Bab 7

REKOMBINASI : PENGERTIAN HUBUNGAN DENGAN MUTASI, PERAN

TERHADAP PROSES EVOLUSI SERTA KEJADIANNYA
Pada percobaan penyilangan Drosophila melanogaster yang dilakukan pada tahun 1911,
T.H Morgan mengajukan interferensi tentang pautan yang dilakukan Gardner dkk pada tahun
1991. T.H Morgan adalah orang pertama yang melakukan percobaan tentang penyilangan pautan
dan pemisahan kromosom homolog. Namun pada akhir-akhir ini sudah ditemukan pernyataan
bahwa semua dari molekul DNA merupakan DNA rekombinan. Pada pernyataan diatas bisa
disimpulkan bahwa proses dari rekombinan bukanlah suatu kebetulan belaka namun merupakan
suatu proses dari proses selular dan enzim enzim yang bekerja juga akan di kode oleh setiap sel
secara sendiri sendiri.
Pengertian Rekombinasi dan Hubungannya dengan Mutasi
Rekombinasi pembentukan suatu asosiasi baru dari molekul-molekul DNA atau
kromosom. Asosiasi baru itu juga dapat terbentuk bagian-bagian molekul DNA (kromosom).
Pada pengertian dari rekombinasi dengan mutasi sebenarnya tidak memiliki hubungan meskipun
pada kedua peristiwa tersebut akan menimbulkan perubahan dari materi materi genetic.
Peran Rekombinasi terhadap Proses Evolusi
Banyak ahli menyatakan bahwa pindah silang penting di dalam proses evolusi (Gardner,
dkk, 1991). Dinyatakan lebih lanjut bahwa pindah silang bersama dengan kombinasi secara
bebas merupakan mekanisme-mekanisme yang menghasilkan kombinasi-kombinasi gen baru.
Proses seleksi alam selanjutnya hanya mempertahankan kombinasi-kombinasi yang
menyebabkan organisme paling sesuai hidupnya. Pada kenyataannya rekombinasi memang
merupakan suatu mekanisme sumber variasi genetik (Watson, dkk, 1987) disamping alternatif
yang lain. Masih ada satu hal lagi yang pasti berkenaan dengan peran rekombinasi sebagai suatu
mekanisme sumber variasi genetik, adalah bahwa evolusi mekanisme-mekanisme yang
mendorong pertukaran genetik antar individu benar-benar nyata dalam biologi seluruh organisme
mulai dari prokariot hingga ke eukariot tinggi (Ayala, dkk, 1984).
Rekombinasi juga memungkinkan sel untuk memperbaiki urutan nukleotida yang hilang,
di saat molekul DNA mengalami kerusakan akibat radiasi ataupun senyawa kimia, dengan cara
mengganti bagian yang rusak dengan sepenggal unting DNA yang berasal dari kromosom
homolognya. Lebih lanjut telah diketahui pula bahwa tipe rekombinasi tertentu ikut mengatur
ekspresi gen.
Dewasa ini sudah dikenal beberapa model yang berupaya menjelaskan bagaimana
peristiwa rekombinasi terjadi, namun demikian semua model itu ternyata memilki ciri-ciri yang
sama. Dalam hal ini dua DNA yang terlibat pada peristiwa rekombinasi umumnya merupakan
molekul-molekul beberapa yang mempunyai suatu daerah homolog, pada daerah homolog itu
urut-urutan nukleotida sama atau sekurang-kurangnya sangat mirip (Brown, 1989). Lebih lanjut,
molekul-molekul itu berjajar berdampingan, serta berinteraksi melalui pertukaran bagian-bagian
polinukleotida yang identik. Pertukaran bagian-bagian itu dikatalisis oleh enzim endonuklease
serta dibantu oleh pergeseran unting yang berakibat terbentuknya suatu percabangan pindah
silang. Di lain pihak terbentuknya percabangan pindah silang itu menimbulkan/ menghasilkan
suatu heteroduplex dan pada heteroduplex itu polinukleotida yang terputus dibagi diantara kedua
helix ganda. Celah atau bagian yang terputus itu ditutup oleh (enzim ligase DNA) dan
selanjutnya unting-unting ditukar melalui migrasi cabang dalam hal ini titik pindah silang
bermigrasi sepanjang kedua molekul. Urutan kejadian umum rekombinasi yang telah
dikemukakan, ditunjukkan pada Gambar 7.1 berupa model rekombinasi Holliday.
Struktur yang terlibat pada Gambar 7.1 sudah berhasil ditunjukkan sebagai hasil rekaman
melalui mikroskop elektron (Gambar 7.2). Struktur pada gambar 7.1 itu disebut juga sebagai
Holliday intermediate (Russel, 1992) atau recombination intermediate atau chi form
(Strickberger, 1985). Struktur tersebut ditemukan pada E. Colikhususnya terkait dengan plasmid
ColE, sebagai hasil sutau proses in vivo. Sebenarnya recombination intermediate juga sudah
ditemukan pada persilangan fag bakteri maupun pada adenovirus manusia sebagaimana yang
dilaporkan oleh Wolgemuth dan Hsu pada 1980 (Strickberger, 1985). Laporan tentang
recombination intermediate tersebut juga didasarkan atas hasil pengamatan melalui mikroskop
elektron.
Sebenarnya tampilan Holliday intermediate itu tidak sam persis dengan wujud aslinya
pada situasi in vivo. Wujud asli Holliday intermediate terlihat sebagai bentukan angka delapan.
Bentukan angka delapan itu terjadi akibat penggaabungan atau persinggungan dua buah plasmid
ColE, melalui jembatan silang (Ayala, dkk, 1984). Seperti diketahui molekul DNA plasmid ColE
berbentuk cincin. Tampilan Holliday intermediate seperti tersebut telrihat setelah dilakukan
pemutuskan plasmid ColE , pada tapak restriksi dengan bantuan enzim endonuklease EcoRI.
Seperti diketahui pada plasmid ColEterdapat satu tapak restriksi EcoRI.
Pembentukan Struktur Holliday pada Makhluk Hidup Eukariotik
Model Holliday mempertimbangkan proses dari putusnya unting yanga akan berlanjut
dengan terbentuknya DNA heteroduplex.dan terjadi pada kedua belah pihak , namun pada
analisis lain yang dilakuakan pada jamur menunjukan hasil yang berbeda yaitu hanya ada satu
pihak saja yang memiliki DNA heteroduplex.
Berkenaan dengan pertukaran anting yang asimetrik ini ada dua model yang dapat
berupaya menjelaskan. Kedua model ini adalah model Meselson- Radding dan pemutusan unting
ganda dan perbaikannya.
Pada model pertama yaitu model Meselson radding, prosesnya hanya dengan memutusan
unting satu pihak saja dan pemutusan ini nanti akan diperbaiki dari celah basil sebagai suatu
primer. Sedangkan pada pemutusan unting ganda dan perbaikannya diawali pembentukan celah
unting ganda. Kemudian ujung satu unting tunggal menginvasi helix yang lain. Sintesis DNA
pada kedua helix mengarah ke daerah DNA heteroduplex yang asimetrik pada helix resipien
maupun yang mengarah ke perbaikan celah pada helix donor melalui pergantian total dengan
acuan informasi pada helix resipien. Dan akhirnya akan terbentuk sepasang struktur holliday
yang resolusinya dapat menuju ke pasangan yang dapat atau tidak dapat menjadi rekombinan
bagi penanda samping. Pada model ini menjelaskan dengan sangatkhas dengan mengunakan
contoh khamir, namun juga masih dapat diobservasi mengunakan model meselson rading juga.




