1

Bir açıklamanın ardından: ARSENİK BAKTERİLERİ

Prof. Dr. Ali Demirsoy, Hacettepe üniversitesi

NASA’daki bir görevli tarafından (Amerika Jeofizik Enstitüsü –

USGS-nde Astrobiyoloji Profesörü Felisa Wolf Simon) geniş bir tanıtımla
duyurulan yeni bir bakteri türü1, bilim dünyasında deprem yarattı
diyebiliriz. Bu güne kadar dünyada 20 milyon çeşit canlının olduğu
varsayılıyor ve bu canlıların hepsinin aynı kalıtsal birimlerden meydana
geldiği kabul ediliyordu. Çünkü evrimsel olarak canlıların tümünün aynı
yapıdaki moleküllerden evrimleştiği varsayılıyordu.

Ancak 01.12.2010 tarihinde Amerika’da, Kaliforniya’nın Mono

Gölü’nde (16 kilometre sahili var) bir bakteri bulunduğu ve bu bakterinin
enerjisini elde ettiği temel besin maddesinin arsenik olduğu açıklandı.

Mono gölü/Kaliforniya/Amerika

1
GFAJ-1: Halomonadaceae gamma probakteri ailesinden bir bakteri.
 2

Arsenik bakterisi (internetten)

Bunun yanı sıra biyoloji tarihine geçecek bir açıklama daha yapıldı.
Bu bakteriler kalıtsal moleküllerinde fosfor yerine arseniği
kullanıyorlarmış. Bir canlının özelliklerini aşağıda verilmiş olan molekülün
dizileri saptar ve bu dizilim evrenseldir. Yani elinizde dört ayrı (artı
RNA’da bir eki var) renkte boncuk vardır ve siz bu boncukları değişik
bileşimlerle dizerek çeşitli özellikler ortaya çıkarabilirsiniz.

A: Adenin (pürin), S: Sitozin (pirimidin), T: Timin (pirimidin), G: Guanin (pürin), Beş köşeli kırmızılar
deoksiriboz denen şekerler; en dıştaki beyaz ve siyah topuzlar da fosfat grubudur.
DNA'nın karşılıklı yer alan nükleotitli zincirinde her zaman guaninin karşısına sitozin, timinin karşısına
adenin nükleotiti gelir ve birbirlerine zayıf hidrojen bağları ile bağlanırlar.
Adenin ile timin arasında 2, guanin ile sitozin arasında 3 hidrojen bağı bulunur.
(http://turuncukafa.blogcu.com/dna-ve-rna/4394430)
 3

Bu boncukların her biri de kendi içinde birimlerden yapılmıştır. Bu üç

birimden ikisi canlıların tümünde aynıdır. Bunlara şeker (DNA’da
deoksiriboz, RNA’da riboz) ve fosfat grubu diyoruz (yukarıdaki şekilde
kırmızı köşeli parçalar ile siyah topuzlar). Herhangi bir canlının bu
molekülünde bulunan şekerini ya da fosfatını alıp başka birininkinde
kullanırsak hiçbir değişiklik ortaya çıkmaz. Buna evrensel alt birimler
diyelim. Ancak üçüncü birim farklıdır. Buna baz denir. Bazların da
sadece 4 (+1) çeşidi vardır; bunlar adenin, timin, guanin ve sitozin. Bazı
canlılar için kalıtsal molekül olan, çoğu canlı için de ara molekül olan
RNA’da timin yerine bir de beşinci baz olarak urasil denen bir baz
bulunur. Kalıtsal moleküldeki farklılığı sağlayan bu bazlardır. Dört farklı
bazın bir tespihteki dizilim gibi farklı şekilde birbiri ardına gelmesi
özelliklerimizi saptar. Bu boncuklardan bir insanda üç milyar kadar
olduğu; üç milyar boncuğun da 30.000 kadar özelliği denetlediği
bilinmektedir. Diğer canlılarda da sayı değişmekle birlikte benzer şekilde
özellik saptanması vardır. Böylece bir canlının kalıtsal diziliminin bir
kısmını uygun bir şekilde başka bir canlının kalıtsal dizilimi içine
yerleştirirsek, bu dizilim kusursuz bir şekilde konuk canlı tarafından
okunabilir.

Nukleotitlerin bir zincir gibi dizilişi

Gelmiş geçmiş bilinen canlıların tümünün bu sistemi taşıdığı

bilinmektedir. Harfleri bazlar, daktiloyu da boncukları dizen makine olarak
düşünürsek, aynı harflerden sayısız sözcük üretmek (anlamlı olanlar
korunur; anlamsız olanlar evrimsel mekanizmalarla elenir) ya da başka
bir tanımla 4 (+1) tuğladan çeşitli görünümde olan bina üretmek
mümkündür. Canlıların tümü geçmişte ve bugün bu şekilde tuğlalara
sahiptir ve tuğlalar birbirinden farklı olması bile tuğlaların dizilimindeki
 4

farklılıklar canlılar arasındaki yapısal ve işlevsel farkılılıkları ortaya

çıkarır.

