GAZİ ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJELERİ

BAŞVURU FORMU
KONTROL LİSTESİ

PROJE ADI : Terapötik Gen Aktarımı için Tasarlanan Viral Olmayan Lipopleks Nanobiyoteknolojik Sistemlerinin
Tasarlanması

(✔) 1.1. Proje Yöneticisine ilişkin bilgiler belirtildi.

(✔) 1.2. Projedeki diğer elemanların bilgileri belirtildi.
(✔) 1.3. Projenin Adı yazıldı.
(✔) 1.4. Projenin türü belirtildi.
(✔) 1.5. Projenin süresi belirtildi.
( ) 1.6. Üniversite dışından destekleyen diğer kuruluşlar belirtildi (varsa).
(✔) 1.7.1 Bütçe detayı yazıldı.
(✔) 1.7.2 Bütçe icmali yazıldı.
(✔) 1.7.3 Projeye ilişkin gerekli malzemelerin ayrıntılı gider listesi dolduruldu.
( ) 2.1. Projenin amacı ve önemi belirtildi.
( ) 2.2. Araç, gereç ihtiyacı ve yöntemler hakkında ayrıntılı bilgi verildi.
( ) 2.3. Araştırma ekibinin daha önce yaptığı çalışmalara ilişkin belgeler eklendi.
( ) 2.4. Araştırma olanakları hakkında bilgi verildi.
( ) 2.5. (1) Talep edilen makine teçhizatın hangi amaçla kullanılacağı belirtildi.
( ) 2.5. (2) Talep edilen makine teçhizatın kullanımına ilişkin bilgi verildi.
( ) 2.5. (3) İstenilen cihazın mevcut durumuna ilişkin bilgi verildi.
( ) 2.5. (4) Projenin tamamlanmasından sonra cihazın değerlendirilme şekli belirtildi.
( ) 2.5. (5) Cihazın teknik özelliklerine ilişkin ayrıntılı bilgiler verildi.
( ) 2.5. (6) Cihazın tahmini fiyatına ilişkin fatura eklendi.
( ) 3.1. Proje ile ilgili olarak yapılan çalışmalar, araştırmanın bunlar arasındaki yeri belirtildi ve çalışmalara ilişkin
referans listesi verildi.
( ) 3.2. Daha önce araştırma yapılmış ise bu çalışmalarla ilgili bilgi verildi.
( ) 3.3. Çalışmaları gösteren bir uygulama plan verildi.
( ) 3.4. Araştırma giderlerinin gerekçeli dökümü verildi.
(✔) 3.5. Önerilen projenin Türkçe ve bir yabancı dilden ismi ve özeti verildi.
(✔) 3.6. Türkçe ve ingilizce olarak proje konusu ile ilgili anahtar kelimeler verildi.
(✔) 3.7. Hakem olarak yararlanılmak üzere (2 si G.Ü. haricinden ve yönergenin 3/g md.deki tanıma uyan) 3
hakem ismi, yazışma ve e-posta adresleri verildi.
( ) 3.8. Deney hayvanı veya klinik çalışmalar için gerekli Etik Kurul onay belgesi sunuldu.
( ) 3.9. Yüksek lisans, doktora veya uzmanlık tezi olarak onaylandığının resmi belgesi sunuldu.
( ) 3.10. Araştırmacıların özgeçmiş ve konu ile ilgili başlıca yayınlarının listesi sunuldu.
(✔) 3.11. Proje Yöneticisinin Gazi Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri tarafından desteklenen diğer projeleri
belirtildi.

Proje Yöneticisin

Unvanı, Adı Soyadı: UZMAN DR. ERHAN SÜLEYMANOĞLU

Fakülte/Y.Okulu: Eczacılık Fakültesi
Tarih:
İmza:

1
Form-1
Proje Kod:

GAZİ ÜNİVERSİTESİ
BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJESİ
BAŞVURU FORMU

PROJEYE İLİŞKİN İMZALAR

GÖREVİ UNVANI,ADI SOYADI TARİH İMZA

PROJE UZMAN DR. ERHAN SÜLEYMANOĞLU

YÖNETİCİSİ

BÖLÜM / A.D
BAŞKANI

DEKAN / MÜDÜR

1. GENEL BİLGİLER

1.1.PROJE YÖNETİCİSİ
Unvanı, Adı ve Soyadı : UZMAN DR. ERHAN SÜLEYMANOĞLU
Bölümü : Temel Eczacılık Bilimleri
Fakülte, Enstitü veya Yüksekokulu : Eczacılık Fakültesi
Ev Adresi: Gazi Mahallesi Polatlı Caddesi, No:115/5
Ev Tel No: 211-19-47
Belgegeçer No:
e-posta adresi: esuleymanoglu@gazi.edu.tr
İş Tel No: 202-32-50

1.2 PROJEDEKİ DİĞER ELEMANLAR

Unvanı, Adı ve Soyadı
Prof. Dr.,Ningur Noyanalpan
Yrd. Döç. Dr.,Kamile Öztürk
Prof. Dr., Rus Bilimler
Akadem,Vasiliy Kuvichkin
Fakülte / Enstitü /
Yüksekokulu
Eczacılık Fakültesi
Fen Edebiyat Fakültesi
Fen Edebiyat Fakültesi
Bölüm/AD Projedeki Görevi
Temel Eczacılık Bilimleri Yapı-aktivite ilişkilerinin
incelenmesi
Biyoloji Aksaray Üniversitesi'nde
görevli
In vitro transfeksyon deneyleri
Biyoloji Biyofiziksel Analizler

1.3 PROJENİN ADI

Terapötik Gen Aktarımı için Tasarlanan Viral Olmayan Lipopleks Nanobiyoteknolojik Sistemlerinin Tasarlanması

2
 1.4 PROJENİN TÜRÜ
a) Bağımsız Proje
Bilimsel Araştırma Projesi (BAP)
Kapsamlı Proje
b) Sanayi İşbirliği Projeleri
c) Lisansüstü Tez Projeleri
Yüksek Lisans
Doktora
Tıpta Uzmanlık
X d) Çok Disiplinli Araştırma Projeleri

1.5 PROJENİN SÜRESİ

Projenin Teklif(Yönetici) Teklif(Uzmanlar Gr.) Kabul(Bap Komisyonu)
Süresi 24

1.6 PROJEYİ ÜNİVERSİTE DIŞINDAN DESTEKLEYEN DİĞER KURULUŞLAR

Destek Sağlayan Kuruluşun Adı Destek Miktarı

Toplam 0

1.7 PROJE BÜTÇESİ

1.7.1 BÜTÇE DETAYI

ANALİTİK BÜTÇE EKONOMİK PROJE YÖNETİCİSİ UZMANLAR GRUBU BAP KOMİSYONU
KODU SINIFLANDIRMA 1. YIL 2. YIL TOPLAM 1. YIL 2. YIL TOPLAM 1. YIL 2. YIL TOPLAM
I II II IV
03 2 TÜKETİME YÖNELİK MAL VE 28.000 28.000
MALZEME AL
1 Kırtasiye ve Büro Mal.Alımları

01 Kırtasiye Alımları

02 Büro Malzemesi Alımları

04 Diğer Yayın Alımları

05 Baskı ve Cilt Giderleri

90 Diğer Kırt. & Büro Malz.Alımları

3 Enerji Alımları

02 Akaryakıt ve Yağ Alımları

4 Yiyecek İçecek ve Yem Al.

03 Yem Alımları

6 Özel Malzeme Alımları 28.000 28.000

01 Lab. Malzemesi ile Kimyevi ve 28.000 28.000

Temrinlik Malzeme Alımları
03 Zirai Malzeme ve İlaç Alımları

04 Canlı Hayvan Alım, Bakım

90 Diğer Özel Malz. Alımları

9 Diğer Tüketim Mal ve Malzemesi

Alımları
01 Bahçe Malz. Yap.Bak. Giderleri

3
 1.7.1 BÜTÇE DETAYI
ANALİTİK BÜTÇE EKONOMİK PROJE YÖNETİCİSİ UZMANLAR GRUBU BAP KOMİSYONU
KODU SINIFLANDIRMA 1. YIL 2. YIL TOPLAM 1. YIL 2. YIL TOPLAM 1. YIL 2. YIL TOPLAM
I II II IV
90 Diğer Tük. Mal-Mlz Alımları

03 3 YOLLUKLAR 10.000 10.000

1 Yurtiçi Geç. Gör.Yollukları

01 Yurtiçi Geç.Gör.Yollukları

3 Yurtdışı Geç.Gör.Yollukları 10.000 10.000

01 Yurtdışı Geç.Gör.Yollukları 10.000 10.000

03 5 HİZMET ALIMLARI 114.000 114.000

1 Müşavir Firma ve Kişi Ödeme.

01 Etüt-Proje Bilirkişi Ekspertiz Gd.

05 Harita Yapım ve Alım Giderleri

90 Diğer Müşavir Firma-Kişilere Öd.

2 Haberleşme Giderleri

01 Posta ve Haberleşme Giderleri

02 Telefon Abonelik-Kullanım Ücr.

4 Tarifeye Baplı Ödemeler

01 İlan Giderleri

5 Kiralar

01 Dayanıklı Mal ve Malzeme Alım.

02 Taşıt Kiralaması Giderleri

03 İş Makinesı Kiralaması Giderleri

08 Yüzer Taşıt Kiralaması Giderleri

10 Bilgisayar ve Bilg.Sist.Yazılım
Kiralama Giderleri
9 Diğer Hizmet Alımları 114.000 114.000

03 Kurslara Katılma Giderleri 2.000 2.000

90 Diğer Hizmet Alımları 112.000 112.000

03 7 MENKUL MAL, GAYRİMADDİ

HAK ALIM BAKIM VE ONARIM
GİDER.
1 Menkul Mal Alım Giderleri

01 Büro,İşyeri Mal ve Malz.Alıml.

02 Büro,İşyeri Mak.ve Teçh.Alıml.

03 Avadanlık,Yedek Parça Alımları

90 Diğer Dayanıklı Mal.-Mlz.Alıml.

2 Gayri Maddi Hak Alımları

01 Bilgisayar Yazılım Alımları

02 Fikri Hak Alımları

3 Bakım ve Onarım Giderleri

02 Makine Teçhizat Bakım On.Gid.

06 1 MAMUL MAL ALIMLARI

2 Büro,İşyeri Mak-Teçh.Alımları

01 Büro Makineleri Alımları

02 Bilgisayar Alımları

03 Tıbbi Cihaz Alımları

04 Laboratuar Cihazı Alımları

90 Diğer Makine Teçhizat Alımları

4
 1.7.1 BÜTÇE DETAYI
ANALİTİK BÜTÇE EKONOMİK PROJE YÖNETİCİSİ UZMANLAR GRUBU BAP KOMİSYONU
KODU SINIFLANDIRMA 1. YIL 2. YIL TOPLAM 1. YIL 2. YIL TOPLAM 1. YIL 2. YIL TOPLAM
I II II IV
06 3 GAYRİ MADDİ HAK ALIMLARI

4 Patent Alımları

01 Patent Alımları

1.7.2 BÜTÇE İCMALİ

ANALİTİK EKONOMİK PROJE YÖNETİCİSİ UZMANLAR GRUBU BAP KOMİSYONU
BÜTÇE KODU SINIFLANDIRMA 1. YIL 2. YIL TOPLAM 1. YIL 2. YIL TOPLAM 1. YIL 2. YIL TOPLAM
03-2 TÜKETİME YÖNELİK MAL VE 28.000 28.000
MALZEME AL
03-3 YOLLUKLAR 10.000 10.000
03-5 HİZMET ALIMLARI 114.000 114.000
03-7 MENKUL MAL, GAYRİMADDİ HAK
ALIM BAKIM VE ONARIM GİDER.
06-1 MAMUL MAL ALIMLARI
06-3 GAYRİ MADDİ HAK ALIMLARI
GENEL TOPLAM 152.000 0 152.000 0 0 0 0 0 0

1.7.3 AYRINTILI GİDER LİSTESİ

Malzeme Tahmini
Sıra Malzeme Bedeli Analitik
Malzeme Adı Ölçü
No Miktarı Bütçe Kodu
Birimi Birim Fiyatı Toplam Fiyatı
1 sarf kimyasal malzemeler 1 28.000 28.000 03.2.6.01
2 Seyahat 2 sefer 5.000 10.000 03.3.3.01
3 Kurslara katılma giderleri 1 adet 2.000 2.000 03.5.9.03
4 ODTÜ Merkez Laboratuvarı ve 1 adet 112.000 112.000 03.5.9.90
Rusya Federasyonu hizmet alımları

1.8. PROJE YÖNETİCİSİNİN GAZİ ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJELERİ

TARAFINDAN DESTEKLENEN DİĞER PROJELERİ
EK PROJE İLE İLGİLİ
NO PROJE KODU PROJE İSMİ SÜRE BÜTÇESİ BÜTÇE YAYINLAR
1 02/2005-15 Paclitaxel (TAXOLun) anti- 24 35.700 17.850
kanser etki mekanizmasının
model Langmuir Blodgett
biyomembran sistemi ile
moleküler düzeyde incelenmesi

5
2. PROJE HAKKINDA BİLGİLER

2.1. Projenin Amacı ve Önemi:

Proje önerimiz Avrupa Birliğinin 7. Çerçeve programında (http://erc.europa.eu,
http://cordis.europa.eu/fp7/ideas/home_en.html) yer alan öncelikler sıralamasına uygun
olarak hazırlanmıştır. Başka bir deyişle genom bilimleri ve biyonanoteknoloji
kapsamında (Bk.: cordis.europa.eu/fp7/home_en.html;
http://www.innovation.public.lu/servlet/front) olup çok merkezli ortak bir çalışma olarak
tasarlanmıştır. Ancak, nanobiyoteknolojik boyutu dışında, daha fundamental hücresel etki
mekanizmalarının modellemesini de kapsamaktadır. Disiplinlerarası bir çalışma olarak
sunulması bizce çok daha rasyonel bir yaklaşımdır. Bunun sebepleri şöyle sıralanabilir.
Her nekadar ülkemizde nanoteknolojiye ve moleküler biyolojiye yapılan yatırımlar artmış
olsa da, bu konudaki ülke olarak ilerlememiz sadece çok pahalı teçhizatın alınmasına
değil, bu teçhizatı kullanabilecek deneyimli personelin yetiştirilmesi ve çalıştırılmasına
bağlıdır. İlgili bilim dallarının kullandığı karmaşık yöntemleri uygulayabilmek için uzun
vadeli proje desteğine, özellikle buradaki araştırmacı statülerin özerkliğine bağlıdır ve en
önemlisi uluslararası ortakların katılımlarıyla ve katkılarıyla mümkündür. Ülkemizde her
ne kadar da moleküler genetik yöntemlerinin gerçekleştirilmesi için gereken birtakım
cihazlar alınmışsa da, bunların çoğu çalıştırılamamaktadır. Üniversite panel ve
çalıştaylarında bu gerçekler defalarca dile getirilmiştir. Fakültemizdeki durum da pek
farklı değildir. Fakültemizde maddî olanaksızlardan dolayı bu tür harcamalar
yapılmamışsa da, diğer üniversitelerde bu amaçla yurt dışından çok büyük paralar
ödenerek pratik seminerlerde bu yöntemleri göstermek amacıyla firma temsilcileri
getirilmektedir. Bu konuda eğitilmiş ve bu konularda bağımsız olarak proje yürütebilecek
akademisyenlerimizin sayısı da bir hayli azdır. Avrupa Birliği destekli FP7 çerçeveye
veya TÜBİTAK proje destekleme birimlerine gönderilen moleküler genetik, moleküler
klonlama veya biyonanoteknolojik konulu proje sayısına bakacak olursak bu gerçek bir
kez daha ortaya çıkacaktır.

Sunduğumuz bu proje önerisinde tüm bu zorlukların daha kolayca aşılması

amacıyla çok merkezli bir ortak çalışmanın önemi vurgulanmaktadır. Birçok proje
başvurusunun aksine, çok pahalı cihazların alınması yerine Türkiye’de mevcut olan
imkânları ve bu amaca uygun proje desteği sunan sponsorlarımız araştırılmıştır. Bu
bağlamda, proje önerimizde tek cihazla yapılacak ölçümler değil, çok kapsamlı deneysel
tasarımlara yer verilmiştir. Projemizin konusunu teşkil eden nükleik asit-fosfolipid
etkileşmeleri konusunu çalışan birçok grupla temas sağlanmıştır. Bu konuda uzun
yıllardan beri deneyimi bulunan Prof. V. Kuvichkin’in grubundan gelen ortak çalışma
teklifi olumlu karşılanmıştır ve bütün ayrıntılar üzerinde uzun bilimsel tartışmalar sonucu
bu proje önerimiz hazırlanmıştır. Amacımıza en uygun proje desteği programı olarak
Gazi Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Projeleri biriminin çerçevesi olduğu görüşü
paylaşılmış ve proje önerimiz buna uygun olarak tasarlanmıştır. Bu bağlamda, ulusal
yükseköğretim stratejileri (Bk.: http://www.yok.gov.tr/duyuru/strateji_gorus.htm) ve
üniversitemizin strateji plan geliştirme programı (http://www.strateji.gazi.edu.tr/) esas
alınmıştır. Proje önerimizdeki bu vurgu, uluslararası proje destek programlarına
katılmamız bakımından da önemlidir, çünkü Avrupa Birliği’nin gerek 6cı, gerekse 7ci
çerçeve programlarında yukarıda bahsedildiği üzere öncelikli konu başlıklarına önem

6
verileceği ayrıca vurgulanmaktadır (Bk.: www.fp7.org.tr). Ancak bu proje destek
programlarına Türkiye’den gönderilen proje başvurusu yeterli değildir. Buna paralel
olarak, ülkemizde de ulusal nanoteknoloji stratejileri geliştirilmiştir. Bu tür nanoteknoloji
çalışmaları da en ileri düzeyde şu anda Türkiye’de de yapılmaktadır. Bunun için de
gereken altyapı ve AR-GE olanakları kurulmuştur. Örneğin, Orta Doğu Teknik
Üniversitesinde 2006 yılından bu yana Nanoteknoloji Merkezi faaliyet göstermektedir.
Ayrıca, aynı üniversite Avrupa Birliği kaynaklarından 1.5 milyon EU’luk subvansiyon
sayesinde Merkez Laboratuvarını kurmuştur (Bk.: www.centrallab.metu.edu.tr). Bu
Merkez Laboratuvarın Ocak-2006 tarihinde kurulmuş olup, asıl amacı üniversitelere ve
sanayi kuruluşlarına bilimsel destek ve yürütülmekte olan projelerde öçlüm olanakları
sağlamaktır. Avrupa Birliğinden akreditasyon alan bir kuruluş olarak O. D. T. Ü. Merkez
Laboratuvarı çok önemli hizmetler vermektedir.

Bunun dışında, Bilkent Üniversitesinde Devlet Plânlama Teşkilâtından alınan 25

Milyon Dolarlık proje ile büyük bir alana yayılmış Ulusal Nanoteknoloji Merkezi (Bk.:
www.nano.bilkent.edu.tr) kurulmuştur ve bu merkez de çok yakın bir tarihte faaliyete
geçmiştir. Hacettepe Üniversitesi Beytepe kampüsünde de birçok nanoteknolojik projenin
yürütüldüğü BİYOMEDTEK Merkezi kurulmuştur (www.biyomedtek.com). Yakın bir
tarihte de, bu üniveritenin Teknopark’ı açılacaktır (www.teknopark.hacettepe.edu.tr).
Buna paralel olarak, Ankara Üniversitesi birkaç yıl önce Devlet Plânlama Teşkilâtından
almış olduğu 8 Milyon Dolarlık proje desteği ile Biyoteknoloji Enstitüsü kurmuştur.
Daha sonra, bu enstitüye bağlı Merkez Laboratuvarı da kurulmuştur (Bk.:
http://www.biotek.ankara.edu.tr/).

Görüldüğü gibi, Ankara’da bulunan diğer üniversitelerde bu tür büyük yatırımlar

yapılırken üniversitemizde bu ölçekte henüz daha herhangi bir girişim olmamıştır. Ancak,
son yıllarda üniversitemizde de büyük gelişmeler kaydedilmiştir. Şöyle ki, Yarıiletken
Araştırma Merkezine bağlı bir Nano-Club faaliyete başlamıştır. Ancak, bu birimin
biyonanoteknolojiye hitap etmemektedir, daha ziyade mühendislik bilimleriyle
ilgilenmektedir. Ancak, bunun dışında, yakında çok önemli olan Ulusal Nanotıp
Konsorsiyumu üniversitemizde kurulmuştur ki, bu çok isabetli bir gelişmedir.
Üniversitemizin Teknoparkı da tamamlandığında uluslararası düzeyde nanoteknolojik
araştırmaların yapılabileceği ümit edilmektedir. Bu konu ile ilgili çok olumlu bir gelişme
de önümüzdeki günlerde Nanotıp Araştırma Laboratuvarının kurulması olacaktır (Bk.:
http://www.gazi.edu.tr/duyurular/nanotip%20davetiye.jpg).

Ancak, bu tür merkezleri diğer araştırma merkezlerle yarışabilir düzeyde

tutabilmek için büyük ölçekli, sürekli ve uzun vadeli projeler çıkarmak gerekmektedir.
Projemizi de böyle bir düşünceyle sunmaktayız. Şimdiye kadar Fakültemizde herhangi
bir nanoteknoloji başlıklı proje çıkarılmadığı gibi laboratuvar donanımı da son derece
yetersizdir. Bu bakımdan, bu konularla ilgili güncel ve özgün değeri olan projelerin
hazırlanması önem kazanmıştır. Bu amaçla, şu anda çalışmakta olduğumuz ve gerek
moleküler hücre biyolojisinde gerekse biyonanoteknolojide büyük önem arz eden nükleik
asit-fosfolipid etkileşmeleri konulu bir projeyi Rus ortaklarımızdan tarafımıza iletilen
ortak çalışma teklifini de değerlendirerek böyle bir çalışmayı gerçekleştirmek
arzusundayız. Böyle bir ortaklığın üniveritemiz için çok önemli fırsatlar sunmaktadır. Her

7
şeyden önce, yukarıda adı geçen ölçüm merkezlerine alınan cihazları Malzeme
Mühendisliği, Kimya, Fizik, veya benzer alanlardan gelen meslektaşlarımız
kullanmaktadır ve çalıştırmaktadır. Bu konularda ülkemiz çok büyük bir mesafe almıştır.
Ancak, biyolojik ölçümler henüz daha rutin olarak bu merkezlerimizde yapılamamktadır.
Bunun en önemli sebeplerinden biri de biyolojik örneklerin sıvı olmalarından
kaynaklanmaktadır. Söz konusu cihazlar ise daha çok katı örneklerle ölçüm yapmaktadır.
Bu önemli engeli aşmak için, bizce çok yüksek yatırımlar ve zaman gerektiren yurtdışına
eleman göndermek yerine bu şekilde ikili ve çok merkezli ortak projeler kanalıyla bu
merkezlerimize yurtdışından deneyimli bilim insanlarını davet etmek çok daha isabetli
olur. Bu bağlamda projemizde, çok deneyimli olan Rus ortaklarımızın proje esnasında
Türkiye’ye ölçümler yapmak üzere yapacakları ziyaretlerine büyük önem verilmiştir.
Örneğin, bu çerçevede söz konusu bu ziyaretlerinde tarafımıza başka ülkelerden alınması
çok zor olan teknoloji transferi ve eğitim gerçekleştirilecektir. Bu ziyaretler esnasında
tarafımıza yoğun olarak, şu anda yapamadığımız lipozom elektron mikroskopisi,
lipozomlarla gerçekleştirilen füzyon ve salınım deneyleri, z-potansiyel ölçümleri,
floresans mikroskopisi ve floresans spektroskopik ölçümler gösterilecektir. Bu sayede bu
proje bitiminde bu tür araştırmaların yapılmasında ve yeni çok kapsamlı projelerin ortaya
çıkarılmasında bağımsız olarak hareket etmemiz sağlanmış olacaktır. Proje önerimizin
başlangıç noktasını oluşturan ön yüzey kimyasal ölçümler tarafımdan Gazi
Üniveristesinde, çok önemli fizikokimyasal inceleme bölümünü teşkil eden ölçümleri de
Rusya Federasyonundaki diğer ortaklarımız gerçekleştirecektir. Böylece, araştırma
grubumuzu uluslararası düzeyde tanıtılması amaçlanmıştır. Bu tür çok merkezli bir
çalışmada sağlanacak bir başarı, daha ilerki aşamalarda başvurmayı plânladığımız
uluslararası ve Avrupa Birliği destekli çok daha kapsamlı proje destekleme programlarına
dahil edilmemizi kolaylaştıracatır.

Konu ve Kapsam:
Proje önerimiz şu ana kadar yeterince araştırılmamış olan hücresel nükleik asitler
ile membranlar arasında oluşan etkileşmelerinin multidisipliner bir yaklaşım çerçevesinde
moleküler ve hücresel düzeyde incelenmesi üzerine odaklanmaktadır. Bu proje
önerimizin bilimsel dayanağı kısaca şöyle özetlenebilir. Birçok biyomakromoleküler
aktivitenin fosfolipid yüzeylerinde meydana geldiği hususu, birçok bilim insanının
ilgisini çekmektedir ve bu hücresel yapıların sinyal iletim mekanizmaları ve genom
organizasyonu üzerine etkileri ile ilgili yoğun araştırmalarının başlatılmasında çok
önemli bir motivasyonu teşkil etmektedir. Bu bağlamda, yüksek moleküler ağırlığa sahip
hücresel makromoleküler bileşiklerden 4 ayrı türü teşkil eden proteinler, nükleik asitler,
polisakkaridler ve lipidler uzun yıllar boyunca araştırılmışlardır. Bunlar arasında oluşan
bileşiklerden, protein-protein, lipid-protein ve nükleik asit-protein etkileşmeleri ayrıntılı
olarak incelenmiştir [1-4]. Ancak, nükleik asitler ile hücresel fosfolipidler ve hücresel
zarlarla etkileşmeler yeterince araştırılmamıştır. Bunun en önemli sebeplerinden biri, bu
tür oluşumları mikroskopik, spektroskopik, termodinamik veya kinetik olarak
incelemenin son derece zor olmasından kaynaklanmaktadır. Bu konuda özellikle
moleküler hücre biyolojisinin temelini oluşturan özgün kavramlar olarak çok sayıda
teoriler ortaya atılmıştır. Ancak birçokları spekülativtir ve daha ayrıntılı olarak
incelenmelerine ihtiyaç vardır.

8
 Nükleik asit-hücre fosfolipid etkileşmeleri ile ilgili araştırmalarının bu ilk
yıllarında genel olarak birtakım hücresel olaylardaki rolleri ilgiyi çekmekteydi. Gerek
prokaryotlarda, gerekse eukaryotlarda birçok biyokimyasal ve biyofiziksel teori
geliştirilmiştir. Örneğin, bakteri segregasyonunda ortaya çıkan nükleoid bölünmesi,
plazmid replikasyonunda, mezozomların oluşmasında, eukaryotik hücre döngüsünde ve
kromozom kompaktizasyonunun hücresel kontrolünde, gen ifadesinde ve özellikle
transkripsiyon, translasyon ve rekombinasyon olaylarında membranlarla bağlanma
noktaları ortaya çıkarılmıştır [1-4]. Ancak, şimdiye kadar toplanan tüm bu veriler genel
bir geçerliliği olan gen-membran modelini geliştirmek için yeterli değildir. Bu bağlamda
projemiz, yaşayan hücrelerde böyle bir gen-hücre zarı bileşiğinin ortaya çıkarılması ve
karakterizasyonu ile ilgilenmektedir. Bu fikir, bu projeyi beraberce yürüteceğimiz Rus
ortaklarımızın özgün bulgularına dayandırılmıştır [4]. Projemizin diğer boyutu ise
biyoteknolojiktir ve son yıllarda önem kazanan gen aktarımı ile ilgilidir. Bilindiği üzere,
gen aktarım yöntemlerinden biri olan lipofeksyon lipid vezikülleri içerisinde enkapsüle
edilmiş terapötik nükleik asitlere dayanmaktadır. Böylece, proje önerimizin genel konusu
olan nükleik asit-fosfolipid etkileşmelerinin bu noktada da önemli olduğu açıktır. Bu her
iki boyutu da incelemek üzere bu proje önerimiz çok dikkatlice hazırlanmıştır. Nükleik
asit-membran etkileşmeleri konusunda uzun yıllar çalışmaları bulunan çok deneyimli Rus
ortaklarımızla müşterek çalışma olarak tasarlanmıştır. Söz konusu proje önerimiz ön
fizikokimyasal, yüzey kimyasal, yapı-aktivite ilişkilerini ortaya çıkaracak şekilde
morfolojik ve işlevsel incelemelerden ibarettir ve 2 yıl gibi bir sürede tamamlanması
öngörülmüştür. Proje önerimizde bu süreyi göz önünde bulundurarak yeni ve pahalı
techizatlara ihtiyaç duyulmayacak şekilde Türkiye’de ve Rusya Federasyonu’nda bulunan
cihazlarların müşterek kullanımına özen gösterilmiştir. Böylece, üniversitemizin
kaynaklarından en rasyonel olarak istifade edilmesi hedeflenmiştir. Bu bağlamda proje
önerimizin kapsamı Gazi Üniversitesi B. A. P. Biriminin sağladığı proje desteği
hükümlerine uygun olarak hazırlanmıştır. Bu anlaşma, taraflara sağlamış olduğu
imkânlarla ve fırsatlarla bir önceki bölümde yer alan esas amacımıza ulaşma konusunda
yeterli olacağı kanısındayız.

Bu Bölümle İlgili Referanslar:

1. A. A. Travers, DNA-Protein Interactions, Chapman & Hall; 1st Edition, (1993)
pp. 192.
2. K. Scheffzek, Protein-Protein Recognition, C. Kleanthous (Ed.). Oxford
University Press, (2000) pp. 314
3. M. P. Moyer, Association of DNA and RNA with membranes, Int. Rev. Cyt. 61,
(1980) 1– 25.
4. V. V. Kuvichkin, DNA–lipid interactions in vitro and in vivo,
Bioelectrochemistry 58 (2002) 3– 12.

Özgün Değer:
Proje önerimiz iki ayrı hipoteze dayanmaktadır. Bunlardan ilki tarafımıza ait bir
hipotez olan lipozom-Mg2+-DNA lipoplekslerin hücre içi geçiş yolları ve daha sonraki
etki mekanizmaları ile ilgilidir [1,2]. Söz konusu hipotezin esaslarına burada kısaca yer
verilmiştir.

9
 DNA-Lipozom Nanobileşenlerinin Hedeflendirilmiş Hücre İçi Geçiş
Mekanizması ile İlgili Yeni Hipotez’in Esasları

Tedavi amacıyla tasarlanan lipozomlara dayalı gen taşıyıcıların hücre içi

akıbetlerinin araştırılması konusu henüz daha başlangıç aşamasındadır. Şimdiye kadar
bahsedilen tüm önemli faktörler dışında, nükleik asitlerin konformasyonunun belirleyici
bir rol oynadığı açıktır. DNA ile lipidler arasında oluşan yeni fazlardaki meydana gelen
konformasyonel değişikliklerinin ayrıntılı mekanizmasını ortaya çıkarmak için ve bu
oluşumlarının transfeksyon etkinliği üzerindeki rolü yorumlayabilmek için, projemizde
DNA ile yük taşımayan fosfolipidler arasında ilk temasları oluşturan bu makromoleküller
arasındaki tanınmayı incelemiş bulunmaktayız. Bu yöntemle elde ettiğimiz verileri, daha
önce aynı DNA-Mg2+-fosfatidilkolin üçlü bileşiklerin oluşumunun termodinamik
özelliklerini ortaya çıkardığımız çalışmalarımızdaki [1,2] verilerle birleştirerek yeni
özellikler taşıyan ve daha az toksik olan bir gen aktarım tasarımını yapmamızı mümkün
kılacaktır.

Söz konusu verilerimize dayanarak ve literatürde DNA-lipozom bileşikleriyle

ilgili yayımlanan modelleri de değerlendirerek, bu önerimizde fosfolipid-Mg2+ ikili
bileşikler ile anyonik hücre membranı arasında membran geçiş kompleksinin (membrane
translocation complex) oluşması ile transfeksyon arasındaki ilişkiyi ortaya koyarak,
model DNA’nın bir hücre içi geçiş hipotezi teklif etmekteyiz. Bu bağlamda, projemizde
yapılan ön fizikokimyasal ölçümlere dayanarak, DNA-lipozom nanooluşumlarının hücre
içi akıbetleri ile ilgili şu modelimizi sunmaktayız:

İlk aşama (Şekil 1) nükleik asit ile MLV veya ULV lipozomlarla (lipopleks)
bileşik oluşturulmasından ve yüzeysel kuvvetlerce kontrol edilen hedef hücre yüzeyine
yakınlaştırılmasından ibarettir. Lipoplekslerin hedef hücre yüzeyinde bulunan negativ
yüklü fosfolipidler tarafından nötralize olduğundan ve bunlarla füzyon yaptığından, bu
kompleksten DNA ayrılır. Bunun sonucunda, daha önce yaptığımız floresan mikroskopik
incelememize de dayanarak [3], nükleik asit hacminin genişlemekte olduğunu
söyleyebilmekteyiz. Bu olay tersinirdir ve oluşan lipid fazlarının temel fizikokimyasal
özelliklerine bağımlılık göstermektedir. Böylece hidrasyon, TºC, basınç, yüzey gerilimi
ve potansiyeli, v.s. ölçülebilen parametreler meydana gelen muhtemel vezikül yüzeyinin
tahmini için kullanılabilmektedir. Lamelar olmayan (non-lamellar) lipid fazların oluşumu
yüksek bir olasılıktır ve bunlar transfeksyon üzerinde çok etkilidir. Füzyonun hızı ve
DNA’nın salınımı bu şekilde meydana gelen daha yüksek lipid yüzeyinden kontrol edilir.
Ancak, bu aşamada bu olayda elektrostatiğin mi yoksa hidrofobisitenin mi daha etkili
olduğu açık değildir. Modelimize göre, hücre membranının lipid içeriği, tanınma
şeklinden daha önemlidir.

 Bunu takiben, ikinci aşamada, lipoplekslerin hücresel alınımı akışkan hücre

membranının yüzeyinde meydana gelmekte ve bunun neticesinde nükleik asitin
hidrofobik nedenlerle genişlemesi söz konusudur.

 Üçüncü aşama, lipid-lipid, lipid-protein ve DNA-integral membran proteinleri

etkileşmelerince meydana getirilen polinükleotid zincirinin membran faza girmesinden ve

10
bu faz üzerinden geçişinden (insertion and translocation) ibarettir. Bu bağlamda,
polinükleotidlerin intraselüler geçiş yolu mekanizması ile daha önce teklif edilen cell-
penetrating peptides tarafından gerçekleştirilen membran por oluşumu mekanizmasından
farklıdır. Bu aşamada oluşan yapının meydana gelmesindeki hangi fizikokimyasal ve
koloidal kuvvetlerin etkili olduğu ve ayrıca sayıları incelenmiş değildir.

 Son aşama, difüzyon aracılıyla, DNA’nın hücre içi sitozole geçişinden ibarettir.
Bu aşama, hücre sitozolü nükleik asitler için çok kötü bir çözgen olduğundan gen
transfeksyonun etkinliğini düşürerek büyük bir engel teşkil etmektedir.

