Biyomedikal Modellemelere

Giriş

Doç. Dr. Ümit Zeybek

 Biyokimya , hayatın kimyasıdır

 Kompleks kimyasal reaksiyonları aydınlatarak,

biyoloji ve kimya arasında bir köprü oluşturur.
 Biyoloji, yaşam bilimi iken, canlı organizmalarda
gerçekleşen kimyasal süreçlerde bir hibrid zincir
oluşumu söz konusudur.
 Hayat olaylarının moleküler bir açıklamasını
yapan biyokimya, canlı sistemlerde yer alan
hücrelerin son derece karışık olan yapılarını
tanımlayan ve hücre içi maddelerin birbirleriyle olan
etkileşimlerini inceleyen bir bilim dalıdır.

 Kimyasal süreçlerdeki biyolojik formları, rol alan

molekülleri ve fonksiyonlarını açıklamak ister....
 Dünya üzerinde, su (H2O) ve karbon (C) temelli
bir yaşam formu süregelmektedir.
 Azot (N) ve Fosfor (P) katılımı ile canlıların elementsel
ağırlığını oluşturan grup tamamlanmaktadır.
 Çoğu hücrenin kitlesinin % 99’undan fazlasını
oluştururlar.
 Eser elementler ise insan vücudunun ağırlığının çok
küçük bir fonksiyonunu oluştururlar ve genellikle
enzimlerin yer aldığı spesifik proteinlerin fonksiyonu için
esansiyeldirler.
 Protein, karbohidrat, lipid, nükleik asit ve diğer
biyomoleküllerin içinde yer aldığı hücresel bileşikler
biyokimyanın çalışma alanını oluşturur.

 Biyomoleküllerin çeşitliliği ise, aynı monomerlerin

tekrarlanabilirliliği veya farklı monomerlerin yer alma
fazlalığı ile ortaya çıkmaktadır.
 Enzim katalizli reaksiyonların kimyasının
aydınlatılması,

 Hücre metabolizmasının ve endokrin sistemlerde

gerçekleşen mekanizmaların çözümlenmesi,

 Genetik kodlama elemanlarının (DNA, RNA),

proteinlerin, ürenin, yağ asidinin, karbohidratların
sentezi ve yıkımı gibi özellikli yolakların tanımlanması,
 Antoine Lavoisier, mineral dünyasının kimyasal basitliğine
dikkati çekerek onu bitki ve hayvan dünyasının kompleksliliği
ile karşılaştırmış, canlı organizmaların besin maddelerinin
yakılması ve ısı meydana getirilmesinde oksijen
kullandıklarını göstermiştir.
 Bitki ve hayvan dünyasında bileşiklerin karbon, oksijen,
azot ve fosfordan zengin olduğu bilgisini pekiştirmiştir.
 Berthelot ve diğer bazı araştırıcıların çalışmaları ise
hayat olaylarının fiziksel yönleriyle kimyasal yönleri
arasında ilişkiler kurulmasında yararlı olmuştur.
 1828 yılında, Friedrich Wöhler, yolaklarda yer alan
organik bileşikleri de belirterek üre sentezini
açıklamıştır.

 1833’de ilk enzim olan diastaz, Anselme Payen

tarafından saptanmıştır.

1903 yılında ise bir Alman kimyacı olan Carl

Neuber, biyokimya teriminin kimya camiasında kabul
edilmesinde öncü olmuştur.
 20. yüzyıl ortalarından itibaren; kromatografi,
X-ışını kristalografisi, NMR, radyoizotopik işaretleme,
elektron mikroskopisi ve moleküler dinamik
simulasyonlar gibi yeni tekniklerin ortaya çıkışı ile
biyokimya alanında ilerlemeler sağlanmıştır.

