ENZMLER

Katalitik RNA molekllerin kk bir grubu hari btn enzimler proteindir. Katalitik aktiviteleri, doal protein konformasyonunun salamlna baldr. Denatre olursa = katalitik aktivitesi kaybolur. Enzim bileenleri amino asitlere dntrlrse = katalitik aktivitesi kaybolur. Protein enzimlerinin birincil, ikincil, ncl ve drdncl yaps katalitik aktivite iin esastr.

 Yaklak olarak 12 000 den 1 milyona deien molekl arlna sahiptir. Baz enzimler a.a kalntlar dnda aktive iin kimyasal gruplara gereksinmez. Dierleri kofaktr olarak adlandrlan Fe, Mg, Mn ve Zn gibi bir veya daha fazla inorganik iyona veya Koenzim olarak adlandrlan kompleks organik ve metalloorganik molekllere gereksinir. Baz enzimler aktivite iin hem koenzime hem de bir ya da birden fazla metal iyonuna gereksinir.

 Prostetik grup; enzim proteine ok sk olarak veya hatta kovalent olarak balanan bir koenzim veya metal iyonuna denir. Holoenzim; metal iyonlaryla ve/veya koenzimiyle birlikte katalitik olarak aktif olan enzimdir.
Protein ksm apoenzim veya apoprotein olarak adlandrlr.

Koenzimler zgl ilevsel gruplarn geici taycs olarak ilev yapar. Koenzimler ounlukla vitaminlerden retilir.

Snflandrlmas
Birok enzim; aktivitesini tarif eden deyim veya bir kelimeyle ya da substratn adna -az soneki ilavesi ile adlandrlr.
reaz=renin hidrolizi DNA polimeraz=DNA oluturmak polimerlemesini katalizler Pepsin ve tripsin=substratlarn belirtmeksizin isimlendirilir. zere veya nkleotidlerin tepkimelerini

Uluslararas anlama ile bir sistem belirlenmitir. Alt temel gruba ayrlr. Her enzime, katalizledii tepkimeyi tanmlayan drt sayl bir snflandrma numaras ve sistematik bir ad tahsis edilir.

Enzimlerin Uluslararas Snflandrlmas

1. Oksidoredktazlar= elektron transferi 2.Transferazlar= Grup-transfer tepkimeleri 3. Hidrolazlar= Hidroliz tepkimeleri (ilevsel gruplarn suya transferi) 4. Liyazlar= ift balara gruplarn ilavesi ve gruplarn yer deitirmesiyle ift balarn olumas 5. zomerazlar= zomerik formlar oluturmak zere molekller iinde gruplarn transferi 6. Ligazlar= ATPnin ayrlmasyla elemi kondensasyon tepkimeleriyle C-C, C-S, C-O ve C-N balarnn olumas

 ATP:glukoz fosfotransferaz; ATPden glukoza fosforil grubunun transferini katalizler.

2.7.1.1=
(2) snf ad (transferaz) (7) altsnf (fosfotransferaz) (1) alc olarak hidroksi grubunu ieren bir fosfotransferaz (1) fosforil-grubu alcs olarak D-glukozu gsterir.

Enzimler Nasl alr

Yiyeceklerin sindirimi, sinir uyarlarnn gnderilmesi veya kas kaslmas iin gerekli tepkimeler KATALZ OLMAZSA yayarl oranda olumaz. Bir enzim bu problemleri belirli bir tepkimeyi enerjitik olarak daha tercih edildii zgl bir ortam salayarak ortadan kaldrr.

 Enzimle-katalizlenen bir tepkimenin ayrc zellii;

Aktif yer olarak adlandrlan enzim zerindeki snrlandrlm bir blgenin iinde meydana gelmesidir. Aktif yere balanan ve enzimin zerinde aktivite gsterdii molekl substrat olarak adlandrlr.

Aktif blge yzeyi, yan gruplar substrata balanan ve bunun kimyasal transformasyonunu katalizleyen amino asit kalntlaryla oluturulmutur.

 Bir enzimin aktif blgesi substrata balanan ve bunun rne dntren blgesidir. Btn enzim moleklnn nispeten kk bir parasdr Dorusal polipepetid zincirlerinde birbirinden uzakta olabilen amino asitlerden meydana gelen boyutlu bir yapdr. Aktif blge ou zaman substratn balanmasn arttran ounlukla polar olmayan bir ereveyi oluturan enzim yzeyindeki bir atlak veya oyuktur.

