BYOKMYA

Cansz maddelerden oluan canl organizmasndaki tm olaylar kimyasal olarak aklayan bilim dalna denir. Canllar binlerce eit moleklden olumulardr. E. colide 5000 farkl organik bileik bulunur. Canllarn en kk fonksiyonel birimi hcredir. Erikin bir insanda yaklak 75-100 trilyon hcre vardr. Hepsi birbirleri ile uyum iinde almaldr.

ATOM YAPISI VE ZOTOPLAR

Bir elementin tm zelliklerini ieren en kk birimine atom denir Pozitif ykl bir ekirdek ve evresinde, ekirdein ykne eit sayda negatif ykl elektronlardan meydana gelir Proton ve ntrondan oluan ekirdekte proton pozitif ykl, ntron ise yksz olup ikisine birden nkleon ad verilir Proton saysna eit saydaki elektron, atomu elektriksel olarak ntr yapar Atom ekirdeinde yer alan proton says atom numarasn, yani ekirdein ykn, toplam nkleon says ise ktle numarasn verir

 Elementin sol st kesinde ktle numaras, sol alt kesinde de atom numaras yazlr. Bir elementin tm atomlar eit sayda protonlara, elektronlara veya atom numarasna sahiptir Ayn elementin atomlar, ekirdekte farkl sayda ntronlara da sahip olabilir Bir elementin proton saylar eit, ntron saylar farkl olan atomlarna o elementin izotoplar denir Tabiatta elementler belli oranda izotop atomlarnn karm halinde bulunurlar.

Kimyasal Balar
Pek ok elementin atomlar baka atomlara balanarak daha kompleks yeni molekller olutururlar. Birden fazla atomu veya iyonu bir arada tutan ekim kuvvetine kimyasal ba denir. Birbirleriyle ba yapabilen iki atom, molekl oluturmak iin uygun artlar altnda bir araya getirildiinde ise elektronlar her iki atomun da ekirdek ve elektronlarnn etkisi altna girerler. Bu karlkl etkileimler sonunda atomlar yeni bir dzenleme ile kararl bir yapya ularlar.

Kimyasal Balar
1. yonik balar 2. Kovalent Balar 3. Koordine kovalent balar 4. Hidrogen balar 5. Van der Waals balar

yonik Balar
Bir veya daha fazla sayda elektronun, bir atomdan tamamen ayrlp, dier bir atoma gemesi sonucunda oluan pozitif ve negatif ykl iyonlar arasndaki elektrostatik ekim gcnden ileri gelen balanmaya elektrokovalent balanma veya iyonik balanma ad verilir. Ba oluumda etkili olan g, zt elektrik ykl taneciklerin birbirini ekmesidir.

Kovalent Balar
Elektronlarn her iki atom tarafndan da ortaklaa kullanlmasyla oluan balara kovalent ba ad verilmektedir Kovalent balar iyonlama enerjileri veya elektron ilgileri birbirine eit veya ok yakn atomlarn ya da ayn tr atomlarn meydana getirdikleri molekller arasnda olumaktadr. Ortaklaa kullanlan elektron her iki atom tarafndan da eit kuvvetle ekiliyorsa ortak kullanlan elektron tam ortadadr, bu baa polar olmayan kovalent ba denir.

 Kovalent bada ortak kullanlan elektron elektronegativitesi fazla olan atoma daha yakn olursa oluan baa polar kovalent ba denir Kovalent balar kuvvetli balardr Bu balarn koparlabilmesi iin yaklak 50110 kcal/mol lk bir enerji gerekir.

KOORDNE KOVALENT BALAR

Kovalent bal bir bileikte atomlardan biri kendi elektronlarn deil, dierinin iki elektronunu ortaklaa kullanarak bir ba oluturabilir. Bu tip balara koordine kovalent balar denir Nitro-metan ve amonyum bu baa tipik rnektir. Koordine kovalent balarda oluan bileikler hem yksz hem de ykl olabilir.

HDROJEN BALARI
Hidrojen banda, bir hidrojen atomu O ve N gibi iki elektronegatif atom arasndadr ve bunlardan birine kovalent ba ile, dierine ise elektrostatik ekim ile balanmtr. Ba oluturan atom dz bir dorultuda ise oluan hidrojen ba en gl yapdadr. En gl hidrojen balar F----H-F, O..H-O, F.H-O, N-----H-N, O..H-N arasndaki balardr.

