Biyokimya Ders III

Polipeptitler Karakteristik Amino Bileimlerine Sahiptir

Peptit veya proteinlerin asitle hidrolizinin rn serbest -amino-asitlerin bir karmdr. Her protein tamamen hidroliz olduunda hidroliz rn farkl amino asitlerin karakteristik bir oran veya karmdr. 20 standart amino asit proteinlerde daima eit oranda bulunmaz. Baz amino asitler molekl bana sadece bir tane, bazlar hi bulunmaz, bazlar ise ok sayda olabilir.

Yandaki tabloda sindirim enzimi kimotripsinin inaktif ncl olan sr kimotripsinojeni ve sr sitokrom cnin tamamen hidrolizi sonucu aa kan amino asit karm grlmektedir. Olduka farkl ilevleri olan bu iki protein ierdikleri her bir eit amino asidin greceli says bakmndan da nemli farkllklar gsterir.

Baz Proteinler Amino Asitler Dnda Kimyasal Gruplar erir

Pek ok protein, rnein ribonkleaz enzimi ve kimotripsinojen, sadece amino asit kalntlar ierir, dier kimyasal gruplar yoktur ve basit proteinler olarak adlandrlr. Baz proteinler ise amino asitlere ek kalc bir kimyasal ksm ierir ki, bunlara da konjuge (birleik) proteinler denir. Konjuge proteinler amino asit olmayan ksmna prostetik grup denir. Konjuge proteinler prostetik grubun kimyasal yaps temel alnarak snflandrlrlar. ou protein birden fazla prostetik grup ierir. Proteinin biyolojik ilevinde nemli role sahiptir.

Protein Yapsnn Birka Dzeyi Vardr

Balca drt protein yap dzeyi tanmlanmtr. Kovalent balarla (balca peptid balar ve dislfit balar) balanm amino asit kalntlarnn oluturduu polipeptit zinciri birincil yapdr. Birincil yapnn en nemli yan amino asit kalntlarnn dizisidir. kincil yapda ise amino asit kalntlar ksmen kararl dzenlemelerle tekrarlayan yapsal modeller oluturur. ncl yap polipeptidin tm boyutlu katlanmalarnn bir grntsdr. Bir protein iki veya daha ok sayda polipeptit altbirim ierdiinde uzaysal dzeni drdncl yap olarak tanmlanr.

PROTENLERN -BOYUTLU YAPISI

Bir Proteinin kovalent iskeleti yzlerce tek badan olumaktadr. Bu balarn birounun etrafnda serbest rotasyon mmkn olduu iin proteinin snrsz sayda konformasyonda bulunduu dnlebilir. Ancak, her proteinin zgl bir kimyasal veya yapsal ileve sahip olmas, her proteinin zgn bir -boyutlu yapya sahip olduunu kuvvetle dndrmektedir. 1920lerde, hemoglobin ve reaz enzimi dahil pek ok protein kristallendirilmitir. Bu almalar proteinlerin zgn yapl, ayr kimyasal oluumlar olduu yolunda gl kantlar salamtr.

Proteinler, peptid balaryla birbirine balanm amino asitlerin dorusal dizileridir. Peptid ba, bir amino asidin amino grubuyla dier bir amino asidin -karboksil grubu arasnda meydana gelen kimyasal kovalent badr. ki amino asit, bir dipeptid oluturmak zere bir peptid bayla birbirine balandnda, halen bir uta serbest bir amino grubu ve dier uta serbest bir karboksil grubu vardr. Bunlarn her biri srayla daha fazla amino asite balanabilir.

Karbon ve azot arasndaki peptid ba karbonil karbon-oksijen ift bana yaknlndan dolay ksmi ift ba karakteri gsterir. Bu zellik aadaki ekilde grlen rezonans yaplarn mmkn klar. Bundan dolay C-N bann uzunluu da, normal C-N tek bandakinden ksadr.

C-N ve C-C balar (peptid bann her iki tarafndaki balar) etrafnda serbest dn meydana gelebilmesi ve dolays ile bitiik peptid birimlerinin farkl alarda olabilmesine ramen CONH atomlarndan oluan peptid birimi nispeten daha kat ve dzlemseldir. Amino grubunun hidrojeni ayn tarafta (cis) olmaktan ziyade neredeyse her zaman karbonil grubunun oksijeniyle yaplan ift ban tarafndadr (trans).

