Klasifikasi , Taksonomi Virus &

Inang Virus

Taksonomi Virus
Hanya mengenal 3 taxa ( spesies, genus dan

familia )
Contoh :
Familia : Retroviridae
Genus : Lentivirus
Spesies: Human Imunodefificiency Virus
Familia : Poxviridae
Genus : Orthopoxvirus
Spesies : Variola virus (penyebab cacar)
Familia : Picornaviridae
Genus : Enterovirus
Spesies : Poliovirus (penyebab polio)

 Menurut klasifikasi Bergey, virus termasuk ke

dalam
divisio Protophyta
kelas Mikrotatobiotes
ordo Virales (Virus)
Mengikuti Sistem International Commite on
Taxonomy
of Virus (ICTV) 1976
mempublikasikan bahwa virus diklasifikasikan
berdasar struktur dan komposisi tubuh, yakni
berdasarkan kandungan asam. Pada dasarnya
virus dibedakan atas dua golongan yaitu virus
DNA dan virus RNA.

Klasifikasi Virus
Berdasarkan tempat hidupnya

a. Virus bakteri ( Bakteriofage )

b. Virus Mikroba Eukariotik
c. Virus Tumbuhan
d. Virus Hewan
Berdasarkan molekul yang menyusun asam nukleat/tipe
asam nukleat
a. Virus DNA
b. Virus RNA
Nucleic acid strandedness (double or single stranded)
Sense dari genom ssRNA (+/-)
Berdasarkan ada tidaknya selubung virus.
a. Virus telanjang
b. Virus berselubung

Karakteristik lain meliputi:

Inang : tanaman, hewan, bakteri,insekta, fungi)
Asam nukleat : DNA/RNA, ss/ds
Simetri CAPSID (icosahedral, helix, )
Diameter capsid , nukleokapsid
Adanya envelop
jumlah capsomer pada virus yang icosahedral
Sifat imunologis
Jumlah gen dan map gen
Lokasi intraseluler dari replikasi virus
Ada atau tidak adanya DNA intermediate dalam replikasi

virus ssRNA.
Tipe pembebasan virus
Menyebabkan penyakit, gambaran klinis, cara
berpindahnya

Sistem klasifikasi Baltimore,

menempatkan virus ke dalam salah satu
dari tujuh kelompok.
Dirancang oleh David Baltimore
didasarkan pada mekanisme produksi
mRNA.
Virus harus menghasilkan m RNA dari
genom mereka untuk memproduksi protein
dan mereplikasikan dirinya sendiri
untuk mencapai mRNA mekanisme nya
berbeda
Virus dapat diklasifikasikan ke dalam tujuh
kelompok

1. Kelas

I : DNA untai ganda (double

stranded) yang meliputi
. Replikasi terjadi di inti sel dan menggunakan
protein seluler/ tergantung faktor-faktor
seluler.
Contoh:
Adenoviridae,
Polyomaviridae, Herpesviridae
. Replikasi terjadi di sitoplasma. Virus ini
melibatkan semua faktor yang penting untuk
transkripsi dan replikasi genomnya, dan
membuat enzim sendiri untuk replikasi asam
nukleat. Contoh: Poxviridae

2. Kelas II : DNA untai tunggal

Replikasi terjadi di inti sel , melibatkan

bentuk untai ganda intermediate sebagai
cetakan untuk sintesis untai tunggal
turunannya (melibatkan untai sense (-),
yang berfungsi sebagai template untuk untai
RNA (+) dan sintesis DNA.
Contoh: Parvovoridae
3. Kelas III: RNA untai Ganda (double
stranded)
Virus
mempunyai
genom
yang
tersegmentasi.
Masing-masing
segmen
ditranskripsi
secara
terpisah
untuk
menghasilkan mRNA monosistronik

4. Kelas

IV: RNA untai tunggal (+) /

RNA(single stranded (+)
a. Virus dengan polisistronik m RNA dimana
kelas ini genom RNA membentuk m RNA
yang ditranslasikan untuk membentuk suatu
polyprotein
yang
dipecah
membentuk
protein Contoh: Picornaviridae, Hepatitis A
b. Transkripsi yang kompleks
Contoh: Togavirus

5. Kelas V: RNA untai tunggal (-) / RNA

single stranded (-)

a. Genom tersegmentasi. Contoh:
Orthomuxovirus. Langkah pertama dalam
replikasi adalah transkripsi RNA (-) oleh RNA
polymerase yang tergantung RNA virion
untuk menghasilkan mRNA monosistronik,
yang berfungsi juga sebagai template untuk
replikasi genom
b. Tidak tersegmentasi . Contoh: Rhabdovirus.
Replikasi terjadi seperti di atas dan
dihasilkan monosistronik mRNA