 Substrat(lar) aktif blgeye oklu zayf kuvvetlerle ve baz durumlarda tersinir kovalent balarla balanr. Substrat molekl balanp bir enzimsubstrat kompleksi oluunca enzimin
Aktif blgesindeki katalitik olarak etkin amino asitler substrat molekln ilk nce gei hali kompleksine ve sonra zeltiye salnan rne dntrrler.

 1880de Adolphe Wurtz tarafndan;

Enzim-substrat kompleksinin varl gsterilmitir.

Bu kompleks enzim aktivitesinde merkezi bir rol oynar. E-S kompleksi;

Enzim mekanizmalarnn teorik tanmlanmas Enzimle-katalizlenen tepkimelerin kinetik davrann aklayan matematiksel ilevler iin balama noktasdr.

 Anahtar-Kilit Modeli;
1984de Emil Fischer Enzim substrat ve aktif blgesinin ekli iin kilidi iindeki bir anahtar gibi bunlarn birbirine getii dnlmtr. ki ekil doru hizalanp bir araya getirildiinde kat, sabit ve birbirine kusursuz bir ekilde tamamlayc olduu dnlr.

ndklenmi uyum Modeli

1958de Daniel E. Koshland Substrat balanmas enzimin aktif blgesinde konformasyonel bir deiimi indkler. Ayrca enzim substrat gei halinde benzer bir konformasyona zorlayarak biimini bozabilir. Glukozun hekzokinaza balanmas enzim yapsnda konformasyonel bir deiimi indkleyebilir yle ki aktif blge substrat (glukoz) enzime balandktan hemen sonra substrata tamamlayc (komplementer) olan bir ekle girer.

Enzimler Tepkime Dengesini Deil Hzn Etkiler

E, S, Pnin enzim, substrat ve rn temsil ettii durumda basit bir enzimatik tepkime yukardaki gibidir. ES ve EP enzimin substrat ve rnle oluturduu gei kompleksleridir. Katalizrn ilevi, tepkimenin HIZINI arttrmaktr. Katalizr tepkime DENGESN etkilemez.

Enzim Analizi
Varolan protein enzimin miktar, oluturduu katalitik etkiye gre belirlenebilir (analiz edilebilir). Bu katalitik etki=substratn rne dnmdr. Bir enzimi analiz etmek amacyla katalizlenen tepkimenin tm eitlii bilinmelidir.
Substratn ortadan kalkmasnn veya rnn ortaya kmasnn belirlenmesi iin analitik bir ilem olmaldr. Kofaktre gereksinim duyup duymad Enzimin optimum seviyede aktif olduu pH ve scaklk

 Bir enzim rnn ortaya kma hz veya substratn ortadan kalkma hz llerek kolaylkla analiz edilir. Eer substrat (veya rn) belirli bir dalga boyunda absorpluyorsa bu molekllerin konsantrasyonlarndaki deiimler bir spektrofotometre kullanlarak bu dalga boyundaki absorbans deiimini takiben llebilir. Eer substrat floresans yayyorsa konsantrasyondaki deiimler bir florimetre kullanlarak floresans ktaki deiimleri takiben llr.

 Pek ok tepkime uygun bir dalga boyunda absorplayan substrat veya rn iermez. Bu tepkimeyi katalizleyen enzimi karakteristik bir absorbans deiimi ieren ikinci bir tepkime ile eleyerek analiz etmek mmkndr. Glukoz oksidaz enzimi; glikoz oksidazz enzimi glikozu glikonik asit ve hidrojen perokside paralar. Substratn rne dnm absorbansta bir deiim ile sonulanmaz Hidrojen peroksit ikinci bir enzimle (peroksidaz) tepkimeye sokulabilir. Peroksidaz ayn anda renksiz bir bileii absorbans kolaylkla llebilir bir bileie (kromojen) evirir.

 lk enzimin aktifliinin doru olarak llebilmesi iin; kinci enzim (peroksidaz) ve bunun kosubstartlar veya koenzimleri ar tutularak elenik enzim analizde hz kstlayc basamak olmamas salanmaldr. Bu renkli kromojenin oluma hz hidrojen peroksidin oluma hzyla orantl olmasn salar Dolaysyla hidrojen peroksidin oluumu glukoz oksidazn aktiflii ile orantl olur.

