TRANSKRIPSI

PADA
PROKARIOT
Hikmah Suci Unjila 1513100059
Alkautsar Alivvy

1513100082

PERBEDAAN TRANSKRIPSI PROKARIOT

DAN EUKARIOT
Transkripsi dalam sel eukariotik jauh lebih rumit daripada di sel prokariotik.
Dalam transkripsi prokariot, satu jenis RNA polimerase yang terlibat,

sedangkan sel eukariotik memiliki tiga jenis RNA polimerase.

transkripsi Eukariota membutuhkan paket tambahan protein yang disebut

faktor transkripsi untuk mengikat RNA polimerase pada promotor, dan

mereka bukan bagian dari RNA polimerase, sedangkan transkripsi prokariot
membutuhkan faktor sigma untuk mengikat promotor.

promotor eukariotik memiliki lebih banyak variasi daripada promotor

prokariota.

Penghentian transkripsi membutuhkan faktor Rho pada prokariota,

sedangkan eukariota tidak perlu itu.

Gen prokariot diorganisasikan dalam satu sistem operon yaitu1 promoter

untuk mengendalikan seluruh gen struktural. Eukariot tidak ada sistem

operon , promoter bersifat spesifik.

SUBUNIT PADA HOLOENZIM RNA POLIMERASE

Subunit &
Gen

Massa
(kilo
Dalton)

Lokasi

Fungsi

I dan II
(rpo A)

40

Core
enxyme

RNAP
assembly

(rpo B)

155

Core
enxyme

Catalysis

(rpo C)

160

Core
enxyme

Catalysis

(rpo -)

Core
enxyme

RNAP
assembly

(rpo D)

32-90

Faktor
Sigma

Initiation

SUBUNIT PADA HOLOENZIM RNA POLIMERASE

Faktor :
Promoter E. coli diikat oleh 70 pada kondisi normal
Melakukan ikatan dengan sekuens DNA yang tepat dan

menginisiasi transkripsi pada promoter spesifik

Faktor sigma yang berbeda akan mengenali promoter yang

berbeda

Sigma dilepaskan saat RNA nasen telah selesai disintesis pada

inisiasi transkripsi, kemudian core enzyme melanjutkan

elongasi transkripsi

FAKTOR PADA E. COLI

Gen

Faktor

Fungsi

Sekuens -35

Jarak
Terpisah

Sekuens
-10

rpoD

70

umum

TTGACA

16-18 bp

TATAAT

rpoH

32

heat shock

CCCTTGAA

13-15 bp

CCCGATNT

rpoE

heat shock

not known

not known

not known

rpoN

54

nitrogen

CGTGGNA

6 bp

TTGCA

fliA

flagellar

CTAAA

15 bp

GCCGATAA

PROMOTER
Promoter adalah sekuens DNA yang terlibat dalam pengikatan

RNA polimerase untuk menginisiasi transkripsi

Faktor Sigma dari RNA polimerase akan secara spesifik

mengenali sekuens pada promoter, dan mengikat secara

spesifik pada promoter

PROMOTER
Pribnow Box:
Daerah yang terdiri dari 6 nukleotida (TATAAT)
Probabilitas kemunculan tiap nukleotida: T80A95T45A60A50T96
Center dari pribnow box biasanya terletak pada 10 bp pada
daerah upstream, sehingga biasanya disebut sekuens -10 (10
bp sebelum daerah transkripsi)

Recognition Region:
Sekuens yang terdiri dari nukleotida TTCACA
Probabilitas kemunculan tiap nukleotida: T82T84C78A65C54A45
Recognition Centernya terletak pada 35 bp pada daerah
upstream, sehingga disebut sekuens -35

PROMOTER
Sekuens konsensus pada -10

bp
Sekuens konsensus pada -35
bp
Start Point

INISIASI TRANSKRIPSI
1. Holoenzim terikat pada daerah promoter, membentuk

closed promoter complex sehingga DNA masih berbentuk

double helix
2. Closed Complex berisomerasi, dan menyebabkan

pembukaan DNA strand untuk membentuk open promoter

complex
3. Setelah pembukaan, hanya satu strand yang akan dicopy.

Sembilan basa pertama ditambahkan tanpa disertai

pergeseran RNA polimerase di sepanjang molekul DNA.
Sembilan basa pertama itu tidak stabil. Pada saat itu akan
terdapat peluang terjadinya aborsi untai RNA yang baru
terbentuk (Abortive Initiation)

INISIASI TRANSKRIPSI
4. Setelah inisiasi terjadi, faktor sigma akan

terdisosiasi
5. Disosiasi dari menyebabkan masuknya

protein NusA yang berfungsi membantu

elongasi, menyebabkan pausing dan
terminasi pada daerah spesifik DNA.
Sehingga core enzyme akan membentuk
konformasi yang baru, yang disebut
ternary elongation complex

ELONGASI TRANSKRIPSI
Setelah tahap inisiasi selesai, maka dilanjutkan dengan tahap

elongasi. Selama tahap elongasi,RNA polimerase (core

enzyme)memutuskan ikatan hidrogen, serta membuka lilitan
heliks ganda.RNA polimerasebergerak sepanjang molekul
DNA dan menghubungkan ribonukleotida-ribonukleotida ke
ujung 3pada molekul RNA yang sedang tumbuh, sesuai
dengan macam basa pada DNA yang menjadi cetakannya.
Proses ini berlangsung dengan arah polimerisasi dari ujung
5ke ujung 3.

 Selama berlangsungnya polimerisasi, bagian molekul RNA

yang telah terbentuk, secara bertahap terlepas ikatannya dari

untaian DNA pengkode, sehingga memungkinkan segera
terbentuknya kembali heliks ganda seperti semula. Dalam
hubungan ini bagian DNA yang terbuka, atau yang disebut
"gelembung transkripsi" hanya mengandung pasangan basa
RNA-DNA sejumlah antara 12 sampai 17

Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA sekitar

anatara 30 sampai 60 nukleotida perdetik, meskipun laju rataratanya dapat lebih rendah dari nilai ini

TERMINASI TRANSKRIPSI
(1)terminator yang tidak tergantung pada
protein rho(rho-independent terminator),
(2)terminator yang tergantung pada protein
rho(rho-dependent terminator).

RHO INDEPENDENT
Rho-independentyaitu terminasi ditentukan urutan nukleotida.

Dicirikan struktur jepit rambut /hairpinyang kaya akan basa GC

pada mRNA. Akibat struktur itu, RNA polimerase akan berhenti
dan merusak bagian dari sambungan (hibrid) DNA-RNA. Lalu sisa
hibridnya merupakan urutan oligo U (rU) yg tidak cukup stabil
berpasangan dengan A (dA) yang hanya mempunyai 2 ikatan
hidrogen.

Akibatnya lepaslah ikatan lemah tersebut dan RNA hasil

transkripsi lepas

RHO DEPENDENT
Rho-dependentyaitu terminasi memerlukan

protein rho. Faktor rho terikat pada RNA

transkrip yang kemudian mengikuti RNA
polimerase sampe ke daerah terminator.
Kemudian faktor rho melakukan destabilisasi
ikatan RNA-DNA hingga RNA terlepas