6. Kelas VI : RNA untai tunggal(+) dengan

intermediate DNA
Contoh : Retrovirus. Genom untai tunggal (+)
bersifat diploid dan tidak dipakai secara
langsung sebagai mRNA tetapi sebagai
template
untuk
reverse
transcriptase
(transkripsi balik) menjadi DNA

7. Kelas VII: DNA untai tunggal dengan

RNA intermediate
Kelompok virus ini juga tergantung dari
transkripsi balik, namun tidak seperti
Retrovirus, hal ini terjadi di dalam partikel
virus pada maturasi. Pada sel baru,
peristiwa pertama yang terjadi adalah
perbaikan dari genom gapped diikuti
transkripsi

A. Berdasarkan jenis sel inangnya, virus

diklasifikasikan dalam
yaitu:
1. Bacteriophaga
2. Vrus Hewan
3. Virus Tumbuhan

kelompok

Bacteriophaga
Virus bakteri adalah virus yang sel
inangnya merupakan sel bakteri. Virus
bakteri mengandung materi genetik
berupa DNA. Contoh virus bakteri: E.coli

Kriteria
penting
Bacteriophage

pada

morfologi dan asam nukleat

Sebagian
besar
bacteriophage

mempunyai
double-stranded
DNA
(dsDNA), disamping single-stranded DNA
(ssDNA) dan virus RNA
Sebagian besar dapat digolongkan dalam
: tailless icosahedral, contractile tails,
noncontractile tails, and filamentous
viruses

REPLIKASI BAKTERIOFAG
bakteriofag memiliki dua siklus hidup yaitu:
1) Siklus Litik
Diakhiri dengan lisisnya dinding sel inang
dan kematian sel inang akibat dari virus
mensintesis
enzim
lisozim
yang
menyebabkan runtuhnya dinding sel
inang.

Secara umum replikasi virus terdiri dari

beberapa tahapan :
1. adsorpsi (Pelekatan)
2. penetrasi dan uncoating
3. Biosintesis
4. Pendewasaan
5. pelepasan

Figure 13.11: The lytic cycle of a T-even bacteriophage

Capsid DNA
BacterialBacterial
cell wallchromosome

Capsid (head)

Sheath

1 Attachment:
Phage attaches to
host cell.

2Penetration:
Phage penetrates host
cell and injects its DNA.

Tail fiber
Tail
Baseplate
Pin
Cell wall
Plasma membrane

Sheath contracted

Tail core

3 Biosynthesis:
Phage DNA directs
synthesis of viral
components by the
host cell.

Tail

DNA

4Maturation:
Viral components are
assembled into virions.

5Release:
Host cell lyses, and
new virions are released.

Capsid

Tail fibers

Siklus Litik
1. Adsorpsi/pelekatan
Proses melekatnya virion pada permukaan sel
inang yang diperantarai oleh interaksi spesifik
antara virus dengan reseptor
(protein,polisakarida,lipoprotein,glikoprotein)
2.

Penetrasi dan uncoating

Masuknya genom virus ke dalam sel
inang.Virus memasukkan materi genetik(DNA)
ke alam sel.Pelepasan selubung berlangsung
melalui serabut ekor faga yang berkontraksi
sehingga terjadi cengkeraman pada bagian
spike pada membran sel bakteri

Biosintesis
Protein dan asam nukleat virus disintesis
Fase eclipse:
tidak ada virion yang
dihasilkan dari sel yang terinfeksi
4. Pendewasaan
Kapsid dan DNA faga dirakit menjadi virion
5. Pelepasan/pembebasan
Virion
dibebaskan
dari
sel.
Faga
memerintahkan untuk memproduksi lisozim
yang mencerna dinding sel bakteri, plasma
membran pecah dan sel lisis
3.

 Burst

time: Waktu dari mulai penempelan

atau pelekatan sampai pembebasan virion
baru (20-40 menit).
Burst size: Jumlah partikel faga baru yang
berasal dari unit tunggal (biasanya mencapai
50-200 partikel).

2)

Siklus Lisogenik
Siklus Lisogenik merupakan siklus
hidup virus dimana virus terintegrasi
dengan DNA inang

1.

2.
3.

4.

