PROTEİN

PROTEİNLER
LER
 “Protein” sözcüğünün kaynağı, Yunanca'nın
"birincil öneme sahip" anlamını taşıyan (prota)
sözcüğüdür. Bu isim, proteinleri 1838'de ilk
tanımlayan Jöns Jakob Berzelius tarafından
verilmiştir. 1926'da James B. Sumner'in üreaz
enziminin bir protein olduğunu göstermesine kadar,
proteinlerin canlılar için ne derece önemli olduğu
tam anlaşılmamıştır. Yapısı çözülen ilk proteinler
arasında insülin ve miyoglobin bulunur ki, insülin
için Sir Frederick Sanger 1958'de, miyoglobin için
de Max Perutz ve Sir John Cowdery Kendrew
1962'de Nobel Kimya Ödülü kazanmıştır. Her iki
protein de kırınım analizi ile üç boyutlu yapıları
çözümlenen ilk proteinlerdendir.
• Proteinler, amino asitlerin zincir halinde
birbirlerine bağlanmasından oluşan büyük
organik bileşiklerdir. Bu zincirde bir amino
asitin karboksil grubunun bir diğerinin
amino grubuna bağlanmasıyla oluşan bağ
peptit bağı olarak adlandırılır. Proteinlerin
primer yapısı genetik bilgiyi taşıyan DNA
molekülleri tarafından denetlenmektedir.
Fonksiyonu ve biyolojik aktivitesi ne olursa
olsun bütün proteinler 20 standart aa. den
meydana gelmiştir.
Organizmada en yüksek oranda bulunan
makromoleküller
% 70 su
% 15 protein Total hücre ağırlığı
% 15 diğer

Amino asitlerin lineer polimerleri

Cins
(n tane) Farklı
20 St AA
Sayı PROTEİN
sıralanma
Standart AAlerin peptid bağı aracılığıyla
lineer dizilişi Birbirinden farklı cok
sayıda peptid zincirleri

Dipeptid: AA1 AA2 400 farklı molekül

20 x 20
Tripeptid: AA1 AA2 AA3 8000 farklı
molekül
20 x 20 x 20

Evrendeki total atom sayısı

lineer polimerler:
H2N (
. Amino asitler
)nCOOH

AA sayısı: n Sınırsız sayıda

farklı
AA sekansı: 20n protein yapıları
 PEPTİTLERİN KISA YAZILIŞI VE
ADLANDIRILMASI:
• Üç harfli kısaltma ile (Glu-Gly-Ala-Lys)
• Tek harfli kısaltma ile (EGAK)
• Daima amino ucundan başlayarak yazılır ve
okunur. Amino asit kalıntıları en sondaki hariç
–il eki alır. (Glutamilglisilalanillizin)
 H2N (
)nCOOH (lineer polimer)
(polipeptid zincir)
Her proteinin spesifik bir
fonksiyonu vardır
Biyolojik fonksiyonlar,
3 boyutlu yapıya bağlıdır

3 boyutlu yapı, lineer polimerlerin çok farklı

şekillerde katlanması ve kıvrılmasıyla oluşur
Protein
Proteinlerin
lerin Sınıflandırılması
Sınıflandırılması
Sınıflandırmada kullanılan
özellikler
-Şekil
-Yapı
-Çözünürlük
-Biyolojik fonksiyon
 Proteinler Çeşitli Biyolojik
Fonksiyonlara Sahiptirler…
Proteinlerin Çeşitli biyolojik
fonksiyonlarını bilmek biyokimyanın çok
önemli amaçlarından biridir. Proteinleri
gördükleri biyolojik fonksiyonlarına göre
bir sınıflandırmaya tabi tutabiliriz.
 Proteinlerin biyolojik rollerine göre veya
fonksiyonel olarak sınıflandırılmaları
• Enzimler: Amilaz, pepsin, lipaz
• Taşıyıcı proteinler (transport proteinleri): Serum albümin,
hemoglobin, lipoproteinler, transferrin
• Besin ve depo proteinler: Ovalbümin, kazein ferritin
• Lipoproteinler: kolesterol trigliserid
• Kontraktil proteinler: Miyozin, aktin
• Yapısal proteinler: Kollajen, elastin
• Savunma (defans) proteinleri: İmmünoglobülinler, kan
pıhtılaşma proteinleri
• Düzenleyici proteinler: İnsülin, büyüme hormonu
• Diğer proteinler: Fonksiyonları henüz daha fazla bilinmeyen ve
kolayca sınıflandırılmayan çok sayıda protein
Proteinlerin
Proteinlerin Biyolojik
Biyolojik Fonksiyonu
Fonksiyonu
Enzimler: Metabolizmayı düzenleyen ve
etkileyen globuler proteinler( geniş bir
protein sınıfı)
Biyokimyasal reaksiyonları katalizlerler
Substrat spesifiteleri vardır.
.... az şeklinde adlandırılır
Eksiklikleri pek çok metabolik hastalıkla
sonuçlanır
Proteinlerin
Proteinlerin Biyolojik
Biyolojik Fonksiyonu
Fonksiyonu
Düzenleyici proteinler: Fizyolojik
aktivitenin düzenlenmesinden sorumludurlar
Ör:Hormonlar (insülin eksiklliği  diabet)
G-proteinler  Hücre içi haberleşme
Yapısal proteinler: Kas, bağ dokusu
proteinleri, membran proteinleri
Ör: Kollajen (tendon and ligamentlerde)
keratin (saç ve tırnakta)
Proteinlerin
Proteinlerin Biyolojik
Biyolojik Fonksiyonu
Fonksiyonu
Transport proteinleri: Plazmada ve
membranlarda spesifik maddelerin veya
iyonların taşıyıcısıdırlar
Ör:Hb-O2, miyoglobin-O2
Lipoprotein-lipid, Transferrin-Fe
Seruloplazmin-Cu, vb
Besin ve Depo proteinler: Ovalbumin,
laktalbumin, kazein, ferritin
Proteinlerin
Proteinlerin Biyolojik
Biyolojik Fonksiyonu
Fonksiyonu
Kontraktil proteinler: Kasılmayı ve
hareketi sağlayan proteinler
Ör:Miyozin - kalın filament
Aktin - İnce filament
Tübilin - membran iskeleti
Proteinlerin
Proteinlerin Biyolojik
Biyolojik Fonksiyonu
Fonksiyonu
Reseptörler:Hücre içi haberleşmede
rol oynarlar
Ör:adrenalin için
ß-adrenerjik reseptor
Savunma proteinleri:
Ör:İmmünoglobülinler: Patojenlere
karşı organizmayı korurlar
Fibrinojen: (Pıhtılaşma mekanizması)
 Proteinlerin Saflaştırılması
• Herbir hücrede binlerce farklı protein
bulunmaktadır. Herbir organizmadsaki proteinler
birbirinden farklı olduğu gibi bu proteinler
biyolojik aktivitelerini de dar bir pH ve sıcaklık
sınırları içinde göstermektedir. Bir hücre ve
dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole
edilmesi oldukça zordur. Proteinlerin
saflaştırılmasında bugün kullanılan yöntemler
oldukça gelişmiştir.
Bir proteinin aa kompozisyonunu ve aa dizisini
tayin edebilmek için öncelikle bu proteinin saf
halde elde edilmesi gerekir.
 PROTEİNİN SAFLAŞTIRILMASI
Ham bir tam hücre ekstraktından,
biyolojik aktivite kaybı olmaksızın,
proteinin izolasyonu
İzolasyon öncesi işlemler
- Hücre fraksiyonunun seçimi:
sitoplazma, mitokondri, lizozomal, mikrozomal?
- Organ tespiti:
mitokondri  kalp
lizozomal /mikrozomal fraksiyonlar  KC
 Saflaştırma Şeması
Biyolojik materyal (ör: doku)
ekstraksiyon

Hücre ekstraktı
Hücre enzimatik
bütünlüğünün kimyasal
(membran yapısının) Fiziksel
bozulması mekanik
Total hücre içeriği
hücre lizatı
 Saflaştırma Şeması
Hücre lizatı
Çözünmeyen Santrifüj
hücre debrisi Filtrasyon
(uzaklaştırılır)
süpernatan hücresiz lizat
(nükleik asit, proteinler
küçük moleküller)
diğer protein,
iyon,su vb, Ardışık
ortamdan Saflaştırma
uzaklaştırılması işlemleri
Saf Protein

Primer yapı tayini

 Saflaştırma Basamakları
•Ekstraksiyon
•Proteinin saflaştırılması
Suyun uzaklaştırılması
Tuz ve küçük iyonların uzaklaştırılması
Diğer proteinlerden ayrılması

•Primer yapı tayini

Amino asitlerin cins, sayı ve sırası
 Ekstraksiyon
Hücre organellerinin elde edilme safhası
İstenilen proteinin yapısını ve biyolojik
aktivitesini değiştirmemek için:
- 0-4C ortam sıcaklığı(tüm işlemler için)
- Blenderde parçalama(kıyılmış doku örneği)
- Uygun tampon (pH, iyonik güç) seçimi
ör: 0.05 M fosfat tamponu, PH 7.4

Kıyılmış doku örneği, 1/10 oranında

tamponla karıştırılır
 Hücre bütünlüğünün bozulması

Kimyasal: Organik solventler, deterjanlar

Enzimatik: Lizozim, glukanaz
Fiziksel: Osmotik şok, dondurma / çözdürme
Mekanik: Sonikasyon, homojenizasyon
Fransız presi
Kimyasal Yöntemler
Deterjanlar: Triton X-100, vb
Membran yapısını bozarak
hüce içeriğinin ortama
geçmesini sağlarlar

