Tr. J.

of Biology 23 (1999) 293302 TBTAK

Derleme Makale

Polisiklik Aromatik Hidrokarbonlarn Biyolojik Olarak Paralanmas

smail DEMR, Zihni DEMRBA
Karadeniz Teknik niversitesi, Fen-Edebiyat Fakltesi, Biyoloji Bm, 61080, TrabzonTRKYE

Geli Tarihi: 07.05.1998

zet: Petrol ve petrol trevleri olan polisiklik aromatik hidrokarbon (PAH)lar, petrol dklmesi ve fosil yaktlarnn tamamen yanmamas sonucu evreye atlan, yaygn organik kirleticilerdir. PAHlarn ou evrede uzun sre kalmalar ve birikimleri sonucu, evre kirlenmesine sebep olurlar ve biyolojik dengeyi nemli lde etkilerler. PAHlarn mikroorganizmalar tarafndan yklmlar, biyokimyasal ve genetik alardan incelenmitir. Bu kimyasal yollarn bazlarnn genleri, ounlukla kromozom d elementlerde bulunmaktadr. PAHlar paralayan mikroorganizmalarn belirlenmesi, izolasyonu ve karakterizasyonu, evrenin daha ksa bir srede temizlenmesi asndan byk nem tamaktadr. Kirletici zelliklerinden dolay biyolojik dengeyi nemli lde etkileyen, polisiklik aromatik hidrokarbon (PAH)lardan evrenin temizlenmesi, evre ve uygulamal mikrobiyoloji asndan olduka nemlidir. Bu derleme makalede, evreye bulaan hidrokarbonlarn biyolojik olarak paralanmalar zerinde durulacaktr. Anahtar Szckler: Polisiklik Aromatik Hidrokarbon, evre Mikrobiyolojisi, Biyolojik Paralanma.

Biodegradation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons

Abstract: Polycylic aromatic hydrocarbons (PAHs), such as petroleum and petroleum derivatives, are widespread organic pollutants entering the environment, chiefly, through oil spills and incomplete combustion of fossil fuels. Since most PAHs are persist in the environment for a long period of time and bioaccumulate, they cause environmental pollution and effect biological equilibrium dramatically. Biodegradation of some PAHs by microorganisms has been biochemically and genetically investigated. Gene locations for some of these pathways are frequently found in exrachromosomal elements. Determination, isolation and characterization of microorganisms which participate in the bidegradation of PAHs have great significance in the decontamination of the environment in shorter periods. Decontamination of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), which cause environmental pollution and effect biological equilibrium dramatically, has also great significance for environmental and applied microbiology. In this review article, we focussed on the biodegradation of hydrocarbons which contaminates the environment. Key Words: Polycyclic Aromatic Hydrocarbon, Environmental Microbiology, Biodegradation

