Aktinomisetlerin Biyoteknoloji, Genetik

Mhendislii ve Nanoteknolojide
Kullanm
Uur DEM
Bilecik eyh Edebali niversitesi
Fen Bilimleri Enstits / Biyoteknoloji Anabilimdal
Kasm 2015

erik
Aktinomisetler Hakknda Genel
Bilgi
Biyoteknolojide Aktinomisetler
Aktinomisetler
Mhendislii

ve

Genetik

Nanoteknolojide Aktinomisetler
Yrtlen almalar Hakknda
Bilgi

AKTNOMSETLER
Aktinomiset terimi aktis (n demeti) ve mykes (mantar) kelimelerinin birlemesiyle olumutur ve bu terim organizmalarn morfolojileri dikkate alnarak verilmitir (Liman, 2007).
Aktinomisetler gram pozitif organizmalardr. Morfolojileri ve yksek G+C ierikleri aktinomisetleri dier organizmalardan ayran
zelliklerdendir.
Aktinomisetlerin en belirgin zellii filamentli hiflere sahip olmalar
dr. ou aktinomiset kolayca tespit edilebilen ve havaya kolay bir
ekilde yaylan sporlar retirler (Lacey, 1997). Aktinomisetlerde
substrat (vejetatif) ve hava miseli olmak zere 2 tip misel bulunmak
-tadr.

 Vejetatif miseller jelimsi yapda ve parlak grnmldr. Miselin

rengi sar, pembe, krmz, turuncu, yeil ve kahverenginin yan sra
krem veya beyazms olabilir. Buna ek olarak suda znen pigment
ler de retilir. Bu pigmentlerin rengi kahverengi veya daha koyudur.
Aktinomisetlerin ounda zelikle Streptomyces cinsinde vejetatif
miseller farkllaarak hava misellerini oluturur. Hava miselleri pa-m
uksu ya da toz gibi grnen spor formuna dnebilirler (Waks- ma
n, 1950).

AKTNOMSETLERN DOADAK
YAYILII
Aktinomisetlerin mevcudiyetleri, dallar ve eitliliklerinin; hayvanlar, bitkiler, maaralar, denizler, bataklklar, eltik tarlalar ve
da ormanlar gibi onlarn bulunduklar eitli ekolojik habitatlarla
ilikili olduu belirtilmitir.
zellikle, aktinomisetler iin en nemli habitat topraktr (Lee ve
Hwang, 2002).

 Topraktaki aktinomiset populasyonunu etkileyen nemli faktrler;

Scaklk
Tuzluluk
Bitki rts Organik madde miktar
Nem ierii

ou aktinomiset trnn optimum bymesi ntral pHda iken baz aktinomiset trlerinde pH 5.0-9.0 gibi geni bir aralkta da byme grlebilir (Goodfellow ve Williams, 1983).

AKTNOMSETLERN
SINIFLANDIRILMASI
Gram pozitif bakteriler iki nemli kola ayrlrlar: (Kieser ve ark.,
2000).
Dk G+C eren
Bacillus
Staphylococcus
Clostridium
Streptococcus

Yksek G+C eren

Actinomycetes

Aktinomisetleri tanmlamak iin kullanlan nemli yntemlerden biri de 16S rRNA analizidir. 16S rRNAlar dikkate alnarak yaplan
snflandrmada aktinomisetler 15 alt takma ayrlmtr (http://www.
ncbi.nlm.nih./ 2015).

AKTNOMSETLERN
ENDSTRYEL NEM
Aktinomisetler; antibiyotik, enzim, bitki byme faktrleri, alkaloid
ler ve vitaminler gibi ticari deeri yksek olan biyolojik aktiviteye
sahip bileiklerin en iyi kaynaklarndandr (Omura, 1986).
Doada bulunan antibiyotiklerin yaklak 2/3 aktinomisetlerden
izole edilmitir. Aktinomisetler farkl kimyasal snflara ve biyolojik
aktiviteye sahip antibiyotikleri retme yeteneindedirler (Okami ve
Hotta, 1988).