 Bu teknikler, bir çok molekülün detaylı analizine ve

glikoliz, Krebs siklusu (sitrik asit siklusu) gibi hücrenin

metabolik yolaklarının aydınlatılmasına önemli
 X - IŞINI KRİSTALOGRAFİSİ

 Kristallerin içinde bulunan molekülün statik resmini

verir.

 Kristalize olabilen bir bileşik için kristaller tarafından

x-ışınlarının kırılması büyük bir moleküldeki her
atomun pozisyonunun saptanmasında kullanılabilir.

 En küçük biyomoleküllerin (50 atomdan daha

küçük), yüzlerce proteinin ve nükleik asitlerin yapıları
bu araçla saptanmıştır.
 X ışını kristalografik çalışmaları, 1951’de tartarik asitin
levorotator ve dextrarotator formlarının moleküler seviyede
birbirlerinin ayna imajları olduğunu doğrulamıştır
1 4 1 4
HOOC 2 3 COOH HOOC 2 3 COOH
C - C C =C
H OH H OH OH H OH H

(2R,3R)- Tartarik Asit (2S,3S)- Tartarik asit

(dextrarotator) (levorotator)
Her iki tipinde tartarik asitin bütün kimyasal özelliklerine
sahip olduğu fakat bir tipin polarize ışığı sola (levorotator)
diğerinin ise sağa (dextrarotator) çevirdiği gösterilmiştir.
 Konfigürasyon ve konformasyon biyomoleküler
yapıların belirlenmesi ve tanımının yapılmasında
önemlidir.

 Bir enzimin katalitik bölgesine substratın

bağlanmasında, efektif katalizi sağlamak için iki molekül
birbiriyle yakın bir şekilde tamamlayıcı olmalıdır.

 Tamamlayıcılık hormon molekülünün hücre yüzeyindeki

reseptörüne bağlanmasında veya antijenin spesifik
tanınması ve bağlanmasında gereklidir.
NÜKLEER MANYETİK REZONANS (NMR)
SPEKTROSKOPİSİ
Çekirdeklerin 4-900 MHz (75m -0,33m) aralığındaki radyo
frekansı aralığındaki elektromanyetik ışınların
absorpsiyonuyla dönme enerji seviyelerine uyarılmalarının
ölçümüne dayanır.

Çok güçlü manyetik alanlar üreterek solusyondaki

biyomoleküllerin üç boyutlu yapısı hakkında bilgi sağlar.

 Proteinlerin ve büyük moleküllerin yapılarının

belirlenmesinde kullanılır.

 Kovalent bileşiklerin yapılarının aydınlatılmasında

kullanılır.
 Her bir çekirdek için ayrı bir rezonans
frekansının kullanılması gereklidir.

 Bu yüzden NMR spektrometreleri bir veya +

birkaç çekirdeğin incelenmesi için
tasarlanmıştır.

 Kimyada karşılaşılan maddelerin çok büyük

bir kısmında hidrojen atomu bulunduğundan
yöntemin önce protonlar için incelenmesi
uygun olur.
 Protonun 1/2 olan spin değeri nedeniyle
manyetik alan içinde tutulduğunda iki spin
enerji düzeyi oluşur.

 Uygun bir radyo dalgası fotonu ile

etkileştiğinde proton manyetik rezonansa
gireceğinden, NMR yöntemiyle bir örnekte
hidrojen atomu olup olmadığını anlamak
ve varsa ne kadar hidrojen atomu
olduğunu ölçmek mümkündür.
 Proteinler, (suyla birlikte) hücrelerin en büyük
fraksiyonunu oluşturan uzun aminoasit polimerleridir.
Ya katalitik aktiviteye sahiptirler ve enzimler gibi
fonksiyon görürler veya yapısal elementler, sinyal
reseptörler veya hücrelerin içine/dışına spesifik
maddeleri aktaran taşıyıcılar olarak işlev görürler.

 Nükleik asitler, DNA ve RNA nükleotid polimerleridir.

