Centro de Bioinformtica y Biologa Genmica (CBGB) Fundacin Ciencia & Vida (FCV)

Pauta: ejercicios bsicos de bioinformtica En la siguiente pgina est la secuencia problema en formato FASTA. 1) Dirjase a NCBI BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) y ejecute un BLASTN de la secuencia problema contra la base de datos no-redundante. Cules son los mejores hits para esta secuencia? Qu puede indicar estos valores, acerca de origen de la secuencia problema? 2) Utilice ORF Finder del NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/) para analizar su secuencia. Cuntos ORFs encuentra? Cules podran ser los ORF con funcin real? En esta pgina, usted puede ejecutar la herramienta BLASTP para cada ORF que posee. Cul es el resultado de BLASTP para cada uno? 3) Para la secuencia proveniente del ORF ms largo, seleccione el mejor hit y obtenga su secuencia proteica en formato FASTA desde la pgina de resultados del BLAST realizado en el punto anterior. Tambin pruebe con la opcin de alineamiento mltiple que aparece en la pgina de resultados de BLAST. Qu se puede obtener con un alineamiento mltiple? 4) Dirjase a InterProScan (http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/) y analice la secuencia de la protena seleccionada. Qu dominios conservados posee? 5) Utilice TMHMM (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/) para analizar la protena seleccionada. Realice lo mismo utilizando PsortB (http://www.psort.org/psortb/). Qu conclusin puede tomar de la prediccin de estas herramientas? 6) A continuacin, regrese al paso (2), busque la secuencia del segundo ORF ms largo y obtenga su mejor hit de BLAST. A continuacin, utilice el BLAST de KEGG (http://www.genome.jp/tools/blast/), para buscar la reaccin enzimtica que realiza esta protena y en qu ruta podra estar asociada. 7) Dado a que esta secuencia problema es una secuencia proveniente de un cromosoma bacteriano, la regin ro arriba de los ORFs codificantes para las protenas podra contener un promotor. Respecto a ello, seleccione la secuencia de nucletidos que corresponda a la regin promotora, dirjase al promoter predictor de la pgina del BDGP (http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html) y analice la secuencia promotora. Encuentra alguna prediccin?

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