293

Polisiklik Aromatik Hidrokarbonlarn Biyolojik Olarak Paralanmas

Giri evre sorunu dnyann pek ok yerinde zellikle son 20 ylda gncel hayata girmi, acilen zm bekleyen bir problemdir. Ormanlarn tahribi ve erozyon, dzensiz ehirleme ve yeil alan azalmas, kylarn bozulmas, sanayide kullanlan kimyasal maddelerin canllar zerindeki olumsuz etkileri, nklear enerjili termik santraller ve polisiklik aromatik hidrokarbon (PAH)larn ekolojik dengede yapm olduklar tahribat sadece Trkiyede deil, dnyada da zmleri aranan sorunlar haline gelmitir. Petrol ve petrol trevi olan PAHlar, kullanm esnasndaki hatalar ve ihmaller sonucunda, petrol dklmesi ve fosil yaktlarn tamamen yanmadan atlmalaryla evreye bulaan ve sucul ve karasal ekosistemlerde uzun sre kalabilen evresel bileikler snfndandrlar. Dnyada, ou antropojenik kaynaklardan olmak zere ylda, 1.7- 8.8 milyon metre ton petrol retildii ve bunun nemli bir miktarn da zaral olarak ya kullanm sonucu ya da kullanlmadan evreye dnd bilinmektedir (1). evreye dklen PAH kirliliinin etkisi uzun ve ksa sreli olabilir. Uzun sreli etki henz iyi bilinmezken, ksa sreli etki olduka iyi aydnlatlmtr ve bu etki de kaplama veya havasz brakma ve zehirleme eklindedir. Bunlardan kaplama veya havasz brakma n geiini azaltma, znm oksijeni azaltma, deniz kularna zarar verme ve havasz brakma eklinde zararl olur. Ayrca, PAHlarn toksik, mutajen ve kanserojen zelliklerinin de olduu bilinmektedir (2, 3). eitli kaynaklardan doaya verilen ve sonunda okyanus ve denizlere ulaan PAHlarn bir ksm, eitli olaylar sonucu zamanla gzden kaybolur. Bu, kirlenmenin sona erdiini gstermez. Hidrofobik zelliklere sahip olan PAHlar suda znmeyip sadece dalr ve sspanse olmu partiklleriyle suyu sararlar (4). Su ortamlarnda kmelerinin bir sonucu olarak gl, nehir, nehir az ve okyanuslarda byk PAH sedimenterini olutururlar. Deniz sedimentlerindeki PAH konsantrasyonlar 100 ng/gdan 100.000 ng/g sedimente kadar deiebilir (5). Sahil ekosistemlerinde yalarn varlnn anlalmas olduka nemlidir. Bu ekosistemlerdeki yksek PAH seviyeleri insan saln bozar ve deniz ortamndaki kurulu dengeyi de thrip eder. Deniz yzeyine den PAHlarn yaklak %25i bir gn iinde buharlar. Kalann byk bir ksm emlsiyon haline dnr ve kk tanecikler halinde suya karr. Taneciklerin ar metal ihtiva edenleri de dibe kerek sedimentleri olutururlar ve bylece, yeni bir problemin domasna sebep olurlar. Petroln bir ksm emlsiyon haline gelmeden fotolitik olarak, bir ksm da mikroorganizmalar tarafndan paralanr. Denizlerdeki mikrooganizmalar kuvvetli PAH paralayclardr. PAHlar fotooksidasyon ve kimyasal oksidasyon yollaryla paralanrlar. Ancak, biyolojik transformasyon PAHlarn doadan temizlenmesinde hakim duruma gelimitir. PAHlarn doal mikroorganizma populasyonlar tarafndan biyolojik olarak paralanmalar, evrenin petrol ve dier hidrokarbon kirliliklerinden eliminasyonunda primer mekanizmadr (1). Hem prokaryotik hem de karyotik biyolojik paralama mekanizmalar, PAH halkalarna enzimatik tutunmann balamas iin bimolekler oksijenin varlna ihtiya duyar (6). Bununla beraber, birok bakteri, dk molekler arla sahip PAHlar karbon ve enerji kayna olarak kullanabilirler (7, 8). 294

. DEMR, Z. DEMRBA

PAHlarn bakteriyal paralanmalar biyokimyasal ve genetik olarak gereklemektedir (9, 10, 11). Bu yollar iin ekstrakromozomal gen lokasyonlar mevcuttur. Deniz, tatlsu ve toprak ekosistemlerindeki petrol ve hidrokarbonlarn biyolojik olarak paralanma yollarn aydnlatmaya ynelik eitli almalar vardr. u ana kadar naftalen (12), fenantren (13, 14, ) ve antrasen (8) gibi eitli PAHlarn bakteriler tarafndan paralanmalar allmtr. Naftalenin bir plazmidde mevcut olan genlerin kodlad enzimler tarafndan paraland bulunmutur (12). almalarn ou zaman, denizlerdeki yalarn degredasyonu zerine younlat dikkat ekmektedir (15, 16). evredeki hidrokarbon kirliliklerinin biyolojik olarak paralanma oranlarnn arttrlmas iin son zamanlarda doal ve biyolojik esasl temeller kullanlarak oluturulmu mikroorganizmalarn kullanlmalar dnlmektedir. Hidrokarbonlarn Mikrobiyal Paralanmalar evreye bulaan hidrokarbonlarn doal mikroorganizma populasyonlar tarafndan biyolojik olarak paralanmalar, PAH kirliliklerinin yok edilmesinde primer mekanizmadr (1). Biyolojik olarak paralanma, PAH bulam ortamlara doal mikroorganizmalar ekilerek hzlandrlr. Ancak, bu ii farkl mikroorganizmalar yaptndan, ekilecek mikroorganizmalar eitli olmaldr. Ayrca, dklen PAHlarn ekilen mikroorganizmalarla birka gn temasta kalmalar saanmaldr. PAHlarn paralanmas gibi baz metabolik fonksiyonlar plazmidlerde kodlanan genler tarafndan gerekletirilir (11, 17). Katabolik plazmidler, bir organizmann bymesi ve hayatn devam ettirmesi gibi grevler stlenen zorunlu genetik elementler olmamasna ramen, hcrelere, kendilerinde mevcut olmayan metabolik ok ynllk katarlar. PAHlarn mikrobiyal paralanmalar deiik biyolojik faktrlerin yansra, eitli evresel parametrelerden de etkilenir (16).

