AMNO ASTLER

Amino Asitler R Grubuna Gre Snflandrlabilir

Standart amino asitlerin kimyasal zellikleri, biyokimyann anlalmasnda merkezidir. Amino asitler R gruplarnn zelliklerine gre, zellikle polariteleri veya biyolojik pHda suyla tepkimiye girme eilimlerine gre 5 ana snfta toplanr. R gruplarnn polaritesi, tamamen polar olmayan veya hidrofobiklikten, yksek oranda polar veya hidrofiliklie kadar ok eitlidir.

Polar Olmayan, Alifatik R gruplar

Bu amino asit snfndaki R gruplar polar olmayan ve hidrofobiktir. Bu amino asitler;

Glisin Alanin Valin Lsin

Metiyonin
zolsin

Proteinlerde alanin, valin, lsin ve izolsin yan gruplar biraraya gelip kmeleerek, hidrofobik etkileimlerle protein yapsn sabitler. Glisin en basit yapya sahiptir.
Resmen

polar olmamasna karn, ok kk yan zinciri hidrofobik etkileimlere gerek anlamda katlmaz.

Slfr ieren iki amino asitten biri olan metiyonin ise yan zincirinde olmayan tiyoeter grubu ierir.

Aromatik R Gruplar Aromatik yan zincirli

Triptofan Fenilalanin Tirozin

Greceli polar olmayanlardr. Hidrofobik etkileimlere katlabilir. Tirozinin hidroksil grubu hidrojen ba yapabilir ve bu baz enzimler iin nemli bir ilevsel gruptur.

Tirozin hidroksil grubundan, triptofan da indol halkasndaki azottan dolay, fenilalanine gre daha polardr. Triptofan ve tirozin, bir dereceye kadar da fenilalanin, ultraviolet absorblar. Bu, 280 nm dalga boyunda birok proteinin karakteristlik absorblamasn aklar. Bu zellik proteinlerin tanmlanmasnda aratrmaclara yardmc olur.

Polar, Yksz R Gruplar

Bu grup amino asitler, polar olmayan amino asitlere gre suda daha znebilir ve daha hidrofiliktir, nk ierdikleri ilevsel gruplar suyla hidrojen ba yapar. Bu grup amino asitler;
Serin

Treonin
Sistein Prolin Asparajin Glutamin

Serin ve treonin hidroksil gruplaryla; sistein slfidril grubuyla, asparajin ve glutamin ise amit gruplaryla lml polariteye katkda bulunurlar. Prolin ise farkl bir halka yapsna sahiptir ve yalnzca lml polardr. Prolin kalntsndaki ikincil amino grubu (imino), prolin ieren polipeptit blgelerinde yapsal esneklii azaltp, kat konformasyona neden olur. Asparajin ve glutamin, proteinlerde bulunan dier amino asitlerden aspartat ve glutamatn amitleridir. Asparajin ve glutamin asit veya bazlarla kolayca hidrolizlenip bu amino asitlere dnebilir.

Sistein ise kolaylkla, kovalent bal dimerik amino asit olan sistine oksitlenir. Sistin iki sistein moleklnn veya kalntsnn dislfit bayla balanm halidir. Bu dislfit-bal kalnt kuvetli hidrofobiktir. Dislfit balar protein moleklnn blmleri arasnda veya farkl protein zincirleri arasnda kovalent ba yaparak birok proteinin yaps iin zel bir rol oynar.

Pozitif Ykl (Bazik) R Gruplar

Hidrofilik R gruplarnn ou pozitif veya negatif ykldr. Alifatik zincirin pozisyonunda ikinci birincil amino grubuna sahip lizin, pozitif ykl anidin grubuna sahip arjinin ve imidazol grubu ieren histidin pH 7.0de pozitif ykl R-grubu ieren amino asitlerdir. Histidine ntrale yakn pKa deerine sahip iyonize olabilen yan zincir ieren tek standart amino asittir. Birok enzim katalizli tepkimede, His kalnts proton alcs/vericisi olarak tepkimeyi kolaylatrr.

Negatif Ykl (Asidik) R Gruplar

kinci karboksil grubuna sahip aspartat ve glutamat, pH 7.0de net negatif yke sahip R grubu ieren iki aminoasittir.

