Biyokimya I

BYOKMYA II
Hikmet Gekil, Profesr

nn niversitesi
Fen Edebiyat Fakltesi
Biyoloji Blm
Ve
nn niversitesi
Fen Edebiyat Fakltesi
Molekler Biyoloji ve Genetik Blm
ubat- 2012
IS A
Telif Hakk Yoktur. Kayna verilerek oaltlabilir ve datlabilir.
Biyokimya I/ Hikmet Gekil
NDEKLER
NSZ .................................................................................................................................
GR ......................................................................................................................................
ii
iii
1. SU ve AST-BAZ KAVRAMLARI
2. HCRE
12
3. BYOMOLEKLLER
39
4. AMNO ASTLER ve PEPTDLER
51
5. PROTENLER
68
6. ENZMLER
89
7. HORMONLAR, NROTRANSMTTERLER ve AKTF PEPTDLER
101
8. LPDLER
107
9. VTAMNLER, MNERALLER ve KOENZMLER
119
10. OKSDATF STRES ve ANTOKSDAN SSTEMLER
131
11. NKLEOTDLER ve NKLEK ASTLER
150
12. KARBOHDRATLAR
165
13. HCRE ZARI ve ZARDAN MADDE TAINIMI
179
zlmi sorular .......................................................................................................................

Nobel dlleri ..........................................................................................................................
Ekler .........................................................................................................................................
Szlk ........................................................................................................................................
Kaynaklar ..................................................................................................................................
Dizin ..........................................................................................................................................
196
226
231
248
269
271
NSZ
Sevgili renciler,
nn niversitesi Fen Edebiyat Fakltesi Biyoloji Blm 3. snfnda zorunlu bir ders olan
Biyokimya (BIOL 301/302), iki dnem boyunca haftalk 3 saat olarak okutulan bir derstir. On
yldan beridir rencilerimize verile gelen bu notlarn ierii her yl yeniden gzden geirilip
uygun yenilemeler ve dzeltmelerle gncellenmektedir. Geen yl olduu gibi bu yl da kitap
Biyokimya I ve Biyokimya II olmak zere iki cilt halinde baslmtr. Kitap batan sona gzden
geirilerek her cildin sonuna kullanl tablo, grafik ve dizinler eklenmitir. Ayrca, her iki cilde
Biyokimya ve Molekler Biyolojide yaygn kullanlan birok terimi ieren bir szlk
eklenmitir. Yaplm olan eitli dil bilgisi ve yazm hatalarnn yannda, geni bir alan kapsayan
ve her gn gelien biyokimya gibi bir bilim alan iin hazrlanm olan bu notlarda, varsa bilimsel
hatalarn da ho grleceini umuyorum.
Sevgilerimle,
Hikmet Gekil
Malatya
Ekim 2011,
ii

GR
Biyokimya yaamn molekllerinin ve kimyasal reaksiyonlarnn alld bir bilim alandr. Bu
alanda kimyann dili ve prensipleri kullanlarak biyoloji bilimi molekler seviyede
aklanmaya allr. Dier bir deyimle biyokimya biyolojik molekllerin yaplarn, biri biri ile
olan ilikisini ve transformasyonlarn alan bir bilim daldr. Yani biyokimyaya hayatn
kimyas diyebiliriz.
Btn canl organizmalar cansz molekllerden olumulardr. Alt adet metalik olmayan
element (oksijen, karbon, hidrojen, azot, fosfor ve kkrt) organizmalarn ounun arlnn %
97sini oluturur. Bu elementler kararl kovalent balar oluturabilirler. Su tm hcrelerin
byk ksmn oluturur. Oksijenin yksek oranda bulunmas byk oranda onun sudaki
konumundan gelir. Karbon evrendeki her eyden ok canllarda daha bol oranda bulunur. Dier
yandan, silikon, alminyum ve demir gibi dnya kabuunda bol bulunan elementler hcrede ok
az oranda bulunurlar. Yukardaki 6 adet elementin dnda 29 adet farkl element daha
canllarda iz oranda bulunmaktadr. Bunlarn iinde 5 iyon (kalsiyum, potasyum, sodyum,
magnezyum ve klor) tm canllar iin esastr. Tm 29 element canl organizmann arlnn
sadece % 3n olutururlar.
Canl organizmalar oluturan molekller, bilinen fiziksel ve kimyasal kanunlara uygun hareket
ederler. Ancak, ayrca bu molekller biri birleriyle de belli bir ahenk iinde bulunurlar ki buna
hayatn molekler mant olarak da baklabilir. Bu molekller tek tek izole edilip aratrlrsa,
cansz maddelerin zelliklerini gsterdikleri gzlenir. Ancak, bu moleklerin canl
organizmalardaki dizinimi canszlardaki geliigzelliin tersine, olduka mkemmeldir. Dolays
ile canl organizmalar cansz maddelerden ayran zelliklerin banda, canllarn yap olarak
karmak ve olduka organize olmalar gelir. Canllar olduka hassas i dengelere ve bir ok
eitte kompleks molekllere sahiptirler. Tersine, cansz madde (toprak, kaya, su, hava, vb.)
genellikle birka basit bileenden oluur. kinci en nemli zellik, canllar evrelerinden enerji
(besin veya gne enerjisi eklinde) alp kullanr ve baka bir enerji eidine evirebilirler. Bylece,
canl sistem organize yapsn enerji harcayarak salar ve korur (lnceye kadar). Canllarn
nc ve en nemli zellii kendi kendilerine oalma ve bir yap oluturmalardr. Her hcre,
kimisi olduka kompleks binlerce farkl molekl ierir ve bunlarn hepsi en bata kullanlan tek
hcrenin genetik yapsndan orijin almlardr. Canszlarda reme ve byme diye bir ey sz
konusu olmaz. Kristaller her ne kadar zaman iinde byrlerse de, bunlarn yaps statik olup,
canllardaki gibi dinamik deildir. Dier bir deyimle, canl hcre yle bir sistemdir ki, zel bir
yaps, kendini oluturma, ortama uyum salama, oalma ve gerekli materyalleri evreden
alarak btn bunlar yapabilecek zellikte olmasdr. Hcre rettii zel proteinler (enzimler)la
bir ok reaksiyonun olumasna imkan salar. Yine hcre, kendi evresi ile dinamik bir halde
bulunur ve asla evre ile denge haline gelmez. Bunu da evreden ald maddelerden salad
enerji ile salar. Molekller arasnda kurulan kuvvetli kovalent ve daha zayf balarla eitli
yaplarn olumas salanr. Btn bu mekanizmalar biyokimyann konusu iine girmektedir.
Bir canl organizmadaki her para zel bir fonksiyona sahiptir. Bu durum sadece yaprak, kalp,
dalak gibi makroskobik yaplar iin deil, nukleus, kloroplast, mitokondri gibi mikroskobik
yaplar iin de geerlidir. Mikroskobik ve makroskobik yapy oluturan molekllerin belli bir
program iinde hareket etmeleri, canlnn oluumu, oalmas iin bir gerekliliktir.
Biyokimyaclar bakteri, bitki ve insan gibi biri birinden olduka farkl organizmalarda bile ayn
kimyasal bileiklerin ve ayn temel metabolik yollarn olduunu kefetmilerdir. imdi biliyoruz
ki tm canl organizmalarda biyokimyann temel prensipleri ortaktr. Her ne kadar bilim
adamlar genellikle zel bir organizma tr ile alrlarsa da, bir canl iin elde edilen sonular
genel olarak dier organizmalar iin de uygulanabilir. Grnte bir nar aac, onun dalna
konmu bir kartal, glgesinde oturan bir insan ve kklerinde bulunan bir toprak bakterisi
olduka farkl organizmalardr. Ancak, yzlerce yllk biyokimyasal almalar gstermitir ki, bu
iii
kadar farkl grne sahip bu organizmalar mikroskobik ve kimyasal olarak birbirlerine

olduka benzerlik gstermektedirler. Biyokimya, canllarn molekler seviyedeki bu
benzerliklerini, bu molekllerin her birinin yap ve fonksiyonunu aratrmay konu edinir.
Canl organizmalar olduka dzenli olan yaplarn evreden salam olduklar enerji ile elde
tutarlar. Ekzergonik kimyasal reaksiyonlar ve fotokimyasal reaksiyonlar endergonik
reaksiyonlarn olumasn mmkn klarak bu s yaparlar. Tm canl hcreler belli slarda
alan kimyasal makinelerdir. Esasta canllar iin gerekli enerjinin hepsi direkt veya indirekt
olarak gne na baldr. Oksidasyon-redksiyon reaksiyonlar canllardaki enerji akis ve
depolanmasnda temel rol oynarlar. Enerjinin evreden alnp, bir canldan dierine transferi
iin tm organizmalar birbirine ihtiya duyar.
En dk enerji seviyelerine dmemek iin (yani lmemek iin) canllara enerji gereklidir ve
bunu da evreden beslenme ile alrlar. Organizmalarn i yaps d dnya ile yani evre ile asla
denge halinde deildir. lm halinde ancak dengeye ulalr. Organizmalar yaadklar evre ile
enerji ve madde alveriinde bulunurlar. Bir organizmann kimyasal ierii zaman iinde hemen
hemen sabit olsa da, hcrenin veya organizmann molekler ierii dinamik (yani deien) bir
yap gsterir. rnein, u anda akcierinizden beyninize tanan hemoglobin moleklleri geen
ay sentezlenmi ve gelecek ay hepsi ykma urayarak yerlerini yeni hemoglobin molekllerine
brakacaklardr. Bugn yemi olduunuz yemekteki Karbonhidrat (rnein, glikoz) su anda
dolamnzda hareket etmekte ve birka saat sonra vcudunuzda karbon dioksite veya yaa
dntrlecek ve tekrar yeme ihtiyac ile beraber yeni Karbonhidrat moleklleri dolamnza
karacaktr.
Biraz tarihe
Dinamik bir bilim olarak biyokimyann gemii son 100 yla dayanmaktadr. Ancak, bu modern
biyokimyann bugnk hale gelmesinde daha nceki almalarn da katks byk olmutur.
Reaksiyon kinetikleri ve molekllerin atomik yaps hakkndaki bir ok bilgimizi 1900den
nceki periyotta yaplm almalara borluyuz. Organizmalar tarafnda retilen bir ok
kimyasaln belirlenmesi 19. yyln sonlarnda olmutur. Bu zamandan sonra biyokimya organize
bir disiplin oldu ve hayatn kimyasal yn ile ilgili bilgilerimizde nemli geliim ve deiimler
yaand. Biyokimyann gelimesi ve dier disiplinlere etkisi 21. yyda da devam edecektir.
Friedrich Whler 1828 ylnda inorganik bir bileik olan
amonyum siyanat starak organik bir bileik olan reyi elde
etti. Esas olarak sadece canl organizmalarda bulunan organik
bileiklerin inorganik maddelerden elde edilebilecei ilk defa
bu deneyle gsterilmi oldu. imdi biliyoruz ki, biyolojik
molekllerin sentezi ve paralanmalar biyoloji dndaki kimyasal dnyann kimya ve fizik
kanunlar ile ayndr.
Her ne kadar niversitelerde biyokimya blmlerinin almas Whlerin deneyinden 75 yl
sonrasn bulmusa da bir ok biyokimyac iin biyokimyann balangc Whlerin reyi sentezi
kabul edilir.
Biyokimyann tarihine bakarsak zellikle iki byk bulu dikkati ekmektedir: katalizr olarak
enzimlerin ve enformasyon tayc molekller olarak nkleik asitlerin kefi. Bu keiflerden ilkini,
yani enzimlerin biyolojik reaksiyonlarn katalizrleri olarak kefi, ksmen Eduard Buchnere
borluyuz. Buchner 1897de paralam olduu maya (ng. Yeast) hcrelerinden elde ettii
ztn (ng. Extract) glukozu alkol ve karbon dioksite fermente ettiini gsterdi. Bundan nce,
bilim adamlar bu tr bir dnmn sadece canl hcreler tarafndan olabileceine
inanyorlard.
iv

Biyolojik katalizrlerin zellii Buchner ile ayn yllarda deneylerini yapan Emil Fischer
tarafndan ortaya kondu. Fischer maya enzimlerinin katalitik etkisini basit bir alma ile
gsterdi: ay ekri olan skrozun hidrolizi (su ile paralanmas). Fischer, kataliz srasnda bir
enzimin ve onun etki ettii maddenin (reaktan veya substrat) biri birine balanarak bir ara
bileik oluturduklarn ileri srd. Enzimlerin birer kilit substratlarn ise birer anahtar gibi
davrandklar orijinal fikri de Fischere aittir. Yaamn hemen hemen tm rekasiyonlarnn
enzimler tarafndan katalizlendii daha sonraki almalarla ortya konmutur.
Enzimler konusunda greceimiz gibi enzimatik katizle yksek oranda rn elde edilirken ok
az veya hemen hemen hi yan rn elde edilmez. Halbuki organik kimyada % 50-60 saflkta olan
rn eldeleri iyi kabul edilmektedir. Yan rnlerin ortaya kmas hcreye zarar vereceinden
ve bunlar iin gereksiz enerji harcanmas olacandan biyokimyasal reaksiyonlar yksek
verimlilikte olmaldr. Enzimatik katalizin tabi ki dier nemli bir zellii, katlizr (enzim)
yokluunda olduka yava seyredecek veya hi olmayacak bir kimyasal rekasiyonun olduka
hzl gereklemesidir.
20. yyln son yarsnda zellikle proteinlerin yaps ile ilgili olanlar bata olmak zere yapsal
biyoloji alannda nemli atlmlar gereklemitir. Proteinlerin yaplarnn ilk zlmesi 1950 ve
1960larda ngilteredeki Cambridge niversitesinde John C. Kendrew ve Max Perutz tarafndan
olmutur. O zamandan beri 1000 adedin zerinde proteinin -boyutlu yaps belirlenerek
proteinlerin karmak biyokimyas hakkndaki bilgilerimizde byk kazanm olmutur. Bu hzl
geliim gnmzn teknolojik harikalar olan daha hzl bilgisayar ve programlarn kullanm ile
ancak mmkn olmutur. Modern biyokimya byk oranda bilgisayarlara baml olup bundan
dolay yeni bir alt disiplin olan biyoenformatik ortaya kmtr.
Biyokimyann tarihindeki ikinci byk gelime Buchner ve Fischerin deneylerinden yarm yz
yl sonra ortaya konabilen nkleik asitlerin bilgi (enformasyon) tayan molekller olarak
belirlenmi olmalardr. Oswald Avery, Colin MacLeod ve Maclyn McCarty 1944 ylnda bir
bakteri olan Streptococcus pneumoniaen toksik suundan deoksiribonukleik asit (DNA)y izole
ederek ayn bakterinin toksik olmayan suu ile kartrdklarnda, toksik olyan bakteri
hcrelerinin toksik olduunu gzlemlediler. Bu deney DNAnn genetik madde olduunu ilk defa
kesin biimde ortaya koydu. DNAnn -boyutlu yaps 1953 ylnda James D. Watson ve Francis
H. C. Crick tarafndan ortaya kondu. Ortaya koyudklar DNA modeli ile Watson ve Crick bu
molekln kendi kendini yapabilecek (replikasyon) ve zerindeki bilgiyi (enformasyonu)
sonraki nesillere aktarbilecek yetenekte bir molekl olabileceini dndler. Daha sonraki
almalar genetik bilginin DNA zerinde kodlanm olduunu ve bu bilginin nce ribonkleik
asite (RNA) ya aktarldn (transkripsiyon) ve bundan da proteine deifre edildiini
(translasyon) ortaya koydu. Dier Bir deyimle genetik bilgi nkleik asitlerde sakldr ve nesilden
nasla transfer edilir. Bu durum, hcrede bu molekln oaltlmas (replikasyon) ve tamiri ile
uzun nesiller boyu olmas garanti altna alnmtr.
Nkleik asitlerin molekler seviyede allmasn konu
alan genetik almalar molekler biyoloji alannn bir
paras iken, molekler biyoloji biyokimyann bir parasdr. Nkleik asitlerin genetik bilgiyi
nasl tayp aktardklarn anlamak iin nkleik asitlerin yapsn ve bunlarn kendileri dahil
dier biyomolekllerin sentezi ve paralanmasnda grev yapan enzimleri nasl kodladklarn
anlamalyz. Enzim ve nkleik asitlerin hayatn kimyasndaki merekzi rollerini anlamak
biyokimyann esas varlk sebeplerinden en nde olanlardr.
Crick tarafndan 1958 ylnda ileri srld gibi normalde genetik biginin DNAdan proteine
ak tersinir deildir. Bilginin bu ekildeki tek ynl ak iin Crick molekler biyoljinin Esas
Dogmas terimini kullanmtr (ng. Central Dogma). Bu terim genellikle yanl anlamalara
neden olmakta ise de, genel durumu ifade etmek iin kullanlmamaktadr. Buradaki kast,
genetik bilginin proteinden gerisin geriye nkleik asite dnemeyeceidir. Btn makro
molekller, birka basit bileikten, onlar da birka elementten olumulardr. Canllarn
molekler ieriklerinin ou, karbon atomuna baka bir karbon atomu, hidrojen, oksijen veya
azotun kovalent balanmasndan meydana gelmitir. Karbon, zel ba yapma zelliinden dolay
ok sayda farkl molekln oluumuna imkan salar. Molekl arl 500 daltonun altnda olan
organik yaplar, rnein, amino asitler, nkleotidler ve monosakkaritler, sras ile proteinleri,
nkleik asitler (DNA ve RNA) ve polisakkaritleri olutururlar. Tek bir protein 1000 kadar amino
asit ierebilir. Tek bir DNA molekl milyonlarca nkleotidden olumu olabilir. Escherichia coli
nin her hcresinde 3000 kadar farkl sayda protein, bir o kadar da farkl nkleik asit molekl
(RNA) bulunur. Bunlar hepsi, ancak, tek bir DNA molekl (4,2 milyon baz ifti veya nkleotid
ifti) tarafndan kodlanr. Proteinler 20 eit monomer (amino asit) oluurken, nkleik asitler 4
eit monomer (nkleotid) den oluurlar. Nasl ki 29 harflik Trk alfabesinden snrsz sayda
kelime, cmle ve kitap yazlabilirse, bu monomerlerin de birbirlerine kovalent balanmalar ile
snrsz say ve eitte protein ve nkleik asit molekl oluabilir. Tm canllar ayn
monomerleri ierirler, ancak her canlnn karakteristik zellikleri bu ayn monomerlerin polimer
yapda farkl dizilimleri ile ortaya kar.
Bu dersin konusu iinde hayatn en nemli molekllerini tanyacaz. Onlarn oluumu, yaplar,
fonksiyonlar, gibi konular analiz edilerek nemli biyokimyasal fenomenler zerinde
durulacaktr. ki dneme yaylm olan konular iinde, biyolojik olarak nemli molekl,
makromolekl ve yaplarn fiziko-kimyasal zelliklerini tanmak, fonksiyonlarn incelemek ilk
dnemin konular iinde iken, ikinci dnem ayn yaplarn metabolizmas (sentezi ve
paralanmas), ve bu metabolizmay regle eden yap ve sistemler zerinde durulacaktr.
Biyokimya biliminin temel amac, cansz maddelerin nasl bir araya gelip canl organizmay ve
dolays ile hayatn devamn saladn ortaya koymaktr. Her ne kadar, tp, tarmclk,
beslenme ve endstride biyokimyasal almalar nemli ise de, bu bilimin en ileri amac hayatn
bilinmezlerini aratrmaktr.
HG
vi
1 SU ve AST- BAZ KMYASI

1.1 Organizma ve hcrede su
Her ne kadar organik bir molekl olmasa da canl hcrelerin en temel ve nemli miktarda olan
bileii sudur. Biyolojide suyun nemi genellikle hak eden deerde deerlendirilmemitir. Sv su
olduka eitli ynlere sahip bir maddedir. Her ne kadar molekllerin en kklerinden biri olsa da
su biyomolekllerin (r. DNA ve proteinlerin) yap kazanmasnda ve fonksiyonunda hayati nem
tar. Suyun ok ynll onun hidrojen ba kurma zelliine dayanr. Canllarn ya arlnn %
65-95i sudan olumutur. Su sadece biyokimyasal olaylarn gereklemesi iin deil, ayn zamanda
hcre zarndan maddenin geii, vcut ssnn korunmas gibi olaylar iin de hayati nem tar.
Bitkiler iin su en nemli besin kaynadr. Fotosentetik hcreler suyu oksidize ederek karbon
dioksitin fiksasyonunu (balanmn) salar ve gezegenimizdeki molekler oksijenin oluumunu
salarlar. Vcutta su dengesinin (su alnm ve atlm) korunmas metabolizma iin kritik nem
tar. Yetikin bir insan gnde yaklak 2 litre su alnm ve atlm yapar (vcuda alnan suyun 900
mlsi sv, 800 mlsi yiyeceklerden ve 300 mlsi yiyeceklerin oksidasyonundan yani metabolik sudan
salanr). Ayn miktarda su (2 litre) idrar, solunum ve terleme yolu ile dar atlr.
ekil: 70 kg gelen ergin bir insandaki toplam vcut svs. Total vcut
suyu erikinlerde vcut arlnn % 50-60n, ocuklarda % 75ini
oluturur. Toplam vcut suyunun % 60 kadar hcre d, % 40 kadar
hcre iinde bulunur. Yalar hemen hemen su balamadklarndan obez
insanlar zayf insanlara gre daha az bir su oranna sahiptir. Ayrca,
kadnlarda su oran erkeklere gre daha az iken, gen insanlar yallardan
daha fazla bir su yzdesine sahiptir.
1.1.1 Suyun fiziksel ve kimyasal zellikleri
Suyun fiziksel zellikleri kendi grubundaki hidritlerden nemli farklar
gsterir. rnein su, 0 oCde donma ve 100 oCde kaynama noktasna
sahipken, hidrojen slfr (H2S) 85 oC donma ve 65 oC kaynama
noktalarna sahiptir. Dolays ile suyun donma ve kaynama dereceleri
arasndaki fark hidrojen slfrden nemli lde byktr. Bu durum
canl sistemler iin hayati nem tar. nk bylece vcudumuz
(hcreler) yksek ve dk slarda donma ve ar snma gstermez.
Ayrca, suyun buharlama ss bir ok svdan (metanol, etanol,
propanol, butanol, aseton, kloroform, vb) ok daha yksektir (2-10 kat).
Bu durum su moleklleri arasndaki yksek derecedeki balanma zelliklerinden kaynaklanr ve
suya yapkan bir zellik kazandrr. Bir su moleklndeki her iki hidrojen atomu birer ift
elektronla oksijene baldrlar. Yani, H2O molekln yapan balar kovalent balardr. Oksijen daha
elektronegatif bir molekl olmasndan dolay, elektron paylam eit olamayp, elektronlar oksijene
daha yakn bulunurlar. Bylece, bir su moleklnn oksijen atomu baka bir su moleklnn
hidrojen atomuna hidrojen ba ile balanr. Daha sonra greceimiz gibi hidrojen balar, kovalent
balardan daha zayf balardr.
Suda hidrojenle oksijen arasnda paylalan elektronlar oksijene daha
yakn bulunurlar ve bu durum oksijenin elektron densitesini artrrken,
hidrojenler elektron fakiri olurlar. Bu nedenle oksijen ksmi nagatif yk
(-), hidrojen atomlar ise ksmi pozitif (+) yke sahip olurlar. Bylece,
su molekl bir elektrik dipol oluturur. Benzemeyen ykler biri
Blm 1: SU ve AST- BAZ KMYASI

birlerini ekerler. Bylece, bir su moleklnn hidrojen atomlar baka bir su moleklnn oksijeni
ile hidrojen ba ile balanrlar:
Bu hidrojen balar zayf balardr ve krlmalar 10 kcal (42 kJ)
altnda bir enerji ile baarlabilir. Hlbuki bir su moleklnn
oluumunu salayan kovalent balar 100 kcal (420 kJ) enerji
gerektirir. Suyun 100Cye kaynatlmas hidrojen balarnn
krlmas iin yeterlidir. Hidrojen balar suyun kaynama noktas da
dahil olmak zere onun bir ok fiziksel karakterini belirler.
Donmu suda her su dier su moleklleri ile maksimum 4 hidrojen ba yaparken, bu say sv
haldeki suda 3.4e tekabl eder ve dolays ile buz kristalimsi yaps ayn saydaki su molekl ile
daha fazla yer igal ettiinden, daha az youn olur ve su yzeyinde yzer.
Hidrojen balar sadece su molekllerine has deildir. Bu balar elektronegatif bir atomla (ou kez
oksijen veya azot) dier bir elektronegatif atoma bal hidrojen arasnda kolaylkla oluabilirler.
Anca, elektronegatif bir atom olmayan karbona bal hidrojen atomlar hidrojen ba yapamazlar.
Bu durum bize, neden butanol (CH3CH2CH2CH2OH)un 117 oC kaynama noktasna sahipken, btan
(CH3CH2CH2CH3)in -0.5 oCde kaynadn aklar. nk butanol dier butanol moleklleri ile ve su
ile hidrojen ba oluturan polar hidroksil grubuna sahiptir.
Molekler arl 17 olan amonyak (NH3) ve hatta 44 olan propann gaz olduu dnlrse,
molekl arl 18 olan suyun da normal artlarda bir gaz olmas beklenir. Ancak, su 100 0Cye
kadar sv halde kalr. Bunun nedeni, su molekllerinin
kendi aralarnda hidrojen ba oluturmalarndan
kaynaklanr. Bu eit fiziksel molekller aras (ng.
intramolecular)bir etkileim ksm pozitif ykl hidrojen
atomu ile, yrngesinde paylalmayan bir ift elektron
tayan bir baka atom arasnda (r. =O veya O) olur.
Hidrojen atomunun, oksijen veya azota (fakat karbona
deil) bu ekilde balanmas hidrojen ba ile olur. Byle
atomlarda, -OHtaki bal elektronlar Hden ok Oe yakn
bulunduklarndan, oksijen ksm negatif (-) bir yke
sahip olur. Hidrojen atomlarndaki ykten dolay su ksm pozitif ykl (+) olup yandaki halde
bulunur.
Hcre veya vcuttaki su olduka zayf bir iyonize formda bulunurken, iermi olduu birok eriyik
madde (znen, solt) sayesinde organizma iin kararl bir ortam (hemostasis) yaratr. Su,H 3O+ +
OH- eklinde ayrr (ng. disosasyon). H3O+ hidronyum iyonu olmakla beraber, sadelik olmas
asndan biyokimyada bu iyon basite H+ veya bir proton olarak ifade edilir. Dolays ile suyun
disosasyonu, H+ + OH- gsterilebilir. Bu bant iin disosasyon (ayrma) sabitesi (Kd), Kd=
[H+][OH]/[H2O] ve dolays ile [H2O]Kd= [H+][OH]=Kw. Hem Kd ve hem de [H2O= 55.5 M] birer sabit
deer olduklarndan, Kw de sabit bir deer olup 25 oCde 10-14e eittir. Bylece,
[H+][OH-]= 10-14
Bu eitliin her iki tarafnn logaritmasn alrsak,
-14= log[H+] log[OH-]
eitliini elde ederiz.
Yukardaki eitlikte -log[H+] pHy, log[OH-] ise pOH ifade eder. Bylece, pH + pOH= 14
+
olur. H ] = [OH-]= 10-7 olduu zaman hem pH ve hem de pOH 7ye eit olurlar ve solsyonun ntr
olduu varsaylr. Eer pH>pOH ise solsyon bazik, pH<pOH durumunda ise solsyon asidik olarak

kabul edilir. Kan plazmasnn (yani kan hcrelerinin phtlatrlmadan ayrlm olduu sv) pH
deeri 7.4e yaknken dier hcre ii ve hcre d (ng. intra ve extracellular) svlarn pH deerleri
bu deerden olduka dk (asidik) veya yksek (bazik) olabilir. Mide svsnn asitlii yani pH
deeri 1-2 civarnda iken, pankreatik svnnki 7.5-8.0 arasnda, idrarnki ise beslenme alkanlna
bal olarak 4.5 ila 7.5 arasnda deiebilir.
Yksz fakat polar biyomolekller, rnein, ekerler suda kolayca erirler. Bunun nedeni, ekerdeki
karbonil oksijeni veya hidroksil gruplar ile polar su molekl arasnda oluan birok saydaki
hidrojen bann kararl bir yap oluturmas ile aklanr. Alkoller, aldehitler ve ketonlar hepsi su ile
(ve N-H ieren bileiklerle) hidrojen ba yaparlar.
Su, ykl znebilen (solut) maddelerle elektrostatik olarak
birleir. Polar bir solvent (zc) olan su, biyomolekllerin
ounu kolayca eritir. Bunun nedeni, biyomolekllerin
(protein, eker, nkleik asit) ykl ve polar bileikler
olmasdr. Bu ekilde, suda kolayca znen maddelere
hidrofilik (yani suyu seven) denir. Tam tersi, polar olamayan
solventler (rnein, kloroform, benzen) biyolojik molekller iin olduka zayf zclerdir. Fakat,
bu solventler dier polar olmayan biyomoleklleri (rnein, lipid ve mumlar) rahatlkla zerler.
Tuzun suda znmesi bir hidrasyon olaydr. Su, Na+ ve Cl- iyonlarn kararl hale getirerek tekrar
birleip kristalimsi yap kazanmalarna engel olur. Biyolojik olarak nemli gazlar olan CO2, O2 ve N2
polar deillerdir. Dolays ile bu gazlar suda olduka zayf erirler. Bu tur gazlarn tanmas iin canl
sistem suda znen tayc molekller oluturmutur. rnein, hemoglobin ve miyoglobin O 2
transferini salarken, CO2nin ou enzimatik olarak karbonik aside (H2CO3) dntrlerek suda
znmesi salanr. Dier nemli iki biyolojik gaz NH3 ve H2S olup her ikisi de polar olduundan su
da rahata znr.
Su, benzen veya hekzan gibi bir hidrokarbonla kartrldnda biri biri iinde erimeyen ve
karmayan iki faz (tabaka) oluur. Bu eit suda erimeyen maddelere hidrofobik (suyu sevmeyen)
denir. Ayrca amfipatik bileikler vardr ki bir blgeleri polarken, dier ksmlar polar deildir.
Membranda yerleik bir ok protein, fosfolipidlerin hepsi darya bakan polar (hidrofilik) ve polar
olmayan (hidrofobik) membrana gml ksmlara sahiptirler.
Su sadece kimyasal reaksiyonlarn olmasn salayan biyolojik bir solvent (zc) deildir. Ayn
zamanda bu reaksiyonlarda direkt olarak grev yapar. ATPnin (fosfat anhidrit) ADP ve inorganik
fosfat (Pi)dan oluumunda su aa karken tersi durumunda su kullanlr. Hidrolizis reaksiyonlar,
beslenme ile alnan protein, karbonhidrat ve nkleik asitlerin depolimerizasyonunda (bileenlerine
ayrlmas) rol alrlar. Hidrolitik enzimler (lizozomlar hatrlayn) veya dier bir isimle hidrolazlar
suyun molekler yapsn oluturan elementleri (H ve OH), monomerleri birebirine balayan balara
(peptid, glikozidik, fosfodiester) sokarak makromolekler yapy monomerlerine ayrrlar. Btn
hidrolitik reaksiyonlar ekzergoniktir (enerji aa kar). Polimerlerin tekrar bu monomerlerden
oluumu endergonik (enerji gerektiren) bir durumdur. Sizler bu satrlar okurken oksijen
harcyorsunuz ve glikoz gibi besin molekllerini metabolik olarak yakyorsunuz ve bu
reaksiyonlardan su aa kyor. Yani,
C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O
Bu eit suya metabolik sudenir ve baz kurak iklim hayvanlar (r, deve), k uykusuna yatan
hayanlar (ay, ylan gibi) ve uzun sre uan kular(g eden kular) uzun sure su imeden bu
ekildeki su ile uzun sure yaamlarn devam ettirebilirler.

1.1.2 Suyun iyonizasyonu
Biyolojik sistemlerin sv ksm olduka sabit olan belli bir hidrojen iyon konsantrasyonu [H +]na
sahiptir. yon konsantrasyonunun sabit olmas hayati nem tar, nk biyokimyasal reaksiyonlar
(enzimlerin almas, metabolik yollar, vs) ancak belli [H+] iyon konsantrasyonlarnda
gerekleebilirler.
Suyun kendisi de (zayf da olsa) hidrolize olur ve ortama H+ (hidrojen) ve OH- (hidroksil) iyonlar
salar. Suyun iyonizasyonu, H+, OH- ve pH kavramlar zerinde laboratuarda daha detayl
durulacaktr...
H+ (hidrojen iyonu) konsantrasyonu ([H+]) rutin olarak pH cinsinden ifade edilir. [H+]in negatif
logaritmas pHy verir. Byle bir yntemin kullanlmas ile ok kk deerler (10-6-10-14) anlaml
rakamlara dntrlr. rnein saf suda hidrojen iyon konsantrasyonu yaklak 1 x 10-7 M
(Molar)dir. Bu kavram da laboratuarda detayl anlatlacaktr.. Bu rakam 0.0000001 eklinde ifade
etmek hi de pratik deildir. Bu deerin eksi logaritmasn alrsak pHy bulmu oluruz. Yani, pH= log[H+]= 7.0. Dolays ile pHnin bir nite (birim) deimesi (rnein pHnin 7.0dan 6.0a dmesi)
konsantrasyonda 10 kat bir deiime (arta) sebep olur (10-7 den 10-6).
Suyun iyonizasyonu derecesi olduka dktr. 25 oCde 107 su moleklnden yaklak bir tanesi
iyonize halde bulunur. Saf suda 25 oCde suyun konsantrasyonu (d= 1 g/ml ise, 1000g/litre/ 18
g/mol= 55.5 mol/litre= 55.5 M) 55.5 M olup, olduka dk olan H+ ve OH- konsantrasyonlarna
gre hemen hemen sabittir. Dolays ile;
H2O H+ + OHReaksiyonunda denge halinde,
Kd= [H+][OH-]/ [H2O]
Kd= [H+][OH-]/ 55.5 M
Kd)( 55.5 M )= [H+] [OH-]= Ksu (suyun iyon rn)
Saf suyun Kd (denge sabitesi) 25 oCde 1.8 x 10-16 M olarak llmtr (10-7x10-7/55.5) (yani,
suyun bir litresinde akmn gemesine sebep olabilecek mol iyon says. Dolays ile,
(1.8 x 10-16 M)(55.5 M)= [H+] [OH-]
99.9 x 10-16 M2=[H+] [OH-]
1.0 x 10-14 M2=[H+] [OH-]= Ksu
Bylece,
[H+]= [OH-]= 10-7 M
Suyun iyon konsantrasyonu sabit olduundan, ne zaman H+ iyon konsantrasyonu 1 x 10-7 Mdan
byk olursa, OH- iyon konsantrasyonu da o lde klr (dk H+ konsantrasyonu yksek pH,
yksek H+ iyon konsantrasyonu dk pH anlamna gelir). Suyun pH skalas (0-14) H+ ve OHkonsantrasyonlarnn bir ifadesidir.
rnein, 0.1 M NaOH solsyonundaki H+ iyon konsantrasyonu:
Ksu= [H+] [OH-]
[H+]= Ksu/[OH-]
[H+]=1 x 10 14 M2/0.1 M= 10-13 M
1.2
Zayf asitler ve bazlar, pH kavram, tamponlar
Solsyonlardaki birok madde proton alma ve salma kapasitesine sahiptir. Brnsted asid-baz
kuramna gre asit hidrojen iyonu (proton) veren bir madde iken, baz (alkali) hidrojen alan bir
maddedir. Dolays ile proton veren bir asit ortamda bir baz oluumuna neden olur. Bylece orijinal
asit ve yeni oluan baza konjuge asit-konjuge baz cifti denir. Protonu alp asit forma dnen baz
baka bir bazdr:
HA
+
B
A+
HB
Asit
Konjuge baz
Konjuge asit
Baz
Bylece her iyonizasyon reaksiyonunda iki konjuge asit-konjuge baz ifti vardr. Yukardaki durumu
gerek bir rnekle ifade edersek, asetik asit bir asit iken, asetat bir bazdr. Yine, amonyum iyonu
(NH4+) bir asit iken, amonyak (NH3) bir bazdr. Dier bir deyimle bir asit protonunu (H)
kaybederse onun konjuge baz formu oluurken, konjuge bir baz bir proton kazanrsa onun konjuge
asit formu oluur. Baz asitler suda komple znrler, yani tm protonlarn ortama salarlar. Bu
eit maddelere kuvvetli asit veya kuvvetli baz denir. Kuvvetli asit ve kuvvetli bazlar sulu bir
ortamda % 100 iyonize olurlar. rnein, HCl solsyonda % 100 H3O+ ve Cl- iyonlarna iyonize olur:
HCl
+
H2O
H3O+ +
ClSulu zeltilerde H3O+ (hidronyum iyonu veya dier bir deyimle suyun konjuge asiti) hidrojen iyonu
(proton)un gerek formudur. Bu nedenle yukardaki reaksiyon daha basit ekilde,
HCl
H+
+
Cl+
+
eklinde ifade edilebilir (yani H3O = H ). Bir rnek verirsek, eer 1 M HCl suda znrse 1 M H+ ve
1 M Cl- aa karken, yine kuvvetli bir asit olarak kabul edilebilecek slfrik asit (H2SO4) ayn
konsantrasyonda (1 M) suda znrse 2 M H+ ve 1 M SO4- iyonu aa kar.
Zayf asit ve bazlar karakteristik disosasyon (iyonizasyonu) sabitelerine sahiptirler. Hidroklorik,
slfrik, nitrik asit kuvvetli asitler olup suda tamamen znrler. Sodyum hidroksit ve potasyum
hidroksit ise kuvvetli bazlardan olup yine suda tamamen znrler. Ancak, biyokimyaclar daha
ok, suda tam olarak iyonize olmayan zayf asit ve bazlarla alrlar. nk bu eit asit ve bazlar
canl metabolizmasnda nemli rol alrlar (her enzimin veya proteinin zel bir pH deerinde
optimum aktivite gsterir). Asitler proton (H+) verici, bazlar ise proton alclardr. Bu ekilde
konjuge asit-baz ifti oluur. Zayf bir asit olan asetik asit
(CH3COOH) bir proton verici, asetat anyonu (CH3COO-) ise
alcsdr:
CH3COOH H+ + CH3COO[HA] [H+] + [A-]
iyonizasyonu reaksiyonlarnda denge sabiteleri genellikle
iyonizasyonu veya disosasyon (ayrm) sabiteleri (Ka)
olarak da adlandrlr:
Ka= [H+] [CH3COO-]/ [CH3COOH]=
= [H+] [A-]/[HA]
[H+]=Ka[HA]/ [A-]
-log[H+]=-log
Ka + log [A ]/[HA]
pH=pKa + log [A-]/[HA] (Henderson-Hasselbalch (H-H)
Eitlii). Bundan sonra bu eitlie ksaca H-H eitlii
diyeceiz.
Kuvvetli asitler byk Kalara sahipken, zayf asitler kk
Kalara sahiptirler. pKa pHnin analou olduundan;

pKa= log 1/Ka=-logKadir.
Daha fazla iyonize olan asitler dolays ile daha dk pKalara (yksek Ka) sahiptirler.
Titrasyon erileri bir solsyondaki asit (veya baz) in miktarn ve o asitin pKasn bulmaya yarar.
Belli hacimdeki asite belli konsantrasyondaki bir baz (genellikle (NaOH) ntralize oluncaya kadar
ilave edilir. Asitin konsantrasyonu ve pKas harcanan ve konsantrasyonu bilinen bazn yardm ile
hesaplanr (bu konuya laboratuarmzda detayl giri yaplacaktr).
ekil: Asetik asit iin titrasyon erisi.
Tablo: Biyolojide nemli baz zayf monoprotik
(tek H), diprotik (iki H) ve triprotik ( hidrojen
salan) asitlerin pKa deerleri. Dolays ile
monoprotik asitler 1, diprotik asitler 2,
triprotik asitler 3 adet pKa deerine sahiptir.
Tamponlar pH deiimlerine kar (diren)
koyan solsyonlardr. En etkili tamponlama
(diren), o tampon sisteminin pKasndan 1.0
pH nitesi kk ve 1.0 pH nitesi byk pH
aralna denk gelen blgede olur (pKa 1.0
pH). rnein, asetat tamponu 4.8 pKaya sahip
asetik asit ierdiinden, byle bir tamponun
en etkili tamponlama yapaca pHlar yaklak
4.0 ila 6.0 arasndadr.
Tamponlar, zayf asit ve onlarn konjuge

bazlarndan (veya tersi) oluurlar. Tm
biyolojik reaksiyonlar belli pH limitleri iinde
olur. pHdaki az bir deiim reaksiyonu nemli
llerde etkiler ve ou zaman tamamen
durdurur. Tamponlar yle sistemlerdir ki,
dk H+ ve OH- iyon ilavelerine diren
gsterirler. Dolays ile zayf asit ve bazlar
hcre ve dokular pH deiimlerine kar
korurlar. Bunlardan fosfat ve bikarbonat en
nemli biyolojik tamponlardr. Hayvanlarda,
bikarbonat (HCO3 ) sistemi pH 7.4de etkili fizyolojik bir tampondur. nsan kan plazmas normalde
pH 7.4e yakn bir deerdedir. eker hastalarnda metabolik asitin ar retimi asidozise sebep olur
ve pH seviyesi 6.8in altna inebilir. Bu durum, hcre hasar ve lmne neden olabilir. Dolays ile
tm canllar hcrelerinde veya vcut svlarnda belli bir asit-baz dengesini korumak zorundadrlar.
Vcudumuzda olabilecek kk asit-baz deiimlerine kar hemoglobin ve yukardaki iki tampon
sistemi kar koyar. rnein, CO2 eritrosite girdii zaman hzlca H2CO3e (bikarbonat) dntrlr

(karbonik anhidrazin vcudumuzda en yksek turnovere sahip olan enzim olduunu Enzimler
konusunda isleyeceiz).
Ancak, H2CO3un bir ksm iyonize olur (H2CO3 HCO3- + H+). Hcrenin (eritrosit) pHs yaklak 7.2
ve H2CO3 un pKas 6.35 olduundan karbonik asidin yaklak % 90u iyonize olur. Bu nedenle
hcreye CO2 girmesi direkt olarak [H+]da bir arta sebep olur yani ortam daha asidik olur.
Yukardaki ekilde de gsterildii gibi hcrelerin ve hcreler aras svnn iyonik ierii nemli
farkllk gsterir. rnein, kan plazmasnda ve hcreler aras svda en ok bulunan katyon Na+ ve en
ok bulunan anyon Cl- iken, hcre ii svda (sitoplazma) en ok K+ katyonu ve anyon olarak organik
fosfat (rnein, ATP) bulunur. Sv kompartmanlar arasndaki bu iyon bileimi farkndan dolay her
sv kompartman tamponlamaya katkda bulunur. Ayrca bu iyonlar sinyalizasyon sisteminin en
nemli elementleridir. Bunlar sayesinde enerji retimi, elektrik sinyaller ve sinyal tanm gibi
olaylar mmkn olur.
Asit-Baz, pH, pKa, iyonizasyon
Molarite (M)= mol znen (solut)/litre solsyon.
Solsyon= solvent + solt (solvent= zen, solut= znen)
mol/l= M olduundan,
M x L= mole
M x ml = mol
mM x ml = mol
Normalite (N)= edeer mol-gram solut/ litre solsyon (N=nM, n=znebilen asidik veya bazik
grup says, rnein H2SO4de n= 2 iken, HCl veya NaOHda n= 1dir)
Konsantre=deriik=youn
Dilue=seyreltik
% konsantrasyonlar: (v/v: w/v: w/w)
v/v: ml solut/100 ml solsyon
w/v: g solut/100 ml solsyon
w/w: g solut/100 g solsyon
yonik kuvvet (), rnein bir tamponun iyonik gc:
= MZ2
M= ortamdaki iyonlarn gerek molaritesi, Z= iyonun yk.
rnein, 0.02 M Fe2(SO4)3 un iyonik kuvveti:
0.02 M Fe2(SO4)3 0.02 M 2Fe+3 + 0.02 M 3SO4-2
0.02 M Fe2(SO4)3 0.04 M Fe+3 + 0.06 M SO4iyonik g= (0.04)(3)2 + (0.06)(-2)2 = (0.60)
=0.30 M
bir adet +1 anyon ve bir adet 1 katyon ieren bir solut iin (rnein, NaCl, )= M olur.
Avagadro says: 6.02 x 1023
Her trl maddenin 1 molnde Avagadro says kadar molekl vardr (yani, 1 mol glukozda 6.02 x
1023 adet glukoz molekl, 1 mol H+ iyonunda 6.02 x 1023 adet H+ iyonu, 1 mol e- (elektronda) 6.02 x
1023 adet e- bulunur).
Dalton: greceli bir birim olup arlktan ok bykl ifade etmek iin kullanlr. Ancak, arlk
birimi olarak da kullanlmas mmkndr ve 1 Dalton= 1/6.02 x 1023 = 1.66 x 10-24 gdir. Dolays ile
soluduumuz oksijenin (O2) gerek arl 5.32 x 10-23 gdir. Ancak, kimyasallarn molar veya
normal konsantrasyonlar hesaplanrken o kimyasaln Dalton cinsinden boyutu (veya arl) g/mol
cinsinden alnr (rnein, glukoz 180 Dalton byklne sahiptir ve o da 180 g/mole denk gelir.
Dier bir deyimle bir molekl madde o maddenin 1 molunu yap olarak ifade eder).
ZML SORULAR
1. Tm biyokimyasal reaksiyonlar suda oluurlar. Suyun konsantrasyonu 55.5 M (Molar), pHs ise
7.0dir. Bu rakamlar nasl elde ederiz?.
2. Kuvvetli bir asite rnek vererek ksaca tanmlaynz.
3. Zayf bir asite rnek vererek ksaca tanmlaynz.
4. Aadakilerden hangisi en dk pH deerine sahiptir?
A) 0.1 M HCl
B) 0.1 M asetik asit(pKa = 4.86)
C) 0.1 M formik asit (pKa = 3.75)
D) 10-13 M NaOH
5. Bir bileiin pKa deeri 7.4tr. Bu bileiin pH deeri 8.0 olan 100 ml 1.0 Mlk solsyonuna 30 ml
1.0 M HCl eklenirse yeni solsyonun pH?
A) 7.58
B) 7.40
C) 7.22
D) 6.80
E) 6.53
6. Suda etanoln (CH3CH2OH) etandan (CH3CH3)daha kolay erimesinin sebebi nedir?
7. 50 mL 0.1 M sodyum asetat solusyonu ile 150 mL 1 M asetik asit (pKa = 4.7) solusyonunun
karmndan kan yeni solusyonun pH?
8. pKa deeri 4.0 olan zayf bir asitin Kas nedir?
9. Laktik asit mi (pKa = 3.86) yoksa asetik asit mi(pKa = 4.76)daha kuvvetli bir asittir?
10. Eer 0.1 mol zayf asit (Ka of 1.00 x 10-4 M ) 1 litre suda znrse, asit (HA) ve konjuge bazn (A-)
denge konsantrasyonlar ne olur? Bu solsyonun pH?
11.Aadakilerden hangisi sulu zeltiler iin dorudur?
A)Solu solsyonlarda hidrojen balar kolayca oluur
B)Ykl molekller genellikle suda erimezler
C)pH 5.0ten 6.0ya rat hidroksil iyon konsantrasyonunda ([OH]) % 22lik bir art ifade eder.
D)pH 8.0den 6.0ya d proton konsantrasyonunda ([H+]) 100 katlk bir d ifade eder.
12.Hidronyum iyonu:
A)hidratlanm (sulu) bir protondur
B)hidratlanm (sulu) bir hidrojen iyonudur

C)yaps H3O+ eklindedir
D)suyun esas ayrm rnlerinden biridir
E)yukardakilerin hepsi doru
13. 0.01 M Asetik asit (CH3COOH) ve sodyum asetat (Na+CH3COO-) ieren bir solsyonun pH? (asetik
asit iin pKa=4.74)
14. pH deeri 3.8 olan bir 0.01 M zayf bir asit (HA) solsyonun pKa deeri nedir?
15. Bir kas hcresinin sitoplazmik pH deeri 6.8dir. Bu hcrede [HPO42]/[H2PO4-] oran nedir?
16. 0.001 M HCl solsyonunun (a) pH, (b) hidrojen iyon konsantrasyonu ([H+]) ve (c) hidroksil iyon
konsantrasyonu ([OH-]) nedir?
17. pH 3.0 olan kuvvetli bir asitle pH 10 olan kuvvetli bir bazdan 100er ml kartrrsanz yeni
karmn pH?
18. 0.04 M 1 litre pH=4.35 olan asetat tamponunu nasl hazrlarsnz (not:bu tamponu hazrlamak iin
elinizde 0.2 M asetik asit ve 0.5 M NaOH solsyonlar var ve asetik asit iin Ka= 4.76).
19. 25 ml 0.16 N NaOH solsyonuna 50 ml 0.1 N HCl ilave ederseniz yeni karmn pH?
20. Ka deeri 3 x 10-5 olan 0.4 x 10-2 M zayf bir asidin [H+] ve % iyonizasyonu?
21. 100 ml 1 x 10-3 M NaOH ile 50 ml 0.05 M NaOH karmndan kan yeni solsyonun molaritesi (M)
ve mol konsantrasyonu nedir? Molarite ile mol konsantrasyonu karlatrnz.
22. 500 ml 0.01 N HClin 0.01 N KOH ile titrasyonunu bir eri yardm ile gsteriniz (yani eklenen baz (y
ekseni) miktarna karlk gelen pH deerlerini x ekseninde gstererek).
23. Diyelim ki zayf bir asidin pKas 5.0 olsun ve asidin konsantrasyonu 0.09 M, konjuge bazn tuzu
0.11 M olsun. Byle bir solsyonun pHs?
24. Ayn tampondaki bir maddenin konsantrasyonu ise yle belirlenir. rnein, pH= 5.5 olan bir
tamponda asitin konsantrasyonu 0.2 M ise, bu tampondaki bazn konsantrasyonu nedir?
asit iin pKa=4.74).
26. Asetik asitin pH 5.5 olan solsyonunda (CH3COOH + CH3COO-) ne kadar CH3COO- vardr? (asetik asit
iin pKa=4.74).
29. Asetik asitin pKa deeri 4.8dir. 0.2 M astik asit ve 2 M asetat iyonu ieren solusyonun pH ?
30. pKa deerleri 2.0, 3.9 v3 10.0 olan aspartik asitin izoelektrik noktas (pI) katr?
31. 0.22 M laktik asit solsyonunda 0.20 M ayrm, 0.02 M ayrmam formu bulunuyorsa,
solsyonun pH? (Laktik asitin pKa deeri 3.9).
32. Baz amino asitlerin yan zincirleri (R) fonksiyonel gruplara sahip olup su
ile temas ettiklerinde hidrojen ba yaparlar. Yanda verilen amino asit yan
zincirleri ile su arasnda oluabilecek muhtemel hidrojen balarn izerek
gsteriniz.
33. Hocanz size 50 ml solsyon A (0.02 M Na2HPO4) ve 50 ml solsyon B (0.02 M NaH2PO4)yi biri
birine kartrarak 100 ml 0.02 M pH 7.2 olan sodyum fosfat tamponu hazrlamanz syledi. Normalde
byle bir tamponu 0.02 M NaH2PO4 zerine seyreltik NaOH ekleyerek veya 0.02 M Na2HPO4 zerine
seyreltik HCl ekleyerk daha kolay hazrlayabilirdiniz. Ancak, hocanz size kendi syledii tamponun
(yani NaH2PO4 ve Na2HPO4 karmnn) daha etkili bir tampon olduunu sylyor. Neden?
34. Tablodaki hangi bileik verilen titrasyon erisini temsil etmektedir?
Bileik
pK1
pK2
pK3
Fosforik asit
2.15
7.20 12.15
Asetik asit
4.76
Sksinik
4.21
5.64
asit
Borik asit
9.24
12.74
Glisin
2.40
9.80
35. Besinlerin mide ve barsaktan emilimi molekllerin hcre membranndan geip dolama
karmalarna baldr. Hidrofilik veya ykl molekllere nazaran hidrofobik molekller daha kolay
emilir. Azdan alnan ilalarn emilimi sindirim sistemlerimizdeki pH ve pKa deerleri ile ilikilidir.
Aspirin (Asetilsalisilik asit) iyonize olabilen bir karboksil grubuna (COOH) sahip olup bu grubun pKa
deeri 3.5tir. Bu ilacn protone formunun pH deeri 2.0 olan bir midede ve pH deeri 5.0 olan bir ince
barsaktaki emilim yzdesi nedir?
36. Glisinamid (+H3NCH2CONH2)in (a) pH 7.5, (b) pH 8.2 ve (c) pH 9.0da % ka protone olmamtr?
(Not: Glisinamid iin pKa 8.20).
10

SORULAR
1. Aadaki gruplardan hangisi veya hangilerinin su ile hidrojen ba oluturmas beklenir?
a.-CH3
b. OH
c. NH2
d. CH2CH3
e. >C=O
e.
CHO
2. Neden metan (CH4) su ile hidrojen balar oluturmaz?
3. 1 x 10-9 M HCl solsyonunun pH? (not: bir asit ne kadar seyreltik olursa olsun, pHs 7.0dan
byk olamaz).
4. Biyomolekllerin yapsna giren aktif (fonksiyonel) gruplar ne amala bulunurlar?
5. Konsantre HCl (d= 1.15, % 28 HCl, MAHCl=36.5 g/mol)den 0.4 M 2 litre HCl solsyonu nasl
hazrlarsnz?
6. 500 ml 0.04 N NaOH hazrlamak iin ka gram NaOH tartmanz gerekir? Bu solsyonun
normalitesi ve % konsantrasyonu (w/v) nedir? (MANaOH= 40 g/mol).
7. 0.05 ml protein solsyonu + 0.950 ml su= A zeltisi
0.1 ml A zeltisi + 9.9 ml su= B zeltisi
0.2 ml B zeltisi + 9.8 ml su= C zeltisi
a. yukardaki dilusyon emasna gre balangtaki protein solsyonu ka kez dile
edilmitir?
b. C zeltisinin mlsinde 1.2 g protein varsa balangtaki protein solsyonunun
ml.sinde ne kadar protein vardr?
8. 0.05 M asetik asit (CH3COOH)in pH? (Ka= 1.74 x 10-5)
9. 0.05 M NaOH ve 0.15 M asetik asit ieren solu yonun pH? (Ka= 1.74 x 10-5)
10. 200 ml saf suya (pH= 7.00) ka gram NaOH eklemelisiniz ki solsyonun pHs 11.50 olsun?
11. 50 ml 0.1 M asetik asite 20 ml 0.2 M NaOH eklerseniz yeni solsyonun pH? (pKa=4.76)
12. 50 ml 0.1 M asetik asite 25 ml 0.2 M NaOH eklerseniz yeni solsyonun pH? (Kh=Ksu/Ka, Kh=
tuzun hidroliz sabitesi, Ksu= 1 x 10-14, Ka= 1.74 x 10-5).
13. 250 ml 0.2 M asetik asite ka gram sodyum asetat eklemelisiniz ki pH 5.0 olsun? (NaCH3COO= 82 g/mol).
14. 100 ml 0.05 M asetik asitin, 0, 10, 20, 40, 48, 50, 52, 60 ve 100 ml 0.1 N NaOH ile
titrasyonunda her ilave edilen baz miktarna karlk gelen pH deerlerini saptaynz ve bir
grafikle gsteriniz (Ka= 1.74 x 10-5).
15. 50 ml 0.1 M NaOH solsyonunu titre etmek iin tam olarak 40 ml dilue slfrik asit (H2SO4)
kullandnz. Dilue slfrik asidin molar konsantrasyonu nedir?
16. 500 ml 0.2 M pH 7.5 fosfat tamponu nasl hazrlarsnz? (bunun iin elinizde monobazik
(KH2PO4= 136 g/mol) ve dibazik (K2HPO4= 174 g/mol) fosfat bulunmaktadr ve bu blge iin
kullanabileceiniz tamponun pKas 6.87dir).
17. Litresinde 0.1 mol KH2PO4 ve 0.1 mol K2HPO4 ieren bir tamponun pHs onun pKasna
eittir (pH= pKa= 7.2). Bu tampona hacmini deitirmeyecek ekilde (rnein 1 ml) 0.01 mol
NaOH ilave ettiinizde yeni karmn pHs sadece 0.1 birim artmaktadr (yani pH=7.3
olmaktadr). Halbuki ayn miktar ve konsantrasyondaki NaOHi pHs 7.0 olan 1 litre saf suya
eklediinizde yeni karmn pHs 5 birim artar (yani pH 12 olur). Neden? Ayn durum 0.01
mol HCl iin de geerlidir. HCl tamponun pHsn 7.2den 7.1e drrken ayn miktardaki
suyun pHsn 7.0dan 2.0a drr.
18. Bitkiler H2Oyu kullanarak onu hidrojen ve oksijene paralayabilen yegane canllardr. Ayn
olay yapay yapmanz mmkn m? (Bylece, suyu petrol yerine bir enerji kayna olarak
kullanabileceiniz gibi, yapay (suni) sistemizniz havadaki CO2yi de kullanacandan kresel
ikilim deiiklii iin de bir avantaj salayacaktr. Ve tabi bu size Nobel dl
kazandracaktr)
11
Blm 2: HCRE
2 HCRE
2.1 En kk canl: Hcre
Zarla evrili bir yap olan hcre, genetik bilgi ve dier elemanlar (r. protein, DNA, lipid, vd.) ierir.
rnein, bu elemanlardan enzimler aracl ile maddeler metabolize edilirler. Bu sayede hcre
byr ve yeni hcrelere oalr. Tm organizmalar hcrelerden yaplmlardr. Bazlar tek hcreli
(bakteri, amip, vs), bazlar ok hcrelidir (insan, hayvan, bitki). Bir kelebein zar gibi grnen
kanad ince bir hcre tabakasndan olumutur. Ksaca, gz bebeimizin en di zarndan, diimize,
derimize trnamza kadar her ey hcrelerden olumutur. Yediimiz hamburger bile hcrelerden
olumutur ve ksa sonra onun ierii bizim hcre ieriine dntrlecektir. Su anda elinizde
tuttuunuz kursun kalemin odun ksmi hcrelerden meydana gelmitir, vs. Temel hcre teorisine
gre; yaayan organizmalarn yapsal ve ilevsel zelliklerinin temel biriminin hcre olduu ve
hcrenin tek bana canllk zellikleri olan beslenme, reme ve metabolizma ilevlerini
yrtebildii, ayrca tm canllarn da hcrelerden olutuu gr kabul edilmitir.
2.2 Hcrelerinin yapsal zelliklerine gre canllar
Kendilerini oluturan hcrelerin yapsal zelliklerine gre gezegenimizdeki tm canllar iki ana
grup iine sokulabilirler:
1. Prokaryotlar
2. karyotlar
Prokaryotlarn hepsi MONERA kingdomu (alem) iinde yer alp iki ana gruba (domeyn) ayrlr:
1. Gerek bakteriler (bakteriler)
2. Eski dnya bakterileri (arkeikler)
karyotlar ise drt leme sokulabilirler:
1. Protistler (bitki benzeri, hayvan benzeri ve fungus benzeri tek hcreli karyotlar)
2. Bitkiler
3. Funguslar (mayalar, mantarlar, kfler, vs.)
4. Hayvanlar
ekil: Canllarn 5 lem (ng. Kingdom) snflamas. Rakamlar, o gruba ait ilk canllarn ortaya
kmasn milyar yl olarak ifade etmektedir.
12
ekil: Canllarn 3 ana grup iinde (ng. domain) snflamas.

Hcre; tm doku, organ ve organ sistemlerinde, yaamn (ve hastalklarn) yapsal ve fonksiyonel
birimidir. Her hcrenin kapasitesi ve bu kapasitenin snrlar, onun yapsnda sakldr. Bu nedenle,
hcrenin kapasitesini ve bu kapasitenin snrlarn kavrayabilmek iin, hcrenin yap ve
fonksiyonunu bilmek zorundayz. ki temel hcre tipi vardr. Prokaryotik hcreler; tipik olarak
kk, ekirdek membran, histonlar ve membranl organelleri olmayan, tek hcreli (r. bakteriler)
organizmalardr.
karyot hcreler: ok hcreli veya tek hcreli karyotlarn hcreleridir. nsan vcudunda, her biri
ayr bir fonksiyonu yerine getiren, birbirinden farkl yaklak 200 tip hcre olmasna karn, tm
iin ortak zellikler verilebilir. karyotik hcrelerin 3 temel bileeni vardr: 1. Hcre membran,
hcreyi evresinden ayrr ve hcre iinde de belli fonksiyonlar olan kompartmanlar (ekirdek,
organeller) oluturur. D hcre membranna, plzma membran ya da plzmalemma denir. 2.
Karyoplzma (ekirdek), membranla evrilidir ve DNA ierir. DNA zerinde, protein sentezi ve bu
nedenle de hcrenin tm aktiviteleri iin gerekli olan genetik bilgi kodlanmtr. 3. Sitoplzma,
ekirdei evreler ve plzma membran tarafndan evrelenir. DNA direktiflerini deifre edecek ve
hcre aktivitelerini gerekletirecek yap ve maddeleri ierir. Sitoplzma ve karyoplzmaya birlikte
protoplzma denir.
Organizmalar hcre yapsna gre iki genel grup altnda toplanrlar; prokaryotlar basit tek hcreli
organizmalar olup, bu grubun hemen hepsini bakteriler (Monera) oluturur. Ancak, tm tek hcreli
canllar prokaryot olamayabilir, rnein, protozoalar. Basit bakteri hcrelerinden farkl olarak
karyotik hcreler nemeli lde hcre ii membranl yaplara (organellere) sahiptirler.
karyotlar bakteriler hari tek hcreli mikroorganizma (protist)lardan yksek yapl ok hcreli
organizmalara (insan, hayvan, bitki) kadar olan byk bir grubu iine alr.
13
Blm 2: HCRE
ekil: Tipik bir hayvan hcresi. pER, przl Endoplazmik Retikulum; dER, dz Endoplazmik
Retikulum.
ekil: Tipik bir bitki hcresi.
ekil: Tipik bir bakteri hcresi.
14
Tablo: Prokaryot ve karyot hcreler arasndaki genel farklar

PROKARYOT
KARYOT
Organizmalar
Bakteriler
Protistler, funguslar, bitki ve
hayvanlar.
Hcre bykl
1-10 m* (mikronmetre)
10-100 m*
Metabolizma
Oksijenli ve oksijensiz
Oksijenli
Organeller
Organel yok
ekirdek, mitokondri, kloroplast,
ER, golgi, lizozom, vb.
DNA
Halkasal ve sitoplazmada
bulunur (zarla evrili deil)
ekirdek zari ile evrili, histon
ve histon olmayan proteinlerle
sarl
RNA ve protein
Her ikisi de ayn yerde

(sitoplazmada) sentezlenir.
RNA ekirdekte sentezlenir

islenir, protein sitoplazmada
Sitoplazma
Sitoplazmik iskelet yok,

endositoz ve eksositoz yok.
Sitoplazmik iskelet var,

endositoz ve eksositoz var,
Hcre blnmesi
Kromozomlar hcre
membran ile ekilirler,
Mitoz yok
Kromozomlar i iplikikleri
yardm ile ekilir,
Mitoz var
Hcresel yap
Tek hcreli
ou ok hcreli bazlar
tek hcreli
Hcre, organel ve makro molekllerin boyut ve arlklarndan bahsedilirken, metrik sistemin kk
birimleri kullanlr. Bu birimler gram ve cmden binlerce defa kktrler. Bunlar ksaca
hatrlayalm:
1 m = 10-6 m (metre)=10-4cm= 10-3 mm
1 nm (nanometre)= 10-9 m
1 oA= 10 nm= 10-8 cm
1 g= 1000 mg= 1,000,000g
1 g= 1000 ng= 1,000,000 pg
1 pg= 10-12 g
1 ml=1000 l= 1 cm3
1 ml su= 1 g
1 l su= 1 mg
1 ppm (milyonda bir ksm) rnein,1 litrede
1 l veya 1 kg.da 1 mg.
1 pbm (milyarda bir ksm) rnein, 1 litre
suda 1 ng madde
ekil: ki m byklndeki bir bakteri
hcresinin (Escherichia coli) elektron
mikroskobu ile 23,000 defa bytlm
grnm.
15
Blm 2: HCRE
Hcreler ekilleri ile deil ayn zamanda byklkleri ile de biri birinden ayrlrlar. Birka hcre
eidi plak gzle grlebilecek kadar byk iken, hcrelerin ou plak gzle grlemezler.
rnein, bir zrafann bir sinir hcresi zrafann omurgasndan ayana kadar olup 2 m uzunlukta
olabilir. Bir insan yumurtas bu cmlenin sonundaki nokta byklnde olabilir. Ancak hcrelerin
ou 10-50 m apndadr. Bu byklk bu cmlenin sonundaki noktann yaklak 1/500 kadar
olduundan plak gzle grlmez.
Bir hcrenin bykl onun d yzey alan ile hacmi arasndaki ilikiye baldr (yzey
alan/hacim). Yani dier bir deyimle hcrenin bykl yzey alan ve hacim tarafndan snrlanr.
Hcre bydke onun hacmi yzey alanndan ok daha fazla byr. Hacim bydke, hcrenin
iine girmesi gereken madde (r. Oksijen ve besinler) miktarnn da ayn oranda artmas gerekir.
Ancak, buna yetiemeyen bir yzey alan bymesinden dolay hcre blnerek yzey alann
oaltmaya alr. nk, mikroskopik (kk) yaplar makroskopik (byk) yaplara gre daha
byk bir yzey alan/hacim oranna sahiptir.
1. Yandaki kp belli hacim ve yzey alanna sahiptir.
Toplam yzey alan kpn alt yznn alannn
toplamdr. rnein, kpn bir kenar 12 cm ise, hacmi
12 x 12 x 12= 1723 cm3 veya ml iken, yzey alan 6 (12
x12)= 664 cm2dir.
2. Eer yukardaki kp 8 adet eit kpe blersek, 48 adet yzey elde ederiz. Burada toplam hacim 8
(6 x 6 x 6) = 1728 cm3, yani ayn kalrken, yzey alan iki katna kar 48 (6 x 6)= 1728 cm2.
3. Eer yukardaki 8 adet kpmzn her birini 8 adet kpe blersek toplam 64 kp elde ederiz.
Tm bu kplerin hacmi en bataki kpmze eit iken (yani 1728 cm3), toplam yzey alan yine iki
katna kar (yani, 3456 cm2).
ekil: Kk hcreler maddeleri byk hcrelere gre daha kolay alr ve kullanrlar. nk kk
hcreler daha byk bir yzey alan/hacim oranna sahiptir.
16

Bu tr canllarda, prokaryotlar tersine, genetik materyal yani DNA (kromozom) bir membranla
evrili durumdadr. Vcudumuzdaki baz hcre eitleri:
ekil: Tipik bir memeli hcresinin ierii. Hcrenin kuru arlnn byk ksm protein gibi
grnmekte ise de, bu proteinlerin yarsnn glikan, lipid ve dier metabolitlerle modifiye halde
bulunduklar tahmin edilmektedir.
17
Blm 2: HCRE
ekil: Gnmzde evrenin yaklak olarak 11 ile
15 milyar yl nce ortaya kt ve bu haline
evrimletii dnlmektedir. Dnyamz ise
yaklak 4.5 milyar yl nce olumutur.
Oluumundan itibaren dnya - jeolojisi ve evresi
ile birlikte - saysz fiziksel ve kimyasal gcn
etkisiyle deimitir ve deimeye devam
etmektedir. Dnyada yaam en az 2.5 milyar yl
nce ortaya kmtr. Bundan ksa bir sre sonra,
fotosentez yapan canllarn evrimlemesi, en az iki
milyar yl ncesinden balayarak atmosferin yava
yava nemli miktarlarda oksijen ieren bir biime
dnmesine yol amtr. Soluduumuz oksijeni
aa karmasnn tesinde, fotosentez sreci,
gezegenimizde insan yaamnn baml olduu
sabit enerji ve besinin son kertedeki kaynan
oluturur.
Hcrelerin ou mikroskobik byklklerdedir.
Hayvan ve bitki hcreleri tipik olarak 10-30 m
(mikron metre) apnda iken, bakteri hcreleri 12 m boyutlarndadr. Hcrelerin temel yaps, bundan sonraki derste greceimiz makro
molekllerden olumutur. Bu dersimizde daha ok karyotik hcrelerin yaplar zerinde
duracaz. Her ne kadar karyotik hcreler birok deiik formda ve
fonksiyonda bulunurlarsa da, hepsinin paylat zellikler vardr.
rnein, hepsi plazma (hcre veya sitoplazma) membran (zar)
denen bir zarla evrili, hepsinde sitoplazmik iskelet adi verilen ve
hcreye destek grevi yapan bir hcre matriksi ve eitli
organellere sahiptirler ki bu organeller kendilerine has zarlarla
evrilidirler. Simdi bu yaplar zerinde ksaca duralm.
ekil: Canl sistemler ve onlarn yapsna giren molekllerin boyutlar.
Sitoplazmik iskelet (ng. Cytoskelaton)
Bir ka eit protein filamenti hcre sitoplazmasn batan baa
geerek hcreye destek ve kre eklinde olmasn salayan bir yap
kazandrr ki buna sitoplazmik iskelet (sitoplazmik matriks) denir.
karyotlarda sitoplazmik iskelet hcre blnmesinden hareketine
kadar hemen her tr biyolojik olayda nemli rol stlenir. Hatta bir
aa grnmne sahip nron (sinir hcresi) ile konkav bir disk
grnmne sahip bir eritrosit (krmz kan hcresi), bu yaplarn
farkl sitoplazmik iskletle kazanrlar. Sitoplazmik iskelet hcre
eklinin korunmas iin gerekli olan yapsal kararll salar.
Dolays ile hcrelerin farkl morfolojileri de byk oranda hcresel
sitoplazmik iskeletle belirlenir. Bu olaanst hcre iskeleti a temel olarak ipliksi tip
proteinden yaplmtr: aktin, mikrotbller ve intermediet (orta boy) filamentler. Bu
proteinler kendilerine zg biyofizik ve biyokimyasal karakteristiklere sahiptir.
18

ekil: Sitoplazmik iskelet.
(a) Mikrofilamentler sitoplazmik iskelet komponentlerin
en incesidir (57 nm kalnlnda). Genellikle aktin
filamentlerinden olumulardr. izgili kas hcrelerinde,
miyozin filamentine bal bulunup kontraktildirler. Kas
hcresinin dndaki hcrelerde, erimi ekildedirler.
Sitokalazin uygulamas, mikrofilament organizasyonunu
bozar. Aktin tm karyotik hcrelerde bulunan bir
mikrofilament olup yksek yapl hayvanlarda kas oluum ve hareketindeki nemi byktr. Dier
bir eit filament protein olan miyozin aktin filamentleri boyunca kayarak kas kaslmas olayn
meydana getirir.
ekil. Aktin filament.

(b) Mikrotbller, sitoplazmik iskeletin en kaln komponentidir.
Bu filamentlerin eni 6-22 nm arasnda deiir (ileride greceimiz
gibi, makromolekler bir molekl iin bu olduka kaln bir yapdr.
rnein, DNA sarmalnn eni 2 nmdir). Deien uzunluklarda
olabilen, ince tbler yaplardr. Bu filamentlerin zellii hcre
iinde gerek duyulduunda yapsal monomerlerinin bir araya
gelmesi (polimerizasyon) veya filamentin kendisinin yaptalarna
yklmas (depolimerizasyon) eklinde olmasdr.
ekil: Mikrotbl.
Mikrotbller her biri, bir tblin ve bir tblin protein molekl ierir. Tblin
heterodimerleri, protofilament eklinde dzenlenmilerdir. plik eklinde olan 13 tane ve
tblin, birbirlerine paralel dizilerek, her bir mikrotbln duvarn yaparlar. Mikrotbllerin
boyuna bymesi, uclarndan birinde bulunan ve nkleasyon merkezi denilen yere yeni
heterodimerlerin eklenmesiyle olur ki buna polimerleme denir. Bu polimerizasyon, deneysel
olarak, kalsiyum iyon konsantrasyonunu dzenleyerek ya da antimitotik alkaloidler uygulayarak
kontrol edilebilir. Kolisin, nkleasyon merkezine balanarak bu ilemi bloke ederken, Vinblastin,
tbline balanarak mikrotbl oluumunu engeller. Mikrotbller; hcre eklinin korunmasnda,
nronlarda aksoplzmik tamada, pigment hcrelerinde melaninin datmnda, mitoz srasnda
kromozomlarn hareketinde ve hcre iinde vezikllerin tanmasnda rol alrlar.
Mikrofilamentlerin aksine mikrotbller kontraksiyon yapmazlar. Boylarnn ksalmas,
depolarizasyonla (yani alt nitelerin ayrlmas ile) olur. Mikrotbller, hcrenin sitoplzmasnn her
tarafnda bulunurlar. Ancak, ok iyi organize olduklar yerler; sentrioller, siller, flagellumlar, bazal
cisimler ve mitotik i iplikikleridir.
Hcre blnmesinde kromozomlar kutuplara eken sentriyoller de mikrotbl filamentlerinden
oluurlar. Sentriyoller sadece hayvanlarda, protozoalarda ve baz mantarlarda bulunurlar.
19
Blm 2: HCRE
mikrotbllerin oluturduu silindrik bir gruptur. aplar 150 nm ve uzunluklar 350500 nm
arasndadr. Her biri 9 adet mikrotbl ls (triplet) ierirler.
ekil: Sentriollerin yaps. Sentrioller molekler seviyede
mikrotbllerden oluurlar. Sentrozom denen nukleusa
yakn bir blgede bulunurlar. Sentriollerin yapsn
oluturan
mikrotbller
tbilin
proteinlerinin
polimersizayonu ile meydana gelip ayn zamanda
sitoplazmik iskelette destek, baz organellerin yapna girme,
hcre hareketinde rol oynama, hcre bnmesinde, ve hcre
ii madde transferinde rol oynama gibi fonksiyonlar da
vardr. Hcre blnmeden nce sentriyoller blnr ve
hcrenin farkl kutuplarna hareket ederek orada i
iplikiklerinin oluumunu balatrlar.
Bir ldeki her bir mikrotbl, komu mikrotbl duvarnn bir blmn paylar. Bir interfaz
hcresinde, uzun eksenleri birbirine dik ekilde yerlemi bir ift sentriol vardr ve her birinin
etrafnda ok sayda elektron youn satellitler ya da perisentriolar cisimler bulunur. Dier
sitoplzmik mikrotbller, perisentriolar cisimlerden kaynaklanr ve evreye doru radiyal bir
biimde dalr. Sentrioller, hcrenin yapsal organizasyon merkezleridir. Sentriol dublikasyonu,
hcre blnmesi ncesi olmas gereken bir olaydr ve mitoz srasnda sentrioller, mitotik iin
mikrotbllerini organize ederler. Sentrioller bazal cisimleri oluturabilirler. nterfaz hcrelerinde
sentrioller ekirdee yakn ve genellikle Golgi kompleksi tarafndan evrelenmi ekilde bulunurlar.
nterfazn S evresinde her bir sentriol oalarak prosentriol oluturur. Bunlar da uzunlamasna
byyerek orjinal boyutlarna eriirler. Mitoz srasnda yeni sentriol iftleri, mitoz mekiini
organize etmek zere, hcrenin kar kutuplarna doru hareket ederler. Mitotik bir hcrenin iki zt
kutbunda yerleik sentriol iftlerinin arasnda bulunan i biimli mikrotbllere mitoz mekii
denir. mikrotbllerinin bazlar (kesintisiz lifler) bir sentriolden dierine kesintisiz olarak
uzanrlar. Dierleri (kromozomal lifler), bir sentriolden uzanr ve bir kromozomun sentriolne
tutunurlar. iplikikleri mitoz srasnda kromozomlarn ayrlmas iin kullanlrlar. Kromozomlara
sentromerlerinden balanm i iplikiklerini yapan tbller depolimerize (ykldnda)
kromozomlar kutuplara ekilmi
olurlar.
ekil: Flagella. Hcre yzeynden
darya
doru
uzanan
ve
tbllerden oluan yaplardr.
Hcrenin hareketi sorumludurlar.
Sillerden daha uzun fakat daha az
sayda (genellikle hcre bana bir
adet) bulunurlar. Kaynak:Pearson
Education ve Benjamin Cummings
(2003)).
Aktinler
ve
mikrotbller
ayrca hem organel ve hem de
hcrenin kendisinin hareketinde
nemlidirler
(bu
filamentler
flagella ve sillerin yapsna
girerler.
20
Flagellum bir sile ok benzer. Ancak, silden ok uzundur ve bir hcrede 1 ya da 2 tane bulunur.
nsanda ve dier memelilerde flagellum, yalnzca 5055 m uzunluunda ve 0.20.5 m kalnlnda
olan spermiumun kuyruunda bulunur.
ekil: Siller. Hcre yzeynden darya doru
uzanan ve tbllerden oluan yaplardr. Hcre
hareketi ve eitli materyalleri hcre yzeyi
boyunca hareketten sorumludurlar.
Siller hareketli olup, etraflar plzma membran
tarafndan evrilmitir. Her silin ortasnda
aksonem denilen bir gvde blm vardr.
Aksonem, ortada bir ift ve birbirine yapmam
mikrotbl ile bunlarn etrafnda 9 tane
mikrotbl iftiinden olumutur (9+2 dzeni).
Bir iftin her bir eine, alt-fibril A ve B denir. Altfibril A, tam bir mikrofibrildir ve 13 tane
protofilament tblinine sahiptir. Alt-fibril B, 10
ya da 11 protofilamente sahiptir ve duvarnn
eksik tarafn einin (yani A alt-fibrilinin) duvaryla tamamlar. Her bir ait-fibril Ann duvarndan
dinein (ATP az aktiviteli bir protein) denilen bir ift kol, komu ifte doru uzanr. Neksin ad
verilen protein kprler, komu iftleri bir birine balarken, radiyal uzantlar da iftleri, sentral
mikrotbl iftinin etrafndaki klfa balar. Her aksonem, balanm olduu bazal cisim tarafndan
organize edilir.
ekil: Mikrovili. Plazma zarnn uzantlardr.
Bylece hcereye daha fazla bir yzey alan
salanr. Bir hcre yzeyinde bir ok sayda
bulunurlar. Sillerin 1/10u uzunlukta olup,
hareket etmezler.
(c) ntermediyet (orta boy) filamentlerin
kalnl (1012 nm), mikrotbl ile mikrofilamentlerin kalnl arasndadr. Yapsal olarak nklear
laminlerle ilgili ve hcre tipine gre farkllk gsteren proteinlerden olumulardr. Epitel
hcrelerindeki sitokeratinler, mezenimal kkenli hcreler (r. fibroblast, kondrosit) deki
vimentin, kas hcrelerindeki desmin (skeletin), glia hcrelerindeki glial filamentler,
nronlardaki nrofilamentler intermediyet filament proteinlerine rnektir. ntermediyet
filamentlerin fonksiyonlar hcre eklinin korunmas ile ilgilidir. ntermediyet filament tiplerinin
ou sitoplzmann her tarafna yaylmlardr.
PLAZMA MEMBRANI (STOPLAZMK ZAR)
Hcrelerin etrafnda kendilerini d ortamdan ayran bir plazma zar (hcre zar) bulunur. Hcreye
madde girii kn dzenlemek, hcrehcre ilikilerini dzenlemek, hcre tannmasn salamak
gibi birok zellikler hcre zar tarafndan salanr. Hi bir ey bu zar gemeden hcre iine
giremez. Her trl sv ve madde al-verii membran aracl ile olur. yonik partikller ve byk
molekller membrandan basite geemezler. Ancak, daha kk molekller, rnein, oksijen, su,
karbon dioksit basit difzyonla (maddenin yksek konsantrasyonlu bir blgeden daha dk
konsantrasyonlu bir blgeye gemesi), hcre iine girip karlar. Ancak, arada bir membrann
bulunmas bu dengenin (hcre ii veya d) hemen eit duruma gelmesine engel olur. Membranda
21
Blm 2: HCRE
yerlemi proteinler ou zaman bu ama iindir. Membran ayn zamanda endo ve eksositozisin
olduu blgedir. Byk bir para madde (yiyecek, bakteri, vb) hcre iine ancak endositozis yolu
ile alnr. Byk ksm lipidden olumutur. Yer yer denizdeki adacklar veya mozaik gibi protein
moleklleri bulunur (sv mozaik modeli). Yaygn olarak kabul gren sv mozayik modele gre,
biyolojik membranlar; lipid denizinde yzen protein buzdalar. eklinde tanmlanrlar. ntegral
proteinler, lateral olarak hareket edebilirler ve ilikili olduklar periferal proteinler, sitoplzma
iinde bulunan sitoskletal elemanlar, komu hcrenin membran komponentleri ile ekstraselller
matriksin komponentleri tarafndan saptanan yeniden dzenlenmeye urayabilirler. ntegral
proteinler, (hareket asndan) bir yere fikse deillerdir. Bazen membrann her tarafna dalrlar,
bazen de, membrann belli bir yerinde toplanarak protein kepi olutururlar.
ekil. Hcre zar.
Hcre
membran,
hcrenin ya da hcre
organellerinin i ve d
ortamlar
arasnda
etkili
bir
bariyer
oluturur.
Bylece;
zararl
maddelerin
girmesini,
makromolekllerin
dalmasn ve enzim
ile substratlarn dile
olmasn engellerler.
Bununla
beraber,
membranlar seici geirgenlik gsterirler. Bu zellik, hcrenin yaamn devam ettirebilmesi iin
gerekli olan, fonksiyonel denge ya da homeostaz srdrmesinin temelidir. Homeostatik
mekanizmalarn srdrlmesi; intraselller iyon, su, enzim ve substrat konsantrasyonlarnn, hcre
membran tarafndan optimum dzeyde tutulmas ile olur. Seilmi molekllerin geiini salayan
mekanizma vardr: a. Pasif difzyonla belli maddeler (r. su), konsantrasyon gradientine bal
olarak, membran her iki ynde geebilirler. Pasif difzyon iin enerji gerekli deildir. b.
Kolaylatrlm difzyonla Belli molekller (r. glukoz), bir membran komponentinin yardm
olmadan, membran serbeste geemez. Kolaylatrlm difzyon ounlukla tek ynldr,
konsantrasyon gradientini izler ve enerji gerektirmez. c. Aktif transportla baz difzyon
yeteneinde olmayan molekller, konsantrasyon gradienti ynnde veya onun tersi ynnde
membrann her iki tarafna doru geebilirler. Byle bir hareket iin enerji, genellikle de ATP
gereklidir. Aktif transporta rnek, sodyum pompas (Na/K ATPaz) verilebilir. Bu pompa, hcre
dndaki sodyum konsantrasyonu, hcre iindekinden fazla bile olsa, sodyum iyonlarn hcre
iinden, hcre dna pompalayabilir.
Hcre yzeyinde, sinyal molekllerine (r. nrotransmitterler, peptid hormonlar, byme
faktrleri) gl balanma afinitesi olan membran reseptr proteinleri bulunur. Reseptrn
spesifik olarak baland sinyale ligand denir. Reseptr, kendi sinyal moleklne balandktan
sonra, sinyali hcre membranndan hcre iine tar. Bu olaya sinyal transdksiyonu denir ve bu
iletide bilinen reseptr snf vardr: a. yon kanalna bal reseptrler (transmitter kapl iyon
kanallar) plzma membrann birka kere kateden (geen) uzun proteinlerdir. Bir nrotransmitter
(ligand olarak) hcre yzeyindeki reseptrne balanarak biimsel bir deiiklii indke eder.
Reseptrde oluan bu biim deiiklii sonucunda, transmembran iyon kanal alr (ya da kapanr).
Ligandn balanmas ve sonuta kapnn almas ksa srer, eski dzen yeniden alnr. Yeterince
uzun (ya da yeterince iddetli) sren bir sinyal, potansiyel deiikliine bal olarak, membrandan
22

yeterince iyonun geebilmesi iin ek kanallar almasna neden olur (voltaj kapl iyon kanallar).
Sinyalin eik deere ulamas, membran depolarizasyonunun srekliliini ve sinir hcresi yzeyi
boyunca yaylmasn salar. b. Enzime bal reseptrler hcre membrann bir kere geen, bir
enzime bal (genellikle bir protein kinaz) ya da kendisi kinaz aktivitesi gsteren transmembran
proteinlerinin heterojen bir grubundan oluurlar. Protein kinazlar, baka proteinleri de
fosforilasyonla aktive ederler. Bu yolla, ligandn reseptrne balanmas, komplike bir enzim
aktivasyonu balatabilir. c. Gproteine bal reseptrler membrandan yedi gei yapan
proteinlerden oluurlar. Her reseptr farkl bir liganta balanr ve en nemli hedef proteine (bir
iyon kanal ya da enzim) sinyal balanmasnn etkisi dolayldr. Bu olayda guanozin trifosfat (GTP)
ya da Gprotein araclk eder. Reseptr kendisine ligantnn balanmasyla Gproteini aktive eder.
Gprotein kompleksi aktive olduktan sonra reseptrden ayrlarak GTP ye bal blmn hedefini
aktive etmesine olanak salar.
Peptid hormonlar ve byme faktrlerinin byk bir ounluu sinyallerini hcre yzey
reseptrleri araclyla hcre iine gnderirken, steroid hormonlar (r. hidrokortizon, strojen)
retinoidler (A vitamini ile ilikili bileikler) ve D vitamini membrandan kolayca geerek, nukleustaki
reseptrlere balanrlar. Bu nuklear
reseptrler, spesifik ligand balanan ve DNA
balanan yerlere sahiptirler. Bu zellikleri
sayesinde belli genleri aktive ya da inaktive
edebilirler.
ekil: Bir hayvan hcre zarnn ematik
yaps.
Hcre,
endositoz
ad
verilen
bir
mekanizmayla, evresindeki maddeleri
yutup, etraf membranla evrilmi bir
vezikl halinde sitoplzma iine alabilir. a.
Fagositoz (hcrenin yemesi)da, hcre,
byk makromolekller ya da tmyle bir
bakteri gibi erimeyen ekstraseller (hcre d) maddeleri yutar. Bu ekilde olumu vezikle,
fagozom denir. b. Pinositoz (hcrenin imesi)da, hcre, iinde eitli eriyenler bulunan az
miktardaki interselller svy yutar. Pinositotik vezikller genellikle fagozomlardan daha
kktrler. c. Reseptraracl endositoz da hcre, yabanc maddeyi, kendi yzey reseptr ile
birlikte yutar. Ligandn reseptre balanmas, ligandreseptr kompleksinin, klfl ukur iinde
toplanmasn indke eder. Klfl ukur, sitoplzmik yzn klatrin adl bir proteinin dedii s
bir membran kntsdr. Bu kntnn derinlemesi ve koparak membrandan ayrlmas, hcre
iinde ligandreseptr kompleksini tayan, klfl vezikln olumasn salar. Daha sonra, klatrin
klf veziklden ayrlr. Bu yeni klfsz vezikle endozom denir ve ligand reseptrden ayrlr.
Endozom tbl eklini almaya balar ve reseptr liganddan ayrarak 2 blme ayrlr. Reseptr
plzma membranna geri dner, ligand ise lizozomlara gider.
Egzositoz, hcrenin maddeleri darya kartmasdr. Hcre bu ilemi, hem sekresyon ve hem de
sindirilmemi maddelerin ekskresyonu iin kullanr. Membranla evrili bir vezikl ya da salg
granl, plzma membranyla birleir ve ieriini, plzma membrann bozmadan, ekstraseller
(hcre d) bolua boaltr.
Bu modele gre hcre zarlar dinamik ve akcdr, fosfolipit ya moleklleri zar hattnda srekli
hareket halindedirler. ift tabaka halinde bulunan fosfolipitler arasnda yzen protein adacklar
23
Blm 2: HCRE
vardr. Bu organik molekllere karbonhidratlarda eklenmi haldedir. Zar akkanlna kolesterol
moleklleri de etki eder, zar akkanlna etki etmek yannda ift tabakann mekanik duraanlnn
olumasn da salar. Plazma zarnn d yzeyinde bulunan glikolipitler (Glikoz + Lipid)
glikoproteinlerle birlikte hcre rtsn meydana getirirler. Hcrelerin birbirlerini tanmasnda bu
rtnn byk bir nemi vardr. Hcre zarlarnda deiik zelliklerde proteinler bulunur.
Transmemban proteinler ift lipit tabakada her iki yzey boyunca uzanmlardr. Periferal
proteinler ise bir yzeyde bulunurlar. Hcre zarnn dnda bulunan proteinlerin bir ksm reseptr
grevi grrler, deiik zellikteki hormon, antijen gibi maddelerle birbirlerine balanabilirler.
Madde tanmasnda grevli olan proteinler hcreler aras birleme, hcre d matriksle ba yapma
gibi grevleri de yerine getirirler. Lipidler konusu altnda membranlar daha detayl islenecektir.
Hcre membran bir az yaparak alnacak cisim zerine kapanr ve onu bir torback (hcre
membrannn kendisi) iinde ieri alr ve kullanr. Eksositozis ise bunun tam tersi bir olaydr. Hcre
iindeki bir cisim veya madde dar atlr. Hcre zari yapkan bir tabiatta olduundan, hcre-hcre
temas ile milyarlarca hcrenin bir araya gelip doku ve organlar oluturmas salanr.
2.3
Hcre organelleri
2.3.1
Endoplazmik retikulum (ER)
Hcre ii membranel sistemlerin en by ERdir. Plazma membrannda olduu gibi, ER da ift

katl lipid tabakasndan olumutur. ER protein, karbohidrat ve lipid sentezi ile ilikili bir organel
olup, bu maddelerin toplanmas ve datlmasnda grev yapar. Dolays ile ER, eitli hcre
maddelerinin sentez, paketlenme ve ilenmesinden sorumludur. Membranlar uzun, yass, yuvarlak
ya da tbler vezikl ya da sisternalar (endoplzmik retikulumun lmeni) olutururlar. Transfer
vezikller, ER dan tomurcuklanma ile ayrlan, sitoplzmay geerek Golgi kompleksine ulaan
kk ve tek membranla evrili vezikllerdir. Golgi kompleksine ulatklarnda ieriklerini, daha
ileri ilemler ya da paketlenme iin bu organele brakrlar. Hcre iini adeta kanallara eviren bu
yap, eitli proteinlerin islenmesini ve hcrenin deiik blge ve organellerine gnderilmesini
salar. Elektron mikroskop altnda iki farkl yapda ER gzlenir.
ER hcrede birok fonksiyona sahip olup zellikle lipitlerin membran proteinlerinin ve salgi
porteinlerinin sentezinde nemlidir. Dz ERda ya asitleri ve fosfolipitlerin sentezi gerekleir.
Birok hcrede ok az dz ER varken karacier hcrelerinde bu organel bol miktarda bulunur.
Karacierin dz ERndaki enzimler pestisit ve karsinojenler gibi hidrofobik kimyasallar detoksifiye
ederler ve onlar suda daha iyi eriyebilir hale sokarak vcuttan atlmalarna yardmc olurlar.
Ribozomlarn bal bulunduu przl ER baz membran ve organel proteinlerini ve hemen hemen
tm hcreden salglanacak proteinlerin yapl yerdir.
Birinci tr ER przl bir yapda olup, granler endoplzmik retikulum (GER) adn alr. Bunun
nedeni yzeye bal bulunan ribozomlardan kaynaklanr. Bu blgelerde hcre dna salglanmas
planlanm birok protein sentezlenir. Proteinler yapldka ER boyunca hareket edip golgi
kompleksi denen yeni organellere verilir. Bu organelde proteinlere yeni ifreler (sinyaller)
eklenerek ya hcrenin belli bir ksmna transfer edilir ya da hcre dna doru gtrlp hcre
dna salnmlar salanr. zellikle protein sentezi yapmak iin zellemi hcrelerde (r. pankreas
hcreleri, plzma hcreleri), GER bol miktardadr ve sisternalar tipik olarak birbirine paralel, uzun
ve yassdr. GER balca sitoplzmadan izole bir ekilde tutulan proteinlerin sentezini yapar. r.
kollejen gibi salg proteinleri, hcre membrannn yapsna katlacak olan proteinler ve lizozomal
enzimler (otolizi nlemek iin sitoplzmann dier blmlerinden bir membranla ayrlm
durumdadr). Tm proteinlerin sentezi, ERa bal olmayan ribozomlarda balar. Endoplzmik
retikulumun iine alnacak olan proteinlerin mRNA snn, 5' ucunda fazladan bir baz dizisi bulunur.
24

