Tufan Salan

08056034

ÖKARYOTİK DNA POLİMERAZLAR

Bir DNA polimeraz DNA ikileşmesini sağlayan bir enzimdir. Bu enzimler bir DNA
iplikçiğini kalıp olarak kullanır, onu okuyup, onun boyunca
deoksiribonükleotitlerin polimerizasyonunu katalizler. Yeni polimerleşmiş molekül
kalıp iplikçiği tamamlayıcıdır ve kalıp iplikçiğin eski eşi ile aynı yapıya sahiptir.

DNA polimeraz bir holoenzim olarak sayılır çünkü doğru işlev verebilmek için bir
magnezyum iyonuna gerek duyar. Magnezyum iyonunun yokluğunda ona
apoenzim olarak değinilir.

DNA polimeraz tek iplikçikli bir DNA'ya bağlanarak DNA ikileşmesini başlatır. RNA
polimerazdan farklı olarak, DNA polimeraz sentezlediği yeni iplikçiği sadece
nükleotitlerden başlayarak uzatamaz, ancak mevcut bir DNA zincirini uzatabilir.
Bu yüzden zincir sentezinin başı için yardımcı enzimlere gerek duyar. DNA
polimerazların bazı türleri hatalı ekledikleri nükleotitleri farkedip onları tamir
etmelerini sağlayan bir eksonükleaz yeteneğine sahiptir.

DNA polimeraz yeni uzayan bir iplikçiğin sadece 3' ucuna serbest nükleotitler
bağlayabilir. Bunun sonucu olarak yeni iplikçiğin uzaması 5'->3' yönünde olur.
Bilinen DNA polimerazlar arasında yeni bir zinciri tamamen başlangıçtan
oluşturma yeteneği olan yoktur. DNA polimeraz sadece mevcut bir 3'-OH
grubuna bir nükleotit ekleyebilir ve dolayısıyla ilk nükleotidi ekleyebileceği bir
başlatıcıya ("primer"e) gerek duyar. Primerler RNA ve DNA bazlarından oluşur, ilk
iki baz RNA'dır, ve primaz adlı başka bir enzim tarafından üretilirler. Helikaz
denen bir enzim ise, DNA'nın ikili sarmalını ters yönde burarak gevşetir ve onu
tek iplikçikli bir şekil almasını sağlar. Böylece DNA, yarı saklı ikileşmeye hazır
hale gelir.

Hata tamiri bazı polimerazların bir özelliği olmakla beraber hepsinde görülmez.
Bu süreç, yeni sentezlenen DNA'daki hataları düzeltir. Hatalı bir baz çifti
farkedilince, DNA polimeraz yönünü değiştirip bir baz çifti geriye gider. Enzimin
3'->5' eksonükleaz aktivitesi hatalı bazları kesilip çıkartılmasını sağlar. Bazın
çıkartılmasından sonra polimeraz doğru bazı uzayan zincire dâhil eder ve ikileşme
devam ede

DNA polimerazların yapıları evrim zarfında korunmuştur, yani bir türden başka bir
türe bu enzimler arasında pek az bir fark vardır. Korunmuş yapılar, hücre için
önemli, değiştirilemez işlevlere işaret eder, dolayısıyla bunların devamının
sürdürülmesi evrimsel bir avantaj sağlar.

Bazı virüsler ayrıca viral DNA'yı çeşitli mekanizmalarla ikileştirebilen özel DNA
polimerazlar kodlar. Retrovirüsler ters transkriptaz adı verilen olağandışı bir
polimeraz kodlar, bu RNA-bağımlı bir DNA polimerazdır. Bunlar DNA'yı
polimerleştirmek için bir RNA kalıp kullanılır.

Ökaryotik DNA polimerazlar

Ökaryotların en az 15 DNA polimerazı vardır:

• Pol α (eşanlamlı adları DNA primaz, RNA polimeraz): primaz olarak etkir
(bir RNA primer sentezler), ve sonra bu primeri DNA nükleotitleri ile uzatır.
Yaklaşık 20 nükleotit sonra uzama reaksiyonu Pol δ (öncü iplikçikte) veya ε
(gecikmeli iplikçikte) uzatma işlemini devralır.
• Pol β: DNA tamirinde görev alır, baz eksizyon tamiri ve boşluk doldurması
yapar.
• Pol γ: Mitokondrial DNA'yı ikileştirir ve tamir eder; 3'->5' eksonükleaz
aktivitesiyle prova okuması yapar.
• Pol δ: Yüksek derecede ilerleyicidir ve 3'->5' eksonükleaz aktivitesiyle
prova okuması yapar. İkileşme çatalındaki gecikmeli iplikçik sentezinden
sorumlu esas polimeraz olduğu düşünülmektedir ama bu konu hâlâ
tartışmalıdır.
• Pol ε: Bu da çok ilerleyici bir enzimdir ve 3'->5' eksonükleaz aktivitesine
sahiptir. Pol δ ile yakın akrabalığı vardır ve öncü iplikçik (İng. leading
strand) sentezinden sorumlu esas polimeraz olduğu düşünülmektedir
ancak bunun rolü hakkında da tartışma sürmektedir.
• η, ι, κ, ve Rev1, Y ailesi DNA polimerazlarıdır. Bu polimerazlar DNA zarar
bölgelerinin atlanmasında işlev görürler.
• Başka ökaryotik polimerazlar da bilinmektedir ama bunlar iyi
tanımlanmamıştır: θ, λ, φ, σ, ve μ. Başka polimerazlar daha vardır ama
bunlar isimlendirilmesi halen yerleşmemiştir.

Bu polimerazların hiçbiri primerleri çıkaramaz (5'->3' eksonükleaz aktivitesi

yoktur); bu fonksiyon başka enzimler tarafından sağlanır. Sadece uzamadan
sorumlu polimerazların (γ, δ ve ε) prova okuma yeteneği (3'->5' eksonükleaz
aktivitesi) vardır.

Biyoteknolojide önemi

Laboratuvarda DNA polimerazlar çoğu zaman polimeraz zincir reaksiyonu için

kullanılırlar. Bu amaç için kullanılan polimerazların yüksek ısıya dayanıklı olması
ve hata düzeltme (prova okuma) fonksiyonu olması gereklidir, bu yüzden yüksek
ısıda yaşayabilen canlıların (örneğin Thermus aquaticus) DNA polimerazı veya
onun yapay türevleri kullanılır. DNA polimeraz ayrıca DNA dizilemesinde de
kullanılır.