Enzimlerin Tanımı ve

Özellikleri

Dr. Akın Yeşilkaya

2009-2010 Eğitim Dönemi
Akdeniz Üniversitesi
Tıp Fakültesi
Biyokimya Anabilim Dalı
İçerik

n Enzim nedir?
n Koenzim-Kofaktör
n Enzimlerin genel özellikleri
n Aktivasyon enerjisi
n Enzimlerin sınıflandırılması
 Enzimler

n Protein yapısında olup biyolojik sistemlerde

kimyasal reaksiyonları hızlandıran spesifik
katalizörlerdir.
n Kimyasal katalizörler gibi reaksiyona girer,
reaksiyonu hızlandırır ve reaksiyondan sonra
değişmeden kalırlar.
n Bir reaksiyonun hızı enzim varlığında 102-109 kat
artar.
 Enzimler

 Reaksiyon dengesini bozmazlar,



 ancak
n
Dengeye varış süresini kısaltırlar ve


reaksiyonun daha kısa sürede

gerçekleşmesini sağlarlar.
n
 Enzim Yapısı

Terim Anlam
Apoenzim Enzimin protein kısmı
Kofaktör Enzimin nonprotein kısmı, inorganik kısmı
Prostetik Grup Koenzim, enzim proteinine kovalent bir bağ ile
Holoenzim bağlanmıştır
Enzim + Kofaktör/Koenzim
Substrat Enzim ile reaksiyona giren molekül
Ürün Enzimatik reaksiyon sonucunda ortaya çıkan
Aktif merkez Substratın enzime bağlandığı bölge veya reaksiyonun
meydana geldiği yer
Enzim Komponentleri
 Kofaktör

n Kofaktörler enzim aktivitesi için esansiyal olan nonprotein

moleküllerdir.
n Biyolojik reaksiyonlarda pek çok inorganik molekül kofaktör olarak
aktivite gösterir.

Kofaktör Enzim
Cu2+ Sitokrom oksidaz
Fe2+ veya Fe3+ Sitokrom oksidaz, katalaz, peroksidaz
K+ Piruvat kinaz
Mg2+ Hekzokinaz, Glukoz-6-fosfat dehidrogenaz, Piruvat kinaz
Mn2+ Arjinaz, ribonükleotid redüktaz
Zn2+ Karbonik anhidraz, alkol dehidrogenaz, karboksipeptidaz
 Koenzimler
Enzimle reversible olarak bağlanabilen ve enziminin fonksiyonu
için gerekli olan moleküllerdir.
Koenzim Enzim Grup transferi

Tiamin pirofosfat Piruvat dehidrogenaz Aldehit

Flavin adenin nükleotid Monoamin oksidaz elektron, proton

Nikotinamid adenin dinükleotid Laktat dehidrogenaz elektron, proton
Piridoksal fosfat Glikojen fosforilaz amino grubu
Koenzim A (KoA) Asetil KoA karboksilaz Açil grubu

Biyotin Piruvat karboksilaz CO2

5 Deoksiadenozil kobalamin
- Metilmalonil mutaz alkil grubu

Tetrahidrofolat Timidilat sentaz tek karbonlu gruplar

 Enzimatik reaksiyon

 Enzim + Substrat Enzim Substrat kompleksi



 Enzim Substrat kompleksi Enzim + Ürün



 Kısaca


 E+S ES E+P

Substratın enzime bağlanmasında, enzimin birincil yapısı değişmez, üç boyutlu yapısı

değişir. Buna konformasyonel değişiklik denir.
http://www.chemistry.wustl.edu/~edudev/LabTutorials/Carboxypeptidase/carboxypeptidase.html
 Enzim-Substrat Etkileşimi

n Anahtar-Kilit Modeli
n Uyarılma sonucu uyum Modeli
n Uyarılmış uygunluk modeli
n Induced-fit model
Enzim-Substrat Etkileşimi

http://www.cas.muohio.edu/~wilsonkg/old/gene2005/syllabus_F03_23.jpg
 Enzim Aktif
bölge Substrat
(sucrase (sucrose)
)

Glucose Fructose 1
4
Aktif bölgesi boş
Ürün
ortama
bırakılır

Substrat 2
ürüne
dönüşür Substrat
enzime bağlanır
n Eğer bir enzim;
• denatüre olursa,
• sub-ünitelerine ayrılırsa,
• amino asitlerine parçalanırsa
• bir şekilde aktif bölgesi kapanırsa (substrat
bağlayamazsa)
 katalitik aktivitesini kaybeder.


 Protein yapılı enzimlerin primer, sekonder, tersiyer ve

varsa kuaterner yapıları katalitik aktiviteleri için gereklidir.
 Enzimlerin Spesifikliğinin
Nedenleri

n Mutlak özgüllük
n Sadece tek bir substratla ilgili reaksiyonu
katalizliyorsa
n Grup spesifikliği
n Bazı özel fonksiyonel gruplara ilgi göstermesi
n Reaksiyon ve bağ spesifikliği
n Belli tipteki reaksiyonları katalizliyorsa
n Stereokimyasal spesifiklik
n Belirli sterik veya optik izomeri etkiliyen enzimler
 Enzimlerin Adlandırılması

Her enzime iki isim verilmiştir.