Sinyal dizisi denilen bu baz dizisi, sitoplzmadaki yaklak 2025 hidrofobik amino asidi kodlar.
eviri baladnda sinyal dizisi, 6 tane birbirine benzemeyen polipeptid ve bir tane 7S RNA
moleklnden oluan, sinyal tanyc partikl (SRP) ad verilen bir kompleks ile iliki kurar.
Sentezlenen protein, granler endoplzmik retikulum lmenine getikten sonra, sinyal dizisi
granler endoplzmik retikulumun i yzeyinde yerleik spesifik bir enzim olan sinyal peptidaz
tarafndan uzaklatrlr. Protein evirisi devam ederken, sisterna iinde sekonder ve tersiyer
yapsal deiikliklerin yan sra, hidroksilasyon, glikozilasyon, sulfasyon ve fosforilasyon gibi baz
sentez sonras deiiklikler (modifikasyonlar) olur. Sentez sonras deiikliklerden en nemlisi
glikozilasyondur. Bu ilemde dar verilecek olan proteinlere ok miktarda mannoz ieren
oligosakkaritler eklenir. GERda sentezlenen proteinler, deiik amalar iin kullanlrlar: hcre ii
depolama (lizozomlarda ve lkositlerin spesifik granllerinde), hcre dna verilecek proteinlerin
hcre iinde geici olarak depolanmas (pankreasta, baz endokrin hcrelerde) ve dier
membranlarn bir komponenti olarak (integral proteinler). Hcrelerde sentezlenen proteinler,
dorudan hcre dna verilebilir ya da sitoplzma iinde izole edilerek tutulur. Bulunu ekillerine
gre deiik hcresel aktivitelerde rol oynarlar.
kinci tip ER dz grnml olup agranler
endoplzmik retikulum (AGER) hcre iinde bir
membran a oluturmakla birlikte, yap olarak
GERden iki nemli fark vardr. Birincisi,
GERdekinin
tersine
zerinde
ribozomlar
bulunmaz. Bu nedenle, AGER membranlar dz
grnr. kincisi ise, sisternalar GERe gre daha
tbler ya da veziklerdir. AGER membranlar, GER
membranlarndan kaynaklanr. Her iki formun
membranlar birbiri ile devam edebilir. Ribozom
tamad iin protein sentezlemez. Lipid
metabolizmasnda, steroid hormon sentezinde,
glikojen sentezinde ve detoksifikasyonda nemli
baz enzimler ierir. Detoksifikasyon, toksik
maddelerin enzimatik konjigasyonu, oksidasyonu
ve metilasyonu ile olur.
ekil: Endoplazmik retikulum.
AGER baz hcrelerin sitoplzmasnda, zellikle
steroid sentezleyen hcrelerde (bbrek d
korteksi ve gonad hcrelerinde) bol miktarda bulunur. Glikojen sentezi ve ila detoksifikasyonu ile
ilikili olarak karacier hcrelerinde de ok sayda bulunur. izgili kas hcrelerinde bulunan
zellemi AGER sarkoplzmik retikulum adn alr. Burada kalsiyum iyonlarnn, alnmas ve
salnmas yoluyla kas kaslmasnn dzenlenmesine yardmc olur. Birok enzimin yerleim
blgelerinin bulunduu AGERde bu enzimler birok lipid ve karbonhidratn sentezinde grev
yaparlar.
ER, ayn zamanda eitli ksenobiyotiklerin (hcrenin yabancs olduu maddelerin)
detoksifikasyonunda nemli grevi yapar. Karacierde detoksifikasyondan grevli (zehirli ve toksik
maddeleri paralayan) enzimler bu ER zerinde yerleiktir.
25
Blm 2: HCRE
2.3.2 ekirdek (Nukleus)
Hcrenin en byk ve mikroskop altnda en kolay grnen organelidir. Nkleusun yzeyi iki kat bir
membranla evrilidir. Bu membrann ER membrannn bir devam olduuna inanlr. Yzey boyunca
yer yer nuklear delikler vardr. Bu delikler (porlar) birer kanal (veya kpr) grevi grrler ve zel
proteinlerden olumulardr. Esasen bu kanallar sadece iki eit materyalin geiine izin verirler: 1.
nkleus iinde kanalizasyon yapacak proteinlerin (rnein mRNAy isleyen proteinler) ve yaplarn
ekirdek iine alnmas ve 2. son duruma gelmi (yani ilenmi) RNA ve RNA komplekslerinin
ekirdekten sitoplazmaya tanmas.
Nukleus tm genetik bilgiyi yani DNA ve kromozomlar hcrenin dier blgelerinden ayran
bolumudur. Tm canllarda hcresel yapy veya organizmann kendisini belirleyen genetik bilgi
DNA zerinde kodlanm durumdadr. Bakteri DNAsndan farkl olarak karyot DNAs proteinlerle
beraber kompakt olan kromozom yaplar olutururlar. Bu durum ok uzun olan DNA moleklnn
daha da youn hale gelmesini salar.
ekil: Nukleus.
ekirdein grn dokuya ve
hcreden hcreye deimekle
birlikte genelde drt blmden
oluur: (1) ekirdek membran;
(2) kromatin; (3) nkleoplzma
ve bir ya da daha ok sayda (4)
ekirdekik.
ekirdek,
kromatininde, hcre komponentlerinin ve rnlerinin sentezi iin
linear bir kod (DNA) ierir. Ayrca,
hcrenin oalmas iin de
gereklidir ve hcre dngs
srasnda
ekirdek
ve
sitoplzmada
grlen
deiiklikleri de kontrol eder.
Kendi
DNAsn
iki
katna
karacak ve tip RNAy (mRNA,
rRNA, tRNA) sentezleyecek ve
ileyecek
molekler
bir
mekanizmaya sahiptir. ekirdek
protein
retmez;
kendi
aktiviteleri iin gerekli olan proteini sitoplzmadan alr. Kimi olgun hcrelerin (r. eritrosit)
ekirdei yoksa da, tm karyotik hcrelerin yaamlarnn bir dneminde, en azndan bir tane
ekirdekleri olmutur. ekirdek ierii, iki membran ve bunlarn arasnda perinklear sisterna
(perinuklear aralk) denilen dar (4070 nm) bir aralktan olumutur. ekirdek, d membran ile
sitoplzmadan ayrlmtr. D yzeyinde polizomlar bulunur ve yer yer GERla balant kurar. Bu
noktalarda, perinuklear sisterna GERin lmeniyle devam eder. membrann i yz, fibrz
(ipliksi) lamina denilen protein bir yapyla delidir. Fibrz lamina, lamin A, B ve C denilen 3
temel proteinden olumutur. Bunlar, yapsal olarak sitoplzmadaki ara filament proteinleriyle
(vimentin, desmin) ilikilidirler. Laminler, ekirdek membran ve bu membranla kromatin
arasndaki ilikiyi organize eden bir a olutururlar. Bu nedenle laminler, ekirdein eklini,
bykln ve kromatin zelliini dzenliyor ve transkripsiyonu etkilerler. Laminler ile
ekirdein dier komponentleri arasndaki iliki, lamin proteinlerinin enzimatik fosforilasyonu ve
26

defosforilasyonunu ile dzenlenir. rnein; laminlerin fosforilasyonu, mitozun balamas iin
gerekli olan, ekirdek membrannn kaybolmasna neden olabilir.
ekirdek membrannda ok sayda nklear por kompleksleri bulunur. Bu porlarn ap yaklak
70 nm dir. Nklear por kompleksi, nkleoporin denilen glikoproteinlerden olumutur.
Nkleoporinlerin dzenlenii, nklear por kompleksine karakteristik oktogonal ekli verir. Porlar,
nemli molekllerin (mRNA, rRNA, tRNA) ekirdekten sitoplzmaya ya da ters ynde (nkleik
asitler, polimerazlar, histonlar, laminler) geecekleri bir kanal olutururlar ve geii kontrol ederler.
ekirdek membran her byklkteki iyon ve molekller iin geirgen olmadndan, ekirdek ve
sitoplzma arasndaki madde al-verii yalnzca porlar araclyla olur. aplar 9 nmye kadar olan
iyon ve molekller, enerjiye gerek olmadan porlardan geerler. 9 nmden byk olan molekl
kompleksleri ise reseptrlerin araclk ettii ve enerji olarak ATPnin kullanld aktif bir ilemle
tanrlarlar.
Nklear kromatin, DNA ile buna bal histon ve nonhiston proteinlerden oluur. zole kromatinin
elektron mikrograflarda, ince uzun bir iplik ve bunun zerinde, tesbih tanesi gibi belirli aralklarda
dizilmi partikller eklinde grlr. Her iplik, ift sarmall DNA molekldr. Partikller ise,
kromatinin tekrarlayan yapsal subnitleridir ve bunlara nkleozom denir. Her nkleozom, her biri
ift olarak bulunan 4 tip histon (H2A, H2B, H3 ve H4) ieren bir ypdan olumutur. Histonlarnn
her birinin evresinde 166 baz ifti tayan DNA sarlr (paketlenme). Bunlardan ayr olarak, 48 baz
iftinden oluan DNA segmenti (balayc blge) komu nkleozomlar arasnda bir balant
oluturur. Bir baka histon ise (histon H1), hem nukleozom yzeyine ve hem de bu DNA segmentine
(balayc blge) balanr. Kromatinin bu organizasyonu, bir ipe geirilmi boncuk dizisine benzer.
Histon yapsnda olmayan proteinler de kromatine balanr; ancak, bu proteinlerin dzenlenii tam
olarak bilinmemektedir.
Kromatinin bir st organizasyon dzeni "solenoid" olarak bilinen 6 adet nukleozumun bir araya
geldii 30 nmlik bir yapdr. Bu yapda nkleozomlar, 30 nm lik kromatin lifi oluturmak iin bir
eksen etrafnda her bir dnte 6 nkleozom ile sarmal yaparlar. zellikle mitoz ve mayoz
srasnda, kromatinin kromozomlara dnp younlamas iin sarmallamann daha da artmas
gereklidir. Kromatinin heterokromatin ve kromatin denilen iki tipi vardr. Heterokromatin, ar
kvrlm kromatindir. Bu tip kromatin ieren ekirdek bazik boyalarla ok koyu boyanr. kromatin
kvrlmam kromatindir ve ok zayf boyanr, elektron mikroskobunda bile ayrt etmek olduka
gtr. Transkripsiyonun yaplabilmesi iin, kromatinin DNAsnn ak (kvrlmam) yani
kromatin yapda olmas gerekir. Bu nedenle; ekirdei soluk boyanan (kromatik) hcreler, DNA
transkripsiyonunda, ekirdei koyu boyanan (heterokromatik) hcrelerden daha aktiftirler. Byk,
soluk boyal (kromatik) ekirdek genellikle, fazla bir transkripsiyonal aktivite ve hzl bir hcre
blnmesinin iaretidir.
Kromozomlar, kromatinin ok fazla younlam eklidir ve ancak mitoz srasnda grnrler. Bir
baka deyile, interfaz evresindeki bir hcrede kromatin, mitoz evresindeki bir hcrede ise
kromozom grlr. nsann 23 ift kromozomundan 22 ifti somatik (vcut) kromozomlar adn alr
ve her bir ift yapsal olarak benzerdir (homolog). Bu kromozomlarn iftlerinden biri anne dieri
ise baba orijinlidir. Bu 22 ift somatik kromozomdan geriye kalan 23. ift kromozoma seks
kromozomlar denir. Bu kromozom iftinin de bir tanesi anneden ve bir tanesi babadan gelir.
Erkeklerde bu ift, yapsal olarak bir birine benzemez (XY), diilerde ise benzer (XX). Dolays ile
cinsiyetin belirlenmesi temel olarak babadan hangi kromozomun (X mi Y mi?) geldii ile ilgilidir.
Annede iki adet X kromozomu bulunduundan, her durum altnda anne yumurtas dllenme
srasnda X kromozomunu salar. Dier nemli bir zellik, erkeklerde her iki eey kromozomu (X ve
Y) aktif halde iken, diilerde eey kromozomlarndan (X ve X) bir tanesi aktif dieri inaktif halde
27
Blm 2: HCRE
bulunur. Diideki bu olaya X kromozomu inaktivasyonu denir. Aktif olmayan dier X kromozomu
genellikle, seks kromatini ya da Barr cismi adn alan bir heterokromatin kmesi eklinde grlr.
nterfaz evresindeki (iki mitoz aras) bir hcrenin ekirdeinde en azndan bir (ya da 2) tane youn
bazofilik boyanm ekirdekik bulunur. ekirdekik, ribozomal RNA (rRNA) nn sentezlendii
yerdir. Genellikle heterokromatinden ayrt edilebilir; ancak, ok koyu boyanm ekirdeklerde
maskelenmi olabilir. Embriyonik, aktif olarak protein sentezleyen ve hzla byyen tmr
hcrelerinde olduka byk ve ok saydadr. ekirdekik, mitoz hazrlklar baladnda kaybolur
ve tamamlandktan sonra yeniden grnr.
Gerekli mekanizmalar, madde ve zamann kullanlarak bir hcreden iki hcre yaplmasna hcre
oalmas ve bu olayn btnne hcre dngs denir. Her tamamlanm dng, iki oul hcre
meydana gelmesine neden olan, hcre blnmesiyle (mitoz) sonlanr. Hcre oalmas ile ilgili ilk
almalarda, mitoz srasnda meydana gelen yapsal deiiklikler, k mikroskobunda bile kolayca
saptanmtr. Bir birini izleyen mitoz blnmeler arasndaki dneme interfaz denir. nterfaz evresi
nceleri, hcrenin fazla bir aktivite gstermedii bir dinlenme dnemi olarak kabul edilirdi. Ancak,
ok hzl blnen hcrelerde bile, mitoza ayrlan zaman, interfaza ayrlan zamandan daha azdr.
Gnmzde, hcrenin interfaz srasnda ok nemli aktiviteleri yerine getirdii bilinmektedir.
Bunlarn en nemlisi, hcrenin kendisini bir sonraki mitoza hazrlamasdr. Artk, hem mitoz ve hem
de interfaz, hcre siklusunun kompleks ve nemli bir komponenti olarak grlmektedir. Her iki
evre de kesintisiz devam eder. Ancak, anlatmay ve anlamay kolaylatrmak iin bu evreler, bir seri
basamaklara blnmtr. Bu basamaklarn detayl bir izah bu dersin konu iine girmemektedir.
Ancak, bu konu ile ksm bilgi Hcrenin bymesi, oalmas, lm ve kanser blmnde
verilmitir.
2.3.3 ekirdekik (Nkleolus)
ekirdek svs (nkleoplazma) iinde en bariz boyanan yapdr. rRNA molekllerinin sentezlendii
yerlerdir. Dolays ile rRNA genlerinin youn bulunduu blgelerdir. Ribozomal alt niteler
buralarda oluturulurlar.
2.3.4 Golgi kompleksi
Bata sekresyon olmak zere birok aktiviteye katlr. Asl grevi, membran akn (yapm ve ykm)
ve organeller aras vezikl trafiini koordine etmektir. Sitoplazmann belirli blgelerinde st ste
gelmi yass membran kompartmanlardr. Golgi cisimcikleri ad da verilir. Temel grevleri eitli
madde ve moleklleri toplama, modifiye etme, paketleme, ve datmadr. ER zerinde yaplm pipid
ve proteinler buraya gelir ve burada bunlar eitli polisakkaritlerle balanr (glikolipid ve
glikoprotein). Bu ekilde bu molekllerin zerine zel bir ifre (etiket) kaydedilmi olur. Bu
glikolipid ve glikoproteinler zel bir golgi kompartmannda toplanrlar ve bu kompartman
(vezikl) golgiden tomurcuklanp ayrlarak iindeki maddeyi hcrenin gerekli blgelerine tar veya
hcre dna salar (salnm veziklleri). Tipik bir hcrede 30 dakika iinde hcrenin tm
membranna edeer membran bu ekilde golgiden ayrlr ve hcre membran ile birleerek
(fzyon) iindeki maddeleri dar veya membrana verir. Yani dier bir deyimle hcre membran
statik olmayp, srekli yaplm ve yklm halindedir (ekzositoz ve endositozda membrann vezikler
ayrlmn hatrlaynz).
28
ekil: Golgi kompleksi.

Bu
organel,
3
esas
kompartmandan oluur:
birbiri zerinde dzenli
aralklarla
yerlemi,
hafife
kvrlm
ve
yasslam 310 sisterna;
sisternalarn evresinde
ok
sayda
kk
vezikller ve bu kmenin
konkav yzeyinde bazen
younlam
vakuoller
olarak da isimlendirilen
birka byk vakuol. Kmenin cis yz (konveks yz, olgunlamam yz), genilemi olan komu
ER sisternalarna ok yakndr ve tayc vezikller ile kuatlmtr. Trans yz (konkav, olgun yz)
sklkla ok sayda younlam vakuol ierir ve genellikle ekirdee uzak olan yzdr. Golgi
kompleksi, polisakkarit ve oligosakkarit zincirlerinin (her seferinde bir eker ekleyerek) boyuna
uzamasn salayan, ok sayda glikoziltransferazlar ierir. Golgi enzimleri, proteinlerin ve
lipitlerin glikozilasyonu ile glikozaminoglikanlarn (GAG) sulfatlanmasyla ilgilidir. Bu nedenle Golgi
kompleksi, salglanacak glikoproteinler, proteoglikanlar, glikolipitler ve sulfatl GAG larn sentezine
nemli rol oynar. ER da sentezlenen rn, Golgi kompleksi tarafndan bir vezikl iinde paketlenir.
Bu salg vezikl ya da salg granl ekzositozis iin plzma membranna tanr. Baz hcrelerin
Golgi kompleksi, salg rnn salglamadan nce younlatrr ve depolar. Byle bir younlatrma,
Golgi kompleksinin trans yznde, genellikle salg granllerinin prekrsoru olarak da fonksiyon
gren youn vakuollerin esas fonksiyonudur.
Salg maddeleri, tek ynl olarak Golgi kompleksine doru hareket eder. Bu olayda, transfer
vezikl ERdan tomurcuklanmayla kopar ve Golgi kompleksinin immatr (cis) yzne yapr.
Vezikl ierii, bir sisternadan dier sisternaya geerken deiiklie urar ve olgun (trans) yze
doru ilerler. Buradan tomurcuklanmayla ayrlrken ierii rnn son eklidir. Bununla beraber,
bu gr geen zamanla birlikte deiiklie uramaktadr. Lizozomal enzimlerin paketlenmesinde
Golgi kompleksinin rol tartmaldr. Baz aratrmaclar, bu gibi enzimlerin paketlendii asl yerin
GERL (Golgi, Endoplzmik Retikulum, Lizozom) olduunu dnrler. GERL, lizozomal enzimleri
ieren endoplzmik retikulumun Golgi kompleksinin trans yzne yakn olan elemanlarndan
oluur. Sonu olarak golgi hcrenin tanm organelidir. Maddeleri toplar, modifiye eder, paketler
ve hcrenin deiik blgelerindeki adreslere gtrr.
2.3.5 Mikrozomlar
Bu terim, sitololoji ve biyokimyada homojenizasyon srasnda endoplzmik retikulumun
paralanmas ile oluan veziklleri ifade etmek iin kullanlr. Doal olarak bu yap canl hcrelerde
bulunmaz. Homojenizasyon srasnda membrann paralammasyla oluan paralar kk
vezikller oluturmak zere birleirler ve zerine ribozomlar tutunmu olabilir. Mikrozomlar,
santrifgasyon yoluyla biyokimyasal analizler iin izole edilebilirler. Mikrozomlar daha ileri
fraksiyona tabi tutularak membranlarndaki polizomlarn da ayrlmas salanabilir.
Canl hcrelerde doal olarak bulunan lizozomlar, peroksizomlar ve glioksizomlar ou zaman
mikrozom genel ad altnda toplanrlar. Hepsi tek katl bir membranla evrilidir. ERdan orijin
29
Blm 2: HCRE
aldklar dnlen bu organeller yalar karbonhidratlara eviren enzimler, toksik olan hidrojen
peroksidi (H2O2) paralayan enzimlere (r, katalaz) ve hidrolitik enzimlere sahiptirler.
2.3.5.1 Lizozomlar
Lizozomlar, tek membranla evrili yuvarlak vezikllerdir. Her biri hcre ii sindirimden sorumlu
50den fazla enzim ierebilir. Lizozomlarn karakteristik enzim aktiviteleri, onlarn dier hcresel
granllerden ayrlmasn salar. Bunlar iersinde, lizozomlarda en ok bulunan asit fosfatazlar, bu
organelin en belirleyici enzimleridir. Lizozomlarda yaygn olarak bulunan dier enzimler,
ribonkleazlar, dezoksiribonkleazlar, katepsinler, sulfatazlar, glukuronidazlar, fosfolipazlar ve
dier proteazlar, glukozidazlar ve lipazlardr. Lizozomal enzimler genellikle glikoprotein
eklindedirler ve asidik pHda daha ok aktiftirler. Lizozomal enzimler, RERda sentezlenir ve ilk
glikozilasyon da burada olur. Daha sonra, daha ileri glikozillenme iin Golgi kompleksine tanr.
Hcrenin anm komponentleri de burada
paralanr ve geriye dntrlr. Golgi
kompleksinden
orijin
aldklar
zannedilmektedir.
Lizozomlar asidik organeller olup bir seri
paralayc enzim ierirler. Tay-Sachs hastal
gangliyozitlerin lizozomlardaki paralanmasn salayan bir emzimatik basamaktaki
kusurdan dolay oluur. Bunun sonucu olarak
zellikle sinir hcrelerinde olmak zere bu
glikolipitler birikir ve nemli sorunlara neden
olur. Bu kaltmsal hastal sahip bireylerde
semptomlar 1 yandan nce grlmeye
balanr, 2 yandan nce zeka gerilii ve
krlk oluur, 3 yandan nce ise lm olur.
Byle ocuklardaki sinir hcreleri lipitle dolu
lizozomlardan dolay ikin olduka byk bir
yapdadrlar.
ekil: Hcre zarndan besin alnm ve ilenimi.
2.3.5.2 Peroksizomlar
Peroksizomlar, hidrojen peroksit metabolizmasyla ilgilidirler.
Bakteri ldrme yeteneinde olan hidrojen peroksiti (H2O2) reten
oksidazlar ierirler. Bu enzimler kendi maddelerini okside ederler
ve O2 ile H2O2yi indirgerler. Ayrca bu organeller, eitli maddeleri
okside eden ve hcrenin birok nemli kompanentine zarar veren
toksik hidrojen peroksiti, su ve oksijene eviren (2 H2O2 2 H2O +
O2) katalaz da ierirler. Bylece, hcreyi hidrojen peroksitin toksik
etkisinden korurlar.
ekil: Peroksizomlardaki reaksiyon tipleri
Peroksizomlar, uzun zincirli ya asitlerinin (18 karbonlu ya da daha uzun) oksidasyonuna
yardmc olarak, glukoneogenezise de katlrlar. leri derecede saflatrlm peroksizom
fraksiyonlarnda, safra asitlerinin yapmn salayan, belli hidroksilasyon reaksiyonlarnn da
yerleik olduu gsterilmitir. Peroksizomlar, ya sitoplzmada dalm, ya da AGERa bal olarak
bulunurlar. Peroksizom enzimleri (katalaz, oksidasyon enzimleri) sitoplzmadaki serbest
polizomlarda sentezlenir. Bu enzimlerin karboksil ucunda sinyal fonksiyonu gren ksa bir amino
30

asit dizisi bulunur. Bu sinyale sahip proteinler peroksizomun membrannda bulunan reseptrler
tarafndan tannr ve organelin iine alnr. Bym olan peroksizomlar, henz bilinmeyen bir
mekanizmayla iki kk peroksizoma blnr. Eritrositler hari tm hayvan hcreleri ve birok
bitki hcresi peroksizom ierir.
Peroksizomlar birka eit oksidaza sahip olup bu enzimler molekler oksijeni kullanarak organik
maddeleri oksidize ederler (dntrrler). Bunun sonucu hidrojen peroksit (H2O2) ortaya kar.
Peroksizomlar ayrca nemli oranda katalaz da ierirler. Bu enzim hidrojen peroksidi su ve oksijene
paralar. Mitokondride CO2 ve ATP yapm ile sonulanan ya asitlerinin oksidasyonun tersine, ya
asitlerinin peroksizomlarda oksidasyonu ile asetil gruplar ortay kar ve bu ATP oluumu ile ilikili
deildir. Peroksizomal oksidasyonda aa kan eneri sya dnr. Asetil sitozola transfer edilerek
orada kolesterol ve dier metabolitlerin sentezinde kullanlabilir. Bir ok karyotik hcrede ya
asitlerinin oksidasyonu peroksizomlarda gerekleip nemli biyosentetik yollar iin ara rnler
oluturulur. zellikle karacier ve bbrek hcrelerinde eitli toksik molekller peroksizomlarda
paralanaak zararsz rnlere dntrlrler.
2.3.5.3
Glioksizomlar
Glioksizomlar, ileride de zerinde duracamz gibi, glioksilat dngs enzimlerine sahiptirler ve

bu sayede bitki tohumlarnda depo edilmi lipidler glukoza dntrlerek tohumun imlenmesi
salanr (burada fotosentetik bir sistemin ilemesine gerek duyulmaz). Bitki tohumlar depolanm
lipitleri bymek iin karbon ve enerji kayna olarak kullanan glioksizom ad verilen organellere
sahiptir. Lipitler bu organellerde oksidize edilir. Bu organeller peroksizomlara benzerler ve ayn
tipte enzimler ierirken, baka farkl emzimlerle de ya asitlerini glukoza dntrrler.
2.3.6 Vakuol
Tek zardan oluan vakuoller bitki hcrelerinde hayvan hcrelerinde bulunan lizozomlara benzer
fonksiyonlar yaparlar. Genellikle hcrede bir ka adet bulunurlar. Baz esas molekllerin deposu
gibi grevlerinin yannda hcre artklarnn da biriktirildii organellerdir. Vakuol de znen
maddelere eitli pigmentler, organik asitler, ekerler, proteinler, mineral tuzlar, oksijen ve karbon
dioksit rnek verilebilir. Bir ok protozoon da vacuole sahiptir ve bu yaplar sayesinde yabanc
maddeleri sindirirler.
2.3.7 Hcre duvar
Bir ok bakteri gibi, bitkiler de hcre duvarna sahiptirler. Bu yapnn esas ksmn bitkilerde
selloz oluturur. Bitki dokusuna salamlk ve ekil kazandrr.
2.3.8 Mitokondri
Hcre iinde bir bakteri byklnde olan yaplardr. ki zarla kapldrlar. D membran dz olup
ERdan orijin ald tahmin edilmektedir. membran ise krista denen kvrmlar gsterir. Bu
kristalar mitokondriyi iki bolme ayrrlar: i matriks ve d kompartman. Mitokondiri 1-2 m
byklnde olup ATP retimindeki hcre ierisindeki esas itibariyle aerobik hcrelerin enerji
yeri olarak adlandrlr. Hcrenin tipine bal olarak hcre iinde birka taneden birka yz bine
kadar bulunabilirler. Dier organellerden farkl olarak mitokondri 2-10 kopya mitokondriyal genom
ierir. nsan mitokondriyal DNAs 16,560 baz iftinden olumu olup halkasal ift zincirli bir
DNAdr. Bu genom olduka kompakt olup 37 gen ierir. ki gen rRNAlar 22 gen tRNAlar ve 13 gen
de elektron transfer zincirindeki baz polipeptitleri kodlar. Mitokondriyal DNAlara ilaveten elektron
tama zincirindeki proteinlerden 80 alt nite nkleer DNA (nDNA) tarafndan kodlanr. mtDNAnn
genetii nDNAdan nemli farkllklar gsterir. Bu DNA ve tabi ki mitokondrinin kendisi sadece
31
Blm 2: HCRE
anneden gelir. Mitokondri mayoz ve mitoz srasnda blnerek dalr ve DNAs yksek oranda
mutasyona maruz kalr.
Mitokondride enerji retimi iki bir birine bal biyokimyasal olayla gerekleir: Trikarboksilik asit
dngs(ayrca Krebs dngs) ve Elektron transpotsistemine bal oksitatif fosforilasyon. Krebs
dngs asetil-CoA gibi ana metabolikleri oksidize eder ve bunun sonucunda indirgenmi
koenzimler (NADH ve FDAH2) aa kar. Bu indirgenmi koenzimlerle i membran boyunca bir
proton (H+) gradiyenti oluur ve daha sonra bu gradiyent ATP sentezini mmkn klar. Bu olaylar
mitokondrini i membrannda gml 5 adet ok alt niteli enzim kompleksi ile gerekleir. Bu
enzim kompleksileri; kompleks I (NADH ko enzimQ oksidore liklaz), kompleks II (Q enzim
oksidoriliklaz), kompleks III(bikinol sitokrom c oksidoredktaz),komleks IV (sitokrom c oksidaz),
komplek V (ATP sentaz). kompleks II 4 alt niteden oluur ve hepsi de nDNA tarafndan kodlanr.
ekil: Mitokondri. Mitokondrinin
transmisyon elektron mikroskobunda
(TEM) grnm ve emtik gsterimi.
Membranlarn yzeyinde oksidatif
metabolizmadan sorumlu proteinler
(enzimler) vardr. Hcrenin enerji
organelleridir.
nemli
miktarda
ATPnin
yapld
solunum
merkezleridir. Kendi zel genetik
materyaline
(DNA)
sahiptir.
Ribozomlar ve DNAs daha ok
bakterilerinkini andrr. Baz nemli
enzimler kendi DNAs tarafndan
kodlanr,
ancak,
mitokondrinin
nemli ksm ekirdek genetik bilgisi
ile oluur. Dier nemli ve ilgin bir
durum da btn mitokondrilerimizin
annemizden (babamzdan deil)
geliyor olmalardr. Dllenmemi
yumurta bir ok mitokondri ierirken, sperm az sayda mitokondri ierir ve bunlarda dllenme
(fertilizasyon) srasnda yumurta iine girmezler. Mitokondriler sfrdan deil daha nce bulunan
mitokondrilerin blnmesi ile oluurlar. Nkleik asitler konusunda organel DNAs zerinde daha
detayl durulacaktr.
En byk sitoplzmik organel olan mitokondriler, hcrenin enerji salayan yaplar (enerji
santrallar) dr. Yaklak bir bakteri byklnde (yaklak 26 m uzunluunda ve 0.2 m
apnda) olan mitokondri iki membranla evrilmitir (i ve d zar). D mitokondriyal membran
dzgn ve kesintisiz olup nispeten porlu bir rt oluturur. eitli kk molekllere kar serbest
bir geirgenlie sahiptir. mitokondriyal membran por says daha azdr ve bu nedenle de yar
geirgendir. Mitokondri'nin iine doru uzanan, krista ad verilen ok sayda kvrmlar yapar.
Mitokondriyal kristalar, birok hcrede raf biimindedir. Ancak, steroid sentezleyen hcrelerde
kristalar tp biimlidir. membrana bal olan mitokondriyal ATPaz oksidatif fosforilasyonun
baarld en son komplekstir. Ayrca, mitokondriyal ribozomlar da i yzeye tutunmulardr.
Mitokondriyal fonksiyonda nemli rol olan enzimler ve kofaktrleri (r. sitokromlar,
dehidrogenazlar, flavoproteinler) ieren elektron transport sistemi de, i membrann dier
32

komponentleri arasnda saylabilirler. Mitokondriyal membranlar, membranla evrili 2 tane boluk
olutururlar. ki membran arasna membranlar aras boluk denir. membaranla evrili sv ksma
ise matriks denir. Mitokondriyal matriks, su, eriyikler ve mitokondriyal kalsiyumiyon
younlamasyla ilgili olduuna inanlan, matriks granlleri ierir. Ayrca, bakterilerdekine
benzeyen sirkler DNA ve mitokondriyal ribozomlar da bulunur. Matriks, ok sayda, Krebs
dngs (sitrik asid dngs, trikarboksilik asid dngs), lipidlerin oksidasyonu ve
mitokondriyal DNA sentezi gibi mitokondriyal fonksiyonlarla ilgili olan eriyebilir enzimleri de ierir.
Mitokondri, hcresel metabolitlerden elde edilen enerjiyi; ATP nin yksek enerji balarnda
depolayarak, hcrenin, kimyasal ve mekanik almalar iin gerekli olan enerjiyi salar. ATP
mitokondriden ayrlr ve depolad enerjiyi hcre iinde deiik yerlerde salar. Mitokondri, kendi
DNAsn ve baz proteinleri sentezler. Birleme ya da tomurcuklanmayla, byr ve oalr. Hzl bir
ekilde hareket edebilir ve ekil deitirebilir.
Mitokondiriyal yalanma teorisi
Yalanma evrensel ama kompleks bir biyolojik olaydr. Onun karmakln anlamak iin bir dizi hipotez ne
srlm ve bunlar test edilmitir. Molekller genetik ve deneysel tekniklerde gelimeler sonucu eitli
yalanma modelleri ileri srlmtr; reaktif oksijen trlerinin sebep olduu kmilatif hasar, telomer
ksalmas, genom kararszl, DNA mutasyonlar ve gen ekspresyonundaki deiikler. Bu teoriler arasnda
yalanma iin serbest radikal teorisi en ok ilgi eken olmutur. Serbest radikaller iftlememi bir elektron
ieren molekllerdir ve olduka kararsz olduklarndan kendilerine yakn molekllerle kolayca reaksiyona
girerler ve onlardan elektron alarak kendileri kimyasal olarak kararl hale dntrrken o molekl bir
radikale evirirler. Bu ekildeki zincirlerme reaksiyonlar sonucu canl hcre hayatiyetini kaybeder. Her ne
kadar pro-oksidanlar (serbest radikal oluturmaya eilimli radikaller) birok hcre ii kaynaktan gelirlerse
de, mitokondirler serbest radikallerin olutuklar esas yerleridir ve tuhaf olarak ayn zamanda bu radikallerin
ilk kurbanlardrlar.
Normal insan dokularndaki mitokondirler tarafndan kullanlr oksijenin %1-5nin reaktif oksijen trlerine
(ROT) (sper oksit anyonalr, hidrojen peroksit ve hidroksil radikalleri) dntkleri tahmin edilmektedir.
Dier bir deyimle hcre ii ROTun % 90ndan fazlas aerobik metabolizma srasnda mitokondri i
membrann zerindeki solunum srasnda gerekleir. Mitokondiryal ROT kullanmndaki arta ilaveten
oksitatif sitres ayrca hcre ii antioksidan sistemi kapasitesindeki dle ortaya kabilir. Normal fizyolojik
artlarda hcreler eitli antioksidan enzimler (MnSOD ve Cu/ZnSOD, gulutatyon peroksidaz ve katalaz)
yardmyla ile ROT kar koyabilir. SODlar sper oksit anyonun H 2O2ye evirir bu da daha sonra gulutatyon
ve katalazla su ve oksijene dntrr. Bu enzimler ve gulutatyon, C vitamini ve E vitamini gibi kk
molekller gibi nemli antioksitantlar ROTu ve serbest radikalleri sprebilirler.
Gerekten de yal hcrelerin mitokondrilerinde oksitatif olarak modifiye edilmi protein lipid ve nkleik
asitlerin yksek oranda bulunduu belirlenmitir. mtDNA ETZde elektron kaann bulunduu yerlere yakn
olduundan ROT saldrsna yksek oranda maruz kalr. DNA hasarnn bir rn olan 8-hidroksil 2deoksiguanozinin yal hcrelerde art grlmtr. Dier taraftan son aratrmalar mitokondrinin stres
altndaki hcrenin yaamasnda nemli roller stlendiini ileri srmektedir. Bu durum dk kalorinin uzun
mrle balantsn da aklayabilir. Baz almalar hcresel lm, organizmann yaam ve NAD + arasnda bir
balant olduunu ortaya koymutur. Ar bir genotoksik stres NAD+ kaybna, bu da hcre lmne sebep
olur. Kalori snrlamas dahi normal bir strese hcreninin verdii cevap NAD + sentezini artrmasdr.
1980'lerde Lynn Margulis, mitokondrilerin kkenini aklayan endosimbiyoz teorisini ileri

srmtr. Bu teoriye gre; bundan 1.5 milyar nce, byk olan bir prokaryot (ilk eukaryot), daha
kk olan bir prokaryotu fagosite etmitir. Fagositozdan sonra kk organizmay sindirmemi,
onunla simbiyoz bir yaama girmitir. Byk organizma, kk olandan (protomitokondriyon) ATP,
kk olan da byk olandan uygun bir evre ve ham madde salamaktadr. Bu yaam biiminde
hcre mitokondrisiz, mitokondri de hcre dnda yaayamaz.
33
Blm 2: HCRE
2.3.9 Kloroplast
Mitokondriye benzer yaplardr. ki membranla kapl durumdadrlar. Mitokondriden daha
byktrler ve i membranlar daha komplekstir. Mitokondri gibi kendi DNAlarna sahiptirler.
Fotosentez organelleridir. Kloroplast ve mitokondrilerin endosimbiyotik bakterilerden orijin
aldklar sanlmaktadr. Baz bilimsel veriler ilk karyotik hcrelerin iine siyanobakteri ve aerobik
bakterilerin girmesi ile sras ile kloroplast ve mitokondrinin olutuu ynndedir
(endosimbiyotik hipotez). Her iki organelin hcre DNA veya kromozomundan bamsz olarak
kendi DNAlarn tamas bu hipotezi glendirmektedir. Ayrca, bu organel DNAsnn baz dizisi
bakterilerinkine nemli benzerlikler gstermekte ve bu organellerde bulunan ribozomlar ise daha
ok bakteri ribozomlarna benzemektedirler.
ekil: Enerji transformasyonu ile ilgili biyokimyasal yollar ve organelleri.

Fotosentez ve hcre solunumu bir ok organizmada enerji akn kontrol eden kimyasal reaksiyon
serileridir. Fotosesntetik sisteme sahip organizmalar (bitkiler) k, su ve karbon dioksiti kullanarak
eker, protein, lipid, nkleik asit gibi moleklleri yapabilme kabiliyetindedirler. Bu olay srasnda
ayn zamnad oksijen de aa kar. Hcre solunumu srasnda btn canllar oksijenle beraber
yaplm olan moleklleri kullanarak yaam iin gerekli enerjiyi elde ederler.
HCRELERN MOLEKLER ER
Hcreler yukardaki gibi farkl yaplarda bulunsalar da, hcreleri yapan organik ve inorganik
molekllerin yzde oranlar hemen btn hcrelerde (karyotik veya prokaryotik olsun) olduka
benzerdir. Hcrenin kimyasal kompozisyonu bir sonraki dersimizin konusu iinde daha detayl
verilecektir.
2.4 Organellerin allmas
Biyokimyada nemli gelimelerden biri organellerin hcreden ve biri birlerinden izole
edilebilmeleri olmutur. Yani hcrelerin bu yaplar byklklerine ve younluklarna gre yksek
34

santrifj hzlarnda (yksek ekim kuvveti oluturulmas ile organeller nce byklklerine gre,
daya sonra bir younluk gradiyenti oluturularak younluklarna gre) fraksiyonlara ayrlrlar.
Bunun iin hcreler nce sukroz (genellikle 0. 2 M) ieren bir ortamda bir blendrla (homojenizatr)
paralanrlar. Sukroz ortam organel iine benzer bir ozmotik basn salad iin organellerin
erimesi nlenmi olur. Daha sonra bir skroz gradiyenti yardm ile organeller younluklarna gre
de ayrlabilirler. Bu ekilde dier organel ve yaplardan izole edilen bir organelin yaps, ierii
(rnein, sahip olduu zel bir enzim) allabilir.
Kk Hcreler (ng. Stem Cells)
nsanda hcrelerin farkllamas, fertilizasyondan sonraki ilk gnlerde balar. Blastomerlerin her biri, tm
hcrelere dnebilme ve tek bana bir insan yapabilme yeteneindedirler. Bu nedenle onlara totipotent
(her eyi yapabilen) hcreler denir. Fertilizasyondan sonra 5. gnde oluan blstosistin hcreleri ise,
organizmadaki dier hcrelere dnebilirler; ama, bir insan yapabilecek yetenekte deillerdir. Bu nedenle,
bunlara pluripotent hcreler denir. Gelime ilerledike, hcrelerde zelleme ve farkllama balar. Bu
zellemi hcrelere, multipotent hcreler denir. Bu tip kk hcreler, yalnzca belirli hcre trlerini
oluturur. rnein, kan kk hcreleri gerektiinde; lkositler, eritrositler ve trombositlere dnebilirler.
Totipotent ve pluripotent hcreler yalnzca embriyoda bulunur; ancak, daha zellemi olan multipotent
hcreler ocuklarda ve erikinlerde de bulunur.
Gnmzde zm olmayan pek ok hastaln tedavisinde kk hcrelerden yararlanlabilir. Bunlar genelde,
bir hcrenin lmesi ya da grevini yapmamas sonucu gelien hastalklardr (Diyabet, Parkinson, Alzheimer
gibi). Son zamanlarda, kk hcrelerinden sinir hcrelerinin gelitirmesi ile Parkinson ve Alzheimer gibi
hastalklarn tedavisi iin bir umut ortaya kmtr. Bu tedavi ynteminde, kk hcrelerinden
gelitirilmi sinir hcreleri beyne yerletirilir ve bunlarn hastalkl hcrelerin ilevlerini stlenmesi salanr.
Ayrca, travma sonucu oluan nron yaralanmalarnda da kk hcreleri kullanlabilir.
Kk hcreler farkl yaplarda bulunabilirler. Fertilizisayondan sonraki ilk gnlerde embriyoda bulunurlar. Bu
dnemdeki kk hcrelere embriyonik kk hcreler denir. Dier bir kaynak fetsdur. Bu hcrelere fets kk
hcreleri denir. Gbek kordonu da bir baka kk hcre kaynadr ve gbek kordonu kk hcreleri adn
alrlar. Drdnc kaynak, eriikin kk hcreleridir. Bunlar, farkllamasn tamamlam dokularda bulunan
ancak, henz farkllamam hcrelerdir. Bu hcreler her yataki insanda bulunurlar. Vcudun gereksinimi
olduunda bu hcreler, bulunduklar dokunun hcrelerine dnrler. Bunlar, dokulardaki yalanan,
hastalanan ve len hcrelerin yerine gemek zere yedek hcreler olarak beklerler. Erikin kk hcreler kas,
gz, karacier, deri, sinir dokusu ve kemik iliinde bulunurlar. Erikin hcrelerinin elde edilmesinde bir sorun
yoktur. Bu hcrelerin erikinden alnmas bir salk problemi yaratmaz. Fets kk hcreleri de dklerden
elde edildii iin, burada da bir sorun yoktur. Gbek kordonu kk hcreleri de doumdan sonra zaten atlacak
olan gbek kordonundan elde edildii iin burada da bir sorun yoktur. Ancak, embriyonik kk hcreler sz
konusu olduunda, bir takm sorunlar da ortaya kar. Bunun nedeni embriyonik kk hcrelerin elde edili
biimidir. Embriyonik hcreler genelde, IVF (ng. in vitro fetilization) sonras kullanlmam ve dondurularak
saklanm embriyolardan elde edilir. Ancak bu durumda embriyonun yaamna son verilir. Dolays ile kk
hcre almalarnda bu konu biyoetik asndan nemli tartmalara sebep olmaktadr.
35
Blm 2: HCRE
ZML SORULAR
1. Canlln en kk nitesi (birimi) hangisidir?
(a)
DNA
(b)
hcre
(c)
organel
(d)
virus
(e)
protein
2. Aadakilerden hangi(leri) hcrenin temel kimyas bakmndan dorudur?
(a)
Tm hcreler ayn proteinleri ierirler
(b)
Tm proteinler ayn 22 amino asitten oluurlar
(c)
Tm hcrelerde genetic bilgi DNAda sakldr
(d)
Tm organizmalar ayn genleri tarlar
(e)
Hepsi doru
3. Tipik bir insan hcresinin boyutlar iin genellikle hangisi kullanlr?
(a)
Santimetre
(b)
Nanometre
(c)
Milimetre
(d)
Mikrometre
(e)
Angstrm
4. Prokaryotlar iin hangisi dorudur?
(a)
Nukleuslar olmad iin DNAlar da yoktur
(b)
Golgi cisimcii yoktur
(c)
Basit tek hcrelilere dnebilirler
(d)
Bu grubun iinde bakteri, maya ve protozalar bulunur
(e)
Hepsi inorganik bir ortamda oalabilirler
5. Bir karyotu prokaryottan ayran en nemli zellik:
(a)
hcre zarnn varldr
(b)
nukleusun varldr
(c)
daha byk olmasdr
(d)
DNAya sahip olmasdr
6. Mitokondri iin hangisi dorudur?
A.
Mitokondri oksijen tketerek karbon dioksit salarlar
B.
Hemen tm aerobic karyotlarda bulunurlar
C.
D ve i zar olmak zere iki membranlar vardr
D.
Mitokondrilerin heterotrofik bakterilerden orijin aldklarna inanlmaktadr
E.
Hepsi doru
7. Aadakilerden hepsi hem mitokondri ve hem de kloroplast iin dorudur. Bir tanesi hari. Bu
hangisidir?
(a)
ift zarla evrilidirler
(b)
Prokaryotlardan orijin aldklarna inanlmaktadr
(c)
Hcreden ayrldklarnda kendi balarna oalamazlar
(d)
kiye blnerek oalrlar
(e)
Tm karyotlarda bulunurlar
36
8. Aadakilerden hangisi ift zarla (i ve d zar olmak zere) ile sarldr?

(a)
Endoplasmik retikulum
(b)
Nukleus
(c)
Lizozom
(d)
Peroksizom
(e)
Vakuol
9. Aadakilerden hangisi tm hcrelerde (karyot ve prokaryot) bulunur?
(a)
Nukleus
(b)
Ribozomlar
(c)
Sitozol
(d)
Mitokondri
(e)
Kloroplast
(f)
Plazma zar
(g)
(h)
Lizozomlar
10. Aada A-H arasnda gsterilen yap veya molekllerin yandaki hcre tiplerinden hangisinde
bulunduunu, bu hcre tipini iaretleyerek gsteriniz. (Not: baz yaplar birden fazla hcre tipinde
bulunabilir).
A.
B.
C.
D.
E.
F.
G.
H.
Yap veya molekl

DNA
nukleus
plazma zar
kloroplast
hcre duvar
lizozom
mitokondri
Golgi cihaz
hayvan
hayvan
hayvan
hayvan
hayvan
hayvan
hayvan
hayvan
Hcre tipi
bitki
bitki
bitki
bitki
bitki
bitki
bitki
bitki
bakteri
bakteri
bakteri
bakteri
bakteri
bakteri
bakteri
bakteri
11. Aadaki yaplar en kkten bye doru sralaynz.

A.
Protein molekl
B.
nsan hcresi
C.
Karbon atomu
D.
Ribozom
E.
Maya hcresi
F.
Mitokondri
37
Blm 2: HCRE
SORULAR
1. E. coli ubuk (silindir) eklinde bir bakteri olup yaklak 1 x 2 m (mikron metre)
boyutlarndadr. Silindirin hacmi= r2h.
a. Eer bakterinin hcre ii younluu 1.12 g/ml (veya 1.12 g/cm3) ise, tek bir bakteri
hcresi ka gramdr?
b. Eer hcre duvar 10 nm ise, bakterinin toplam hacminin ne kadar (yzde ka)
hcre duvardr?
c. Her E. coli hcresi, iinde bulunan yaklak 15,000 ribozom sayesinde hzlca byr
ve oalr. Eer her ribozomun ap 18 nm ise, toplam hcre hacminin yzde kan
ribozomlar igal eder?
2. E. colinin DNAsnn (kromozom) uzunluu ne kadardr (E. coli DNAs yaklak 4.5 x 106 baz
iftinden yaplmtr ve iki baz cifti arasndaki mesafe 0.34 nmdir).
3. E. coli hcresinin toplam arlnn yzde ka DNAdr (1.soruda hesaplam olduunuz

deeri kullanacaksnz, 30.5 cm uzunluundaki bir DNA yaklak 1 pikogramdr (pg) ve1
pg= 1 x 10-12 g).
4. a. Soru 2deki verilere gre diploid bir insan hcresindeki 46 kromozom (toplam 6 x 10 9 baz
cifti)daki DNAy ap u uca eklersek ne kadar uzunlukta olurdu.
b. Yetikin bir insanda 100 trilyon nkleuslu hcre olduu sanlmaktadr. Tm bu
hcrelerden alnan DNA moleklleri u uca eklenirse ne kadar olurdu (hem arlk ve hem
uzunluk olarak)?
5. Aadakilerden hangs veya hangileri tek zarl organellerdir?
a.kloroplast b.mitokondri c.ER d.golgi e.lizozom
f.nkleus g.peroksizom h.vakuol
6. Sitoplazma ile sitozol arasnda ne fark vardr?
7. Sitozolda bulunan enzimleri almak iin genellikle hcreler 0.2 M sukroz ieren bir
ortamda paralanrlar ki, organeller paralanmasn. Neden?
8. Bir hcre homojenatnda boyutu ve younluu aada verilen organel bulunmaktadr:
Organel
Boyut (cap, m)
Younluk (d= g/cm3= g/ml)
A
10
1.30
B
1.3
1.20
C
1.0
1.24
Bu 3 organelin younluk ve bykln gz nne alarak birbirlerinden nasl izole edersiniz?
38
3 BYOMOLEKLLER
3.1 Atomdan molekle

Bilim adamlar hcreyi ve dolays ile tm canly yapan moleklleri, makromoleklleri ve
makromolekler kompleksleri belli gruplar altnda snflayarak analiz etmeye alrlar. Molekl,
belli spesifik atomlarn elektron paylam ile (kovalent ba) bir arada tutulduu yaplardr. Canlda
molekller, oksijen molekl (O=O) gibi kk yaplardan, amino asitler, nkleotidler ve hatta
protein, nkleik asit gibi ok daha byk yaplar olabilir (dolays ile makromolekl):
3.2 Moleklden canlya

Canllarn yapsna giren elementlerin cansz dnyadakinden daha az sayda olduklar bir asrdan
beri bilinmektedir. Canl yapnn % 99undan fazlasn karbon, azot, oksijen, hidrojen ve fosfor
oluturur ve doal says 90dan fazla olan elementten sadece 10-15 tanesi organizmalar iin belli
bir nem tekil eder. Dier bir deyimle, herhangi bir organizma (bitki, hayvan, mikroorganizma)nn
kimyasal analizi yapldnda, periyodik cetveldeki elementlerden ok aznn bu canllarn temel
yapsna girdikleri gzlenir. Bu 10-15 elementin ou dk molekl arla (< 80) sahiptir. Canl
sistemde yzde miktar olarak en ok bulunan drt element hidrojen, oksijen, azot ve karbon olup
sras ile bir, iki, u ve drt ba oluturabilirler. Genel olarak, en hafif elementler en gl balar
kurarlar. nsan vcudunda en ok bulunan 8 elementten (H, O, N, C, Ca, P, Cl, K) alts (H, O, N, C, Ca,
P) ayn zamanda deniz suyunda en bol bulunan 9 elementin (H, O, C, Ca, Cl, K, Na, Mg, S) iinde yer
alrlar. Atmosferik ierikle vcudumuzdaki element ieriini kyaslayabilirsiniz.
Dier ilgin bir durum ise, bu elementlerin btn canllarn yapsnda hemen hemen ayn yzde
oranlarda bulunmalardr;
Element
nsan
Bitki
Bakteri
O
63
78
74
C
19
11
12
H
9
9
10
N
5
1
3
P
1
1
1
S
1
0.1
0.1
Her ne kadar yukardaki 6 element birbirlerine ok eitli ekillerde balanabilirlerse de, kimyasal
analizler gstermitir ki, nispeten az sayda temel bilesen vardr. Bu dersimizde zerinde
duracamz gibi, su bir ok canlnn arlnn yaklak % 70in oluturmaktadr. Geriye kalan
temel bileikler ise karbonhidratlar, yalar, proteinler ve nkleik asitler (DNA, RNA)dir.
39
Blm 3: BYOMOLEKLLER
3.3 Organik-inorganik madde
Bir biyokimya rencisinin karlat sorulardan biri insan veya dier canllarn hangi
molekllerden yapldklardr. Dier canllar iin de benzer durum sz konusu olmasna ramen,
insanda en bol bulunan molekl sudur. nsan vcudunun 2/3 sudur. Sudan sonra, proteinler ve
triglisertler (yalar) gelir. Yalar kiinin kilosu ile orantl olarak farkl miktarlarda bulunurlar.
Proteinler ise hcre iin hem yapsal ve hem de ilevsel olan nemli molekllerdir. Karbohidratlar
proteinlerden ok daha az miktarlarda bulunurlar. Karbohidratlar yapsal rollerden metabolic enerji
eldesine kadar bir takm funksiyonlara sahiptirler. Eriyebilir inorganik tuzlar hem hcre ii ve hem
de hcre d svlarda bulunurlar ve kalsyum fosfat ve benzeri tuzlar kemik oluum ve salnda
nemlidir. Organik kimyada milyonlarca bileik olduu halde, biyokimyaclar nispeten az sayda
organik madde ile ilgilenirler. Bunlar daha ok organizmada veya hcrede bulunan organik
bileiklerdir. Karbon dioksit ve karbon monoksit hari yapsnda karbon atomu bulunduran her
turlu madde organik madde iken (rnein, glukoz, amino asitler, etanol, asetik asit vb.) yapsnda
karbon atomu bulunmayan (CO2 ve CO hari) her trl madde inorganik madde olarak adlandrlr
(rnein, CO2, CO, H2O, O2, NaCl, btn elementler, vb.). Dier bir deyimle organik molekller daima
karbon ve hidrojen ierirler. norganik bileikler tipik olarak karbon iermezler.
Hcrenin organik materyalinin hemen hemen hepsi yukardaki drt eit makromoleklden
(proteinler, nkleik asitler, lipidler ve polisakkaritler) olumutur. Bunlara ve bunlar yapan
monomerlere organik materyal denmesinin sebebi, hepsinin temel yapsnda karbon atomunun
bulunmasdr. Balangta organik maddelerin sadece canllar tarafndan sentezlenebilecei
dnlmt. Ancak, gnmzde saylar milyonlarla ifade edilen organik molekllerin byk
ounluu laboratuar artlarnda sentezlenmektedir. Organik molekllerin ou H, O ve Nun C
atomu ile ba yapabilme zelliinden yararlanlarak elde edilmilerdir. Millerin primitif atmosferi
stimule ederek yapm olduu deneyi hatrlaynz:
Miller su blmnde
toplanan
maddeleri
incelediinde
oluan
organik
asitlerin
(rnein, amino asitlerin
bazlar, HCN, aldehitler
ve siyano bileikleri)
karbonlarnn % 10dan
fazlasnn
metandan
geldiini belirlemitir.
Biyomolekller, karbon
bileikleridir.
Hcre
kuru arlnn 1/3u bu
elementtir. Metan (CH4)
da drt ift elektron drt
hidrojen atomu ile birer
ba kurar. Karbon ayn
zamanda oksijen ve
azotla da bir ve iki ba
kurabilir. Ancak, en
nemlisi bir karbon
atomu baka bir karbon atomu ile, iki, u ve drt ba kurabilir. Kovalent balanm karbon balar
lineer, dallanm veya halkasal yaplar oluturabilirler. Karbon-karbon balar iki-u adet olabilir.
40

l balar biyomolekllerde az rastlanan bir durumdur. Bu ekilde olumu karbon iskeletlerine
daha sonra dier atomlar ve fonksiyonel gruplar eklenmi olur ki bunlar sayesinde her
makromolekle zel bir zellik kazandrlm olur. Bu ekilde karbon ieren yaplara organik
bileikler denir (CO ve CO2 hari).
3.4 Fonksiyonel gruplar
Bir organik bileikteki karbon zinciri
karbon iskeleti olarak bilinir. Bir bileiin
kendine zg kimyasal karakterinin
ortaya kmasn fonksiyonel gruplar
salar.
Kimyasal balar fonksiyonel gruplar arasnda olan reaksiyonlarla oluurlar. ou makromolekl
(Mol A > 10,000 D) olmakla beraber insan vcudunda milyonun zerinde kimyasal olarak farkl
molekl vardr. Her ne kadar bu molekller olduka farkl byklk ve komplekslikte olsalar da,
hepsi peryodik cetvelde bulunan 92 elementten sadece 3-6 tanesini ierirler. Karbon (C), hidrojen
(H), and oksijen (O) hepsine bulunan elementler iken, kkrt (S) ve fosfor (P) sadece bazlarnda
bulunur. Bir molekldeki atomlar kovalent balarla bir arada tutulurlar.
Tablo: Biyomolekllerdeki fonksiyonel gruplar
1. Hidrokarbon gruplar
-CH3
Metil
-CH2-CH3
Etil
-CH2Metilen
-CH=
Methine
2. Oksijen ieren gruplar
R-OH
Hidroksil (alkolik)
Hidroksil (fenolik)
Keto
Aldehit
Karbonil
Karboksil
3. Azot ieren gruplar
-NH2
Birincil amin
kincil amin
ncl amin
Drdncl amonyum tuzu
4.Kkrt ieren gruplar

-SH
Sulfidril (tiol) grubu
41
Blm 3: BYOMOLEKLLER
Kovalent balar molekl oluturan atomlar arasnda elktron paylam ile salanan balardr.
Biyomolekller belli sayda fonksiyonel gruplara sahiptirler ve bunlar sayesinde molekllere
kendilerine zg yap ve kimyasal reaktivite zelii kazandrlr. Macromolekller, daha kk
molekllerin fonksiyonel gruplar arasnda oluan kondensasyon (su kmas) reaksiyonlar
sonucu oluurlar. Bu balar su moleklnn girmesi (hidroliz) ile tekrar krlabilirler.
Kk organik molekller bir araya gelerek daha byk makro moleklleri yaparlar. Makro
molekller genellikle tekrar eden kk alt nitelerden meydana gelirler ve polimer olarak da
adlandrlrlar. Kk alt nitelere ise monomer denir. Monomerler polimerleri meydana getirmek
iin ya dehidrasyon (su kmas) ya da kondensasyon reaksiyonlar ile bir raya gelirler.
Fonksiyonel gruplar kimyasal zelliklerin ortaya kmasnda rol alrlar. En nemlileri:
42

Baz biyolojik molekllerde fonksiyonel gruplarn yapya katlmas:
Biyomolekllerin ouna hidrokarbon (C-H

omurgal yaplar) trevleri olarak baklabilir. Bu
omurga olduka kararl bir yapdr. Hidrojen
atomlar
bir
ok
fonksiyonel
grupla
deitirilebilirler ve bu deiim sonucu eitli
organik molekller ortaya kar. Bu eit tipik
organik molekllere bir veya daha fazla hidroksil
grubu ieren alkoller, amino grubu ieren
aminler, karbonil grubu ieren aldehit ve
ketonlar ve karboksil grubu ieren karboksilik
asitler rnek verilebilir:
ekil: Ester, tiyoester, amid, fosfoester ve
anhidritlerin oluumu.
3.5 Hcrenin kimyasal ierii
Su hari, molekllerin ou hcre iinde
makromolekl olarak bulunurlar. Lipidler
hidrokarbon yaplardr (yani genel olarak C ve
Hden olumulardr) ve dolays ile suda
erimezler. Bundan dolaydr ki, lipidlerin girmi
olduu yaplar (r, hcre zar) genellikle hcreyi
sulu ortamdan izole eder. Karbonhidratlar da
lipidler gibi C-H omurgasna sahiptirler, ancak,
ilave olarak birok polar (-OH) grup
tadklarndan suda kolayca erirler. Glikozidik
balarla bir ok monosakkaritn birebirine
43
Blm 3: BYOMOLEKLLER
balanp oluturduklar uzun zincirli yaplara polisakkarit denir. Bu eker polimerleri daha ok
ekerlerin depo edilmesinde (r, glikojen, niasta) veya hcreye dayankllk kazandran (r,
selloz) yaplarn olumasnda rol alrlar. Proteinler canl sistemde en ok bulunan ve en kompleks
makromolekllerdir. Amino asitlerin birebirine peptid ba ile balanmas sonucu oluan uzun
polipeptid zincirlerinden olumulardr. Kimisi enzimlerde olduu gibi ilevsel, kimisi de kollajen,
keratin gibi yapsal roller stlenmitir. Nkleik asitler hcrede bulunan en byk
makromolekllerdir. rnein tek bir molekl bakteri DNAs (bakteri kromozomu) 3000 adet farkl
protein molekln kodlayabilir. Genetik bilginin nesilden nesile aktarlmasnda rol alrlar.
Makromolekllerin, yap, ilev, sentez ve ykm bu ders boyunca zerinde durulacak konulardr.
Lipidler
Hcre
membranlarnn
esas
bileenleridir. C, H ve Odan oluurlar.
Polar olmayan bileikler olup suda
erimezler. Yalar veya trigliseritler
(trigliseroller) olarak bilinirler. Bir
gliserol molekl ve buna bal adet
ya asidinden oluurlar. Doymam ya
asitleri bir veya daha fazla sayda ift ba
ierirler. Kompleks Lipidler C, H, O + P, N,
veya
S
ierebilirler
Membranlar
fosfolipidlerden olumutur.
ekil: Membranda
molekl.
bulunan
fosfolipid
Karbohidratlar
Yap ve enerji kayna olarak kullanlrlar.
Genelde C, H, ve O ierir ve (CH2O)n
genel
formul
ile
gsterilirler.
Monosakaritler basit ekerler olup 3-7
karbon
atomundan
oluurlar.
Disakkaritler iki monosakkaritin dehidrasyon sentezi sonucu birlemesi ile oluurlar. Disakkaritler
hidrolizle paralanabilirler. Oligosakkaritler 2-20 monosakkaritten oluurlar. Polisakkaritler
onlarca hatta yzlerce monosakkaritin dehidrasyon sentezi sonucu birlemesi ile oluurlar. Niasta,
glikojen, dekstran ve selloz hepsi glukoz polimerleridir ve glukoz monomerlerinin farkl kovalant
balanmalar ile meydana gelirler. Kitin iki ekerin tekrarlanan polimeridir.
44

Proteinler
Hcre yap ve fonksiyonu iin esas molekllerdir. Enzimler kimyasal reaksiyonlar hzlandran
katalizrler olup, proteinlerden yaplmlardr. Transporter proteinler membran boyunca kimyasal
maddelerin akna izin verirler. Flagella proteinlerden oluur. Baz bakteriyel toksinler protein
yapdadr. Amino Asitler D veya L- stereoisomerleri olarak bulunurlar. Doada en yaygn olanlar Lformunda olanlardr. Amino asitler biri birlerine peptid ba ile balanarak deiik uzunluklarda
polipetid zincirleri yaparlar. Genellikle 30 amino asit ve zeri polipeptidlere protein, daha az
sayda amino asitten oluanlara ise oligopeptid denir.
Peptid balar iki amino asit arsnda bir dehidrasyon sentezi reaksiyonu sonucu oluurlar.
Nkleik asitler
Nkleik asitler (DNA ve RNA), nkleotid alt nitelerinden oluurlar. Nkleotidler:
Pentoz (5 karbonlu bir eker)
Fosfat grubu
Azot (nitrojen) ieren bir bazdan (purin (A, G) veya pirimidin (C, T, U)) oluurlar
DNA
Deoksiriboz tar
ifte sarmal yap
A=T
CG
RNA
Riboz eker tar
Tek zincir
A=U
CG
ATP, tm hcrelerde esas enerji molekl

olarak kullanlan bir biyomolekldr
(nkleotid). Dehidrasyon sentezi ile
oluurken hidrolizis ile praalanr ve hcre
iin kullanl enerji ortama salar.
Tm yukardaki biyomolekller ileriki
derslerimizde daha ayrntl olarak ele
alnacak, bunlarn fiziksel ve kimyasal
yaplar,
sentezleri,
paralanmalr,
hcredeki rolleri daha kapsaml bir ekilde
45
Blm 3: BYOMOLEKLLER
ilenecktir. Esas itibar ile Biyokimya bu molekllerin (daha ok hcreden izole edilerek)
alld bir bilim daldr. Bu nedenle, bu dnem ve nmzdeki dnem bu dersimizde ileneck
konularn merkezinde bu molekller (amino asitlerproteinler, nukleotidlernkleik asitler, ya
asitlerilipidler, polisakkaritlermonosakkaritler) olacaktr.
ekil: Tipik bir bakterinin kimyasal kimyasal ierii.
3.6 Kimyasal balar
Atomlar bir birine zel bir ekilde tutturan
kovalent balar
sayesinde kararl organik
maddeler oluurlar. Kovalent balar atomlar
arasnda (d yrngede) elektron paylam ile
olurlar. Tek balarda (r, C-C) 2, ift balarda (r.
C=C) 4, l balarda (r. CC) 6 elektron paylam
sz konusu olur. C-C, C=C, C-H, H-H, NN gibi
balar kuvvetli kovalent balardr. Bu balar en
kuvvetli kimyasal balar olup, her birinin krlmas iin yaklak 100 kal enerjiye ihtiya vardr. Ba
oluumu endergonik (enerji gerektiren) bir olaydr. Yani, kk molekllerden daha byk
molekllerin yaplmas metabolik enerjiye ihtiya duyar. Bunun tersine, ba krlmas (hidroliz)
ekzergonik bir olaydr ve bunun sonucunda enerji salnr. r. Sindirim enzimleri hidrolitik ba
krlmasn katlize ederler.
Tablo: Ayn bakteri hcresinde bu maddelerin eit ve says.
Madde
Molekl says/hcre
Su
40 milyar
Proteinler
2-3 milyon
Nkleik asitler
DNA
1-2 adet
rRNA
100,000
tRNA
400,000
mRNA
100,000
Amino asit ve metabolitleri
30 milyon
Nkleotid ve metabolitleri
10 milyon
Lipid ve metabolitleri
25 milyon
Monosakkaritler
200 milyon
norganik iyonlar
250 milyon
eit
1
2000-3000
1
3
40
1000
100
200
50
200
20
Tablo: Biyolojik nemi olan atomlar aras balarn

enerjileri. Bu balarn hepsi kovalent tiptedir.
Nkleotidleri, amino asitleri, ekerleri yapan bu tur
balardr.
Ayrca,
nkleotidler
arasndaki
fosfodiester, amino asitler arasndaki peptid, ve
monosakkaritler arasndaki glikozidik balar da
kovalent yapdadrlar.
46

Kovalent olmayan balar (iyonik ba, hidrojen ba, hidrofobik ba, Van der Waals kuvvetleri)
kovalent olan balara gre 10-100 kat daha zayf olsalar da bu balar, biyolojik makromolekllerin
ikincil ve ncl yaplarnn kazanlmasnda en nemli rolleri alrlar.
zomerler ayn kimyasal yapya ancak farkl
geometrik yapya sahip olan kimyasal olarak farkl
molekllerdir. eit izomer vardr:
1. Pozisyonal izomerler fonksiyonel grubunun
farkl pozisyonda olduu izomerlerdir:
47
Blm 3: BYOMOLEKLLER
Ba
Eter
Tablo: Biyomolekllerde bulunan nemli balar.

Yap
Oluan form
R1-O-R2
R1-OH + HO-R2
Karboksilik
ester
Asetal
Nerede oluur
Metil eterleri,
baz membran
lipidleri
Trigliserdler,
dier yalar
Disakkarit,
oligosakkarit ve
polisakkaritler
(Glikozidik
balar)
Baz metabolik
ara rnler
Kark
anhidrit
Fosfoanhdrit
Nukleotidler
(r. ATP)
Posfat ester
Birok
metabolik ara
rn,
fosfoproteinler
Nukleik asitler,
fosfolipidler
Fosfodiester
Amid
Polpeptidler
(peptid ba)
Tiyoester
Astil-CoA, dier
aktive asitler
Tiyoeter
R1-S-R2
R1-SH + HO-R2
Metionin
Hidrojen ba kurmada polar gruplar rol oynar. Yanda bir

alkol ile su arasnda (a), iki etanol molekl arasnda (b) ve bir
amino asitin peptid karbonil oksijeni ile dier amino asitin
peptid azot atomuna bal hidrojenler arasndaki (c) hidrojen
balar gsterilmitir. Biyomolekller yaygn olarak izomerik
formlarda bulunurlar. Biyokimyada nemli olan kompozisyon
deil fakat geometridir.
2. Geometrik izomerler molekln kararl blgesindeki
farkl dizilimden meydana gelirler. Buna tipik bir rnek alt
kedeki karbon-karbon ift bann cis-trans izomerleri
verilebilir. Bu iki form biri birine dnmez. nk, ift ban
etrafnda serbest hareket (rotasyon) mmkn deildir. Bu
48

yapya balanan tm atom veya molekller (H, R1, and R2) ayn dzlem zerinde fiske olmulardr.
Halkasal sistemler de geometrik izomerizm gsterirler.
Geometrik izomerler diasteromer olarak adlandrlrlar.
3. Optik izomerler asimetrik bir karbon atomuna bal
atom veya moleklerin farkl konumda olmas ile
oluurlar. Asimetrik karbon demek drt farkl atom veya
molekle bal karbon atomudur. Daha sonra
greceimiz gibi, glisin hari dier amino asitlerin hepsi
bu ekilde asimetrik bir karbon atomuna sahiptir. Eer
bir molekl sadece bir adet asimetrik karbon atomuna
sahipse, izomerler biri birinin ayna grntleridir.
Bunlara enantiomerler denir. Bunlar biri birine sa ve
sol el gibi bir benzerlik gsterirler ve dolays ile optik
izomerlere kiral molekller ad da verilir.
Farkl erime, kaynama, erime ve kristal yap zellikleri
gsteren pozisyonal ve geometrik izomerlerden farkl olarak enantiomerlerin fiziksel ve kimyasal
zellikleri ayndr. Enantiomerler sadece polarize saa ve sola krmalar ile biri birlerinden
ayrlrlar. Ancak, enantiomerlerin biyolojik zellikleri biri birinden farkl olabilir.
Eer moleklde birden fazla asimetrik karbon atomu varsa izomerler biri birinin ayna grnts
(enantiomerler) deil ancak geometrik izomerleri (diasteromerler)dir ve farkl fiziksel ve kimyasal
zellikler sahiptir.
Fischer projeksiyonunda, asimetrik karbon atomun stnde ve altnda yer alan gruplar arkaya
doru bulunurken, bu karbon atomunun sanda ve solunda bulunan gruplar ne doru bulunurlar.
Asimetrik karbon keleri drt grupla sonlanan bir tetrahedronun ortasnda bulunur:
Biyomolekllerin zellikleri kovalent olmayan balanmalarla salanr . Bu yaplara kovalent balar
girmez. Bir biyomolekln biyolojik zellii
onun dier molekllerle interaksiyonuna
baldr. Her ne kadar biyomolekller biri
biri ile konuma kabiliyetinde deillerse de,
bir molekln deer bir moleklle iliki
kurmas ikisi arasndaki dokunma ile olur.
Bu ekilde ilikiye giren molekller temas
eden yzeyleri komlementer olmaldr ve
bu yzeyler arasnda kovalent olmayan
interaksiyonlar
kurulur.
Bu
eit
interaksiyonlar
zayftr,
kolayca
krlabilirler. Dolays ile kovalent olmayan
interaksiyonlar daima tersinirdir. Kovalent
olamayan balarn en kuvvetlisi iyonik badr. Bu ba pozitif ve negatif ykl iyonlar arasnda
kurularak bir iyon cifti olumas salanr (r, NaCl).
49
Blm 3: BYOMOLEKLLER
Hidrojen ba sadece iki su molekl arasnda bulunmaz. ki DNA
zinciri arasnda kurulan tm balar, proteinlerde alfa-sarmal ve
beta-tabakalarn oluturan balar hepsi genelde hidrojen
balardr.
Hidrojen balar genellikle bir molekle bal hidrojen atomu ile
dier molekln daha elektronegatif olan azot veya oksijeni
arasnda kurulurlar. Polar ve polar olmayan svlar ayn ortama
konduklarnda biri birine karmazlar (suyu ve ya dnnz).
Suda erimeyen bir tabiatta olan polar olmayan maddeler hidrofobik etkileim veya balanmalarla
bir araya toplanma eilimi gsterirler. Hcre membrannn ve
proteinlerin u boyutlu yaplarnn kazanlmasnda nemlidirler. van
der Waals kuvvetleri btn molekllerde bulunur. Burada, bir
atomun elektronlarnn dier atomun ekirdeine olan ilgisi sz
konusudur. Atomlar biri birine yaklatka bu ilgi (kuvvet) artarken,
tersi durumda azalr. Ancak, iki atom biri birlerine d yrnge
elektronlar akacak kadar yaklarlarsa, bu defa da iki atom biri
birini iter.
50
4 AMNO ASTLER VE PEPTDLER

4.1 Amino asitler
Btn proteinler doal olarak oluan 20
eit amino asitten olumulardr. Dolays
ile proteinleri bir zincire, amino asitleri ise
o zinciri yapan halkalara benzetebiliriz.
Ancak, 20 amino asitin hemen hepsi ortak
bir omurgaya sahipse de, yan zincirleri (R)
farkllk gsterir. Bu yan zincirler sayesinde
her protein farkl bir yap ve fonksiyon kazanr.
Yukardaki genel yap 19 amino asit iin geerli iken, prolinde yan zincir (R)azot atomuna baldr
ve dolays ile prolin bir imino asittir. Alfa-karbon atomuna asimetrik karbon atomu denir ve
glisin hari tm amino asitlerde vardr. Bu nedenle alfa karbon atomuna kiral merkez (drt farkl
gruba bal) de denir. Byle bir yapnn birbiri stne aktrlamayan iki ayna grnts vardr.
Bu iki forma enantiyomer veya stereoizomer denir:
Stereoizomerler ayn molekler formle ve ayn
eit atomlarn herhangi bir molekle bal olduu
maddeler olup, sadece bu atomlarn uzaydaki (
boyutlu yapdaki) dizilileri bakmndan farkllk
gsterirler. Enantiyomerler ise an az bir kiral
atomun varlna ihtiya duyan stereoizomerler
olup birbirlerini ayna grnts olan iki maddeyi
ifade eder. Kiral karbon (asimetrik karbon) drt
farkl grubun baland karbon atomudur.
Enantiyomerler birbirlerinden D veya L formu
olarak ayrlrlar. Diastereomerler birbirinin ayna
grntsne sahip olmayan stereoizomerler olup
kiral atomun olmasna gerek gstermezler.
Epimerler birden fazla asimetrik atoma sahip
diastereoizomerler olup sadece bir asimetrik
karbon atomunun konfigrasyonu (karbona bal
gruplarn ayr konumlarda olmas, rnein sada
veya solda) ile birbirlerinden farkldrlar.
Anomerler karbonhidrat epimerlerinin zel bir
formu olup zellikle anomerik karbon atomu
bakmndan farkldrlar. Cis-trans izomerizm ift
ba tarafndan salanan bir zelliktir. Eer ift ban iki ucundaki gruplar ayn ynde ise Cis, ters
ynde ise trans konfigrasyon meydana gelir.
Proteinlerin hepsi L-amino asitlerden meydana gelmilerdir. L-amino asitlerde (L=levo yani sol)
alfa-amino grubu asimetrik karbon atomunun solunda, D-amino asitlerde (D= dekstro yani sa) ise
sanda bulunur. Kiral merkezler ayrca optik aktivite gsterirler (her izomer farkl krar).
51
Blm 4: AMNO ASTLER ve PEPTDLER

4.1.1
Amino asitlerin genel yaps
Glisin hari, tm amino asitlerde alfa karbon atomu

vardr. Glisinin yan zincirinde H atomu bulunduundan
asimetri bozulmutur. Alfa karbonu (-C), karboksil
(COOH) grubuna bal ilk karbon atomunu ifade eder.
Karboksil grubundan itibaren 2. karbona -karbon, 3.
karbona -karbon, vb. adi verilir. Prolin hari, dier
tm 19 amino asitler -C atomuna bal karboksil,
amino ve yan zincir (R) tarlar. Dier bir deyimle
prolin hari dier btn amino asitler serbest bir -amino ve serbest bir -karboksil grubuna
sahiptir. Fizyolojik pHda (yaklak pH 7.4) karboksil grubu (COOH) ayrrken (COO-), amino (NH2)
grubu protone olur (NH3+). Tm proteinlerde bu karboksil ve amino grubu arasnda peptid ba
olutuundan, bu tr reaksiyonlarn (ayrma veya proton kazanma) olmas mmkn deildir.
Dolays ile bir proteinin zelliini belirleyen, esas olarak amino asitlerin yan zincirleri (R)dir.
Dolays ile amino asitler, yan zincirlerinin zelliklerine gre snflandrlrlar.
4.1.2
Amino asitlerin snflandrlmas
Yanda verilmi olan 20
eit
amino
asit
proteinlerin
yapsna
giren standart amino
asitlerdir.
Ancak,
bilinmektedir ki, protein
sentezinden sonra baz
standart amino asitler
modifiye olabilmektedir.
Yine, canlda bulunup da
proteinlerin
yapsna
girmeyen baka amino
asitler de mevcuttur.
Ancak, doada her ne
kadar 300 kadar farkl
amino
asit
eidi
tanmlanmsa
da,
bunlardan
sadece
yukardaki 20 tanesi
genetik kodun deifre
edilmesi
ile
protein
sentezine girerler.
Yukarda verildii gibi,
amino
asitler
yan
zincirleri (R)nin yapsna gre snflandrlabilirler. Protein yapsna giren 20 amino asit sahip
olduklar farkl yan zincirlerden dolay farkl fiziksel ve kimyasal zelliklere sahiptir. Bu standart 20
eit amino asit farkl ekilde gruplandrlabilir. En yaygn gruplamalardan biri onlarn yan zincir
polaritesine dayanarak yaplan drtl gruplamadr: (1) Polar olmayan veya hidrofobik amino
asitler, (2) Polar fakat yksz (ntr) amino asitler, (3) Asidik amino asitler ve (4) Bazik amino
asitler.
52

4.1.2.1 Polar olmayan amino asitler
Bunlar yan zincir olarak alkil (-CH2-CH3) gruplar ieren amino asitleri (r. alanin, valin, lsin ve
izolsin), halkasal bir yan zinciri olan prolini, slfr atomu ieren iki amino asitten biri olan
metionini, ve aromatik amino asitten ikisini (fenilalanin ve triptofan) ierir. Triptofan bu grupta
snrda bulunur. nk, bu amino asit indol halkasndaki N-Hn konumundan dolay su ile kolayca
ba yapar.
4.1.2.2 Polar, yksz (ntr) amino asitler
Amino asitlerin molekl arlklar 90-140 arasnda deiir. Aada her amino asit kendilerine has
zellikleri ile ele alnmlardr.
Glisin
Glisin en kk ve ayn zamanda en basit amino asittir. Yan zincirinde bir hidrojen atomu bulunur.
Dolays ile alfa-karbon atomuna sahip olmayan yegane amino asittir. Kk yapsndan dolay baz
proteinlerde helezon (sarmal) oluumunda rol oynar (r. kollajen). Nispeten kk yapsndan
dolay bu amino asitin girmi olduu blgelerde polipetid zincirine daha elastik bir konformasyon
kazandrr. Her ne kadar birok proteinin yapsnda az miktarda bulunsa da baz proteinlerde
olduka yksek oranlarda bulunur. r. kollajendeki toplam amino asit kompozisyonunun %
30undan fazlas bu amino asittir.
Alanin
Alanin glisinden sonraki en kk amino asittir. Yan cincirinde bir tane metil grubu vardr. Dolays
ile hidrofobik olan bu amino asit lsinden sonra proteinlerin yapsnda en bol bulunan amino
asitlerden biridir. Alanin kaslarda piruvatn glutamatla transaminasyonundan meydana gelirken,
karacierde tersi reaksiyonla alanin piruvata dnr.
Valin, lsin, izolsin ve metionin
Bu amino asitlerin yan zincirleri metilen (-CH2-) ve metil (-CH3) gruplarndan oluur ve en nemli
zellikleri alifatik (hidrofobik) bir yan zincire sahip olmalardr. Bu nedenle bu amino asitler yan
zincirleri ve dier polar olmayan amino asitler (r. Aromatik amino asitler) ile bir araya toplanrlar
ve suyu iterler. Dolays ile bu amino asitler proteinlerin hidrofobik blgelerinde daha youn
bulunurlar. R grubu hidrokarbon (C ve Hden oluan) byle amino asitlere alifatik amino asitler
ad da verilir. Metionin sistein gibi kkrt ieren bir amino asittir. Bir metionin trevi olan Sadenozil metionin eitli karbon transfer reaksiyonlarnda metil grubu salaycs olarak grev
yapar. Ayn zamanda bir elatlama ajan olan metionin, karnitin, lesitin, fosfatidilkolin ve dier
fosfolipidlerin sentezinde nemli role oynar. Metionin yan zincirindeki kkrt (slfr) atomu hava
ve peroksidlerle kolayca oksidasyona urayabilir.
Prolin
Prolin amino grubu yerine bir imin grubu tayan tek amino asittir. Bu halkasal amino asit
kompakt bir alifatik yan zincire sahiptir. Kaba yan zincirinden dolay, proteinlerdeki alfa-sarmal
yapy bozan bir zellii vardr. Yani dier bir deyimle, prolin sahip olduu geni yan grup nedeni ile
proteinlerde dz zincirde ikinliklere neden olur. Bu amino asit girmi olduu proteinlerde glisine
tam zt bir etki yapar (yani protein elastikiyetini azaltr).
Bir proteinde (r. kollajen) bir ok prolin veya hidroksi-prolin araka arkaya gelirse bir prolin
sarmali oluur.
53

Serin ve treonin
Bu amino asitlerin de yan zincirleri kk ve alifatiktir. Ancak, yan zincirler farkl olarak polar bir
hidroksil grubu tarlar. Bu hidroksil gruplar post-translasyonal (translasyon sonras)
modifikasyonlarn (r. fosforilasyon ve glikozilasyonun) gerekletii yerlerdir.
Sistein
Sistein yan zincirinde hidrofobik CH2- ve bir slfidril (tiol, -SH) grubu ierir. Tiol grubu amino asit
yan zincirleri iinde en reaktif olandr ve bu zellik birok enzim tarafndan kullanlr.
Sisteinlerdeki bu tiol grubu birok metal iyonu (bakr, demir, inko, molibden, mangan)ile deien
karralklarada kompleksler oluturur. Bu durum baz proteinlerin (r. inko-parmak transkripsiyon
faktrleri) metalleri yksek spesifite ile balamalarnda rol oynar. Sisteinin slfr atomu birok
oksidasyon durumunda bulunabilir. Ancak, dislfit oksidatif ortamda en yaygn bulunan formudur.
Dislfit balar iki sistein arasnda sulfidril gruplarnn karlkl gelerek oksidasyonu ile oluurlar
ve daha ok hcre dna salnan proteinlerde grlrler. ki adet sisteinin bir dislfit ba ile
balanmasndan oluan yapya sistin denir.
ekil: Dislfit ba. Bir kavalent ba olan dislfit ba iki sistein amino
arasnda oluur. Dolays ile birden fazla sitein ieren bir proteinde bu eit
ba yapsn grmek olasdr. ki bamsz sisteinin slfidril (tiyol) gruplar
arasnda oluan oksidasyonla oluan dislfit kprleri ile bu bamsz amino
asitler (sistein) bir arad tutulur. Bu yeni bileie sistin denir.
Bu ekilde oluan kprler bir ok proteinde (rnein, inslin) grlr ve
o proteini daha kararl bir hale getirirler. Bu amino asit (sistein) en fazla
yapsal zellii olan proteinlerde bulunur (r. keratin). Kovalent yapda
olan bu dislfit balar sulfidril gruplarnn hava ile temas etmesi ve
bylece oksitlenmesi sonucu oluurlar ve protein ikincil ve ncl yapy
oluturacak katlanmalar yaparken proteine byk bir dayankllk
kazandrrlar.
Aspartik asit ve glutamik asit
Fizyolojik pHda (pH 7.0) bu amino asitlerin yan zincirleri negatif ykl
olup olduka poladrlar. Dolays ile aspartik asit ve glutamik asit ayn
zamanda asidik amino asitler olarak bilinirler(her biri fazladan birer karboksil grubuna sahip
olduu iin). Bu iki amino asit ayn zamanda olduka etkili birer metal elatrlerdir (ayni metl
iyonlarn balarlar). Her ne kadar glutamik asit yan zincirinde bulunan ekstra bir metilen (-CH2-)
grubu ile asapartik asitten farkllk gsterse de, her iki amino asit girdikleri peptidi yapya olduka
farkl zellikler kazandrrlar. Aspartik asit (iyon formu aspartat olarak bilinir) asaparajinin
karboksilik asit analogu olup, bir nrotransmitter olarak grev yapar. Ayn zamanda bir re
dngs metaboliti olup, glukoneogeneziste de rol alr. Glutamik asit (iyon formu glutamat olarak
bilinir) beyindeki en nemli nrotransmitterlerden biridir. Ayn zamanda dier bir nrotransmitter
olan GABAnn (gama amino butirik asit) da prekrsrdr.
Asparagin ve glutamin
Asparagin ve glutamin, asidik amino asitler olan aspartik asit ve glutamik asitin amid formlardr.
Yani bunlarn yan zincirleri birer amiddir. Glutamin, amino gruplarnn transferinde glutamatla
beraber nemli rol olan bir amino asittir. Her iki amino asit (asparagin ve glutamin) asit veya bazla
kolayca asit formlarna (aspartik asit ve glutamik asit) dntrlebilirler. Amid yan zincirleri polar
olup hidrojen ba salayacs veya hidrojen ba alcs olarak davranabilirler. Asparagin yan
zincirleri baz yaygn post-translasyonal modifikasyonlarn olduu yerlerdir.
54
Lizin ve arginin
Fizyolojik pHda (pH 7.0) bu amino asitlerin yan zincirleri pozitif ykl olup olduka polardrlar.
Dolays ile lizin, arginin ve ayn zamanda histidin bazik amino asitler olarak bilinirler (her biri
birden fazla amino grubuna sahip olduu iin). Arjinin re dngsnde ornitinden sentezlenebilse
de esansiyel bir amino asit olarak kabul edilir (zellikle ocuklarda). Bu amino asit vcuttaki
amonyan dntrlmesinde grev alr ve ayn zamanda damar gevetici bir rol olan nitrik
oksitin (NO) sentezinde grev yapar. Bazik karakter gsteren proteinler bu 3 amino asidi yksek
oranlarda ierirler (rnein, histon proteinler). Bu nedenle bir proteinde bazik amino asitlerin
asidik amino asitlere oran 1.0dan bykse (lizin+arjinin/glutamik asit + aspartik asit) bu proteine
bazik protein, 1.0den kk ise asidik protein denir.
Histidin
midazol yan zincirine sahip tek amino asittir. Bu yan zincirinden dolay bir ok enzimin katalitik
merkezinde ve mettalloproteinlerin (r. hemoglobinin) metal koordinasyon blgelerinde bulunur.
Bu zelliklerinden dolay histidin genellikle enzim katalizi ile ilikili bir amino asittir. Hisitidinin
imidazol yan zinciri genellikle metal iyonlarnn elatlanmasnda kullanlrlar. Bu amino asit ayn
zamanda histamin ve karnozinin prekrsrdr.
Fenilalanin, tirozin ve triptofan
Nispeten polar olmayan alifatik (hidrofobik) yan zincirlere sahip dier amino asitler ise bu aromatik
amino asitlerdir. Yukardaki dier alifatik amino asitler gibi bu amino asitlerin yan zincirleri de
sudan ok kendi aralarnda ve dier alifatik yan zincirlerle interaksiyona girerler. Bu hidrofobik
karakterlerinden dolay bu amino asitler katlanm (yani sekonder ve tersiyer yapda) bir proteinde
genellikle kor ksmda (suyun olmad ksmda) bulunurlar. Fenilalaninin aromatik yan zinciri
rekatif deilken, tirozinin aromatik halkasna bir hidroksil (OH) grubu ba olduundan ve hidrojen
ba yapabildiinden bu amino asit nispeten reaktiftir. Dolays ile birok enzimin aktivitesinde bu
amino asitin (tirozinin) zel nemi olup yan ziniciri eitli post-translasyonal modifikasyonlar (r.
tiorozin kinazlarla fosforilasyon) iin uygun bir ortam oluturmaktadr. Fenilalaninin nemli ksm
vcutta enzimatik olarak tirozine dnr. Bu dnm gereklemezse yaygn olarak bilinen bir
amino asit metabolizma bozukluu olan fenilketonria oluur. Fenilalaninden oluan veya doal
olarak bulunan tirozin L-DOPA, epinefrin (adrenalin) ve norepinefrin (noradrenalin) gibi baz
katekolaminlerin ncl maddesidir. Ayrca, tiroid (r. tiroksin) hormonlar, deriye renk veren
melanin pigmenti da tirozinden yaplrlar. Triptofann en nemli zellii tm amino asitler iinde
en byk yan zinicre sahip olmasdr. Triptofan byk bir indol yan zincire sahip olup, girmi
olduu proteine o blgede byk bir hacim kazandrr. Triptofan bir nrohormon olan melatonin
ve bir nrotransmitter olan serotoninin prekrsrdr. Bu aromatik amino asitler (fenilalanin,
tirozin ve triptofan) insanlar tarafndan retilemezler. Yani bunlar esansiyel amino asitlerdir.
Ancak bitkiler ve bakteriler bu amino asitleri sentezleyabilirler. Her 3 amino asit de ultraviyole
(UV)* absorbe eder (sourur). Bundan dolay 280 nm dalga boyunda proteinlerin
konsantrasyonunun llmesi bu amino asitlerin aromatik yan zincir zelliklerinden yararlanlarak
yaplan bir ilemdir.
55
Absorpsiyon spektroskopisi
Ik absorbansnn llmesi biyolojik molekllerin analizinde nemli bir aratr. Bir solsyonun belli bir
dalga boyundaki k absorpsiyonu, o solsyondaki madde konsantrasyonu ve n gemi olduu alanin
kalnl ile direkt ilikilidir. Bu iki iliki Beer-Lambert kanununda,
log Io/I= cl ve log Io/I= A (absorbans) olduundan, A= cl
denkleminde anlamn bulur. (Io= solsyona gelen k yzdesi, I= solsyondan kan k yzdesi, = molar
absorbsiyon sabitesi veya dier bir deyimle ekstinksiyon sabitesi, c=molar konsantrasyon, l=k yolu veya
kvet kalnl ki genellikle 1 cm olarak alnr). Absorbans (A) direkt olarak absorbe eden maddenin
konsantrasyonu ile orantl (lineer)dr.
4.1.3 Amino asitlerin iyonik zellikleri

Amino
asitler
sulu
ortamda iyonize halde
bulunurlar ve asit veya
baz
eklinde
hareket
edebilirler.
Amino
asitlerden
bir
adet
karboksil ve bir adet
amino grubu ierenleri
byle
bir
ortamda
tamamen iyonize halde
bulunur
ki
buna
zwitteryonlar
(hibrit)
denir. Her biri bir pozitif
ve bir negatif yk ierir.
Dolays ile net yk sfr (ntr) olan bu formlar elektrik alanda hareket etmezler.
ekil: yan zincir (R)i iyonize olabilen amino asitler ve ayrm sabiteleri (Ka). Ortam pH deeri arttka
baz amino asitlerin yan zincirinin yk sfrdan -ya bazlarnn ise +dan sfra gider.
56

Hcreler ayrca hidroksiprolin, hidroksilizin, metillizin gibi standart olmayan amino asitleri de
ierirler. Fibrz bir protein olan elastinde bulunan ve drt adet lizinden oluan desmozin de bir
standart olmayan amino asittir. Selonosistein, sisteindeki oksijen yerine bir selenyum ieren ve
glutatyon peroksidaz ve birka dier enzimin yapsna giren dier bir amino asittir. Bu gibi, hcrede
bulunan ancak direkt protein yapsna girmeyen 300 kadar standart olamayan amino asit
kefedilmitir. re dngsnde ve argininin sentezinde nemli ornitin ve sitrullin de birer amino
asittir ancak proteinlerin yapsna girmezler.
57