Bir proteinin omurgas, kat dzlemsel balanm peptid gruplarnn bir dizisidir. Bir polipeptidin omurga konformasyonu her bir amino asidin C-N ba (phi, ) ve C-C ba(psi, ) etrafndaki rotasyon (dn) alar veya torsiyon (burulma) alaryla belirlenir. Polipeptid zinciri dzlemsel, tamamen uzam (genilemi;tm-trans) konformayonda olduunda ve nin konformasyon aral sterik engelleme (Ayn molekldeki komu gruplarn uzaydaki konumlar sebebiyle dnn engellenmesi) ile kstlanr. ve nin sterik olarak mmkn klnan deerleri, merkezi peptid birimi iin btn ve deerlerinde ki bir tripeptidin atomlar arasndaki uzaklklar hesaplayarak belirlenebilir. Bu deerler, konformasyon haritas veya Ramachandran grafii olark da bilinen sterik bir eykselti diyagramnda grselletirilir.

Protein Yapsna Bak

Bir proteinin yapsnda bulunan atomlarn uzaysal dzenlenimi proteinlerin konformasyonu olarak adlandrlmajtadr. Proteinin olas konformasyonlar, kovalent balar krlmakszn elde edilebilen herhangi bir yapsal durumdur. rnein, tek balar etrafnda rotasyon olmas ile konformasyonda deiim oluabilir. Yzlerce tek ba ieren bir proteinde, teorik olarak mmkn olabilen ok sayda konformasyonlarn, biyolojik artlar altnda, genellikle bir veya ikisi egemen olarak bulunur.

Belirli artlar altnda mevcut konformasyon, ounlukla termodinamik olarak en kararl, yani en dk Gibbs serbest enerjisine (G) sahip olan konformasyondur. Proteinler, ilevleri ve katlanm yaplar ne olursa olsun doal proteinler olarak adlandrlmaktadr.

Protein Konformasyonu Byk lde Zayf Etkileimlerle Sabitlenir

Protein yapsyla ilikili olan kararllk terimi, doal konformasyonu srdrme eilimi olarak tanmlanabilir. Doal proteinler sadece marjinal dzeyde kararldr. Fizyolojik artlar altnda, tipik proteinlerdeki katlanm ve katlanmam hali ayran G; 20 ile 65 kJ/mol snrlar arasndadr. Tek bir kovalent ban krlabilmesi iin yaklak olarak 200 ile 460 kJ/mol enerji gerekirken, zayf etkileimler 4 ile 30 kJ/mol arasndaki nemsiz dzeydeki enerjiye bozulabilir.

Proteinin doal konformasyonuna katkda bulunan, tek bir polipeptit zincirinin farkl bir ksmn balayan dislft balar gibi kovalent balar, phesiz tek bir zayf etkileimden ok daha kuvvetlidir. Yine de, ok sayda olduklar iin, protein yapsnda sabitleyici kuvvet olarak zayf etkileimler etkindir. Genelde en dk serbest enerjili protein konformasyonu (yani en kararl konformasyon) en fazla sayda zayf etkileimi ieren konformasyonlardan biridir.

Protein yapsal modellerin ou iki basit kural yanstr

1. Hidrofobik karakterli aminoasitler sudan uzakta, daha ok proteinin i ksmna gml bulunur 2. Protein yaps iindeki hidrojen ba says maksimum dzeye karlr.

znmeyen proteinler ve zar yapsnda bulunan proteinler ilevleri veya evresel artlarndan dolay farkl kurallara uyarlar fakat zayf etkileimler hala nemli yapsal elerdir.

Proteinlerin Birincil Yaps

Bir proteinde birincil yap peptid balaryla birbirine balanm amino asidlerin dorusal dizisidir. Bu dizi proteini kodlayan gendeki nkleotid bazlarn dizisiyle belirlenir. Ayn zamanda birincil yapya, herhangi bir dier kovalent ban konumu da dahil deildir. Bunlar aslnda sistein amino asitleri arasndaki dislfit balardr. Bu amino asitler uzayda bitiik olmasna ramen dorusal amino asit dizisinde bitiik deildir. Ayr polipeptid zincirleri arasndaki veya ayn zincirin farkl paralar arasndaki bu kovalent apraz balar, uzayda yan yana sralanm sistein amino asitleri zerindeki SH gruplarnn oksitlenmesiyle (ykseltgenmesiyle) oluur.