- Pahalı
- Proteinleri denatüre edebilir
- Ortamdan hemen uzaklaştırılmalıdır
Mekanik yöntemler
Fransız Presi
Çelik bir kaba yerleştirilen
hücre süspansiyonu
üzerine uygulanan yüksek
basınçla, hücreler küçük bir
delikten geçirilir
Mekanik yöntemler
Homojenizasyon
Cam homojenizatör kabında
pistonun düzenli dönüşü ya da vuruş
ile sağlanan mekanik güçle, hücreler
piston ve cam çeper arasında
sıkıştırılır  hücre zarı
parçalanır,hücre içeriği tampona
geçer, elde edilen süspansiyon,
bütünlüğü bozulmamış bir çok
organeli içerir: HOMOJENAT olara
adlandırılır
Mekanik yöntemler
Sonikasyon
Hücre süspansiyonuna
daldırılan sonikatör,
titreşim yaparak ve
yüksek ses dalgalarıyla
hücre bütünlüğünü
bozar
 Saflaştırmada Kullanılan
Prensipler

fiziksel özellikler
Proteinler saflaştırma
büyüklük/kütle
şekil
çözünürlük
polarite
affinite, vb
 Saflaştırmada Kullanılan
Yöntemler
• Diyaliz
• Ultrafiltrasyon
• Jel filtrasyonu
• Elektroforez
• İzoelektrik fokuslama
• İyon değiştirme kromotogrefisi
• Affinite kromotografisi
• Densiti gradient (zonal) santrifugasyon
Saflaştırmada Kullanılan
Prensip Yöntem
santrifüj
diyaliz
Büyüklük ultrafiltrasyon
kütle jel filtrasyonu kromatografisi
jel elektroforezi (SDS-PAGE)

çözünürlük Fraksiyonel presipitasyon

 Saflaştırmada Kullanılan
Prensip Yöntem
iyon exchange kromatografisi
yük Elektroforez ?
izoelektrik fokusing
adsorbsiyon kromatografi
polarite revers faz kromatografi (HPLC)
hidrofobik etkileşim kromatografi

Biyolojik aktivite
Bağlanma affinite kromatografisi
 SANTRİFÜJ
Sulu karışımlar(süspansiyon/homejenat)’a
santrifüj kuvveti uygulandığında, daha
büyük ve yoğun komponentler,daha hızlı
çökerler
Düşük hızlı santrifüj:Tam hücreleri, deney
ortamından ayırır
Yüksek hızlı santrifüj: Farklı büyüklük ve
yoğunluktaki subselüler organelleri ayırır
 Büyüklük  differensiyel santrifüj
kütle

homojenat nükleus mitokondri mikrozom sitozol

hücre debrisi peroksizom
lizozom
• Homojenat, gittikçe artan santrifüj kuvvetine maruz
bırakılarak fraksiyonlarına ayrılır
• Kütle büyüdükçe, çökmesini sağlayan santrifüj
gücü azalır
 Zonal Ultrasantrifügasyon
Yoğunluk esasına dayanır (daha hassas)
Yoğunluk ve büyüklük olarak birbirine çok yakın
olan organeller, Differansiyel santrifüjle ayrılamaz
Bu amaçla zonal santrifügasyon kullanılır
Çeşitli tipleri vardır:
Kademeli gradient santrifüj
Plastik bir tüpte % 5-20 konsantrasyonda
sukroz gradienti oluşturulur
En üste homojenat uyglanır
Bir gün 100,000 x g’de santrifüj yapılır
Homejanat, yoğunluğuna uyan tabakalara dağılır
 Kademeli Gradient Santrifüj
numune

ultrasantrifüj

100,000 x g
24 h

sukroz
gradienti
(% 5-20) Tüpün dibi delinir
fraksiyonlar toplanır

en yoğun en hafif
 Büyüklük/kütle  diyaliz
Semipermiabl
membran

homojenat
tampon

Diyaliz başı Diyaliz sonu

Diyaliz:molekül büyüklüğüne bağlı diffüzyon

Semi-permeabl (ultramikroskobik porları bulunan)
selefon membran aracılığla filtrasyon

Proteinler, tuz, iyon ve küçük moleküllerden ayrılır

 ULTRAFİLTRASYON
• Prensip olarak diyalize
homojenat benzer (büyüklük/kütle)
• Ultrafiltrasyon tüpünün alt
hücreler/ kısmında yarı geçirgen bir
proteinler membran bulunur
• Üstten uygulanan basınçlı
membran azot gazı ile, çözücü ve
küçük moleküller membran
dışına çıkar
 Kromatografik Yöntemler
Kromatografi:madde karışımlarının, sabit ile mobil faz
arasında, büyüklük, şekil, taşıdıkları yük, çözünürlük, vb.
özelliklerine göre,dağılmaları,ayrılmaları
•Kolon kromatografisi:proteinlerin
saflaştırılmasında sıklıkla kullanılır
depo
(tampon) •Kolon, proteinleri seçici adsorblayan
bir maddeyle (katı porlu matriks)
mobil faz doldurulur  SABİT FAZ
(tampon) •Protein karışımı kolona tatbik edilir
Protein
karışımı
sabit faz
•Tampon çözelti (MOBİL FAZ) ile
(katı porlu matriks) yıkanan kolon tarafından,
adsorbe edilmeyenler  önce
adsorbe edilenler  daha geç
elüent kolondan çıkarlar
Kolon Kromatografisi
 Kolon Kromatografi Tipleri
Kolondaki dolgu maddesi ve seçilen elüsyon
metoduna göre gruplandırılır:

•Jel filtrasyonu  büyüklük

•İyon exchange  yük
•Affinite  (bağlanma)
• Adsorbsiyon (HPLC) 
fazlar arasındaki
çözünürlük farkı
 Jel Filtrasyon Kromatografi
Proteinler, molekül büyüklüğüne göre ayrılırlar
•Kolon, jel boncuklar [sephadeks (çapraz bağlanmış
dekstran)vb polisakkarid veya poliakrilamid polimer]
ile doldurulur katı matriks
•Protein karışımını içeren tampon, kolondan geçirilir
Küçük proteinler,jel boncuklar
akış arasındaki boşluklara girer,
kolondan geç çıkarlar
cam kolon
jel boncuklar

Büyük proteinler, jel boncuklar

arasındaki boşluklara takılmaz,
kolondan önce çıkarlar
Jel Filtrasyon Kromatografi

Proteinlerin elüsyonu: en büyük en küçük

 Jel Filtrasyon Kromatografi
jel boncuk
Proteinlerin, matriksteki porlara
takılma yüzdesi, büyüklüğü ile
ters orantılıdır
Porlara takılan proteinler
daha yavaş sürüklenirler
en büyük
protein •Avantaj: Büyük miktarda
protein karışımı saflaştırılabilir
•Dezavantaj: Yavaş ayırım
İyon exchange(değiş-tokuş) Kromatografi
Proteinleri, üzerlerinde taşıdıkları net yüke göre
ayırır
pH  pI net yük pozitif
pH  pI  net yük negatif
• Protein karışımındaki iyonlar, sabit fazdaki
aynı yüklü iyonlarla[ (+)(+) veya (-) (-) ile]
yer değiştirerek, kolona bağlanırlar
•Bağlanmayan proteinler, kolondan en önce
çıkarlar
• Daha sonra, iyonik gücü/pH’sı farklı bir tampon
kolondan geçirilir bağlı proteinlerin yükü
değiştirilerek elüsyonu sağlanır
İyon-Exchange Kromatografi
 Katı destek olarak Reçine Seçimi.
Katı destek exchange + NaCl içeren
grup elüsyon tamponu
selüloz
dekstran DEAE
agaroz CM
sülfonat

Reçine seçimi, saflaştırılacak proteinin yüküne ve

ortam pH’sına bağlıdır
Kolonun dolgu maddesine, exchange yapacak yüklü
gruplar bağlanır karışımdaki proteinleri bağlar
Anyon değiştirici reçine:Dietilaminoetil(DEAE)-Selüloz
Katyon değiştirici reçine: Karboksi metil(CM)- Selüloz
Sülfoksi-selüloz
 Anyon Exchange Kromatografi
Katı matriks: DEAE-Selüloz
Birim moleküllerinde çok sayıda selüloz
kuarterner amonyum hidroksit
taşırlar DEAE-Selüloz
Tampon akışı
(R+A-):kuarterner amonyum hidroksit
(B-):negatif yüklü protein
R+
(R+A-) + B-  (R+B-) + A-
R+
R+, farklı anyonları farklı
R+ afinite ile bağlar

pozitif yüklü protein

 Anyon exchange Kromatografi
Anyon değiştirici reçine: Dietilaminoetil (DEAE)- Selüloz
+
+ +
+ + H CH2-CH3
NaCl
eluent CH2-CH2-N
+ CH2-CH3
+
DEAE + tuz gradienti
kolon +
+
+
+
+

Üzerinde en çok negatif yük taşıyan

proteinler, kolondan en geç çıkarlar
 Katyon Exchange Kromatografi
Katı matriks: CM-Selüloz
sülfoksi-selüloz selüloz
Birim moleküllerinde çok sayıda CM-Selüloz
karboksilat/sülfonat taşırlar (iyonize form)

(R-A+): karboksil grubu (-COO-H+)