Tablo: Proteinlerde iyonize olan gruplarn
tipik pKa deerleri.
Amino asitler hem asit ve hem de baz gibi
davranabilirler.
rnein,
alaninin
zwitteryon formu (ntr hali),
H
NH3+-C-COOR
Hem bir asit (proton verici),
H
NH2-C-COO- + H+
R
Hem de bir baz (proton alc),
H
H
NH3+-C-COO- + H+ -----NH3+-C-COOH
R
R
olarak davranabilir. Bu eit ikili zellik gsteren maddelere amfoterik veya amfolit ad verilir.
Amino asitler bu asit ve baz gruplarndan dolay karakteristik titrasyon erilerine sahiptirler.
Titrasyon, ortama azar azar proton ilavesi veya ortamdan proton alnmas ile olur. Her molekl baz
eklenmesine karlk amino asit moleklnden bir adet proton ayrlr. rnein glisini ele alrsak,
asetik asit gibi monoprotik asit olan bu amino asit dk pH (yksek H+ iyon konsantrasyonlu bir
ortamda) tamamen protone halde bulunur: NH3-CH2-COOH. Titrasyon erisinin ilk basamann
ortasnda COOH grubu protonunu kaybeder ve dolays ile eit mol konsantrasyonda NH3-CH2-COOH
ve NH3-CH2-COO- bulunur. Bu nokta ayn zamanda tamponlama kapasitesinin yksek olduu ilk pKa
deerini verir ve pH titre edilen grubun pKasna eittir. (pKann iyonizasyon reaksiyonunun denge
sabitesi olduunu hatrlaynz ve ayn zamanda bir grubun proton verme eilimini ifade eder. pKada
1 nitelik art, rnein, 4.8den 5.8e kmas deprotonasyonda 10 kat etki yapar).
ekil: Glsinini iyonizasyonu.
(a) Glisinin titrasyon erisi,
(b)
glisinin
ayrmas.
Titrasyon
erisinde
(a)
verilen (1), (2) ve (3)
ayrmdaki (b) yaplara
karlk gelmektedir.
Titrasyona devam edersek,
yani baz eklemeye (rnein
NaOH) devam edersek, ikinci
bir noktaya ularz ki, bu
noktada glisin hemen hemen
tamamen
NH3-CH2-COOformunda bulunur, yani
dipolar bir iyon eklinde. ki
pKa arasndaki bu nokta
izoelektrik
nokta
veya
58

izoelektrik pH olarak bilinir ve pI eklinde ifade edilir. Bu noktada glisin tamamen iyonize formda
bulunur ancak bir adet negatif ve bir adet pozitif yk tadndan, net bir elektrik yk tamaz
(zwitteryon formunu hatrlaynz). zoelektrik nokta (pI) deeri iki pKann aritmetik ortalamas
alnarak bulunur. rnein glisin iin pKa1= 2.34 ve pKa2=9.60 olduundan, bu amino asitin pIs,
pI= (pKa1+pKa2)/2= 5.97dir.
Titrasyon erisinin ikinci basamanda glisinin NH3+
grubundan bir proton ayrlr ki bu noktada ikinci
tamponlama blgesi (pKa2) bulunur. Titrasyon yaklak
pH =12de tamamlanr. Burada en youn bulunan
iyonik bileik NH2-CH2-COO-dur.
Deiik pH ortamlarnda glisin amino asitinin
bulunduu 3 durum (asidik, bazik, ve ntr) esasen
btn amino asitler iin geerlidir. Ancak, ntr amino asitler iyonize olabilen birer amino ve
karboksil gruplarna sahipken, bazik amino asitler bir karboksil ve en az iki amino grubu, asidik
amino asitler ise bir amino ve en az iki karboksil grubuna sahiptirler. Dolays ile ntr amino asitler
2 adet pK deerine (biri asidik dieri bazik), asidik ve bazik amino asitler en az 3 adet pK deerine
sahiptirler (bulundurduklar ikinci amino veya karboksil gruplarndan dolay). Amino asitler
bulunduklar ortama gre hem asidik ve hem bazik karakter gsterebilirler. Bu formun
ortamdaki miktarlar ortam pHsna baldr. Amino asitlerin zwitteryon formunda bulunduu
(ntr) blge onlarn ayn zamanda izoelektrik noktasn (pI) verir. Burada amino asitler net negatif
veya pozitif yk tamadklarndan elektrik ortamda hareket etmezler (pozitif yk= negatif yk
olduundan). Asidik ortamda (pH<pI), pozitif iyon tayan trlerin konsantrasyonu artarken,
zwitteryon formunda bulunan molekllerin konsantrasyonu azalr (denge sola kayar). Ancak, bazik
bir ortamda (pH>pI) negatif iyonun konsantrasyonu artarken yine zwitteryon formun
konsantrasyonu azalr (denge saa kayar). ntr amino asitler iin bu yapsal deiimler pH
deiimlerine diren gsterir (yani tampon gibi davranrlar). pI deerinin 2 pH birimi altndaki ve 2
pH zerindeki pHlarda amino asitin % 98inden fazlas zwitteryon formunda bulunurken, olduka
asidik ortamda (pH 1.0) ntr amino asitler % 90in zerinde pozitif iyon olarak bulunur. Olduka
bazik ortamda (pH 12.0) ntr amino asitler % 90in zerinde negatif iyon eklinde bulunurlar. Bir
ntr amino asit iin:
pH= pI 2.0 ise > % 98 zwitteryon

pH 1.0 ise > % 90 pozitif iyon
pH12.0 ise > % 90 negatif iyon
Asidik ve bazik amino asitlerin yaps pH deiimlerinden daha deiik (hzl) etkilenir. pH=pI
olduu zaman bu amino asitlerde bir amin veya karboksil grubu yksz bulunurken amino asit
zwitteryon formunda bulunur (genellikle nce alfa karbon atomuna bal amino veya karboksil
gruplar iyonize olur). Ortam pHs daha da artarsa ((H+ iyon konsantrasyonu derse) asidik amino
asitlerin ikinci karboksili de COO- iyonize olur ve amino asit net negatif yk tar. Ancak, ortam pHs
derse (H+ iyon konsantrasyonu artarsa) bazik amino asitlerin ikinci amino grubuna da bir proton
(H+) balanr ve amino asit net pozitif yk tar. ntr amino asitlerin tersine, pI deerinin 2.0 birim
altndaki veya stndeki pHlarda bu amino asitlerin % 90 fazlas net ykl iyonlara dnm
haldedirler (zwitteryon deil). Hatrlanmas gereken nemli bir nokta, btn amino asitlerin (asidik,
bazik veya ntr) amino ve karboksil gruplar fizyolojik pHda (pH 7.0) iyonize halde bulunurlar.
59
ekil: Tipik bir zayf asit solusyonunda eklenen edeer orandaki baza bal olarak pH deiimi (a).
pKada [A-]= [HA] olduuna dikkate ediniz; Alaninin titrasyon erisi (b). Her nem noktadaki iyonik
trlerin oran belirtilmitir.
Bir nceki sayfadaki gibi titrasyon erilerinden nemli bilgiler salanabilir. yonize olabilen
gruplarn (r, NH3 ve COOH) pKalarnn hesaplanmasnn yannda, bu gruplarn zellikleri hakknda
da bize bilgi verir. rnein, pKas 2.34 olan glisinin COOH grubu, pKas 4.76 olan asetik asitin COOH
grubundan 100 kattan daha fazla asidiktir (yani daha kolay iyonize olur). Bunu nedeni, amino asitte
COOHa yakn blgede bulunan pozitif ykl amino (NH3+) grubundan kaynaklanr. Titrasyon
erisinden salanabilecek ikinci nemli bilgi ise titre edilen maddenin tamponlama zelliinin
bulunmasdr. rneimizde glisin iin iki tamponlama blgesi vardr (iki adet iyonize grup
ierdiinden). Bir tanesi pKa1 blgesinde ikincisi ise pKa2 blgesindedir. pKa 1.0 tamponlaann en
iyi yapld blgeye denk gelir (yani 2.34 1.0 ve 9.60 1.0). Bu aralklarda, tampon ilave edilecek
asit veya baza kar maksimum diren gstererek pHnn byk lde deimemesini salar. pH>pI
ise amino asit negatif ykl, pH<pI ise amino asit pozitif ykl duruma geer (bu durum proteinler
iin de geerlidir). rnein, arjinin ve lizin yan zincirinde bulunan bazik gruplardan (NH 2) dolay
fizyolojik pHda (pH=7.5) pozitif ykldrler (NH3+).
Bir adet karboksil ve bira adet amino grubu ieren amino asitlerin hepsi, glisine benzer titrasyon
erilerine sahiptir. Ancak, R grubu da iyonize olabilen amino asitler daha kompleks titrasyon
erilerine sahiptirler. Bu eit amino asitlerde iki yerine titrasyon basama ve dolays ile adet
pKaya sahiptirler. nk byle amino asitlerde (rnein asidik ve bazik amino asitler), R grubunda
bir veya daha fazla NH3+ veya COOH bulunur. Bir amino asitin veya proteinin iyonik formu herhangi
bir pH deerinde belirlenebilir.
Amino asitlerden lsin iin aada verilen titrasyon erisinden anlyoruz ki, bu amino asitin COOH grubu pKa1= 2.4, -NH+3 grubu ise pKa2= 9.6 deerine sahiptir.
Dk pHda (pH= 1) en ok bulunacak iyonik form A formu olup +1 yke sahiptir ve elektrik alanda
katoda (negatif kutba) doru hareket eder. 0.5 edeer baz ilavesi halinde karboksil gruplarn yars
titre edilmi olur (yani, [COO-]/ [COO]= 1) ve dolays ile Henderson-Hasselbach eitliine gre pH=
pKa1= 2.4 olur. Amino asitin edeeri miktarda (yani 1.0 edeer) baz ilavesi halinde btn karboksil
gruplar titre olur (COO->>COOH)ken, NH+3 gruplarnda yine bir deiim meydana gelmez. Bu
amino asit sadece bir adet karboksil ve bir adet amino grubuna sahip olduundan burada COO -=
NH+3 olur (B formu). Dolays ile net yk sfr (zwitteryon) olur ve molekl elektrik alanda hareket
60

etmez (dier bir deyimle ntr form). Ortama (yani zwitteryon
formuna) 0.5 edeer daha baz (toplam 1.5 edeer) ilavesi
halinde, -NH+3 gruplarnn yars titre edilmi olur (yani,
[NH2]/ [NH+3] = 1) ve dolays ile pH= pKa2= 9.6 olur. Ortama
0.5 edeer baz daha ilavesi halinde (toplam 2 edeer baz) ise
ykl amino gruplarnn hemen hepsi bazik karakterli NH2ye
titre olur (C formu). Bu formda ortam pHs 11den byk olup
amino asit net negatif (-1) yk (NH2 ve COO-) tar ve elektrik
alanda anoda doru hareket eder.
ekil. Amino asitlerin -karbon atomuna bal karbaksil (COOH) ve amino (NH2)
gruplarnn ayrm. Her iki grubup da fizyolojik pHda (pH=7.0) iyonize durumda
bulunur (COO- ve NH3 eklinde). Baz amino asitler (r. bazik ve asidik olanlar), bu
pHda iyonize olmu yan zincirlere sahiptir.
Bir amino asitin ntr (zwitteryon) olduu pHy tam olarak bilmek nemlidir. nk
bu pH deeri izoelektrik pH (pI) olarak bilinir. yukardaki lsin gibi basit molekller
iin pI deeri basit olarak iki pKa deerinin ortalamasdr (yani, pI= pK a1 + pKa2/2=
2.4 + 9.6/2= 6.0). Baz amino asitler 3 adet pKa deerine sahip olduundan iki adet
pI deerlerine sahiptirler. (pIa= pKa1+ pKa2/2; pIb=pKa2+pKa3/2).
Amino asitlerin bir karmdan izolasyonu, miktarlarnn belirlenmesi iin en geni ekilde
kullanlan teknik iyon-deiim Kromatografisidir (dierleri, kat kromatografisi, ince-tabaka
kromatografisi, vs). Bu teknikle amino asitler tadklar yk ve elektrik zelliklerine gre
dierlerinden ayrlrlar. Bir amino asitin yk ve net elektrik yk onun titrasyon erisinden elde
edilen pKasndan belirlenir. Kromatografik kolonlar, belli sentetik reinelerle doldurulur, pHlar
ayarlanr. Anyonik gruplar ieren kolonlara katyon-deiim, katyonik gruplar ieren kolonlara ise
anyon-deiim kromatografisi denir. Her amini asitin bu kolondaki reineye ilgisi farkldr. Bu ilgi
ortamn pHs ile veya tuz konsantrasyonu ile hem arttrlabilir ve hem de azaltlabilir.
ekil. Histidin iin titrasyon erisi. En
yaygn bulunan iyonik yaplar grafiin
altnda verilmitir. pI izolektrik nokta
olup, buna denk gelen pHda (9.3 +
6.0/2= 7.65 pH) histidin net bir yk
tamaz.
Amino asidin nasl bir yke sahip
olduu basite amino asidin pIs ile
tamponun pHsndan saptanr:
p= pI pH
p pozitif ise ilgili amino asit net
pozitif yk tar. Dolays ile byle bir
amino
asit
katyon-deiim
kromatografisinde reineye daha
kuvvetli balanr. Eer p negatif ise
amino asit net negatif yke sahiptir ve
bu kolona daha az ilgi duyar ve dolays ile kolondan en erken bu amino asit ayrlr.
61

Amino asit gibi ykl molekller onlarn bir elektrik alandaki hareket farkllklarna gre de ayrt
edilir. Buna elektroforetik hareket (EH) denir. Tamponlanm yar kat (jet) bir ortamda bu eit
molekllerin hareketi yk/ktle oranna baldr:
EH= -p/MA, (MA=Molekl arlk)
Eer EH pozitif bir deere sahipse, molekl yani amino asit veya protein pozitif kutba doru hareket
eder, tersi durumda negatif kutba doru hareket eder.
rnek: pI deeri 9.74, MAs 146 olan lizin ile pI deeri 3.22 ve MAs 147 olan glutamik asit pH 4.7
olan bir ortamdaki hareketleri (EH) nasl olacaktr? yukardaki eitlikten grebiliriz ki, EHlizin= 0.0345 iken (-(9.74-4.7))/146= -0.0345, EHglut= +0.01 dr (-(3.22-4.7))/147= +0.01. Dolays ile
buradan karabiliriz ki, lizin negatif kutba doru hzlca hareket edecekken, glutamik asit pozitif
kutba doru gidecektir.
ekil. Alanin amino asitinin NaOH ile
titrasyonu
Bu tekniin en gelimi sekli yksek
performansl sv kromatografisi veya
ngilizce deyimi ile high-performance liquid
chromatography (yksek performansl sv
kromatografisi)dr. Bu teknik daha
kuvvetli reinelerle yksek basn altnda
madde ayrmna dayanr.
Tm amino asitler karboksil ve amino
grubu
tadklarndan,
kimyasal
reaksiyonlara
urayabilirler.
Amino
gruplar asetil ve formillenirken, karboksil
gruplar
esterleebilir.
Ninhidrin
reaksiyonu en yaygndr. Bu reaksiyonla
mikrogram
miktarnda
amino
asit
belirlenebilir. Amino asitler ninhidrinle
beraber stldklar zaman, serbest amino grubu tayan amino asitlerin hepsi meneke renk alrlar.
Proline serbest bir amino grubu iermediinden (bu amino asit bir amino grubu ierir) sar renk
alr. Oluan rengin yapm olduu absorbsiyon
ortamdaki amino asit konsantrasyonu ile
direkt orantldr (bu teknii, 260 emde
protein konsantrasyonun bulmaya yarayan ve
aromatik amino asitlere dayanan yntemle
kartrmaynz).
ekil. Histidin amino asitinin NaOH ile
titrasyonu
62
4.2 Peptidler
Hcreler yzeylerinde bulunan spesifik reseptrlere balanan bir ok hormon, byme faktr,
nrotransmitterler ve baz toksinlerle reglle olurlar. Bu maddelerin ou ye peptid yapdaki
hormonlar yada amigo asit trevleridir. Peptid ve polipeptid arasnda kesin bir ayrm
yaplmamasna ramen, 5000 daltondan kk zincirlere peptid, daha byk zincirlere ise
polipeptid denir. Protein yapda olmayan steroid hormonlar (rnein kolesterol trevleri olan
progesteron, testosteron, aldosteron, kortizon) ise daha ok hcre membranndan ieri girme
kabiliyetinde olup hcre iinde kendi spesifik reseptrlerine balanrlar (bu konular hormonlar ve
metabolizmann hormonal reglasyonu konularnda daha detayl verilecektir). Peptidler Amino asit
polimerleridir. Byklkleri birka Amino asitlik zincirden yzlerce Amino asitlik zincirlere kadar
deiir. Bu dersimizde daha ok biyolojik olarak aktif kk peptidlerden bahsedeceiz. byk
peptidler genellikle proteindir ve bir
sonraki dersimizde bunlar zerinde
durulacaktr. ki amino asit biri birine
peptid ba ile balanr.
Kovalent olan bu ba bylece bir
dipeptid oluturur. Bu reaksiyon
sonucu bir su molekl kar (birinci
amino asitin COOH grubundan OH ve
ikinci amino asitin NH2 grubundan H).
amino asit birbirine byle
balanarak bir tripeptid, veya birka
balanarak
oligopeptidleri
oluturur. Bir ok sayda amino asitin
bu ekilde balanmas ile de
polipeptidiler oluur.
ekil: Peptid Ba.
Baz kk polipeptidiler biyolojik olarak aktivite gsterirler. Yani daha ok bir mesaj tama iinde
rol alrlar. rnein, inslin 30 ve 20 amini asit ieren iki zincirden oluur. nsulinin tersi bir
fonksiyon yapan glukagon hormonu ise 29 amino asitten olumutur. Dier baz aktif peptidler
sadece birka amino asitten olumulardr. Glutatyon bir tripeptid (Glutamik asit-Sistein-glisin)
olup NADPH yi kofaktr olarak kullanan glutatyon redktaz enzimi ile redklenir (indirgenir).
ndirgenmi glutatyon hcrede oksitlenmi glutatyonun 500 kati daha fazla miktarda bulunur ve
sitoplzmada indirgeyici ajan olarak grev yapar. Glutatyon hemoglobini indirgenmi ve demiri (Fe)
ferrus (Fe++) durumda tuttuu iin eritrositlerin fonksiyonunda hayati nem tar. Ayrca bu
tripeptid detoksifikasyonda da nemlidir. Metabolik olarak organik peroksitler daha az zararl olan
63

maddelere (rnein, alkollere) glutatyonla indirgenirler. Bu reaksiyon srasnda glutatyonun kendisi
oksitlenir. Yapay bir tatlandrc olan aspartam sadece iki amino asitten (Aspartik asit-Fenilalanin)
meydana gelir ve sukrozdan 200 kat daha tatldr. Merkezi sinir sisteminde bulunan ve beyin
hcrelerindeki reseptrlerine balanp ac ve ary dindiren enkafalinler de birer kk
peptiddirler. Birok antibiyotik ve mantar zehiri gibi yaplar da birer peptiddirler. Dier biyo-aktif
peptidlere;14 amino asitten oluan ve glukagon, inslin, byme hormonu gibi hormonlarn
salnmn basklayan somatostatin, kas kaslmndan sv ve elektrolit dengesini salamada nemli
9 amino asitten oluan bradikinin, alk, susuzluk, seks, ar, ve mutluluk gibi duyusal ve ruhsal
durumlar dzenleyen nropeptidlerden olan 5 amino asitten oluan enkefalinler, 16 amino asitten
oluan endorfin, kan basncnn dzenlenmesi ve su dengesinde nemli 9 amino asitten oluan
vazopressin rnek olarak verilebilir. Bu peptidlerin hemen hepsi sentetik olarak yaplabilir. Zaten
ticari olarak da bu peptidler pazarlanmaktadr. Amino asit trevi olan hormonlar (rnein
tirozinden orijin alan epinefrin, norepinefrin, dopamin) ileriki derslerimizde (hormonlar ve
metabolik reglasyon) ilenecektir.
64
ZML SORULAR
1. Bir amino asitin kiral yaps onun alfa karbonunun:
A) bir karboksilik asit olmasdr
B) drt farkl kimyasal gruba bal olmasdr
C) simetrik olmasdr
D) doal olarak bulunan proteinlerde sadece L-amino asitlerin bulunmasdr
E) net bir yke sahip olmamasdr
2. 20 amino asit arasnda optik aktivite gstermeyen yegane amino asit hangisidir ve bu durum amino
asitin yan zincirinin hangi zelliinden kaynaklanr?
A) prolin; amino grubu ile kovalent ba oluturmas
B) alanin; basit bir metil grubu olmas
C) glisin; dallanmam olmas
D) alanin; sadece hidrojen iermesi
E) glisin; bir hidrojen atomu olmas
3. Ntr yan zincirlere (R)sahip amino asitler pI deerlerinin altndaki bir pHda nasl bulunurlar?
A) Yksz ve ntr
B) Net yk olmaz
C) Net pozitif yke sahip olurlar
D) Pozitif ve negatif yk eit konsantrasyonlarda bulunur
E) Net negatif yke sahip bulunurlar
4. Ninhidrin bulunan bir ortamda stldklar zaman mor renk alan en son rndeki gruplar
hangileridir?
A) alfa karbonu ve ona bal hidrojen atomu
B) amino gruplarndaki azotlar
C) karboksilik asit karbonu ve amino grubu
D) yan zincirdeki karbonlar
E) karboksilik asitteki oksijenler
5. Bir tanesi hari, 20 amino asitin hepsinin optik aktivite gstermeleri neye baldr? Ksaca
aklaynz.
6. Polar olmayan amino asitlerin yan zincirleri en iyi nasl kategorize edilir?
A)aromatik
B)pozitif ykl
C)negatif ykl
D)yksz
E)hidrofilik
7. Izolektrik pHda (pI) bulunan bir tetrapeptitde:
A)amino ve karboksil ular ykszdr
B)orta ksmda bulunan iki amino asit iyonize olabilen yan zincirlere (R) sahip olamazlar.
C)toplam net yk sfrdr
D)drt adet iyonik yk vardr
E)ykleri sadece amino ve karboksil ular salarlar
65

8. Bazik amino asitlerin (arg, his, liz) yan zincirleri en iyi nasl kategorize edilebilir?
A) halkasal yaplardr
B) ntr pHda pozitif ykldrler
C) ntr pHda negatif ykldrler
D) ntr hidrokarbon yaplardr
E) hidroksil, karboksil ve kkrt (slfr) ieren gruplardr
9. Amino asitler amfoterik maddeler olarak bilinirler. nk:
A) ntr pHlarda pozitif ykldrler
B) hem asit hem de baz gibi davranrlar
C) D- veya L konfugurasyonunda bulunurlar
D) proteinlerin yapsna girmezlar
E) hepsi optik aktivite gsterir
10. Olduka asidik bir solsyonda (r. pH = 1.2), glisinin esas formu hangisidir?
A) NH2-CH2-COOH
B) NH3+-CH2-COOH
C) NH2-CH2-CO
D) NH3+-CH2-COO
E) NH2-CH3+-COO
11. Sistin iin hangisi dorudur?
A) Sistin iki sistein arasnda oluan peptid ba ile oluur
B) Sistin, sisteindeki -CH2-SH yan zincirlerinin oksitlenerek iki sistein arasnda -CH2-S-S-CH2disulfit kprsnn kurulmas ile oluur
C) -CH2-S-S-CH2- disulfit kprs -CH2-SHya indirgendii zaman iki sistin aa kar
D) Sistin standart bir amino asit deildir ve iki farkl standart amino asitin bir araya gelmesi ile
oluur
E) Cistin sisteindeki karboksilik asit grubunun oksidasyonu ile oluur
12. pH sepesifik bir grubun pKasnn 2 birim altnda ise, bu spesifik grubun protone olmu formu ile
olmam formu oran nadir?
A)10:1 protone form lehine
B)100:1 protone olmam form lehine
C)1000:1 protone olmam form lehine
D)100:1 protone form lehine
E)protone ve protone olmayan formlar eit miktarlarda
13. Amino asitlerin kiral olmalarnn nedeni?
14. Oksitosin bir nanopeptid (dokuz adet amino asitten oluan) olup doumda memelilerin st
salglamasnda grev yapan bir hormondur. Oksitosinin dizisi aada gsterilmitir:
Bu peptidin net yk (a) pH 2.0, (b) pH 8.5 ve (c) pH 10.7de nedir? yonize gruplarn pKa deerlerini
kitabn sonundaki tablodan bulabilirsiniz. (Not: Dislfit ba her pHda da kararldr ve C-ucu, yani
karboksil ucu amid formundadr).
66

15. Aadaki titrasyon erisi histidine aittir. Histidin iin pKa deerleri sras ile 1.8 (-COOH), 6.0 (-R)
ve 9.3 (-NH3+)tr.
a. Histidinin yapsn her iyonizsyon basamanda
belirtiniz?
b. Drt adet iyonik trn de bulunduu blgeleri
belirle.
c. Ortalama net ykn +2, 40.5, 0 ve -1 olduu blgeleri
belirle.
d. pH deerinin yan zincirin pKasna eit olduu
noktay belirle.
e. Yan zincirin tam olarak titre olduu noktay belirle.
f. Hangi pH aralnda histidin iyi bir tampon grevi
grr?
16. Baz amino asitler hcreler tarafndan modifiye edilerek biyolojik olarak
nemli aminlere dntrlrler. Serotonin beyinde sentezlenen nemli bir
nrotransmitterdir. Dk miktarlarda serotonininin depresyona,
saldrganla ve hiperaktivteye neden olduu bulunmutur. Serotonin hangi
amino asitten yaplr? Bu amino asitle serotonin arasndaki fark nedir?
17. (a) serin, (b) arginin ve (c) glutamatn izoelektrik noktalarn (pI)
hesaplaynz? (Not; bu soruyu zmek iin kitabn sonundaki amino asitlere ait pKa deerlerinin
verildii tablodan yararlannz).
Sorular
1. Bir adet karboksil grubu ieren bir zayf asitin 10 mMlik solsyonunun pHs 3.0 ise, bu
asitin Ka ve pKasn hesaplaynz.
2. Yukardaki asit solsyonunun 1 litresine 0.06 g NaOH eklerseniz pH ne olur? (NaOH= 40
g/mol).
3. Amino asitlerden hangileri pH 2.0de hangileri pH 7.0de ve hangileri pH 12.0de ykl
yan zincirlere sahiptirler? Neden?
4. Prolin dier19 -amino asitten nasl farkllk gsterir? (Hem yapsal olarak ve hem de girmi
olduu proteinin yapsnda sebep olduu deiim bakmndan)
5. Alanin ve laktik asit (amino asit deil) hemen ayn molekler
arla sahip olduu halde, alaninin erime noktas 314 oC iken,
laktik asitin 53 oCdr. Neden?
6. Fizyolojik pHda (pH 7.0) asidik ve bazik amino asitlerin net
yk
nedir? Neden?
7. Valinin pH=1, pH=6.0 ve pH=12.0daki yaplarn belirtiniz.
8. pI deerleri verilen amino asitler pH= 3.0 olan bir tamponda znmler ve ayn tamponla
ayarlanan bir katyon-deiim kromatografi kolonuna yklenerek ayrt edilmilerdir.
Amino asitler kolondan hangi sra ile ayrlrlar? (pIasp= 2.98, pIglsn= 5.97, pItre= 6.53, pIlos=5.98,
pIliz= 9.74).
67
Blm 5: PROTENLER
5 PROTENLER
Proteinler canl hcrede en ok bulunan makromolekllerdir. Hcrenin tm ksmlarnda
bulunurlar. Bir hcrede binlerce farkl protein bulunabilir (rnein E. colide 3000, insan hcresinde
100,000 kadar farkl protein bulunur). Proteinlerin hepsi hcrede doal olarak bulunan 20 eit
amino asitten oluurlar (btn proteinler L-amino asitlerden oluurlar. Ancak, baz zel hcre ve
hcre yaplarnda D-amino asitler de bulunur, rnein, baz antibiyotikler). Bu amino asitlerin farkl
ayi ve dizilimde protein yapsnda bulunmas ile bir proteinin saysz kombinasyonda zincirini
yapm pratikte mmkndr. Her protein zel bir greve ve dolays ile yapya sahiptir. Bir bakma,
proteinler genetik bilgiyi anlaml hale getiren yaplardr. Protein almalar biyokimyann en
bataki konusunu tekil eder.
Canl hcrede oluan her eyde bir veya daha fazla protein rol alr. Proteinler yapsal, ilevsel
(kataliz) gibi bir ok olayda rol alrlar. Genetik bilginin kendini en son ifade sekli proteinlerle olur.
Tipik bir hcrede her biri farkl miktarlarda olmak zere binlerce farkl protein bulunur. Biyolojik
makromolekller iinde proteinler hcrede en ok bulunanlardr.
Proteinler bir ok biyolojik fonksiyona sahiptir. Biyolojik rollerine gre proteinleri genel olarak
snflandrabiliriz:
Enzimler: Bunlar en zellemi ve eitli sayda olan ve katalitik aktivite gsteren proteinlerdir.
Hcredeki organik molekllerin urad tm kimyasal reaksiyonlar bunlar aracl ile olur.
Transport proteinleri: Kan plazmasndaki proteinler zel molekl ve iyonlar balayp bir
organdan bir organa tarlar. Eritrositlerdeki hemoglobin, kan akcierden geerken oksijeni balar
ve onu periferal dokulara tayarak orada salverir. Bylece, besin maddelerinin oksidasyonu
(yakm) salanarak enerji elde edilir. Ayrca kan plazmas karacierden dier organlara ya tayan
lipoproteinleri ierir. Dier transport proteinlerine, hcre membrannda yerleik ve bir ok madde
ve iyonun hcre iine veya dna transferini salayan proteinler rnek verilebilir.
20 amino asitten oluan bir zincirde her amino asit sadece bir adet bulunuyorsa bu zincir 20! (20
faktoriyel), yani 20 x 19 x 18 x 17 x....x1= 2 x 1018 adet farkl sayda bulunabilirken, 100 amino
asitten ve 20 doal amino asidin herhangi bir ayi ve srada bulunmasndan oluan normal
boyuttaki bir protein 20100 farkl zincire sahip olabilir. Bu sayda farkl protein zincirinin
olumasnn 1077 yl alaca hesaplanmtr. Evrenin yasinin yaklak sadece 15 x 109 yl olduunu
hatrlaynz.
Besin ve Depo proteinleri: Bir ok bitki tohumu imlenme iin gerekli besi proteinlerini
depolarlar. Yumurta aknn en nemli proteini olan ovalbumin ve stn kazeini dier besinsel
proteinlerdir. Hayvan, bitki ve baz bakterilerde bulunan ferritin ise dokularda demiri depo eden bir
protein eididir.
Kontraktil ve hareket proteinleri: baz proteinler hayvanin veya hcrenin elastikiyetinden, kaslp
gevemesinden ve hareketinden sorumludurlar. skelet kaslarndaki aktin ve miyozin en nce akla
gelenlerdendir. A iplikiklerinin olumasndan, flagella olumasna kadar nemli yaplara giren
mikrotbllerin yaps da tblin denen protein molekllerinden meydana gelmitir.
68

Yapsal proteinler: Biyolojik yaplara g, destek ve salamlk kazandran bir ok filament ve zar
da protein yapda bulunurlar. Tendon ve kartilajn byk ksm esnek bir fibrz protein olan
kollajenden meydana gelmitir. Sac, trnak ve tyler olduka dayankl keratinden meydana
gelmilerdir.
Koruyucu proteinler: Bu proteinler hcreleri ve organizmalar yaralanmaya ve dier
organizmalara kar korurlar. Immunoglobilinler (antikorlar) en bilinenleridir. Fibrinojen ve
trombin kanama srasnda kan phtlatrc olarak grev yapan iki proteindir.
Dzenleyici proteinler: Baz proteinler hcresel ve fizyolojik aktiviteyi dzenlerler. Bunlarn
iinde en bilinenleri hormonlardr. eker metabolizmasn dzenleyen inslin ve byme hormonu
rnek verilebilir. Hormonal sinyal genellikle hcreler tarafndan arac G proteinleri (GTP balayan
proteinler) yardm ile olur.
Proteinler ieriklerine gre konjuge (protein ve protein olamayan iki ksmdan oluan) ve konjuge
olmayan (sadece amini asitlerden olumu zincire sahip) olarak snflandrlabildikleri gibi,
yaplarna gre de iki genel grup altnda toplanabilirler. Bunlar globler proteinler (youn,
kresel) ve fibrz proteinler (fibrilli, dz) dir. leride de aklanaca gibi, fibrz proteinler
genellikle biyolojik yapya, salamlk, kararllk, elastikiyet kazandran ve suda znemeyen
proteinleri ierirken, globler proteinler grubuna ise ou suda eriyen enzim gibi proteinler girer.
ekil: Proteinlerin genel ekilleri.
Proteinler olduka byk molekllerdir. Bir protein 100 ila 1000den fazla amino
aside sahip olabilir. Baz proteinler tek bir zincirden (polipeptid zinciri)
oluurken, dier bazlar bir ka alt zincirden oluur ki bunlara ok alt birimli
(multi subunit) proteinler denir. ki alt nitesi olan proteinlere dimer, alt
nitesi olanlara trimer, drt alt niteden meydana gelenlere ise tetramer denir.
Alt niteler genellikle birbirinin benzeri zincirler olduu gibi (homomer), bazen
alt niteler farkllk gsterebilir (heteromer).
Proteinler karakteristik amino asit ieriklerine ve dizilerine sahiptirler. Amino asitlerin proteinden
proteine says eit ve say bakmndan farkllk gsterir. Hi bir zaman bir proteinde 20 eit amino
asit ayn sayda ve eitte bulunmaz.
Bir ok protein sadece amino asit ierirler ve dier herhangi kimyasal bir grubu aktif yaplarnda
bulundurmazlar. Ancak, baz proteinler amino asitlerin yannda baka kimyasal gruplar da
ierebilirler. Bu eit proteinlere konjuge proteinler denir. Bu proteinler ierdikleri prostetik
gruba (protein veya amino asit karakteri tamayan) gre snflandrlrlar. rnein, lipoproteinler
lipid, glikoproteinler eker ve metalloproteinler metal gruplar ierirler. Bu gruplar, genellikle,
proteinin aktivitesinde nemli rol oynarlar.
5.1
Proteinlerin aktif konformasyonlarn kazanmas
Proteinlerin kovalent omurgas yzlerce badan oluur. Bir proteinin boyutlu yapsnda tm
molekller ayn ekilde dizildikleri iin kusursuz kristal yaplar oluabilmektedir. Bir proteindeki
atomlarn zel dizilimi ile o protein belli bir kon formasyon kazanr. Fonksiyonel
konformasyonunda bulunan proteinlere doal protein denir. Proteinlerin yaplarn kazanmasnda
69
Blm 5: PROTENLER
drt basamak vardr. Primer yap amino asitlerin biri birine kovalent bala (peptid) baland dz
zincir yapsdr.
5.1.1
Primer yap (birincil yap)
5.1.2
Sekonder yap (ikincil yap)
Bir proteinin 2-4o konformasyonu daha ok zayf balarla (hidrojen, iyonik, hidrofobik) salanr.
Kovalent balar bu yapya pek girmezler. rnein sekonder yapda nemli rol oynayan proteinlerin
alfa-sarmal ve beta-bzgl ksmlar hidrojen balarndan olumutur. Alfa-sarmal yapda
polipeptid omurgas uzun eksen boyunca kuvvetli bir ekilde molekl etrafnda sarlmtr ve amino
asitlerin R gruplar bu omurgadan dar doru bulunurlar. Her alfa-sarmal donumu 0.55 nm
uzunluunda olup yaklak 3.6 amino asite denk gelir. Her peptitdeki >N-H grubu 4 amino asit
uzaktaki peptidin karbonil (>C=O) grubuna hidrojen ba ile balanmtr. Yani, H-balar ayn zincir
zerindeki bu gruplar arasnda kurulur. Baz polipeptidler alfa-sarmal yapy oluturamazlar.
Dolays ile bu yapnn olumasnda amino asit dizisi nemlidir.
Proteinin ikincil (sekonder) yaps dzenli ve daha kararl bir yap verir (rnein. alfa-sarmal ve
beta yaplar). ncl (tersiyer) yap, proteinin fonksiyonel yapsn verir. Baz birden fazla alt
niteye sahip proteinlerde drdncl (kuaterner) yapdan da bahsedilir.
ekil: Bir polipeptid zincirinin alfa-sarmal yapya dnmesi. (a) Omurgas boyunca sadece C
atomlarnn gsterildii -sarmal; (b) bu -sarmalda x amino asitinin CO grubu ile x+4 amino aitinin
NH grybu arasnda hidrojen ba kurulur; (c) -sarmal yapnn stten grn (Rler eksenden
darya doru bulunan amino asit yan zincirlerini gstermektedir).
70
5.1.3
Tersiyer yap (ncl yap)
ekil: Tersiyer yapy yapan balar

5.1.4
Kuarterner yap (drdncl yap)
ekil: Proteinlerde yapnn oragnizasyonuna gtren

4 basamak.
ekil:
Proteinlerin katlanmasnda nemli bir yap olan - sarmalin
yandan (A) ve stten (B) grnm. - sarmalin her tam dn
0.55 nm olup yaklak 3.6 amino asite denk gelir. Her iki amino asit
arasndaki mesafe ise yaklak 0.15 nmdir. Amino asitlerin yan
zincirleri (R) sarmal ekseninden darya doru bulunurlar.
Atomlarn van der Waals aplar burada gsterilenden byk
olduklarndan, sarmalin ortasnda grlen boluk normal artlar
altnda yoktur.
71
Blm 5: PROTENLER
ekil: Proteinlerin konformasyon hiyerarisi

Proteinlerdeki beta-tabakalar, proteinlerin o blgesinin bir dz tabaka gibi olmasna neden olur.
Alfa ve beta yaplar proteinlerde en yaygn bulunan sekonder yaplardr. Beta yaplar, alfa-sarmalin
tersine, yapnn uzatlmasna sebep olurlar. Yine, - sarmallardan farkl olarak, her bir tam dnm
bana 2 adet amino asit bulunur ve ayrca >N-H ve >C=O gruplar arasndaki H-balar ayn zincir
zerinde deil, birbirine paralel veya anti paralel zincirler zerindeki bu gruplar arasnda veya
kendi zerine U dn ile katlanan bu katlanma yerlerine zincirde bu gruplar arasnda kurulur
72

(>N-H.....O=C<) (4 amino asiti ieren bu katlanma noktalarna -dnler denir ki bu zellik, hem
alfa ve hem de -yapy yapan zincirlerin proteinin d yzne ulatklar zaman kendi zerlerine
dnp katlanmalar ile meydana gelir) Tekrar eden nitelerden oluan beta zincirleri birbirine
paralel veya anti paralel olarak hidrojen balar ile balanrlar.
ekil: Proteinlerin boyutlu yap kazanmasnda kovalent olmayan balarn (hidrojen ba, iyonik
ba, hidrofobik etkileim) nemi byktr. Burada iki protein zinciri zerinde bulunan amino asitlerin
biri biri ile yapt balar ematize edilmitir. Bu ekilde bir ok zincirin bir araya gelmesi tabaka
(sayfa) gibi dz bir yap oluturduundan, byle yaplara -pileli ( -bzgl, -tabakal) yaplar ad
verilmitir. Hem alfa-sarmal ve hem de beta yaplar proteinleri daha kararl hale sokarlar. nk,
molekller arasndaki itme kuvveti bu sayede azaltlmakta ve oluan bir ok saydaki hidrojen ba
yapy daha da kararl hale sokar.
5.2
Fibrz (iplik ekline) proteinler
fibrz proteinleri yapan polipeptid zincirleri tamamen beta-bzgl (rnein, ipek), alfa-sarmal
(keratin) veya sarmal yap (kollajen) ierirler. En iyi bilinen 3 fibrz protein olan -keratin,
kollajen ve elastinin yaplar onlarn fonksiyonlar hakknda bilgi verir. Bu proteinler girmi
olduklar yaplara kuvvet ve elastikiyet kazandrrlar. Hepsi, ierdikleri yksek orandaki hidrofobik
amino asitlerden dolay suda znmezler. Omurgal hayvanlarda sa, yn, ty, trnak, mahmuz,
boynuz ve derinin d tabakas gibi yaplarn hemen hepsi alfa-keratin (-keratin)den
olumulardr (insan sa ylda 15-20 cm uzar. Bu nedenle sa kk hcreleri vcutta en yksek
aktiviteye sahip hcrelerdir. Bir hcre bir saniyede yaklak 109 dnmden oluan keratin sarmal sentezler. Her donumun yaklak 3.6 amino asite denk geldiini hatrlaynz). Epidermal
hcreler tarafndan retilen bu proteinler, dolays ile genellikle destek ve koruma gibi ilevler iin
73
Blm 5: PROTENLER
vardr. Keratinlerin sitoplazmik iskeletin oluumunda da nemli rolleri vardr. Keratinlerin
sekonder yaps genelde -sarmal olup, 3-4 sarmal bir araya gelerek bir mikrofilament oluur. Hem
bir mikrofilamentteki -sarmal yaplar kendi iinde ve hem de mikrofilamentler arasnda dislfit (S-S-) balar kurulur.
Kollajen, alfa-keratinlerin tersine yksek glisin amino asidi ieriinden dolay alfa-sarmal iermez.
Kollajen tendon, kartilaj, kemiklerin organik matriksi gibi ba dokusu ve gzn korneasnn byk
ksmini oluturur. Bu nedenle, bir ok canlnn toplam vcut proteininin 1/3unu ve toplam vcut
arlnn % 6sini kollajen oluturur. Yaps en iyi bilinen fibrz protein kollajendir. Bir yiyecek
rn olan jelatin kollajenden meydana gelir. Ancak, bir ok esas amino asidi iermedikleri iin,
kollajen ve jelatin iyi birer besin kayna saylmazlar.
Kollajenin amino asit ierii, rnein, tipik bir globuler proteininkinden olduka farkldr. Enzimatik
olarak oluan hidroksiprolin ve hidroksilizin amino asitleri kollajenlere zgdr ve ayrca bu
protein glisin ve prolin bakmndan zengindir ve bu yn ile dier bir fibrz protein olan keratinden farkldr (tm yapnn neredeyse % 50si bu iki amino asitten meydana gelir). Glisin en
kk amino asit olduundan kollajenin 3 polipeptid zincirinin birbiri etrafna sarlarak (ve
hidrojen balar ile bir arada tutulmas ile) sper sarmal oluturmas bu ekilde mmkn olur (keratin gibi -sarmal yap gstermezler. Dolays ile tropokollogen ismi buradan gelir (kollajenin
her biri yaklak 1000 amino asitten meydana gelen sola dnml molekl segmentleri ki yaklak
300 nm uzunluktadrlar ve 3lu sarmal yapdadrlar). Kollajenin yapm fibroblast hcrelerinin
prokollajeni sentezi ile baslar. Kollajenin prekrsoru olan bu protein amino ve karboksil ucunda
kollajende bulunmayan ilave peptid zincirleri tarlar. Fibroblast hcrelerinde prokollajen
moleklleri bir araya gelir ve dislfid (-S-S-) balar ile karboksil ularndan birbirlerine balanrlar.
Bu 3lu sarmalin ucundaki sinyal (ilave) peptidler enzimatik olarak koparlr. Bylece tropokollajen
yaplr. Tropokollajen moleklleri yana yana gelerek mikrofibrilleri olutururlar. Bir miyofibrildeki
tropokollajen moleklleri birbirlerine gre 67 nm yatay olarak kaym pozisyonda bulunurlar ve bir
tropokollajenin amino ucu ile ayn dzlem zerindeki dier tropokollajen moleklnn karboksil
ucu arasnda 40 nm aralk vardr:
Kollajen fibrilleri birbirine kovalent balanan farkl polipeptid zincirlerinden olumulardr. Bu

nedenle kollajen kuvvetli bir yapya sahip olup ekildii zaman fazla uzamaz. Kollajende 3 amino
asitte bir glisin amino asidi gelir. Yani, her amino asitte bir, bir tekrar vardr. 3lu sarmal yap
olumadan nce iki enzimle her bir zincirdeki prolin ve lizin amino asitlerinin R gruplar
hidroksilasyona urar (hidroksiprolin ve hidroksilizin normalde dier proteinlerin yapsna
girmeyen amino asitlerdir). Her iki enzim gerekli OH iin oksijene ve optimum aktivite iin C
vitaminine ihtiya duyar.
pek de bir eit fibrz protein (fibroinin) olup beta-keratin fibrillerinden olumutur. Bu
eit fibrz proteinlere -keratinler de denir. Yn (alfa-keratin) ieren kumalar tlendikleri
zaman paralel beta-yaplarn olumas dzgn bir yap kazanmalarna neden olur. Elastik ba
74

dokusu ise elastin ierir. Kollajen gibi, bu protein de glisin ve alanin amino asitleri bakmndan
zengindir. Bu protein doku ve organlarn yrtlmadan kaslmalarn salar. Tropomiyozin kaslarda
bulunan bir fibrz protein olup alfa-keratin gibi iki alfa-sarmalin birbiri etrafna sarlmas ile
olumutur.
5.3
Globler proteinler
Fibrz proteinlerin yaplarnn tersine, globuler proteinlerde yap daha karmaktr. Yukarda yeni
kefedilen bakteri hemoglobininin kristalizasyonu sonucu elde edilen muhtemel alfa-sarmal ve
beta-dnlerden oluan yaps grlmektedir (atomik rezolusyon mmkn olmadndan, bunlar
bir takm veriler yardm ile izilmi modellerdir ve hi bir zaman makromolekler yaplar bu
derece ayrt edecek ayrntl yaplar gzlenemez). Proteinlerin molekler veya submolekler
dzeyindeki aktivitelerini veren yaplar ancak bir ka protein iin aydnlatlabilmitir
(kristalizasyon metodu ile). Bunlarn banda hemoglobin ve miyoglobin gelir. Bu iki protein,
aktiviteleri, yaplar en ok allan enzimatik olmayan proteinlerdendir. Proteinlerin primer
yaplarnn (amino asit dizilerinin) dier yaplar (sekonder, tersiyer, kuarterner) belirlediine dair
deliller, amino asit dizisinde bir veya birka amino asit fark olan ayn proteinlerle salanmtr.
rnein orak hcre anemisi genetik bir hastalk olup, hemoglobin zincirindeki kk bir deiim
sonucu krmz kan hcrelerini etkilenmesi ile ortaya kar. Normal krmz kan hcreleri
(eritrositler) ortas ukur bir diski andrrken, orak hcre anemisinde bu hcreler orak eklinde
grnrler. Bunun olmas u molekler temele dayanr: DNA zerinde bulunan ve hemoglobini
kodlayan gen bir nokta mutasyona urar ve bu mutasyon sonucunda hemoglobinin beta alt
nitesindeki bir valin amino asidi yerine bir glutamik asit girer. Bu deiim, proteinin tm
durumunu etkiler. Deoksihemoglobin (oksijen balanmam hemoglobin)in erirlilii azalr ve bu da
hemoglobinin krmz kan hcrelerinde kelmesine (presipite) neden olur. Bu durum krmz kan
hcrelerinin orak gibi grnmesine sebep olur ve onlarn elastikiyetini azaltarak ince klcal
damarlardan geiini yavalatr veya tamamen durdurur. Bunun sonucu yeterince oksijen dokulara
tanamaz ve ar baslar. ou zaman hayatn kayb sz konusudur. Orak seklini alan bu eit
hcrelerdeki defektli hemoglobine S hemoglobin denir. Primer yapnn, proteinin fonksiyonunu
nasl etkilediini bu rneimizde grdkten sonra, simdi de globuler proteinlerin reaksiyon
aktiviteleri zerinde duralm. Globuler proteinlerin ounun (rnein enzimler) balang aksiyonu,
onlarn dier bir maddeye balanma zellikleridir. rnein, enzimler iin bu maddeler substrat
denirken, hemoglobin ve miyoglobine balanan maddelere (r, oksijen) ligand denir. Enzimler
konusunda (bir sonraki derste), enzim aktivitesi, enzim-substrat yap ve ilikisi zerinde detayl
durulacaktr.
Organizmalar (hcreler) enerji salamak iin oksijen yardm ile yiyecekleri oksidize ederler.
Omurgallarda oksijeni balayarak onu doku ve organlara tayan en nemli iki protein hemoglobin
ve miyoglobindir. Bu proteinlerin her ikisinde de proteinik bir ksm (polipeptid) ve protein
olmayan (prostetik) bir ksm bulunur. Tek fark, hemoglobin drt alt nite (iki alfa ve iki beta)den
yaplmken, miyoglobin tek zincirlidir. Prostetik grup bir porfirin halkasndan olumutur ki, bu
halkaya eer demir (Fe+2) balanm ise hem grubu denir.
75
Blm 5: PROTENLER
5.3.1
Hemoglobin
Krmz kan hcrelerinin yaklak % 90i bu proteinden olumutur. nsanda drt alt nite yan yana
gelerek (22) fonksiyonel proteini oluturur. Yani burada kuarterner bir yapdan bahsetmekteyiz.
Her bir alt nite bir hem grubu ierir ve oksijeni reversibl olarak balar. Oksijen saturasyon erisi
sigmoidal bir karakter gsterir.
Bunun nedeni oksijenin hemoglobine balanmasnn kooperatif bir olay olmasdr. Bu durum
fizyolojik olarak olduka yarar salar. nk, bu zelliinden dolay hemoglobin, akcierler ve
dokularda oluan farkl oksijen basnlar aracl ile byk miktarlarda oksijen balar ve ihtiya
duyulan yere salar. Grafikte de grld gibi oksijenin yokluunda hemoglobin oksijen iin
olduka dk bir affiniteye (ilgiye) sahiptir. Bir molekl oksijen drt alt niteden herhangi birine
baland zaman, dier alt nitede yle bir yapsal deiim olur ki, bu yap oksijeni daha kolay
balar. Oksijenli ortamlarda (r, akcier) bu olay dk basnlar altnda olur. Bir oksijen
moleklnn balanarak dierlerinin balanmasn kolaylatrc etkisi kooperativiteye rnek
olduu gibi, buna benzer olaylara allosterik etkileim denir. Ortamda CO2 veya edeer
fonksiyondaki difosfogliserat (DFG)in bulunmas halinde sigmoid eri saa doru kayar.
Yukardaki her iki molekl hemoglobine yle bir ekilde balanr ki onun oksijene kars olan
ilgisinde azalma olur. Dk pH da ayn olay gzlenir. Burada DFGnin rnek olarak verilmesinin
nedeni, krmz kan hcrelerinde bu biyomolekln hemoglobinle eit molar oranda
bulunmasndandr. Dolays ile bu molekl bir hemoglobin reglatr gibi hareket eder.
ekil:
Hemoglobinin
hem
paketiindeki Fe+2ye oksijenin
balanmas. Balanma histidini
(ng. proximal histidine) porfirin
halkasnn bir yzndeki Fe+3e
balanrken, oksijen dier yz
zerinden
Fe+3e
balanr.
Oksijenin balanmas Fe+3
tekrara halkann merkezine
eker.
ekil: Bohr etkisi. Periferal dokularda oluan karbon
dioksit su ile birleerek karbonik asiti oluturur.
Karbonik asit de bikarbonat ve protonlara ayrr.
Deoksi-hemoglobin bir tampon gibi davranarak
protonlar balar ve onlar cierlere tar. Cierlerde
hemoglobin oksijen balayp protonlar ortama salar.
Ortama salnm olan protonlar ise bikarbonat
iyonuna balanarak karbonik asiti oluturur. Eer
karbonik asitten karbonik anhidraz enzimi yardm
ile su uzaklatrlrsa geriye karbon dioksit kalr ki, bu
da solunumla dar verilir. Karbonik anhidraz enzimi
ayn zamanda bu reaksiyonu tersine de mmkn klar.
Yani, karbon dioksite suyu ekleyerek karbonik asiti
oluturur.
76

5.3.2 Miyoglobin
Hemoglobine gre daha basit bir proteindir. Tek bir zincirden meydana gelmi ve tek bir hem
grubu tar. Bunun sonucu olarak, bir molekl hemoglobinin bir kerede 4 molekl oksijen tama
kapasitesine karn, miyoglobin 1 molekl oksijen tar. Oksijenin miyoglobine balanma erisi de
hemoglobinden farkldr.
ekil: Hemoglobin ve miyoglobin iin
oksijen balama erileri. Atar damarlardaki
oksijen basnc yaklak 100 mm cva (Hg)
basncna eitken, toplar damarlarda bu
deer 40 mm Hgdir. Aktif bir kastaki klcal
damarn oksijen basnc 20 mm Hgdir.
Sitokrom oksidaz iin gerekli minimum
oksijen basnc ise 5 mm Hgdir. Zincirlerin
tetramerik bir yapy oluturmak zere bir
araya geldii yap (hemoglobinde olduu
gibi) tek zincirli yap (miyoglobin)ya gre
ok elverili oksijen tamay salar.
Burada hiperbolik bir eri vardr. Bunun
nedeni, her bir miyoglobin moleklnn dierlerinden bamsz olarak oksijen balamasdr. Byle
saturasyon erilerine daha ok ileride greceimiz enzim-substrat almalarnda rastlanr.
Miyoglobin daha ok krmz kas hcrelerinde bulunur. Fazla kas faaliyetinin olduu durumlarda,
miyoglobin hemoglobine gre daha hzl oksijen kullanmna imkan verir. Bunun nedeni,
hemoglobine gre oksijenin ksmi basncnn dt dokularda miyoglobinin oksijeni daha kolay
salvermesidir.
Ancak baz proteinler vardr ki hem fibrz protein ve hem de globuler protein karakteri gsterirler.
Bunlardan en iyi bilineni esas kas proteini olan hareketten (kas kaslmas) sorumlu miyozindir.
Hcre konusunda (2. Hafta) grdmz gibi sitoplazmik iskeletin nemli bir proteini olan aktin
filamentleri ile miyozin kas kaslmasn gerekletiren iki nemli proteindir. Bu konu ikinci dnem
daha detayl anlatlacaktr.
5.4 Proteinlerin allmas- Kromatografik, Spektroskopik ve Elektroforetik Yntemler
Bir hcre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi olduka g bir olaydr. Bu
proteinin konsantrasyonu dk ise binlerce farkl protein arasndan ayrmak ve saf halde elde
etmek iin bu proteine uygun olan saflatrma tekniklerinin seilmesi gerekir. Proteinlerin
saflatrlmasnda bugn kullanlan yntemler olduka gelimitir. Saflatrmada kullanlan
yntemlerden bir veya birka arka arkaya kullanlarak protein saf halde veya safa yakn bir ekilde
elde edilmektedir. Bugn pekok enzim ve enzim olmayan proteinin saf ve kristal halde izole
edilmesi baarlmtr. Bir proteinin amino asit kompozisyonunu ve diziliini, molekl arln ve
dier fiziksel zelliklerini almak iin ncelikle proteinin saflatrlmas gereklidir.
Yukarda da belirtildii gibi protein saflatrmann temel amac istenen bir proteini dier birok
protein arasndan izole etmektir. Bylece o proteinin yaps ve dier zellikleri allabilir. Bu ilem
proteinin dier kontamine maddelerden bir seri farkl franksinasyon ve ayrm teknikleri
kullanlarak yaplr. Bu ayrmlar protein temel zelliklerinin bir veya birkana dayanr rnein
proteinin erirlilii, yk, bykl veya onun zel balanma afinitesi. Bu yarm metodlar iyon
deiimi, jel filtrasyon veya afinite kromatografisi gibi kromatografik teknikler olabilir veya
izoelektirik fokuslama gibi elektroforetik tekniklerde kullanlabilir. Dier elektroforetik
77
Blm 5: PROTENLER
yntemlerde esas olarak poliakrilamik jel
elektroforezi kullanlabilir. Bu yntemle bir
proteinin saflatrma oran, molekler bykl
ve varsa alt niteler belirlenebilir.
Kan serumu gibi biyolojik svlardaki protein
kolayca ayrlabilirlerken, doku ve hcrelerdeki
proteinlerin byk ksmnn izolasyonu iin
hcrelerin paralanmas gerekir. Hayvan
hcreleri su veya hipotonik solsyona
konulduklar zaman su daha youn olan sitozol
iin difz olur ve hcreyi iirerek patlatr.
Santrifigasyonla hcre organelleri ayrlabilir.
Membrana bal proteinlerin ayrlm ek bir
eritme basamana ihtiya duya. Bununu iin
genellikle bir deterjan olan triton x100 kullanlr
ve lipit tabaka eritilerek integral membran
proteinlerinin solsyonun iine dalmas
salanr. Hcre duvarna sahip hcrelerde
(rnein birok bakteri ve bitkilerde olduu gibi)
hcre duvarn eritmek iin ek enzimatik veya
mekanik ilemlerin kullanlmas gerekir.
Protein saflatrmalarnda en yaygn kullanlan
yntemlerden biri de onlarn iyonik zelliklerini
hesaba katarak yaplan tuzla presipitasyon
(keltme)dir. Bu amala genel olarak amonyum
slfat, (NH4)2SO4 kullanlr. Dier bir deyimle,
proteinlerin ayrmnda ilk basamak genellikle
amonyum slfat ktrmesidir. Bu teknik, dk
tuz konsantrasyonlarnda proteinlerin ounun
erirliliinin dmesine dayanr. Proteinler ykl
yan gruplarndan dolay iinde erimi olduklar solsyonlarla polar birlemeler yaparlar. Proteinler
izoelektrik pHda (pI) minimum erime gsterirler. Ayrca bir proteinin eriyebilirlii ortamdaki tuz
konsantrasyonundan etkilenir. rnein, birok globler protein saf suda ok az erirler. Ortama tuz
ilavesi ile proteinin erirlilii artmaya baslar. Ancak, daha yksek tuz konsantrasyonlar protein
zincirlerinin bir araya gelmesini ve dolays ile kelmesine neden olur (olduka yksek tuz
konsantrasyonlarnda, proteinler iinde bulunduklar solventten ok kendileri arasnda birleirler
ve presipite olurlar). Her protein presipitasyon iin kendine has bir tuz konsantrasyonuna sahiptir
(bu zelliini bildiimiz bir proteini dier tm proteinlerden uygun tuz konsantrasyonu seerek
saflatrabiliriz). Tuz konsantrasyonu arttrldnda belli bir noktada protein solsyondan ayrlr ve
ker. Bu kme noktas her proteinin kendi zelliine baldr. rnein; 0.8M amonyum slfat ile
phtlama proteini olan fibrinojen kan serumundan ktrlrken, 2.4 M amonyum slfat ile ayn
svdaki albmin ker.
5.4.1 Spektrofotometri
Elektromanyetik spektrum farkl zelliklere sahip dalga boylarndan olumutur: bunlardan radyo
dalgalar metrelere, mikrowave dalgalar milimetreye tekabl ederken, infra-red (kzl tesi) blge
800-100000 nm, Grnen k 400-800 nm, ultraviole (mor tesi) 100-400 nm, X nlar 1-100 nm
78

gama nlar <1 nm dalga boylarna tekabl eder. In dalga boyu kldke enerjitik seviyeleri
artar (neden UV camdan gedmez veya perifer hcrelerde timin dimerlerinin olumasna neden
olur?). Biyomolekller (protein, nkleik asit, klorofil, vs) hi bir isleme tabi tutulmadan UV
blgesinde belirlenebilirler. Ya da eitli ilemlerden geirilip renkli solsyonlara dntrlen bu
molekller grnen n belli dalga boylar yardm ile konsantrasyonlar belirlenebilir. Yani,
biyolojik molekllerin konsantrasyonlarn lmede en ok kullandmz dalga boylar 200-700 nm
dalga boylar arasna denk gelmektedir.
5.4.1.1 Ultraviyole (Mor tesi) Spektroskopi
Tirozin, fenilalanin ve triptofan ultraviyole (UV) absorbe ederler. Peptid ba da belli dalga
boyunda (230 nm) olduka krar (absorbe eder). Solsyonlardaki protein konsantrasyonlar
280 nmde bu aromatik amino asitlerden kaynaklanan absorbans yardm ile bulunabilir. Genel
olarak 1 absorbans 1 mg/ml proteine denk gelir (ancak, proteinlerin bu amino asitleri yaplarnda
farkl oranlarda bulundurmasndan dolay bu deer 0.7 ila 1.3 mg/ml arasnda deiir).
UV Spektroskopi yardm ile proteinlerin sekonder ve tersiyer yaplar da allabilir. Protein
denature edildii (yaps bozulduu) zaman, sarmal yaps da bozulur ve farkl bir absorbans verir.
ekil: Bir protein solsyonunun
tipik absorbans erisi. Burada 260
nm ile 300 nm arasndaki
absorbans aroma tik amino
asitlerin
yan
zincirlerinden
(benzen
halkas)
kaynaklanmaktadr.
Peptid
balar en ok 180-230 nm
arasnda absorbe ederler.
Birok biyolojik molekl (amino
asit,
nkleotid,
bunlarn
polimerleri olan protein ve
nkleik asit, NAD, NADH, FAD gibi
kofaktrler) belli dalga boylarnda UVyi maksimum absorbe ederler ve zel absorpsiyon
(ekstinksiyon) sabitelerine sahiptirler. Bu maddeler konsantrasyonlar ile orantl olarak
absorbe ederler (Maddelerin konsantrasyonlarn onlarn absorbans ile ilikilendiren Beer-Lambert
kuramn daha nceki derslerimizde grdk).
5.4.1.2 Floresan Spektroskopi ve Nkleer Manyetik Rezonans
Floresan Spektroskopi ve Nkleer Manyetik Rezonans (NMR) dier iki nemli Spektroskopi metodu
olup, birincisinde belirlenecek maddeye floresan yayan bir zellik kazandrlp onun miktar
belirlenirken, ikincisinde ise manyetik bir merkeze verilen dalgalarn durumundan o molekln
yaps belirlenir. Yine X n difraksiyon metodu da molekllerin boyutlu yaplarn belirlemede
kullanlan nemli bir tekniktir. Bu teknikte ise belirlenecek molekln (r, DNA sarmal yapsnn
aydnlatlmas) kristal formu kullanlr.
79
Blm 5: PROTENLER
Bir proteini almak iin nce
hcredeki binlerce farkl protein
iinden saflatrlmas gerekir. Bunun
iin
yeterli
teknie
sahip
bulunmaktayz. Protein izolasyonu bir
proteinin erirlilii, yk, bykl
gz nne alnarak yaplr. Birok
protein
dier
biyomolekllere
balanabildiinden,
proteinlerin
ayrm
bunlarn
bu
balanma
zellikleri ile de baarlabilir. Protein
saflatrma iin doku veya hcreler
(rnein bakteri) kullanlabilir. Doku
veya hcrenin paralanp (mekanik
veya enzimsel olarak) proteinlerin sv
iine salnmasna hcre ekstresi
denir. Santrifugasyonla deiik organel
veya ksmlar saflatrlabilir. Amino
asit blmnde akladmz gibi bir
iyon-deiim kromatografisi burada da
uygulanabilir ve protein elektrik
ykne gre saflatrlabilir veya aadaki ekilde grld gibi porlu bir matriks (rnein
Sefadeks) ieren bir ortamda proteinler byklklerine gre ayrlabilirler. Burada kk proteinler
matriksin porlar iine girip zaman kaybederken, byk proteinler matriks aralarndan gecik daha
nce aaya akm olacaklardr. Standart proteinlerin byle bir matriks ortamndan ayrl
surelerine gre bilinmeyen proteinlerin molekl arlklar belirlenir.
ekil: Proteinleri ayrmak iin kullanlan tipik bir kolon
kromatografisi emas. R, proteinlerin bulunduu
rezervuar, K, belli bir dolgu maddesi (matriks) ile
paketlenmi kolon, FT; fraksiyon toplayc.
5.4.2 Protein elektroforezi
Proteinler ayrca elektroforez yntemi ile karakterize
edilebilirler. Bu yntemle proteinler hem molekl
byklklerine gre ve hem de tadklar elektriksel
yke gre bir jel ortamnda elektrik akm verilerek
yrtlrler. Protein standartlar da yani jele
uygulanarak
bilinmeyen
proteinlerin
molekl
arlklar bulunabilir. Jle gibi bir yaps olan matriks
(poliakrilamid) iinde proteinler molekl arlklar ile
orantl ancak logaritmik bir ayrlma ile bantlar
olutururlar. Byk proteinler en geride kalrken kk proteinler elektrik alanda daha hzl
hareket ederler. Bu yntemle proteinler doal yaplar ( boyutlu yaplar) veya denatre edilerek
zellikleri aratrlabilir.
80
Elektroforezde bir hareketli bir de hareketsiz faz vardr. Sabit faz olarak kat, asetat, selloz,
poliakrilamid, agaroz gibi dolgu maddeleri kullanlr. Sabit ortamdaki en nemli zellik molekllerin
porlardan kolaylkla gemesine dayanr. Hareketli faz olarka genellikle tamponlar kullanlr.
Elektroforezin dier yntemlerden fark bir elektriksel alan yaratlmasdr. Protein zeltisi bu
elektriksel alanda farkl hzlarla bir elektrotdan dierine hareket ederek molekl arlklarna ve
tadklar elektrik yklerine gre birbirleirnden ayrlrlar. Daha sonra boyama yaparak protein
bantlar grnr hale gelmektedir.
zoelektrik fokus teknii bir proteinin izoelektrik noktasn (pI) belirlemeye yarar. Bunun iin
amfoterik (amfolit) maddeler kullanlr (Bkz. Amino asitler). Bu yntemde bir pH gradiyenti
oluturularak proteinlerin belli bir pHda taklp daha ileri hareket etmedii noktalar (pI) saptanr.
Her protein iin farkl bir pI deeri olduundan, proteinler de bu gradiyenti iinde farkl tabakalar
halinde kalrlar. zoelektrik fokuslama, proteinlerin bir pH gradientinde izoelektrik noktalarna gre
ayrlmas prensibine dayanr. Bu yntemde; yksek mobiliteye sahip sentetik
poliaminopolikarboksilik asitlerin karmlar olan amfoterik bileikleri ieren jel polimerletirilir.
pH gradienti oluturmak iin sisteme akm verilir. ve amfolitler izoelektrik noktalarna gre jelde
dzenlenirler . En asidik olan anoda, en bazik olanda katoda doru ilerler. Daha sonra rnek
proteinler jele uygulanr ve yklerine gre anoda ve katoda doru hareket ederler. Proteinler jel
zerinde net yklerinin sfr olduu pH deerine ( pI ) kadar g ederler ve bu noktada hareketsiz
kalarak dururlar. En son aamada protein bantlarnn gzlenmesi iin boyama yaplr fakat
boyamann olmas iin ncelikle jelden amfolitlerin uzaklatrlmas gerekir. nk amfolitler jelin
tamamen boyanmasna neden olur.
Jel filtrasyonu proteinlerin molekl arlklarna gre ayrlmasn salar. Jel filtrasyon kromatografisi
ile proteinler byklklerine ekillerine gre porlu marrikslerle doldurulmu bir kolondan
81
Blm 5: PROTENLER
geirilerek ayrlabilirler.byk ve geni bit ekli olan proteinler bu porlara giremez ve dolasyla
kolonun altndan en nce bunlar karlar.daha kk proteinler ise bu porlarn iine girdiklerinde
ve svyla daha fazla temas halinde kaldklarn daha yava hareket ederler ve en son kolondan
ayrlrlar. Bu yntemde proteinlerin birbirinden ayrlmas, sabit fazdaki jelin oluturduu porlarn
apna gre molekllerin belirli derecede engellenmesine dayanr. Sabit faz olarak kullanlan
sefadeks, biojel, agaroz gibi dolgu maddeleri kolona doldurulduktan sonra uygun bir tampon ile
ykanr ve kararl hale geirilir. daha sonra protein zeltisi tampon ile birlikte kolonun zerinden
yava yava ilave edilir. Yer ekimine gre aa doru hareket eden protein zeltisi ierisinde
bulunan kk protein moleklleri kolon dogu maddesinin kk oyuklarna girerkan,- byk
proteinler bu oyuklara hi girmeden kolondan ilk kan molekller halinde ayrlrlar.
yon-deiim kromatografisi proteinleri asit ve baz zelliklerine gre ayrmak iin kullanlan bir
yntemdir. Dier bir deyimle, iyon-deiim kromatografisinde proteinler net yklerine gre
ayrlrlar. Bu yntemde kolon iine pH= 7 de pozitif yk tayan bir selloz trevi olan DEAE- selloz
( dietilaminoetil selloz ) konur. Bu bileie negatif yk tayan proteinler balanrken dier
proteinler kolondan kar. Kolonun ierisine konan dier bir bileik ise pH= 7de negatif yk tayan
CM-selloz (karboksimetl selloz) dur. Bu bileie de pozitif yk tayan proteinler balanr. Dier
proteinler ise kolon dolgu maddesine balanmadan kolondan kar. Daha sonra kullanlan
tamponlarn iyonik kuvveti deitirilerek kolon materyaline geici olarak balanm olan bu
proteinler kolonun dolgu maddesinden ayrlarak kolondan kmaya balarlar. Fraksiyon toplaycs
ile kk miktarlar halinde tplerde toplanan proteinler asidik yada bazik zelliine gre dier
proteinlerden ayrlm olur. yon-deitirme kromatografi ayn zamanda amino asitlerin ve
peptitlerin de birbirinden ayrlmasn salar. Bu tip kromatografi zellikle molekl arlklar
birbirine ok yakn olan moleklleri ayrmak iin kullanlmaktadr. Anyon-deiim kromatografisi
pozitif ykl matriks ieren bir kolondan oluur ve bu matrikse net negatif ykl proteinler
balanr. Katyon-deiim kromatogrfasinde ise negatif ykl matriks kullanlr ve bu matrikse net
pozitif ykl proteinler balanr. Bbalanm proteinlerin kolonlardan ayrmas sodyum klorr
eklenmesi veya ortam pHsnn deimesiyle gerekletirilir.
Affinite kromatografisi ile ok kompleks bir karm iinde bulunan baz proteinler tek basamakta
olduka saf halde elde edilirler. Affinite kromatografisi iin polisakkarit yapsndaki agaroz
taneciklerine kimyasal bir reaksiyon ile bir enzimin koenzimi balanr. zerine koenzim balanm
olan agaroz tanecikleri kolon dolgu maddesi olarak kullanlr. Proetin karm bu kolona
uyguland zaman yalnz ilgilendiimiz enzim proteinleri koenzimin serbest ucuna spesifik olarak
balanmaktadr. Bu balanma kovalent bir balanma deildir. Dier proteinler koenzimin serbest
ucuna balanma zelliine sahip olmadklar iin kolondan ayrlrlar. Daha sonra serbest koenzim
ieren zelti kolona ilave edildiinde, agaroz taneciklerine bal koenzime balanm olan enzim
moleklleri bu defa rekabetten dolay zelti ile birlikte gelen serbest koenzime balanarak
kolondan kar. Bylece koenzime spesifik olarak enzim proteini dier yzlerce proteinden affinite
kromatografisi ile tek basamakta saflatrlm olmaktadr. Afinite kromatografisinde bir protein
baka bir molekle (ligand) balanp saflatrlmas ile gerekletirilir. Ligand kolon ieresindeki
suda erimeyen bir destee balanr. Protein solsyonu iindeki tm proteinler iinde sadece liganda
zg olan protein liganda balanrken tm dier proteinler akar geer. Bal protein daha sonra
kolundan ykanark olduka saf bir biimde elde edilir.
5.4.3 Santrifgasyon
Santrifj hz ve sresi de proteinleri byklklerine gre ayrt etmeye yarayan bir metottur.
Baklk olayndaki antijen-antikor balanmnn dnda, proteinlerin bir matriks zerinde hangi
blgede ve ne miktarlarda olduunu aratrmak iin ilgili proteine kars gelitirilen iaretli (rnein,
radyoaktif iaret) bir antikor kullanlr. DNA hibridizasonuna (Southern blot) edeer olan bu olaya
82

Western blot (protein hibridizasyonu) denir. Antikorlar vcuda giren yabanc molekle kar
vcutta oluturulan ve kanda bulunan protein moleklleridir. Bunlara ou zaman
immunoglobilinler de denir. Antikor retimi vcudun bir savunma mekanizmas olup canlnn
baklk sisteminde rol oynar. Gnmzde monoklonal ve poliklonal antikor retimi
yaplabilmektedir. Poliklonal antikorlar yabanc bir madde (antijen) rnein, protein enjekte
edilmi bir hayvanda bir ok antikor reten hcre tarafndan retilir ve her antikor antijenin
spesifik kk bir blgesine balanr. Tersine, monoklonal antikorlar ise benzer hcre topluluu
(klon), rnein hcre kltr tarafndan yaplr ve tm antikorlar benzerdir ve hepsi antijen
protein veya madde zerinde ayn zel blgeyi tanyp balanrlar.
Proteinlerin hepsi 20 eit amino asitten olumutur. Ancak, bildiiniz gibi, kimisi bir enzim, kimisi
hormon, kimisi yapsal bir protein ve kimisi ise bir antikor olarak hareket eder. Peki bu nasl
olmaktadr?. Bu sorunun cevabi, bunlar her birinin farkl bir amino asit kompozisyonuna ve
dizilimine sahip olmaktan kaynaklanr. Dolays ile bir biyokimyac iin, bir proteinin amino asit
dizisi (primer yaps) nemli bilgiler verebilir. ki ve boyutlu yap dahil proteinlerin hi bir
zellii onlarn primler yaps kadar birbirinden farkl deildir.
Bir proteinin fonksiyonu onun primer yaps tarafndan belirlenir. E. coli gibi bir bakteride 3000
kadar farkl protein varken, insan hcresinde bu say 30,000 kadardr. Proteinleri ikincil ve ncl
(aktif yap) yaplar, primer (birincil) yaplarndan belirlenebilir. Birincil yapdaki bir deiiklik
(bazen tek bir amino asidin bile deimesi) ikincil, ncl ve dolays ile o proteinin tm
aktivitesini etkileyebilir. 1400den fazla insan genetik hastalnn eitli proteinlerdeki bu amino
asit deiimlerinden kaynakland sanlmaktadr. Proteinlerin amino asit dizileri
karlatrldnda, ayn grevi gren proteinler tm canllarda benzer amino asit dizilerine
sahiptirler. Ancak, hatta ayn tur iinde bile bir proteinin amino asit dizisi ksmi farklar (polimorfik)
gsterebilir. Fakat bu farklar ou zaman onun fonksiyonuna engel olmayan deiimlerdir. Yine
rnein, bakterinin DNA polimeraz, insan DNA polimerazndan nemli lde dizi fark gsterir
ancak her iki canlda da bu enzimler ayn fonksiyonu stlenmilerdir (yani DNA sentezi).
Bir polipeptid zincirindeki amino asit dizisi belirlenebilir. Protein hidrolize (asitle) edilerek amino
asit ierii belirlenir. Ayrca Sanger svs (flurodinitrobenzen) kullanlarak amino amino asiti
belirlenebilir. Adaman ynteminde, amino ucundaki amino asitten balanarak amino asitler tek tek
zincirden koparlr. Bunun iin de fenilizotiyosiyanat kullanlr. Bu ilem iin bir sequanator (yani
maddeleri uygun miktarlarda kartran, ayrlan amino asidi belirleyen makine) kullanlr. Byk
proteinlerin dizilerinin saptanmas iin ncelikle byk proteinlerin 50 kadar amino asitlik kk
zincirlere krlmalar (proteazlar kullanlabilir) gerekir. Dislfit kprlerine sahip proteinlerde bu
yapnn krlmas iin ilave ilemler yaplr (r, Oksidasyon, asetilasyon).
5.4.4 Diyaliz ve ultrafiltrasyon
Proteinleri daha kk molekl arla sahip molekllerden ayrmak iin diyaliz yntemi kullanlr.
Diyaliz membranlar hcre membran gibi seici geirgen zellikte olup sentetik maddelerden,
rnein selloz asetattan yaplm olabilirler. Ancak hayvan barsa da diyaliz torbas olarak
kullanlabilir. Bu yntem yargeirgen bir membran ierisine konan protein zeltisi ierisinden
kk molekllerin membrann ultramikroskopik porlarndan suyla ve tamponla ortam suyuna
geirilmesi tekniine gre alr. Glukoz ve NaCl gibi kk molekller membrandan geerken
byk protein moleklleri diyaliz porlarndan geemedii iin ierde kalr. ortam suyunun birka
kez deitirilmesi ile kk molekllerin protein zeltisi ierisinden uzaklatrlmas mmkn hale
gelmektedir. Ultrafiltrasyon yntemi de diyaliz tekniine gre alr. Aradaki fark, diyaliz tpnden
kk molekllerin kmas iin hidrostatik basn veya santrifj gibi transmembran kuvvetlerinin
etkisiyle proteinleri molekl byklklerine gre diyalize gre daha hzl ve daha yksek
83
Blm 5: PROTENLER
verimlilikte ayrlmasn salar. Bu basn sayesinde kk molekllerle birlikte bir miktar sv
kaybedildii iin protein daha konsantre bir ekilde elde edilir. Birok diyaliz membranndaki porlar
yaklak 10 kda byklndeki moleklleri serbeste geirirken daha byk molekller ieride
tutuklu kalr. Proteinlerin ou 10 kda zerinde olduundan bu teknik proteinlerin fraksinasyonu
iin uygun deildir. Ancak, ktrme iin kullandmz tuz (amonyum slfat) gibi molekller
diyalizle proteinden uzaklatrlabilir.
Proteinlerde anino asit dizi analizi
Bir protein rneindeki her aminoasit says aminoasit ierik analiziyle belirlenebilir. Saflatrlm
protein rnei 6 M HCI iinde 100 oC 24 saat boyunca havas alnm ve kapal tp iinde stlarak
hidroliz edilir. Bunun sonucu a kan amino asit karm iyon deiim kromotografisine tabii
tutulur. Bunun iin slfonatlanm polisitilen bir kolan zerinde 20 standart amino asit ayrlabilir.
Ayrlan amino asitler daha sonra ninhidrin ile reaksiyona sokularak belirlenir. Her amino asidin
miktar o amino asit iin elde edilmi standart optik absorbans erisinden hesaplanabilir.
Ninhidrinle 10 nmol amino asit belirlenebilir. Amino asit kompozisyon analizi ile bir peptidteki her
amino asidin says belirlenebilir. Fakat bu yntemle amino asit dizisi hakknda her hangi bir bilgi
elde edilemez.
Bir proteinin amino ucundaki amino asitin belirlenmesi bu amino asidin serbest amino grubuyla
kovalent olarak reaksiyona giren bir madde sayesinde olabilir. Ancak bu olayn 6 M HCI ile
hidrolizden nce yaplmas gerekir. aretli N-ucu amino asit daha sonra dier standart amino
asitlerle karlatrlarak belirlenebilir. N-terminal analiz iin en yaygn olarak kullanan maddeler
floronitrobenzen ve dansilklorittir. Bu teknikle peptidin ucundaki amino asit belirlenebilir fakat geri
kalan amino asitler belirlenemez. Asit hidrolizden dolay peptid tamamen paralandndan dansil
kloritle reaksiyon daha ileri derece mmkn olmayacaktr. Bu problem Edman tarafndan Nterminal ucunun iaretlendii ve utaki amino asidi koparan fakat peptidin geri kalan amino
asitlerine zarar vermeyen bir metotla zld. Bu metotla N- ucundaki her bir amnio asit peptid
zincirinden tek tek koparlr ve tanmlanr. Yksz N-terminal amino grup fenilizosiyanatla
reaksiyona sokulur ve bu amino asit bir siklik fenol hidantoyin (PTH) amino asit olarak orta
derecede asidik artlar altnda proteinden ayrlr. Orta derecede asidite peptidin geri kalan ksmn
bozmaz ve bylece bu olay tekrar edilir. Salnan PTH amino asit HPLC ile belirlenir. Bu teknikle 50
adet amino asit N-ucundan
krlarak belirlenebilir.
Bir
proteinin
ortalama
bykl 50 Kda olup
yaklap 500 amino asit ierir.
Bu nedenle yukardaki Edman
yntemiyle byle bir proteinin
sadece 1/10i belirlenebilir.
Daha byk bir protein
dizilemek iin onu 20-100 adet
kk paralara blmek gerekir. Bu paralama kimyasal ya da enzimatik metotlarla olabilir. rnein
siyanojenbromid (CNBr) C-ucundaki metiyonin aminoasitlerinden zinciri krarken, tripsin enzimi ve
kimotripsin C-ucundaki bazik (arginin ve lzin) ve aromatik (fenilalanin ve trozinden paralar).
Tripsinle paralama sonucunda 6 lizini, 5 arjinini olan bir protein 12 peptidden oluan bir tirptik
peptik karacaktr. Her bir triptik peptid arginin ve lizin ile sonulanacaktr. zel kimsayal ve
enzimatik kesmelerle elde edilen peptid paralar kromotografi ile birbirinden ayrlrlar ve her
birinin dizisi Edman yntemiyle belirlenir.
84

ZML SORULAR
1. Bir polipeptidin veya proteinin amino ucundaki amino asite bal serbest amino grubu fluoro
dinitrobenzene (FDNB) ile iaretlenebilir. Byle durumlarda proteinde veya peptitdeki baka hangi
amino asitler de iaretlenir?
A)Lizin
B)Arjinin
C)Glutamik asit
D)Alanin
E)Lsin
2. Bir proteinin izoelektrik noktasn (pI) belirlemek iin kullanlan bir jel sisteminde hangi zellie
sahip olmaldr?
A) amfolitler bir elektrik alanda dalm gsterdiinde kararl bir pHya sahip olmas
B) proteinin yzeyi boyunca homojen negatif yk oluturmak iin iinde denatre edici bir ajan (r.
SDS) iermesi
C) molekl arl bilinen bir takm protein standartlarnn bulunmas
D) istenen proteine zg (spesifik) bir antikorla ykanmas
E) bir protein zerindeki tm iyonik gruplarn kuvvetli bir bazla titre edilmesi
3. Bir biyokimyac DNAya balanan zel bir X proteinini ayn ortamda bulunan dier proteinden (A,
B, C) ayrmak (izole etmek) istiyor. Bu proteinler aadaki gibi zelliklere sahiptir:
pI
A proteini
7.4
B proteini
3.8
C proteini
7.9
X proteini
7.8
(pI, izolektrik nokta; Mr, molekler byklk)
Mr
82,000
21,500
23,000
22,000
DNAya balanma
evet
evet
hayr
evet
(a) X proteinini A proteininden, (b) X proteinini B proteininden ve (c) X proteinini C proteininden

ayrmak iin nasl ayrma teknikleri kullanrsnz?
4. Biyokimya deneylerinde glisin amino asiti genellikle bir tampon maddesi olarak kullanlr. Bu amino
asitin amino grubunun pKa deeri 9.6 olup ya protone olmu formda (NH 3+) ya da serbest baz (NH2)
olarak bulunur.
a. Amino grubuna bal olarak hangi pH veya pH aralnda glisin etkili bir tamponlama arac olarak
kullanlabilir?
b. Bu amino asitin 0.1 M ve pHs 9.0 olan solsyonunda, amino gruplarnn % ka NH3+ formunda
bilinir?
c. Bu pHda bulunan 1 litre 0.1 M glisine 5 M KOHtan ne kadar eklemeliyiz ki pH 10 olsun?
d. Glisin % 99 orannda NH3+ bulunursa, solusyonun pHs ile amino gruplarnn pKas arasnda nasl
bir iliki olur?
5. Aspirin, zayf bir asit olup pKa deeri 3.5tir.
Aspirin mide ve barsak mukoza hcrelerinden emilerek kana karr. Bu emilim
plazma membranndan geii gerektirir ve emilim oran aspirinin polarl ile
85
Blm 5: PROTENLER
ilikilidir. Bilindii gibi polar molekller membrandan yava geebilirken, hidrofobik ntr molekller
daha hzl geerler. Mide ortamnn pHs 1.5 iken, ince barsak ortamnn pHs yaklak 6.0dr. Kana
karan aspirin en ok mideden mi yoksa ince barsaktan m gelir?
6. Bir amino asit olan lsinin yaps:
a. Lsin ka kiral merkeze sahiptir?
b. Ka optik izomere sahiptir?
c. Bu izomerlerin kimyasal formllerini gsteriniz.
7. Bir peptid aadaki gibi bir diziye sahiptir;
Glu-His-Trp-Ser-Gls-Ls-Arg-Pro-Gls
a. Bu peptidin pH 3; 8 ve 11de net yk nedir? (Her bir amino asit iin yan zincirlerin ve u amino ve
karboksil gruplarnn pKa deerleri:
b. peptidin pI deeri nedir?
8. Bir biyokimyac yeni bir enzim kefetmi ve onu aadaki tabloda grld metotlarla deiik
derecelerde saflatrmtr:
a. Tabloda verilen bilgilere gre, her
saflatrmadan sonra enzimin spesifik
aktivitesini hesaplaynz.
b. En etkili saflatrma hangisidir?
(saflktaki en yksek deer)
c. En az etkin saflatrma hangi
basamakta olmutur?
d. 6. basamaktan sonra enzimin saf olduunu gsteren bir veri varmdr? Enzimin saflk derecesinin
lm iin baka bir eyler yaplabilir mi?
9.Bir proteini detayl almak iin nce o proteinin:
A)bilinen bir molekle konjugasyonu (balanmas) salanr
B)amino asit ierii belirlenir
C)amino asit dizisi belirlenir
D)molekler arl belirlenir
E)saflatrlmas yaplr
10.Doal olarak bulunan proteinlerin yapsna giren tm amino asitlerde ortak zellik nadir?
11.Suda zndkleri zaman amino asitler neden zwitterion form kazanrlar?
12.Proteinlerde aadakilerden hepsi zayf olarak deerlendirilebilir. Bir tanesi hari:
A)van der Waals kuvvetleri
B)hidrojen balar
C)iyonik balar
D)peptid balar
E)hidrofobik etkileimler
86

13. -sarmali saalayan hidrojen balar:
A)sarmalin eksenine dik konumda bulunurlar
B)yan zincirlerin (R) elektronegatif atomlar arasnda kurulurlar
C)omurgann elektronegatif atomlar arasnda kurulurlar
D)sarmalin sadece baz amino asitleri arasnda kurulurlar
E)sadece amino ve karboksil ularna yakn blgelerde oluurlar
14. Proteinin doal yapsn (konformasyonunu) kararl klan drt faktr (ba veya kuvvetler) ve bu
ba veya kuvvetleri bozmak iin ne tr kimyasallar veya artlar gerektiini ksaca belirtiniz.
15. Bir ligandn bir proteine balanmas koperatif bir ekilde ise aadakilerden hangisi doru
deildir?
A)Olay genellikle bir ka alt niteden meydana gelen proteinlerde olur
B)Genellikle allosterik bir etkileim sz konusudur
C)Lineer olmayan bir Hill Erisi ile sonulanr
D)Sigmoidal bir balanma erisi ile sonulanr
E)enzimlerde nadiren grlr
16.Orak-hcre anemisin altndaki temel neden:
A)krmz kan hcreleridir
B)hemoglobindir
C)klcal damarlardr
D)kandr
E)kalptir
17. Karbon monoksit (CO) aerobik organizmalar (r. nsanlar) iin neden toksiktir?
18.(a) Oksijenin hemoglobine balanmasnda pHnn etkisi (Bohr etkisi) nadir? (b) Bu mekanizmay
ksaca aklaynz.
19. Yandaki tripeptidi inceleyiniz.
a. -karbon atomunu belirtiniz ve peptid ba
yapan blgeyi daire iine alnz.
b. R gruplar neyi temsil etmektedir?
c. Karbonil grubu (C=O)nun N amid balar
ynndeki serbest rotasyonu neden snrldr?
d. Bu yapdaki peptid gruplar cis veya trans yapdamdr?
e. Hangi balar peptid gruplarnn biri biri ile rotasyonuna imkan tanr?
20. Karbon diositle suyun reaksiyonu bize Bohr etkisi aklamada nasl
yardmc olur? CO2 ve sudan bikarbonat oluumunu gsteriniz ve
hemoglobinin oksijenisayonu zerine H+ ve CO2nin etkisini gsteriniz.
21. Alfa-sarmallarda glisin ve prolin amino asitleri pek bulunmaz. Neden?
22. Yandaki ekilde de gsterildii gibi protein dislfit izomeraz (PDI)
geliigzel dislfit balanmalarna imkan tanyarak inaktif ribonkleazn
doru biimde katlanarak aktif konformasyon kazanmasn salar. PDI
tarafndan katalizlenen bir makanizma ile proteinin bu ekilde yeniden
dzenlenerek inaktif bir yapdan aktif yapyanasl getiini gster.
87
Blm 5: PROTENLER
SORULAR
1. 300 amino asitten oluan bir polipeptid veya proteinin yaklak molekl arl nedir?
2. Globler bir proteinde hangi amino asitleri molekln i ksmnda bulmay beklersiniz?
Neden?
3. Ultrasantrifgasyonla maya alkol dehidrojenaz enziminin molekler arl 145,000 olarak
belirlenmitir. Ancak, bu enzim kompleksi denature edildii zaman sadece 36,000 dal tonluk
molekller belirlenebilmitir. Bu enzimin muhtemel kuarterner yaps nasldr?
4. Bir segmentinin yapsnda -Ala-Val-Tre-Asp-Olu-Pro-Glu-Ile-Gly-Arg- bulunan bir proteinde
bu ksm nasl bir sekonder (ikincil) yapda bulunur?
5. fibrz proteinlerin ou neden dk besinsel deere sahiptirler?
6. Trnak ve deri her ikisi de esas olarak -keratin ierdikleri halde trnak neden deriden daha
serttir?
7. pHdaki deiimler (rnein, olduka asidik veya bazik ortam) neden genel olarak
proteinlerin denaturasyonuna neden olur?
8. 122 amino asitten oluan bir polipeptid tm ile alfa-sarmal
konformasyonunda bulunuyorsa uzunluu ne kadardr? Ayrca bu alfa-sarmal yapy
tamamen ekip uzatrsak uzunluu ne kadar olur? (her alfa-helik dnnn yaklak 3.6
amino asit ve 5.5 oA olduunu ve uzatlm bir zincirde iki alfa-karbon atomu arasndaki
mesafenin 3.6 oA olduunu hatrlaynz).
88
6 ENZMLER
Enzimler biyokimyasal katalizrledir. Yani kendileri deiime uramadan bir reaksiyonu
hzlandran katalist molekllerdir. Enzimlerin hemen hepsi proteindir ve Globler yapdadrlar.
Ancak, proteinlerin hepsi enzim deildirler. Enzimlerin katalitik zellikleri artcdr. rnein,
krmz kan hcrelerimizde bulunan karbonik anhidraz karbon dioksiti karbonata evirerek
zararsz hale getirir:
CO2 + H2OH2CO3
6
Bu enzimin bir molekl 1 saniyede 10 molekl CO2i evirir. Katalaz da byle yksek aktiviteli bir
enzimdir ve dokularda oluan zararl hidrojen peroksidi suya ve oksijene evirir:
2H2O22H2O + O2
Bir molekl katalaz bu reaksiyonu 1 saniyede 107 kez tekrarlar (turnover). Enzimlerin ou bu ve
buna benzer yksek oranlarda reaksiyonlar hzlandrrlarsa da, baz istisnalar da vardr. rnein,
bakteri hcre duvarndaki glikozidik balar eriten lizozim enziminin 1 molekl sadece saniyede 1
ba krabilmektedir.
Enzimlerin en nemli zelliklerinden bir tanesi de yksek spesifite gstermeleridir. Her enzim
sadece bir eit reaksiyonu katalizler ve o reaksiyonun substrat (reaktan) ve rnlerine kar zel
spesifite gsterir. rnein, tripsin enzimi bir polipeptidi daima lizin veya arjinin amino asitlerinin
bulunduu yerden keser. Kimotripsin ise ayn ii fenilalanin, tirozin ve triptofan blgelerinden
yapar. Fumaraz ise daima fumaratn ift bana bir su sokarak malatn olumasn salar. Biyoloji
derslerinizde grm olduunuz tm enzim eitleri (metabolik enzimler, sitokromlar, vs) hepsi bu
ekilde zgn spesifite gsterirler.
Hcrenin canll birok kimyasal reaksiyonun koordineli olmas ile mmkndr. Bu ibirliinin
herhangi bir noktasnda meydana gelecek bir bozukluk (rnein, o basamaktaki enzimin yapsnn
nemli lde bozulmas) tm hcre veya tm canly olumsuz etkiler. Ar scaklkta veya ate
halinde insanda klima grevi yapacak enzimatik reaksiyonlardan (rnein, terleme byle bir
reaksiyonun sonucudur), kas kaslmas, gzn grmesi, gne n kimyasal enerjiye dntren
enzimlere kadar birok enzim reaksiyonu vardr. Ancak, kolaylk olmas acsndan enzimler
katalizledikleri ana reaksiyon tipine gre uluslar aras Enzim Komisyonu (EC) tarafndan 6 ana
gruba yerletirilebilirler:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Oksidoreduktazlar (Oksidasyon-redksiyon reaksiyonlarn katalizlerler)

Transferazlar (fonksiyonel bir grubun bir moleklden dier bir molekle transferini
katalizlerler)
Hidrolazlar (molekle su molekl sokarak ba krarlar)
Liyazlar (ift ba yapar veya krarlar)
zomerazlar (moleklleri izomerlerine evirirler)
Ligazlar (iki molekl arasnda ba oluumunu katalize ederler)
EC sisteminde enzim numaralamas her enzim iin biri birinden nokta ile ayrlan ve nne EC konan
4 saydan oluan bir yntemle yaplr. r. Bir hidrolaz olan ve L-asaparajin amino asitini aspartik
asit ve amonyaa eviren L-asparajinaz enziminin EC sistemi ile gsterimi, EC. 3.5.1.1 eklindedir.
89
Blm 6: ENZMLER
Hcrede birok enzim sentezlenir. Ayrca, birok enzim doku veya organ spesifitesi gsteririler.
Yani, belli enzimler belli doku veya organlar tarafndan daha ok sentezlenirler. Baz enzimlerin
hcrede srekli retilmesi gerekir (rnein, enerji retiminden sorumlu enzimler). nk bunlar
sayesinde hcre termodinamik yap ve fonksiyonunu korur. Bunlar hcrenin iinde bulunduu
duruma gre az veya ileri derecede sentezleri sz konusudur. Dier baz enzimler ise gerekli
olduklar zaman ancak yaplrlar ki, gen reglasyonu konusunda bunlar zerinde duracaz
(rnein, DNA replikasyonu iin gerekli enzimler hcre oalamaya balayaca zaman en aktif
ekilde yaplrlar).
Enzimlerin bazlar aktivite iin baz kk molekllere ihtiya duyarlar ki bunlara kofaktr
(prostetik grup) denir. Kofaktrler Mg2+, Fe2+ gibi basit inorganik iyonlar veya koenzim denen
daha kompleks organik molekller olabilirler. Koenzimler memeli beslenmesinde de nemli
molekllerdir. nk ileride de (vitaminler ve metabolizma konularnda) zerinde duracamz gibi
bu kofaktrler baz suda eriyebilen vitaminlerden yaplmaktadrlar. rnein B2 vitamini (riboflavin)
90