 Hidrojen balar bileiklerin erime ve kaynama noktalarnn ykselmelerine sebep olur Protein ve nkleik asit gibi byk molekll maddelerin molekl yaplarnn olumasnda ok nemli rol oynarlar.
Hidrojen balar yalnz molekller arasnda deil, molekl iinde de oluabilir.

Van der Waals Balar

Hidrofobik ba ad da verilen bu balar polar olmayan molekller arasnda gzlenir. Molekln tad elekronlar hareket halindeki bir bulut gibi dnlrse ok ksa bir sre iinde elektron bulutu yle bir duruma gelir ki geici olarak molekln bir taraf negatif ykle, dier taraf pozitif ykle yklenir. Ayn durum dier molekllerde de meydana gelir. Bir molekln (-) taraf dier molekln (+) tarafnca ekilir ok ksa mesafelerde herhangi iki atom arasnda srekli yer deitiren elektrik ykleri sebebiyle zayf balanma meydana gelir.

Su Molekl
Biyokimyasal reaksiyonlar sulu ortamlarda meydana gelir. Yetikin bir insann vcut arlnn %60n, yeni doanlarda %75ini su oluturmaktadr. Deniz analar gibi baz canllarda ise bu oran %88e kadar ykselebilmektedir. Suyun iyonizasyon rnleri olan hidronyum ve hidroksit iyonlar, membranlar, ribozomlar gibi hcre komponentlerine ilaveten, proteinlerin ve nkleik asitlerin karakteristik biyolojik yapsnn nemli belirleyicileridir.

 Organizmada organik ve anorganik maddeler iin iyi bir zc olmasnn yan sra, biyokimyasal reaksiyonlar iin de ideal bir ortam ve iyi bir taycdr. Suyun yaayan canllar iin nemi onun hem fiziksel hem de kimyasal zelliklerinden kaynaklanr. Su benzer yapdaki svlardan olduka farkl zelliklere sahiptir.

Suyun zellikleri
Suyun kaynama noktas yksektir. Su hcrelerde polar ve iyonik maddeler iin iyi bir zcdr. Su molekl polardr
Su molekl iki hidrojen atomuna kovalent olarak balanm bir oksijen atomundan oluur. ki O-H ba 105 derecelik bir a oluturur Oksijen atomu hidrojenden daha elektronegatif olduundan, kovalent ban elektronlarn ekme eilimindedirler. Bu ekim, molekln ucunda ksmi bir negatif yk, her bir hidrojede ise ksmi bir pozitif yk oluturur.

 Ksmi ykler eit olduundan su molekl net bir yk tamaz. Su moleklnn ekli ve ksmi yklerin bu ayrl, suyu polar bir molekl yapar. Komu su moleklleri zt ksmi yklerinden dolay birbirini ekme eilimindedirler. Hidrojen ba olarak bilinen, su moleklleri arasndaki zayf elektrostatik ekim, suyun sra d pek ok fiziksel zelliinden sorumludur. Hidrojen balar, elektronegatif atomlar (O ya da N) ieren su ve dier molekller arasnda da oluabilir.

 Polaritesinden dolay su ok zel bir zgendir.

ok eitli maddeyi dier zgenlere gre, daha byk miktarda zer. Bir zgen olarak bu ok ynlln nedeni, su molekllerinin ksmen kk ve ksmen de polar yapda olmasdr. Su polar yapda olduundan, zellikle iyonik maddeler ve polar OH ya da NH gruplarn ieren protein ve eker gibi molekller iin iyi bir zgendir. zeltideki su moleklleri ve iyonlar ve de su ve polar yapdaki znen maddeler arasndaki hidrojen balar, ykl maddeler arasndaki elektrostatik etkileimi azaltarak bu tr maddelerin znrlklerini artrr. Su molekllerinin polar olan u ksmlar makromolekllerdeki ykl ya da ksmen ykl makromolekl gruplarna ynelerek hidrasyon klf oluturur. Su ve makromolekller arasndaki hidrojen balar makromolekller arasndaki ekimi azaltr ve onlarn zeltide kalmasn salar.

 Suya Termal zelliklerini Hidrojen Balar Verir.

