DNA Onarm Mekanizmalar

Yrd. Do. Dr. zgr ALDEMR

Tbbi Genetik A.D.

DNA onarm mekanizmalar-I

DNA onarm mekanizmalar 2 grupta incelenir.
1. DNA hasarn oluturan kimyasal reaksiyon dorudan geri
evirilmesi.
2. Hasarl bazlarn yeni sentezlenen DNA ile deitirilmesi.

DNAda oluan birok hasar, hasarl bazlarn uzaklatrlmasnn

ardndan, karlan blgenin yeniden sentezlenmesi ile onarlr.
DNA da baz hatalar, direk olarak hasarn geri dndrlmesi ile
onarlr ki bu, sk grlen, zgn DNA hasarlar meydana gelir.

nsan DNA onarm ile ilikili yaklak 130 gen bilinmektedir.

1. DNA onarm sinyal iletimi ve onarmn dzenlenmesi ile ilgili
genler
2. Hatal eleme onarm, baz karma onarm, nkleotid
karma onarm ile ilgili genler
DNA ift sarmal onarm yolak vardr.
1.Homolog Rekombinasyon
2.Non-homolog Rekombinasyon
3.Oksidatif hasarn onarm: Bu tip hasar onarm iin zel
glikozilazlar rol oynar.

Baz hasar Onarm Trleri

Dorudan geri dndrlmesi onarm en kolay yol gibi
grnmesine ramen termodinamik nedenlerden dolay geri
dnmesi mmkn deildir. Baz durumlarda enzimle
gerekleen tek adml reaksiyon ile hasar onarlr.
Baz karma onarm hcreler birok kimyasal deiiklik
kendine zg bir onarm mekanizma gerektirir. Birok
kimyasal hasar tipini dzeltebilecek genel bir onarm
mekanizmasna ihtiya duyarlar.

 Ayrca zgl DNA hasar zellikle

kalnmasyla timin dimerleri oluur.

UV

maruz

UV n ile uyarlan en yaygn DNA hasar, ayn DNA iplii

zerinde komu iki primidinin 5. ve 6.karbonlarnn ift ban
doyurulmas sonucunda siklobutan halkasyla birlemesiyle
oluur.
Timin dimerlerin oluumu, DNA zincirinin yapsnda
bozukluklarna neden olur ve hasarl blge replikasyon ve
transkripsiyonu durdurur. Hcrenin onarlmas UV ye
dayankll ile ilgilidir.

UV
ile
uyarlan
primidin
dimerlerinin
onarm
mekanizmalarndan biri, direk geri dntrlmesidir.
Siklobutan halkasnn krlmas iin gerekli enerji ktan
eldesine fotoreaktivasyon denir.

Eksizyonla DNA onarm

Urasil ieren DNA nn onarm zel tip DNA hasarlarnn
onarmnda etkin yol ise, tek bazn tannp DNA mol. kesip
karlmas en iyi rnektir.
Urasil DNA sentezi srasnda nadiren timidin yerine
katlabilir. DNA da sitozin deaminasyonu ile oluabilir. 2.
mekanizma tamamlayc baz eleme dzenini deitirmesi
ve bylece mutajenik etki gstermesi biyolojik olarak byk
nem tar.
DNA daki urasil, deoksiriboz ile baz arasnda ba koparan
DNA glikozilaz araclyla karlr. DNA glikozilaz adenin
deaminasyonu ile hipoksantin, primidin dimerleri, O6 metil
guanin dnda alkilenmi prin ve oksidasyon veya iyonize
radyasyon ile hasarlanan bazlar tanr ve uzaklatrr.

 DNA glikozilazlar, sadece spesifik

hasarl baz tiplerini tand halde,
dier kesip-kararak
onarm
sistemleri DNA moleklleri arptan,
UV ile birok kanserojenin etkileimi
sonucu DNAya eklenen geni
eitlilikte hasarlar tanr.
Hasarl bazlarn karlmas ilemine
nkleotid eksizyon onarm denir.
nsan DNA onarm sistemi ilk olarak
XP hastalarn kltrdeki hcrelerinin
nkleotid
karma
onarm
yeteneinden
yoksun
olduklar
gstererek bir bulu yapmlardr.

