Durante la rebelin de Manco Inca, muchos nobles abrazaron la religin, se sometieron al
invasor y fueron sus ms firmes aliados. Se cuenta que los guerreros incas empezaron a ajustar el cerco a los espaoles, ingresando al Cusco por Chakill-Chaka, es decir por el territorio actual de Santiago. Durante los repartimientos de encomiendas de indios, es sabido que el ayllu de Choco le toc a Hernando Pizarro, hermano de Don Francisco. A la llegada del Virrey Toledo, ejecutor del ltimo Inca y que fue, a pesar nuestro, un gran legislador y organizador del coloniaje, se fundaron las parroquias cusqueas. Las correspondientes al distrito de Santiago fueron: las parroquias de Beln, Santiago, Almudena dependiente de la de San Pedro y la desaparecida parroquia de San Miguel que ocupaba la zona de Qoripata, donde tena una iglesia. Las fund el corregidor Polo de Ondegardo quien mand tambin construir los puentes de Beln y Santiago e hizo colocar en ellos las cruces que hasta hoy se veneran.