Standart D Amino Asitler de nemli levlere Sahiptir

Proteinler, 20 amino aside ilaveten, polipeptitlerde yer alan ve standart amino asit kalntlarnn modifikasyonuyla oluan standart d kalntlar da ierebilir. Standart d amino asitlerden 4-hidroksiprolin prolinin, 5-hidroksilizin de lizinin trevidir. 4-hidroksiprolin bitki hcre duvar proteinlerinde ve her ikisi de ba dokusunun fibrz proteini olan kollajende bulunurlar. 6-N-Metillizin kas dokusunun kontraktil proteini olan miyozininin bir yapsal elemandr. Bir dier nemli standart d amino asit karboksiglutamattr ve phtlama proteinlerinden protrombinde ve biyoloji ilevi Ca iyonunu balamak olan dier baz proteinlerde bulunur.

Selenosistein zel bir yapdr. Bu nadir grlen amino asit kalnts, protein sentezi sonras modifikasyonla deil, sentez srasnda oluur. Sisteinin slfr yerine selenyum ierir. Aslnda serinden tretilir ve bilinen ok az sayda protein selenosistein ierir. Hcrelerde bunlara ek 300 amino asit daha bulunur. Bunlar proteinlerin yapsnda yer almazlar, ancak birok ilevleri vardr. Ornithin ve sitrlinden zellikle szetmek gerekir, nk bunlar arjinin biyosentezinde ve re dngsnde anahtar rnlerdir.

Amino Asitler Karakteristik Titrasyon Erilerine Sahiptir

Asit-baz titrasyonu, protonlarn derece ilavesini veya ayrlmasn kapsar.

verilen bir zeltide bir asidin miktarn belirlemek iin kullanlr. Asidin ll bir hacmi genellikle sodyum hidroksit (NaOH) gibi kuvvetli, deriimi bilinen bir bazla titre edilir. Asit bitene kadar (ntralize edilene kadar) NaOH azar azar eklenir; biti bir indikatr boya veya pH metreyle llr. Orijinal zeltideki asidin deriimi eklenen NaOHn hacmi ve deriimden hesaplanr. pHnn eklenen NaOH miktarna kar izildii eriden (titrasyon erisi) zayf asidin pKas elde edilir.
Titrasyon,

Yandaki ekil Glisinin diprotik formunun titrasyon erisini gstermektedir. Bu eri glisinin iki farkl grubunun deprotonlanmasyla ilikili olarak iki ayr evreye sahiptir. Bu iki evre ekil olarak monoprotik asit olan asetik asidin titrasyon erisine benzer ve ayn ekilde analiz yaplabilir. ok dk pHda, glisinin hakim olan iyonik formu +H3N-CH2-COOH yani tamamen protonlanm formudur. Titrasyonun birinci evresinin orta noktasnda glisinin-COOH grubu proton kaybeder ve bu noktada proton verici (+H3N-CH2-COOH) ve proton alc (+H3N-CH2-COO-) trlerin deriimleri eittir.

Herhangi bir titrasyonda, titre olmaya balayan protonlanm grubun pKa deerinin pHya eit olduu yerde orta noktaya ulalr. Glisin iin orta noktada pH 2.34tr.
ve pKa srasyla proton deriimi ve iyonlama denge sabitinin tek uygun simgeleridir. pKa bir grubun proton kaybetme eilimini ler ve bu eilim 10 kat azaldnda, pKa bir birim artar.
pH

Glisin titrasyonunda dier nemli bir nokta pHnn 5.97ye ulat noktadr. Bu noktada ilk protonun ayrlmas tamamlanm ve ikincinin ayrlmas balanmtr. Bu pHda glisin byk lde dipolar iyon, +H3N-CH2-COO-, halinde bulunur. Titrasyonun ikinci evresi glisinin NH3 grubunun protonnu kaybetmesine karttr. Bu evrenij orta noktasnda pH 9.60dr ve NH3+ grubunun pKa deerine eittir. Titrasyon pH 12 civarnda tamamlanr ve bu noktada glisinin hakim olan formu H2N-CH2-COOdur.

Glisin titrasyon erisinden elde ettiimiz nemli bilgiler;

Birincisi, -COOH iin 2.34 ve NH3+ iin 9.60 olan iki iyonize olabilen grubun nicel pKa lm deerlerini verir. pKa deeri 4.76 olan asetik asidin karboksil grubuna gre 100 katndan daha fazla asidiktir. Glisinin pKa deerindeki bu farkla ayrlan protonla -karbona bal pozitif ykl amino grubu arasndaki geri tepkime neden olur. Denge saa doru kayar Glisinin amino grubunun pKa deeri greceli olarak bir amino grubunun pKa ortalama deerinin altndadr. Bu etki ksmen karboksil grubunun ykne bakmazszn elektronlar eken ve amino gruplarnn proton verme eilimi artran karboksil gruplarndaki elektronegatif oksijen atomlarndan kaynaklanmaktadr. Bu yzden -amino grubunun pKa deeri metilamin gibi alifatik aminlerin deerinden daha dktr. Ksaca herhangi bir ilevsel grubun pKa deeri byk lde bulunduu kimyasal evreden etkilenir. Bu fenomen bazen, enzimlerin aktif blgelerinde zgl katlanmalarn proton verici/alc gruplarnn pKa deerlerinin etkili olduu tepkime mekanizmalarn aklamada yardmc olur.