BTOTEKNOLOJDE
AKTNOMSETLER
Aktinomisetler tarafndan 5 ana biyorn grubu retilir;
1. Primer metabolitler
2. Sekonder metabolitler
3. Biyolojik dnm rnleri
4. rn olarak aktinomiset hcreleri
5. Rekombinant rnler

Aktinomisetlerin Primer Metabolitleri

Uygun besiyeri ortamna mikrobiyal sularn inoklasyonundan sonra mikrobiyal gelimenin eksponansiyonel evresinde ara metabolik
rn retilir. Bu yzden, eksponansiyonel evrede retilen metabolitler primer metabolitler olarak bilinirler.
Bu primer metabolitler;
Enzimler
Karbonhidratlar
Aminoasitler Lipidler
Proteinler Vitaminler
Alkol
Organik asitler

Aktinomisetler tarafndan retilen nemli primer metabolitler mevcuttur (Tablo 1).

Tablo 1. Aktinomisetlerin rettii nemli Primer Metabolitler

Aktinomisetlerin Sekonder Metabolitleri

Sekonder metabolitler, mikrobiyal trler zellikle de baz mikroorganizmalarn filamentli formlar ile belirli bitkiler tarafndan retilen
eitli karmak kimyasal yaplara sahip bileiklerdir.
nemli sekonder metabolitler;
Antibiyotikler
nsektisidler
Anti kanser ajanlar mmn basklayclar
Antiviraller
Toksinler
Antiparazitleri
Geliim dzenleyiciler
Pigmentleri

 Sekonder metabolizmann zellii, metabolitlerin genellikle hzl

geliim evresinde (eksponansiyonel) retilmemesidir, fakat takip
eden retim evresinde retilirler. Bu bileenler bymenin ekponansiyonel evresinde fizyolojik olarak bir rol oynamazlar.
Sekonder metabolitlerin retimi; geliimin karbon, nitrojen ya da
fosfat gibi bir anahtar besinlerin tkenmesi ile snrlandrld zaman balar.
Aktinomisetler tarafndan retilen nemli sekonder metabolitler bulunmaktadr (Tablo 2).

Tablo 2. Aktinomisetlerin rettii Sekonder Metabolitler

Aktinomisetlerin Biyolojik Dnm

rnleri
Mikrobiyal dnm mikroorganizmalar tarafndan bir maddenin
(substrat), dierine (rn) dnmn ierir. Mikrobiyal dnmde, enzimler kimyasal reaksiyonlar iin katalistler olarak rol alr.
Kimyasal sentez yapan enzimlerin kombine halde kullanm yksek
derecede esneklie sahip kullanl maddelerin retimine sebep olabilir (Zhou et al., 2005).
Biyodnmlerin avantaj; pH ve scaklk durumlarn kimyasal sreler iin daha az etkili hale getirmektir ve ok saf rnleri de ikincil yan rnler olmadan da elde edilebilir yapmaktr.

 Baz mikroorganizmalar araclyla ekonomik olarak nemli biyodnmlerden bazlar; steroid, pestisit, antibiyotik ve ksenobiyotiklerin mikrobiyal dnmdr.
Biyodnmle ilgili olan mikroorganizmalar arasnda aktinomisetler nemlidir. Biyodnm reaksiyonlaryla ilgili olduu rapor edilen aktinomisetler, Streptomyces, Nocardia, Rhodococcus ve Dactyl
osporangiumdur (Tablo 3).