R- sodyum sülfit (-SO3Na+)
B+: pozitif yüklü protein
(R-A+) + B+  (R-B+) + A+
R-, farklı katyonları
negatif yüklü farklı afinite ile bağlar
protein
Katyon exchange Kromatografi
Katyon değiştirici reçine: sülfoksi-selüloz(-SO3Na+)
 Tuz çözeltileri ile Elüsyon
•Reçineye bağlanan proteinler ortamın tuz konsatrasyonunu
giderek artırmak suretiyle kolondan elüe edilirler
•Tuzu oluşturan iyonlar, reçineye bağlanmak için
proteinle yarışırlar
Düşükyüksek oranda tuz içeren tamponlarla Elüsyon
 Affinite Kromatografisi
Enzim, hormon,vb spesifik proteinlerin saflaştırılmasında
kullanılır.Kolonun dolgu maddesine,
(dekstran, poliakrilamid, selüloz vb)
spesifik protein ile kompleks
yapabilen bir ligand bağlanır:

Tampon akışı
ligand-protein
kompleksi Ligand bağlı
boncuk
spesifik
protein
Serbest diğer
proteinler proteinler
 Affinite Kromatografisi
katı destek spesifik protein
ligand
selüloz +
sepharoz DNA histon
dekstran IgG protein A
antibody antijen
antijen antibody
substrat enzim
kosubstrat enzim
Konkavalin A glikoprotein
reseptor hormon
 Affinite Kromatografisi
Ligand ile kompleks yapan spesifik protein,katı
desteğe bağlanarak kolonda tutulurken; serbest
proteinler kolonu terkederler
Bağlı protein, daha sonra, pH değişikliği / tuz
çözeltileri veya ligand ilavesiyle kolondan elüe
edilir
Örnek: glukoz-protein
kompleksi
İlave
glukoz(G) boncuk
boncuk serbest
protein
 ELEKTROFOREZ
Ortam pH’sına göre, (+) ya da (-) olarak
yüklenen kolloid taneciklerin, bir elektrik
alanında, kendi net yüklerine zıt yük taşıyan
anot veya katoda doğru farklı hızlarda
sürüklenmeleri
ELEKTROFORETİK YÖNTEMLER
Proteinler, elektrik yükü, büyüklük (yük/kütle
oranı), şekil gibi özelliklerine göre ayrılırlar
Elektroforez, genellikle poliakrilamid jel
üzerinde yapılır
 ELEKTROFORETİK YÖNTEMLER
Proteinlerin saflaştırılmasında kullanılmaz !
Elektroforetik Yöntemler
• Karışım içinde bulunan protein sayısını
tespit etmek( kağıt ve jel elektroforezi)
• Saflaştırılmış proteinin saflık derecesini
belirlemek( SDS-PAGE)
• Saflaştırılmış proteinin molekül ağırlığını
tayin etmek (SDS-PAGE)
amacıyla kullanılır
 POLİAKRİLAMİD JEL
Poliakrilamid Jel:Çapraz bağlı akrilamid polimeri
Poliakrilamid Jel Elektroforezi(PAGE)
protein karışımı
katot
plastik kasa

tampon
jel anot

tampon
 SDS - PAGE
SDS:Sodyum Dodesil Sülfat-anyonik deterjan

(-) yüklü SDS, proteinlerin kuarterner, tersiyer ve

sekonder yapılarını bozar, katları açılan peptid
zincir, SDS ile sarılarak misel görünümü kazanır
Zincirde yer alan her 2 AA artığına 1 molekül
SDS bağlanır  proteinlerin hepsi (-) yüklenir
 SDS - PAGE
SDS-PAGE ile proteinler, net yük ve şekillerine
göre değil, sadece molekül büyüklüklerine göre,
birbirinden ayrılırlar

SDS’in bağlanmasıyla , doğal yapısını kaybeden

proteinler, aynı şekil ve yük/kütle oranına sahip
olurlar  elektriksel alan içinde proteinlerin
hareketi sadece molekil ağırlıklarına bağlıdır
Daha küçük olanlar, daha hızlı sürüklenir
ve proteinlerin alt üniteleri birbirinden ayrılır
SDS-PAGE ÖRNEKLERİ
Molekül Ağırlığı Tayini
Standart nümune
Molekül ağ.(log)

nümune
protein

Sürüklenme hızı
 İzoelektrik Fokusing
• İzozimleri ya da özellikleri çok benzeyen
proteinleri ayırmak için kullanılır
izoelektrik
• pH gradienti oluşturulan jel üzerinde fokusing jel
elektroforez yapılarak, proteinlerin pI
değerleri tayin edilir 10
• pH gradienti:Küçük molekül ağırlıklı
organik asit ve bazları içeren bir amfolit
ya da amfolin (katyonik/anyonik polistren pH
elektrolitler) çözeltisi inkorpore edilen
jele elektrik alanı uygulanır
- + 4
pH 10 pH 4
 İzoelektrik Fokusing
• Amfolit çözeltisindeki H+ve OH- pH gradient
iyonları, biri diğerini nötralize
ederek sürüklenirken, jel
üzerinde pH gradienti oluşur

• protein karışımı
İzoelektrik jele uygulanıp
elektroforez yapıldığında,
karışımdaki her protein
kendi izoelektrik
noktasına kadar jel üzerinde pI:6.5
sürüklenir ve durur
 İzoelektrik Fokusing
Protein bandları
Relatif yük

pH

Proteinlerin elektroforetik titrasyon eğrileri

 Protein saflaştırmasında kullanılan
yöntemlerden bir veya birkaçı arka arkaya
kullanılarak protein saf halde veya safa
yakın bir şekilde elde edilmektedir.
 Proteinlerin Çözünürlüğü
Etkileyen faktörler • Sıcaklık
• pH
• Ortamdaki nötral tuzun iyonik gücü
İyonik güçTuzu oluşturan katyon ve anyonların
yük sayısı ile tuz konsantrasyonu
Salting-out:Yüksek tuz konsantrasyonlarında
hidratasyonu azalan proteinlerin presipitasyonu
Yüksek kons.lu tuz, kendi hidratasyonu için
ortamdaki suyu tutar  proteinin çözüneceği
ortam azalır
Presipitasyon: Çözünürlüğün kaybı
Çözelti içinde (presipitat) çökelek oluşumu
 Salting in / Salting out
Salting IN Salting OUT
• Düşük konsantrasyonlarda • Yüksek konsantrasyonlarda
(küçük iyonik güç) eklenen eklenen tuz, proteinlerin
tuz, yüklü proteinlerin çözünürlüğünü azaltır
çözünürlüğünü artırır • Çünkü, proteinlerin
• Protein üzerindeki yük çözünmesi için gerekli
etkileşimleri korunur çözücü(su) için yarışır
• [Düşük tuz], proteinlerin • [yüksek tuz] tarafından
hidrasyon kabuğu
presipitasyonunu önler
uzaklaştırılan protein, çöker
 FRAKSİYONEL PRESİPİTASYON
İyonik gücü gittikçe artacak şekilde farklı
konsantrasyonlarda tuz çözeltileri kullanarak,
karışım içerisinde bulunan çeşitli proteinlerin
birbirinden ayrılması
Polivalan anyon monovalan katyon
sülfat Na+
fosfat NH4+
sitrat
amonyum sülfat (NH4)2SO4
Salting out ile presipite edilen proteinler, doğal
yapılarını koruduklarından, denatüre olmaksızın,
yeniden çözünür hale getirilirler
Amonyum sülfat ile Fraksiyonel Presipitasyon

% 20 (NH4)2SO4 % 40 (NH4)2SO4

santrifüj

protein
çözeltisi
hedef presipitat
protein

Amonyum sülfat, Proteinleri

- Presipite eder (salting-out)
- Stabilitesini artırır(Kosmotropik iyon )
Proteinlerin Canlı Yapısındaki Önemi
1- Membranların, kas dokusunun, bağ dokusunun yapısal
elementidirler
2- Transport mekanizmasında görev yaparlar. Örn.
Hemoglobin molekülü oksijeni, sitokrom molekülü ise
elektronu taşımaktadır.
3- Proteinler kan dolaşımında serum albuminleri halinde
vücut sıvısının dengeli bir şekilde kalmasını sağlarlar
4- Enzimler ve hormonlar halinde metabolik olayların
düzenlenmesini sağlarlar
5- Nükleoproteinler halinde genetik yapıda yer almaktadırlar
6- vücut savunma mekanizmasında gama globulinler halinde
antikorların yapısında yer alırlar.
Primer protein yapısı;
aminoasit dizisi

Sekonder protein yapısı;

amino asit dizileri hidojen
bağlarıyla bağlanırsa

Tersiyer protein yapısı;

sekonder yapının
katlanmasıyla oluşur

Kuarterner protein yapısı;

bir amino asit zincirinden
fazlasını içerir
 Proteinlerin yapı taşları aa.
lerdir.Proteinlerin fiziksel,
kimyasal ve biyolojik özelliklerini,
bu yapıda yer alan aminoasitlerin
sıralanışı, özellikleri ve bu aa.lerin
yan zincirlerindeki moleküler
düzenlemeler belirlemektedir.
aa.lerin protein yapısında birbirini
takip eden dizilişleri primer yapı
olarak bilinmektedir.
a) Primer Yapı: Bir proteindeki amino asit dizisine denir.
Amino asitler birbirlerine kovalent peptid bağlarıyla
bağlanmışlardır. Bu bağ, bir amino asitin α-karboksil
grubu ilediğerinin α-amino grubu arasında bir molekül su
çıkışıyla kurulur. Peptid bağları, proteinleri denatüre eden
sıcaklık ve yüksek üre konsantrasyonu gibi durumlarda
kırılmaz. Ancak çok yüksek sıcaklıkta, uzun süre güçlü
asit ve bazlarla muamele edildiğinde kırılabilir.
Amino asitlerin peptid bağlarıyla bağlanmaları,
dallanmayan zincir ţeklindeki polipeptidleri oluţturur. Bir
polipeptidin her bir amino asidine bakiye (rezidü) denir.
Peptid bağı, parsiyel çift bağ karakterindedir, rijid ve
planardır ve bağ etrafında serbest rotasyon olmaz.
Genellikle trans şeklindedir, yüksüz ama polardır.
Proteinler belli bir amino asit dizisine
sahip polipeptitlerdir. Bu dizilime
PRİMER (BİRİNCİL) YAPI denir.
 Proteinlerin fonksiyonlarını eksiksiz olarak
yerine getirebilmeleri için sekonder, tersiyer,
kuaterner yapı şekilleri de önemli bir yer
tutmaktadır.
Peptid Bağı
 PEPTİDLER
• Lineer amino asit polimerleri
• Amino asitlerin -amino ve -karboksil
gruplarının peptid bağları ile
birbirlerine bağlanmasıyla oluşurlar
O
‖
Peptid Bağı -C–N- Amid Bağı
 (kovalent bağ)
H
 Peptid Bağı Oluşumu
Amino Peptid
R1 grup R1 Bağı