Proteinlerin kincil (sekonder) Yaps

Bir proteindeki yapnn ikincil dzeyi, polipeptid zinciri blgelerinin dzenli katlanmasdr. Protein katlanmasnn en yaygn iki tipi -sarmal ve -kvrml tabakadr. ubuk benzeri -sarmalda, amino asitler kendilerini dzenli sarmal bir konformasyona uyarlar. Sarmal eksenine hemen hemen paralel uzanan hidrojen balar oluacak ekilde her bir peptid bann karbonil oksijeni, kendisinden sonraki drdnc amino asidin amino grubu zerindeki hidrojenle hidrojen ba yapar.

- sarmaln bir tam dnnde 3.6 amino asit bulunur. Bu dn 0.54 nm (5.4 amgstrom)lik mesafeye karlk gelir yani her bir amino asit sarmal ekseni boyunca 0.15 nmlik bir ilerleme kateder. Amino asit yan zincirinin tm silindirik sarmaln d taraf boyunca konumlanmtr.

Pro ve Gly amino asitlerinin varl sarmal (heliks) yapsnn oluumuna snrlama getirir. Prolin amino asidindeki azot atomu kat halka yapsnn bir ksmn oluturduundan N-C bann etrafnda rotasyon mmkn deildir. Bu yzden, Pro kalnts heliks yapsnn kararlln bozan bir kvrm oluturur. Ayrca, peptit banda bulunan bir Pro amino asidinin azot atomu dier amino asitlerle hidrojen ba yapmna katlacak hidrojene sahip deildir. Bu nedenlerden dolay prolin heliks yapsnda ok nadir bulunmaktadr. Pro -heliksin ucunda bulunur. Pro -heliksin ucunda polipeptid zincirinin ynn deitirir ve sarmal sonlandrr.

Glisin farkl bir nedenle heliks yapsnda sk bulunmaz. Gly dier amino asit kalntlarna gre daha fazla konformasyonal esneklie sahiptir. Glisin polimerlerinin oluturduu sarmal yap heliks yapsndan olduka farkldr.

-kvrml tabakada ( konformasyonu), farkl polipeptid zincirlerinde veya ayn polipeptid zincirinin farkl blgelerinde peptid balar arasnda hidrojen balar oluur. Peptid bann dzlemsellii polipeptidi kvrlmak zere zorlar ve amino asit yan zincirleri tabakann altna ve stne knt yapar. Zig zag eklindeki polipeptid zincirleri, bir seri pliseye benzer bir yap oluturacak ekilde, yan yana gelerek dzenlenir. kvrml tabakalardaki bitiik polipeptid zincirleri, ayn ynde veya kar ynde olup olmadklarna bal olarak srasyla paralel veya antiparalel olabilir.

Tamamen uzam bir -kvrml polipeptid zincirinde bir C atomu ile bir sonraki arasndaki mesafe 0.35 nmdir. kvrml tabakalar her zaman biraz kavislidir ve eer birka polipeptid ihtiva ediyorsa, tabaka bir -f oluturmak zere kapanabilir. oklu -kvrml tabakalar (hemen hemen tamamen antiparalel) ou yapsal proteinde dayankllk ve sertlik salar.

ncl Yap

Proteinlerde bulunan ncl yap, birincil yapda birbirinden ok uzakta ya da bitiik olan amino asitlerin uzaysal dzenlenmesi ile ilgilidir. Nihai boyutlu yapy belirleyen amino asit dizisidir. Myoglobin gibi suda znen globler (kresel) proteinlerde polipeptid zincirinin katlanmasnn arkasndaki en nemli etken, apolar amino asitleri evreyi saran hidrofilik ortamdan ekip iteki hidrofobik ksma getirmek iin gerekli enerjidir. Polipeptid zincir kendiliinden katlanr dolays ile hidrofobik yan zincirlerin ounluu i ksma gmlrken polar, ykl yan zincirlerin ounluu yzeyde yer alr.

