi ini gzlemi tir. Bu olay l S bakterilerinden bir maddenin, canl R bakterilerine gemesi ve ona kapsl yapma yetene ini kazand rmas ile a klanabilir. Transformasyonu yapan maddenin, yani al c ya vericideki baz genetik zellikleri ta yan bu maddenin, DNA oldu unun 1944te gsterilmesi, genetik maddenin DNA oldu u hakk ndaki ilk bulgudur. Daha sonralar sadece kapsl de il, e itli zelliklerin bir bakteriden di erine geebildi i ve bir ok bakteri cinslerinde (Neisseria, Streptokok, Hemofil vs.), ayn trden, ayn cins fakat farkl trlerden ve yak n cinslere ait bakteriler aras nda meydana gelebildi i anla lm t r.

BAKTER GENET

Transdksiyon Bir bakteriyofaj arac l ile bir bakteriden (vericiden) bir di erine (al c ya) bakteri genlerinin (genetik materyalin) aktar lmas olay na Transdksiyon denir. Bakteriyofajlar (faj) bakteri viruslar d r. Normal olarak kendilerine zgl olan konak bir bakteri kltrne konulan bakteriyofajlar, kuyruklar ile bakteri hcresine yap rlar ve faj, DNAs n bakteri hcresi iine enjekte eder. Protein k l f hcre d nda kal r. Faj DNAs bakteri iine girer girmez, hcrenin ya amsal i levleri faj n yarar na al maya ba lar ve bir yandan faj DNAs , bir yandan da faj kapsitleri iin gerekli proteinler yap l r. K sa zamanda hcrenin ii faj birimleri ile dolar. Sonunda hcre y rt l r ve fajlar hcre d na karak yeni bakterilere girerler. Byle bakteriyofajlara virulan bakteriyofajlar denir. Byle bir bakteri kltrnde gzle grnen ey s v ortamda bulan k kltrnn saydamla mas ; kat ortamda kltr yzeyinde saydam alanlar n olu mas d r.

BAKTER GENET

Tempere bakteriyofaj denilen baz bakteriyofajlarla konak bakterinin infeksiyonunda ise bakteriyofaj genetik maddesi, konak bakteri genetik maddesi (kromozom, DNA) ile birle ir ve bakteri kromozomu ile birlikte o al r.Bu nedenle yeni bakteriyofaj partiklleri yap lmaz, bakteri hcresi erimez. Bakteri kromozomu ile birle mi olan ve ancak onunla birlikte o alan bakteriyofaj genetik maddesine profaj, profaj ta yan konak bakteriye de lizojen su denir. ok az say da bakteride profaj, bakteri DNAs ndan ayr larak bakteri hcresi iinde ayr bir ekilde o almaya ba lar (otonomisini kazan r) ve konuk oldu u bakteriyi eritir. Bir lizojen kltr, UV nlar ile nlan rsa hemen btn bakterilerde profaj otonomisini kazan r ve bakteriler eriyerek bakteriyofaj partiklleri serbest kal r. Pek seyrek olarak (10 5-10-6 oran nda) bakteri kromozomuna ba lanm olan faj genetik maddesi, otonom hale geerken, bakteri kromozomunun bir k sm bununla birlikte ayr l r. Byle bir partikl ba ka konak hcreyi enfekte etti inde ona nceki kona a ait bir k s m genetik maddeyi de ta m olur. Bu olaya transdksiyon ad verilir. O halde transdksiyon, bir bakteriyofaj arac l ile bir bakteriden di er bakteriye genetik materyal ya da bir kromozom parac n n aktar lmas olay d r. Transdksiyon, en ok Salmonella, Shigella, Escherichia coli, Pseudomonas, Vibrio, Proteus, Stafilokok ve Bacillus cinslerinde grlen bir olayd r.