Arsenik temelli bir kalıtım modeli, devrim yaratır

NASA’nın açıkladığına göre, Mono Gölü’nün tabanında yaşayan bir

bakteri türü, enerjisini elde etmede arseniği kullanıyormuş ve en önemlisi
de kalıtım molekülünde evrensel bir alt birim olan fosfatın yerine arseniği
kullanıyormuş. Bu ikisini ayrı ayrı incelememiz gerekiyor.

Enerjisini arsenik kullanarak elde eden canlılar mümkün mü?

Kimyada element tablosuna bakıldığında birbirinin altına gelen

elementlerde çoğunluk yakın benzerlik görülür. Pozitif ya da negatif
değerlikli olma, bağ yapma yeteneği ve hacimsel olarak benzer
büyüklükte olma gibi. Fosfor 15 atom numarası ile 3. sırada yer alırken,
arsenik hemen onun altında 33 numara ile yer alır. Yani çok benzerlerdir.

Bakteriler aldıkları besin maddelerine göre gruplara ayrılırlar.

Örneğin, Kemoorganotrofik bakteriler ve Kemolitotrofik bakteriler .
Bunlardan birincisi enerjisini organik maddelerden elde eder; diğeri ise
taş anlamına gelen litodan türetilen, yani inorganik maddelerden elde
eder.

Canlılar enerjilerini elde edebilmek için indirgenme-yükseltgenme

tepkimesini yapmak zorundadırlar. Bunun için en iyi bilinen madde
havayla birlikte soluduğumuz oksijendir. Besinlerden aldığımız hidrojenin
elektronu, bir merdivenin basamağından kademe kademe düşürülerek
oksijene aktarılır ve suya dönüştürülmesi ile sonlanır. Ancak buradaki en
önemli husus, hidrojenin elektronunda tutulmuş olan enerjinin, bu aktarım
sırasında yavaş yavaş kademe kademe dışarı alınıp, başka bir moleküle
 5

aktarılarak, depo edilebilen bir enerji molekülüne dönüştürülebilmesidir.

Canlılar dünyasındaki bu depo enerji molekülünün adı
Adenozintrifosfattır (ATP). Yani daha önce değindiğimiz kalıtsal
molekülümüzü oluşturan birimlerden biri olan adenine bir biri ardına 3
fosfatın bağlanmış halidir. Bu fosfatlardan çoğunlukla biri (o zaman ATP,
adenozin di fosfata yani ADP’ye dönüşür) ya da duruma göre ikisi (o
zaman ATP adenozin monofosfata yani AMP’ye dönüşür) molekülden
ayrıldığında önemli bir enerji açığa çıkar ve çıkan bu enerji diğer
kimyasal tepkimelerde kullanılır. Besin aldığımız ve bu besinlerdeki
hidrojenin elektronunu aktaracağımız bir alıcı bulduğumuz sürece, enerji
üretebiliriz ve bu enerjiyi ATP’den kopmuş olan fosfat ya da fosfatları
tekrar bağlayarak, akümülatör görevi yapan enerji depomuzu
doldurabiliriz.

Bir ATP’nin yapısı

Hidrojenin elektronunu alan uygun bir molekül olduğu sürece,

ortamın sıcaklığını yükseltmeden, kademe kademe enerji elde edilmesi
mümkündür. Burada esas olan, besin maddelerindeki enerjinin, birden
bire ortaya çıkmadan elde edilmesidir. Çünkü böyle bir durumda ortamın
sıcaklığı birden bire yükselerek diğer moleküllerin yapısını bozacaktır.
Örneğin temel enerji kaynağımız olan glikozu (üzüm şekerini) bir kabın
 6

içinde (örneğin kalorimetrede) yakarak 686 Kcal (enerji) elde edebiliriz.