Genetik bilgiyi depolar ve transmite eder. Ayrıca bazı
RNA molekülleri makromoleküller komplekslerde yapısal
rollere sahiptirler.
 Polisakkaritler, glukoz gibi basit şekerlerin
polimerleridir ve iki ana fonksiyonları vardır:
a) enerji veren yakıt depoları olarak ve ekstrasellüler
yapısal elementler olarak,
b) hücre yüzeyindeki proteinlere veya lipidlere
bağlanan daha kısa şeker polimerleri (oligosakkaritler),
spesifik hücresel sinyaller olarak görev yapmak.

 Lipidler, yağlı hidrokarbon derivatifleridir;

membranların yapısal komponentleri, enerjiden zengin
yakıt depoları, pigmentler ve intrasellüler sinyaller olarak
görev yaparlar.
 Proteinler, nükleotidler, polisakkaritler ve
lipidler kondensasyon reaksiyonlarıyla
sentezlenir.

 Proteinler, 5.000-1 Milyon ( ) aralıkta molekül

aralığa sahiptirler.

 Nükleik asitler ise birkaç milyara kadar

moleküler aralığa sahiptir.
 Polisakkaritler (nişasta gibi) milyonlarca
moleküler ağırlık içermektedir.

 Bireysel lipid molekülleri çok daha küçüktür.

(Mr: 750-1500) ve makromoleküller gibi
sınıflandırılamazlar.

 Lipid molekülleri nonkovalent olarak daha

büyük sayıda bir araya geldiklerinde daha büyük
yapıyla sonuçlanır.
 Özellikle memeli organizmalarında gerçekleşen
mekanizmalarda ortaya çıkan defektler, defektlerin
sebep olduğu yolak bozuklukları, bozuklukların
onarılabilme durumları, onarılamayan hasarlar
sonucu gelişen hastalıkların tespiti...

 Çünkü hastalıkların meydana gelmesinde birden

fazla faktör rol almaktadır.

 Bu faktörlerin hepsinin aydınlatılması ile tanı ve

tedaviye yönelik yararlı bilgiler elde edilebilmektedir.
 Hücre yapısı ve fonksiyonu, membran
transportu ve kimyasal sinyaller....

 Proteinler, enzimler, nükleik asitler gibi

moleküllerin kimyasal ve fiziksel yapılarını ve
aktivite ile fonksiyon düzenlenimlerini
aydınlatmak....
 Bağ doku ve kemik doku gibi yapıların
molekülerden, mikroskopik seviyeye kadar olan
özelliklerini ortaya koymak.

 Hücre adezyonu, büyüme ve farklılaşmasını

belirlemek.

 Biyolojik materyallerin görüntülenme,

tanımlanma ve ölçümlenmeleri için teknikler
kullanmak.
 İnsan sağlığı ile ilgili iki genel deneysel uygulama

tercih edilir:

a) İnsan hastalık modellerine yaklaşan modeller

oluşturarak insan veya primat hücreleri, dokuları ve

organlarını incelemek.

b) İnsan sağlık problemleri ile ilgili olan ancak

primatlar veya insanların üzerinde çalışılması
 Biyotıp alanında kullanılan modellerin tamamlayıcılığı
sayesinde, doğal yaşam, biyokimyasal ve genetik
prensipler, evrim mekanizması gibidurumları anlamak
ve karşılaştırılmalı bilgilere ulaşmak mümkün olur.

 Özellikle 1990’lardan itibaren The Committee on New

and Emerging Models in Biomedical and Behavioral
Research ve National Center for Research Resources
(NCRR) kurumlarının ön planda yer aldığı
araştırmalarda bu tür modellemeler önemli derecede
kullanılmıştır.
 Biyomedikal modeller, hem invivo (insan
hastalıklarının hayvan modeli oluşturmak için
hayvanlara uygulanması) hem de invitro yöntemler
kullanılarak yapılan insan hastalık ve biyolojisi ile
ilgili çalışmaları kapsayan bir gruptur.

