Docking ligan fleksibel dilakukan dengan metode Flexidock yang menggunakan algoritma

genetika untuk menyelidiki ruang konformasi dengan mendefinisikan kemungkinan interaksi

antara ligan dan reseptor diduga-nya. The X-ray kristalografi struktur 2YCW dari 1- AR dan
2RH1 dari 2-AR, baik dengan carazolol sebagai co-mengkristal ligan disimpan dalam database
Protein yang digunakan dalam percobaan docking. Program Flexidock mampu cocok dengan
pola geometri ligan-protein dan ikatan hidrogen dilihat dalam kristal untuk kedua subtipe 1-AR
dan 2-AR dengan nilai rmsd dari 0,5069 dan 0,5350 masing-masing. ligan-mengikat -ARS
membentuk celah sempit yang mendalam sebagian besar tersembunyi dari pelarut.Juga sebagai
orthosteric situs ligan mengikat memiliki struktur asam yang sama spasial dan amino untuk 1AR dan 2-AR, posisi yang dihasilkan dari merapat PHEP sangat mirip di kedua subtipe
reseptor. Docking molekul pengikatan PHEP di katekolamin mengikat orthosteric kedua 1-AR
dan 2-AR menunjukkan mode umum yang sama dari mengikat diamati untuk -AR blocker
lainnya.Obligasi kutub Aminopropanol nitrogen dan hidroksil bentuk kelompok dengan Asp3.32
dan Asn7.39. Oksigen kelompok propanoyl berinteraksi dengan Ser5.43. Kelompok fenil
distabilkan oleh interaksi hidrofobik kuat dengan Phe5.62 dan Phe5.63. Metil terminal dari
kelompok
propanoyl
terlibat
dalam
interaksi
hidrofobik
dengan
Val3.36.
Dibandingkan dengan nonselektif co-mengkristal carazolol, PHEP memiliki aromatik substituen
besar -dimethoxyphenylethyl kelompok pada aminopropanol nitrogen dan rantai propoxymethyl
di posisi tetangga.
Rantai propoxymethyl ikut dalam interaksi hidrofobik tambahan Ala208 / 2005,39 dan Phe307 /
2906,52 yang masih di dalam katekolamin mengikat orthosteric. (Nomor Pertama menetapkan
jumlah spesifik residu asam amino di 1-AR, dan yang kedua nomor di urutan 2-AR.) Interaksi
asam amino yang berbeda dibandingkan dengan blockers nonselektif mencapai PHEP selektif
oleh dimethoxyphenyl substituen menembus lebih tinggi di wilayah ekstraseluler.
Cincin dimethoxyphenyl distabilkan oleh interaksi hidrofobik dengan Trp117 / 1093,28 dan Trp
107 / 992,70 di 1-AR dan 2-AR. Interaksi selektif paling penting tampaknya menjadi interaksi
salah satu kelompok phenylmethoxy dengan Leu1012.64 di 1-AR. Dalam posisi ini di 2-AR
adalah His932.64 kutub. Celah hidrofobik dibentuk oleh Trp107, Leu101, Trp117 di 1-AR
harus kuat, berinteraksi dengan kelompok dimethoxyphenyl dari PHEP dari klaster hidrofobik
lebih rendah Trp99, His93, Trp109 di 2-AR
Jadi stabilisasi tempat mengikat noncontracted yg diperpanjang di 1-AR oleh selektif PHEP
bisa lebih efisien dalam 1-AR daripada di 2-AR. The Trp 2.70-Leu / His 2.64 Trp 3.28 gugus
hidrofobik ini di dekat jembatan disulfida sangat kekal antara A GPCRs subfamili
menghubungkan anti-paralel -sheet di ECL2 dengan bagian atas TM3 dan menstabilkan
kekakuan jalan masuk reseptor.The ECL2 dan ECL3 dapat berkontribusi kekhususan
ligan mengikat dengan langsung membentuk bagian dari diperpanjang rongga ligan
mengikat.

Studi docking molekul yang sangat selektif -blocker ke 1-AR dan 2-AR. Belajar ligan
kardioselektif memberikan interaksi tambahan diperpanjang saku ligan mengikat reseptor
dibandingkan dengan non selektif ligan co-mengkristal. Hasil yang diperoleh mengungkap

bahwa itu adalah mungkin untuk membedakan antara mode pengikatan -AR subtipe dengan
menentukan interaksi asam amino yang berbeda dari ligan selektif di wilayah ekstraseluler.