Tablo 3. Aktinomisetlerin rettii Biyodnm rnleri

rn Olarak Aktinomiset Hcreleri

Mikrobiyal hcreler; biyogbreler, tek hcre proteinleri (SCP), probiyotikler, biyopestisitler ve biyokontrol ajanlar gibi rnler olarak
kullanlrlar.
rn olarak mikrobiyal hcrelerden faydalanmak iin; onlar doal
substratlar kullanlarak byk lde gelitirilir ve basit biyoayrma
metodlaryla toplanr.
lk olarak, simbiyotik bir azot balayc bakteri olan Frankia, azot
balayan biyogbreler olarak kullanlmtr. Streptomyces fradiae,
Streptomyces lydicus, S. albocinerescens ve S. aurantiacus baz mikrobiyal bitki hastalklarn kontrol etmek iin biyokontrol ajanlar
olarak kullanlmtr (Balagrunathan ve ark., 2007) .

 Bir termofilik aktinomiset olan Termomonospora fuscadan kurutulmu miselyum hazrl zellikle hayvanlar ve kmes hayvanlar
iin tek hcre protein yiyecei olarak kullanlmtr.
Son zamanlarda, akuakltrn balk ve karideslerde mikrobiyal hastalklar nleyen probiyotikler olarak arttrlm deniz Streptomyces
biyoktlesiyle beslendii ortaya konulmutur (Devendiran ve ark.,
1997, Balagrunathan ve ark., 2007). artc bir ekilde, arttrlm
canl Streptomyces biyoktlesi ile beslenmeyi akuakltre uygulad
-mz zaman karideslerdeki White Spot Syndrome Virus (WSSV)
enfeksiyonu azalmtr.

Aktinomisetlerin Rekombinant rnleri

Rekombinant DNA teknolojisi, bitki, hayvan ve mikroorganizmalarda zel karakterleri kontrol eden bireysel genleri tanmlama, izole
etme ve kullanma/oynama aralarnn geliimi iin temeldir.
Rekombinant DNA teknolojisi iki yolda aktinomisetlerin antibiyotik
retimi zerinde pozitif bir etkiye sahip olabilir.
lki, bu teknoloji seilmi hedeflere kar arttrlm
aktivite ve azaltlm yan etkiye sahip yapsal olarak
zgn antibiyotikler gelitirmek iin veya hibrit antibiyotik retimi iin kullanlabilir.
kincisi, genetik uygulamalar rnleri arttrmak iin
kullanlabilir ve bylece retim maliyeti daha dk
olur.

AKTNOMSETLER VE GENETK
MHENDSL
Son yllarda Streptomycesin genetik ve molekler biyolojisi hakkn
daki bilgi nemli derecede artm durumdadr. Birok nemli aratrma; genetik yap, genetik uygulama, antibiyotik retimi ve direnci,
plazmidler ve vektrler ve gen ekpresyonunun dzenlenmesi hakknda sunulan gncellenmi bilgileri ortaya koymu durumdadr.

Aktinomisetlerdeki Ekstra Kromozomal

Genetik Materyal- Plazmid
Genelde aktinomisetler, zellikle Streptomycetesler bol miktarda
kendiliinden replike olabilen ekstra kromozomal genetik elementler tarlar.
Bunlar 1.8den 200 kb boyutuna kadar ve kopya saysda 2den 600
e kadar eitlenir. Ekstrem durumlarda, ekstra kromozomal DNA, t
oplam hcresel DNAnn % 10-20sini oluturabilir. Genelikle plazmid boyutu 10-40 kbdr ve kopya says 30dan azdr.

 Bu ekstra kromozomal yaplar aktinomisetlerde geni yaygnlk gsterdiinden ve organizmann genom dzenlenmesinde ve antibiyotik
sentezinde rol olabilecek genleri tad gerekesiyle aratrmaclarn ok ilgisini ekmektedirler.
Streptosporangium, Micromonospora sp., Streptoverticillium, Nocar
dia, Amycolatopsis ve Frankia sp.yi ieren dier aktinomiset cinslerinin temsilci sularndan da plazmidler tanmlanmtr.