FAD (flavin adenin dinkleotid) ve FMN (flavin mononkleotid) kofaktorlerine dntrlr.
Aktivite iin gerekli kofaktr tamayan enzime apoenzim denir. Enzim bu ekilde inaktif haldedir.
Aktif halde bulunan enzime ise (kofaktr + apoenzim) holoenzim denir.
Reaksiyonlarn enzimatik katalizi canl sistemler iin esastr. Canllarda enzimlerin girmedii
reaksiyonlar yava yrrler. Yiyeceklerin sindirimi, sinir impulslarnn iletimi, kas kaslm gibi
olaylarn hepsi enzimler olmadan nemli bir oranda gereklemezler. Enzimler bu bariyeri ilgili
molekller etrafnda uygun bir ortam oluturarak reaksiyonlarn enerjitik olarak uygun duruma
gelmelerini salarlar.
ekil: Koenzimlerin rol. Alkol dehidrogenz enzimi alkol paralama srasnda koenzim olarak
NAD kullanr. Enzim tarafndan alkolden koparlan hidrojen koenzim aracl ile tanr. NAD
koenzimi bu reaksiyonu daha etkin klar. nk reaksiyonun yan rnlerinden biri olan hidrojen
NAD tarafndan balanarak reaksiyon blgesinden baka yere tanr. Hidrojen artk reaksiyona
giren molekllere yakn bulunmadndan, reaksiyonun yn asetil oluturma ynnde olur. Bu da
daha ok alkoln yklmasn salar.
Enzimle katalize olan reaksiyonda bu olay enzimin aktif blgesi
denen bir zel ksmda gerekleir. Enzimin aktif blgesine balanan
ve islenen molekle substrat (reaktan, S) denir. Enzim-substrat
kompleksi enzimatik reaksiyonda merkezi rol oynar ve enzimatik
reaksiyonlarn mekanizmasnn matematiksel ifadesini (enzim
kinetii) salar. Basit bir enzimatik reaksiyon,
E + S -------ES ------ EP----- E + P
91
Blm 6: ENZMLER
eklinde ifade edilebilir (P= rn). Burada tek bir substrat tek bir rne (S ----P) dntrld
iin bire-bir reaksiyon denir. Ancak, enzimlerle katalizlenen reaksiyonlarn ou birden fazla
(daha ok iki) substrat ierir. rnein, S1 + S2 ----- P reaksiyona ikiye-bir reaksiyonu, S1 + S2 ----P1 + P2 reaksiyonuna ikiye-iki reaksiyonu adi verilir. Enzim gibi bir katalizrn grevi reaksiyon
orann arttrmaktr. Enzimler kimyasal bir reaksiyonun dengesini deitirmezler.
Bir nceki ekilde enzimle katalize olan ve kimyasal olarak katalize olan reaksiyonun aktivasyon
enerji fark grlmektedir. Bu ekilde bir reaksiyonun enerjitik oluum sekli gsterilmitir. leride
zerinde duracamz gibi biyolojik sistemlerde enerji, serbest enerji (G) olarak ifade edilmektedir.
Herhangi bir molekl (rnein, reaktan veya rn) kararl durumunda (eik seviyesi) kendine has
bir serbest enerji ierir. Denge halinde reaktan (substrat) ve rn arasndaki enerji farkna, serbest
enerji fark (G) denir (bu kavrama Biyoenerjitk konusunda daha detayl deineceiz). Erinin en
tepe noktas tranzisyon noktasdr. Bu noktada madde eit ansla hem geri reaktana ve hem de
rne dnebilir. Tranzisyon noktas ile substrat veya rnn eik seviyesi (kararl yap)
arasndaki enerji fark aktivasyon enerjisi olarak bilinir.
Pratikte herhangi bir reaksiyon ara bileikleri
ieren birka basamakta gerekleebilir (rnein,
glikozun glikolizis yolu ile piruvata oksidasyonu,
triptofan sentezi, vs.). Byle bir reaksiyonda
reaksiyonun oran-belirleyici basamandan
bahsedilir ki, bu basamak en yksek aktivasyon
enerjisine sahip olandr. Dolays ile enzimlerin
hcrenin canll iin nemi olan byle
reaksiyonlar mmkn klmak (onlarn aktivasyon
enerjisini drerek) iin ortaya ktklar kabul
edilmektedir.
Enzim aktivitesi, aktivitenin reglasyonu ve enzim kinetii
Enzimatik almalarn ounda (rnein rutin enzim yntemlerinde) allan enzimin molar
konsantrasyonu bilinmez. Bu nedenle, enzimin miktar aktivite cinsinden ifade edilir. Aktivite
genellikle standart nite olarak verilir. Dolays ile 1 nite (U) enzim, dakikada 1 mikromol
(mol) rn oluumunu katalizleyen enzim miktar anlamna gelir (1 U enzim= mol P/dak,
burada P, rn anlamndadr). Dier protein veya enzimlerle kark halde bulunan bir enzimin
(rnein, hcre ekstraktndaki bir enzimin) konsantrasyonu nite/ml cinsinden ifade edilir. Eer
byle bir karmdaki hcre protein konsantrasyonunu belirlersek (rnein ml ekstraktta ka mg
protein olduunu) ve 1 mg proteindeki enzim nite saysn hesaplarsak spesifik aktiviteyi elde
ederiz. Yani dier bir deyimle bir enzimin spesifik aktivitesi= nite/mg protein veya mol
P/dek/mg anlamna gelir. Her enzim kendine has spesifik bir aktiviteye ve dolays ile turnover
says (kcat)na sahiptir. Bir enzimin turno ver says, 1 mol enzim tarafndan dakikada evrilen mol
substrat saysdr (veya 1 mol enzim tarafndan dakikada evrilen mol substrat saysdr). Dier
bir deyimle bu say Vmax/[E]ta eittir ([E]t= ortamdaki toplam enzim, yani [ES]+[E]). Ancak,
bildiiniz gibi ou zaman bir enzime birden fazla substrat balanabilir (yani enzim, birden fazla
katalitik blge tayabilir). Bu durumda, esas turnover says 1 mol katalitik blge tarafndan
evrilen mol substrat says olarak ifade edilebilir.
Vcut (veya hcre) enzim aktivitesini birok ekilde dzenler (regle eder). Bunu o ilgili enzimin
sentez/paralanma orann deitirerek yapar. Baz durumlarda ise enzim moleklnde yaplan
kovalent bir modifikasyon zelliine gre o enzimin aktivitesi azalabilir veya tersi artabilir. Dier
92

bir alternatif yol ise, enzime baka molekllerin balanarak onun aktivitesini azaltmalar (negatif
reglasyon) veya arttrmalar (pozitif reglasyon)dir. Enzim aktivitesine bu ekillerde etki eden bu
molekllere efektr molekller, aktiviteleri bu ekilde dzenlenen enzimlere ise allosterik
enzimler denir.
Enzimler biyokimyasal reaksiyonlar katalizleyen zel proteinlerdir. Reaksiyon hzn 106-1010 kat
hzlandrrlar. Btn biyolojik reaksiyonlar enzimler tarafndan katalizlenir, bu nedenle farkl
amalar iin ok sayda enzim grev yapar. Enzimatik reaksiyonlar, enzim reaksiyonlarnn
anlalmas, enzim aktivitesi, deiik artlar altnda (pH, s, inhibitr, vb) bu aktivitelerin nasl
etkilendiini anlamak iin allr. Enzimle katalize olan bir reaksiyonda, enzimin etki edip bir
rne (P) evirdii maddeye substrat (S) denir. Her enzim spesifik bir substrat ileyebilir. Enzim
ile substrat arasndaki komplekse enzim-substrat kompleksi denir. Enzimler reaksiyon hzn
milyonlarca kere arttrrken, reaksiyonlarn enerji seviyelerine ve hangi ynde olacaklarna etki
etmezler.
rnein,
reaksiyonunda k1=10-3/dak (10-3 dak-1), k2= 10-5 dak-1 olabilir. Denge halinde ileri ve geri
reaksiyonlarn hz eittir.
Yani, vi=k1 [S]=vg=k2[P] dolays ile,
kdenge=[P]/[S]=k1/k2=10-3/10-5=100
Enzimatik reaksiyonda k1 ve k2 ayn oranda etkilenir. Eer k1 bir milyon kez artarsa (103), k2 de bir
milyon kez artar (10) ve dolays ile denge sabitesi (100) sabit kalr. Reaksiyon orann arttrmak
iin iki yol vardr. a. sy ykseltmek b. aktivasyon enerjisini drmek. Hcreler genellikle dk
slarda yasayabildiklerinden (0-100 oC), bu s aralnda hemen hemen hi bir kimyasal reaksiyon
enzimler olmadan olmaz. Enzim olamadan bir reaksiyonun kimyasal katalizasyonu olduka yksek
scaklklar (>>100) ve ekstrem artlar (r, H) gerektirir. Optimum slarda reaksiyonlar ancak
enzimler aracl ile olur. Enzimler reaksiyona girecek maddenin (yani substrat veya reaktan)
aktivasyon enerjisini drerek fonksiyon yaparlar. Substratn tranzisyon durumuna geip rne
dnmesi iin gerekli enerji seviyesine aktivasyon enerjisi denir (bkz. Enzimler).En basit
Enzimatik reaksiyon bir substratn bir rne (P) evrildii reaksiyon seklidir.
k1
k3
E + S ------ES------ E + P
k2
k4
k1 ve k4 ES kompleksinin oluma sabiteleri (her biri farkl deere sahiptir), k2 ve k3 ES kompleksinin
ayrma (disosasyon) sabitelerine denk gelir ve bunlar da farkli deerlerdedir. ou reaksiyonda
k4<<<k3 olduundan, k3=kp olarak ifade edilir (k4 ihmal edilecek derecededir). Dolays ile kp (urun
oluma sabitesi) ile yukardaki reaksiyon esas olarak
k1
kp
E + S ------ES------ E + P
k2
eklindedir.
93
Blm 6: ENZMLER
Bu son reaksiyondan enzim aktivitelerini bulmak iin kullanlan nl Michaelis-Menten (M&M)
eitliini (v/Vmax=[S]/Km + [S]) bulalm:
Km=[E] [S]/[ES], veya Km= kp + k2/k1 [ES]=[E] [S]/Km
[ES] oluumu : k1 [E] [S]
[ES] ykm: k2[ES]+ kp [ES]= (k2+kp)[ES]
k1[E] [S]= (k2+kp)[ES]
[ES]= k1[E] [S]/ k2+kp
[ES]= [E] [S]/Km (eitlik 1)
Herhangi bir zamandaki hz (v)
v= [ES] kp olduundan ve [ES]= v/kp
eitlik 1de yerine konursa,
v/kp=[E] [S]/Km (eitlik 2)
[E]toplam= [ES] + [E]
[E]= [E]t-[ES]
eitlik 2de yerine konursa
v/kp= ([E]t-[ES]) [S]/Km
v= (kp[E]t-kp[ES]) [S]/Km
olur.
Biliyoruz ki, kp[E]t=Vmaxa
kp[ES]= vye eittir. Dolays ile, v= (Vmax-v) [S]/Km= Vmax [S]- v[S]/Km
vKm= Vmax [S]- v[S]
Vmax [S]= vKm + v[S]
Vmax[S]= v (Km+ [S])
v= Vmax[S]/ (Km+ [S])
Burada Kme M&M sabitesi denir. Km reaksiyonun maksimum hznn (Vmax) yarsna tekabl eden
substrat konsantrasyonudur. Dolays ile birimi de [S] ile ayndr. Bir ok enzim iin Km deeri 10 -1
ila 10-6 M arasnda deiir. Enzimatik reaksiyonlarda Km en nemli reaksiyon sabitesidir. Bu sabite
ile reaksiyon hz (v) ve substrat konsantrasyonu [S] anlalabildii gibi, enzimin substrata olan ilgisi
de anlalr. Km deerinin bilinmesi ile hcre ii [S] konsantrasyonunun belirlenmesi mmkndr.
nk [S]in Kmden byk lde byk veya kk olmas mmkn deildir. nk Kmin [S]den
ok byk veya kk olmasnn hcreye hi bir pratik faydas yoktur. rnein, [S]yi Kmin 1000
kat yaparsak, enzim reaksiyon hznda sadece 2 kat art olur;
[S]= Km halinde v= Vmax [S]/Km + [S]den v= Vmax Km/Km + Km= Vmax iken,
[S]= 1000Km halinde v=Vmax (1000Km)/Km + 1000 Km Vmax olur.
Eer bir enzim-substrat reaksiyonunda Kmi biliyorsak, reaksiyonun artlarn Vmax hesaplamak iin
ayarlayabiliriz. Spesifik bir enzimin alternatif substratlarnn bulunup bulunmadn da Kmi
bilmekle mmkn olur. En dk Kme sahip reaksiyonlarda enzimin substrata olan ilgisi en yksek
derecededir. Dolays ile en spesifik enzimler en byk vmax/Km oranna sahip olanlardr. Yukarda
elde ediliini grdmz M&M eitlii bir grafie aktarlabilir. Grafiin x eksenine [S] ve y eksenine
ise hz (v) yani birim zamanda aa kan rn miktar yazlabilir. Tipik M&M eitliine gre,
94

enzim-substrat reaksiyonlarnda (eer enzim miktar sabit, substrat miktar deitiriliyorsa)
hiperbolik bir eri elde edilir ve bu eri aracl ile enzimatik reaksiyonlarn ok nemli kinetik
sabiteleri olan Vmax ve Km hesaplanabilir.
v= Vmax[S]/ (Km+ [S])i veren eri aadaki gibi bir
yap gsterir;
[S]= substrat konsantrasyonu M, mM, nM (daha
seyrek olarak mg/ml veya g/ml) ifade edilir.
v= herhangi bir andaki reaksiyon hzn ifade eder.
Birimi absorbana art/dak, mmol/litre/dak,
mol/ml/dak, nmol/ml/dak gibi bir ok ekilde
ifade edilebilir.
Vmax= Ortamdaki tm enzimin (katalitik blgelerin)
substratla dolu olduu andaki reaksiyon hzn
ifade eder.
Km= Vmaxn yarsna denk gelen [S]dir.
Yukardaki eride grld gibi, reaksiyonlarn Km ve vmaxn tipik hiperbolik M&M erileri ile
tam olarak belirlemek zordur. Bu nedenle orijinal eitlik lineer grafik verecek ekilde sonradan
eitli modifikasyonlara uramtr. Bunlardan
Lineweaver-Burk erisi ve Eadie-Hofstee en yaygn
bilinenleridir. Lineweaver-Burk erisi ksaca M&M
eitliinin ters evrilimi (1e bolunuzu) ile elde edilir
ve grafiin x ekseni 1/[S], y ekseni ise 1/v olarak
iaretlenir. Dolays ile orijinal eitlik,
1/v= 1/Vmax + Km/Vmax (1/[S]) seklini alr.
Yukarda grld gibi, orijinal M&M hiperbolik
erisini veren veriler, Lineweaver-Burk erisinde
grafii lineer bir forma dntrmlerdir ve Km ve
Vmax deerleri sras ile eimin x ve y eksenini kesim noktalarndan hesaplanabilir. Eadie-Hofstee
erisi de lineer bir formdadr. Burada v verileri y ekseninde x eksenindeki v/[S] verilerine kar
konularak eri izilir. Bunun iin de orijinal M&M eitlii,
v= Vmax[S]/ (Km+ [S])
v= -Km v/[S] + Vmax sekline dntrlr. Erinin y eksenini kesen blgesinden Vmax
hesaplanabilirken, x eksenini kesen noktasndan Km hesaplanr.
Yukarda Kmin bilinmesinin veya hesaplanmasnn nemi zerinde durduk. V maxn bilinmesi (veya
hesaplanmas) da eit derecede nemlidir. Farkli enzimlerin karlatrlmas ancak onlarn
Vmaxlarnn karlatrlmas ile mmkndr. Bu da su demektir: ayn molar miktarda olan deiik
enzimlerin maksimum hzlar (yani birim zamanda rne evrilebilecek maksimum substrat
miktar) farkllk gsterir. Buna daha nce deindiimiz gibi enzimin molekler aktivitesi veya
turnover says denir. Bunu bir rnekle izah edersek, kanda karbonik anhidraz ile katalizlenen CO2
+ H2O H2CO3 gibi bir reaksiyonu verelim. Bu enzim katalazla beraber en yksek turnover saysna
sahip olan bir enzimdir. karbonik anhidrazn 1 gnn byle bir reaksiyonda 1.2 x 10-3 mol CO2/dak
Vmaxa sahip olduunu kabul edelim (yani bu miktar enzim dakikada 1.2 x 10 -3 mol CO2yi rne
eviriyor olsun). Bu enzimin molekl arl 30,000 dalton veya kimyasal bir ifade ile 30,000
g/moldur. Dolays ile 1 g enzim, 1 g x (10-6 g/g) x 1 mol/30,000 g= 3.33 x 10-11 mol enzim
95
Blm 6: ENZMLER
demektir. Yani bu kadar mol enzim dakikada 1.2 x 10-3 mol CO2yi eviriyor demektir. Dolays ile
enzimin molekler aktivitesi (turnover says) dier bir deyimle kp veya Vmax/[E], (1.2 x 10-3 mol
CO2/dak)/3.33 x 10-11 mol enzim= 3.6 x 107 mol CO2/dak/mol enzimdir Yani, bir molekl enzim
dakikada 36 milyon substrat (CO2)i rne (H2CO3) evirmektedir.
Hcrede enzim aktivitesini etkileyen en nemli faktrler arasnda ksaca substrat ve rn
konsantrasyonundaki
deiimler,
son-rn
inhibisyonu
(aadaki
ekil),
allosterik
aktivasyon
veya
inhibisyon,
irreversibl
inhibisyon, pH deiimi,enzimin kovalent
modifikasyonu,
enzimin
sentez
veya
paralanmasndaki deiim saylabilir.
Hcre veya vcut pH deiimlerini tamponlama
zellii tasa da (rnein, kanda hemoglobin ve
genelde vcuttaki karbonat tampon sistemi:
CO2nin karbonata dnmn ve karbonatn
bir
tamponlayc
ajan
olduunu
hatrlaynz), ou kez az da olsa hcre
(veya doku) bu pH deiimlerinden dolay
negatif etkilenir. Burada en ok etkilenen
molekller ise, aktiviteleri ancak belli
pHlarda olabilen enzimlerdir. Bir sonraki
sayfadaki ekilde de grld gibi verilen
enzimin her biri belli pHlarda optimal
aktivite gsterirler. rnein pepsin olduka
dk
pHda
(pH=
2.0, midede) aktif bir proteaz (protein paralayan enzim) iken,
ayn enzim ortam pHs ntr olduundan sentezlenmi olduu
hcrelerde inaktif durumdadr.
Baz enzimlerin spesifik metabolitler (metabolik maddeler)
tarafndan inhibisyonu ana metabolizma (glikolizis, krebs,
vb)in reglasyonunda olduka nemlidir. Bu enzimlerin ou
kooperatif olarak regle olan allosterik enzimlerdir. Ancak, Michaelis-Menten (M&M) eitlii
(Bkz. Enzim Kinetigi) eitliine gre davranan (hiperbolik bir aktivite erisi veren) enzimlerin hepsi
kooperatif olmayan enzimlerdir (kooperatif durum iin Bkz. Proteinler: hemoglobinin oksijene
kar ilgisi). Kooperatif olmayan enzimlerin reversibl inhibisyonu grup altnda toplanabilir:
kompetitif (substratla yaran veya aktif blgeye balanan inhibitrden kaynaklanan inhibisyon),
kompetitif olmayan (aktif blgenin dnda bir blgeye balanan, dolays ile substratla ayn
blgeye balanmak iin yarmayan), ve unkompetitif (enzime deil fakat ES kompleksine balanan
inhibitrn sebep olduu inhibisyon). Enzimatik inhibisyon bir ok ila tedavisinde bavurulan bir
yntemdir. Bir enzimin inhibisyon mekanizmas allarak o enzimin kendi substrat iin ne kadar
affiniteye sahip olduu ve inhibisyonun ne tur bir inhibisyon olduu anlalr. Bylece, o enzime
uygun inhibitrler gelitirilebilir. ekilde, sksinat dehidrogenaz iin inhibitr grevi yapan eitli
yaplar verilmitir. Burada, bu yaplarn enzimin doal substratlar olan sksinat veya fumarata
benzerliine dikkat ediniz:
96
Bylece, bu drt madde substratn

baland
aktif
blgeye
balanarak
sksinat
dehidrogenazn sksinat veya
fumarata balanmasna engel
tekil ederler. Ancak, bunlarn
hepsi
kompetatif
inhibitr
olduklarndan,
eer
doal
substrat konsantrasyonunu bu
maddelerin ok zerinde alrsak
enzim yine maksimum hzna
yakn bir hzla alr (yani
sksinat fumarata evirir).
Yandaki grafikte de gsterildii gibi, inhibitrn
varlnda ([I]) veya yokluunda (-[I]), eri y eksenini
(intersept, 1/v ekseni) ayn noktadan keser. Ancak eim
inhibitr (I) varlnda farkllk gsterir ve Km deiir. Bu
grafik tipik bir kompetatif inhibisyon seklini ifade eder
(inhibitrn varlnda Vmax ayn, fakat Km byr).
Dolays ile inhibitrn varlnda herhangi bir
zamandaki hz (v);
v= Vmax [S]/Km (1 + I/Ki) + [S] olur.
Normal M&M iin geerli bu forml, forml yukardaki
ift-tarafl Lineweaver-Burk grafiine uyarlarsak,
1/v=1/Vmax+Km/Vmax (1+ I/Ki)(1/[S]) olur.
Burada Ki (EI kompleksinin ayrm sabitesi, EI E + I), Ki=[E] [I]/[EI]. Dolays ile, kompetatif
inhibitrn varlnda yukardaki erinin eimi (1+[I]/Ki) kadar artmaktadr (Km deerinde ayn
oranda art gzlenir). rnein, Km deeri 1 x 10-4 M olan bir enzim 1 x 10-4 M [S] varlnda hz v=
Vmax/2 iken, Ki deeri 1 x 10-3 olan 2 x 10-3 M [I]
varlnda ayn enzimin hz, v= Vmax/4 ve
yaklak Kmsi de3 x 10-4 M olacaktr.
Yandaki grafikte verildii gibi, kompetatif
olmayan inhibisyonda ise Vmax azalrken, Kmde
deiiklik olmaz:
Eim (Km/Vmax), inhibitr varlnda kompetatif
inhibisyondaki gibi artmakta, ve bu art Vmax
deitirirken, Km etkilememektedir. Bu eit
inhibisyonun kompetatif inhibisyondan dier bir
fark substrat konsantrasyonu art ile inhibisyon nlenemez. Yani kompetatif inhibisyona nazaran
daha kuvvetli bir inhibisyondur. nk, inhibitr ve substrat enzim zerinde farkli blgelere
balanrlar. Kompetatif olmayan inhibisyonda herhangi bir zamandaki hz (v);
1/v=1/Vmax(1+I/Ki) +Km/Vmax(1+ I/Ki)(1/[S])
Enzim Kinetigi fizyolojik neme sahiptir
97
Blm 6: ENZMLER
Eer bir enzimin hcre ii substrat konsantrasyonunu biliyorsak, o enzimin Km deerinden enzimin
substrat ile doyurulmu durumda olup olamadn anlayabiliriz. Bunu bilmek bu enzimatik
reaksiyonun metabolik bir yolda oran-belirleyici basamak olup olmad konusunda da bize bilgi
verir. Bu eit enzim Kinetigi ile belirlenen nemli reaksiyonlardan biri glukozun glukoz-6-fosfata
fosforilasyonudur. Glukoz kullanan tm hcrelerde bu is hekzokinaz enzimi ile olur (bu enzimin
glukoz iin Kmsi 500 Mdir). Ancak karacier hcreleri (hepatositler) ayn reaksiyonu katalizleyen
ikinci bir enzim (glukokinaz)e sahiptir ki bu enzimin glukoz iin Km deeri 100 mMdir. Dier bir
fark ise, glukoz-6-fosfat hekzokinaz inhibe ederken, glukokinaz etkilemez. Alk halinde, kan ekeri
seviyesi 40 mM kadardr ve hekzokinaz tamamen doyurulmu halde bulunur ([S] Kmin 80 misli
kadardr). Bu nedenle hekzokinaz maksimum aktivite ile kendi aktivitesini inhibe edecek glukoz-6fosfat ortamda birikinceye kadar alacaktr. Karbonhidrat bakmndan zengin bir yemekten sonra
kandaki glukoz konsantrasyonu 100-120 mMya kadar kar. karacier glukokinaznn Kmi 100 mM
olduundan glukoz konsantrasyonu arttka bu enzim hz da artarken, dk Km deerine sahip
hekzokinaz nemli bir miktarda substrat evirimi yapamaz. Bu nedenle fazla glukoz balangta
glukoz-6-fosfat olarak karacierde birikecek ve daha sonra glikojene evrilecektir. Bu kinetik
sistemin bizler iin nemi, hormonal kontrole gerek olamadan kandaki fazla glukozun karacierde
bir nevi inaktif forma dntrlmesidir.
ZML SORULAR
1. Bir hcre ekstresinin protein ierii 20 mg/mldir. Toplam 0.5 ml reaksiyon karmnda bulunan 10
mikrolitre (l) extrakt dakikada 30 nmol rn oluumunu katalizlemektedir. a. reaksiyon hzn (v)
nmol/dak/reaksiyon, nmol/ml/dak, nmol/l/dak, mol/l/dak cinsinden hesaplaynz. b. ayn miktar
extrakt toplam 1 ml reaksiyon karmnda olsayd, reaksiyon hz ne olurdu? c. nite/ml cinsinden
extrakttaki enzim konsantrasyonu ne olurdu? d. enzimin spesifik aktivitesi nedir?
2. Bir enzim reaksiyonunda spesifik aktivite 42 nite/mg protein olarak bulunmutur. Solsyonun
protein konsantrasyonu 12 mg/mldir. a. 20 l, b. 5 l solsyon ieren ve toplam hacmi 1 ml olan
reaksiyonlarn hzn (v) hesaplaynz.
3. Elinizde saf bir enzim bulunmakta ve bunun 1 mikrogram bir reaksiyonu 0.5 mol/dak orannda
katalizlemektedir. Molekl arl 92,000 olan bu enzimin spesifik aktivitesini a. nite/mg protein
(enzim), nite/mol cinsinden hesaplaynz. b. enzimin turnover says nedir? c. bir dakikadaki katalitik
cevirim says nedir?
4. Michealis-Menten eitliini kullanarak,
a. [S] >> Km olduu zaman von [S]den bamsz olduunu
b. [S] <<Km olduu zaman reaksiyonun S itibar ile birinci derecede olduunu
c. vo Vmaxn yars ise [S]=Km olduunu gsteriniz.
5. Alfa-kimotripsinin (E) tirozin benil ester (S)le reaksiyonu sonucu gzlenen hzlar 6 farkl substrat
konsantrasyonu iin belirtilmitir:
mM [S]
0.00125
0.01 0.04 0.10 2.0
10
vo (mM/dak) 14
35
56
66
69
70
Bu enzimin Vmax ve Km deerlerini hesaplaynz.
6. a. Neden kcat/Km deeri bir enzimin katalitik etkinliini lmede baz alnr?
b. Enzimlerin kcat/Km deerleri iin st snr nedir?
98

c. kcat/Km deerleri st snra yaklaan enzimlerin mkemmel katalzrler olduu sylenir. Neden?
7. M-M kinetii ile uyumlu bir enzimin Km deeri 1 Mdr. 0.1 M dak-1 balang hzna 100 M
substratla varlmtr. a. 1 mM, b. 1 M ve c. 2 M substrat konsantrasyonunda reaksiyon hz?
8. (a) Fumaraz bir Krebs dngs enzimi olup fumaratn malata dnmn katalizler. Aada bu
enzimin deiik substrat (fumarat) konsantrasyonlarnda verdii reaksiyon hzlar verilmitir. Bu
verilerden yararlanarak bir Lineweaver-Burk eirisi olutur ve buradan enzimin Vmax ve Km deerlerini
belirle.
Fumarat (mM)
Reksiyon oran (mmol L-1 dak-1)
2.0
2.5
3.3
3.1
5.0
3.6
10.0
4.2
(b) Fumarazn molekl arl 194,000 olup 4 benzer alt niteden yaplmtr. Her bir alt nitede bir
adet katalitik blge bulunmaktadr. Eer yukarda (a) kknda veilen deneydeki enzimin
konsantrasyonu 1 x 10-8 M ise, fumarazn fumaratla reaksiyonundaki kcat deerini hesaplaynz. (Not.
kcat deerlerinin saniye-1 cinsinden olduuna dikkat ediniz).
9. P450 sitokrom ailesine ait monooksigenazlar yabanc maddelerin paralanp vcdumuzdan
uzaklatrlmasnda grev yaparalar. P450 enzimleri zelikle karacierde etkindirler. Hemen piyasaya
srlen her ilacn P450 sistemi tarafndan yklabildii gsterilmelidir. Bu sistemle ykld bilinen
sedatif bir ila midazolamdr. Bu ila P450 sistemi ile hidroksillenmi bir rn olan 1hidroksimidazolama evrilir.
Midazolam
rn oluumu (pmol-1 0.1 M ketokonazol varlnda rn oluumu
dak-1)
(M)
(pmol-1 dak-1)
1
100
11
2
156
18
4
222
27
8
323
40
(a) lk iki stundaki verileri gz nne alarak Lineweaver-Burk erisi ile enzimin Km ve Vmaxn
hesaplaynz.
(b) Ketokonazol funguslar zerine etkili bir madde olup, midazolamla birlikte verildiinde iddetli ila
alerjisine sebep olur. Tablodaki deerlerden bu antifungal maddenin midazolamla olan ila
hidroksilasyonu nasl etkilenmektedir?
SORULAR
1. sledikleri substratlara nazaran enzimler neden olduka byk molekllerdir? (rnein,
hekzokinaz 52,000 dalton iken, bu enzimin substrat olan glukoz sadece 180 daltondur).
2. Hemen her gn kullandmz deterjan, di macunu, sentetik renkle kapl ekerler, bira gibi
rnlere eitli enzimler sonradan ilave edilir. Bunlar ne tur enzimlerdir ve neden
kullanlrlar?
3. Hemen btn enzimlerin aktivitesi su ortamnda olur. Enzimler organik solventlerde
(etanol, metan, btanol, vb.) bu aktivitelerini tamamen kaybederler. Ancak uygun olmayan
artlar (rnein, yksek s) altnda organik solventler enzimin yapsnn kararl halde
kalmasn salarken, sulu ortamlar enzimlerin denaturasyonuna (aktif yaplarnn
bozulmas) daha kolay sebep olurlar (rnein, ou enzim sulu ortamda 100 oCde annda
tamamen denature olup inaktif duruma gelirken, sadece % 0.01 su ieren butanol iinde
ayn sda 12 saat boyunca tutulup uygun ortama alndklarnda orijinal aktivitelerinin en az
%50sine hala sahip olduklar grlr). Neden?
99
Blm 6: ENZMLER
4. Elde ettiiniz bir enzimin M&M bantsna gre hareket ettiini varsayn. [S]in a) Km, b)
Km, c) 2 Km, d)1/10 Km, e)10 Kme eit olmas durumlarnda Vmaxn< % ka gzlenir?
5. Aadaki deneysel verileri kullanarak grafik kadnda Leenwaver-Burk erisini iziniz ve
Km ve Vmaxin a) inhibisyonlu, b) inhibisyonsuz reaksiyonda ne olduklarn hesaplaynz. c)
reaksiyonun inhibisyon ekli nedir?
[S]
v(inhibisyonsuz)
v(inhibisyonlu)
(mM)
(mol/dak/mg)
(mol/dak/mg)
3.0
2.29 x 10-3
1.83 x 10-3
-3
5.0
3.20 x 10
2.56 x 10-3
-3
7.0
3.86 x 10
3.09 x 10-3
9.0
4.36 x 10-3
3.49 x 10-3
11.0
4.75 x 10-3
3.80 x 10-3
-5
6. Bir enzimin Km deeri 4.7 x 10 Mdir. Eer reaksiyonun Vmax 22 mol/l/dak ise,
substratn 2 x 10-4 M olduu bir reaksiyonda a) 5 x 10-4 M kompetatif inhibitr, b) 5 x 10-4 M
kompetatif olmayan inhibitr varlndaki hzn hesaplaynz (Not: hem kompetatif ve hem
de kompetatif olmayan inhibitr iin Kiyi 3 x 10-4 M olarak kabul ediniz). c) her iki durumda
inhibisyon derecesi (%) nedir?
7. Substrat konsantrasyonu 1.5 x 10-3 M olan enzimatik bir reaksiyonda % 75 inhibisyon
salamak iin Ki deeri 2 x 10-5 M olan inhibitrn konsantrasyonunun ne olmas gerekir?
(Enzimin Km deerini 2.9 x 10-4 kabul ediniz)
cevap: 3.7 x 10-4 M
100
7 HORMONLAR, NROTTRANSMTTERLER VE
AKTF PEPTDLER
Hormonlar nroendokrin sistem (yani sinir hcresi olarak bilinen nronlar ve eitli salg bezleri)
tarafndan yaplrlar. Hormonlar zellikle yksek yapl hayvanlarda sinyal iletimi, davran ve
enerji metabolizmasnda nemli roller stlenmilerdir ve kanla hedef dokulara tanrlar
(metabolizmann hormonal reglasyonu ikinci dnem daha detayl islenecektir).
Ekstrasellar (hcre d) sv ve kanda hormonlarn konsantrasyonu genellikle 10-9-10-15 M
konsantrasyonda bulunur. Bu konsantrasyon dier benzer yaplarla (rnein, glukoz, amino asitler,
peptidler, proteinler, 10-3-10-6 M) karlatrldnda olduka dk bir konsantrasyondur. Bu
nedenle hcreler bu kadar dk konsantrasyonda bulunan moleklleri hem kendi aralarnda ve
hem de dier benzer molekllerden ayrt etmek zorundadrlar. Hcreler bu tanmay hcre
membrannda yerleik alc yaplarla salarlar. Bu alc molekller protein olup reseptr olarak
adlandrlrlar. Hcresel seviyede hormonun etkisi onun kendine has reseptre balanmas ile
balar.
En basit prokaryotik hcrede bile herhangi bir zamanda
zt metabolik yollarn ilememesi iin metabolik olaylarn
koordineli olarak dzenlenmesi gerekir. Bylece
organizma deien evresel artlara uyum salar
(rnein, deien besin miktar ve eidi). Ayrca,
organizmann genetik olarak programlanm byme
ve remesi iin gerekli metabolik aktivitenin olmas
arttr. ok hcreli organizmalarda, hcrelerin birbiri ile
iliki iinde olmas gerekir ve dolays ile bu canllarda
enerji yapm ve kullanm daha karmaktr. Bitki ve
hayvanlarda bu durumun deiik doku ve organlara
paylalmas ile stesinden gelinir. Hayvanlarda eitli
dokular aras iliki sinirsel ve hormonal sinyallerle olur. Bu eit reglatr sistemler hcreleri
basite aktive veya deaktive etmezler. Bunun yerine, bu reglatr sistemler etkilerini sonsuz sayda
uyarlarla yaparlar. Herhangi bir hcrenin bir uyarya cevab onun alglam olduu sinergistik
(dayanmal,
kooperatif)
veya
antagonistik
(sinergizmin tersi) sinyale baldr.
Hormonlar kimyasal yap, eriyebilirlik, reseptrlerinin
lokalizasyonu ve hcre iinde verdikleri hormonal
sinyalin tabiatna gre eitli gruplar altnda
snflandrlabilirler. Esas olarak hormonlar hcre ii
reseptrlere sahip lipofilik (yada eriyen) hormonlar
grup 1, hcre membrannda yerleik reseptrleri olan
peptid hormonlar grup 2 olarak snflandrabiliriz.
101
Blm 7: HORMONLAR, NROTRANSMTTERLER ve AKTF PEPTDLER

Lipofilik hormonlarn hemen hepsi (T3 ve T4 tiroid hormonlar
hari) kollesterol trevleridir ve dolays ile suda erimezler.
Bunlar eitli proteinlere balanarak dolam yolu ile hedef
dokulara tanarak etkilerini orada gsterirler.
Bunlardan balcalar cinsiyet geliimi ve fonksiyonunu
salayan androjenler (testosteron) ve strojenler (stradiol),
karbonhidrat, protein ve lipid metabolizmasnda nemli
fonksiyonlar olan Glukokortikoidler (rnein, kortizol veya
kortizon) ve bbrekler tarafndan su ve tuz atlmn dzenleyen mineralo-kortikoidlerdir
(rnein, aldosteron).
Hormonlarn kimyasal yaplarna gre:
1) Peptid veya protein yapsndaki hormonlar:
Hipotalamus hormonlar, hipofiz n lop ve arka lop
hormonlar, pankreas hormonlar, parathormon,
kalsitonin, hormon olarak kabul edilen gastrointestinal
polipeptidler.
2) Amino asit trevi hormonlar: Adrenal medlla
hormonlar (Katekolaminler), tiroit hormonlar (T4 ve
T3)
3) Steroid hormonlar: Adrenal korteks hormonlar (Kortikosteroidler), cinsiyet hormonlar.
4) Eikozanoidler: Prostaglandinler, lkotrienler, tromboksanlar olarak snflandrlabilirler.
Baz hormonlar, etkilerini hcre yzeyindeki reseptrlere balanarak gsterirler; baz hormonlar
ise nkleer dzeyde veya gen aktivasyonu suretiyle gsterirler. Etkilerini hcre yzeyindeki
reseptrlere balanarak gsteren hormonlarn bazlar intraselller ikinci haberci olarak cAMP
zerinden etkili olurlar, bazlar intraselller ikinci haberci olarak Ca2+ zerinden etkili olurlar.
cAMP ile Ca2+ ilikisi de gsterilmitir; cAMP, mitokondri gibi hcre ii Ca2+ depolarndan sitozole
Ca2+ mobilize eder; dolaysyla adenil siklaz aktive eden baz hormonlar cAMP zerinden etkili
olduklar gibi Ca2+ zerinden de etkili olurlar. Etkilerini hcre yzeyindeki reseptrlere balanarak
gsteren hormonlarn bazlarnn ise intraselller ikinci habercisi kesin deildir. Ancak, bu
hormonlarn etkilerinin ortaya kmasnda, G proteinler denen proteinler nemli rol oynar.
cAMP zerinden etkili olan hormon, hedef hcreye gelir ve hedef hcrenin plazma membranndaki
spesifik reseprrle birleir. Hedef hcre plazma membranndaki adenilat siklaz enzimi aktive olur.
Aktif adenilat siklaz, Mg2+ varlnda ATPden cAMP oluturur. cAMP, hormonal etki oluturmak
zere ikinci haberci olarak hcre iine girer. Hcre iine giren ikinci haberci cAMP, kendine zg
protein kinazlar aktive eder. Aktif protein kinaz, enzim ve transport proteinleri gibi selller
substratlar fosfatlayarak aktifler. Aktif son enzim etkisiyle ilgili reaksiyon yrr ve bylece
hormona zg biyolojik etkiler ortaya km olur.
Hcre ii ikinci haberci olarak Ca2+ zerinden etkili olan hormonun uyarsyla ekstraselllerden
intraselllere Ca2+ geii olur veya intraselller Ca2+ depolarndan sitozole Ca2+ mobilizasyonu olur
ve bylece intraselller Ca2+ konsantrasyonu artar. ntraselllerde artan Ca2+, kalmodulin denen
reseptr proteinle birleir. Oluan kompleks, ilgili Ca2+ baml enzimin aktivitesini modifiye etmek
zere enzim ile etkileir. Kalsiyuma baml protein kinaz, adenilat kinaz, Ca 2+/Mg2+ATPaz,
Ca2+/fosfolipid baml protein kinaz, glikojen sentaz, gliserol-3-fosfat dehidrojenaz, pirvat kinaz
gibi enzimlerin etkili olduu metabolik olaylar etkilenir.
102

Etkilerini nkleer dzeyde vaya gen aktivasyonu suretiyle gsteren hormonlar, steroid hormonlar
ve tiroit hormonlardr. Etkilerini nkleer dzeyde vaya gen aktivasyonu suretiyle gsteren hormon,
plazma membranndan diffzyon yoluyla hcre iine girer. Hormon, spesifik sitoplazmik reseptr
ile birleir ve hormon-reseptr kompleksi oluur. Hormon-reseptr kompleksi aktive olur. Aktif
hormon-reseptr kompleksi nkleusa transfer olur ve nkleer kromatin ile reaksiyonlaarak
genoma balanr. Spesifik protein sentezi iin mRNA uyarlr. Ribozomlarda spesifik protein sentezi
artar. Yeni sentezlenen proteinler ile, selller ilevlerde deiiklikler ve bylece hcrenin hormona
yant oluur. Tiroit hormonlar, nkleer dzeyde hormonal etkiyi ksa yoldan baarrlar; sitozoldeki
basama atlarlar; hormon-reseptr kompleksi olumaz ve hormon, nkleer kromatindeki genoma
direkt balanr.
Glukokortikoidler ve mineralokortikoidler bbrek st bezin d tabakasndan (adrenal korteks)
sentezlenirler. D vitamininin eitli formlar gerekte birer hormon olup sterol trevleridirler.
Bunlar, steroidin B halkasnda 9. ve 10. karbon arasndaki ban krlmas ile meydana gelirler.
Hayvanlarda D2 vitamini (ergokalsiferol) deri altnda enzimatik olmayan bir yolla kollesterolun
(bitkilerden alm olduumuz ergsterolun) B halkasnn UV (mor tesi) kla krlmas sonucu
oluur (230 ila 313 nm dalga boylar arasnda). D3 vitamini de (kolkalsiferol) benzer ekilde oluur.
Hem D2 ve hem de D3 inaktiftirler ve bunlarn aktivasyonu karacier ve bbrekte enzimatik birer
hidroksilasyonla olur (1. ve 25. karbon atomlarna
sras ile bbrek ve karacierde hidroksil grubu
eklenmesi ile). D vitamininin esas fonksiyonu Ca+2
metabolizmasn dzenlemesidir. Aktif D vitamini
besinlerle alinmi kalsiyumun ince barsakta
absorpsiyonunu ve kemiklerden salnmn stimule
eder. D vitamini eksiklii ocuklarda kendini
geliim bozukluu ve raitizm adi verilen kemik
yap deformasyonu eklinde gsterir. Hayvansal
yalarla veya yeterli mor tesi a maruz
kalmakla bu durum nlenebilir (ancak mor tesi
yukarda verilen dalga boylarnda olduka etkilidir
ve deri kanseri gibi birok duruma neden olabilir. Dolays ile direkt UV radyasyonu yerine gnee
belli oranda maruz kalmak yeterli olacaktr). Yine lipofilik hormon grubuna giren tiroid
hormonlar (T3 ve T4) ise amino asit tirozinden sentezlenirler.
Tiroid hormonlar metabolik enerji stimulatrleri olduklarndan, bu hormonlarn eksiklii bazal

metabolik orann dmesine, fazlalklar ise artmasna neden olur. Bu grubun hormonlar serbest
olarak hcre membranndan geer ve sitoplazmadaki veya nkleustaki proteinlere
balandklarndan plazma yar mrleri uzundur. Sitoplazmada veya nukleoplazmada reseptrleri
ile birleirler. Bu yapya ligand-reseptr kompleksi denir ve hcre ii mesaj molekl olarak
103

grev yapar. Bu kompleksler nkleusa geerek DNA zerinde kendine zel blgelere balanarak
ilgili geni ya aktive ya da deaktive ederler.
Hormonlarn ou suda eriyebilir tabiatta olan ve
transport proteinleri ile birlemeyen formdadrlar.
Dolays ile plazma yar mrleri ksadr. Birinci
grup hormonlarn tersine, bu hormonlar (grup 2)
sitoplazmaya gedmezler ancak membran zerindeki
kendilerine zg reseptrlerine balanabilirler. Bu
hormonlarn hemen hepsi peptid yapdadr ve 3300 amino asit uzunluunda olabilirler. Insulin
(glukoz alm ve kullanmn stimule eder), glukagon
(karacierde glukoz yapmn stimule eder),
somatostatin (glukagon ve nsulinin pankreas
tarafndan yapmn inhibe eder), vazopressin (kan
basncn arttrr, bbrekler tarafndan suyun
reabsorpsiyonunu stimule eder), kortikotropin bu
tr
hormonlardr.
Bu
hormonlarn
etki
mekanizmas en iyi hcre ii ikincil mesaj moleklleri ile aklanabilir. Bir ok byle hormon iin
cAMP ikincil mesaj molekl olarak gorev yapar. Bu molekl adenilat siklaz enzimi ile ATPden elde
edilir.
Etki mekanizmalarna gre hormonlar:

1. Grup: Hcre ii reseptrlere balanan hormonlar; androjenler, strojenler,
Glukokortikoidler, progestinler, tiroid hormonlar (T3 ve T4).
2. Grup: Hcre yzeyindeki reseptrlere balanan reseptrler; A. cAMPyi ikincil
mesajc olarak kullanlanlar; Asetilkolin, adrenarjik katekolaminler, ACTH, anjiotensinler,
glukagon, PTH, TSH.
B. Kalsiyumu veya fosfat ikincil mesajc olarak kullanlanlar; Gastrin, oksitosin,
vazopressin. C. Hcre ii mesaj molekl bilinmeyenler; EGF, FGF, byme hormonu,
inslin.
eitli hormonlar hcre ii cAMPnin ya artsna ya da

azalsna neden olabilir. rnein epinefrin kas
hcrelerinde nemli cAMP artsna neden olurken,
glukagon tam tersi bir etki yapar. Bu art veya azal
daha ok ilgili hormon tarafndan adenilat siklaz
enziminin aktivitesinin dzenlenmesi ile olur. Bu durum
104

hormonun hcre yzeyinde yerleik reseptre balanmas sonucu oluan sinyal sisteminin adenilat
siklaz enzimini aktive veya deaktive etmesi eklinde olur. Bu sinyali tayan balca molekller Gproteinleri olarak bilinirler (GTP-baml proteinler). Bu proteinlerin konformasyonal zelliine
gre hcre membrannn sitoplazmaya bakan yzeyi zerinde bulunan adenilat siklaz ya aktive olur
ya da inaktive (deaktive) olur:
Prokaryotik hcrelerde cAMP katabolit reglatr protein (CRP) olarak adlandrlan zel bir
proteine balanr. CRP direkt olarak DNAya balanarak gen ekspresyonunu (transkripsiyonunu)
etkiler. Okaryotik hcrelerde cAMP bir protein kinaza balanr (kinazlar bildiiniz gibi
balandklar maddelere veya substratlara fosfat grubu eklerler yani fosforilaz enzimleridirler).
cAMPnin protein kinaza balanmas genellikle onlarn aktivitesini arttrr. Yukarda verildii gibi,
bir ka hormonun atks kalsiyum veya fosfat iyonlar ile dzenlenir. Bildiiniz gibi kalsiyumun ayn
zamanda kas kaslmas, kan phtlamas surecinde, baz enzimlerin aktivitesi ve membran elektrik
iletiminde nemli fonksiyonu vardr. Aktivitesi kalsiyumla dzenlenen en iyi bilinen proteinlerden
biri kalmadulindir. Yap (alfa- sarmal) ve fonksiyon olarak bir kas proteini olan troponin Cye
benzeyen kalmadulin, 17,000 daltonluk byklkte dzenleyici bir proteindir ve 4 adet Ca +2
balama blgesine sahiptir. Kalsiyumu balamas ile oluan konformasyonal deiim bu proteinin
dier proteinleri (rnein, kinazlar) aktive etmesini dzenler. Ca-kalmadulin, dz kaslardaki aktinmiyozin komplekslerinin regulasyonundan, hcre hareketine, mitoz ve endositozise kadar birok
biyoprosesde rol oynar.
NROTRANSMTTERLER
Nrotransmitterler sinir sisteminde sinaptik aktarmdan sorumlu sinyal moleklleridir. Nronnron veya nron-kas arasndaki hzl sinaptik aktarm genellikle katekolamin
nrotransmitterler (adrenalin, noradrenalin ve dopamin), uyarc amino asitler (glutamat ve
aspartat), hidroksitriptamin (serotonin) ve -amino butirik asit (GABA)dir. Nronlar aras
komnikasyonu salayan dier maddeler arasnda nkleotid ve nkleosidler (ATP, adenozin),
nitrik oksid (NO)in serbest radikalleri ve eitli kk nropeptidler (opioidler, P maddesi)
saylabilir. Katekolamin (monoamin) nrotransmitterler olan dopamin, noradrenalin ve
adrenalinlerin 3u de dihidroksifenil (iki hidroksil grubu ieren benzen halkas) yapya sahiptirler:
ekil: Katekolaminler. Bu halkasal yapya katekol
denir. Bunlarn 3 de tirozin amino asidinden
sentezlenirler.
Dopamin zellikle hareket ile ilgili bir
nrotransmitterdir. Beyinde bu molekl yapan
hcrelerin olumu halinde ortaya kan en nemli
fonksiyonel bozukluk Parkinson hastal olarak
bilinir (kontrol edilemeyen ar titreme eklinde
kendini gsterir). izofreni gibi karmak ruhsal
bozukluklarda da dopaminin rolnn olduu
sanilmaktadir. Adrenalin ve noradrenalin (dier
isimleri ile epinefrin ve norepinefrin) hem birer
hormon ve hem de bir nrotransmitter olarak
davranrlar. Beyinde salglanan epinefrin daha ok
nrotransmitter olarak davranrken, adrenal bez (bbrek st bezi) tarafndan salglanan epinefrin
hormon (adrenalin) olarak davranr. Hormon olarak hareket eden eitli dokulardaki hcre
yzeyindeki adrenarjik reseptrlere balanr ve kas ve karacier hcrelerinde glikojen
105

ykmndan, kalbin atn hzlandrmaya kadar birok fonksiyonda bulunur. Serotonin de
katekolamin nrotransmitterler gibi
ancak tirozinin yerine triptofan amino asidinin
hidroksilasyonu ve dekarboksilasyonu ile oluur (bir katekol halkasna kaynam azotlu 5li halka).
Hem nral ve hem de nral olmayan hcreler tarafndan sentezlenebilir.
Nitrik oksit bir gaz molekl olup hem nronlar ve hem de dier hcreler tarafndan arjinin amino
asidinden yaplr (nitrik oksit sentaz enziminin katalizledii bir reaksiyonla). Nitrik oksit kas
gevemesi, kas sertlemesi gibi birok olayda rol alr. Ancak, nitrik oksidin serbest radikalleri
(rnein, NO-, NO+) birok nrotoksik sonular ortaya karabilir (nron paralanmasna sebep
olmas, superoksit anyonlar ile birleip toksik peroksi nitrat yapmas gibi). P maddesi dz kas
kaslmasndan ve ary hissetmeye kadar bir ok fonksiyona sahip kk aktif bir peptiddir ve sinir
hcreleri (nronlar) tarafndan salglanr. G-proteinlere bal reseptrlere balanr. Opioid
peptidlerinin memelilerdeki ana snf endorfinler, enkefalinler ve dinorfinlerdir. Bu
peptidler hem beyinde ve hem de periferal dokularda bulunmaktadrlar ve ardan strese kadar
birok olay kontrol ettikleri ynnde deliller vardr.
SNYAL LETMNN MOLEKLER MEKANZMASI
Gn getikce yeni hormonlar kefedilmekte ve bunlarn sebep olduu fizyolojik ve biyokimyasal
olaylar aydnlatlmaktadr. Bu kadar farkli saydaki hormonun etki mekanizmas ise benzerlikler
gsterir. Steroid hormonlar hidrofobik (yams) karakterlerinden dolay hcre membranndan
serbeste hcre iine geip kendilerine zg reseptrlere balanrken, hcre yzeyinde d
membrana bal reseptrlere balanarak etki eden peptid hormonlar ve katekolaminler
etkilerini hcre iine ikincil (sekonder) mesaj (sinyal) moleklleri ile iletirler. Bu mekanizmalardan
en iyi anlalanlardan biri cAMPnin ikincil (sekonder) mesajc olarak kullanld epinefrinin
hcreleri etkileme mekanizmasdr. Epinefrin ve norepinefrin stres durumunda bbrek st bezi
tarafndan kana salnan dv veya ka hormonlar olarak bilinirler. Bu hormonlar iki eit
reseptre sahiptirler: adenilat siklaz enzimine bal -adrenarjik reseptr ve ikincil mesajcs
hcre ii kalsiyumun artna sebep olan -adrenarjik reseptr. -adrenarjik tip reseptre sahip
olan kas hcreleri epinefrinle uyarldklarnda glikojenin yklm (glikolizis ile) stimule edilir ve
bylece yaplan ATP kaslarn stresinin azaltlmasnda yardmc olur.
Savun veya ka durumu karacierde ve kas dokusunda epinefrinin sebep olduu iki durumla
aklanr. Karacierde glikojen paralanmasnn son rn glukoz iken, iskelet kasnda piruvattr.
Savun veya ka durumunda, kas aktivitesinin gereklemesi iin glikolitik prekursorlerin yksek
oranda bulunmas gerekir. Dier taraftan karacier oluan glukozu kana vererek kan ekerini belli
bir oranda tutmak zorundadr. Glukoz-6-fosfattan glukoz yaplr ve karacier hcrelerinden
(hepatositler) kana salnr.
nsulinin etki mekanizmas glukagonunkine tam zt bir etki gsterir. Yani, nsulinin salglanmas kan
ekerinin etkin kullanm veya glikojene evrilimi ile sonulanr.
106
8 LPDLER
Biyolojik lipidler birok farkl kimyasal
yapda bulunabilirler. Ancak, lipidlerin
en yaygn bilinen zellikleri sudaki
erimezlikleridir. Bu hidrofobik (suda
erimeyen) zelliklerinden dolay dier
biyolojik molekllerden hem yap ve
hem de fonksiyonel farklar gsterirler.
Lipidlerin fonksiyonlar da, kimyasal
yaplar gibi farkllklar gsterir.
Trigliseroller (trigliseridler) depo edilen yalar

olutururken,
fosfolipidler
ve
steroller
biyomembranlarn (hcre zari) % 50 sini olutururlar.
Dier lipidler canlda veya hcrede az miktarlarda
bulunurlarsa da, bunlarn enzim kofaktrleri, elektron
tayclar, k absorbe eden pigmentler, baz hormonlar
ve hcre ii mesaj moleklleri olarak davrandklarndan olduka nemlidirler.
Depo edilen yalar
olduka
redklenmi eitli
ya asidi
trevlerinden
olumulardr. Ya asitleri genelde 12-24 karbonu
hidrokarbon zincirine sahip karboksilik asitlerdir (bir alkil
zincirin ucunda bir karboksil grubu (COOH) vardr). Yksek
bitki ve hayvanlarda en ok bulunan ya asitleri C16 ve C18
atlardr. rnek, palmitik asit (16:0):
Baz ya asitleri yukarda olduu gibi doyurulmuken

(yani yapda ift bag bulunmaz) ve dallanmam bir yap
gsterirken [rnein, palmitik asit (16:0) ve stearik asit
(18:0)],
Dier bazlarnda bir veya bir ka ift ba bulunur ki
bunlara doymam ya asitleri denir. rnein, oleik asit
(18:19):
107
Blm 8: LPDLER
Lipidlerdeki ya asidi zincirini tanmlamada kullanlan

bu eit numaralandrma metodunda ilk rakam
zincirdeki toplam karbon saysn gsterirken, iki
noktadan sonraki rakam ise ift ba saysn ve delta
iaretinin stndeki rakam ise ift ban pozisyonunu
(karboksil ucundan balayarak kanc karbonda ift ban olutuu) gsterir.
rnein, palmitik asit (16:0), 16 karbondan oluur ve hi ift ba tamaz. Ancak, oleik asit (18:19),
18 karbondan olumakta ve 1 adet ift bag iermekte ve bu ift bag karboksil ucundan (COOH)
balanarak 9. karbonda (yani dokuzuncu karbonla onuncu karbon arasnda) bulunur.
Doymu ya asitleri ile doymam ya asitleri arasndaki en nemli yapsal fark, doymu ya asitleri
dz zincirli olduklarndan daha youn paketlenmi durumda bulunurlar. Bu younluk, doymam
ya asitlerinde ift ban yapda sebep olduu kivrilmadan dolay bulunmaz. youn paketlenen
yalar (yani hi veya az sayida ift bag tayanlar) ileri derecede doymam ya asitleri ieren
yalara gre suda daha az erirler.
rnein, stearik asit (18:0) 70 oC,
oleik asit (18:1) ise 13 oC erime
scaklna sahiptir. Bu nedenledir
ki, oda scaklnda doymam ya
asidi ieren yalar sv halde
bulunurken,
doymam
ya
asitlerinden meydana gelen yalar
kati
veya
mumumsu
halde
bulunurlar. Dolays ile, aada da
verildii gibi hcre zarnn sv
mozaik halini korumas daha ok
doymam ya asitleri iler mmkndr ve doymu ya asitlerinin doymam ya asitlerine oran bu
durumun salanmasnda nemlidir.
ekil: Doymu ve doymam ya
asitleri. En stte bulunan ve
doymu bir ya asiti olan
stearik asitte tm molekller
gsterilmitir. Hemen altnda
ise ayn ya asitinin daha
yaygn kullanlan gsterimi
vardr. Karbon atomlar, ya
karboksil
grubundan
balanarak numaralandrlrlar
ya da karboksil grubuna bitiik
karbon atomundan balanarak
yunan lafabesinin harfleri ile
balanara iaretlenirler. r.
Yunan alfabesinde ilk hatf alfa
() olduundan, karboksil
grubuna bal ilk karbon alfa
karbonu, daha sonraki beta ()
karbonu eklinde bir iaretleme ile devam edilerek belirtilir. Zincirin sonundaki metil karbonu zincirin
108

uzunluuna baklmakszn -karbonu (omega karbonu) olarak adlandrlr. (18) ve (20) toplam
karbon saysn ifade ederken, iki noktadan (:) sonra gelen say ift ba saysn ifade eder. r. 18:0, 18
karbonluk ve hi ift ba iermeyen bir ya asitini ifade ederken, 18:19 ya asiti zincirinin yine 18
karbondan olutuunu fakat, karboksil ucundan balayarak 9. pozisyonda (yani 9 ila 10. karbonlar
arasnda) bir ift ba olduunu ifade eder.
Ayrca, hcreler ortam artlarna gre (rnein, s) bu oranlar deitirme zellii tarlar. Hayvan
ve bitkilerdeki ya asitlerinin yarsndan fazlas doyurulmam ya asitleridir (yani bir veya
genellikle birden fazla C=C ift ba tarlar).
Tablo: Baz nemli ya asitleri ve erime dereceleri
Doymu ya asitleri
Erime noktas, (0C)
12:0Laurik asit
(Hindistan cevizi)
44
14:0 Milistik asit
52
16:0Palmitik asit (tm yalar)
63
18:0 Stearik asit
(tm yalar)
70
20:0 Arasidik asit (fstk ya)
75
22:0 Behenik asit (tohumlar)
81
24:0 Lignoserik asit (fstk yai)
84
Doymam ya asitleri
16:1 Palmitoleik asit (tm yalar)
-1
18:1 Oleik asit (tm yalar)
13
18:2 Linoleik asit (bitkisel yalar)
-9
18:3 Linolenik asit
-17
20:4 Arasidinok asit
-50
24:1 Nervonik asit
39
Ya asitlerinden meydana gelmis en basit yalar triacilgliserollerdir.
Bunlara ayrca trigliseridler de denir (gliserolun ya asidi triesterleri).
Bir ya molekl (trigliserol veya trigliserid) genel olarak
adet ya asidi moleklnn ester balar ile bir adet
gliserol moleklne balanmalar ile meydana gelir:
Burada gliserole bal ya asitlerinin ucu de farkli olabilir ve
bu farklla gre adlandrlrlar. rnein, R pozisyonunda
palmitik
asit,
R
pozisyonunda linoleik asit
ve R pozisyonunda stearik
asit ieren bir trigliserol 1palmitoleoil-2- linoleoil-3stearoil gliserol olarak
adlandrlabilir.
109
Blm 8: LPDLER
Esas olarak insan veya hayvanlarda
yalardan bahsedilirken trigliseroller
kast edilir ve kilolu insanlarda bu ya
miktar 15-20 kg kadar olabilir. Bu
yan ou adipoz dokusu (ya
dokusu)nda bulunur. Hayvanlarda ya
dokusu
hcreleri
(adipositler)
triailgliserollerin
sentezi
ve
depolanmas iin zellemilerdir. Dier
vcut hcrelerinde sadece bir ka ya
damlac
sitozolde
bulunmasna
ramen,
adipositler
neredeyse
tamamen yala dolu bulunurlar.
nsanlarn ya ierii (erkekte % 21,
kadnda % 26) onlarn bir ey yemeden 2-3 ay yaamasn mmkn klar. Halbuki vcudumuzdaki
glikojen miktar bize ancak bir gn yetecek kadar enerji depolamtr.
Bazen (rnein fosfolipidlerde), iki ya asidi zinciri gliserolun iki karbonu ile ester ba
olutururken, dier karbon atomuna bir fonksiyonel grup (rnein, fosfat) balanr. Bu tr iki
zincirli lipid molekllerine diailgliserol denir.
Triailgliserollerin enzimatik sindirimi genellikle ntr pHlarda (rnein, ince barsakta) eitli
lipazlarla olur. Enerji kaynaklar olarak kullanlabilmeleri iin, triailgliserollerin en nce byle bir
enzimatik reaksiyonla ya asitlerine ve gliserole paralanmalar gerekir (bildiiniz gibi
triailgliseroller ya asitlerinin bir gliserol moleklne ester ba ile balanmalar sonucu
oluurlar). Daha sonra ya asitleri aktivasyon gibi ilemlerden geerek ierdikleri enerji ileriki
basamaklarda aa kar (bu ilemler uzun zaman aldndan, lipidler karbonhidratlar gibi hazr
enerji kaynaklar deildirler).
Bir gram yan 1 gram karbonhidrattan 3 kat daha fazla enerji ierdii dnlrse, yukardaki
miktardaki bir ya aylarca yetebilecek enerji anlamna gelir. Ancak, glukoz ve glikojenin balca
enerji kayna molekller olarak kullanlmalarnn nedeni bunlarn suda daha kolay erimesi ve
enerji aa kmasnn daha ksa sre almas ile aklanabilir. baz hayvanlarda deri altna
stoklanm lipidler sadece enerji rezervleri olarak deil, ayn
zamanda o hayvanlar ok dk slara kar bir izolasyon
bariyeri gibi korur (rnein, penguenler, balinalar, deniz foklar,
kaz, rdek gibi rutin olarak souk su ile temasa gelen hayvanlar).
Biyolojik mumlar (rnein, balmumu) uzun zincirli (14-36
karbonlu) doymu ve doymam ya asitleri ile uzun zincirli (1630 karbon) bir alkol zincirinden olumu esterlerdir. Mumlar
triailgliserollerden daha yksek erime noktalarna (60-100 oC)
sahiptir. Suyu tutmayan zelliklerinden dolay eitli amalar
iin kullanlrlar. Ayrca, ynden elde edilen lanolin ve balmumu
eitli losyonlarn ve boyalarn yapmnda kullanlr. rdek gibi
suda yasayan ve tyleri slanmayan kularn bu zellikleri
salgladklar ve kendilerini slanmaktan koruyan (su tutmayan)
mumumsu maddelerden dolaydr.
110

Eer R1 ve R3 ya asitleri farkli zincirlerse, molekln C-2si asimetrik olup R2 molekln soluna
yazlarak doal olarak oluan ya asitlerinin L-konfigrasyonunu verir. Karbon atomlar
(gliserolun) sterospesifik numaralandrma (1, 2, 3) veya daha eski bir isimlendirme ile (, , )
verilir. Doal olarak 100e yakn ya asidi eidinin hcrede olutuu belirlenmitir.
Triailgliserollerin ester balar asit ve alkali hidrolizi ile paralanabilir. Hayvansal orijinli yalarn
NaOH ve KOH ile stlmas sonucu gliserol ve ya asitlerinin Na+ ve K+ tuzlar ortaya kar ki bunlar
sabun olarak bilinirler. Bu olaya ayn zamanda saponifikasyon denir.
MEMBRAN LPDLERI
Biyolojik membranlarn esas yap maddesi gliserofosfolipidler (fosfogliserit) dir. Bunlar gliserolun
1. ve 2. karbon atomunda esterlemi ya asitleri tayan gliserol-3-fosfat moleklleridir. Buradaki
fosfat grubuna ayrca baka bir molekl de balanm olabilir (rnein, H, etanolamin, kolin, serin,
inositol, gliserol gibi, bkz. Sayfa 6). rnein, sadece bir H bulunursa fosfatidik asit oluur:
Membran lipidleri hem polar ve hem de polar olmayan karakterleri bir arada tarlar. Aadaki
ekilde de grld gibi, polar olmayan hidrofobik kuyruk ksm ve hidrofilik ve polar bir ba
ksmndan meydana gelmilerdir.
Bu duruma sahip molekllere yaygn olarak amfipatik (ift karakterli) molekller denir. Hcre
zarlarnn tabakal yapsn oluturan bu yapda hidrofobik bariyer lipidlerden (ya asidi zinciri)
meydana gelirken, hidrofilik ksm (hcre d
ortam ve sitoplazmaya bakan ksm) lipid
moleklnn ba ksmlarn tar.
Bu membran bariyeri molekllerin hcre iine
ve dna transferini dzenledii iin, ayn
zamanda iyon, molekl ve sinyalleri membran
boyunca transfer eden protein yaplar da
bulundururlar.
ekil: Tipik bir

fosfolipid
Molekllerin membrandan tasnm

olay tm canllar iin kritik bir
fonksiyondur.
Transport
proteinindeki tek bir genetik
mutasyon nemli hastalklar ortaya
karabilir. rnein, sistinuriya
durumunda sistin amino asidi onu
hcre iine tayan transport
111
Blm 8: LPDLER
proteinindeki byle bir mutasyondan dolay bu amino asit hcre iine alnamaz ve kandaki sistin
bbreklere gelir ki orada absorbe olamadndan kelerek bbrek talarnn olumasna neden
olur. Oksijen ve syeroidler gibi yeterince hidrofobik molekller ise membrandan rahatlkla yksek
konsantrasyonlu blgeden dk konsantrasyonlu blgeye pasif difzyonla herhangi bir yardmc
molekle ihtiya duymadan olur. Yani burada
maddenin kimyasal gradiyenti onun tanmnda
belirleyicidir. lgin olan,
su gibi polar bir
molekln de membrandan rahatlkla difuz
olmasdr. Suyun nispeten kk bir molekl
olmas
ve
hem
de
olduka
yksek
konsantrasyonlarda bulunmas byle bir olayn
gereklemesine neden olur (bylece suyun hcre
ii ve d denge noktasna kolaylkla ulalr).
Kolaylatrlm difuzyon olaynda ise, yine
yksz polar bir molekl membranda yerleik
tayc bir proteinin o molekln tanm iin kanal grevi grmesi ile olur. Ykl molekllerin
membrandan transportu ise hem onlarn konsantrasyonlarna ve hem de olumu olan elektron
potansiyel gradiyentine baldr.
ekil. Bir fosfolipidin genel yaps (a) ve yaygn bulunan
fosfolipid (b).
Dier nemli bir membran transport sekli de aktif
transporttur.
Burada,
molekller
konsantrasyon
gradiyentlerinin tersi ynnde (dk konsantrasyonlu
blgeden yksek konsantrasyonlu blgeye) tanrlar. Bu
olayda dierlerinden farkli olarak ayn zamanda enerji
(rnein ATPnin hidrolizi) kullanlr.
Enerji, maddenin konsantrasyon gradiyentine kar ynde

hareket ettirilerek tanm iin harcanr. Bu tanmda tek
bir molekl tanyorsa bu olaya uniport (yani tek ynl),
iki
biri
molekl
ayn
yne doru
tanyorsa simport, iki molekl
birine zt ynde tanyorlarsa
(biri hcre iine dieri hcre
dna) antiport tanm, bu
grevlerde yer alan protein
sistemlerin
de
uniporter,
simporter ve antiporter denir.
Baz membran proteinleri klinik
olarak da olduka nemli
fonksiyonlar tarlar. rnein,
112

kistik fibrozis yaygn genetik bir bozukluk olup ABC transportu denen bir membran protein
sistemindeki arzadan kaynaklanr ve epitel hcrelerde klorid kanal olarak gren bu transporterin
almamasna neden olur. Nrotransmitterlerin sinapslardan difzyonu ve alc hcrenin
membrannda yerleik iyon proteinlerine balanmas da byle bir transport mekanizmasnn
almas ile olur. Dolays ile sv-mozaik modeli biyolojik membranlar iin en yaygn kabul gren
model biimidir. Membranlarn nemli ksm fosfolipid (gliserofosfolipid) ve glikolipidlerden
meydana gelmitir.
Membranlarn byk ksmn oluturan fosfatidil kolin,
sfingomiyelin, fosfatidil serin, ve fosfatidil etanolamin
hepsi birer fosfolipitdir.
Gliserofosfolipidler fosfatidik asidin trevleridir. Hcre
zarlarnda bulunan lipidler yukarda gsterildii gibi iki ya
asidinin gliserolun 1. ve 2. karbon atomlar ile ester ba ve
PO4- gibi olduka hidrofilik bir grubun gliseroln 3. karbon
atomuna balanmas ile meydana gelmilerdir. Bu polar
lipidlerin membranlar da en yaygn bulunan fosfogliserit olarak da bilinen fosfolipidlerdir.
ekil. Gliserofosfolipidler.
Farkl canllarda hatta bir
canlnn farkl dokularnda
hcre membranlarnda farkl
fosfogliseritler bulunur. Baz
hayvan dokularnda ve tek
hcreli
organizmalarda
fosfolipidler bir eter ba da
ierebilirler
(rnein,
plazmalojenler). Yani gliserol
moleklne bal iki ya asidi
zincirinden biri ester ba ile
balanrken dieri eter ba ile
balanr.
Kalp
lipidlerinin
yarsndan fazlas plazmalojen
ad verilen ve bir eter ba
bulunduran lipidden oluur.
Eter balarnn fosfolipidleri
fosfolipazlara (ester balarn
hidroliz eden enzimler) kar
koruduklar sanlmaktadr. En
yaygn
plazmalojenler
etanolamin, kolin veya serini ba grup olarak ierenlerdir. Fosfolipazlar (rnein, fosfolipaz A2)
fosfolipidlerin, zellikle ikinci karbon atomuna bal ya asidini hidrolitik olarak ayrrlar ve ortaya
kan lizofosfolipidler isimlerinden de anlalaca gibi kuvvetli birer deterjandrlar ve hcre
membranlarn bozarak hcrelerin erimesine (lizis) neden olurlar:
113
Blm 8: LPDLER
Bal ars ve ylan

zehiri fosfolipaz
A2
bakmndan
zengin
maddelerdir.
Byle enzimlerin
bir dier ilgin
zellii
ise,
substratn (rnein, fosfolipidin) sudan uzakta bulunan
hidrofobik ksmlarna ulamas ve bu substratlar ilemesidir.
Triailgliserol ve membran lipidlerini ykan lipazlarn verdii
rnler, bu enzimler (fosfolipazlar) gibi eritici rnler ortaya
salmazlar. Lipazlarn hidrolizi sonucu aa kan maddeler
genellikle daha ileri derecede hidroliz olmazlar ve hcre ii ve
d mesaj moleklleri olarak hareket ederler.
Membran lipidlerinin ikinci byk snf sfingolipidlerdir.
Sfingolipidlerin ou 18 karbonlu bir amino alkol olan
sfingozin trevleridir. Sfingosin dier ya asitlerinden farkl
olarak trans durumunda bir ift ba tar (ya asitlerinin ift
balar genellikle cis durumundadr ve eksene 300 eim gsterirler. Dolays ile doymam ya
asitleri doymulara gre daha az bir paketlenme gsterirler).
Sfingosinlerin N-ail ya asidi trevleri
seramid
olarak
bilinirler.
Gliserofosfolipidler gibi bunlar da
polar bas ksmlara ve polar olmayan
hidrofobik ya asidi zincirlerine
sahiptirler. Ancak fosfogliserollerden
farkl olarak bu lipidler gliserol
iermezler. Bu lipidler gliserol yerine
uzun zincirli bir amino alkol olan
sfingosin ierirler. Sfingomiyelinler
hcre zarnda bulunmalarna ramen,
en youn olarak nronlarn miyelin
klflarn olutururlar.
Sfingolipidler baz zellileri ile
fosfogliserollere, baz zellikleri ile de
polar olmayan lipidlere benzerlik
gsterdiklerinden, bu lipidleri kefeden bilim adam bunlara kark yapl anlamna gelen ve adn
sfenksden alan sfingolipidler adn vermitir.
(sfenks: gvdesi aslan, ba insan veya kartal olan
yaratk).
Buraya kadar bahsettiimiz lipidler (triailgliseroller ve
membran lipidleri) hcrede veya organizmada byk
miktarlarda bulunurlar. baz istisnalar hari, bu iki gruba
bal lipidler hcrede pasif bir rol oynar.
114

nc lipid grubu ktlesel olarak yukardaki iki gruba gre daha az miktarlarda bulunmalarna
ramen, spesifik ve aktif biyolojik fonksiyonlara sahiptirler. Bu gruba yzlerce steroidin yannda
vitamin A, D, E ve K gibi izopren trevleri vitaminler girer (vitaminler iin daha detayl bilgi iin
Bkz Vitaminler, 9. hafta). Dier aktif lipidler baz enzimler iin kofaktr, elektron tayclar olarak
ve hcre ii sinyaller olarak hareket ederler.
Membran lipidlerinin nc nemli snf birbirine kaynam drt hidrokarbon halkasna sahip
sterollerdir. Bu grubun en nemli molekl
kollestroldur.
Bunlar
bakteri
membranlarnda
bulunmazlar.
Kollestrolun
oksidasyonu
veya
fotokimyasal evrilimi ile ok deiik sayda steroid
hormon (rnein, testosteron, aldosteron, kortizon, D
vitamini) meydana gelir (kollesterol ve kollesterolden
yaplan steroid hormonlar iin Bkz. Hormonlar, 7. hafta).
Steroid hormonlar dokular aras mesaj tanmn gerekletirirler. Steroid hormonlarn en byk
grubunu seks hormonlar ve adrenal korteks hormonlar meydana getirir Bu hormonlarn hepsi
benzer bir halkasal yap (kollestrolun drtl halkasal yapsna benzer) ierirler ve her biri bir
115
Blm 8: LPDLER
dokuda yaplarak kan vastas ile hedef doku ve organlara tanrlar (Bkz. Hormonlar, 7. hafta). Her
hormon kendisine ait zel bir protein reseptre balandndan, ok dk konsantrasyonlarda (10 9
M) hormon bulunmas sinyalin ekirdee ulamas iin yeterlidir. karyotik hcre
membranlarnda bulunan fosfatidilinozitol ve trevleri bu ekildeki bir hormon-reseptr
etkileimi ile hcre iine salnrlar ve birer mesaj molekl olarak hareket ederler.
Prostaglandinler dier bir eit aktif lipiddir. Hepsi be karbonlu bir halka tarlar ve isimlerini ilk
defa bulunduklar prostat bezinden alrlar.
En belirgin fonksiyonlar hcre ii bir mesaj
molekl
olan
cAMPnin
sentezlenmesini
dzenlemesidir. Bir ok hormon cAMP tarafndan
etkilenir. Baz prostaglandinler doum srasnda
uterusun dz kaslarnn kaslmasndan sorumlu
iken, dier bazlar baz spesifik organlara kann
akn, uyku ve uyanma ritmini ve baz dokularn
belirli hormonlara (rnein, epinefrin ve glukagon)
kar uyarlmasn etkilerler.
Lipidler (fosfolipidler, trigliseridler, kollesterol)
suda ok az oranda erirlik gsterirler. Bu nedenle bunlar dolamda proteinlerle tanrlar ve
hcreler tarafndan reseptrlerin rol oynad bir mekanizma ile ieri alnrlar. Bu eit lipid-protein
komplekslerine lipoproteinler denir. Bunlarn en nemli 5 grubu kilomikronlar (dardan alnan
lipidleri ince barsaktan dokulara tarlar), ok dk younluklu lipoproteinler, dk
younluklu lipoproteinler ve orta younlukta lipoproteinler (VLDL, LDL, IDL) olup vcut
tarafndan yaplan trigliserit ve kollesterolu karacierden dier dokulara tarlar. Yksek
younluktaki lipoprotein (HDL) ise yine hcreler tarafndan yaplm kollesterolu dokulardan
karaciere tarlar. kinci bir kompleks lipid grubu olan glikolipidler polar ba ksmlar olarak
karbonhidrat moleklleri tarlar. Glikolipidler membrann ekstraselular (yani hcre dna bakan)
tabakann zerinde yerleik iken, inozitol fosfolipidler sitoplazmaya bakan tabaka zerinde
bulunurlar ki bunlar hcre-sinyal mekanizmasnda nemli roller oynarlar. karyotik hcre
membran ayrca kollesterol molekl ierirler.
Yukarda da verildii gibi plazma membran hcreler aras komnikasyonda kritik nem tar.
Komu hcreler arasnda bu komnikasyon direkt temasla olurken, daha uzak hcreler arasnda
ekstraselular sinyal molekllerinin kullanlmas ile olur. Ekstraselular sinyaller bir hcre veya hcre
topluluu tarafndan yaplr ve salnrken dier hcre veya hcre topluluu tarafndan da alnp
kabul edilir. Bu sinyaller esas olarak iki gruba ayrlabilirler. Birinci grup sinyal moleklleri plazma
membranndan gecik direkt olarak hcre iinde bulunan reseptr (alc molekl)e balanrken (
rnein, steroid hormonlar), dier grup sinyal moleklleri ise hcre membranndan bu ekilde
geemezler ve dolays ile hcre dndaki reseptrlere balanarak sinyallerini indirekt olarak
(ikincil mesajc molekller (cAMP, G-proteini, vb.)in oluumu ile) hcre iine gnderirler
(rnein, peptid hormonlar). Hem direkt ve hem de indirekt olabilen bu ekil sinyal iletimine sinyal
transdksiyonu denir.
Bitki, maya ve bakterilerin ounda hcre duvar denen sert bir yap plazma membrann
epeevre sarmaktadr. Yine E. coli gibi bakterilerde (Gram negatif) ift membran yaps grlr ki,
iki membran aras (d membranla i membran aras) blgeye periplazmik boluk denir.
116

MEMBRAN RESEPTRLER
Hormon, nrotransmitter, byme faktr, psikoaktif ilalar, bakteri ve bitki toksinleri ve virsler
gibi biyoaktif yaplara kar hcrenin ilk temas ve dolays ile uyarlmas bu maddelerin hcre
membran zerinde yerleik spesifik reseptrlere balanmas ile olur. Genellikle reseptrlere
balanan byle biyoaktif maddelere ligand adi da verilir. Baz reseptrler lipid yapda bulun salarda
(rnein kolera toksinin baland reseptr), ounluu protein molekleridir.
Ligand-reseptr kompleksi olutuktan sonra hcre iinde bir takm olaylar gerekleir. Asetilkolin
(ligand) ve onun reseptr en iyi allm sistemlerdendir. Yksek yapl hayvanlarda sinir sistemi
merkezi sinir sistemi (beyin ve spinal kord) ve periferal sinir sisteminden oluur. Her iki sistemde
de uyarlabilen nron (sinir hcreleri)lardan olumulardr. Olduka zellemi bu hcreler hem
elektrik ve hem de kimyasal olarak uyarlabilirler ve dier nronlarla, duyu organ hcreleri ile ve
dier hcrelerle komnikasyon (hem elektrikle ve hem de kimyasal olarak) kurabilirler. Bir
nronun uyarlmas ile o nronun iine Na+ aks baslarken, dna ise K+ aks olur. Bu durum
membran ii ile d arasnda bir voltaj farkna neden olur. Bu deiim evredeki dinlenme halindeki
nronlara verilerek onlar da uyarlr. Bu potansiyel fark ou zaman nronnron veya nron-kas
temas (sinaps) blgelerinde bulunan nrotransmitterlerle transfer edilir. Bu ekilde
nrotransmitter molekl olarak asetilkolini kullanan sisteme kolinerjik sistem denir. Dier iki
nemli transmitter adrenalin (epinefrin olarak da bilinir) ve noradrenalin (norepinefrin)dir
(nrotransmitterler ve hormonal reglasyon iin Bkz. Hormonlar).
PROTEN SEKRESYONU VE SNYAL HPOTEZ
Dier btn proteinlerde olduu gibi membran proteinleri ve salglanan proteinler de kendi
mRNAlarndan ribozomlar tarafndan sentezlenir. Bu ribozomlar sitozolde serbest veya ERa bal
halde bulunabilirler (przl ERi hatrlaynz, Bkz. Hcre, 2. hafta). Serbest ribozomlardan
genellikle mitokondriyal ve sitoplazmik svda erimi halde bulunan proteinler yaplrken, ERa
bal ribozomlar tarafndan genellikle membrann yapsna girecek proteinler, sekresyon olacak
(hcre dna salglanacak) proteinler, ER ve lizozoma gidecek proteinler sentezlenir. Mitokondrinin
matriksine gidecek olan sitoplazmik proteinler iki membrandan gedmek zorundadrlar (bildiiniz
gibi, mitokondri, kloroplast gibi organeller i ve d olmak zere iki membrana sahiptirler). Bu gei
iin genellikle bu proteinler s-oku proteinleri (heat-shock) denen zel proteinlere balanarak
yaparlar. Dolays ile bu s-oku proteinlerine kavalye proteinler de (veya molekler
aperonlar) denir. Molekler aperonlar genellikle stres durumlar (hcrede ar protein sentezi,
yksek veya dk slara maruz kalmak gibi) altnda sentezlenirler. Prokaryotlarda da varlklar
saptanmtr.
ERa bal ribozomlar tarafndan sentezlenen ve salglanmaya, membranda, ER veya
lizozomlarda yerlemeye yneltilmi proteinler genellikle amino ucunda (N-ucu) bulunan ve 10-40
amino asit ieren ek sinyal peptidleri ierirler. lgili protein hedefine bu sinyal peptidi ve onu
tanyan bir sinyal tanma proteini ile beraber ulatktan sonra, bu ek peptid hidrolitik bir sindirimle
(sinyal peptidaz enzimi ile) proteinden ayrlr ve ilgili blgeye tanm olan protein orada tutuklu
kalm olur. Sinyal hipotezi bakteriler iin de geerlidir. Ayrca genetik mhendislik teknikleri
kullanlarak sinyal peptidi eklenmi baz rekombinant proteinlerin periplazmik blgeye (gramnegatif bakterilerde iki membran aras blge) tandklar saptanmtr.
LPDLERN ALIILMASI
Lipidlerin biyolojik olaylardaki etkileri, hangi lipidlerin hangi oranlarda bulunduunun aratrlmas
ile mmkndr. Proteinlerin ou ve karbonhidratlar suda eriyebildiklerinden bu molekller sulu
ortamlarda allabilirler. Ancak, lipidlerde bu durum sz konusu deildir. Lipidler ancak organik
117
Blm 8: LPDLER
solventlerle (eter, kloroform, metanol, benzen gibi) ayrtrlabilirler. Farkl lipidler polaritelerine ve
polar olamayan solventlerdeki znebilirlik kabiliyetlerine gre farkl ayrmlara tabi tutulurlar.
Ester bal ya asitlerini ieren lipidler asit veya alkalilerle hidrolize (saponifikasyon) edilerek
yapy oluturan bileimler incelenebilir. Ntr lipidler (triailgliseroller, mumlar, vb) ise dokulardan
etil eter, kloroform ve benzen gibi solventlerle rahatlkla ayrtrlabilirler. Organik solventler
lipidlerin hidrofobik etkileimini bozarak (bir ya lekesinin suyla deil de deterjanla nasl ktn
dnnz) bu etkiyi gsterirler. Membran lipidleri etanol ve metanol gibi daha polar solventlerle
znrler. Bu solventler hem hidrofobik etkileimi bozarken, hem de mebrandaki lipidlerle
proteinler arasnda kurulmu olan hidrojen balarn bozarlar.
SORULAR
1. Hem trigliseroller ve hem de fosfolipidler ya asidi
esterlerine sahiptirler. Ancak bunlardan bir grubu
amfipatik olarak adlandrlr. Bu grup hangisidir ve
neden bu zellii tarlar.
2. Ya asitleri hcrede serbest halde bulunduklarnda
neden hcre veya canl iin tehlikelidirler?
3. Lipazlar ve fosfolipazlar triailgliserolleri ve
membran fosfolipidlerini hidrolize eden enzimlerdir.
Ancak, fosfolipazlarn ilemi olduu yalar birer deterjan gibi davranp hcre membrann eritirken
(lizis), Lipazlarn ilemi olduu yalar genellikle hcreyi eritmezler. Neden?
4. Membran sinyal hipotezini aklaynz.
5. a. 30 oA kalnlndaki bir membran lipid tabakasn sitoplazmik yznden d yze kadar gemek
iin ka -sarmal dngs gereklidir? Bunun iin minimum ka amino asite ihtiya vardr?
6. 20 oCde kltr yaplan bir bakteriyi 30 oCye alyorsunuz. a.Bu bakteri size gre yeni ortamda
muhtemelen doymu ya asitlerini mi yoksa doymam ya asitlerini mi sentezler? Neden? b. Ya
asitleri uzun zincirli mi yoksa ksa zincirli mi olacaktr?
5. a. 1 dn/5.4 oA x (30 oA)= 5.4 dn
b. 3.6 amino asit/dn x 5.6 dn= 20 amino asit
6. a. doymu ya asitlerini sentezler. b. Uzun zincirli olurlar. Bakteri doymu ve uzun zincirli ya
asitlerinin miktarn arttrarak daha yksek bir sda membran svln salam olur.
118
9 VTAMNLER, MNERALLER VE KOENZMLER

Vitaminler, hcre ve organlarn normal ilevleri ve salkl geliim iin gereksinim duyduklar, diyet
yoluyla belirli dzeyde alnmas gereken, yksek biyolojik etkinlie sahip organik bileiklerdir.
Vcudun gereksinim duyduu miktarn ok altnda rettii baz vitaminler dnda vitamin
retemedii iin, vitaminlerin dardan alnmalar zorunludur. Yeteri kadar vitamin alnamad
durumlarda, hcre ve dokularnn ilevlerinde bozulmalar ve sonuta salk sorunlar ortaya kar.
Vitaminler meyve, bitkisel, hayvansal kaynakl ya da vitamin katkl hazr gdalar yoluyla vcuda
alnrlar.
nsan beslenmesindeki esas mikrobesinler 17 adet mineral ve 13 adet vitaminden oluur ve bunlarn
besinlerle uygun miktarlarda alnmas gerekirler. Bu gruba girmeyen esas olmayan birok
mikrobesinin besinlerle alnmas gerekmez. Ancak bunlar ekstradan alndklar zaman kiiyi daha
salkl klan organik fitokimyasallardr.
Vitamin ailesinde iki ana grup altnda 13 vitamin yer alr. Vitaminlerden birinci grupta yer alanlar
yada znen vitaminleri (A, D, E ve K), ikinci grupta yer alanlarsa suda znen vitaminleri (Bkompleks grubu ve C vitamini) kapsar. B-kompleks grubu iinde, B1 (tiamin), B2 (riboflavin), B3
(niasin), B5 (pantotenik asit), B6 (pridoksin) ve B12 (kobalamin) vitaminleri, biyotin ve folik asit
yer alr.
Gecen yzyln banda vitaminler belki de en nemli aratrma konusunu oluturdular. nsan ve
dier omurgallarn salkl yasamas iin olduka nemli olan bu molekller ne yazk ki bu canllar
tarafndan sentezlenemezler ve dolays ile dardan alnmalar gerekir. almalar sonucunda
vitaminler polar olmayan (yalar gibi) ve ancak organik solventlerde eriyebilen vitaminler ve
suda eriyebilen vitaminler olarak iki gruba ayrlmlardr. Yams bir yaplar olan ve dolays ile
yalarda eriyebilen (suda erimeyen) balca vitaminler, bir nceki lipidler konusunda da
grdmz gibi, vitamin A, D, E, ve Kdir. Bunlarn hepsi izoprenoid bileikleridir. zoprenoidler,
izopren alt nitelerinin kondensasyonu ile olumu yaplardr.
CH2=C-CH=CH2
CH3
Karotenoidler doal olarak bulunan bir grup pigment olup doada olduka yaygn bulunurlar.
Bakteri, fungus, alg ve bitkilerde 600den fazla eitte karotenoid belirlenmitir. Renkeleri sardan
krmzya birok renk tonunda olabilir. Karotenoidler ayrca renklendiriciler olarak kararl bir pH
deeri ve askorbik asit (C vitamini) gibi indirgeyici ajanlara kar duyarszdrlar. Yz yllardan beri
bu maddeler besin rnleri ve kozmetiklere katla gelmilerdir. A vitamininin yapsnda
bulunmalarndan dolay beslenmemizde nemli rolleri vardr. Karotenoidler insanlar tarafndan
sentezlenemediklerinden besinlerle dardan alnmalar gerekir. Karotenoidler 40 karbonlu
izoprenoid trevleridir. Renkleri ve biyolojik aktiviteleri (r. antioksidan olarak) yaplarnda
bulunan ift ba sayssna ve bu balarn nerede bulunduuna, molekllerin ularnn kapanma
zelliklerine, hidroksil, keto ve epoksi gibi oksijen tayan yan gruplara baldr. Vitamin A (retinol)
grme iin nemli bir pigmenttir. grme olaynda grev yapan proteinlere bu vitamin reversibl
olarak balanr ve k retinaya arptnda sinir impulsu yaratacak bir seri kompleks reaksiyon
oluur. Vitamin A eksikliinin erken belirtilerinden biri, karanla kar adaptasyon bozukluu ile
karakterize gece krl (niktalopi)dir. Gece krlnde retinada rodopsin azalmtr; rodopsinin
119
Blm 9: VTAMNLER, MNERALLER ve KOENZMLER

yeniden sentez hz dmtr. Normal insanlarda grme eii yani maksimal uyum iin gerekli
zaman 25 dakika olduu halde gece krlnde bu hemen hemen 100 kat artar. Vitamin A, drt
izopren moleklnden kurulmu bir polienalkol olan retinoln biyolojik aktivesini gsteren bir grup
bileii ifade eden jenerik bir terimdir. Vitamin A, hayvanlarda retinoln uzun zincirli ya asidi
esterleri halinde, bitkilerde ise bir provitamin olan -karotenler halinde bulunur.
ekil: Beta-karoten.
Vitamin A bitkilerde bulunmaz, ancak,
birok bitki karotenoid denen bir
pigment ierir ki bu pigment birok
hayvan
tarafndan
(karacierde)
enzimatik bir reaksiyonla A vitaminine ve A vitaminin aktif formlar olan retinol, retinal ve
retinoik asite evrilir. Retinol ve retinal NAD veya NADP baml dehidrogenaz veya redktazlarla
birbirlerine dntrlebilirken, retinaldan oluan retinoik asit geri dntrlemez. Bu nedenle
retinoik asit byme ve farkllamada rol alrken, grmede fonksiyonu olan retinalin veya reme
sisteminde nemli olan retionolun yerini alamaz. -karoten bir antioksidandr; oksijenin dk
parsiyel basnlarnda serbest peroksit radikallerinin dokularda yakalanmasnda bir rol oynayabilir
ve bylece daha yksek oksijen konsantrasyonlarnda etkili olan vitamin Enin antioksidan etkilerini
tamamlar.
ekil: Retinol
Gz retinasnn rod (ubuk) hcrelerinde az kta grmeyi
salayan rodopsin vardr. Retinal opsin proteinine
balanarak rodopsini oluturur. Rodopsin a maruz kaldna ayrarak (opsin ve retinala) rod
hcrelerin membranndaki bir kalsiyum iyon kanal proteinini stimule eder (uyarr). Bu durum
hcreler iine kalsiyum iyonlarnn akn salar ve bu da sinirsel bir impulsla n beyin
tarafndan alglanmasn salar.
Retinol bakmndan zengin kaynaklar arasnda karacier, yumurta, tereya ve st saylabilir.
Vitamin Ann ve onu veren karotenlerin antioksidan ve antikanser zellikleri son yllarda elde
edilen nemli bulgulardandr. Vitamin A eksiklii, gece krlnden anemiye kadar birok
malfonksiyona neden olur. Retinoik asit demir transferi iin gerekli olan protein olan tranferrinin
sentezi iin gereklidir.
Vitamin Dnin hammaddesi kollesteroldur. Dolays ile D vitamini
ayn zamanda bir steroid hormonu gibi fonksiyon yapar (Bkz.
Hormonlar). Fotokimyasal (gne nn belli bir dalga boyunda,
mor tesi) bir reaksiyonla deride membrann yapsna giren veya
serbest halde bulunan kollesterol D vitaminine evrilir. Dolays ile
D vitaminin vcutta sentezi gne na gereksinim gsterir.
Yeterince gne alan insanlarda bu vitaminin ayrca besinlerle
alnmasna gerek kalmaz. Karacier, balk ve yumurta bu vitamin
iin iyi besin kaynaklardr. Bu vitamin ayn zamanda bbrekte zel bir hormona evrilerek (esasen
bu vitamin bir hormon olarak da kabul edilebilir) kalsiyum ve fosfatn metabolizmasnda
(emiliminde) nemli rol oynar. Bu nedenle vitamin D eksiklii eitli kemik hastalklarna neden
olabilir.
120
ekil: Alfa-tokoferol
Tokoferol gibi lipidlerden biri olan
E
vitamini bir hidrokarbon zinciri ve aromatik
halkadan
meydana
gelmitir.
eitli
tokoferollerin biyolojik etkinlikleri arasnda farklar vardr. Bir vitamin olarak doada en yaygn
ekilde dalm bulunan ve en byk biyolojik aktiviteye sahip olan tokoferol, -tokoferoldr.
Yumurta, bitkisel ya bu vitamin bakmndan zengin kaynaklardr. Lipidlerin oksidasyonunu
engelleme fonksiyonlar sayesinde, oksijenin olduka reaktif formlarn (serbest radikaller gibi)
paralama zelliine sahiptirler.
Dolays ile tokoferoller ve E vitamini iyi birer antioksidan olarak bilinirler. Ticari olarak Tokoferol
grubu lipidler baz besinlerin bozulmasna kar koruyucu olarak kullanlrlar. E vitamini ve
selenyum (bir metal kofaktr) sinergistik olarak fonksiyon yaparlar. Selenyum glutatyon
peroksidazin kofaktrdr. Bu enzimin hidroperoksitlerin zararl etkilerine kar membranlar
ve dier hcre yaplarn koruma zellii iyi bilinmektedir. Yeterli miktarda vitamin E varlnda bile
oluan peroksitler, selenyum gerektiren glutatyon peroksidaz tarafndan yok edilirler.
Vitamin K kann phtlamas iin gerekli olup, yeil bitkilerde bulunduu gibi ince barsaktaki
bakteriler tarafndan da sentezlenirler. Bu vitamin bir plazma proteini olan ve kan phtlamasnda
nemli protrombinin oluumunda ve bunun trombine evrilmesinde grev yapar. Esasen,
protrobin proteolitik (protein paralayc) bir enzim olup, bir kan proteini olan fibrinojenden baz
peptid balarn krarak onu fibrine evirir. Fibrin, suda erimeyen bir protein olup kan phtlarn
bir arada tutarak phtlamay daha ileri basamaklara tar. Dolays ile K vitamini eksiklii, kan
phtlamasnda gecikmeye sebep olurken, eitli yaralanmalarda canl lme kadar gidebilir.
Warfarin sentetik olarak retilmi ve K vitaminine analog olan bir maddedir.
Dier iki izoprenoid turevi bileik ubikinon ve plastokinon olup, sras ile mitokondride ve
kloroplastta elektron tayclar olarak grev yaparlar. Memelilerde koenzim Q olarak da bilinen
ubikinon 10 izopren nitesinden meydana gelmitir.
Ayrca, bakteri hcre duvarlarndaki kompleks karbonhidratlarn olumas ve baz proteinlere
polisakkaritlerin balanmas (glikoprotein) iin eker monomerlerinin aktive edilmesi gerekir. Bu
eker niteleri dier bir izoprenoid olan dolikollerle olur. Olduka hidrofobik olan bu yaplar
membran lipidleri ile ilikiye girerek eitli ekerlerin membrana balanmasn salarlar.
SUDA ERYEN VTAMNLER
Suda eriyebilir zelliklerinin yannda, bu vitaminlerin yukarda verdiimiz yada eriyebilen
vitaminlerden ikinci nemli farklar ise ounun enerjitik reaksiyonlarda kullanlan koenzimlere
dnmesidir. Yani koenzimlerin ou vitaminlerin modifiye olmu ekilleridir ve ou zaman
enzimlere bal bulunduklarndan enzimlerin prostetik grubu olarak da tanmlanrlar.
Tiamin (B1 vitamini), bir pirimidin halkas ile bir tiazol
halkas ieren, baz karakterli bir maddedir; doada tiamin
hidroklorr halinde bulunur. Tiamin kolayca bir koenzim
olarak grev yapan tiamin pirofosfata (TPP) dnr. Bu
koenzim asetil CoAy veren piruvat dehidrogenaz ve alkol
fermentasyonundan
sorumlu
piruvat
dekarboksilaz
121

tarafndan katalizlenen nemli reaksiyonlara girer. TPPn koenzim olarak grev ald -keto
asitlerin nonoksidatif ve oksidatif dekarboksilasyonu ve transketolaz reaksiyonlar nemlidir
Dolays ile tiamin eksikliinde hcrede enerji retimi nemli lde etkilenir. Aktif aldehit
gruplar bu koenzim tarafndan tanr ve bir karbon atomundan baka bir karbon atomuna
transfer edilir. Bu koenzim dolays ile bir karbonil gruba bitiik (rnein, alfa-ketoasitlerde olduu
gibi) olan C-C balarn krar. Bu vitamin ayrca pentoz fosfat yolundada kullanlr. Pentoz fosfat
yolu enerji salayan nemli bir metabolik yol olmasa da nkleik asitlerin yapsna giren riboz
ekerini yapt, ya asitlerinin sentezinde ve dier biyosentez olaylarnda kullanlan NADPHyi
yapt iin hayati nemi vardr. leri derecedeki tiamin eksiklii eitli kas hastalklarnn olduu
beriberi hastalna sebep olur. Tiamin, mikroorganizmalar ve bitkiler tarafndan sentez edilir;
bunlarda serbest halde bulunur. Bira mayasnda, tohumlarn embriyo ve kabuk ksmlarnda bol
miktarda tiamin vardr. Bitki yapraklar ve iyi zellikteki kuru otlar nemli miktarda tiamin
ierirler.
Riboflavin, flavin adenin dinkleotid (FAD) ve flavin mononkleotidin (FMN) prekursoru (nc
molekl)dur. Her iki koenzim de birok redoks reaksiyonuna girerler. Riboflavindeki izoalloksazin
halka sistemi, bir pteridin (kondense pirimidin ve pirazin halkas) ile benzen halkas ieren
halkal bir sistemdir; ribitil ise ribozun indirgenmesiyle meydana gelen ribitoln kalntsdr
Bu flavin koenzimler hem enerji retimi ve hem de hcre solunumunda nemlidirler.