1. Birincisi geleneksel adlandırma:

A.Enzimler için önceleri genel bir tanıma uymayan,
pityalin, zimaz gibi karışık bir isimlendirme
kullanılmıştır.
B.Daha sonra enzimler etkili oldukları substratın sonuna
“–az” eki getirilerek (üreaz, amilaz) veya
katalizledikleri tepkimeyi tanımlayan (laktat
dehidrogenaz, adenilat siklaz) isimler
kullanılmıştır.
2. Sistematik adlandırma:
 Uluslararası Biyokimya ve Moleküler Biyoloji
Birliği’ne (IUBMB) göre enzim adlandırmaları enzimin
etkilediği tepkimenin türüne ve mekanizmasına göre
yapılmaktadır.
 Enzimlerin IUBMB Adlandırılması

Verici Alıcı
nin Olarak
Etkile Yararla
diği nılan
Tepkim grup Grup
enin Enzim
Tipi
ATP-D-Heksoz-6-
2.7.1.1 fosfotransferaz
Transf Hekzo
eraz Alıcı kinaz
Fosfat
Grup
Transf
Olarak
eri
Alkol
Enzimlerin Sınıflandırılması

1.Oksidoredüktaz’lar
2.Transferaz’lar
3.Hidrolaz’lar
4.Liaz’lar
5.İzomeraz’lar
6.Ligaz’lar (Sentetaz)
7.
 Enzimlerin Sınıflandırılması
 1) Oksidoredüktazlar
 Bu enzimler oksido-redüksiyon tepkimelerini kataliz
etmektedirler.
 1.1 –CH-OH bağı üzerine
 1.2 –C=O bağı üzerine


 Örneğin:
 EC. 1.1.1.1, Alkol-NAD+ oksidoredüktaz


R – CH2OH + NAD+ R – CHO + NADH + H+

Alkol Aldehit
 Enzimlerin Sınıflandırılması
 2) Transferazlar
 Bu gruptaki enzimler bir fonksiyonel grubu bir
molekülden diğerine aktarmaktadırlar.
 2.1 bir karbonlu grup transferi
 2.2. Aldehit veya keton grubu transferi
 2.3. Açil grubu transferi
 Örneğin:
 EC. 2.7.1.40, Piruvat Kinaz


 ADP ATP



Fosfoenol piruvat Piruvat

 Enzimlerin Sınıflandırılması
 3) Hidrolazlar
 Bu enzimler su katılması ile bağların parçalandığı
hidroliz tepkimelerini katalizlemektedir.
 3.1 Ester bağı hidrolizi
 3.2 Glikozidik bağı hidrolizi
 3.3 Eter bağı hidrolizi
 Örneğin:
 EC. 3.5.3.1, Arjinaz

H2O Üre

Arjinin Ornitin
 Enzimlerin Sınıflandırılması
 4) Liyazlar
 Bu gruptaki enzimler, oksidasyon veya hidrolizden
başka mekanizmalarla bağlarının parçalanması veya
oluşması tepkimelerinde görev yapmaktadırlar.
 4.1 karboksi liyazlar
 4.2. C-O bağının koparılması veya yapılması
 Örneğin:
 EC. 4.1.1.1, Piruvat dekarboksilaz

CO2
O O
C
C O HC O
CH3 CH3

Piruvat Asetaldehit
 Enzimlerin Sınıflandırılması
 5) İzomerazlar
 Optik veya geometrik izomerlerin rasemizasyonu
tepkimelerini katalizleyen enzim grubudur.
 5.1 Rasemizasyon veya epimerizasyon
 5.2 Cis-trans izomerizasyonu
 Örneğin:
 EC. 5.1.1.1, Alanin rasemaz

O O O O
C C
+ +
H3N CH HC NH3
CH3 CH3

L-Alanin D-Alanin
 Enzimlerin Sınıflandırılması
 6) Ligazlar
 C ve O, S, N arasında yeni bağ oluşumunu katalizleyen
enzimlerdir. Bu tepkimelerde gerekli enerji, yüksek enerjili
bir fosfat bileşiğinin hidrolizi ile sağlanmaktadır.
 6.1 C-O bağı oluşumu
 6.2 C-S bağı oluşumu
 6.3 C-N bağı oluşumu
 Örneğin: EC. 6.2.1.4, Süksinat CoA ligaz (Süksinat tiyokinaz)


CoA-SH
O
O H2C C
H2C C O
H2C O
O
H2C C
O C S CoA O
GDP +P i GTP

Süksinil CoA Süksinat

Enzimler reaksiyon hızını
nasıl arttırırlar?

EA bariyer

Enzim
A maddesi A maddesi

P maddesi P maddesi
1 2
A maddesi P maddesine dönüşürken
geçmesi gereken bariyerin tepe
noktasına “Transisyon durumu” veya
“geçiş noktası” denir.