Bir defa katlandnda proteinin biyolojik olarak aktif (doal) boyutlu konformasyonu sadece hidrofobik etkileimlerce srdrlmez, bundan baka;
elektrostatik kuvvetler, hidrojen balar ve eer varsa kovalent dislfid balar trafndan da srdrlr.

Elektrostatik kuvvetler, zt yklenmi gruplar arasnda tuz kprleri ile proteinin i ksmndaki skca paketlenmi alifatik yan zincirler arasnda oklu zayf van der Waals etkileimleri ierir.

Drdncl Yap
Hemoglobin gibi birden fazla polipeptid zinciri ieren proteinler, drdncl (kuvarterner) yap denilen drdnc seviye protein yapsn gsterirler. Bu yap seviyesi, polipeptid alt birimlerin uzaysal dzenlenmesi ve bunlar arasndaki etkileimlerin doasyla ilgilidir. Bu etkileimler,

kovalent balar (rnein, dislfid balar) veya kovalent olmayan etkileimler (elektrostatik kuvvetler, hidrojen balar, hidrofobik etkileimler) olabilir.

Protein Kararll

Bir proteinin doal boyutlu konformasyonu, amino asitler arasndaki peptid balarna ek olarak kovalent olmayan etkileimler dizisi tarafndan srdrlr. 1. Elektrostatik kuvvetler; zt ykl iki iyonik grup arasndaki etkileimlerdir. Lysin amonyum grubu ve Aspnin karboksil grubu arasndaki etkileim bu tr bir etkileime rnek olup, ou zaman iyon ifti veya tuz kprs olarak isimlendirilir. Elektriksel olarak ntr molekller arasndaki kovalent olmayan etkileimler de van der Waals kuvvetleri olarak isimlendirilirler Peptid balarndaki karbonil gruplar bu etkileimlere rnektir.

2. Hidrojen Balar;

Zayf asidik proton verici grup ile iftlememi elektron ifti tayan dolaysyla hidrojen atomunu eken ksmi negatif yke sahip proton alc atom arasndaki elektrostatik etkileimlerdir. Biyolojik sistemlerde proton verici grup kendisine kovalent olarak balanm bir hidrojen atomuna sahip olan oksijen veya azot atomudur ve alc atom ise oksijen veya azottur. Hidrojen balar normalde 0.27-0.31 nm aralndadr ve vektriyeldir. Hidrojen balar sadece protein yapsnda nemli grevler almaz, ayrca DNA ift sarmal ve ift lipid tabakas gibi dier biyolojik makromolekllerin yapsnda grev alr.

3. Hidrofobik kuvvetler;
Hidrofobik etki, polar olmayan molekllerin suyla temasn en aza indirmelerine sebep olan kuvvetlere verilen isimdir. Bu etki,sulu zeltilerde misel oluturan deterjanlar ve lipidler gibi amfipatik molekllerle aka grlr. Proteinler apolar yan zincirleri sulu zelti ile temasta olmayan bir konformasyonda bulunurlar ve bu yzden hidrofobik kuvvetler protein yaps, katlanmas ve kararllnda nemli bir etkendir.

4. Dislfid Balar
Bu kovalent balar proteinin son konformasyonunda bir birine yakn olan ve boyutlu yapy kararl hale getirmek iin ilev gsteren sistein amino asitleri arasnda oluur. Dislfid balar gerekte sadece endoplazmik retikulum oksitleyici ortamnda oluur. Bu yzden zellikle hcre d proteinler ve salglanan proteinlerde bulunurlar.

Protein Yapsnn Belirlenmesi

Proteinlerdeki -sarmallarn ve -kvrml tabakalarn varl ou zaman birincil amino asit dizisinden tahmin edilebilmesine ramen bilinen bir proteine ok benzer deilse proteinlerin boyutlu yapsn tam olarak amino asit dizisinden ngrmek mmkn deildir. Bir proteinin konformasyonu karmak fiziksel yntemler kullanlarak ve deneysel kompleks analizleri yaplarak belirlenir. Bir proteinin atomik seviyede boyutlu yaps;
X-n kristalografisi Nklear manyetik rezonans (NMR) Souk elektron mikroskobisi teknikleriyle belirlenebilir.

