Biyolojik bilgi ileme ve genetik kod

Do. Dr. Sultan Tarlac tarafndan yazld. Cuma, 23 Ekim 2009 14:52

Canllarn en nemli zellii veriyi/bilgiyi dardan almalar, deerlendirmeleri ve onu kullanmalardr. Bu veri girii farkl yollarla olabilir: genetik olarak anne-babadan yavrulara geer, duyusal bilgi duyu organlar aracl ile sinir sistemine tanr, dilsel bilgi bir insandan dierine aktarr.

Genetik kodun dili yaamn temel bilgisini ya da programn ierir. Genler bilginin bir kuaktan dierine geiini salarlar. Genetik bilginin dili bakteriden insana kadar hep ayndr ve deimemitir. Genetik kod DNA (deoksi ribo nkleik asit) zerinde kodlanmtr. DNA ve onun bilgisini tayan RNA (ribo nkleik asit) ekirdei olan hcre iinde bulunur. RNA, DNAda bulunan genetik bilginin deiik bir dille ifade edili eklidir. DNA zinciri yaklak 2,510-6 mm kalnlnda ve 990 mm uzunluundadr. Dier bir ifade ile kalnlnn uzunluuna oran 1/1 milyardr. Dolays ile daha ok bir bilgi eridi eklindedir. Genetik bilginin kendine ait zellikleri vardr: [ 1]

1.zgnlk: her amino asiti kendine zgn kodlayan bir kodon (l baz) vardr

2.Evrensellik: Tm canllarda ayn materyal bulunur

3.okluk: genetik kod ok miktarda bulunur. Her ne kadar bir kodon bir amino asite zgnse de, baz aminoasitler birden fazla kodonla kodlanabilirler. rnein, arjinine zg alt tane deiik kodon (AGA, AGG, CGA gibi) vardr.

4.ste st akma ve virglsz olma. Kod belli balang noktasndan okunmaya balar ve diziler, l baz dizilerinin arasnda boluk olmadan devam eder (UCACCUAUGGCU gibi). Bu devaml yazlm baz dizilerinden bir veya daha fazla kod karlr ya da eklenirse ereve kayma mutasyonuna neden olur (Tablo). Bunun sonucunda l bazlarn okunuu ve proteinlere tercmesi bozulur.

1 / 10

Biyolojik bilgi ileme ve genetik kod

Do. Dr. Sultan Tarlac tarafndan yazld. Cuma, 23 Ekim 2009 14:52

Tablo.

ereve kayma mutasyonlarna

Baz

Protein dizisi

...UCA CCU AUG GCU...

...Ser

Pro

Met

Ala

Normal mRNA dizisi

Baz

Protein dizisi

2 / 10

Biyolojik bilgi ileme ve genetik kod

Do. Dr. Sultan Tarlac tarafndan yazld. Cuma, 23 Ekim 2009 14:52

...UCA

CC UAU GGC U...

...Ser

Ser

Tyr

Gly

Araya Urasil (U) baz girerse, dizi deiir

Baz

Protein dizisi

...UCA CUA UGG CU...

...Ser

Leu

Trp

.......

Aradan bir Sitozin (C) baz karsa, dizi deiir

Genel olarak bilgi ilemenin ideal hale gelmesi iin baz artlar gereklidir. Bu DNA ya da genetik bilgi iinde ayndr.[2] 1. Fiziksel kaynaklarn en aza indirilmesi, 2. Hatalarn en aza indirilmesi. Bir mesajn ideal temsiliyetinde ilk adm onu kk paralara ayrarak (dijit alizasyon ), hzl deerlendirme imkn salamaktr. Buna ek olarak, kk aralkl, ayrk deikenlerin olmas kk hatalar dzeltmeyi kolaylatrr. Genetik bilgi bu ideal basamaklar kendi iinde bulundurur: DNA ve RNA zincirleri 4 nkleotid bazndan (A, T, G, C) oluan alfabe kullanrken, polipeptid zincirleri ise 20 aminoasitten oluan alfabe kullanr.