Flavoproteinlerin ou bir veya birden fazla metal (rnein, molibden ve demir) tar. Byle
proteinlere metalloflavoproteinler denir. Bymede (r. Hamilelik, yaralarn iyilemesi,
ameliyatlardan sonra) ve grme, sa, deri ve trnak oluumunda nemlidir. nce barsakta
sentezlenmesinin yan sra, riboflavin st, yumurta et ve ilenmemi tahllarda bulunur. Riboflavin,
bitkilerde ve mikroorganizmalarda sentez edilir; zellikle yaprakl sebzelerde, mayada, scak
kanllarn btn organlarnda, balkta, yumurtada ve stte bol miktarda bulunur.
122

Niasin (nikotinik asit), piridin-3-karboksilik asittir; bunun amidi olan niasinamid (nikotinamid) ile
birlikte vitamin etkisi gsterirler. Bir miktar niasin triptofandan sentezlenebildiinden bazen bu
madde vitamin olarak kabul edilmez. Ancak, bu durum anacak hcrede gerekenden fazla triptofan
bulunduunda meydana geldiinden (ki ou zaman bu byle deildir) ve niasinin sentezi tiamin,
piridoksin ve riboflavinin varln gerektirdiinden diyetle hem triptofan ve hem de niasinin
alnmas gereklidir. Bu vitamin yaygn olarak bilinen oksidasyo-redksiyon reaksiyonlarnda
kullanlan koenzimler olan NAD ve NADP ye evrilir. NAD+ baml dehidrogenaz enzimleri ileride
de (biyoenerjitik ve metabolizma konular) daha detayl zerinde duracamz gibi, metabolizmann
oksidasyon-redksiyon reaksiyonlarnda rol alrlar (glikolizis, TCA ve ETZ). Niasin ayrca kolesterol
drc etkiye sahiptir. Niasin dolamdaki HDLyi arttrrken, LDL, trigliserit ve kolesterol
seviyesini drc etki yapar. Vcutta
triptofandan sentezlendii gibi et, yeil bitki ve
baklagillerle de alnr. Kanser hastalarnda
nemli mktarda niasin eksiklii grlr. Bunun
nedeni, kanserli hcrelerde triptofan daha ok bir
nrotransmitter olan serotoninin yapmnda
kullanlr. Serotonin daha sonra tmr tarafndan
kullanlr. Pellegrada grlen ishal, akli denge
bozukluu ve deri iltihab niasin eksiklii ile
ortaya kar. nsanda nikotinamid eksikliinde
derinin gne gren yerlerinde dermatitis, diyare
ve demans ile karakterize pellegra tablosu
oluur
Pantotenik asit (B5 vitamini) ve biotin de
nemli enerji veren vitaminlerdendir. Pantotenik
asit, -alanin ile pantoik asitten olumutur.
Pantotenik asit koenzim A (CoA)nn bileimine girer. Dolays ile yalarn, proteinlerin,
karbonhidratlarn sitrik asit dngs zerinden metabolize olmas bu koenzime veya vitamine
gereksinim gsterir. Pantotenik asit eksiklii, koenzim Aya baml enzimlerin aktivitelerinin
azalmasna, hcre metabolizmasnn bozulmasna neden olur. Ancak, pantotenik asit doada yaygn
olarak bulunduundan ve barsak floras tarafndan sentez edildiinden insanlarda eksiklii
grlmez. Biotin, heterosiklik, S atomu ieren monokarboksilik bir asittir; birbiriyle kondense
olmu tetrahidroimidazol ile tetrahidrotiyofen halkalar ve tiyofen halkasna bal bir valerik asitten
olumutur. Biotin, bir seri karboksilasyon reaksiyonlarnda enzimlerin prostetik grubu olarak
grev yapar. (rnein, sitrik asit dngsnn oluumu ve glukoneogenesiz iin gerekli okzaloasetat
veren piruvat karboksilazn yapsna girer). Biotinin dier bir kullanm, onun hem proteinleri ve
hem de nkleik asitleri iaretlemede kullanlmasdr. Biotin bu molekllere kovalent olarak
balanabilir. Bu ekilde biyotinlenmis problar hazrlanr ve bu biyotinlenmis hibridlerin tayini
enzimatik veya kimyasal ldama (kemoluminesans) ile yaplabilir. Belirleyici ajan olarak avidin
(yumurta akndan) veya streptavidin (bakterilerden) kullanlr. Bunlarn her ikisi de biotine
kuvvetlice balanr. Yumurta aknda bulunan bir glikoprotein olan avidin, biotin ile birleerek
sindirilemeyen ve dolaysyla barsaktan emilemeyen bir kompleks meydana getirir; yumurta
piirilince avidin denatre olduu iin biotini balayamaz ve bu etki ortadan kalkar.
ekil: piridoksal-5-fosfat
Vitamin B6, doal olarak oluan piridoksol (piridoksin),
piridoksamin ve piridoksalin ortak addr. B6 vitamini suda eriyebilen
dier bir vitamin olup deiik formlara sahiptir: piridoksin,
123

piridoksal ve piridoksamin. Bu vitaminin aktif formu ayn zamanda bir koenzim olan piridoksal-5fosfattr.
Bu koenzim ikinci dnem greceimiz gibi amino asitlerin katabolizmas (amino asitlerden enerji
eldesi iin), sentezi ve birbirine evrilmelerinde rol alr. Piridoksal fosfat amino asitlerin ara
metabolizma reaksiyonlarnda rol olan enzim sistemlerinin kofaktrlerini oluturur; bu enzimler,
-amino asitlerin transaminasyonu, dekarboksilasyonu ve rasemizasyon reaksiyonlarn katalize
ederler. Piridoksal fosfat ayrca nrotransmitterlerden serotonin ve norepinefrinin sentezinde
nemlidir. Triptofann NADye evrilmesi ve miyelin oluumu iin gerekli sfingolipidlerin sentezinde
bu koenzim nemli rol oynar. B6 vitamini protein metabolizmas, krmz kan hcreleri
metabolizmas ve immun sistemle ilikili 100den fazla enzimatik olayla ilikilidir. Ayrca,
triptofann B3 vitaminine evriliminde ve dier vitaminlerin sentezinde rol oynar. Bu vitamin ayrca
birka amino asitin biyosentezi ve modifikasyonunda ve de dopamin ve serotonin
nrotransmitterlerinin biyosentezinde kofaktr olarak kullanlr. B6 vitamini ayrca, hemogobin
biyosentezi ve hemoglobinin ne kadar oksijen tayaca gibi birok kritik biyolojik onksiyona
sahiptir. Enfeksiyon savas olan beyaz kan hcrelerini yapan timus bezi, dalak ve lenf dmleri
gibi organ ve dokular bu vitamin tarafndan korunur. Dolamdaki glukoz enerji kayna olup,
inslinin varlnda hcre iine alnr ve kullanlr. Kan glukoz seviyesi dnce, B6 vitamininin
koenzim olarak kullanld reaksiyonlarla karbohidrat stoklar (r. glikojen) glukoza evrilerek
vcudun kullanmna sunar. B6 vitamini etlerde, baklagillerde, sebze ve meyvede bulunur.
Piridoksol, piridoksal ve piridoksamin insan ve hayvan organizmasnda birbirine deiebilir;
dokularda fosfat esterleri halinde bulunurlar; etkili ekli piridoksal ve zellikle piridoksal fosfattr
Folik asit tetrahidrofolat redktaz enzimi ile
tetrahidrofolata
indirgenerek
tek
karbon
metabolizmasnda grev yapar. Folatlar hemosisteinin
metillenmesinde tek karbon nitelerini salayarak onu
methionine evirirler. Bu da daha sonra S-adanozil
metionin
olarak
bir
ok
hcre
metilasyon
rekasiyonlarnda metil salayc olarak grev yapar.
eitli tek karbonlu tetrahidrofolat trevleri olarak
folatlar
biyosentetik reaksiyonlarda
kullanlrlar
(rnein, kolin, serin, glisin, prinlerin sentezi). Folik asit
eksikliinin en nemli sonucu DNA sentezinin inhibisyonudur. Nukleik asit sentezindeki rolleri
prinlerin (A ve G) ve timinin sentezi srasnda karbon salayc olmalarndandr. Ayrca, amino asit
metabolizmasnda grev yaparlar. Hzl hcre oalmasnn ve gelimenin olduu durumlarda,
zellikle hamilelik srasnda bu vitamin ok nemli derecede gereksinimdir. Folik asit normal kan
hcrelerinin oluumu ve anemiye kar gerekli bir vitamindir. Eksikli ile kanser arasnda nemli
korelasyon vardr.
Vitamin B12 (kobalamin) pirol halkasnda bir kobalt atomu tar. Bu vitamin eksiklii pernisiyoz
anemiye neden olur (krmz kan hcrelerinin olgunlaamamas ve nrolojik fonksiyon bozukluu).
Bu vitamin ayn zamanda salkl sinir hcreleri, krmz kan hcrleri ve DNA sentezi iin gereklidir.
Bu vitaminin etkiledii temel biyolojik olaylar ya asitlerinin, dallanm zincirli amino asitlerin (ls,
izols, valin) ve kolesteroln paralanmas, ve tek karbon metabolizmasndadr. Metil transfer
reaksiyonlarnda kofaktr olarak kullanlmas bu vitamini folat konsantrasyonunun belli dzeyde
tutulmas, yeniden dnm, tanmas ve depolanmasnda nemli klar. Balk, st, yumurta ve ette
bulunduu gibi, barsaktaki mikroorganizmalar tarafndan da bu vitaminin tm formlar yaplr.
124
ekil: B12 vitamini.

C vitamini (askorbik asit) glukoza olduka
benzeyen 6 karbonlu bir molekldr. Bu
vitaminin esas nemli biyolojik fonksiyonu
vcuttaki
baz
nemli
hidroksilasyon
reaksiyonlarnda redkleyici ajan olarak hareket
etmesidir.
Bu vitamin olmadan
protokollajenin yapsna
giren lizin ve prolinin
hidroksilasyonu
gereklemez. Bu
olmadan da
protokollajen normal
kollajen fibrillerini yapamaz. Dolays ile C
vitamini normal bag dokusunun olumas ve
yaralanmalarn iyilemesi iin gerekli bir faktrdr. Kollajenin oluumundaki bu rolnden dolay,
vitamin C eksiklii kemik oluumu bozukluundan (kemiin organik matriksi de kollajen ierir)
klcal damar krlganlna kadar (kollajen bu damarlarn dn evreler) birok malfonksiyona
neden olur. Sigarann bu vitaminin serumdaki seviyesinin dmesine neden olduu kantlanmtr.
Ayrca bu vitamin en iyi bilinen iyi bir antioksidan ve antionkojenik (antikanser) maddedir.
Koenzimler transfer ettikleri
gruba gre
snflandrlabilirler.
Hidrojenden (H) baka
gruplar transfer edenlere
CoA, tiamin pirofosfat, biotin,
lipoik asit rnek
verilebilirken, H transfer
eden koenzimlere NAD,
NADP, FMN, FAD, CoA ve
lipoik asit rnektir.
125

Tablo: nemli koenzimler
Koenzim
Adenozin trifosfat (ATP)
Vitamin
kayna
-
nemli metabolik rol
Mekanistik
rol
Ko-substrat
S-Adenozilmetionin
Fosforil veya nukleotidil gruplarnn

transferi
Metil gruplarnn transferi
Uridin difosfat glukoz
Glikozil gruplarnn transferi
Ko-substrat
Ko-substrat
Nikotinamid adenin
dinukleotid (NAD+)ve
Nikotinamid adenin
dinukleotid fosfat (NADP+)
Flavin mononukleotid
(FMN) ve
Flavin adenin dinukleotid
(FAD)
Koenzim A (CoA)
Niasin
ki elektron transferi ieren

oksidasyon-reduksiyon reaksiyonlar
Ko-substrat
Riboflavin
Bir veya iki elektron transferi ieren

oksidasyon-reduksiyon reaksiyonlar
Prostetik grup
Pantotenat
(B3)
Ail gruplarnn transferi
Tiamin pirofosfat (TPP)
Thiamine (B1)
Bir karbonil grubu ieren iki-karbonlu

yaplarn transferi
Prostetik grup
Piridoksal fosfat (PLP)
Piridoksin
(B6)
Amino asitlerden veya amino asitlere

grup transfer
Prostetik grup
Biotin
Biotin
Substratlarn ATP-baml
karboksilasyonu veya substratlar
arasnda karboksil grubu transferi
Prostetik grup
Adenozilkobalamin
Kobalamin
(B12)
Molekler ii dzenlenmeler
Prostetik grup
Tetrahidrofolat
Folat
Metilkobalamin
Lipoamid
Kobalamin
(B12)
-
Tek karbon bileenlerin, zellikle

formil ve hidroksi metil gruplarnn
transferi; DNAda timinin metil
gruplarn salarlar.
Metil gruplarnn transferi
Retinal
K vitamini
Ubikinon (Q)
Ko-substrat
Ko-substrat
Prostetik grup
Prostetik grup
A vitamini
TPPden bir hidroksialkil grubunun

oksidasyonu ve takiben onun bir ail
grubu olarak transferi
Grme
K vitamini
Baz glutamatlarn karboksilasyonu
Prostetik grup
Yada eriyebilen elektron tayc
Prostetik grup
Ko-substrat
126

Mineral ve eser elementler de, vitaminler gibi vcudumuz iin vazgeilemez nemde esas beslenme
faktrleridir. Ancak, mineral ve eser elementlerin salk iin tad nem vitaminler kadar
gnmzde iyi vurgulanm deildir. nsan vcudunun kuru arlk olarak, %95-96'sn organik ( C,
O, H ve N), % 4-5'ini ise mineral ve eser elementler (inorganik yap talar) oluturur. Ana besin
kayna ierisinde su, proteinler, yalar, ekerler ve vitaminlerle birlikte mineral ve eser elementler
de yer almaktadr. Tpk vitaminler gibi mineral ve eser elementler de gnlk olarak ok dk
miktarlarda besinlerle alnmalar gerekir.
Mineral elementler doal olarak
toprakta bulunur. nsanlar,
mineral ve eser element
ihtiyalarn toprakta yetien
tahl, sebze ve meyvelerle ya da
iftlik hayvanlarnn et ve dier
ilenmi rnlerini yiyerek
alrlar.
Mineral
ve
eser
elementler vcuttaki (doku ve
organlardaki) dzeylerine ve
dardan
gnlk
alnmas
gerekli olan miktarlara gre iki
ana gruba ayrlr. Birinci Grupta
yer alanlara makro (bol)
elementler
denilmekte.
Bunlarn vcut iin gereken
miktarlar gram (g) olarak ifade
edilirken, mikroelementlerin
miktar ise miligram (mg)
olarak ifade edilir. Sodyum (Na),
potasyum (K), kalsiyum (Ca), fosfor (P), magnezyum (Mg), klor (Cl) ve slfr (S) makroelement
grupta yer alrken, demir (Fe), bakr (Cu), inko (Zn), kobalt (Co), manganez (Mn), molibden (Mo),
krom (Cr), selenyum (Se) ve iyot (I) mikroelement (eser element) grubunda yer alr.
Kalsiyum ve fosfor nemli makrominerallerdir. Vcutta en ok bulunan mineral kalsiyumdur (Ca)
ve byk ksm kemiklerde bulunur. Vcudumuzun toplam minerallerinin % 40n bu mineral
oluturur. Esas rol kemik ve di oluumunda grev yapmasdr. Birok enzim aktivitesi iin,
hormonal cevaplar ve kan phtlamas iin gerekli bir elementtir. Sinir impulsu iletiminde
kullanlmas, hcre duvar geirgenliinde rol almas dier nemli fonksiyonlardr. Peynir, st ve
st rnlerinde nemli miktarda bulunur. Eksiklii byme bozukluu, kemik oluumunda anomali
(raitizm, osteoporosis) gibi sonulara neden olur. Kalsiyum, kalsiyumfosfat bileiinde kemik ve
dilerin esas yapsal malzemesini oluturur. Kalsiyumun hcre iine veya dna atlmas ile
dzenlenen bir seri fizyolojik aktivite vardr (r. nral trazmisyon ve kas kaslm gibi). Kalsiyumun
dier bir hcre ii fonksiyonu hormonlar veya baka molekller iin ikincil mesajc olarak
davranmasdr.
Fosfor (P) da vcudumuz toplam mineral miktarnn % 25ini oluturmas ile nemli oranda
bulunur. Kalsiyum gibi bu elementin de kemik ve di oluumunda nemli rol vardr. Ayrca kas
oluumu, DNA ve RNAnn yapsna girme, enerji yapm, fosfolipid oluumu, karbohidrat ve amino
asit metabolizmasna girmesi bu elementin dier enmli fonksiyonlar arasnda saylabilir. Eksiklii
itahszlk, kuvvetsizlik, kemik arlar ve geliim bozukluklar ile kendini belli eder. Daha ok tahl
kaynakl bir elementtir.
127
Sodyum (Na) su, asit-baz dengesinin salanmas, kas kaslm ve sinir impulsu ve karbohidrat
emilimi gibi fonksiyonlar ile bilinir. shal, ar terleme ve su kayb be elementin eksikliine sebep
olur. Tuz, turu gibi maddeler nemli miktarda sodyum kaynadr.
Klor (Cl) da sodyum benzeri fonksiyonlara sahiptir. Mide asitliinin (HCl) salanmasnda ve bylece
demirin, B12 vitamininin emiliminde yardmc rol alr. Tuz ieren rnlerde bulunur.
Magnezyum (Mg) kemik ve dilerin yapnda bulunur, hcre metabolizmas iin esastr.
Fosforilasyonla ilikili enzimlerin aktivasyonunda grev yapar. Bu nedenle zellikle ATP gerektiren
enzimatik reaksiyonlarda bu metalin nemi vardr. Kalsiyumun tersine sinir impulslarn gevetir.
Daha ok tahlsal kaynakldr. Magnezyum ayrca fosfat gruplarna balanarak baz yaplar daha
kararl klar (r. ATP ve membran fosfolipidleri).
Potasyum (K) uygun asit-baz dengesinin salanmasnda, eitli besinlerin hcre iine tanmas
veya dar atlmasnda grev yapar. Kalp kas zerinde kalsiyumun tersine rahatlatc bir grev
yapar. Pankreas tarafndan inslin salnmnda yardmc rol oynar. Kalsiyum ve fosfordan sonra
vcutta en bol bulunan nc element potasyumdur. Hcre iinde en bol bulunan bu pozitif ykl
iyon, bu yn ile hcrenin elektrolit ortamn salar.
Kobalt (Co) iin en yaygn bilinen fonksiyon krmz kan hcrelerinin oluumunda nmli rol olan
B12 (kobalamin) vitamininin yapsna girmesidir. Bu elemen birok besinde bulunur.
Bakr (Cu) barsak sistemi tarafndan demirin emilimi, birka enzim sisteminin yapsna girmesi,
merkezi sinir siteminin yap ve fonksiyonu, san normal pigmentasyonu gibi olaylarda rol alr.
Elektronlar bir substrata aktarmak iin baz metalloenzimlerdeki bakr +2 ve +1 ykleri arasnda
deiir.
Flor (F) di ve kemik yapsna girer, di salnda nemli rol vardr.
yot (I)un balca rol tiroit hormonlarnn yapsna girmesidir.
Demir (Fe) hem grubu eklinde bir protein zinciri (globin) ile birleince hemoglobin (ve
miyoglobin) oluur. Bu element ayrca enerji metabolizmasnda grev yapan enzimlerin
(sitokromlar) kofaktr olarak bulunur. Demir ayn zamanda baka bir sitokroma ilesi olan P-450
ad verilen bir seri enzimin yapsna girer. P450 enzimleri eitli toksik kimyasallarn ve steroid
metabolizmasnda kullanlrlar. Demir aerobik metabolizmay ekilde etkiler. Birincisi elektron
transfer zincirini (ETZ) iin gerekli oksijenin hcre iine tanmas, ikincisi Krebs dngsnde
akonitaz enziminin yapsna girerek ve son olarak ve bylece yarak ETZdeki sitokromlarn ve
demir-slfr proteinlerinde katalitik merkezde bulunmalardr.
Mangan (Mn) kemik ve dier ba dokusunun oluumunda, kan phtlamasnda, insulinin etki
yapmasnda, kolesterol sentezinde ya, karbohidrat ve protein ve nkleik asitlerin
metabolizmasnda rol alan baz enzimlere aktivatr grevi yapar. Dier nemli bir biyokimyasal
fonksiyonu mangann baz metalloenzimlerin yapsna girmesidir. Buna en iyi rnek mangan
superoksit dismutazdr (Mn SOD). Mn SOD zellikle mitokondride oluan superoksit radikallerini
ortadan kaldrr. Mn ieren baka dier iki nemli metalloenzim re dngsnn son aamasn
katalizleyen arjinaz ve karcierde glukoz sentezinde grev yapan piruvat karboksilazdr.
128

inko (Zn) hem katalitik hem de dzenleyici nemli bir elementtir. Hemostasis, immn cevap,
oksidatif stres ve apoptosis ve yalanmaya kar grevleri vardr. Hcre oalmas ve
farkllamasnda rol alr. Metbolik enzimler, transkripsiyon faktrleri ve hcre sinyal proteineri gibi
bir ok enzim ve proteinin yapsna katlr. Serbest radikal oluumunu engelleyerek doku, organ ve
makromolekllerde hasar oluumunu nler ve baklk sistemini glendirir. Timlin denilen ve T
hcrelerinin olgunlamas ve farkllamasnda grev yapan bir hormonun aktivitesi iin gerekir.
Eksiklii mitokondiryal lipd peroksidasyonuna, hcrenin yalanamsna, yava bymeye, itah
kaybna (anoreksia), demir baml anemiye, ve geikmi cinsel olgunlua neden olur. mmn sistemi
glendirme, yalanmaya ve strese kar fonksiyonlar ile bilinen hcre ii metallotionein
proteinlerinin nemli ksm inko baml proteinlerdir.
Selenyum (Se) da son yllarda salkl yaamadaki
rol ile nemli alma konusu oluturan bir
element olmutur. zellikle ar metal toksistesine
kar ve serbest radikal oluumunu basklayc
rolleri ile bilinmektedir. Bu element ayn zamanda
vcutta antoksidan olarak alan eitli glutatyon
peroksidaz enzimlerinin yapsna katlr. Normal
immn sistem ve tiroit bezi aktivitesinde grev
yapar. Tiroid hormon sentezinde enzimatik
kofaktr olarak kullanlr.
Molibden (Mo) bir ok enzimin yapsna girer.
Demirin (heme olarak) globine balanmas iin
riboflavinle birlikte alr.
Krom (Cr)un en nemli fonksiyonu inslinin
yapsnda rol oynamasdr.
Slfr (S) kkrt olarak da bilinir. Proteinlerde
dislfit (-S-S-) kprlerinin oluumunu salar. Bu balar iki sistein amino asitinin tiol gruplarnn (SH) karlkl gelmesi ve oksitlenmesi ile oluur. Amino asitlerden sistein ve metioninin yapsna
girer. Biotin, tiamin ve insulin gibi yaygn bilinen molekllerin yapsna katlr.
129

ZLM SORULAR
1. Aada enzimlerle katalizlenen her reaksiyonun tipini ve hangi koenizmin reaksiyonda grev
aldn belirleyiniz.
2. NAD+, FAD ve koenzim Ann ortak yapsal zellii nedir?

3. Laktat dehidrogenzla (LDH) laktatn piruvata oksidasyonunda
NAD+ laktattan iki elektron transfer edilen bir olayla indirgenir.
Laktattan ayn zamanda iki prton da ayrldndan indirgenmi
koenzimi NADH2 eklinde yazabilirmiyiz? Aklaynz.
4. Warfarin rodent (kemirgen)leri ldrmek iin kullanlr ve genel olarak i
kanamalara neden olduunan tm hayvanlar iin toksiktir. Warfarin halkasal
vitamin trevi bir koenzime yap olarak benzer ve bu koenzimin fonksiyonunu
bozarak etki yapar. Bu hangi koenzimdir?
130
10 SERBEST RADKALLER, OKSDATF STRES,

ANTOKSDAN SSTEMLER
Yeryz zerinde molekler oksijen (O2) yaklak 2 milyar yl nce fotosentetik

mikroorganizmalarn suyu paralama kabiliyetleri sonucu ortaya kt. Oksijen imdiki
biyosferimizin en bol bulunan elementidir. Onun kuru havadaki konsantrasyonu ise %21dir.
Oksijen herhangi bir anda ancak bir elektron kazanr. Bylece oksijenin radikal olmayan kovalent
molekllerin ou ile reaksiyonu yava olmu olur. Ancak burada nemli bir dezavantaj, oksijene
elektronlar tek tek eklendiinde reaktif ara rnlerin oluur. Bunlardan ikisi serbest radikaldir.
Oksijenin 4 elektronla suya redksyonu srasnda srasyla sper oksit anyon radikali
(-O2.),
hidrojen peroksit (H2O2), hidroksil radikali (OH.) ve su (H2O)oluur.
Serbest radikal bir veya daha fazla elememi elektrona sahip bir atom veya molekldr. Bu
tanmlama bir biradikal olan oksijen molekln, hidrojen atomunu ve geili metal iyonlarnn
ounu kapsar. 19. yzyln sonlarndan beri bilinmektedir ki oksijen canl sistemlerin ou iin
esassa da bu molekl ayn zamanda toksik bir karaktere de sahiptir.
Molekler oksijen, aerobik yaam iin hem gereklidir, hem de reaktif oksijen trlerinin
oluumundan dolay btn canllar iin tehlikeli olabilir. Atmosferik oksijen (O2)in %21 veya daha
st insanlar iin toksiktir. Canllarn molekler oksijene olan gereksinimi ve toleransna gre
aerobik, anaerobik ve fakltatif anaerobik olduklar bilinir. Zorunlu aeroblarda oksijene acil ve
zorunlu bamllk, elektron transport sisteminde son elektron alcs olarak oksijenin
kullanmasndan ileri gelir. Zorunlu anaeroblarda ise molekler oksijen varlna tolerans
gsterilmez. Fakltatif anaeroblar oksijenli ortamda yaayabilirlerse de ya oksijeni hi kullanmazlar
veya oksijeni snrl bir dzeye kadar metabolize ederler. Aerobik koullarda yaayan canllar iin
oksidatif fosforilasyonun ATPnin byk ksmn (% 90 kadarn) salamas gibi saysz faydalarnn
yannda oksijenin ok nemli tehlikeleri de vardr. Oksidatif fosforilasyonda molekler oksijenin 4
elektronluk indirgenmesi ile H2Oya dnmesi esastr. Ancak, oksijenin suya indirgenmesi ile
sonulanan mitokondriyal elektron aknn % 1-5 kadar elektron kaaklar ile sonulanmakta ve
bu da oksijenin ksmi indirgenmesine neden olmaktadr. Oksijenin 4 elektronla suya
indirgenmesinin yerine, 3, 2 ve 1 elektronla indirgenmesi reaktif oksijen trlerinin (ROTlar) ortaya
kmasna neden olur.
Oksijenin 1 elektron alarak redklenmesi (O2 + e- O2 ) speroksit anyon radikali (O2-)nin,
2 elektron kazanarak redklenmesi (O2 + O2 + 2H+ H2O2 + 1O2) hidrojen peroksit
(H2O2)in ve 3 elektron alarak redklenmesi (Fe+2 + H2O2 OH- + Fe+3 + OH ) ise
hidroksil radikali (HO-)nin ortaya kmasna neden olur. Tekil oksijenle beraber belirtilen bu
ROTlar, potansiyel hasar etkeni rnler olarak snflandrlp; reaktif oksijen ara rnleri veya
serbest oksijen radikalleri olarak da isimlendirilirler. O2in hasar verici etkisi oluturmu olduu
serbest oksijen radikallerinden dolaydr. Yukarda da belirtildii gibi, serbest radikal, elenmemi
en az bir elektrona sahip molekl ya da atomdur. Serbest radikaller; katyonik, anyonik ya da ntral
yapda olabilir ve ar derecede reaktiftirler.
131
Blm 10: OKSDATF STRESS (Prof. Dr. smet Ylmaz/nn niversitesi, Kimya Blm)
ROTlar, serbest radikaller yannda hidrojen peroksit (H2O2), hipoklorz asit ve tekil oksijen gibi bir
veya daha fazla elenmemi elektron iermeyen, fakat ekstra ve intraseller ortamda serbest radikal
oluturma kapasitesine sahip moleklleri de ierirler. Oksijenin bir elektron (e-) alarak
indirgenmesi ile speroksit anyon radikali (O2 ) oluur.
O2
e- O2
Speroksit hidroksil radikaline oranla reaktivitesi daha zayftr, membranlar geemez ve az sayda
hcresel hedeflere hasar verir. Spontan olarak sulu ortamda hidrojen peroksit ve tekil oksijene
dismute olur ve hcre hasar oluturur. Ayrca speroksitin ortamdan uzaklatrlmas speroksit
dismutaz (SOD) ile ok daha hzl bir ekilde H2O2e dismutasyonuyla gereklemektedir.
O2 + O2 + 2H+ H2O2 +
1O
2
Oluan tekil oksijen (1O2), serbest radikal olmamasna karn kuvvetli bir okside edici ajandr ve
birok moleklle etkileir. Membran lipidlerine etki ederek peroksitleri (lipid peroksidasyonu)
oluturur.
Hidrojen peroksit, serbest radikal deildir ve nispeten anreaktiftir. H2O2, biyolojik membranlar
geerek, intraseller olarak fosfolipitler, karbonhidratlar, metalloproteinler ve DNA ile reaksiyona
girerek hasara sebep olmaktadr. Speroksitin dismutasyonuyla oluan hidrojen peroksit, birok
fizyolojik fonksiyona sahiptir. Baz enzimler (ksantin oksidaz, glikolat gibi) direkt olarak hidrojen
peroksit oluturlar. SOD tarafndan oluturulan hidrojen peroksit daha ok intraseller (hcre ii)
ortamda bulunan katalaz enzimi ile suya ve oksijene dntrlr.
2H2O22H2O + O2
Ekstraseller (hcre d) ortamda katalazn grevini daha ok selenyum baml enzim olan
glutatyon peroksidaz (GSH) stlenir.
2GSH + H2O2 GSSG + 2H2O
O2, biyolojik materyallerde nemli indirgeyici reaksiyonlar indkler; rnein, ferritin gibi
metalloproteinlerde ferrik formdaki demir (Fe+3)i ferrus form (Fe+2)a indirgeyebilir.
Fe+3 + O2 Fe+2 + O2
Demir bal proteinin indirgenmesi, biyolojik materyallerde nemli bir reaksiyondur. nk o, ok
yksek oranda reaktif olan hidroksil radikali (OH.-)ne dnm salayacaktr.
Hidroksil radikali en reaktif okside edici radikaldir ve in vivo koullarda yksek bir reaksiyon hzyla
hemen hemen her molekle saldrr. Hidroksil radikali lipit peroksidasyon olarak bilinen klasik
serbest radikal zincir reaksiyonunu balatabilir.
132

ekil: ROT retiminin ve antioksidatif sistemlerin dengesi.
Antioksidan
savunma
Oksidatif stres
Membran fosfolipitlerin
yaknnda hidroksil radikali
olutuu zaman, peroksil
radikali, lipit hidroperoksitler
gibi radikaller oluturur.
Hidroperoksitlerin akmlasyonu
membran fonksiyonunu bozabilir ve
sitotoksik aldehidler oluturabilir.
SOD
CAT
GPx
-tokoferol
askorbik asit
GSH
GR
O2
H2O2
OH.MDA
4HNE
NO.GSSG
Hcre
lm
Fe+2
H2O2
Yaam
OH- + Fe+3 + OH
Oksidatif stres; hcresel antioksidan dzeyinin, reaktif oksijen dzeylerine kar yetersiz kalmas
sonucu, toksik bir etkinin balamas olarak tarif edilir. Bu durum ya antioksidan savunmalarn
yetersizlii, ya reaktif oksijen trlerinin ar retimi, ya da her ikisinden dolay olmaktadr. ROT
retiminin ar artmas veya antioksidan savunmann azalmasndan dolay her iki sistemin
dengesizlii oksidatif strese yol amaktadr .
O2
H2O
Katalaz
O2
GSH peroksidaz
H2O
Mitokondri
P450 redktaz sistem
Ksantin ve ksantin
oksidaz
NADPH oksidaz
semikinonlar
GSH
GSSG
L-sistein
O2
.-
SOD
H2O2
Fe, Cu
.
Peroksinitrit
H2O
yonize radyasyon
NO
Vitamin E
Kinonlar
OH.DNA hasar
Lipid peroksidasyonu
Protein oksidasyonu
ekil: ROT oluumu ve antioksidan savunma mekanizmas.
133
Oksidanlar, iyonize radyasyon, U.V. , kimyasal reaksiyonlar, enzimatik olarak metal iyonlarnn
serbest geiini kapsayan redoks katalizleriyle veya enzimlere metal iyonlarnn balanmas gibi
birok yolla retilmektedirler. Oksidanlar, slfr merkezli radikaller, reaktif nitrojen trleri ve
reaktif oksijen radikallerini kapsamaktadr. Elenmemi bir veya daha ok elektronlu molekller
gibi olan reaktif trlerin hepsi radikal deildir, fakat birok durumda, oksidasyonla
biyomolekllerin hasarlanmas sonucu oluan reaktif non-radikal trler, radikaller gibi davranrlar.
Bu ekilde reaksiyonlar oaltarak, radikallerin kendi kendine oksidasyon rnlerini oluturmas,
ar hasara yol aan, en tehlikeli reaksiyon tipidir.
Reaktif oksijen trleri, lipitlere, proteinlere, nkleik asitlere hasar verebilen ve insan
karsinogenezisinde rol oynayan oksidatif metabolizmann kalamayan bir yan rndr.
Aktive oksijen, birok kompleks kimyasal reaksiyonlarn gerekletii metabolizmann bir
komponenti olarak sk sk oluur, fakat evresel veya kimyasal streslerin sebep olduu
metabolizmadaki kark durumlarn bir sonucu olarak, elektron transport sistemleri veya
enzimlerin disfonksiyonuyla, en bata mitokondri olmak zere endoplazmik retikulum, plazma
membranlar, kloroplastlar, mikrobadiler ve hcre duvarlarnda oluturulur. Aktive edilmi
oksijenin organik substratlarla reaksiyonlar, homojen zeltilerde, in vitro artlar altnda
komplekstir, fakat biyolojik sistemlerde membran yzey zellikleri, elektriksel yk,
makromolekllerin balayc zellikleri, enzim, substrat ve katalizrlerin kompartlamasndan
dolay ok daha komplekstir. Bylece tek bir hcre iinde bile eitli blgelerde oksijenli
reaksiyonlarn kapsam ve doas farkldr. Oksidatif stresin nemli hcresel kayna;
motikondrilerde solunum zincirinde, oksijenin tamamen indirgenmemesi ile reaktif oksijen
trlerinin oluumu ve hipoklorik asitin oluumuna yol aan miyeloperoksidaz ve speroksit radikali
reten NADPH oksidaz araclyla oksidatif yanmay ieren savunma sistemleridir. Bir dier nemli
molekl ise, anreaktif olarak L-arjinini NO. ve L-sitruline dntren, nitrik oksit sentazlar olarak
isimlendirilen bir grup enzim ile sentezlenen, nitrik asittir. Oksijen veya speroksit varlnda NO .,
nitrojen dioksit ve peroksinitrit olan daha reaktif trlere dntrlr.
Biyolojik sistemlerde, oksidatif stresle oluturulan reaktif trler, genel olarak radikaller olarak
dnlr. Bunlar biyomolekller iin genellikle yksek oranda reaktif olan bir veya daha ok
elenmemi elektronlu molekllerdir. zellikle hidrojen peroksit gibi radikal olmayan, oksijenden
tretilmi dier reaktif molekller de vardr. Elenmemi iki elektronunun antiparalel spiniyle
karakterize olan tekil oksijen (1O2), normal triplet oksijenle karlatrldnda (3O2), yksek
oranda reaktiftir. Prensipte, her iki trde oksijen olmasna ramen, radikaldir.
Aerobik organizmalarda, mitokondri tarafndan oksijenin kullanlmas sonucu, speroksit (O2.-),
hidrojen peroksit (H2O2) ve hidroksil radikali (HO.-) gibi birka reaktif radikal retilmektedir. Ayrca
nitrik oksit (NO.) de mitokondri tarafndan retilir ve yalanma ile oluturulan birka hastalkla
birlikte yalanma srelerini de kapsayabilir. Oksidan rnlerin bir dier potent kayna
fagositlerdir ve onlar speroksit (O2.-), hidrojen peroksit (H2O2), hidroksil radikali (HO.-), nitrik oksit
(NO.) ve hipoklorik asit (HOCI) retirler. HOCI, nitrit varlnda nitrojen dioksit (NO2.) ve nitril
klorid (NO2CI) gibi dier reaktif metabolitleri oluturabilen bir inflamasyon arac ve gl bir
oksidan olan klorlu bileiklerdir.
Potansiyel olarak zararl bileiklerin olumasna nemli bir ekilde katkda bulunabilen nitriti,
NO2Cl ve NO2.ye dntren, aktive edilmi insan polimorfonlear ntrofillerinin varlda sz
konusudur.
134

Peroksinitrit (ONOO-), aktive olmu makrofajlar ve endotelyal hcrelerde kefedilmi olan
nitratlayc ve gl bir okside edici ajandr. Makrofajlar ve ntrofiller gibi farkl hcre tiplerinin
birounda ortaya karlm olan nitrik oksit ve speroksitin reaksiyonu sonucu retilen
peroksinitritin, DNAda zincir krlmalar ve yap modifikasyonlar gibi DNA hasar, iskemireperfzyon hasar ve aterosklerozis gibi doku hasar ve oksidatif stresle balantl olduu
gsterilmektedir.
ekil: Basit bir ekilde oksidan veya radikal olarak tanmlanan reaktif oksijen, reaktif nitrojen ve
klorlanm trlerin potansiyel olarak aa karlm etkileri, yalanma srecinde etkili olabilir.
Aerobik organizmalar, kompleks antioksidan savunma sistemleri tarafndan oksidatif saldrlara
kar iyi bir ekilde korunmaktadr. Oksidatif stres olarak tanmlanan, oksidanlar ve antioksidanlar
arasnda meydana gelen bir dengesizlik, yalanma sreci boyunca gzlenmektedir. Oksidan trler
tarafndan indklenmi oksidatif stres, antioksidan savunmalarn tketildii ya da radikal
reaksiyonlarn, antioksidan savunma mekanizmalarndan daha byk olduu durumlarda meydana
gelir.
Biz immn sistemde nemli pozitif rol oynayan oksidanlarn retimine katkda bulunan, oksijence
zengin bir evrede yayoruz ve besinlerden enerji elde etmek iin oksijeni kullanyoruz. Bunun
sonucu olarak salnan oksijen radikallerinin kontrol ve retimi hayat srecinin bir paras haline
gelmektedir.
Oksijen, oksijenden tretilmi serbest radikalleri oluturmak iin, dier molekllerden elektronlar
kolay bir ekilde alr. Oksijenin hcreler iin toksik olmas, bu zelliinden dolaydr. Solunum dahil
bir ok hcre ii reaksiyonlarda oksijen, speroksit (O2.-) veya hidrojen peroksit (H2O2)e indirgenir.
135
Bu molekller, dier biyolojik molekller ile sadece orta derecede reaktiftir, fakat onlar biyolojik
sistemlerde reaktif oksijen trlerinden oluturulan oksidatif hasarn en ou iin dorudan sorumlu
olabilen ve en yksek miktarda reaktif olan hidroksil radikalini oluturabilir.
Aerobik hcreler reaktif oksijen trlerinin hasar etkilerini nlemek iin, oksidatif kuatmann
devam ettii durumlarda gzlenen geni bir savunma mekanizmasna sahiptirler ve bu hcrelerin
hayatta kalmas, antioksidanlar ve ROT arasnda bir dengeye baldr.
Canllarn hayatlar boyunca etkilendii reaktif oksijen trleri, oksidatif hasarlara yol amaktadr.
Kmlatif ve potansiyel olarak artan miktardaki hasar, yalanmadaki fonksiyonel ve patolojik
bozukluklara yol amaktadr. Serbest radikallerin DNA, proteinler ve lipidlerde hasarlara yol at
bir ok aratrc tarafndan almalarla bildirilmitir. Oksidatif stres, oksijen serbest radikallerinin
oluumu ve antioksidan savunma sistemleri tarafndan bu trlerin inaktivasyonu arasndaki
dengesizliin bir sonucu olarak ta meydana gelmektedir.
ROTleri, mutagenezis, karsinogenezis ve tmr ilerlemesine sebep olan faktrler olarak
nerilmekte ve birok insan hastalklarnn patofizyolojisini ve sebeplerini ortaya karmaktadr.
ROTleri DNAda zincir krlmalarn ve ayn zamanda mutagenik ve karsinogenik etkilere yol aan
DNA yapsnn oksidatif modifikasyonlarn da indkler. ROTleri normalde ksa yarlanma mrne
sahip olmasna ramen DNA, proteinler ve doymam ya asitleri ile reaksiyona girebilirler. Bu
durum DNAda zincir krlmalar ve oksidatif hasar, protein-protein ve protein-DNA apraz
balanmalar ile sonulanr. Lipidlerin oksidasyonu, hcrede ok daha uzun reaksiyonlar ile devam
eden lipit peroksitleriyle sonulanr. Onlar radikal zincir reaksiyonlarn balatr ve bylece sebep
olduklar oksidatif hasar artar.
Btn membran lipitleri polidoymam ya asitleri (PUFA)ni ierir ve serbest radikal hasarna kar
hassastrlar. PUFAlar C=C gibi ift bal karakteristik bir yapya sahiptir. Bu yap, peroksit
rnlerini oluturan, dien konjugatlarna kar ve molekllerden H atomlarnn karlmasna yol
aan hidroksil radikaline kar hassastr.
Reaktif oksijen trleri ya da dier reaktif maddeler proteinleri oksitleyerek, onlarn oksidatif
modifikasyonlarnda rol oynayabilirler. Aromatik aminoasitlere, sisteine ve dislfit balar (S-S)na
saldrrlar. Bu durum immnoglobulinler, albumin ve kollajeni kapsayan eitli ekstraseller
proteinlerin konformasyonel btnln ciddi olarak etkilemektedir ve sonuta bir ok fizyolojik
bozukluk ve hastalklarn sebebi veya geliiminden sorumlu olmaktadrlar. Proteinlere serbest
radikal saldrsnn karakteristik bir zellii, otoflorescens oluumudur. Bu florescent protein
deiimleri, kataraktl lenslerde ortaya kmaktadr.
Serbest radikaller karsinogenezis iin de bir aracdr. Bu mekanizma, DNAda tek ve ift zincir
krlmalarna, mutagenezise ve hcre lmlerine yol aar. Hidrojen peroksitin metal iyonlar (Fe ve
Cu) ile DNAda etkiletii zel bir blgede, hidroksil radikalinin hasarna yol aar.
DNA ile interelat oluturabilen ve balanabilen sigara dumanndaki semikinonlar normal olarak,
speroksit radikali ve hidrojen peroksit retirler. Aktif oksijen trleri, radyasyonla indklenmi
karsinogenezisde btn DNA zincir krlmalarnn %70inden sorumludur.
Glukoz, mannoz ve deoksi ekerler gibi ekerler, hidrojen peroksit retmek iin otooksidize olurlar.
Monosakkaritlerin otooksidasyonuyla retilen okzoaldehitler, diyabet, kanser ve sigara iimiyle
ilgili hastalklarn bir gstergesi olarak ortaya kmaktadr. Diyabet hastalarnn serumlarnda
136

bulunan florescent albumin kompleksleri ve florescent IgG kompleksleri, oksijen serbest radikalleri
tarafndan retilmektedir. Fizyolojik artlar altnda otooksidize olabilen basit ekerler; diabetes
mellitusta mikroanjiyopatik komplikasyonlarda ortaya kan, eitli proteinlerin apraz
balanmasn ve oksidasyonunu arttrabilen speroksit radikalini retirler.
Oksijen radikalleri, yksek vizkozitede kalmak iin, sinoviyal svda bulunan hiyalunorik asit gibi
karbonhidrat polimerlerinin paralanmasna da sebep olmaktadrlar. Romatoid artiritte
karbonhidrat polimerleri, oksijen radikalleri tarafndan oluturulan uyarlm bir etki ile
depolimerize olmutur.
Oksijen, organik molekllerin oksidasyonuyla enerji elde etmek iin kurulmu metabolik
reaksiyonlarda primer oksidandr. Oksijen kullanlan metabolik reaksiyonlar oksidatif stresle
sonulanr ve btn hcrelerde prooksidan /antioksidann denge durumunda bir bozulma olarak
tanmlanr. Oksidatif stresin bu tanmnda hcreler, normal aerobik metabolizma boyunca devaml
bir ekilde retilen ve detoksifiye edilen oksidanlarn tamamn kapsayan prooksidan/antioksidan
sistemlere sahiptir. Ek oksidatif olaylar meydana geldiinde, prooksidan sistemler antioksidanlarn
dengesini bozar ve potansiyel olarak lipitler, proteinler, karbonhidratlar ve nkleik asitler iin
oksidatif hasar retir, son olarak ar oksidatif stres hcre lmne yol aar. Hafif ve kronik
oksidatif stres, bu sistemlere katlan proteinlerin indklenmesi veya basklanmasyla ve glutatyon,
E vitamini gibi hcresel antioksidan depolarnn tkenmesiyle antioksidan sistemleri deitirebilir.
Prooksidan/antioksidan sistemler arasnda bir bozukluk, radyasyon, evre kirleticileri ve verilen
ilalar (ksenobiyotikler, yabanc maddeler)n metabolizmas ve hastalk veya enfeksiyonlara
immm sistemin cevabn ieren durumlar farkl oksidatif saldrlarla sonulanr. Radikal; oksijen
veya nitrik oksit gibi kk bir gaz molekl olabilir veya protein, karbonhidrat, lipit veya nkleik
asit gibi byk bir biyomolekln bir paras da olabilir.
Reaktif oksijen trleri, mitokondriyal ve mikrozomal enzimatik reaksiyonlarda, aerobik
metabolizmann normal bir rn olarak oluturulmaktadr. Fakat reaktif oksijen trleri
patofizyolojik artlarda yksek oranda retilmektedir.
Membrana bal mikrozomal monooksijenaz (MMO) sistem ou hayvan dokularnn endoplazmik
retikulumunda lokalize olmutur. MMO bileikleri karacier hcrelerinde bulunmasna ramen, bu
sistem akcier, bbrek, beyin, lenfositler, vaskler dz kaslar, burun, intestinal epitel ve nazal
mukozada da mevcuttur. ok sayda eksojen ve endojen bileiklerin oksijenasyonunu katalize eden
MMO sistemi, terminal oksidazlar olarak hem-tiyol protein olan P450 sitokromlardan olumaktadr.
MMOnun temel fonksiyonu, baz endojen substratlarn yansra ekzojen bileliklerin (ilalar,
karsinojenler ve ksenobiyotikler) oksijenasyonu olarak ortaya kmaktadr. Monooksijenaz
reaksiyonlar, flavoprotein NADPH-P450 redktaz ile P450ye aktarlan iki elektronun giriine
ihtiya duyar. P450 iin elektron girii, oksijen aktive etmek ve sonunda bir oksijen atomunu
substrat moleklne yerletirmek iin gereklidir. MMO sistemi reaktif oksijen trlerinin retiminde
rol oynayarak hcrelerde oksidatif stresin kayna olarak da yer almaktadr. karyotik
monooksijenazlarda, aktive edilmi oksijenin nemli bir ksm herhangi bir substrat modifikasyonu
olmakszn enzimden salnr. Pek ok hcrede MMO, mitokondri tarafndan retilen seviyelere
benzer olarak ROSun fizyolojik olarak nemli seviyelerini retir. ROT, P450 katalitik dngsnn
ayrmas ile primer olarak retilir. ROT lipit peroksidasyonu, protein disfonksiyonu, nkleik asit
oksidasyonu, hcre lm ve kanseri ieren eitli toksik etkilere yol aan hcresel
makromoleklleri dorudan modifiye edebilir.
137
Reaktif oksijen trleri, membran fonksiyon kaybna, membran akkanlnn ve sonuta membran
yapsnn bozulmasna yol aan lipit peroksitlerinin oluumunda, membran fosfolipitleriyle zincir
reaksiyona neden olan yksek derecede toksik oksidanlardr.
Vcutta ok sayda biyokimyasal reaksiyon, hcresel hasara sebep olabilen elememi elektronlu
moleklleri, serbest radikalleri ve yksek oranda reaktif oksijen ieren moleklleri retirler.
Reaktif oksijen trleri ve serbest radikallerin evresel kaynaklar; kirleticiler, organik zcler,
pestisitler, sigara duman, anestetikler, hiperoksiya ve belirli ilalardan oluur. Ayrca ar egzersiz
ve iskemi de serbest radikal retimine yol aar.
Elenmemi bir elektron, stabil deildir ve yksek oranda reaktiftir. Elenmemi elektronun stabil
duruma dnmesi iin, bir dier elektronla iftlemesi gerekir. Serbest radikaller, ihtiya duyulan
elektronu yakalamak iin giriimde bulunan dier bileiklerle hzl bir ekilde reaksiyona girer.
Genel olarak serbest radikaller, vcutta en yaknndaki stabil molekle kolayca saldrarak bir
elektronu karr. Bir elektronun kaybyla, stabil molekln kendisi bir serbest radikal olur ve bir
zincir reaksiyonu balar.
Antioksidanlar, kendi elektronlarndan birini vererek serbest radikalleri ntralize eder, bylece
elektron karan reaksiyonlar sonlanr.
Serbest radikaller gittikleri her yerde hasara sebep olan kasrga gibidir. Onlar, yaygn olarak hcre
membranlarnda doymam ya asitleri ve lipoproteinlere saldrarak, lipid peroksidasyonu olarak
isimlendirilen zincir reaksiyonlarn balatrlar. Kontrol edilmeyen lipit peroksidasyonu, hcre
yaplarna hasar verir ve onlarn fonksiyonlarn bozar. Lipid peroksitler, indirgenmis glutasyona
(GSH) bagml selenyumlu bir enzim olan GS-peroksidaz tarafndan lipid alkollere evrilerek
inaktive edilirse de, gerek speroksit gruplaryla fazla miktarda lipid peroksitlerin sekillendirilmesi
ve gerek selenyum eksikligi ve gerekse ortamdaki GSHnn tkenmesine neden olabilen dietilmaleat,
dioksin gibi maddelerin bulunmas, lipid hidroperoksitlerinden serbest lipid gruplarn olusmasna
yol aar. Serbest lipid gruplar da, ayrca doymams yag asitlerinin peroksidasyonuna neden olur.
Lipid hidroperoksitlerin ykm ile olusan ve biyolojik olarak aktif olan aldehidler ya hcre
dzeyinde metabolize olurlar ya da baslangtaki etki alanlarnda diffze olup hcrenin diger
blmlerine hasar yayarak sekonder bozukluklarn da gstergesi olabilirler. Beyin, oksidatif hasara
en duyarl blgedir. Serbest radikaller, santral sinir sisteminin patolojik durumlarnn pek ogunda,
direkt olarak doku hasar meydana getirirler. Serbest oksijen trleri, ekzitotoksisite, metabolik
disfonksiyon ve kalsiyumun intraseller hemostazisinde bozulma gibi ogul mekanizmalarla doku
hasar meydana getirirler.
Lipid peroksidasyonun en nemli rn malondialdehid (MDA) dir. ya da daha fazla ift bag
ieren ya asitlerinin peroksidasyonunda MDA meydana gelir. Oluan MDA, hcre
membranlarndan iyon alveriine etki ederek membrandaki bileiklerin apraz balanmasna yol
aar ve iyon geirgenliinin ve enzim aktivitesinin deiimi gibi olumsuz sonulara neden olur. MDA
bu zellii nedeniyle, DNAnn nitrojen bazlar ile reaksiyona girebilir ve bundan dolay mutajenik,
hcre kltrleri iin genotoksik ve karsinojeniktir.
Serbest radikaller ayn zamanda proteinler ve DNAya da hasar verir. n alnamayan serbest
radikallerin oluumu ve beraberinde oluturduu hasarn her ikisi birden oksidatif stres olarak
isimlendirilir. Bu stres kanser, artrit, katarakt, inme, yang, otoimmn hastalklar, nrodejeneratif
138

hastalklar ve kalp hastal gibi hastalklarn geliimini ve yalanma srecini kapsamaktadr.
Aratrmaclar, oksidatif stresle vcudun savana besinsel antioksidanlarn yardm ettiini ifade
etmektedirler.
Antioksidan Savunma Sistemleri
Oksijen radikalleri (speroksit anyon radikali, hidroksil radikali ve peroksi radikaller), hidrojen
peroksit ve tekil oksijen gibi reaktif non-radikal oksijen trler, karbon, nitrojen ve slfr radikalleri
gibi eitli reaktif molekllerin hcresel ve evresel oluumu oksidatif strese yol amaktadr.
Serbest oksijen radikallerinin meydana getirdii etkilerin giderilmesi iin vcut savunma sistemi
gelitirmitir. Antioksidan savunma sistemi ad verilen savunma sistemi, fizyolojik veya evresel
olarak meydana getirilen serbest oksijen radikallerini ortadan kaldrmaktadr.
Antioksidan savunma sistemi, speroksit dismtaz (SOD), katalaz (CAT), glutatyon peroksidaz (GPx)
ve glutatyon redktaz (GR) gibi antioksidan enzimleri ve glutatyon, vitaminler (A,C,E), melatonin ve
baz eser elementleri kapsayan enzim olmayan antioksidanlar iermektedir.
evresel ve hcresel faktrlerin etkisiyle oluturulan reaktif oksijen trlerinin detoksifiye
edilmesinde, ekzojen olarak alnan yada fizyolojik olarak yaplan antioksidanlar grev almaktadr.
Btn aerobik hcreler, oksidanlarn oluturduu hasara kar hcreleri korumak iin ok sayda
detoksifikasyon ve tamir mekanizmalar gelitirmitir.
Enzimatik Savunma Sistemleri ve zellikleri
Speroksit Dismtaz (SOD)
SOD, speroksit anyon radikali (O2 )nin, daha az reaktif olan H2O2e indirgenmesini katalize eder.
2O2 + 2H+ H2O2 + O2
Bir radikal zerine direkt olarak hareket eden tek enzimdir. Hidrojen iyonu kullanr ve oksijen
retir. Toksik ve reaktif olan O2 ni sprerek hcreleri korur. Kesin zglle sahip olan bu enzim
kofaktr olarak Cu, Zn, Mn ve Fei kullanr. ntraseller olarak; prokaryotlarda, matrikste Mn-SOD
olarak, periplazmik bolukta Fe-SOD olarak, karyotlarda ise, Cu-Zn SOD olarak sitozol ve nkleusta
yer alr. Mitokondriyal matriks ve nkleusta ise Mn-SOD olarak yer alr.
SOD aktivitesindeki herhangi bir art, SOD rn olan H2O2in retimini de arttrd iin
beraberinde, katalaz ve GSH-Px aktivitesinde de artlara yol aabilmektedir. Eer SOD aktivitesi,
H2O2 sprclerinin aktivitesini aarsa, H2O2 birikiminden dolay, speroksit toksisitesinde artlar
ortaya kabilmektedir.
139
Katalaz (CAT)
H2O2i suya ve oksijene dntrerek spren bir dier enzim katalazdr.
2H2O2 2H2O + O2
Tetramerik yapda olan katalaz, drt tane ferrihem grubu
iermektedir. En yksek oranda karacier ve eritrositlerin
peroksizomlarnda lokalize olmutur. Peroksitleri ortadan
kaldrarak, lipit peroksidasyonunan kar da koruyucu rol
oynamaktadr.
2.3.1.c. Glutatyon Redktaz (GSH-R)
Dimer yapl bir enzim olan GSH-R, hcrede indirgenmi bir
durumda glutatyon havuzu oluturmak iin, okside
glutatyonu redkte glutatyona NADPHa baml olarak
katalizleyen bir flavoproteindir .
GSSG + NADPH + H+ 2GSH + NADP+
Bu enzim varlnda, H2O2in artt durumlarda, glutatyon havuzu indirgeme olaynda ok etkili
olmaktadr. H2O2i suya indirgemek iin de NADPH kullanr. ki elektron gerektiren bir sre olan
bu dngnn net sonucu:
H2O2 + 2GSH GSSG + H2O
GSSG + NADPH 2GSH + NADP+ + H+
H2O2 + NADPH NADP+ + H+ + H2O
2.3.1.d. Glutatyon Peroksidaz (GSH-Px)
Selenyum (Se) baml glutatyon peroksidaz enzimi, hidrojen peroksit (H2O2) ve lipit peroksitlerine
kar aktiftir (67). Enzimin aktivitesi, enzim iin tek hidrojen veren glutatyon (GSH)un bol miktar
ve enzimin drt subnitesinin her birindeki Se varlna baldr.
Se eksiklii GSH-Px aktivitesinde azalmaya ve lipit peroksidasyonunda artlara yol amaktadr (54).
GSH-Px, redkte glutatyon (GSH)u okside glutatyon (GSSG)a dntrerek, hidrojen peroksiti
ortadan kaldrr.
H2O2 + 2GSH GSSG + 2H2O
Redkte glutatyonun rejenerasyonu, NADPH- baml glutatyon redktaz ile olmaktadr .
2GSH
NADPHNADP
GSSG
GSH-Px, organik peroksitleri ise alkole indirger.

ROOH + 2GSH ROH + H2O + GSSG
140
Selenyum bamsz GSH-Px ise, sadece lipid hidroperoksitlerine etki eder.

Enzimatik Olmayan Savunma Sistemleri ve zellikleri
-tokofrol (E vitamini),-karoten (A vitamini), askorbat (C vitamini) gibi vitaminler antioksidan
savunma sisteminde yaygn bir ekilde yer alan vitamin grubudur.Vitaminlerin yan sra glutatyon
ve Cu, Zn, Fe, Mn, Se gibi mineraller de non- enzimatik antioksidan savunma sisteminin bir
parasdr .
Vitaminler
Vitamin E
E vitamini nonpolar isoprenoid yan zincirler ve polar hidroksile olmu aromatik halkalara sahip
olan, tokoferol bileiklerine ait olan antioksidan bir ailenin yesidir. Tokoferol, bir geranil geranil
zincirine sahip olan tokotrienol analoudur ve bir fitil zincirine sahip olan drt tokol kapsayan
tam bir antioksidandr.
Membran yapsnn stabilizasyonunda ve lipit peroksidasyonuna kar korumada rol oynayan E
vitamini, ok bol bulunan, yada znen bir antioksidandr ve oksidanlara kar vcudun ilkin
savunucularndan biridir. E vitamininin absorbe edilmesi iin besinsel yaa ihtiya
duyulur. LDL ile plazma lipoproteinlerinin lipit komponenti eklinde kanda
tanr. Plazmada lipoprotein lipitlerini korur ve lipit peroksitleri (LOO.)
sprr. En etkili zincir krc antioksidan olan E vitamini lipit peroksidasyonuna
kar zincir reaksiyonunu etkili bir ekilde krarak, polidoymam yalar serbest
radikal hasarndan korur.
Tokoferoller, spesifik olarak -tokofrol (E vitamini), serbest oksijen radikalleri, lipit
peroksi radikalleri ve tekil oksijen sprc olan ok ynl antioksidanlardr ve
membran dengeleyiciler olarak, memeli aratrmalarnda ok allmtr. Bu rol,
onun tamamen benzokinon halkasnn yaknnda bulunmas, hcre membranlarnda
almas ve indirgenmi fitil zinciri ile ilikilidir.
yer
Hcre membrannda internal ve eksternal olarak retilen oksidatif stresler

sonucu meydana getirilen hasarlarn en etkili bir ekilde nlenmesi E vitamininin
hidroksil ve peroksil radikalleri ile reaksiyona girmesi ile olmaktadr.
Vitamin C
Askorbik asit, primatlar (insan dahil) hari bir ok hayvan tarafndan
sentezlenir. Suda znen bu vitaminin temel gereksinimi, besinsel alm ile
karlanr. Ekstraseller svda ilev gren C vitamini ok bol bulunan bir
antioksidandr. Serbest radikallerin sprlmesinde rol oynayan C vitamini,
ayn zamanda E vitamininin yeniden yaplanmasnda ve aktif forma
dnmnde de grev almaktadr.
nsan diyetinde nemli bir vitamin olan C vitaminiyle ilgili epidemiyolojik almalar, mide,
pankreas, az, zofagus kanserleri gibi kanser risklerinin oluumu ve C vitamininin dk alnm
ile arasnda bir iliki olduunu gstermitir.
141
Askorbat, oksidatif stres tarafndan oluturulan hasar minimize eder ve bir ok serbest radikal iin
indirgen olarak fonksiyon grr. Askorbat direkt olarak enzim katalisti olmakszn serbest
radikalleri sprebilir ve tokoferolleri yeniden indirgenmi forma dntrerek de, serbest
radikalleri indirekt olarak sprebilir.
Vitamin A
Karotenoidler, renkli meyve ve sebzelerle, bitkilerde bulunan
molekllerin bir snfdr. nsan hayat iin temel deildir. 600den
fazla karotenoid bilinir ve yaklak 50si yada znen A
vitamininin ncl (retinol olarak isimlendirilir) olarak alr. A
vitaminine zellikle gz retinasnn fonksiyonu iin ihtiya duyulur.
A vitamininin eksiklii dnyada, ocuklarda krlk ile sonulanr.
Retinol
Besinsel bir antikarsinojen olan -karoten, peroksi radikallerin sprlmesinde - tokoferollerin

etkisini arttrr ve kalp hastalna kar da koruyucu etki gsterir.
Bitkilerde bulunan bu antioksidan bileikler, klorofil ile n interaksiyonu sonucu oluan tekil
oksijeni sprr ve ayrca hidroksil radikalini sprerek lipit peroksidasyonunu inhibe eder.
Glutatyon
Glutatyon (GSH), mitokondri, nukleus ve sitoplazmada bol bulunan ve bu hcre kompartmanlarnda
zlebilen byk bir antioksidandr. GSH, Se-GSH-Pxn H2O2i ortadan kaldrmas ile dislfite
(GSSG) okside olur. Dier enzimler oksidan olan H2O2den daha ok lipit peroksitleri kullanarak ta
glutatyonu okside edebilirler. Bylece GSH, hem zlebilir hem de lipit peroksitleri detoksifiye
edebilir. GSSG, daha sonra indirgen olarak NADPH kullanarak glutatyon redktaz tarafndan
indirgenir. Bir ok peroksitin detoksifiye edilmesinde indirgeyici g kayna salayan NADPH,
pentoz fosfat yolu ve dier sitoplazmik kaynaklarla indirgenir.
GSH, hcresel antioksidan savunma sisteminde yer alan merkezi ajanlardan biridir. GSH, insan
plazmasnda mikromolar seviyelerde, intraseller olarak milimolar konsantrasyonlarda bulunur.
GSH, dislfite (GSSG) okside olarak bir antioksidan gibi davranr ve bu oran dokuda oksidatif stresi
tanmlamak iin kullanlr. GSH/GSSG oran deerleri, egzersiz, alzheimer hastal, tmr byme
artlar ve yalanma gibi eitli durumlarda oksidatif stresle balantl olmutur.
Glutatyon
Hcresel GSH konsantrasyonu, onun antioksidan fonksiyonu
zerinde byk bir etkiye sahiptir. Oksidatif artlar altnda GSH
konsantrasyonu, oksidatif stresten etkilenen hcrelerden glutatyon
dislfit (GSSG) ve glutatyon konjugatlarnn salnm ile nemli
oranda azalabilmektedir.
GSH, bir ok durumda antioksidan olarak fonksiyon gsterebilir. GSH, tekil oksijen, speroksit ve
hidroksil radikalleri ile kimyasal olarak reaksiyona girebilir ve bylece direkt olarak, serbest radikal
sprc gibi fonksiyon gsterebilir. GSH, lipit peroksidasyon reaksiyonlar ile oluan ail
peroksitleri ortadan kaldrarak membran yapsn kararl hale getirebilir. Se-GSH-Px enzimi ile
H2O2i GSSGa dnerek indirger ve bylece GSH, aktive oksijenin detoksifiye olmasnda alternatif
bir yol olarak grev alr.
142
2.3.2.c. Baz Eser elementler ve Mineraller

1- Mangan: Mangan ncelikle SOD aktivitesine sahip olduu bilinen bir elementtir. Bunun yan sra,
katalitik olarak, hidrojen peroksiti oksijene dntren katalaz aktivitesinede sahip olduu rapor
edilmitir. Dk molekler arla sahip olan Mn, E vitamini gibi nonkatalitik ROS sprclerin
etkilerini arttrarak, speroksit anyon radikali, hidrojen peroksit ve dier potansiyel ROSlar
ortadan kaldrma yetenei ile eitli hastalk durumlarnda dokularn korunmasna yardmc
olmaktadr . MnSOD, mitokondride speroksite kar yer alan balca enzimatik savunma
mekanizmalarndandr .
2- Demir: Demir, katalaz ieren birok enzimin, sitokromlarn aktivitesi ve memelilerde
hemoglobin tarafndan oksijenin tanmasn kapsayan temel bir metaldir. Redoks dngs, demir
ieren gei metallerinin bir karakteristiidir. Eksiklii ve fazlal, insanlarda patolojik artlarda
sras ile mikrositik anemi ve hemokromatozisi indkler. Hem grubunda yer almas, demir-slfr
gruplar veya proteinlerle yakn bir ekilde yer almas, oksijen transportu, enerji metabolizmas,
elektron transportu ve H2O2 seviyesinin ayarlanmas gibi temel hcresel fonksiyonlarda nemli bir
rol oynar.
3- Bakr: Radikal sprc antioksidanlar, oksidatif strese kar in vivo total savunma sisteminde
nemli rol oynamaktadrlar. Serbest radikallerin yol at lipit peroksidasyonu, zincir
sonlanmasnn hzlanmas yada zincir reaksiyonlarnn balamasnn basklanmasyla inhibe
edilebilir. Zincir balamasna yol aan aktif serbest radikallerin oluumu, bakr gibi metal
iyonlarnn ie karmas ile inhibe edilebilir. Bakr speroksit radikallerinin indirgenmesinde ve
ortamdan uzaklatrlmasnda rol oynayan Cu-Zn-SOD gibi enzimlerin fonksiyonu iin temel olan bir
elementtir.
4- inko: inko immn sistemin fonksiyonu iin temel bir maddedir. Genel bir antioksidan olan CuZn- SODn yapsnda yer alan inkonun bir antioksidan olarak fonksiyon grmesi ile yalanmaya
kar kresel bir koruma salar. inko eksiklii, vcutta hasar verici serbest radikallerin artmasna,
hcrelere saldrmasna, genel bir tahribata ve yalanmaya yol amaktadr.
5- Selenyum: Berzelius tarafndan 1817de tanmlandktan sonra Ay Tanras Selenden ismini alan
ve yllar boyunca sadece toksik ve karsinojen zelliiyle bilinen selenyum, yaplan almalar
sonucunda biyolojik sistemler iin nemli ve faydal bir element olarak deerlendirilmitir.
Antioksidan sistemin bir paras olan glutatyon peroksidaz enziminin oluumu iin temel olan
selenyum, tiroid bezinin fonksiyonu iin de nemli bir eser elementtir.
YALANMA ve YALANMA TEORLER
Neden insanlar yalanr ve lrler? Yalanmay yavalatmak ya da yaam sresini uzatmak iin bir
eyler yaplabilir mi? Bu sorular olduka uzun bir sreden beri sorulmaktadr fakat, hala basit bir
cevab bulunamamtr. Yalanan insan vcudu hakknda her geen gn daha fazla bilgi sahibi
olmaktayz. Genel olarak bildigimiz degisikliklerin ou "iyi yaam alkanlklar" ile nlenebilir veya
tersine evrilebilir, Fakat baz deiiklikler var ki, bunlar insan yapsnn oluumu esnasnda
meydana gelmi gibi grnmektedir. Bu deiikliklerin olu nedeni hala gizemini korumaktadr.
Bilim adamlarnn ounun inanc, yalanmann, vcudumuzdaki pek ok sistemi kapsayan komplex
bir sre olduu ynndedir.
143
Toplumdan topluma degimekle beraber her toplumda yal bir kesim olmutur. Bu ortalama yaam
sresi olarak Antik Romada yaklak olarak 22 yl iken, 1800l yllarda 41-42 yla, bugn ise 75-80
yla kmtr. Bu sonu, gittike daha uzun yaadmz ve bu sreyi daha salkl ve baarl
klabilmek iin aba gstermemiz gerektiini ortaya koymaktadr. Literatrde 65 ya st kiiler
yal olarak kabul edilmektedir. Amerika Birleik Devletlerinde hergn 5000 kisi 65 yana
basmakta, 65 ya ve st 3600 kii lmektedir. Dolaysyla hergn bu ya kesiminden topluma net
1400 kii katlmaktadr. ve 75 ya ve st grup nfusu en hzl art gsteren kesimdir. Yalnzca bir
yzyl nce 65 ya ve st grup ABD toplumunun % 2si iken, bugn %10u seviyesine ykselmitir.
Yalanma hcrelerden organlara kadar tm yaplarda fonksiyonlarn giderek azald olduka
kark bir sretir. Canl organizmann byme ve gelimesinde zamanla meydana gelen
gerilemelerin toplam ve fonksiyonel adan yeteneklerin azalmasdr. Yalanma bir sretir,
doumla balar ve bir daha durmaz. Meydana gelen fiziksel, psikolojik veya sosyal yetersizliklerin
hepsi daha nceki deiim ve geliimlerin sonucudur.
Yalanma asla tek boyutlu bir sre olarak ele alnmamaldr. Toplumda gzlemlerimize dayanarak,
65 yanda olup 45 yanda gsteren ya da 65 yanda olup 85 yasinda gsteren insanlarn olduunu
syleyebiliriz. Bunun nedeni, insann bir btn olarak einden, ailesinden, komusundan ksaca
herkesten farkl yani "tek" oluudur.
Kiinin takvim ya onun kronolojik yalanmas, vcudun yap ve fonksiyonlarndaki deimeler
biyolojik yalanmas, bu deiikliklerin dzenli bir ekilde gelimesiyle fizyolojik yalanmas, insann
alglama, renme, problemleri zme ve davranlarna gre psikolojik yalanmas ve sosyal
alkanlklar ile toplum iindeki rolne gre bir sosyal yalanmas sz konusudur. Dolaysyla;
biyolojik, psikolojik ve sosyal yan i ie gemesi ve birbirini etkilemesi, kiinin gerek yaam
sresini belirlemektedir.
Yalanma srecine bu ekilde farkl boyutlardan bakmay rendiimiz zaman, yaam sresi
tanmlarmzda da baz deiiklikler olmas gerekmektedir; "maksimum potansiyel yasam sresi",
kazalar ve hastalklarn olmamas durumunda sadece zamana bal biyolojik canll ifade eder ki,
insan iin 115-120 yl arasndadr. "Beklenen yasam sresi" ise, kiinin iinde yaad toplum ve
evresi tarafndan belirlenir. Bu yzylda bat toplumlarnda 75-80 yl iken, gelimekte olan
lkelerde 40-50 yla dmektedir.
Kesin olarak sebebini bilmememize ramen, yaplan aratrmalar sonucunda, neden yalandmz
ya da ldmz aklamaya ynelik pek ok teori gelitirilmitir. Bu teorilerin hepsi, zaman
iinde vcut hcrelerimize ne olduu konusunda odaklanmtr. Zaman iinde, hcrelerin
fonksiyonlarnda ya da dardan gelen stress ve enfeksiyonlara cevap verme yeteneinde
deiiklikler olmaktadr.
Yalanmaya ait teorilerden bazlar, zaman iinde meydana gelen deiikliklerin, genetik
yapmzdaki programlanmaya bal olduunu ne srmektedir. Yani bizim ne zaman yalanacamz
genetik yapmzda bellidir ve zaman gelince yalanrz. Erken dnemdeki byme ve gelimenin bir
program izlemesi gibi, olgunluk, yalanma ve lm de bir program izler (ileri yalardaki
programlanma, erken yalardaki programlanmaya gre ok daha fazla deikenlik gstermektedir).
Dier teoriler yalanmann, zaman iinde eitli vcut sistemlerinde oluan hasar sonucu olutuunu
varsaymaktadr. Bu hasar, solunumla, besinlerle alabileceimiz gibi, doal olarak vcudumuzda da
oluabilen ve "ypranmaya" neden olan zararl maddeler tarafndan oluturulabilmektedir. "Hasar
144

teorisi", bu tarz deiikliklerin bir gn nlenebileceini ve beklenen yaam sresinin
uzatlabileceini dndrmektedir.
Bugn en ok destek gren teorilere ksaca gz atalm:
DNA hasar teorisi: DNA genetik yapmz oluturmaktadr. Yaayan organizmann hcrelerinde
DNA hasar srekli olumakta ve bir yandan da tamir edilmektedir. DNAda yllar boyunca sren bu
hasar etkisi sonunda hcreyi, dokuyu, organ bozmakta; yalanmaya ya da hcre lmne neden
olmaktadr. Oluum mekanizmas ile bu teori aadaki yalanmann serbest radikal teorisine
nemli benzerlik gsterir.
Serbest radikal/oksidasyon teorisi: En ok kabul gren ve incelenen teoridir. Bu teori, yalanmaya
serbest radikallerin sebep olduunu savunmaktadr. Bu kimyasallar oksijen kullanan tm
hayvanlarda doal olarak olumaktadr. Vcut hcreleri iinde oluarak, hcre zarn, hayati
proteinleri, yalar ve genetik yapmz (DNA) hasara uratrlar (serbest radikal: en d elektron
yrngesinde bir elektron kaybetmi ve dolaysyla bu elektron an kapatabilmek iin baka
atomlarn elektronlarn paylamaya alan atomlardr. Aerobik organizmalarda oksijen
kullanmnn doal sonucu olarak reaktif oksijen metabolitleri (ROM) meydana gelmektedir. Bata
mitokondriyal elektron transportu olmak zere ksenobiyotik metabolizmas, fagositik aktivasyon,
eitli sentez ve degradasyon reaksiyonlarnda ROM olumakta ve prooksidan/antioksidan
dengenin prooksidanlar lehine kaymas sonucunda gelien oksidatif stres, eitli mekanizmalar ile
biomolekllere hasar vermektedir. Stabil bir molekl olan DNA da lipidler, karbohidratlar ve
proteinler gibi spontan (kendiliinden) kim-yasal oksidatif hasara urayabilmektedir.
Oksidatif hasara bal olarak DNAda, tek ve ift zincir krklar, prin kayb, baz modifikasyonlar,
riboz hasar meydana gelebilir. DNAda oksidatif hasarn oluumunu aklayan iki nemli
hipotezden biri Fenton Kimyas reksiyonlardr. Buna gre, hidroksil (OH) radikalleri DNAda
hasar oluturur. Reaktivitesi ok yksek olan OH radikali hcre iinde nkleusa geebilir. Olas
mekanizma membran kolayca geebilen H2O2in nukleusta Fe-Cu iyonlar ile reaksiyonlaarak
(Haber-Weiss ve Fenton reaksiyonlar) hidroksil radikallerini oluturmasdr. DNA ok sayda
negatif ykl fosfat gruplar ierdiinden, eitli katyonlar balama yeteneine sahip byk bir
anyondur. Fe ve Cu iyonlar negatif ykl DNAya srekli bal bulunabildikleri gibi oksidatif stres
altnda hcre iinde bulunan demirli ve bakrl proteinlerden serbestleerek de DNAya balanabilmektedirler.
Redoks aktif transisyon metal iyonlarnn balanmalar DNA molekln H2O2in hedefi haline
getirmektedir. DNAya bal metal iyonlar ile H2O2in DNA zerinde reaksiyonlamasndan oluan
OH radikalleri, radikal temizleyicileri tarafndan uzaklatrlamamaktadr. Ayrca, OH radikal
temizleyicilerinin oluturduu radikaller de DNAya hasar verebilmektedir. Aerobik organizmalarn,
mutasyonlardan korunabilmeleri ve yaamlarn devam ettirebilmeleri iin DNA onarm
enzimlerinin doru fonksiyon yapmalar mutlaka gereklidir. Dk dzeylerde oksidatif DNA hasar
minimal hata riski ile etkin bir ekilde onarlabilmektedir. Ancak, DNA onarm enzimleri ve DNA
polimerazn oksidatif stres altnda hasara uramalar doru replikasyon ve transkripsiyon
olasln azaltmaktadr. Onarm tamamlanncaya kadar, hcreler blnmelerini genellikle
durdurarak kendilerini korumaktadrlar. DNA'daki oksidatif hasar yaam ile badamayan yksek
dzeylere ulatnda hcre lm (apoptoz) gereklemektedir. Oksidatif hasara bal
mutasyonlar, genin konformasyonu ve baz dizilimi, onarm etkinlii, DNA polimerazn tr ve
polimerazlarn doru kopyalamasn etkileyebilecek olan evre DNAnn konformasyonu gibi birok
faktrden etkilenir. Serbest radikal yaratan kaynaklar, radyasyon, virsler, gne nlarnn bir
ksm olan ultraviole nlar, hava kirlilii yaratan fosil kkenli yaktlarn yanma sonundaki
145
rnleri, sigara duman, enfeksiyon, stress, ya metabolizmas sonunda kan rnler gibi hcre
metabolizmasnn toksik rnleri, baz tahrip edici kimyasallar, haere kontrol ilalar v.b.dir.
Serbest radikaller etkiledii maddenin normal grevini yapmasn engeller ve hasar meydana
getirir). Yaammzn kayna olan oksijen ayn zamanda yaammzn paradoksudur. Besinlerden
enerji retmek iin oksijen gereklidir ama ok az bir oranda da olsa (%3-5) kullanlan oksijenin bir
ksm biyolojik yapmza zararl olan serbest radikallerin olumasna neden olmaktadr. Serbest
radikaller doduumuz gnden itibaren metabolizmamzla birlikte hcrelerimizde olumaya
balamaktadr. Metabolizmamzdan kaynaklananlarn yannda olumsuz d etkenler de (sigara, kirli
hava, radyasyon vb.) radikal oluumuna neden olurlar, oluan bu radikaller "oksidatif hcre hasar"
dediimiz zararl etkileri meydana getirirler.
Doal olarak vcudun "antioksidanlar" ad verilen savunma sistemleri mevcuttur ve srekli olarak
bu radikallerin oksidan etkilerini nlemeye alrlar. Salkl insanlarda, antioksidan sistem
dokular yeterli dzeyde serbest radikal hasarna kar korur. Antioksidan/oksidan dengesinin
bozulmas (hastalk, beslenme bozukluu...) sonucu bu korunma salanamaz. Baz antioksidanlar
(SOD, GSH, katalaz) vcut tarafindan retilir, bazlar da (vitamin A, C, E, polifenoller) besinlerle
dardan alnr. Bu teoriye gre, vcudumuzda oksidanlar ve antioksidanlar arasnda bir denge sz
konusudur, yala birlikte bu denge hasar yapclarn lehine deimekte ve vcut sistemlerimiz
hasara uramaktadr. Bu teoriye gre baz insanlar yaam sresini uzatmak iin, antioksidan
maddeleri dardan fazla miktarda almann faydal olabileceini dnmektedirler. Bugn iin bu
dnceyi kesin olarak kantlayacak insan zerinde yaplm alma yoktur, fakat hayvan deneyleri
diyete antioksidan eklenmesinin faydal olduunu gstermektedir.
Doal olarak, vcudun ihtiyac olan antioksidanlar farkl besin maddelerinin dengeli olarak alnmas
ile karlanabilir. Kald ki, antioksidan olarak grev yapan C vitamini, fazla miktarda alnd
takdirde, kendisi oksidasyon olayn tetiklemektedir. Dolaysyla, antioksidan maddeleri de yeterli
miktarda almak gerekmektedir, fazlas yarar yerine zarar getirir. Bu teoriye gre, yasam boyu
srekli serbest radikallere maruz kalmak hcre hasar oluturmakta, hcrelerin byme, gelime ve
farkllama fonksiyonlarnda bozulma, kanser, ateroskleroz gibi hastalklar ve sonuta lm
olmaktadr. Serbest radikaller DNA hasar teorisinde belirtilen hasarn en nemli nedenidir. Tm bu
sonular vcudun antioksidan sisteminin ok nemli olduunu ve yeterli dzeyde tutulmas
gerektiini ortaya koymaktadr.
Mitokondrial Yalanma Teorisi: Bu teoriye gre yaam boyunca mitokondride mutasyonlarn
birikmesi yalanmaya gtren nemli faktrlerden biridir. Mtokondrial DNA matrikste mitokondri
i zarna yakn yerde bulunur ve mitokondriye penetre eden serbest radikaller bu hayati organelin
genetik materyalinde nemli hasarlar yaratr. Bu da yalanma ile bu organellerin bozulmasna ve
metabolik enerji retimi ve dier fonksiyonlarnda nemli defektlere neden olur. Yalanma ile bu
hasarn artt, tamirin daha gevek olduu ve karacier ve kalp gibi blnmeyen hcrelerdeki
mitokondriyel aktivitenin mitotik hcrelere gre daha dk olduu belirlenmitir. Mitokondriyal
DNAda (mtDNA) oksidatif hasar ve bu hasara bal mutasyonlarn yalanma srecinde nemli
olduu ve mitokondrilerin yalanmada anahtar rol oynadklar bilinmektedir.
Mitokondride meydana gelen malfonksiyonlar nemli negatif pleitropik etkilerle kendini gsterir.
Bu malfonksiyonlara bal olarak membran potansiyeli azalr, ROM oluumu artar ATP sentezinde
azalma olur. Oksidatif hasara bal mutasyonel yk artarken koruyucu ve onarc proteinlerin
azalmas/hasar grmesi mitokondrilerin hasar ve mutasyona yatknln arttrr ve dolays ile
hcresel yalanmay hzlandrr. Mitokondriyal DNAnn korunmas iin son derece nemli olan
nukleusdaki DNAnn hasara uramas da mtDNA delesyonlarna yol aarak mitokondriyi
etkilemektedir. Mitokondriyal DNAnn transkripsiyonu yalanma ile keskin bir azalma gsterir.
146

Mitokondri proteinlerinin sentezi azalr. Mutasyonlar mitokondri DNAsnn postmitotik
hcrelerdeki (r. nronlar) replikasyonunu bloke eder ve mitokondri turnoveri azalr.
Mitokondriyal DNA ift sarmal kapal dairesel ve yaklak 16 kb byklnde ok kompakt yapya
sahip olan, elektron transport zincirinin (ETZ) 60 protein komponentinden 13n, 22 tRNA ve 2
rRNA molekln kodlayan intronlar ve kodlamayan byk sekanslar bulunmayan bir
molekldr. Protein ve lipidler kolay bir ekilde yklp yeniden sentezlenebildikleri halde,
DNAdaki oksidatif modifikasyonlar mutasyonlar ve dier genomik instabilizasyonlardan dolay
kalc hale gelir. Mitokondriyal elektron transport zincirinden (ETZ) elektron kaa sonucu oluan
serbest radikaller nce mitokondride ve sonra hcrede hasar oluturmaktadr. Hasar ROM
oluumunu daha da arttrmaktadr. Bu ksr dng belli bir yatan sonra lm hznda grlen
byk art aklamaktadr. Mitokondriyal oksidatif stres yalanma srasnda apoptozun intrinsik
(hcre ii) yolunun aktivasyonunda anahtar rol oynamaktadr. Apoptoz veya programl hcre lm
ok hcreli organizmalarda normal gelime ve homeostaz (dengede kalma) iin gereklidir.
Alzheimer, Parkinson ve Huntington gibi nrodejeneratif hastalklarda gereinden fazla apoptoz
olmaktadr. Mitokondriyal gltatyonun (GSH)nun oksidasyonu hcreleri apoptoza zellikle yatkn
hale getirmektedir. Permeabilite transisyon porlar alr, membran potansiyeli azalr, sitokrom c
serbestleir. Sitokrom cnin serbestle kalmas apoptozun iareti olarak kabul edilmektedir. Apoptoz
ve yalanmann birok ortak ynleri bulunmaktadr. Apoptoz veya senesensi indkleyen p53 tmr
supresr proteininin eksiklii kanserden dolay mortalitenin artmasna ve yaam sresinin
ksalmasna yol amaktadr.Hzl replike olan kk hcrelerde mitokondriyel yalanma
olmamaktadr. Mitokondriyel yalanma farkllam somatik hcrelerin zelliidir. Yalanmann
getirdii olumsuz deiikliklerin zellikle grld beyin, iskelet kas ve kalp kas gibi farkllam
hcrelerden oluan dokularda ok sayda postmitotik (yani mitoz geirmeyen) hcre
bulunmaktadr. Oksidatif olarak modifiye bazlar normal bazal koullarda postmitotik dokularda
bulunur. Bu hcrelerde mitokondri ve mtDNAnn turnover hz dktr. Dokular arasnda
yalanmada grlen farkllklarn mtDNAnn turnover hzndaki farkllklar ile aklanabilecei ne
srlmtr.
Genetik teori: Yalanmann nedeninin genetik ifremizde yazl olduunu, yani bizim ne zaman
yalanacamzn belli olduunu belirtir. Erken dnemdeki byme ve gelimenin bir program
izlemesi gibi, olgunluk, yalanma ve lm de bir program izler. Bilim adamlarnn bu teori ile ilgili
grlerine gre, ortada bir program varsa bu programlanabilir demektir ve yalanma geni
bulunduunda sorun zlm olacaktr.
Telomer teorisi: Salkl bir hcre blndke kromozomlarnn ular ksalr. Kromozomlarn
ularn kaplayan bu yaplara telomer denir ve kromozomlarn btnlklerinin korunmasnda
nemli rol oynarlar. Bu u blgelerin uzunluu belli kritik seviyenin altna dnce artk hcreler
blnemez. Somatik hcreler kullanlar kopyalanan hayvanlarn mrlerinin ksa olmasnn
nedeninin, onarln ksalm telomerlere sahip olduklar ile aklanmaya allmtr. Somatik
hcrelerde, telomer btnln salayan telomeraz enzimi bulunmazken, lmsz olan hcreler
(r. kanser hcreleri) bu enzime sahiptir ve dolays ile kanser hcreleri blndklerinde
kromozom ularnda ksalma grlmez.
Somatik hcre teorisi: Gametler (eey hcreleri) hari vcudumuzdaki hcrelerin hepsi somatik
hcredir. Devamlar iin somatik hcreler gametlere gre ok daha az kaynaklara ihtiya duyarlar.
Evrimsel olarak gametler maksimum korunmaya alnmlardr. Ancak bylece salkl nesiller
devam eder. Evrimsel bak asndan nemli olan bir organizmann ne kadar uzun yaad deil, o
organizmann gen havuzunu ne kadar kararl bir durumda tuttuu nemlidir. Bylece cinsel
erikinlie eritikten sonra yalanr ve lrz.
147
Immnolojik ve endokrin teori: Bu teoriye gre yalanmann nedeni, ya ile birlikte baz
hormonlarn dzeyindeki azalma ya da baklk sistemindeki zayflamadr. Hcresel baklk iin
ok nemli bir grevi olan timus bezinin ergenlikten sonra fonksiyonlarnda nemli oranda azalma
olmas, yalanmada timus bezinin nemli bir rol olduunu dndrmektedir. Yalanma ile
birlikte vcudumuzun hastalklarla savaan silah olan baklk sisteminin fonksiyonlar (r. T
hcrelrinin says ve nitelii) azalmakta, viral, bakteriyel ya da dier hastalk yapc etkenlere giri
yolu almaktadr. Ayrca, vcudun yalanma ile beraber yabanc ile kendi vcut elemanlarn
tanma (yabancy ayrma) yetenei azalmaktadr. Dier bir deyimle, immun (baklk) sistemi
yalannca, vcudun kendi dokular ile yabanc maddeler arasndaki fark tanma yeteneini
kaybetmeye balar ve sonu olarak da, eskiden istila eden organizma ile savarken, imdi kendi
vcuduna saldrr ve hastalk oluturur. Endokrin teoriye gre, endokrin bezlerin hormon
salglamalarndaki dzensizlik veya yetersizlik yalanmay balatmaktadr. Pineal bezden salglanan
uyku-uyanklk dnem reglasyonunda nemli rol olan melatonin hormonunun yalanmann
nedeni olduunu ileri srenlerin yan sra, bbrek st bezinden salglanan dehidroepiandrosteron
(DHEA)un azalmasnn yalanma nedeni olduunu syleyenler de mevcuttur.
Pineal bez nroendokrin bir organdr ve kendisinin en iyi bilinen ana hormonu melatonin yoluyla,
birok organ ve sistem zerine gl bir dzenleyici etkisi vardr. Vcuttaki dier organ
fonksiyonlarnda olduu gibi, pineal bezde de ilerleyen yala birlikte gerilemeler oluur ve bu
melatoninin azalmasyla kendini gsterir. Melatoninin kan ve dokulardan kayb, psikosomatik
bozuklar, tmoral hastalklar, immn zayflamalar ve enfeksiyonlar gibi ya-baml baz
deiikliklere neden olmaktadr. Gen insanlarda kan dzeyi, yallardakinden daha fazladr ve
hayvanlarda yaplan almalarda DHEA takviyesinin salkl kalmak ve daha uzun sre yaamak
konusunda etkili olduu gsterilmitir. Bu almalardan dolay DHEA preparatlar yaam uzatc
olarak satlmaktadr. Fakat insan zerinde deneme almalar yaplmamtr ve bilim adamlarnn
elinde fazla miktarda kullanld takdirde yaam sresini uzatacana dair bir bilgi
bulunmamaktadr. Kald ki, biyolojik sistemde dengelerin bu ekilde deitirilmesinin ortaya
karabilecei tehlikeli yan etkiler olabilmektedir. Melatonin hormonu da gnmzde yaam iksiri
olarak ne srlmektedir. Fakat, etki ve yan etkileri henz tam olarak belirlenememitir. Son
almalarda byme hormonu kullanlmasnn, yalanmaya bal gelien zellikle vcut yaps ve
kas ktlesi ile ilgili deiiklikleri nleyebilecei konusunda bulgular elde edilmitir.
Kalori kstlamas teorisi: Bilim adamlar besinlerle alnan kalori miktarnn azaltlmas ile yaamn
uzatlmas arasndaki ilikiyi aratrmaktadrlar. Besin kstlamas, laboratuvar fare ve sanlarnda
yaam srelerini uzatmakta ve yalanma ile ortaya kan hastalklarn olumasn azaltmaktadr.
Bugn iin yalanmaya kar yaplabileceklerin banda diyet kstlamas nerilmektedir. Yaplan
almalarda diyet kstlamas ile yala birlikte art gsteren radikal miktarnda azalma,
metabolizmada yavalama, hcre btnlnde salamlama, antioksidan savunma sisteminde art
olduu, yaam sresini uzatt, yallkla artan hastalklara yakalanma orann azaltt, ya
birikimini azaltt saptanmtr. Yaplan almalarn sonular incelendii zaman, yalanmay
durduramayacamz fakat erteleyebileceimiz gerei ortaya kmaktadr. Bugn iin tm bilim
adamlarnn zerinde durduu konu; uzun yaamann deil "salkl ve baarl yalanmann"
nemli olduudur. Baarl yalanma, sizin kontrolnzde olan pek ok faktr iermektedir.
Salkl kalmak ve uzun sre salkl yaamak kendi tutumumuz, aktivitelerimiz ve ilikilerimizle
ok yakndan ilikilidir.
Yeterli ve dengeli beslenmeyle vcudumuzun ihtiyac olan vitamin ve mineralleri alabiliriz. Bu
konuda tamamyla ilalara baml olmann ya da fazla doz almann daha iyi olacan dnmek son
derece yanltr. Fazla miktarda alnan vitaminlerin ciddi yan etkileri ve toksisiteleri ( fazla A
148

vitamininde karaciger hasari, sa dklmesi, grme bozukluu, fazla D vitamininde kalp kasnda
kalsiyum birikimi, fazla C vitamininde oksidasyonun tetiklenmesi v.b.) vardr. Yaplan almalarda
doal besinlerle alnan vitaminlerin takviye olarak alnanlardan daha etkili olduu saptanmtr.
Bunun nedeni kesin olarak bilinmemektedir fakat, doal besinlerin iinde bilemediimiz farkl
maddelerin de bulunduu ve bu maddelerin bir denge iinde olduu, bizim dardan sabit baz
maddeleri vererek bu dengeyi bozduumuz ne srlmektedir. Yalanma ile birlikte gerek dengeli
beslenmenin azalmas gerekse barsaklardan emilimin azalmas, takviye vitamin ve mineral
almnn gerekli olduunu gstermektedir.
u an iin "yalanmaya kar" tedavi, ila ya da yalanmay yavalatan ya da yaam uzatan takviye
bir madde bilinmemektedir. Fakat salkl kalmak ve uzun bir sre salkl yaamak iin
yapabileceiniz degiiklikler vardr ve bunlar uzun sre salkl yaamak iin faydal olabilir.
149
Blm 11:NKLEOTDLER vw NKLEK ASTLER
11 NKLEOTDLER VE NKLEK ASTLER
1868 ylnda svireli bilim adam Friedrich MIESHER, balk spermlerinin ekirdeklerini ve akyuvar
ekirdeklerini izole ederek yapt almalarda, bu hcrelerin ekirdeklerinin asit zellii
gsterdiini gzlemitir. Bilim adam, bu molekllere ekirdekte bulunan asit anlamna gelen
nkleik asit adn vermitir. Bugnk bilgilerimize gre, nkleik asitler btn canllarda bulunan
organik molekllerdir. nk, organik molekller canl tarafndan sentezlenebilen ve canlnn
yapsn oluturan molekllerdir. Her canl organizmada veya hcrede iki eit nkleik asit vardr:
ribonkleik asit (RNA) ve deoksiribonkleik asit (DNA). Sadece virsler ya DNA ya da RNA
ierirler. DNA ve RNA fosforca zengin organik molekller olup, organizmann genetik bilgi
deposudur. Nkleik asitlerin kimyasal yapsnda C (karbon), H (hidrojen), O (oksijen), N (azot) ve P
(fosfor) elementleri bulunur. Nkleik asitlerin biyolojik fonksiyonu genetik informasyonun
saklanmas, oaltlmas, eitlendirilmesi ve nesilden nesile aktarlmas eklinde sralanabilir. Tm
nkleik asitler polimerik yaplar olup bir ok farkl byklklerde bulunabilirler (1 milyondan 1
milyara kadar deiik molekler byklkte). Transfer RNAlar (tRNA) en kk molekllerdir
(25,000 dalton kadar).
NKLEK ASTLER (DNA VE RNA) GENETK BLGY ZERLERNDE TAIYAN VE NESLDEN NESLE
AKTARAN BYOMOLEKLLERDR.
Nkleik asitlerin biyokimyas konusunda her yl ok nemli bulgular elde edilmektedir. Bugn
rekombinant DNA teknikleri kullanlarak genler izole edilebilmekte, kopyalanabilmekte ve bir
canlnn yeni hayatsal formlar elde edilebilmektedir (Dolyi hatrlaynz!!!!). kinci dnem sonu
biraz daha detayl olarak rekombinant DNA ve uygulamalar zerinde duracaz.
Her iki nkleik asit eidi de (DNA ve RNA) nkleotid denen yap taslarndan (monomerlerden)
meydana gelmilerdir. Bu nedenledir ki nkleik asitlere polinkleotid adi da verilir. Nkleotidler
DNA ve RNAnn yapsna girme zelliklerinin yannda, enerji metabolizmasnda, fizyolojik aktivite
dzenleyici molekller olarak, koenzim komponentleri, allosterik effektrler olarak gorev yaparlar.
Bir nkleotid 3 kimyasal ksmdan olumutur: inorganik fosfat, be karbonlu bir eker (riboz veya
deoksiriboz) ve azot
ieren bir baz (prin veya
pirimidin). Hem DNA ve
hem de RNAda 4 adet
farkl
baz
bulunur.
Stearik
zelliklerinden
dolay DNA sarmalinde
(sarmal) veya baz tRNA
ve rRNAlarda olduu gibi
bir prin ancak bir
pirimidinle bag (H-ba)
yapabilir.
Milyonlarca
hidrojen bann bir
eksende
dizilimi
ile
olduka kararl bir yap olan DNA sarmallar meydana gelir. Isnn arttrlmas (> 80 oC) veya tuz
konsantrasyonunun drlmesi ile bu ift zincirli DNA sarmali bozulabilir ki buna denaturasyon
150

denir. Uygun s ve iyonik artlar salandnda ayrlan iki zincir tekrar komplementer baz ifti
oluturma zellikleri sayesinde bu sarmaller yeniden oluur, nkleotidler arasnda H-baglar tekrar
kurulur. Bu olaya renaturasyon denir.
Nukleotidlerin yapsna giren bazlar prin ve pirimidinler olmak zere iki snf altnda
toplanrlar. DNA ve ift sarmal oluturan RNAda her prin bir pirimidinle hidrojen ba yapar.
Prinler ift halka yapsna sahip iken, pirimidinler tek halkal bileiklerdir. Adenin (A) ve guanin
(G) birer prin iken, sitozin (S), timin (T) ve urasil (U) pirimidin bileiklerdir.
ekil: Standart nkleotidler. Balca prin ve pirimidin moleklleri ve onlarn organik isimleri.
Bunlardan adenin (A) ve guanin (G) prin baz iken sitozin (C), timin (T) ve urasil (U) pirimidin
bazlardrlar. DNAda timin, RNAda ise bunun yerine urasil bulunur. Prinler halkadaki N9 (yani 9.
pozisyonda bulunan azotla) ile 5 karbonlu ekerin (riboz veya deoksiriboz) C1 atomuna bal iken,
pirimidinlerde bu balanma N1le olur.
Nkleozidler, prin ve pirimidinlere bir eker moleklnn balanmasyla oluur. Genellikle tercih
edilen eker RNAda 5 karbonlu D-riboz
DNAda ise 5 karbonlua 2-deoksi-D-riboz
molekldr.
ekil: D-riboz ve 2-deoksi-D-riboz moleklnn
yaps.
Deoksi-2-ribozun yapsnda bulunan tek fark pentoz iskeletinin 2. karbon atomunda bir hidroksil
grubunun bulunmaydr. eker ile baz birbirine balayan -N-glikosidik banda baz, eker
dzleminin zerinde yer almakta ve ekerin anomerik karbon atomu prindeki N9a veya
pirimidindeki N1e balanmaktadr. N-glikozil ba pentozlardan bir hidroksil grubunun ve bazdan
bir hidrojen atomunun ayrlmas, yani su k sonucu meydana gelmektedir. Prin nkleozidlerine
-ozin son eki verilirken pirimidin nkleozidlerine de -idin son eki verilmektedir. Organizmada
bulunan temel prin nkleozidleri adenozin, guanosin, deoksiadenozin, deoksiguanozin; pirimidin
nkleozidleri ise sitidin, ridin, timidin, deoksisitidin, deoksiuridin ve deoksitimidindir.
151
ekil: Ribonkleozidlerin yaps.