Geçiş durumu stabil olmayan bir

ara basamaktır.
Bu tepe noktasından sonra A maddesi
hızla P maddesine dönüşür.
 Aktivasyon enerjisi

n Bir sistemin geçiş durumuna ulaşabilmesi için

ihtiyaç duyduğu enerji miktarı.
n Reaksiyon hızı aktivasyon enerjisi tarafından
belirlenir.
n Aktivasyon enerjisi düşük ise reaksiyon hızı daha
büyük olur, ürün artar.

Enzimler reaksiyonun aktivasyon
enerjisini düşürürler

Enzimler reaksiyonun ΔG değerini değiştirmez.

Enzim Aktivitesini Etkiliyen
Faktörler

n pH
n Sıcaklık
n Zaman
n Enzim miktarı
n Substrat miktarı
n Işık ve diğer fiziksel faktörler
 pH

n Enzimler amfoterik moleküllerdir

n Aktif kısımlarında ve yüzeylerinde çok
sayıda asidik yada bazik grup taşırlar
n Bu grupların yükleri pH’nın etkisiyle
değişebilir
 pH’nın Etkisi

n Bu iyonik gruplar, reaksiyonu katalizleyebilmek, substratı

bağlayabilmek ve aktif merkezin konformasyonunu
koruyabilmek için uygun iyonik formda olmalıdır.
n pH değişimi, enzimin net yükünü, dolayısıyla aktiviteyi,
yapısal stabiliteyi ve enzimin çözünürlüğünü etkiler.
n Substrat iyonize olabilen gruplar içerebilir...
n Substratın sadece bir iyonik formu enzime bağlanabilir ya
da katalize olabilir.
pH’nın Etkisi

Optimum pH
 pH’nın Etkisi

n Enzimin reaksiyon hızı, ortamın pH’sına bağlıdır.

n Belirli bir pH aralığında enzimin etkisi daha fazladır.
n Bir enzimin reaksiyonu en fazla hızlandırdığı pH'ya
enzimin “optimum pH’sı” denir.
n Optimum pH'nın aşağısında ve yukarısında reaksiyon hızı
azdır.
 pH’nın Etkisi
n Belirli pH’da enzim tamamen etkisiz kalır ve çok defa
tahrip olur.
n
n
n
n
n
n
n
n Enzimlerin çoğunun optimum pH’sı 4-11 arasında olmakla
beraber, istisnalar da mevcuttur.
 pH’nın Etkisi
PEPSİN AMİLAZ TRİPSİN

n Örneğin pH yaklaşık 1-2 arasında en kuvvetli etki gösteren pepsin nötral ve alkali ortamda
hiç etkili değildir.
n Optimum pH’sı 9 olan tripsin ise asidik pH’da etkili değildir.
n Optimum pH’sı 7 olan amilaz nötral pH’da etkilidir.
n Alkalen fosfataz pH 10'da en aktiftir.

n
pH’nın Etkisi
Optimum Aktivite için pH
Enzim Optimum pH
Lipaz (pankreas) 8.0
Lipaz (mide) 4.0 - 5.0
Pepsin 1.5 - 1.6
Tripsin 7.8 - 8.7
Ureaz 7.0
Maltaz 6.1 - 6.8
Amilaz (pankreas) 6.7 - 7.0
Amilaz (malt) 4.6 - 5.2
Katalaz 7.0
 pH’nın Etkisi

n Enzimin pH stabilitesi birçok faktöre bağlıdır.

– Sıcaklık
– iyonik güçler
– tamponun kimyasal doğası
– koruyucuların konsantrasyonu (gliserol, sülfidril
bileşikleri)
– metal iyonlarının konsantrasyonu
– substrat ya da kofaktörlerin konsantrasyonu
– enzim konsantrasyonu
 d(pKa) -∆ Η
δ Τ 2.303Ρ Τ 2

pKa ile sıcaklık arasındaki ilişkiyi gösteren denklem

 SICAKLIK

k= Ae-
∆Γ /Ρ Τ
k : reaksiyonun kinetik hız sabiti
A : Arrhenius sabiti
∆Γ : στ αν δ αρ τ σε ρ β ε στ ε ν ε ρ ϕι
Ρ : γ αζ σαβ ι τ ι
Τ : µ υ τ λ α κ σ ıχ α κ λ ıκ

Enzimatik reaksiyonun hızı sıcaklık ile, Arrhenius eşitliğine göre artar.

 Sıcaklık
Isının başlangıçta her 10°C artışı enzim aktivitesinin %100 artmasına neden olur.
Her 10°C'lık ısı artışı için reaksiyon hızında meydana gelen artışa “reaksiyonun ısı
katsayısı" denir ve Q10 ile gösterilir.
 Sıcaklık

Fakat belirli bir sıcaklık aşıldıktan sonra enzimler de diğer

proteinler gibi denatüre olurlar ve etkilerini kaybederler.
 Sıcaklık

Her enzim için birim

zamanda substratını en
fazla değişikliğe uğrattığı
belirli bir ısı vardır. Bu
ısıya o enzimin “optimum
ısısı” denir.
 Sıcaklık
AKTİVASYON İNAKTİVASYON

OPTİMUM

Hayvansal enzimlerin çoğunun optimum ısısı 40-50 °C arasındadır.