Bab 8
REKOMBINAN PADA MAKHLUK HIDUP EUKARIOTIK

Pindah Silang Pada Meiosis Makhluk Hidup Eukariotik
Peristiwa pindah silang terjadi selama sinapsis dari kromosom-kromosom homolog pada
zygotedanpachien. Pindah silang pada makhluk hidup yang pembelahan reduksinya berlangsung
selama meiosis I terjadikarenareplikasi kromosom berlangsung selama interface, maka pindah
silang terjadi pada tahap tetrad pascareplikasi pada saat tiap kromosom telah mengganda
sehingga telah terbentuk empat kromatid untuk tiap pasangan kromosom homolog.
Pindah silang sering terjadi sesudah replikasi atau duplikasi daripada sebelum replikasi
(pada tahap dua benang antara kromosom-kromosom dalam tiap pasangan homolog). Apabila
terjadi sebelum replikasi, semua hasil memperlihatkan ciri perekombinan. Jika terjadi setelah
replikasi maka hanya dua dari empat hasil suatu meiosis yang memperlihatkan tipe rekombinan.
Tetrad-tetrad yang seluruhnya merupakan ascospora-ascospora rekombinan jarang
ditemui, dan jika dijumpai itulah bukti bahwa tetrad-tetrad itu terbentuk akibat dua peristiwa
pindah silang yang berlangsung selama meiosis.