 Özellikle National Research Council ve Models

for Biomedical Research (NRC 1985) tarafından
çalışmalar rapor edilmektedir.
 Bu raporlarda biyomedikal ve davranış
araştırmaları için, yeni hayvan ve bilgisayar
modellerinin tanımlanması ile teknik, kaynak,
ekipman gibi alanlarda gelişme ve ilerlemeler
sağlanabildiği belirtilmektedir.

 Özellikle memeliler, memeli olmayan canlılar, su

vertebraları ve bilgisayar modelleme sistemleri ön

plandadır.
 Örneğin mürekkep balığının büyük aksonları nörobiyolojik
araştırmalar için en iyi modellerdendir.

 Zira bu nöronlar açısından biyokimyasal, biyofiziksel,

fizyolojik ve anatomik bilgiler yaklaşık 40 yıldır biriktirilmiştir.

 Ayrıca istiridye, deniz kestanesi ve balıklar ise özellikle

yüksek doğurganlık oranları, kısa jenerasyon zamanları,
transparan yumurtaları gibi özellikleri sayesinde gelişimsel
biyoloji çalışmalarında çok tercih edilmektedir.
"BMA, hayvan deneylerinin, hastalıkların daha
iyi anlaşılması ve nasıl tedavi edileceklerinin
bilinmesi için kaçınılmaz olduğuna inanmakta,
fakat, yararlanılabilecek alternatif metodları
kullanmanın gerekliliğini de savunmaktadır. "
British Medical Association, 1993
 DENEYSEL HAYVAN MODELİ

 Normal biyoloji ve davranışların yanı sıra spontan

ya da indüklenmiş bir patolojik durumun araştırılmasına
olanak sağlayan modellerdir.

 Bir model en az bir biyolojik işlev yönünden insan

ya da diğer hayvan türlerine benzerlik göstermelidir.
 Hayvan modelleri biyomedikal araştırmaların
her alanında kullanılabilmektedir.

 Özellikle son yüzyılda tıbbi bilgiler elde etmek ve

tedavileri geliştirmekte laboratuar hayvanları ile
çalışmalar ön plana çıkmaktadır.
 Geçtiğimiz 50 yılda pnömoni gibi enfeksiyöz
hastalıkların tedavisi ve korunması için aşı ve
antibiyotik geliştirmede,yüksek tansiyon,ülser ve
diyabet gibi kronik hastalıkların tedavilerinde
kullanılan ilaçların bulunmasında hayvan modelleri
kayda değer yararlar sağlamıştır.
 İlacın metabolik özelliklerini veya doku ile
hücrelerarası dağılımını gözleyerek doz şiddetini
saptayabilmek açısından,
 Faz I tedavi çalışmalarında, hayvan modelleri
ilaç dozuna bağımlı toksisiteyi belirlemek için
yararlı olmaktadır.
 Kaçınılmaz olarak, mevcut türler, tüm ihtiyaçlara
cevap veremediği durumlarda özel araştırmalar için
yeni deneysel model tasarımları yapılmaktadır.
 Bakteriler, doku kültürü çalışmaları ve bilgisayar
simülasyonları, insan organizmasına yakın veya
benzer sonuçlara ulaşmada yetersiz kalabilirler,

Ancak,

 Bilgisayar ve hücre kültürü uygulamaları ile

hayvanlar üzerindeki araştırmalardan elde edilen
veriler geliştirilebilir.
 Bununla beraber metodlar, maalesef canlı
organizmanın dinamiklik ve karmaşıklığını tam
anlamıyla yansıtamamaktadır.

Hücre kültürü veya moleküler biyoloji teknikleri

çalışmalarında, uygulanan ajanlara karşı
metabolizma cevabında yaşanılan eksiklikler
(dinamiklik ve karmaşıklık sağlanamaz)
bulunmaktadır.
 Tam bir canlı organizma yanıtı alabilmek için
deney hayvanlarının kullanıldığı araştırmalara
gereksinim duyulmaktadır.