zoenzimler
Ayn tepkimeyi katalizleyen fakat izoelektrik nokta, optimum pH, substrat ilgisi veya inhibitrlerin etkisi gibi farkl fiziksel veya kinetik zellikler gsteren bir enzimin farkl formlardr. NADH koenzimi varlnda pirvatn laktata tersinir dnmn katalizleyen laktat dehidrogenaz (LDH) LDH amino asit dizilerinde kk farkllklara sahip H ve M olarak adlandrlan iki farkl alt birimden oluan bir tetramerdir.

 ki alt birim H4, H3M, H2M2, HM3 ve M4 bileimlerine sahip be izoenzim oluturarark birbiri ile rastgele birleebilir. Be izoenzim elektroforetik olarak ayrlabilir. M alt birimi iskelet kas ve karacierde ounluktadr. H alt birimi kalpte daha oktur. H4 ve H3M izomerleri arlkl olarak kalp v krmz kan hcrelerinde bulunur H2M2 arlkl olarak beyinde bulunur. zoenzim dalm belli bir dokunun karakteristiidir.

KARBOHDRATLAR

 Karbohidratlar doada en bol bulunan molekllerdendir. Tm olmamakla birlikte birok karbohidrat formulasyonu=(CH2O)n Bazs ayn zamanda nitrojen, fosfor ve slfr ierir. ana snfa ayrlr;
A) Monosakkaritler B) Oligosakkaritler C) Polisakkaritler

 Monosakkaritler= tek bir polihidroksi aldehit veya keton biriminden ibarettir.

D-glukoz

Oligosakkaritler=monosakkarit birimlerinin veya kalntlar, glikozidik balar denen karakteristik balantlarla birletii ksa zincirlerden oluur.
Sukroz=D-glukoz+D-fruktoz

Polisakkaritler=yaklak biriminden fazla

20

monosakkarit

Selloz=dorusal zincirlerden oluur Glikojen= Dall zincirlerden

Monosakkaritler ve Disakkaritler
En basit karbohidratlar=Monosakkaritler Bir veya daha fazla hidroksil grublu aldehitler ya da ketonlardr Alt karbonlu glukoz ve fruktoz, be hidroksil grubuna sahiptir. Kiral merkez=karboksil gruplar balanan hidroksil gruplar

 ALDOZ; karbonil grubu zincirin sonunda KETOZ; karbonil grubu her hangi bir konumda En basit monosakkaritler iki karbonlu triozlardr
Gliseraldehit; aldotrioz Dihidroksiaseton; ketotrioz

Tetroz=4, pentoz=5, hekzos=6 ve heptoz=7

Monosakkaritlerin Asimetrik Merkezleri Vardr

Dihidrosiaseton dndaki tm monosakkaritler bir ya da daha fazla asimetrik (kiral) karbon atomu ierirler. Optik olarak aktif izomerik formlar oluur. En basit aldoz olan gliseraldehit tek bir kiral merkez ierir. ki farkl optik izomeri, ya da entomeri vardr. D izomeri, L izomeri Kiral merkezi olan dier biyomolekller gibi ekerlerin tam konfigrasyonlar x-n kristalografisiyle ortaya konulmaktadr. Bir ekerin yapsn kat zerinde gstermek iin= Fischer projeksiyon formll

 Genel olarak n kiral merkezi olan bir molekl 2 zeri n stereoizomere sahiptir. Her bir karbon zincirinin monosakkaritlerinin stereoizomerleri, karbonil grubundan en uzak kiral merkezi bakmndan iki gruba ayrlabilir. D-izomerler, L-izomerler Projeksiyon formlnde referans karbonun hidroksil grubu sapda ise D-izomeridir. Referans karbonun hidroksil grubu solda ise L izomeridir. Canl organizmalardaki heksozlarn ou D izomeridir.

 Sadece 1 karbon zerindeki konfigrasyon bakmndan farkl iki eker epimer olarak adlandrlr. D-glukoz ve D mannose; D-glukoz ve D-Galaktoz Baz ekerler doal olarak L-formunda bulunur
L-arabinoz

 Teekkrler