Ancak hiçbir canlı bu sıcaklıkta ayakta kalamaz. İşte bu yakma işlemini
kademeli yaptığımızda, sıcaklık hiçbir zaman belirli bir derecenin
(örneğin insanda 37 derecenin) üzerine çıkmadan enerji elde edilebilir.
Biz buna yakma değil yıkma deriz. Bu işlem, hücre çekirdeği olmayan
canlılarda (Prokaryotlarda) hücrenin dış yüzünde yerleşmiş protonlar ile
iç ortamı arasındaki elektronların belli noktalarda buluşmasıyla; çekirdekli
hücrelilerde ise hücre içindeki mitokondrinin zarında aynı şekilde
kademeli elde edilir. Bütün bunların genel ismi biyoloji biliminde solunum
olarak bilinir. Son alıcı ortama göre de adlandırılır. Eğer son elektron
alıcısı oksijen ise oksijenli (aerobik) solunum yok eğer bir başka bir
molekülse o zaman da oksijensiz (anaerobik) solunum denir. Oksijensiz
solunumun alıcıları değişiktir. Bu alıcı kükürt ise kükürt bakterileri, demir
ise demir bakterileri, mangan ise mangan bakterileri, azot ise azot
bakterileri, hatta uranyum ise uranyum bakterileri adını alır. NASA’nın
son yaptığı açıklamada buna bir de arsenik bakterisi eklenmiştir.
Arsenikten geçiniyor sözü bundan kaynaklanır. Esasında oksijenli
solunum yapan canlıların da hemen hepsinde –daha oksijensiz solunum
evrimleşmeden ortaya çıkmış olan- sitoplazmanın içinde oksijensiz
solunum görülür. Glikoz, pirüvik aside kadar parçalanır. Buna biyolojide
“Glikoliz” denir.

Enerji elde etme sisteminin evrimleşmesi

Oksijensiz ortamda, henüz elektron taşıma sistemi ortaya çıkmadan

yapılan solunuma (enerji elde edilmesine), biyolojide glikoliz denir ve
daha sonraki canlıların hemen hemen tümünün sitoplâzmasında oksijen
kullanılmadan elde edilen enerji o günkü sistemin devamıdır. Bu solunum
sistemi büyük bir olasılıkla dünyada serbest oksijenin (sadece O ya da
 7

O2) henüz çıkmadığı (bundan yaklaşık 600 milyon yıl önce) dönemde
evrimleşmiş bakterilerde görülür. Bu grubun biyoloji bilimindeki genel
adlandırması Halomonadaceae gamma probakteri ailesi bakterileri olarak
geçer. Serbest oksijenin olmadığı ortamlarda evrimleşen bu bakterilerin
torunlarını ve akrabalarını bugün biz yine serbest oksijenin olmadığı
ortamlarda (kükürtlü, demirli, arsenikli, manganlı, azotlu vd) benzer ya da
kısmen değişmiş olarak bulabiliriz. NASA’lı araştırıcılar, arsenik
bakterilerini bulduk derken aslında yaşayan bir fosil bulmuşlardır.

Burada bilinmesi gereken çok önemli bir husus vardır. Hidrojendeki

elektron çıkarılıp da başka bir elemente aktarılırken basamak basamak
aktarılır ve her basamakta da enerji elde edilir. Bu durumda basamak
sayısı ne kadar fazla ise elde edilecek enerji de o kadar fazla olacaktır.
Biz buna redoks (indirgeme ya da oksitleme) potansiyeli diyoruz.

Son elektron alıcısının negatif elektrik potansiyeli (elektron tutma

yeteneği) ne kadar zayıfsa, merdivenin yüksekliği de o kadar kısa olacağı
ve az sayıda basamak içereceği için ortaya çıkaracağı enerji de o oranda
az olur. Doğal olarak bu merdivenin bazitten karmaşığa doğru bir
evrimleşme öyküsü vardır. Bu merdivenin anlaşılması arsenik bakterileri
de dahil birçok canlı grubunun besin ve enerji elde etme tarzını anlamaya
yarayacaktır. Merdivenin ilk basamağından başlarsak:

Glikoliz: Ortamda serbest oksijenin hiç bulunmadığı ve elektron

taşıma sisteminin henüz evrimleşmediği ilk dönemlerde canlıların enerji
elde etme yolu, bugün her canlının sitoplâzmasında aynen milyarlarca yıl
tekrarladığı gibi, oksijensiz enerji elde etme sistemi olarak bilinen
“Glikoliz”dir.

Milyarlarca yıl boyunca glikolize yıkılmak için giren molekül üzüm

şekeri olarak da bilinen glikozdur. Evrensel bir enerji kaynağıdır. Bir mol
glikozu kalorimetrede yaktığımız zaman 686 Kcal elde ederiz. Bu
 8

demektir ki bu molekülün enerji potansiyeli kimyasal olarak 686

Kcal/mol’dür.

C6H12O6 +6CO2 → 6CO2 + 6H2O ∆ G = -686 Kcal/mol

Canlılar enerjiyi doğrudan doğruya alıp kullanamazlar. İlk olarak bir

enerjinin bağ enerjisine döndürülmesi gerekir. Canlılar büyük bir olasılıkla
tek bir kökenden evrimleştikleri için, enerji deposu olarak kullandıkları
molekül de hepsinde aynıdır: Bu molekülün adı ATP olarak geçer.
Canlılar dünyasının depo enerji molekülü olarak bilinen ATP’den
(adenezin tri fosfattan) bir fosfor grubu ayrıldığı zaman ortaya 7.3 Kcal’lik
bir enerji açığa çıkar ve ADP’ye (adenozin di fosfata) dönüşür. Böyle bir
mekanizmayla sahneye çıkan canlılığın birden bire yüksek enerji verimini
bulması beklenemezdi. Öyle de oldu, ilk canlılar glikolizle yetindiler ve
verimleri de düşük oldu. Öyle ki:

Son elektron alıcısı glikolizin son ürünü olan pürivik asittir ve ancak
bir basamaklı bir düşüş sağlar. Redoks ya da oksitleme gücü yüksek
olmayan diğer alıcı ortamlarda da, aynen glikolizde olduğu gibi elektron
taşıma sistemine girmeyen enerji elde etme sistemlerinde ,verimlilik oranı
%2.04’de kalır. Çünkü glikolizde net iki ATP elde edilir ve bu da 2 x 7/686
x 100 = %2.04’de kalır.

Etenol bakterileri: Bir sonraki aşamada, pürivik asitten de enerji

elde edilmeye başlanır. Oksijensiz ortamda enerjisini elde eden
bakterilerde (örneğin alkol bakterilerinde) elektronların elektron taşıma
sistemine sokulmasından dolayı enerji verimi biraz daha yükselir. Çünkü
bu sonuncularda glikozun pürivik aside; pürivik asidin prüvat
dekarboksilazla asetaldehite, asetaldehitin ise alkol dehidrogenazla
etonola (ispirtoya) dönüştürülmesinden açığa çıkan enerji daha yüksektir,
yaklaşık 52 Kcal’dir.
 9

C6H12O6 (glikoz) → 6CH3CH2OH (etil alkol)+ ∆ G = -52 Kcal/mol

Litotrofik bakteriler de, yani besinini inorganik elementlerden elde

eden bakteriler de yaklaşık bu verimi kazanmıştır.

Mayalar: Başka bir hat üzerinde evrimleşen, oksijensiz solunum

yapan mayalarda enerji verimi yine düşüktür. Çünkü 52 Kcal’ın sadece
14 Kcal’sini enerjice zengin fosfat bağı halinde tutabildikleri için gerçek
verim:

14/52 x 100 = %26.9’dur. (Geri kalan 38 Kcal ısı enerjisi olarak

ortama verilir. Bu nedenle mayalanmalarda ortam ısısı yükselir).

Oksijenli solunuma geçiş

Bundan 600 milyon yıl önce fotosentetik bakterilerin ortaya çıkışı ile
dünyadaki oksijen miktarı ilk olarak %16’ya çıkar ve bakterilerin bir kısmı
oksijeni, elektronların en son alıcısı olarak kullanmaya başlayınca,
oksijenli solunum yapan bakteriler ve bunların bazılarının büyük
hücrelerin içine girmesi ile de çekirdekli canlıların enerjisini sağlayan
mitokondriler evrimleşir. Mitokondri, sitoplâzmadaki glikolizde bir molekül
glikozun yıkımından ortaya çıkan 2 molekül pürivik asitti alarak, hidrojen
atomlarındaki elektronlarının enerji düzeyini basamak basamak
düşürerek, en son alıcı oksijene aktarır ve bu aktarma sırasında üç yerde
ADP’nin fosfor bağlanarak ATP’ye dönüştürülmesi sağlanır ve sonuçta
bu yıkımdan bir çeşit kül olarak su ile karbon dioksit çıkar.

Asetik asit bakterileri: Ancak bu eşemeye gelinmeden bir ara grup

daha evrimleşmiştir. Bunlar da asetik asit (sirke bakterileridir). Bunlar,
oksijensiz evredeki alkol bakterilerinin evrimleşmiş formları olarak kabul
edilebilir. Ancak elektronların son alıcısı olarak oksijeni değil de asetik
asidi kullandığı için sirke bakterileri tamamen oksijenle solunum yapanlar
 10

kadar verimi çalışamaz. Çünkü merdivenin basamakları oksijende olduğu

kadar fazla değildir. Buna bağlı olarak oksitleme gücü (redoks
potansiyeli, indirgeme gücü) düşüktür. Bu nedenle elektron alıcısı düşük
redoks potansiyeline sahip olan canlılar hiçbir zaman yüksek aktivitesi ve
buna bağlı organizasyonu olan canlılara evrimleşemez. Evrenin her
yerinde de böyle olmalıdır.

Oksijensiz ortamlarda verimin düşük olmasının nedeni, geriye kalan

maddelerin hala önemli ölçüde enerji bağları içermesindendir. Örneğin
Etil alkol (ispirto) oldukça yüksek enerjiyi sahiptir. Asetik asitte enerji
düzeyi oksijen kısmen devreye girdiği için biraz daha düşer; oksijenli
solunumda ise tümüyle düşür.