Aktinomisetlerdeki Antibiyotik
Biyosentezinin Genetik Yn
Aktinomisetler ok eitli kimyasal gruplara ait antibiyotik olarak
bilinen mevcut aktif maddelerin yaklak 2/3n sentezlerler.
Bu nedenle, aktinomisetler; antibiyotik biyosentezinin organizasyonu ve reglasyonu hakknda temel bilgiyi toplamak ve nicel/nitel
olarak etkili antibiyotik retimi iin bu bilgileri aklayabilme olaslndan dolay byk ilgiyi toplamaktadr.
Antibiyotik biyosentezinin genetii hakknda aratrmalarn erken
dnemlerinde, nemle vurgulanan; antibiyotik biyosentezinden
sorumlu yapsal genlerin kromozomal olarak lokalize olup olmad
ya da onlarn ekstra kromozomal olarak kodlanp kodlanmaddr.

 Daha detayl analizler antibiyotik biyosentezinden sorumlu yapsal

genlerin ounlukla kromozom zerinde ve nadir olsa da ekstra
kromozomal yaplarda da bulunabileceini gstermitir. Aktinomiset
ler tarafndan retilen antibiyotiklere ait genlerin lokalizasyonu tablo 4.te gsterilmektedir.
Tablo 4. Aktinomisetlerde Antibiyotik retiminden Sorumlu Genlerin
Loka-lizasyonu

Aktinomisetlerde Gen Transfer

Teknikleri
Genelde, konjugasyon ve transformasyon Streptomycesde genetik
dei toku iin ana mekanizmalardr. Transdksiyon fajlar tanmlanm olmasna ramen, transdksiyon aktinomisetlerde yabanc
DNAnn girii iin daha az neme sahiptir. Son zamanlarda, genellenmi transdksiyon baz Streptomyces sular iin bildirilmitir.

 Dier bakterilerde olduu gibi, kendini aktaran plazmidler Streptom

ycesdeki konjugal gen transferinden sorumludur.
Streptomyces coelicolorda genetik dei tokuu ieren SCP1 ve
SCP2 plazmidlerinin kefini takiben, birok farkl plazmid dier
Streptomyces sularnda saptanmtr.
Konjugasyon, Streptomyces ierisine yabanc DNAnn girii iin
yaygn bir teknik deildir. Konjugasyon sadece Streptomyces sular
arasnda en kompleks yolaklar kodlamak iin kapasiteye sahip ok
geni DNA fragmentlerini transfer etmek iin bir yoldur.

Streptomyces in Vektr Sistemleri

Streptomyces iin nemli replikatif vektrler; pIJ101, pSG5 ve SCP
2* trevlerini ierir.
pIJ101 trevleri yksek kopya saysna sahip vektrlerdir ve genomik ktphaneler oluturmak ve
promotr aktivitesini analiz etmek
iin kullanlmaktadr.

pSG5 trevleri sya hassas, hcre

replikasyonunda rol alan yksek
kopya sayl plazmidlerdir. Gen ileyiini durdurma ve gen yer deitirme ile klonlama vektr olarak
kullanlr.

SCP2* trevleri dk kopya sayl

plazmidlerdir. Avantaj yksek stabilitesi ve byk DNA fragmentleri tayabilme yeteneidir. Bu vektrler ilk
hibrid antibiyotikleri retmek iin kullanlmlardr.

Rekombinant Proteinlerin retimi in

Konak Hcre Olarak Aktinomisetler
Son zamanlara kadar, tm proteinleri geni miktarda evrensel olarak
eksprese edebilen formda hibir konak hcre bulunmamtr.
Rekombinant ekspresyon sistemlerindeki gelimeler
zellikle Gram+ bakterilerde plazmidlerin karakterizasyonu
ve identifikasyonu

aktinomisetlerdeki rekombinant ekspresyon sistemlerinin gelitirilmesine olanak salamtr (Nakashima ve ark., 2005).