 Sıcaklık

Termofilik bakterilerin enzimleri daha yüksek sıcaklığa dayanıklıdır,

optimum ısıları 80-100 °C arasındadır.
 Zaman

n Bir enzim tarafından katalize edilen bir reaksiyon sürerken

reaksiyonun hızı giderek düşer.
n Bunun nedeni;
n reaksiyon devam ederken oluşan ürünlerin aralarında birleşerek
aksi yönde bir reaksiyon oluşturmaları,
n enzimin zamanla inaktive olması,
n reaksiyonu önleyen maddelerin teşekkül etmesi
n ve substratın tükenmesi gibi faktörlerdir.
 Enzim Konsantrasyonu

Substrat
konsantrasyonu
sabit

Enzim reaksiyonunun hızı enzimin substrata doygun olduğu koşullarda

enzim konsantrasyonuna bağlı olarak doğrusal olarak artmaktadır.
Ortamda ne kadar çok enzim molekülü varsa ve çalışıyorsa, yeterli
substrat olduğu sürece reaksiyon da hızla sürecektir.
 Substrat Konsantrasyonu

Enzim
konsantrasyonu
sabit

Enzim konsantrasyonu sabit tutularak substrat konsantrasyonuna bağlı olarak

ulaşılan maksimum hız noktası Vmax adını alır.
Reaksiyon hızının 1/2 Vmax ulaştığı zamanki substrat değerine de
Michaelis sabiti denir ve Km ile gösterilir.
 Işık ve Diğer Fiziksel
Etkenlerin Etkileri

n Enzimlerin etkileri ışıkla artırılabilir veya azaltılabilir.

n Örneğin kırmızı ve mavi ışık tükrük amilazının etkisini
arttırır.
n UV ışık ise ters etki gösterir.
n Enzim çözeltisinin kuvvetlice çalkalanması da enzimi
denatüre edebilir.
Leonor Michaelis ve Maud Menten (1913)

Leonor Michaelis Maud Menten

(1875-1949) (1879-1960)
 Kinetik nedir?

n Kinetik; hareket olaylarını inceleyen bilim dalıdır.

n Hareketi ona neden olan ve o hareketten doğan
kuvvetleri de göz önüne alarak inceler.
n Kimyasal Kinetik; kimyasal tepkimelerin hızlarını
inceleyen bilim dalıdır.
 Kinetik nedir?
n Termodinamik ile kimyasal bir tepkimenin yönü ve
denge konumu hakkında bilgi edinmek mümkün
olsa bile, hızı hakkında bilgi edinilemez.
n
n Bu nedenle, başlangıcından son buluncaya kadar
bir kimyasal tepkimenin hızı ve bu hızın hangi
şartlara ya da niceliklere bağlı olduğunun
incelenmesi ve tepkime mekanizmasının
irdelenmesine Kimyasal Kinetik adı verilir.
 Enzim Kinetiğinin
Kullanılabildiği Alanlar

n Enzim-İzoenzimlerin tayininde
n Enzimler yardımıyla kimyasal metabolitlerin ölçüm tekniğinde
n Bazı maddelerin miktar tayininde (glukoz oksidaz ile glukoz ölçümü
gibi)
n Hastalıkların tanı, ayırıcı tanı ve izlenmesine yardımcı olarak
n Tedavi amacı ile – farmakolojik ajanlar
n Gıda teknolojisinde
 HIZ

n Bir enzimatik reaksiyonda belirli bir zaman aralığında

kaybolan substrat veya oluşan ürün o reaksiyonun
hızını “V” verir.
n

n İlk Hız (Vo): Bir reaksiyonun ters yönde gerçekleşmesi için

yeterli ürün miktarı oluşmadan önceki hızdır.
 Michaelis - Menten Teorisi
n 1913 yılında Leonard Michaelis ve Maud Menten bu
hiperbolik şekilli eğrinin matematiksel olarak nasıl ifade
edileceğini bir formüle bağlamışlardır.
n Onlar bir enzimatik reaksiyonda ES kompleksinin önemli bir
ara bileşik olduğunu önermişlerdir.

k1 k2
E+S ES E+P
k-1 k-2
 Başlangıçtaki Hız

1)Başlangıçta hız (v0): Gözardı edilebilecek miktarda ürün oluşacağı için E + P

birleşip de tekrar ES oluşumu hemen hemen hiç yoktur. Dolayısıyla k-2
sıfır kabul edilir.