 Laboratuar hayvanlarının yerine gerçekten tercih

edilebilecek bir uygulama henüz
bulunmamaktadır. 
 Araştırmada deney hayvanlarını kullanmak hem
veteriner tıbbı hem de insanlara yönelik tıp için
hayati önem taşır.

 Hayvan dışı modeller bilim adamlarını tatmin edici

sonuç almalarına çok olanak tanımaz.

 Ve bir çok bilim adamı sorularına yeterli cevap

bulamazlar.
 Hayvan çalışmalarının insanlara
uygulanma durumu

 İnsan ve hayvanlar arasında birçok benzerlikler

bulunmaktadır. Örneğin:
 Farelerin immün fonksiyonları
 Köpeklerin kardiyovasküler fonksiyonları

 Geçtiğimiz yüzyıldaki tıbbi gelişmeler hayvan

araştırmaları ile beraber başlamıştır.
 Hayvan çalışmaları insanlara uygulanan
tedavilerin beklenmeyen yan etkilerini ortaya
koymada yardımcı olmuştur.
 HAYVAN GÜVENLİĞİ ?

 Helsinki beyannamesinin de belirttiği gibi, ağrı

ve stresin minimize edildiği güvenlik, konfor ve en
uygun bakım koşullarının deney hayvanları için
sağlanması gerekmektedir.

 Hayvanlar dikkatli ve özenli bir şekilde izlenmeli

ve özellikle ağrı gibi durumlar elemine edilmelidir.
 Deney Hayvanları ile Çalışırken!!!

 5R kuramını dikkate almak, yani,

 replacement, refinement, reduction, responsibility ve
rehabilition

‘’Önemlidir’’

 Bu sayede , gereksiz zaman kaybı, fazla sayıda

hayvan tüketimi, madde ve ekipmanın gelişigüzel
kullanımı, hayvanların rahatsız koşullarda bulunmaları ve
ağrı çekmeleri gibi olumsuzluklar önlenmiş olur

 Araştırıcı duyacağı sorumlulukla hareket eder;

‘’Etik’’ .
 DENEYSEL MODELLER

 Farmakoloji ve Toksikoloji modelleri

 Fötal büyüme ve gelişim modelleri
 Nefrolojik bozukluk modelleri
 Ksenotransplantasyon modelleri
 Sinirbilim modelleri
 Psikolojik bozukluk modelleri
 Mikoloji modelleri
 İskelet hastalıkları modelleri
 Kanser araştırmalarında modeller
 Ağız hastalıklarında modeller
 Diyabetik Modeller
 HASTALIK MODELLERİ

İndüklenmiş
İndüklenmiş Orphan
(Deneysel) Orphan(Olası)
(Olası)
(Deneysel) H.Modelleri
H.Modelleri
H.Modelleri
H.Modelleri

Spontan
Spontan(Genetik)
(Genetik)
H.Modelleri Negatif
NegatifH.Modelleri
H.Modelleri
H.Modelleri

Transgenik
Transgenik/ /
Knock-out
Knock-out
H.Modelleri
H.Modelleri
 İNDÜKLENMİŞ MODELLER
 Amaç; deneysel olarak (cerrahi, kimyasal, viral vs)
hayvanlarda oluşturulan hastalıkların hedef organizmada
görülenlere benzemesidir. (STZ ya da EMC virüsü ile
diyabet oluşturma)

 Fare ve sıçan türlerinin biyolojik özellikleri genel olarak

benzerlik gösterirken insan hastalıkları modeli olarak farklı
yanıtlar verebilmektedirler.

 Örneğin fareler “schistosomiasis” enfeksiyonu için iyi bir

modeldir fakat sıçanlar için aynı durumdan söz edilemez.

