Oksidatif Fosforilasyon

Oksidatif fosforillenme elektronlarn solunum zincirine girileriyle balar. Bu elektronlarn pek ou dehidrogenazlarn etkinliinden aa kar, dehidrogenazlar ykm yollarndan elektronlar toplar ve onlar ortak elektron alclarna; nikotinamit nkleotitler (NAD veya NADP) veya flavin nkleotitler (FMN veya FAD)- aktarr. Nikotinamit nkleotit-bal dehidrogenazlar, aadaki geri dnml tepkimeleri katalizler; ndirgenmisubstrat+NAD(P) ykseltgenmi substrat+ NAD(P)H+H

NAD-bal dehidrogenazlar substratlarndan iki hidrojen atomu karr. Bunlardan biri bir hidrid iyonu olara NADye aktarlr; dieri ortama H iyonu olarak salnr. NADH ve NADPH, dehidrogenazlarla birlikte geri dnml alabilen, suda-eriyen elektron tayclardr. NADH elektronlar ykm tepkimelerinden kendisinin solunum zincirine giri noktasna kadar tar. NADPH genellikle anabolik tepkimelere elektron salar. Ne NADH ne de NADPH mitokondri i zarn geemez.

Flavoproteinler; yapsnda ok sk, bazen kovalent bal nkleotit (FMH veya FAD) bulundurur. Okside flavin nkleotit bir elektron veya iki elektron (FADH2 veya FMNH2) alabilir. Flavoproteinler okside bileiklerden daha yksek bir indirgenme potansiyeline sahip olduklar iin elektron transferi yapar. NAD ve NADPden farkl olarak, bir flavin nkleotitin standart redksiyon potansiyeli birlikte bulunduu proteine baldr.

Mitokondrideki solunum zinciri, biribiri ardsra etki gsteren elektron tayclar serisidir. Birou prostetik gruplaryla bir ya da iki elektron alabilen/verebilen integral proteindir. Oksidatif fosforillenmede 3 tip elektron transferi gzlenir (1) elektronlarn dorudan transferi, Fe+3in Fe+2e indirgenmesi gibi (2) hidrojen atomu olarak transfer (3) hidrit iyonu olarak transfer, iki elektron yakalar.

NAD ve flavoproteinlerden baka, solunum zincirinde tip daha elektron tayan molekl ilevi gzlenir;

Hidrofobik kinon (Ubikinon) ve demir ieren iki farkl tip protein (sitokromlar ve demir-slfr proteinleri)

Ubikinon (koenzimQ veya ksaca Q) uzun izoprenoid yan zincire sahip yada eriyen bir benzokinondur. Ubikinon, hem kk hem de hidrofobik olduundan mitokondri i zarnn lipit ift tabakasndan serbeste geebilen ve indirgen edeerlikler ile dierleri arasnda mekikleyebilen, zarn az hareketli elektron taycsdr. Hem elektron hem de proton tar.

Sitokromlar, demir-ieren hem prostetik gruplarndan dolay grnr kta karakteristik kuvvetli absorbsiyon gsteren proteinlerdir. Mitokondri, k absorbsiyon spektrumundaki fark ile ayrt edilebilen a, b ve c olarak tanmlanm snf sitokrom bulundurur. Sitokromlar indirgenmi hallerinde (Fe+2), grnr blgede absorbsiyon band verir.

Sitokrom a ve bnin hem kofaktrleri, sk ancak kovalent olmayacak ekilde, birlikte altklar proteinlere baldr. Sitokrom clerin hemleri sistin ularna kovalent balanmtr.

En uzun dalga boyuna sahip bant, yaklak 600 nm civarnda sitokrom a tipi 560 nm civarnda tip c

lk olarak Helmut Beinert tarafndan tanmlanan demir-slfr proteinlerde, demir hem yapsnda bulunmaz, ama inorganik slfr atomlaryla proteindeki sistinin slfr atomlaryla veya her ikisiyle ilikili olabilir. Mitokondri solunum zinciri tarafndan katalizlenen tm tepkimelerde elektronlar, NADH, sksinat veya dier baz birincil elektron vericilerden flavoproteinlere, ubikinona, demir-slfr proteinlere, sitokromlara ve sonuta oksijene doru akar.