1) k1 kcat
E+S ES E+P
2) k-1 k-2
3)
4)
5)
6) k1 kcat
Yani E+S ES E+P
k-1
 Denge Durumunda

Denge durumunda = [ES] sabitdir. ES oluşumu ile yıkımı denge halindedir ve

reaksiyonun denge sabitleri birbirine eşittir.

k1 k2
E+S ES E+P
k-1

ES oluşumu = k1[E][S]
ES yıkımı = k-1 [ES] + kcat [ES] = [ES](k-1 + k2)
Dolayısıyla


1) k1[E][S] = [ES](k-1 + k2)



2) (k-1 + k2) / k1 = [E][S] / [ES]



3) (k-1 + k2) / k1 = Km (Michaelis sabiti)



4) Km = [E][S] / [ES]



 [ Et ] = [ ES ] + [ E ] v f = k1 [ E ][ S ] = k1 ([ E t ] − [ ES ] )[ S ]

 Denge durumunda:


⇒ k1 ([ Et ] − [ ES ] )[ S ] = (k −1 + k 2 )[ ES ] ⇒ k1 [ Et ][ S ] − k1 [ ES ][ S ] = (k −1 + k 2 )[ ES ]
⇒ k1 [ Et ] = k1 [ ES ][ S ] + (k −1 + k 2 )[ ES ] ⇒ k1 [ Et ][ S ] = [ ES ] (k1 [ S ] + (k −1 + k 2 ))
k1 [ Et ][ S ] [ Et ][ S ] [ Et ][ S ]
K m = ( k −1 + k 2 )
⇒ [ ES ] =   →[ ES ] =

= k1

 (k1 [ S ] + (k −1 + k 2 )) [ S ] + (k −1 + k 2 ) [S] + Km

k1

k 2 [ Et ][ S ]


 Ürün oluşum hızı (hız kanunu), v = k2[ES].

v=
 [ S ] + Km
 Michaelis-Menten Eşitliği

Birim zamanda oluşan d [ P] VMAX [ S ]

V= =
KM + [ S ]
ürün miktarı
dt

Enzim konsantrasyonunun artışıyla beraber Vm da

VMAX = k2 r lineer olarak artar.
r = [E] + [ES]

k−1 + k2
KM = KM V = 1/2 Vm anındaki substrat konsantrasyonudur.
k1
 KM ne anlama geliyor?
KM değeri her enzim için farklıdır.


KM değeri, mevcut enzimin yarısını


V
doyuran substrat miktarıdır. Vmax
KM değerinin düşük olması; enzimin


substrata olan ilgisinin yüksek

olduğunu gösterir, yani ½Vmax hızına
Vmax/2
erişmek için düşük konsantrasyonda
substrat yeterli olmaktadır.
KM değerinin büyük olması; enzimin


substrata olan ilgisinin düşük

olduğunu gösterir, enzimi yarı yarıya
KM1 KM2 [S]
doyurmak için yüksek
konsantrasyonda substrat gerekir.
Düşük KM sıkı bağlanma; yüksek KM


zayıf bağlanma demektir.

 Hekzokinaz
 Glukoz + ATP Glukoz-6-fosfat + ADP



Substrat KM
Glukoz 8 x 10-6
Alloz 8 x 10-3
Mannoz 5 x 10-6
 Vmax

Teorik maksimal hız



n Vmax , bir sabittir.

n Vmax reaksiyonun teorik maksimal hızıdır – ancak

gerçekte ASLA elde edilemez.
n Vmax ’ a ulaşmak için TÜM enzim moleküllerinin substrat
ile sıkıca bağlanmasını gerekir.
n Substrat arttıkça Vmax ’ a asimptotik olarak yaklaşılır.
 Turnover sayısı (kcat )

 Katalitik aktivitenin bir ölçümü



kcat , turnover sayısı:

Enzim, substrat ile doyurulduğunda birim

zamanda enzim molekülü başına ürüne

çevrilen substrat moleküllerinin sayısıdır.
 Lineweaver – Burk Grafiği

n Hiperbolik eğrinin yüksek substrat konsantrasyonlarında

yukarı doğru hafif eğimi nedeniyle Vmax ’a ne zaman
erişildiğini saptamak her zaman mümkün olmayabilir.
n Eğer 1/V0 , 1/[S]’ye karşı çizilecek olursa düz bir çizgi elde
edilir.
n Bu grafiğe Lineweaver-Burk grafiği denir. Ve hem Km hem
de Vmax hesaplanmasında kullanılır.
n Matematiksel olarak Michaelis-Menten eşitliğinin her iki
tarafını bir’e bölünmesi ile elde edilir.
Lineweaver – Burk Grafiği

1 K M + S K M 1
= = +
v V m a⋅ S x V m a⋅ S x V m a x
 Eadie-Hofstee Grafiği

Michaelis-Menten
denkleminin her iki
tarafı Vm ile çarpılacak
olursa Eddie-Hofstee
eşitliği elde edilir:

v
v = Vm − K m
[S ]
 Birimler
n Enzim aktivitesi:
n 1 µ mol (10-6 ) substratı bir dakikada 25oC’de optimal
şartlarda dönüştüren enzim miktarına bir ünite
enzim aktivitesi denilir. (U)
n Spesifik aktivite:
n 1 mg enzim proteinin gösterdiği aktivitedir.
n Spesifik aktivite, enzim preparatının saflık derecesi
hakkında fikir verir
n Birimi “Katal”dır
ENZIM AKTIVITESININ
İNHIBISYONU
 İnhibitörler

n Enzimatik bir tepkimenin hızını azaltan ya da

tamamen durduran maddelerdir.
n İnhibitörler reversibl yada irreversibl (ağır metaller)
olarak bağlanabilirler.
n Niçin inhibisyon?
n [S] veya [P] kontrol etmek için
n Reaksiyona girmeyen [S] artırmak
n Oluşan [P] azaltmak
 Reversibl İnhibitörler