CH3CH2OH Etil alkol) +O2 (oksijen) → CH3 COOH2 (asetik asit) +

H2O (su) = + Enerji

Bu durumda son elektron alıcısı asetik asittir; dolayısıyla bir miktar

enerji daha asetik asit içinde tutuklu kalmıştır.

Eğer sirke (ya da turşu) oluştuktan sonra ağzı kapatılmayıp da

oksijenle teması sürdürülürse, tam aerobik (oksijenli) solunum yapan
bakteriler devreye girerek asetik asidi de karbon dioksit ve suya kadar
parçalarlar. Bu sonuncu durumda son elektron alıcısı oksijendir.

CH3 COOH2 (asetik asit) + O2 →2CO2 + 2H2O= + Enerji

Çekirdekli canlılarda –Mitokondirisi olanlarda- enerji verimi

Oksijenin indirgeme, oksitleme ya da redoks potansiyeli çok yüksek

olması nedeniyle çok sayıda basamak içeren bir merdiven gibidir. Çok
enerji elde edilmesine olanak sağlar. Bu verim yani maddede
(besinlerde) saklı olan enerjinin depolanmış enerjiye dönüşme oranı
örneğin insanda yaklaşık %39 verimlilikle gerçekleşir. Çünkü bir molekül
 11

glikoz, glikoliz ve Krebs döngülerinden geçtikten sonra net 36-38 ATP

elde edilir.

Bir ATP molekülü bir ADP molekülüne dönüştüğü zaman ortaya

çıkan enerji 7.3 Kcal/mol olduğuna ve toplam enerji 38 x 7.3/ 686 x 100
olacağına göre, toplam enerji veriminin yüzdesi yaklaşık bu durumda
%39 olacaktır.

Bu son durumda son elektron alıcısı oksijendir ve dünya

koşullarında sistemden daha fazla enerji elde edilemez.

Burada bir şeyin çok iyi bilinmesi gerekir. Elektron en yüksek enerji
seviyesinden basamak basamak düşürülerek enerji elde edilir demiştik.
Örneğin insanda, elektron, elektro negatifliği (yani elektronu tutma gücü
en düşük olan NADH2’den (elektro negatifliği -0.32) başlar, bu nedenle
NADH2 en başta yer alır, sonra daha güçlü elektron negatifliği olan FAD
(-0.20 E’o) geliyor, sonra Kinonlar (yaklaşık +0.1) sonra sitokrom bc1
geliyor (yaklaşık +0.2), ondan sonra sitokromlar (+0.40) geliyor ve en
sonda da oksijen geliyor (elektro pozitifliği + 0.81). Canlılar dünyasında
kullanılmayan (belki de bulamadıkları için kullanmayı öğrenemediler) N2O
(+1.36) ve florun ise daha da yüksektir ve bunlar redüksiyon
potansiyelleri çok güçlü olanlardır.

Mitokondrinin elektron taşıma sisteminde birinci (NADH2, elektron

negatifliği -0.32 elektron volt) ile sonuncu elektron alıcısı (O, +81 elektro
volt) arasındaki potansiyel farkı bu durumda 1.13 volttur.

Eğer bu elektron akışından yüzde yüz yararlanılabilseydi 52.000

kalorinin elde edilmesi gerekecekti. (Δ G' = – nF Δ E formülünden).
Burada Δ G' serbest enerjideki değişim, ne elektron sayısı (2), F Faraday
(23.040 kalori) ve Δ E indirgenme potansiyel farkı (1.13 volt)'dır. Halbuki
 12

her elektron çifti için ancak üç ~ P üretilebilmektedir. Bu durumda

mitokondrilerdeki verim 21/52 = %40'dır.

Dinlenmekte olan bir insanın dakikadaki oksijen tüketimi yaklaşık

264 ml. olduğuna ve her oksijen atomu bir molekül su oluşturmak üzere
iki hidrojen atomuna ve iki elektrona gerek duyduğuna göre, vücutta,
dakikada, elektron taşıma sisteminden geçen elektron sayısının yaklaşık
2.86 x 1022 olması gerekir. Bir amper, dakikada 3.76 X 1020 elektrona eşit
olduğundan, vücuttaki elektron akımı 76 ampere denk demektir (100
vatlık bir ampulün bir amperden daha az akım kullandığını anımsayınız!).
Dinlenme sırasında vücudun elektriksel gücü 1.13 (elektron taşıma
sistemindeki potansiyel farkı) x 76 (vücutta oluşan amper) + bazı
dönüşüm faktörleri = 88 Wat'tır.

Sonuçta, elektron ve protonlar oksijenin üzerinde toplanarak suyu

oluşturur.

Bu akış sırasında protonlar hücre dışında (bu nedenle hücre yüzeyi

asidiktir), elektronlar ise hücrenin iç yüzeyinden gidiyor. Hücrenin zarına
yerleşmiş bir ucu dışarıda bir ucu içeride ATPaz enzimi olan yerlerde
protonlarla elektronlar birleşiyor yani devre kapanıyor ve ATP
sentezleniyor litotrofik bakterilerde bu zincirin üç yerine birer ATPaz
yerleşmiştir ve her birimde 3 ATP sentezleniyor.