NADH-reduktaz (kompleks I), sksinat-Q redktaz (kompleks II), Q-sitokromc redktaz (kompleks III), sitokrom c oksidaz (kompleks IV)

Kompleks I NADH balayarak onu yeniden NAD okside eder. ki elektron FMNye aktarlr, her elektron hidrojen iyonu ile birlikte alnr. Kompleks I iinde FeS protein kmelerine elektronlar tanr Ferrik demir ferrze dnr, elektronlar ubikinona aktarlr ve ferrik demir haline geri dner.

Ubikinon, ubikinole (CoQH2) dnr. ki elektronunu KompleksIIIe verir ve H iyonlar serbest kalr. Bu kompleks FeS, sitokrom b ve sitokrom c1 ierir. Sitokrom b, FeS ve sitokromc1den elektronlar sitokrom cye aktarlr.

Sitokrom c i mitokondriyal zarn d yzeyinde gevek biimde bal periferik zar proteinidir. komplekIIIe balanarak Fe+3 nin Fe+2ye dnmnden gelen elektronlar alr. Kompleks (IV)e balanarak elektronunu ona aktarr.

Sitokrom c oksidaz iki sitokrom (sitokrom a ve sitokrom a3) ierir. Sitokrom a bir bakr atomu (CuA) ile, sitokrom a3 ise baka bir bakr atomu (CuB) ile eleir. Elektron transferi srasnda sitokromlardaki demir atomlar Fe+3 ve Fe+2 durumlar arasnda devir yaparken, bakr atomlar da Cu+2 ve Cu arasnda devir yapar.

Elektron tanma zincirindeki btn elektron tayclar redoks potansiyellerine gre etkileimde bulunurlar. Her bir elektron transferinin gerekletii srada elektronu alan tayc veren taycya gre daha yksek bir elektron ilgisine (redoks potansiyeline) sahiptir. Bylece, zincirde en negatif ve redoks potansiyeline ve en dk elektron ilgisine sahip NADHdan zincirin en pozitif redoks potansiyeline ve en yksek elektron ilgisine sahip molekl olan oksijene net bir elektron ak olur.

Her bir sitokrom, her bir FeS merkezi ve her bir bakr atomu yalnzca bir elektron tayabilirken her bir NADH iki elektron verir. Her bir oksijen moleklnn bir su moleklne redkte olmas iin ise drt elektron almas gerekir. Birbirinden farkl elektron tutma zellikleri olan eitli elemanlar uyum iinde alacak bir biimde dzenlenmitir.

Zincir boyunca redoks potansiyelindeki deiim, gerekleen serbest enerji deiiminin bir lsdr. Zincir boyunca potansiyel azalr (yani daha pozitif olur), ancak bu azalma balca protein kompleksi olan Kompleks I, III ve IV e karlk gelen nemli aamada olur. Bu aamann her birindeki serbest enerji deiimi H iyonlarn mitokondriyal matrikstn i mitokondriyal zar yoluyla zarlar aras bolua pompalayacak kadar byktr. Bu protein kompleksinin her biri elektron tanmas ile ynetilen birer H pompasdr.

Sksinat dehidrogenaz sitrik asit dngsnde sksinatn fumarata oksidasyonunu katalize eder. Sksinat dehidrogenaza bal bulunan FAD tepkime srasnda FADH2ye redklenir. FADH2nin yeniden oksidasyonu i mitokondriyal zarda entegre olmu suksinat-Q-redktaz (Kompleks II) araclyla gerekleir. Sksinat dehidrogenaz ayn zamanda FeS kmeleri bu kompleksin bir parasdr.