1. Kompetitif (yarışmalı)
inhibitörler
2. Nonkompetitif inhibitörler
3. Ankompetitif inhibitörler
4.
Kompetitif İnhibisyon

n En yaygın olarak görülen

inhibisyondur
n İnhibitör enzimin aktif
yeri için substrat ile
yarışır (kompetisyon)
n Enzimin substrata olan
ilgisini azaltır.
n
Kompetitif İnhibisyon
Reaksiyon Şeması
Kompetitif İnhibisyon

n I ve S, E için birbirleriyle yarışır

n [I]’nın artması
n [EI]’yı artırır
n Substrat bağlayan [E] oranını azaltır
n İnhibisyonu devam ettirmek için [I] oranı
yüksek tutulmalıdır.
Kompetitif İnhibisyon

Vmax [S]
V0 =
αK M + [S]
n Lineweaver-Burk grafiğinin eğimini artırır. 1  αK M  1 1

= 
 +
n Km artar V0  Vmax  [S] Vmax
n V max değişmez
 Kompetitif İnhibisyon

Kofaktör olarak metal iyonu gerektiren bazı reaksiyonlar benzer

metal iyonları ile inhibe olabilir.
Örneğin piruvat kinaz K+ ile aktive, Na+ ve Li+ ile inhibe olur.

Piruvat
kinaz
Fosfoenolpiruvat + ADP Piruvat + ATP
+ K+
- Na+
- Li+
 Kompetitif İnhibisyon

Alkol dehidrogenaz Aldehid dehidrogenaz

CH3OH Formaldehit Formik asit

Metanol
Endüstride yaygın olarak kullanılan metanol ve
araba radyatörlerinde kullanılan antifiriz
zehirlenmeleri etanol ile inhibe edilerek tedavi
edilir. Etanol, alkol dehidrogenaza bağlanmak
için metanol ile yarışır.

Alkol dehidrogenaz Aldehid dehidrogenaz

CH3CH2OH Asetaldehit Asetik asit

Etanol
 Kompetitif İnhibisyon

n Süksinat dehidrogenaz
süksinatın analogları
olan malonat, okzalat
ve okzalasetat ile
inhibe olur.


Süksinat + FAD Fumarat + FADH2

 Kompetitif İnhibisyon

 Substrat konsantrasyonunu artırarak yarışma

substrat lehine çevrilebilir.
Nonkompetitif İnhibisyon
(Miks İnhibisyon)

İnhibitör enzimin aktif

olmayan bir bölgesine geri
dönüşümlü olarak
bağlanarak enzimi
inaktivite eder.
Substrat bağlanmasını bloke

etmez
Reaksiyon şeması
Nonkompetitif İnhibisyon
Nonkompetitif İnhibisyon
 Nonkompetitif İnhibisyon

Vmax azalır
Km değeri değişmez
Nonkompetitif İnhibisyon
 Nonkompetitif İnhibisyon

n Aktiviteleri için Mg2+ ve Ca2+ metallere

ihtiyaç duyan enzimler EDTA ile inhibe
edilebilir.
n -SH gruplarına sahip enzimler Ag, Pb ve
Hg gibi ağır metal iyonları ile inhibe
olabilirler.
 Nonkompetitif İnhibisyon
 Glikoliz’de enolazın katalizlediği basamak
2+
ortama florüriyonları
eklendiğinde aktivitesi için gerekli olan Mg fosfofloridat iyonları ile
bağlandığı için inhibe olur.
Florid
Enolaz
Glukoz 2 Fosfogliserat Fosfoenol piruvat
Mg2+

Piruvat kinaz
Fosfoenol piruvat Piruvat Alanin
 Ankompetitif İnhibitör

n Nonkompetitif inhibitör gibi, enzim üzerinde

substratın bağlandığı aktif yerden ayrı bir
yere reversibl olarak bağlanır
n ES kompleksi oluştuktan sonra enzime
bağlanır
n ES konsantrasyonunu azaltır.

Reaksiyon şeması
 Nonkompetitif İnhibisyon

Km ve Vmax değerleri


azalır
 İrreversibl İnhibitörler

n Kovalent bağ ile enzime bağlanırlar ya da

n Enzim aktivitesi için gerekli olan fonksiyonel
grubu yok ederler.
İnhibisyon Çeşitleri (Özet)
 Regülatör Enzimler

1.Allosterik enzimler
2.Kovalent Modifikasyon ile regüle edilen
enzimler
 Allosterik ne demek?