Şekil 1. Tek katmanlı lipozom (lipopleks) içerisinde enkapsüle edilmiş DNA’nın metal
iyonlarca tetiklenen hücre içi geçişinin muhtemel mekanizması. (E. Süleymanoğlu, Il
Farmaco, Aug; 60 (8) (2005) 701-710).

Şekil 1’de teklif ettiğimiz mekanizma, DNA kondanzasyonu, katlanması ve

katyonlarla bileşik oluşturması, endositoz’a girmesi ve çekirdeğe taşınması gibi hücresel
olaylar doğrultusundaki lipoplekslerin kabul edilen genel etki mekanizmalarını esas
almaktadır.

Bu bağlamda, hipotezimize göre, polianyonik DNA, pozitiv yük taşıyan

deterjanlar gibi katyonik transfeksyon ajanlarıyla veya katyonik veya zwitterionic
lipozomlarla hücresel hedeflendirilmesinden önce bileşik oluşturmaktadır. Bu bileşikler

11
hücreler tarafından endositoz ile alınmaktadır. Hücre yüzeyinde bulunan negativ yüklü
fosfolipidlerle tanınmanın temelini oluşturan elektrostatiğin kontrol edilmesi güçtür ve
gen transfeksyon deneyleri istenilmeyen serum cevaplarıyla sonuçlanabilmektedir. Bunun
dışında, bu tasarımda kullanılan metal iyonlar sıkça heterojen boyutlara sahip olan lipid-
DNA parçacık dağılımına sebep olur. Çok sık meydana gelen MLV terapötik genlerin
intraselüler geçiş yolu üzerinde bulunan başka bir engeldir. Bu yüzden, bilim adamları
lipopleks tasarımlarında elektrostatik kontrolden ziyade elektrostatik olmayan, örneğin
daha zayıf olan H-bağ oluşumu üzerinde çalışmaktadır. Lipoplekslerin hücre içi akıbetleri
ile ilgili geliştirdiğimiz modelimizde tam olarak hangi mekanizmanın gerçekleşeceği,
lipozomları teşkil eden fosfolipidlerin lipid türü ve içeriğine, yüklerine, boyutlarına,
yüzey alanlarına, nükleik asitlerin konformasyon ve konsantrasyonlarına, kan veya
serumun varlığı gibi nedenlere bağlıdır. Çok etkili olan viral hücre içi geçiş
mekanizmasına benzerlilik gösterdiğinden, lipozom-hücre membranı füzyon yolu ile
gerçekleştirilen gen transfeksyonu tercih edilmektedir. Bu mekanizma genelde fuzyonu
tetikleyen ve meydana getiren ajanlar kullanarak gerçekleştirilir. Proje önerimizde, daha
önce adı geçen fuzyon ajanlardan farklı olarak ve açıklanan sebeplerden dolayı tercih
edilmesi söz konusu olan Mg2+ kullanılmıştır. Tasarımımızda, bu metal iyonların neden
tercih edildiği daa önceki yayınlarımızda ayrıntılı olarak açıklanmıştır.

Lipozom-Hücre Etkileşmeleri

Lipozom içeriğinin hedef hücrelere transferi esnasında oluşan lipozom-hücre

etkileşmelerinin moleküler mekanizmalarından 4 ayrı etki mekanizması detaylı olarak
bilinmektedir [4]. Bunlar sırasıyla:
1. Lipozomların hücre yüzeyine adsorpsyonu ve lipozom içeriğinin ekstraselüler
olarak salınımı ve bunu takip eden bu maddelerin hücreye pasiv taşınması;
2. Lipozomların hücre yüzeyine adsorpsyonu ve lipozomal katmandan plazma
membranına lipofilik bileşenlerin seçici taşınımı;
3. Lipozomların endositotik internalizasyonu ve bunu takip eden endolizozomal
yol üzerinden lipozomların hücre içi degradasyonu ve içeriklerinin intraselüler olarak
salınımı;
4. Lipozomal membran ile plazma membran veya intraselüler olarak endozomal
membranlar arasında oluşan füzyon aracılıyla lipozom içeriğinin sitoplazmaya salınımı.
Bu 4 ayrı mekanizmadan herhangi birinin meydana gelip gelmeyeceği lipid türü, vezikül
boyutu, yükü vs. fizikokimyasal parametreler gibi lipozomun özelliklerini belirleyen
faktörlere bağlıdır. Bunu belirleyen diğer faktörler ise hedef hücrenin türü ve kan veya
serumun varlığı gibi çevresel faktörlerdir.
Genel olarak, enjekte edilen lipozomların kanda in vivo ortamda karaciğerin ve
dalağın doku makrofajları ve ayrıca da hepatositler tarafından saldırıya uğradıkları
bilinmektedir [4]. Lipozomların, bu hücrelerle reaksyona girmeleri sonucunda hücre
yüzeyinde bulunan reseptörlerce meydana getirilen bu parçacıkların endositozu ve
fagositozu ile sonuçlanır. Bu olay esnasında lipozomlar endositoza uğratılıp hücre
membranının invaginasyonuna neden olup endozomal kompartmanlara dönüşümünü
gerçekleştirmektedir. Bu endozomlar daha sonra lizozomlarla füzyon yapmakta ve bunu
endozomal içeriklerinin lizozomal degrdasyonu ve lipozomal içeriklerinin hücreye
salınımları takip etmektedir. Sonuç olarak, çoğu zaman bu reseptörlerce meydana

12
getirilen lipozomların hücre içi degradasyonları yüzünden bu yol üzerinden çalışan
lipozomal gen nakli tasarımları son derece problematiktir. Reseptörlerce geçiş yolunu
virüsler çok iyi bir şekilde gerçekleştirmektedir ve günümüzde viral gen nakli tasarımları
bu reseptörlerce kontrol edilen endositoz yoluna dayanmaktadır. Söz konusu tasarımlar
ancak çok ileri düzeyde laboratuvar donanımına sahip uluslararası merkezlerde
gerçekleştirilmektedir ve viral taşıyıcıların kullanıldığı tasarımlara dayanmaktadır.
Rekombinasyon tehlikesinin meydana gelme olasılığının çok yüksek olduğundan,
yukarıda da bahsedildiği gibi bu rekombinant viral gen nakli araçları son derece
tehlikelidir ve dikkatlice uygulanmaktadır. Degradasyon problemi yüzünden lipozom’a
dayalı gen taşıyıcı tasarımları bu reseptörler üzerinden çalışan intraselüler geçiş yolunu
bir şekilde engelleyebilen özelliklere sahip olmalı.

Proje önerimizde, bu noktada, bir alternativ intraselüler geçiş yolu olarak yukarıda
bahsedilen lipozom-hücre etkileşmelerinin dördüncü mekanimasını teşkil eden lipozom
katmanı ile hedef hücre arasındaki muhtemel füzyon üzerinde durulmuştur. Bunu
gerçekleştirmek için çok etkili olan viral proteinlerine benzerlik gösteren çeşitli
proteinlere veya peptidlere füzyonu meydana getiren ajanlar olarak ihtiyaç vardır. Ancak,
bazen bu proteinlerin hacimce büyük olmaları ve bu yüzden özellikle spektroskopik
incelemeleri artefaktlarla veya spesifik olmayan sinyallerle sonuçlanmaları
tekrarlanabilinir protokollerin geliştirilmesini çok zor yapmıştır. Bu bakımdan,
projemizde proteinler yerine hacimce çok daha küçük, ancak doğal bileşenler olan metal
iyonlar (Mg2+) kullanılmıştır. Deneysel tasarımımızda kullanılan ve önceden
fizikokimyasal özellikleri çok iyi bilinen poly-L-Lysine ve protamin sadece DNA
kompaktizasyonu ve lipozomlarala temas ettiren kontroller olarak kullanılmıştır. Bu
yaklaşım, daha yeni ve orijinal olup detaylı olarak henüz daha araştırılmamıştır. Yukarıda
da bahsedidiği gibi viral olmayan gen taşıyıcı tasarımları olarak sentetik polimerler
(polipleksler) veya lipozomlar (lipopleksler) kullanılmaktadır. Polimerler yapıları
itibariyle, örneğin boyut ve elektrostatik özellikler bakımından lipozomlardan çok daha
fazla sentez olanakları sunmakta. Ancak, lipozomal sistemler fosfolipid katman
içerdiklerinden füzyon olaylarını membran akışkanlığını düzenleyerek
gerçekleştirdiklerinden bu mekanizma çok daha biyolojik olarak değerlendirilmektedir ve
polimerlerde gözüken immün reaksyonlara daha az neden olmaktadırlar. Günümüzde,
reseptörlerce meydana getirilen ve lipozomların degradasyonlarıyla sonuçlanan yolu
engellemek için araştırma grupları genelde katyonik lipid ve buna yardımcı olarak
kullanılan (helpler lipid) yüksüz (nötr) lipidlerden oluşan bir lipozom gen taşıyıcıları
üzerine yoğunlaşmışlardır. Katiyonik lipozomlarla genin intraselüler geçişi daha kolay
gerçekleşmesine rağmen, bu gen taşıyıcıları seruma enjekte edildiklerinde, çok düşük
etkili transfeksyon, immün cevap ve daha önemlisi sitotoksisitenin meydana geldiği
klinik deneylerce tespit edilmiştir. Bu yüzden proje önerimizde genelde katiyonik lipid
kısmından kaynaklanan sitotoksisiteyi engellemek amacıyla bu tür lipidleri kullanmayıp,
sadece nötr lipidleri içeren bir gen taşıyıcı tasarımı üzerinde durduk.

Sunulan model genomik DNA ve plazmid DNA için geliştirilmiştir. Bu iki gen
aktarım yönteminin birbirinden çok farklı amaçlarla uygulandığı ve bir birine kıyasla çok
farklı intraselüler geçiş farmakokinetiğine sahip oldukları konularına daha önce
değinilmiştir. Ancak bu farklılıklar sadece farmakodinamik ve farmakokinetik özellikleri

13
kapsamaktadır. Membran üzerinden hücre içi geçişleri ise aynı mekanizmaya
dayanmaktadır ve bu yolu optimize etmek için aynı fizikokimyasal parametreler üzerinde
çalışmayı gerektirmektedir. Sonuç olarak, bu iki şekilde de görüldüğü üzere metal
iyonlarca yakın temasları sağlanarak yük taşımayan fosfolipidlerle DNA veya RNA’nın
kondanze bir bileşik oluşturmalarına ve bu bileşiğin hedef hücre membranıyla füzyon
yapması sonucu hücre içi sitozole geçişine dayanmaktadır.

Hücre içi geçişi başarılı bir şekilde gerçekleştirilen nükleik asitlerin endositotik
engellerden ve sitoplazmik nükleaz degradasyonundan korumak araştırma gruplarının en
büyük hedefidir. Genelde, yabancı terapötik DNA molekülünü çok az sayıda hücre
almakta ve çekirdeğindeki ekspresyonunu gerçekleştirmektedir. Bu şekilde hücre
membranı üzerinden geçişi gerçekleştirilen nükleik asit olsa bile ve sitoplazmada sözü
edilen degradasyonlardan korunabilse bile, gen transkripsyonunun meydana geldiği
çekirdeğe ulaşmadan çok önce daha sitozolde veya daha sonra DNA ve lipidler
oluşturdukları bileşikten ayrılmaları gerekir. Bu projemizin de temelini oluşturan ve
günümüzde tercih edilen lipid’e dayalı gen taşıyıcı tasarımı arzusu, hedeflendirme
zorlukları, lipid-DNA yapıları ile ilgili belirsizlikler ve sıkça meydana gelen ve serum
cevabına sebep olan heterojen bileşikler yüzünden gerçekleştirilememektedir. Ayrıca,
sistematik olarak uygulandıklarında, nükleik asitler kandaki hidrofobik yapılarının ve
parçacıklarının 90% oranında uzaklaştıran opsonizasyon sonucunda meydana gelen kan
klirınsına uğramaktadır ve bu da lipid veziküllerinin kullanılmasını kısıtlamaktadır [4].
Genel olarak, yük taşımayan MLV ve ULV negativ ve pozitiv yüklü MLV’lere göre daha
yavaş bir klirıns göstermektedir. ULV MLV’lerden daha yüksek bir dirence sahiptir [4].
Daha önemlisi, kendi başına izole moleküllerle yapılan deneyler sonucunda elde edilen
neticeleri in vivo ortama uyarlamak son derece güçtür. In situ ortamda, hücresel olayların
farklılık gösterdiğinden, lipozom-hücre etkileşmelerinin incelemek için kullanılan hücre
kültürü düzeneklerinden elde edilen neticeler çok dikkatlice yorumlanmalı. Bu hücresel
olaylar, araştırmada kullanılan hücre türüne, uygulanan transfeksyon protokolüne,
serumun varlığına, bileşik oluşumunu kolaylaştıran maddelerin ortamda bulunmasına ve
TºC gibi faktörlere bağımlılık göstermektedir. Ayrıca, lipofeksyon protokollerin başarılı
olabilmesi uygulanan gen raportör sistemine de bağlıdır [4].

Polielektrolit ve fizikokimyasal olarak sistemi daha basit tutmak için, projemizde

sadece genel faz değişimleri üzerinde durulmaktadır. Yukarıdaki şekilde teklif ettiğimiz
mekanizmaların gerçek duruma göre basitleştirilmiş oldukları açıktır. Bu mekanizmaları
kanıtlamak için çok sayıda farklı gen raportör sistemi ve canlı hücre floresans
mikroskopisi uygulanmalıdır. Ancak, projemizden elde ettiğimiz verileri esas alarak ve
bunları daha önce literatürde yayımlanan modelleri de değerlendirerek, yeni ve özellikleri
iyileştirilmiş gen taşıyıcılarının tasarlanmasını mümkün hale getireceği ümidini taşıyoruz.

Projemizde yer alan fosfolipid-metal iyon-nükleik asit nanobileşen oluşumunda

kullandığımız zwitteriyonik lipidlerin uygulanması fikri de son zamanlarda nötr veya
yüksüz lipozomlarla gerçekleştirilmiş başarılı lipofeksyon çalışmalardan [4] da
desteklenmiştir. Bu yüzden de bu gelişmeler daha az toksik olan bu tür lipidlere dayanan
viral olmayan gen aktarım tasarımlarımızla ilgili çalışmalarımızı daha ileri düzeye
taşımamız için motive edicidir.

14
 Tasarımlarımızda nükleik asit ile fosfolipidler arasındaki tanınmayı sağlayan
metal katyonlarının lipofeksyon üzerine elektrostatik kontrolü mümkün yapabilmeleri
bizce incelenmesi gereken bir konudur. Bu doğrultuda modelimizde kullandığımız çift
değerli metal iyonları transfeksyon etkinliğini şu şekilde artırabilmektedir. Örneğin,
hücre membran üzerinden hızlı geçiş yaparak, sitozolü de engel karşılamaksızın geçerek
nükleusa ulaşma özellikleri sayesinde, gen aktarım aracı olarak tasarlanan ve
katlanmamış (globül) DNA veya RNA’yı içeren veziküllere dayalı yeni intraselüler
hedeflendirme yollarını da kapsayan tasarımların uygulanması mümkün olabilir.

Sunduğumuz lipozom-hücre etkileşmeleri modelinde de yer alan ULV’dan ortaya

çıkan ve nükleik asit sarmalında polinükleotid zincirlerinin birbirinden ayrılması sonucu
birkaç vezikül arasındaki füzyonlarının meydana gelmesini göstermektedir. Böylece, elde
edilmesi amaçlanan daha yüksek yüzeye sahip füzojenik vezikül oluşmaktadır. Burada,
Mg2+ yukarda da bahsedildiği üzere DNA polianiyonu birkaç lipozomun etki alanına
getirmek için kullanılmıştır. Bu şekilde, lipozomların hücre membranını destabilize
etkileri de kolaylaştırılır.

Metal iyonların DNA ve lipidlere bağlanma, hücre membranına bağlanma ve

membrandan geçerek çekirdeğe ulaşabilme özellikleri dışında sarmala bağlanan
moleküllerce gerçekleştirilen çekirdeğe DNA hedeflendirme kaabiliyetleri, çift değerli
metal katiyonların bileşik oluşturan DNA ile membran üzerinden geçişi
gerçekleştirebildikleri nükleositoplazmik taşınım modeliyle ile de bağdaşır. Ancak, metal
iyonların varlığında nükleik asitlerce tetiklenen fosfolipid füzyon mekanizması
bilinmemektedir. Bir olasılık, katyonik peptidlere benzer şekilde inorganik katyonların
hidrasyon tabakalarının veziküller arasındaki uzaklaştırıcı kuvvetlerinin (inter-vesicle
repulsive forces) elektrostatik nötralizasyonunu sayesinde olabilmesinden ibarettir.
Birkaç membran katmanının birbiri ile temas bölgesine yakınlaşmaları, metal iyonların
hidrofobik ve elektrostatik özellikleri sayesinde gerçekleştirilen lipozom-hücre fosfolipid
bileşik oluşumunu lipidler arası (lipid mixing) karışım olayları izler.

Proje önerimizin ikinci boyutu moleküler hücre biyojisi için büyük önem taşıyan
in vivo nükleik asit-fosfolipid eteileşmeleriyle ilgili olup bu konuda çok önceden Rus
ortaklarımızın ortaya attığı hipotezlerine dayanmaktadır [5-11]. Bu hipotezin esasları
kısaca şöyledir:

15
In vivo Hücresel Nükleik Asit-Membran Bileşiklerinin Oluşması ve Gen İfadesini
Etkilemeleri Hipotezi ile İlgili Hususlar

16
Şekil. 2. Eukaryotik hücre çekirdeğinde meydana gelen nükleik asit-çekirdek membranı
arasında oluşan bileşikler ve işlevsel anlamları. (V.V. Kuvichkin hipotezi-1983, bk. [6]).
Proje önerimizin bu bölümüne bu şeklin yer alması konusunda önceden Sn. Prof. V.V.
Kuvichkin’den izin alınmıştır.

Bu proje önerimizdeki müşterek olarak çalışacağımız Rus ortaklarımız, söz

konusu nükleik asitlerle hücre membranları arasında oluşan bileşiklerin araştırılmasında
1980’li yıllardan beri büyük katkıları olmuştur [6-11]. Bu grubun çalışmaları özellikle
yaşayan hücre düzenekleri üzerinde ölçümlere dayanmaktadır. Nükleik asitlerle
biyomembranlar arasında oluşan bileşiklerin tüm hücre türlerinde görüldüğü hususu bu
grup çalışanları tarafından önemle vurgulanmaktadır. Bu çalışmalarının dayanağı şu
şekilde kısaca açıklanabilir.
Nükleik asitlerin membranlarla bağlanma noktalarının incelenmesi o yıllarda hızla
ilerleyen biyomembranlardaki lipid-protein araştırmalarına paralel olarak 1970’li yıllarda
başlatılmıştır. Bu konuda geliştirilen teorik modeller, daha önceki biyokimyasal verilere
dayandırılmıştır. Örneğin, bu tür bileşiklerde sadece, tek zincirli nükleik asit topolojilere
karşı duyarlılığı bulunan S1 endonükleaz aktiviteleri saptanmıştır. Söz konusu bileşikler
EDTA tarafından degradasyona uğratıldığından ve EDTA ile EGTA genelde çift valanslı
metal katiyonları reaksyon ortamından uzaklaştırdığından, söz konusu metal iyonların bu
bileşik oluşumlarında rol oynadığı fikrinin ortaya atılmasına sebep olmuştur. Rus
ortaklarımız bu modeli daha da geliştirerek çift valanslı metal iyonların (Ca2+, Mg2+ v.s.)
muhtemel rolünü incelemişlerdir [6-11]. Yaptıkları çeşitli spektroskopik, mikroskopik,
termodinamik ve hücresel ölçümlere dayanarak söz konusu nükleik asit-biyomembran
etkileşmelerinin gen ifadesinde ve özellikle sinyal iletim mekanizmalarındaki rolleri ile
ilgili 1983 yılında ilginç bir hipotez ortaya atmışlardır. Bu hipotez Şekil 2’de şematik
olarak gösterilmiştir. Bu hipoteze göre, hücre çekirdek membranında ilk önce, DNA ile
çekirdek membranı arasında temas sağlanmaktadır (A). Bunu takiben, eukaryotik
gözenek geçici olarak oluşmaktadır (B) ve daha sonra da R-loop denilen yapı meydana
gelmektedir. Son aşama olarak (C) eukaryotik çekirdek gözeneği oluşmaktadır. Söz
konusu yapı membranla DNA arasında bağlanma noktalarını yüzey basınç güçlerinin
etkisiyle hafifletmek suretiyle ve snRNA türlerinin oluşmasıyla gerçekleşmektedir (D).
(D)’de gösterilen yapılar (C)’de meydana gelen yapıların bir kesitidir.
Yıllar sonra, Rus ortaklarımızın bu hipotezi Salzburg Üniversitesi’nde gen ifadesi
olaylarını çalışan Prof. A. J. M. Matzke ve M. A. Matzke tarafından esas alınmış ve
bugün geçerli olan genel bir gen ifadesi teorisi geliştirilmiştir [12].
Bu proje önerimizin ortağı da olan Prof. V. V. Kuvichkin’in 1983 yılında geliştirdiği bu
hipotez doğrudan RNA öncülleriningen ifadesi esnasında kesilmesi (splicing), mRNA
gelişimi, ribozomal öncüllerinin katabolizması ve çekirdek gözenekleri üzerinden
gerçekleşen nükleositoplazmik taşınım olayları ile ilgilidir. Söz konusu hücre çekirdek
membranında en yüksek miktarda yük taşımayan fosfatidilkolin lipidlerin
bulunduğundan, daha önce bahsedilen Mg2+’un hücresel rolü doğrultusunda bunlar
arasında olası bileşik oluşmasının incelenmesi ilginç olacaktır. Bu ölçümlerle ilgili Rus
ortaklarımız projemizin 2ci yılında yapılması plânlanan çalışmaları Xenopus ovosit
düzenekleri kullanarak gerçekletireceklerdir. Bu düzenekler ilk defa projemizde teklif
edilmektedir ve literatürde şimdiye kadar benzer tasarımlarla ilgili çalışmalar
yayımlanmamıştır. Bu bakımdan, bu ölçümler projemize özgün değer katacaktır.

17
 Projemizin bir diğer boyutu ise biyoteknoloiktir. Örneğin, bu projemizden elde
edilecek neticeleri yeni lipozom kromatografik yöntemlerin geliştirimesiyle ilgili yeni bir
tasarımımıza daha burada yer vermek istiyoruz:

DNA Ayrışımı ve Analizi için İmobilize Lipozom Kromatografisinin Geliştirilmesi

Bu doğrultuda fosfolipid-nükleik asit arasındaki tanıma (phospholipid-nucleic

acid recognition) ile ilgili bu projeizle elde edilen önemli fizikokimyasal parametreler
çok yakın bir gelecekte çeşitli yapı ve özelliklere sahip nükleik asitlerin ayrıştırılması,
saflaştırılması ve analizleri için yeni ve analitik özellikleri iyileştirilmiş kromatografik
stasyoner fazların üretilmesinde ve uygulamasında kanımızca kullanılabileceklerdir.

Projemizde, bu bağlamda çeşitli katyonların da varlığında nükleotid dizilişi ve

nükleotid asit topolojilerine spesifik olarak ve gerektiğinde spesifik olmayan nükleik
asitlerin çeşitli tepkilemelerde önem taşıyan yapı-aktivite ilişkisi araştırmalarında bu
nükleik asit-fosfolipid etkileşmelerinin sıvı, çift-fazlı sistem olarak kullanılmalarını
vurgulamaktayız. Kromatografik kolonun jel matrikslerine böyle kovalent olarak
bağlanmış lipozomlarla çeşitli nükleik asit türleri veya plazmidler arasında bileşik
oluşumunun sabitlilik, bağlanma afiniteleri ve daha sonra meydana gelen
kompaktizasyonun ortaya çıkarılmasında çok daha kolay kullanılabilecekleri gibi
lipozomlarla bağ yapan, reaksyona giren ve bileşkler oluşturan birçok biyolojik ve
farmakolojik özellikleri olan etken makromoleküllerin de yapılarının aydınlatılması
kolaylaşacaktır. Bizce, böyle tasarlanmış sistemler önemli biyospesifik tanıma
olaylarında kantitativ analizleri mümkün kılacaktır ve daha sonra diğer parametreler
dışında, özellikle ortam sıcaklığı, pH, pI ve tampon içeriğine bağlı olarak membrana-
bağlı nükleik asitlerin nasıl değişime uğradıklarını ve bunun nasıl bir biyolojik önemi
olduğunu açıklayacaktır. Bu şekilde elde edilen verilerle biyomembran üzerinden hücre
sitozolüne geçiş yapan çeşitli ilâçları ve tedavi amaçlı sentezlenen nükleik asit
bileşenlerinin farklı boyut ve lipid türüne sahip hücre membranlarla bileşik oluşumunun
diğer önemli parametrelerini ve özellikle biyolojik neticeleri olan membran akışkanlığı ve
bu bağlamda patolojik durumların ortaya çıkması ile ilgili konular aydınlatılacaktır.

Bu şekilde kolayca modifiye edilen lipozomlar, sıvı fazı olan ve stasyoner fazı
teşkil eden biyomakromoleküllerin spesifik olarak ayrıştırılması için bir model oluşturan
lipozomun iç hacmini içeren kısım ile bir çeşit sıvı çift fazlı sistem olarak
algılanmaktadır. Böylece, imobilize lipozom kromatografisi sıvı-sıvı partition
kromatografisinin (liquid-liquid partition chromatography) bir çeşidi olarak
görülmektedir. Bu tasarımımızda, lipozomun sıvı iç hacmi ile dış sıvı fazı arasında çeşitli
moleküler ağırlığa sahip maddelere karşı yüksek geçiş özelliklerine sahip olan vezikül
katmanı sayesinde bir faz farklılığı oluşmaktadır. Bu sistem, elektrostatik ve hidrofobik
bağ kuvvetlerini kullanarak konformasyonel değişiminin de meydana geldiği veya tercihe
göre getirilmediği durumlarda nükleik asitlerin imobilizasyonunda kullanılabilmektedir.
Projemizde, bu bağlamda, bu çift fazlı sistem nükleotid dizilişi ve topolojiye spesifik

18
olarak veya tercihe göre olmayarak fosfolipidlerle nükleik asitler arasında kompleks
oluşumunun araştırılması konusu, Mg2+ veya diğer çift değerli katiyonların da varlığında
ele alınmaktadır. Lipidlerin faz değişimi ve faz geçiş sıcaklığının üzerinde ve altındaki ısı
değelerinde çalışarak, bu sistemin termostatik kontrolü de mümkündür. Ayrıca, lipozom
ve nükleik asitlerin yüzeyleri ve topolojileri bu yaklaşım sayesinde değişime uğratılarak
lipid membranlarının hidrofobik ve elektrostatik baş gruplarını (head groups) yerel
erişimi yükseltilir.

Lipid vezikülleri ile DNA veya RNA arasında oluşan bileşiklerde, bu gibi
konformasyon değişikliği parametreleri ayrıntılı olarak henüz daha araştırılmamıştır ve
gen taşıyıcıların yapı aydınlatılmasında kullanılmaları kanımızca çok ilginç olmalıdır. Bu
bağlamda, söz konusu poli(ribo)nükleotidler yük taşımayan fosfolipidlerin çeşitli
katiyonların varlığında membran füzyonu meydana getirip getirmedikleri araştırılabilir.
Böylece, bu şekilde kovalent olarak kromatografik kolonun jel matriksine bağlanan
lipozomların kendi akışkanlıklarını ve yüzey tanıma özelliklierini de kontrol ettikleri fikri
substrat olarak ele alınan farklı boyut ve konformasyona sahip nükleik asitler için de bu
soyut varsayımlar ve somut parametreler incelenebilecektir. Buradaki amaç, bu şekilde
sterik olarak stabilize edilen veziküllerin elektrostatik etkileşme kaabiliyetlerini
kullanarak lipozom yüzeyinde nükleik asitlerin kompaktizasyonunu gerçekleştirmektir.

Söz konusu lipid fazın içeriğini doğal hücre membranlarda bulunan bileşiklere
benzerlik gösterecek şekilde seçerek ve tampon içeriğini, pH, pI ve T°C gibi
fizikokimyasal parametreleri de bu doğal hücre ortamında ölçülen değerlerde tutarak,
çeşitli lipid’e-bağlı nükleik asitlerin konformasyonları araştırılabilir. Bu şekilde kovalent
olarak imobilize edilmiş lipozomların stabiliteleri, çeşitli ilâç ve terapötik nükleik
asitlerin membranlara bağlanma afiniteleri ve fosfolipidlere bağlı nükleik asitlerin
kompaktizasyon özellikleri incelenmektedir. Bu tasarımımız, çok katmanlı (multilamellar
vesicles, MLV) veya tek katmanlı (unilamellar vesicles, ULV) lipozomların veya
veziküllerin kromatografik kolon jel matriksine (chromatographic gel beads) kovalent
bağlama süretiyle enjektör, pompa ve UV-detektör ile donatılmış yüksek performanslı
sıvı kromatografisi (high perfomance liquid chromatography, HPLC) ile söz konusu
fizikokimyasal parametrelerinin incelenmesine dayanmaktadır. Bu şekilde kovalent
olarak stabilize edilmiş fosfolipid vezikülleri çok daha akışkandır ve doğal hücre
membranlarına çok daha iyi bir yaklaşım ve modeli teşkil edip, nükleik asitlerin
membran akışkanlığı üzerindeki etkilerini incelemek için çok daha uygun bir sistemdir.
Bu tasarımımıza göre, fosfolipidler, jel’e fosfatlarıyla fosfodiester bağ ve aktiv grubun
karbonat kısmıyla nükleofilik fosfat katalizi ile bağlanmaktadır. Biyomembran ortamına
yaklaştığı için imobilize edilmiş veziküllerde heterojen lipid katmanın elde edilmesi
tercih sebebidir. Bu tasarımda, tek lipid veya birkaç lipid karışımının kullanıldığında
genelde elektrostatik ve hidrofobik etkileşmeler meydana gelmektedir. Böylece, bu
tasarım sayesinde membran-poli(ribo)nükleotidler arasında oluşan bileşiğin oluşma
kinetiğini de incelemek mümkündür. Ayrıca, bu tasarım, serbest iyonların ve membrana
bağlı olarak işlev yapan çeşitli yüklü deterjanların nükleik asit kondanzasyonu ve
kompaktizasyonu gerçekleştiren ajanlar olarak lipid’e bağlı gen taşıyıcı tasarımlarda da,
fizikokimyasal özellikleri iyileştirilmiş moleküller olarak diziliş ve konformasyon’a bağlı
nükleik asitlerin saflaştırmasındaki yeri de incelenebilmektedir.

19
 Farmasötik formülasyonlarda kullanımları için büyük ölçüde, miktarda ve saflıkta
plazmid DNA’nın üretilmesi insan gen tedavisi gibi birçok biyoteknolojik uygulamalar
için esastır. Özellikle plazmid DNA saflığı söz konusu olunca, plazmidleri daha yüksek
bir dinamik bağlama kapasitesine sahip ve iyileştirilmiş ve optimize edilmiş
kromatografik kolon matrikslerinin tasarımı çok büyük bir önem kazanır. Şu ana kadar
saflştırma amacıyla uygulanmakta olan poröz matrikslere bir alternativ olarak
tasarımımızda geleneksel malzemelere kıyasla iyileştirilmiş hidrodinamik özelliklere
sahip membran özellikli matrikslerin uygulamaya yönelik hususlar vurgulamaktadır. Bu
bağlamda, çeşitli nükleik asit konformasyonları fizikokimyasal ve stereokimyasal olarak
ayrıştırabilen kontrollü DNA presipitasyonlarını gerçekleştirerek tasarımımızda tek ve
çift zincirli DNA’ların saflaştırmasına da yer verilmiştir. Böylece DNA işlevsel yüzeyin
yaratılmasında ve daha sonra bu lipozomal yüzeyinde nükleik asit imobilizasyonu için
kullanılabilir. Genomik ve plazmid DNA veya RNA arasındaki ayrışım kullanılan
katiyona bağlı olarak farklı kompaktizasyon globülü meydana geleceğinden mümkün
olmaktadır. Bu tasarım, yine negativ yüklü DNA ile yük taşımayan veya pozitiv yüklü
lipidleri çift valanslı katyonlar (Mg2+, Ca2+, vs.) aracılıyla bir araya getiren elektrostatik
etkileşmelerinin uygulanmasına dayanmaktadır. Diğer yandan, elektrostatik kuvvetler
dışında DNA-lipid oluşumu bazlarla matriksteki ligand-taşıyan gruplar arasında
hidrofobik etkileşmeler sayesinde de meydana gelidiğinden söz konusu konformasyonlar
arası ayrışım ters-fazlı sıvı kromatografisi (Reverse Phase Liquid Chromatography,
RPLC) ile de inclenebilinmektedir. Bu durumda, bağlı olan polinükleotidler hidrofobik
bir özellik olan yükselen hidrofobisiteye göre elüye olmaktadırlar. Böylece, daha yüksek
moleküler ağırlığa sahip nükleik asitler RPLC kolonunda daha uzun bir süre
kalacaklardır. Sonuç olarak, bu tasarım sayesinde tek sarmallı DNA’yı plazmid DNA’dan
ve çift sarmallı DNA’dan saflaştırmak mümkün olur. Süpersarmallı plazmid DNAlar
genelde gen aktarımı için en uygun malzeme olduklarından kromatografik yaklaşımların
en önemli amacı bu konformasyonu diğer plazmid konformasyonlardan ayrıştırmak ve
saflaştırmaktır.

Nükleotid bazlar kromatografik kolon bağlayıcıya (colon linker) şeker, baz veya
fosfat kısmındaki çeşitli pozisyonlarda bağlanmaktadır. Gen transkripsiyonu, ve
translasyonu, virüs-hücre etkileşmeleri, nükleositoplazmik taşınım ve hücre bölünmesi
gibi çok önemli hücresel olaylarda rol oynayan proteinlerin büyük bir bölümü öncelikli
olarak tek zincirli veya çift zincirli nükleik asit dizilişlerine bağlanmayı tercih ederler. Bu
olaylarda önemli rol oynayan makromoleküller membrana-bağlı olarak işlev
yapmaktadır. Böylece, bu olayların moleküler mekanizmalarını ortaya çıkarmak, bu kilit
moleküllerin saflaştırmasına bağlıdır. Bu da yeni nükleotid dizilişi ve konformasyona
spesifiklik gösteren kromatografik nükleik asit saflaştırma tasarımlarını zorunlu kılar.
İmobilize afinite lipozom-DNA kromatografisi konusunda çalışmalarımız yoğun olarak
devam etmektedir ve yeni bir araştırma projesi olarak sunulacaktır.