Karboksil R2 R2
grup
 Peptid Bağı Oluşumu
H CH3

H3N+ – CH – COO- H3N+ – CH – COO-

GLİSİN (Gly) ALANİN (Ala)

kondenzasyon H2O
reaksiyonu
H O Peptid Bağı CH3
‖
H3N+ – CH – C _ N – CH – COO-


H
Glisilalanin (Gly-Ala)
DİPEPTİD: GLİSİLALANİN

Glisin Alanin

C-terminal
N-terminal
Peptid
bağı Amid grubu düzlemi

Glisilalanin su
Peptidlerin Sınıflandırılması
AA sayısı Bağ sayısı Peptid
2 1 dipeptid
3 2 tripeptid
4 3 tetrapeptid
5 4 pentapeptid

n n-1 polipeptid
PEPTİDLER, peptid bağı sayısına göre
değil, AA sayısına göre sınıflandırılırlar
 Peptidlerin Sınıflandırılması

OLİGOPEPTİD: Birkaç AA(AA sayısı  10)

 
POLİPEPTİD:Birçok AA(AA sayısı 10 - 12)
  
PROTEİN: AA sayısı  40 (mol.Ağ: ~5000)
  Proteinler bir ya da daha çok polipeptid
zincirinden oluşabilirler
 Peptidlerin Özellikleri
Amino-terminal
N-terminal (sol)
Karboksi-terminal
(CH3)2 C-terminal (sağ)

CH CH3

CH2 O CH2 O HCOH

H3N+CH – C – NH – CH - C – NH - CH -COO-

Tripeptid: Fenilalanil – lösil - treonin (Phe-Leu-Thr)

Rezidü (amino asit artığı): Peptid/protein yapısına
katılan amino asit
Adlandırma: N-terminal(1) C-
 Peptidlerin Özellikleri

Amino-terminal Karboksi-terminal
N-terminal C-terminal
Tetrapeptid: Alanil-tirozil-Aspartil-Glisin
(Ala-Tyr-Asp-Gly)
 Peptidlerin İyonizasyon Davranışları
Fizyolojik pH’da,
• Peptid (amid) bağı: yüksüz
• Peptidler: yüklü
Peptid bağını oluşturan amino ve karboksil
grupları, peptidlerin asit-baz özelliklerine
katkıda bulunamazlar 
Peptidlerin asit-baz özelliği:
-Amino ve karboksi terminaller
-İyonize yan zincirlerin sayısı ve cinsi
Peptidlerde N- ve C-terminal gruplar,
aynı -karbon atomu üzerinde
bulunmadıkları için:
• C-terminal COO- grupları, türedikleri
amino asidin karboksil grubuna göre,
daha zayıf asittir (pK  )

• N-terminal +NH3 grupları, türedikleri

amino asidin amino grubuna göre, daha
güçlü asittir (pK  )
Noniyonize yan zincir taşıyan peptidlerin
İyonizasyon şekilleri
pH Alanilalanin İyonizasyon
CH3 O CH3
‖ Katyonik form
3 H3N+ – CH – C _ N - CH –COOH
H
 (+1)
CH3 O CH3
‖ İzoelektrik
pI H3N+ – CH – C _ N - CH – COO-

form ( 0 )
H
CH3 O CH3
‖
 10 HN2 – CH – C _ N - CH – COO- Anyonik form
H

(-1)
İyonize yan zincir taşıyan peptidlerin
İyonizasyonu
COOH +
NH3
CH3 O (CH2)2 O O CH2SH
(CH2)4
H3N+CH – C – N – CH – C – N – CH – C – N – CH – COOH
H H H
Alanil - glutamil - lizil - sistein
pH Net yük
3 +2
10 -3
7.4 0
Peptid bağının çift bağ karakteri
- O
O
C
+N
C N
Rezonans yapıları
H H

Kısmi çift bağ karakterine sahip olan

peptid bağı düzlemseldir
H H H

C N C N C N
C C C C C C

O OH O

Peptid bağı ve -C atomları aynı

düzlemde bulunur
 Peptid bağının düzlemsel
karakteri
Peptid bağları nedeniyle, polipeptid
zincirin 2/3’ ü sabit bir düzlem içinde
tutulur  Yarı-katı (sert) yapı

Protein yapısının düzenlenmesi
 Peptid bağının düzlemsel karakteri

Peptid bağının kısmi

çift bağ karakteri Bağ açıları ve uzunluklar
 Düzlemsel (hareketsiz) peptid
bağının etrafındaki atom grupları
cis/trans izomerizm gösterirler,
H

C 
C C
C N C N
C
O O H
Trans Cis
(Tercih edilen (x-pro sıralanışı)
konfigürasyon)

Komşu -C atomları arasındaki

uzaklık: 0.3 nm
 Alfa - Karbon Etrafında Rotasyon
Peptid bağı düzlemi hareketsiz olmasına rağmen,
 - karbon etrafındaki rotasyon polipeptid
zincirine esneklik kazandırır
Amid
düzlemi
-karbon Amid düzlemi

Protein iskeleti boyunca

rotastonu sağlayan bağlar
 Peptidlerin Kimyasal Reaksiyonları
• Asit / Baz Hidrolizi
6 M HCl
Peptid/Protein Serbest Amino Asitler
110°C, 24 h

AA1 AA2

Peptid bağı hidrolizi, proteinlerin AA

dizisinin belirlenmesi için gerekli bir
basamaktır
Peptidlerin Kimyasal Reaksiyonları
• Enzim Hidrolizi: Proteazlar
-Endoproteazlar
Tripsin, Kimotripsin, pepsin
-Ekzoproteazlar
Aminopeptidaz, Karboksipeptidaz
-Papain (in vitro şartlar)
 Fizyolojik Olarak Aktif Peptidler
Peptid AA sayısı AA Dizisi
Karnozin dipeptid Histidil-ß-alanin
Anserin dipeptid Kas
Metilhistidil-ß-alanin yapısı

Glutatyon tripeptid -Glutamil-sisteinil-

(GSH) glisin
Plazma proteinlerinin
Bradikinin nanopeptid hidrolizi ile açığa çıkarlar
Kallidin dekapeptid -Düz kasları gevşetir
(Lizil-bradikinin)
-Antienflamatuvar
Proteinlerin
Proteinlerin Primer
Primer Yapısının
Yapısının Tayini
Tayini
1-Bireysel polipeptid zincirlerinin elde edilmesi
2-Bireysel polipeptid zincirlerinde
- Amino asit bileşiminin tayini
- N - ve C- terminal AAlerin tayini
3-Bireysel polipeptid zincirlerinin daha küçük
zincirlere parçalanması
4- Küçük zincirlerde sekans analizi
 Bireysel
Bireysel polipeptid
polipeptid zincirlerinin
zincirlerinin
elde
elde edilmesi
edilmesi
OLİGOMERİK proteinler, non-kovalent bağlar
ve disülfid köprüleriyle birleşmiş, birden fazla alt
üniteden oluşurlar
Analizi yapılacak protein, OLİGOMER olduğu
takdirde, primer yapının tayininde ilk adım;
bireysel polipeptid zincirlerin elde edilmesidir
 Bireysel
Bireysel polipeptid
polipeptid zincirlerinin
zincirlerinin
elde
elde edilmesi
edilmesi
1- Hidrojen bağlarının koparılması
Proteinler,üre,guanidin HCl, vb
ajanlar ile denature edilir
2- Disülfid köprülerinin yıkılması
Oksidan/ redüktanlar ile sistin yapısındaki
S-S bağı kırılır
3- Subüniteler birbirinden ayrılır
• SDS-PAGE
• Kromatografik yöntemler
Bu işlemlerin sonucunda, primer yapı bozulmaksızın,
polipeptid zincirleri birbirinden ayrılmış olur
 Disülfid köprülerinin yıkılması
Oksidasyon (ör: Performik asit ile sisteik asit yan zincirleri oluşur.)
O
HCOOH
S S SO3H HO3S

zincir A zincir B zincir A zincir B

Sülfidril bileşikleri ile Redüksiyon
(ör: 2-merkaptoetanol, Ditiyoeritritol(DTT)