kinci nemli bilgi ise; bu amino asidin tamponlama gc olan iki blgenin varldr. Bunlardan biri erinin greceli dz ksmdr ve birinci pKa deeri 2.34n her iki ynndeki yaklak bir pH birimlik bu blge, glisin bu pH civarnda iyi tampon etkisi gsterebildiinin iaretidir. Dier tamponlayc blge pH 9.60 civarndadr. Glisin pH 7.4teki kan veya hcre ii sv iin iyi bir tampon deildir.

Titrasyon Erileri Amino Asitlerin Elektrik Ykn ngrr

Amino asitlerin titrasyon erilerinden elde edilen bir dier bilgi ise amino asitlerin net elektrik ykleriyle zeltinin pHs arasndaki ilikidir. Titrasyon erisinin iki evresi arasndaki nokta olan pH 5.97de glisinin ou dipolar formdadr, yani net elektrik yk olmayan iyonize formda bulunur. Net elektrik yk sfr olan bu karakteristlik pHya izoelektrik nokta veya izoelektrik pH denir ve pI olarak yazlr.

Glisin pI deerinden yksek herhangi bir pH deerinde net negatif yke sahiptir ve bir elektriksel alana yerletirildiinde pozitif elektroda (anot) doru hareket edecektir. pIdan dk pH deerlerinde ise glisin net pozitif yke sahip olup, negatif elektroda (katot) doru haraket edecektir. Glisin zeltisinin pHs izoelektrik noktadan uzaklatka glisin molekllerin poplasyonunun net elektrik yk artacaktr.

Amino Asitler Asit-Baz zellikleriyle Farkllar

Baz ortak yaplar amino asitlerin birounun asit-baz davranlarn genelletirmeye olanak tanr. Tek -amino grubu, tek -karboksil grubu ve iyonize olamayan R grubuna sahip amino asitlerin titrasyon erileri glisinle benzerlik gsterir. Bu amino asitler ayn olmamakla beraber, -COOH grubu iin 1.8-2.4 arasnda bir pKa deeri ve NH3+ iinde 8.811.0 arasnda olduka benzer pKa deerleri vardr.

yonize olabilen R gruplu amino asitlerin olduka kompleks titrasyon erileri vardr. pKa deeri, olas iyonzasyon basama olan evreli titrasyon erileridir. yonize olabilen R grubuna sahip ve bu tip titrasyon erisine sahip olan histidinin erisi yan tarafta gsterilmektedir. yonize olabilen R grubunun varl izoelektrik noktayda etkiler. rnein glutamatn pI deeri 3.22dir ve glisinden olduka dktr. Bunun nedeni pKa deerinin ortalamas 3.22 olan iki karboksil grubunun varldr ve burada amino grubundan gelen +1 ykle net -1 yk denge halindedir. Histidin iki pozitif yke sahiptir ve pI s 7.59 (amino ve imidazol gruplarnn pKa deerinin ortalamas) dur.

20 standart amino asidin asit-baz davranlar hakknda baka bir nemli genelleme yaplabilir. Daha nce de iaret edildii gibi sulu evrenin koullarnda maruziyette sadece histidin, R grubu (pKa=6) ntral pHya yakn birok hayvann ve bakterinin hcre ii ve hcreler aras svlarnda bulunan, nemli bir tampon gce sahip amino asittir. Dier amino asitler pH 7.0 yaknlarnda pKa deerine sahip iyonize olabilen yan zincir iermediklerinden birer fizyolojik tampon deildir.

Peptidler ve Proteinler ki veya ila binlerce amino asit kalntsnn

birleerek meydana getirdii peptidlerin bykl, kkten, ok bye deikendir. ki amino asit molekl peptid ba ad verilen bir amit bayla kovalent balanabilir ve sonuta dipeptit oluur. Peptid ba oluumu canl hcrelerinin balca tepkime snf olan kondenzasyon (katlma) tepkimesi iin bir rnektir. amino asit, iki peptid bayla balanrsa tripeptit, benzer ekilde amino asitlerin balanmasyla tetrapeptitler ve pentapeptidler meydana gelir. Bu ekilde az sayda amino asidin balanmasyla oluan yapya oligopeptit, ok sayda amino asidin balanmasyla oluan yapya da polipeptid ad verilir.