20
PROJE ÖNERİMİZİN DEVAMI OLARAK YAPILMASI ÖNGÖRÜLEN ORTAK
ÇALIŞMALAR

Bu proje önerimiz, insan gen tedavisinde kullanılan, viral olmayan ve lipozomlara

dayalı gen taşıyıcılardan sitotoksik etki gösteren katyonik lipidlere bir alternativ olarak
görülen yük taşımayan lipidlerden oluşan ve metal iyonlarla (Mg2+) bir polianiyon olan
DNA ile üçlü bileşikler oluşturan yeni bir terapötik nükleik asit formülasyonunun yüzey
kimyasal, koloidal, fizikokimyasal, biyofiziksel, mikroskopik ve işlevsel ölçümleri ile
incelenmesiyle ilgilidir. Burada metal iyon, DNA kompaktizasyonu için şimdiye kadar
kullanılan füzojenik proteinlere yine bir alternativ olarak önerilmektedir. Projenin
öncellikli amacı, nükleik asit-Mg2+-fosfolipid üçlü bileşikler oluşumunu ve burada yer
alan makromoleküllerin birbirini tanınmasını önce yüzey kimyasal yaklaşımlarla tespit
edilip, daha sonra proje önerimizde yer alan diğer ölçümlerle teyit edilmesidir. Söz
konusu moleküller arası tanınma olayı kullanılan protokole ve cihazlara bağlı olarak
tespit edilmesi zor olan bir reaksyondur. Amacımız, bu şekilde karakterize edilen DNA-
lipid bileşenlerinin fizikokimyasal parametrelerine dayanarak bu gen aktarım tasarımını
lipidler aracılıyla gerçekleştirilen in vitro transfeksyon (lipofeksyon) ve nihayet in vivo
deneylerde denemek suretiyle iyi ve güvenilir bir model terapötik nükleik asit
formülasyonu elde etmek. Bunun için uluslararası düzeyde ortak çalışmalara girmeyi
ümit etmekteyiz. Ancak, in vitro transfeksyon ve in vivo ortamda söz konusu
formülasyon çalışmalara girmenin koşulu ilk önce bu formülasyonların fizikokimyasal
karakterizasyonudur ve bunu da projemizde çeşitli biyofiziksel yaklaşımlar kullanarak
gerçekleştirmeyi hedeflemekteyiz. Bu ön verilere dayanarak bu konuyu çok daha iddialı
boyutlara taşımayı arzuluyoruz. İleriye yönelik yurt dışı ortaklarımızla yapmayı
planladığımız deneyler kısaca şunlardır:

• Öncelikle, Fakültemizde şu ana kadar atık sorunu tehlikesi yüzünden radyoaktiv

bileşenlerle çalışmaların mümkün olmadığından, sözü edilen lipozom-hücre
etkileşmelerinin radyoaktiv lipid markerleri kullanarak incelemeyi planlamaktayız.
Örneğin, lipozomları radyoaktiv 3Hkolesteril eter ve kolesteril 14C-oleat
işaretleriyle çifte işaretleyerek lipozomların intraselüler degradasyonu hakkında çok
önmeli bilgiler elde edilebilir. Radyoaktiv işaretleme yöntemine bir alternativ olarak
piyasada uzun yıllardan beri bulunan lipidlere spesifik floresan işaretler kullanılabilinir.
Ayrıca, lipozomların iç hacminde enkapsüle edilmiş şekilde bulunan DNA’nın
kompaktizasyonu konvansyonel floresans mikroskopisi ile veya konfokal lazer taramalı
mikroskopisi (confocal laser scanning microscopy) ile incelemek çok önemli bilgiler
vermektedir. Örneğin, DNA’ya spesifik DAPI ile lipidlere spesifik FM 4-64 ile aynı anda
nükleik asit ve lipidler ayrı renklerle boyanır ve aynı anda her iki biyomolekül dinamiği
hakkında bilgiler edinilir [3].

• Projemizin bir sonraki aşaması hücre kültürlerinin kullanılması ile ilgilidir.

Ancak, bu konu ile ilgili gerçekleştilecek olan in vitro transfeksyon hücre türüne göre
spesifiklik gösterdiğinden, in situ olarak elde edilecek olan neticeleri çok dikkatlice
değerlendirilmeli, çünkü her hücre türü kendine özgü DNA internalizasyon kinetiği
göstermektedir. Diğer yandan, hücre kültürlerinin kullanılmasının büyük avantajı bu
hücre kültürlerini piyasadan edinebilme kolaylığı ve yapılmakta olan deneylerin kontrol

21
edilebilme fırsatıdır. Örneğin, hücre kültürü düzeneğini kullanarak kan ve kan
bileşenlerinin (serum, plazma ve çeşitli proteinler) veya farklı reseptörlerin lipozom-
hücre etkileşmelerine etkilerini ortaya çıkarmayı planlamaktayız.

• Bu projemizde, sadece yük taşımayan fosfatidilkolin gibi lipidlerin DNA’ya

bağlanma özellikleri spektroskopik olarak incelenmiştir. Oysa, yük taşımayan
fosfolipidlerle negativ yüklü fosfatidilserin-veya fosfatidilgliserol içeren lipozomların
çeşitli hücre kültürleri ve türleri ile yapılan araştırmalarca farklı hücre-lipozom
etkileşmelerinin ve özellikle bağlanma afinitelerin söz konusu olduğu ortaya çıkarılmıştır.
Bu yüzden bu projede yapılan tüm ön fizikokimyasal ölçümlerini farklı yük taşıyan
lipidleri kullanarak lipozom bileşenlerinin bağlanma afiniteleri, intraselüler salınımları ve
hücre içi akıbetlerini incelemeyi hedeflemekteyiz.

• In vitro tranfeksyon protokolleri ortam sıcaklığına göre son derece duyarlıdır ve

etkili transfeksyon için ortam sıcaklığının optimize edilmesi gerekmektedir. Örneğin,
bazı hücre kültürleri 4ºC en etkili transfekyon oranı gösterirken diğer hücre türleri
37ºC’de en yüksek transfeksyon veya lipofeksyon gösterirler. Bu bakımdan, in vitro
transfeksyon deneylerini farklı ortam sıcaklığında gerçekleştirerek termodinamik olarak
en etkili transfeksyon ortamını tespit etmeyi düşünmekteyiz.

• Ortaklarımızla müşterek olarak yapmayı planladığımız projemizin ileriye dönük

boyutlardan biri de elde edilen in vitro verilerini in vivo ortamda denemektir ve böylece
in vitro – in vivo ilişkilerini incelemektir. Bunun için sıçan ve rat modellerini kullanarak
in vivo ortamda lipozomların klirıns hızı ile ilgili farmakokinetik veriler elde edilebilinir.

• Bir sonraki aşama olarak, projenin gidişatına göre lipozomların kinetiğini ve

doku dağılımlarını ve intra-organ dağılımlarını radyoaktiv ve/veya floresan işaretleri
kullanarak araştırmayı hedefliyoruz. Bu konu ile ilgili şu an çok güncel olan Molecular
Imaging-KODAK In Vivo Imaging cihazının Fakültemize kazandırılması ile ilgili proje
hazırlıklarımız devam etmektedir.
Bu uzun vadeli çalışmalara dahil edilebilmemiz için bir önkoşul olan söz konusu
bileşiklerinin fizikokimyasal karakterizasyonu doğrultusunda elde edeceğimiz başarılara
dayanarak daha uzun vadeli ve uluslararası boyutu olan projelere katılmayı ümit
ediyoruz. Bu konuda daha önce çalıştığım çok iyi laboratuvar donanımlı araştırma
grupları ile temas edilmiş ve çok olumlu yanıtlar alınmıştır. Böylece, yukarıda da
bahsedildiği gibi çalışmalarımızın nanoteknolojik boyutuna ulaşılmış olunacak ki, bu
Avrupa Birliğinin 7ci Çerçeve Programında proje öncelik sıralamasında ilk yerlerde
bulunan bir konu olarak bize uluslararası projelere de katılmamızı sağlayacaktır.
Sonuç olarak, proje önerimizin ilk hedefi yukarıda bahsedildiği üzere Mg2+
varlığında yük taşımayan fosfolipidlerle DNA arasında bileşik oluşturmak suretiyle yeni
ve özellikleri iyileştirilmiş farmasötik nanoformülasyon geliştirmektir. Bu tür
formülasyon ile ilgili tasarımlar şu ana kadar literatürde yayımlanmamıştır. Projemizin
ikinci hedefi ise yaşayan hücre düzeneklerinde söz konusu nükleik asit-membran
bileşiklerinin oluştuğunu göstermektir. Bunun için Rus ortaklarımızın tecrübe ve katkıları
çok etkili olacaktır. Bu her iki hedefe ulaşmak için daha önce uyguladığımız ve vakıf
olduğumuz, ancak şu ana kadar literatürde bu yöntemlere yer verilmeyen düzenekler

22
üzerine Rus ortaklarımızla mutabık kalınmıştır. Örneğin, AFM, konfokal floresans
mikroskopisi ile hem DNA hem fosfolipidlerin ayrı ayrı görüntülenmesi, daha sonra faz
değişimlerinin Raman spektroskopisi ile ortaya çıkarılması ilk defa yapılacaktır. Tüm
diğer ölçümler bunları teyit edici niteliği taşımaktadır. Bu bakımdan, bu tür bir yaklaşım
bizce özgün olacağından, literatürde de yerini alacaktır. Buna dayanarak yeni projeler
hazırlanacaktır ve patent çalışmaları başlatılacaktır.

Bu Bölümle İlgili Referanslar:

1. Süleymanoğlu E. Preparation and phase behaviour of surface-active

pharmaceuticals: self-assembly of DNA and surfactants with membranes. Differential
adiabatic scanning microcalorimetric study. Il Farmaco, Aug; 60 (8) (2005) 701-710.
2. Süleymanoğlu E. Phoshpolipid-Nucleic Acid Recognition: Energetics of DNA-
Mg2+-Phosphatidylcholine Ternary Complex Formation and its Further Compaction as a
Gene Delivery Formulation, PDA J. Pharmaceut. Sci. Technol. 60 (4) (2006) 218-231.
3. Süleymanoğlu, E. Fluorescence microscopy of condensed DNA conformations of
bacterial cells. J. Microbiol. 40 (2002) (4): 319-326.
4. N.S. Templeton, Gene and Cell Therapy-Therapeutic Mechanisms and Strategies.
2nd Ed., Marcel Dekker, (2003).
5. L.I. Shabarchina, B.I. Sukhorukov, V.V. Kuvichkin VV., Structure and function
of DNA--membrane contact in cells, Biofizika Mar-Apr; 25 (2) (1980) 270-5 (In
Russian).
6. B.I. Sukhorukov, V.V. Kuvichkin, L.I. Shabarchina, Theoretical model of DNA-
membrane contacts, Biofizika Sep-Oct; 28(5) (1983) 771-5.
7. V.V. Novikov, V.V. Kuvichkin VV ve E.E. Fesenko, Role of DNA-membrane
interactions in prokaryote-to-eukaryote transition: an hypothesis, Cytobios, 96 (383)
(1998) 151-6.
8. V.V.Kuvichkin, V.V. Novikov VV, F.K. Aliushev, S.M. Eremin, I.A. Markov ve
Iu.A. Ten, DNA-membrane complexes, mitochondria and aging, Bioelectrochemistry,
May 15; 56 (1-2) (2002) 189-93.
9. VV. Kuvichkin, Role of lipid membrane-nucleic acid interactions, DNA-
membrane contacts and metal (II) cations in origination of initial cells and in evolution of
prokaryotes to eukaryotes, Bioelectrochemistry, Nov; 58 (1) (2002) 41-6.
10. V.V. Kuvichkin, DNA-lipid interactions in vitro and in vivo, Bioelectrochemistry,
Nov; 58(1) (2002) 3-12.
11. R.I. Zhdanov, V.V. Kuvichkin, A.S. Shmyrina, A.R. Jdanov ve V.A. Tverdislov,
The role of lipid-nucleic acid interactions in the reconstruction in vitro of the nuclear
shell with pores, Biofizika, Mar-Apr; 48 (2) (2003) 236-9. (In Russian).
12. A.J.M. Matzke ve M.A. Matzke, The electrical properties of the nuclear envelope
and their possile role in the regulation of eukaryotic gene expression, Bioelecrtochem.
Bioenerg., 25, (1991) 357-370.

Yaygın Etki/Katma Değer:

Projemizin gerçekleştirilmesi sonucunda ülkemizde moleküler tıp ve gen tedavisi
konulu güncel ve özgün araştırmalarının hız kazanacağı ümidini taşıyoruz. Örneğin

23
EMBL ve EMBO gibi uluslararası bilim ve proje geliştirme teşkilatlarına da dahil
edilmemiz doğrudan ülkemizden çıkacak olan patent ve buluş sayısına bağlı olduğundan,
bu tür multidisipliner yaklaşımlar ve uluslararası işbirliği sayesinde patent çalışmaları da
artacağı açıktır. Söz konusu projemizin başarılı bir şekilde tamamlanması durumunda,
projenin devamı olarak “Lipozom-Mg2+-DNA Üçlü Bileşenlerinin in vitro Transfeksyon
Etkinliklerinin İncelenmesi” ve “Kardiyovasküler Patolojilerde Hücresel Tedaviler ve
Gen Aktarım Çalışmaları” adlı projeleri hazırlamak arzusundayız. Bu projeler
kapsamında bu bileşiklerin in vitro transfeksyon etkinliklerini ortaya çıkarıp, daha sonra
in vivo ortamda yaşayan deneysel hayvanlar düzeneklerinde patolojik olguların
görüntülemesini sağlayan ve lipozomların in vivo akıbetini görüntüleyen KODAK in vivo
Imaging sistemin Fakültemize getirilmesi amaçlanmaktadır. Her iki proje ile ilgili
Avrupa’daki eski proje ortaklarımla temas halindeyim. Bu her iki konuda da Gazi
Üniveitesi-B. A. P. birimi yetkililerine ayrıca bilgi verilecektir.
Bu proje esnasında elde edilen verilere dayanarak geliştirilecek olan modelleri
projeye danışman olarak iştirak eden Prof. Dr. Ningur Noyanalpan tarfından derslere
yansıtılacaktır. Ayrıca, projenin bir bölümünü kapsayan ve Fakültemizde hazır bulunan
Silicon Graphics Workstation ile Rus ortaklarımızla müşterek olarak yapılacak moleküler
dinamik hesaplamalar doğrudan yüksek lisans ve doktora öğrencilerimize aktarılacaktır.
Söz konusu sistem ülkemizde ilk defa uygulanacağından, üniversite öğrenimine
sağlayacağı katkılar büyük olacaktır
AB Çerçeve Programlarına katılmamızla ilgili çalışmalarım 2004 yılından itibaren
devam etmektedir. Gereken tüm temaslar kurulmuş olup Avrupa’daki ortaklarımızdan
cevap beklenilmektedir. Şu ana kadar sebep bildirilmeksizin Fakültemiz Yönetimi
tarafından bu tekliflerime olumlu veya olumsuz herhangi bir cevap verilmemiştir. Bu
proje önerimizin kabul edilmesi takdirde ve projemizi başarıyla tamamlayabildiğimiz
takdirde bu durumun değişeceğini ümit ediyoruz.

2.2. Yöntem:
Bu araştırmanın amacı gen taşıyıcıları olarak sıkça kullanılan DNA ve nötr
fosfolipidlerin tek başına ve aralarında oluştırdukları bileşenlerde ilk tanınma
olaylarından yola çıkarak bu moleküllerde meydana gelen yapısal değişiklikleri ortaya
çıkarmak ve biyofarmasötik tasarım açısından yorumlamak. Bu verilerin daha önce
bilimsel literatürde bildirilmiş nükleik asit ve fosfolipidlerin hidrasyonu ile ilgili elde
edilen verilerle kıyaslamak önemlidir. Örneğin, bu neticeler daha sonra lipid’e dayalı gen
taşıyıcı tasarımlarının biyofarmasötik gerekçelere dayanarak fizikokimyasal profillerini
çıkarmak ve nükleotid dizilişine duyarlı olan veya olmayan tek ve çift zincirli nükleik asit
kromatografisinde kullanılabilir. Esas Langmuir-Blodgett tek katmanla gerçekleştirilen
yüzey basınç ölçümlerine geçilmeden önce ön incelemeler yapılacaktır. Bunun için
uluslararası standartlara uyulacaktır. Bu yaklaşımlar uyarınca ilk önce bir
formülasyonunun ön fizikokimyasal özellikleri iyi bir şekilde incelenmesi gerekmektedir.
Bu doğrultuda, ilk önce DNA-fosfolipid bileşik oluşumunun ön yüzey kimyasal,
kolloidal, fizikokimyasal ve biyofiziksel incelenmesi yapılıp tek katman ölçümlerine
geçilecektir. Bu proje önerimizin deneysel tasarımı daha iyi anlaşılabilmes amacıyla,
projemizin amaç ve kapsamına uygun olarak kullanılacak olan yöntemlerle ilgili kısa
bilgiler aşağıda verilmiştir. Daha sonra projenin temelini teşkil eden lipozom
ölçümleriyle ilgili ayrıntılı deneysel protokollere yer verilmiştir. İlk bölümde sadece

24
projemizde takip edilecek yaklaşımlarla ilgili yöntemlere yer verilmiştir. Bunun dışında
diğer biyomembran yöntemleriyle ilgili ayrıntılı bilgi için ilgili moleküler hücre biyolojisi
laboratuvar el kitaplarına başvurulmalıdır.

Biyomembran ve Yapay Membran Araştırmalarında Kullanılan Başlıca Yöntemler

Günümüzde, biyomembran ve yapay membran modellerin araştırmalarında birçok

fizikokimyasal, moleküler biyolojik ve biyokimyasal yaklaşımlar uygulanmaktadır.
Bunlardan fizikokimyasal yöntemler çeşitli spektroskopik, termodinamik, yüzey
kimyasal ve kolloid kimyasal incelemelere dayanır ve bu ölçümlerden elde edilen
verilerin matematiksel ifadesinden ibarettir. Bunlar hem biyomembran, hem model
membranlarla gerçekleştirilmektedir. Moleküler biyolojik yöntemler genelde
biyomembranların ve membran kanal proteinlerinin cDNA dizilişini ortaya çıkararak
voltage-gated iyon kanal ölçümleri veya tek kanal üzerinden geçişi takip eden patch-
clamp tekniği gibi yöntemlerin de yardımıyla membran gözeneklerinden gerçekleşen
çeşitli iyon geçişlerini hücre kültürleri üzerinde göstererek ortaya koyan yaklaşımlara
dayanır. Biyokimyasal yaklaşımlar da buna benzer şekilde membran yapısında yer alan
ve araştırılması istenilen makromoleküllerin saflaştırılıp tekrar yapay membran modeline
rekonstitüe edilmesine dayanır. Böyle bir in vitro rekonstitüsyon yöntemi biyolojik
sistemin in vitro ortamlarda da çalıştırıldığı takdirde incelenen biyosistemin gerçek etki
mekanizmasını ortaya çıkarmaktadır. Örneğin, birçok reseptör-ligand bağlanma
kinetiğinin ortaya çıkarılması, söz konusu reseptörlerin biyolojik hücreden saflaştırılıp
yapay membranlara rekonstitüe edilip ligand bağlanma afinitelerini takibine dayanır.
Yapay membran sistemleri genelde üç gruba ayrılır. Bunlardan biyomembranlara ilk
yaklaşım olarak lipid tek katman (Langmuir-Blodgett film) düzeneği geliştirilmiştir. Bu
iki boyutlu model membran yaklaşımı birçok biyolojik ve farmakolojik etkisi olan
moleküllerin model hücre üzerinden intraselüler penetrasyon mekanizmalarının
incelenmesinde uygulanmaktadır. Diğer bir iki boyutlu model sistemi ise Black Lipid
Membrane (BLM) sistemidir. Bu düzenekte dikey Pt veya teflon plâkaları arasında
bulunan boşlukta çift katman oluşturulmaktadır. Bu yöntem tarihsel olarak büyük önem
taşımıştır. Örneğin, ilk membran elektrofizyolojik olayları bu yaklaşımla ortaya
çıkarılmıştır. Ancak, bu yöntem çok karmaşık mikroskopik incelemelerini de
gerektirdiğinden, son derece deneyimli personelin çalışmasına bağlıdır. Üçüncü yaklaşım
ise lipid veziküllerin (lipozomların) kullanımına dayanır. Bu veziküller bir üç boyut
kazandırdığından, yine üç boyutlu olan doğal hücreye diğer iki model membran
sisteminden çok daha iyi bir yaklaşım teşkil etmektedir. Biyomembran incelemelerine
geçmeden önce, araştırılmakta olan makromoleküllerin ilk önce saflaştırılmış şekillerinin
fizikokimyasal özelliklerinin takip edilmesi gerekmektedir. Bu da çeşitli fizikokimyasal
ve biyofiziksel yaklaşımlarının önemini vurgulamaktadır. Bunlara önerilen projemizin
amacına uygun olarak kısaca değinilmiştir.

BİYOFİZİKSEL YÖNTEMLER
-Spektroskopik Yöntemler
Aşağıda adı geçen spektroskopik yöntemler biyomembran araştırmalarda
membran bileşenlerinin yapı ve aktiviteleri ile ilgili bilgilerin elde edilmesinde çok
önemli rol oynamıştır. Bu yöntemler hızlı ve invaziv veya destrüktiv değildir. Bu

25
bakımdan bunların tümü fizyolojik ortamlara yaklaşan ve bu sistemleri simüle eden
koşullarda uygulanabilmektedir. Ayrıca, bunlarla membranlarda meydana gelen çok hızlı
tepkimelerin ve konformasyon değişikliklerinin kinetiğini de incelemek mümkündür.
-Difference Spectroscopy
Bazı durumlarda belli bir membran kromoforun ve çevresindeki moleküllerin
absorbsyon spektrumunda meydana gelen spektral değişikliklerinin söz konusu
olduğunda kromoforun tek başına gösterdiği konformasyon değişikliğinden ziyade, tüm
toplam spektrumdaki değişikliklerin ölçülmesi daha uygundur. Bu işlem çift-ışınlı
spektrofotometre ile yapılmaktadır. Bu yöntemle meydana gelen tepkimelerin kinetiğinin
ölçülmesi elektron taşıyıcılarının indirgenme-oksitlenme olaylarına bağlı olduğu gibi,
NMR, ESR ve termodinamik yöntemlerinden farklı olarak moleküllerin konformasyonu
hakkında çok kısıtlı bilgiler vermektedir. Ancak, bu yöntemi kullanarak makromolekül-
ligand bağlanma afinitesi ve kinetiği hakkında çok önemli bilgiler edinebilinir.

-Fourier Transform Kızılötesi (FTIR) Spektroskopisi

Bir titreşim spektroskopisi olan FTIR spektrometresi kompleks oluşumu
esnasında tepkimeye giren biyomakromoleküllerin sekonder yapıları hakkında çok
önemli bilgiler vermektedir. Tepkimeye giren fonksiyonel gruplar hakkında çok önemli
bilgiler de vermektedir. Nuclear Magnetic Resonance (NMR), Electron Spin Resonance
(ESR) veya Floresans Spektroskopisi vb. gibi yöntemlerin aksine çok fazla örneğe
gereksinim duyulmadığı bu ölçüm yöntemi ayrıca da çok hacimli etiket moleküllerinin de
katılmasını gerektirmemektedir ve saçılmadan (“scattering”)’ten kaynaklanan artefaktlar
da burada engellenmektedir. Ayrıca, FTIR spektrometresi katı ve sıvı fazda bulunan
örneklerle çalışma fırsatı da sunmaktadır.

-Raman Spektroskopisi
Bir titreşim spektroskopik yaklaşımı olarak bu spektroskopik yöntem
moleküllerin iradyasyonunu takiben gözlenen moleküler titreşimlerin ölçülmesine
dayanmaktadır. Bu yöntem, örneğin kolesterolün fosfolipid jel-sıvı kristal faz geçişi
üzerindeki etkisinin araştırılmalarında uygulanmaktadır. Raman spektroskopisi ayrıca Fe-
S taşıyan proteinlerde (örneğin transferinde) Fe-S karşılıklı etkileşmeleri veya hem
proteinlerdeki porfirin-protein etkileşmeleri, veya çeşitli organik moleküllerinde
(örneğin, karotenoidler, vitaminler, antibiyotikler, steroidler ve polisakkaridler) C-C
titreşimleri ile ilgili çok önemli bilgiler vermiştir. Son yıllarda Raman spektroskopisi
membranların yüzeysel özelliklerinin araştırmalarında da yoğun olarak kullanılmaktadır.

Yüzey Kimya Yöntemleri:

-Langmuir-Blodgett Monolayer Yöntemi

Monomoleküler katmanların (tek katmanların veya monolayer’ların) incelenmesi,
membranda yer alan bileşenlerin hakkında çok önemli yapı-aktivite bilgilerini verdiği
gibi, monolayer yüzeysel basıncı, incelenmekte olan molekülün lipid tek katmanda işgal
ettiği moleküler alanı, bu moleküler alanın yüzeysel basınç üzerindeki etkisi hakkında da
bilgiler vermektedir. Bu düzenek böylece molekülün biyomembran yüzeyinde ve
hacminde nasıl paketlendiği konusunda da bilgiler vermektedir. Bu yaklaşım böylece,

26
yeni farmakolojik ajan-biyomembran etkileşmelerinin yeni modellerinin de
geliştirilmesinde katkıda bulunmaktadır. Membran ortamında başka maddelerle karışım
içinde bulunan bileşiklerin karışımdaki tek tek özelliklerini, stereokimyasını ve etkileşme
enerjilerini, suda çözünen bileşiklerin lipidlere karşı gösterdikleri afinitelerini de ortaya
çıkarmak mümkündür. Monolayer yöntemi çok katmanlı oriente edilmiş (oriented
multilayers) sistemlerinin ve içeriği ve topolojisi önceden belirlenen membran
sistemlerinin oluşumunun temelini oluşturmaktadır. Monolayer yöntemini ayrıca daha
pratik amaçlarla, örneğin ortam saflılığının tayininde ve kontrolünde, ekolojik
uygulamalarda ve son yıllarda kemosensör ve biyosensör teknolojisinde mikroçiplerin
orientasyonu ve toplaşımı için mikroelektronik sanayide de kullanılmaktadır.

PROJEDE UYGULANACAK LİPOZOM HAZIRLAMA YÖNTEMLERİ

(Ayrıntılı Protokol)

Lipozomlar veya lipid veziküller üç boyutlu olmaları itibariyle doğal hücrelere

benzeyen fosfolipidler gibi amfifilik moleküllerin kendi kendine oluşturdukları (self-
assembling) yapılara sahip yuvarlak agregatlardır. Bu bakımdan doğal hücrelere iyi bir
yaklaşımı teşkil ederler. Yüksek biyoyararlılıkları ve çeşitli molekül ve maddelerin
vezikül hacmi içinde yüksek miktarda enkapsüle edilebilmeleri bakımından, lipid
vezikülleri ayrıca mükemmel bir ilâç taşıma aracı olarak değerlendirilmişlerdir.

Lipozomların çeşitli türleri (MLV, SUV, LUV, FRV) uygulanmakta olan birçok
yöntemi kullanarak hazırlamak mümkündür. Projemizde çok popüler bir yöntem olan
“hand-shaken vesicles preparation” yöntemi uygulanacaktır. Lipozomların herhangi bir
formülasyonunu hazırlamak için lipid moleküllerini önce sıvı ortamına aktarmak
gerekmektedir. Orijinal prosedüre uygun olarak, ince tabaka lipid filmi yuvarlak balon
jojeye konulmak suretiyle bunların daha sonra sıvı ortamında çalkalanması ve çözülmesi
sağlanmaktadır.

1. Vezikül Oluşturulması.
Lipozomlar (lipid vezikülleri) ince tabaka lipid filmlerinin veya diğer lipid
yüzeylerinin hidrasyonu ile oluşturulacaktır. Bu yapılarda sıvı kristal şeklinde bulunan
lipid katmanları akışkan hale getirilecektir. Hidrasyonu meydana gelmiş lipid katmanların
agitasyon ve çalkalama esnasında bulundukları balon jojenin veya kabbın iç yüzeyinden
ayrılırlar ve daha büyük yuvarlak çok katmanlı veziküller (Large Multilamellar Vesicles,
LMV) oluşur. Kenarlarda katmanın hidrokarbon kısmının su ile etkileşmeleri
engellendiğinden, bu yapı termodinamik açıdan da bakılacak olursa çok sağlam ve
sabittir. Parçacıkların oluşumundan sonra boyutlarının düşürülmesi sonik enerjinin
(sonikasyon) veya mekanik enerjinin (ekstrüzyon) harcanmasını gerektirmektedir. Genel
olarak, uygulamayı amaçladığımız prosedür hidrasyon için lipidin hazırlanması,
eşzamanlı gerçekleştirilen hidrasyon, agitasyon ve çalkalama ve veziküllerin homojen
dağlımının sağlanması için yapılan boyutlandırma aşamalarından ibaret olacaktır.

27
Lipidler ilk önce kloroformda çözülüp homojen lipid karışımının elde edilmesi için iyice
karıştırılacaktır. Literatürde de yer aldığı üzere, lipid çözeltileri 10-20 mg lipid/ml
kloroform konsantrasyonunda hazırlanır. Bu lipid miktarları da proje önerimizin bütçe
gerekçeleri bölümüne yansıtılmıştır. Ancak, lipid çözünürlülüğü veya lipidlerin tam
olarak karışımın elde edilmesi hedeflendiği takdirde, daha yüksek konsantrasyonlarla
çalışmak avantajlı olacaktır. Bu şekilde çözülen fosfolipid süspansyonu azot gazı ile
uzaklaştırarak ince lipid filmi elde edilecektir. Bu şekilde hazırlanan çok katmanlı
lpozomları daha sonra birçok deneyde kullanıldığından, söz konusu işlem rotary
evaporator ile gerçekleştirilecektir. Böylece balon jojenin dibinde ince lipid filmi veya
tabakası oluşturulacaktır. Muhtemelen bu ortamda kalan organik çözgeni tamamen
uzaklaştırmak amacıyla, bu film daha sonra bir gece boyunca vaküm pompa ile
kurutulacaktır. Bu işlemden sonra lipid uygun tamponlarla hidrate edilip kaplara
aktarılacaktır ve sıvı azot tankına konularak dondurulacaktır. Bu işlem birkaç defa
tekrarlanarak lipozom-DNA karışımının “freze-thawing” işlemi uygulanacaktır. Bu işlem
elde edilmesi istenilen lipid hacmine göre değişir. Bunun ardından, kurutulmuş lipid filmi
bulunduran balon joje vaküm pompadan çıkarılır ve tekrar bir sonraki hidrasyon için
dondurulmuş vaziyette muhafaza edilir. Kuru lipid filminin hidrasyonu basitçe sıvı
ortamın veya tampon çözeltisinin lipidin bulunduğu balon jojeye katarak ve çalkalayarak
gerçekleştirilecektir. Hidrasyon ortamı kullanılan lipidin genel jel-sıvı kristal faz geçiş
ısısından (Tc veya Tm) daha yüksek ısı ortamlarında gerçekleştirilecektir. Bu işlemden
sonra lipid süspansiyonu, bulunduğu kendi ortam ısısının söz konusu Tm ‘in üzerinde
olacak şekilde muhafaza edilecektir. Yüksek faz geçişine sahip lipidler için bu işlemi
balon joje içinde bulunan lipidleri rotary evaporator sistemine bağlayarak vaküm
kullanılmaksızın gerçekleştirmek mümkündür. Daha sonra, bu balon jojeyi yine önceden
lipid süspansyon ısısısnın üzerinde bulunan bir ısı ortamında ısıtılmış su banyosuna
aktarılarak ve çalkalayarak lipidin hidrasyonunu gerçekleştirerek lipidlerin akışkan fazı
elde edilecektir. Lipid türüne bağlı olarak hidrasyon için gereken zaman değişmekte,
ancak bu işlemin çalkalama ve vorteksleme zamanları ile birlikte, genelde bir saati
aşmamasına özen gösterilecektir. Bazı durumlarda, veziküllerin boyut dağılımı ve
homojeniteleri iyileştirildiğinden, bundan sonraki aşama olan vezikül boyutlandırma
işlemine geçmeden önce, lipid süspansyonu bu şekilde bir gece bekletilecektir. Hidrasyon
ortamını genelde lipid veziküllerin uygulama amacı tayin eder. Uygun hidrasyon ortamı,
distile su, tampon çözeltileri, tuzları, ve şeker çözeltileri gibi elektrolit olmayan
bileşenleri içerir. Hidrasyon esnasında, bazı lipidler yapılarına özgü kompleksler
oluştururlar. Hidrasyonun sonucunda, büyük çok katmanlı veziküller (Large
Multilamellar Vesicles, LMV) oluşturulacaktır. Katmanlar arasında bulunan lipid
yüzeyleri su katmanı ile çevrilidir. Sabit, hidrasyonu gerçekleştirilmiş çok katmanlı
veziküllerin elde edilmesinden sonra, bu parçacıkların boyutları ekstrüzyön yöntemi
kullanılarak düşürülecektir. Bu yöntemde lipid süspansyonu önceden bilinen ve tercih
edilen gözenek büyüklüğüne sahip 2 polikarbonat filtre üzerinden 10 defa geçirilerek bu
çapa yakın boyuttaki tek katmanlı veziküller elde edilecektir. Farklı gözenek boyutlara
sahip polikarbonat filtreler mevcuttur. Böylece elde edilecek olan tek katmanlı
veziküllerin (large unilamellar vesicles (LUV)) boyutlarını önceden kontrol etmek
mümkündür. Bu yöntem sayesinde ortalama olarak söz konusu tek katmanlı veziküllerin
boyut dağlımı son derece homojendir. Şimdiye kadar bahsedilen tüm diğer lipozom
boyutunun düşürülmesinde kullanılan yöntemlerde olduğu gibi burada da bu işlem lipidin

28
faz geçiş ısı derecesinin üzerinde bir değerde çalışılması gerekmektedir. Bu işlem
sonucunda, elde edilen lipozomların boyutu boyut analizi cihazıyla (particle sizer) teyit
edilecektir. Bu şekilde her zaman deney öncesi taze olarak hazırlanan farklı boyuta sahip
tek katmanlı veziküller daha sonraki fizikokimyasal incelemelerde kullanılacaktır.

Lipozom-DNA bileşiklerinin oluşturulması

Bunun için her deneyden önce farklı oranlarda lipozom-Mg2+-DNA kompleksleri
oluşturulacaktır. Bu işlem güncel literatürde (Bk. örneğin:Birchall, J. C., Kellaway, I. W.
Ve Mills, S. N., Physico-chemical characterization and transfection efficiency of lipid-
based gene delivery complexes. Int. J. Pharmaceut., 183 (1999), 195-207) de açıklandığı
üzere DNA çözeltisine (1 mg DNA/ml distile su) amaçlanan miktarlarda çeşitli sıvı
lipozom süspansyonu aktarılacaktır. Bu şekilde elektrostatik güçlerce oluşturulan lipid-
DNA kompleksleri pipetleme işlemi ile iyice karıştırılacaktır ve oda sıcaklığında 20
dakika boyunca bırakılacaktır. Hemen bundan sonra bu kompleksler aşağıda adı geçen
yöntemlerle incelenecektir. (Bu bölümün hazırlanmasında: Wang, G., Liposomes as Drug
Delivery Vehicles, In: Drug Delivery: Principles and Applications, Binghe Wang, Teruna
Siahaan, and Richard Soltero (Eds.), John Wiley & Sons, Inc., (2005), Pp: 411-434;
Kobayashi, N., Nishikawa, M., and Takakura, Y., Gene Therapy and Gene Delivery, In:
Drug Delivery: Principles and Applications, Binghe Wang, Teruna Siahaan, and Richard
Soltero (Eds.), John Wiley & Sons, Inc., (2005), Pp: 305-318; Binghe Wang, Teruna
Siahaan, and Richard Soltero (Eds.), Drug Delivery: Principles and Applications, John
Wiley & Sons, Inc., (2005)’dan yararlanılmıştır).