 Allos ⇒ δ ι ğ ε ρ


 Σ τ ε ρ ε ο σ ⇒ κ α τ ı ϖε ψ α
şε κ ι λ


 δ ι ğε ρ şε κ ι λ ϖ ε ψ α
φ α ρ κ λ ı ψα π ı
 Allosterik Enzimler
n Eğer bir substrat molekülünün bağlanması
ile boş bölgeler için yapısal veya elektronik
değişimlerle birlikte afinite değişimleri söz
konusu ise, hız eğrileri Michaelis-Menten
kinetiğini izlemeyecek ve enzim bir
allosterik enzim olarak sınıflandırılacaktır.
 Allosterik Enzimler
n Enzim molekülünün aktif bir bölgesi dışında
başka bir yerine nonkovalent olarak bir
molekülün bağlanmasıyla kinetik özellikleri
değişen enzimlerdir.
n
n Bağlanan moleküle Modulatör veya Effektör
veya Regülatör molekül denilir.
n Modülatör molekülün bağlandığı bölgeye de
regülatör bölge denilir.
Allosterik Enzimler
Allosterik Enzimler
 Allosterik Enzimler

n Bir allosterik modülatör;

n Enzimin substratına olan afinitesini (ilgisini)
değiştirebilir (KM)
n Enzimin katalitik aktivitesini değiştirebilir (VM)
n Hem afinitesini hemde aktivitesini
değiştirebilir.
 Allosterik Enzimler
n Modülatör molekül enzim üzerinde negatif
veya pozitif bir etki gösterebilir.
n Pozitif modulatör veya pozitif effektör,
n Afinitesini ve/veya aktivitesini arttırabilir.
n Negatif Modülatör veya negatif effektör,
n Afinitesini ve/veya aktivitesini azaltabilir.
 Allosterik Enzimler
n Allosterik enzimlere, bir modulatör molekül
bağlanmasına sonucunda, enzim
konformasyonel değişikliğe uğrarlar.
n Allosterik enzimler özellikleri nedeniyle
oligomerik bir yapı gösterirler.
n Oligomerik yapının içinde katalitik bölge,
regülatör bölge farklı yerlerde bulunur.
n
Allosterik Enzimler
Allosterik Enzimler
 Allosterik Enzimler

n Enzimin kendi substratı effektör molekül

rolündeyse Homotropik etki
n Farklı bir molekül effektör rolundaysa
Heterotropik etkiden bahsedilir.
 Allosterik Enzimler

X C D E
A B

X C D E
A B
 Allosterik Enzimler

X C D E
A B

X M N O
K L
Hiperbolik ve Sigmoidal cevap
 Allosterik Enzimler
Enzim Allosterik Aktivasyonun
Treonin deaminaz Modülatör
İzolösin -şekli
Piruvat karboksilaz Asetil CoA +
Fosfofruktokinaz Fruktoz-6-fosfat +
Aspartat CTP -
transkarbomilaz
 Kovalent Modifikasyon
n Kovalent Modifikasyon ile regüle edilen
enzimler
n Enzime bir kovalent bağ ile bir grubun
bağlanması sonucu regüle edilmesidir.
n Fosforilasyon
n Metilasyon
n Adenilasyon
n Üridilasyon
n Adenozin difosfat ribozilasyonu
 Kovalent Modifikasyon
n Fosforilasyon
n En sık rastlanan
modifikasyon
şeklidir.
n Enzim proteininin bir
serin, treonin veya
tirozin grubunun
fosforilasyonuyla
veya
n fosforile grubunun
defosforilasyonu ile
enzim aktivitesi
modüle edilir.
n Bazı enzimlerin fosfo
formu aktif iken
bazılarında da
defosfo formu
 Fosforilasyon
n Enzimlerin fosforilasyonu veya
defosforilasyonu yine enzimlerle
gerçekleşir.ATP ADP P
Kinaz
İnaktif Enzi Enzi Aktif

Aktif
m m İnaktif
Fosforilaz
ATP ADP

Fosforilasyon enzimde konformasyonel değişime neden olur. Bu değişim ile

birlikte substrat bağlama ve/veya enzimatik aktivitede artış veya azalış ile
sonuçlanır.
Hücre içinde
protein
kinazların
fosforilasyonu
bir reaksiyon
dizisini
başlatır.
 Kovalent Modifikasyonlar:
ADP-Ribolizasyonu

ADP-ribozil grubu bir koenzim olan NAD’den gelir ve hedef proteine kovalent
bağlarla bağlanır. Böylece proteinin inaktivasyonuna neden olur.
 Kovalent modifikasyonlar:
ADP-ribolizasyonu
Hücrede sadece birkaç proteinde vardır.
Difteri ve kolera toksinleri hücredeki anahtar enzimlerin ADP-
ribolizasyonunu ve inhibisyonunu katalizlemektedir.
Difteri toksini translasyonda görevli bir protein olan
Elongation factor-2’nin inhibisyonuna neden olur.
Kolera toksini ise G proteinine atak yapar.
ZIMOJENLER
 Zimojen
n Proprotein olarak salgılanırlar.
n Protein eğer bir enzim ise Proenzim veya
Zimojen denilir
Enzimatik yıkım
Proteolitik etki Asidik yıkım
Proprotein

Aktif parça Uzaklaştırılan kısım

 Zimojen

 Pepsinojen-
Pepsin

Midede
Trp, Phe, Tyr, Met, Leu
Pepsinojen Pepsin gibi aminoasitlerin
(40 kDa) asidik (32,7 kDa) karboksil ucundan
hidrolizler
44 aminoasitlik birim uzaklaştırılmaktadır.