Pelekatan dan penetrasi: Ekor virus melekat

pada spesifik reseptor pada permukaan sel dan
menginjeksikan DNA ke dalam sel
Sirkularisasi: Faga DNA yang sirkuler masuk
ke siklus litik atau lisogenik
Integrasi: Phage DNA berintegrasi dengan
kromosom bakteri dan membentuk prophage.
Prophage tetap bersifat latent.
Excision:
Prophage DNA dipindahkan karena adanya
stimulus ( chemicals, UV radiation) dan masuk
ke siklus litik.

Virus Hewan

4. Virus hewan/manusia
. sel

inangnya sel hewan atau sel

manusia. mengandung DNA dan RNA.
. Contohnya
.virus pada mulut dan kaki sapi
.virus rabies pada anjing.

REPLIKASI VIRUS HEWAN

1.

2.

Attachment /adsorption:
Virus melekat pada receptor specific (protein
atau glycoprotein) di permukaan sel.
Penetrasi:
Mekanisme masuknya seluruh virion melalui
Pagositosis yang disebut VIROPEKSIS yang
diikuti oleh pelepasan selubung (kapsid)
Virus masuk ke dalam sel melalui satu dari
proses:

Fusi langsung dengan sel membran

Endocytosis melalui clathrin coated pit

Keterangan Gambar

(A) Beberapa virus berenvelop seperti HIV,

melebur (fusi) dengan membran plasma
inang, untuk membebaskan capsidnya ke
dalam cytosol
(B) Virus beramplop yang lain, seperti virus
influenza, pertama melekat pada reseptor
di permukaan sel, virus beramplop berfusi
dengan membran endosome, melepaskan
nukleokapsid ( biru) ke dalam cytosol

C).Poliovirus, virus tidak beramplop, melekat

pada reseptor (hijau) permukaan sel inang
dan selanjutnya membentuk pori di
membran sel inang , mendorong genom
RNA (biru)
D) Adenovirus , virus tidak beramplop yang
lain, menggunakan strategi
yang lebih
komplek. Ini mempengaruhi endositosis.
Selanjutnya
mengganggu
membran
endosom, membebaskan bagian kapsid ke
cytosol. Akhirnya capsid mengkaitkan ke
dalam lubang inti dan membebaskan
genom DNA (merah) secara langsung ke
nukleus.

3. Uncoating:
Protein capsid dipisahkan dari asam
nukleat
virus.
Melibatkan
lisosome
,cytoplasma ataupun enzim virus
4. Fase Sintesis meliputi:
. Sintesis protein virus dalam cytoplasma
. Replikasi genom virus
. Virus DNA di dalam nukleus
. Virus RNA di cytoplasma
. Membebaskan partikel progeni virus

Pada fase sintesis dibedakan:

Early Period: sintesis protein yang
diperlukan untuk
replikasi material
genetik virus
Late period: replikasi asam nukleat dan
sintesis capsid serta protein envelop

Pelepasan progeny virions ada dua

mekanisme:
A. Lysis sel:
Virus telanjang dan pox virus meninggalkan sel
dengan memecahkan membran sel. Sel inang
mati
Contoh: Poliovirus

5.

B. Budding:

Virus beramplop memasukkan protein virus

pada daerah membran yang spesifik dan
muncul melewati membrane. Sel inang tidak
mati.
Contoh: Human Immunodeficiency Virus

Perbedaan replikasi Virus hewan dan

bacteriophag?
Perbedaan siklus litik dan lisogenik?
Apa yang dapat dimanfaatkan dari siklus
lisogenik pada perkembangan bidang
kedokteran

Bakteri
Parasit intraseluler
Membran plasma
Binary fission
Melewati filter bakteria
Mempunyai DNA dan RNA
ATP
Ribosom
Sensitif pada antibiotik
Sensitif pada interferon

Virus

Bacteriofag
Penempelan
penetrasi
uncouting
biosintesis
pelepasan

Virus hewan

3. Virus Tumbuhan

sel inangnya adalah tumbuhan

sebagian besar mengandung

RNA

Virus memproduksi protein, merakit secara

spontan
Penyebaran virus melalui sistem vaskuler
Virus menyebabkan beberapa perubahan sel,
seperti pembentukkan inklusi bodi dan
degenerasi chloroplast

Postulat
Koch
dapat
diaplikasikan
terhadap penyakit virus
1. Virus harus menyertai penyakit
2. Virus
harus
dapat
diisolasi
dari
tumbuhanyang sakit
. Terpisah dari kontaminan
. Memperbanyak
diri
dalam
inang
perkembangbiakan
. Dapat dimurnikan secara fisiko kimia
. Dapat diidentifikasi sifat-sifatnya