FADH2nin yeniden oksidasyonu srasnda FADH2deki iki elektron nce FeS kmelerine, sonra ubikinona geer. Bu elektronlar Elektron tama zincirine girer ve NADH oksidasyonunda olduu gibi H iyonlarnn mitokondriden dar pompalanmasna neden olurlar. Fakat, suksinat dehidrogenazn kendisi bir H pompas deildir, nk bu tepkimeledeki genel serbest enerji deiimi ok kktr. Gliserol-3-fosfat mekiindeki mitokondriyal gliserol-3-fosfat dehidrogenaz ve ya asidi oksidasyonundaki ya ail CoA dehidrogenaz gibi dier flavoproteinlerin FADH2si de elektronlarn elektron zincirindeki ubikinona aktarr.

Elektron Tanm nhibitrleri

Spesifik elektron tayaclarnn bilinen birka inhibitr vardr. Rotenon ve amitol

Antimisin A

Elektron tamasn NADH-Q redktazda inhibe edip NADHn oksidasyonunu nlerken, FADH2n elektronlarn zincire CoQ zerinden verildiinden (yani inhibisyon noktasndan sonra) ayn durum altnda FADHn oksidasyonu devam eder. Elektron tanmn Q-sitokrom c redktaz kompleksinde basklar

Siyanid (CN), azid (N) ve karbon monoksit (CO)

Sitokrom c oksidaz inhibe eder.

Bitki Mitokondrisinde NADH Oksidasyonu iin Alternatif Mekanizma Vardr

Bitki mitokondrisi az kl veya karanlk ortamda ATP gereksinimini fotosentetik olmayan organizmalardaki mekanizmayla karlar. Ikta mitokondri NADHn temel kayna, glisinin fotosolunumla serine dnt bir tepkimedir; 2Glisin+NAD serin+ NADH+ H+CO2 +NH4

Bitkiler ATP retimi iin NADHa gerek duymasalar bile, bu tepkimeyi yapmak zorundadr. Bu gereksinilmeyen NADHdan tekrar NAD oluturmak iin, bitki mitokondrisi elektronlar NADHdan, Kompleks III, IV ve bunlarn proton pompalarn atlayarak, dorudan ubikinona ve ubikinondan da dorudan oksijene geirir. NADHdaki enerji s olarak dalr, bu bazen bitkiler iin nemli olabilir. Sitokrom c oksidazdan (Kompleks IV) farkl olarak alternatif QH2 oksidaz, siyanrle inhibe edilmez. Siyanre direnli NADH oksidasyonu, bu yzden, bu zgn bitki elektron transfer yolunun bir belirtecidir.

ATP SENTEZ

Proton deriimindeki bir fark nasl ATPye dnebilir? Fosforillenme elemesinin kimyasal mekanizmas Peter Mitchell tarafndan nerilen kemiozmotik model bu mekanizma iin rnektir. Modele gre, proton deriimi fark ve mitokondri i zarnn iki tarafnda yklerin ayr kmelenmesinde mevcut olan elektrokimyasal enerji, yani proton hareket gc, protonlarn pasif olarak matrikse bir proton kanalndan geirirken ATP sentaz enzimi de ATP yapmn salar.

Mitokondri izole edilip, ADP, Pi ve sksinat gibi oksitlenebilen bir substrat ieren tampona eklendiinde, kolayca llen u olay gzlenir; (1) substrat oksitlenir (sksinat fumarat verir) (2) oksijen tketilir (3) ATP sentezlenir. Oksijen tketimi ve ATP sentezi, ADP ve Pi kadar, oksitlenebilen bir substratn varlna da baldr.

Kemiozmotik teori, mitokondride elektron transferinin ATP sentezine baml olmasn kolaya aklar. Protonlarn ATP sentazn proton kanalndan matrikse geii durduu zaman protonlarn tekrar matrikse geebilecekleri bir yol kalmaz Dier yanda, solunum zincirinin protonlar da verme aktivitesinin devam etmesi byk bir proton fark oluturur. Bylece proton-hareket gc, matriksten darya protonlarn pompalanmasna (serbest enerji) yetecek kadar veya NADHdan oksijene elektron transferi ile salnan enerjiyi ancaya kadar oluturulur.

