El splicing alternativo es un proceso de edicin post-transcripcional que se produce tras la obtencin del ARN mensajero primario.

El ARN mensajero primario es la transcripcin `literal` de ADN a ARN. En los genes de eucariotas no todo el ADN que se transcribe en el mensajero primario va a ser traducido. En los eucariotas existen regiones de ADN que no codifican aminocidos conocidas como intrones que estn flanqueadas por seales de inicio y de parada de la transcripcin. Los fragmentos que s van a codificar la secuencia de aminocidos de la futura protena son los exones. Distintas combinaciones de exones darn lugar a distintas isoformas de la protena madura. El splicing alternativo permite que en un mismo gen pueda estar codificada la informacin necesaria para sintetizar distintas protenas ya que mediante este proceso a partir de un mismo mensajero primario pueden obtenerse varias secuencias de ARN mensajero maduro dependiendo de cules sean los exones que se combinen. Los elementos reguladores en la regin promotora se dice que actan en cis, es decir, slo afectan a la expresin del gen adyacente en el mismo ADN doble, mientras que los factores de transcripcin se dice que actan en trans, o sea, actan en ambas copias de un gen en cada cromosoma , sintetizados por genes que se localizan a distancia. CONTROL TRANSCRIPCIONAL DE LA EXPRESION GENETICA Constituye uno de los modos ms importantes de regulacin de la expresin proteica en eucariontes. En esta categora estn includos los promotores, la presencia de secuencias regulatorias potenciadoras (enhancers), y la interaccin entre mltiples protenas activadoras o inhibidoras que actan mediante su unin a secuencias especficas de reconocimiento al ADN. Las regulaciones pueden ser de tipo CIS o TRANS. Cuando el elemento regulador transcripcional es parte de la cadena polinucleotdica donde se localiza el gen a regular, se denomina regulador CIS. Evidentemente se tratan de secuencias especiales del ADN (promotores y enhancers). Cuando los elementos regulatorios son de naturaleza y origen diferente a la secuencia gentica a controlar, la regulacin es de tipo TRANS (aqu se incluyen a los factores de transcripcin generales, histoespecficos y todas las protenas regulatorias con capacidad de unin al ADN). Regulacin en CIS Promotores El paso inicial de la sntesis de los tres tipos de ARN es la ubicacin de las ARN polimerasas junto a una secuencia del ADN a la altura del denominado promotor del gen a ser transcripto. La ARN polimerasa I sintetiza los ARN r (excepto el 5S), la de tipo II sintetiza los ARN m y algunos ARN sn involucrados en el proceso de corte y empalme del transcripto primario (splicing), mientras que la ARN polimerasa III sintetiza el ARN r 5S y los ARN t.El ms complejo de los procesos regulatorios es el que comprende a los genes de clase II o codificantes de ARN m. Casi todos los genes codificantes de protenas contienen promotores basales de dos tipos y un nmero variable de dominios regulatorios transcripcionales. El promotor es una secuencia que define el sitio de iniciacin de la transcripcin del ARN. Los promotores ms frecuentes son los de tipo CCAAT y TATA , denominados motivos o cajas por su alta conservacin evolutiva. La caja TATA est localizada 20-30 pb corriente arriba del sitio de inicio de la transcripcin . Numerosas protenas identificadas como TF IIA,B,C, etc. (factores regulatorios de la ARN polimerasa II) interaccionan con la caja TATA. El promotor CCAAT reside 50-130 pb corriente arriba del sitio de inicio transcripcional. La protena denominada C/EBP (CCAAT-box /enhancer/binding/protein) se une a esta secuencia. Otra secuencia regulatoria incluye a la caja GC. Si bien los promotores estn preferentemente localizados corriente arriba (5) del inicio transcripcional, algunos pueden ubicarse corriente abajo (3) o bien ser de tipo intragnicos.

El nmero y tipo de eleemntos regulatorios varan segn cada ARNm. La naturaleza de los promotores y la combinatoria de las protenas interactuantes con ellos es uno de los principales mecanismos de regulacin en los genes de tipo inducibles. Secuencias regulatorias potenciadoras (enhancers): Existen adems secuencias del ADN que pueden localizarse corriente arriba o abajo del gen a regular situadas a miles de pares de bases con respecto al promotor. Las zonas de ADN sobre las cuales se ejercen acciones activadoras son llamadas potenciadoras o aumentadoras (enhancers en ingls). En trminos generales una secuencia regulatoria potenciadora o enhancer regula la frecuencia con la que se realiza el proceso transcripcional. Para un mismo gen pueden existir varias secuencias regulatorias. Tambin existen reguladores de accin opuesta (silenciadores o amortiguadores de la transcripcin). La explicacin ms simple del fenmeno regulatorio a distancia es propone que la molcula de ADN se dobla en asa para permitir la aproximacin de estas zonas alejadas de la doble hlice y ubica a la protena activadora unida al enhancer". Regulacin en TRANS Factores transcripcionales: A diferencia de las ARN polimerasas bacterianas, las eucariticas no hacen contacto directo con el ADN promotor sino que son reclutadas hacia este por complejos de protenas especficas para cada tipo de ARN polimerasas. Estos complejos se han denominado SL1 para la ARN polimerasa I, TFIID para la ARN pol, II y TF IIIB para la RNA pol III respectivamente. No hay duda alguna que los factores transcripcionales de los genes codificantes de protenas son de crucial importancia en el control del crecimiento y la diferenciacin de las clulas. Muchos de ellos estn codificados por protooncogenes, que al activarse pueden alterar la tasa transcripcional o la calidad de las protenas fisiolgicas desencadenando un proceso oncolgico. Se pueden distinguir los denominados factores de transcripcin generales (componentes del complejo de transcripcin basal) y los factores de transcripcin histoespecficos (que se unen a regiones especficas promotoras/reguladoras de los genes y regulan el grado de transcripcin desde el complejo de transcripcin basal). Ambos tipos de protena se unen a secuencias en el surco mayor del ADN. Para montar la transcripcin basal en un promotor dependiente de la ARN polimerasa II, se reclutan secuencialmente factores de transcripcin generales. El primer factor de transcripcin general que se une al promotor es el TFIID, que entra en contacto directo con la caja TATA a travs de la protena fijadora de TATA (TBP). Una vez unido el TFIIB los otros factores de transcripcin generales (GTF, del ingls: general transcription factors) se unen secuencialmente y por ltimo se reclutan la ARN polimerasas II y los factores asociados. Este conjunto conformado por ADN, factores de transcripcin generales y ARN polimerasa II se denomina complejo de transcripcin basal. Este acta como objeto de activacin o represin transcripcional por la accin de protenas regulatorias especficas de tejido. Estos factores de transcripcin histoespecficos se unen especficamente a otras secuencias de ADN en las zonas de control de los genes intercalndose en el surco mayor y comandan la interaccin del complejo de transcripcin basal con el ADN, lo que provee una expresin gnica regulada histoespecfica. Adems de su dominio de unin al ADN, las protenas reguladoras de la transcripcin pueden tener dominios para la interaccin reversible, no covalente de una protena con otra, denominados dominios de dimerizacin. La interaccin de dos protenas a travs de estos dominios puede ser un requisito para su unin al ADN. Por lo tanto, la unin de factores de regulacin es a menudo de tipo cooperativa Mientras muchos factores dimricos poseen dos protenas de la misma especie (homodmeros), otros estn formados por dos protenas de diferente naturaleza (heterodmeros). Es evidente que este tipo de protenas poseen adems de dominios de dimerizacin, dominios de fijacin al ADN y dominios de activacin transcripcional.