Projemizdeki Deneysel Tasarım

İlk önce MLV ve ULV lipozom-DNA karışımları hazırlanacaktır [7]. Daha
sonraki deneylerde bol miktarda kullanılacağından bu çözeltiler yukarıda bahsedildiği
üzere rotary evaporator ile hazıranıp diğer biyofiziksel ölçümlere geçilecektir. Söz
konusu bileşik oluşumlarında yer alan fosfolipid, metal katiyon ve DNA, ayrı ayrı ve
bileşik halindeki yapıları incelenecektir. Daha sonra, metal katiyonun rolünü incelemek
üzere, reaksiyon ortamından metalleri uzaklaştıran EDTA ile bileşikler muamele edilip
Mg2+ rolu ortaya çıkarılacaktır. Üçlü bileşiklerde nükleik asitin sekonder yapısı akkında
şu ana kadar çok az bilgi bulunmaktadır. Bu bağlamda, bu bileşiklerde DNA tek veya çift
sarmal şeklinde olup olmadığı, tek zincirli nükleik asitlere karşı aktiv olan S1
endonükleaz enzim aktiviteleri denenecektir. Böylece üçlü sistemde meydana gelen
sekonder yapılsal değişiklikleri konusunda çok önemli bilgiler elde edilecektir. Sırasıyla
yüzey kimyasal analiz (Langmuir-Blodgett tek katman, FTIR ve Raman spektrometrik
ölçümler) ve UV/VIS spektroskopik ölçümler uygulanacaktır. Daha sonra, üçlü lipozom-
Mg2+-DNA bileşiklerin termodinamik incelenmesi (DSC ve ITC) yapılacaktır. Rus
ortaklarımızın Ankara’ya yapacaakları ziyaretleri esnasında müşterek olarak bu
parçacıkların z-potansiyel ve boyut analizlerini [3-6] takiben, floresans mikroskopik
ölçümlere geçilecektir. Lipidlerle tanınmalarından kaynaklanan DNA topolojisinde
meydana gelen sekonder değişiklikler plazmid DNA kullanarak agaroz jel elktroforez
incelemelerine geçilecektir. Tüm bu analizler tarafımdan Gazi Üniversitesi Eczacılık
Fakültesinde ve Orta Doğu Teknik Üniversitesi Merkez Laboratuvarında
gerçekleştirilecektir. Bu incelemelrin ayrıntılı protokolleri aşağıdadır. Söz konusu
protokoller ilk defa lipozom-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerin incelenmesinde uyulanacaktır.

29
 -Langmuir-Blodgett Tek Katmanın Oluşturulması.
Langmuir-Blodgett cihazı NIMA Technology Ltd (The Science Park, Coventry
CV4 7EZ, İngiltere; Model 112D) ürünüdür ve Gazi Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar
Daire Başkanlığınca desteklenen bir önceki projem çerçevesinde Fakültemize
getirilmiştir. Bu cihazı üreten diğer firmalara nazaran NIMA Technology Ltd.’in
piyasaya sürdüğü son derece popüler ve çok amaçlı modeller ve özellikle de bu firma
temsilcilerinin tarafımıza yapmış olduğu çok düşük fiyat teklifleri bu firma ürününün
alınmasında rol oynamıştır. Söz konusu cihazın teknik özellikleri. Bu cihaza diferansiyel
taramalı mikrokalorimetre (DSC), Fourier Transform Infrared (FTIR) Spektpmetresi ve
Floresans Mikroskopi sistemlerinin de uygulanıyor olabilmesi son derece önemlidir ve
çok yönlü ölçümlerin yapılmasını mümkün kılmaktadır. Söz konusu cihaz 40 cm2 esas
alanı, 2 elektromekanik olarak hareket ettirilen bariyer, yüzey basınç sensörü, inverted
mikroskopisi için sapphire pencere sistemi, dipper mekanizması ve bilgisayara bağlı
software versyon 5.16 içermektedir.

Tek katmanların yüzeysel temizliliği kriteri olarak bariyer testi uygulayarak 3 ayrı
tekrardan elde edilen izotermler arasındaki farkın ±0.1 mN/m’den daha fazla olmamasına
dayanmaktadır.

-Yüzey basınç-alan (π-A) izotermleri.

Tek katmanlar air-water (hava-su ara sınır) ara yüzeye kloroformu çözücü olarak
kullanarak uygulanacaktır. Fosfolipidler ve DNA stock çözeltileri ilk önce ekvimolar
(1:1) 0.2 mM’ lık konsantrasyonlarda hazırlanmıştır. Daha sonra, bunlardan istenilen
oranlarda karışımlar hazırlanmıştır. Her uygulamadan önce Hamilton şırıngası 3 kez
kloroform ile temizlenecektir. Bunu takiben ara yüzeye birkaç damla DNA örneği
uygulanacaktır. 10 dakika çözücü evaporasyonu için beklendikten sonra, yüzey basınç-
alan (π-A) izotermleri elde edilecektir ve kaydedilecektir. Neticelerin tekrarlanabilirliği
bakımından güvenilir olup olmadıkları en az 3 tekrar yaparak değerlendirilecektir.

-Diferansiyel Taramalı Kalorimetrik (Differential Scanning Calorimetry) ve

İzotermal Titrasyon Kalorimetrik Ölçümleri.
Lipid vezikülleri ilk önce geleneksel ince tabaka film (thin-film) yöntemine göre
hazırlanacaktır. Bunun için, lipid ve DNA stock çözeltileri kloroform ile hazırlanıp,
bunlardan istenilen miktarlar balon jojelere aktarılacaktır. İyi bir karışım elde etmek için
bunlar vortekslenip, gaz N2 ile evaporasyonları gerçekleştirilecektir. Böylece balon
jojenin iç cam yüzeyine ince tabaka lipid film oluşturulacaktır. Bu film gece boyunca
vakum desikatör ile muamele edilecektir ve böylece son kloroform kalıntı miktarları da
uzaklaştırılmış olacaktır. 1ml saf su veya ilgili tampon (SSC, TRIS veya HEPES) ile
balon jojeye aktarılıp 1 dakika boyunca vortekslenecektir. Balon joje daha sonra söz

30
konusu lipidin faz değişim ısı noktasından daha yüksek bir sıcaklığa ayarlanan
sonikatörde tutulup, 5-10 dakikalık bir süreyle sonikasyon uygulanacaktır. Daha sonra bu
balon joje çalkalanan su banyosuna 37°C’de 1 saat boyunca bırakılacaktır ve böylece iyi
bir DNA-lipid karışımı hazırlanmış olacaktır. DSC ölçümleri Perkin-Elmer Pyris Marka
DSC cihazı ile Orta Doğu Teknik Üniversitesi Merkez Laboratuvarında yapılacaktır.
Referans olarak hermetik kapanabilinen boş alüminyum kaplar kullanılacaktır Lipid
konsantrasyonu olarak 20 mg/ml kullanılacaktır ve bundan 10 µl lipozom süspansyonu
hermetik alüminyum kaplara konulup ve kaplar böylece kapatılacaktır. Termogramlar
gösterilen sıcaklık aralığında (20-100°C) elde edilecektir ve faz diagramları çizilecektir.
Bu termal analizden sonra DNA-lpiozom bileşiklerinin oluşum kinetiği izotermal
titrasyon kalorimetrik ölçümlerle incelenecektir.

Fourier Transform Infrared (FTIR) Spektrometresi.

Bu ölçümler Orta Doğu Teknik Üniversitesi Merkez Laboratuvarında yapılacaktır.
Bu ölçümlerde tüm spektrum çekimleri ve direkt ölçüm yöntemi uygulayarak
gerçekleştirilecektir.

Tüm diğer ölçümler için yeni protokoller geliştirilecektir. Bu bakımdan

projemizin özgün değeri artırılacaktır.

Yüzey kimyasal analizin bir diğer yaklaşımları olan AFM [2] ve Raman Saçılımı
Yeditepe Üniversitesindeki diğer ortağımız Doç. Dr. Mustafa Çulha tarafından
gerçekleştirilecektir. Aynı grup tarafından söz konusu bileşikler SEM ve Konfokal
Floresans mikroskopileriyle incelenecektir [1]. Floresans mikroskopik yöntemler birkaç
floresan boya kullanarak hem lipidleri hem DNA’yı görüntüleyerek farklı protokoller
uygulanacaktır. Rus ortaklarımız da kendi protokollerini takip edecektir. Rus tarafı ayrıca
Privalov tipi adiabatik DSC ce CD ölçümlerini gerçekleştirip üçlü bileşenlerin sekonder
yapısal değişikliklerini ortaya çıkaracaktır. Bu sayede bunların yapılarıyla ilgili çok
önemli bilgiler elde edilecektir. Proje önerimizin kabul edilmesi takdirde ayrılan
bütçeden bir öğrenciye burs tahsis edilecektir. Orta Doğu Teknik Üniversitesi Merkez
Laboratuvarında veya Bilkent Üniversitesi Ulusal Nanoteknoloji Merkezinde (UNAM)
yürütülecek olan ölçümlerle ilgili servis ödeneği ve hizmet alım bedellerine bütçe
gerekçelerimizde yer verilmiştir.
Projemizin bu ilk yılında yapılacak olan bu ön yüzey kimyasal, koloidal, fizikokimyasal
ve biyofiziksel ölçümlerden sonra, çok daha ilginç olan işlevsel analizlere geçilecektir.
Rus ortaklarımızın Ankara’ya yapacakları ziyaretlerinde floresans spektrometrik, lipozom
füzyon takibe ve lipozom salınım deneyleri yapılacaktır. Böylece elde edilen üçlü
bileşiklerin ortaya çıkarılacak olan yapılarından yola çıkarak etkili gen aktarım
tasarımları ile ilgili çalışmalar başlatılabilecektir [8-10]. Projemizin ikinci yılında çok
ilginç olan nükleik asit-fosfolipid bileşiklerin yaşayan hücre ve Xenopus ovosit ekstrat
düzeneklerinde gerçekleştirilecek olan in vivo ortamdaki araştırmalarla devam
edilecektir. Söz konusu yaklaşımda Rus ortaklarımızın deneyimleri bulunmaktadır.
Böylece projemizin esas amacına ulaşılmış olunacaktır.

31
 Bu Bölümle İlgili Referanslar:

1. A.J. Metso, H. Zhao, I. Tuunainen, P. K. J. Kinnunen, Observation of the main

phase transition of dinervonoylphosphocholine giant liposomes by fluorescence
microscopy, Biochim. Biophys. Acta 1713 (2005) 83-91.
2. B. Ruozi, G. Tosi, E. Leo, M. A. Vandelli, Application of atomic force
microscopy to characterize liposomes as drug and gene carriers, Talanta 73 (2007) 12-22.
3. D.G. Fatouros ve S.G. Antimisiaris, Effect of amphiphilic drugs on the stability
and z-potential of their liposome formulations: a study with prednisolone, diazepam, and
griseofulvin, J. Colloid Interf. Scince 251 (2002) 271-277.
4. L. Ciani, S. Ristori, A. Salvati, L. Calamai, G. Martini, DOTAP/DOPE and DC-
Chol/DOPE lipoplexes for gene delivery: zeta potential measurements and electron spin
resonance spectra, Biochim. Biophys. Acta 1664 (2004) 70-79.
5. K. K. Son, D. Tkach, D. H. Patel, Zeta potential of transfection complexes formed
in serum-free medium can predict in vitro gene transfer efficiency of transfection reagent,
Biochim. Biophys. Acta 1468 (2000) 11-14.
6. K. Takeuchi, M. Ishihara, C. Kawaura, M. Noji, T. Furuno, M. Nakanishi, Effect
of zeta potential of cationic liposomes containing cationic cholesterol derivatives on gene
transfection, FEBS Letters 397 (1996) 207-209.
7. M. Keller, Lipidic carriers of RNA/DNA oligonucleotides and polynucleotides:
What a difference a formulation makes! J. Contr. Release 103 (2005) 537-540.
8. Y. Liu, H. Miyoshi ve M. Nakamura, Nanomedicines for gene delivery and
imaging: a promising avenue for cancer therapy and diagnosis using targeted functional
nanoparticles, Int. J. Cancer 120 (2007) 2527-2537.
9. T. Imura, H. Yanagishita, T. Ikegami, H. Negishi, D. Kitamoto, Drastic
improvements in trapping efficiency and dispersibility for phosphatidylcholine liposomes
in the presence of divalent metal ions, J. Oleo Sci., 52, 12, (2003) 673-679.
10. A. Samad, Y. Sultana ve M. Aqil, Liposomal drug delivery systems: an updated
review, Curr. Drug Deliv., 4 (2007).

2.3. Araştırıcıların Deneyimi:

FAKÜLTEMİZİ TEMSİL EDEN ARAŞTIRMACILARIN DENEYİMLERİ:

PROJE YÜRÜTÜCÜSÜNÜN DİĞER PROJELERİ:

Proje Yürütücüsünün TÜBİTAK Destekli Projeleri
Projedeki Başlama/Bitiş Destek Miktarı
Proje No Proje Adı
Görevi Tarihi (YTL)
Proje No: Proje Gen Taşıyıcıları Olarak 2005/2006 12 000 YTL
105S151 Yürütücüsü Tasarlanan Nükleik Asit-
(SBAG- Fosfolipid Bileşenlerinin
HD-42) Fizikokimyasal Özelliklerinin
FTIR Spektroskopisi ile
Moleküler Düzeyde
İncelenmesi

32
Proje Yürütücüsünün Diğer Projeleri (DPT, BAP, vb.)
Projedeki Başlama/Bitiş Destek Miktarı
Proje No Proje Adı
Görevi Tarihi (YTL)
Proje No: Proje Paclitaxel (TAXOL®’un) anti- 2005/2007 53.550 YTL
02/2005- Yürütücüsü kanser etki mekanizmasının
15 model Langmuir –Blodgett
biyomembran sistemi ile
moleküler düzeyde
incelenmesi

Proje Yürütücüsünün Son 5 Yılda Yapmış Olduğu Yayınlar

Cilt/Sayı/Say
Yazar(lar) Makale Başlığı Dergi Tarih
fa
Circular dichroism and
fluorescence spectroscopic
study of RNA-protein
Prog. Biochem. 31 (3): 219-
E. Süleymanoğlu folding patterns in human 2004
Biophys. 224
hnRNP A3 and their
implications in human
autoimmune diseases
E. Süleymanoğlu Preparation and phase Il Farmaco Aug; 60 (8): 2005
behaviour of surface-active 701-710
pharmaceuticals: self-
assembly of DNA and
surfactants with membranes.
Differential adiabatic
scanning microcalorimetric
study
E. Süleymanoğlu Phoshpolipid-Nucleic Acid PDA J. 60 (4): 218- 2006
Recognition: Energetics of Pharmaceut. Sci. 231
DNA-Mg2+- Technol.
Phosphatidylcholine Ternary
Complex Formation and its
Further Compaction as a
Gene Delivery Formulation
E. Süleymanoğlu Phoshpolipid-Nucleic Acid PDA J. 60 (4): 232- 2006
Recognition: Developing an Pharmaceut. Sci. 239
Immobilized Liposome Technol.
Chromatography for DNA
Separation and Analysis

33
 Y. Manavbaşı ve E. Nucleic acid-phospholipid Arch Pharm Res. Aug; 30 (8): 2007
Süleymanoğlu recognition: Fourier 1027-40
transform infrared
spectrometric
characterization of ternary
phospholipid-inorganic
cation-DNA complex and its
relevance to
chemicopharmaceutical
design of nanometric
liposome based gene
delivery formulations
Karl Skriner, The Regulator of TNFα Arthritis Rheum. Feb; 58 (2): 2008
Wolfgang Hueber, mRNA Decay AU-rich 511-520
Erhan Element Binding Factor 1 is
Süleymanoglu, Targeted by Autoantibodies
Elisabeth Höfler, of Patients with Systemic
Veit Kren, Josef Rheumatic Diseases
Smolen ve Günter
Steiner

ÖZGEÇMİŞ
1. GENEL

DÜZENLEME TARİHİ : 18.04.2008

T.C. KİMLİK NO : 14785030626
ÜNVANI ADI SOYADI : Dr. Erhan Süleymanoğlu
YAZIŞMA ADRESİ : Gazi Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Kimya
Anabilim Dalı, Hipodrom, 06330-Ankara
DOĞUM TARİHİ ve YERİ : 22.03.1967, Sofya
TEL : 0-(312)-202-32-50 GSM: 05423527265
E-POSTA : esuleymanoglu@gazi.edu.tr FAKS : 0-(312)-223-50-18

2. EĞİTİM (Son aldığınız dereceden / diplomadan başlayarak yazınız)

ÖĞRENİM DÖNEMİ DERECE (*) ÜNİVERSİTE ÖĞRENİM ALANI

1996-1999 Ph. D. Viyana Üniversitesi İmmünokimya ve
(Doktora) Moleküler Genetik
1993-1995 M. Sc. (Yüksek Orta Doğu Teknik Biyokimya
Lisans) Üniversitesi
1990-1992 B. Sc. (Lisans) Orta Doğu Teknik Biyolojik Bilimler
Üniversitesi

34
 1984-1989 B. Sc. (Lisans) Sofya Üniversitesi- Biyoteknoloji (Moleküler
Biyoteknoloji Enstitüsü Klonlama)
(*) Diploma Türü (Lisans, Y.Lisans, vb.)

3. AKADEMİK ve MESLEKİ DENEYİM

GÖREV DÖNEMİ ÜNVAN ÜNİVERSİTE BÖLÜM

1999-2000 Post-doc Amsterdam Üniversitesi Hücre Moleküler Biyolojisi
2000-2001 Konuk Amsterdam Hür Moleküler Hücre Fizyolojisi
araştırmacı Üniversitesi ve Matematiksel Biyokimya
1992-1994 Ar. Gör. Gazi Üniversitesi-Tıp Biyofizik Anabilim Dalı
Fakültesi

4. YAYIN BİLGİLERİ

ISI indexine kayıtlı dergilerde yayınlanan 16

Diğer indexlere kayıtlı / Hakemli dergilerde 2
yayınlanan
Indexlere kayıtlı / Hakemli konferans kitaplarında 48
yayınlanan
Diğer yayınlar 1 kitap
TOPLAM 67

5. YAYINLARINIZA ALDIĞINIZ TOPLAM ATIF SAYISI (Web of Science‘a göre) : 21

6. PROJE DENEYİMİ

YER ALDIĞINIZ PROJE Proje yürütücüsü olarak Araştırmacı olarak

SAYISI
Kurumsal (BAP vb.) 1 -
Ulusal 1 (TÜBİTAK) -
Uluslararası - 3

7. DİĞER AKADEMİK FAALİYETLER ( Hakemlik/Danışmanlık/Editörlük Deneyimi)

Son bir yılda uluslararası indekslere kayıtlı makale/ 6

derleme için yaptığınız danışmanlık sayısı
Son bir yılda projeler için yaptığınız danışmanlık -
sayısı
Danışmanlığını yaptığınız öğrenci sayısı Tamamlanan Devam Eden

35
 Y.Lisans
Doktora
Uzmanlık
Editör/Yardımcı Editör olduğunuz dergiler 1- Electronic Journal of Biomedicine
(http://biomed.uninet.edu)-Editorial Board
2- International Journal of Biomedical
Sciences (www.ijbs.org)-Editorial Board.
3-

8. SEÇİLMİŞ YAYINLAR (Proje konusuyla ilgili en önemli 5 yayınınız)

YAZAR(LAR) MAKALE/BİLDİRİ DERGİ/TOPLANTI CİLT/SAYI/SA TARİH

BAŞLIĞI ADI YFA
Erhan Preparation and phase Il Farmaco Aug; 60 (8): 701- 2005
Süleymanoğlu behaviour of surface- 710.
active pharmaceuticals:
self-assembly of DNA
and surfactants with
membranes. Differential
adiabatic scanning
microcalorimetric study
Erhan Phoshpolipid-Nucleic PDA J. Pharmaceut. 60 (4): 218-231. 2006
Süleymanoğlu Acid Recognition: Sci. Technol.
Energetics of DNA-
Mg2+-
Phosphatidylcholine
Ternary Complex
Formation and its Further
Compaction as a Gene
Delivery Formulation
Erhan Phoshpolipid-Nucleic PDA J. Pharmaceut. 60 (4): 232-239. 2006
Süleymanoğlu Acid Recognition: Sci. Technol.
Developing an
Immobilized Liposome
Chromatography for
DNA Separation and
Analysis
Yasemin Nucleic acid- Arch Pharm Res., Aug; 30 (8): 2007
Manavbaşı ve phospholipid recognition: 1027-40.
Erhan Fourier transform
Süleymanoğlu infrared spectrometric
characterization of
ternary phospholipid-
inorganic cation-DNA

36
 complex and its
relevance to
chemicopharmaceutical
design of nanometric
liposome based gene
delivery formulations
Erhan Adiabatic Differential Braz. Arch. Biol. 47 (6): 881-885. 2004
Süleymanoğlu Scanning Calorimetric Technol.
Study of Divalent Cation
Induced DNA - DPPC
Liposome Formulation
Compacted for Gene
Delivery

YAYINLAR DIŞINDA PROJE KONUSU İLE İLGİLİ EN ÖNEMLİ 5 FAALİYET

(Eser/görev/faaliyet/sorumluluk/olay/üyelik vb.)

1. 1998 yılında Bratislava Üniversitesinde (Slovakya) DNA-lipozom kompleks oluşumu ile ilgili
Differential Scanning Calorimetry ölçümleri öğrenilmiştir.
2. 1998 yılında konuk araştırmacı olarak bulunduğum Bergen Üniversitesinde (Norveç) Langmuir-
Blodgett yöntemi öğrenilmiştir
3.1998 yılında konuk araştırmacı olarak bulunduğum Paris Üniversitesi-Curie Enstitüsünde
Circular Dichroism ve Floresans Spektroskopisi yöntemleri öğrenilmiştir.
4.1999-2000 yılları arasında post-doc olarak çalıştığım Amsterdam Üniversitesinde (Hollanda) floresans
mikroskopisi öğrenilmiştir
5.2000-2001 yılları arasında konuk araştırmacı olarak bulunduğum Amsterdam Hür Üniversitesinde
(Hollanda) chloroquine jel elektroforez yöntemi öğrenilmiştir

PROJE KONUSUNDA YETKİNLİĞİMİZİ VURGULAMAK İÇİN GEREKLİ GÖRÜLEN

DİĞER BİLGİLER

1. Önerilen proje konusu ile ilgili çalışmalarım 1993 yılında başlamıştır ve Orta Doğu Teknik
Üniversitesinde yapmış olduğum “Effect of Metal Ions on Interaction Between Nucleic
Acid, Protein (Melittin) and Drug (Tamoxifen) with Model Membranes” adlı yüksek lisans
tezimin büyük bir bölümünü kapsamaktadır. Söz konusu dönemde, bu konuda Türkiye’de
yapılan ilk çalışmaydı. O yıllarda henüz daha lipofeksiyon konusu daha yeni önem
kazanmaya başlamıştı ve nükleik asitler ile biyomembranlar arasında oluşan yapılar daha
çok hücre biyolojisi ve moleküler evrim olayları için önem taşıyan bir konu olarak
algılanmaktaydı. Daha sonraki yıllarda moleküler hücre mühendisliğinin yeni bir yaklaşımı
olarak yabancı genlerin hedef hücrelere nakli konusu yoğun olarak ilgi çekmiştir ve hem β-
galaktozidaz veya Green Fluorescence Protein (GFP) gibi gen ekspresyonunu gösteren
çeşitli raportör sistemler hem de birçok yeni plazmid türleri tasarlanmıştır. Viyana
Üniversitesinde doktora çalışmalarımda ilk önce söz konusu vektör tasarımını, in vitro
transfeksyonu ve bunun incelenmesinde kullanılan floresans mikroskopisini uyguladım,

37
 daha sonra da post-doc olarak çalıştığım Amsterdam Üniversitesinde yine floresans
mikroskopisini kullanarak çeşitli canlı hücreler üzerinde farklı nükleik asit-hücre membran
oluşumları (life cell microscopy) üzerine çalışmalar yaptım. Nükleik asit-fosfolipid
oluşumlarını incelemek üzere Bratislava Üniversitesinde çeşitli termodinamik ölçümler
uyguladım, daha sonra da Bergen Üniversitesinde bu tür oluşumları Langmuir-Blodgett tek
katman sistemi ile inceledim. Türkiye’ye kesin dönüş yaptığım 2004 yılından itibaren bu
konudaki çalışmalarım yoğun olarak devam etmektedir. 2006 yılında TÜBİTAK desteği ile
(Proje No: 105S151 (SBAG-HD-42)) “Gen Taşıyıcıları Olarak Tasarlanan Nükleik Asit-
Fosfolipid Bileşenlerinin Fizikokimyasal Özelliklerinin FTIR Spektroskopisi ile Moleküler
Düzeyde İncelenmesi” adlı bir ön araştırma projesini tamamladım. Bu projede elde edilen
neticelere dayanarak çok daha kapsamlı ve özgün yaklaşımları içeren yeni bir proje
sunmaktayız. Bu projede uluslararası işbirliğin önemi özellikle vurgulanmıştır ve bu
konuda çok başarılı çalışmaları olan bir Rus araştırma grubu ile müşterek olarak
hazırlanmıştır. Bu konuyu ülkemizde popülarize etmek ve özellikle hızla gelişen
nanobiyoteknolojideki yeni uygulama alanlarına girebilmek ve böylece Fakültemizde de
iddialı uluslararası projeleri gerçekleştirebilmek arzusundayım. Çok prestijli Rus Bilimler
Akademisinden bir grubun tarafıma böyle bir ortak çalışma teklifi sunmuş olması da bizim
için büyük bir onur kaynağı olduğu gibi bu alanda araştırma grubu olarak gelişmemiz için
de büyük bir fırsattır.

ÖZGEÇMİŞ
5. GENEL

DÜZENLEME TARİHİ :28.04.2008

T.C. KİMLİK NO : 14458042840
ÜNVANI ADI SOYADI : Prof. Dr. Ningur Noyanalpan
YAZIŞMA ADRESİ : Gazi Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Meslek Bilimleri,
Hipodrom, 06330-Ankara

DOĞUM TARİHİ ve YERİ : 11.02.1944, İstanbul

38
 TEL : 2154467 GSM: 05323647358
E-POSTA : ningur@gazi.edu.tr FAKS :2235018

6. EĞİTİM (Son aldığınız dereceden / diplomadan başlayarak yazınız)

ÖĞRENİM DÖNEMİ DERECE (*) ÜNİVERSİTE ÖĞRENİM ALANI

1966-1969 Doktora Ankara Üniversitesi Farmasötik Kimya
1961-1966 Lisans Ankara Üniversitesi Farmasötik Kimya
(*) Diploma Türü (Lisans, Y.Lisans, vb.)

7. AKADEMİK ve MESLEKİ DENEYİM

GÖREV DÖNEMİ ÜNVAN ÜNİVERSİTE BÖLÜM

1982-1994 Dekan Gazi Üniversitesi Farmasötik Kimya
Eczacılık Fakültesi
1973 Doç. Ankara Üniversitesi Farmasötik Kimya
1979 Prof. Ankara Üniversitesi Farmasötik Kimya

8. YAYIN BİLGİLERİ

ISI indexine kayıtlı dergilerde yayınlanan 5

Diğer indexlere kayıtlı / Hakemli dergilerde -
yayınlanan
Indexlere kayıtlı / Hakemli konferans kitaplarında -
yayınlanan
Diğer yayınlar -
TOPLAM 5

5. YAYINLARINIZA ALDIĞINIZ TOPLAM ATIF SAYISI (Web of Science‘a göre) : -

6. PROJE DENEYİMİ

YER ALDIĞINIZ PROJE Proje yürütücüsü olarak Araştırmacı olarak

SAYISI
Kurumsal (BAP vb.) - -
Ulusal 2 2
Uluslararası - -

39
7. DİĞER AKADEMİK FAALİYETLER ( Hakemlik/Danışmanlık/Editörlük Deneyimi)

Son bir yılda uluslararası indekslere kayıtlı makale/ -

derleme için yaptığınız danışmanlık sayısı
Son bir yılda projeler için yaptığınız danışmanlık 4
sayısı
Danışmanlığını yaptığınız öğrenci sayısı Tamamlanan Devam Eden
Y.Lisans 8 2
Doktora 1
Uzmanlık - -
Editör/Yardımcı Editör olduğunuz dergiler 1-
2-
3-

8. SEÇİLMİŞ YAYINLAR (Proje konusuyla ilgili en önemli 5 yayınınız)

YAZAR(LAR) MAKALE/BİLDİRİ DERGİ/TOPLANTI CİLT/SAYI/SA TARİH

BAŞLIĞI ADI YFA
Gökçe M, Antiviral and Arzneimittelforschu 54(12):891-7 2004
Ozçelik B, Bakir antimicrobial activities of ng.
G, Karaoğlu T, new nitrobutane
Bergçin E, derivatives.
Noyanalpan N.

Unlü S, Onkol Synthesis and analgesic Arch Pharm Aug;336(8):353- 2003

T, Dündar Y, and anti-inflammatory (Weinheim) 61.
Okçelik B, activity of some new (6-
Küpeli E, acyl-2-benzoxazolinone
Yeşilada E, and 6-acyl-2-
Noyanalpan N, benzothiazolinone
Sahin MF. derivatives with acetic
acid and propanoic acid
residues.

Ersan S, Nacak Studies on analgesic and Arzneimittelforschung Jul;47(7):834-6. 1997

S, Noyanalpan anti-inflammatory
N, Yeşilada E. activities of 1-
dialkylaminomethyl-2-
(p-substituted phenyl)-5-
substituted
benzimidazole
derivatives.

40
Kupchan SM, Tumor inhibitors. 88. Lloydia Sep;36(3):338-40 1973
Britton RW, The antileukemia
Chiang CK, principles of Colchicum
Noyanalpan N, speciosum
Ziegler MF.

9. YAYINLAR DIŞINDA PROJE KONUSU İLE İLGİLİ EN ÖNEMLİ 5 FAALİYET

(Eser/görev/faaliyet/sorumluluk/olay/üyelik vb.)

1. Silicon Graphics Workstation ile çalışan Amber programının getirilmesi

2.
3.
4.
5.

10. PROJE KONUSUNDA YETKİNLİĞİNİZİ VURGULAMAK İÇİN GEREKLİ

GÖRDÜĞÜNÜZ
DİĞER BİLGİLER

Silicon Graphics Workstation konusunda deneyim ve tecrübeye sahiptir.