 Genetik mhendisliinde konak hcre olarak aktinomisetlere bakldnda iki arpc zellik vardr.
lki, Aktinomisetler, zgn metabolik eitlilik ve
enzimatik yetenekler ortaya koyarlar. Sekonder metabolit
olarak onlarn rettii bileenler endstri, eczaclkla ilgili
amalar ve antibi-yotikler iin deerlidir (Weber ve ark.,
2003).
kincisi, aktinomisetlerin E. coli gibi geleneksel konak
hcreler ile karlatrldnda farkl intraseller ortama sahip
olmas beklenir.

Bu yzden en uygun ekspresyon koullarna ve en verimli konak

olma zelliine sahip aktinomisetleri taramak iin konak-vektr
sistemlerini gelitirmek gerekmektedir.

NANOTEKNOLOJDE
AKTNOMSETLER
Nanoteknoloji, 1 100 nanometre aralnda kk yaplar ve bo- yutlar
ele alr. Nanoteknoloji, nanometre boyutundaki biim ve bo- yutlar kontrol
ederek yaplarn ve aralarn tasarm, zellii, reti-mi ve uygulamas olara
k da isimlendirilir.
Nanoteknolojideki aratrma alan;

Fizik
Mikrobiyoloji
Kimya
Biyokimya
Materyal bilimi Molekler biyoloji

Nanopartikllerin bilimsel olarak adlandrlmas, Michael Faraday n (183

1) altnn yakut krmzs kolloidlerini aratrd ve rengin metal partiklle
rinin kk boyutlarndan dolay olduunu bildirdii alma ile yaplmtr.

 Gnmzde, sentez protokolnde toksik kimyasallarn kullanlmad evresel olarak yararl nanopartikl sentezini gelitirmek iin
artan bir ihtiya vardr. Sonu olarak, nanopartikllerin sentezi ve
birletirilmesi alanndaki aratrmaclar esinlenmek iin biyolojik
sistemlere odaklanm durumdadrlar.
Bu yzden biyolojik sistemlerin kullanm, nanopartikllerin sentezi
iin yeni bir metod olarak ortaya km durumdadr. Bakteri, aktinomiset, mantar ve algleri ieren mikroorganizmalarn farkl boyut
ve ekillerde nanopartikller sentezledikleri bildirilmitir.

 Toksik metallerin iyiletirilmesi gibi birok biyoteknolojik uygulamada bakteri ve maya gibi mikroorganizmalar kullanmasna ramen, imdilerde bilim adamlar olas evre dostu nanofaktrlerle ilgi
li aktinomisetleri incelemektedir.
Tablo 5.da baz mikroorganizmalarn rettii nanopartikller gsterilmektedir.

Tablo 5. Baz mikroorganizmalarn rettii nanopartikller

 Aktinomisetler ve zellikle ekstremofilik aktinomisetler altn ve

gm nanopartikllerinin potansiyel reticileri olarak tanmlanmtr.
50 C scaklkta ve pH 9da optimum bir bymeye sahip alkalotermofilik aktinomiset olan Thermomonospora sp.nn altn nanopartikllerini sentezledii bildirilmitir.
Alkalotermofilik aktinomiset olan Thermomonospora sp. tarafndan
altnn ekstraseller sentezinin aksine, daha konsantre altn partiklleri sentezleyen Rhodococcus sp. de ise altn sentezi hcre duvar
zerinden ziyade sitoplazmik membran zerinde gerekleir.

 Nanoteknolojide mevcut kimyasal metodlar yerine mikroorganizmalar

kullanlarak metal nanopartikllerinin sentezi uygulanabilir bir alternatife dntrlebilirse, o zaman retilen partikllerin boyutu ve
yaylm zerinde byk bir kontrol kurulabilir. Bu; mantar, bakteri ve
imdilerde de aktinomisetlerin farkl trlerinin taranmasndaki amalardan biridir. Hedeflenen bu ama aktinomisetler de byk oranda
baarlmtr.
Bu boyut ve yaylganlk kontrol mantarlar ile kyaslandnda aktino
-misetler tarafndan salglanan ok miktarda proteinin/enzimin bir sonucu olabilir. Ayrca sentez koullarnn da tamamen farkl olduu not
edilmelidir.