 Bu modeller teorik olarak tür seçiminde avantaj sağlayan

tek modellerdir.
 SPONTAN MODELLER

 İnsan hastalıklarının kendiliğinden geliştiği ve

insanlardakine benzer patoloji ve semptomların ortaya
çıktığı hayvan modelleridir.
 Spontan hastalık modellerinin oluşturulmasında doğal
olarak genetik varyantlardan “mutantlar” yararlanılır.
 Doğal mutant formun en iyi örneklerinden biri “Nude
Mouse” soyudur. “Heterotransplantasyon”
“Snell’s Dwarf mice ” bir başka mutant soydur.
“fonksiyonel tükrük bezinden yoksun”
 TRANSGENİK MODELLER

 Genomlarına yapay olarak yerleştirilmiş yabancı bir

DNA içeren hayvanlar transgenik hastalık modeli
olarak adlandırılırlar.
 HLA-B27 Romatoid hastalıklar (HLA-B27 ekspr.)

 Aynı şekilde gen-hedefleme teknolojisi sonucunda

hücrelerde belirli bir genin susturulması mümkün
olabilmektedir. “Knock-out ” olarak bilinen bu modeller
de bu kategoriye dahil edilirler.
 “P53 KO mice” Li-Fraumeni sendromu
 NEGATİF MODELLER

 Spontan modellerin aksine bazı hastalıkların

gelişmediği modelleridir.

 Negatif modellerde hayvan bilinen bir uyarıya

reaksiyon göstermez.

 Genellikle fizyolojik bir olayı aydınlatmada karşılaşılan

zorlukları aşmak için kullanılırlar.

 Örneğin; tavşanlar gonokok enfeksiyonu bakımından

negatif model olarak kullanılabilirler.
 ORPHAN MODELLER

 Öncelikle hayvanlarda tanımlanan sonra da insanlarda

benzeri tanımlanabilir amacı ile çalışılan hastalık
modelleridir.

 Daha sonra benzer bir hastalık insanlarda görülürse tanı

koyulabilmektedir.

 Papillomatozis, Marek hastalığı ve koyunlarda visna virüsü, Deli

Dana hastl. vs örnek olarak verilebilir.
 HAYVAN MODELİ AVANTAJLARI

 Araştırıcı deneysel değişkenleri daha kolay kontrol altında

tutabilmektedir.
 Uygun model seçimi yönünden sayısal avantaj
sağlamaktadır.
 Uygun model seçimi ile çalışma daha kısa sürede ve daha
az hayvan kullanılarak bitirilebildiği gibi sonuçlar da çok daha
efektif olmaktadır.

 Genetiği bilinen bir model ile çalışıldığında önemli bir

değişkeni devre dışı bırakabilmek mümkün olabilmektedir.
 DOĞRU MODEL SEÇİMİ

 Seçilecek hayvan tür ve soyu ile üretilen laboratuar

özellikleri ise iyi karar verilmesi gereken diğer
önemli özellikleri oluşturmakta…

 Bununla ilgili güzel bir örnek olarak, vasküler

restenoz araştırmalarında uygun bir hayvan
modelinin nasıl olması gerektiği ile ilgili verilebilir.
 Anjiyoplasti (damar genişletilmesi) sonrası
restenoz (tekrar daralma) oluşumu modelleri,
domuz ve primat gibi büyük hayvanlar ile sıçan
ve tavşan gibi küçük hayvanlarda çalışma
açısından önemli farklılıklar göstermektedir.
 Domuzda, anjiyotensin converting enzim (ACE)
inhibitörü olan cilazapril ile ön tedavi
uygulanması, şiddetli veya ılımlı balon hasarı
sonrası karotid neointimal
miyoproliferasyonunun azalmasında başarısız
olmuştur.
 TRANSGEN MODELLER