3 / 10

Biyolojik bilgi ileme ve genetik kod

Do. Dr. Sultan Tarlac tarafndan yazld. Cuma, 23 Ekim 2009 14:52

kinci adm mesajdaki bilginin paketlenmesidir. Tekrarlayc yaps ya da mesajn farkl ksmlar arasndaki korelasyonlar mesajn bilgi tama kapasitesini azaltr. Ancak, farkl ksmlar arasnda korelasyon olmas, yerel bozulmalar engelleyip, doru mesaj oluturabilir. DNA analizinde korelasyonlar oransal olarak az bulunmutur.

nc adm ise harf says seimidir. Bir dorusal zincirin bilgi tayabilmesi iin en az iki temel ina eleman olmaldr. ok sayda ina eleman seilmesi mesajn genel bykln azaltr. Hzl hata dzeltimi iin pratik lt, gen alfabesindeki harflerin saysn olabildiince ok tutmaktr. Kimyasal reaksiyonlarla, 4 nkleotidden ve 20 aminoasitten daha fazlas sentezlenir. Bunlarn ou hcresel yap iinde bulunur. Fakat DNA ve RNA, daima 4 nkleotid ve polipeptidler daima 20 aminoasit ierir.

Genler DNA zerinde yer alrlar ve proteinleri kodlama bilgisini tarlar. Bu ilem aamal olarak ortaya kar: gen transkripsiyonu, translasyon ve protein sentezi. Genetik bilgi DNA molekllerinde depolanmsa da bu bilginin ifadesi ribo nkleik asit (RNA) ile salanr. DNAnn belli blgelerindeki genetik bilgi, kopyalanarak RNA molekllerine aktarlr. Bu olaya transkripsiy on denir. Transkripsiyonun zellii seici olmasdr. Transkripsiyonda DNA ift sarmalnn birisi kalp olarak kullanlr ve bu kalbn belli, gerekli blgesi kopyalanr. Bu ekilde haberci=mesajc (mRNA) oluur. Daha sonra mRNAnn ierdii bilgi, aminoasit dizilerine tercme edilir. Aminoasit dizilerinin bir araya gelmesi ile de proteinler oluur. Bu olay translasyon olarak adlandrlr.

ift halkal DNA, l kodlar halinde genetik bilgiyi depolar. Bu drt azot baznn l bir araya gelmesiyle ortaya kar. mRNAdaki Adenin (A), Timin (T), Guanin (G), Sitozin (C)'in l bir araya gelmesiyle uygun mesaj olutururlar. Ancak RNA'da Timin yerine Urasil (U) kullanlr. Bu gei transkripsiyon olaydr ve DNA'nn l kodu, l kodlar halinde mRNA moleklne aktarlr. Transkripsiyon ilemi ok karmaktr ve DNA'nn zerine belli proteinlerin balamasna gerek duyar. Bylece protein-DNA ve protein-protein etkileimleri transkripsiyon ilemine katkda bulunur. Transkripsiyon RNA polimeraz-II enziminin DNA'nn promotor blgesine balanp, mRNA molekln oluturmasyla balar. DNA'daki baz emalar sras, A T, G C karlkl gelecek ekilde ayn sradzen iinde mRNA'da oluur.

4 / 10

Biyolojik bilgi ileme ve genetik kod

Do. Dr. Sultan Tarlac tarafndan yazld. Cuma, 23 Ekim 2009 14:52

Protein sentezinde tip RNA kullanlr. Ribozomal RNA (rRNA), tayc (tRNA) ve mesajc (mRNA). RNAlarn tm DNAdan ok kktrler ve deoksi riboz yerine riboz, timin yerine urasil ierirler. mRNAlar ekirdekteki DNAdan ald protein oluturma bilgisini, hcre iine getirir, burada protein oluumu iin kalp olarak kullanlr. tRNAlar en kk RNAlardr. Kendine zg aminoasitleri tar ve protein sentezinin yaplaca yere gtrr. mRNAdaki genetik bilgiye uygun olarak, tRNA balanr ve tad aminoasitleri, uzamakta olan protein zincirine ekler.

Proteinleri oluturma aamas translasyondur ve bu ikinci basamaktr. Bu aamada, mRNA hcre ekirdeinden ald DNA genetik bilgisini, hcre sitoplzmasna tar. Bu blgede toplu halde bulunan, ribozom denilen protein yaplara yapr. Burada, adeta bir ters kalp makinesi gibi proteinlerin yapsnda bulunan 20 aminoasidi kodlarlar. Her aminoasit baz zel kodu ile temsil edilir. mRNA koduyla eleen tRNA'lar sahneye karak aminoasit dzenlemesine katlrlar.

nc admda, aminoasitler kimyasal balarla bir araya getirilerek protein molekllerini olutururlar. Proteinler tipik olarak yzlerce aminoasitten oluurlar. DNA'nn baz dizilii mRNA'nn baz diziliini belirler, belirlenen bu baz dizilii de proteini oluturan aminoasitlerin dizilimini belirler. Proteinler bedenlerimizdeki, hcre ve dokulardaki yapsal elemanlar olutururlar.