ATP sentaz

ATP sentaz i zardan kre eklinde kntlar olarak grlebilir. Racher tarafndan 1960 ylnda bu kreciklerin vezikllerden karlabilecei ve izole edilmi bu yaplarn ATPyi hidrolize ettii, yani kreciklerin ATPaz aktivitesine (Buna F1ATPaz denir) sahip olduklar ortaya konmutur. F1ATPazdan arndrlm kk mitokondriyal vezikllerin ise elektron tama zincirinde elektron tanmas yapabildikleri ancak bunlarn ATP sentezleyemediklerini gstermitir.

Bu plak mitokondriyal vezikllerde ATP sentazn dier nemli paras olan ve i mitokondriyal zarn iine gml olup onu bir batan bir baa geen F0 bulunur. Bu iki ana paradan olutuu iin ATP sentaz ayn zamanda F0F1ATPaz olarak da bilinir. Btn halinde bu kompleks elektron tanmndan serbest kalan enerjiyi kullanarak ATP sentezini gerekletirirken, elektron tanm olmad zaman enzimin F1 bileeni ATP hidroliz eder.

http://www.youtube.com/watch?v=lOgea8 9L1UY

Proton-Hareket Gc Aktif Transporta Enerji Verir

Mitokondride proton farknn temel rol ATP sentezi iin enerji salamak olsa da, proton-hareket gc oksidatif fosforillenme iin art olan eitli tama ilemlerini de yrtr. Mitokondri i zar genelde ykl moleklleri geirmez, ancak ADP ve Pi matrikse, ATPyi de sitozol dna tayan iki zel sistem bulundurur.

Adenin translokaz

nkleotit

zara entegre olmutur, zarlar aras bolukta ADP balar ve onu matrikse tarken buradan bir ATP molekln e zamanl darya alnr. Drt negatif ykn, negatif ykle karlkl tanmas (antiport) nedeniyle, tayc aktivitesi transmembran bir elektrokimyasal fark oluturur ve matriks net negatif ykl hale gelir; proton-hareket gc ATP-ADP deiimini salar.

Adenin nkleotit translokaz atraktiloze zgl olarak inhibe olur, bu madde bir deve dikeni trnce retilen toksik bir glikolizittir. Eer mitokondri iine ADP girii ve ATP k inhibe olursa, sitozolik ATP ADPden tekrar oluamaz, bu da atraktilozidin toksik etkisini aklar.

kinci bir zar transport sistemi oksidatif fosforilenme iin art olan fosfat translokazdr ve matrikse bir H2PO4 ile bir H tar (simport). Bu tama ilemi transmembran proton fark tarafndan desteklenir.

Mekik Sistemleri Gerekir

Hayvan hcrelerinin mitokondri i zar NADH dehidrogenaz, sadece matriksteki NADHdan elektron alabilir. Bilindii gibi i zar NADHa geirgen deildir zel mekik sistemleri dolayl bir yolla indirgeyici edeerlikli sitozolik NADHdan mitokondriye tar. En aktif NADH mekii, karacier, bbrek ve kalp mitokondrisinde ilevsel olan malat aspartat mekiidir.

ndirgeyici edeerlikler nce sitozolik NADHdan sitozolik oksaloasetata tanr ve malat oluur, bu tepkimeyi sitozolik malat dehidrogenaz katalizler. Bu ekilde oluan malat, malat-alfa-ketoglutarat taycsyla i zardan geer. Matriks malat dehidrogenazn etkisiyle, matrikste indirgeyici edeerlikler NADye aktarlr ve NADH oluur; bu NADH elektronlarn solunum zincirine dorudan verebilir. Bu ekilde oksijene iletilen elektron iftiyle 2.5 molekl kadar ATP aa kar.

skelet kas ve beyin farkl bir NADH mekii kullanr. Gliserol-3-fosfat mekii Bu mekik, NADHdan indirgeyici edeerlikleri KompleksI yerine Kompleks IIIe (ubikinon aracl ile) tamas asndan malat-aspartat mekiinden ayrlr ve elektron ifti bana sadece 1,5 ATP sentezleyecek enerji salar. Yksek bitkilerin mitokondrisinde, eksternal ynlenmi NADH dehidrogenaz bulunur, bu enzim sitozolik NADHdaki elektronlar solunum zincirine dorudan ubikinon sayesinde aktarabilir.