 Genetik araştırmaların yaygınlaşmaya başladığı

günümüzde çeşitli mutasyonlarla oluşturulan transgen
hayvanların kullanıldığı deneysel modellerin sayısı
giderek artmaktadır

 Transgen modeller; tıp, biyoloji ve veterinerlik alanlarında

kullanıldıkça araştırmalar açısından oldukça yeni olanak ve
ilerlemelere yol açmıştır
 Transgen Modeller Kullanılarak
Yapılan Çalışmalar
 Seçilen modellerin (farelerin) biyoreaktör gibi
kullanımı – insan monoklonal antikorlarının
sentezi

 Yapı - fonksiyon ilişkisi

 İnsan hastalıkları ile ilgili modeller – hücre

analizi ve patogenezin temelindeki moleküler
mekanizmalar ile ilaç uygulamaları ve gen
tedavilerini test etme
 Transgen Modellerin Çeşitleri

 Transgenik hayvan – genomuna yerleştirilmiş yabancı

geni taşıyan model
 Kimerik hayvan – embriyonik kök (ES) hücrelerinin
manipulasyonu ile değiştirilen genleri taşıyan model, bazı
dokular alıcının blastosistlerinden oluşurken; diğerleri
enjekte edilen embriyonik kök (ES) hücrelerinden meydana
gelir
 Knockout hayvan – genomuna homolog rekombinasyon
ile gen parçası yerleştirilmesi sonucunda elde edilen model
 Knock-in hayvan – knockout modellere benzerlik
gösterirler ve genelde nokta mutasyonu söz konusudur
TRANSGENİK HAYVANLAR

“Biraz ondan biraz bundan mı?”

Yoksa genetik bilimciler hayvanları insanlara mı
dönüştürmeye çalışıyorlar?
 TRANSGENİK HAYVANLAR

 Transgenik hayvanlar eksojen bir kaynaktan gelen bir

veya daha fazla geni içerirler

 Yabancı gen, rekombinant DNA teknolojisi kullanılarak

oluşturulur

 Transgenler genoma entegre olmuşlardır.

 Transgenler yavrulara cinsiyet hücreleri aracılığıyla

aktarılır
Transgenik Fare Üretimi
Transgenik Fare Üretimi
Kimerik
Model
Doğan yavrular
 Knockout Fare Nedir ?
 Böyle bir fare mi?

 Yoksa,
 Normal ekspresyona engel olacak kadar spesifik bir
endojen gen değişikliğine uğramış fare mi,
knockout’tur…
 Knockout Fare Üretiminde
Bazı Noktalar

 Knockout farelerde çok özel genleri değiştirmek

hedeflenir

 DNA genomdaki tam yerine entegre olmalıdır

 Değişen genlerin entegrasyonu embriyonik kök

hücrelerinde meydana gelir
 Niçin Knockout Fare Üretilir ?

 Gen ürünlerinin etkisi, biyokimyasal kademeler ve

alternatif (tamamlayıcı) yolları araştırmak için

 İnsan hastalıklarını hayvanlarda yeniden ortaya

koyarak gen tedavisi veya ilaçların yararlı etkilerinin
test edildiği modeller yaratmak için
 Knockout Fareyi Oluşturma
Kademeleri
Bana
ne yaptığının
farkında mısın ?

1. Hedeflenen vektörün yapımı

2. EK hücrelerinin transfeksiyonu

3. Genomik DNA hazırlanması

4. Doğan yavruların Southern analizi

Transgenik ve Knockout Modeller
Arası Başlıca Farklılık

Transgenik Knockout
Genoma yabancı DNA eklenir Endojen DNA genomdan alınır ve
yabancı DNA genoma eklenir
 Hayvan Tümör Xenograft Kullanımı

 Akciğer Xenograftları;
 Tümör hücre süspansiyonu
endobronşiyal, intratorasik Akciğer karsinomu içeren
hücre süspansiyonu
veya intravenöz enjeksiyon ile
hayvanın organına uygulanır
ve taze tümör dokusu cerrahi
olarak implante edilir.