Pemetaan Kromosom
Faktor-faktor (gen) tersusun secara linear sepanjang kromosom. Pertukaran bagian-
bagian antara kromosom-kromosom homolog, memang menyebabkan perubahan posisi faktor
(gen) tertentu dari suatu kromosom pasangan homolognya.Keadaan semacam ini berakibat
munculnya tipe turunan yang bukan tipe parental yang disebut dengan tipe rekombinan.
Pindah silang hanya berlangsung selama meiosis pada individu betina. Pemetaan
kromosom dilakukan dengan memanfaatkan data frekuensi rekombinan (hasil persilangan)
akibat peristiwa pindah silang selama meiosis. Jarak antar dua faktor (gen) yang digunakan untuk
memperlihatkan posisi relative faktor-faktor (gen) pada kromosom itu. Satuanya digunakan
untuk memperlihatkan posisi faktor satu dengan yang lainnya pada suatu kromosom disebut
sebagai unit peta. Semua tipe rekombinan tidak dapat terbentuk secara sendiri-sendiri.
Pada pemetaan kromosom juga melakukan dengan memanfaatkan sarana persilangan
Trihibridasi contoh pada persilangan trihibridasi pada D. Melanogaster yang memiliki tiga factor
gen pada satu kromosom. Selanjutnya Interferensi Genetik yang menyatakan bahwa factor factor
(gen) tidak terlalu jauh maka frekuensi rekombinasi dapat dipandang sebagai suatu perkiraan
probabilitas bahwa proses rekobinasi terjadi karena factor factor tersebut.

Rekombinasi Somatik
Pada mamalia ditemukan lima kelas protein anti bodi atau immunoglobulin (lg) yaitu lg
A, lg D, lg E, lg G, lg H. Masing-masing antibody memiliki rantai H yang berbeda-beda yaitu
alpa, delta, epsilon, gamma, dan mu. Ada dua tipe rantai L (light) yaitu K (kappa) dan lamda.
Keduaraiperantaiini ditemukan pada seluruh kelas lg. Polipeptida penyusun antibody terbagi
menjadi daerah-daerah yang masing-masing terdiri dari 110 asam amino. Produksi molekul
protein penyusunan tibiodi mencakup sintesis rantai polopeptida yang konstan dan bervariasi
pada tiapmolekul.
Cara terbentuknya keragaman rantai L maupun rantai H adalah melalui rekombinasi
somatic. Pada rekombinasi genetic tersebut terdapat penataan kembali molekul DNA yang
meliputi penyambungan berbagai segmen gen membentuk suatu gen yang kemudian
dtranskripsikan menghasilkan suatu rantai gen. Pada DNA garis benih terdapat sejumlah gen
yang mengkode polipeptida K rantai L. Peningkatan keragaman polipeptida K rantai L terjadi
karena penggabungan segmen-segmen gen V
K
dan J
K
yang tidak tepat. Selama proses tersebut
sejumlah kecil pasangan nukleotida dari V
K
maupun J
K
yang beradapada daerah sambungan
V
K
J
K
hilang (terlepas) dari molekul DNA dan akibatnya terbentuk keragaman yang signifikan
pada daerah tersebut. Hal itu terjadi karena 1. Berubahnya urutan dari banyak segmen gen V
K
, 2.
Berubahnya urutan dari keempat segmen gen J
K
, serta 3. Berubahnya jumlah pasangan
nukleotida yang hilang atau terlepas pada daerah sambungan V
K
-J
K
.

Rekombinasi Mitosis
Pindah silang mitosis terjadi pada suatu tahap yang serupa atau mirip dengan tahap tetrad
miosis. Sesudah tiap kromosom mengalami replikasi mendahului metaphase, dua kromatid yang
berasal dari tiap kromosom induk jantan maupun betina berkumpul membentuk suatu tetrad yang
analog dengan bentukan tetrad meiosis dan pada tahap itulah pindah silang terjadi.
Pada contoh persilangan stren Drosopila Yellow (y) dan singed (sn) menemukan bahwa
sebagian besar keturunannya nantinya adalah betina yang meliki bagian tubuhnya bewarna
kuning serta mempunyai bristle pendek dan keriting yang juga berdekatan. Dan yang lain juga
memiliki bristle dan juga mata yang normal.

Rekombinasi pada Organel
Rekombinasi tidak hanya terjadi pada gen gen kromosom namun juga terjadi pada gen
sitoplasmik yang terdapat pada organel semacam mitokondria dan juga lainnya. Pada percobaan
yag dilakukan mengunakan Chlamydomonas oleh sager dan Romains serta oleh Gillham. Hasil
dari persilangan tersebut berupa 1200 turunannya dan 20% diantaranya merupakan tipe
rekombinan padahal gen-gen yang terkait terletak pada genoom kloroplas yang sirkuler.