3. Apabila

diinkulasi ke dalam tumbuhan

inang yang sehat, harus dapat kembali
menghasilkan penyakit yang serupa
4. Virus yang sama harus dapat ditunjukkan
ada di dalam tumbuhan percobaan dan
harus dapat direinokulasi kembali

1892 D. lvanovski
Melewatkan agensia tobacco mosaic pada
Chamberland filter, yang sekarang dikenal
sebagai Tobacco Mosaic Virus (TMV)--- sel
hidup?
1898, M. Beijerinck
Dengan konsepnya bahwa virus berukuran
kecil dan infeksius. Agensia infeksius tersebut
dikenal
sebagai
contagium
vivum
fluidum.

Kharakteristik virus tumbuhan

1. Sangat kecil . dilihat dengan mikroskop electron

2.

Partikel virus (virion) tersusun oleh

. Asam
nukleat sebanyak 5 40%,
tergantung jenis virus
. Tipe asam nukleatnya RNA, tetapi beberapa
terdiri dari DNA. Asam nukleat single- atat
double-stranded
. Protein ( capsid) 60 to 95% tergantung
virus. Capsid melindungi virus terhadap
panas, enzim, UV dan agensia yang
menyebabkan denaturasi.

Bentuk
a. Rigid rods - long, straight rods with nucleic
acid core and protein coat. Raw spaghetti.
Ex: Tobacco Mosaic Virus (TMV) is 15 x 300
nm.
b. Flexuous rods - long curved rods with nucleic
acid core and protein coat. Cooked spaghetti.
Ex: Citrus Tristeza Virus is ca 2,000 nm long.
c. Short rods (aka. Rhabdoviruses) - truncated,
bullet shaped.
Ex: Potato Yellow Dwarf Virus (PYDV) is 75 x
380 nm.
3.

. Eicosahedrons (20-sided isometric

particles). Formerly referred to as spherical

viruses, because they appeared spherical in
the earliest electron micrographs with poor
resolution.

Ex: Wound Tumor Virus (WTV) can vary

in diameter from 17 to 60 nm

4. Virus

replication depends on "directions"

contained in viral nucleic acid. Viruses
code for their own enzymes (replicases)
to replicate themselves.
5. Multi-component viruses - complete
genetic information is carried in >
particles.
x: Tobacco Rattle Virus (TRV) - consists
of two particles of different lengths.
Can infect but unstable because it
lacks the gene for protein coat.
Carries info for protein coat.
Virus is stable only when both are

B. Berdasarkan kandungan materi genetik

Jenis
Asam

Nama Virus

Penyakit yang
ditimbulkan

Nukleat

Virus
DNA

Poxivirus

Campak, cacar, myxomatosis

pada kelinci, dan penyakit
pada burung hantu.

Herpesvirus,

Herpes, Infeksi Mulut dan alat

kelamin manusia, tumor

Adenovirus

Infeksi Usus & alat

pernapasan manusia,
konjungtivitis, dan Tumor.

Papovirus.

Kutil pada manusia dan

kanker pada hewan

Jenis
Asam
Nukleat

Virus RNA

Nama Virus

Penyakit yang ditimbulkan

Parmyxovirus

NCD (tetelo pada ayam)

Myxovirus

Influenza

Retrovirus
Rhabdovirus

Tumor kelenjar susu, leukemia, AIDS

dan sarkoma rous pada ayam
Rabies

Reovirus

Muntah dan diare

Togavirus

Demam berdarah

Picornavirus

Infeksi perut,
hepatitis A.

poliomyelitis,

dan

C. jaringan yang biasa diserang

.Neurotropic : Japanese enchepalistis, St.

louis enchepalistis, Equine enchepalistis,

Lymphocytic chorio meningitis
.Dermatotropic: Molluscum contangiosum,
Rubella, Herpes, Variola (small pox)
.Viscerotropic : Infectious hepatitis, Colorado
tick fever, serum hepatitis : yelow fever
.Pantropic : Cox sackie, Dengue
.Miscellaneous : Mumps, Influenza, Common
cold

D. Berdasarkan tropisme dan cara

penyebaran
. Virus Enterik
. Virus respirasi
. Arbovirus
. Virus Onkogenik
. Hepatitis virus

Berdasarkan ada-tidaknya selubung yang

melapisi nukleokapsid
Virus berselubung, mempunyai selubung yang
tersusun atas lipoprotein atau glikoprotein.
Contoh : Poxvirus, Herpesviruses,
Orthomyxoviruses, Paramyxoviruses,
Rhabdoviruses, Togaviruses, Retroviruses.
Virus telanjang, Nukleokapsid tidak
diselubungi oleh lapisan yang lain hanya
memiliki kapsid (protein) dan asam nukleat
(naked virus).
Contoh : Adenoviruses, Papovaviruses,
Parvoviruses, Picornaviruses, Reoviruses

2.