Evrimsel gelişmeyi özetlersek: Aneorobik (oksijensiz) solunumda

(örneğin glikolizde) son hidrojen alıcısı hayvanlarda pürivik asit ya da
laktik asit; mayalarda etenol; sirke bakterilerinde asetik asit; bazı
bakterilerde gliserol ya da butanoldur. Memeli vücudunda alkol
dehidrogenazın olmamasından dolayı pirüvik asit etenola
 13

dönüştürülemez. Böylece vücudun zehirlenmesi de önlenmiş olur. Alkol

bakterilerinde bu enzim vardır.

Kemosentetiklere genel bir bakış: Kemosentetik bakterilerin bir

kısmı elektronlarını kükürt, demir, mangan, azot, uranyum ve benzer
elementlere son alıcı olarak aktarırlar. Bunu alabilmeleri için bu
elementlerin redükte formları olmalıdır (örneğin H2S ya da AsH2) Bu
elementlerin elektron tutma yetkinlikleri sınırlı olduğu için elde edilen
verim de düşük olur. Yaklaşık glikolizdeki gibi %2-3 oranında kalır. Eğer
elektronlarını bu elementlere alamayıp da bu elementlerdeki elektronları
besin kaynağı olarak kullanırlarsa; bu beslenmeye girer ve o adla
anılırlar.

Oksijen, gelişmemizi tetikleyen elementir

Oksijenli solunum yapanlarda son elektron alıcısı oksijendir. Daha

da fazla enerji elde edilebilir mi? Kuramsal olarak evet: Eğer flor ya da
NO2 solursak. Çünkü bu ikisinin de elektron tutma yetkinliği bu
saydıklarımızdan çok daha fazladır.

Oksijensiz bir ortamda, bizim gibi bir canlı var mıdır sorusunun yanıtı
hayır olacaktır. O zaman akla bir soru daha gelebilir. Pekâlâ,
organizasyon bakımından bizden daha gelişmiş canlı olabilir mi
sorusunun yanıtı: Olabilir. Ancak NO2 ya da florla solursa. Çünkü
periyodik cetvelde oksijenden daha güçlü redoks, oksitleme ya da
indirgeme potansiyeli olan element flordur; yani oksijene göre daha fazla
merdiven basamağı bulundurduğu için daha çok enerji elde edilmesine
olanak sağlar. Bu nedenle her şeyi oksitleyen oksijen florla ya da NO2’yle
aynı ortama getirildiğinde bu sefer oksijenin kendisi indirgenir, yani
oksitlenir. Bu nedenle bileşiklerin hepsinde oksijen eksi değerlikli olarak
 14

bilinir; ancak florlu oksijen bileşiğinde oksijen artı rolünü üstlenmek

zorunda kalır; çünkü flor onu oksitlemiştir (OFl2). Böylece böyle bir
basamak oluşturulmuş olsaydı, oksijendeki elektronu alabilecek bir
element bulunduğu için, elektron bir kademe daha düşürülebilecekti ve
birim besinden daha çok enerji elde edilebilmesi sağlanmış olacaktı. Bu
durumda birim besin maddesi başına elde edilecek enerji miktarı daha
yüksek olacağı için daha gelişmiş canlı olabilecektir. Ancak uzayın
taranmasında bugüne kadar atmosferinde flor taşıyan hiçbir gökcismi
bulunamadı. Bu da demektir ki, uzayın ikinci oksitleme gücü olan ancak
en yaygın elementi ile solunumumuzu gerçekleştiriyoruz. Bu da demektir
ki, uzayda bizden daha gelişmiş bir varlık aramaya kalkışırsak; sadece
bizden çok daha önce evrimleşmeye başlamış olanlar arasında
aradığımızı bulabiliriz.

Bütün yapılan bu araştırmalar neden önemli?

Çünkü yakın gök cisimlerinde yapılan araştırmalarda serbest

oksijenin olduğu bir gökcismine rastlanmadı. Gelişmiş bir canlıyı ilk 1000
ışık yılı çapındaki bir mekânda boşuna aramayalım. Ancak, atmosferi
kükürt ya da azottan oluşmuş ve benzeri alıcı elementleri sıvı halinde
bulunduran çok sayıda gökcismi saptandı. O halde buralarda, bizim gibi
milyarlarca yıl önce ortaya çıkmış ve bugün de kısıtlı ortamlarda
yaşamını sürdüren canlıların benzerini bulabiliriz.

O zaman aklımıza bir soru daha gelebilir. Bulup da ne olacak?