 Aktinomisetlerdeki nanopartikllerin sentezinde ekstrem biyolojik

koullarn kullanmnn boyut ve yaylm kontrolnde yardmc bir
faktr olabilecei dnlmektedir.
zellikle sekonder metabolitler ve nanopartikl aratrmasnda aktinomisetlerin biyornleri iin yaplan aratrmalar ve yeni aktinomiset taramalar balang evresindedir.
Bu yzden, zellikle ekstrem ekosistemde aktinomisetlerin taramalar ve aratrmalar yaplarak nanoteknoloji alannda ki potansiyelle
ri de kantlanmas gerekmektedir.

GELECEK BEKLENTLER
Aktinomisetler, kltre edilebilen yeleri arasnda hem kltrlenmesi nispeten daha kolay hem de antibiyotik keifinde neme sahip
olmasndan dolay nemli bir prokaryotik gruptur.
Tm Streptomycetes antibiyotiklerinin sadece %1-3 kefedilmi
olmasna ramen, geriye kalan %99-97lik ksm bulmak iin;
modern teknolojilerle yksek verimlilikli tarama kombinasyonuna
nadir ve yava gelien aktinomisetleri zenginletirmek iin metodlara
byk bir mikrobiyal koleksiyona
Streptomyceslerde kltrleme giriimleri ve kombinasyonel biyosenteze

 Baltz (2006), topraktan elde edilen aktinomisetlerin 1/1012 den daha

az olduunu dnmektedir.
Aktinomiset sekonder metabolitlerinin kefi rakipsizdir ve tbbi nemi esizdir.
Yapsal ve fonksiyonel olarak farkl biyoaktif bileenler antibakteriyel, antifungal, antiparazitik, antiviral ve antitmr aktivitesine sahip metabolitler zellikle prokaryotlarn bu grubundan izole edilmitir.

 Son zamanlarda, karasal kaynaklardan elde edilen mevcut aktinomiset cinslerinden yeni bileiklerin keif oran azalmtr. Bu yzden,
kefedilmemi habitatlardan elde edilecek yeni trlerin yeni antibiyotik ve dier yksek deerli metabolit kayna olarak dnlmesi
nemlidir.
Son olarak, aktinomisetlerin; gelecekteki tbbi, tarmsal ve endstriyel olarak ila yapm ile tasarmnda ve ila vb. dier trevlerin retimi iin nde gelen bileiklerin eldesinde ok byk bir neme sahip olaca tartlmazdr.

FARKLI LOKALTELERDEN ELDE

EDLEN RNEKLERDEN
AKTNOMSET ZOLASYONU VE
MOLEKLER TPLENDRMES

Ama
Farkl morfolojik zellik gsterme ve antimikrobiyal etki zellikleri
ne gre 16S rRNA gen blgesi analizi yaplarak olas yeni tr olabilecek adaylarnn belirlenmesi
Yeni tr olabilecek adaylarn tr tanmlama almas erevesinde
ileriki analizlerinin yaplmas
Organizmann varsa rettii metabolit/metabolitlerinin saflatrlmas ve analizleri

Materyal Metod
allmas istenilen lokaliteden elde edilen rnekler ilk aamada
oda ssnda iyice kuruyana kadar bekletilir ve sonra steril havanlarda ezilerek elekten geirilip 100C de kuru sya tabi tutulur.