 Mc Lemore ve ark., agrege

edilmemiş akciğer dokusunu
endobronşiyal enjeksiyon ile
nude farenin akciğerine
vererek, ilk olarak, ortotopik
akciğer kanser modelini ortaya Akciğer Karsinomalı Hücre
koymuştur. Süspansiyonunun Enjeksiyonu
 HÜCRE KÜLTÜRÜ

 Hücre kültürü prokaryot, ökaryot veya bitkisel

hücrelerin kontrollü koşullarda üretilmelerinin

isimlendirildiği süreçtir.
 Hücre Kültürünün Tarihçesi
 Yapay ortamda hayatta kalabilmeleri için gerekli unsurların çok
hassas ve güç olmasına rağmen birçok hücre tipinin yaşamasını
sağlayan koşullar yıllardan beri bilinmektedir.

 1878’de Claude Bernard bir organizmadaki fizyolojik sistemlerin

organizma öldükten sonra canlı bir sistemde fonksiyonlarını
sürdürebileceklerini öne sürmüştür.

 1885’de Roux civciv embriyo hücrelerini bir saline kültürde

muhafaza edebilmiştir.

 1907’de Harrison kurbağa sinir hücrelerini bir lenf pıhtısında

yetiştirip, uzun haftalar boyunca in vitro sinir lifi ürediğine tanık
olmuştur.
 Hücrelerle Neler Yapılabilir ?

 Temel hücre biyolojisi, hastalık nedeni ajanla hücreler

arası etkileşim, yaşlanma ve beslenme ile ilgili süreç ve
tetiklenmeyi belirlemek için model sistemleri geliştirilebilir.

 Toksisite deneyleri, yeni ilaçların etkilerini çalışmak gibi

ilaç deneyleri yapılabilir.

 Hastalık mekanizmaları gözlemlenebilir. Potansiyel

tedaviler tasarlanabilir.
 Kanser araştırmaları: çeşitli kimyasalların, virüslerin ve
radyasyonun normal kültüre hücreleri kanserli hücrelere
dönüştürme fonksiyonları incelenebilir.

 Rejenerasyon süreci gözlemlenebilir.

 Bir hastalık sonrası oluşan hasarı hücrelerin veya dokuların

nasıl onardığı gözlemlenebilir.

 Gelişim süreci gözlenebilir.

 Virolojik olarak aşılar için kullanılacak virüsler geliştirilebilir.

 Genetik mühendisliği ile protein üretme, polio, kuduz,
hepatit B ve kızamığa karşı aşı geliştirmek için virüs
üretme çalışmaları yapılabilir.

 Gen tedavisi: fonksiyonel bir geni olan hücreler

fonksiyonsuz gen taşıyan hücrelerin yerine koyulabilirler.
 Yüksek düzey entegre
fizyolojik modeller Dolaşım sistemi
Devre modelleri kan akımı,
arteriyal ve venöz basınçları
tanımlar

Dört odalı
kalp modeli
Mekanik havayolu

+ -
- +
+ - Pulmoner
sistem
+ -

Kardiyovaskuler/
pulmoner akım

Washington Universitesi
 Ölçülebilir elemanlı
kalp simülasyonları
 Biyomekaniksel, elektrofizyolojik ve biyokimyasal
modellerin kombine hesaplanması
 Simülasyonlar, 105-düğümü,
dual Opteron Dell Linux demetleri
kontrol eder
 Elde edilen sağlam veriler, yeni
algoritmler ve yüksek performanslı
bilgisayarlardan kombine yararlanılarak
çabuklaştırılabilir.
 Ön hesaplama ve ara değerlendirmelerden
yararlanarak , 2 saat süresince kalp atımı
sağlanan gerçeğe en yakın modeller
geliştirilebilmektedir.
Kaliforniya Üniversitesi