Özünde çok fazla bir şey de olmayacak. Ancak, araştırma amacıyla bu
gökcisimlerinde koloni kurmaya kalkıştığımızda, %2’lik randımanla da
çalışsa bizim için zehir etkisi yapan ya da uygun olmayan bu koşullarda,
bu canlıları birincil üretim için kullanabiliriz. Yani onlardan elde edilecek
organik bileşenleri yakıt başta olmak üzere, besin maddelerimize
 15

çevirerek ayakta kalabiliriz. Ancak hiçbir zaman dünyadaki bir okyanusun

ya da çayırlığın verimine ulaşamayacağımızı da başından bilmemiz
gerekir. Bu nedenle oksijensiz solunum yapan canlılar önemlidir. Bu
açıdan baktığımızda başta Jüpiter (IO, Europa, Callisto) ve Satürn
(Tethys, Titan, Calypso) gezegenlerinin uydularında bu tip canlılara
rastlanabilir.

Bir şeyi iyi ayırmak gerekiyor. Arsenik besin kaynağı olarak mı

kullanılıyor yoksa elektronun son alıcısı olarak mı?

Ne yazık ki NASA’nın bu konuda net bir açıklaması yok. Eğer son

elektronu alan element olarak arsenik kullanılıyorsa, bu, oksijenin yaptığı
görevi daha ilkel bir şekilde yapıyor demektir. Yani son elektron alıcısı
olarak kullanıyor demektir. Benzerini yapan çok sayıda bakteri biliniyor.

Bu durumda arsenik bakterileri, arseniğin redükte formunu (AsH2

gibi) okside edebilir. Doğal olarak da enerji verimleri çok düşük olmalıdır.

Eğer arsenik besin kaynağı olarak kullanılıyorsa, bu demektir ki,

bizim normalde glikozun hidrojenlerinden aldığımız elektronları (hidrojen
başına 2 elektron), inorganik maddelerden örneğin kükürtten, azottan,
demirden, mangandan ve arsenikten alıyor.

H2S →So’ye

So→SO4’e,

H2S +H2O →H2SO3 → H2SO3

NO2→NO3’e

NH3→H2O + HNO→HNO3

Fe+2→ F+3

Mn2→ Mn3
 16

As2→As3’e indirgenmesi ili bu elektronlar elde edilebilir (her birinden

ancak bir tane elektron). Bu canlılar bugün dünyamızda yaşamaktadır.

Bir yanılma ya da sansasyonel bir açıklama: Arsenik taşıyan DNA

Esasında NASA’nın açıkladığı yukarıdaki özellikleri taşıyan

beslenme sistemi çok büyük bir devrim yaratamaz. Çünkü beklenir.
Ancak, kalıtsal molekül olarak bilinen DNA’sının bir kısmı arsenikten
yapılmıştır açıklaması biyolojide yeni bir çağın başlaması demektir.
Doğrusunu isterseniz NASA’nın en yetkilisi tarafından bile açıklanmış
olsa, bunun doğruluğuna çok kuşkulu olarak yanaşmak gerekir. Büyük bir
olasılıkla da arsenik bileşimli bir kalıtım molekülü yoktur.

Gölde yüksek derişimde tuz ve arsenik bulunmaktadır. Ancak adı

geçen bakteriler fosforlu ortamlarda hızlı büyümektedir. Ancak biraz
fosfor olan ve arsenikli su içeren bir şişede de büyümesine devam
etmektedir.

Arizona Üniversitesinden Anbar ve Paul Davies adlı araştırıcılar

2009 yılında yayınladıkları bir makalede arseniğin periyodik cetveldeki
yakın element fosforun yerine geçebileceğini belirtmişlerdi. Yapılan bu
açıklamadaki bakterilerde de geçici olarak arsenik fosforun yerine geçmiş
olabilir.

Ancak kimyadaki periyodik cetvelde, fosforun hemen altında yer

alan arsenik, kimyasal tepkimelere girmesi bakımından fosforla çok
benzer özelliğe sahiptir. En önemlisi de atom büyüklüğü bakımından
hemen hemen aynıdır. Yani yap-bozdaki belirli bir boşluğa fosfat yerine
arsenik yerleşebilir. Kullandığımız birçok maddenin benzer şekilde
DNA’mızda beklenmeyen değişikliklere neden olduğu bilinmektedir. Biz
bunlara DNA hasarı da diyebiliriz. Çok yoğun arseniğin bulunduğu bir
 17