Yukarda grdmz nkleozidlerin yapsna fosfat grubu
katlrsa nkleotidler oluur.
Yapya bir fosfat grubu katlrsa mononkleotid, iki fosfat
grubu katlrsa dinkleotid, adet fosfat grubu katlrda
trinkleotidler oluur. Ksaca bir nkleotid molekl,
nkleozid moleklnn fosfat esteridir. Fosfat grubunun
esterifikasyonu eker moleklnn 5. karbon atomunda
bulunan hidroksil grubunu tercih etmektedir. Byle
bileiklere nkleozid 5-monofosfat veya 5-nkleotid
denilmektedir.
Nkleik asitler
Nkleotid alt nitelerinden oluurlar.
Nkleotidler:
Pentoz
Fosfat grubu
Azot (nitrogen) ieren bir bazdan (purin veya pirimidin) oluurlar
DNA
Deoksiriboz tar
ifte sarmal yap
A=T
CG
RNA
Riboz eker tar
Tek zincir
A=U
CG
152
ekil: Tm nkleik asitlerde nkleotid temel yapsal birimdir.

ekil: DNA ve RNAnn yapsna giren adenin
mononkleotidleri. Solda verilen adenilik asit
(adenozin monofosfat,(AMP)) RNAnn yapsnda
bulunurken, sada verilen 2-deoksiadenilik asit
(deoksiadenozin monofosfat,((dAMP)) DNAnn
yapsna katlr.
Bir nkleotidin yapsnda yukarda verilen
farkl
kimyasal
bileim
eker-fosfat-baz
dzeninde birbirine balanr:
ekil: Bir nkleotid trifosfat olarak ATP.
ATP dehidrasyon sentezi ile oluur,
hidrolizis ile paralanr. Enerjice zengin
fosfatlar (PPi) kaybederek RNAnn
yapsna girmesinin yannda ve hidrolizi
ile hcre iin kullanl enerji ortama
salar (DNAnn yapsna ATP deil, fakat,
dATP girer).
Nkleotidler (Nkleozid trifosfatlar)
nkleik asitlerin sentezi iin birer
substrattrlar. Adenozin mono, di ve trifosfatlar (ADP, AMP ve ATP) en nemli nkleozid
fosfatlardr:
153
yapsna giren dATP (deoksi ATP).
ekil: RNAnn yapsna giren ATP ve DNAnn
ATP dier nkleozid fosfatlardan farkl olarak yaygn olarak kimyasal enerjinin elde edilmesi ve
korunmasnda anahtar rol oynamaktadr. ATPnin dier modifiye olmu bir molekl en nemli
ikincil mesajc molekl olarak bilinen cAMP (halkasal AMP)dir. Bu molekl hcre iinde bir ok
hormonun fizyolojik hareketini dzenleyici rol oynar.
Nkleotid ieren hcresel komponentler nkleotidlerin UV n maksimum absorbe etme
zellikleri sayesinde kolaylkla belirlenir. nkleotid ve nkleik asitler 260 nm dalga boyunda
maksimum olarak absorbe ederler (organik baz halkasndan dolay). Bu dalga boyunda nkleotid
veya nkleik asitlerin solsyondaki konsantrasyonlar bulunabilir. Bu dalga boyunda 1.0 absorbans
yaklak 50 mikrogram/ml DNA veya 40 mikrogram/ml RNAya denk gelir (proteinlerin 280 nmde
maksimum absorbans verdiini ve 1.0 absorbansn solsyonda yaklak 1 mg/ml proteine denk
geldiini hatrlaynz).
Prin ve pirimidin nkleotidlerin genetik bilgi transferi dnda temel fonksiyonlarndan birisi ATP
ve dier nkleozid trifosfatlarn oluturduklar ekzergonik reaksiyonlar ile saysz fosfat transfer
reaksiyonlarna katlmalar saylabilir. Bundan baka karbohidrat biyosentezinde UDP-glukoz ve
UDPgalaktoz, lipid biyosentesinde kovalent ba sentezinde CDP-ailgliserol olarak fonksiyon
grmeleri saylabilir. Nkleotidler eitli koenzimleri olutururlar: FAD, NAD+, NADP+, koenzim A
ve S-adenosil metiyonin gibi. Nkleotidler ayn zamanda reglatr fonksiyon da gsterirler. ADP
seviyesi mitokondriyal oksidatif fosforilasyonu regle eder, spesifik nkleotidler enzimatik
aktivitenin allosterik reglatr olarak rol alr ve cAMP ile cGMP fonksiyonel olarak ikincil mesajc
rolne sahiptirler. En son olarak da nkleozid trifosfatlar olarak RNA ve DNA nkleik asitlerin en
kk birimi olan nkleozid trifosfatlar olarak hizmet ederler.
rik asit, rat tuzu olarak alkali pHda olduka znr olup asidik idrarlarda znemez. Prin
katabolitlerinden olan ksantin ve rik asit bu yzden idrar yolu talarnda yer alrlar. Sentetik prin
analoglar hekim iin birer potent teraptik materyaldir. rnein alloprinol gut tedavisinde
kullanlrken doal olarak bulunan bazlarn sentetik analoglarnn nkleozid veya nkleotid formlar
kanser hcrelerinin veya eitli virslerin bymesini inhibe edebilmektedir. Bunlarn ierisinde 5flourourasil,
5-iyodo-2-deoksiridin,
6-tiyoguanin,
6-merkaptoprin,
6-azaridin
ve
arabinosilsitozin gibi maddeler ila olarak kullanlr ve spesifik enzimleri inhibe edebilir veya DNA
veya RNAdaki doal nkleotidlerle yer deitirirler. Ayn zamanda bu analoglar biyomedikal
aratrmalarda olduka ok kullanlmaktadrlar.
154

Prin ve pirimidinler planar konfigrasyonda bulunan molekllerdir. Azot ieren bu heterosiklik
molekllerin numaralandrlmas olduka nemli olup prinlerde saat ynnn tersi ve
pirimidinlerde saat ynne doru yaplr.
ekil: Prin ve pirimidinlerin genel molekler
yaplar ve numaralandrmalar.
Prin ve pirimidin bazlar hidrofobik ve ntral
pH.da suda znemeyen bir karaktere sahiptirler.
Alkali pHda prin ve pirimidinler ykl hale gemekte ve sudaki znrl artmaktadr.
Hidrofobik karakterlerinden dolay bunlarn dzlemsel yaplarnn st ste ylmas (para yn
gibi) van der Waals ve dipol-dipol etkileimleri sonucu meydan gelir. Baz ylmalar ile ortaya
kan etkileimler su ile temas azaltmaktadr ve bu nkleik asitlerin 3-boyutlu yapsnn
stabilizasyonunda olduka nemlidir. Sahip olduklar heterosiklik yaplarndan dolay prin ve
pirimidin bazlar 260 nmdeki absorblama zellii de gsterirler.
Prokaryot ve karyotlarda bir de minr bazlar bulunur. 5-Metilsitozin hem bakteriyel hem de insan
DNAsnda bulunur. Bakteriyofaj DNAsnda yer alan hidroksimetilsitozin ayn zamanda baz bakteri
ve virslerde de bulunmaktadr.
ekil: Bakteri ve bakteriyofaj DNAsnda yer
alan baz nadir bazlar
Bundan
baka
memeli
RNAsnda
bulunabilen nadir bazlar ierisinde, mesajc
RNA da yer alan N6-metiladenin, N6,N6dimetiladenin ve N7-metilguanin ile
tayc RNA da bulunabilen daha farkl
trevler vardr.
ekil: karyot DNAsnda yer alan baz
nadir bazlar.
Ayrca hcrede serbest olarak bulunan
hipoksantin ve ksantin, adenin ve guanin metabolizmasnda ortaya kmaktadr. rik asit ise prin
katabolizmas srasnda ortaya kan okside son rn olup insanlarda idrar yolu ile atlmaktadr.
ekil: Prin
metabolizmas
esnasnda ortaya kan
baz prin moleklleri.
Bitkilerde farmakolojik
zelliklere sahip baka
heterosiklik bazlar
bulunmaktadr.
Metillenmi ksantin
bunlar iin iyi bir rnektir: kaffein (1, 3, 7-trimetilksantin) kahvede, teofillin (1,3-dimetil ksantin)
ayda, teobromin (3,7-dimetil ksantin) kakao da bulunur.
155
ekil: eitli bitkilerde

bulunan metillenmi
prin bileikleri.
Bir
polinkleotid
moleklnde
ester
balar
(fosfodiester)
eker
ve
fosfat
ksmlarn
dier
monomere baglar. eker
fosfat balar polimerin omurgasn olutururken, bazlar ieriye doru bulunurlar ve DNAda bir
prin bir pirimidine karlk gelerek (A-T, G-C) aralarnda hidrojen baglar kurulur ve DNAnn nl
sarmal yaps ortaya kar. Bir nkleotidin 5-fosfat esteri ikinci bir fonksiyonel alkol grubu (-OH) ile
esterlenerek bir diester oluturabilir. ounlukla bu ikinci -OH grubu polinkleotidlerdeki pentoz
olmaktadr. rnein cAMPdeki fosfat, ift tarafl olmak zere ayn pentoz ierisinde hem 5-OH
hemde 3-OH grubuna balanmtr. Farkl olarak ve en ok karlalan durum ikinci bir
polinkleotidin pentozun 3-OH grubuna balanmasdr. Bunun sonucunda bir dinkleotid meydana
gelmekte ve pentoz birimleri 35 fosfodiester ba ile birbirine balanmtr. Buradaki 35
fosfodiester ba RNA ve DNAdaki polinkleotidlerin iskeletini oluturmaktadr. Fosfodiester
balar, 3.- ve 5.- karbonlarn baladndan polimerin her iki ucu farkl olacaktr. Polinkleotid
polimerin ular 5-ucu ve 3-ucu olarak tanmlanrlar. 5-ucu fosfat, 3 ucu ise hidroksil grubunu
iermektedir.
ekil: ki nkleotidin bir
araya gelip bir dinkleotid
oluturmalar.
Watson ve Crick isimli iki
aratrcnn
deoksiribonkleik asitin
(DNAnn) yapsn
kefetmesi, insan genom
projesinin getiimiz
gnlerde popler hale
gelmesinden sadece yarm
yzyl nce gerekleti ve
bu dev bulu bugnk gen
teknolojilerine olanak veren bir dnm
noktas oluturdu. 1970lerde DNA
zerindeki belirli genlerin izole
edilebildii, bu genlerin kesilip biildii
ve yeniden yaplandrld genetik
mhendislii uygulamalar balad.
1980lere gelindiinde gen tedavisi
gndeme geldi ve gnmzn genom
aratrmalar iin daha ileri bir
motivasyon oluturdu.
156

Bir hcredeki genetik materyalin tamam o organizmann genomunu oluturur. Yine dier bir
tanmla genom, bir organizmann DNAsnn tamam olup o organizmann yaam boyunca tm yap
ve aktivitelerini belirleyecektir. Tm bu tanmlar, genomun DNA materyalinden ibaret olduunu,
her iki terimin de genetik materyali ifade ettiini gstermektedir. Bu materyal, sk bir yumak
halinde biimlenerek kromozom adn verdiimiz yaplar oluturur. Bakterilerde tek bir kromozom
oluturan bu materyal hcre ierisinde serbest iken, karyot adn verdiimiz daha ileri canllarda
(algler, mantarlar, bitkiler, hayvanlar, insanlar) her hcrede birden fazla kromozom eklinde
bulunur ve bu kromozomlar hcre ekirdei iinde yer alrlar. Serbeste almas halinde 46
kromozomumuzda 2 metreye yaklaan DNA molekl, sk bir yumak oluturmas sayesinde
mikroskobik byklkteki hcreye smaktadr.
DNA molekl birbiri etrafnda kvrlm iki iplikten olumu bir deoksiribonkleotid polimeri olup
baz, eker ve fosfat nitelerinden oluur. Bu yaps le DNA bklm bir merdivene benzer. Bu
merdivende, trabzanlar eker ve fosfat molekllerinden olumakta olup nitrojenli bazlardan oluan
basamaklarla birbirlerine balanrlar. Bir baka deyile, iki DNA iplii her birinin tad nitrojenli
bazlar arasnda oluan zayf balarla birbirine balanm bir ift sarmal yaps oluturur. Her bir
iplik, birbirine benzer ve nkleotid adn verdiimiz (eker+fosfat+baz) nitelerin lineer bir
tekrarndan ibarettir ve polinkleotid
zincir adn alr. DNA nn yapsnda
bulunan bazlar, adenin (A), timin (T),
sitozin (C) ve guanin (G) olmak zere 4
eittir. Her bir nkleotidin yapsnda,
bu
bazlardan
herhangi
birisi
bulunacaktr. ki DNA ipliinin bazlar
aracl ile yukarda anlatld ekilde
birbirine balanmasnda daima adenin
ile timin bazlar arasnda (A-T / T-A) ve
guanin ile sitozin bazlar arasnda (G-C
/ C-G) eleme olmaktadr.
Moleklde yer alan bazlar, genetik
bilginin tanmasndan sorumlu iken
fosfat ve eker gruplar iskelet yapda
rol alr. DNA yapsndaki iskelet,
ekerindeki 3-OH grubuyla br
nkleotidin 5-OH grubu fosfodiester
kprs
yaparak
birleir.
Dolaysyla iskeleti oluturan yap
hidrofilik zellik gstermektedir.
Hcreler iki yeni hcre oluturmak zere blnecekleri zaman, genom kendini eler ve DNAnn
kendini elemesi (replikasyon) adn verdiimiz bu olay hcre ekirdeinde gerekleir. ncelikle
157

baz iftleri arasndaki zayf balar alr, iki iplik birbirinden ayrlr. Her iplik zerinde eleme
yaplr ve yeni oluan iplikler kalp olarak kullandklar ipliin tamamlaycs olurlar ve bu ekilde
oluan iki yeni ift sarmal, orjinal sarmaln tam kopyasdr.
Polinkleotid zincir zerinde bazlarn dizilim srasna DNA dizilimi diyoruz. Bu dizilim bir
organizmann olumas iin genetik emirlerin verilmesinden sorumludur ve o organizmann
kendine zg tm karakterlerini (d grn, metabolizmas, karakteri ve davranlar,
hastalklarla savama gc, yetenekleri, vb.) belirler. DNA zerinde nkleotidlerin (bazlarn) zgn
ve anlaml bir dizilimi bir gen oluturmaktadr. Bu dizilim, protein adn verdiimiz ve hcrenin tm
aktivitelerinin gereklemesinden sorumlu biyomolekllerin yapsn ifreler. Tipik bir memeli
hcresinde yap ve fonksiyonlar birbirinden farkl en az 10.000 protein mevcuttur; hcreye
mekanik destek salayan yapsal proteinler, metabolik reaksiyonlarda biyokatalizr grevi yapan
enzimler, hormonlar, hcreye madde giri kndan sorumlu proteinler, hastalklarla savamamz
salayan antikorlar, vb. Proteinler byk ve karmak molekllerdir ve amino asit ad verilen yap
talarndan oluurlar. Canl hcrelerinde 20 farkl amino asit bulunmakta olup bu amino asitlerin
dizilim ekli, oluan proteinlerin yap ve fonksiyonlarn belirler. DNA zerinde yan yana bulunan
her 3 bazlk dizilim kodon (3 harften oluan kod) olarak isimlendirilen bir ifreyi oluturur. Her bir
kodon, ierdii bazlarn cinsi ve srasna bal olarak belirli bir amino asiti ifreler (genetik ifre).
Ortalama gen bykl 3000 baz ifti civarnda olup 1000 amino asitten olumu bir protein
moleklnn yapsn ifreleyecektir.
Btn fosfodiester balar 53 ynnde olduu iin aadaki gsterimler daha kolaydr:
veya
P-ApTpCpApA-OH
veya
ATCAA
ekil: Polinkleotidlerin farkl gsterim ekilleri. Yukardaki gsterim ekli, 5-hidroksil grubunun
fosforile olduunu ve 3-hidroksil grubunda herhangi bir deiikliin olmadn gstermektedir. Klasik
gsterimde 5-ucu solda ve 3-ucu da sada kalmaktadr.
DNA molekl, bir zar ile hcrenin dier ksmlarndan ayrlm olan hcre ekirdeinin ierisinde
hareketsizdir. Oysa proteinlerin yapm ekirdek dnda gerekleir. Bu nedenle DNA daki ifreyi
protein reten makineye tayacak bir aracya gereksinim vardr. Mesajc ribonkleik asit (mRNA),
DNA zerinde mevcut genetik ifrenin protein yapsna aktarlmasnda, bir dier deyile gen ile o
genin kotlad protein arasnda bilgi akna araclk eden molekldr. Bu molekl, geni oluturan
DNA ift sarmalnn ipliklerinden birisinin kalp olarak kullanlmas ile yaplr (yazlm ilemi;
transkripsiyon) ve dolays ile kalp olarak kullanlan gendeki tm bilgiye sahiptir. Kk ve
hareketli olan mesajc molekl, ekirdek zarn geerek protein reten makineye ular ve zerinde
tad ifre sayesinde amino asit molekllerinin protein yapsna belli bir sra ve dzen ierisinde
girmesini salar. Yap talar olan amino asit molekllerinin ifreye uygun biimde birbirlerine
balanmas ile proteinlerin olumas srecine eviri ilemi (translasyon) ad verilir.
158

nsan genomunun toplam bykl yaklak milyar baz iftidir. Bykln ifade edebilmek
iin rnek vermek gerekirse, insan genomundaki DNA dizilimi bir kitap olutursayd bin sayfalk bir
ansiklopedinin iki yz adet cildine sabilirdi. Bir dier rnekle, DNA zerinde 1 milyon baz
(megabaz) 1 megabaytlk bilgisayar data saklama alanna eit olup insan genomundaki toplam 3
milyar baz, 3 gigabaytlk bir hafzaya karlk gelmektedir. Baz canllarn genom byklkleri
karlatrmal olarak aadaki tabloda verilmitir:
nsan 3000 milyon baz (~100.000 gen)
Fare 3000 milyon baz (50.000 - 100.000 gen)
Meyve Sinei 165 milyon baz (15.000 - 25.000 gen)
Maya 14 milyon baz (12.000 - 14.000 gen)
E. coli 4.67 milyon baz (3237 gen)
Mycoplasma genitalium 0.58 milyon baz (468 gen)
nsan hcrelerinde biri anneden dieri babadan gelen 2 set kromozom vardr. Her sette 23
kromozom bulunur; bunlarn 22si otozom adn verdiimiz (cinsiyet belirlemeyen) kromozomlar
olup bir adet de seks kromozomu (X veya Y) mevcuttur. Diide bir ift X, erkekte bir X, bir de Y
kromozomu bulunur. Kromozomlarn yapsnda proteinler de vardr ve her bir kromozom yaklak
150 milyon baz ifti byklndedir. Kromozomlar zel boyalar ile boyandnda k mikroskobu
altnda grlebilirler; A, T, G, C miktarlarna bal olarak ak veya koyu bantlar olutururlar.
Kromozomlar byklklerine ve bantlarn durumuna gre ayrt edilebilirler (karyotip analizi).
eitli kromozom anormallikleri (eksik veya fazla kopyalar, krklar ve yeniden birleimler)
birtakm hastalklara neden olur. rnein Downs sendromu olarak bilinen hastalkta 21. kromozom
3 kopyadr. Genetik yapda meydana gelen deiimlere mutasyon ad verilmektedir ve kuaktan
kuaa geen (kaltsal) hastalklar mutasyonlardan kaynaklanmaktadr (orak hcre anemisi, kistik
fibroz, eitli kanser trleri, zeka gerilikleri, akl hastalklar, vb.). Mutasyonlar, kromozom
seviyesinde, byk DNA paralarn ierecek ekilde gerekleebilecei gibi, mevcut DNA
diziliminde tek bir nkleotidin deimesini de ierebilir; rnein orak hcre anemisi, kistik fibroz,
meme kanseri, eldeki parman ayak parmana benzemesi ve boy da dhil eitli morfolojik
zellikler tek bir nkleotid deiiminin sonulardr. Bu bildirim, tek bir nkleotid deiiminin
protein yapsnda ve fonksiyonunda yarataca deiimlerin doku fonksiyonlarn ne denli
etkileyeceini vurgulamaktadr.
nsan genom projesinin temel hedefi, insan genomunun detayl bir fiziksel haritasn elde etmektir.
Baz ifti says temelinde genlerin dizilimi ve aralarndaki mesafeyi gsterecek bu haritann elde
edilmesi, ancak DNA zerindeki nkleotidlerin dizilim analizi (sekanslama) ile mmkndr. Elde
edilen insan genomu referans dizisi, yeryznde yaayan her bireyin genom dizisine birebir
uymayacaktr rnekler ok sayda gnllden zel bir protokolla alnm olup bu rneklerden ok
az projede kullanlmaktadr. rnekleri veren kiilerin ismi sakldr; dolays ile hem rneklerin
sahipleri, hem de bilim adamlar bu projede kullanlan DNAlarn kimlere ait olduunu
bilmemektedirler. Kadnlardan kan rnekleri, erkeklerden ise sperm rnekleri alnmtr,
kadnlarda Y kromozomu bulunmadndan sperm rnekleri zellikle nemlidir. lk referans genom
dizisinin oluturulmasnn 10-20 birey baznda olaca tahmin edilmektedir.
Fiziksel haritann elde edilmesi iin ncelikle seilen kromozomun ok kk paracklara ayrlmas,
bu paracklarn ayr ayr dizi analizlerinin yaplmas ve elde edilen verilerin birletirilmesi gerekir.
Bu amala, restriksiyon enzimleri ad verilen ve DNA nn belirli dizilerini tanyp molekl o
dizilerden kesen enzimler kullanlr. Daha sonra, elde edilen paracklarn daha ileriki almalarda
kullanlabilmesi iin klonlanmas (ok sayda kopyasnn elde edilmesi) ilemine geilir. Farkl DNA
159

paracklarnda birbiri ile rten diziler belirlenmek suretiyle kromozom boyunca uzun bir
segmenti, hatta tm kromozomu temsil eden sral bir klonlar kolleksiyonu (kontig) elde edilir. Bu
yolla elde edilen harita kontig harita olarak isimlendirilir.
Gnmzde nkleotid dizilimi analizi iin DNA iplerinin kullanld yeni yntemler de mevcuttur,
ancak en yaygn olarak kullanlan yntemde temel admlar unlardr: ncelikle her bir kromozom
(50-250 milyon baz ifti) enzimlerle ok daha kk paracklara (yaklak 500 baz ifti; Celera
Genomicste gelitirilen yeni ve hzl yntemde 2000-10.000 baz iftlik paralarla baland
bildirilmektedir) blnr. Makinalarla yaplacak olan dizi analizi iin herbir paracn milyarlarca
kopyas gerekir. Bu nedenle paracklar bakteri hcrelerinde klonlanrlar ve ok hzl oalan
bakteriler kopya makinalar gibi bu paracklar oaltrlar. Bu ekilde oaltlan DNA materyali,
zel boyalarla muamale edilerek her bir baz eitinin (A, T, G, ya da C) lazer k altnda farkl bir
renk verecei biimde boyanr, daha sonra paracklarn elektroforezleri yaplarak byklklerine
gre ayrlrlar ve bu srete lazer n ve kamera bazlarn boyanma rengini kaydederek 4 renkli
kromatogram oluturulur. Tm bu ilemler insan eliyle deil, otomatik dizi analiz cihaz kullanlarak
yaplmaktadr. Bazlar okunduktan sonra bilgisayarlar araclyla dizilim analiz edilir.
Katrilyonlarca hesaplama sonucu paracklarn dizilim bakmndan birbirleri ile rten ular
yanyana getirilmek suretiyle dizilim yeniden dzenlenir. Analiz hatalar, gen blgeleri (insan
genomunda bilinen fonksiyonel proteinleri kodlayan genler, toplam genomun sadece yaklak
%5ini oluturmaktadr, geriye kalan ksm ise gen aktivitesini kontrol eden ya da henz fonksiyonu
bilinmeyen blgelerdir), daha nce bilinen genlere ne oranda benzerlik gsterdii, vb. belirlenir.
Her bir DNA paras 5 kez dizilim analizinden gemise, elde edilen bulgular taslak dizilimi
oluturur. Analiz 10 kez yapldnda ise final dizilim (hata oran 1/10.000) elde edilir. Bugnk
analiz sonular %90-95 dorulukta bir msvette analiz sonulardr. Hatalar ve baz boluklar
halen mevcuttur, yksek kaliteli referans diziliminin 2003 ylnda elde edilecei bildirilmektedir.
Ancak, final dizilimin elde edilmesi projenin nihai amac deildir; bulunan genlerin fonksiyonlarnn
ve birbirleriyle etkileiminin anlalmas almalar srecek, buna paralel olarak eitli hastalklarn
tedavisi iin geni ya da kodlad proteini hedef alan yeni ve etkin ilalarn tasarm ve denenmesine
devam edilecektir (sorumlu genin aydnlatlm olduu bir ok hastalk iin halen bu ynde
almalar srmektedir).
Proje bnyesinde robotiklerin ve biliim teknolojisinin nemi zellikle not edilmelidir. Sadece insan
gc kullanlarak projenin gerekletirilebilmesi neredeyse olanakszdr. Robot kollar olan yzlerce
makine, ayn anda, DNA paracklarn dizilim analizi iin ince cam tplere pompalamaktadr. Bunun
yansra, veritaban ve yazlm gelitirme alanlarndaki ilerlemeler de bu projeye hz kazandrmtr.
Teknoloji ilerledike ve dizilim bulgular ok byk bir hacim tutacak ekilde biriktike, eldeki
bilgilere sahip kmak, organize etmek ve bunlar yorumlayabilmek iin daha sofistike bilgi ilem
kaynaklarna gereksinim olacaktr. Proje ile ilgili tm aratrclarn dnyann her yerinden dizilim
bulgularna ulap onlar kullanabilmeleri, projenin baarsnn dorudan ltdr. Perkin Elmer,
Celera Genomics iin 1 milyar dolar harcam, en hzl analitik cihazlar (300 adet) ve yksek
performansl sper bilgisayar teknolojisini temin etmitir. zel bir yazlm ile 80 terrabayttan fazla
veri ilenebilmitir. Bu nedenlerle, Celera Genomicsin gen dizilimi analizi yapan dier tm
laboratuvarlara gre en az 3 kat daha hzl alabildii ifade edilmektedir. Bunun vurgulanmas iin,
Celera laboratuvarlarnn aylk elektrik faturasnn 60.000 dolar olduu belirtilmektedir. irket
yneticileri, 9 ay gibi ksa bir sre iinde etnik kkenleri farkl toplam 5 birey iin (3 kadn, 2 erkek)
15 milyara yakn baz iftinin diziliminin tamamlandn aklamaktadr.
Dier yandan, insana gre daha abuk oalma zellikleri nedeniyle genlerin kaltmnn daha abuk
ve ucuz biimde incelenebildii dier organizmalarda da (baz virsler, en az 30 farkl bakteri tr,
160

eitli mantarlar, protozoalar, yuvarlak kurt, meyve sinei gibi) genom analizleri tamamlanm ya da
srmekte olup bu model organizmalardan elde edilecek bilgilerin insan genom projesine byk
katks olacaktr. Tamamlanm olan genom projelerine bakldnda, en fazla sayda canl
genomunun Celera Genomics tarafndan zld grlmektedir. Mikrobiyal genom program
erevesinde; tarm ve hayvanclk sektrnde (verimliliin arttrlmasna yardmc olan
mikroorganizmalar), enerji retiminde (alkol ve hidrojen retimi), evre biyoremediyasyonunda
(zehirli evresel atklarn mikroorganizmalarn metabolik aktiviteleriyle temizlenmesi) ve dier
endstriyel ilemlerde (mikrop hcrelerinin kendilerinin ya da bu hcrelerin rnleri olan
biyokatalizrlerin, eitli kimyasallarn ve biyoaktif molekllerin retilmesi) nemli olan
mikroorganizma trlerinin yansra fonksiyonlar insan genlerine baml, enfeksiyon hastalklarna
neden olan parazit mikroorganizmalar seilmitir. Mikroorganizmalar:
abuk oalma zellikleri nedeniyle, genomlarnda tanmlanm genlerin fonksiyonlarnn
anlalmas bakmndan ideal organizmalardr. Bu organizmalarda varl gsterilen ve insan
genlerine yapsal benzerlik gsteren genlerin grevlerinin anlalmasnda ok yararl olacaklardr.
Mikroorganizmalarn yap ve fonksiyonlarndaki karmaklk seviyesi ok daha dk olduundan,
yaam iin esas olan minimum gen says anlalmaya allmaktadr. Bu sayede, yaam iin kritik
genlerin hangileri olduu belirlenebilecektir.
Analiz edilen mikroorganizmalardan bazlar
biyoteknoloji alannda kullanlan (faydal),
dierleri de tbbi neme sahip (zararl) trler
olduklarndan bu organizmalardan elde edilen
bilgiler toplum yararna kullanlacaktr.
Evrimsel mekanizmalarn anlalmas iin model
oluturacaklardr.
ekil: DNA polinkleotid zincirinin bir segmenti.

DNAnn
yaps
onun
eitli
kimyasal
reaksiyonlara kar kararl olmas iin olduka
nemlidir.
161
Baz cifti (bc) ortalama arl (A-T veya G-C)= 650

dalton
1.0 A260= 50 g/ml ift-zincir DNA (0.15 mM
nkleotid)
1.0 A260= 33 g/ml tek-zincir DNA (0.10 mM
nkleotid)
1.0 A260= 40 g/ml RNA (0.11 mM nkleotid)
1 g 1000 baz-cifti (bc) DNA= 1.52 pmol (pikomol)
1 pmol= 1x 10-12mol
1 kb DNA (1000 bc) 333 amino asitlik bir
protein
37,000 dalton
ekil: DNA yaps iin nerilen Watson ve
Crickin modeli.
DNA ifte sarmalnda
zincirler birbirlerinin
tamamlaycsdr.
162

ekil: DNAnn ileri histon proteinlerlke ileri
derecede
paketlenerek
kromozomlar
olururmas.
ekil: RNAnn tek zincir yaps.
DNA baz iftleri (bc) A=T, GC (H-balar)

DNA sarmal eni= 2 nm= 20 oA
DNA zincirinde komu iki baz aras=3. 4 oA
Bir tam donum= 10 baz cifti= 34 oA=3.4 nm
Kvrlma as= 36o/baz ifti
Bir baz cifti (A-T veya G-C)= 660 Dalton
Tipik bir bakteri DNAs= 1 mm= 3 x 106 baz ifti
ekil: Histon korunu ve iki nukleozom arasndaki

balanty gsteren bir polinukleozom yap.
Farkl DNA formlar
Yaplan almalar DNAnn 6 formda bulunduunu
gstermitir (A dan Eye kadar ve Z). Bunlarn ierisinde
en nemlisi Watson-Crick tarafndan nerilen Bmodeldir. Bunun dnda A-DNA ve Z-DNA aada
tanmlanmtr. Yaplan almalarda ite yer alan
bazlarn tam bir dzlem tekil etmedii ve aralarnda
eitli alarla yerletii grlmtr.
B-DNA (Watson-Crick modeli): Sa ynl dnml olup
fizyolojik artlar (dk tuz, yksek hidrasyon derecesi)
altnda bulunan eklidir. Byk bir de kk oyuk olmak
163

zere iki oyuk iermektedir. B-DNAnn bir tam dnmnde 10 baz ifti bulunur ve 3.4 Ao
uzunlua sahiptir. DNAnn ap 2 nmdir.
ekil: DNAnn farkl formlar. A ve B formlar saa-dnen formlarda iken, Z formu sola-dnmldr.
Yaygn bulunan doal formu B formu olup, DNAnn Watson-Crick modeli ad da verilir.
A-DNA: Genelde su kaybetmi (nem oran % 75in altndaki) DNA fibrillerinde grlr. A-DNA, BDNAda olduu gibi saa-dnen bir yap gsterir. Bir tam dnmnde 11 nkleotid bulunur.
Sarmal yaps daha geni ve daha ksadr. Farkllk riboz nitelerinden kaynaklanmaktadr. Furanoz
halkasndaki 4 atom bir dzlem ierisinde yer alrken beincisi dzlemin stndedir. Bu ekilde, 2. C
dzlemin stnde olmas halinde C2-endo, 3. Cnun dzlemin stnde olmas halinde C3-endo
denilmektedir. A-DNA da C3-endo eker niteleri yer alrken B-DNAda C2-endo bulunmaktadr.
eker nitesinin bu durumundan dolay 19olik bir eilmeye yol amaktadr. Bunun sonucunda
fosfat gruplar sarmalde daha az su molekl balmaktadr. Yalnz, A-tipi sarmal su kaybetmi
DNAya zg deildir, ift katlanm RNAda ve RNA-DNA hibritlerinde benzer yap grlmektedir.
Ribozdaki 2-OH grubu sterik (yapsal konum) olarak Watson-Crick modeline benzer yapnn
olumasna engel olmaktadr.
Z-DNA: Sola dnen bir sarmal olup bu DNA modelinde fosfat atomlar zig-zag bir dizilim
gstermektedir. Bu da bunu yapan nkleotidlerin mono deil, bir dinkleotid olduunu gsterir. Bir
dnmnde 12 nkleotid birimi yer alr. Ayrca Z-DNA, sadece tek bir derin helikal oyuk
iermektedir. Z-DNA genelde termodinamik olarak istenilmeyen bir yapdr. Ancak Z-form
dnm, sitozinin C-5unun metilasyonu ile muhafaza edilir. Bu modifikasyon daha ok
karyotlarda grlr. Z-DNAnn bu ksmnda kk bir boluk doldurulmakta ve hidrofobik
interaksiyonlar artrmaktadr. B-DNAda bulunan metil grup su ile evrili bulunmaktadr ve bu da
istenilmeyen bir durumdur.
Farkl DNA formlarnn zellikleri
164
12 KARBOHDRATLAR
Doada yaygn olarak dalm ve en byk ktlesel miktarlarda bulunan biyomolekllerdir.
Sakkarit olarak da bilinirler. Kimyasal olarak hem amino asitlerden ve hem de nkleotidlerden
daha basit molekllerdir. Element olarak sadece karbon, hidrojen ve oksijen ierirler. Ayn zamanda
gne enerjisinin fotosentez olaynda kullanlmas ile inorganik karbon (CO2), hidrojen-oksijen
(H2O)den meydana gelen ilk organik molekller karbonhidratlardr. Bundan dolay canllarn temel
enerji kaynadrlar.
Her ne kadar CnH2nOn genel forml ile tanmlanrlarsa da, bu ou zaman yanl anlalmalara
neden olur. nk baz molekller bu tanmlamaya uyduklar halde (rnein formaldehit CH 2O,
laktik asit C3H6O3, gibi) karbonhidrat deildirler. Ayn zamanda karbonhidratlar modifiye
olmularsa (rnein, deoksiriboz C5H10O4) yukardaki tanmlamaya uymazlar. Karbonhidratlar en
uygun olarak polihidroksi aldehit veya polihidroksi keton olarak adlandrlabilirler. Bu
nedenle karbonhidratlar baka zelliklerini de belirterek tanmlamamz gerekir. Karbonhidratlar
aktif aldehid veya keton grubuna sahip polialkollerin oluturduu maddelerdir. Aldehitlerde
karbonil oksijen (-CHO) utaki karbon atomu ile birlemiken, ketonlarda karbonil oksijen i
ksmdaki bir karbon atomuna baldr (-C=O). Doada karbonhidratlar monosakkarit, oligosakkarit
(2-10 monosakkarit) ve polisakkarit halinde bulunurlar.
Monosakkaritler,
basit
ekerler olarak bilinirler.
Yaplarnda aldehid veya
keton grubu tamalarna
gre aldo ekerler (aldoz)
ve keto ekerler (ketoz)
olmak zere 2 gruba
ayrlrlar. Ayrca her bir
grupta karbon says 3 ila 7 arasnda deien ekerler bulunur. Glukoz, monosakkaridleri temsil
eden en nemli ekerdir. Metabolik olaylarda karbonhidratlar glukoza evrilmek suretiyle kullanlr.
Bu nedenle anlattklarmz glukoz zerine odaklanacak ve yeri
geldike dier bileiklerle iliki kurulacaktr. Keto grubu ieren
monosakkaridin isminin sonuna loz eki eklenir. Bu bilgiler
nda aadaki dzenleme yaplabilir.
Bir monosakkarit yapsndaki karbon atomu says ve
fonksiyonel karbonil grubu (aldoz veya ketoz)una gre
belirlenir. Monosakkaritlerin omurgas dallanmam bir karbon
zincirinden olumutur ki, karbon atomlarndan biri bir oksijen
atomuna ift ba
yapmtr. Bu gruba
karbonil
grubu
denir. Geriye kalan
karbon atomlarnn herbirine bir hidroksil grubu ve
hidrojen baldr. Canllarda karbonhidratlarn D-formu
(rnein D-glukoz) bulunur (amino asitlerin canlda Lformunda olduklarn hatrlaynz). Bu yap, karbonil
165
Blm 12: KARBOHDRATLAR

karbon atomuna en uzak alfa-karbon atomunun yapsna gre belirlenir. Yani karbonil grubunun bir
aldehit olmas halinde monosakkarit aldoz, karbonil grubunun keton olmas halinde ise o
monosakkarit ketoz olarak adlandrlr:
karbonlu bir monosakkarite trioz (rnein, gliseraldehit),
drt karbonluya tetroz (rnein, eritroz), be karbonluya
pentoz (rnein, riboz, ksiloz, arabinoz) alt karbonluya ise
heksoz (rnein, glukoz, mannoz, galaktoz gibi) denir:
En basit yapl monosakkaritler olan 3 karbonlu gliseraldehit
bir aldoz iken, dihidroksi aseton bir ketozdur:
Dihidroksi aseton hari monosakkaritler asimetrik alfa karbon
atomlarna sahiptirler. Yukarda da grld gibi gliseraldehit
ortadaki karbon atomundan dolay iki farkl optik izomere sahiptir.
Bunlara enantiyomerler denir.
Genellikle n sayda asimetrik karbon atomu ieren bir
monosakkaritin stereoizomer says 2n olarak ifade edilir. Buna gre,
glukoz 4 adet asimetrik karbon atomuna sahip
olduundan, bu ekerin izomer says 16dir.
Glukozun dier generik ismi dekstroz olup,

doada en yaygn bulunan organik molekldr.
Yukarda da tanmladmz gibi 6 karbondan meydana ekil: Glukoz ve fruktozun oluturduu
piranoz ve
furanoz
halkas.
Anomerik
karbonlar
iaretlenmitir.
geldiinden ve bir aldehit eker
aldoheksoz olarak da tanmlanabilir:
olduundan
ekil: Piran (a) ve furan (b) halkas.

Solsyonda glukoz yandaki gibi bir piran halkas eklinde
bulunur ve bu yapya piranoz denir (1. pozisyondaki
karbonil karbonla 5. pozisyondaki karbon atomu arasnda
166

ba kurulur). Fruktoz ise furan halkas eklinde bulunur ve bu yapya furanoz denir (2.
pozisyondaki keto karbonla 5. pozisyondaki karbon atomu arasnda ba kurulur).
Piranoz halkas aldehit ve alkol grubu arasndaki bir
reaksiyon sonucu hemiasetal denen yaplar ortaya
kar. Bildiiniz gibi aldehit ve ketonlar alkollerle
reversibl olarak reaksiyona girerek sras ile
hemiasetal ve hemiketalleri verir.
Monosakkaritlerde ayn molekl zerinde hem

OH (alkol grubu) ve hem de C=O bulunduundan,
sulu ortamda ayr ularda bulunan bu iki grup
arasnda oluan reaksiyon sonucu, molekl
halkasal bir forma dnr:
ekil:
Bir
hemiasetal oluturmak zere bir alkolle bir aldehitin
reaksiyonu (a), ve bir hemiketal oluturmak zere bir
alkolle bir ketonun reaksiyonu. Yldzlar yeni oluan kiral
merkezleri gstermektedir.
Galaktoz
glukozun
glukozun birer
sadece
bir
atomuna bal
konfigrasyonu
farkldr:
ve mannoz da iki yaygn aldoheksoz olup

izomerleridir. Bu iki eker ayn zamanda
epimeridirler. nk her ikisi de glukozdan
karbon
gruplarn
ile
Ancak,
galaktoz
ve
mannoz birbirlerinin epimeri deildirler. nk her ikisi biri
birine iki karbon atomuna bal gruplar konfigrasyonu
bakmndan farkllk gsterir.
167

ekil: Karbohidratlarda steroizoemerlik. Bu
karbohidratlarn de ayn kimyasal formle
(C6H12O6) sahiptir. Ancak, asimetrik karbon atomuna
bal hidroksil (OH) grubunun pozisyonu bakmndan
farkllk gsterirler.
Bazen levuloz olarak da bilinen fruktoz yine en
yaygn ekerlerden biridir. Ancak, fruktoz bir
ketoheksozdur:
Fruktoz solsyonda yardaki
gibi bir furan halkas eklinde
bulunur ve bu yapya furanoz
denir. ekerlerin bu yapsal
(halkasal)
formlar
termodinamik olarak olumaya daha elverili
olduundan, ekerlerin lineer formlar solsyonda
hemen hi bulunmaz. Konulduklar sv ortama bal
olarak monosakkaritler veya formunda bulunabilirler ve bir form dierine mutarotasyon
denen bir olayla dnebilir:
Biyolojik olarak nemli iki karbonhidrat bildiiniz
gibi DNA ve RNAnn yapsna giren deoksiriboz
ve ribozdur. Nkleik asitler konusunda bu
ekerlere daha detayl deineceiz.
Modifiye olmu monosakkaritlere dier rnek
olarak aminoekerleri verebiliriz. rnein,
glukozaminlerde bir hidroksil grubu (OH) yerine bir amino grubu (NH2) grubu gelmitir. Bu eit
ekerler daha ok kabuklu hayvanlarn kabuundaki (bcekler, vb) kitin tabakasnda bulunurlar.
Canl sistemlerde ayn zamanda asidik (oksidize olmu) ve alkolik (redklenmi) ekerler de vardr.
rnein, ronik asitler mukopolisakkaritlerin yapsna girerler. Mukopolisakkaritler kemik, kartilaj
ve deride byk miktarlarda bulunurlar. Mannitol indirgenmi bir eker olup polihidrik bir alkol
yapsna sahiptir. Bu eker 1. karbon atomundaki alkol grubu ile mannozdan farkldr.
168

ekil: karbonludan 6
karbonluya kadar olan Daldozlarn
Fischer
projeksiyonlar
(gsterimleri). Halka iinde
gsterilen
ekerler
biyokimya almalarnda
en nemli olanlardr.
169
ekil: karbonludan 6 karbonluya kadar olan D-ketozlarn Fischer projeksiyonlar (gsterimleri).

Halka iinde gsterilen ekerler biyokimya almalarnda en nemli olanlardr.
170
171

DSAKKARTLER ve OLGOSAKKARTLER
Doada
en
ok
bulunan
disakkaritler skroz ve laktozdur.
Sukroz
(ay ekeri) bitkiler
tarafndan glukoz ve fruktozdan
yaplr. Bu iki eker birbirlerine
glukozidik bir ba ile (-1,2)
balanrlar
(iki
monosakkarit
arasndaki OH gruplarndan bir su
molekl ayrlmas ile):
eker kamnn ve eker pancarnn
ktlesinin % 20ye kadar skroz
olabilir. Stte bol miktarda bulunan
laktoz glukoz ve galaktozdan
meydana
gelmitir.
Her
iki
karbonhidrat
birbirine
-1,4
glukozidik ba ile balanmlardr.
Maltoz (glukoz(,1-4)glukoz) ve sellobioz (glukoz(,1-4)glukoz)
dier iki disakkarit olup (imlenen tohumlar hari) doal olarak
olumazlar. Bu ekerler ancak ticari olarak niasta ve sellulozdan
elde edilirler. Maltoz -1,4, sellobioz ise -1,4 balar ile bal iki
glukoz moleklnden meydana gelmilerdir.
Bu balardan dolaydr ki
glukozun -1,4 baglar ile
balanmasndan oluan
polimeriler
(rnein,
glikojen, niasta) hayvan
ve bitkiler iin hazr
enerji rezervleri iken, glukozun -1,4

baglar ile balanmas ile meydana
gelen polimeriler (rnein selluloz) daha ok yapsal grevlere
ynelik olup birok canl tarafndan yklamazlar. Gevi getiren
hayvanlarn sellulozu ykmalar onlarn midesindeki
bakterilerin
bu
balar
paralayabilen
enzimler
salglamasndandr (karncalar bile odundaki bu sellulozu
paralayacak bakteriler sayesinde bu sindirimi gerekletirirler). Selluloz bu ekilde
paralanmasayd, l vejetasyon nemli evresel ve ekonomik problemlere neden olacaktr.
Monosakkarit ve disakkaritlerin ou etkili redkleyici maddelerdir. Disakkaritlerde en az bir

redkleyici aldehit veya keton grubu glukozidik ban yapsnda rol almaz. Ancak, sukrozda her iki
grup da bu ban yapsna girdiinden bu disakkarit redkleyici bir disakkarit deildir.
Monosakkaritler demir (Fe+3+) ve bakr (Cu+2) gibi zayf oksitleyici maddelerle oksitlenebilirler.
Burada karbonil karbon karboksilik aside oksidize olur. eker tarafndan indirgenen demir veya
bakrn miktar ekerin miktar ile ilikilendirilerek solsyondaki (veya kandaki) eker miktar
172

bulunur (Fehlingin reaksiyonu bu temele dayanr). Ancak son yllarda kan ekerinin lm daha
pratik ve hassas olan enzimatik (glukoz oksidaz) bir reaksiyonla tayin edilmektedir:
D-glukoz + O2 ------ D-glukonat + H2O2
Reaksiyonunda da grld gibi aa kan hidrojen peroksit miktar spektrofotometrik olarak
belirlenip dolayl olarak glukozun miktar belirlenir.
Genellikle sadece ekerlerin tatl bir zellie sahip olduklar sanlr. Baz maddeler vardr ki
karbonhidrat olmadklar halde tatldrlar. rnein, iki amino asitten (aspartik asit ve fenilalanin)
oluan ve ticari olarak aspartam ad altnda pazarlanan madde skrozdan 200 kat daha tatldr.
Yapya giren amino asitlerin her ikisi de L-amino asittir (proteinlerin yapsna gire amino asitler
gibi). L-amino asitlerle D-amino asitlerin karmndan veya tamamen D-amino asitlerden oluan
peptidler acdr. Sakkarin de eker olmayan dier bir
tatl madde olup skrozdan yaklak 500 kat daha
tatldr.
Bu
eit
maddeler
ou
zaman
metabolize
olmadklarndan sadece tatlandrc olarak kullanlrlar.
Dolays ile besinsel deerleri fazla deildir.
POLSAKKARTLER
En iyi bilinen
polisakkaritler D-glukozun polimerleridir. Bunlar enerji
rezervleri olarak (rnein, hayvanlarda glikojen, bitkilerde
niasta) kullanlrlar. Glikojen -1,4 glukoz alt nitelerinden
ve -1,6 dallanmalarndan oluur. Bu dallanmalar her 8-12
glukoz alt nitesinde bir tekrarlanr. Bu hali ile amilopektinin
kltlm bir modeline benzer. Hayvansal niasta olarak
da bilinir. Ancak bu zelliine ramen baz maya ve
mantarlarda bulunduu tespit edilmitir. Glukozun depo
edilmi ekli olup insanda karacier ve kas dokusunda bulunur. nsanlarda glikojen kiinin
beslenme durumuna bal olarak kas ve karacierde deiik miktarlarda bulunur. Glikojeninin
sentezi iin glukozun aktif hale gelmesi gerekir. Bunun iin glukozun uridin difosfata (UDP)
balanmas gerekir. UDP burada ATPye benzer bir fonksiyon yapar. Glikojen ve niastann enerji
moleklleri olarak kullanmn metabolizma konusunda ileyeceiz.
173
ekil: Polisakkaritlerin molekler eitlilii.
ekil: Glikojenin molekl. A, Genel yap. B. Bir dallanma noktasndaki detay. Molekl 21 nm yarapl
bir disk eklinde olup elektron mikroskobu ile grlebilir. Molekl arl 10 7 dolaylarnda olup, her
biri 13 glukozdan oluan polisakkarit zincirlerine sahiptir. Zincirler dallanm veya dallanmam
olabilir ve 12 tabakal bir yap olutururlar (ekilde sadece 4 tabaka gsterilmitir). Dallanm olanlar
i ksmda dallanmam zincirler ise d blgede bulunurlar. G= Glikojenin: glikojen sentezinde primer
molekl olarak grev yapar.
Niasta amiloz ve amilopektin polimerlerinin bir karmdr (4000 kadar glukoz monomeri
olabilir). Her iki polimer de salt glukoz nitelerinden meydana gelir. Maltoz (glukoz + glukoz)
amilozun yapsal nitesidir.
174
ekil: Niastann yaps. Amiloz helksel bir

dng gsterirken (A), amilopektin 16
dallanma noktalarna sahiptir.
Amilopektin ise amilozun dallanm
formudur ve glikojene benzerlik gsterir.
Ancak amilopektin glikojene gre daha az
youn bir paketlenme gsterir. Bitkisel
kaynakldr. Amiloz niastann % 20-30 unu
meydana getirir. Eriyebilen niasta ismini de alr. Granler yapdadr ve bu granller birbirine (14) glukozidik bala balanm glukoz molekllerinden olumutur. Niastann ieriindeki
ikinci yap ise amilopektindir. Bu madde niastann %60-70lik ksmn oluturur ve birbirlerine (14) ve -(16) balanm glukoz molekllerinden meydana gelir ve suda erimez. Yapsnda dz
ve dall zincirleri bir arada ierir. Amilopektinde iki dallanma noktas arasnda ortalama 25 glukoz
molekl bulunur. Niastada her zincir indirgeme zellii olan bir OH grubuyla sonlanr. Ancak bu
gruplarn says toplam glukoz molekllerinin saysna kyasla ok az olduu iin niastann indirgen
zellii yoktur. Niasta iyot ilavesi ile mavi bir renk kazanr. Bu renk, niasta molekl paralanarak
kldke krmzya dner. Niasta souk suda erimez. Scak su ile sspansiyon haline gelir ve
stlmaya devam edildiinde giderek jel kvam kazanr.
Polisakkaritler yapsal malzeme (rnein,
bitki hcre duvarn oluturan selluloz)
olarak da kullanlrlar. Birbirlerine (14)
glukozidik ba ile balanm glukoz
nitelerinden meydana gelir. Bitkilerin
iskeletini oluturur. Sekonder yapsnda
bulunan hidrojen balar sayesinde fibriler
bir yapya sahip olan sellozdan oluan
her madde yap dayankl bir karakter kazanr. Selluloz tekrarlanan sellobioz nitelerinden
meydana gelmi olup doada en fazla bulunan makromolekldr. Selluloz bitki hcre duvarnn
yapsal malzemesi olmasnn yannda, gvde, dal, yaprak ve tm
odunsu ksmlarda bulunur. Odunumsu her malzemenin byk ksm
bu makromoleklden olumutur. Pamuk ise hemen hemen
tamamen sellulozdur. Glikojen ve niastann tersine selluloz
moleklleri dallanma gstermezler ancak dier selluloz
moleklerine kovalent olmayan hidrojen baglar ile balanabilirler.
Sellulozun yapsn veren glukoz moleklleri (10,000-15,000 adet glukoz) yapdadr:
Dolays ile sellulozda polimer yap
glukoz monomerlerinin birbirine 1,4 balar ile balanmas ile oluur:
Bu fark selluloza kolay sindirilemeyen
ve daha farkl bir boyutlu yap
kazandrr. Glikojen ve niastann
tersine selluloz suda erimez zellik
tar. Suda znmez. Yksek
175

konsantrasyonlu asitlerle stlrsa sellobioz nitelerine paralanr. nsan barsanda sellozu
paralayabilen bir enzim yoktur. Bundan dolay sellozun besleyici bir deeri olmad dnlr.
Ancak baz mantar ve mikroorganizmalar sellozu paralama yeteneine sahiptirler. te bu
organizmalar barsak floralarnda tayan canllar (otla beslenen hayvanlar, karncalar) sellozdan
gda kayna olarak yararlanabilirler. Glikojen ve niastann suda kolay eriyebilmelerinin nedeni,
sellulozun tersine birok hidroksil grubunun (OH) akta serbest halde bulunmasdr. Bu gruplar
dolays ile su ile hidrojen balar kurarak bu makromolekllerin erir olmasn salarlar. Yine
yiyeceklerle alnan glikojen ve niasta -amilaz enzimleri (bu enzimler tkrk ve ince barsakta
bulunurlar) sayesinde hidrolize edilirler (-1,4 ve dallanma blgelerindeki -1,6 baglar paralanr).
Sellulozda bu tur balar bulunmadndan (sellulozda -1,4 balar glukoz monomerleri arasna
kurulmutur) selluloz bu enzimler tarafndan paralanamaz. Bu baglar yukarda da bahsettiimiz
gibi anacak gevi getiren hayvanlarn midesinde bulunan bakterilerin salglad sellulaz enzimi
tarafndan yklabilir.
Suda erimeyen zelligi olan selluloza benzer dier bir molekl kitindir. Yine -1,4 balarndan
oluan bu makromolekl hayvanlar tarafndan sindirilemez. Sellulozdan tek fark glukozun ikinci
karbon atomunda OH grubu yerine asetillenmi bir amino grubunun (-NH-CO-CH3) girmesidir.
Sellulozdan sonra doada en ok bulunan polimerdir. Bcek ve kabuklu deniz hayvanlarnn d
iskeletinin temel yap maddesi kitindir.
Bakteri hcre duvarn oluturan sert yap yine karbonhidrat bileimleri olan ve bir birlerine -1,4
baglar ile balanan N-asetilglukozamin ve N-asetilmuramik asitden meydana gelmitir. Bu
yapya peptidoglikan tabakas denir. Bu balar ancak lizozim enzimi ile paralanabilirler.
Hayvansal dokularda hcreler aras matriks jle eklinde bir madde ile doludur. Bu maddenin
elementleri polisakkarit ve fibrz proteinlerdir. Bu blgede en ok bulunan karbonhidrat birer
monosakkarit olan N-asetilglukozamin, ve glukorinik asit ve her ikisinin birlemesinden meydana
gelen bir polimer olan hiyaluronik asittir. Bu polimer yapkan bir formda olup eklemlerin
hareketinde motor yana benzer fonksiyon yapar.
Heteropolisakkaridler
Bu molekllerde tekrarlayan niteler, birden fazla ve farkl yapda monosakkarid ierirler. rnein
A,B harfleri birbirinden farkl monosakkaridleri temsil ediyorsa, bir heteropolisakkarid aadaki
ekilde ematize edilebilir: Heteropolisakkaridler canllarda hcrelere dardan destek salarlar.
Bir baka deyile hcreler aras boluu doldururlar. Heteropolisakkaridlerde tekrarlyan
birimlerde amino ekerler bulunduu iin bunlara glukozaminoglikan denir. Nisbeten eskimi tp
literatrnde bu bileiklere mukopolisakkaridler denmekte idi. Glukozaminoglikanlarda yapya,
ek olarak slfat iyonu katlmtr. Gerek bu gruplar ve gerekse dissosiye olan uronik asitler bu
molekle ar negatif bir yk kazandrr. Bu nedenle glukozaminoglikanlar polianyonik
birleiklerdir. Bu nedenle yapya katyon olarak sodyum ve su balanmas gerekleir ve ortaya koyu
kvaml kaygan bir madde kar. Glukozaminoglikanlar dokularda ekirdek protein (kor protein)
denilen proteinlere balanm olarak bulunur ve bylece ounluu karbonhidrat, aznl
proteinden meydana gelen byk bir yap oluur ki buna da proteoglikan denir. Proteoglikanlarda
karbonhidrat-protein balanmas
kovalan
olup; O-glukozidik (ksiloz-serin/treonin, NAsetilglukozamin-serin/treonin) veya N-glukozidik(N-Asetilglukozamin-asparagin amino asidinin
amido grubu) tarzda gerekleir. imdi nemli glukozaminoglikanlar yap ve eitli zelliklerini
gzden geirelim.
1. Hyalronik asit:-glukuronik asit ve N-Asetil-glukozaminden oluur. Hyalronik asit hayvanlar
dnyasnda hcre d ortamn en nemli ksmn oluturur Hcreleri bir arada tutar, oksijen ve
dier besleyici maddelerin geiine olanak verir. Tendon ve kkrdak dokusunda bulunur ve onlara
176

esneklik ve dayankllk kazandrr. Eklem boluklarn doldurarak kayganlk salar. Gzdeki
vitreus svs da hyalronik asittir. Hyalronidaz, hyalronik asitteki glukozidik balar koparan bir
enzimdir. Bu nedenle hyalronidaz salglayan bakteriler, karlarndaki doku engelini kolayca
aarak yaylma olana bulurlar. Ayn enzime sahip spermatositler de benzer tarzda ovuma
ularlar. Hyalronik asidin bir proteinle balants tespit edilememitir.
2. Kondroitin slfat: Tekrarlayan nite -glukuronik asit ve N-Asetilgalaktozamin dir. Slfat kk
4. veya 6. karbonlarna baland iin kondroitin-4-slfat ve kondroitin-6-slfat olmak zere iki tipi
vardr. Kondroitin slfat kkrdak dokusunun en
nemli ara maddesidir. Burada ortalama 40 kadar
kondroitin slfat birimi tek bir ekirdek proteinine
balanr ve bylece oluan proteoglikan yaplar
balama
proteinleri
aracl
ile
omurga
konumundaki yalronik asit ile iliki kurarak gayet
byk bir proteoglikan kmesi olutururlar.
3. Keratan Slfat: Tekrarlayan N-Asetilglukozamin
ve galaktoz niteleridir ve kondroitin slfatla birlikte
ba dokusunda bulunur.
4. Heparin: Slfatl glukozamin ve slfatl idronik
asit ikilisinin oluturduu bir heteropolisakkarittir.
Mast hcreleri tarafndan sentezlenen ve kan phtlamasn engelleyen bir maddedir.
5. Heparan slfat: Slfatl glukozamin ve glukuronik asitten meydana gelir. Bu glukozaminoglikan
proteoglikan haline getikten sonra hcre membranna yerleir ve bu yapsyla bir reseptr gibi
grev yapar.
Karbonhidratlar kovalent olarak dier biyomolekllere bal olarak da bulunabilirler rnein,
glikolipidler, glikoproteinler de olduu gibi:
177

GLKOPROTENLER
Canl organizmalarda bulunan bir baka protein-karbonhidrat kombinasyonu, karbonhidratlarn
aznlkta, proteinlerin ounlukta olduu yaplardr.
Bu yaplara glikoprotein denir.
Glikoproteinler, proteinlerin en byk blmn oluturur Konumuz gerei, biz bu kark yapnn
karbonhidrat zinciri ile ile ilgileneceiz Glikoproteinlerin karbonhidrat ksmnda 7 eit
monosakkarid bulunur. Bu monosakkaridler o kadar deiik sralama ve farkl ba yaplar ile bir
araya gelirler ki sonuta ok sayda karbonhidrat zinciri yaps ortaya kar. Glikoprotenlerde yer
alan monosakkaridler aada gsterilmitir. Glikoproteinlerde karbonhidrat-protein balants Oglukozidik veya N-glukozidik ba tipinde olur. Sialik asit birok yapda zincirin en banda yer alr ve
bu konumuyla baz glikoproteinlerin karacier tarafndan yakalanp paralanmasn engeller. Baz
glikoproteinlerde ise karbonhidrat zincirinin en ban igal eden mannoz-6-fosfat bu proteinin
lizozoma doru ynlendirilmesini salar.
Polisakkaritler ticari veya tbbi (laboratuar) birok amala kullanlabilirler. Bunlardan en nemli
ikisi yine glukoz polimerleri olan dekstrin ve dekstranlardr. Dekstrin (niasta sakz) niastann
ksmi paralanmas ile elde edilen eitli rnlere verilen addr. Birok farkl byklk ve
dallanmaya sahip dekstrinler tekstilde (boyalarn younlatrlmasnda) yapkan madde olarak,
tbbi olarak da dekstrinler hap kaplamasndan, su geirmeyen bandajlarn yaplmasna kadar birok
alanda kullanlrlar. Dekstranlar baz bakteriler tarafndan yaplrlar. Birok farkl tipi vardr.
Dekstranlarn eker sanayisinde, boya endstrisinde (cila) kullanmlar vardr. Laboratuarda kolon
kromatografisi materyali olarak en ok kullanlan matrikslerdendir. tbbi olarak da ok geiren
hastalarda plazma hacim geniletici olarak kullanlrlar. Krmz kan hcrelerinin olumas veya
hcrelerdeki hemoglobin miktarn arttrmak iin dekstran-demir bileikleri kullanlr.
GLKOLPDLER
Karbonhidratlar lipidlerle birleerek glikolipidleri olutururlar. Bunun organizmamzdaki en gzel
rnei kan grubu antijenleridir. Glukoz, galaktoz, N-asetil-galaktozamin ve fkozdan oluan
karbonhidrat yaps, eritrosit membranlarnda sfingolipidlere balanarak kan grubu antijenlerini
meydana getirir (ayn tip karbonhidratlar sekresyon materyelinde proteinlere balanr).
Eritrositlerdeki temel kan grubu antijeni O grubu antijenidir. Bu antijenin karbonhidrat ksm
glukoz- galaktoz- N- asetilgalaktozamin-galaktoz ve fkozdan oluur. Lipid ksmnda ise
sfingozin(amino-alkol) ve ya asidi bulunur. O grubu antijenine N-asetilgalaktozamin eklenmesiyle
A grubu antijeni, galaktoz eklenmesiyle B grubu antijeni meydana gelir.
178
13 HCRE ZARI VE ZARDAN MADDE

TAINMASI
Hcreleri evrelerinden ayran yap plazma zardr. Biz buna plazma membran, sitoplazma zar
veya hcre zar adn da verebiliriz. karyot hcreler ayrca membranla evrili hcre ii organellere
de sahiptirler. Hcre membranlarnda 3 snf lipit bulunur; fosfogliseritler, sfingolipitler ve streoidler.
Bu her snftaki lipitler polar bir ba grup ve hidrofobik bir kuyruk tayan amfipatik
molekllerdir.
Plazma membran hcre iiyle hcre d arasnda seici bir bariyer grevi yapar. Onun geirgenlik
zellikleri iyonlarn, glukozun, aminoasitlerin geii iin nemlidir. Lipitler ise hidrofobik
zelliklerinden dolay geellikle hcreye kolayca girerler. Metabolik ara rnler hcrede kalmas ve
atk bileiklerin hcreyi terk etmesi de membrann geirgenlik zelliklerinin bir sonucudur. Ksaca
seici geirgenlik zellii ile membran hcreye sabit bir i dzen salar. Hcre membranlar
boyunca hemen tm molekller ve iyonlarn geii seici membran transport proteinleri ile salanr.
Bu proteinler fosfolipit tabakasna gmldr. Fosfolipit ift tabakas biyomembranlarn temel
yapsal birimi olup esas olarak suda eriyen molekllerin ouna, iyonlara ve ve hatta suyun
kendisine bile geirgen deildir. Birazdan greceimiz gibi biyomembranlarn geirgenlii byk
membran protein grubu ile salanr. Ancak O2 ve CO2 gibi gazlar, kk polar yksz molekller
(re ve etanol gibi) transport proteinlerine gereksinim duymakszn pasif (basit) difzyonla hcre
membranndan geerler. Bu srada herhangi bir enerji (ATP) kullanm da sz konusu deildir.
nk, molekllerin yksek konsantrasyonlu blgeden dk konsantrasyonlu blgeye doru geii
sz konusudur. Byle transport reaksiyonlar spontan (kendiliinden) olup pozitif bir S (entropide
art) ve negatif bir G (serbest enerjide d) deerine sahiptir.
Biyomembranlarn geirgenliini arttrmada rol olan membran protein snfndan ilki ATPdestekli pompalar oluturur. Bunlara ATPazlar da denir. Bu proteinler ATP hidrolizinden gelen
enerjiyi kullanarak iyon ve kk moleklleri kimyasal bir gradiyente, elektrik potansiyele veya her
ikisine kar geirirler. Bu olaya aktif transport da denir. kinci nemli membran proteinleri kanal
proteinleri olup su ve spesifik tipte iyonlar ve hidrofilik kk tipte moleklleri kendi
konsantrasyonlar veya elektrik potansiyel gradyentlerinin az bulunduu ynde tarlar (yani
yksek konsantrasyonlu taraftan dk konsantrasyonlu tarafa). Bu ekildeki transport bazen
kolaylatrlm difzyon olarak da bilinir. Baz iyon kanallar neredeyse her zaman ak bulunurlar
ki bunlara kapsz iyon kanallar denir. Ancak iyon kanallarnn ou spesifik kimyasal ve elektrik
sinyallere cevap olarak alrlar ve kapanrlar ki bunlara da kapl iyin kanallar denir. Membran
geirgenliini salamada kullanlan nc tip proteinler transporterler veya bazen tayclar
olarak bilinirler. Bunlar geni bir yelpazedeki iyonlarn ve molekllerin hcre membranndan
geiini salarlar. Bunlarn eidi uniporter, antiporter ve simporterlardr. Uniport transport
yapanlar tek bir tip molekl o molekln az bulunduu yne doru kolaylatrlm difzyonla
tarlar. Glukoz ve aminoasitler genellikle bu ekilde tanrlar. Tersine, antiport ve simport
transporterlar bir tip iyon veya molekl konsantrasyon gradiyentine kar tarken bir veya daha
ok farkl iyonu ise dk gradiyentli blgeye doru tersi (antiport) veya ayn ynde (simport)
tarlar. Bu proteinler genel olarak e-trarnsporterlar olarak adlandrlrlar. ATP pomplarndan farkl
olarak bu e-tranporterler elektrokimyasal bir gradiyentteki enerjiyi kullanarak transport ilemini
yaparlar.
179
Blm 13: HCRE ZARI ve ZARDAN MADDE TAINMASI

ATP destekli pompalar 4 ana snfa ayrlrlar. Bunlardan P,F ve V snfndaki pompalar sadece
iyonlar transport ederken ABC ailesinin yeleri esas olarak kk moleklleri transport ederler. P
snf iyon pompalarna Na-K ATPaz rnek verilebilir. F ve V snf iyon pompalar birbirine benzer
ve P snf pompalarndan daha karmak yapda bulunurlar. F snf pompalar bakteri plazma
membranlarnda mitokondri ve kloroplastlarda bulunurlar. Lizozom ve vakuollardaki dk pHy
kararl bir dzeyde tutmak iin kullanlan V snf pompalarn tersine, F snf pompalar daha sonra
kemoosmotik teori ile ATP ypm konusunda greceimiz gibi hcrenin membrann d ile ii
arasndaki proton konsantrasyon farkn kullanarak ADP ve Piden ATP sentezini mmkn klarlar.
Kloroplast ve mitokondrilerde ATP sentezindeki nemlerinden dolay F snf protein pompalarna
da ATPsentazlar da denir. ATP destekli pompalarn son snf dier snflara gre daha eitli
yelerden oluur. Bu gruba ABC (ATP balama kaseti) ad verilir ve bakteriden insana yzlerce
farkl transport proteinini kapsar. Her ABC proteini tek bir subsrat veya ilgili subsrat gruplar,
rnein iyonlar, ekerler, aminoasitler, fosfolipidler, peptidler, polisakkaritler ve hatta proteinlere
zg olabilir.
Yaklak 50 eit memeli ABC transport proteini bilimketedir. Bunlar byk oranda karacier, ince
barsak ve bbreklerde sentezlenirler. Bilindii gibi bu blgeler toksik ve atk rnlerin ortamdan
uzaklatrlp vcuttan atlmas iin sunulduu blgelerdir. Bu ABC proteinleri iin ekerler,
aminoasitler, kolesterol, peptidler,proteinler,toksinler ve ksenobiyotikler subsrat olarak kabul
edilirler. Birka insan genetik hastal da defektif ABC proteinleriyle ilgilidir. X kromozumuna bal
adrenolkodistrofi(ALD) peroksizom membrannda lokalize olmu defektif bir ABC transport
proteinin bir sonucudur. Bu protein normalde olduka uzun zincirde ya asitlerinin
peroksizomlarn iine tanmasnda ve orada oksidasyonunda grev yapar. Yokluunda bu ya
asitler sitozolda bikir ve hcreye hasar verir. Bir baka rnek de kistik fibrozistir. Kistik fibrzis
transmemran proteini Cl- iyonlarn akcierdeki epitelyum hcre membran zerindeki trans eder.
Bu protein Cl iyonlarnn ter bezi hcrelerinin iine reabsorbsiyonda nemlidir. Bu nedenle kistik
fibrozis hastalna sahip bebekler yalandnda tuzlu bir tat verirler.
Membranlarn ounda en bol bulunan lipitler gliserol 3- fosfat trevleri olan fosfogliseritlerdir.
Plazmalojenler fosfogliseritlerin bir grubu olup ya asidi zinciri gliserole bir ester ba ile ve uzun
hidrokarbon zinciri gliserole bir eter ba ile(C-O-C) baldr. Bu molekller, insandaki fosfogliserit
toplamnn %20sini ierirler. Doku ve trler arasnda miktarlar deise de en bol insan beyni ve
kalp dokusunda bulunurlar.
Membran lipitlerinin 2. bir snf sfingolipitlerdir. Bu bileiklerin hepsi uzun bir hidrokarbon
zincirine sahip bir amino alkol olan sfingozin trevlerdir. Bunlarda uzun zincirli ya asidi sfingozinin
amino grubuna baldr. En bol bulunan sfingolipit olan sfingomiyelinde fosfokolin sfingozinin
ucundaki hidroksil grubuna baldr.
Kolesterol ve onun trevleri steroidler ad verilen membran lipitlerinin nc nemli snfn
olutururlar. zellikle memelilerin hcre membranlarnda bol bulunan kolesterol prokaryot
hcrelerin ounda yoktur. Bitki plazma membranlarndaki lipitlerin %30-50 kadar bitkilere zg
steroidlerden oluur.
Lipit ierikleri membranlarn fiziksel zelliklerini belirler. rnek olarak endoplazmik retikulum
(ER) ve golgi membranlar arasndaki fark verebiliriz.
Genel olarak fosfolipitler ERde
sentezlenirken, sfingolipitler golgide sentezlenir. Bunun sonucu olarak golgi membranlarnda
sfingomiyelinin toplam membran lipitine oran ER membranlarna gre yaklak alt kat daha
yksektir.
180

Her ne kadar tm biyolojik membranlar ayn temel ift lipit tabakasna sahipse de membranlarn
zel aktivitelerini belirleyen bu lipit tabaka ile iliki halinde bulunan proteinlerdir. Bu proteinlerin
younluu ve eitlilii hcre tipine ve organeline gre deiir. rnein, mitokondrinin i membran
%76 proteinken, miyelin membranda bu oran sadece %18dir. Sinir hcresi membrannn yksek
miyelint ierii onun bu hcrenin evresinden elektriksel olarak yaltlmasn salar.
Porinler transmembran proteinlerinin bir snfn oluturur ve yaplar dier integral proteinlerden
nemli lde farkldr. Gram-negatif bir bakteri olan E.colinin d membrannda ve mitokondri ve
kloroplastlarn d membranlarnda birka tip porin bulunur. E.colide bu porinler kanal olarak
kk molekllerin ve fosfatn tanmasnda grev yaparlar. Hayvan hcrelerinin plazma
membranlarnda ayn zamanda aquaporin ad verilen su kanallar da mevcuttur. Dier birok
integral proteinler gibi aquaporin alfa-sarmallarla membranda oklu geiler yapar. Adna ramen
aquaporin yapsal ve fonksiyon olarak porinlerden farkldr. Aquaporin tek bir maddenin
transportunu salar: su.
Birok transmembran proteini yapsna giren serin, treonin veya asparagin yan zincirlerine kovalent
olarak balanm karbohidrat ierir. Byle transmembran glikoproteinlerinde karbonhidrat
zincirleri daima eksoplazmik (hcrenin dna bakan) yzeyde bulunur. Benzer olarak glikolipitlerde
karbonhidrat zinciri gliserole veya sfingozin omurgasna bal bulunmakta ve daima membrann d
yzeyinde bulunmaktadr. Hem glikoproteinler ve hem de glikolipitler karyotik hcrelerin plazma
membranlarnda bol bulunurken, mitokondri i membranlarnda, kloroplast lamellerinde ve birka
dier hcre ii membranlarda bulunmazlar. Glikoprotein ve gikolipitlerin karbohdrat zincirleri
plazma membranndan darya doru bulundukalar ve hcre d bolukla temasta olduklar iin
lektinler, byme faktrleri ve antikorlar gibi hcre d matriks bileenleri ile iliki halinde
bulunurlar. Bu eit bir ilikinin nemli bir sonucu olarak A, B, 0 kan gruplarnn antijenleri
gsterilebilir. Bu yap olarak ilikili 3 oligosakkarit insan eritrositlerinin ve birok hcre tipinin
yzeylerinde bulunurlar. Tm insanlar 0 antijenini sentezlemek iin ilgili enzimlere sahiptir. A
grubu kana sahip insanlar bir glikoziltransferaz yardmyla ekstra bir N-asetilgalaktozamini 0
antijenine ekleyerek A antijenini olutururlar. B kan grubunda ise farkl bir tranferazle ekstra bir
galaktoz 0 antijenine eklenerek B antijeni oluturulur. Her iki tranferaza sahip insanlarda, yani AB
kan grubuna sahip insanlarda hem A hem de B antijeni retilir. Her iki transferazdan yoksun
insanlarsa ise yani 0 kan grubu insanlarda sadece 0 antijeni oluur. Eritrositlerinde A antijeni, B
antijeni veya her ikisini bulundurmayan insanlar serumlarnda bulundurmadklar antijenlere kar
antikor olutururlar. Bylece eer A grubu veya 0 grubu bir insan bir transfzyonla B grubu kan
alrsa B epitopuna kar oluan antikorlar alnan kana balanacak ve onlar yok edecektir.
181
Tablo: Fare karacierinde eitli organellerin fosfolipid ierii. En alttaki iki satrda toplam membran
fosfolipidlerinin ve kolesteroln proteine oran verilmitir.
ekil: Hcre membrannda bulunan esas

fosfolipidlerin yaps. Gliseroln C-1 ve C2 pozisyonunda bulunan OH gruplar,
ya asitlerine (burada stearik asit ve
oleik asit) balanrken (esterleme);
gliseroln C-3 pozisyonunda bulunan
OH grubu fosforlanmtr. Bu fosfat ayn
zamanda dier kk ba grup
molekllere (kolin, serin, etanolamin,
vb.) balanr.
182

ekil:
Biyomembranlarn
sv-mozaik modeli.
Bu modelde proteinler
sv fosfolipid
tabakasnda gml
bulunurken,
glikoprotein ve
glikolipidler genellikle
membrann d
tabakasna bal
bulunurlar.
ekil: Membrandan madde tanmnn eitli

ekilleri.
Biyolojik membranlar iyon ve polar maddelere
kar bir bariyer olarak grev yapmakta, bu tr
maddeler ancak membranda gml zel tayc
sistemlerle olur. Hcrelerin bu maddeleri
dardan almalar veya hcreden darya
atmalar iin kullandklar bu tac sistemler
genellikle proteinlerden oluur. Dolays ile bu
tayc sistemlere ou zaman transporter
proteinler de denir. Ancak, transporter
proteinlerin illa da hcre membrannda gml
olmas gerekmez. rnein, eritrositlede bulunan
hemoglobin eriyik halde bulunan bir transporter
protein olup oksijen tamadan sorumludur.
Grce
membrannda
gml
bulunan
transporter proteinler genellikle hidrofobik
domeynlere sahip olup, bu domeynleri onlarn
hcre membranna gmlmesini salar. Bu
ekilde hcre membrannda bir kanal grevi
yapan bu transporterler sayesinde Na+, K+, Ca+2,
ve Cl- gibi eitli iyonlarn yan sra piruvat,
amino asitler, ekerler, nkleotidler ve hatta su
gibi molekller hcre iine tanr veya hcreden
dar atlr.
183

Transport proteinleri ayrca nrotransmisyon gibi tm biyolojik elektrokimyasal olaylardan da
sorumludurlar. Protein, bakteri gibi daha byk melekler agregatlar hcre iine almak veya
hcreden atmak iin endositoz, ekzositoz gibi daha karmak prosesler kullanlr.
ekil 1. Hayvan ve bitki hcresinin membran.