Su moleklleri arasndaki hidrojen balar, suya yksek zgl (spesifik) s ve yksek latent buharlama ss gibi sra d termal zellikler kazandrrlar. zgl (spesifik) s, bir maddenin scakln belli bir miktarda artrmak iin gerekli s enerjisidir. Suyun scakl arttnda, molekller daha hzl ve daha byk aralklarla salnmaya balar. Bu hareketin olumas ve su moleklleri arasndaki hidrojen balarnn krlmas iin sisteme enerji girmesi gerekir. Dier svlara gre, suyun scaklnn artmas iin daha fazla enerjiye gereksinim vardr.

 Suya Kohezyon ve Adezyon zelliklerini Hidrojen Balar Verir.

Su yzeyi ile temas halindeki gaz molekllerine gre, bir hava-su yzeyindeki su moleklleri, komu su moleklleri tarafndan daha kuvvetli ekilir. Bu eit olmayan ekim nedeniyle, hava ile suyun temas yzeyi en aza iner. Hava ile suyun kesitii yzey alann arttrmak iin hidrojen balarnn paralanmas gerekir. Bu ilem enerji gerektirir. Yzey alann artrmak iin gerekli enerji, yzey gerilimi olarak bilinir. Yzey gerilimi sadece yzeyin biimine etki etmekle kalmayp, ayn zamanda akkann geri kalan ksm zerinde de bir basn yaratr.

 Sudaki hidrojen balar ayn zamanda suya Kohezyon olarak bilinen bir zellik verir. Kohezyon molekller arasndaki karlkl ekimdir. Bununla ilikili dier bir zellik adezyondur. Adezyon, suyun, bir hcre eperi ya da cam yzeyi gibi kat bir faz tarafndan ekilmesidir. Kohezyon, adezyon ve yzey gerilimi kapilarite oalrak bilinen bir olgunun olumasn salar. Kapilarite, suyun kapilar bir tpte hareketidir.

AMNO ASTLER
Canl organizmann yapsna katlan en nemli yap talar olan proteinler, kimyasal nitelikleriyle amino asitlerin polimerleridir.
Amino asitler proteinlerin yapsna katlr. Metabolizma srasnda dier baka maddelere dnr Vcudun (organizmann) ihtiyac olan dier baz kimyasal yaplarn sentezlerinde de kullanlrlar.

Canl organizmalarn yapsnda yer alan amino asitlerin %90dan fazlas proteinlerin bnyesinde yer alrken, kalan ksm tm dokularda ve vcut svlarnda serbest amino asitler halinde bulunurlar. Bakteriden insana kadar olan tm trlerin proteinleri 20 standart amino asitten olumutur.

Amino Asitlerin simlendirilmesi ve Kimyasal Yaplar

20 amino asitin 19 tanesi alpha amino asittir. Merkezi bir karbon atomuna bal olan bir birincil (primer) amino grubu ve bir karboksilik asit grubu tar. Merkezi karbon atomuna alphakarbon atomu denir, nk karboksil grubuna birleiktir. Alpha-karbon atomuna ayn zamanda bir hidrojen atomu ve bir deiken yan zincir veya R grubu da baldr.

 Bu genel yapya tek istisna prolindir. Prolin bir ikincil (sekoder) amino grubuna sahip olup gerekte bir alpha-imino asittir. Amino asitlerin isimleri ou zaman ksatmalarla verilir. Bu ksaltma harfle veya tek harfle olabilir. Pro veya P gibi

 Glisin (Gly veya G) hari tm amino asitler, merkezi alpha-karbon atomunun etrafnda tetrahedral (drt yzl) olarak dzenlenmi drt farkl gruba sahiptir. Bu yzden merkezi alpha-karbon atomu asimetrik merkez veya kiral merkez olarak bilinir ve kiral zellie sahiptir. akmayan iki ayna grnts enantiyomerler olarak adlandrlr. Enantiyomerler ou teknikle fiziksel ve kimyasal olarak ayrt edilemezler, fakat dzleme polarize farkl optik evirmelerine gre ayrt edilebilirler.

 Molekller, dzleme polarize n dzlemini saat ynne veya saat ynnn tersine evirip evirmemelerine bal olarak dekstorotator (saa eviren D) veya levotorotator (sola eviren L) olarak snflandrlr. Proteinlerde sadece L-aminoasitler bulunur. Doada nadiren grlen D-amino asitler bakteri hcre duvarnda ve baz antibiyotiklerde bulunur.

 Teekkrler