S S SH HS

zincir A zincir B zincir A zincir B

 Disülfid köprülerinin yıkılması
Oksidasyon (ör: Performik asit)
O
O O
O N CH C O
N CH C O
N OCH C
CH C O H H
CH2
H CH2 CH2
CH2O O
SO3
S
S H C O+ O H SO 3
H C O O H
performik asit 2HSCH2CH2OH SO3
S performic Acid
S SO3 CH2
CH2 performic Acid H
CH C OCH2 N CH C O
CH 2
H H O
N CH C O
O N CH C O
O
O
 Disülfid köprülerinin yıkılması
Redüksiyon (ör: 2-merkaptoetanol)
O
O N
N CH C O H
N CH C O H
H CH2
CH2
O +
S 2HSCH2CH
+ 2OH2HSCH
SH
2HSCH2CH2OH 2CH2OH +
S SH
+ 2SCH2CH2OH
CH2 CH2 H
H H N
N CH C O N CH C O
O O
O
Amino Grubunun Teşhis Reaksiyonları
• Sanger Reaksiyonu
F
NHCH2 CONH
NO2 N-terminal AA NO2
H2NCH2CONH
+
NO2 HF NO2

Fluoro-dinitrobenzen Dinitrofenil AA kompleksi

(FDNB) (Sarı renkli)
 Bireysel
Bireysel polipeptid
polipeptid zincirlerinde
zincirlerinde
Amino
Amino asit
asit bileşiminin
bileşiminin tayini
tayini
Polipeptid zincir hidroliz edilir:

• Asit Hidrolizi (6 N HCl, 110 oC, 24 h)

Tüm peptid bağları kırılır

•Hidrolizatın Amino asit bileşimi (sayı ve tip),
otomatize katyon-exchange kromatografi
(amino asit analizör) veya HPLC ile tayin edilir
•Kolondan elüe edilen amino asitler,ninhidrin
ile reakiyona sokularak, amino asit tiplerinin
kantitif tayini yapılır
•Amino asitlerin ninhidrin ile verdikleri mavi
mor rengin şiddeti, miktarlarıyla orantıdır
•Amino asit analizörler ile amino asitlerin
zincirdeki sırası ve her bir amino asitin
absolu miktarı belirlenemez
 Otomatize amino asit analizörden elde
edilen Kromatogram

absorbans

Elüat volümü
 Bireysel
Bireysel polipeptid
polipeptid zincirlerinde
zincirlerinde
N-
N- ve
ve C-
C- terminal
terminal AAlerin
AAlerin tayini
tayini
N-terminal amino asit tayini
-Sanger reaksiyonu (FDNB)
-Edman reaksiyonu
(fenilizotiyosiyanat)
Bu reaksiyonların ürünleri, otomatize yöntemler
veya HPLC ile tayin edilerek, her seferinde
N-terminal sırada bulunan amino asitin kimliği
belirlenebilir
 C-terminal amino asit tayini
Karboksipeptidazlar, polipeptid zincirinde
C-terminal amino asidin yapmış olduğu
peptid bağını koparan ekzopeptidazlardır

Polipeptid zincir, karboksipeptidaz enzimleriyle

inkübe edilir ve otomatize yöntemlerle
serbetleşen amino asidin kimliği belirlenir
 Karboksipeptidazlar

• Karboksipeptidaz A: Arg, Lys, Pro dışındaki

diğer AAlerin yaptığı C –terminal peptid
bağını koparır
• Karboksipeptidaz B: Sadece C-terminal Arg
ve Lys amino asitlerini ayırır

• Karboksipeptidaz C Tüm C-terminal

• Karboksipeptidaz Y bağları koparır
 3-Bireysel
3-Bireysel polipeptid
polipeptid zincirlerinin
zincirlerinin
parçalanması
parçalanması
Primer yapının otomatize analizi için, polipeptid
zincir üzerinde sınırlı sayıda, spesifik hidrolizler
(peptid bağı koparılır) yapılır. Böylece, 20-60 AA
içeren daha küçük zincirler elde edilir
Kimyasal ve Enzimatik Hidroliz
R1 O R2 O R3
C C N C C N C
H H H H H
Polipeptid zincirinde R2 Amino Asitin yaptığı peptid bağının
karbonil tarafı  (CO)
amin tarafı (NH)
 Kimyasal Hidroliz
Reaktif Hidroliz noktası
Siyanojen bromür Met (CO) tarafı

O-İyodobenzen Trp (CO) tarafı

Hidroksilamin Asn - Gly

• Metiyonin, polipeptid zincirlerinde nispeten seyrek
bulunduğundan, CNBr ile hidroliz sonucunda,
istenilen büyüklüklerde peptidler oluşur
• Zincirdeki sistein artıklarının CNBr ile reaksiyon
vermemesi için, iyodoasetat ile bloke edilir
İyodoasetat ile Asetilasyon
redüksiyon

Reversibl

iyodoasetat
ile asetilasyon

asetillenmiş
sistein artıkları Asetillendikten
sonra, irreversibl
CNBr ile hidroliz
 Enzimatik Hidroliz
Enzim (endopeptidaz) Hidroliz noktası
Tripsin Lys, Arg (CO) tarafı
Kimotripsin Phe,Trp, Tyr (CO)
Pepsin Phe, Trp, Tyr (NH)
Asp, Glu, Leu (NH)
Termolizin Leu, İle, Val (NH)
Tripsin ile Hidroliz
 Sekans
Sekans Analizi
Analizi

Polipeptidin Met, Trp, Arg, Asn noktalarında

hidrolizi, primer yapının tayini için, yeterli
uzunlukları sağlar
Bu parçacıklar, KROMATOGRAFİK
YÖNTEMLERLE birbirinden ayrılarak, AA.
dizilerinin tek tek tayinine geçilir
En az 2 farklı yöntemle kırılan peptid
parçalarının birleştirilmesi:
overlapping
CNBr ile hidroliz

Tripsin ile hidroliz

 PROTEİNLERİN FİZİKSEL VE KİMYASAL
ÖZELLİKLERİ   
Proteinlerin İyonizasyonu
Asidik ve bazik AAler nedeniyle, AMFOTERİK

+ +
+ +
+ OH
- + + -
+ OH

+ +
+
+ + +
+
+ + +
pH = pI
Asidik pH Net yük 0 Bazik pH
Net yük + Tüm özellikler minimal seviyede Net yük -
Proteinler presipite edilebilir
 Proteinlerin
Proteinlerin Titrasyon
Titrasyon Eğrileri
Eğrileri
3 pH bölgesinde incelenebilir
• pH 1.5-6.0 : Karboksil (-COOH, R- COOH)
• pH 6.0-8.5 : Histidin ve -NH3 grubu
• pH  8.5 : Lys’de -NH3 grubu
Tyr’de fenolik OH grubu
Cys’de SH grubu
Arg’de guanido grubu
Proteinler
fizyolojik şartlarda tamponlayıcı
özelliğini His (imidazol) ile gösterir
Proteinlerin
Proteinlerin Titre
Titre edilebilen
edilebilen Grupları
Grupları
grup pK pH 7’de yük
 - COOH 3.5 - 4.0 -
R - COOH 4.0 - 4.8 -
 - +NH3 8.0 - 9.0 +
İmidazol 6.5 - 7.4 0
Guanido 12 +
Tiyol 8.5 - 9.0 0
Fenol 9.5 - 10.5 0
PROTEİN
PROTEİNLERİN
LERİN 33 BOYUTLU
BOYUTLU YAPISI
YAPISI
PROTEİN
PROTEİNLERİN
LERİN 33 BOYUTLU
BOYUTLU YAPISI
YAPISI
1-Primer Yapı (1o)
2-Sekonder Yapı (2o)
-Alfa–heliks
-Beta–kırmalı tabaka
-Beta–bendler (kıvrım, dirsek)
-Tesadüfi kıvrılmalar(Random coil)
3-Tersiyer Yapı (3o)
4-Kuarterner Yapı (4 )
o
 1-Primer Yapı (1o)
H2N (
Amino asitler ) COOH
n
Protein yapısında
yer alan AA lerin,
bir düzen cins içerisinde
sıra
peptid bağları ile
bağlanması
Protein sekansı
Primer Yapı = Protein Sekansı
AMİNO ASİT SIRALAMASI

AA dizileri
N-terminal C-terminal
yönünde okunur
b) Sekonder Yapı:
Lineer dizide, komşu amino asitlerin
birbirleriyle olan ilişkileri ve düzenlenmeleri
sekonder yapıyı oluşturur. En önemli
özelliklerinden birisi, bir peptid bağının -CO
grubuyla, diğerinin -NH grubu arasında kurulan
hidrojen bağlarıdır.
Hidrojen bağları eğer, aynı zincir içindeki peptid
bağları arasında kurulmuşsa, α-heliks yapı
denilen yapılar oluşur. Bu spiral şeklinde, sıkı
paketlenmiş bir yapıdır.
Eğer hidrojen bağları farklı zincirlerdeki peptid
bağları arasında ise, β-tabakalı yapı
meydana gelir. Bu yapı, hem globüler hem de
fibröz proteinlerde bulunabilir.
 Paulling ve Corey 1951 de polipeptitlerin
sekonder yapısınıbelirtmek üzere 3 yapı şekli
önermiştir.
1) alfa- heliks yapı
2) beta- plakalı tabakalı yapı
3) Tesadüfi kıvrılmalar
• alfa -Helikste zayıf hidrojen bagı , bir peptit
peptit bagındaki elektronegatif azot atomuna bağlı
H atomu ile bu atomu ile bu peptit peptit bağından
sonraki dördüncü amino asidin karbonil grubunun
oksijen atomu arasında olusmaktadır.
• Bir peptit peptit zincirinin alfa -heliks
olusturabilmesi için ya sadece L veya sadece D
formunda a.asitleri içermesi gerekir
• Saç, kıl, tüy, yün, boynuz, tırnak, deri ve kus tüyü
gibi keratinlere dahil proteinler genellikle soldan
saga dönüslü alfa-heliks düzenlemesi gösterirler.
• Beta-tabakalı konfigürasyonu ise ipek
lifi gibi gerilmis protein moleküllerinde
görülmektedir.
• alfa– heliks ısı ve nemin etkisiyle beta-
plakalı tabakaya dönüsebilir.
SEKONDER (İKİNCİL) YAPI
Miyoglobinin üç
boyutlu yapısına
katlanmış biçimi.
Zincirde yer yer
sarmal katlanmalar
gözleniyor. İşte bu
tip kurallı
katlanmalar
SEKONDER
YAPIYI oluşturur.
-sarmal
-tabaka
 2- Sekonder Yapı (2 ) o