Oksijen ve CO2 gibi gazlar, re ve etanol gibi yksz polar moelkller pasif (basit) difzyonla
membrandan kolayca geerler. Bunun iin membrandaki transport proteinlerine ihtiya duyulmaz
ve metabolik enerji (ATP) de kullanlmaz. nk bu tr maddeler youn bulunduklar blgeden
daha az youn bulunduklar blgeye geerler. Ancak ok az molekl ve iyon membrandan bu ekilde
geemezler. Bu maddelerin membrandan geii membranda yerleik transport proteinleri
sayesinde olur. Bu proteinlerin bazlar ayn zamanda ATP kullanarak baladklar maddeleri
transfer ederken, dierlerinde metabolik enerjiye ihtiya duyulmaz.
ekil. Hcre membrann eitli molekllere kar
geirgenlii. Hcre zarnn ift lipid tabakas
kk hidrofobik molekllere ve yksz polar
molekllere geirgen iken, su ve reye kar ise
nisbeten daha az geirgendir. ..iyonlara ve byk
biyomolekllere kar ise impermeabldr.
Daha nce hcre konusunda da grdmz
gibi, hcre membran iyon ve polar molekklere
kar geirgen deildir (impermeabl). Dolays
ile membrandan maddelerin ou iki eit
membran proteini aracl ile geerler. Bunlar,
pompalar ve kanallardr. Membran pompalar
ATP veya baka enerji kaynaklar kullanarak
iyon ve moleklleri kendi konsantrasyon
gradiyentlerinin tersi ynnde (yani az youn
blgeden ok youn blgeye) tarlar. Dolays
ile bu pompalar aktif transportu mmkn
klarlar. Tersine, membran kanallar ise iyon ve maddelerin kendi konsantrasyon gradiyentleri
ynnde (yani, youn blgeden daha az youn blgeye doru) tanmn salarlar ve dolays ile
184

enerji harcamazlar. Pasif transport veya kolaylatrlm difzyon kanal tanm ile salanan
olaylardr.
185
Tablo 1. Mebran proteinlerinin eitlilii ve fonksiyonlar

Protein eidi
Transport proteinleri
Fonksiyonu
Membrandan hcre iine veya dna madde geii
Hcre zarnn yapsna giren proteinler
Hcre yaps ve membran btnl
Hcreleri biri birine balama

moleklleri
Reseptr proteinler
Hcrelerin biribirine balanmas

Hcre dndaki veya iindeki bir mesajn tanm
1. TRANSPORTUN TERMODNAM
Bir maddenin herhangi bir membrann iki yzeyi arasna difzyonu,
A(dar) A(ieri)
eklineki kimyasal bir denge eitlii ile gsterilebilir. Burada A znen maddeyi, yani mebrandan
difz olan maddeyi ifade etmektedir. Bu maddenin serbest enerjisi onun konsantrasyonu ile
ilikilidir:
GA - GA= RT ln[A]
Burada GA, Ann kimyasal potansiyelini, yani molar serbest enerjiyi, GA ise standart artlar altnda
Ann kimyasal potansiyelini ifade etmektedir. Bylece, A maddesinin mebrann iki yan arasndaki
konsantrasyon fark, yani dier bir deyimle hcre d konsantrasyonla hcre ii konsantrasyonu
kimyasal bir potansiyel farkna neden olur:
GA= GA(i) - GA(d) - RT ln ([A]i/[A]d)
Sonu olarak, eer Ann membran dndaki konsantrasyonu membran iindeki
konsantrasyonundan bykse Ann dardan ieriye tanmas iin GA deeri negatif bir deer
kazanacak ve daha sonra biyoenerjitik konusunda greceimiz gibi byle bir sistemde A maddesinin
hcre dndan hcre iine geii spontan (yani kendiliinden) olacaktr. Ancak, hcre iindeki [A],
hcre dndakinden bykse GA deeri pozitif bir deer olacak ve byle bir durumda A
maddesinin hcre dndan hcre ierisine geii enerji (r. ATP) kullanm olmadan mmkn
olmayacaktr. ATPnin hidrolizi ile ekzergonik bir ortam yaratlmakta ve dolays ile sistemin net
serbest enerji fark negatif klnmaktadr.
yonlarn membrandan transportu da hce d ile hcre ii arasnda bir yk farknana neden olur.
Bylece elektrik bir potansiyel fark olumu olur:
= (i) - (d)
Burada , membran potansiyelini ifade etmektedir. Eer A maddesi iyonik bir madde ise
yuakrdaki forml, bir mol A maddesinin dardan ieriye tanmas iin gerekli elektrik enerjisi iin
aadaki formle dntrlr:
GA= RT ln ([A]i/[A]d) + ZAF
186
Burada ZA, Ann iyonik ykn, F bir mol elektronun ykn ifade eden Faraday sabitesini (96,485
coulomb mol-1) ve buradaki GA ise Ann elekrokimyasal potansiyelini ifade etmektedir. Canl
hcreler genel olarak -100 mV kadar bir mebran potansiyeline sahiptirler (ierisi negatif, 1 V= 1 J C-1
olup, burada J joul, C ise coulombu ifade etmektedir).
Hcre membranndan madde transferi genel olarak iki ana grup altnda snflanabilir. Birincisinde
araya yukarda bahsettiimiz hibir tarnsporter yani yardmc girmeden basit difzyonla
maddelerin hcre iine alnmas veya hcre dna atlmas iken, dierinde ise ancak zel
transporterler yardm ile olabilen madde tanmdr. Basit difzyonda maddenin hcre iine
alnmasnda veya hcre dna atlmasnda belirleyici rol o maddenin kimyasal potansiyel
gradiyentidir. Byle bir tanm sisteminde iki blge arasndaki konsantrasyon fark dengeleninceye
kadar, yksek olan konsantrasyon blgesinden dk olan konsantrasyon blgesine madde ak
olur. Byle bir tanmn hz iki eye baldr; iki blge arasndaki madde konsantrasyon fark ve o
maddenin membrandaki erirlilii. Byle bir tanm sistemi ile tanan maddeler, steroid
hormonlarn ve oksijenin hcreler tarafndan al veriini rnek olarak gsterebiliriz.
Membrandan tanmalar yardmc bir maddeye (r. bir transporter proteinine) ihtiya duyan
maddelerin transportu iki ana balk altnda incelenebilir: Kolaylatrlm difzyonda madde
transferi yukarda basit difzyonda olduu gibi yksek konsantrasyondan dk konsantrasyona
olana blgeye doru olur. Ancak, burada farkl olarak bir yardmc molekl (r. tarnsporter protein)
kullanlr. Aktif trasport durumunda ise yukardaki durumun tersine bu eit bir tanmda, madde
dk konsantrasyonlu blgeden yksek konsantrasyonu blgeye doru olur. Yani madde kendi
konsantrasyon gradiyentine kar ynde transfer edilir. Hali ile byle bir sistemin termodinamik
olarak almas mimkn olamdndan, byle bir tanmda yukardakilerden farkl olarak enerji
kullanlr (endergonik bir sistemi ekzergonik duruma dntrmek iin). Bu enerji inputu genel
olarak ATPnin hidrolizinden salanr.
2. KOLAYLATIRILMI DFZYON
ifte lipid membranlardan difz edemeyecek kadar byk veya polar maddeler ancak membranda
yerleik bulunan tayc permeazlar, kanallar veya transporterler gibi isimlerle anlan protein
karakterdeki yaplar yardm ile hcre ierisine alnrlar. Bu transporterler ayn termodinamik
prensiplerle alsalar da yaplar, tadklar substratlara kar spesifiteleri ve transport
mekanizmalar bakmndan olduka farkldrlar.
A. YONOFORLAR
Olduka farkl tiplerde iyonoforlar bulunup, daha ok bakteriyel orijinlidirler ve membranlarn
iyonlara kar geirgenliini arttrrlar. yonoforlar ou zaman membran iyon konsantrasyonunu
bozduklarndan bir antibiyotik etki yaratrlar. ki eit iyonofor vardr:
1. Tayc iyonoforlar. Membranlara balanarak kendilerine zg iyonlarn membrandan difz edip
dar kmasna neden olurlar (Fig. A). yon atlm iin iyonofurun membrann bir yzeyine(r.
sitoplazmik) geip iyonu balamas onu dier yzeye (yani ekstrasellar yzeye) tamas ve dsarya
salmas gerekir. Olay bu ekilde tekrar-tekrar oluur.
2. Kanal oluturan iyonoforlar. Bu tr iyonoforlar mebran batan baa geerler ve oluturduklar
oluk (kanal) gibi bir yap sayesinde hcrenin bir tarafndaki iyonu balayp, dier tarafa salarlar (Fig.
B). Tayc iyonoforlar gibi ifte membran tabakalar arasnda hareket etmezler.
187

Bu iki iyonoforlarn her ikisi de olduka etkin alrlar. rnein, tayc tip iyonofor olan
valinomaysin iyonoforu bu ekilde saniyede 10,000 potasyom iyonunu (K+) tayabilirken, bir
antibiyotik olan gramisidin A ile oluturulan kanal iyonoforu
saniyede 10,000,000 K+ iyonunu transfer edebilir. Her ne kadar
az miktardaki iyonofor bile membran permeabilitesini ilgili
iyon iin olduka arttrsa da, iyonoforlar iyonlarn membran
boyunca pasif difzyonunu saladklarndan membrann her iki
tarafndaki iyon konsantrasyonu dengeye ulatnda
etkinliklerini kaybederler.
ekil.
yonoforlar. Tayc iyonoforlar membrann bir
tarafndan dierine difz ederek iyonlar tarlarken, kanal
oluturucu iyonoforlar membrann bir yzeyinden balayp dier
yzeyinden kan borular olutururlar ve iyonlar bu boru veya kanaln iinden hcrenin bir tarafndan
dier tarafna tanrlar.
Karakterizasyonu en iyi yaplan iyonoforlardan olan valinomaysin spesifik olarak K+ balar. Bu
iyonofor halkasal bir molekl olup ester balar ve ayn zamanda peptid ba oluturan D- ve Lamino asitlerini ierirler (protein yapsna giren amino asitlerin hepsinin L formunda olduunu
hatrlaynz).
ekil. Valinomaysin iyonofor.
X-n yapsndan bu iyonoforun K+ iyonlarn 6
vailin amino asitinin karbonil gruplarnn
oktahedral
koordinasyonu
ile
balad
gsterilmitir. Metil ve izopropil yan zincirler
darya doru bulunmakta ve bylece polar
olamayn bir d yzey oluturmaktadrlar. Bu
polar olmayan d yzey sayesinde iyonofor
hidrofobik karakterli lipid mebranlar iinde eriyik halde bulunur. Gramisidn A iyonoforu ise 15 adet
D- ve L-amino asitlerden oluan bir peptid olup, iki tanesi kafa kafaya bir araya gelerek bir
transmembran kanal oluturur. Kanaln d lipid mebranda eriyik halde bulunmasn salayan
polar olmayan bir yapda iken, i yzeyi Na ve K iyonlarnn geiini salayacak polar bir formda
bulunur.
B. PORNLER
Porinler membranda f eklinde bir yap oluturan proteinler olup i boluklar bir su kanal grevi
grr. Molkl bykl 600 daltondan byk maddeler bu kanaldan geemezler. Yap ve fonksiyonu
en iyi bilinen porin E. coli deki OmpAdr. Bu porin anyon tayc bir ok porininin tersine katyon
tayc zellik gsterir. Porinler tamamen beta-tabakalardan oluurlar ve eker, amino asit ve
iyonlarn transferinde rol oynarlar.
C. YON KANALLARI
yon kanallar integral membran proteinlerinin homojen olmayan byk bir grubunu kapsamakta
olup esas fonksiyonlar pasif elektrodifzyonla hcre veya organel membranlar boyunca iyonlar
translokasyondur. Membran potansiyelinin oluturulmas, sinyal iletimi,
hcre hacminin
dzenlenmesi gibi temel fizyolojik olaylar, su ve tuz sekresyonu veya absorbsiyonu gibi temel
fizyolojik olaylarda iyon kanlarl kritik roller oynarlar.
188

yon kanallarnn eitlilii zellikle uyarlabilen sinir ve kas hcreleri iin daha yaygndr. nsan
Genom Projesi ile insan genomunda yaklak olarak 300 kadar iyon kanal protein geni
belirlenmitir. yon kanallar baz iyonlar (Na+, K+, Ca+2, Cl-) veya iyon gruplar (katyonlar veya
anyonlar) iin spesifiktir.
Basit porlarn tersine, iyon kanallar alr ve kapanrlar. yon kanallar yaygn olarak bu
zelliklerine gre snflandrlrlar: voltaj-geili iyon kanallarnda alma ve kapanma membran
potansiyeli ile belirlenirken, ligand-geili iyon kanallarnda kimyasal ajanlarla (ligandlar) kontrol
edilir.
Byk fizyolojik nemlerinden dolay insan ve hayvan hastalklarnn hatr saylr bir ksm iyon
kanallarndaki fonksiyon bozukluklaryla ortaya kar. Belki de bunlardan en iyi bilineni kistik
fibrozistir. Kaltlanabilir ve tedavisi olmayan bu insan hastalna ait gen 7. kromozom zerinde
bulunup, fonksiyon bozukluu bron ve pankreastaki anomalilerden dolay erken lmlere sebep
olur.
Bugn ilalarn nemli ksm iyon kanal modlatrleri olarak etki gsterirler. Byle iyon kanal
modlatrleri spesifik iyon kanalnn aktivitesini drr ya arttrrlar.
Btn hcrler membranlarnda Na+, K+ ve Cl- gibi iyonlarn geiini salayan iyon-spesifik kanallara
sahiptir. eitli iyonlar membranda yereleik bulunan dier aktif transporterlarla beraber bu iyon
kanallar yardm ile hcre iine ve dna verilir. Bu eit bir iyon transferi hcrede ozmotik
dengenin salanmasndan, sinyal iletimine ve membran potansiyelinin olumasna kadar bir ok
olayda nem tar. Hemen canllarn ounda olduu gibi, memelilerde hcre ii ve hcre d iyon
konsantrasyonlar arasnda nemli fark vardr ve bu hcrenin ve dolays ile de canlnn yaamn
devam ettirmesi iin hayati nem tar. rnein, tipik olarak memeli hcre ii Na + ve K+
konsantrasyonlar sras ile 5 mM ve 150 mM iken, ayn iyonlarn hcre d konsantrasyonlar sras
ile 10 mM ve 150 mMdr. Potasyum iyonlar K+ kanallar denen transmembran proteinleri
sayesinde sitoplazmadan ekstrasellar svya verilir. Dolays ile potasyum kanallar zellikle K +
tama iin zellemitir. r. Bu kanallarn K+ iyonuna kar spesifiteleri Na+ iyonuna kar 10,000
kat daha fazladr. yon kanallar alp kapanan yaplardr. Bu ekilde bir davran kanallrn eitli
uyarlara deiik cevap vermesi ile olur:
1. Mekanik-duyarl kanallar: Byle kanallar lipid membranda meydana gelmi lokal bozulmalara
kar hassastrlar. Dolays ile ses, dokunma ve ozmotik basn gibi fiziksel uyarlara cevap verirler.
2. Ligand-duyarl kanallar: Ekstrasellar kimyasal uyarclara kar hassatrlar. r.
nrotransmitterler.
3. Sinyal-duyarl kanallar: Bu tr kanallar Ca+2 gibi iyonlarn ve sinyal molekllerinin hcre
iindeki balanmalar ile alrlar.
4. Voltaj-duyarl kanallar: membran potansiyelindeki deimelerden etkilenip alrlar. rnegin,
sinir hcrelerindeki iletim.
D. Akuaporinler
nceleri hcre ii ve hcre d su konsantrasyonunun suyun nispeten kk bir molekl olmas ve
bol miktarda bulunmas sebebiyle basit difzyonla dengeye ulat zannediliyordu. Ancak, 1992
ylnda su moleklerinin akuaporinler denen transmembran proteinleri ile (zellikle bbrekteki
hcrelerde) daha etkili olarak tandklar gsterildi. Doada yaygn olarak bulunurlar ve bitkilerde
50 farkl eidi belirlenmitir. Memlilered kefedilmi olan 7 eit akuaporinin zellikle bbrek,
tkrk bezleri ve gzya bezleri gibi byk miktarlarda su transferinin olduu yaplarda youn
olduklar belirlenmitir. Bu transmembran porinler su molekllerini olduka etkili tarlar. rnein
189

bir akuaporin saniyede bir milyarn zerinde su molekl tayabilr ki, normal difzyonla byle bir
oranda su tanmas mimkn deildir.
E. TRANSPORT PROTENLER
Buraya kadar kk molekl, iyon ve su gibi molekllerin membrandan geiini salayan transport
proteinlerinden bahsettik. Bu tr transportlar genel olarak hcre ile d evresi (ekstrasellar
blge) arasnda madde al veriini salaralar. Halbuki baz transport sistemleri vardr ki iki hcreyi
kpr gibi biribirine balar ve bir hcreden dierine madde geiini salarlar. Bunlardan en yaygn
bilineni ara (gap) balantlar olarak bilinir ve konneksin proteinlerinden olumulardr.
Gap balantlar
karyotik hcrelerin ou hem fiziksel ve hem de metabolik olarak evresindeki hcrelerle temas
halinde bulunur. Hcreler aras bu temas hcrelerin belli membran blgelerinde oluan tp
eklindeki protein yaplarla salanr ki bunlara gap balantlar denir. Kk molekller (amino
asitler, monosakkaritler, vb.) ve iyonlar gap balantlarn orta kanalndan bir hcreden dierine
geerler. Ancak, byk molekller (proteinler, polisakkaritler, vb.) bu ara balantlardan
geemezler. Dolays ile gap balantlar hcreler aras nemli iletiim aralardr. rnein, kalp
kasnn senkronik kaslmas bu kanallardan iyon geii ile mmkn klnmaktadr. Ayrca
embriyonik gelimeden sorumlu maddeler de gap balantlar aracl ile bir hcreden dierine
geerler. Memeli gap balantlar yaklak 20 apnda olup, iyon ve molekler bykl 1000
daltona kadar olan kk moleklleri rahata geirirler. Ancak protein ve nkleik asitler gibi daha
byk molekller bu kanallardan geemezler. Kalsiyum seviyesi 10-7 M ortamnda bu kanallar tam
ak bulunurken, Ca+2 konsantrasyonu arttka daralmaya balarlar ve 10-5 M ortamda tamamen
kapanrlar. Bu eit bir kanal kapannn bir tek hcrenin bile lm veya paralanmas sonucu
aa kan maddelerden komu hcrelerin zarar grmemesi iin gerekli olduu sanlmaktadr.
Hcreler genellikle olduka dk hcre ii (sitozolik) Ca+2 konsantrasyonlarna sahiptir (10-7 M).
Hcreler bunu Ca+2 iyonlarn aktif olarak dar veya mitokondri ve endoplazmik retikuluma
pompalamalr ile salarlar. Hcre dndaki kalsiyum metabolik stres altndaki hcrelere tekrar
dner ve hcre ii seviyesi artnca gap balantlar kapanr ve dolays ile sters altndaki hcreyi d
ortama kapatm olur. Gap balantlar konneksin ad verilen tek bir protein eidinden oluurlar.
ki komu hcre arasnda oluan gap balants her hcrenin hcre zarnda bulunan birer
konneksinin bir araya gelmesi ve konnekzon denen hekzagonal halkalar oluturmas ile salanr.
Ancak, tm transport proteinleri membran bir tarafndan dier
tarafna kadar geen porlar oluturmazlar. Bu tr proteinleri substart
balamak ve salmak iin farkl konformasyonlar kazanrlar. Buna
renek olarak eritrosit glukoz transporteri (GLUT1) verilebilir. Bu
transporter membrann her iki tarafnda (ayni hem sitoplazmik ve
hem de ekstrasellar blgede) farkl glukoz balama blgelerine
sahiptir ve glukoz transportu aadaki ekilde olur:
Mememeli hcrelerinin ou esas enerji kayna olarak glukozu
kullanr ve bu ekerin hcre iine veya dna transferi iin ise esas
olarak GLUT1 transporterini kullanr. Hangi tarafta glukoz
konsantrasyonu fazla ise bu sistemle glukoz kar tarafa (yani daha az
bulunan blgeye) tanr. nsan genomu 12 eit GLUT (GLUT1GLUT12) sentezler ve bu proteinlerin hepsi olduka benzer dizilere sahip olup her biri membran 12
kez bir tarafndan dierine geen sarmalerle membrana gml bulunurlar. Bu transporterlerden
drt tanesi (GLUT1-GLUT4) glukozu tamak iin zellemiken, GLUT5 fruktozu tar. nsline
cevap verip, hcreler tarafndan glukoz almn stimle eden ve bylece kan glukoz seviyesinin
190

dmesini salayan transporter ise GLUT4 olup esas olarak ya hcreleri (adiposit) ve kas
hcrelrinin membranlarnda bulunur.
ekil. Membran proteinleri ile enerji
transdksiyonu. Na+/K+ATPaz fosforil transferi ile
enerjiyi Na+ iyon gradienti serbest enerjisi formuna
dntrr. Bu iyon gradiyentindeki serbest enerji
baka bir transporter (Na+-glukoz simporter) ile
maddeleri (r. glukozu) hcre iine alr (Streyer).
Baz transport proteinleri bir anda birden fazla eit
substrat deiik ynlerde tayabilir. Uniprt bir anda bir molekl tarken, simport tama
sisteminde transprter iki farkl maddeyi balayarak ayn ynde tar. Antiport tanmda ise, iki
farkl maddey balam olan transporter her birini farkl ynde tar:
ekil. Hcre membrannda yerleik uniport, simport ve antiport
translokasyon sistemleri.
3. AKTF TRANSPORT
Porin, iyon kanallar ve glukoz transporteri gibi pasif transportu salayan
transporterler maddeleri youn bulunduklar blgeden daha az youn
blgeye tamada rol alrlar. r. kan plazmasndaki glukoz
konsantrasyonu (5 mM) hcre ii glukoz konsantrasyonundan fazla olup,
glukoz kendi transporteri ile eritrosite tanr ve orada metabolize edilir.
Ancak bir ok maddenin konsantrasyonu tanmas gereken
blgedekinden daha dk bulunabilir ve byle bir durumda maddeler yoku yukar yani kendi
konsantrasyon gradiyentlerinin tersi ynnde tanmalar gerekir. Dolays ile bu ekildeki
transport aktif transport olarak adlandrlr ve endergonik bir olay olduundan olumas iin enerji
(ATP) harcanmas gerekir. Bu transporterlerden iyon tamaya ynelik alanlar snf altnda
toplanr. Bunlara P-snf, F-snf ve V-snf transporterler denir. sminden de anlalaca gibi Psnf iyon pompalar (transporterleri) ATP balarlar ve genelde katalitk fonksiyonu olan iki alfa ve
dzenleyici fonksiyonu olan iki beta lat nitesinden meydana gelirler. yon transferi srasnda alfa
alt niteri fosforland iin bu proteinlere P-snf iyon transporterleri denir. Bu snfn en iyi bilinen
transporterleri Na+/K+- ATPaz ve Ca+2-ATPazdr.
A. Na+/K+- ATPaz (Na+/K+ pompas)
En yaygn allm aktif transport mekanizmalarndan biri P-snf iyon transporteri olan ve
sodyum/potasyum transportunu salayan Na+/K+- ATPaz transporteridir. Bu transporter (110Kd) ve (55-Kd) iki eit alt niteden meydana gelmitir. yon balama ve katalitik blgeler byk
alt nite () zerinde bulunurlar. Bir glikoprotein olan kk alt nitenin () ise fonksiyonu tam
olarak bilinmemekle beraber yapsal bir rol stlendii sanlmaktadr. Bu alt nitelerin amino asit
dizi analizlerinden alt nitesinin iki byk sitoplazmil domayne ve 8 adet transmembran
sarmale sahip olduu gsterilmitir. Buna karlk, alt nitesi byk bir ekstrasellar domayne ve
tek bir transmembran sarmale sahiptir. Na+/K+- ATPaz transporter kompleksinin membranda bir
tetramer ()2 olarak bulunduu sanlmaktadr.
191

ekil. Na+/K+- ATPaz. Bu diagramda transporterin
muhtemel
dimerik
yaps
ve
membrandaki
oryentasyonu gsterilmitir. Dijitoksin (dijitalin) ve
ouabain gibi kardiyotonik steroidler transporterin d
yzeyine balanarak transportu inhibe ederler.
ekil. karyotik bir hcrede transport

(The World of the Cell, 2000, Wayne M.
Becker, Lewis J. Kleinsmith, Jeff Hardin,
Benjamin Cummings).
Bu transporter (Na+K+ATPaz) ATP
hidrolizi yardm ile sodyumu dar ve
potasyumu
ieri
(antiport)
pompaladndan ou zaman Na+K+
pompas olarak da adlandrlr.
Sodyum ve potasyum pompasnn
reaksiyon emas adaki gibidir:
3Na+(hcre ii) + 2K+ (hcre d) + ATP
+ H2O 3Na+(hcre d) + 2K+(hcre
ii) + ADP+ Pi
Sodyum/potasyum-ATPaz bir antiport
olup darya pomapalad her
pozitif iyona (Na+) karlk hvre iine iki pozitif iyon (K+) alr ve dolays ile de hcre ii ile hcre
d arasnda bir elektrik yk fark olamsna da katkda bulunur. Bu durum ayn zamanda hcrede
suyun ozmotik denegesinin salanmasnda nemlidir. Byle bir sistem olmasyd, hayvan
hcrelerinde hcre duavr bulunmadndan hcre ii yksek Na+ konsantrasyonlarndan dolay su
hcre iine difz edecek ve hcreler ierek paralanacaklard. Bu sistem sayesinde olan hcre ii
ve hcre d elektrik yk fark membran polarizasyonunda rol oynamakta ve sinir hcrelrinin
uyarlmasnda nemli rol almaktadr. zellikle sinir hcrelri bata olmak zere tm hcrlere bu
eiit bir iyon graditentini oluturmak iin rettikleri ATPnin nemli bir ksmn (r. sinir hcrelri
% 70 kadarn) bu sistemde kullanlrlar. Bu transpoterin aadaki ekilde iev grd
sanlmaktadr:
1. E1 konumundaki protein hcre iinde Na iyonlarn ve daha sonra ATP balayarak E1ATP3
Na+ kompleksi oluur.
2. ATPnin hidrolizi sonucu ADP ve yksek enerjili aspartil ara rn (E1~P 3Na+
kompleksi) oluur.
192

3. Bu yksek enerjili ara rn dk enerjili konformasyona (E1-P3Na+) dnr va
balam olduu sodyumu hcre dna salar.
4. E1-P hcre dnda K+ iyonlarn balayarak E1-P2K+ kompleksini oluturur.
5. Fosfat grubu hidroliz olur ve geriye E12K+ kalr.
6. Bu kompleks konformasyonunu deitirerek iki K+ iyonunu hcre iine salar ve bylece bir
dng tamamlanm olur.
B. Ca+2-ATPaz (Ca+2-pompas)
Dier bir P-snf iyon transporteri olup sitozolik kalsiyum seviyesinin ykselmesini salayarak kas
kaslmas, nrotransmitter salnm ve glikojen paralanmas gibi bir seri hcresel aktiviteyi
mmkn klar. Ayrca, Ca+2 oksidatif metabolizmann da nemli bir aktivatrdr. Hcre iindeki
Ca+2 konsantrasyonu (~ 0.1 M) hcre dndakinden (~1500 ) yaklak 10,000 kat daha dktr.
Hcre d ile hcre ii arasndaki byle byk bir konsantrasyon fark kalsiyum pompas aracl
ile Ca+2 iyonlarnn membrandan ve endoplazmik retikulumdan (kaslarda sarkoplazm,k
retikulumdan) aktif transportu ile mmkn klnmaktadr. Bu transporterin aktivitesi sitozolik bir
Ca+2 balama proteini olan kalmadulin ile rele olur. Sitozolik kalsiyum seviyesindeki bir ykseli
Ca+2 iyonlarnn kalmaduline balanmasn stimle eder ve Ca+2-kalmadulin komplesi Ca+2pompasn aktive eder. Bunun sonucu, Ca+2 iyonlar hcreden dar atlar ve dk sitozolik Ca+2
konsantarsyonu olur ki bu sayede hcre dinlenme fazna geirilmi olur.
ekil. Sodyum ve potasyum iyonlarnn Na+/K+-ATPaz transporteri ile tanm mekanizmas.

Sodyum/potasyum pompasna benzer bir mekanizma ile aan, bu pompa yardm ile her
defasnda ATP hidroliz edilerek iki Ca+2 iyonu sitozolden hcre dna tanmakta ve iki- proton
ise ters ynde hcre iine alnmaktadr:
ekil. Kalsiyumun Ca+2-ATPaz ile aktif transportu.
F-snf ve V-snf iyon transporterleri yapsal olarak biri birine benzerlerken P-snf
transporterlerden olduka farkldrlar. Her ikisi de birka transmembran ve sitozolik alt niyeye
sahiptir. P-snf transporterleri gibi fosforlanm bir yap kazanmazlar. F-snf iyon transporterleri
bakterilerin mebrannda, mitokondri membrannda ve kloroplast membrannda bulunur. Bu
membrann bir birine edeer fonksiyonlara (rnein, proton gradiyentinin olumas ve oksidatif
veya fotofosforilasyonla ATP yapm) sahip olduunu hatrlaynz. V-snf iyon transporterleri ise
193

daha yaygn olarak Vakuol, lizozom ve endozom
membranlarnda yerleik olup bu tr organellerin
lmenlerindeki yksek asitiin (dk pH)
oluumuna katkda bulunurlar. Tm V-snf iyon
transporterleri sadece proton (H+) pomapalamak
iin zellemilerdir ATP ile enerjitik hale sokulan
transporterlerin en son snfn ABC-snf (ATP
balama kaseti) oluturur. Bakteriden insana
yzlerce farkl eitte bulunan bu transporterlerin
her biri farkl bir substrat, iyon, amino asit,
fosfolipid, peptid, polisakkarit ve hatta protein
iin zellemitir. Memelilerde 50 eit ABC
transporteri saptanm olup daha ok doal
olarak oluan toksik ve atk maddeleri vcuttan
atamada nemli rolleri olan karacier, ince
barsak ve bbrek hcrelrinin membranlarnda
bulunurlar. Baz genetik hastalklar ABC transporterlerinin fonksiyonlarnn bozulmasndan
(mutant ABC) kaynaklanr. r. Loeronzonun Ya adl filme de konu olangerek bir hayat
hikayesinde byle bir nedenle ortaya kan hastalk (X-kromozomuna bal adrenolkodistrofi,
ALD) peroksizomlarda lokalize olan defektif bir ABC transporterinden kaynaklanmaktadr. Bu
transporter (ABCD1) normalde uzun zincirli ya asitlerinin peroksizomlara alnmasn ve orada
beta-oksidasyona uratlmalarn salar. Bu transporter defektif (yani mutant) olursa, bu ya asitleri
sitozolde birikirler ve hcresel hasaralara neden olurlar. Bunun sonucu olarak vcut bata sinir
hcrelri fonksiyonlarn kaybeder ve kii komple fel olmu olur. Kistik fibrosis (Cl- iyonlarnn
tanmnda bozukluk) de baka bir rnek olup ilgili transmembran proteininin mutasyona
uramas ile olur.
C. YON GRADYENT LE OLAN AKTF TRANSPORT
Sodyum/potasyum ATPaz gibi sistemler membran boyunca bir elerktrokimyasal gradiyent
olutururlar. Byle elektrokimyasal gradiyentlerde bulunan potansiyel enerji eitli endergonik
fizyolojik olaylarn oluumuna enerji salayarak katkda bulunurlar. rnein, ince barask epitel
hcreleri besinlerden alm olduumuz glkozu Na+ baml bir simport yardm ile alrlar. Bunun
iin gerekli enerji kayna Na+un konsantrasyon gardiyentinden (sadyumun youn bulunduu
hcre dndan daha az bulunduu hcre iine gelmesi ile) salanr. Bu ekilde hcre ii glkoz
konsantrasyonu ykselir ve buradan da ince kan damarlarna (kapiller) pasif glukoz transportu
gerkleir. Bu nedenle ishalden dolay su ve tuz kayb olumu bir hastaya tuz ve suyun yannda
glkoz verilmesi ile hcrelrin sodyum lam gerekleir ve bu durum da hcreye daha ok suyun
girmesini salar.
194
Escherichia coli gibi gram-negatif bakterilerde bir ka aktif transport sistemi hcre ii eker
konsantrasyonunu ykseltmek iin bir proton gradiyentinden yararlanrlar. Bu sistemlerden en
yaygn allm olan laktoz permeaz sistemi olup bazen galaktozid permeaz olarak da bilinir.
Bu sistem bir antport olup olumu olan proton gradiyentindeki enerjiyi kullanarak laktozu hcre
iine alrken, protonlar hcre iinden hcre dna salar.
195
ZLM SORULAR
ZML SORULAR
BLM-01: SU, AST-BAZ KAVRAMLARI
1. Tm biyokimyasal reaksiyonlar suda oluurlar. Suyun konsantrasyonu 55.5 M (Molar), pHs ise
7.0dir. Bu rakamlar nasl elde ederiz?.
Suyun molekler arl (Mr) 18 gdr. Yani, H2O 18 g/mol. Oda scaklnda suyun zgl arl (d)
yaklak 1 g/mldir. Yani, dier bir deyimle 1 litre (L)su 1 kilo gram (kg) veya 1000 gdr.
Dolays ile;
1mol/18g x 1000g/L= 55.5 mol/L= 55.5 M.
Suyun ayrmnn ([H2O] [H+] [OH-]) denge sabitesi (Kden);
[H+] [OH-]
Kden= ----------= 1.8 x 10-16 M olduundan,
[H2O]
Suyun iyonlama sabitesi(Ksu)= (Kden) x [H2O]= (1.8 x 10-16 M) x (55.5 M)= 1 x 10-14 M2
Saf su iin; [H+]=[OH-] kabul edilirse,
Ksu= [H+][OH-]= [H+]2= 1 x 10-14
[H+]= 1 x 10-7
-log(1 x 10-7)= 7.0 (suyun pH deeri)
2. Kuvvetli bir asite rnek vererek ksaca tanmlaynz.
Kuvvetli bir asit suda tam olarak bileenlerine ayrr. r. HCl, H2SO4
3. Zayf bir asite rnek vererek ksaca tanmlaynz.
Zayf bir asit suda iyi ayrmaz. r. Ka deeri 1.75 x 10-5 olan asetik asit (CH3COOH).
[CH3COOH] [CH3COO-] [H+]
Bunun anlam; ayran her 1 molekl asetik asit iin 57,143 molekl asetik asit ayrmadan kalr;
[CH3COO-] [H+] (1) (1)
Ka= 1.75 x 10-5= ---------------= --------[CH3COOH] 57143
4. Aadakilerden hangisi en dk pH deerine sahiptir?
A) 0.1 M HCl
B) 0.1 M asetik asit(pKa = 4.86)
C) 0.1 M formik asit (pKa = 3.75)
D) 10-13 M NaOH
5. Bir bileiin pKa deeri 7.4tr. Bu bileiin pH deeri 8.0 olan 100 ml 1.0 Mlk solsyonuna 30 ml
1.0 M HCL eklenirse yeni solsyonun pH?
A) 7.58
B) 7.4
C) 7.22
D) 6.8
E) 6.53
196
pH 8.0de A-/HA = 4/1 veya 80mmol A- / 20 mmol HAdr

30 mmol HCl 30 mmol A-y to HAya evirir ve bu 50 mmol/50 mol son orana tekabl eder. Yani, bu
oranda pH=pKa olur.
6. Suda etanoln (CH3CH2OH) etandan (CH3CH3)daha kolay erimesinin sebebi nedir?
Etanol polar iken etan deildir. Etanol su ile H ba yapabilir.
7. 50 mL 0.1 M sodyum asetat solusyonu ile 150 mL 1 M asetik asit (pKa = 4.7) solusyonunun
karmndan kan yeni solusyonun pH?
A=5 mmol HA=150 mmol A/HA = 0.033 pH=4.7+log(.033) = 3.2
8. pKa deeri 4.0 olan zayf bir asitin Kas nedir?
Bir asitin pKas:
pKa = -log Ka (yani, aist ayrm sabitesinin negatif logaritmas)
pKa=4.00
4.00 = -log Ka
Her iki taraf 1 ile arparsak:
-4.00 = log Ka
Daha sonra 4.00n ters logaritmasn alrsak Kay bulmu oluruz.
10-4.00 = Ka
Ka = 1.00 x 10-4 M
9. Laktik asit mi (pKa = 3.86) yoksa asetik asit mi(pKa = 4.76)daha kuvvetli bir asittir?
En kuvvetli asitler daha kolay proton keybetme eiliminde olanlardr. Her hangi bir asitin
(HA)konjuge baz oluturmak (A-)iin tersinir bir reaksiyonun denge sabitesi (K) ile belirlenir.
(1)
(2)
Yukardaki tanmlamaya gre, kuvvetli asitler iin (1)deki denge saa doru olacak ve bu da (2)
daha byk bir Ka ile kendini gsterecektir. pKa ile Ka arasndaki ilikiden biliyoruz ki daha byk
bir Ka daha kk bir pKaya neden olacaktr. Bunun sonucu olarak, asit ayrm sabitesinin negatif
loagritmasn alrsak; Daha dk ve dolays ile daha asidik pKaya sahip olan laktik asit, asetik asite
gre daha kuvvetli bir asittir.
10. Eer 0.1 mol zayf asit (Ka of 1.00 x 10-4 M ) 1 litre suda znrse, asit (HA) ve konjuge bazn (A-)
denge konsantrasyonlar ne olur? Bu solsyonun pH?
(1)
(2)
Sorudan biliyoruz ki toplam 0.1 mol asitimiz var. Laktik asitin belli ksm (x) konjuge baza (A-), ve
hidrojen iyonuna (H+) yaracaktr. Dolays ile,
[A-]=[H+]=x ve
[HA]=0.1-x
197
ZLM SORULAR
(2)de yerine korsak,
Asitin ayran miktar orijinal konsantrasyona gre olduka dk olduu iin, 0.1- x terimindeki x
ihmal edilebilir. Bylece,
pH=2.52
11.Aadakilerden hangisi sulu zeltiler iin dorudur?
A)Solu solsyonlarda hidrojen balar kolayca oluur
B)Ykl molekller genellikle suda erimezler
C)pH 5.0ten 6.0ya rat hidroksil iyon konsantrasyonunda ([OH]) % 22lik
bir art ifade eder.
D)pH 8.0den 6.0ya d proton konsantrasyonunda ([H+]) 100 katlk bir
d ifade eder.
12.Hidronyum iyonu:
A)hidratlanm (sulu) bir protondur
B)hidratlanm (sulu) bir hidrojen iyonudur
C)yaps H3O+ eklindedir
D)suyun esas ayrm rnlerinden biridir
E)yukardakilerin hepsi doru
asit iin pKa=4.74)
Henderson-Hasselbach (H-H) eitliinden,
pH=pKa+ log[CH3COO-]/[CH3COOH]
pH=4.74+ log(0.05/0.01)
pH=4.74+0.699
pH=5.44
Ka=[H+][A-]/[HA]=[H+]2/[HA],
[H+]=[A-] ve [HA]= 0.01 M olduundan,
Ka=[H+]2/[HA]
Ka[HA]=[H+]2
-logKa-log[HA]=-2log[H+]
pKa-log[HA]=2pH
pKa=2pH+log[HA]
198

pKa=2(3.8)+log0.01
pKa=2(3.8)-2
pKa=5.6
15. Bir kas hcresinin sitoplazmik pH deeri 6.8dir.Bu hcrede [HPO42]/[H2PO4-] oran nedir?
Fosfat tamponu gibi birden fazla pKa deeri bulunan bir madde ile alyorsanz, nce o maddenin
altnz pHya yakn olan pKa deerini alarak ie balamalsnz. Protonlarn (H iyonlarnn)
fosforik asitten ayrm 3 basamakta gerekleir ve her bir basamak ayr bir pKa deerine sahiptir:
1) H3PO4 H+ + H2PO4-,
pKa(1)=2.15
2) H2PO4- H+ + HPO42-,
pKa(2)=7.20
2+
33) HPO4 H + PO4 ,
pKa(3)=12.40
Kas hcresinin pH deeri 6.8 olduundan, yukardaki pKa deerlerinden ikincisini, yani Pka=7.2
olann almalyz.
H-H denklemini kullanarak,
pH=pKa+log ([A-]/[HA])
[A-] = [HPO42-] ve [HA]=[H2PO4-]
log([HPO42-]/[HPO42-])=pH-pKa
[HPO42-]/[HPO42-]=10(pH-pKa)=1096.8-7.2=0.4
16. 0.001 M HCl solsyonunun (a) pH, (b) hidrojen iyon konsantrasyonu ([H +]) ve (c) hidroksil iyon
konsantrasyonu ([OH-]) nedir?
(a) pH=-log [H+]= -log10-3= -(-3)= 3.0
(b) HCl kuvvetli bir asit olduundan solsyonda % 100 iyonize olur. Dolays ile H+ iyon
konsantrasyonu da 0.001 M.dir (Cl- konsantrasyonu da 0.001 M.dir)
(c) Biliyoruz ki, [H+] [OH-]= Ksudur.
Buradan,
[OH-]= Ksu/[H+]= 1 x 10-14/0.001
=1 x 10-11 M
17. pH 3.0 olan kuvvetli bir asitle pH 10 olan kuvvetli bir bazdan 100er ml kartrrsanz yeni
karmn pH?
18. 0.04 M 1 litre pH=4.35 olan asetat tamponunu nasl hazrlarsnz (not:bu tamponu hazrlamak iin
elinizde 0.2 M asetik asit ve 0.5 M NaOH solsyonlar var ve asetik asit iin Ka= 4.76).
pH=pKa + log [A-]/[HA]
4.35=4.76 + log [A-]/[HA]
log [A-]/[HA]=-0.41 eitlii logaritmadan kurtarmak iin 0.41in antiologunu alalm,
[A-]/[HA]= 0.39 [A-]=0.39[HA]
[A-] + [HA]= 0.04 M olduundan
0.39 [HA] + [HA]= 0.04
[HA]= 0.029 M [A-]= 0.011 M
Dolays ile asetik asitten,
0.029 M x 1 L/0.2 M= 0.145 L veya 145 ml alnrken, Sodyum hidroksitten,
0.011 M x 1 L/0.5 M= 0.022 L veya 22 ml alnarak toplam hacim 1 litreye tamamlanr.
19. 25 ml 0.16 N NaOH solsyonuna 50 ml 0.1 N HCl ilave ederseniz yeni karmn pH?
199
ZLM SORULAR
25 ml OH- x 0.16 mol/1000 ml= 0.004 mol

50 ml H+ x 0.1 mol/1000 ml = 0.005 mol
75 ml toplam hacim ve 0.001 N fazla H+
0.001 mol/75 x 10-3litre= 0.0133 M H+
pH=1.88
Veya bu ilemler ksaca,
0.16 M x 25 ml= 4 mmol
0.10 M x 50 ml= 5 mmol
75 ml = 1 mmol H+
1 mmol/75 ml =0.0133 M
20. Ka deeri 3 x 10-5 olan 0.4 x 10-2 M zayf bir asidin [H+] ve % iyonizasyonu?
[HA]
[H+] + [A-]
0.4 x 10-2 X
X
X
Ka= (X)(X)/ 0.4 x 10-2 X
yonizasyon sabitesinden anlyoruz ki 0.4 x 10-2 Mnin yannda X olduka kk bir deerdir ve
ihmal edilebilir. Bylece,
3 x 10-5= X2/0.4 x 10-2
X= [H+]= 3.46 x 10-4 M, pH=3.46
% iyonizasyon= (3.46 x 10-4/0.4 x 10-2)= 0.0867= % 8.67
21. 100 ml 1 x 10-3 M NaOH ile 50 ml 0.05 M NaOH karmndan kan yeni solsyonun molaritesi (M)
ve mol konsantrasyonu nedir? Molarite ile mol konsantrasyonu karlatrnz.
100 ml x (1 x 10-3 M)= 0.1 mmol
50 ml x (0.05 M) = 2.5 mmol
150 ml
2.6 mmol
2.6 mmol/150ml= 0.017 M (veya 17 mM)
Toplam karmdaki mol says= 2.6 mmol
yukardaki karmdan 15 ml baka bir tpe alrsanz konsantrasyon hala 0.017 M kalrken, mol
says 10 kat azalacaktr (yani 0.26 mmol). Ayrca, yukardaki karma (yani 150 ml.ye) 850 ml su
ilave ederseniz molar konsantrasyon 2.6 x 10-3 Ma derken, toplam hacimdeki mol says ayn
kalacaktr (yani 2.6 mol).
22. 500 ml 0.01 N HClin 0.01 N KOH ile titrasyonunu bir eri yardm ile gsteriniz (yani eklenen baz (y
ekseni) miktarna karlk gelen pH deerlerini x ekseninde gstererek).
Balangta hi KOH eklenmedii zaman yukardaki konsantrasyondaki asit pH= -log 0.01= 2.00dir.
KOH ilavesinde,
HCl + KOH H2O + KCl
Asit ve baz iyonlar eit oluncaya kadar solsyonun pHs ortamdaki fazla asit iyonlar (titre
olmayan) tarafndan belirlenir:
100 ml KOH ilavesinde H+ iyon konsantrasyonu,
[HCl]VHCl [KOH] VKOH
H+ = _________________________________ = 0.004 M, pH= 2.18
VHCl + VKOH
200

benzer ekilde,
200 ml KOH ilavesinde pH= 2.39
edeer miktar ve konsantrasyonda baz ilavesi halinde ise, yani,
500 ml KOH ilavesinde pH= 7.00 ([H+] x [OH] = 10-14, burada [H+] = [OH]dr) olur (nk ikisi de %
100 iyonize olabilen monobazik ve monoasidik trler olduundan, ortamdaki bazik ve asidik iyon
konsantrasyonlar eit olur. Yani solsyonun pHs ntr olur).
KOH eklemeye devam edersek, titrasyonun nc ksmnda hidroksil iyon konsantrasyonu
hidrojen iyon konsantrasyonunu gececiktir. Dolays ile,
600 ml KOH ilavesinde OH- konsantrasyonu,
[KOH] VKOH [HCl]VHCl
OH-=_________________________________=0.00091M, pOH= 3.04, pH= 10.96
VKOH + VHCl
1000 ml KOH ilavesinde pH=11.52
Bu konsantrasyonda (0.01 M) ne kadar KOH eklersek ekleyelim solsyonun pHs 12yi gemez.
nk, bu bazn kendisinin (asit olmadan) pHs 12.00dir. pH 12 veya daha yksek pHlar elde
etmek iin yksek konsantrasyonda KOH kullanmak gerekir.
23. Diyelim ki zayf bir asidin pKas 5.0 olsun ve asidin konsantrasyonu 0.09 M, konjuge bazn tuzu
0.11 M olsun. Byle bir solsyonun pHs?
pH= pKa + log ([A-]/[HA]) = 5.0 + log (0.11/0.09)= 5.0 + 0.087= 5.09
24. Ayn tampondaki bir maddenin konsantrasyonu ise yle belirlenir. rnein, pH= 5.5 olan bir
tamponda asitin konsantrasyonu 0.2 M ise, bu tampondaki bazn konsantrasyonu nedir?
5.5= 5.0 + log ([A-]/[HA])
log ([A-]/[HA])=0.5
0.5in anti logaritmasn alp ilemi logaritmadan kurtarrsak,
[A-]/[HA]=3.16 [A-]= 3.16 [HA] olduundan, [A-]= 3.16 x 0.2= 0.632 M
asit iin pKa=4.74).
Henderson-Hasselbach (H-H) eitliinden,
pH=4.74+ log(0.05/0.01)
pH=4.74+0.699
pH=5.44
26. Asetik asitin pH 5.5 olan solsyonunda (CH3COOH + CH3COO-) ne kadar CH3COO- vardr? (asetik asit
iin pKa=4.74).
201
ZLM SORULAR
5.50= 4.74 + log[CH3COO-]/[CH3COOH]
log[CH3COO-]/[CH3COOH]= 5.50-4.74
log[CH3COO-]/[CH3COOH]=0.76
[CH3COO-]/[CH3COOH]=100.76
[CH3COO-]/[CH3COOH]=5.8
Ancak, soruda total asetik asitin iinde bulunan konjuge baz formu yani asetat oran sorulduundan:
Eer [CH3COO-]/[CH3COOH]=5.8 ise, solsyonun 5.8 ksm CH3COO-, 1 ksm ise CH3COOHtr.
Yani toplam iindeki oran [CH3COO-]/([CH3COOH]+[CH3COO-])=5.8/1 + 5.8=.853 (veya % 85.3)tir.
Ka=[H+][A-]/[HA]=[H+]2/[HA],
Olduundan,
[H+]=[A-] ve [HA]= 0.01 M
Ka=[H+]2/[HA]
Ka[HA]=[H+]2
-logKa-log[HA]=-2log[H+]
pKa-log[HA]=2pH
pKa=2pH+log[HA]
pKa=2(3.8)+log0.01
pKa=2(3.8)-2
pKa=5.6
Posfat tamponu gibi birden fazla pKa deeri bulunan bir madde ile alyorsanz, nce o maddenin
altnz pHya yakn olan pKa deerini alarak ie balamalsnz. Protonlarn (H iyonlarnn)
fosforik asitten ayrm 3 basamakta gerekleir ve her bir basamak ayr bir pKa deerine sahiptir:
1) H3PO4 H+ + H2PO4-,
pKa(1)=2.15
+
22) H2PO4 H + HPO4 ,
pKa(2)=7.20
3) HPO42- H+ + PO43-,
pKa(3)=12.40
Kas hcresinin pH deeri 6.8 olduundan, yukardaki pKa deerlerinden ikincisini, yani Pka=7.2
olann almalyz.
H-H denklemini kullanarak,
pH=pKa+log ([A-]/[HA])
[A-] = [HPO42-] ve [HA]=[H2PO4-]
log([HPO42-]/[HPO42-])=pH-pKa
[HPO42-]/[HPO42-]=10(pH-pKa)=1096.8-7.2=0.4
29. Asetik asitin pKa deeri 4.8dir. 0.2 M astik asit ve 2 M asetat iyonu ieren solusyonun pH ? (Not:
Asetik asitin pKa deeri 3.9).
Byle bir sorunun zm iin asit ve baz konsantrasyonlarnn aadak H-H eitliinde yerine
konmas gerekir:
pH=pKa + log[baz]/[asit]
pH= 4.8 + log (2/0.2)
pH= 4.8 + log (10)
pH= 4.8 + 1= 5.8
202
30. pKa deerleri 2.1, 3.9 v3 10.0 olan aspartik asitin izoelektrik noktas (pI) katr?
Bir amino asitin izolelktrik noktas (pI) o amino asitin net yknn sfr olduu pH derecesidir. pK
deerleri amino asitlerdeki -COOH, -NH3 ve yan zincird (R)deki gruplarn ayrt pHy ifade
ettiinden pI deerini hesaplayabiliriz. Yan zinciri yksz olan amino asitlerde (r. Alifatik amino
asitler) sadece -COOH ve -NH3 ayrtndan, byle amino asitlerin pI deeri basite -COOH
(pK1) ve -NH3 (pK2) deerlerinin ortalamsdr (Yani pK1 + pK2/2= pI). adet pK deeri olan bazik
amino asitler (lizin, arginin, histidin) iin pI deeri -NH3 (pK2) ve bazik yan zincirin (pK3)
deerlerinin ortalamasdr (yani, pK2 + pK3/2= pI). Yine adet pK deeri olan asidik amino asitler
(glutamik ve aspartik asit) iin pI deeri -COOH (pK1) ve asidik yan zincirin (pK3) deerlerinin
ortalamasdr (yani, pK1 + pK3/2= pI). Dolays ile aspartatn pI deeri 2.1 + 3.9/2=3.0
31. 0.22 M laktik asit solsyonunda 0.20 M ayrm, 0.02 M ayrmam formu bulunuyorsa,
solsyonun pH? (Not: Laktik asitin pKa deeri 3.9).
Bu sorunun cevab da 29. sorudakine benzer biimde bulunabilir:
pH= 3.9 + log (0.2/0.02)
pH= 3.9 + log (10)
pH= 3.9 + 1= 4.9
32. Baz amino asitlerin yan zincirleri (R) fonksiyonel gruplara sahip olup su ile
temas ettiklerinde hidrojen ba yaparlar. Aada verilen amino asit yan
zincirleri ile su arasnda oluabilecek muhtemel hidrojen balarn izerek
gsteriniz.
32. Hidrojen balar oksijen, azot gibi yksek derecede elektronegatif zellik gsteren atomlarla
ilikilidir:
33. Hocanz size 50 ml solsyon A (0.02 M Na2HPO4) ve 50 ml solsyon B (0.02 M NaH2PO4)yi biri
birine kartrarak 100 ml 0.02 M pH 7.2 olan sodyum fosfat tamponu hazrlamanz syledi. Normalde
byle bir tamponu 0.02 M NaH2PO4 zerine seyreltik NaOH ekleyerek veya 0.02 M Na2HPO4 zerine
seyreltik HCl ekleyerk daha kolay hazrlayabilirdiniz. Ancak, hocanz size kendi syledii tamponun
(yani NaH2PO4 ve Na2HPO4 karmnn) daha etkili bir tampon olduunu sylyor. Neden?
33. H2PO4-n iyonizasyonu iin pKa 7.2dir. H-H eitliinden eer asidik formun (H2PO4-)
konsantrasyonu onun konjuge baznn (HPO4=) konsantrasyonuna eitse, PH pKa deerine eit olur
(eitliin log ksm sfra eit olacandan). Bu nedenle 50 ml solsyon A ile 50 ml solsyon B
kartrldnda yeni akrmn pH deeri 7.2 olur. Her iki solsyonun konsantrasyonu 0.02 M
olduundan, yeni karmdaki fosfat konsantrasyonu da 0.02 M olur. Bunun etkili bir tampon
olmasnn nedeni oluan pHnn pKaya eit olmasdr.
203
ZLM SORULAR
34. Tablodaki hangi bileik verilen titrasyon erisini temsil etmektedir?
Bileik
pK1
pK2
pK3
Fosforik asit
2.15
7.20 12.15
Asetik asit
4.76
Sksinik
4.21
5.64
asit
Borik asit
9.24
12.74
Glisin
2.40
9.80
34. Bu titrasyon erisinde iki adet pKa gze arpmaktadr. Bir tanesi pH 2.0 dieri ise pH 10
civarnda. Byle pKa deerlerini glisin iin grmekteyiz (Glisin iki adet pKa deerine sahiptir: pKa1
2.4 ve pKa2 9.8).
35. Besinlerin mide ve barsaktan emilimi molekllerin hcre membranndan geip dolama
karmalarna baldr. Hidrofilik veya ykl molekllere nazaran hidrofobik molekller daha kolay
emilir. Azdan alnan ilalarn emilimi sindirim sistemlerimizdeki pH ve pKa deerleri ile ilikilidir.
Aspirin (Asetilsalisilik asit) iyonize olabilen bir karboksil grubuna (COOH) sahip olup bu grubun pKa
deeri 3.5tir. Bu ilacn protone formunun pH deeri 2.0 olan bir midede ve pH deeri 5.0 olan bir ince
barsaktaki emilim yzdesi nedir?
35. Aspirinin asidik ve konjuge baz formalrn sras ile CH3COOH (RCOOH)ve CH3COO- (RCOO)eklinde gsterebiliriz. H-H eitliini kullanarak pH 2.0 ve H 5.0da bu her iki trn orann
hesaplayabiliriz. Daha sonra toplam trlerin iyonize olmayan ve absorpsiyon (emilim) iin uygun
olan ksmn hesaplayabiliriz. Mide ortamnda pH 2.0da,
Yksz trlerin (RCOOH) yzdesi , bu trn kendisinin ve ykl formunun (RCOO-) toplamna
blmdr;
Bylece, midedeki aspirinin hemen hepsi emilime elverilidir. nce barsakta pH 5.0 ise aspirinin
ok az bir ksm emilim iin uygun formda bulunur.
204
36. Glisinamid (+H3NCH2CONH2)in (a) pH 7.5, (b) pH 8.2 ve (c) pH 9.0da % ka protone olmamtr?
(Not: Glisinamid iin pKa 8.20).
36. H-H eitliini kullanarak her pHda bulunan trlerin orann hesaplayabiliriz:
pH 7.5te;
Konjuge bazn yzdesini belirlemek iin: 1/(1 + 5) x 100= % 17. Bylece pH 7.5te toplamn % 17si
protone olmayan formda bulunur.
pH 8.2de;
Konjuge bazn yzdesi belirlenir: 1/(1 + 1) x 100= % 50. Bylece pH 8.2de toplamn % 50si
pH 9.0da;
205
ZLM SORULAR
Konjuge bazn yzdesi belirlenir: 6.3/(6.3 + 1) x 100= % 86. Bylece pH 9.0da toplamn % 86s
BLM-02: HCRE
1. canlln en kk nitesi (birimi) hangisidir?
(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
DNA
hcre
organell
virus
protein
2. Aadakilerden hangi(leri) hcrenin temel kimyas bakmndan dorudur?

(a)
Tm hcreler ayn proteinleri ierirler
(b)
Tm proteinler ayn 22 amino asitten oluurlar
(c)
Tm hcrelerde genetik bilgi DNAda sakldr
(d)
Tm organizmalar ayn genleri tarlar
(e)
Hepsi doru
3. Tipik bir insan hcresinin boyutlar iin genellikle hangisi kullanlr?
(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
Santimetre
Nanometre
Milimetre
Mikrometre
Angstrm
4. Prokaryotlar iin hangisi dorudur?

(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
Nukleuslar olmad iin DNAlar da yoktur

Golgi cisimcii yoktur
Basit tek hcrelilere dnebilrler
Bu grubun iinde bakteri, maya ve protozalar bulunur
Hepsi inorganik bir ortamda oalabilrler
5. Bir karyotu prokaryottan ayran en nemli zellik:
206

(a)
(b)
(c)
(d)
Hcre zarnn varldr

nukleusun varldr
daha byk olmasdr
DNAya sahip olmasdr
6. Mitokondri iin hangisi dorudur?

A.
B.
C.
D.
E.
Mitokondri oksijen tketerek karbon dioksit salar

Hemen tm aerobic karyotlarda bulunurlar
D ve i zar olmak zere iki membranlar vardr
Mitochondrilerin heterotropik bakterilerden orijin aldklarna inanlmaktadr
Hepsi doru
7. Aadakilerden hepsi hem mitokondri ve hem de kloroplast iin dorudur. Bir tanesi hari. Bu
hangisidir?
(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
ift zarla evrilidirler

Prokaryotlardan orijin aldklarna inanlmaktadr
Hcreden ayrldklarnda kendi balarna oalamazlar
kiye blnerek oalrlar
Tm karyotlarda bulunurlar
8. Aadakilerden hangisi ift zar tabakas (i ve d zar olamk zere) ile sarldr?
(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
Endoplasmic retikulum
Nukleus
Lizozom
Peroxksizom
Vakuol
9. Aadakilerden hangisi tm hcrelerde (karyot ve prokaryot) bulunur?

(a)
Nukleus
(b)
Ribozomlar
(c)
Sitozol
(d)
Mitokondri
(e)
Kloroplast
(f)
Plazma zar
(g)
(h)
Lizozomlar
207
ZLM SORULAR
10. Aada A-H arasnda gsterilen yap veya molekllerin yandaki hcre tiplerinden hangisinde
bulunduunu, bu hcre tipini iaretleyerek gsteriniz. (Not: baz yaplar birden fazla hcre tipinde
bulunabilir).
Yap veya molekl
A.
DNA
Hcre tipi
hayvan
bitki
bakteri
B.
nukleus
hayvan
bitki
bakteri
C.
plazma zar
hayvan
bitki
bakteri
D.
kloroplast
hayvan
bitki
bakteri
E.
hcre duvar
hayvan
bitki
bakteri
F.
lizozom
hayvan
bitki
bakteri
G.
mitokondri
hayvan
bitki
bakteri
H.
Golgi cihaz
hayvan
bitki
bakteri
11. Aadaki yaplar en kkten bye doru sralaynz.

A.
B.
C.
D.
E.
F.
Protein molekl
nsan hcresi
Karbon atomu
Ribozom
Maya hcresi
Mitokondri
C<A<D<F<E<B
BLM-03: BYOMOLEKLLER
1. Aadaki moleklde hangi fonksiyonel gruplar vardr?
CH2-CH2-CHO
|
OH
A) hidroksil ve karboksilik asit
B) hidroksil ve aldehit
C) hidroksil ve keton
D) eter ve aldehit
E) hidroksil ve ester
2. Hidrojen balar ile ilgili olarak aadakilerden hangisi doru deildir?
A) Bir hidrojen ba kovalent bir badan ok daha zayftr.
B) Suyun olduka yksek olan kaynama derecesi hidrojen balar ile ilgilidir.
208

C) Sudaki veya sulu zeltilerdeki hidrojen balar birka dakika (baka bir moleklle ba
yapmadan) serbest kalrlar.
D) Sv halinde bulunan suda bir su molekl (H2O2)3-4 adet su molekl ile hidrojen ba ile
balanr.
3. Hidrofobik etki aadakilerden hangisine nemli bir enerjitik katkda bulunur?
A) Proteinlerin birincil (primer) yapsna
B) Proteinlerin ncl (tersiyer) yapsna
C) Proteinlerin drdncl (kuarternar) yapsna
D) Enzim-substrat ilikisine
E) Yukardakilerin hepsi
4.Biyolojik molekllerde oluan 4 adet kovalent olmayan balanma tipini
ksaca izah ediniz.
1) hidrojen balar: bir elektronegatif atomla (r. oksijen ve azot) baka bir elektronegatif atoma
bal hidrojen arasnda oluan zayf elektrostatik etkileim. (2) van der Waals etkileimleri: biri
birine yakn duran iki atomun biri biri zerinde gsterdikleri zayf etkileim; (3) elektrostatik
etkileimler: iki iyonize grup arasnda nispi yk-yk etkileimleri (zt yklerin biri birini ekmesi,
ayn yklerin biri birini itmesi); (4) hidrofobik etkileimler: iki hidrofobik grubu bir araya getiren
kuvvetler (su gibi polar bir solvennteki bu iki grubun kaplad toplam alan azaltan kuvvetler)
BLM-04: AMNO ASTLER
1. Bir amino asitin kiral yaps onun alfa karbonunun:
A) bir karboksilik asit olmasdr
B) drt farkl kimyasal gruba bal olmasdr
C) simetrik olmasdr
D) doal olarak bulunan proteinlerde sadece L-amino asitlerin bulunmasdr
E) net bir yke sahip olmamasdr
2. 20 amino asit arasnda optik aktivite gstermeyen yegane amino asit hangisidir ve bu durum amino
asitin yan zincirinin hangi zelliinden kaynaklanr?
A) prolin; amino grubu ile kovalent ba oluturmas
B) alanin; basit bir metil grubu olmas
C) glisin; dallanmam olmas
D) alanin; sadece hidrojen iermesi
E) glisin; bir hidrojen atomu olmas
3. Ntr yan zincirlere (R)sahip amino asitler pI deerlerinin altndaki bir pHda nasl bulunurlar?
A) Yksz ve ntr
B) Net yk olmaz
C) Net pozitif yke sahip olurlar
D) Pozitif ve negatif yk eit konsantrasyonlarda bulunur
E) Net negatif yke sahip bulunurlar
209
ZLM SORULAR
4. Ninhidrin bulunan bir ortamda stldklar zaman mor renk alan en son rndeki gruplar
hangileridir?
A) alfa karbonu ve ona bal hidrojen atomu
B) amino gruplarndaki azotlar
C) karboksilik asit karbonu ve amino grubu
D) yan zincirdeki karbonlar
E) karboksilik asitteki oksijenler
5. Bir tanesi hari, 20 amino asitin hepsinin optik aktivite gstermeleri neye baldr? Ksaca
aklaynz.
Hepsi dr farkl grupla alfa karbon atomuna baldr. Sadece glisinde bu karbon atomuna iki
hidrojen atomu baldr.
6. Polar olmayan amino asitlerin yan zincirleri en iyi nasl kategorize
edilir?
A)aromatik
B)pozitif ykl
C)negatif ykl
D)yksz
E)hidrofilik
7. Izolektrik pHda bulunan (pI) bir tetrapeptitde:
A)amino ve karboksil ular ykszdr
B)orta ksmda bulunan iki amino asit iyonize olabilen yan zincirlere (R)
sahip olamazlar.
C)toplam net yk sfrdr
D)drt adet iyonik yk vardr
E)ykleri sadece amino ve karboksil ular salarlar
8. Bazik amino asitlerin (arg, his, liz) yan zincirleri en iyi nasl kategorize edilebilir?
A) halkasal yaplardr
B) ntr pHda pozitif ykldrler
C) ntr pHda negatif ykldrler
D) ntr hidrokarbon yaplardr
E) hidroksil, karboksil ve kkrt (slfr) ieren gruplardr
9. Amino asitler amfoterik maddeler olarak bilinirler. nk:
A) ntr pHlarda pozitif ykldrler
B) hem asit hem de baz gibi davranrlar
C) D- veya L konfugurasyonunda bulunurlar
D) proteinlerin yapsna girmezlar
E) hepsi optik aktivite gsterir
10. Olduka asidik bir solsyonda (r. pH = 1.2), glisinin esas formu hangisidir?
210

A) NH2-CH2-COOH
B) NH3+-CH2-COOH
C) NH2-CH2-CO
D) NH3+-CH2-COO
E) NH2-CH3+-COO
11. Sistin iin hangisi dorudur?
A) Sistin iki sistein arasnda oluan peptid ba ile oluur
B) Sistin, sisteindeki -CH2-SH yan zincirlerinin oksitlenerek iki sistein arasnda -CH2-S-SCH2- disulfit kprsnn kurulmas ile oluur
C) -CH2-S-S-CH2- disulfit kprs -CH2-SHya indirgendii zaman iki sistin aa kar
D) Sistin standart bir amino asit deildir ve iki farkl standart amino asitin bir araya gelmesi ile
oluur
E) Cistin sisteindeki karboksilik asit grubunun oksidasyonu ile oluur
12. pH sepesifik bir grubun pKasnn 2 birim altnda ise, bu spesifik grubun protone olmu formu ile
olmam formu oran nadir?
A)10:1 protone form lehine
B)100:1 protone olmam form lehine
C)1000:1 protone olmam form lehine
D)100:1 protone form lehine
E)protone ve protone olmayan formlar eit miktarlarda
13. Amino asitlerin kiral doasnn nedeni?
Glisin hari, tm amino asitlerin alfa karbon atomuna drt farkl fonksiyonel grup baldr. Bu bu
karbon atomu bakmndan iki farkl konfigurasyona (S ve R) sebep olur. Biyokimyada D ve L
konfigurasyonlar eklinde belirtilen bu yaplar biri birinin stne aktralamayan ayna
grntleridir. Proteinlerde bulunan amino asitler L konfigurasyonunda bulunurlar.
14. Oksitosin bir nanopeptid (dokuz adet amino asitten oluan) olup doumda memelilerin st
salglamasnda grev yapan bir hormondur. Oksitosinin dizisi aada gsterilmitir:
Bu peptidin net yk (a) pH 2.0, (b) pH 8.5 ve (c) pH 10.7de nedir? yonize gruplarn pKa deerlerini
kitabn sonundaki tablodan bulabilirsiniz. (Not: Dislfit ba her pHda da kararldr ve C-ucu, yani
karboksil ucu amid formundadr).
14. yonize olabilecek gruplar N-terminal sisteinin serbest amino grubu (pKa= 10.7), glutamatn yan
zinciri (pKa= 4.1) ve histidininin yan zinciridir (pKa= 6.0).
(a) pH 2.0de N-ucu ve histidin yan zinciri net pozitif yke sahipken, glutamat yan zinciri
ykszdr. Dolays ile peptidin net yk +2dir.
(b) pH 8.5te N-ucu pozitif yke, histidin yan zinciri yksz, glutamat yan zinciri ise negatif
ykldr. Dolays ile peptidin net yk 0dr.
(c) pH 10.7de N-ucu sisteinin yk +0.5, histidin yan zinciri yksz, glutamat yan zinciri ise
negatif ykldr. Dolays ile peptidin net yk -0.5tir.
211
ZLM SORULAR
15. Aadaki titrasyon erisi histidine aittir. Histidin iin pKa deerleri sras ile 1.8 (-COOH), 6.0 (-R)
ve 9.3 (-NH3+)tr.
a. Histidinin yapsn her iyonizsyon basamanda
belirtiniz? b. Drt adet iyonik trn de bulunduu
blgeleri belirle. c. Ortalama net ykn +2, 40.5, 0 ve -1
olduu blgeleri belirle. d. pH deerinin yan zincirin
pKasna eit olduu noktay belirle. e. Yan zincirin tam
olarak titre olduu noktay belirle. f. Hangi pH
aralnda histidin iyi bir tampon grevi grr?
15.
a.
b. A= 1, B= 3, C= 5, D= 7
c. 1, 4, 5, 7
d. 4
e. 5
f. Histidin, her tampon maddesi iin olduu gibi her hangi 3 pKa deerinin pH blgesinde (yani,
(pKa1= 1.81, pKa2= 6.01 , pKa3= 9.31) iyi bir tampon olacaktr. Dier bir deyimel hsitidin u
pH aralklarnda iyi bir tampon olarak hareket edecektir: pH= 0.8-2.8, pH= 5.0-7.0 ve pH= 8.3-10.3.
16. Baz amino asitler hcreler tarafndan modifiye edilerek biyolojik olarak
nemli aminlere dntrlrler. Serotonin beyinde sentezlenen nemli bir
nrotransmitterdir. Dk miktarlarda serotonininin depresyona, saldrganla
ve hiperaktivteye neden olduu bulunmutur. Serotonin hangi amino asitten
yaplr? Bu amino asitle serotonin arasndaki fark nedir?
16. Bir nrotransmitter olan serotonin
triptofan amino asitinden yaplr. Bu dnm srasnda
triptofandan karboksil grubu (COOH) koparlr ve aromatik
halkaya bir hidroksil grubu eklenir.
17. (a) serin, (b) arginin ve (c) glutamatn izoelektrik noktalarn (pI) hesaplaynz? (Not; bu soruyu
zmek iin kitabn sonundaki amino asitlere ait pKa deerlerinin verildii tablodan yararlannz).
17. Net ykn sfr olduu pH iki pKa deeri arasndaki blge olup burada ortalama ykler +0.5 ve 0.5tir.
212

(a) Serinin iki pKa deeri vardr. Karboksil grubunun pKa1i 2.2 iken, amino grubunun pKa2 deeri
9.2dir. pH 2.2de serinin net yk +0.5, pH 9.2de ise net yk -0.55tir Dolays ile serinin pI deeri,
pIserin= 2.2 + 9.2/2= 5.7dir.
(b) Argininin pKa deeri vardr. Ancak arginin bazik br amino asit olduundan iki amino
grubunun pKa deerlerini gz nne alacaz (yani pKa2= 9.0 ve pKa3= 12.5). pH 9.0da argininin net
yk +0.5, pH 12.5te ise net yk -0.55tir Dolays ile argininin pI deeri, pIarginin= 9.0 + 12.5/2=
10.8dir.
(c) Glutamik asit de arginin gibi 3 adet pKa deerine sahiptir. Ancak glutamat asidik br amino asit
olduundan iki karboksil grubunun pKa deerlerini gz nne alacaz (yani pKa1= 2.1 ve pKa3= 4.1).
pH 2.1de glutamatn net yk +0.5, pH 4.1de ise net yk -0.5tir Dolays ile glutamatn pI deeri,
pIglutamat= 2.1 + 4.1/2= 3.1dir.
BLM-05: PROTENLER
1. Bir polipeptidin veya proteinin amino ucundaki amino asite bal serbest amino grubu fluoro
dinitrobenzene (FDNB) ile iaretlenebilir. Byle durumlarda proteinde veya peptitdeki baka hangi
amino asitler de iaretlenir?
A)Lizin
B)Arjinin
C)Glutamik asit
D)Alanin
E)Lsin
2. Bir proteinin izo-elektrik noktasn (pI) belirlemek iin kullanlan bir jel sisteminde hangi zellie
sahip olmaldr?
A) amfolitler bir elektrik alanda dalm gsterdiinde kararl bir pHya sahip olmas
B) proteinin yzeyi boyunca homojen negatif yk oluturmak iin iinde denatre edici bir ajan (r.
SDS) iermesi
C) molekl arl bilinen bir takm protein standartlarnn bulunmas
D) istenen proteine zg (spesifik) bir antikorla ykanmas
E) bir protein zerindeki tm iyonik gruplarn kuvvetli bir bazla titre edilmesi
3. Bir biyokimyac DNAya balanan zel bir X proteinini ayn ortamda bulunan dier proteinden (A,
B, C) ayrmak (izole etmek) istiyor. Bu proteinler aadaki gibi zelliklere sahiptir:
pI
A proteini
7.4
B proteini
3.8
C proteini
7.9
X proteini
7.8
(pI, izolektrik nokta; Mr, molekler byklk)
Mr
82,000
21,500
23,000
22,000
DNAya balanma
evet
evet
hayr
evet
(a) X proteinini A proteininden, (b) X proteinini B proteininden ve (c) X proteinini C proteininden

ayrmak iin nasl ayrma teknikleri kullanrsnz?
a) jel ayrm (eleme) kromatografisi (farkl byklkteki proteinler iin kullanlr)
213
ZLM SORULAR
b) izolektrik fokuslama veya iyon deiim kromatografisi (farkl yklere sahip proteinler
iin kullanlr)
c) afinite (ilgi) kromatografisi (DNAnn balanm olduu bir afinite kolonu kullanldnda,
sadece DNAya balanabilen, yani X, proteini matrikse (dolgu maddesine) balanacaktr)
4. Biyokimya deneylerinde glisin amino asiti genellikle bir tampon maddesi olarak kullanlr. Bu amino
asitin amino grubunun pKa deeri 9.6 olup ya protone olmu formda (NH3+) ya da serbest baz (NH2)
olarak bulunur.
a. Amino grubuna bal olarak hangi pH veya pH aralnda glisin etkili bir tamponlama arac olarak
kullanlabilir?
b. Bu amino asitin 0.1 M ve pHs 9.0 olan solsyonunda, amino gruplarnn % ka NH3+ formunda
bilinir?
c. Bu pHda bulunan 1 litre 0.1 M glisine 5 M KOHtan ne kadar eklemeliyiz ki pH 10 olsun?
d. Glisin % 99 orannda NH3+ bulunursa, solusyonun pHs ile amino gruplarnn pKas arasnda nasl
bir iliki olur?
a. Genellikle bir tampon maddesi en iyi pKasnn 1 pH nitesi altnda ve 1 pH nitesi stnde en iyi
tamponlama gcne sahiptir. Dolays ile 9.6 pKas olan glisin en iyi bu deerin 1 pH st 1 pH
altnda yani 8.6 ila 10.6 arasnda iyi bir tamponlama raca olarak alr.
b. Henderson-Hasselbalch denklemini kullanarak,
buluruz.
Bu da 1/4 oranna denk gelir. Bu da gstermektedir ki, pH 9.0da glisinin amino gruplarnn 1/5i
deprotone (NH2) olmuken, 4/5 orannda bu gruplar protone (NH3+) formda bulunur.
c. Yukarda grld gibi pH 9.0da amino gruplarnn 1/5i yani % 20si deprotone frormda
bulunur. Bu nedenle pHy 9.0dan 9.6ya deimek (ki bu pH pKa deerine eit olduundan amino
gruplarnn % 50 sinin deprotone formda olduunu gsterir), glisinin % 30u veya 0.3 titre
edilmi demektir. imdi buradan H-H denklemi ile pH 10.0da yzde kann protone olduunu
hesaplayabiliriz.
Bu oran gstermektedir ki, glisinin 5/7si veya dier bir deyimle % 71i pH 10.0da deprotone (NH2)
formda bulunur. Yani yukarda pKa (9.6) iin bulunmu olan % 50 orannna ek olarak % 21 daha
fazlas deprotone formda bulunur. Bylece, 9.6dan 10.0a deiimle 0.30+0.21=0.51, bu da 0.51 x
0.1 mol=0.051 mol KOH
d. H-H denkleminden,
214
Genellikle iyonize olabilen bir hidrojen tayan herhangi bir grup, kendi pKasnn 2 pH nitesi
altnda (r. burada glisin iin 9.6-2=7.6) tamamen protone olmu halde bulunur.
5. Aspirin, zayf bir asit olup pKa deeri 3.5tir.
Aspirin mide ve barsak mukoza hcrelerinden emilerek kana karr. Bu emilim plazma
membranndan geii gerektirir ve emilim oran aspirinin polarl ile ilikilidir. Bilindii gibi polar
molekller membrandan yava geebilirken, hidrofobik ntr molekller daha hzl geerler. Mide
ortamnn pHs 1.5 iken, ince barsak ortamnn pHs yaklak 6.0dr. Kan karan aspirin en ok
mideden mi yoksa ince barsaktan m gelir?
Aspirin 3.5 pKa deerinin 1 pH altndaki pHlarda (yani pH 2.5in altnda) protone (ntr) formda
bulunurken, daha yksek pHlarda deprotone (anyonik) formda bulunur. Bylece, aspirin asidik bir
ortamda (yani midede) daha iyi emilir.
6. Bir amino asit olan lsinin yaps:
a. Lsin ka kiral merkeze sahiptir?

b. Ka optik izimere sahiptir?
c. Bu izomerlerin kimyasal formullerini gsteriniz.
a. ki; C-2 ve C-3 ( ve karbonlar)
b. 4; 2n (n=kiral karbon says)
c. (sonraki sayfada)
7. Bir peptid aadaki gibibir diziye sahiptir;

Glu-His-Trp-Ser-Gls-Ls-Arg-Pro-Gls
a. Bu peptidin pH 3; 8 ve 11de net yk nedir? (Her bir amino asit iin yan zincirlerin ve u amino ve
karboksil gruplarnn pKa deerleri:
b. peptidin pI deeri nedir?
215
ZLM SORULAR
a. pH>pKa olduu zaman iyonize olan gruplar protonlarn kaybedereler. Amino ucunda glutamik
asit bulunmakta ve bu amino asitin serbest amino grubunun pKa deeri 9.6 iken, peptidin karboksil
ucunda glisin bulunmakta ve bu amino asitin serbest karboksilinin pKa deeri 2.3tr. Yan zincirleri
iyonize olan amino asitler ise Glu, His ve Argdir ve sras ile pKa deerleri 4.3, 6.0 ve 12.5tir. Trp,
Ser, Gls, Ls ve Prolinin byle bir zelikleri yoktur (ayni bu amino asitlerin yan zincirleri iyonize
olmazlar ve dolays ile yan zincirlerle ilikili bir pKa deereleri de yoktur).
b. pI deerini hesaplamak iin iki farkl metot kullanlabilir. pH 8.0de iyonize olan iki yan zincirin
(amino terminal ucundaki Gluin amino grubu ve Hisin imidazol grubu) ortalamasndan
Yukardaki metoda alternatif olarak, hesaplanm olan net ykleri pHya karn grafie dk. Dikey
eksen (y) zerinde net ykn sfr olduu pHy belirle. Bu nokta pI deerine eittir.
8. Bir biyokimyac yeni bir enzim kefetmi ve onu aadaki tabloda grld metotlarla deiik
derecelerde saflatrmtr:
a. Tabloda verilen bilgilere gre, her saflatrmadan sonra enzimin spesifik aktivitesini hesaplaynz.
b. En etkili saflatrma hangisidir? (saflktaki en yksek deer)
c. En az etkin saflatrma hangi basamakta olmutur?
d. 6. basamaktan sonra enzimin saf olduunu gsteren bir veri varmdr? Enzimin saflk derecesinin
lm iin baka bir eyler yaplabilir mi?
a. Elde edilen yzde aktivite (nite)den her metodun verim yzdesini ve spesifik aktivitesini
(nite/mg) hesaplayabiliriz.
b. En etkili saflatrma metodu 4. basamaktaki, yani iyon-deiim kromatografisidir. Spesifik

aktivitede en byk art bu basamakta gereklemitir. Bu safl gsteren nemli bir kriterdir.
c. En dk saflatrma 3. basamakta yani pH presipitasyonunda grlmektedir. Bu basamakta bir
nceki basamaa (2. basamak) gre toplam aktivitenin 2/3 kaybolmutur.
216

d. Evet. 5. basamaktan sonra spesifik aktivitede bir art grlmemitir. Proteinin homojenliini ve
safln belirlemede kullanlabilecek dier mkemmel bir metot SDS-PAGE elektroforezidir.
9.Bir proteini detayl almak iin nce o proteinin:
A)bilinen bir molekle konjugasyonu (balanmas) salanr
B)amino asit ierii belirlenir
C)amino asit dizisi belirlenir
D)molekler arl belirlenir
E)saflatrlmas yaplr
10.Doal olarak bulunan proteinlerin yapsana giren tm amino asitlerde ortak
zellik nadir?
Doal olarak bulunan proteinlerin yapsana giren tm amino asitler bir
karboksilik asitin (COOH), bir aminin (NH2), bir hidrojenin (H) ve bir
deiken yan zincirin (R) bal olduu bir -karbon atomuna sahiptir. Ayrca,
bu amino asitlerin hepsi L-konfgrasyonunda bulunur.
11.Suda zndkleri zaman amino asitler neden zwitterion form kazanrlar?
pH 7.0 dolaylarnda amino asitlerin karboksil ucu (COOH) protonunu kaybederk
karboksilat (COO-) iyonuna, amino grubu (NH2) da protonkazanarak amonyak
iyonuna (NH3+) dnr.
12.Proteinlerde aadakilerden hepsi zayf olarak deerlendirilebilir. Bir
tanesi hari:
A)van der Waals kuvvetleri
B)hidrojen balar
C)iyonik balar
D)peptid balar
E)hidrofobik etkileimler
13. -sarmali saalayan hidrojen balar:
A)sarmalin eksenine dik konumda bulunurlar
B)yan zincirlerin (R) elektronegatif atomlar arasnda kurulurlar
C)omurgann elektronegatif atomlar arasnda kurulurlar
D)sarmalin sadece baz amino asitleri arasnda kurulurlar
E)sadece amino ve karboksil ularna yakn blgelerde oluurlar
14. Proteinin doal yapsn (konformasyonunu) kararl klan drt faktr (ba
veya kuvvetler) ve bu ba veya kuvvetleri bozmak iin ne tr kimyasallar veya
artlar gerektiini ksaca belirtiniz.
Doal proteinlerin kararllnda rol alan kuvvetler (a) disulfit balar, (b)
hidrojen balar, (c) hidrofobik etkileimler ve (d) iyonik etkilemlerdir. Bu
kuvvetleri bozan maddeler dislfit baalr iin merkaptoetanol veya
ditiotreitol (DTT), hidrojen balar iin ok dk veya ok yksek pHlar,
217
ZLM SORULAR
hidrofobik etkileimler iin deterjanlar ve re, iyonik etkileimler iin pH
veya iyonik kuvvet deiikliidir.
15. Bir ligandn bir proteine balanmas koperatif bir ekilde ise
aadakilerden hangisi doru deildir?
A)Olay genellikle bir ka alt niteden meydana gelen proteinlerde olur
B)Genellikle allosterik bir etkileim sz konusudur
C)Lineer olmayanbir Hill Erisi ile sonulanr
D)Sigmoidal bir balanma erisi ile sonulanr
E)enzimlerde nadiren grlr
16.Orak-hcre anemisin altndaki temel neden:
A)krmz kan hcreleridir
B)hemoglobindir
C)klcal damarlardr
D)kandr
E)kalptir
17. Karbon monoksit (CO) aerobik organizmalar (r. nsanlar) iin neden
toksiktir?
CO hemoglobine oksijenden daha kuvvetli balanr. Bylece hemoglobine oksijen
balanp tanamaz.
18.(a) Oksijenin hemoglobine balanmasnda pHnn etkisi (Bohr etkisi) nadir?
(b) Bu mekanizmay ksaca aklaynz.
a) den pHya bal olarak oksijenin hemoglobine balanmasnda azal grlr (b) Dk
pHlarda (yani yksek H+ konsantrasyonlarnda) histidin gibi amino asitlerin protonasyonu artar ve
bud a protein alt nitelerinin dk afiniteli konformasyonunu kararl klar.
19. Yandaki tripeptidi inceleyiniz.
f. -karbon atomunu belirtiniz ve peptid ba
yapan blgeyi daire iine alnz.
g. R gruplar neyi temsil etmektedir?
h. Karbonil grubu (C=O)nun N amid balar
ynndeki serbest rotasyonu neden snrldr?
i. Bu yapdaki peptid gruplar cis veya trans yapdamdr?
j. Hangi balar peptid gruplarnn biri biri ile rotasyonuna imkan tanr?
19. a.
b. R gruplar amino asitlerin yan zincirlerini temsil
ederler.
c. C-N amid balarnn ksmi ift-ba karakteri
serbest hareketi kstlar.
d. Bu tripeptidteki her iki peptid grubu trans
konformasyondadr. nk alfa-karbon atomlar peptid bann ters tarafndadr.
218

e. Peptid gruplar N-C ve C-C etrafnda dnebilirler.
20. Karbon diositle suyun reaksiyonu bize Bohr etkisi aklamada nasl yardmc olur? CO2 ve sudan
bikarbonat oluumunu gsteriniz ve hemoglobinin oksijenisayonu zerine H+ ve CO2nin etkisini
gsteriniz.
20. CO2 ile pHnn neden dt bize karbon diositin su ile ilikisini aklar. Hzl bir
metabolizmann olduu dokularda olduka fazla yaplan CO2 su ile enzimatik (karbonik anhidraz)
bir reaksiyona sokularak bikarbonat iyonlar ve H+ retilir.
CO2 + H2O H2CO3 HCO3- + H+
Oluan H+ kan pHsn drr ve hemoglobinin deoksi (oksijen balanmam hemoglobin) formunu
kararl yapar. Bunun net etkisi ortam basncnda art ve hemoglobinin oksijene kar daha azalm
affinitesidir. Bu nedenle daha ok oksijen dokulara salnr. CO2 de hemoglobinin 4 zincirinin ular
ile reaksiyona girerek karbamat eklentileri oluturur ve bylece oksijene olan afinitesini drr.
Bu ekleniler hemoglobinin deoksi formuna daha da katkda bulunur ve oksijen basnc daha da artar
ve daha ok oksijen dokulara salnr.
21. Alfa-sarmallarda glisin ve prolin amino asitleri pek bulunmaz. Neden?
21. Alfa-sarmallarda glisin bulunmas sarmal kararsz hale sokar. Bunun sebebi, yan zincir olarak
sadece H atomu bulunduran bu en kk amino asitin peptid bandaki serbest hareket
kabiliyetidir. Bundan dolay, bir ok sarmal glisinle balar ve glisinle sonlanr. Ancak, i ksmlarda
bu amino asit pek yaygn bulunmaz. Prolin rijid bir amino asit olduundan polipetid zincirin
dzgnln bozar. Byk halkasal yan ziniciri olduka fazla yer igal eder. Ayrca, prolin amid
azotunda bir hidrojenden yoksun olduundan sarmallar aras
hidrojen ba yapmna da giremez.
22. Yandaki ekilde de gsterildii gibi protein dislfit izomeraz (PDI)
geliigzel dislfit balanmalarna imkan tanyarak inaktif
ribonkleazn doru biimde katlanarak aktif konformasyon
kazanmasn salar. PDI tarafndan katalizlenen bir makanizma ile
proteinin bu ekilde yeniden dzenlenerek inaktif bir yapdan aktif
yapyanasl getiini gster.
13. PDI aktif blgesinde iki adet indirgenmi

sistein amino asidine sahiptir. Bu amino
asitler inaktif yapda bulunan
ribonkleazdaki dislfit balarnn
indirgenmesinde ve daha sonra yanl
katlanm proteinin daha dk enerjili bir
konformasyonda (yani aktif konformasyonda) katlanmasna imkan tanr.
219
ZLM SORULAR
BLM-06: ENZMLER
1. Bir hcre ekstresinin protein ierii 20 mg/mldir. Toplam 0.5 ml reaksiyon karmnda bulunan 10
mikrolitre (l) extrakt dakikada 30 nmol rn oluumunu katalizlemektedir. a. reaksiyon hzn (v)
nmol/dak/reaksiyon, nmol/ml/dak, nmol/l/dak, mol/l/dak cinsinden hesaplaynz. b. ayn miktar
extrakt toplam 1 ml reaksiyon karmnda olsayd, reaksiyon hz ne olurdu? c. nite/ml cinsinden
extrakttaki enzim konsantrasyonu ne olurdu? d. enzimin spesifik aktivitesi nedir?
a. 30 nmol/dak/reaksiyon,
30 nmol/ 0.5 ml/dak= 60 nmol/ml/dak
60 nmol/ml/dak= 60,000 nmol/ml/dak= 60 mol/l/dak
b. 30 nmol/ml/dak
c. 1 nite enzim= 1 mol SP/dak
0.03 mol SP/dak/0.01 ml extrakt= 3 nite/ml ekstrakt
d. Spesifik aktivite= nite/mg protein/ml
3 nite/20 mg/ml= 0.15 nite/mg protein
2. Bir enzim reaksiyonunda spesifik aktivite 42 nite/mg protein olarak bulunmutur. Solsyonun
protein konsantrasyonu 12 mg/mldir. a. 20 l, b. 5 l solsyon ieren ve toplam hacmi 1 ml olan
reaksiyonlarn hzn (v) hesaplaynz.
a.42 nite/mg protein x 12 mg/ml= 504 nite/ml x 0.02 ml= 10.08 nite= 10.08 mol/dak/ml
b.504 nite/ml x 0.005 ml= 2.52 mol/dak/ml
3. Elinizde saf bir enzim bulunmakta ve bunun 1 mikrogram bir reaksiyonu 0.5 mol/dak orannda
katalizlemektedir. Molekl arl 92,000 olan bu enzimin spesifik aktivitesini a. nite/mg protein
(enzim), nite/mol cinsinden hesaplaynz. b. enzimin turnover says nedir? c. bir dakikadaki katalitik
cevirim says nedir?
a.0.5 mol/dak/10-3 mg= 500 mol/dak/mg= 500 nite/mg
500 nite/mg x 1000 mg/g x 92,000 g/mol= 4.6 1010 nite/mol
b. Vmax=kp[ES]
kp= Vmax/[ES]= 4.6 1010 nite/mol/dak x 10-6 mol/mol= 4.6 104 nite/dak/mol enzim (yani
dakikada bir mol enzim 46,000 mol substrat rne evirir).
c. 1 cevirim dolays ile, 1/46,000= 2.17 x 10-5 dakika alr.
4. Michealis-Menten eitliini kullanarak,
d. [S] >> Km olduu zaman von [S]den bamsz olduunu
e. [S] <<Km olduu zaman reaksiyonun S itibar ile birinci derecede olduunu
f. vo Vmaxn yars ise [S]=Km olduunu gsteriniz.
a. Eer [S] >> Km ise, Km + [S] [S] olur. Sunbstrat konsantrasyonun hz zerine etkisi olmaz ve
vo=Vmax olur:
b. [S] << Km ise, Km + [S] Km olur ve Michealis-Menten (M-M) eitlii basite:

olur.
220

Hz sabit bir deerle [S] ile ilikilidir ve S asndan reaksiyon birinci derecedendir.
c. vo= Vmax/2 ise Km= [S]dir
5. Alfa-kimotripsinin (E) tirozin benil ester (S)le reaksiyonu sonucu gzlenen hzlar 6 farkl substrat
konsantrasyonu iin belirtilmitir:
mM [S]
0.00125
0.01 0.04 0.10 2.0
10
vo (mM/dak) 14
35
56
66
69
70
Enzimin balang reksiyon hznda S konsantrasyonu ile ilgili bir art gzlenirke, daha yksek S
konsantrasyonlarnda enzimin hznn pek deimediini gryoruz. Dolays ile Vmax yaklak 70
olarak alabiliriz. Km maksimum hzn (yani Vmaxn) yarsna denk gelen S konsantrasyonu
olduundan, Vmaxn yarsna denk gelen hz olan 35 mM/dakdan Kmin 0.1 mM olduunu
syleyebiliriz.
6. a. Neden kcat/Km deeri bir enzimin katalitik etkinliini lmede baz alnr?
b. Enzimlerin kcat/Km deerleri iin st snr nedir?
c. kcat/Km deerleri st snra yaklaan enzimlerin mkemmel katalzrler olduu sylenir. Neden?
a. kcat/Km oran veya zgn sabite bir enzimin deiik substartalar olan ilgisini ifade eder. Ayn
konsantrasyonda bulunan iki substrat enzimin ayn katalitik blgesi iin yartnda, her substrat
iin vo= (kcat/Km) [E][S] ve [E] ve [S] ayn olduundan bu substartlarn rnlere dnm oran
kcat/Km oranlarna eittir.
b. Enzimlerin kcat/Km deerleri iin st snr 108- 109 s-1dir. Bu en hzl oranlarda iki yksz molekl
fizyolojik scaklklarda biri birine difzyonla yaklarlar.
c. Bir enzimin katalitik etkinlii E ve Sden ES oluumunu geemez. En etkin enzimler substartalar
yakalama hzna yakn olan kcat/Km deerlerine sahip olanlardr:
kcat, Km ve kcat/Km: Katalitik etkinlik
Tablo: kcat/Km deerleri difzyona-bal limite (en yksek katalitik etkinlik) yakn (108-109 M-1 s-1)
enzimler
Enzim
Substrat
kcat (s-1)
Km (M)
Kcat/Km (M-1 s1)
4
-5
Asetilkolinesteraz
Asetilkolin
1.4 x 10
9 x 10
1.6 x 108
Karbonik anhidraz
CO2
1 x 106
1.2 x 10-2
8.3 x 107
HCO34 x 105
2.6 x 10-2
1.5 x 107
7
Katalaz
H2O2
4 x 10
1.1
4 x 107
Fumaraz
Fumarat
8 x 102
5 x 10-6
1.6 x 108
Malat
9 x 102
2.5 x 10-5
3.6 x 107
221
ZLM SORULAR
-Laktamaz
Benzilpensilin
2 x 103
2 x 10-5
1 x 108
7. M-M kinetii ile uyumlu bir enzimin Km deeri 1 Mdr. 0.1 M dak-1 balang hzna 100 M
substratla varlmtr. a. 1 mM, b. 1 M ve c. 2 M substrat konsantrasyonunda reaksiyon hz?
[S]= 100 M ise, [S] >> Km olacandan vo= Vmax = 0.1 M dak-1
a. 100 Mdan byk herhangi bir substrat konsantrasyonunda v0= Vmax = 0.1 M dak-1
b. [S] = Km olursa, vo = Vmax/2 veya 0.05 M dak-1
c. Km ve Vmax bilindiklerinden, M-M eitlii kullanlarak herhangi bir substrat konsantrasyonundaki
v0 hesaplanabilir. r. [S]= 2 M iin:
= (0.1 M dak-1) (2 M)/(1 M + 2 M)= 0.067 M dak-1

8. (a) Fumaraz bir Krebs dngs enzimi olup fumaratn malata dnmn katalizler. Aada bu
enzimin deiik substrat (fumarat) konsantrasyonlarnda verdii reaksiyon hzlar verilmitir. Bu
verilerden yararlanarak bir Lineweaver-Burk eirisi olutur ve buradan enzimin Vmax ve Km deerlerini
belirle.
Fumarat (mM)
Reksiyon oran (mmol L-1 dak-1)
2.0
2.5
3.3
3.1
5.0
3.6
10.0
4.2
(b) Fumarazn molekl arl 194,000 olup 4 benzer alt niteden yaplmtr. Her bir alt nitede bir
adet katalitik blge bulunmaktadr. Eer yukarda (a) kknda veilen deneydeki enzimin
konsantrasyonu 1 x 10-8 M ise, fumarazn fumaratla reaksiyonundaki kcat deerini hesaplaynz. (Not.
kcat deerlerinin saniye-1 cinsinden olduuna dikkat ediniz).
(a) Fumarazn kinetik verilerini Lineweaver-Burk erisine gre hesaplamak iin nce [S] ve vo
deerlerinin 1 ile blnm halini bulmamz gerekir (bunun sonucu birimlerin gsterimi de deiir,
r mM birimi mM-1 olarak gsterilir).
1/ Vmax deerinin y eksenini kestii noktadan Vmax hesaplanr;
1/ Vmax = 0.20 mmol-1 L dak, veya Vmax = 5.0 mmol L-1 dak-1
Km deeri erinin x eksenini kestii noktadan hesaplanr;
-1/Km= -0.5 mM-1 veya Km = 2.0 mM veya 2 x 10-3 M
(b) kcat deeri bir enzimin bir katalitik blgesinin bir saniyede katalizledii reaksiyon saysdr. Dier
bir deyimle bu deer enzimin turnover saysn ifade eder. Her ne kadar enzimin konsantrasyonu 1 x
10-8 M ise de, fumaraz bir tetramer (yani 4 e niteden olumu) olduunda ve her bir alt nitede
bir aktif blge bulunduundan, enzimin aktif blgelerinin toplam konsantrasyonu ([Etotal]) 4 x 10-8
Mdr. Buna gre;
222
9. P450 sitokrom ailesine ait monooksigenazlar yabanc maddelerin paralanp vcdumuzdan

uzaklatrlmasnda grev yaparalar. P450 enzimleri zelikle karacierde etkindirler. Hemen piyasaya
srlen her ilacn P450 sistemi tarafndan yklabildii gsterilmelidir. Bu sistemle ykld bilinen
sedatif bir ila midazolamdr. Bu ila P450 sistemi ile hidroksillenmi bir rn olan 1hidroksimidazolama evrilir.
Midazolam
rn oluumu (pmol-1 0.1 M ketokonazol varlnda rn oluumu
dak-1)
(M)
(pmol-1 dak-1)
1
100
11
2
156
18
4
222
27
8
323
40
(a) lk iki stundaki verileri gz nne alarak Lineweaver-Burk erisi ile enzimin Km ve Vmaxn
hesaplaynz.
(b) Ketokonazol funguslar zerine etkili bir madde olup, midazolamla birlikte verildiinde iddetli ila
alerjisine sebep olur. Tablodaki deerlerden bu antifungal maddenin midazolamla olan ila
hidroksilasyonu nasl etkilenmektedir?
(a) Kinetik verileri grafie aktarmak iin verilmi substrat ve reaksiyon hzlarn aadaki ekilde
gstermeliyiz;
rn oluma oran
1/vo (pmol-1 L dak)
Midazolam, [S] (M)
1/[S] (M-1)
-1
-1
v0 (pmol L dak )
1
1
100
0.01
2
0.5
156
0.0064
4
0.25
222
0.0045
8
0.125
323
0.0031
Yukarda fumaraz sorusunda
olduu gibi Vmax: 1/ Vmax -0.0025
pmol-1 L dak, dolays ile Vmax = 400
pmol L-1 dak-1
Km;
-1/ Km = -0.03 M-1, dolays ile Km
= 3.3 M
(b) Ketokonazol varlnda enzim
aktivitesi yine ayn ekilde
gsterilir.
Midazolam, [S] (M)
1/[S] (M-1)
1
2
4
8
1
0.5
0.25
0.125
0.1 M ketokonazol
varlnda rn oluumu
(pmol-1 dak-1)
11
18
27
40
1/v0 (pmol-1 L dak)

0.091
0.056
0.037
0.027
223
ZLM SORULAR
y ekseninin kesim yerinde art olurken, x ekseninin kesim yerinde bir deiim olmamtr. Bu da bu
antifungal maddenin enzim iin kompetatif bir inhibitr olduunu gsterir (kompetatif inhibitrler
enzimlerin Kmsinde, kompetatif olmayan inhibitrler Vmaxnda deiiklik yapar.)
BLM-9: VTAMNLER, MNERALLER VE KOENZMLER
1. Aada enzimlerle katalizlenen her reaksiyonun tipini ve hangi koenizmin reaksiyonda grev
aldn belirleyiniz.
1. (a) NAD+, NADP+ FAD, FMN, lipoamid, ubikinon. Tioredoksin ve sitokromlar gibi protein
koenzimler.
(b) Koenzim A, lipoamid.
(c) Tetrahidrofolat, S-adenozilmetionin, metilkobalamin
(d) Piridoksal fosfat
(e) Biotin, tiamin pirofosfat, K vitamini
2. NAD+, FAD ve koenzim Ann ortak yapsal zellii nedir?
2. NAD+, FAD ve koenzim A. de bir ADP grubu tar.
3. Laktat dehidrogenzla (LDH) laktatn piruvata oksidasyonunda NAD+ laktattan iki elektron transfer
edilen bir olayla indirgenir. Laktattan ayn zamanda iki prton da ayrldndan indirgenmi koenzimi
NADH2 eklinde yazabilirmiyiz? Aklaynz.
3. Hayr. ndirgenmek iin NAD+ iki elektrona fakat bir protona ihtiya duyar (yani NADH + H). Dier
proton solsyona salnr ve protona ihtiya duyan dier reaksiyonlar tarafndan kullanlr.
4. Warfarin rodent (kemirgen)leri ldrmek iin kullanlr ve genel olarak i kanamalara neden
olduunan tm hayvanlar iin toksiktir. Warfarin halkasal vitamin trevi bir koenzime yap olarak
benzer ve bu koenzimin fonksiyonunu bozarak etki yapar. Bu hangi koenzimdir?
224

4. K vitamini. Bu vitamin kan phtlamasnda ro oynayan bir takm proteinlerin modifikasyonunda
grev yapar.
BLM-12: KARBOHDRATLAR
1.
(a) "ndirgeyici eker" terimi ne anlama gelir? (b) Sukroz bir dissakarit olup glukoz ve
fruktozdan meydana gelir (Glu(12)Fru). Hem glukoz ve hem de fruktoz indirgeyici ekerler
iken, sukroz deildir. Neden?
a) "ndirgeyici eker" Cu2+ veya Fe3+ ile oksitlenebilen serbest bir karbonil grubu tayan ekerdir.
(b) glukozda bu grup C-1, fruktozda ise C-2 pozisyonundadr. Karbonil karbon glikozidik bir ban
yapsnda kullanld zaman bakr ve demir gibi oksitleyici ajanlarla artk oksitlenemez. Sukrozda
(Glu(12)Fru), oksidize olabilen her iki carbonil grubu da glikozidik ban yapmnda kullanlr.
225
NOBEL DLLER
Nobel dlleri
SON 50 YILIN BYOKMYA VE MOLEKLER BYOLOJDE NEML BAZI
NOBEL FZYOLOJ VE TIP DLLER
Keif
1953
Hans Adolf Krebs

Fritz Albert Lipmann
Sitrik asit (Krebs) dngs

CoA (Ko-enzim A)
1954
John Franklin Enders

Thomas Huckle Weller
Frederick Chapman Robbins
Virslerin test tpnde oaltlmas
George Wells Beadle

Edward Lawrie Tatum
Joshua Lederberg
Metabolizmann kontrolnde genlerin rol
1958
1959
Arthur Kornberg
Severo Ochoa
1962
Francis H.C. Crick

James D. Watson
Maurice H.F. Wilkins
DNA ve RNA sentez ezimlerinin (DNA-RNA polimerazlar) kefi
DNAnn molekler yaps (DNA sarmal)
1964
Konrad Bloch
Feodor Lynen
Kolesterol ve ya asiti metabolizmas
1965
Franois Jacob
Jacques Monod
Andr Lwoff
Gen ifadesinin kontrol (lac operonu)
1966
Peyton Rous
Charles B. Huggins
Tmr oluumuna sebep olan virsler

Prostat kanserinin hormonal tedavisi
1968
Marshall W. Nirenberg
Har Gobind Khorana
Robert W. Holley
Genetik kod, kodonlar-amino asitler
1969
Max Delbrck
Alfred Hershey
Salvador E. Luria
1975
David Baltimore
Renato Dulbecco
Howard Martin Temin
Virs replikasyonu ve genetii
Tmr virslerinin hcre DNAsna etkisi
1978
Werner Arber
Daniel Nathans
Hamilton O. Smith
Restriksiyon enzimlerinin kefi
1983
Barbara McClintock
Transpozonlarn kefi
226
1984
Niels K. Jerne
Georges J.F. Khler
Csar Milstein
Monoklonal antikor retmi
1985
Michael S. Brown
Joseph L. Goldstein
Kolesterol metabolizmas
1986
Stanley Cohen
Rita Levi-Montalcini
Byme faktrlerinin kefi
1989
J. Michael Bishop
Harold E. Varmus
Retroviral onkogenlerin kefi
1992
Edmond H. Fischer
Edwin G. Krebs
Protein fosforilasyonunun neminin kefi
1993
Phillip A. Sharp
Richard J. Roberts
ntronlarn kefi
1994
Alfred G. Gilman
Martin Rodbell
G-proteinleri ve sinyal iletimin kefi
1997
Stanley B. Prusiner
Prionlarn kefi
1998
Ferid Murad
Robert F. Furchgott
Louis J. Ignarro
Sinyal molekl olarak Nitrik oksit
1999
Gnter Blobel
Proteinlerin tanma iin etiketlendii
2001
Leland H. Hartwell
Timothy Hunt
Paul M. Nurse
Hcre dngs sayklinleri ve kinazlar
2002
Sydney Brenner
Robert Horvitz
John E. Sulston
Programl hcre lm (apoptosis)
2006
Andrew Fire
Craig C. Mello
RNA mdahelesi (RNA interference)
2007
Oliver Smithies
Sir Martin Evans
Mario R. Capecchi
Gen transferi (Nakvt fare) kefi (Embriyonik kk hcrelerini

kullanarak farelerde zel gen mutasyonlarnn oluturulma
prensipleri)
2008
Harald zur Hausen

Franoise Barr-Sinoussi
Luc Montagnier
HIV virsnn kefi
Elizabeth H. Blackburn
Carol W. Greider
Jack W. Szostak
Telomer ve telomerazlarn kesfi
2009
227
NOBEL DLLER
2010
Robert G. Edwards
n vitro fertilizasyon (tp bebek)
2011
Bruce A. Beutler
Jules A. Hoffmann
Ralph M. Steinman
Kazanlm baklk
Doal baklk
Dendritik hcrelerin kefi
228
SON 50 YILIN BYOKMYA VE MOLEKLER BYOLOJDE NEML BAZI

NOBEL KMYA DLLER
1958 Frederick Sanger
Proteinlerin yaps (insulin)
1961 Melvin Calvin
Fotosentez (karbon fiksasyonu)
1962 Max Perutz

John Cowdery Kendrew
Globlin (hemoglobin) proteinlerin yaps
1970 Luis F. Leloir
Riboz ekerlerin kefi
1972 Christian B. Anfinsen

Stanford Moore
William H. Stein
Ribonkleaz (RNAz) kefi ve yaps
1974 Paul J. Flory
Makromolekllerin fiziko-kimyas
1978 Peter D. Mitchell
ATPnin nasl yapld (kemoozmotik teori)
1980 Paul Berg

Walter Gilbert
Frederick Sanger
DNA hibridizasyonu, DNA dizileme
1982 Aaron Klug
Nkleik asit-Protein kompleslerini iin kristalografi
1989 Sidney Altman

Thomas Robert Cech
RNAnn katalitik aktivitesinin kefi
1993 Kary Banks Mullis

Michael Smith
Polimeraz Zincir Reksiyonu (PCR) kefi

Blgeye zel mutajenezis
1997 Paul D. Boyer

John E. Walker)
Jens C. Skou
ATPnin sentezinde enzimatik yn
2003 Peter Agre

Roderick MacKinnon
Hcre membranlarnda su kanallarnn

(aquaporinler) kefi
2004 Aaron Ciechanover

Avram Hershko
Irwin Rose
Ubikuitin ile salanan protein ykm
2006 Roger Kornberg
yon transfer eden enzim (Na+/K+-ATPaz)
Nukleozomun kefi, Kromatin yap,

karyotlarda transkripsiyon mekanizmas
229
NOBEL DLLER
2007 Gerhard Ertl
Kat-gaz ara yzndeki temel molekler olaylar
2008 Osamu Shimomura

Martin Chalfie
Roger Y. Tsien
Yeil floresan proteinin (GFP) kefi
2009 Venkatraman Ramakrishnan

Thomas A. Steitz
Ribozom yap ve ilevinin kefi
Ada E. Yonath
230
EKLER
Metrik sistem
Metrik sistem, bilim dnyasnca kabul edilen lm-tartm sistemidir. Burada mil, yard, fit ve in
gibi uzunluk lleri birimleri yerine km, m, cm, mm gibi birimler kullanlrken, galon, Onz, libre gibi
arlk ve hacim birimleri yerine litre, mililitre, kg gibi birimler kullanlr. Bizlerin metrik olmayan
sistemi bilmemiz gerekmez. Ancak, metrik sistemin birimlerini ve bu birimlerin biribirine
evrilimini bilmemiz gerekir. Biyolojide ve genel olarak dier bilimlerde hem byk ve hem de
kk niteler kullanlr. r. Tipik bir hcre byklnden bahsederken mikronmetre (m) ve
molekller aras mesafeden bahserken Angstrm() terimlerinden bahsedilir. Dolays ile bu
terimlerin ka cm, mm veya metreye denk geldiini bilmemiz gerekir (Angstrm, nanometrenin
1/10u bir birimdir).
Faktr Sembol n ek
Faktr Sembol n ek
10-1
desi
101
da
deka
10-2
santi
102
hekto
10-3
mili
103
kilo
10-6
mikro
106
mega
10-9
nano
109
giga
10-12
piko
1012
tera
10-15
femto
1015
peta
10-18
atto
1018
ekza
10-21
zepto
1021
zetta
10-24
yokto
1024
yotta
Tablo aklama: burada verilen uzunluk birimleri metre (m) ile kyaslanmlardr. r. 1 desi (d)
metre= 0.1 metre. Bilimsel notasyonla 0.1in 10-1 eklinde sterildiini hatrlaynz. Yine, burada 1
nanometre= 10-9 m. kinci sutunda ise metreden byk birimler verilmitir. r. 1 deka metre (da)=
10 m olup bilimsel notasyonla bu 101 eklinde gsterilir.
1 Kilometre (km) (k, veya km) 1000
veya 103 m.
231
EKLER
Metrik sisteme evirme

Metrik sistemden ngiliz sitemine
ngiliz Sisteminden Metrik sisteme
Faktr ile
arp
Elde edilen
birim
ngiliz
sistemi
Faktr ile
arp
Elde edilen
birim
Santimetre (cm)
0.0394
2.54
Santimetre (cm)
Metre (m)
3.28
Fit (ayak)
Fit (ayak)
0.0305
Metre (m)
Metre (m)
1.094
Yard
Yard
0.9144
Metre (m)
Kilometre (km)
0.621
Mil (kara)
Mil (kara)
1.5609
Kilometre (km)
Kilometre (km)
0.540
Mil (deniz)
Mil (deniz)
1.853
Kilometre (km) (
Millimetre (m)
0.039
25.40
Millimetre (m)
Santi metre kare

(cm2)
0.1550
n kare
n kare
6.45
Santi metre kare

(cm2)
Metre kare (m2)
10.76
Fit kare
Fit kare
0.0929
Metre kare (m2)
Metre kare (m2)
1.196
Yard kare
Yard kare
0.836
Metre kare (m2)
Santi metre kp
(cm3)
0.610
Kbik in
Kbik in
16.39
Santi metre kp
(cm3)
Metre kp (m3)
35.3
Kbik fit
Kbik fit
0.0283
Metre kp (m3)
Metre kp (m3)
1.308
Kbik yard
Kbik yard
0.765
Metre kp (m3)
Mililitre (ml)
0.0338
Ons (sv)
Onz
29.6
Mililitre (ml)
Litre (l)
0.264
Galon
Galon
3.79
Litre (l)
Gram (g)
0.0353
Ons (kat)
Onz (kat)
28.4
Gram (g)
Kilogram (kg)
2.20
Paund (libre)
Paund(libre)
0.454
Kilogram (kg)
Metrik sisitem
Uzunluk
Alan
Hacim (volm)
Arlk
232

Hacim (volm) lme
Volum uzunluk birimlerinden elde edilir. Uzunluk tek boyuttan, alan iki boyuttan oluurken, hacim
boyuttan oluur:
233
EKLER
234
Biyolojide hacim (V)
Eni, boyu, ykseklii 1er cm olan bir kpn hacmi (V) 1 cm3 tr. Biyolojide daha ok svlarn
volumleri ile ilgilendiimizden cm3 ou zaman mililitre (mL) veya salk bilimlerinde cc (kubik cm)
olarak kullanlr. Bir ml litrenin 1/1000i bir hacimdir. Tipik bir hcrenin hacmi birka
mikronmetre3 (m3) kadardr.
235
EKLER
Bilimsel Notasyon
Bilim insanlar ou zaman ok byk veya ok kk yaplarla urarlar. Bu nedenle ok byk
veya ok kk rakamlar kullanmak kanlmazdr. r. Bizler gibi biyolojik bilimlerle uraan
insanlar metrenin milyonda biri olan hcrelerle urarken, bir astronum genellikle milyar yldz
veya milyarlarca k yl uzaktaki bir gk cisminden bahseder. Ksaca, bilim adamlar hem ok
byk ve hem de ok kk rakamlarla uramak zorundadrlar. Bu nedenle bilim adamlar byle
rakamlar bilimsel notasyon denen bir dzenleme ile gsterirler. Bylece, yazlmas ve ilem
yaplmas zor rakamlar daha kolay bir kullanma kavuturulur.
Bilimsel notasyon, ok byk veya ok kk rakamlarn 10 ss eklinde ifadesidir. Byle bir
gsterimde say, mantis (M) ve 10n olmak zere iki ksmdan oluur ve M x 10n eklinde ifade edilir.
M (mantis) 1 ila 9 arasnda bir tam say iken, n herhangi bir say olabilir. r. dnyamzn ekvatordan
evresi= 40,000,000 m. Bilimsel notasyonla gsterim iin 4tten itibaren saydmzda 7 basamak
sayarz. Dolays ile 40,000,000 (40 milyon)un bilimsel notasyonla daha ksa gsterimi 4 x 10 7 m
eklindedir. Dier bir rnek verirsek, ipik bir bakteri 0.000001 m byklndedir. Burada da yine
noktadan itibaren rakamlar saydmzda 6 olduunu bulur ve bylece 1 x 10-6 m eklinde ifade
edebiliriz.
Bu iki rnek arasnda dikkat edilmesi gereken ey, 1den byk saylaran bilimsel notasyonunda 10
ss pozitif bir say iken, 1 den kk rakamlrda bu negatif bir saydr:
1= 100
10=101
100 = 102
1,000= 103
10,000 = 104
100,000= 105
1,000,000= 106
10,000,000= 107
100,000,000= 108
1,000,000,000= 109
0.000000001 = 10-9
0.00000001 = 10-8
0.0000001 = 10-7
0.000001 = 10-6
0.00001 = 10-5
0.0001 = 10-4
0.001 = 10-3
0.01 = 10-2
0.1 = 10-1
1 = 100
Hesap makinenizle sl saylar nasl yazarsnz?