Virus mikroorganisma eukariot

. protozoa dan jamur.
. mengandung RNA

Virus Fungi

Mr. Hollings of Glasshouse Crop Research

Institute, USA untuk pertamakalinya

mendapatkan hasil eksperimen mengenai
virus yang ditemukan pada jamur Agaricus
bisporus yang menyebabkan die-back
disease pada tahun 1962.
Karakteristik yang paling umum dari
mushroom virus diseases yaitu kerusakan
pada panen dan kehilangan kemampuan
untuk menghasilkan mycelium.

Morphology of Mycoviruses
Bentuk basil, batang, filament
Pada umumnya isodiametric dengan ukuran 25

and 50 nm (diameter) dan berat partikelnya 6-13

x 106 dalton.
Memiliki double-stranded ribonucleic acid
(dsRNA)
The dsRNA segments are separately enclosed
into identical capsids.
This feature of mycoviruses differentiates them
from plant and animal dsRNA viruses in which the
genetic material segments are, usually, all
enclosed in a single virion.

Beberapa fungi penting yang mengandung

Mycoviruses yaitu :
Agaricus bisporus (25-50 nm)
Alternaria tenius (30-40 nm),
Aspergillus foetidus (40-42 nm)
Penicillium brevicompactum (40 nm)
P.chrysogenum (35 nm),

Virus Insekta

Tujuh familia dari virus:

1. Baculoviridae
2. Iridoviridae
3. Poxviridae
4. Reoviridae
5. Parvoviridae
6. Picornaviridae
7. Rhabdoviridae
Merupakan virus yang menginfeksi insekta
dan insekta merupakan inang utama

Beberapa insekta yang terinfeksi virus , dijumpai

Inclusion bodies ( merupakan protein yang
menutupi satu atau beberapa virion). Memproduksi
inclusion bodies , untuk membantu transmisi
Bentuk Virus granulosis :

Protein granular , umumnya terdapat dalam

sitoplasma
Virus

nuclear polyhidrosis dan cytoplasma

polyhidrosis, menginfeksi dengan menghasilkan
inclusion bodies dalam nukleus atau cytoplasma
sel

Meskipun Baculoviridae, Iridoviridae,

Reoviridae sama-sama menghasilkan

inclusion bodies, ---------------beda familia
Virus cytoplasmic polyhedrosis adalah

Reovirus:
Icosahedral, ds RNA
Virus nuclear polyhedrosis dan granulosis

adalah Baculovirus:
bentuk batang, berenvelop, helix, ds DNA

Baculovirius Agensia biological control :

1. menyerang hanya invertebrata (spesifik
inang)
2. Karena berperan dalam proteksi thd
inclusion bodies, virus-virus tersebut
mempunyai kemampuan hidup ketika
tersebar di lingkungan
3. Produk yang komersial , sejak diketahui
ada
dalam
jaringan
larva
dengan
konsnetrasi yang tinggi (1010 Virus per
larva)

Berdasarkan Asam Nukleatnya

Virus DNA
Contoh
:
Poxvirus,
Hepesviruses,
Adenoviruses, Papovaviruses, Parvoviruses.
Virus RNA
Contoh
:
Orthomyxoviruses,
Paramyxoviruses,
Rhabdoviruses,
Picornaviruses, Togaviruses, Reoviruses,
Retroviruses.

Klasifikasi Virus Berdasarkan adatidaknya selubung yang melapisi

nukleokapsid
Virus berselubung, mempunyai selubung
yang tersusun atas lipoprotein atau
glikoprotein.
Contoh : Poxvirus, Herpesviruses,
Orthomyxoviruses, Paramyxoviruses,
Rhabdoviruses, Togaviruses, Retroviruses.
Virus telanjang, Nukleokapsid tidak
diselubungi oleh lapisan yang lain hanya
memiliki kapsid (protein) dan asam nukleat
(naked virus).
Contoh : Adenoviruses, Papovaviruses,