Proteinler binlerce amino asit kalnts ierebilir. ou zaman protein ve polipeptit terimleri birbirinin yerine kullanlmakla birlikte polipeptidler genel olarak molekler arl 10 000in altnda olanlardr. Bir peptitte serbest -amino grubunu ieren amino asit kalnts amino-termial (veya N-terminal) kalnt, dier utaki serbest karboksil grubu ieren kalnt ise karboksil-terminal (veya C-terminal) kalntdr. Peptit ba hidrolizi egzergonik tepkime olmasna karn yava geliir nk aktivasyon enerjisi olduka yksektir. Sonuta proteinlerdeki peptit ba yksek oranda kararldr ve yar mrleri hcreii artta yaklak 7 yldr.

Peptitler yonlama Davranlaryla Ayrlabilir

Peptitler zincirin her bir ucunda sadece bir serbest amino grubu ve bir serbest -karboksil grubu ierirler. Bu gruplar serbest amino asitlerdeki gibi iyonize olurlar. Ancak iyonizasyon sabitleri farkldr, nk -karbondan gelen zt ykl grup yoktur. Ular dndaki tm amino asitlerin -amino ve karboksil grublar kovalent balanp peptid ba oluturduu iin, iyonize olarak peptidlerin total asit-baz davranlarna katkda bulunmazlar.

Fakat baz amino asitlerin R gruplar iyonize olabilir ve molekln asit-baz zelliini etkiler. Bylece bir peptidin asit-baz davran serbest -amino ve -karboksil grubuyla olduu kadar iyonize olabilen, R gruplarnn yaps ve saysyla da nceden belirlenebilir. Serbest amino asitlere benzer ekilde peptitlerin de karakteristlik titrasyon erileri vardr ve elektiriksel alanda hareket edemedikleri karakteristlik bir isoelektrik pH (pI) deerleri de mevcuttur.

Biyolojik Olarak Aktif Peptitler ve Polipeptitler okGeni Bir Byklk Snrna Sahiptir.

Biyolojik olarak aktif peptit ve proteinlerin molekler arlklarn ilevleriyle ilikilendrecek bir genelleme yaplamaz. Doadaki peptitler iki amino asitten birka bin amino asit kalntsna kadar uzunlukta olabilir. Hatta en kk peptitler, biyolojik olarak nemli etkilere sahip olabilir. Ticari olarak sentezlenen Aspartam veya NutraSweet olarak bilinen yapay tatlandrc, dipeptit L-aspartil-Lfenilalanin metil esteri, buna rnektir.

Birok ufak peptit ok dk deriimlerde etkisini gsterir. rnein ok sayda omurgal hormonu kk peptitlerdir. Bunlardan oksitosin (dokuz amino asit kalnts) arka hipofizden salnan ve uterus kaslmasn uyaran hormondur; bradikinin (dokuz kalnt) doku inflamasyonunu inhibe eder; tirotropin salglatc etken ( kalnt) hipotalamusta oluur ve bir baka hormon olan n hipofiz bezindeki tirotropinin salnmn uyarr Olduka toksik mantar zehiri olan amanitin ve baz antibiyotikler de ufak peptitlerdir.

Kk polipeptidler ve oligopeptidlerden byke olanlarna rnek ise biri 30 dieri 21 amino asit kalnts olan iki polipeptit zincirinden olumu pankreatik hormon inslindir. Glukagon ise insline zt etki gsteren bir dier pankreatik hormon olup 29 amino asit kalnts ierir. Adrenal korteksi uyaran n hipofiz bezi hormonu kortikotropin ise 39 kalnt ierir.

Baz proteinler tek polipeptit zinciri ierirler, dierleri ise iki veya daha ok sayda nonkovalent birlemi polipeptitten oluurlar ve bunlara oklualtbirimli proteinler denir. oklualtbirimli proteinlerde her bir polipeptid zinciri benzer veya farkl olabilir. En azndan iki benzer altbirimi varsa proteine oligomerik denir, benzer birimlere (bir veya daha fazla polipeptit zincirinden oluan) protomerler denir. rnek; hemoglobin, iki benzer zinciri ve iki benzer zinciri olarak drt polipeptit alt birimi ierir ve bu drd birbirine nonkovalent etkileimlerle baldr.

ok az sayda protein kovalent bal iki veya ok sayda polipeptit zincirini ierir. rnek; inslin birbirine dislfit balaryla bal iki polipeptit zincirine sahiptir. Baz durumlarda polipeptitler altbirimi olarak adlandrlmaz ve basite zincir denir.