ortamda fosforun yerine arseniğin girmemesi için bir neden yok gibi
görünmektedir. Eğer siz bu tip canlıları alıp incelerseniz, DNA’sında
arsenik olan bir canlı tanımlarsınız; ancak kalıtsal molekülü arsenik
taşıyan bir canlı bulduk demeniz çok erken bir açıklama olur. Bilimde
bazen bu tip abartmalara rastlanır. Böyle bir molekülün kalıtsal şifreyi
gelecek kuşaklara aktardığına ilişkin bir kanıt bulunduğu açık değil.
Çünkü araştırıcılar, arsenikli DNA’nın yanı sıra fosfatlı DNA’ların da
bulunduğunu bildiriyorlar ve gelişmeleri için ortamda muhakkak fosfatın
olması gerektiğini bildiriyorlar. Bundan şu sonucu çıkarmak mümkün: Her
ne kadar arsenikli DNA’ya rastlanıyorsa da esas kalıtım görevini
üstlenmiş olanlar yine de fosfat taşıyan DNA’dır. Diğerleri bir anlamda
kısırlaştırılmış bireyler gibi sadece günlük yaşamını sürdürmektedir. Çok
büyük bir olasılıkla önümüzdeki günlerde böyle bir sonuca ulaşılacaktır.
Büyük bir olasılıkla kalıtsal materyali arsenik içeren canlı öyküsü masal
olarak bilim tarihine girecektir.

Arseniği enerji kaynağı ya da kalıp olarak kullanmak yetmiyor

Burada bir şeyin daha bilinmesi gerekiyor. Yaklaşık 3.5 milyar yıldır
sayısız bireyler ve ortamlar üzerinde yap-boz tarzındaki denemeler
canlıların belirli yapıları uyumlu bir şekilde geliştirmesini sağlamıştır.
Canlılar birim tuğlalardan oluşmuş ise, bunu yapanların, taşıyanların,
örenlerin, sıvayanların, kesip biçenlerin de o tuğlaya özelleşmiş
becerilerini geliştirmiş olması gerekiyor. Sizin arsenik girmiş demenizle iş
bitmiyor. Böyle bir molekülü sentezleyen mekanizmanın, çıkan ürünü
taşıyan ve yerini tanıyıp takan aracının ve benzer onlarca biyokimyasal
yolun de birlikte evrimleştiğini söylemiş oluyorsunuz. Biyolojinin temel
işleyişini değiştirecek böyle bir mekanizmanın birkaç kilometrelik bir
 18

gölün tabanında ya da kıyısında evrimleştiğini ileri sürmek korkarım ki

şarlatanlık olabilir.

Dilerim ki ben de dâhil bu konuda kuşkularını gizlemeyen birçok

bilim adamı yanılmıştır. (Amerika’daki uygulamalı Moleküler Evrim Vakfı
araştırıcılarından Steven Benner, arseniğin DNA ve proteinlerde yer
aldığı henüz kanıtlanmamıştır diye bir açıklama yapmıştır). arsenik
bileşimli kalıtsal molekülü olan bir canlı evrimleşmiştir. Böylece evrenin
birçok yerinde olabilecek canlıların yapısına ilişkin kalıplaşmış
tanımlarımızı değiştiririz; yeni ufuklar açabiliriz. Ancak bir biyolog olarak
şunu yine de söylemeden konuyu kapatmak istemiyorum. Eğer evrende
bir canlı arayacaksanız, onun esas moleküler omurgasının karbon, olmaz
ise olmaz elementlerden ilk beşinin hidrojen başta olmak üzere, azot,
kükürt, fosfor ve oksijen (belki flor) olması kaçınılmaz gibi görünüyor.
Bizden daha gelişmiş bir canlı bulmak istiyorsanız da ya bizden çok daha
önce evrimleşmeye başlamış uygun koşulları taşıyan bir gezegeni ya da
florla veya NO2’yle solunum yapmayı geliştirmiş bir canlıyı arayınız.

Prof. Dr. Ali Demirsoy

Sayın Kardeşim

Türkiye’nin sorunlarından bir türlü bilimdeki gelişmelere gelemiyoruz.

Neyse ki Wikileas ile eş zamanlı olarak NASA, biyoloji biliminde devrim
açacak önemli bir açıklama yaptı. Kaliforniya’nın Mono Gölü’nde arseniği
besin kaynağı olarak ya da solunum için kullanan bir bakteri bulduğunu
ilan etti.

Böyle bir şeyin olma olasılığı var mı, yoksa niye yok? NASA da mı
sansasyona başladı? Eğer böyle bir canlı varsa bu uzay çalışmalarını
nasıl etkileyecektir? Biyoloji bilimini yeniden yazmak mı gerekecektir?
Sorularınızın bir kısmını burada bulabileceğinizi umuyorum.
 19

06.12.2010 tarihinde saat 9.00-930Ankara Radyosunda yapmış olduğum

konuşmada NASA’nın arsenik bakterisi ile ilgili yapmış olduğu
açıklamanın bir yanılma ya da şarlatanlık olduğunu belirtmiştim. Nedenini
bir bilim adım sorumluluğu ile açıklıyorum

Biyoloji bilimini sevmiyorsanız okumayınız; ama silmeyiniz de.

Saygılarımla