Dilsyon Plaka Yntemi

Skroz Santrifgasyon Yntemi

Bu yntemin amac; aktinomisetler tarafndan oluturulan farkl boyutlardaki sporlarn birbirlerinden ayrlmas ile bir faz oluturulmas
dr. Oluturulan bu fazlardan steril pipetlerle alnan rneklerin ekimlerinden farkl aktinomiset gruplarnn izolasyonunu salamaktr.

zolatlarn Seimi ve Saflatrlmas

Seilimde makroskobik ve mikroskobik aratrmalar yaplarak farkl
morfolojik zellik gsteren koloniler belirlenir. Belirlenen yeni tr
olabilecek koloniler antibiyotik ilaveli seici besiyerinde youn
ekim olarak saf bir ekilde retilir.

zolatlarn Stoklanmas
nkbasyon sonunda her bir su %20lik gliserol ieren otoklavlanabilir 1,5 mllik vidal kapakl tpler ierisine steril bir ze veya krdan yardm ile transfer edilerek -18C de stoklanr.

Genomik DNA zolasyonu

Pithcer ve ark. (1989) tarafndan tanmlanan Guanidin Tiyosiyona
t DNA zolasyon metodu modifiye edilerek test organizmalarnn
DNA izolasyonu iin kullanlmaktadr.

16S rRNA'nn PCR Amplifikasyonu

Test organizmalarndan saf olarak elde edilmi DNA rneklerinin
16S rRNA genini kodlayan DNA blgesinin amplifikasyonu iin
evrensel primerler (27f ve 1525r; Lane, 1991) kullanlr.

Filogenetik Analiz
Amplifikasyonu gerekletirilen rnlerin sekanslanmas sonucunda elde edilen DNA dizileri MEGA
6.1. gibi paket programlar
sayesinde karlatrmal
analizlere tabi tutularak filogenetik aalar oluturulmaktadr.

S. anthocyanicus NBRC 14892T

(AB184631)
S. violaceoruber NBRC 12826T (AB184174)
S. coelescens DSM 40421T (AF503496)
S. tricolor NBRC 15461T (AB184687)
84

S. coelicoflavus NBRC 15399T (AB184650)

S. violaceolatus DSM 40438T (AF503497)
Streptomyces sp. (HCI 50-1)

66

S. humiferus DSM 43030T(AF503491)

S. rubrogriseus LMG 20318T (AJ781373)
S. lienomycini LMG 20091T (AJ781353)
S. marokkonensis Ap1T (AJ965470)
S. thinghirensis DSM 41919T (FM202482)

51

S. althioticus NRRL B-3981T (AY999791)

S. flaveolus NBRC 3715T (AB184786)
S. violaceorubidus LMG 20319T (AJ781374)
S.
51

tendae ATCC 19812T (D63873)

53 S.
59

tritolerans DAS 165T (DQ345779)

S. coeruleorubidus ISP 5145T (AJ306622)

S.
78
99
S.

pactumNBRC 13433T (AB184398)

olivaceus NBRC 12805T (AB249920)

S. malachitospinus NBRC 101004T (AB249954)

S. geysiriensis NBRC 15413T (AB184661)

Paraoerskovia marina DSM 21750T (AB695379

0.01

 Yaplan analizler sonucunda olas yeni bir tr olarak belirlenen organizmann tanmlanmas almalar polifazik taksonomik metodlarla
gerekletirilir.
Polifazik taksonomik metodlar; nmerik taksonomi (C,N kayna
gibi besinsel testler ile biyokimyasal, scaklk, pH ve tuz tlerans testleri gibi farkl fenetik testleri ierir), kemotaksonomi (hcre duvar
analizleri, menaquinone, polar lipid, ya asidi gibi analizler hcresel
analizler) ve genomik taksonomi ( MLSA, DNA-DNA homolojisi
gibi molekler teknikler) tekniklerini iermektedir. Bir organizmay
tr olarak tanmlayabilmek iin belirtilen tm polifazik metodlarn
uygulanmas gerekmektedir.