2.4. Araştırma Olanakları:

Önerdiğimiz projede, Türkiye’de ve Rusya Federasyonu’nda mevcut olan
laboratuvar ve araştırma olanaklarının azami derecede kullanılmasına özen gösterilmiştir
ve bu hususları göz önünde bulundurarak proje bütçesi son derece dikkatlice
hazırlanmıştır. Bu konu ile ilgili projeye katılacak olan tüm arkadaşlarımızla mutabakat

41
sağlanmıştır. Projemiz sırasıyla ön fizikokimyasal, yüzey ve kolloid kimyasal, yapı-
aktivite ve işlevsel ölçümleri ve incelemeleri kapsamaktadır. Söz konusu fizikokimyasal
ölçümler, Orta Doğu Teknik Üniversitesi Merkezi Laboratuvarında
(www.centrallab.metu.edu.tr) hazır ve çalışır vaziyette bulunan z-potansiyel, sıcaklık
kontrol sistemi ile donatılmış UV/VIS spektrofotometrik ve türbidimetrik, Fourier
Transform Infrared Spektroskopik (FTIR), termodinamik (Diferansiyel Taramalı
Kalorimterik (DSC) ve Izotermal Titrasyon Kalorimetrik (ITC)) cihazları ile
gerçekleştirilecektir. Bu ölçümlerin kusursuz bir şekilde yerine getirilmesinde tüm
sorumluluk tarafıma aittir. Yüzey kimyasal ve kolloid kimyasal incelemeler (yüzey
potansiyel ve yüzey gerilim ölçümleri), 2005 yılında Gazi Üniveritesi Bilimsel
Araştırmalar Projeleri (BAP) Daire Başkanlığınca desteklenen (No: 02/2005-15)
“Paclitaxel (TAXOL’un) anti-kanser etki mekanizmasının model Langmuir –Blodgett
biyomembran sistemi ile moleküler düzeyde incelenmesi” adlı projem ile Fakültemize
kazandırmış olduğum Langmuir-Blodgett cihazıyla yapılacaktır. İncelemeyi
hedeflediğimiz fosfolipid-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerin yüzey kimyasal
karakterizasyonlarının bir başka yaklaşımı olan Atomik Kuvvet Mikroskopisik (Atomic
Force Microscopy (AFM)) ölçümler Dr. Yurii Nechipurenkonun laboratuarında
yapılacatır. Hazırlanacak olan çok katmanlı ve tek katmanlı lipozomların boyut analizi
öncellikle z-potansiyel ölçümlerle yapılması öngörülmüştür. Bu ölçümleri daha sonra
elektron mikroskopisi ile (Scanning electron microscopy (SEM) ve transmission elektron
microscopy (TEM)) ile teyit edilecektir. SEM ölçümleri Dr. V. Kuvichkin’in grubu
gerçekleştirecektir. TEM incelemelerini de bu Rus araştırma grubu yapacaktır. Söz
konusu üçlü bileşiklerin yapı-aktivite ilişkisini Orta Doğu Teknik Üniversitesi Merkezi
laboratuarında benim bizzat katılacağım çalışmalarla ortaya çıkarılacaktır. Bu bağlamda,
çift sarmallı plazmidlerin fosfolipidlerce meydana getirilen topolojik değişiklikleri yine
tarafımdan agaroz jel elektroforez ile incelenecektir. Bu ölçümlere destek olarak konfokal
mikroskopik analiz Orta Doğu Teknik Üniversitesi Merkezi laboratuarında yapılacaktır.
Mg2+ varlığında nükleik asitlerce meydana getirilen muhtemel fosfolipid vezikül füzyon
olaylarını floresans spektroskopisi ile bu konuda çok büyük tecrübesi olan Rus araştırma
grubu tarafından incelenecektir. Söz konusu ölçümler, Orta Doğu Teknik Üniversitesi
Merkezi laboratuarında da Rus ortaklarımızın Ankara’ya ziyaretleri sırasında da
yapılacaktır ve böylece şu anda kullanamadığımız bu yöntem Türkiye’de uygulamaya
konulacaktır. Rus araştırma grubunun X-Ray kristalografisi ile elde edeceği atomik
koordinatlarla Gazi Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Kimya Anabilim
Dalında bulunan Silicon Graphics Workstation ile Amber programında moleküler
dinamik hesaplamalar yapılacaktır ve bulara dayanarak henüz daha yayımlanmamış
fosfolipid-metal katiyon-DNA üçlü bileşiklerle ilgili yeni ve özgün modeller
geliştirilecektir. Fakültemizde yapılacak olan projemizin bu kısmını bu sistemi getirmiş
olan Prof. Dr. Ningur Noyanalpan ve bu konuda Wisconsin Üniversitesinde büyük
deneyim kazanmış olan Dr. adayı Cenk Andan tarafından yapılacaktır. Türkiye’de
bulunmayan techizata dayalı ölçümler Rus araştırma grubu kendi enstitülerinde
gerçekleştirecektir. Bu bağlamda, sirküler dikroism (CD), bazı özel ve tecrübe gerektiren
konfokal floresans mikroskopik görüntülerinin elde edilmesi ve Privalov tipi adiabatik
diferansiyel taramalı kalorimetrik (DSC) ölçümler Rusya Federasyonda yapılacaktır.
Projenin ikinci yılında, fosfolipid-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerin işlevsel analizleri
yapılacaktır. Bununla ilgili olarak Türk grubu biyoteknolojik boyutunu daha ayrıntılı

42
incelemek amacıyla in vitro transfeksiyon etkinlikleri ile ilgili yeni bir protokol Aksaray
Üniversitesinde çalışan Yrd. Doç. Dr. Kamile Öztürk tarafından hazırlanacaktır ve
uygulanacaktır. Lipidlerle ilk tanınma olaylarından sonra DNA’da meydana gelen
konformasyonel değişikliklerle ilgili ölçümler Kazan Devlet Üniversitesinde Prof. Dr. G.
Evtugyn tarafından, bunlarla ilgili teorik modeller ise Dr. Al. Krylov tarafından
yapılacaktır ve geliştirilecektir. Dr. Y. Nechipurenko ayrıca elde edilen neticelere
dayanarak kendi ihtisas alanı olan nanobiyosensör tasarımlarını başlatacaktır. Rus
ortaklarımız ise çok daha karmaşık olan ve bu konuda bizim tecrübemiz bulunmayan bu
bileşiklerin hücresel biyolojik boyutlarıyla ilgili olarak söz konusu nükleik asit-fosfolipid
etkileşmelerinin meydana gelip gelmediğini Xenopus ovosit ekstratları ile yapılacak olan
deneylerle ortaya çıkaracaklardır. Böylece, bu projemizle metal katiyonlarca meydana
getirilen nükleik asit-fosfolipid bileşikleri hem biyofiziksel, hem biyo- ve nanoteknolojik
olarak, hem de işlevsel anlamı büyük olan hücresel biyolojik bakımından incelenmiş
olacaktır.
Projede Kullanılacak Mevcut Makine – Teçhizat Listesi (*)
Adı/Modeli Projede Kullanım Amacı
Langmuir-Blodgett tek katman Fakültemize bir önceki Gazi Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar
cihazı, NIMA Technology Ltd. Projeleri Daire Başkanlığınca desteklenen projem çerçevesinde
marka, 112 D model (Teknik edindiğimiz bu cihaz, lipozom-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerinin
özellikler için bk.: yüzey kimyasal analizlerinde ve özellikle fosfolipid yüzeyine
http://www.nima.co.uk). DNA’nın adsorbsyonu ile ilgili araştırılmalarımızda kullanılacaktır.
Bu ölçümler Gazi Üniversitesi, Eczacılık Fakültesinde
gerçekleştirilecektir.
UV/VIS Spektrofotometre Cary Tek katmanlı ve çok katmanlı lipozomlarca oluşturulan lipozom-
100 marka (Teknik özellikler için Mg2+-DNA üçlü bileşiklerinin yüksek moleküler ağırlıklı bileşik
bk.: hale gelmeleri ve oluşum kinetiklerinin incelenmesinde
http://www.centrallab.metu.edu.tr/ kullanılacaktır. Bu ölçümler Orta Doğu Teknik Üniversitesi,
bio/trk/anasayfa/cihazlar/c_07.php Merkezi Laboratuvarında (www.centrallab.metu.edu.tr)
) yapılacaktır ve proje bütçesine hizmet alımı olarak yansıtılmıştır.
Söz konusu ölçümler, daha önceki türbidimetrik ölçüm
yaklaşımımızın devamı niteliğindedir (Bk.: Severcan, F.,
Süleymanoğlu, E., Boyar, H. Turbidity studies of the effect of
divalent cations on Tamoxifen - model membrane interactions.
Biochem. Soc. Trans., 25 (3): 493S, (1997)).
Termogravimetrik Analiz ve FTIR Mg2+ varlığında çeşitli lipid türleri ile DNA arasında oluşan
Spektrometre Sistemi bileşiklerde ilk tanınma olaylarını ve bu oluşumda rol oynayan
(TGA+FTIR) Perkin Elmer Pyris fonksiyonel gruplarının ortaya çıkarılması. Bu ölçümler, daha
1 TGA & Spectrum 1 FT-IR önceki yaklaşımımızın devamı niteliğindedir (Bk.: Manavbaşı Y.
Spectrometer and Süleymanoğlu E., Nucleic acid-phospholipid recognition:
(http://www.centrallab.metu.edu.t Fourier transform infrared spectrometric characterization of ternary
r/rd/trk/anasayfa/cihazlar/ta/taft.p phospholipid-inorganic cation-DNA complex and its relevance to
hp) chemicopharmaceutical design of nanometric liposome based gene
Bruker IFS 66/S (Teknik delivery formulations. Arch Pharm Res., Aug; 30 (8): 1027-40,
özellikler için bk.: (2007)). Bu ölçümler Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Merkezi

43
http://www.centrallab.metu.edu.tr/ Laboratuvarında (www.centrallab.metu.edu.tr) yapılacaktır ve
rd/trk/anasayfa/cihazlar/s/ftir.php) proje bütçesine hizmet alımı olarak yansıtılmıştır.
Dinamik Işık Saçılım
Spektrometresi (DLS) Cihaz:
Malvern CGS-3
(Teknik özellikler için bk.:
http://www.centrallab.metu.edu.tr/
rd/trk/anasayfa/cihazlar/pik/dis.ph
p)
Zeta Potansiyel ve Mobilite
Ölçüm Cihazı MALVERN Nano
ZS90 (Teknik özellikler için bk.:
http://www.centrallab.metu.edu.tr/
rd/trk/anasayfa/cihazlar/pik/zpm.p
hp)
Diferansiyel Taramalı
Kalorimetre (DSC) Perkin Elmer
Diamond DSC (Teknik özellikleri
için bk.:
http://www.centrallab.metu.edu.tr/
rd/trk/anasayfa/cihazlar/ta/dtk.php
) study. Il Farmaco, Aug; 60 (8): 701-710, (2005)).
Mikroizotermal Titrasyon
Kalorimetre, VP-ITC MicroCal
(Teknik özellikler için bk.:
http://www.centrallab.metu.edu.tr/
bio/trk/anasayfa/cihazlar/c_12.php
)
Lazer Taramalı Konfokal
Mikroskop Zeiss LSM 510
(Teknik özellikler için bk.:
http://www.centrallab.metu.edu.tr/
bio/trk/anasayfa/cihazlar/c_04.php
) (www.centrallab.metu.edu.tr) yapılacaktır ve proje bütçesine
Lipozom-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerinin boyut analizinde
kullanılacaktır. Bu ölçümler Orta Doğu Teknik Üniversitesi,
Merkezi Laboratuvarında (www.centrallab.metu.edu.tr)
yapılacaktır ve proje bütçesine hizmet alımı olarak yansıtılmıştır.
Lipozom-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerinin elektrostatik davranışları
ve boyut analizinde kullanılacaktır. Bu ölçümler Orta Doğu Teknik
Üniversitesi, Merkezi Laboratuvarında
(www.centrallab.metu.edu.tr) yapılacaktır ve proje bütçesine
hizmet alımı olarak yansıtılmıştır. Bu ölçümler ortaklarımızla
müşterek olarak yapılacaktır ve Rus ortağımızın tecrübelerinden
faydalanacaktır.
Lipozom-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerinin bileşik hale gelmelerinin
termodinamik ölçümlerinde. Söz konusu ölçümler, daha önceki
biyofiziksel yaklaşımımızın devamı niteliğindedir (Bk.:
Süleymanoğlu E. Preparation and phase behaviour of surface-
active pharmaceuticals: self-assembly of DNA and surfactants with
membranes. Differential adiabatic scanning microcalorimetric
Lipozom-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerinin bileşik hale gelmelerinin
kinetik ölçümlerinde kullanılacaktır. Bu ölçümler Orta Doğu
Teknik Üniversitesi, Merkezi Laboratuvarında
(www.centrallab.metu.edu.tr) yapılacaktır ve proje bütçesine
hizmet alımı olarak yansıtılmıştır.
Lipozom-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerinin yapısında yer alan
lipidlere, çift zincirli ve tek zincirli DNA’ya özgü floresans boyalar
kullanarak, bu makromoleküllerinin ve özellikle DNA
kompaktizasyon dinamiğinin ölçülmesinde kullanılacaktır. Bu
ölçümler Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Merkezi Laboratuvarında
hizmet alımı olarak yansıtılmıştır. Söz konusu ölçümler daha önce
Amsterdam Üniversitesinde postdoc yıllarımda nükleik asit-
biyomembran etkileşmeleriyle ilgili yaşayan hücre düzeneklerinde
geliştirdiğimiz floresans mikroskopik yaklaşımımızın devamı
niteliğindedir (Bk.: Cunha, S., Odijk, T., Süleymanoğlu, E.,
Woldringh, C.L. Isolation of Escherichia coli nucleoid. Biochimie,
Feb., 83 (2): 149-154, (2001). Bk. ayrıca: Süleymanoğlu, E.
Electrorelease of Escherichia coli nucleoids. Folia Microbiol. 47
(4): 365-370, (2002) ve Süleymanoğlu, E. Fluorescence
44
 microscopy of condensed DNA conformations of bacterial cells. J.
Microbiol. 40 (4): 319-326, (2002)).
Zaman Tanımlı Floresans Lipozom-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerinin oluşumunda ortaya çıkan
Spektrometre, Photon Technology lipid fuzyonlarının incelenmesinde kullanılacaktır. Bu ölçümler
International Model C-71 (Yeni ortaklarımızla müşterek olarak yapılacaktır ve Rus ortağımızın
isim: Model TM-2/2005 Lifetime tecrübelerinden faydalanacaktır. Bu ölçümler Orta Doğu Teknik
Spektroflorometre); (teknik Üniversitesi, Merkezi Laboratuvarında
özellikler için bk.: (www.centrallab.metu.edu.tr) yapılacaktır ve proje bütçesine
http://www.centrallab.metu.edu.tr/ hizmet alımı olarak yansıtılmıştır.
bio/trk/anasayfa/cihazlar/c_13.php
)
Yatay Elektroforezler, Amersham Plazmid DNA’nın lipozomlarca indüklenen çeşitli topolojilerinin
Biosciences; (Teknik özellikler incelenmesinde kullanılacaktır. Bu ölçümler Orta Doğu Teknik
için bk.: Üniversitesi, Merkezi Laboratuvarında
http://www.centrallab.metu.edu.tr/ (www.centrallab.metu.edu.tr) yapılacaktır ve proje bütçesine
bio/trk/anasayfa/cihazlar/c_17.php hizmet alımı olarak yansıtılmıştır.
)
(*)Bu bölümde sadece, öneren kuruluşta var olup projede kullanılacak olan makine-
teçhizat belirtilmeli, proje bütçesinden talep edilenler yazılmamalıdır.

2.5. Satın Alınması Talep Edilen Makine ve Teçhizatın:

Talep ilmemiştir
3. Diğer Bilgiler

3.1.
Nükleik asit-fosfolipid etkileşmeleri ile ilgili bilimsel çalışmalar öncellikli olarak
moleküler hücre biyolojisinde önem taşıyan bazı olayları açıklamak amacıyla
başlatılmıştır [1-5]. Bu konudaki ilgi söz konusu hücresel olaylarda nükleik asitlerin
membranlara bağlandıklarına dair deneysel gözlemlere dayanmaktadır. Örneğin, virüs-
hücre etkileşmelerinde ortaya çıkan viral nükleik asitlerle hücre membran arasında oluşan
çeşitli agregatlar ve viral membranla hücre membranı arasında füzyon olaylarında;
bakteri segregasyonunda meydana gelen nükleoid bölünmesi; plazmid replikasyonunda;
eukaryotik hücre döngüsünün çeşitli evrelerinde kromatid kondanzasyonunda; gen
ifadesinde ve genom organizasyonunda, eukaryotik transkripsyon-translasyon-
translokasyon ve rekombinasyon olaylarında bu tür yüksek moleküler ağırlıklı nükleik
asit-membran bileşiklerinin oluştuğu ortaya çıkarılmıştır [1-5].
Son 20 yıl bu konu ile ilgili araştırmalar hızla devam etmektedir. Günümüzde de
gelişen moleküler tekniklerden de faydalanarak nükleik asit-fosfolipid etkileşmeleri ile
ilgili çalışmalar yoğun olarak devam etmektedir. Bu konuya proje önerimizde de
konunun önemini vurgulamak amacıyla ayrı bir yer verilmiştir. Projemizin 2ci yılının
büyük bir bölümü Rus ortaklarımızın yapacağı çalışmalar tamamen yaşayan hücre ve
Xenopus ovosit düzeneklerinde özellikle nükleik asit-hücre çekirdeği membranı arasında
oluşan bu tür bileşiklerin araştırılmasına ayrılmıştır.
Nükleik asit-hücre zarı etkileşmelerinin çok fazla ilgi çektiği bu tür moleküler
biyolojik yaklaşımlar dışında, bu konuya ilgi söz konusu etkileşmelerin lipidlerle

45
gerçekleştirilen in vitro transfeksyon (lipofeksyon) ve yeni geliştirilen gen aktarımı
yöntemlerinde önem kazanmasından sonra özellikle artmıştır [6]. Birçok araştırma
merkezi bu tür etkileşmelerinin temelini oluşturan nükleik asit-fosfolipid bileşiklerdeki
yapısal değişikliklerin daha sonra gen aktarımı esnasında transfeksyon etkinliğini nasıl
etkilediği konusunun araştırılmalarına yönelmişlerir [7]. Bu araştırmalara büyük
kaynaklar tahsis edilmektedir [8-12]. Bu konu ile ilgili yapılan araştırmalarda
multidisipliner bir yaklaşımın takip edildiği güncel bir literatür taraması ile
gösterilebilmektedir [8-20].
İnsan gen tedavisi çeşitli kalıtsal, bağışıklık, otoimmün ve kanser tedavilerinde
şimdiye kadar yoğun olarak kullanılan geleneksel yöntemlere ve immünomodülasyon
içeren yaklaşımlara bir alternativ olarak geliştirilmiştir [7,13]. Özellikle kanser
tedavilerinde kullanılan ancak çok sayıda istenmeyen yan etkiye sahip olan çeşitli
kemoterapilere bir alternativ olarak gelecek vaadeden bir yaklaşım olarak dikkati
çekmektedir. Bu bağlamda, terapötik gen dizilişlerini degrade etmeden serum ortamında
sabit tutan ve hedef hücreye kadar götüren yeni gen taşıyıcı formülasyonlarının
geliştirilmesi gerekmektedir. Şimdiye kadar bu doğrultuda, öncellikle viral gen aktarım
sistemleri geliştirilmiştir ve uygulanmıştır [14]. Bu gen aktarım tasarımları çok etkili
olmuştur, ancak bu tür tasarımlarda her zaman istenmeyen viral rekombinasyon
tehlikeleri mevcuttur. Bu bakımda, bilim insanarı virüslerin hücre içi geçiş ve hücre
genomuna entegre olma mekanizmalarını taklit edebilecek yeni ve viral olmayan
yaklaşımların geliştirilmesine yönelmişlerdir. Bu tür tasarımlar genelde negativ yüklü
olan DNA’yı pozitiv yüklü moleküllerle daha kompakt hale getiren çeşitli polimerler
(polipleksler) veya lipid vezikülleri (lipopleksler)’in kullanımına dayanmaktadır [15,16].
Günümüzde her iki yaklaşım da yoğun olarak kullanılmaktadır. Poliplekslerin
geliştirilmesinde organik sentez laboratuarlarında çok sayıda çeşitli moleküler ağırlığa ve
yüzeysel elektrostatik özelliklerine sahip çok sayıda pozitiv yük taşıyan polimer
sentezlenmektedir. Bu alanda araştırmacılar bir hayli serbesttir, çünkü bu tür sentezler
çok sayıda yeni polimerin ortaya çıkarılmasında laboratuvar araştırmacılarını pek
zorlamamaktadır [15,16]. İkinci yaklaşım ise pozitiv yüklü lipid vezikülleri
(lipozomları)’ının kullanımına dayanmaktadır [12,17-20]. Her iki yaklaşımda da amaç
yeni viral olmayan taşıyıcı sistemi geliştirmek ve bunun aracılıyla aktiv halde bir
terapötik nükleik asiti hedef hücreye kadar ulaştırmak [21]. Şimdiye kadar literatürde çok
sayıda polipleks ve lipopleks tasarımı ile ilgili yeni fikirler yayımlanmıştır. Ancak söz
konusu tasarımlar yeni gen aktarım taşıyıcı sistemlerinin ön formülasyon aşamasını
kapsamaktadır. Bir sonraki hedef ise çoğu zaman aşılması çok zor olan intraselüler
engellerin aşılması aşamasıdır, çünkü gerek hücre dışı ortam gerekse intraselüler ortam
olarak sitoplazma son derece vizkoz olduğundan DNA için son derece olumsuz bir
çözünürlülük problemini yaratmaktadır [22-24]. Bu aşamaya gelinmeden önce de zaten
daha serum ortamında degradasyon sorunları muazzamdır, çünkü pozitiv yüklü serum
proteinleri ile yine pozitiv yük taşıyan polipleksler veya lipopleksler arasında
elektrostatik olarak bağ oluşmamaktadır ve bunlar birbirini uzaklaştırmaktadır. Ayrıca da,
gerek poliplekslerin gerekse lipoplekslerin sitotoksisiteye yol açtıkları bilinmektedir [22-
24]. Bu sitotoksisiteyi düşürmek en büyük hedeflerden biridir. Sitotksisiteyi düşürmek
amacıyla daha hafif pozitiv yüklü polimerler, lipozomlar veya her ikisini de içeren
polilipopleksler tasarlanmaktadır. Bu bağlamda, yüzeysel yük ve elektrostatiğin kontrolü
büyük önem kazanmıştır. Bunun yanı sıra, daha sonraki aşamalarda transfeksyon

46
etkinliğini doğrudan etkilediklerinden taşıyıcı veziküllerin boyutu da son derece
önemlidir. Bundan dolayı da söz konusu veziküllerin boyut analizleri çok
önemsenmektedir. Genelde, araştırmacılar arasında 100 nm boyutunda olan lipozomlar
transfeksyon etkinliğini artırdığı görüşü hakim olduğunda gen aktarımı tasarımları
genelde nano-boyutlarla ilgilidir [27].
Dünyanın önde gelen araştırma merkezlerinde yürütülen bu tür araştırmalar son
yıllarda ülkemizde de popülarite kazanmış ve aynı doğrultuda ilerlemektedir. Ülkemizde
lipozomlarla ilgili öncü çalışmalar kontrollü salınım sistemleri veya model membran
çalışmalarıyla başlatılmıştır. Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyolojik Bilimler Bölümü,
Biyomalzeme Araştırma Grubu, Hacettepe Üniversitesi, Kimya Mühendisliği ve
Biyomühendislik Bölümü, ve Hacettepe Üniversitesi Eczacılık Fakültesi bu çalışmalarda
öncülük etmiştir. Adı geçen son iki merkezde bu konu ile ilgili çalışmalar yoğun olarak
devam etmektedir. Bu sayede Hacettepe Üniversitesi, Kimya Mühendisliği ve
Biyomühendislik Bölümünde yüksek seviyede nanopartiküller [28], polietilenimine
dayalı ve diğer polipleks ve gen aktarım tasarımları [29-31] ile ilgili özgün çalışmalar
yapılmıştır. Aynı merkezde devam eden çalışmalar çerçevesinde ve Hacettepe
Üniversitesi Kimya Bölümünce in vitro tranasfeksyon tasarımları da başarıyla
gerçekleştirilmiş olması son derece önemli bir gelişmedir [32]. Buna benzer çalışmalar
Hacettepe Üniversitesi Eczacılık Fakültesince de yürütülmektedir. Son yıllarda burada
yürütülen çalışmalarda özellikle mukozal immünite konusundaki araştırmalar hız
kazanmıştır ve büyük ilerlemeler kaydedilmiştir. 2007 yılında bu bölümün öğretim
üyelerinin düzenleme kurulunda yapmış oldukları büyük katkılarıyla Uluslararası Kitin
Derneğinin yıllık toplantısı ülkemizde yapılmıştır. Son yıllarda Marmara Üniversitesinde
de bu konularla ilgili araştırmalar başlatılmıştır [33]. Akdeniz Üniversitesinde İnsan Gen
Tedavi Merkezi kurulmuştur ve burada da özgün çalışmalar yapılmaktadır [34].
Türkiye’ye kesin dönüş yaptığım 2004 yılından itibaren söz konusu nükleik asit-
fosfolipid etkileşmeleri konulu projeler gerçekşetirmeye ve bu konuyu ülkemizde
popülarize etmeye özen gösterdim. Buradaki esas amacım daha önce doktora sonrası
(postdoc) yıllarımda ve konuk araştırmacı olarak bulunduğum enstitülerde bu konu ile
ilgili yaptığım çalışmaları Türkiye’de devam ettirmektir [35-37]. Bu amaçla Türkiye’deki
ilk projem olan “Gen Taşıyıcıları Olarak Tasarlanan Nükleik Asit-Fosfolipid
Bileşenlerinin Fizikokimyasal Özelliklerinin FTIR Spektroskopisi ile Moleküler Düzeyde
İncelenmesi”; TÜBİTAK Proje No: 105S151 (SBAG-HD-42) başarıyla tamamladıktan
sonra [38,39], söz konusu DNA-lipid etkileşmelerinin yüzey kimyasal analizi için Gazi
Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Projeleri Daire Başkanlığınca desteklenen “Paclitaxel
(TAXOL®’un) anti-kanser etki mekanizmasının model Langmuir–Blodgett biyomembran
sistemi ile moleküler düzeyde incelenmesi” adlı başka bir projem sayesinde Fakültemize
Langmuir-Blodgett cihazı kazandırılmıştır. Bu sayede Fakültemizde fosfolipid tek
katman düzeneği kurulmuştur ve başarıyla uygulanmıştır [40]. Bu proje önerimizde de
söz konusu lipid-Mg2+-DNA üçlü bileşiklerin oluşmalarının ön fizikokimyasal
incelemeleri esnasında yüzey kimyasal ve kolloid ölçümlerine büyük bir yer ayrılmıştır.
Şimdiye kadar nükleik asit-fosfolipid etkileşmeleriyle ilgili yapılan literatür
değerlendirmesinden de görüleceği üzere, moleküler hücre biyolojik boyutları dışında
genelde gen aktarımlarda ele alınmaktadır. Bu şekilde geliştirilen farmasötik
formülasyonlar genelde katiyonik polimerlere ve katiyonik lipozomlara dayalı tasarımlar
kullanmaktadır. Ancak, özellikle katiyonik lipozomların son derece sitotoksik olmaları

47
kullanım boyutlarını çok kısıtlamaktadır [7,9,13,22,25]. Proje önerimizde ise katiyonik
lipozomların yerine yük taşımayan zwitteriyonik lipozomların Mg2+ aracılıyla DNA’ya
bağlanıp bileşik oluşturmaları ele alınmaktadır. Projemizde katiyonik poliplekslerin
yerine lipozomlara yer verilmesi daha önce literatürde yayımlanan bilimsel gerekçelere
dayandırılmıştır [8,9,10,12,17-20,25]. Önerilen üçlü bileşik sistemi ile ilgili gen akatarım
çalışmaları literatürde henüz daha yayımlanmamıştır. Bu konu ile ilgili kendi
çalışmalarımız dışında son derece az sayıda rapor bulunmaktadır. Ancak
çalışmalarımızda bile sadece birtakım biyofiziksel ölçümlerden yola çıkarak spekülativ
modeller kurulmuştur [35-39]. Bu durum büyük ölçüde laboratuvar donanımdaki
eksikliklerimiz ve proje eksikliğinden kaynaklanmaktadır. Bu konunun aydınlatılması
için daha fazla araştırmaya ve daha uzun vadeli proje desteğine ihtiyaç vardır. Rus
ortaklarımızla müşterek olarak hazırladığımız bu proje sayesinde söz konusu sistem ile
ilgili çok önemli bilgilerin elde edileceği ümidini taşıyoruz. Bu proje ile elde edilecek
daha somut veriler sayesinde daha sonraki projelerimizde zwitteriyonik lipozom-Mg2+-
DNA üçlü bileşiklerin in vitro transfeksyon etkinliklerinin de araştırılıp konunun bu
boyutu da aydınlatılacağı görüşündeyiz. Söz konusu üçlü bileşik oluşumunda yük
taşımayan lipid vezikül ile negativ yük taşıyan DNA’yı bir araya getirilmesinde ve bileşik
oluşturulmasında özellikle Mg2+ rolü vurgulanmıştır. Bu tasarımımız da bu metal iyonun
fosfat grup transferlerinde, membran kanal geçişlerinde ve membran yapısında,
polinükleotid aktivitelerde ve gen ifadesindeki biyolojik rolü üzerine kurulmuştur [41].
Proje önerimizin bir diğer boyutu da moleküler biyolojiktir. Bu boyut, Rus ortalarımızın
önceden geliştirdiği modellere ve hipotezlerine dayanmaktadır [42-48]. Ancak, söz
konusu hipotezlerin geçerliliğini daha ayrıntılı araştırmak amacıyla daha fazla ölçümlerin
yapılmasına ihtiyaç vardır. Dolayısıyla, bu projemizi başarıyla tamaladığımız takdirde,
gerek biyonanoteknolojik gerekse moleküler biyolojik boyutlar hakkında çok önemli
bilgiler elde edilecektir. Bu nitelikte bir çalışma ülkemizde şu ana kadar
yapılamadığından, bu proje önerimizin özgün olduğuna ve ülkemizde de bu tür
araştırmaların başlatılması için iyi bir motivasyon olacağına inanıyoruz.

Referanslar:
1. M.P. Moyer, Association of DNA and RNA with membranes, Int. Rev. Cyt. 61
(1980) 1– 25.
2. V.A. Struchkov, N.B. Strazhevskaya, DNA-bound lipids: composition and
possible functions, Biochemistry (Moscow) 58 (1993).
3. P. Hobart, R. Duncan, A.A. Infante, Association of DNA synthesis with the
nuclear membrane in sea urchin embryos, Nature 267 (1977) 542– 544.
4. V.V. Kuvichkin, DNA–lipid interactions in vitro and in vivo, Bioelectrochemistry
58 (2002) 3– 12.
5. A. Akhtar ve S.M. Gasser, The nuclear envelope and transcriptional control, Nat
Rev Genet. 8(7) (2007) 507-17
6. P.L. Felgner, T.R. Gadek, M. Holm, R. Roman, H.W. Chan, M. Wenz, ve ark.,
Lipofection: A Highly Efficient, Lipid Mediated DNA-Transfection Procedure, Proc.
Natl. Acad. Sci USA, 84, (1987), 7413-7417.
7. D.D. Lasic and D. Papaadjopoulos (Eds.), Medical Applications of Liposomes,
Elsevier, Amsterdam, (1998).

48
8. D.B. Fenske, A. Chonn ve P.R. Cullis PR. Liposomal nanomedicines: an
emerging field, Toxicol Pathol. 36(1) (2008) 21-9.
9. D.B. Fenske ve P.R. Cullis, Liposomal nanomedicines, Expert Opin Drug Deliv.
Jan; 5 (1) (2008) 25-44.
10. D.B. Fenske ve P.R. Cullis, Entrapment of small molecules and nucleic acid-
based drugs in liposomes, Methods Enzymol. 391 (2005) 7-40.
11. Y. Liu, H. Miyoshi, M. Nakamura, Nanomedicine for drug delivery and imaging:
a promising avenue for cancer therapy and diagnosis using targeted functional
nanoparticles, Int J Cancer Jun 15; 120 (12) (2007) 2527-37.
12. A. Chonn ve P.R. Cullis, Recent advances in liposomal drug-delivery systems,
Curr Opin Biotechnol. Dec;6 (6) (1995) 698-708.
13. N.S. Templeton, Gene and Cell Therapy-Therapeutic Mechanisms and Strategies.
2nd Ed., Marcel Dekker, (2003).
14. N.A. Kootstra ve I.M. Verma, Gene therapy with viral vectors. Annu Rev
Pharmacol Toxicol 43 (2003) 413-39.
15. A.V. Kabanov ve V.A. Kabanov, DNA complexes with polycations for the
delivery of genetic material into cells. Bioconjug Chem. Jan-Feb; 6 (1) (1995) 7-20.
16. K.B. Anwer, G. Rhee ve S.K. Mendiratta, Recent Progress in Polymeric Gene
Delivery Systems. Crit. Rev. Ther. Drug Carrier. Syst. 20 (4) (2003) 249-293.
17. N.S. Templeton, Developments in Liposomal Gene Delivery Systems. Expert
Opin. Biol. Ther. 1 (2001) 1-4.
18. N.S.Templeton, Liposomal Delivery of Nucleic Acids In Vivo. DNA Cell Biol.
12 (2002) 857-867.
19. A.D. Miller, Nonviral liposomes. Methods Mol. Med. 90 (2004) 107-38.
20. A.S. Ulrich, Biophysical Aspects of Using Liposomes as Delivery Vehicles.
Bioscience Rep. 2002; 22, 2: 129-149.
21. F. Liu ve L. Huang. Development of Non-Viral Vectors for Systemic Gene
Delivery. J. Contr. Release 78 (2002) 259-266.
22. A.D. Miller, The Problem with Cationic Liposome/Micelle-Based Non-Viral
Vector Systems for Gene Therapy. Curr. Med. Chem. 10 (2003) 1195-1211.
23. de Gennes P-G. Problems of DNA entry into a cell. Physica A, 274 (1999) 1-7.
24. V.V.Vlassov, L.A. Balakireva ve L.A. Yakubov, Transport of oligonucleotides
across natural and model membranes, Biochim Biophys Acta, 1197 (1994) 95-108.
25. C.L. Gebhart ve A.V. Kabanov, Evaluation of Polyplexes as Gene Transfer
Agents. J. Contr. Release, 73 (2001) 401-416.
26. R. Dass, Cytotoxicity Issues Pertinent to Lipoplex-Mediated Gene Therapy In-
Vivo. J. Pharm. Pharmacol. 54 (2002) 593-601.
27. G. Lambert, R. Fattal, ve P. Couvreur, Nanoparticulate systems for the delivery of
antisence oligonucleotides. Adv. Drug Del. Rev. 47 (2001) 99-112.
28. G.U. Güven, N.T. Laçin ve E. Pişkin, Monosize polycationic nanoparticles as
non-viral vectors for gene transfer to HeLa cells. J. Tissue Eng Regen Med. (2008) Apr 8.
29. M. Türk, S. Dinçer, E. Pişkin, Smart and cationic poly(NIPA)/PEI block
copolymers as non-viral vectors: in vitro and in vivo transfection studies. J Tissue Eng
Regen Med. Sep-Oct; 1(5) (2007) 377-88.
30. E. Pişkin, Stimuli-responsive polymers in gene delivery. Expert Rev Med
Devices. Jul; 2(4) (2005) 501-9.

49
31. E. Pişkin, S. Dinçer, M. Türk, Gene delivery: intelligent but just at the beginning.
J Biomater Sci Polym Ed. 15(9) (2004) 1181-202.
32. M. Türk, S. Dinçer, I.G. Yuluğ, E. Pişkin, In vitro transfection of HeLa cells with
temperature sensitive polycationic copolymers. J Control Release. Apr 28; 96 (2) (2004)
325-40.
33. G. Ozgel ve J. Akbuğa, In vitro characterization and transfection of IL-2 gene
complexes, Int J Pharm. Jun 6 315(1-2) (2006) 44-51.
34. C. Aydin, A.D. Sanlioglu, B. Karacay, G. Ozbilim, L. Dertsiz, O. Ozbudak, C.A.
Akdis, S. Sanlioglu, Decoy receptor-2 small interfering RNA (siRNA) strategy
employing three different siRNA constructs in combination defeats adenovirus-
transferred tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand resistance in lung
cancer cells, Hum Gene Ther. Jan; 18 (1) (2007) 39-50.
35. Süleymanoğlu, E. Fluorescence microscopy of condensed DNA conformations of
bacterial cells. J. Microbiol. 40 (2002) (4): 319-326.
36. Süleymanoğlu E. Preparation and phase behaviour of surface-active
pharmaceuticals: self-assembly of DNA and surfactants with membranes. Differential
adiabatic scanning microcalorimetric study. Il Farmaco, Aug; 60 (8) (2005) 701-710.
37. Süleymanoğlu E. Phoshpolipid-Nucleic Acid Recognition: Energetics of DNA-
Mg2+-Phosphatidylcholine Ternary Complex Formation and its Further Compaction as a
Gene Delivery Formulation, PDA J. Pharmaceut. Sci. Technol. 60 (4) (2006) 218-231.
38. Süleymanoğlu E. Phoshpolipid-Nucleic Acid Recognition: Developing an
Immobilized Liposome Chromatography for DNA Separation and Analysis, PDA J.
Pharmaceut. Sci. Technol. 60 (4) (2006) 232-239.
39. Y. Manavbaşı ve E. Süleymanoğlu, Nucleic acid-phospholipid recognition:
Fourier transform infrared spectrometric characterization of ternary phospholipid-
inorganic cation-DNA complex and its relevance to chemicopharmaceutical design of
nanometric liposome based gene delivery formulations. Arch Pharm Res., Aug; 30 (8)
(2007) 1027-40.
40. Y. Manavbasi ve E. Süleymanoğlu, Probing Taxol™ (Paclitaxel)-cell membrane
interactions with Langmuir-Blodgett monolayer, Fourier transform infrared spectroscopy
and differential scanning calorimetry, FEBS JOURNAL 273: 354-354 Suppl. 1, JUN
(2006).
41. Fraústo da Silva JJR and Williams RJP. The Biological Chemistry of the
Elements. The Inorganic Chemistry of Life, Chapter 9: The Biological Chemistry of
Magnesium:Phosphate Metabolism, 2nd. ed., Oxford University Press, Oxford, New
York, 2001, pp. 251-276.
42. L.I. Shabarchina, B.I. Sukhorukov, V.V. Kuvichkin VV., Structure and function
of DNA--membrane contact in cells, Biofizika Mar-Apr; 25 (2) (1980) 270-5 (In
Russian).
43. B.I. Sukhorukov, V.V. Kuvichkin, L.I. Shabarchina, Theoretical model of DNA-
membrane contacts, Biofizika Sep-Oct; 28(5) (1983) 771-5.
44. V.V. Novikov, V.V. Kuvichkin VV ve E.E. Fesenko, Role of DNA-membrane
interactions in prokaryote-to-eukaryote transition: an hypothesis, Cytobios, 96 (383)
(1998) 151-6.