(PAULING ve COREY, 1951)

Primer yapıda birbirine yakın

olan AAlerin, molekül içindeki
düzenli ya da düzensiz
ilişkileri
Düzenli ilişkiler: periyodik olarak
tekrarlanan yapılar

-heliks
-kırmalı
tabaka
Düzensiz ilişkiler: random coil
(tesadüfi kıvrılmalar)
Sekonder Yapıyı Oluşturan Bağlar
- Disülfid Bağları
- Hidrojen Bağları
Disülfid Bağı: Sistein rezidüleri
arasında kovalent bağ
R – CH2– S – S – CH2 – R

Cys Cys
 Hidrojen Bağları
(+) H atomları ile (-) O atomları
arasındaki elektrostatik çekim gücü
Polipeptid zincirleri içinde veya arasında,
polar ve yüksüz, -OH, -NH, -NH2 grupları
ile -C=O arasında medana gelir
 -Heliks Yapısı
• Çubuğa benzer bir yapı
• Polipeptid zinciri bir ana
eksen etrafında kıvrılarak
devam eder
•Peptid bağları ve -Catomu

(eksene paralel) polipeptid

zincirin iskeletini oluşturur
•-C üzerindeki R grupları,
heliksin merkezinden
dışına
yan zincir
 -Heliks’in Özellikleri
• AA Rezidü = 1.5 A
Her AA,heliks ekseni boyunca
birbirinden 1.5 A uzaklıkta
H bağı bulunur
• 3.6 AA Rezidü / Dönüş
Her AA, 100 açı yapar
Heliksin her dönüşünde
3.6 AA rezidü (360), 3.6 AA bulunur
5.4 A
o

• Heliks Yüksekliği = 5.4 A

Heliksin bir tam dönüş
yapmasıyla gidilen uzaklık
1.5 A x 3.6 AA = 5.4 A
 -Heliks Eksenine Üst Bakış

1.5 A

5.4 A

• Primer yapıda aralarında 3- 4 AA’lik

uzaklık bulunan AAler, -heliks
ekseninde birbirine en yakındır
-Heliks Yapısında Hidrojen Bağları
H bağı

H bağı
H bağı

Hidrojen bağları, zincir içinde oluşur

Heliks zincirindeki tüm peptid bağları
hidrojen bağı oluşumuna katılır O
(- N -C-)
H
1.AA rezidü-NH Ardışık olarak
4.AA rezidü-C=O H bağları oluşur
 -Heliks Yapısında Stabilite
Bir polipeptid zinciri için:
- en düşük enerjili
- en kararlı -Heliks
(spontan oluşur)
- en dayanıklı yapı
G = negatif

H bağları, sayılarının çokluğu nedeniyle

heliksin dayanıklılığını artırır
Heliks zincirinin iç kısmında su
molekülü yoktur
 Süper-sekonder Yapı
Sarılmış Sarmal(Coiled Coil)Protein

İki ya da daha çok -heliks

zincirinin birbirlerine
sarılması
- Stabil,
- Enerjetik olarak
protein yapısına uygun
 Beta–kırmalı tabaka
(–konfigürasyon)

Buna Beta plakalı tabakalı yapı da denir.

• 2 – 5 polipeptid zincirinin paralel ya da
antiparalel birleşmesiyle oluşur
• Zincirler, tabaka/levha halindedir
• R grupları tabaka düzleminin altında
ya da üstünde yer alırlar
 Beta–kırmalı tabaka
• Polipeptid zinciri,
gergin-gerilmiş
durumdadır.
7.0 A
• AA Rezidü = 3.5 A
Her AA, -kırmalı tabaka
boyunca birbirinden 3.5 A
uzaklıkta bulunur
 Beta–kırmalı tabaka

HİDROJEN BAĞLARI
zincirler arasında oluşur
Stabilite, sayılarının çokluğu nedeniyle,
H bağları ile sağlanır
 Beta–bendler (kıvrım, dirsek)
• Proteinlerdeki -heliks ve -kırmalı tabaka
yapıları, -bendler ile birbirine bağlanırlar
• -bendler, zincirin yönünü
değiştirir( menteşe bölgeleri)
• -bendlerin varlığı,
polipeptidlerin globüler
kütleler oluşturmasını sağlar.
• -bend bölgelerindeki 1- 4
AA artıkları arasında H
bağları oluşur.
• Pro ve Gly sıklıkla bulunur
 Diğer olası
sekonder yapılar
 Tesadüfi kıvrılmalar
((Random coil)
•Proteinlerin, heliks, kırmalı tabaka veya -bend
yapmayan bölgeleri, gelişi güzel
helezonlar, kıvrılmalar şeklindedir.

• Düzlemler arasında belirli bir

ilişki ve H bağları yoktur

• Biyolojik fonksiyon bakımından,

diğer sekonder yapılarla aynı
öneme sahiptir
Sekonder yapısını kazanmış protein daha
da kıvrılıp katlanırsa
TERSİYER (ÜÇÜNCÜL) YAPISINI
kazanır.
c) Tersiyer Yapı:
Daha uzak amino asit bakiyeleri
arasındaki ilişkiyi yansıtır. Bir polipeptid
zincirinin primer yapısı tersiyer yapıyı da
belirler. Nonkovalan bağ olarak, hidrojen
bağları dışında, yapıda stabilizasyonu
sağlayan, hidrofobik interaksiyonlar ve yan
zincirlerdeki negatif ve pozitif yüklü
gruplar arasında iyonik etkileşimler de
vardır. Kovalan bağ olarak disülfid
köprüleri bulunur. Tersiyer yapı, polipeptid
zincirlerinin uzaydaki 3 boyutlu
düzenlenişini, dolayısıyla da proteinin
şeklini belirler.
• ikinci yapıyı olusturan alfa ve beta
konfigürasyonlar üst üste katlanır ve yumak
seklinde sarılırlarsa elipsoid bir yapı
gösterirler ki bu proteinlerin tersiyer
yapılarıdır.
• Bu durum ise ancak yan zincirlerin
reaksiyona girmesi ile mümkündür. Bu
etkilesimler zayıf hidrojen bağları, kovalent
bağlar, tuz bağları, iyonik bağlar ları, Van
der Walls Walls çekim ve itim gücü ile
sağlanmaktadır.
 3 -Tersiyer Yapı
-Heliks / -kırmalı tabaka
yapıları, üstüste katlanarak,

sarılarak veya kendi etrafında kıvrılarak

• yuvarlak şekillerde
Tersiyer Yapıyı
• elipsoid oluşturur
Tersiyer yapıyı oluşturan bağlar
• Hidrojen bağları
• Disülfid bağları
• İyonik (tuz) bağlar
(elektrostatik etkileşimler)
• nonpolar etkileşimler
• van der Waals bağları
 Polipeptid zincirin hücre
içinde (sulu ortamda ) ?
katlanması çok hızlıdır dakikalar
minutes

primer 100 nm x 0.5 nm, ~ 200 nm2

Su
molekülleri
tersiyer

3.45 nm
~ 37 nm2

Çok sayıda
hidrojen bağı
 Elektrostatik Etkileşimler
(İyonik Bağlar)

Yan zincirde

bulunan ve zıt
elektrik yükü taşıyan gruplar (asidik
ve bazik amino asitler ) arasında
 Elektrostatik Etkileşimler
(İyonik Bağlar)

G = negatif
+
+
+ +
+
+ +
+ +
+
+
+
Nonpolar yan zincirli AA ler, tersiyer yapının
iç kısmında bulunurlar ve su ile temas etmezler

H H
Ala C
H Val
H

C
H H C
H H
C H H
H

H
Ala
C
H

Ala
H

Asp

H C H van der Waals

C ve nonpolar
O O
etkileşimler
Nonpolar etkileşimler:
Nonpolar yan zincirler arasında

van der Waals bağları:

Birbirine yakın iki atom arasında
van der Waals etkileşimi:
Zıt dipollerin birbirini çekerek
nükleusları yaklaştırması
Tersiyer yapıyı oluşturan bağlar

 -
 Birden fazla polipeptit zincirinden oluşan
proteinlerde daha da ileri bir yapısal oluşum
vardır: KUATERNER (DÖRDÜNCÜL) YAPI
d) Kuarterner Yapı:
İki veya daha fazla polipeptid
zincirinden oluşan proteinlerin, bu
polipeptid alt ünitelerinin düzenlenmesiyle
oluşan yapıdır. Alt üniteler arasında
nonkovalent bağlar vardır. Herbir alt
üniteye protomer veya monomer denir.
• Benzer özelliklere sahip alt üniteler salkım
benzeri, topluluklar olusturarak dördüncü
yapıya neden olurlar. Bu yapı proteinin
polierizasyonunu yansıtan bir olaydır.
• Molekül ağırlrıgı 50.000 50.000 Da’dan
dan büyük proteinler kuaterner yapıya
sahiptirler.
• Fosforilaz-A dört alt üniteye sahip,
dördüncül yapıyı sergileyen bir proteindir.
Bu tür yapılarda alt üniteler kovalent
olmayan güçler ile birlesmislerdir.
• Hemoglobin, serüloplazmin trozinaz
trozinaz gibi globüler proteinler bu sınıfa
dahil olurlar.
 4 - Kuarterner Yapı
Primer, sekonder ve tersiyer yapıları
bulunan polipeptid zincirlerinin non-
kovalent bağlarla bir arada tutulması