Elenme ve Solunum Kontrol

Elektron tanmas normalde ATP senteziyle skca bir elenme gsterir. Elektron tanm gerekleip bunun sonucunda bir proton gradiyenti olumadka ATPnin sentezlenmeyecei aktr. Bu nedenle oksidatif fosforilasyon iin NADH ya da FADH2, oksijen, ADP ve inorganik fosfata ihtiya vardr. Oksidatif fosforilasyonun gerek orann ADP varl belirler.

Eer mitokondriye ADP eklenirse elektronlar zincirden aaya aktka oksijen tketimi oran artar ve tm ADP daha sonra ATPye fosforile olduu zaman oksijen kullanm oran azalr. Bu olaya solunum kontrol denir. Bu mekanizma ile sadece ATP sentezine ihtiya olduu zaman elektronlarn zincirden aa akmas salanr. ATP dzeyi yksek ve ADP dzeyi dkse elektron tanm gereklemeyip sitrata ek olarak NADH ve FADH2 ortamda birikir. Bu durumda sitrik asit dngs ve glikolizin inhibisyonuna neden olur.

Azot Metabolizmas

Amino asitler ve nkleotitleri oluturan biyosentetik yollarn tm azota gereksinir. znr, biyolojik olarak yararl azot bileikleri doal ortamlarda genellikle ok az bulunduklar iin ou organizmalar amonyak, amino asit ve nkleotit kullanmnda ok kat bir ekonomi uygularlar. En nemli azot kayna, bete drd molekler azot (N2) olan havadr. Fakat, ancak birka tr atmosferik azotu canl organizmalar iin yararl forma dntrebilir (siyanobakteriler)

Farkl trlerin metabolik ilemleri biyolojik olarak uygun azotu kurtarmak ve tekrar kullanmak iin, bir azot dngsnde, birbirinden bamsz olarak alr. Dngdeki ilk basamak atmosferik azotun azotfikseleyen bakterilerce amonyak (NH3 veya NH4+) oluturmak zere fiksasyonu (indirgenmesi)dur. Amonyak ou canl mikroorganizma tarafndan kullanlabildii halde, enerjisini amonya nitrit (NO2-)e ve sonuta nitrata (NO3-)a oksitleyerek elde eden toprak bakterileri o kadar yaygndr ki, topraa ulaan amonyan hemen hemen tm nitrata oksitlenmitir. Bu ileme NTRFKASYON denir.

Bitkiler ve pek ok bakteri nitrat ve nitriti alp nitrat ve nitrit redktazlar aracl ile indirgeyebilir. Bu ekilde oluan amonyak bitkiler araclyla amino asitlere katlr. Bylece hayvanlar proteinlerini oluturmak zere, esansiyel ve esansiyel olmayan amino asit kayna olarak bitkileri kullanrlar. Organizmalar ld zaman, proteinlerin mikrobiyal ykmyla amonyak topraa dner, nitrifikasyon yapan bakteriler amonya burada tekrar nitrit ve nitrata dntrr.

Fikselenen azot ve atmosferik azot arasnda anaerobik koullarda nitrat N2ye dntren bakterilerce bir denge oluturulur, bu ileme DENTRFKASYON denir. Bu toprak bakterileri, ATP sentezlemek zere transmembran proton gradiyant oluturan bir dizi tepkimede, en sondaki elektron alcs olarak oksijen yerine NO3_ kullanrlar.

Teekkrler