50
45. V.V.Kuvichkin, V.V. Novikov VV, F.K. Aliushev, S.M. Eremin, I.A. Markov ve
Iu.A. Ten, DNA-membrane complexes, mitochondria and aging, Bioelectrochemistry,
May 15; 56 (1-2) (2002) 189-93.
46. VV. Kuvichkin, Role of lipid membrane-nucleic acid interactions, DNA-
membrane contacts and metal (II) cations in origination of initial cells and in evolution of
prokaryotes to eukaryotes, Bioelectrochemistry, Nov; 58 (1) (2002) 41-6.
47. V.V. Kuvichkin, DNA-lipid interactions in vitro and in vivo, Bioelectrochemistry,
Nov; 58(1) (2002) 3-12.
48. R.I. Zhdanov, V.V. Kuvichkin, A.S. Shmyrina, A.R. Jdanov ve AR, V.A.
Tverdislov, The role of lipid-nucleic acid interactions in the reconstruction in vitro of the
nuclear shell with pores, Biofizika, Mar-Apr; 48 (2) (2003) 236-9. (In Russian).

3.2.
Yapılmamıştır

3.3.
Rapor dönemleri itibari ile yapılacak çalışmaları gösteren bir uygulama planı verilir.
Proje kabul edildiği takdirde 30 Haziran ve 31 Aralık tarihlerine kadar proje
çalışmalarının gidişi ve proje harcama durumlarıyla ilgili altı aylık dönemlerde birer
gelişme raporunu ve ayrıca istenildiğinde projeye ilişkin ayrıntılı bilgileri Fakültemizin
Uzmanlar Grubuna verilecektir.
3.4.
Bu ortak proje önerimiz Gazi Üniversitesi B. A. P. Biriminin yönetmeliğinde yer
alan hükümlere uygun olarak hazırlanmıştır. Söz konusu anlaşma hükümleri uyarınca
proje önerimiz 2 yıl süre içerisinde yapılması mümkün olan ölçümleri kapsamaktadır.
Proje bütçesi de bu hususlar ve bu süre göz önünde bulundurarak Rus ortaklarımızla
birlikte ve büyük titizlikle hazırlanmıştır. Rus ortaklarımızla varılan ortak görüş
doğrultusunda, sadece özgün fikirler benimsenmiş ve sadece bunlarla ilgili ölçümler
öngörülmüştür. Böylece, büyük ayrıntılara gidilmeyerek üniversitemizin kaynaklarından
en iyi şekilde istifade edilmesi amaçlanmıştır. Bu bağlamda, projemizde çok pahalı yeni
teçhizatın alınması yerine, Orta Doğu Teknik Üniversitesinde ve Rusya Federasyonunda
mevcut olan ölçüm merkezlerinden istifade edilmek hedeflenmiştir ve söz konusu
ölçümlerin önemli bir bölümü proje bütçesine hizmet alımı olarak yansıtılmıştır. Her iki
merkezde yapılacak olan ölçümlere ilişkin hizmet alım bedellerini gösteren resmî fiyat
göstergeleri ayrıca ekte sunulmuştur. Lipozom-Mg2+-DNA üçlü bileliklerin moleküler
düzeyde araştırmasıyla ilgili olan projemizin ön yüzey kimyasal ölçümler, daha önce
Gazi Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Projeleri Daire Başkanlığınca desteklenen
projemle oluştırduğum altyapıdan ve bu çerçevede Fakültemize kazandırdığım Langmuir-
Blodgett tek katman cihazından istifade edilmek suretiyle gerçekleştirilecektir. Proje
önerimizin bu ilk aşamasını teşkil eden söz konusu bu ölçümleri gerçekleştirmek
amacıyla, lipozom hazırlama aşamasında yoğun olarak kullanılan ve bundan sonraki Orta
Doğu Teknik Üniversitesi ve Rusya Federasyonunda ölçüm mekezlerinde yapılacak olan
tüm diğer incelemelerde kullanılacak lipozom çözeltilerin hızlı bir şekilde istenilen
miktarlarda elde edilmesi için sarf kimyasal malzemeler (Uygulanacak olan deneysel
protokoller için Bk. Bölüm-9. Yöntem) talep edilmiştir. Bunun dışında, proje bütçesine
sadece ölçümlerde kullanılacak laboratuvar cam malzemesi ve sarf kimyasal malzeme

51
alımlarına yer verilmiştir. Bunlarla ilgili tüm kimyasal miktarları Rus ortaklarımızla
yaptığımız ortak değerlendirme ve deneysel tasarımlarımızın gereksinimlerini göz
önünde bulundurarak talep edilmiştir. Söz konusu bu miktar talepleri bizce çok geçerli
bilimsel gerekçelere dayandırılmıştır. Örneğin, proje önerimizin özgün değerini önemli
ölçüde artıran fosfolipid veziküllerin akışkanlık özelliklerini floresans mikroskopisi ile
takip edilmesi, A. J. Metso ve ark. [1] tarafından geliştirilen protokolde yer alan 0.7 mM
lipid konsantrasyonuna ulaşılacak şekilde ve buna uygun olarak bu ölçümlerimiz için bu
lipid miktarları talep edilmiştir. Mg2+ varlığında fosfolipidlerle nükleik asitler arasında
oluşan bileşiklerin meydana gelmesini atomik kuvvet mikroskopisi AFM) ile
incelemelerimizde, B. Ruozi ve ark. [2] yayımladığı güncel derlemede yer alan lipid ve
DNA konsantrasyonları esas alınmıştır. Henüz daha ülkemizde rutin olarak yapılamayan
lipozomların boyut analizi ve elektrokimyasl incelemelerinde kullanılan z-potansiyel ve
floresans spektrometrik ölçümlerini Rus ortaklarımızın Türkiye’ye ziyaretleri esnasında
tarafımızla ortaklaşa yapılacaktır. Lipozom-Mg2+-DNA üçlü bileliklerin meydana
gelmesindeki elektrostatik olaylarını incelemek üzere, negativ kontroller olarak,
zwitteriyonik lipidlerin yanı sıra pozitiv yük ve negativ yük taşıyan 2 farklı lipid türü de
talep edilmiştir. Tüm spektroskopik, termodinamik ve mikroskopik ölçümlerde dana
timüs DNA kullanılacaktır. Sadece agaroz jel elektroforez incelemelerinde kullanılmak
üzere çok daha uygun olduğundan plazmid DNA talep edilmiştir. Bu projemizin tüm
diğer ölçümlerinde kullanılacak olan lipid ve DNA miktarları D. G. Fatouras ve S. G.
Antimisiaris [3], L. Ciani ve ark. [4], K. K. Son ve ark. [5], K. Takeuchi ve ark. [6], M.
Keller [7], Y. Liu ve ark. [8], T. Imura ve ark. [9], ve A. Samad ve ark. [10] (Bk.
Bölümün sonundaki referans listesi) çalışmalarında yer alan protokoller uyarınca talep
edilmiştir. Tüm bu sarf kimyasal malzemelerin miktarları, ölçümlerimizin
tekrarlanabilirliğini kanıtlamak amacıyla en az 3 deney tekrarı olarak hesaplanmıştır.
Tüm bunlar Orta Doğu Teknik Üniversitesinde ve Rusya Federasyonunda yapılacak olan
önemli ölçümlerle ilgili hizmet alımları bütçe beyanatımızda ve ekte yer almaktadır.
Proje çalışmamızın çok önemli başka bir boyutu da Rus ortaklarımızla
gerçekleştireceğimiz karşılıklı ziyaretlerdir. Söz konusu ziyaretlerle ilgili bedel
taleplerimiz Rus ortağımızın tarafımıza bildirdiği miktarlara dayanmaktadır. Rus
ortaklarımızın çok daha deneyimli olduğundan, Türkiye’ye yapacakları ziyaretlerin ve
tarafımıza aktaracakları teknoloji transferinin önemi defalarca vurgulanmıştır.
Ortaklarımızın yapacakları ziyaretlerden ve edineceğimiz yeni tecrübelerin önemini
vurgulamak amacıyla bunların bedelleri proje bütçemize dikkatlice yansıtılmıştır. Çok
daha deneyimli olan ortaklarımızın ziyaretleri çok daha faydalı olacağından ve bu
ziyaretlerden grubumuz büyük ölçüde istifade edeceğinden, Türk tarafın temsilcisi olarak
Pushchino’da bulunan Rus Bilimler Akademisi Hücre Biyofiziği Enstitüsüne yapacağım
ziyaretler askari düzeyde tutulmuştur. Ancak belirtilen süre içerisinde örneğin Xenopus
ekstratlarla yapılan hücresel biyolojik deneyler gibi, Türkiye’de şu anda
uygulayamadığımız yeni deneysel deneyimler kazanılacaktır.

Bu Bölümle İlgili Referanslar:

52
1. A. J. Metso, H. Zhao, I. Tuunainen, P. K. J. Kinnunen, Observation of the main
phase transition of dinervonoylphosphocholine giant liposomes by fluorescence
microscopy. Biochim. Biophys. Acta 1713 (205) 83-91.
2. B. Ruozi, G. Tosi, E. Leo, M. A. Vandelli, Application of atomic force
microscopy to characterize liposomes as drug and gene carriers, Talanta 73 (2007) 12-22.
3. D. G. Fatouros ve S. G. Antimisiaris, Effect of amphiphilic drugs on the stability
and z-potential of their liposome formulations: a study with prednisolone, diazepam, and
griseofulvin, J. Colloid Interf. Scince 251 (2002) 271-277.
4. L. Ciani, S. Ristori, A. Salvati, L. Calamai, G. Martini, DOTAP/DOPE and DC-
Chol/DOPE lipoplexes for gene delivery: zeta potential measurements and electron spin
resonance spectra, Biochim. Biophys. Acta 1664 (2004) 70-79.
5. K. K. Son, D. Tkach, D. H. Patel, Zeta potential of transfection complexes formed
in serum-free medium can predict in vitro gene transfer efficiency of transfection reagent,
Biochim. Biophys. Acta 1468 (2000) 11-14.
6. K. Takeuchi, M. Ishihara, C. Kawaura, M. Noji, T. Furuno, M. Nakanishi, Effect
of zeta potential of cationic liposomes containing cationic cholesterol derivatives on gene
transfection, FEBS Letters 397 (1996) 207-209.
7. M. Keller, Lipidic carriers of RNA/DNA oligonucleotides and polynucleotides:
What a difference a formulation makes! J. Contr. Release 103 (2005) 537-540.
8. Y. Liu, H. Miyoshi ve M. Nakamura, Nanomedicines for gene delivery and
imaging : a promising avenue for cancer therapy and diagnosis using targeted functional
nanoparticles, Int. J. Cancer 120 (2007) 2527-2537.
9. T. Imura, H. Yanagishita, T. Ikegami, H. Negishi, D. Kitamoto, Drastic
improvements in trapping efficiency and dispersibility for phosphatidylcholine liposomes
in the presence of divalent metal ions, J. Oleo Sci., 52, 12, (2003) 673-679.
10. A. Samad, Y. Sultana ve M. Aqil, Liposomal drug delivery systems: an updated
review, Curr. Drug Deliv., 4 (2007).

3.5.
Özet
Nükleik asitler ile hücre zarları arasında oluşan etkileşmeler gen regülasyonu, hücre
döngüsü ve bölünmesi gibi olaylarda, biyomühendislikte biyosensörler olarak ve
moleküler evrimdeki rolleri bakımından ilgi çekmektedirler. Daha yakın zamanda, bu
bileşikler gen tedavilerinde terapötik gen taşıyıcıları olarak önem kazanmıştır.
Günümüzde insan gen tedavisi ile ilgili araştırmalar etkilenen hücre türlerine özgü uygun
nükleik asit aktarım araçları yokluğundan dolayı tatmin edici değildir. Uygulama
noktasından gen ifadesine kadar giden yolda terapötik polinükleotid sarmalı
degradasyondan koruyacak optimize edilmiş gen taşıma sistemlerine ihtiyaç vardır.
Çeşitli lipidlerle nükleik asitler arasında oluşan toplaşımlar günümüzde güvenilir viral
olmayan gen aktarım vektörleri olarak denenmektedir. Yoğun olarak kullanılan katiyonik
lipidlerle yapılan lipofeksyon deneyleri sıkça istenmeyen sitotoksisiteye, kontrolü zor
olan makromoleküler özelliklere, düşük transfeksyon oranlarına ve diğer tatmin edici
olmayan neticelerle sonuçlanmaktadır. Daha etkili hücre transfeksyon protokollerin
geliştirilmesinin ön koşulu olan lipid-poli(ribo)nükleotid bileşiklerin fizikokimyasal

53
özellikleri hakkında bilgiler yeterli değildir. Günümüzdekullanılan katiyonik lipidlerin
hazırlanmasındaki ortaya çıkan zorluklar dışında, sitotoksisiteleri şimdiye kadar ortadan
kaldırılamayan bir engel olmuştur. Lipid-nükleik asit etkileşmeleriyle ilgili sıkça
yayımlanan raporların olmasına rağmen, bunları bileşik hale getiren elektrokimyasal,
koloidal ve intermoleküler güçler bilinmemektedir. Bunların karakterizasyonunda
şimdiye kadar uygulanan floresans ölçümler, X-Ray saçılım, çeşitli elektron mikroskopik,
termodinamik ve spektroskopik tekniklerin transfeksyonun hücresel mekanizmalarına
ilişkin bağlantı kurulamayacak şekilde, soyut ve sıkça birbirine çelişkili olan neticelerle
sonuçlanmaktadır. Bu bakımdan, iyileştirilmiş özelliklere sahip yeni gen aktarım
sistemlerinin tasarlanması önemlidir.
Sunuğumuz proje önerimizde sitotoksik katiyonik lipozomlar yerine, çift valanslı
katiyonlarca (Mg2+) zwitteriyonik fosfolipidlerle DNA’yı bileşik haline getiren ve
nükleik asit taşıyıcı veziküller olarak kullanımı ele alınmaktadır. Fizikokimyasal
parametrelerinin iyi bilinmesi dışında, biyolojik olarak aktiv Mg2+ bu proje önerimizde
sıvı ortamda ortaya çıkan kendi kendine toplaşımlarla ilgili günümüzde geçerli olan
polielektrolit teorilere bir yaklaşım olarak incelenmesi teklif edilmektedir. Karşı yüklere
sahip amfifillerle metal iyonların bağlanması konusu iyi bir şekilde araştırılmıştır. Diğer
yandan, zwitteriyonik lipidlerle katiyonların bağlanması konusu yeterince
bilinmemektedir. Günümüzde, katiyon-fosfoliid etkileşmeleriyle ilgili hesaplanan
stokiometrilerin yorumlanmasında ve bağlanma enerjileriyle bağlanma sabitlerinin
tayininde zorluklar bulunmaktadır. Bu bakımdan, deneysel tasarımımız, metal iyonlarca
meydana getirilen supramoleküler kendi kendine toplaşımların oluşum mekanizmaları
hakkında daha fazla bilgiler verecektir.
Yük taşımayan lipidlerle çeştli konformasyonlara ve boyutlara sahip polinükleotidler
arasında oluşan kendi kendine toplaşımların (self-assemblies) hazırlanması ve
kullanımları ile ilgili temel biyofiziksel parametreler incelenecektir. Daha spesifik olarak,
çift valanslı metal katiyonlarca tetiklenen tek- ve çift sarmallı polinükleotidlerin çok
katmanlı (MLV) ve tek katmanlı (ULV) fosfatidilkolin vezikülleri üzerine adsorpsyonu,
agregasyonu ve adhezyonu UV/VIS Spektroskopisi ve Türbidimetri ile araştırılacaktır.
Zwitteriyonik lipozomların termotropik faz değişimleri Mg2+ varlığında
polinükleotidlerle ve dana timüs DNAsı ile bileşikler oluşturmaları termodinamik
ölçümler ve floresans mikroskopisi ile incelenecektir ve çeşitli elekstrostatik lipid-
nükleik asit bileşiklerin oluşumları ile ilgili daha önce yayımlanan verilerle
kıyasalanacaktır. Bu şekilde oluşan üçlü bileşiklerin yüzey tanınma ve sınırlararası
özellikleri Langmuir-Blodgett tek katman, titreşim (FTIR ve Raman) spektroskopisi ve
Atomik Kuvvet Mikroskopisi (AFM) araştırılacaktır. Bu genozomların boyut ve
morfoloji analizleri elektron mikroskopisi (TEM ve SEM), z-potansiyel, Dinamik Işın
Saçılımı (DLS) veya Foton Korelasyon Spektroskopisi ile gerçekleştirilecektir. İnorganik
katiyonların varlığında sentetik fosfatidilkolin vezikülleri ile polinükleotidler arasında
oluşan üçlü bileşikler Diferansiyel Taramalı Mikrokalorimetrik (DSC) ve İzotermal
Titrasyon Kalorimetrik (ITC) ölçümlerden elde edilecek olan veriler söz konusu
bileşiklerin yapısal değişikleriyle ilgili termodinamik ve kinetik modellerin ortaya
çıkarılmasında kullanılacaktır. Mg2+ varlığında DNA tarafından meydana getirilen
lipozomlar arasında füzyon olayları floresans mikroskopisi ve salınım deneyleriyle
incelenecektir. Üçlü bileşik oluşumunun elektrostatiği Silicon Graphics Workstation
ortamında AMBER® programı ile modellenecektir. Transfeksiyon için etkili dairesel ve

54
süpersarmallı plazmidlerin oluşumu agaroz jel elktroforez ile ortaya çıkarılacaktır. Bu
proje önerimiz Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırmalar Kurumu Gazi Üniversitesi
BAP hükümlerine ve kapsamına uygun olarak 2 yıl süreli bir çalışma olarak
tasarlanmıştır. Bu proje önerimiz ön fizikokimyasal ve hücresel biyolojik aşamalarını
kapsamaktadır ve Gazi Üniversitesi ve Rus Bilimler Akademisi arasında bir ortak çalışma
olarak öngörülmüştür. Bu çalışmamız daha sonraki uzun vadeli ve çok geniş kapsamlı
projelerimizin temelini oluşturacaktır. Örneğin, bu projemizin devamı olarak,
zwitteriyonik lipid-metal iyon-DNA nanokondenzatların intraselüler akıbetleri yeni
projelerimizin transfeksiyon deneylerinde gelecek vadeden metal iyonlara dayalı nükleik
asit farmasötikler olarak denenecektir. Yük taşımayan fosfolipidler ile açıklanan modeller
daha sonra katiyonik polimerler kullanılarak söz konusu poliplekslerin bileşik oluşturma
ve DNA kompaktizasyon kabiliyetleri ile karşılaştırılacaktır. Böyle bir motivasyona
dayanarak, söz konusu kendi kendine toplanan üçlü bileşiğin gen tedavilerinde
potansiyeli olan, özellikleri iyileştirilmiş formülasyon olarak önerilebilecektir. Bu şekilde
açıklanan nükleik asit-fosfolipid bileşiklerin oluşum olasılıkları daha ayrıntılı deneylerde
çekirdekçik gözenekleri üzerinde DNA ve RNA-polimerazların gen ifadelerinde ve
işlevlerindeki rolleri de vurgulanarak araştırılacaktır. Bu tür zarlara bağlanma bölgeleri,
bakteri segregasyonunda önem taşıyan prokaryotik nükleoidlerde, eukaryotlarda ise
transkripsyon-translasyon-translokasyon olaylarında önemli noktalar olarak ele
alınacaktır. Ayrıca, radyasyonun, mutajenezin, karsinojenezin, pestisid etki
mekanizmalarının ve ağır metallerin hücresel etkileri de yaklaşılacaktır.

Designing Non-Viral Nanobiotechnological Lipoplex Systems for Therapeutic Gene

Delivery

Abstract
Interactions between nucleic acids and cell membranes has attracted research
interest in terms of their role in gene regulation, cell cycle and division, as biosensors in
bioengineering, as well as in molecular evolution. More recently, these complexes have
gained significance as carriers of therapeutic genes in gene therapy. Human gene therapy
research is currently discouraging due to the lack of suitable delivery vehicles for nucleic
acid transfer to affected cell types. There is an urgent need for optimized gene delivery
tools capable of protecting the therapeutic polynucleotide helix from degradation through
its route from site of administration to gene expression. Self-assemblies of various lipids
with nucleic acids are currently being tested in search for a realiable nonviral gene
delivery vectors. Lipofection assays performed with commonly employed cationic lipids
often lead to undesirable cytotoxicity, difficult to control macromolecular properties, and
low transfection rates, as well as other discouraging results. Information concerning
physicochemical characteristics of lipid-poly(ribo)nucleotide complexes, which is a
prerequisite for designing more efficient cell transfection protocols is insufficient.
Besides difficulties arising during the preparation of the currently employed cationic
lipids, their cytotoxicity has been an unavoidable hurdle. Despite frequent reports on
lipid-nucleic acid interactions, the electrochemical, colloidal and intermolecular forces
responsible for their complex formation are not well understood. Fluorescent assays, X-
Ray scattering, various electron microscopic, thermodynamic and spectroscopic

55
techniques employed until now in their characterization studies have resulted in abstract
and frequently contradictory data, which is difficult to relate to cellular mechanisms of
transfection. Therefore, designing novel gene delivery systems with improved properties
is essential.

The current research proposal is devoted to studying the use of zwitterionic

phospholipids, complexed with DNA by divalent metal cations (Mg2+) as nucleic acid
carrying vehicles instead of the cytotoxic cationic liposomes. Besides their well-
documented physicochemical parameters, biologically active Mg2+ were suggested in the
present project proposal for approaching the currently available polyelectrolyte theories
for self-assemblies in aqueous media. Metal ion binding to oppositely charged
amphiphiles is well-documented. On the other hand, cation binding to zwitterionic lipids
is less known. Currently, difficulties exist in interpretations of the estimated
stoichiometry of cation-phospholipid interactions, as well as issues concerning the
determinations of their binding constants and binding energies. Therefore, our
experimental design could give further evidence for the mechanism of metal ion-
mediated supramolecular self-assembly formations.

Basic biophysical issues related to preparation and use of self-assemblies formed between
neutral lipid and polynucleotides with various conformation and size are to be followed.
More specifically, the divalent metal cation-governed adsorption, aggregation and
adhesion between single- and double-stranded polynucleotides with multilamellar (MLV)
and unilamellar (ULV) phosphatidylcholine vesicles is to be studied by UV/VIS
Spectroscopy and turbidimetry. Thermotropic phase transitions of zwitterionic liposomes
and their complexes with polynucleotides and calf thymus DNA with Mg2+ will be
investigated by thermodynamic measurements and fluorescence microscopy and
compared to the previous data for various electrostatic lipid - nucleic acid interactions.
The surface recognition and interfacial behaviour of such ternary complexes will be
studied by Langmuir-Blodgett monolayers, by vibrational (FTIR and Raman)
spectroscopy, as well as by Atomic Force Micrsocopy (AFM). Size analysis and
morphology of these genosomes will be determined by electron microscopy (TEM and
SEM), z-potential measurements and by Dynamic Light Scattering (DLS) or by Photon
Correlation Spectroscopy. Differential Scanning Microcalorimetric (DSC) and Isothermal
Titration Calorimetric (ITC) measurements of synthetic phosphatidylcholine vesicles and
polynucleotides and their ternary complexes with inorganic cations will be used to build
the thermodynamic and kinetic models of their structural transitions, respectively. The
DNA driven liposome fusions in the presence of Mg2+ will be followed by fluorescent
spectroscopy and leakage assays. The electrostatics of ternary complex formation will be
modelled by relevant AMBER® programme in Silicon Graphics Workstation. The
formation of transfection competent covalently closed circular or superhelical plasmids
will be examined by agarose gel electrophoresis. This project proposal was prepared
according to the regulations and scopes, as mentioned in the regulations of Gazi
University Research Projects Foundation and was designed as a 2 years duration research
work. Our project proposal comprises initial physicochemical and cell biological studies
phases and is planned to be realized as a collaboration between Gazi University and The
Russian academic and research counterparts. This work will form the base for our more

56
prolonged future projects with enlarged scope. For instance, as a continuation of this
project, intracellular features of the zwitterionic lipid-metal ion-DNA nanocondensates
will be tested in further projects’ transfection experiments as a promising metal-based
nucleic acid pharmaceuticals. The described models built with neutral phospholipids will
be further compared with the complexing and DNA compacting capabilities of
polyplexes employing cationic polymers. Based on such a reasoning, it would be thus
possible to suggest this self-assembly as an improved formulation with further potential
in gene therapy trials. The described nucleic acid-phospholipid complex formations will
be studied in more detailed experiments on nuclear pore complexes and their further
implications in gene expression and functions of DNA and RNA-polymerases. Such
membrane contacts will be considered also in prokaryotic nucleoids important in
bacterial segregation, whereas in eukaryotes these complexes will be regarded as focal
points for transcription-translation-translocation processes. In addition, their role in
cellular effects of radiation, mutagenesis, carcinogenesis, mode of action of pesticides
and heavy metals will be also approached.
3.6.
Nükleik asit-hücre zarı etkileşmeleri; gen tedavisi; viral olmayan gen aktarımı;
zwitteriyonik lipid-polinükleotid toplaşımları; Mg2+; fizikokimyasal karakterizasyon; in
vitro transfeksyon
Nucleic acid-cell membrane interactions; gene therapy; non-viral gene delivery;
zwitterionic lipid - polynucleotide self - assemblies; Mg2+; physicochemical
characterization; in vitro transfection.
3.7.
Adı Soyadı ve Ünvanı Çalıştığı Kurum/Kuruluş
Prof. Dr. Sevda Şenel Hacettepe Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Teknoloji Anabilim
Dalı, 06100 Sıhhiye, Ankara, Tel.: 3051241-3101524, Faks: 3114777, E
posta: ssenel@hacettepe.edu.tr
Prof. Dr. Murat Şumnu Hacettepe Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Teknoloj
Anabilim Dalı, 06100 Sıhhiye, Ankara, Tel.: 3051241-3052168, Faks
3114777, E-posta: msumnu@hacettepe.edu.tr
Doç. Dr. Necati Özkan Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Merkezi Laboratuvar, AR-Ge Eğitim v
Ölçme Merkezi, 06531 Ankara, Tel.: 2106421 veya 2106431, Faks: 21
6425, E-posta: nozkan@metu.edu.tr
Prof. Dr. Meral Yücel Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyolojik Bilimler Bölümü, İnönü Bülvar
06531 Ankara, Tel.: 210 51 59, Faks: 210 12 89, E-post
meraly@metu.edu.tr

3.8.
_

3.9.
_

3.10.

57
 ÖZGEÇMİŞ VE ESERLER LİSTESİ

ÖZGEÇMİŞ

Adı Soyadı: ERHAN SÜLEYMANOĞLU

Doğum Tarihi: 22 Mart 1967

Öğrenim Durumu:

Derece Bölüm/Program Üniversite Yıl

Lisans Biyoteknoloji Sofya Üniversitesi 1993
Y. Lisans Biyokimya Orta Doğu Teknik Universitesi 1995
Doktora Biyokimya Viyana Üniversitesi 2001

Yüksek Lisans Tez Başlığı (özeti ekte) ve Tez Danışman(lar)ı: Effect of Metal Ions on
Interaction Between Nucleic Acid, Protein (Melittin) and Drug (Tamoxifen) with Model
Membranes.

Doktora Tezi/S.Yeterlik Çalışması/Tıpta Uzmanlık Tezi Başlığı (özeti ekte) ve

Danışman(lar)ı : Klonierung und Charakterisierung des menschlichen heterogenen
nukleaeren Ribonukleoproteins (hnRNP)A3 - ein neues hnRNP A/B Protein: Tez
Danışmanı: Prof. Dr. Günter Steiner. Özet için bkz.: www.arcs.ac.at/dissdb/rn036425.

Görevler:

Görev Görev Yeri Yıl

Unvanı
Ar.Gör.
Dr.Ar.Gör.

Yar.Doç.

Yönetilen Yüksek Lisans Tezleri :

Yönetilen Doktora Tezleri/Sanatta Yeterlik Çalışmaları :

Projelerde Yaptığı Görevler :

2. Proje Yöneticisi: “Gen Taşıyıcıları Olarak Tasarlanan Nükleik Asit-Fosfolipid

Bileşenlerinin Fizikokimyasal Özelliklerinin FTIR Spektroskopisi ile Moleküler
Düzeyde İncelenmesi”; 2005-2006 TÜBİTAK Proje No: 105S151 (SBAG-HD-
42).

58
 3. Proje Yöneticisi: “Paclitaxel (TAXOL’un) anti-kanser etki mekanizmasının
model Langmuir –Blodgett biyomembran sistemi ile moleküler düzeyde
incelenmesi”; 2005-2007 Gazi Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Projeleri-No:
02/2005-15.

İdari Görevler :

Bilimsel Kuruluşlara Üyelikler: The New York Academy of Sciences, The Biophysical
Society, The British Biophysical Society, The Society for Mathematical Biology, The
European Society of Neurochemistry, The Austrian Society of Clinical Chemistry,
The International Society for the Study of the Origin of Life, Metbio™.

Ödüller :

Son iki yılda verdiği lisans ve lisansüstü düzeydeki dersler (Açılmışsa, yaz döneminde
verilen dersler de tabloya ilave edilecektir):

Akademik Haftalık Saati Öğrenci

Dönem Dersin Adı
Yıl Teorik Uygulama Sayısı

19xx-xxxx
İlkbahar

Güz
20xx-xxxx
İlkbahar

ESERLER

A. Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler :

A1. Severcan, F., Süleymanoğlu, E., ve H. Boyar, “Turbidity Studies of the Effect of
Divalent Cations on Tamoxifen - Model Membrane Interactions,” Biochem. Soc. Trans.,
25 (3): 493S, (1997).

A2. Cunha, S., Odijk, T., Süleymanoğlu, E. ve C.L. Woldringh, “Isolation of Escherichia
coli Nucleoid.” Biochimie, Feb., 83 (2): 149-154, (2001).

59
A3. Süleymanoğlu, E., “Electrorelease of Escherichia coli Nucleoids.” Folia Microbiol.,
47 (4): 365-370, (2002).

A4. Süleymanoğlu, E., “Fluorescence Microscopy of Condensed DNA Conformations of

Bacterial Cells.” J. Microbiol., 40 (4): 319-326, (2002).

A5. Steiner, G., Cervenak, Z., Skriner, K. ve E. Süleymanoğlu, “Molecular Cloning,

Expression and Immunochemical Properties of New Human hnRNP A/B Type
Autoantigen,” Biomedica, 19: 8-17, (2003).

A6. Süleymanoğlu, E., “Molecular Phylogenetics and Functional Evolution of Major

RNA Recognition Domains of Recently Cloned and Characterized Autoimmune RNA-
Binding Particle,” Geno., Prot. & Bioinfo. 1 (4): 310-320, (2003).

A7. Süleymanoğlu, E., “Circular Dichroism and Fluorescence Spectroscopic Study of

RNA-Protein Folding Patterns in Human hnRNP A3 and Their Implications in Human
Autoimmune Diseases,” Prog. Biochem. Biophys., 31 (3): 219-224, (2004).

A8. Süleymanoğlu, E. “Adiabatic Differential Scanning Calorimetric Study of Divalent

Cation Induced DNA - DPPC Liposome Formulation Compacted for Gene Delivery,”
Braz. Arch. Biol. Technol., 47 (6): 881-885, (2004).

A9. Süleymanoğlu, E. “Preparation and Phase Behaviour of Surface Active

Pharmaceuticals: Self-Assembly of DNA and Surfactants with Membranes. Differential
Adiabatic Scanning Microcalorimetric Study”,Il Farmaco,60 (8):701-710, (2005).

A10. Süleymanoğlu E. Phoshpolipid-Nucleic Acid Recognition: Developing an

Immobilized Liposome Chromatography for DNA Separation and Analysis, PDA J.
Pharmaceut. Sci. Technol. 60 (4): 232-239, (2006).

A11. Manavbaşı Y. ve Süleymanoğlu E. Nucleic Acid-Phospholipid Recognition: Fourier

Transform Infrared Spectrometric Characterization of Ternary PhospholipidInorganic
Cation-DNA Complex and its Relevance to Chemicopharmaceutical Design of
Nanometric Liposome Based Gene Delivery Formulations, Arch. Pharm. Res. 30 (8):
1027-1040 (2007).

60
A12. Skriner, K., Hueber, W., Süleymanoğlu, E., Höfler, E., Krenn, V., Smolen, J. Ve
Steiner, G. AUF1, the Regulator of Tumor Necrosis Factor α Messenger RNA Decay, is
Targeted by Autoatibodies of Patients with Sstemic Rheumatic Diseases, Arthriris &
Rheumatism, 58 (2): 511-520 (2008).

B. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceedings)

basılan bildiriler :

B1. Turbidimetric Study of Interaction Between Polyribonucleotides,

Phosphatidylcholine Vesicles and Metal Ions, NATO Advanced Study Institute:
Trafficking of Intracellular Membranes: From Molecular Sorting to Membrane Fusion,
Espinho, Portugal, June 19-30, 1994.

B2. Calcium/Magnesium Specificity in Modulation of Phospholipid Phase Transition

Induced by Tamoxifen, NATO Advanced Study Institute: Molecular Dynamics of
Biomembranes, June 19 - July 1, 1995, Cargese, Corsica, France.

B3. Süleymanoğlu, E., “Self-Assembly of Lipid Vesicles and Polyribonucleotides - An

Inorganic Perspectives for the Origin of Life,” Proc. NATO Advanced Study Institute:
Solvents and Self-Organization of Polymers, Belek, Antalya, Turkey, July 23, 1995.

B4. Süleymanoğlu, E., “Self-Assembly of Lipid Droplets and Polyribonucleotides or

Primordial Soup Revisited,” ISSOL'96: International Conference on The Origin of Life,
Orleans, France, July 7 - 12, 1996.

B5. Süleymanoğlu, E., “Self-Association of Melittin with Model Membranes,” Winter

School of Biophysics: Biophysical Aspects of Protein Folding; Organized by Stockholm
Graduate School in Biophysics, as a joint programme between The Karolinska Institute,
The Royal Institute of Technology and Stockholm University, April 1 - 4, 1997.

61
B6. The hnRNP-D/AUF Proteins - A Novel Group of Autoantigens in Rheumatology,
National Scientific Meeting, Arthritis and Rheumatism - Abstract Supplement, Vol. 41,
No: 9, Sept. S349, November 8-12, 1998, San Diego, California, U.S.A.

B7. The hnRNP-D/AUF Proteins - a Novel Group of Autoantigens in SLE, MCTD and
RA, XVIII European Workshop for Rheumatology Research, March 12 - 15, 1998,
Athens, Greece.

B8. The hnRNP A/B type proteins - major molecular targets in rheumatic autoimmune
disease, RNA'99: The 4th Annual Meeting of the RNA Society, 23-27 June, 1999,
University of Edinburgh, Scotland.

B9. Cloning of a novel hnRNP A/B type protein highly homologous to hnRNP-A3 from X.
laevis, RNA'99: The 4th Annual Meeting of the RNA Society, 23-27 June, 1999,
University of Edinburgh, Scotland.

B10. Identification of a novel autoantigen highly related to hnRNP-A2/RA33, The 19th

European Workshop for Rheumatology Research, 1999, Oslo, Norway.

B11. Epitope Mapping of hnRNP-D/AUF-1 proteins, The 19th European Workshop for
Rheumatology Research, 1999, Oslo, Norway.

B12. The hnRNP-D/AUF-1 Proteins - Novel Autoantigens in Rheumatology, 4th

European Conference on Systemic Lupus Erythematosus; Organized by Vienna Academy
of Postgraduate Medical Education and Research, January 23 - 26, 1999, Vienna, Austria.