X-n kristalografisinde birinci gereksinim yksek derecede saflatrlm kristallerdir. Kristalde karakteristlik olarak sralanm belirli bir protein dizisinde milyonlarca protein molekl birbirleriyle tam olarak hizalanmtr. X-n demetleri kristal iinden geirilir. X-nlarnn dalga boylar 0.1-0.2 nmdir ve protein kristalindeki atomlarn znrl iin yeterince ksadr. Kristaldeki atomlar X-nlarn datarak fotoraf filmi zerinde farkl noktalarda krnm rnts (deseni) oluturur. Krnm younluunun en fazla olduu yerler kullanlarak (film zerindeki koyu noktalar) protein kristalinin boyutlu grnts matematiksel olarak hesaplanr.

Nkleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopisi, sulu zeltilerde kk (yaklak 30 kDaya kadar) proteinlerin boyutlu yaplarn belirlemek zere kullanlabilir. Proteinlerin kristallendirilmesi gerekli deildir. Bu teknikte, konsantre protein zeltisi bir manyetik alana yerletirilir ve farkl radyo frekanslarnn proteindeki farkl atomlarn dnleri (spinleri) zerine etkileri llr. Belirli bir atomun davran komu atomlardan etkilenir, mesafe arttka bu etki azalr. Etkinin byklnden amino asitler arasndaki uzaklk hesaplanabilir ve proteinin boyutlu yaps oluturulur.

Souk elektron mikroskopisi proteinlerin boyutlu yapsn belirlemek zere kullanlr. zellikle kristallemesi zor olan oklu alt birimden olumu proteinlerde kullanlr. Bu teknikle, protein rnei yapsnn korunmas iin sv helyumda hzla dondurulur. Sonra, donmu ve hidratlam protein yapya radyasyon etkisine dayal zarar nlemek amacyla dk dozda elektronlar kullanlarak souk elektron mikroskopisinde incelenir. sonuta oluan grntler kompleks bilgisayar programlaryla analiz edilir ve proteinin boyutlu yaps yeniden ina edilir.

Proteinlerin Katlanmas

Uygun fizyolojik koullar altnda, proteinler doal konformasyonlarna kendiliinden katlanrlar. Bu srete harici kalplara ihtiya olmamas proteinin birincil yapsnn boyutlu yap oluumunu dikte ettiini gsterir. RNaz A proteini ile yaplan deneylerde bir proteinin i blgesinde yer alan amino asitlerin proteinin doal konformasyonuna katlanmasn ynettii gzlenmitir. Yzeyde yer alan amino asitlerdeki deiimlerin proteinin katlanmasn etkilemesi ierde yer alan amino asitlerdeki mutasyonlara gre daha az olasdr.

Proteinlerin katlanmasnn ncelikle hidrofobik kuvvetler tarafndan srdrld de gzlemlenmitir. Proteinler doru olan tesadfen buluna kadar tm olas konformasyonlar rastgele denemek yerine biyokimyasal yollarn sral bir kmesiyle kendi doal konformasyonlarna katlanrlar. Polipeptidlerin kendi doal konformasyonuna katlanmalar in vivo da yardmc (aksesuar) proteinler yolu ile gerekleir.

Yardmc proteinlerin ana snf vardr;

1.protein dislfid izomerazlar; bir prtoeindeki dislfid balarnn deimesini kolaylatrarak dislfid dei-toku tepkimelerini doru elemeyi salayana kadar katalize ederler. 2. peptidil prolil cis-trans izomerazlar; normalde yava olan Xaa-Pro peptid balarnn cis ve trans konformasyonel dnmlerini katalizler ve bylelikle Pro ieren polipeptidlerin katlanmasn hzlandrrlar. 3. molekler aperonlar, s oku proteinleri 70 (Hsp70), aperoninler, lektin kalneksin ve lektin kalretikulin gibi proteinleri ierir. Bu faktrler proteindeki dahili hidrofobik blgelerin biribirleri ile etkilemesi sonucu oluacak uygunsuz katlanmay ve protein agregasyonunu (kmelenmesini) engeller.

Teekkrler