Proteinlerin
polimerizasyonu

Protein-protein kompleksi: OLİGOMER

 Kuarterner Yapıda Protein
Ör: Hemoglobin dış görünüş modeli
zincir modeli

Hem
protein-protein
4 Globin Zinciri bağlanma bölgesi
(tetramer)
aynı 2 alfa globin zinciri
Hb’ i oluşturmak
üzere globin kompleksi
 bağlanır


 

aynı 2 beta globin

zinciri  


 Tetramer
Kuarterner Yapıyı Oluşturan Bağlar

4 monomer Protein-Protein kompleksi

Non-kovalent bağlar
hidrojen bağları
iyonik bağlar
Hidrofobik etkileşimler
 Konformasyonlarına göre proteinler 2 ye ayrılır:
Fibriler, globüler
• Globüler proteinler:
Albüminler,
Globülinler,
Globinler,
Glutelinler,
Prolaminler,
Protaminler,
Histonlar.
• Fibriler proteinler:
Keratin,
elastin,
fibrinojen,
miyozin.
 Globüler proteinler:
Sıkıca katlanmış helezon şeklinde polipeptid zincirlerden
oluşur
Proteinler sekonder yapıyı aldıktan sonra kendi içinde
katlanmalar yaparak küresel yapı alıyor.
Örnek: Albumin, Miyoglobin
(Proteinlerin büyük kısmı, bu gruptadır)
 Fibröz Proteinler:
•Spiral veya heliks şeklinde kıvrılmış,(kovalent ve
H bağlarıyla çapraz bağlanmış) zincirlerden
oluşurlar
Proteinler sekonder yapıyı aldıktan sonra bir araya gelerek çubuksu yapıyı
oluştururlar.

• Bitkilerde bulunmazlar.
Örnek: Bağ dokusu proteinleri:
Kollajen, Elastin, Keratin
Miyozin: Kas proteini
Fibrinojen:pıhtılaşma proteini
 Fibriler proteinler
1- keratinler
2- kollagenler
3- elastin
α keratinler α heliks yapısı gösterirler,sistin bakımından
zengindirler. Tırnak, boynuz gibi kırılgan dokularda
bulunur. β keratinler β plakalı yapı gösterirler. Sistin
içermezler. Örümcek ağlarında, ipek kozalarında
bulunurlar.
Kollajen:Birbirine sarılmış 3 polipeptid
zinciri (üçlü heliks)’nden oluşur
Memelilerde total proteinin %30’unu teşkil
eder deri kıkırdak tendon ve liflerde
bulunurlar.
Gly,Ala,Pro,Lys’den
zengindir B
Proteolitik A
enzimlere
karşı
dirençlidir C
 Elastin

• Bağ dokularının çoğunda,eklemlerde ana

yapısal element olarak bulunur. Prolin aa
açısından zengindir. Kan damarları
duvarlarında bulunur. Kan damarlarına
elastiklik kazandırır.
 Hemoglobin
Hemoglobin, kanda eritrositlerde bulunan,
kana kırmızı rengini veren, demir-porfirinli
bir bileşik proteindir
%g olarak kandaki hemoglobin
konsantrasyonunun normal değeri
yetişkin erkek için %14-18 g
yetişkin kadın için %12-15 g
çocuk için %12-13 g
yeni doğan için % 21 g kadardır
Porfirin halka sisteminin en basit temel maddesi
pirol halkasıdır.
Porfin halka sistemindeki pirol halkalarına
çeşitli yan zincirlerin eklenmesiyle porfirin
halka sistemi oluşur.

Asetil (A) ve metil (M)

küçük takılardır;
propiyonil (P), vinil (V),
etil (E) ve oksietil
(EOH) büyük takılardır.
Dört pirol halkası metenil (=CH-, metin)
köprüleri ile birbirine bağlanırsa porfin
halka sistemi oluşur
Porfirin halka sistemindeki pirol halkalarının N
atomlarına Fe, Mg, Co, Zn, Ni, Cu gibi metallerin
iyonlarının bağlanmasıyla metalloporfirinler diye
tanımlanan çeşitli porfirin bileşikleri oluşur
 Yapısı:
Hemoglobin yapı olarak birbirinden farklı olan iki çift globin
zinciri içerir. Tetramerdir. 4Hem+ 4globin

Hem molekülü; porfirin

Hb molekülünün 3 ve 4 boyutlu yapısı halkası ve Demir (Fe)
Eritrositlerde bulunan ve kana kırmızı rengini
veren hemoglobinin yapısında bulunan hem,
önemli bir demir-porfirin bileşiğidir
Hemoglobindeki 4 hemin her biri bir
protoporfirin III ve bir Fe2+ içerir