B13. Süleymanoğlu, E., “Thermodynamics of nucleic acid-membrane-self-assembly as a

precellular precursors and the emerging role of Ca2+ and Mg2+ as condensing agents,”
Proc. 12th International Conference on the Origin of Life and 9th ISSOL Meeting, San
Diego, California, U.S.A., 11-16, 1999.

B14. Are mRNA stability complexes target structures in systemic autoimmunity?, 14th
European Immunology Meeting, EFIS, Sept. 23-27, 2000, Poznań, Poland.

62
B15. Skriner, K., Huber, W., Süleymanoğlu, E., Smolen, J., Steiner, G. Are mRNA decay
complexes target structures in systemic autoimmune diseases? Arthritis and Rheumatism,
43 (9), Suppl. S, Sept. (2000).

B16. Analysis of Compaction Forces and Supercoil Content of Isolated E. coli nucleoids,
International Summer School on DNA and Chromosomes: Physical and Biological
Approaches, July 31 - August 12, 2000, Cargese, Corsica, France.

B17. Analysis of DNA Compaction within the Bacterial Cell, EMBO Workshop: The Cell
Cycle and Nucleoid Organization in Bacteria; Netherlands Institute for Sea Research
(NIOZ), September 2-6, 2000, Island of Texel, The Netherlands.

B18. Autoantibodies to the mRNA destabilizing protein hnRNP-D/AUF1 in patients with

systemic autoimmune diseases, 21st European Workshop for Rheumatology Research,
Parkhotel Schönbrunn, Vienna, Austria. 1-4 March 2001, published in Arthritis Res.
2001, 3 (Suppl A): P012.

B19. Süleymanoğlu, E., “Circular Dichroism and Fluorescence Spectroscopy of RNA -

Protein Folding Patterns and Their Role in Autoimmune Diseases,” Proc. of The
Inaugural Austral - Asian Biospectroscopy Conference: Organized by Monash University
- Australia and hold at the Suranaree University of Technology, Nakhon Ratchasima
(Korat) - Thailand, February 3-7, 2003.

B20. Süleymanoğlu, E., “Fluorescence Microscopy of Polymer - Induced Phase

Separation and Divalent Cation - Dependent Compaction and Structural Integrity of
Bacterial Chromosome,” Proc. of the Bionanotechnology - EuroConference on
Biomolecular Devices - Granada, Spain, 9-14 July, 2003.

B21. Süleymanoğlu, E., “Macromolecular Crowding and Bacterial DNA

Cytoarchitecture” - Conference for Young Scientists, Ph. D. Students and Students on
Moleculur Biology and Genetics - Dedicated to 50 years of the double helix and 30
anniversary of the Institute of Molecular Biology and Genetics of National Academy of
Sciences of Ukraine, Kiev-Ukraine, 25 - 27 September 2003.

B22. Süleymanoğlu, E., “Adiabatic Differential Scanning Microcalorimetric Study of

Divalent Cation - Induced Neutral Lipid - DNA Nanocondensate Formation Assambled

63
for Gene Delivery” - Conference for Young Scientists, Ph. D. Students and Students on
Moleculur Biology and Genetics - Dedicated to 50 years of the double helix and 30
anniversary of the Institute of Molecular Biology and Genetics of National Academy of
Sciences of Ukraine, Kiev-Ukraine, 25 - 27 September 2003.

B23. Süleymanoğlu, E., “Light Microscopy of Polyethylene Glycol-Induced Phase

Separation and Divalent Cation-Dependent Compaction of Prokaryotic Nucleoids” -
ELSO-2003: European Life Scientist Organization-Dresden, Germany, 20-24 September,
2003.

B24. Süleymanoğlu, E., Biophysical Aspects of RNA-protein Folding Features in A/B

Type hnRNP Proteins and Their Implications in Human Systemic Autoimmune
Pathology, 30th FEBS Congress and 9th IUBMB Conference - The Protein World, 2 - 7
July, 2005, Budapest, Hungary.

B25. Süleymanoğlu, E., Probing Taxol™ (Paclitaxel)-Cell Membrane Interations with

Langmuir-Blodgett Monolayer, Fourier Transform Infrared Spectroscopy and
Differential Scanning Calorimetry, 1st Multidisciplinary Cancer Research Symposium,
Uludağ-Bursa, Turkey, 2006.

B26. Süleymanoğlu, E., Preparation and Physicochemical Characterization of

Biomolecular DNA-Zwitterionic Phospholipid Self-Assemblies and Their Implications in
Chemicopharmaceutical Design of Liposome Based Gene Delivery Nanoformulation,
NanoTR-II: NanoScience and NanoTechnology 2006, 3-5 May 2006, Middle East
Technical University, Ankara, Turkey.

B27. Manavbaşı, Y. and Süleymanoğlu, E., Assessment of Structures of

Poly(ribo)nucleotide-Phospholipid Self-Assemblies and Their Implıcations in Gene
Transfection and DNA Chromatography, 8th International Symposium on
Pharmaceutical Sciences (ISOPS-8), 13-16 June, 2006, Ankara, Turkey.

B28. Manavbaşı, Y. and Süleymanoğlu, E., Probing Taxol™ (Paclitaxel)-Cell Membrane

Interations with Langmuir-Blodgett Monolayer, Fourier Transform Infrared
Spectroscopy and Differential Scanning Calorimetry, FEBS-2006, Istanbul, Turkey.

64
B29. Manavbaşı, Y. and Süleymanoğlu, E., Fluorescence Microscopy and Interfacial
Characterization of DNA Condensation, Compaction and Release from Stable Virus-
Resembling Phospholipid-Nucleic Acid Self-Assemblies and Their Implications as Non-
Viral Gene Delivery Nanopharmaceuticals, Bilkent University, NANO-TRIII, Ankara
2007.

B30. Manavbaşı, Y. and Süleymanoğlu, E., An FTIR Spectrometric Study of the

Physicochemical Characteristics of Nucleic Acid-Phospholipid Nanoformulations
Designed for Gene Delivery at the Molecular Level, X. National Congress of
Spectroscopy, 04-07 July 2007, Izmir Institute of Technology, Urla, Izmir.

B31. Manavbaşı, Y. and Süleymanoğlu, E., Applying multilayer films and planar lipid
bilayers (BLMs) for designing nucleic acid nanobiosensors: some examples of
bioengineering at the molecular level, NANOMAT 2007, International Workshop on
nanobiotechnology & Genome Technologies, October 31-November 03, 2007, Antalya,
Turkey.

C. Yazılan uluslararası kitaplar veya kitaplarda bölümler :

C1. Huber, W., Süleymanoğlu, E., ve G. Steiner, “The hnRNP-D/AUF proteins - a novel
group of autoantigens in rheumatology”, Pathogenesis and Diagnostic Relevance of
Autoantibodies, ed. K. Conrad, R-L. Humbel, M. Muerer, ve Y. Shoenfeld, E.M.T.,
PABST Publishers, Dresden, 1998.

D. Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan makaleler :

E. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitaplarında basılan bildiriler:

E1. Spectrophotometric Study of the Interaction Between Polyribonucleotides,

Phosphatidylcholine Vesicles and Metal Ions, VIth National Biophysical Congress,
September 28-30, 1994, Silivri - Istanbul, Turkey.

65
 CURRICULUM VITAE

Name : Ningur
Family name : Noyanalpan
Title : Prof. Dr.
Affiliation : Gazi University, Faculty of Pharmacy
Official address : Faculty of Pharmacy
Gazi University
Etiler 06330 Ankara TURKEY
Date place of birth : March 10, 1944 İstanbul - TURKEY
Nationality : Turkish
Education : (from – to in degree received)
1962 - 1966 Ankara Pharmacist
1966 – 1969 Ankara Dr.Sc.Pharm.Med.Chem
Post doc. 1970 – 1972 Charlottesville, VA. USA
Assoc.prof. 1973 Ankara Turkey Doz.Dr.
Full prof. February 1979 Ankara Turkey Prof.Dr.

Career/Employment

position: from - to employer

Assistant 1966 – 1969 Ankara University As.Med.Chem.
Postdoc fellow 1970 - 1972 Charlottesville VA. USA.
Dozent Dr. 1973 – 1979 Ank. Un. Head Dept. Med. Chem.
Full professor 1979 – 1982 Ank. Un. Head Dept. Med. Chem.
Dean 1982 - 1994 Gazi Un. Dean Faculty of Pharm.
Professor 1994- Gazi Un. Head Dept. Med. Chem.

Specialization:
Main field: Medicinal Chemistry

Other fields: Molecular Pharmacology,

Analytical Chemistry,
Physical chemistry
Current res. interests: Computer aided design of the bioactive molecules
particularly antihelmintic, anti HPNS activity
compounds. Computation of rotational barriers for
the most allowed configurations.
Fellowships, memberships: Turkish Pharmacists' Association,
Chamber of Pharmacists of Ankara
some other nonprofessional Societies
Grants received :British Council grants,

66
 NATO grant
UNICEF fellowship

Family status : Married

relation education profession

Wife Faculty of Pharmacy Pharmacist

Son BS Bus. Adm. Un. Graduate
Daughter State Conservatory Grad. Mezzo soprano

Foreign languages : speaking writing understanding

English Fluent very good very good

French Fluent very good very good
German Very good good good
Russian very poor poor poor

some others as hobby

Hobbies : Language, reading, mechanical repairs

Sports branches
Interested : Basketball, skiing
Practiced : skeet shooting (not hunting), fishing

Health conditions :Very good

Major operations :Appendectomy, pituitary adenomectomy (full prognosis)
Impairement : None
Major diseases : (hepatitis. tbc., etc.) None
Publications list : Attached

PUBLICATIONS of Prof.Dr. NINGUR NOYANALPAN

1- Text of Pharmaceutical Chemistry (Lecture Notes), 1969 Ankara

Written by: Prof.Dr. Michel Bertucat (French)
Translated by: Dr. Ningur Noyanalpan (Turkish)
2- Noyanalpan, N.: Studies on the alkaloids of Aconitum Cochleare Worosh Ankara
1971 (Ph.D. Thesis)
3- Noyanalpan, N. Evaluation of Some Plants Indeginous to Anatolia for the Purpose
of Semi-synthesis of Steroidal Drugs. Ankara 1973 (Associate professorship Thesis)
4- Noyanalpan, N. Long Chan Hydrocarbons from Petroleum Ether Fraction of
Cestrum fasciculatum (Endl.) Miers and Eriogonum tomestosum Michx.: Spectral
Identification of n-Hentriacontane and n-Dotriacontane
Ecz.Fac.Mec. 4,40 (1974)
5-Kupchan,S.M.,Britton,R.M., Chiang,C.K., Noyanalpan, N., and Ziegler,M.F.:
Tumor Inhibitors. 88. The Antileucemic Principles of Colchicum speciosum
Lloydia, 36 (3) 338 (1973)

67
6- Noyanalpan, N., Demir,H.: Studies on the Synthesis of new derivatives through
structure modificatons of antitumor effective sugars (in turkish)
Ankara Ecz.Fak.Mec 7, 77 (1977)
7- Noyanalpan, N., Özden,T.: A New Quantitative Determination Method for Aspirin,
Phenacetin, Caffein and Their Mixtures Using NMR Spectrometer.
Ankara Ecz.Fak.Mec. 7, 96(1977)
8- Noyanalpan, N.: Structure Activity Relationships in Medicinal Chemistry (in
Turkish)
Pharmacia, 2,8 (1977)
9- Noyanalpan, N., Özden,T., Özden,S.; Triazene Derivatives l. Sulfaguanidine as a
carrier for Substituted Triazeno Group.
Ankara Ecz.Fak.Mec. 7,104 (1977)
10- Noyanalpan, N., Özden,T.: Quantitative Determination of Meprobamate by NMR
in Commercial Preparations Marketed in Turkey.
Ankara Ezc.Fac.Mec. 7, 189 (1977)
11- Noyanalpan, N., İren,B.: Studies on the synthesis and structure eluciadation of D-
Homosteroids (in Turkish) (Ph.D. thesis of B. İren)
Ankara Ezc.Fac.Mec. 7, 197 (1977)
12- Noyanalpan, N.: Structure Activity Relationships in Medicinal Chemistry Part-II
(in Turkish)
Pharmacia, 16 (1977)
13- Noyanalpan, N., Demir,H.: Studies on the Synthesis and Structure Elucidation of
the derivatives of Mono and Dibromo Derivatives of Glucosamine
Ankara Ecz.Fak.Mec 7, 226 (1977)
14- Noyanalpan, N.: Textbook of Pharmaceutical and Medicinal Chemistry
A.Ü. Basımevi Ankara 1976
A.Ü. Eczacılık Fakültesi Yayınları No: 49 (in Turkish)
15- Noyanalpan, N., Nebioğlu,D.: Studies on the Photolytic Synthesis and Structure
Elucidation of the Pregnane Derived D-Nor Steroids
Ankara Ecz.Fak.Mec. 8, 32 (1978)
16- Noyanalpan, N., Nebioğlu,D.: The Photolysis of Pregn-5-en-3beta-ol-20-diazo
acetate.
Ankara Ecz.Fak.Mec. 8,47 (1978)
17- Noyanalpan, N., Atay,O., Özden,S.: Studies on the Antirheumatic Compunds
Deriving from Anthranilic Acid and Substituted ArylAcetic Acid Marketed in Turkey
Ankara Ecz.Fak.Mec. 6, 80 (1978)
18- Noyanalpan, N.: Structure Activity Relationship (SAR) Studies on the Tricyclic
Antidepresant Compounds Marketed in Turkey. I I
Ankara Ecz.Fak.Mec. 8, 134 (1978)
19- Tanker, N. , Şener, B. , Noyanalpan, N. , Lewis,J.R.: The Evaluation of Volatile
Oils of Turkish Ruta Species in Terms of Methyl-n-nonylketone
Ankara Ecz.Fak.Mec. 10, 61 (198C))
20- Özden,T. , Noyanalpan, N. , Özden.S.: Structure Activity Relationships in
Pharmaceutical Chemistry-III De Novo Analysis Model
Fabad Farm.Bil.Der. 6, 94 (1981)

68
21- Özden,T. , Noyanalpan, N. , Özden.S.: Structure Activity Relationships in
Pharmaceutical Chemistry-IV The Applications of De Novo Analysis Model
Fabad Farm.Bil.Der. 7, 17 (1982)
22- Noyanalpan, N.: Studies on the Sapogenols of Some Plants Indeginous to
Anatolia or Cultivated for the Purpose of Using as Starting Material for the Synthesis
of Steroidal Medicinals.
The Symposium of Plant Origined Medicinal Raw material held in Eskişehir
27-29 May 1982
23- Noyanalpan, N., Işıkdağ,İ.: Synthesis of Some 2-Heterocyclic-substituted )
Berizimidazole Derivatives.
Chimica Acta Turcica 11 (3) 357-361 (1983)
24- Noyanalpan, N., Ayalp,A.: Studies on the Photolytic Products of Steroid
Molecules Esterified with p-Benzoilbenzoic Acid
Ankara Ecz.Fak.Mec. 13(1-2), 12 (1984)
25- Noyanalpan,N. and Işıkdağ,İ.: Studies on the Synthesis, Structure Elucidation and
Structure Activity Relationship of 2-substituted Benzimidazol Derivatives
Doğa Bilim Dergisi Seri C, 9(2), 183 (1985)
26- Noyanalpan,N., Şener,B. Türköz,S., Toker,G., Sarışeker,N.: Studies on the
Sapogenols of Some Plants Indeginous to Anatolia or Cultivated for the Purpose of
Using as Starting Material for the Synthesis of Steroidal Medicinals.
Hacettepe Ün. Ezc. Fak.Der. 5,(1) 17-21 (1985)
27- Noyanalpan,N., Şener,B., Toker,G., Tosun,F., Türköz,S., Sarışeker,N.: Studies on
the Sapogenols of Some Plants Indeginous to Anatolia or Cultivated for the Purpose
of Using as Starting Material for the Synthesis of Steroidal Medicinals. III The
Sapogenols of Digitalis cariensis Boiss.
Hacettepe Ün. Ezc. Fak.Der. 5,(1) 23-26 (1985)
28- Noyanalpan,N., Tosun,A.: Studies on the Synthesis, Structure Elucidation of alfa-
Metilen Benzo(d) gama-Butirolactone
Gazi Ecz.Fak.Der. l(l) 1, (1984)
29- Noyanalpan,N., Ayalp,A., Tosun,A., Özden,T.: The Synthesis, Structure
Elucidation of 2-Piperidinoethyl Esters of para-Substituted Benzoic Acids
Gazi Ecz.Fak.Der. l(l) 41 (1984)
30- Noyanalpan,N. and Işıkdağ,İ.: The Studies of Different Reagents on the Synthesis
of 2-Substituted Benzimidazol Derivatives and Their Comparison
Gazi Ecz.Fak.Der. 1(2) 61 (1984)
31- Noyanalpan,N., Tosun,A.: Microbiological Studies on 3-Methylene-2,3-
dihydrobenzofuran-2-one II
Gazi Ecz.Fak.Der. 2(l) 9 (1965)
32- Tosun,A., Özden,T., Noyanalpan,: 2-Piperidinoethyl Esters of para Substituted
Benzoic Acids. Synthesis and Structure Elucidation-II
Gazi Ecz.Fak.Der. 2 (2), 59 (1985)
33- Evren.N., Şener,B., Noyanalpan,N.: Application of HPLC to the Analysis of

Opium Alkaloids and Derivatives.

Gazi Ecz.Fak.Der. 2(2), 67 (1985)

69
34- Büyükbingöl,E., Noyanalpan,N.: Synthesis, Spectral, Quantitative Structure-
Activity Relationship (QSAR) and Spasmolytic Activity Studies of 2-
Benzylbenzimidazol Derivatives.
Gazi Ecz.Fak.Der. 2(2) 81 (1985)
35- Noyanalpan,N., Şener,E.: The Quantitative Structure-Activity Relationships of
Antihistaminic Active 5-Substituted-2-(p-Substituted-Benzyl)Benzoxazole Derivatives
Gazi Ecz.Fak.Der. 3(l) 1 (1986)
36- Noyanalpan,N., Uçucu,Ü., Studies On The Synthesis of Methyl-2-Benzimidazolyl
Carbamate Derivatives.
Gazi Ecz.Fac.Der. 3 (1) 29 (1996)
37- Öztürk,Y., Büyükbingöl,E., Noyanalpan,N.: On The Relaxant Activity of Some
Benzimidazole Derivatives on the Rat Duedonum. Approaches to the Mechanism
Gazi Ecz.Fak.Der. 3(2) 153 (1986)
38- Şener,E., Yalçın,İ., Akın,A., Noyanalpan, N.: Antifungal Activity of 2-
Benzylbenzoxazole Derivatives and QSARs by Free-Wilson Analysis
Gazi Ecz.Fak.Der. 4(l) 1 (1987)
39- Noyanalpan,N., Berçin,E., Çakır,B., Abbasoğlu,U.: Benzimidazole Derivatives:
(2-Benzylidene hydrazino)-Benzimidazoles, Synthesis and Anltifungal Activities.
Gazi Ecz.Fak.Der. 4 (1) 33 (1987)
40- Noyanalpan,N., Berçin,E. , Çakır,B. Abbasoğlu,U.: Benzimidazole Derivatives:
(2--Benzylidene Hydrazino)-Benzimidazoles, Synthesis and Antifungal Activities.
Gazi Ecz.Fak.der. 4 (1) 47 (1987)
41- Çakır,B., Uçucu,Ü., Büyükbingöl,E., Abbasoğlu,U., Noyanalpan,N.; bis-
Benzothiazole Derivatives and Their Antifungal Activities.
Gazi Ecz.Fac.Der. 4(2) 143 (1987)
42- Çakır,B., Şahin,M.F., Noyanalpan,N.: Studies on Some 1,5-Benzodiazepine
Derivatives.
Gazi Ezc.Fak.Der. 5(l) 25 (1988)
43- Büyükbingöl,E., Uçucu,Ü., Abbasoğlu,U., Noyanalpan,N.: Benzimidazole
Derivatives: bis Benzimidazoles and Their Antifungal Activities.
Gazi Ecz.Fac.Der. 5(l) 71 (1989)
44- Noyanalpan,N., Şener,B., Tosun,F., Türköz,S., Toker,G.: I. The Sapogenols of
Yucca aloifolia L.
V. Meeting of Medical Raw Materials of Plant Origin Handbook
(Ed. Sezik,E., Yeşilada,E.) 39-42 Sanem Matbaacilik Ankara (1987)
45- Büyükbingöl,E., Jabbar,A., Lewis,J.R., Noyanalpan,N., Şener, B.: Phytochemistry
of Turkish Ruta Species, Ruta montana and Ruta chalepensis
IV. Meeting of Medical Raw Materials of Plant Origin Handbook
(Ed. Şener,B) Gazi Üniv. Publications, Publication number: 113 Ankara
46- Evren,N., Şener,B., Noyanalpan,N.: Studies on the Alkaloids of the nonchiseled
Puppy Heads Growing in Turkey.
Farmacia JTPA, 28:61 (2) 45 (1988)
47- Noyanalpan,N., Büyükbingöl,E., Yurtsever,E., Bercin,E., Şahin.F.: Structure
Activity Relationship Studies on Benzimidazole Derivatives.
50th International Congress of F.I.P. Istanbul
Turkey 3-7 September- 1990

70
48- Noyanalpan.N.: Pharmaceutical Chemistry Teaching in Turkey
50th International Congress of F.I.P. Istanbul
Turkey 3-7 September 1990
49- Tosun,A., Özden,T, Noyanalpan,N.: 2-piperidinoethyl Ester-s of Para Substitted
Benzoic Acids, Synthesis and Structure Elucidation-III
Gazi Ecz. Fak. Der. 6(2) 129 (1989)
50- Şener,B., Mutlugil,A., Noyanalpan,N., Lewis,J.R.; Alkaloid from Haplophyllum
myrtifolium Bois.
Gazi Ecz. Fak. Der. 7(l), 17 (1990)
51- Yıldır,İ., Uzbay,T., Noyanalpan,N.: Synthesis of 2-(substitutedphenyl)
Benzimidazole Derivatives and Their- Structure Activity Relationships
Gazi Ecz. Fak. Der. 7(2), III (1990)
52- Perçiner,H., Abbasoğlu,U., Noyanalpan,N.: A Study on Antiviral 2-(alpha-
hydroxy benzyl) Benzimidazole Derivatives
Gazi Ecz. Fak. Der. 7 (2), 125 (1990)
53- Noyanalpan,N.: Curriculum Studies for The Faculty of Pharmacy.
TEB Haberler (48), 4 (1990)
54- Noyanalpan,N.: Curriculum Studies for The Faculty of Pharmacy.
TEB Haberler (49), 5 (1991)
55- Noyanalpan,N., Atay,O.: Spectrophotometric Quantitative Determination of
Trimethoprim and Sulfamethoxazole in the Tablets Using Absorbance Ratio Method.
FABAD Far.Bil.Der. 15(l), 19 (1990)
56- Noyanalpan,N., Berçin,E.,.Çakır,B., Abbasoğlu,U.: 2-(Benzylidene-hydrazino)
benzimidazoles, Synthesis and And Antifungal Activities
J.Fac.Pharm. Gazi 4(l),33-35 (1987).
57- Noyanalpan,N., Berçin,E.,.Çakır,B., Abbasoğlu,U.: 2-(Benzylidene-hydrazino)
benzothiazoles, Synthesis and And Antifungal Activities
J.Fac.Pharm. Gazi 4(l), 47-56 (1987).
58- Berçin,E., Eroğlu,Y., Noyanalpan,N.: Synthesis and Structure Elucidation of
some new Acetophenone- and Thiazolo(3,2-a)benzimidazole Derivatives I
J. Fac.Pharm Gazi 10(2),93-104 (1993).
59- Berçin,E., Uysal,M., Noyanalpan.N.: Synthesis of some new 2-(substituted
bezylidene)-6(or 7)-substituted-Thiazolo[3,2-a)benzimidazol-3(2H)-ones VI",
J.Fac.Pharm. Gazi 10(2),143-151 (1993).
60- Berçin,E., Uysal-Gökçe,M., Abbasoğlu,U., Noyanalpan,N.; Nitroethane
Derivatives as New Addition products of β-Nitrostyrenes and Their Antimicrobial
Activities I
J. Fac.Pharm. Gazi 12(2),117-128 (1995).
61- Berçin,E, Uysal-Gökçe,M., Özçelik,B., Yurtsever,M., Noyanalpan,N.:
Nitropropane Derivatives as New Addition products of β-Nitrostyrenes and Their
Antimicrobial Activities II
J. Fac.Pharm. Gazi 12(2),173-187 (1995).
62- Berçin,E, Uysal-Gökçe,M., Noyanalpan,N.: Reactions of New Nitroethane
Derivatives; Formation of New Benzothiazepines and Benzothiazoles III.
J. Fac.Pharm. Gazi 13(l),85-96 (1996).

71
63- Ersan,S., Nacak,S., Nilgün,A., and Noyanalpan,N.: Synthesis and Antimicrobial
Activity of 1-Dialkylaminomethyl2-(p-substituted Phenyl)-5-substituted
Benzimidazole Derivatives
Arzneim.-Forsch./Drug Res. 47 (1), 4, 410-412 (1997)
64- Ersan,S., Nacak,S., Noyanalpan,N., and Yeşilada.E.:Studies on Analgesic and
Anti-inflammatory Activities of 1-Dialkylaminomethyl-2- (p-substituted Phenyl)-5-
substituted Benzimidazole Derivatives

65- Yasemin Dündar, Serdar Ünlü, Erden Banoğlu and Ningur Noyanalpan “Synthesis
Of Some New 4,5-Diphenyl-2-Oxo-3H-1,3-Oxazole Derivatives As Inhibitors Of
Cyclooxygenase (Cox) Enzymes” XIXth International Symposium on Medicinal
Chemistry ISMC 2006, İstanbul, 29 Ağustos-2 Eylül, 2006.

66- Yasemin Dündar, Mehtap Gökçe, Esra Küpeli, Mustafa Fethi Şahin, Ningur
Noyanalpan. “Synthesis And Analgesic And Anti-Inflammatory Activity Of Ethyl (6-
Substituted-3(2H)-Pyridazinone-2-yl)Acetate Derivatives” 8th International Symposium
on Pharmaceutical Sciences (ISOPS-8), Ankara, Haziran 13-16, 2006.

67- Yasemin Dündar, Bilge Çakır, Ningur Noyanalpan, “Synthesis Of Some New 1-
Acylthiosemicarbazides And 1,2,4-Triazole-5-Thiones.” 2nd International Meeting on
Medicinal and Pharmaceutical Chemistry IMMPC-2, Antalya, Ekim 10-14, 2004.

68- Serdar Ünlü, Tijen Önkol, Yasemin Dündar, Berna Ökçelik, Esra Küpeli, Erdem
Yesilada, Ningur Noyanalpan, M. Fethi Sahin, “Synthesis And Analgesic And Anti-
İnflammatory Activity Of Some New (6-Acyl-2-Benzoxazolinone And 6-Acyl-2-
Benzothiazolinone Derivatives With Acetic Acid And Propanoic Acid Residues” Arch.
Pharm. Pharm. Med. Chem. 2003, 336, 353–361.

69- Ersanli CC, Dündar Y, Sari U, Noyanalpan N, Odabasoğlu M, Erdönmez A “Methyl

3-(2-Oxobenzothiazolin-3-yl)-Propanoate” Acta Crystallographıca Section E-Structure
Reports Onlıne 59: O1604-O1606 Part 11, NOV 2003.
Arzneim.-Forsch./Drug Res. 47 (11), 7, 834-836 (1997)

70- DÜNDAR, Yasemin; ÇAKIR, Bilge; KÜPELİ, Esra; ŞAHİN, M. Fethi;

NOYANALPAN, Ningur: “Synthesis of Some New 1-Acylthiosemicarbazides and 1,2,4-
Triazol-5-Thiones, and Their Analgesic and Anti-Inflammatory Activities” Turk J.
Chem., 31 (2007) , 301– 313.

71- Gokce, Mehtap; Utku, Semra; Bercin, Erdogan; Oezcelik, Berrin; Karaoglu, Taner;
Noyanalpan, Ningur. Synthesis and in vitro antimicrobial and cytotoxicity activities
of 2-[(2-nitro-1-phenylalkyl)thio]benzoic acid derivatives. Turkish Journal of
Chemistry (2005), 29(2), 207-217. CODEN: TJCHE3 ISSN:1300-0527. CAN
144:108057 AN 2005:458986 CAPLUS

72- Gokce, Mehtap; Oezcelik, Berrin; Bakir, Goekcen; Karaoglu, Taner; Bercin,
Erdogan; Noyanalpan, Ningur. Antiviral and antimicrobial activities of new

72
 nitrobutane derivatives. Arzneimittel Forschung (2004), 54(12), 891-897. CODEN:
ARZNAD ISSN:0004-4172. CAN 142:348103 AN 2005:52823 CAPLUS

73- Ersanli, Cem Cuneyt; Dundar, Yasemin; Sari, Ugur; Noyanalpan, Ningur;
Odabasoglu, Mustafa; Erdoenmez, Ahmet. Methyl 3-(2-oxobenzothiazolin-3-
yl)propanoate. Acta Crystallographica, Section E: Structure Reports Online (2003),
E59(11), o1604-o1606. CODEN: ACSEBH ISSN:1600-5368. CAN 140:120114 AN
2003:852139 CAPLUS

74- Unlu, Serdar; Onkol, Tijen; Dundar, Yasemin; Oekcelik, Berna; Kuepeli, Esra;
Yesilada, Erdem; Noyanalpan, Ningur; Sahin, M. Fethi. Synthesis and analgesic and
anti-inflammatory activity of some new (6-acyl-2-benzoxazolinone and 6-acyl-2-
benzothiazolinone derivatives with acetic acid and propanoic acid residues. Archiv
der Pharmazie (Weinheim, Germany) (2003), 336(8), 353-360. CODEN: ARPMAS
ISSN:0365-6233. CAN 140:111310 AN 2003:749520 CAPLUS

75- Ersan Seyhan; Nacak Sultan; Noyanalpan Ningur; Yesilada Erdem: Studies on
analgesic and anti-inflammatory activities of 1-dialkylaminomethyl-2-(p-substituted
phenyl)-5-substituted benzimidazole derivatives. Arzneimittel-Forschung (1997),
47(7), 834-6. Journal code: 0372660. ISSN:0004-4172. PubMed ID 9272240 AN
97418234 MEDLINE

PS. Prof.Dr. Ningur Noyanalpan is the founder of Journal of Faculty of Pharmacy

Gazi University that started at 1984.

ÖZGEÇMİŞ
9. GENEL

DÜZENLEME TARİHİ : 20 Nisan 2008

T.C. KİMLİK NO : 19114019488
ÜNVANI ADI SOYADI : Yrd. Doç. Dr. Kamile ÖZTÜRK
YAZIŞMA ADRESİ : Aksaray Ünv. Fen-Edb Fak. Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı
DOĞUM TARİHİ ve YERİ : 01.01.1971
TEL : 0382 215 1554 GSM: 0532 516 0479
E-POSTA : kamileztrk@yahoo.com.tr FAKS :

10. EĞİTİM (Son aldığınız dereceden / diplomadan başlayarak yazınız)

73
 ÖĞRENİM DÖNEMİ DERECE (*) ÜNİVERSİTE ÖĞRENİM ALANI
1997-2005 Doktora Hacettepe Üniversitesi Moleküler Biyoloji
1993-1997 Yüksek Lisans Hacettepe Üniversitesi Moleküler Biyoloji
1987-1993 Lisans Hacettepe Üniversitesi Fen Fak. Biyoloji Bölümü
(*) Diploma Türü (Lisans, Y.Lisans, vb.)

11. AKADEMİK ve MESLEKİ DENEYİM

GÖREV DÖNEMİ ÜNVAN ÜNİVERSİTE BÖLÜM

2007- Yrd. Doç. Dr Aksaray Üniversitesi Biyoloji Bölümü
2006- 2007 Dr. Biyolog GATA Ar-Ge Merkezi
2004- 2006 Dr. Biyolog GATA Mikrobiyoloji Bilim Dalı
1996- 2004 Araş. Gör. Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü

12. YAYIN BİLGİLERİ

ISI indexine kayıtlı dergilerde yayınlanan 6

Diğer indexlere kayıtlı / Hakemli dergilerde 2
yayınlanan
Indexlere kayıtlı / Hakemli konferans kitaplarında 3
yayınlanan
Diğer yayınlar (Tebliğ ve poserler) 6
TOPLAM 17

5. YAYINLARINIZA ALDIĞINIZ TOPLAM ATIF SAYISI (Web of Science‘a göre) : 2

6. PROJE DENEYİMİ

YER ALDIĞINIZ PROJE Proje yürütücüsü olarak Araştırmacı olarak

SAYISI
Kurumsal (BAP vb.) 4
Ulusal 2
Uluslararası -

7. DİĞER AKADEMİK FAALİYETLER ( Hakemlik/Danışmanlık/Editörlük Deneyimi)

74
 Son bir yılda uluslararası indekslere kayıtlı makale/
derleme için yaptığınız danışmanlık sayısı
Son bir yılda projeler için yaptığınız danışmanlık
sayısı
Danışmanlığını yaptığınız öğrenci sayısı Tamamlanan Devam Eden
Y.Lisans
Doktora
Uzmanlık
Editör/Yardımcı Editör olduğunuz dergiler 1-
2-
3-

8. SEÇİLMİŞ YAYINLAR (Proje konusuyla ilgili en önemli 5 yayınınız)

YAZAR(LAR) MAKALE/BİLDİRİ DERGİ/TOPLA CİLT/SAYI/SAY TARİH

BAŞLIĞI NTI ADI FA
K. Öztürk, A. Olgun, Mitochondrial DNA Ann NY Acad. Sci 1100/246-249 2007
E. Saruhan, A. Ergen, Alterations in Aging
Ş. Akman, M. K. Erbil
E. Saruhan, A. Olgun, Age Related Ann NY Acad. Sci 1100/ 218-222 2007
K. Öztürk, Ş. Akman, Paraoxonase Activity
M.K. Erbil Changes in Turkish
Populations
A.Olgun, K. Öztürk, Deuteronation and Ann NY Acad. Sci 1100/ 400-403 2007
S. Bayır, Ş. Akman, M. Aging
K. Erbil
M. Durusoy, E. Karagöz, Assessment of the The Journal of 13/ 598-602. 2002
K. Öztürk Relationship Between Nutritional
the Antimutagenic Biochemistry
Action of Riboflavin
and Glutathione and the
Levels of Antioxidant
Enzymes
K. Öztürk, M. Durusoy The detection and Toxicology 108/ 63-68 1999
comparison of the Letters
genotoxic effects of
some nitro aromatic
compounds by the umu
and SOS chromotest
systems

CURRICULUM VITAE

75
 Yurii D. Nechipurenko, Ph.D.
The DNA-Protein Recognition Laboratories EIMB (Engelhardt Institute of Molecular
Biology), Vavilov str., 32 Moscow, 119991 Russia
MSU (Moscow State University)

PERSONAL

CONTACT NUMBERS: E-mail: yurii.nechiporenko@gmail.com,

nech99@mail.ru
Tel: +7 (499) - 135 1092 (work), (495)-694-01 62
(home)
+7 (926) - 218 34 16 (mobile)
Fax: + 7(499)-135 14 05
Home address: Sadovaya-Samotechnaya 7 - 14
Moscow 127473, Russia
http://www.hrono.ru/avtory/publ.html

MARITAL STATUS: Married, one children

EDUCATION

2005 Dr. Sci. Moscow State University,

Thesis Title: Statistical Thermodynamics of binding
of Ligands on DNA and RNA

1983 Ph.D., Moscow State University,

Postgraduate Student of EIMB, Russian Academy
of Sciences, Moscow
Thesis Title: Cooperative Effects Upon Binding of
Ligands on DNA

1979 M.Sc., Faculty of Physics,

Moscow State University
Thesis Title: Cooperative Binding of Long Ligands
on Nucleic Acids

PROFESSIONAL EXPERIENCE

2002-present Senior Scientist

Institute of Molecular Biology,
Russian Academy of Sciences, Moscow 119991,
Russia

76
 1983-2001 Research Associate
Institute of Molecular Biology,
Russian Academy of Sciences, Moscow 119991,
Russia

1982-1983 Junior Research Associate

Institute of Molecular Biology,
Russian Academy of Sciences, Moscow 119991,
Russia

SCIENTIFIC INTERESTS

- Binding of proteins, dyes and oligonucleotides to DNA and RNA

- Nanostructures, molecular constructions
- Mathematical modelling in biophysical chemistry.