Genetik bilgi nkleotid bazlar ve aminoasitler olarak neden iki ayr dile gerek duyar? Genellikle bir dilin dierine evrilmesi, dili oluturan temel elemanlarnn baka bir dildeki ina elemanlarna yer deitirmesi ile olur. Dilin deikenlii ve ok ynll yeterli ise, bu eviri esnasnda bilgi ieriinde kayp olmaz. DNAnn ift sarmal yaps nkleotid bazlar ite yer alr bilgiye gerek duyulana kadar, verileri iyi derecede korur. DNA kopyalanmas, protein sentezine gre hataya daha az eilimlidir. DNA ve protein dilleri arasndaki eviri basit bir eviriden ok daha karmaktr. Temel elemanlarn deimesi gibi dilin kendisi de belirgin deiir.

Yaz yazmak, okumak ve konumak insanlar iin nasl kolay ise DNA iinde kendini kopyalamak (replikasyon) ve oaltmak (transkripsiyon) kolaydr. Tek boyutlu DNA elemanlar, evirim ile boyutlu protein elemanlarna dnrler. Tek ve boyutlu temel yaplar bir araya getirmek iin gerek duyulan temel elemanlar birbirinden ok farkldr. Bilginin grnm de sonuta ok farkllar. DNA dili sembolik bir zettir. Bilgi kullanlmadan nce deerlendirimine gerek duyulur. Proteinlerin dili daha farkldr ve bilginin deerlendirimi sz konusu deildir.

5 / 10

Biyolojik bilgi ileme ve genetik kod

Do. Dr. Sultan Tarlac tarafndan yazld. Cuma, 23 Ekim 2009 14:52

Tablo. Kodon (ller tablosu) tablosu. Olas 64 kodon lsnn gsterimi. 64 kodondan 61i protein yapsnda yer alan 20 aminoasidi kodlar. 4 baz ve 3 kodondan 64 farkl kombinasyon elde edilir. 43=64. UAG, UGA ve UAA herhangi bir aminoasidi kodlamazlar. Bunlar sonlandrma kodonlardr. mRNAda bu kodonlardan birine gelince, protein zinciri sentezinin bittiini gsterir.

kinci Baz

Birinci baz

UUU Fenilalanin UUC Fenilalanin

6 / 10

Biyolojik bilgi ileme ve genetik kod

Do. Dr. Sultan Tarlac tarafndan yazld. Cuma, 23 Ekim 2009 14:52

UUA Lsin UUG Lsin

UCU Serin UCC Serin UCA Serin UCG Serin

UAU Tirozin UAC Tirozin UAA Stop UAG Stop

UGU Sistein

UGC Sistein UGA Stop UGG Triptofan

CUU Lsin CUC Lsin CUA Lsin CUG Lsin

7 / 10

Biyolojik bilgi ileme ve genetik kod

Do. Dr. Sultan Tarlac tarafndan yazld. Cuma, 23 Ekim 2009 14:52

CCU Prolin CCC Prolin CCA Prolin CCG Prolin

CAU Histidin CAC Histidin CAA Glutamin CAG Glutamin

CGU Arjinin CGC Arjinin CGA Arjinin CGG Arjinin

AUU zolsin

AUC zolsin AUA zolsin AUG Metionin

ACU Treonin ACC Treonin ACA Treonin ACG Treonin

8 / 10

Biyolojik bilgi ileme ve genetik kod

Do. Dr. Sultan Tarlac tarafndan yazld. Cuma, 23 Ekim 2009 14:52

AAU Asparajin AAC Asparajin AAA Lizin AAG Lizin

AGU Serin AGC Serin AGA Arjinin AGG Arjinin

GUU Valin GUC Valin GUA Valin GUG Valin

GCU Alanin GCC Alanin GCA Alanin GCG Alanin

GAU Aspartik asit GAC Aspartik asit GAA Glutamik asit GAG Glutamik asit

GGU Glisin

9 / 10

Biyolojik bilgi ileme ve genetik kod

Do. Dr. Sultan Tarlac tarafndan yazld. Cuma, 23 Ekim 2009 14:52

GGC Glisin GGA Glisin GGG Glisin

[1] Chanpe PC, Harvey PA. Lippincotts Illustrated Reviewes. Biochemistry. 1994

[2] Patel A. Why genetic information processing could have a quantum basis. quant-ph/0105001v2, 11 Jan 2001.

10 / 10