BAKTER GENET

Faj koversiyonu : Profajlar bulunduklar bakteriye baz zellikler kazand rabilirler. Baz lizojen bakterilerde direkt olarak bakteriyofaj genleri ile kontrol edilen baz genetik zellikler vard r. Lizojen bir bakterinin baz zelliklerinin bakteriyofajlardaki genler ile sa lanmas olay na faj koversiyonu (lizojenik konversiyon) denir. En belirgin rne i C.diphtheriaenin toksin olu turmas d r. Bu bakterinin patojenli ini bu toksin sa lar. Bu toksinin yap lmas iin gerekli genler ise bakteri kromozomunda de il, belli bir bakteriyofaj su unun kromozomundad r. Bu bakteriyofajla lizojen olmayan su lar toksin yapamazlar ve aviruland rlar.

BAKTER GENET

Konjugasyon : Genetik bak m ndan seks ayr m gsteren iki bakteri hcresinin yan yana gelip aralar nda geici olarak sitoplazmik kpr olu mas ile bir bakteriden di erine genetik madde aktar lmas olay na konjugasyon ad verilir. Konjugasyon olay baz bak mlardan yksek organizmalardaki cinsel bile meye benzer. Bu nedenle konjugasyonda verici olarak rol oynayan bakterilere erkek hcre veya F + (fertil) hcre, al c olarak rol oynayan bakterilere de di i hcre veya F bakteriler denir. Erkek bakterilerde (F + bakterilerde), bakteri kromozomundan ayr , DNA yap s nda ve F faktr (fertilite faktr) veya seks faktr denilen bir faktr bulunur. Yaln zca bu faktr ieren bakterilerin bunu iermeyen bakteriler ile yan yana gelme, aralar nda kprler olu turma ve bakteriden bakteriye bu faktr ya da ayn anda bakterinin kromozomundan bir paray aktarma yetene i vard r. F faktr tra denilen bir s ra gen ta r. Bakteriden bakteriye genetik madde aktar lmas n bu genler ynetir.

BAKTER GENET

Konjugasyon olay nda F piluslar (seks piluslar ) rol oynar. Seks pilusu, bilinen fimbriyalar d nda, onlardan daha byk, bazen bakteri boyunun birka misli uzunlu undan, ii bo boru gibi bir pilustur. Bu piluslar, F faktr ta yan (F + bakteriler) bakterilerde bulunur ve F + bakterinin F bakteri ile birle mesini sa larlar. Bylece genetik maddenin gemesi iin bir kanal olu tururlar. F piluslar bakteriyofajlar n adsorpsiyonunu da sa larlar. F+ bakteriler F bakterilerle ayn ortamda bulunduklar nda aralar nda konjugasyon olur, (F faktr replikasyona u rar, ift kat olan DNA ipikleri birbirlerinden ayr l rken, bir tanesi F hcreye geer, di eri esas verici hcrede kal r) ve F+ bakteriden F bakteriye F faktr geer. Bu ekilde F bakteriler de bu faktr kazanarak F+ hale geerler. Bazen F hcrelerinin % 100 F+ hcre haline dn r. F+ bakterilerden F bakterilere F faktrnn aktar lma s kl ok yksek olmas na kar n, konak bakteriye ait DNA paralar n n aktar lmas olduka seyrektir (10-410-6 oran nda).

BAKTER GENET

Konjugasyonla bakteri kromozom paralar n n aktar lmas : Baz durumlarda (10-410-6 oran nda) F faktr, bakteri kromozomunun uygun bir yerine yap r (ba lan r) ve bir faj n profaj durumuna gemesi gibi ancak bakteri kromozomu ile birlikte o al r. Bylece bakteride otonom o alan serbest F faktrleri bulunmaz. Bu hcrelere Hfr hcreler (high frequency of recombination=yksek s kl kla rekombinasyon yapan) hcreler denir. F faktr btnle mi oldu u bakteri kromozomundan ayr larak, kromozom d nda embersel eklini alabilir.Bylece Hfr hcrelerden F+ hcreler olu abilir. Bu ayr lma s ras nda bazen F faktrne, bakteri kromozomunun bir paras da ba l kalabilmektedir.Bu ekilde serbest kalan plazmit niteli indeki bu olu umda hem F faktrne, hem de bakteri kromozomuna ait baz genler birlikte bulunmaktad rlar. Bu faktrlere F/ Faktr, onu ieren hcrelere de F prime hcreler denir. Byle bakteriler F bakterilerle kar t r ld klar nda yine konjugasyon olur, F faktr ve bakteri kromozomuna ait baz genler F bakteriye gemeye ba lar. Daha sonra F bakterinin kendi kromozomu ile yeni geen kromozom paras aras nda rekombinasyon olur ve farkl genler al c bakteriler taraf ndan kazan lm olur.