PUBLICATIONS

1. Yury Nechipurenko, Sergey Grokhovsky, Georgy Gursky, Dmitry Nechipurenko and

Robert Polozov DNA-Based Nanostructures: Changes of Mechanical Properties of DNA
upon Ligand Binding. In collection: NATO Science for Peace and Security Series B:
Physics and Biophysics, Nanomaterials for Application in Medicine and Biology,
Springer, 2008, p. 59-67.

2. Grokhovsky S.L., Il’icheva I.A., Nechipurenko D.Yu., Panchenko L.A., Polozov R.V.,
Nechipurenko Yu.D. Heterogeneity of DNA local structure and dynamics: ultrasound
studies. Biofizika 2008, V.53, N3, P.417-425.

3 Lando D., Nechipurenko Yu. Distribution of unselectively bound ligands along DNA.
J/ of Biomolecular structure and dynamics, 2008, V. 26, P. 187 – 196

4. Nechipurenko Yu.D, Statistical thermodynamics of DNA-ligand binding. Russ. Chem.

Journal, 2007, V.51, P.23-30.

5. Vorob'ev E.A., Nechipurenko Yu.D., Salianov V.I., Evdokimov Yu.M. Description of

the binding of chitosan to DNA at different ionic strengths in terms of the theories of ion
condensation and adsorption Biofizika. 2007 Jul-Aug;52(4):636-42.

6. Matveeva O, Nechipurenko Y, Rossi L, Moore B, Saetrom P, Ogurtsov AY, Atkins JF,

Shabalina SA. Comparison of approaches for rational siRNA design leading to a new
efficient and transparent method. Nucleic Acids Res. 2007;35(8):e63. Epub 2007 Apr 10.

77
7. Zakharov M.A., Nechipurenko Yu.D., Lortkipanidze G.B., Evdokimov Yu.M. The
thermodynamic stability of nanoconstructions based on the double-stranded DNA
molecules Biofizika. 2005 Nov-Dec;50(6):1036-41.

8. Zakharov M.A., Sokolovskaia L.G., Nechipurenko Yu.D., Lortkipanidze G.B.,

Evdokimov Yu.M. The formation of nanoconstructions based on double-stranded DNA
molecules. Biofizika. 2005 Sep-Oct;50(5):824-32.
9. Zakharov M.A., Yevdokimov Yu.M., Skuridin S.G. and Nechipurenko Yu.D.
Nanotechnology Based on Spatially Fixed ds DNA (RNA) Molecules. Nanotech 2005
Vol. 1. P. 288 – 291.
10. Nechipurenko YD, Jovanovic B, Riabokon VF, Gursky GV. Quantitative methods of
analysis of footprinting diagrams for the complexes formed by a ligand with a DNA
fragment of known sequence. Ann N Y Acad Sci. 2005 V.1048 P. 206-214.
11. Yevdokimov YM, Skuridin SG, Nechipurenko YD, Zakharov MA, Salyanov VI,
Kurnosov AA, Kuznetsov VD, Nikiforov VN. Nanoconstructions based on double-
stranded nucleic acids. Int J Biol Macromol. 2005 V.36 P.103-15.
12. Nikiforov V. N., Kuznetsov V. D., Nechipurenko Yu. D., Salyanov V. I.,
Yevdokimov Yu.M. Magnetic Properties of Copper as a Constituent of Nanobridges
Formed between Spatially Fixed Deoxyribonucleic Acid Molecules. JETP Lett. 2005
V.81, P. 264-265.
13. Ryabokon VF, Nechipurenko YD, Gurskii GV. Quantitative methods of analysis of
footprinting diagrams for the complexes formed by a ligand and a DNA fragment of
known sequence. Dokl Biochem Biophys. 2004 V. 398 P. 329-33
14. Nechipurenko Yu. D., Wolf A.M., Salyanov V.I., Yevdokimov Yu.M. Equilibrium
Adsorption of ligands on DNA (for Chitosan). Journal of Experimental and Theoretical
Physics. 2004, V.98, P. 93-101.
15. Nechipurenko Yu. D., Wolf A.M., Gursky G.V. Statistical fluctuations in processes
of gene expression regulation: consideration of the problem from point of view of
statistical mechanics. Biofizika. 2003 V. 48. P. 986-997.

16. Nechipurenko Yu. D., Wolf A.M., Yevdokimov Yu.M.Distribution functions,

describing the binding of extended ligands with DNA molecules. Possible use for cases
of DNA condensation. Biofizika. 2003.V. 48, P. 802-811.

17. Nechipurenko Yu. D., Gursky G.V. Thermodynamic models of binding ligands to
nucleic acids. Biofizika. 2003. V. 48. P. 773-796.

18. Nechipurenko Yu. D., Riabokon V.F., Semenov S.V., Yevdokimov

Yu.M.Thermodynamic models, describing formation of "bridges" between nucleic acid
molecules and liquid crystals. Biofizika. 2003. V. 48. P. 635-643. Russian.

19. Yevdokimov Yu.M., Salyanov V.I., Nechipurenko Yu. D., Skuridin S.G., Zaharov
M.A., Spener F., Palumbo M., Molecular constructions on the basis of nucleic acids,
fixed in structure of liquid crystal. Mol Biol (Mosk) 2003, V.37, 340-355.

78
20. Nechipurenko Yu. D., Salyanov V.I., Zaharov M.A., Yevdokimov Yu.M. "Bridge"
structures between nucleic acid molecules fixed in the structure of a liquid crystal.
Biofizika, 2002, V.47, P.600-606.

21. Nechipurenko Yu. D., Streltsov S.A., Yevdokimov Yu.M. Thermodynamic model of
the formation of bridges between nucleic acid molecules in a liquid crystal. Biofizika,
2001, V.46, P.428-435.

22. Nechipurenko Yu.D., Mikheikin A.L., Streltsov S.A., Zasedatelev A. S., and I.R.
Nabiev I.R. Mixed mode of ligand-DNA binding results in S-shaped binding curves.
Journal of Biomol. Structure & Dynamics, 2001, V.18, P. 703-708.

23. Mikheikin A.L., Nechipurenko Yu.D., Zasedatelev A.S., Streltsov S.A. Competition
Between Different Ligand-DNA Complexes Produced S-shaped Binding Curves. J.
Biomol. Struct. Dynam. 2001, V. 18, P. 913.

24. Streltsov S.A., Mikheikin A.L., Nechipurenko Yu. D. Interaction of DNA Molecules
in the Presence of DNA Topoisomerase I Inhibitor Topotecan. J. Biomol. Struct. Dynam.,
2001, V. 18, P. 914-915.

25. Streltsov SA, Mikheikin AL, Nechipurenko Yu.D. Interaction of topotecan--a DNA
topoisomerase I inhibitor--with dual-stranded polydeoxyribonucleotides. II. Formation of
a complex containing several DNA molecules in the presence of topotecan. Mol Biol
(Mosk). 2001, V.35, P.442-450.

26. Nechipurenko Yu.D., Mikheikin A.L., Streltsov S.A. New physical interpretation of
S-shaped curves for DNA-ligand binding: competition between different ligand
complexes. Biofizika, 2000 V.45, P. 1011-1015.

27. Streltsov S.A., Borodina M.V., Nechipurenko Yu.N., Semenov T.E. Trivaline
initiates formation of homo- and heteroquadruplex DNA structures. Biofizika. 1997.
V.42. P.378-388.

28. Nechipurenko Yu.D., Popov N.V., Shabalina S.A., Isaev M.A., Matveeva O.V. A
model of multiple contacts, describing the interaction of rRNA sites with mRNA.
Biofizika. 1995, V.40, P.1208-1213.

29. Churikov N.A., Nechipurenko Yu.D. Parallel complementary sequences in natural

DNA: the parallel biosynthesis hypothesis. Dokl. Akad. Nauk SSSR. 1991, V. 318,
P.1233-1238.

30. Chzhu Ts.D., Li M.G., Siui L.D., Chzhu Ts.Ts., Khu Ts.Iu., Siui Ia.L., Chzhan L.P.,
Khan' I.Ts., Chernov B.K., Nechipurenko Yu.D., et al. Basic characteristics of a parallel
dual DNA helix by scanning tunnel microscopy data. Dokl. Akad. Nauk SSSR. 1991,
V.317, P.1250-1253.

79
31. Akhrem A.A., Lando D.Yu., Shpakovskii A.G., Nechipurenko Yu.D., Arutiunian
S.G. The effect of long-range interactions between adsorbed ligands on the DNA helix-
coil transition. Mol Biol (Mosk). 1990, V.24. P.649-656.

32. Iovanovich B., Nechipurenko Yu.D. Analysis of distribution of ligands adsorbed on

DNA fragments. Mol Biol (Mosk). 1990, V.24. P.478-86.

33. Tchurikov N.A., Chernov B.K., Golova Y.B., Nechipurenko Yu.D. Parallel DNA:
generation of a duplex between two Drosophila sequences in vitro. FEBS Lett. 1989, V.
257, P.415-418.

34. Sprizhitsky Yu.A., Nechipurenko Yu.D., Alexandrov A.A., Volkenstein M.V.

Statistical analysis of nucleotide runs in coding and noncoding DNA sequences. J Biomol
Struct Dyn. 1988, V.6, P.345-358.

35. Nechipurenko Yu.D. Anticooperative interactions between the nearest neighbor

chromatosomes. Biofizika. 1988, V.33, P.580-583.

36. Sprizhitskii Yu.A., Nechipurenko Yu.D, Aleksandrov AA, Vol'kenshtein MV.

Characteristics of nucleotide blocks in coding and non-coding DNA sequences from
different organisms. Mol Biol (Mosk). 1988, V.22, P.338-56.

37. Nechipurenko Yu.D., Gursky G.V. Cooperative effects on binding of proteins to

DNA. Biophys. Chem. 1986, V.24, P.195-209.

38. Nechipurenko Yu.D., Vol'kenshtein M.V. Analysis of the nucleosome arrangement

on satellite DNA. Dokl. Akad. Nauk SSSR. 1986, V.286, P. 216-220.

39. Nechipurenko Yu.D., Gurskii G.V. Analysis of the binding of proteins and antibiotics
with DNA fragments. Dokl Akad Nauk SSSR. 1985, V. 281, P.213-216.

40. Nechipurenko Yu.D. Binding of small molecules with nucleic acids possessing
tertiary structure. Biofizika. 1985, V. 30, P.231-232.

41. Nechipurenko Yu.D., Vol'kenshtein M.V. Synonymous codon usage at the ends of
double-stranded regions in the secondary structure of mRNA. Dokl Akad Nauk SSSR.
1985. V.282, P.721-724.

42. Skamrov A.V., Ribalkin I.N., Beabealashvili R.Sh., Gottikh B.P., Grokhovsky S.L.,
Nechipurenko Yu.D., Zasedatelev A.S., Gursky G.V., Zhuze A.L., Khorlin A.A. Specific
coverage of DNA by distamycin A, netropin and bis-netropsin molecules from the
DNAse I. Mol Biol (Mosk). 1985, V. 17, P. 177-195.

80
43. Nechipurenko Yu.D. Cooperation effects in binding of large ligands to DNA. II.
Contact interactions between adsorbed ligands. Mol Biol (Mosk). 1984, V. 18, P.1066-
1080.

44. Nechipurenko Yu.D. Zasedatelev A.S., Gurskii G.V. Cooperative effects during the
binding of large ligands with DNA. Non-contact interaction between adsorbed ligands.
Mol Biol (Mosk). 1984, V. 18, P. 798-812.

45. Kukhanova M.K., Burd S.B., Viktorova L.S., Nechipurenko Yu.D., Gottikh B.P.
Interaction of substrates and substrate-like inhibitors with the peptidyltransferase center
from Escherichia coli ribosomes. Mol Biol (Mosk). 1984,V.18, P.691-703.

46. Nechipurenko Yu.D., Krylov A.S., Zasedatelev A.S., Gurskii G.V. Interactions
between distamycin A analogs bound to DNA Mol Biol (Mosk). 1984, V.18, P.332-342.

47. Nechipurenko Yu.D., Bourd S.B. Theoretical model for binding of ligands to
ribosome. Europ. Journal of Biochemistry, 1983, 135, 469-470.

48. Nechipurenko Yu.D. Determination from binding isotherms of thermodynamic

parameters characterizing interactions between ligand molecules bound DNA. Studia
Biphys. 1982, 87, 217-218.

49. Streltsov S.A., Khorlin A.A., Surovaya A.N., Gursky G.V., Zasedatelev A.S.,
Nechipurenko Yu.D., Zhuze A.L., Gottikh B.P. Oligo-L-valin binds preferentially to GC-
regions on DNA. Studia Biophysica, 1982, 87, 189-190.

50. Surovaya A.N., Streltsov S.A., Khorlin A.A., Gursky G.V., Nechipurenko Yu.D.,
Zasedatelev A.S., Zhuze A.L., Gottikh B.P. Specific binding interactions between DNA
and oligopeptides which model the recognition sites of regulatory proteins. Studia
Biophysica, 1982, 87, 191-192.

51. Nechipurenko Yu.D. Thermodynamic parameters characterizing interaction between

ligand molecules adsorbed on a polymer. Biofizika. 1982 V. 27. P.391-398.

52. Nechipurenko Yu.D. Determination from binding isotherms of thermodynamic

parameters characterizing interactions between ligand molecules bound on DNA. Studia
Biophysica. 1982. V. 87. P. 217-218.

53. Nechipurenko Yu.D, Zasedatelev A.S, Gurskii G.V. Theory of one-dimensional

adsorption on homopolymer. Different orientation of bound ligand molecules. Biofizika.
1979, V. 24, P.351-361.

AWARDS

Stipend by the George Soros foundation, 1993

81
PROFESSIONAL SKILLS
BIOHYSICAL CHEMISTRY: Mathematical modeling of nucleic acids - ligand
binding
PROGRAMING: Fortran, Mathcad

EXPERIMENTAL: Phys-Chem Experiments in Solution (CD, UV, Fluorescence,

Melting curve)

MEMBERSHIP: Member of editorial board of Bioinformation.net

CURRICULUM VITAE

ALEXANDER S. KRYLOV

PERSONAL DATA

Address
Work: Institute of General Pathology and Pathophysiology
Russian Academy of Medical Sciences, street Batliyskaya 8,
121315, Moscow, Russia.
Tel: +7-(495)-601-2155, Fax: (7-095) 151-17-56
E-mail: akrylo2@mail.ru
Home: Polykarpova 8, flat 87, Moscow, 125284, Russia
Tel: +7-(495)-945-1932
Mobile: +7-(917)-518-59-15

EDUCATION:
1977-1980 Post-graduate course in the Engelhardt Institute of Molecular Biology ,
Moscow, Russia. Ph.D in Molecular Biophysics, June 1981
Ph.D. thesis:” The mechanism of DNA AT pairs recognition by antibiotic distamycin A”
1969 – 1975. Department of Molecular Biophysics, Physico-Chemical Faculty,
Moscow Institute of Physics and Technology (MIPT)
1975. Diploma M.S. in Physical Chemistry.

PROFESSIONAL EXPERIENCE
2004 – now. Institute of General Pathology and Pathophysiology
Russian Academy of medical Sciences, street Batliyskaya 8,
Leading Researcher and Consultant in Stemedica Ltd, USA.
Biochemistry of Lipids and Lipid – DNA Interaction. Biochemistry and biochemical
aspects of cell biology.
1999-2004. BioChip Center in Engelhardt Institute of Molecular Biology, Moscow,
Russia, Research Associate and consultant in US company ALGODIGN, LLC
Nucleic Acids-Protein and NA – Lipid interactions Application, developing of microchip
techniques, PCR on microchips, binding of proteins to microchip, DNA hybridization on
microchip.

82
1993-1999. Institute of Experimental Cardiology, Cardiology Research Center of Russia,
Moscow, Russia. Research Associate.
Research in the field of biochemistry of atherosclerosis and role of Oxysterol Binding
Protein. In collaboration with professor E.B.Thompson, UTMB, Galveston, Texas, USA.
1990-1999. The D.I. Ivanovsky Institute of Virology Russian Academy Medical
Sciences, Moscow, Russia. Senior Research Scientist
Research in the field of applied biochemistry purificacion of recombinant hepatitis B
surface antigen. In collaboration with Cadila Laboratories Ltd. Ahmedabad, India.
1986-1990. Institute of Biotechnology, Ministry of Medical Industry, Moscow, Russia.
Senior Research Scientist.
Research in field of enzymes of carbohydrate exchange and investigation of mechanism
of enzyme catalysis.
1975-1986. Engelhardt Institute of Molecular Biology, Moscow, Russia.
Probationer, Post graduate, Junior Research Scientist.
Research in the field of Nucleic Acids - Protein Recognition, Antibiotics binding to
specific DNA sequences

RESEARCH EXPERIENCE
Nucleic Acids – Protein (and Lipid) Interaction on the Microchip. Antibiotics and Drugs
– Nucleic Acids Interaction on the Microchip. Nucleic Acids – Protein and Ligand
Interaction measured by optical methods:(UV-Vis spectra, fluorescence, CD spectra).
Enzymatic reactions (PCR) on the Microchip. Proteins (enzymes and vaccines)
purification, electrophoretic analysis and modification. Enzymatic catalysis: enzymes of
carbohydrate exchange. Antibiotics investigation. Nucleic Acids isolation and analysis:
cloning, PCR,
MAJOR RESEARCH INTERESTS
1. Nucleic Acids – Protein Interactions . and Lipids – DNA Interactions.
2. Investigation of biochemical reactions by means of biochips (DNA Microarrays)
3. Drugs and dyes binding to DNA measured by microchip and optical methods.
4. General Biochemistry: Enzyme catalysis and protein purification and investigation.
Antibiotics and their mechanism of action.

TEACHING ACTIVITIES
Moscow Institute of Physics and Technology (MIPT),Department of Molecular
Biophysics.
Lecturer of the course “Methods of Applied Biochemistry”.

PATENTS

United States Patent Application, N 20030073091

Filed: December 27, 2001, Published: April 17, 2003
Krylov, Alexander S., Mirzabekov, Andrei, Prokopenko, Dmitry V., Zasedateleva Olga
A.,
Use of generic oligonucleotide microchips to detect protein-nucleic acid interaction.

Russian Patent RU 2182708 from 20.05.2002.

83
Application N 2000109793 from 17.04.2000
Mirzabekov A.D., Zasedatelev A.S., Krylov A.S., Zasedateleva O.A., Prokopenko D.V.
Massive parallel screening of the binding specificity of biologically active compounds to
single- and double-stranded DNA with nucleotide microchips

PUBLICATIONS (Selected)

1. Zhdanov RI, Krylov AS, Zarubina TV, Zhdanov AR, Amici A, Venanzi F. Effect of
phospholipid membranes on the specific and nonspecific transcription systems in vitro.
Dokl Biochem Biophys. 2005 May-Jun;402:193-6

2. Zhdanov RI, Shmyrina AS, Zhdanov AR, Krylov AS, Bruni P. Triple complexes of
metal (II) cations with nucleic acids and phospholipid vesicles: the role of physiological
cations (II).
Dokl Biochem Biophys. 2005 Nov-Dec;405:373-7.

3. Evdokimov IuM, Salianov VI, Krylov AS, Hechipurenko IuD, Volf AM, The
formation of liquid-crystalline dispersions of DNA-chitosan complexes under the
conditions of molecular crowding, Biofizika. 2004 Sep-Oct;49(5):789-99. Russian.

4. Mikheikin AL, Chudinov AV, Iaroshchuk AI, Rubina AIu, Pan'kov SV, Krylov AS,
Zasedatelev AS, Mirzabekov AD Dye with low specificity to nucleotide sequences of
DNA: use for assessing the quantity of oligonucleotides, immobilized in cells of
biological microchips,
Mol Biol (Mosk). 2003 Nov-Dec;37(6):1061-70. Russian

5. V.R.Chechetkin, D.V.Prokopenko, O.A.Zasedateleva, G.I.Gitelson, E.S.Lomakin,

M.A.Livshits, 1L.Malinina, A.Y.Turygin, A.S.Krylov, A.D.Mirzabekov. Analysis of
Binding Specificity of Disulfide Bonded Dimeric - Cro V55C Protein with Generic
Hexamer Oligonucleotide Microchip. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics,
2003, Volume 21,Issue Number 3, ©Adenine Press (2003

6. Zasedateleva O.A., Krylov A.S. , Prokopenko D. V,. . Skabkin M. A,. Ovchinnikov L.

P,. Kolchinsky A., Mirzabekov A. D., Specificity of Mammalian Y-box Binding Protein
p50 in Interaction with ss and ds DNA Analyzed with Generic Oligonucleotide
Microchip, Journal of Molecular Biology, Vol. 324, No. 1, November 15, 2002, pp. 73-
87

7. Krylov A.S, Zasedateleva O.A, Prokopenko D.V, Rouviere-Yaniv J, Mirzavekov A.D.

Massive parallel analysis of the binding specificity of histone-like protein HU to single-
and double-stranded DNA with generic oligodeoxyribo- nucleotide microchips. Nucleic
Acids Res., 2001, Vol. 29(12), pp.2654-2660.

84
8. Johnson B.H, Russell M.J, Krylov A.S, et al. Structure-apoptotic potency evaluations
of novel sterols using human leukemic cells. Lipids (United States), Mar 2000, 35(3)
p305-315

9. Krylov A.S, Shevelev A.Ia, Kosenkov E.I, et al. Change in cholesterol metabolism in
HepG2 cells caused by antisense RNA to the oxysterol-binding protein gene. Dokl Akad
Nauk (Russia), Oct 1999, 368(6) p830-2

10. Misharin A.Iu, Krylov A.S, Alquier C, et al. Affinity of 3-beta-(2-hydroxyethoxy)-5-

alpha-cholest-8(14)-ene-15-one to oxysterol binding protein and its metabolism in
HepG2 hepatoma cells Bioorg Khim (Russia), Apr 1997, 23(4) p297-303

11. Neustroev K.N, Krylov A.S, Firsov L.M, et al. Isolation and properties of beta-
mannosidase from Aspergillus awamori. Biokhimiia (USSR), Aug 1991, 56(8) p1406-
1412

12. Neustroev K.N, Krylov A.S, Abroskina O.N, et al. Isolation and properties of alpha-
galactosidase from Aspergillus awamori. Biokhimiia (USSR), Mar 1991, 56(3) p447-457

13. Khorlin A.Ia, Krylov A.S, Abroskina O.N, et al. Alpha-mannosidase isolated from in
vitro growing Panax Ginseng C.A.Mayer cells. Biokhimiia (USSR), Feb 1991, 56(2)
p314-319

14. Iagudin V.Ia, Krylov A.S Antigenic structure of endotoxins from Bacillus
thuringiensis.
Prikl Biokhim Mikrobiol (USSR), Jan-Feb 1990, 26(1) p85-92

15. Sazykin A.Iu, Krylov A.S, Navashin S.M Isolation and properties of beta-lactamase
of the cephalosporinase type from cells of Enterobacter aerogenes 6803. Antibiotiki
(USSR), Nov 1984, 29(11) p810-4

16. Sazykin A.Iu, Krylov A.S, Vakulenko S.B, et al. Determination of beta-lactamase
types of clinical strains of bacteria using a modified microiodometric method. Antibiotiki
(USSR), Jun 1984, 29(6) p413-7

17. Nechipurenko Iu. D, Krylov A.S, Zasedatelev A.S, et al. Interactions between
distamycin A analogs bound to DNA. Mol Biol (Mosk) (USSR), Mar-Apr 1984, 18(2)
p332-42

18. Gursky G.V, Zasedatelev A.S, Krylov A.S, et al Synthetic sequence-specific ligands.
Cold Spring Harb Symp Quant Biol (United States), 1983, 47 Pt 1 p367-78

19. Krylov A.S Molecular models of DNA binding with antineoplastic antibiotics
specific for certain DNA bases Antibiotiki (USSR), Mar 1982, 27(3) p221-34

85
20. Mikhailov M.V, Zasedatelev A.S, Krylov A.S, et al. Mechanism of AT base pairs
recognition by molecules of dye "Hoechst 33258" Mol Biol (Mosk) (USSR), May-Jun
1981, 15(3) p690-705

21. Khorlin A.A, Krylov A.S, Grokhovsky S.L, et al. A new type of AT-specific ligand
constructed of two netropsin-like molecules. FEBS Lett (Netherlands), Sep 8 1980,
118(2) p311-

22. Krylov A.S, Khorlin A.A, Grokhovskii S.L, et al. Synthetic ligands capable of
"recognizing" DNA AT-sequences possessing a 2nd-order axis of symmetry Dokl Akad
Nauk SSSR (USSR), Sep-Oct 1980, 254(1) p234

23. Zasedatelev A.S, Mikhailov M.V, Krylov A.S, et al. Mechanism of recognition of
AT-pairs in DNA by molecules of the dye Hoechst 33258 Dokl Akad Nauk SSSR (USSR),
1980, 255(3) p756-60

24. Krylov A.S, Grokhovskii S.L, Zasedatelev A.S, et al. Reaction of fluorescent labeled
analogs of the antibiotic distamycin A with synthetic polydeoxyribonucleotides Biofizika
(USSR), Jan-Feb 1979, 24(1) p181-8

25. Krylov A.S, Grokhovsky S.L, Zasedatelev .AS, et al. Quantitative estimation of the
contribution of pyrrolcarboxamide groups of the antibiotic distamycin A into specificity
of its binding to DNA AT pairs. Nucleic Acids Res (England), Jan 1979, 6(1) p289-304

26. Krylov A.S, Grokhovskii S.L, Zasedatelev A.S, et al Quantitative assessment of the
contribution of the pyrrolcarboxamide groups in distamycin A antibiotic in achieving its
binding specificity with DNA AT-pairs Dokl Akad Nauk SSSR (USSR), 1978, 239(3)
p732-5

27. Krylov A.S, Gurskii G.V, Kondrat'eva N.O, et al. Structure of DNA complexes with
regular polypeptides Mol Biol (Mosk) (USSR), Mar-Apr 1978, 12(2) p297-307.

Vasily V. Kuvichkin Ph.D-CV

Vasily V. Kuvichkin Ph.D., Senior Staff Scientist , Laboratory of Mechanisms of

Reception, Institute of Cell Biophysics of the Russian Academy of Sciences, ,
Pushchino, 3, Institutskaya, 142290 Moscow region, Russia
Phone: +7(4967735243), Fax:(4967) 33-05-09 E-mail:vkuvich@email.com
(i) Professional Preparation
Rostov on the Don State University Physics, B.S., 1976
Moscow State University Molecular Biology M.S., 1980
Institute of Biophysics of RAS Biophysics PhD. 1990
(ii) Appointments

86
 Senior Staff Scientist , Institute of Cell Biophysics, Russian Academy of Sciences
Senior Staff Scientist, Institute of Theoretical and Experimental Biophysics , Russian
Academy of Sciences,
Researcher, Institute of Applied Microbiology, Ministry of Microbiology of USSR,
(iii) Publications

Most closely related to the proposed project

Kuvichkin V. V. et all 2007 Two paper in publication.
Kuvichhkin V.V. 2002, Lipid-nucleic acids interactions in vitro and in vivo,
Bioelectrochemistry 58, pp. 3– 12
Kuvichkin V.V. DNA-membrane complexes, mitochondria and aging 2002
Bioelectrochemistry, v 56(2),pp.189-193.
Kuvichkin V.V., Uteshev V.K., 2003 The role of lipid-nucleic acids interactions in
nuclear envelope and pore complex assembly Biophysics, v.48 (2) , pp.
Sukhorukov BI, Petrov AI, Kazarian RL, Kuvichkin VV. Formation of complexes
between DNA and cationic amphiphile molecules by the fluorescent probe
method, Biofizika, 2000 ;45(2):245-53.
Novikov VV, Kuvichkin VV, Novikova NI, Fesenko EE. Effect of weak magnetic fields
on the capacity of various proteins and polyamino acids to form complexes with
DNA. Biofizika. 2000 ;45(2):240-4.
Fesenko EE, Novikov VV, Kuvichkin VV, Iablokova EV. Effect of treated with weak
magnetic field aqueous salt solutions on the intrinsic fluorescence of bovine
serum albumin. Isolation from solutions and partial characterization of the
biologically active fluorescing fraction.Biofizika. 2000 ;45(2):232-9.

Other significant publications

Zhdanov RI, Kuvichkin VV. Role of DNA-membrane interactions in prokaryote-to-
eukaryote transition: an hypothesis. Cytobios. 1998;96(383):151-156.
Novikov VV, Kuvichkin VV, Fesenko EE. Effect of weak combined low frequency
constant and alternative magnetic fields on intrinsic fluorescence of proteins in
aqueous solutions.Biofizika. 1999 Mar-Apr;44(2):224-30.
KuvichkinV.V., Emeljanenko V.I, Kuznetsova S.M., ZhdanovR.I., Petrov A.I.,
Calorimetric study of the complexes: polyA*polyU -phosphatidylcholine
liposomes-Mg++., Biophysics, 1999 v.44,N3,pp.386-394.
Zhdanov R.I., Kuvichkin V.V., 1993," Membrane phospholipids act as DNA/RNA
receptors during formation of specific DNA-nuclear membrane contacts and gene
expression",in:NEW DEVELOPMENT IN LIPID-PROTEIN INTERACTIONS
AND RECEPTOR FUNCTION (Gustafson J.A.and Wirtz k.W.A., eds.), Plenum,
New York,pp.249-262
(iv) Synergistic Activitie
invited speaker at the International Biophysics Congress, August 27th-Sept1th
2005,Montpellier, France.
Invited Speaker at the European Biophysics Congress, 2003, Alicante, Spain.
Invited Speaker at the 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and
Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress, 2006, Kyoto, Japan.

87
 CV-Prof. Gennady A. Evtugyn

Gennady A. Evtugyn
Department of Analytical Chemistry of
A.M.Butlerov Chemistry Institute of
Kazan State University
18, Kremlevskaya Street, 420008 Kazan Russian Federation
e-mail: Gennady.Evtugyn@ksu.ru
Phone: +7-843-2315491
Fax: +7-843-2315416

Gennady Evtugyn, born 29 July 1962, Russian.

1987: Chemist-researcher, senior researcher at Kazan State University
1995: Associated Professor of Applied Ecology Department of Kazan State
University
2000: Full Professor of Applied Ecology Department
2004: Full Professor of Analytical Chemistry Department
2007: Head of Analytical Chemistry Department
Degrees: Candidate of Chemical Science (Ph.D.) at Kazan State
University; 1987, Physical Chemistry (organic electrosynthesis)
Senior Doctor of Sciences at Saratov State University; 1999,
cholinesterase based biosensors

Member of Commission for Electrochemical Methods of Analysis and of

Biochemical and Biological Methods of Analysis, Russian
Academy of Sciences. Adviser for 7 candidate dissertations.
More than 100 publications, among them 32 articles in international
journals.

Scientific Interests: electroanalytical chemistry, analysis of bioactive

compounds, electrochemical biosensors and DNA sensors,
electropolymerization.

Experience of International Cooperation:

2000 - Research team leader of INTAS Project 00-273
2002 - Research team leader of NATO Linkage grant
2002 - at present - member of KSU research team of BRHE project program
(Research-educational center "Materials and Technologies of 21 century"
REC-007)

Selected List of Publications:

1. G.A.Evtugyn, A.Porfireva, T.Hianik, M.S. Cheburova, H.C. Budnikov
Potentiometric DNA sensor based on electropolymerized phenothiazines for

88
protein detection, Electroanalysis 20 (2008) 1300-1308.
2. G.Evtugyn, M.Ryabova, T.Hianik, A. Porfireva, Aptasensor for thrombin
based on carbon nanotubes-methylene blue composites, Electroanalysis 20
(2008) 2310-2316.
3. T. Hianik, I.Grman, A.Profireva, G.EvtugynAptabodies - new type of
artificial receptors for detection proteins, Protein Pept. Lett. 15
(2008) 799-805.
4. A.Ivanov, G. Evtugyn, ; H. Budnikov, S. Girotti, S.Ghini, E.Ferri,
A.Montoya, J.V.Mercader, Amperometric immunoassay of azinphos-methyl in
water and honeybees based on indirect competitive ELISA, Anal.Letters
41, 3 (2008) 392-405.
5. A.Porfirieva, G.Evtugyn, T.Hianik, Polyphenothiazine modified
electrochemical aptasensor for detection of human <alfa>thrombin,
Electroanalysis 19 (2007) 1915-1920.
6. G.A. Evtugyn, S.A. Eremin, R.P. Shaljamova, A.R. Ismagilova, H.C.
Budnikov, Amperometric immunosensor for nonylphenol determination based
on peroxidase indicating reaction, Biosens. Bioelectron. 22 (2006) 56-62.
7. G.A.Evtugyn, O.E.Goldfarb, H.C.Budnikov, A.N.Ivanov, V.G.Vinter,
Amperometric DNA-peroxidase sensor for the detection of pharmaceutical
preparations, Sensors 5 (2005) 364-376.
8. E.Suprun, G.Evtugyn, H.Budnikov, F.Ricci, D. Moscone, G.Palleschi,
Acetylcholinesterase sensor based on screen-printed carbon electrode
modified with Prussian Blue, Anal. Bioanal. Chem. 2005. V.383. P.597-604.
9. T.Hianik, V.Ostatna?, Z.Zajacova?, E.Stoikova, G.Evtugyn, Detection
of aptamer--protein interactions using QCM and electrochemical indicator
methods, Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 15 (2005) 291-295.
10. G.Evtugyn, A.Mingaleva, H.Budnikov, E.Stoikova, V.Vinter, S.Eremin,
Affinity biosensors based on disposable screen-printed electrodes
modified with DNA, Anal. Chim. Acta 479 (2003) 125-134.

89
Not : “Proje Başvuru Formu” nda (Form-1) yer alması gereken bilgiler ile bu forma
eklenmesi gereken diğer bilgi ve belgelerin eksiksiz olması amacıyla, aşağıda bulunan
“Kontrol Listesi” ni mutlaka işaretleyiniz ve “Kontrol Listesi” ni birinci sayfa olarak
iliştiriniz.

90
91