X-Trp-Y-….
 Zimojen
n Pankreas sindirim enzimleri de proenzim formunda salınırlar
n Tripsinojen-Tripsin
n Arg ve Lys karboksil terminalinden etki eder.
n

n Enteropeptidaz
n Tripsinojen Tripsin
n Kimotripsinojen-Kimotripsin
n Aromatik aminoasitlerin karboksil ucundan etki gösterir.
n Prokarboksipeptidaz-Karboksipeptidaz
n C terminalinde bulunan aminoasitleri amino ucundan
hidrolizler
n Proelastaz-Elastaz
n Alifatik aminoasitlerin (Gly, Val, Ala, Ile) karboksil ucundan
etkiler
 Zimojen
Enteropeptidaz Pankreas

Tripsinojen Tripsin

x
Proelastaz Elastaz
x
x Prokarboksipeptidaz Karboksipeptidaz
Kimotripsinojen
Kimotripsin

x
Prolipaz Lipaz
 Koagulasyon: Pıhtılaşma Mekanizması

IX
XI TF + VII a X
Prekallik
XII a rein Ca2+ PL Ortak Yol
HMW
Kininogen
Protrombin
XI a
PL , Ca 2+
IX a
VIII a PL , Ca 2+
Xa XIII
Va
İntrensek Ekstr ensek Trombin
Yol Yol

Fibrino j en Fibrin XIII a Fibrin

Monomer Pol i mer
 Zimojen


n Enzimin Zimojen formda olması diğer

proteolitik enzimlere karşı korunma
sağlamaktadır.
n Enzimatik aktivitelerin gerektiği zamanlarda
devreye girmesini sağlar.
n Sistemin düzenli çalışmasını sağlar ve
kontrol eder.

 İzoenzimler

n Bir enzimin ayı reaksiyonunu katalizliyen

fakat farklı fiziksel özelliklere sahip
(doku dağılımı, ısı, inhibitör ve
aktivatörlere yanıtı) farklı olan
formlarına İzoenzim (izozim) denir.
 İzoenzimler

1. Farklı organlarda farklı metabolik düzen.

 Glikojen fosforilaz – glikojen yıkımı – iskelet kası, karaciğer
izozimleri
3. Aynı hücre içindeki izozimler için farklı yerleşimler
ve farklı metabolik düzen.
 İzositrat dehidrogenaz – sitosol ve mitokondri izozimleri
5. Embriyonik ve erişkin dokularda farklı gelişim
dönemleri.
 LDH- fetal ve erişkin karaciğer izozimleri- malin kanserlerde fetal
izozimi artar.
7. İzozimlerin allosterik modülatörlere farklı tepkileri.
 Karaciğer hekzokinaz’ı ve doku glukokinaz’ın Glukoz 6-fosfat’la
inhibisyona duyarlılığı farklı.
n
 İzoenzimler

n Klinikte, total enzim aktivitesinin belirlenmesi ile

karşılaştırıldığında izoenzim ölçümleri daha yararlıdır.
n
n Farklı dokulardan kaynaklanan ve hasara uğramış doku
veya organı daha iyi belirleyebilen izoenzimler,
özgünlüğü arttıran göstergelerdir.
n
n Bir enzimin farklı izozimlerinin dağılımı en azından dört
unsuru yansıtır.
 İzoenzimler

Kreatin kinaz (CK), kreatin fosfokinaz (CPK); kreatin’in

fosforlanmasından sorumludur. 3 izoenzimi vardır:

İzoenzim Özelliği
CK-1 (CK-BB) Beyinde bulunur, serumda her zaman aktivite gösteremez.
CK-2 (CK-MB) Kalp kasında bulunur; plazma düzeyi normalde total CK düzeyinin %
2’sinden azdır; miyokard enfaktüsten sonra plazma düzeyi artar.
CK-3 (CK-MM) İskelet kasında bulunur, normalde plazma düzeyi total CK düzeyinin %
98’ini oluşturur.
 İzoenzimler
n LDH, Laktat dehidrogenaz;
n Piruvat’ın laktik aside dönüşümünden
sorumlu enzim.
n 5 tane izoenzimi vardır: LDH1, LDH2, LDH3,
LDH 4, LDH5.
 Ribozimler and Abzimler
 Oldukça yeni bulunmuşlardır
n Ribozimler – Protein olmaksızın enzimatik

aktivite gösteren RNA parçaları
n Örnek: RNaz P ve peptidil transferaz
n Abzimler – İlgili bir reaksiyonu denge formunda

tutan antikorlar (antibody, Ab)
n Science dergisinde, Vol. 269, sayfa 1835-
1842 (1995) bunlarla ilgili detay bilgi

bulunabilir.
TEŞEKKÜRLER