10un herhangi bir ssn girmeniz iin hesap makinesinde mantisten sonra EXP veya dier baz
makinelerde EE tuuna basnz.r. 3.2x104 yazmak iin, 3.2EXP4 yazarsnz. Sonu dmesine
bastnzda 32000 deerini grrsnz. Bu rakamn sl halini merak ediyorsanz ENG dmesine
bastnzda 32 03 deerini okursunuz ki bu deer 3.2x104 anlamna gelir. Hesap makineleri
genellikle x10 ksmn gstermezler.
Bilimsel notasyonda nokta (.) ve virgl (,) iaretinin nemi
Gnlk hayatmzda yapm olduumuz gsterimlerde nokta ve virgl ou zaman biri birinin
yerine kullanlr. r. Halk iin 1,000 TL ile 1.000 TL arasnda gsterimde bir fark yoktur ve her ikisi
de BN Trk Lirasn ifade eder. Ancak bilimsel anlamda bu her iki deer biri birinden olduka
farkldr: 1,000 TL Bin Trk Liras anlamna gelirken, 1.000 TL Bir Trk Liras anlamna gelir.
Dolays ile verilerimizi gsterirken bu eit bir ayrm gzetmemiz gerekir. r. 1,554.7 Litre 1554.7
litre (bin be yz elli drt nokta yedi litre) anlamna gelirken 1.554 Litre, yaklak bir buuk litre
(1.5 L)yi ifade eder (veya tam olarak 1.5547 L).
236

Bilimsel Notasyonla Gsterilen Saylarla Drt lem
Bilimsel notasyonda sl saylarn arpm: (N x 10x) (M x 10y) = (N) (M) x 10x+y
rnek: 3 x 104 ila 1 x 102 saysn arpm?.
(3 x 104) (1 x 102),
3 x 1=3
(104) (102) = 104+2 = 106
3 x 106
rnek: (4 x 103) (2 x10-4)= ?
8 x 103+(-4) = 8 x 10-1 veya 0.8
Bilimsel notasyonda sl saylarn blnmesi: N x 10x / M x 10y = N/M x 10x-y
rnek: 6 x105 / 2 x102 = ?
6/2 = 3
105 / 102 = 105-2= 103
3 x 103 veya 3,000
rnek: 8 x 10-3 / 2 x 10-2= ?
8/2=4
10-3 /10-2= 10-3-(-2)
4 x 10-1 veya 0.4
Bilimsel notasyonda sl saylarn toplanmas: (N x 10x) + (M x 10x) = (N + M) x 10x
rnek: (2.3 x 10-2) + (3.1 x 10-3)= ?
Burada saylarn slerinin eit olmadn gryoruz. Bu nedenle, ya birinci sayya ait -2 ss -3 ya
da ikinci sayya ait -3 ss -2ye evrilmelidir. Bu rneimizde ilk saynn -2 ssn -3 yapmamz
iin 2.3 x 10-2 deerini 23 x10-3 eklinde yazabiliriz. Bylece,
(23 x 10-3) + (3.1 x 10-3) = (23 + 3.1) x 10-3 = 26.1 x 10-3 veya 0.0261
rnek: (2.3 x 102) + (3.1 x 103)= ?
(0.23 x 103) + (3.1 x 103)
3.33 x 103 veya 3,330
Bilimsel notasyonda sl saylarn karlmas: (N x 10y) - (M x 10y) = (N + M) x 10y
rnek: (4.2 x 104) - (2.7 x 102) = ?
2.7 x 102= 0.027 x 104
4.2-0.027= 4.173
4.173 x 104
rnek: (4.2 x 10-4) - (2.7 x 10-2) = ?
270 x 10-4- 4.2 x 10-4 = 265.8 x 10-4 veya 2.658 x 10-2 veya 0.02658
237
EKLER
Proteinlerin yapsna giren amino asitler ve baz zellikleri
238
239
EKLER
Biyolojide yaygn kullanlan baz konsantre (deriik) asit ve bazlarn zellikleri
Biyolojide nemli tamponlar
240
241
EKLER
Nkleik asit ve proteinlerin elektroforetik ayrlmlar
Protein standartlar (markrler)

Protein
Molekler byklk
alfa-laltalbumin
14,400
Tripsin inhibitr
20,100
Karbonik anhidraz
30,000
Ovalbumin
43,000
Glutamat dehidrogenaz
53,000
Albumin (BSA)
67,000
Transferrin
76,000
Fosforilaz b
94,000
beta-Galaktozidaz
116,000
Laktat dehidrogenaz
140,000
alfa-2-Makroglobulin
170,000
Miyozin
212,000
Katalaz
232,000
Ferritin
440,000
242

Bir BYOLOG iin Elementlerin Periyodik Cetveli
EKLER
Biyolojide nemli elementler
244
Biyolojide kullanlan baz semboller (Yunan Alfabesi)
245
EKLER
In Fiziksel zellii
Santrifgasyonda rpm ve g evrilimi
246
247
TERMLER
Biyokimya ve Molekler Biyolojide nemli Baz Terimleri

Abiyogenez
Tm canllarn hayatn balangcnda cansz
maddelerden olutuunu kabul eden teori
ABO kan (grubu) tiplemesi
Krmz kan hcrelerinin yzeyindeki
proteinlere (A, B ya da bunlarn
yokluunda) dayanarak bir bireyin kann
karakterize etme (tanmlama) metodu
Absisik asit (ABA)
Tomurcuk ve tohum dormansisini (uyku
hali) indkleyen ve gzenekleri (stomalar)
kapatan bitki hormone
Absolut
Saf, katksz (r. Absolut alkol)
Absorbans
A; Bir madde veya solsyonun
elektromanyetik radyasyonu absorbe
(sourma) etmesinin lm
A10 = log (Io/I) = log T-1)
Adaptr hipotezi
lk kez Crick tarafndan ileri srlen, protein
sentezi srasnda her bir amino asitin uygun
(adaptr) bir tRNA ile mRNA kalbna
tanmas. Bu hipotezin doruluu tRNA
kefedildikten sonra kantlanmtr
Adenine
Nkleik asitin azot ieren baz bileii. Bu
bileik DNAda timin (T)le RNAda ise urasil
(U) ile baz ifti oluturur
Adrenal medulla
Adrenal (bbrek dt) bezin i ksm.
Epinefrin (adrenalin) ve norepinefrin
(noradrenalin) salglar
Akrilamid
CH2=CH-CONH2; suda eriyebilen olduka
toksik ve UV kla veya kimyasal bir
katalizrle poliakrilamide polimerize olan
kimyasal madde (jel elektroforezindeki
balca bileen)
Akrosentrik
Sentromeri uca yakn kromozom
Akrolein testi
Gliseroln kantitatif tayini; kat potasyum
hidrojen fosfat ile stma sonucu akroleinin
oksidatif dehidrasyonuna dayanr
Akrozom
Bir spermatozoonun ba ksmnda asit
hidrolazlarla dolu ve fertilizasyon srasnda
yumurta membrann eritmeden sorumlu
yap
Aksiyon potansiyeli
Uyarlm bir hcrenin dinlenme
durumundaki membran potansiyelindeki
ani deiim
Akson
Nronlarn sinyal iletici blgesi
ADH
Antidiretik hormon: suyun dengesini
korumaya yardmc olan hipotalamus
hormonu
Aktif tama
Belli bir zcy bir membrandan karya
konsantrasyon gradiyentinin tersi ynnde
tanmas. Bu olay membran iindeki tayc
proteinlerin vastasyla ve enerji (ATP)
harcanarak gerekleir
Adrenal korteks
Adrenal (bbrek st) bezin d ksmdr.
Kortizol ve aldosteron salglar
Aktin
Bir sarkomerdeki kaln filamentlerin asl
bileeni olan sitoplazmik iskelet proteini
248
Aktinin
Hem Z ve hem I bandnda bulunan kas
proteini
Aktivasyon enerjisi
Bir reaksiyonun balamas iin gerekli olan
minimum enerji miktar: enzim aksiyonu bu
enerji seviyesini drr
Aktivatr
Bir hcrenin aktivitesini arttran dzenleyici
protein ( rnein; gen transkripsiyonu)
Albmin
Karacigerde sentezlenen ve toplam kan
proteirlerinin % 60'n oluturan nemli bir
plazma proteini
Aldehit
Karbon zincirinn sonunda -CHO grubu, yani
karbonl grubu bulunan organk bileikler
Aldosteron
Adrenal korteks hormonu. Bbreklerden
sodyumun yeniden absorbsiyonunu salar
Alel
Mutasyonla ortaya kan bir genin bir ya da
daha fazla molekler formlarndan biridir ve
ayn zelliin farkl versiyonlarn belirtir
Alerji
Bir allerjene ar duyarllk
Alfa sarmal (alfa-sarmal)
Polipeptid zincirlerinde dzenli aralklaral
tekrar eden H-balar. Beta-tabakalrla
birlikte proteinlerin ikincil yapsna katkda
bulunan en nemli yap
Alkilleyici ajan
Biyolojik bir moleklde bir hidrojen atomu
ile bir alkil (doymu organik) grubunun yer
deitirmesini salayan maddedir
Alkolik fermentasyon
Oksijensiz ATP oluturan yolu. NADH
elektronlarn asetaldehite transfer eder ve
etanol oluur. Reaksiyonlar glikolizde
oluan piruvatla yeniden balar ve NAD +

tekrar ortaya kar. Net kazan: 2 ATPdir.
Allantois
Srngenler, kular ve baz memeli
embriyolarnn metabolik atklarn
depolayan ve gaz deiimini salayan
ekstaembriyonik membran. nsanlarda bu
plesantal kan damarlarn ve idrar kesesini
oluturur.
Allerjen
Yangya, ar mukus salglanmasna ve
sklkla hassas kiilerde immn cevaba
sebep olabilen normalde zararsz bir madde
Allosterik enzim (allosterik protein)
Genellikle birden fazla alt nitesi olan ve
birka eitte substrat (ligand) balayan
enzim (protein). Bir blgeye bir substrat
(ligand)
balanms,
dier
blgeye
balanmay
etkiler.
Bu
enzimler
(proteinler)in aktivite kinetikleri normal MM kinetiine uymaz.
Allotip
Baz protein veya antijenlerle tanan
zellikler
Allozim
zel bir alel tarafndan retilen herhangi bir
enzim
Alkol fermentasyonu
Anaerobik artlarda glikoliz yoluyla
glukozun etanole dnm
Alu dizisi
Alu tekrarlar. nsan ve fare genomunda 300
baz ifti uzunluunda ve her 5000 kbda bir
tekraralanan ve AluI restriksiyon enzimleri
ile kesilen diziler
Alveol
Bronlardaki fincan eklideki keselerdir ki
burada gazlar, kan ve dokular arasnda sv
deiimini salar
249
TERMLER
Amfibolik yol
Hem katabolizma ve hem de anabolizma
yn olan
metabollk yol
Amfipatik molekl
Hem polar hem de polar olmayan blgeler
ieren molekl (r. Fosfolipidler)
Amfolit
Hem asit ve hem de baz gibi davranan
madde
Amfoterik molekl
Br asit veya baz glbi davranabilen proton
alp verebilen molekl
Amino asit
Bir amino grubu ( NH2 ), bir karboksilik asit
grubu ( COOH- ) ve ayn karbon atomuna
kovalent bala bal bir yan grup ieren
organik bir bileiktir. Proteinlerin alt
niteleri
Amniyon
Embriyonun d membrandr: amniotalarn
(amniyotik yumurtallarn) embriyolarnn
geliiminin olduu bu yer svyla dolu bir
keseyle kapldr
Amonifikasyon
Azot dngsnde, azotlu atk ve kalntlarn
toprak funguslar ve bakterileri tarafndan
bitkilerin absorbe edebildii amonyak
bileenlerne evirilmesi
Anabolit
Anabolizmann herhangi bir rn
Anabolizma
Daha basit ncl maddeler
(prekrsrler)den daha kompleks hcre
bileenlerinin yapm. Endergonik tabiatl
olan bu reaksiyonlar iin enerji (ATP)
harcanr
Anafaz
Her bir kromozomun karde
kromatidlerinin kar kutuplardaki i
ipliklerine doru hareket ettii mitoz
safhasdr. Mayozda ise anafaz I (mayoz)

srasnda, kopyalanm her bir kromozom
ve onun homolou kar kutuplara hareket
eder. Anafaz II srasnda, her bir
kromozomun karde kromatidleri kar
kutuplara doru hareket eder.
Anaplerotik reaksiyon
Krebs dngs ara rnlerinin eksikliinde,
bu maddelerin yapmn kataize eden
reaksiyonlar
br reaksiyon.
Androjenler
Erkek karakterlerinin gelimesini saglayan
19
karbonlu steroidlerden herhangi biri (r.
Testosteron)
Anhidrit
zellikle asit gibi bir maddeden bir molekl
su
karlmasyla elde edilen kimyasal bileik
Anemi
Krmz kan hcrelerinin miktarndaki
yetersizlik yada ekil bozukluuyla
sonulanan dzensizlik
Anomerler
Karbonil karbon atomunun farkl
konumundan kaynaklanan eker
stereotzomerleri
Anoploidi
Hcrede, normal kromozom saysna gore az
ya da fazla sayda kromozom bulunmas
Antibiyotik
Mikroorganizmalarn zellikle de
bakterilerin geliimini engelleyen ya da
onlar ldren doal ya da sentetik kimyasal
ajanlar
Antijen
Bir immn cevaba neden olan organizman
yabancs olduu kimyasal madde
Antijen-sunucu hcre
Antijeni
paralayabilen ve onu yzeyindeki zel
250

algalara baalayarak baklk sisteminin
dier hcrelerine sunan (rnein; makrofaj,
dendritik hcre yad a B hcres) hcreler
Antikodon
tRNAdaki nkleotidli baz serisi : bir
mRNA kodonuyla baz ifti oluturabilir
Antikor
B hcreleri tarafndan Antijen-balayc
reseptr oluumu ve salglanmas
Antioksidan
DNA ya da dier yaamsal molekllere hasar
veren serbest radikalleri ntralize edebilen
enzim ya da kofaktr
Antosiyanin
Krmzdan maviye fotosentetik yardmc
pigmenti
Anyon-deitirici kromatografi
Anyonlarn kromatografk ayrmnda
kullanlan, katyonik gruplarn bal olduu
polimerik matriks (reine) sistemi
Apoprotein
Konjuge protein veya protein kompleksinin
protein ksm
Apoptoz (apotosis)
Programlanm hcre lm
Ardk (tandem) tekrarlar
Bir kromozomda biri biri ardna tekrarlanan
ksa DNA dizileri. DNA parmak izinde (DNA
fingerprinting) kullanlr
Arkeik
Prokaryotik organizmalarn evrimsel olarak
farkl bir grubu
Arkeyan
Yaamn ortaya kt ok uzun zaman
dilimi (yaklak 3-4 milyar yl nce)
Acetil coenzyme A
Asetil-CoA; Slfidril grubu asetilenmi bir
koenzim A trevi
Asit
Dier zgenlere ya da su molekllerine H+
iyonu veren znm herhangi bir madde
Asit anhidrid
ki asitin asidik gruplarndan suyu yapan
bileenlerin (H+ ve OH-) ayrlmas sonucu
oluan herhangi bir bileik
Asit-baz dengesi
Ekstraseller svnn ok asidik ve ok bazik
olmadnn ifadesi, znm iyonlarn
konsantrasyonlarn kontrol eden bir sonu
Atom
Olaan yntemlerle paralanamayan,
uzayda yer kaplayan ve bir ktleye sahip
maddenin temel birimi
Atom says (numaras)
Bir atomun ekirdeindeki protonlarn
saysdr: bir elementi tanmlar
ATP
Adenozin trifosfat : adenin, riboz ve l
fosfat gruplarndan olumu nkleotitdir:
Hcrelerdeki asl enerji taycs
ATP sentaz
ATPnin oluumunda bir enzim olarak rol
oynayan membrana bal aktif tama
proteini
ATP/ADP dngs
Fosfat grup tayclar araclyla ATP ve
ADPnin biribirlerine dnm ekilleri
Ayrtrclar
Organizmalarn kalntlardan, rnlerden ya
da atklarndan karbon ve enerji elde eden
heteretrof bakteri ya da funguslar
Azot dngs
Azotun atmosferden okyanus, sediment,
toprakr, besin zincirine ve sonra tekrar
atmosfere geri dnd dng
Azot fiksasyonu
Azot gaznn, bitkilerin topraktan alabilecei
formlara dntrlmesi (baz bakteriler
azot balar)
251
TERMLER
B hcresi
B lenfositlere baknz
B lenfosit
Antikor moleklleri salglayan beyaz kan
hcreler. Plazma hcreleri olarak da
adlandrlr.i
Baklk sistemi
Belli tehditlere kar antijenleri tanyp
balayan vcut sistemi
Bakteri
Prokaryotik organizmalarn en yaygn ve
farkl grubu
Bakteriyal konjugasyon
Plazmit DNAsnn bir prokaryotik hcreden
dierine transferi
Bakteriyofaj
Bakterileri enfekte eden bir virs
Baz
Suda zndnde H+ iyonlarn alan
herhangi bir madde. Ayrca nkleik asitlerde
azotlu bileen
Bazal gvde
Sil yada kamnn zerinde olutuu bir
organeldir: sentriole benzer
Bazal metabolik hz
Yemekten uzun sre sonra bir bireyin
dinlenme halindeki oksijen tketim hz
Bazofil
Yang esnasnda hzlca histamin salglayan
beyaz kan hcreler
Besin a
Besin zincirlerinin karlkl balantlar
Besin pramidi
Salkl bir diyeti meydana getiren farkl
besinlerin oranlarn gsteren emalar
Besin zinciri
Birincil reticiler (ototroflar) tarafndan
tutulan enerjinin, ekosistemin daha yksek
besin seviyelerine doru dorusal ak
Beta dn
Polipeptitin kendi zerinde geri dnmesi
iin
sk bir dn iinde dzenlenmi drt
amino asitten ibaret polipeptitlerdeki ikinc
yaplardan biri
Beta-tabakalar (beta krmal tabaka)
Polipeptid zincirleri arasnda paralel veya
ant-paralel olarak kurulan H-balar. Alfasarmallarla birlikte proteinlerin ikincil
yapsna katkda bulunan en nemli yap
Beyaz kan hcresi
Lkosit. Spesifik olmayan savunma, basit
konak savunmas ve kazanlm
baklkta grev yapan bir kan hcresi tipi
(r eozinofil, ntrofil,makrofaj ve lenfosit)
Biyojeokimyasal dng
Canl nesneler araclyla evresel
haznelerden elementin canl sistemlere ve
oradan tekrar evreye geri dnmesi
Biyolojik saat
tempo lm mekanizmas: evresel
deiikliklere kar vcudun gnlk ve
mevsimsel aktiviteleri ayarlamas
Biyoluminesans (biyo nm)
Canl bir organizma ile floresan n
retilmesi
Biyomas (biyoktle)
Bir ekosistemdeki tm organizmalarn
toplam arl
Biyopterin
Pterinden elde edilen ve oksidasyon
redksiyon reaksiyonlarna katlan
enzimatik bir kofaktr
Biyosfer
Organizmalarn yaad dnyann su, kabuk
ve atmosfer blm
252

Biyotin
Karboksilasyon reaksiyonlarnda enzimatik
kofaktr
olarak rol oynayan suda eriyen bir vitamin
Blastomer
Hayvan zigotunun blnmesi srasnda
ekillenen ekirdekli hcrelerden kk
olanlar
Blastosit
Erken memeli geliim basama: sv dolu
bir boluu evreleyen iki tabakal hcreler
Blastula
Blnmenin erken rn: Sv dolu boluu
kuatan blastomerlerin bir tabakas
C3 bitkisi
Karbon fiksasyonunun ilk basamanda
karbonlu PGA (fosfogliser aldehit)i
oluturan bitki
C4 bitkisi
Karbon fiksasyonunun ilk basamanda drt
karbonlu okzaloasetat oluturan bitki
Calvin-Benson dngs
Fotosentezin a baml olmayan
dngsel reaksiyonlardr. ATP ve NADPH
kullanlarak CO2 den ekerler oluturulur
Geometrik izomerler
znen (solut)
Bir zeltide znm her hangi bir madde
Dalga uzunluu
Hareket halindeki enerjisinin dalga ekli. ki
ardk dalgann en d noktalar arasndaki
yatay uzaklk
Dalton
Tek bir hidrojen atomunun arl (1/6.02 x
1023= 1.66 x 10-24 g)
Delesyon
Bir kromozom segmentinin kaybdr. Bir
DNA moleklnn bir ya da daha fazla
baznn kaybolmasna neden olan bir
mutasyon
Denatrasyon
Bir proteinin ya da baz dier kompleks
molekllerin boyutlu yapsnn hidrojen
balarnn krlmasndan dolay zlmesi
(bozulmas)
Dendrit
Bir nronun hcre gvdesinden kan ksa,
ince uzants: Sinyal giri blgesi
Dendritik hcre
Antijen sunucu beyaz kan hcresi tipidir
CAM bitkisi
C4 yolunun tekrar-tekrar dnmesiyle
karbonu fikse edipen, stomalarn sadece
geceleri aarak suyu tasarruf eden bitkiler
Denitrifikasyon
Belli baz toprak bakterilerinin nitrit ya da
nitrat gaz halindeki azot (N2) ve azot dioksit
(N2O) evirmesi
CD4 Lenfosit
HIVi balayabilen bir reseptre sahip beyaz
kan hcresi (rnein; T hcresi)
D iskelet
D iskelet (rnein; sertlemi artropod
epidermi)
cDNA Revers transkriptaz enzimini

kullanarak bir mRNA zincirinden DNAnn
oluturulmas
Difzyon
Benzer molekllerin ya da iyonlarn
konsantrasyonlarnn az olduu tarafa
doru net hareketi
ift kutuplu mitotik i

Mitoz ya da mayoz srasnda hassas biimde
kromozomlarn hareketini salayan
mikrotbllerin dinamik dizisi
cis ve trans izomerler
Diploid
nterfazdaki bir hcre ekirdeinde
kromozomun her tipinin ift sayda olmas
253
TERMLER
durumu (rnein; homolog kromozom
iftleri)
Dipol
Atomlar (gruplar) evresinde, eit olmayan
br ekilde dalm, elektrik ykne sahip
olan, su gibi moleklleri tarif etmek iin
kullanlr; hem pozitif hem de negatif yke
sahip bir molekl
Diprotik asit
ki tane ayrlabilen protona sahp bir asit. r.
karbonik asit, bikarbonat, glisin
Disakkarid
Yaygn bir oligosakkariddir; kovalant bala
bal ki eker monomeri
Dissosiasyon sabiti
ki veya daha ok biyomolekl komplekinin
bileenlerine ayrlmas iin gereken denge
sabiti (Kd). r. bir enzimden bir substratn
ayrlmas. Konjge baz ve protona ayrlan
br asidin dissosasyon sabiti (Ka)
DNA
Deoksiribonukleik asit.Tm yaayan
organizmalar ve ou virsler iin kaltsal
bilginin esas taycs
DNA ipi
Bir cam plaka zerinde DNA spotlarnn
mikrodizisidir; genlerin eksprasyonunun
eklinin aklanmas almalarnda
kullanlr
DNA ligaz
DNA moleklndeki krklar birletiren,
tamir eden enzimdir; Replikasyon boyunca
yeni DNA fragmentlerini balar
DNA parmak izi
DNAnn kiiye zg kesilim profili.
Restriksiyon fragmenti uzunluk
polimorfizmi (RFLP) olarak da adlandrlr
DNA polimeraz
DNAy tamir eden ve replikasyonunu
katalizleyen enzim
DNA replikasyonu
Hcre blnmeden nce DNA
molekllerinin birer kopyalarn
oluturmas
Doal katil hcre
Doal ldrc hcre. Tmor hcreleri ve
virsle enfekte olmu hcrelere dokunupldren lenfositler
Dllenme
Bir sperm ekirdeinin ve bir yumurta
ekirdeinin birlemesidir; sonuta bir zigot
oluur
Doz telafisi
Geliimin ilk basamaklarnda balayan
eeysel hcreler arasndaki gen ifadelerini
dengeleyen kontrol mekanizmas
Duplikasyon
Birka adet, yzlerce, hatta binlerce kez
tekrar eden DNA dizisi
Edinsel (kazanlm baklk)
Daha nce karlam olduklar patojenlerle
veya antijenlere kar T ve B hcre
populasyonularnn etkinliindeki art
ifade eder
Efektr hcreler
mmn cevap esnasnda antijen tayan
ajanlar bulmada ve paralamada grev alan
farkllam lenfositler
Ekzon
mRNAnn protein kodlayan (translasyon)
blgesi
Ekzositoz
keseciin (vazikl) plazma membran ile
kaynap btnlemesi sonucu ieriini
hcre dna salmas
Elektrik gradiyenti
Bitiik alanlar arasnda elektrik yknde bir
farkllk
254

Elektron
Atom ekirdeinin etrafndaki bir orbitali
igal eden, dalga ve partikle olan
benzerliiyle maddenin negatif ykl birimi
Elektron transfer fosforilasyonu
Oksijenli solunumun son aamas;
elektronlar mitokondriyel elektron transfer
zinciri boyunca oksijene kadar akar. Bu ak
ATP oluumunu salayan bir
elektrokimyasal grediyent oluturur
Elektron transfer zinciri
Elektronlar biri biri pei sra alan
membrana bal enzim dizileridir. Az
miktarda enerji salnmn salayarak onun
kullanl halde tutulmasn salarlar
Enzim
Kimyasal bir reaksiyonu hzlandran
proteinin (ya da, nadiren RNA)
Eozinofil
Solucan gibi hcre d parazitlere kar rol
oynayan beyaz kan hcreleri
Epifiz (pineal) bezi
Melatonin salglayan a duyarl endokrin
bezi. Melatonin melanin gibi tirozinden
ancak farkl bir yolla yaplr
Esas amino asit
Bir hayvann sentezleyemedii ve
besinlerden almak zorunda olduu amino
asit
Element
Ayn atom saysna sahip atomlarn tmn
oluturan madde
Esas ya asidi
Bir hayvann sentezleyemedii ve
besinlerden almak zorunda olduu ya asidi
Endokrin sistem
Hormon ve dier kimyasal salglarla sinir
sistemi ile balantl olarak hcre, doku ve
organlar arasndaki integratif sistem
Eey kromozomlar
Belli kombinasyonlarda yeni bireyin eeyini
belirleyen kromozomlar (r X ve Y).
Endoplazmik retikulm
ER. ekirdek zarnda balayan ve sitoplazma
boyunca uzanan organeldir. Dz ER
membran lipitlerini dzenler, ya asitlerini
paralar ve baz toksinleri etkisiz hale
getirir. Sitoplazmik yzeyinde ribozomlara
sahip granll ER yeni polipeptid
zincirlerini modifiye eder
Endositoz
Bir maddenin hcreye alnm; maddenin
etrafnda plazma membran bir kesecik
oluturur
Enerji
yapabilme kapasitesi
Enerji pramidi
Bir ekosistemin besinsel yaplarnn
emasdr; her bir besin seviyesindeki
kullanlabilir enerjiyi gsterir
Eeyli reme
Mayoz, gamet olumu ve dllenmeyle
genetik olarak eitli dllerin retimi
Eik (threshold)
Uyarlabilir hcreler iin (rnein; bir nron
ya da kas hcresi), dinlenme halindeki
membran potansiyelindeki minimum
deiim miktarnn sebep olduu aksiyon
potansiyeli
Etki arttrc (enhancer)
Transkripsiyon dzenleyici moleklleri
balayan DNA daki kk bir dizi
FAD
Flavin adenin dinukleotid. Nukleotid
koenzim; reaksiyonlar arasnda proton (H+)
ve elektron transferi yapar
255
TERMLER
Fenotip
Gen etkileimlerinden ve gen-evre
etkileimlerinden ortaya kan bir bireydeki
gzlenebilir zellik ya da zellikler
Feromon
Hormone-like exocrine gland secretion;
diffuses through air and affects a different
member of the same species. Hormon
benzeri ekzokrin bez salgs; hava ile difze
olur ve ayn trlerin farkl yelerini etkiler
Fotosentez
Organizmalarn gne n kullanarak CO2
ve H2Ou ekerlere dntrd ilem
Fotosistem
Fotosentetik hcrelerde, membrana bal,
yakalayan pigmentler ve dier
molekller kmesi
FSH
Folikl-uyarc hormon. Hipofiz bezinin n
lobundan retilir ve salnr; her iki eeyde
remeyi salayan bir role sahiptir
Fikobilin
Krmzdan maviye fotosentetik yardmc
pigment
Gen
Anne babadan yavruya geen DNAdaki
kaltsal bir zelliin bilgisini tayan birim
Fitokrom
Ia duyarl bir pigment. Bu pigmentin
kontroll aktivasyonu ve inaktivasyonu
byme, dallanma ve ieklenme gibi birok
bitki aktivitesini dzenler
Gen kontrol
Spesifik bir genin neden, nasl ve ne zaman
ve kullanlcana karar veren molekler
mekanizma
Floem
ekerleri, znm maddeleri vaskler
(damarl) bir bitki boyunca tayan
kompleks bir doku
Fonksiyonel grup
Karekteristik zellikleriyle bir organik
bileiin karbon iskeletine kovalent bala
bal bir atom yada atom grubu
Fosfolipit
Bir fosfat gruplu lipid. Biyolojik
membranlarn esas yap birimi
Fosfor dngs
Fosforun topraktan besin zinciri vastasyla
okyanus sedimentlerine sonrada tekrar
topraa dnmesi
Fosforilasyon
Bir fosfat grubunun enzim araclyla
molekller arasnda transferi
Fotoreseptr
Ia duyarl sensr hcreler
Gen ktphanesi
Bir genomun ounu ya da tmn ifade
eden klonlanm DNA fragmentlerini ieren
konak hcreler kolleksiyonu
Gen lokusu
Bir genin kromozomdaki yeri
Gen mutasyonu
Bir protein rnnde deiiklikle
sonulanabilecek, genin nukleotid
dizisindeki kk lekli deiim
Genetik bozukluk
Birinin genetik materyalindeki kaltsal
arzadr; ciddi salk sorunlarna neden
olabilir
Genetik kod
DNA daki (daha sonra mRNAdaki) l
nkleotidler (kodonlar) ve kendilerine zg
amino asitleri balayp ribozoma tayan
tRNAlarn l nkleotidleri (antikodon) ile
kodonlar arasndaki baz ifti oluumu ve
polipetid zinciri yapm ile sonulanan
olaylar dizisini tanmlamak iin kullanlan
terim
256

Genetik mhendislii
Bir organizmann DNAsnn
manipulasyonudur, fenotip bakmndan
genellikle en az bir deiimi amalar
Genom
Bir trdeki haploid saydaki kromozom
setindeki tm DNA (r. nsann her
hcresinde iki genom vardr; bir anneden
dieri babadan)
Genomik
nsan ve dier organizmalarda gen ve gen
fonksiyonlarnn almas
Glikoliz
Glukozun iki piruvat moleklne yklmas.
Aerobik solunum ve fermentasyonun ilk
basama
Gnlk ritim (sirakdiyen ritim)
Yaklak 24 saat sresi uzunluundaki
dngde tekrar eden biyolojik aktivite
Hafza hcresi
mmn cevap srasnda oluan B yada T
hcresidir; kinci bir immn cevaba kadar
dinlenme faznda kalr ve daha kuvvetli bir
cevapla ortaya kar
Hidrofobik madde
Suda znmeye direnli polar olmayan
molekl(ya ve petrol gibi)
Hidrojen ba
Kovalent bala bal hidrojen atomu ile
negatif ykl farkl bir atom (rnein;
oksijen, flor ya da azot) arasndaki
molekller etkileim (r. Iki su molekl
biri birine hidrojen ba ile balanr)
Hidroliz
Bir molekln paraland enzimatik bir
krlma reaksiyonudur ve suyun bileenleri
(OH- ve H+ ) fragmentlerin her birine
balanr
Hidrolojik dng
Gne enerjisi yardm ile suyun
okyanuslardan atmosfere buharlamas,
yamur olarak topraa yamas ve ordan da
tekrar deniz ve okyanus gibi su ortamlarna
geri dnmesi ile sonulanan su dngs
Hipertonik zelti
ki solsyondan veya svdan daha yksek
znen konsantrasyonuna sahip olan
Haploid say
Trn karekteristik kromozom tiplerinden
her birinin bir adet bulunmas
Hipofiz (pituitar) bezi

Dier bezler ve organlarn kontrol iin
hipatalamusla etkileim iinde olan
endokrin bezi
Hem grubu
Oksijeni tersinir balayan demir ieren
fonksiyonel grup
Hipotonik zelti
ki solsyondan veya svdan daha dk
znen konsantrasyonuna sahip olan
Hemoglobin
Krmz kan hcrelerindeki solunum
proteini; drt polipeptid zinciri ve drt hem
grubundan oluur
Histamin
Bir immn cevap srasnda mast hcreleri
tarafndan salnan kimyasal; yang ve dier
alerji belirtilerine katkda bulunur
Heterotrof
Organik bileiklerini kendisi yapamayan
organizma; ototroflarla, dier
heterotroflarla ya da organik atklarla
beslenirler
Homeostasis
Hcre aktiviteleri iin i evrenin kimyasal
ve fiziksel ynlerden uygun iinde
bulunmas
257
TERMLER
Homeotik gen
Temel genlerin snfndan biridir;
embriyonik geliim boyunca vcut
ksmlarnn belirlenmesine yardm eder.
Homolog kromozom
Kromozomlarn iftinden biri; boyut, ekil
ve gen dizileri ayndr, her biri farkl bir
ebeveynden kaltsal olarak geer. Farkl
eey kromozomlar da homolog olarak
dnlr
Horizontal gen transferi
Konjugasyon ya da dier ilemlerle ayn
veya farkl hcreler arasnda genetik
materyalin hareketi
Hormon
Vcudun bir ksmnda oluturulan, dier
ksmnn zerinde rol oynayan kimyasal
sinyal molekl; Hayvanlarda endokrin
bezlerin, endokrin hcrelerin ya da
nronlarn bir rndr. Bitkilerde primer
srgn ya da kk hcrelerinin bir rn
Hcre
Kendi kendine oalabilen ve canl kalma
yeteneindeki en kk canl birim
Hcre d sv
ou hayvanda svnn hepsi hcrelerde
bulunmaz; plazma (kann sv ksm) art
dokular arasndaki svy ifade eder
Hcre dngs
Bir hcre blnmesinden dierine
gerekleen olaylar dizisi. Bir dngy
interfaz, mitoz ve sitoplazmik blnme
oluturur
Hcre duvar
ou hcrenin plazma membrann kuatan
yar sert, geirgen bir yap: hcrelerin
eklini ve biri biriyle olan ilikilerinin
korunmasna yardm eder
Hcre farkllamas
Hcre soylarnn seici olarak aktive olan
genlerle yap ve fonksiyonda zellemye
gitmeleri
Hcre kabuuAktin filamentleri ve plazma

membrannn hemen altndaki dier
proteinlerin boyutlu birleimi
Hcre pla
Blnen bir bitki hcresinde, disk eklinde
bir yap olup hcre duvar ve duvarn her iki
yannda hcre membran bulunduran yap
Hcre teorisi
Tm organizmalarn hcreler olarak
adlandrlanb benzer birimlerinden ibaret
olduu dncesi
Hcreler aras (interstitial) sv
Hayvan hcreleri arasnda ve dokular
arasndaki hcre d sv
Hcreler aras kprler
Bitiik hcrelerin fiziksel, kimyasal yada her
ikisi bakmndan etkileimde olduu bir
blge
iskelet
Omurgallarn kemik ve kkrdakl i
omurgas; destek ve vcudu hareket iin
iskelet kaslaryla alr
kincil mesajc
Dardaki bir hormonal sinyale araclk eden
hcre iindeki molekl (r, cAMP ve GTP)
lk (birincil) immn cevap
Beyaz kan hcrelerinin ilk kez antijenle
karlamasyla ortaya kan savunma
biimi. Antikor ve hcresel bakl ierir
mmnoglobulin
Antikor proteinlerinin be snfndan biridir.
( rnein; IgG)
insan gen terapisi
Genetik bir hasar onarmak ya da bir
hastala direnci arttrmak iin bir insana
normal ya da deitirilmi genlerin transferi
nsersyon
Bir DNA ipliine bir veya birka bazn
eklenmesini ieren mutasyon
258

ntron
Translasyondan nce primer (nc)
mRNAdan uzaklatrlan ve protein
kodlamayan gen dizisi
nversyon
DNAnn bir blmnn ayrlp ters ynde
ayn yere girmesini ifade eden mutasyon
ekli
yonik ba
Kart yklerin ekimiyle birbirine tutunan
iyonlarn arasndaki etkileim
yonize olmayan radyasyon
Elektronlar daha yksek enerji seviyelerine
ykseltebilen fakat onlar koparamayan
radyasyon eidi
yonize radyasyon
Atomladan elektronlar frlatacak dzeyde
enerjiye sahip radyasyon eidi
zotonik zelti
Karlatrldklarnda dier sv gibi ayn
znen konatrasyonuna sahip sv
zotoplar
Bir elementin ntron saylar bakmndan
farkl formlar (r. 12C ve 13C veya 14N ve 15N)
Ia baml reaksiyonlar
Fotosentezin ilk aamas. Gne enerjisi
yakalanr ve kullanlan yola bal olarak
kimyasal enerjiye (ATP, NADPH ya da her
ikisine) dntrlr
Iktan bamsz reaksiyonlar
Fotosentezin ilk aamas. Bu aamada ATP
ve NADH kullanlarak CO2 den ekerler
oluturulur. Calvin- Benson dngs olarak
da bilinir
Jel elektroforezi
Elektrik uygulanma bir jel matriksinde
molekllerin yk ve boyutlarna gre
ayrlmas
Kalsiyum pompas
Kalsiyum iyonlar iin zel olan membrana
bal aktif tayc protein
Kanser
Kt huylu hcre oluumu: anormal ekilde
blnen hcre kitlesidir ve vcutta
yaylabilir
Karbon dngs
Karbonun atmosferden besin alarna,
okyanus sularna, kayalara ve tekrar
atmosfere dnme hareketi
Karde kromatidler
Mayoz yada mitozda birbirinden ayrlana
kadar sentromere bal iki zde DNA (ve
bal proteinlerden meydana gelen) yapdr;
daha sonra her biri ayr bir kromozom olur
Karde olmayan kromatidler
ki homolog kromozmun kromatidleri.
Mayoz srasnda krossingover bu
kromatidler arasnda olur
Karotenoid Krmzdan sarya yardmc
pigment
Katabolizma
Daha kompleks bileiklerin daha basit
maddelere paralanmas. Ekzergonik
tabiatl olan bu reaksiyonlar sonucu enerji
(ATP) aa kar
Kemoreseptr
Kimyasal uyarclara cevap veren reseptr
Kemotaksin
Hayvanlarda fagositik beyaz kan hcrelerini
cezbeden kimyasal bir sinyal
Kilokalori (kcal)
Bin kalori s enerjisi. Bir kilogram suyun
scakln 1 oC arttrmak iin gerekli olan s
enerjisi. Besinlerin enerji ieriinin
llmesinde standart birim (1 cal= 4.2
joule)
259
TERMLER
Kimyasal ba
ki yada daha fazla atom ya da iyonun
elektron yaplar arasndaki bir birlik
Koryon
Baz memelilerde plesentann bir paras
olan d embriyonik membran
Kimyasal denge
Tersinir bir kimyasal reaksiyonun kararl
kalmasnda girenlerin ve rnlerin
konsantrasyonlarndaki durum
Kovalent ba
ki atom arasndaki bir yada daha fazla
elektronun paylam
Kimyasal sinaps
Bir presinaptik nron ve bir postsinaptik
hcre arasndaki ince yarktr.
Nrotransmitter molekller burdan karya
difze olur
Klonlama vektr
ine eklenen yabanc DNA ile birlikte bir
konak hcrede replike olabilen DNA
molekl
Klorofil a Esas fotosentetik pigmentt
Kloroplast
Bitkilerde ve birok protistte fotosentez
oganeli
Kodon
Bir aminoasiti kodlayan yada translasyonu
durdurucu yada balatc sinyal olarak grev
yapan bir mRNA ipliindeki l baz dizisi
Koenzim
Bir enzimatik reaksiyona katlan ve
reaksiyon srasnda tersinir olarak modifiye
olabilen kk molekl
Kohezyon (yapkanlk)
Basn (gerilme) altna krlmalara kar
koyma kapasitesi
Kk hcre
Saysz blnebilen farkllamam hayvan
hcresi; farkllaan yavru hcrelerin bir
ksm zellemi hcre tiplerine
farkllaabilir
Kortizol
Adrenal korteks hormonu: Gkukozun
dzenlenmesinde ve strese cevapte rol
oynar
Kreatin fosfat
Kas hcrelerinin enerji kayna: ATPden
ADP ye fosfat transfer eder
Krebs dngs
Piruvatn CO2 ve H2Oya paraland
oksijenli solunumun ikinci aamasdr. Bir
glkoz 2 piruvata dntnden Krebs iki
kez tekrar der ve sonuta 2 ATP, 6 NADH ve
2 FADH2 oluur. karyotlarda mitokondride,
prokaryotlarda sitoplazmada oluur.
Oksijensiz artlarda gereklemez
Kromatin
Bir ekirdekte tm DNA moleklleri ve ona
bal proteinlerin meydana getirdii yap
Kromozom
Bir DNA molekl ve proteinlerin
birleiminden oluan youn yap
Krossing over
Mayozun profaz 1 eversinde homolog
kromozom iftinin karde olmayan iki
kromatidi arasndaki segmentlerin karlkl
deiimi: yeni alel bileimleriyle sonulanr
Ksantofil
Sar-turuncu karotenoid. Yardmc bir
pigment
Ksilem
Vaskler bitkilerde, suyu ve znm
maddeleri hcre duvarlaryla birbirine bal
borular araclyla tayan kompleks ancak
ergenlikte l olan doku
Ktle numaras
Bir atomun ekirdeindeki proton ve
ntronlarn toplam
260

Laktasyon
Yalnzca memelilerde, meme bezleri
vastasyla st salglanmas
Mast hcresi
Yang ve alerjilerde rol olan histamin
salglayan beyaz kan hcreleri
Laktat fermantasyonu
ATP oluumunun oksijensiz yoludur.
Glikolizden gelen piruvat karbonlu
laktata dntrlr ve NAD+ yenilenir. Yani
piruvat NADHtaki protonu alarak laktik
asite dedklenir ve NAD+ yeniden ortaya
karak glikolizi mmkn klar. Bu nedenle
glikoliz hem oksijenli ve hem de oksijensiz
artlarda gerekleir. Net enerji kazanc: 2
ATPdir
Mayoz
Bir ana hcrenin diploid (2n) kromozom
saysn haploid (n) sayya eviren blnme
eidi. Bu blnme ile hayvanlardaki
gametler (sperm ve yumurta), bitkilerde ise
sporlar oluur
Lateral gen transferi

Konjugasyon ya da dier ilemlerle hcreler
arasnda genetik materyalin hareketi
Lenf Lenfatik sistemi oluturan
damarlardaki sv
Lenf dm
Lenfi filtreleyen lenfositlerle sarl lenfoid
yap
LH
Luteinize edici hormon. Erkeklerde ve
kadnlarda remeyi salayan hipofiz
(pituitar) n lobu hormonu
Lipid ift tabakas
Genel olarak fosfolipidlerden oluan ift
lipid tabakas. Tm hcre membranlarnn
temel yaps
Lipidler
Kat yalar, sv yalar, fosfolipitler ve
steroller gibi polar olmayan hidrokarbonlar
Lizozom
Hcre ii sindirim organeli. Asidik bir
ortama sahip olup hidrolitik enzimlar ierir.
Hcrenin midesi gibi alglanabilir
Makrofaj
Spesifik olmayan savunma ve baklkta
rol olan fagositik beyaz kan hcresi
Melanin
nsan derisini ultraviyole radyasyondan
koruyan kahverengimsi-siyah pigment.
Tirozin amino asitinden yaplr
Mesajc RNA (mRNA)
mRNA. Gen transkripsiyonunun tek zincir
RNA rn; Ribozoma balanr ve protein
kodlar
Metabolik yol
Enzim aracl ile olan ve hcrelerin
yaplmasndan hcrelerde madde ykmna
kadar olan bir seri reksiyon dizisi
Metabolizma
Tm kontroll, hcrelrin enerji salama ve
kullanma, maddeleri depolama, paralama
ve bertaraf etmekten sorumlu enzimlerle
gerekleen kimyasal reaksiyonlarn tm
Mikroflament
Sitoplazmik iskelet elementi; Aktin
altbirimlerinden oluur. Hareket ve
hcrelerin yapsal btnlyle ilgilidir
Mikrotbl
Sitoplazmik iskelet elementi; Tubulin
altbirimlerinden oluur. Hcre ekli,
byme ve harketine katkda bulunur.
iplikiklerinin yapan protein
Mineral
Doal jeolojik olaylar sonucu olumu bir
element veya inorganik bileik; birou
normal metabolik fonksiyon iin gereklidir
261
TERMLER
Mitokondri
ATP oluturma organeli. oksijenli
solunumda solunumun ikinci (Krebs
dngs) ve nc aamas (ETZ)nn
getii organel
Mitoz
Ana kromozom saysnn yavrusunda
korunduu blnme ekli; Byme, doku
tamiri ve sklkla karyotlarn eeysiz
remesinin temelini oluturur
Miyofibril
Bir iskelet kas lifi iindeki iplik benzeri
apraz bal yaplar
Miyoglobin
Kalp ve iskelet kas hcrelerinde bol
bulunan bir solunum proteini
Miyozin
Bir sarkomerin kaln filamentlerini
oluturan motor protein
Molekl
Ayn ya da farkl elementlerin kimyasal
balarla baland iki ya da daha fazla
atomdur (r, H2O, O2 gibi kk molekller
olabilecei gibi bir DNA zinciri de bir
molekldr)
Monosakkarit
Oligosakkarit ya da polisakkaritlerin temel
bileenleri olan basit ekerler (rnein;
glukoz)
Motor nron
Sinyalleri merkezi sinir sisteminden kaslara
ya da salg bezi hcrelerine yayan nronlar
Motor protein
Hcre hareketinde rol olan mikrotbller
ya da mikrofilametlerle birlemi protein
(r, aktin, miyozin)
Mum (vax)
Uzun zincirli alkoller ya da karbon
halkalarna bal uzun zincirli ya
asitlerinden oluan lipid
Mutasyon
DNA daki kaltsal deiiklik
NAD+
Nikotinamdi adenin dinukleotit. Bir
nukleotid koenzim; ndirgenmi formu
NADH
Nakavt (knock-out) deneyi
Bir genin fonksiyonunu almak iin
canldan o geni ya karp almay ya da
ekspresyonunu tamamen durdurmay
salayan almalar
Negatif geri bildirim mekanizmas
Deiimi tersine eviren baz aktivite
tetikleyicilerine verilen cevap sonucu
deien bir durumdaki homeostatik bir
mekanizma
Negatif kontrol
Gen ekspresyonunda transkripsiyonu ya da
translasyonu durduran ya da yavalatan
dzenleyici proteinlerin yapt i
Neoplazm
Byme ve blnme zerine olan kontroln
kaybolmas sonucu oluan hcre kitlesi
(tmr)
Nitrifikasyon
Toprak bakterileri tarafndan amonyan
nitrata dnm
Nrotransmitter
Bir nronun aksonunun ular tarafndan
salnan sinyal molekl
Ntrofil
beyaz kan hcrelerinin en ok bulunan bir
tipi; patojenleri yutar ve yangya kar
cepata rol oynarlar
Ntron
Bir atomun ekirdeinde bulunan ktleye
sahip fakat yksz sub-atomik para
Nuklear zar
karyotlarn ekirdeini evreleyen ift
katmanl lipid membran
262
Nukleik asit
Fosfat gruplaryla biri birine bal
nukleotidlerden olumu tek ya da ift iplikli
molekl (DNA, RNA)
Nukleik asit hibridizasyonu
Farkl kkenlerden gelen DNA ya da RNAlar
arasndaki komplementer baz ifti olumas
Nukleoid
Bakteri hcrelerinde fiziksel olarak organize
olmu fakat bir membranla sitoplazmadan
ayrlmayan DNA blgesi
Nukleotid
Be karbonlu bir eker, bir azotlu baz ve bir
fosfat grubu ieren kk organik bileik
(DNA veya RNAnn yap birimleri)
Nukleozom
Histon proteinleri etrafna sarl olan
karyotik DNAnn kk bir ksm
Operatr
Operonun bir paras; Dzenleyici bir
protein iin balanma blgesi
operon
Birden fazla bakteri genini kontrol altnda
tutan promotor-operator dizisi
Organel
karyotik sitoplazmada membranla sarl
oluumlar; bir ya da daha fazla zel
metabolik fonksiyonlar yerine getirirler
Organik bileik
Karbon ve hidrojen ieren molekl; ayrca
oksijen, azot ve dier elementleri de
ierebilir
Osmoz
Seici geirgen bir membranla ayrlan iki
blge arasnda suyun difzyonu
Nukleus
karyotik bir hcrede DNAy fiziksel olarak
sitoplazmadan ayran organel
Otomatik DNA dizisi

DNAnn bir blgesindeki nukleotit dizisini
belirleyen mekanik metoddur. Floresan
izleyicilerle lazer belirleme ve jel
elektroforezini kullanr
Oksidasyon-redksiyon reaksiyonu
(redoks reaksiyonu)
Elektronlarn reaktan moleklleri
arasndaki transferi
Ototrof
Bir evresel enerji (r gne ve su)
kayna ve CO2 in karbonunu kullanarak
kendi besinini yapan bir organizmadr
Oksijenli solunum
ATP oluturmann oksijen baml yoludur.
Burada glukoz glikoliz, Krebs dngs ve
elektron tanma fosforilasyonunu ieren
eitli admlarla CO2 ve H2Oya kadar
paralanr. Tipik net kazan: 36 ATPdir
Otozom
Bir trn diisinde ve erkeinde ayn olan
herhangi bir tip kromozom
Ovaryum (yumurtalk)
iekli bitkilerde, bir ya da daha fazla
karpelin genilemi taban. ou hayvanda,
yumurtay oluturan dii gonad
Ovulasyon
Ar LH salnm ile inklenen ovaryumdan
sekonder oositin salnmas
Oksitosin
Arka hipofiz (putiatr) hormonu; Laktasyon
ve hamilelikten sonra uterusun daralmasna
neden olur. Ayrca baz memelilerde sosyal
davran etkiler
Oosit
Olgunlamam yumurta
Ovum
Olgunlam sekonder oosit; olgunlam
yumurta
263
TERMLER
Ozmotik basn
Suyun seici geirgen bir membran boyunca
bir hcre iine veya kapal bir blgeye
difzyonuna kar koyan hidrostatik basn
karyotlar
karyotik (ekirdekli) hcreler; tm
protistalar, bitkiler, mantarlar ve hayvanlar
strojen
Yumurtalardan salnan kadn eey
hormonudur; oositlerin olgunlamasna
yardm eder, hamilelik iin dl yata
astarn hazrlar, sekonder eey zellikleri
kazandrr, bymeyi ve gelimeyi etkiler
Pankreatik adack
Pankreasn endokrin hcrelerinin iki milyon
ya da daha ok kmelerinden herhangi biri
Paratiroid bezi
Drt endokrin bezinden biri; salglanmas
kandaki kalsiyum seviyesinin artmasna
neden olur
Pasif tama
Bir znenin bir hcre membranndan
karya tayc proteinlerin vastasyla
difzyonu
PCR
Polimeraz zincir reaksiyonu. Spesifik DNA
fragmentlerinin saysn hzl bi ekilde
oaltan bir metot
Peptid hormonu
Bir hormon olarak rol oynayan ksa amino
asit zinciri
Peroksizom
Amino asit ve ya asitlerini hidrojen
peroksite ykan enzimle dolu keseciktir.
Hidrojen peroksit daha sonra zararsz
rnlere dntrlr
pH lei
Kan, su ve dier zeltilerin H+
konsantrasyonlarnn (asidite) lmdr.
pH=7 ntrdr.
Pigment
I absorbe eden herhangi bir molekl
Piruvat
Glikolizin son rn olarak oluan
karbonlu bileik; metabolize edilen her
glukoz molekl bana iki molekl piruvat
oluur
Plasenta
Endometriyal doku ve ekstraembriyonik
membrandan oluan organ. kisi arasndaki
kan dolamnn ayr olmasn salarken,
hamile anne ile fetusu arasndaki
maddelerin deiimine izin verir
Plazma
Kann sv ksm; iyonlar, proteinler,
ekerler, gazlar ve dier maddelerin
znd byk ksm su olan kann sv
ksm
Plazma membran (hcre zar)
Hcrenin en dtaki membran; hcreyi
evreleyen sv ve sitoplazma arasndaki
yapsal ve fonksiyonel snr
Plazmid
zellikle antibiyotiklere direnli zerinde
bir ka gen tayan kk dairesel bakteriyel
DNA molekl. Bakteri kromozomundan
bamsz olarak replike olur
Pleotropi
Tek bir gen lokusundaki alellerle ortaya
kan iki ya da daha fazla karakter zerinde
pozitif ya da negatif etki
Polar cisim
Omurgallarda, bir oositin mayoz hcre
blnmesiyle oluan drt hcreden ovuma
dnmeyeni
Polipeptid zinciri
Peptid balaryla balanan ya da daha
fazla aminoasitten oluan zincir
Poliploidi
Bir trn karekteristik kromozom tipinden
yada daha fazlasna sahip olmas durumu
264

Polisakkarit
Ayn ya da farkl trdeki eker birimlerinin
kovalent bala baland dz ya da dall
zincirler. En yaygnlar sellloz ve glikojen
Pozitif geri bildirim mekanizmas
Kendi varlnn bir sonucu olarak
younlam bir olay
Pozitif kontrol
Gen ekspresyonunda dzenleyici
proteinlerin transkripsiyonu ya da
translasyonu arttrmas
Primer oosit
Mayoz I in profaznda durdurulmu
olgunlamam yumurta
Prion
Sinir sisteminde lmcl tahribatlara neden
olan kk bulac (enfektif) protein
Prob
mRNA ya da spesifik bir gen parasyla
hibridize olabilen ve zerinde bir belirte
(r. radyoaktif bir izotop) konmu ksa
nkleotit dizisi
Progesteron
Korpus luteum ve yumurtalklardan salnan
kadn eey hormonu
Prokaryotik fizyon (blnme)
remenin bakteriyel eklidir. DNA
replikasyonunu ve hcrenin ortasna doru
yeni membran (ve genellikle duvar
materyali) birikimi ve sitoplazma
blnmesini ierir
Prokaryotik hcre
Arkeik ya da bakteriler; Bir nukleus ve dier
organelleri olmayan, sklkla hcre duvar
ile evrili tek hcreli organizmalar
Prolaktin
St retimini uyaran n hipofiz
hormonudur.
Promotor
RNA polimerazn balanp transkripsiyonu
balatt dzeneyici blge
Protein
Bir ya da daha fazla polipeptid zincirinin
katlanp bir araya gelip boyutlu bir yap
oluturduu organik bileik
Protist
Protista aleminin tmn iinde tutan
genellikle tek hcreli karyotlar
Proton
Atomun ekirdeinde bulunan pozitif ykl
sub-atomik parack
Proto-onkogen
Mutasyon ya da ar ifade olduunda
normal hcreleri kanser hcrelerine
dntren gen
Rekombinant DNA
zerinde birden ok organizmann genetik
materyalini tayan DNA molekl
Restriksiyon enzimi
ift zincirli DNAda belli nkleotid dizilerini
tanyan ve kesen bir protein
Revers transkriptaz
Bir RNA kalb kullanarak tek zincirli DNA
yapan enzim; RNA virslerinde
(retrovirsler) bulunur
Ribozom
Polipeptid zincirlerinin yapld yap. Tam
bir ribozom birka eit RNA ve 50 kadar
proteinden oluur. karyotlarda ribozom
bykl 80 S, prokaryotlarda 70 S
Ribozomal RNA
rRNA. Ribozomlarn yapsal ve fonksiyonel
RNA bileeni
RNA
Ribonkleik asit. Transkripsiyon,
translasyon ve katalizde rolleri olan tek
zincirli nkleik asitler
265
TERMLER
RNA dnyas
RNAnn hem protein ve hem de genetik
materyal olarak davranm olabileceini
ileri sren ilk hcrenin ortaya kmasndan
nceki zaman (yaklak 4 milyar yl ncesi)
RNA-polimeraz
Bir RNA ipliinin uzamas (transkripsiyon)
iin nkleotitlerin eklenmesini katalizleyen
enzim
Rubisco (Ribuloz-1,5-bifosfat
karboksilaz/oksigenaz= RuBP
RuBP karboksilaz. Karbon dioksitden bir
karbon atomunu RuBPe balanmasn
katalizleyen ve C3 fotosentetik yolunu
balatan enzimdir.
Safra
Yalarn sindirimi iin gerekli olan karacier
salgs
Sarkomer
skelet ve kalp kasnda kaslmann
(gerilmenin) temel birimi. Aktin ve miyozin
filamentleri arasndaki ATPninde
kullanld etkileimlerin bir sonucu olarak
kas kaslr
Seici geirgenlik
Bir hcre membrannn, belli zamanlarda ve
belli miktarlarda baz maddelerin gemesini
engelleme ve dierlerinin gemesine izin
verme kapasitesi
Seici gen ifadesi (ekspresyonu)
Transkripsiyon ve translasyonun kontroll
aktivasyon yada engellenmesi; hcreye
kimliinin kazanmasna nclk eder
Sekonder oosit
Ovulasyonda bir yumurtalktan salnmadan
nce mayoz Ii tamamlanm bir oosit.
Sentriol
Sil, kam ve i ipliklerinin organize edildii
organel
Sentromer
mikrotbllerinin baland kromozom
boumu
Sentrozom
Mikrotbllerin retildii hcre blgesi
Serbest radikal
En az bir ortaklanmam elektronu olan
yksek derecede reaktif molekl
Sitopazmik iskelet
karyotik bir hcreyi yapsal olarak
destekleyen, dzenleyen ve onun internal
yaplar ile berber hareketini salayan
birbirine bal protein filamentleri sistemi
Sitoplazma
Plazma membran ve nucleus (yada
nukleoid) arasndaki hcre paralar,
tanecikler ve yar sv maddelerin tm
Sitotoksik T hcresi
Kendi yzeyindeki belirteleriyle virsle
infekte olmu, kanserli ya da deiiklie
uram dier vcut hcrelerini etkileyip
ldren T lenfositler
Sv mozaik model
Bir hcre membrannn, lipid ve protein
ieriinin hareketi ve etkileimi sebebiyle
akc olmas
Siyanobakteriler
Devirsel olmayan fotosentez yaparak
oksijen reten bakter
Sodyum-potasyum pompas
Sodyum ve potasyum iyonlarn hcre
membranndan karya hareket ettiren aktif
tayc protein
Son rn inhibisyonu
Bir metabolik yolda son rnn hcresel
aktivitede bir deiime nede olmas; bu
deiimle aktivite yavalar veya durur
Sperm Olgun erkek gamet
Steroid hormone
Yada znen kolesterolden trevi hormon
266

Sterol
Lipid with a rigid backbone of four fused
carbon rings. Birlemi drt karbon
halkasndan oluan kat omurgal lipid
Substrat seviyesinde fosforilasyon
Bir fosfat grubunun bir substrattan dier
molekle enzim araclyla direkt olarak
transferi (r. Glikoliz ve Krebs dngs
srasnda direkt yaplan 2er ATP)
T lenfosit
T hcresi; immn cevapta hayati nemi olan
beyaz kan hcresi tipi (rnein; yardmc T
hcreleri ve sitotoksik T hcreleri)
Tampon sistemi
Suda zndnde oluan zayf bir asit ve
bazdr: pHdaki ani deiimleri nlemek
amacyla ift ynl olarak alr
Telomer
Herbir ekirdek blnmesinden sonra
ksalan kromozom ucundaki tekrar eden
DNA blgesi
Termodinamiin birinici kanunu
Evrendeki toplam enerji miktar sabittir.
Enerji bir formdan dierine dntrlebilir
fakat yaratlamaz ya da yok edilemez
Termodinamiin ikinci kanunu
Enerjinin dzenli formlardan daha az
dzenli olan formlara kendiliinden aktn
belirten doa kanunu; her bir dnmle
enerjinin ou geliigzel olarak i yapmak
iin yararl olmayan bir formda (genellikle
s olarak) yaylr
Testesteron
Testislerde retilen erkek eey hormonu.
Sperm oluumunda ve sekonder eey
zelliklerinin geliiminde grev alr
Tilakoid membran
Bitkilerde, kloroplast membran sisteminin
i ksm. Sklkla yasslam keseler halinde
katlanmtr. inde pigmentler ve enzimler
yerlemitir; fotosentezin esas alan
Transfer-RNA
tRNA. Translasyon boyunca her bir mRNA
kodonuyla tadklar antikodonlarla
komplementer baz ifti oluturan ve
zerinde tadklar kendilerine zg amino
asiti ribozomdaki polipeptid ucuna
eklyenrek ribozomdan ayrlan serbest RNA
moleklleri (Crickin adaptr molekl)
Transkripsiyon
RNA sentezi; DNA kalb (gen) zerinden bir
bir RNA ipliinin yaplmas
Translasyon
Protein sentezi. Bir mRNA da kodlanan
bilgi, yeni bir polipeptid sentezi iin amino
asitlere rehberlik eder. Ribozomlarda
gerekleir
Translokasyon
Hcrelerden, molekler kayp olmakszn
yeni bir kromozomal yerleim iin DNAnn
pozisyon deitirebilen ksmdr. Vaskler
bitkilerde floem boyunca organik
bileiklerin datlmas
Transpirasyon
Bir bitkinin toprak stndeki ksmlarndan
suyun buharlaarak kaybdr.
Transpozon
Yer deitireblir (hareketli) genetik
element. Farkl bir yere kendiliinden ve
tesadfi olarak yer deitirebilen genomda
mutasyona neden olabilen bir DNA
parasdr
Trigliserit
Bir gliserol omurgasna balanan l ya
asidi kuyruuna sahip lipid
Trombosit (platelet)
Kanda dolaan hcre fragmenti; Pht
oluumunda rol oynar
Tmr
Yksek oranda anormal oranda blnen
hcrelerden oluan doku kitlesi. yi huylu
(benign) ise hcreler olduu yerde kalr.
Kt huyluysa (malignan) metastaz
267
TERMLER
(hareket yolu ile yaylma) olur ya da
vcudun yeni bir yerinde tumor oluturmak
iin hareket eder
Urasil
Nitrogen-containing base of a nucleotide of
RNA molecules. RNA molekllerinin azot
ieren baz. Adeninle baz ifti oluturabilir
re
Karacierde amonyak ve CO2den
oluturulan atk bir rndr; idrarla atlr.
Whler tarafndan 19. yyda baboratuvarda
sentezlenen ilk biyoorganik molekl.
Biyokimyann balangc olarak kabul edilir
Viroid Bitkilerde hastalk yapc kk RNA
partikl
Virs
Sadece bir konak hcreye girip onun
metabolizmasn yeniden dzenlediinde
kendi genetik materyalini oaltabilen ve
konaknn metabolik sistemini kerten
hcresel olmayan bulac bir ajan
Vitamin
Bir organizmann metabolizmas iin kk
miktarlarda gerekli fakat organizmann
kendisi tarafndan genellikle
sentezlenemeyen bir dzineden fazla
organik madde
Vitellus
Hayvan yumurtalarnda embriyoyu
besleyen protein ve lipidce zengin maddesi
X-kromozomu inaktivasyonu
Dii bir memelinin somatik hcrelerindeki X
kromozomlarndan birinin programlanm
inaktivasyonu veya younlamas
Ya Bir, iki, ya da ya asidi ile
esterlemi gliserol
Ya asidi
36 karbon atomuna kadar olanbilen bir
ucunda metil (-CH3) dier ucunda karboksil
(COOH) bulunduran organik bileik
Yardmc T hcre
Antijenin tannmasna cevapta B hcrelerini
ve dier T hcrelerini uyaran T
lenfositlerdir; tm immn cevaplarn nemli
bileeni
Y-bal gen Y kromozomu zerindeki gen
Yumurta Dii gamet
Yzey-hacim oran
Hacmin apn kp ile artmasna karn
yzey alannn apn karesi ile artmas
durumundaki fiziksel ilki. Bu nedenle hcre
boyutundaki art snrlanr ve hcre
blnmeye zorlanr
Zigot
Yeni bir bireyin ilk hcresi. bir yumurta
nukleusuyla bir sperm nukleusunun
birlemesiyle oluur, dllenmi yumurta
268
Yararlanlan kaynaklar
1. David L. Nelson and Michael M. Cox.
Lehninger Principles of Biochemistry,
3rd (1999) and 4th (2004) editions.
Worth Publishing
2. Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko
and Lubert Streyer. Biochemistry,
5th ed. (2004). W.H. Freeman and
Co.
3. Benjamin Lewin. Genes VIII, 2004.
Prentice Hall.
4. Harvey Lodish, Arnold Berk, Paul
Matsudaira, Chris A. Kaiser, Monty
Krieger, Matthew P. Scott, Lawrence
Zipursky and James Darnell.
Molecular Cell Biology, 5th ed.
(2003). W. H. Freeman & Co.
5. Bruce Alberts, ,Alexander Johnson,
Julian Lewis, Martin Raff, Keith
Roberts, and Peter Walter. Molecular
Biology of the Cell, 4th ed. (2002),
Garland Publishing.
6. Geoffrey L. Zubay. Biochemistry, 4th
ed. (1998). McGraw-Hill.
7. Thomas M. Devlin. Textbook of
Biochemistry With Clinical
Correlations, 4th Ed. (1997). Wiley
Co.
8. Marks' Basic Medical BiochemistryA Clinical Approach 2ed. 2004.
9. Biochemistry: The Molecular Basis
of Life, 3rd Edition Trudy McKee,
James R McKee, 2003.
10. HIRAM F. GILBERT, BASIC
CONCEPTS IN BIOCHEMISTRY: A
STUDENT'S
SURVIVAL GUIDE, 2ed. 2000.
11. Akn Yeilkaya. Nukleotid yap ve

funksiyonu.
12. Biochemistry (Mathews 3rd Ed)2005
13. Biochemistry-Garrett&Grisham 1999
14. Biochemistry-Kaplan Step1-2002
15. Biochemistry-the molecular basis of
life-2003
16. Lippincotts Illustrated Reviews
Biochemistry, 3rd Ed
17. Harper's Illustrated Biochemistry2003
18. Lehringer Principles of
Biochemistry. 4 ed-2005
19. Molecular Biology of the Gene-2004
20. Engin ULUKAYA, APOPTOZS DERS
NOTLARI.
ww20.uludag.edu.tr/~eulukaya.
21. Schaum's Outline-of-Biochemistry1998
22. The Chemical Reactions of the Living
Cells (Metzler)
23. USMLE Biochemistry and Genetics
2002
24. USMLE
Biochemistry,Immunology,Microbiol
ogy-2001
25. Concise biochemistry / A. Bezkorova
iny, Max E. Rafelson. 1995
26. Reactive Oxygen Species in
Biological Systems: an
269
Interdisciplinary Approach.
Daniel L. Gilbert, Carol A.
Colton, 1999
27. ahin A. SIRMALI, Histoloji ve
Embriyoloji Ders Notlar. Uluda
niversitesi Tp Fakltesi
Histoloji ve Embriyoloji ABD.
2003.
28. Marks' Basic Medical Biochemistry,
2e
29. Lehninger Principles of
Biochemistry-2004
30. Campbell Biochemistry-1999
31. Molecular Cell Biology Lodish 5th Ed
32. Biochemistry-Lubert Stryer 5ed
International Version-2002
33. Biochemistry, by Voet & Voet, 3rd
edition
34. General,Organic and Biochemistry2003
35. SCHAUWS OUTLINE of THEORY
AND PROBLEMS of BIOCHEMISTRY1998
36. UCV Biochemistry-2001
nternet ortamndaki bir ok ilgili site.
270
Dizin
-adrenarjik reseptr, 106
-amilaz, 176
-amino butirik asit, 105
-dn, 73
-keratin, 73, 74
absorbans, 56
adenilat siklaz, 104
adipoz dokusu, 110
A-DNA, 164
adrenalin, 55
adrenarjik reseptr, 105
agranler endoplzmik retikulum, 25
aktif blge, 91
aktif transport, 112
Aktif transport, 22
AKTF TRANSPORT, 191
Aktif trasport, 187
aktivasyon enerjisi, 92
akuaporinler, 189
Alanin, 53
aldoheksoz, 166
aldosteron, 102
aldoz, 166
alfa-heliks, 70
alifatik amino asitler, 53
allosterik enzim, 93
allosterik etkileim, 76
amfipatik, 3, 111
amfolit, 58
amfoter, 58
amilopektin, 174
amiloz, 174
Amino asitler, 51
androjen, 102
Anomer, 51
antagonist, 101
antioksidan, 120
antiport, 112
Antiport, 191
apoenzim, 91
arginin, 55
asidik amino asitler, 54
asimetrik karbon, 51
Asparagin, 54
aspartam, 173
Aspartik asit, 54
ATP, 45
Avagadro says, 7
avidin, 123
B1 vitamini, 121
B6 vitamini, 123
Bakr, 128, 143
Barr cismi, 28
bazal metabolik oran, 103
bazik amino asitler, 55
B-DNA, 163
beriberi hastal, 122
biotin, 123
bradikinin, 64
Brnsted asid-baz kuram, 5
C vitamini, 125
Ca+2-ATPaz, 191
cAMP, 104
cis durum, 114
Cis-trans izomerizm, 51
ekirdek, 26
ekirdekik, 28
inko, 129, 143
D vitamini, 103
Dalton, 7
dekstran, 178
dekstrin, 178
dekstroz, 166
Demir, 128, 143
denaturasyon, 150
deoksiribonkleik asit, 150
desmozin, 57
difosfogliserat, 76
dinein, 21
dinorfin, 106
dipeptid, 63
Dislfit balar, 54
DNA hasar teorisi, 145
dolikol, 121
E vitamini, 121
efektr molekl, 93
ekzergonik, 3
elastin, 73, 75
271
elekrokimyasal potansiyeli, 187

ELEKTROFORETK HAREKET, 62
embriyonik kk hcreler, 35
enantiomer, 49
enantiyomer, 51, 166
endergonik, 3
Endoplazmik retikulum, 24
endorfin, 64, 106
endosimbiyotik bakteriler, 34
endosimbiyotik hipotez, 34
endositozis, 22
enkefalin, 64, 106
Enzim-substrat kompleksi, 91
epimer, 167
Epimer, 51
epinefrin, 55
esansiyel amino asitler, 55
ester balar, 109
eter ba, 113
Fagositoz, 23
Fenilalanin, 55
fibrin, 121
fibrinojen, 121
fibroblast hcreleri, 74
fibroinin, 74
fibrz proteinler, 69
Fischer projeksiyonu, 49
Flagellum, 21
flavin adenin dinkleotid, 122
flavin mononkleotid, 122
Flor, 128
Floresan Spektroskopi, 79
Folik asit, 124
Fonksiyonel gruplar, 41
fosfatidik asit, 111
fosfatidil etanolamin, 113
fosfatidil kolin, 113
fosfatidil serin, 113
fosfatidilinozitol, 116
fosfogliserit, 113
fosfolipaz, 113
fosfor, 127
Fumaraz, 89
furan halkas, 168
furanoz, 168
G proteinleri, 69
GABA, 105
gap balantlar, 190
genom, 157
Geometrik izomer, 48
GERL, 29
glikojen, 173
GLKOLPD, 178
glikoprotein, 178
glikoproteinler, 69
glikoziltransferaz, 29
Glioksizom, 31
gliserofosfolipid, 111
Glisin, 53
globler proteinler, 69
Globler proteinler, 75
glukagon, 63, 104
Glukokortikoid, 102
glukorinik asit, 176
glukoz transporteri, 190
glukozaminoglikan, 176
glutamik asit, 54
glutamin, 54
Glutatyon, 63, 142
glutatyon peroksidaz, 121, 132
Glutatyon Redktaz (GSH-R), 140
Golgi kompleksi, 28
Gprotein, 23
G-proteinleri, 105
granler endoplzmik retikulum, 24
HDL, 116
hemiasetal, 167
hemiketall, 167
Hemoglobin, 76
Henderson-Hasselbalch Eitlii, 5
Heparan slfat, 177
heterokromatin, 27
hidrofobik, 3
hidrofobik etkileim, 50
hidrojen ba, 1
Hidrojen ba, 50
hidroksilizin, 57
hidroksiprolin, 57
Histidin, 55
histon, 27
hiyaluronik asit, 176
holoenzim, 91
272

hormonlar, 106
hcre dngs, 28
Hcre duvar, 31
Hyalronidaz, 177
Hyalronik asit, 176
Insulin, 104
Izomer, 47
immunoglobilin, 83
inozitol fosfolipid, 116
inslin, 63
interfaz, 28
ntermediyet filamentler, 21
yon kanallar, 188
iyonik ba, 49
yonik kuvvet, 7
iyonofor, 187
YONOFORLAR, 187
yot, 128
ZOELEKTRK NOKTA, 59
izolsin, 53
izopren trevleri, 115
K+ kanallar, 189
kalmadulin, 105, 193
Kalori kstlamas teorisi, 148
Kalsiyum, 127
kanallar, 184
Karbohidratlar, 44
karboksilik asit, 107
karbonik anhidraz, 89
karbonil grubu, 165
Karotenoid, 119
katabolit reglatr protein, 105
katalaz, 132
Katalaz, 89
Katalaz (CAT), 140
katekol, 105
katekolamin, 106
katekolamin nrotransmitterler, 105
Keratan Slfat, 177
ketoz, 166
Kimotripsin, 89
Kimyasal balar, 46
kiral merkez, 51
kiral molekll, 49
Kistik fibrosis, 194
kistik fibrozis, 113
kitin, 168
Klor, 128
Kloroplast, 34
kobalamin, 124
Kobalt, 128
koenzim, 90
koenzim Q, 121
kofaktr, 90
Kolaylatrlm difuzyon, 112
Kolaylatrlm difzyon, 22, 187
kolinerjik sistem, 117
kollesterol, 102
kollestrol, 115
kollojen, 73
Kolisin, 19
Kondroitin slfat, 177
konjuge proteinler, 69
konneksin, 190
konnekzon, 190
kooperatif, 76
kortizol, 102
kortizon, 102
kovalent ba, 41
kovalent balar, 46
Kk Hcreler, 35
Krom, 129
ksenobiyotik, 25
Kuarterner yap, 71
laktoz, 172
lanolin, 110
LDL, 116
L-DOPA, 55
levuloz, 168
ligand, 22, 75
Ligand-duyarl kanallar, 189
Lineweaver-Burk erisi, 95
lipaz, 114
Lipidler, 44
lipoprotein, 69, 116
Lizin, 55
lizofosfolipid, 113
lizozim, 89, 176
Lizozom, 30
lsin, 53
Magnezyum, 128
makro (bol) elementler, 127
273
Maltoz, 172
Mangan, 128, 143
Mekanik-duyarl kanallar, 189
melatonin, 55, 148
membran potansiyeli, 186
metabolik su, 3
metalloflavoproteinler, 122
metalloprotein, 69
metillizin, 57
metionin, 53
mikroelementler, 127
Mikrofilamentler, 19
Mikrotbller, 19
Mikrozomlar, 29
Mitokondri, 31
Mitokondrial DNA teorisi, 146
mitoz, 28
Miyoglobin, 77
miyozin, 77
Molarite, 7
molekler aktivite, 95
Molibden, 129
mukopolisakkarid, 176
multipotent, 35
mutarotasyon, 168
Na+/K+- ATPaz, 191
Na+K+pompas, 192
N-asetilglukozamin, 176
N-asetilmuramik asit, 176
Neksin, 21
niasin, 123
niasta, 173
nitrik oksid, 105
noradrenalin, 55
norepinefrin, 55
Normalite, 7
Nukleus, 26
Nkleer Manyetik Rezonans, 79
Nkleik asitler, 45
Nkleolus, 28
nkleoporin, 27
nkleotid, 150
Nkleotidler, 153
nkleozom, 27
Oksidatif stres, 133
oligopeptid, 63
Opioid peptidler, 106

optik aktivite, 51
Optik izomerl, 49
optimal aktivite, 96
ornitin, 57
kromatin, 27
P maddesi, 106
Pantotenik asit, 123
Parkinson, 105
Pasif difzyon, 22
pentoz fosfat yolu, 122
Peptid Ba, 63
peptid hormonlar, 106
Peptidler, 63
perinklear sisterna, 26
periplazmik boluk, 116
perisentriolar cisimler, 20
pernisiyoz anemi, 124
Peroksizom, 30
piran halkas, 166, 167
piridoksal-5-fosfat, 124
pirimidin, 151
piruvat dehidrogenaz, 121
plastokinon, 121
PLAZMA MEMBRANI, 21
plazmalojen, 113
pluripotent, 35
Polar olmayan amino asitler, 53
Polar, yksz (ntr) amino asitler, 53
polihidroksi aldehit, 165
polihidroksi keton, 165
poliklonal antikor, 83
polipeptid, 63
pompalar, 184
porfirin halkas, 75
Porinler, 188
Potasyum, 128
Pozisyonal izomer, 47
Primer yap, 70
prokollojen, 74
Prolin, 53
Prostaglandin, 116
prostetik, 69
prostetik grup, 90
proteaz, 96
Protein elektroforezi, 80
274

Proteinler, 45, 68
proteoglikan, 176
protofilament, 19
P-snf iyon pompalar, 191
prin, 151
raitizm, 103
renaturasyon, 151
reseptr, 22, 101
retinal, 120
retinoik asit, 120
retinol, 120
Riboflavin, 122
ribonkleik asit, 150
S hemoglobin, 75
Sakkarin, 173
Sakkarit, 165
salg granl, 29
Santrifgasyon, 82
saponifikasyon, 111
sarkoplzmik retikulum, 25
Sekonder yap, 70
Selenyum, 129, 143
sellobioz, 172
sellulaz, 176
selluloz, 175
Selonosistein, 57
sentriyol, 19
seramid, 114
Serbest radikal/oksidasyon teorisi, 145
Serin, 54
serotonin, 105
sfingolipid, 114
sfingomiyelin, 113
sfingozin, 114
sv mozayik model, 22
sv-mozaik modeli, 113
simport, 112, 191
sinergistik, 101
Sinyal dizisi, 25
sinyal peptidaz, 25, 117
sinyal tanyc partikl, 25
sinyal transdksiyonu, 22, 116
Sinyal-duyarl kanallar, 189
Sistein, 54
sisterna, 24
sistinuriya, 111
sitoplazmik iskelet, 18
sitrullin, 57
Sodyum, 128
Solsyon, 7
somatostatin, 64
Spektrofotometri, 78
stereoizomer, 51
Stereoizomer, 51
streptavidin, 123
substrat, 75, 91
skroz, 172
Slfr, 129
speroksit dismutaz, 132
Speroksit Dismtaz (SOD), 139
aperon, 117
elatr, 54
Telomer teorisi, 147
Tersiyer yap, 71
tetrahedron, 49
Tiamin, 121
tiroid hormonlar, 103
tirozin, 55
Tokoferol, 121
tranferrin, 120
trans durum, 114
tranzisyon noktas, 92
treonin, 54
triacilgliserol, 109
trigliserid, 109
tripeptid, 63
tripsin, 89
triptofan, 55
trombin, 121
tropokollogen, 74
Tropomiyozin, 75
turnover says, 95
tblin, 19
ubikinon, 121
uniport, 112
Uniprt, 191
nite (U) enzim, 92
Vakuol, 31
Valin, 53
Valinomaysin, 188
van der Waals kuvvetleri, 50
vazopressin, 64, 104
275
Vinblastin, 19
Vitamin A, 119, 142
Vitamin B12, 124
Vitamin C, 141
Vitamin D, 120
Vitamin E, 141
Vitamin K, 121
VLDL, 116
Voltaj-duyarl kanallar, 189

V-snf transporterler, 191
Warfarin, 121
X n difraksiyon, 79
ya asidi, 107
YALANMA, 143
Z-DNA, 164
zwitteryon, 56
276
277

Biyokimya I

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Biyokimya I

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

BYOKMYA II

Hikmet Gekil, Profesr

Telif Hakk Yoktur. Kayna verilerek oaltlabilir ve datlabilir.

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

4. AMNO ASTLER ve PEPTDLER

7. HORMONLAR, NROTRANSMTTERLER ve AKTF PEPTDLER

9. VTAMNLER, MNERALLER ve KOENZMLER

10. OKSDATF STRES ve ANTOKSDAN SSTEMLER

11. NKLEOTDLER ve NKLEK ASTLER

13. HCRE ZARI ve ZARDAN MADDE TAINIMI

zlmi sorular .......................................................................................................................

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

kadar farkl grne sahip bu organizmalar mikroskobik ve kimyasal olarak birbirlerine

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

1 SU ve AST- BAZ KMYASI

Blm 1: SU ve AST- BAZ KMYASI

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Blm 1: SU ve AST- BAZ KMYASI

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Zayf asitler ve bazlar, pH kavram, tamponlar

Blm 1: SU ve AST- BAZ KMYASI

Tamponlar, zayf asit ve onlarn konjuge

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Blm 1: SU ve AST- BAZ KMYASI

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Blm 1: SU ve AST- BAZ KMYASI

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

ekil: Canllarn 3 ana grup iinde (ng. domain) snflamas.

ekil: Tipik bir bitki hcresi.

ekil: Tipik bir bakteri hcresi.

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Tablo: Prokaryot ve karyot hcreler arasndaki genel farklar

Her ikisi de ayn yerde

RNA ekirdekte sentezlenir

Sitoplazmik iskelet yok,

Sitoplazmik iskelet var,

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

ekil. Aktin filament.

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Endoplazmik retikulum (ER)

Hcre ii membranel sistemlerin en by ERdir. Plazma membrannda olduu gibi, ER da ift

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

ekil: Golgi kompleksi.

ekil: Hcre zarndan besin alnm ve ilenimi.

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Glioksizomlar, ileride de zerinde duracamz gibi, glioksilat dngs enzimlerine sahiptirler ve

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

1980'lerde Lynn Margulis, mitokondrilerin kkenini aklayan endosimbiyoz teorisini ileri

ekil: Enerji transformasyonu ile ilgili biyokimyasal yollar ve organelleri.

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

8. Aadakilerden hangisi ift zarla (i ve d zar olmak zere) ile sarldr?

Yap veya molekl

11. Aadaki yaplar en kkten bye doru sralaynz.

3. E. coli hcresinin toplam arlnn yzde ka DNAdr (1.soruda hesaplam olduunuz

Bu 3 organelin younluk ve bykln gz nne alarak birbirlerinden nasl izole edersiniz?

Biyokimya I/ Hikmet Gekil

3.1 Atomdan molekle