Nukleotid Kesim Tamiri

Primidin/siklobutan rnleri(UV)
Benz(a)purin guanin (sigara duman)
6-4 foto rnleri(UV)

Nukleotid Kesim Tamiri

DNA hasarnn saptanmas
Hasarn uzaklatrlmas

Eksik parann sentezi ve yaptrlmas

Nukleotid Kesim Tamiri

NER 2 alt yola vardr:
Transkripsiyon bal onarm (TGR)
RNA polimeraz II nin DNA lezyonu ile
karlat aktif olan onarmdr.

Global genomik
transkripsiyondan
onarm

onarm (GGR),
bamsz
olan

Nukleotid Kesim Tamiri

TCR ve GGR sadece ilk basamakta birbirinden farkldr.
GGR de hasarn tannma basamanda XPC/hHR23B ve
XPE proteinleri grev alr.
TCR de RNA polimeraz II hasar kendisi tanr. CSA ve
CSB proteinleri tanma aamasna katlrlar.

Nukleotid Kesim Tamiri

Lezyon tanmlandktan sonra her iki yolak birleir ve farkl
proteinlerin karlat reaksiyonlarla hasar uzaklatrlr.
XPA, RPA ve XPB, XPD helikazlarn komponentleri
XPF- ERCC1 ve XPG endonkleazlar

Nukleotid Kesim Tamiri

XPG nkleaz 3 blgesinde XPF/ERCC1 nkleaz ise 5 u
blgesinden DNA zincirini keser.

Hasarl blgeyi ieren 24-32 oligonukleotid serbest kalr.

 Global NER bozukluklar deri kanseri

yatknl olan
-Xeroderma pigmentosuma(XP)
sebep olur.

TCR bozukluklar ise

-Cockayne sendromu(CS)
-Trikotiodistrofi (TD) ye sebep olur.

Rekombinasyon Tamiri
DNA hasar dier tamir sistemleri ile tamir edilmise,
replikasyondan sonra aktif olan mekanizmadr.
Bir lezyon bulunduran DNA replike olurken, DNA polimeraz
nce lezyonda duraklar.
Hasarl blgeyi de iine alacak ekilde boluk brakarak atlar,
senteze devam eder.
RecA proteini, rekombinasyonel bir dei toku ile hasarsz
komplementer transfer eder.
Komplementer zincirde oluan boluk DNA polimeraz-ligaz
enzimleri sayesinde doldurulur.

SOS Tamiri
DNA hasarnn yksek olduu ve dier tamir
mekanizmalarnn da baarl olmad durumda devreye
giren acil cevap sistemidir.
DNA sentezi srasnda bir lezyonun zerinde atlamak yerine
DNA polimeraz lezyon karsnda replikasyonu devam
ettirmesini salar.
Fakat replikasyonun doruluundan fedakarlk edilir. Hataya
meyilli sistem de denir.

ift Zincir Krklarn Tamiri

Homolog rekombinasyon

Non-homolog rekombinasyon

DNA tamir sendromlar

DNA tamir mekanizmasndaki yetersizlik veya eksiklikler
insanda nemli kaltsal hastalklara yol aar.

Tamir mekanizmasna katlan enzim veya proteinlerin

gen defektlerine bal olarak insanda otozomal ressesif
kaltm gsteren DNA tamir sendromlar vardr.

DNA tamir sendromlar

Molekler
klonlama,
Cockayne
sendromu,
trichothiodystrophy ve UV duyarl kemirgen mutantlarnda
ve xeroderma pigmentosum(xp) da mutasyona urayan 7
farkl onarm geni tanmlanmtr.
XP hastalarn aksine Cockayne sendromlular, CSA ve CSB
nin transkripsiyon-onarm elenme faktrleri olmalaryla
uyumlu ekilde
oluur.
DNA replikasyonu srecinde yanl elemi bazlar tanr.
Birok yanl elemi baz kendi yanln dzeltme
aktivitesi ile uzaklatrlr. Yeni sentezlenmi DNAy yanl
eleme onarm ile dzeltir.

Xeroderma Pigmentosum (XP)

DNAnn UV a ar hassasiyetine
bal olarak gelien bir genetik temelli
deri hastaldr.