Hemoglobin,
molekülünde içerdiği
toplam 4 adet Fe2+
sayesinde akciğerlerden
dokulara O2 molekülü
taşıyabilmektedir. 1
hemoglobin molekülü
toplam 4 adet O2
molekülü bağlayarak
taşıyabilir
 Hemoglobin Bir demir porfirin veya heme grubu
içermektedir.4 peptid zincirinden oluşmuştur, 2 2
şeklinde. -zincirleri 141 aa lik zincirlerdir, -zincirleri
146 aa lik zincirlerdir. Reversible olarak oksijeni yüzeyine
bağlamakta ve tekrar serbest bırakabilmektedir. Molekülde
4 hem grubu vardır. Hemoglobinin görevi , akciğerin
oksijence zengin fazından oksijeni yüzeyine bağlayarak
oksijence fakir periferal dokulara taşımaktır.
Hemoglobine oksijen bağlama dengesi pH ile
değişmektedir.
HHb +O2 ↔HbO2 + H
Proton ortamda arttığı zaman denge sola kaymaktadır.
Proton ortamdan alınacak olursa bu kez denge sağa
kayacaktır. Bu etkiye “Bohr etkisi” veya “Bohr Effect”
denir
 Bir hemoglobin molekülüne 4 oksijen
bağlanabilmektedir.
Hb +O2 ↔HbO2
HbO2 +O2 ↔Hb(O2)2
Hb(O2)2 +O2 ↔Hb(O2)3
Hb(O2)3 +O2 ↔Hb(O2)4
Hemoglobini oksijen bağlamasında 2 model
öne sürülmüştür.
1) Kademeli Model
2) Simetri Modeli
 Koshland tarafından öne sürülen kademeli
modele göre; oksijenlerden biri bir subüniteye
bağlandığında subünitelerde bir konformasyon
değişikliği olmakta ve diğer subünitelerin oksijene
karşı affinitesi ( ilgisi) artmaktadır.
Mnod Wyman ve Changeux tarafından öne
sürülen simetri modelinde ise Bütün subüniteler
aynı anda oksijene karşı ya düşük ilgi ya da
yüksek ilgi göstermektedir.
X ışını analizlerinden elde edilen veriler simetri
modelini desteklemektedir.
Çeşitli hemoglobin tiplerinde bulunabilen polipeptit
zincirleri -zincir, -zincir, -zincir, -zincir olmak
üzere dört tiptir. Bir hemoglobin molekülünde bu
zincirlerden iki tür bulunur
Anormal hemoglobinler
• Hb S: HbA1’in -zincirlerindeki 6. amino asit glutamik
asit yerine mutasyon sonucu valin bulunan hemoglobindir
Hb S: Oksijensiz ortamda solubulitesi azalır;
çubuk benzeri lifler ve fibröz agregatlar oluşturur.
Hb S içeren eritrositler orak şeklinde görüntü
oluştururlar ve kolayca parçalanırlar oraklaşmış
eritrositlerin ince kapillerlerde dolaşımı
yavaşlatmasıyla tromboz ve emboliler gelişebilir
Hb S, orak hücreli anemi ( Hb S hastalığı)
olarak tanımlanan hemoglobinopatinin ortaya
çıkmasına neden olur. Eritrosit hücreleri orak
şeklini almaktadır.
 Oksihemoglobin (HbO2)
Oksihemoglobin, hemoglobin molekülündeki 4 Fe2+’e
akciğerlerde birer O2 molekülü bağlanması sonucu oluşan
hemoglobin bileşiğidir
Hemoglobin molekülüne akciğerlerde O2 moleküllerinin
bağlanması olayı, hemoglobinin oksijenasyonu olarak
tanımlanır
Bir hemoglobin molekülü, oksijenasyon olayı sonucunda
4 O2 molekülü bağlayabilmektedir
 Hemoglobinin oksijene affinitesi, oksijenin kısmi basıncına
bağlıdır
pO2 değişimine karşı hemoglobinin oksijenle %
satürasyonunu gösteren grafiklere hemoglobinin satürasyon
eğrisi veya oksihemoglobinin dissosiasyon eğrisi denir
 pH ve oksijen kısmi basıncı hemoglobinin
oksijen taşıma dengesi kontrol eden 2 temel
unsurdur. Eğer akciğerde oksijen kısmi basıncı
100mmHg basınca eşit ve pH derecesi çok yüksek
ise hemoglobin ancak % 96 oranında oksijen
bağlayabilmektedir. Eğer çevre dokularda oksijen
kısmi basıncı 45 mm Hg basıncına eşit,pH düşük
ve CO2 seviyesi yüksekse oksijen bağlanması
zayıflar ve % 65 doygunluk derecesine gelinceye
kadar yüzeyine bağlı oksijeni dokulara
bırakmaktadır. Böylece % 96 ve %65 oranlarında
oksijene doygunluk göstermektedir.
Akciğerlerde oksijenasyon olayı sonucunda
hemoglobine bağlanan oksijen, diğer dokularda
deoksijenasyon olayı sonucunda hemoglobinden
ayrılır
Oksijenin taşınmasında
ve depolanmasında
globinlerin rolü
Hemoglobin ve Miyoglobin
hayvanlarda sırasıyla, oksijen taşınması ve
depolanmasında görev alan proteinlerdir.
Hayvanlar yaşamak için hücrelerine oksijen
pompalamak ve metabolizma sonucu oluşan
artık ürünleri de (ör. CO2) dışarı atmak
zorundadırlar. Dokular arasında difüzyon ile
taşınma hızı yeterince yüksek değildir. Böcekler
hariç tüm hayvanlar kan (atardamarlar) yoluyla
dokulara oksijen taşır ve CO2’yi yine aynı yolla
(toplardamarlarla) dışarı atar. Kanda oksijen
taşıma görevi, değişik canlılarda farklı tipleri
bulunan oksijen taşıyıcı proteinler tarafından
sağlanır. Bu proteinler ya bazı omurgasızlarda
olduğu gibi kanda çözünmüş olarak bulunur, ya
da insan eritrositlerinde olduğu gibi belli
hücrelerde yoğunlaşır.
 Hemoglobine CO bağlanması
Hemoglobindeki Fe atomuna karbon monoksit (CO)
bağlanırsa:
Karbonmonooksihemoglobin (HbCO) oluşur.
Dokulara O2 taşıma yeteneği azalır.
(CO zehirlenmesinin temeli !)
Hemoglobinin CO’ne olan ilgisi O2’ne olan ilgisinden
220 kat fazla! Onun için ortamdaki çok küçük
miktardaki CO bile kanda toksik konsantrasyonda
HbCO oluşmasına neden olur.
%60’ın üzerinde HbCO ÖLDÜRÜCÜDÜR !!!
CO zehirlenmelerinde O tedavisi uygulanır.
 Miyoglobin
Miyoglobin, prostetik grubu hem olan bir
kromoproteindir Başlıca kırmızı kaslarda
özellikle kalp kasında yüksek konsantrasyonda
bulunur.153 amino asitten oluşan bir polipeptit
zinciri ve bir hem grubu içerir. Miyoglobin
gayet sıkı yapılıdır. Molekül içine 4 molekül
suyun girebileceği kadar boşluk
vardır.Moleküliçinde nanpolar aa. ler
bulunmakta, aa.lerin polar R grupları ise dışa
bakan yüzeyde,trozin, triptofan, threonin gibi aa
lerin polar olmayan uçları molekül içine
uzanmıştır. Prolin aa.bükülme yapan bölgelerde
bulunmuştur.
 İncelenen bütün hayvan türlerinde
miyoglobin polipeptit zincirinin kaba
konformasyonu aynı bulunmuş fakat aa
kapsamında farklılıklar vardır.
Miyoglobinin
hem
grubundaki
Fe2+, O2 ile
reversibl
olarak
bağlanabilir
Miyoglobinin oksijene affinitesi,
hemoglobinin oksijene affinitesinden fazladır
Ancak ağır egzersizden sonra oksijenin
azaldığı durumlarda kas dokusunun pO2’si 5
mmHg’ya kadar düşebilir ve miyoglobin kas
mitokondrisinde ATP’nin oksidatif sentezi
için kendisine bağlı oksijeni derhal serbest
bırakır
miyoglobin, kasta bir çeşit oksijen deposu
olarak işlev görür
Kaslarda bol miktarda bulunan
miyoglobin, kas yaralanmalarında kana
geçer ve idrarla atılır
İdrarla miyoglobin atılması
miyoglobinüri olarak tanımlanır; klinik
tanı açısından önemlidir
Yapılarına göre proteinler
 Proteinlerin
Proteinlerin Yapısı
Yapısı
Proteinler yapılarına göre,
3 grupta toplanırlar
• Basit proteinler
• Konjuge proteinler
• Türev proteinler
Basit proteinler
Hidroliz edildiklerinde sadece L--
amino asitleri veren,saf proteinler
Ör: Albümin

Türev proteinler
Isıtma, hidroliz, asidifikasyon, vb
işlemlerle modifiye olan proteinler
Ör: bazı pepton ve peptidler
 Konjuge proteinler
L--amino asitlerin yanı sıra,başka
kimyasal grupları (prostetik grup)da
içerirler
•Glikoproteinler: protein + COH grup
Karbohidrat(oligosakkarit) ünitelerini
içerirler Örnek: membran proteinleri
plazma proteinleri(globulinler),

•Nükleoproteinler: protein+nükleik asit

(histonlar) (DNA,RNA)
 Konjuge proteinler
•Lipoproteinler: protein + lipid
Protein:Apo(lipo)protein (Apo A,B,C...)
Lipid:Kolesterol,fosfolipid, gliserid
Örnek:Plazma Lp.leri ( HDL,LDL,VLDL)

•Fosfoproteinler: Fosfatlarla ester yapmış AAleri

içeren proteinler
örnek: Kazein-süt
Vitellin-yumurta sarısı)
• Glikoproteinler: Kollajen
• Proteoglikanlar
• Lipoproteinler
• Fosfoproteinler: Kazein
• Nükleoproteinler
• Metalloproteinler: Ferritin, transferrin,
seruloplazmin
• Kromoproteinler: Hemoglobin, miyoglobin,
sitokromlar, peroksidaz
 Konjuge proteinler

•Hemoproteinler:protein+hem
(ferroporfirin)
Ör:hemoglobin,miyoglobin,katalaz
•Metalloproteinler: protein + metal
Cu- seruloplazmin
Fe-transferrin, ferritin
Ca-kalmodulin
Zn-karbonik anhidraz
N-terminal C- terminal aa. tayini
Proteinleri saflaştırdıktan sonra bunların N-
teminal, C-terminal aa. Lerini tayin etmek için
öncelikle düz zincirli hale getirilmeleri
gerekmektedir. Eğer iki zincirli protein var ise
öncelikle zincirlerin birbirinden ayrılması gerekir.
Zincirleri birbirinden ayırmak için performik asit ve
β-merkapto etenol kullanılır. Böylece disülfit
bağları birbirinden ayrılır.
Polipeptid zincirlerinin ayrılması
N-terminal aa. tayini
C Terminal amino asit tayini
aa. dizisinin tayini
POLİPEPTİDLERİN LABORATUVARDA
SENTEZİ
 DENATURASYON

• Proteinlerin primer yapısı değişmez

(peptid bağları mevcut)
• Diğer yapılar bozulur(nonkovalent bağlar kopar)
• Biyolojik aktivite kaybolur

Kuarterner Yapıda denaturasyon:

• Subüniteler birbirinden ayrılır
• Subünitelerin tersiyer yapıları bozulur,
tesadüfü kıvrılmalar, bükülmeler meydana gelir
Peptid bağları koparılmadan bir proteinin 3 boyutlu
yapısının bozulmasına ve aktivitenin kaybolmasına
DENATÜRASYON denir.
 Denatürasyona sebep olan faktörler

• 50-60 derecenin üstündeki sıcaklıklar

• pH<4 ve pH>10; asitler, bazlar
• Alkol,eter,aseton gibi organik çözücüler
• Ağır metaller
• U.v. Fiziksel etkiler
• İyonik deterjanlar
Eğer protein kuarterner yapıya sahipse denatürasyon
koşulları altında 2 türlü değişme ortaya çıkar.
1- Proteinin subüniteleri birbirinden ayrılmaktadır.
2-Üç boyutlu yapı bozularak tesadüfi kıvrılmalar ve
bükülmeler meydana gelmektedir.
 Eğer denatürasyon ılımlı koşullarda
gerçekleşmiş ise bazan kuaterner yapıya sahip
proteinlerin sadece subüniteleri birbirinden
ayrılmakta fakat tersiyer yapı bozulmamaktadır.
Örneğin hemoglobin (α2ß2) tuz çözeltisinde αß,
αß olmak üzere subünitelerine ayrılır. Diyaliz ile
tuz ortamdan uzaklaştırılınca tekrar bu iki yapı
biraraya gelerek α2ß2 yapısına kavuşur.
Ancak denatürasyon daha keskin şartlarda
gerçekleştirilince denatürasyon geri
dönüşümsüzdür. Örneğin : yumurtanın pişirilmesi
ile yumurta akı proteini geri dönüşümsüz
denatürasyona (irreversible) uğramıştır.
 Proteinler bozulmuş durumda iken tekrar 3
boyutlu yapılarını kazanmaları ve yeniden
biyolojik aktivite göstermeleri olayına ise
RENATÜRASYON denir.
Tersiyer yapıdaki doğal proteinler üre, ß
merkaptoetanol ve guanidin HCl ile
muamele edilecek olursa polipeptid zinciri
açılır ve denatüre olur. Fakat ılımlı koşullar
hazırlanınca tekrar renatüre olarak 3
boyutlu yapılarını kazanırlar.
RENATURASYON: Reversibl Denaturasyon
Biyolojik aktivitenin yeniden
kazanılması
 KOAGÜLASYON: İrreversibl Denaturasyon