BAKTER GENET

Bakterilerde Hcreden Hcreye Aktar lan Elementler Buraya kadar olan a klamalarda hcreden hcreye e itli yollarla aktar lan maddelerin, verici bakterilere ait genler olabilece i gibi, kromozom d nda ve F faktr dedi imiz, bakteriye vericilik zelli i kazand ran olu umlar n da olabilece i belirlenmi ti. Bugn bakteri kromozomu d nda bakterilerden bakteriye aktar lan DNA parac klar n n yaln z F faktr olmad , ayr ca de i ik yap ve nitelikte ve aktar ld bakteride e itli i levsel de i ikliklere yol aabilen kromozom d elementlerin de bulundu u bilinmektedir. te kromozomlardan ba ka, bakterilerin iinde bulunabilen DNA yap s nda, iinde bulunduklar bakteriye baz zellikler kazand ran elementlere (kromozom d genetik parac klara) plazmid ad verilir. Plazmidler bakteri kromozomu ile birle tiklerinde epizom ad n da alabilirler. Plazmidler ift ipikli DNA moleklnden yap lm , sitoplazma iinde o u embersel yap da, bir ular ile bakteri sitoplazmas n n bir noktas na tutunarak bakteri kromozomundan ayr bir ekilde replikasyon gsteren elementlerdir.

BAKTER GENET

Bakteri kromozomundan kktrler. Hepsinde kendi replikasyonlar n sa layan genler bulunur. Baz plazmidlerde bakteriden bakteriye kendi transferlerini sa layan tra genleri bulunur. Bunlara konjugatif plazmidler ad verilir. Bu tr genleri bulunmayanlara da non konjugatif plazmidler denir. Bunlar ancak F faktrnn bulunmas veya konjugatif plazmidler arac l ile harekete geirilerek konjugasyonla ba ka bakterilere aktar labilirler. Buna plazmid mobilizasyonu denir. Bugne kadar bakterilerde plazmidler taraf ndan kodland klar bilinen zelliklerden baz lar unlard r: Antibiyotiklere, UVye diren, enterotoksin, eksfolyatif toksin, hemolizinler, proteazlar, reaz, H2 S olu turma, pigment, koagulaz, vb. Plazmidler bakteri hcresinin iinde kendili inden olu mazlar, ba ka bakterilerden aktar l rlar. Ayn bakteri iindeki plazmidler kendi aralar nda birle ebildikleri gibi bakteri kromozomuna entegre olarak epizom ekline de geebilirler. Bulunduklar bakteriler iin mutlak gerekli elementler de ildirler.

BAKTER GENET

Bilinen ba l ca plazmidler : 1-F faktrleri (Fertilite = seks faktr) 2-F / faktrleri 3-Col plazmidleri (Kolisinojenik faktrler) lk olarak baz coli basillerinin ba ka coli basillerini eriten maddeler yapt gzlenmi , bunlara kolisin (colisin) ad verilmi tir. Daha sonra bu maddelerin di er barsak bakterilerinde de bulunabildi i saptanm ve kolisinlere genel olarak bakteriyosin (bacteriocine) ad verilmi tir. Yap lan incelemeler bakteriyosinlerin hcredeki bir plazmid taraf ndan sa land n ortaya koymu , bu plazmidlere Col Plazmidleri ya da kolisinojenik faktr ad verilmi tir. 4-R plazmidleri RTF faktrleri Gram negatif bakterilerde antibiyotiklere kar ekstra kromozomal direncin bakteriden bakteriye aktar lmas n yneten kromozom d elementler vard r. Bu faktre RTF (Rezistans Transfer Faktr) ya da TF (Transfer Faktr) ad verilir.