Kiilerde gnee ar hassasiyet, UV

den etkilenen blgelerde eitli deri
kanserlerinin
oluumuna
yatknlk
gzlenir.
Molekler mekanizmasnda, UV ile
hasarlanan DNA nn onarlamamas,
bozuk eksizyon (kesip-karma) enzimi
veya bozuk helikaz enzimi olduu tespit
edilmitir.

DNA tamir genleri

lk kez mayalarda radyasyona hassasiyet genleri olarak
bulunmu ve RAD genleri olarak isimlendirilmitir.
nsanda da DNA tamir genleri olarak bilinen ve
hasarland zaman yukarda verilen sendromlara neden
olan genlerden bazlar ve rnleri unlardr,
Gen
XPA
XPB
XPC
XPD
XPF
XPG

rn
Hasar tanma enzimi
Helikaz
DNA ya balanan proteinler
Helikaz
5 nukleaz
3 nukleaz

Disease

Main clinical features

Cellular characteristics

Cloned genes

Fanconi
s anemia (FA)

Bone marrow deficiency.

High incidence of leukemia.
Anatomical defects.

High frequency of spontaneous

FAA
chromosomal aberrations.
FAC
Hypersensitivity to cross-linking agents.
High recombination activity.
Abnormal induced apoptosis.
Five complementation groups.

Bloom syndrome (BS)

Sunlight hyper sensitivity.

"Butterfly" lesions on the face.
High incidence of malignancies.
Retarded growth.

Spontaneous chromosomal instability.

Slow cellular growth.
DNA replication affected.

BLM*

Werner syndrome (WS)

Premature aging.
Retarded growth.

Hyperrecombination.
Defective DNA initiation and
chain elongation.

WRN*

Ataxia telangiectasia (AT)

Cerebellar ataxia.
Mental retardation.
Partial immunodeficiency.
Predisposition to malignancy.

Hypersensitivity to ionizing
ATM
radiation and some chemical agents.
Spontaneous chromosomal aberrations.
Radio resistant DNA synthesis

Hereditary nonpolyposis
colorectal cancer (HNPCC)

High incidence of colon cancer

Defective in DNA mismatch repair.

Increased microsatellite instability.

Hereditary breast cancer

High incidence of breast cancer

(may affect other organs as well)

hMSH2
hMLH1
hPMS1
hPMS2
Cells inactivated in one of these
BRCA1
genes are sensitive to ionizing radiation. BRCA2

Syndrome

Main clinical features

Cellular characteristics

Cloned genes

Xeroderma Pigmentosum (XP)

Sunlight hypersensitivity.
High incidence of skin cancer.
Frequent neurological abnormalities.
Premature aging.

Hypersensitive to and hypermutable

by UV and some chemical agents.
Eight complementation groups
(XPA to XPG and XPV).
Some patients are affected in
transcription coupled repair,
in overall repair, or both.

XPA
XPB*
XPC
XPD*
XPF
XPG

Cockayne syndrome (CS)

Sun sensitivity.
Mental retardation (microcephaly).
Dwarfism.
Normally no cancer is associated.

Hypersensitivity to UV and chemical agents.

Defective transcription after UV.
At least some patients have
defective transcription coupled
repair to oxidative induced damage.

CSA
CSB
XPB*
XPD*
XPG

Trichothiodystrophy (TTD)

Sensitive skin.
Brittle hair and nails.
Frequent physical and mental retardation.
Normally no cancer is associated.

Defective repair.
XPB*
Three complementation groups
XPD*
(including TTD-A, not cloned).
Normal immunological responses to
UV light (contrary to XP patients with mutations in the same
gene).

DNA Onarm ve Kanser

DNA onarmndaki hatalar genomda kararszla yol aar.
Kanserlerin ou tamir edilmemi DNA hasarndan
kaynaklanr.

Onarm sisteminde bulunan enzimlerdeki mut. Gibi kanserin

kaltsal trleriyle ilikilidir.
rnein, kaltsal non-polipozal kolorektal kanser, hatal
elemenin onarmndaki bozukluktan,kolorektal kanser ise
baz karma onarmnda bozukluktan kaynaklanr.
NER mekanizma bozukluk, gnee duyarllk ve UV
kaynakl cilt kanseri riskini arttrr. Meme kanseri, iyonize
radyasyona maruz kalma ile ilikilidir.