BAKTER GENET

RTF faktr bulunan bakterilerden, bu faktr olmayan bakterilere diren genlerinin aktar lmas , bu faktrlerin kontrol alt nda yap l r. Direnli bakterilerde direnlik genleri, her kemoteraptike kar bir diren geni olarak bir DNA parac eklinde bakterinin sitoplazmas iinde bulunurlar. Bu genlerin RTF faktr ile ili kisi u ekildedir: a) Diren genleri RFT faktr ile birle mi olarak tek bir R plazmidi olu turacak ekilde bulunurlar. Bunlara S n f I diren plazmidleri de denir. RTF + diren genip R plazmid = S n f I diren plazmidi Bu durumda konjugasyon olay s ras nda e le ilen plazmidin tm al c hcreye geer ve al c hcre aktar lan plazmiddeki diren genleri say s kadar antibiyotik say s na aniden diren kazanm olur. b) Bakteri hcresi iinde TF (RTF) faktr, diren genlerine ba l olmaks z n ayr bir plazmid olarak bulunur ve ba ka bakterilere diren genlerinin aktar lmas n ynetir. Bu durumda diren genleri konjugasyon an nda tek tek, bir ka bir arada ya da tm birden al c bakteriye RTF faktr ile birlikte ya da onsuz geebilirler. Bu tr diren plazmidlerine S n f II diren plazmidleri denir.

BAKTER GENET

RTF (TF) faktrlerinde ayn F faktrndeki gibi tra genleri bulundu undan bu bakteri de seks pilusu olu turma yetene indedir. 5-Stafilokok plazmidleri : Konjugasyon ile gemezler. Bakteriyofajlar arac l ile transdksiyon yolu ile geerler: Penisilaz plazmidi Tetrasiklin plazmidi Kloramfenikol plazmidi Neomisin plazmidi Kanamisin plazmidi Bakteriyosin plazmidi. 6-Virulans plazmidleri : Bakterilerde virulans etkileyen plazmidler de bulunmaktad r. Enterepatojenik E.colide enterotoksin, Stafilokoklarda eksfolyatif toksin, olu mas n yneten plazmidler, streptokoklar n hemolizinleri bunlara rnek verilebilir.

BAKTER GENET

7-A r metallere diren plazmidleri: Genellikle Gram pozitif koklarda bak r, civa, kobalt gibi a r metallere diren sa layan plazmitler vard r ve o unlukla antibiyotik diren genleri ile birlikte bulunurlar, 8- Dissimilasyon plazmitleri: Baz plazmitler do ada paralanmas g olan baz maddeleri( ksilen, toluen gibi) paralay p temizleme grevi yaparlar.Bu tip plazmitler bazi Pseudomonas trlerinde bulunur.Bu e it plazmitlerle ham petroldeki zararl bile ikler paralanabilmektedir.Byle bakterilerin evredeki petrol art klar n n temizlenmesinde kullan labilmesinin mmkn oldu u sylenmektedir.

BAKTER GENET

Yer De i tiren (Transposable) Elementler Yer de i tirebilen elementler zgl DNA s ralar olup, kopyalar genom (replikon) iinde yer de i tirirler. lk kez E.colide gerek bakteri DNAs nda, gerekse plazmid DNAlar n n zerinde baz DNA s ralar n n (Polinukleotidlerin) birden ok say da olduklar ve bunlar n yerlerinden ayr larak DNAn n ba ka yerlerine gebildikleri grlm tr. Bunlara IS elementler (Insertion Sequences Elements= Araya girebilen s ralar elementleri) ad verilmi tir. Daha sonralar zellikle plazmidler zerinde bulunan diren genlerinin de plazmidden plazmide, plazmidden DNAya, DNAdan plazmide yer de i tirici zellik ta yabilecekleri gzlenmi ve replikonlar aras yer de i tirme yetene indeki bu DNA paralar na da Transpozonlar (s ray c genler) ad verilmi tir. Son y llarda plazmit ve transpozonlardanki antibiyotik diren genlerinden ba ka diren genlerinin yay l m nda rol oynayan farkl yap lar bulunmu tur.Bunlar plazmit ve transpozonlara diren genlerinin girmesini sa layan hareketli DNA parac klar d r.Bunlara da ntegron denir. K saca integronlar, DNA belkemi i iine diren gen kasetlerini sokabilen enzimleri kodlayan hareketli DNA elementleridir.