Hidrokarbonlarn Yklmlarn Etkileyen Biyotik Faktrler

evreye bulam PAHlar primer olarak bakteri ve funguslar tarafndan paralanrlar (7,8). Mikroorganizmalar, hidrokarbonlar yalnz balarna, sadece snrl oranlarda metabolize ederler. Bu nedenle toprak, su ve deniz ortamlarnda kompleks hidrokarbonlar paralayabilmek iin geni enzimatik kapasitelerinden dolay kark kltrlere ihtiya duyulur. u ana kadar yaplan almalarda, Floodgate (18), denizde 25 hidrokarbon-paralayan bakteri ve 27 fungus cinsini listelemitir. Yaplan benzer bir derlemede de toprak izolatlarnn 22sinin bakteriyal, 31inin fungal cinslere dahi olduu belirlenmitir (19). Yaynlanm almalardan hareketle, hem toprak hem de deniz ortamlarnda en nemli hidrokarbon-paralayan bakterilerin Achromobacter, Acinetobacter, Alcaligenes, Arthrobacter, Bacillus, Flavobacterium, Nocardia, Pseudomonas ve korineformlar olduklar tespit edilmitir (16). Chesapeake Krfezi suyu ve sedimentinden alnan rneklerdeki petrol paralayan bakterilerin nmerik snflandrlmasnda Pseudomona, Micrococcus ve Nocardia Enterobacteriaceae familyas yeleri, aktinomisetler ve korineformlarn fazla miktarda olduklar bulumutur (20). Funguslar arasnda Aureobasidium, Candida, Rhodotorula ve Sporobolomyces spp. genel deniz izolatlar ve Trichoderma ve Mortierella spp. de genel toprak izolatlardr. Hidrokarbon-paralayan Aspergillus ve Penicillium spp. her iki ortamdan da ska izole

295

Polisiklik Aromatik Hidrokarbonlarn Biyolojik Olarak Paralanmas

edilmitir. Kirk ve Gordon (21)un almalarna dayanarak, kumsal-adapta cinsler olarak Corollospora, Dentryphiella, Lulworthia ve Varicosporina da listeye ilave edilmitir. Bakterilerin, deniz ortamnda mikrobiyal kommnitenin predominant hidrokarbonparalama zellii gsteren elementleri olduklar dnlmektedir. Dier yandan, sahile yakn blgelerde (22), gel-git olay sahalarnda (20, 23), tuz bataklklar ve tropik kylarda funguslarn da saylarnda art olduu belirlenmi ve bu funguslarn da mikroflorann bir bileeni olduklar gsterilmitir (18). Baz almalarda, deniz ortamndaki hidrokarbonlarn bakteri ve funguslar tarafndan paralanma dereceleri karlatrlmtr. Valker ve Colwell (24), Chesapeak Krfezinde 0 ve 5Cde model bir petrol paralayan bakterileri belirlediklerini, 10Cde ise flamentsiz funguslarn petrol paralanmasna yardm ettiklerini bildirmilerdir. Hidrokarbon-paralayan bir fungus olan Cladosporium resinae inoklme ilave edildii zaman, petrol paralanmasnn %2040n meydana getirdii gzlenmitir. Drt ay boyunca petrol-bulam sedimentlerdeki maya populasyonunun artt fakat, petrol olmasna ramen, ak-okyanus sularnda azald da belirlenmitir (22). Ayrca, Amoco Cadiz Kuzey Denizine dklen ham petrol ile birlikte yaamaya alm az sayda maya da tespit edilmitir (25). Su ekosistemlerindeki PAHlarn paralanmasnda fungus ve bakterilerin etkinliklerinin karlatrld almalarn az olduu bilinmektedir. Mayalar, gl ve nehirlerde ak okyanuslardan daha fazla bulunur. Kflerin says ise genelde tatl su sedimentlerindeki hidrokarbon-kullanan bakterilerin, maya ve flamentli funguslarn 100-kat fazla sayda olmalarna ramen, iki grubun biyomaslar arasndaki ilikilerin hemen hemen eit olduu rapor edilmitir (26). Bakteri ve funguslar, toprakta da fazla miktarda bulunurlar ve her iki grubun younluklar PAHla biyolojik olarak paralanmalarn ayarlar. Hidrokarbon-kullanan bakteri ve funguslar PAH bulam topraklardan kolayca izole edilebilirler. Petrol ve petroll maddelerin topraa inoklasyonlar, ortamdaki bakteri ve funguslarn saylarnn artmasna sebep olur. Topraktaki hidrokarbonlarn bakteri ve funguslar tarafndan paralanma oranlarnn karlatrld bir almada, kum dolu bir yerde n-heksadekann kulanmnn %82sinin bakteriler ve sadece %13nn funguslar tarafndan yapld gzlenmitir (27). Alg ve protozoalar da sucul ve karasal ekosistemlerin her ikisinde de bulunabilen mikrobiyal kommnitenin nemli yelerindendirler. Ancak, hidrokarbon paralamadaki gereklilikleri kesin olarak bilinmemektedir. Bununla birlikte, ham petrol karm bir hidrokarbon substratn kullanabilen bir alg olan Prototheca zopfi izole edilmitir (28). Yine benzer bir almada, naftaleni okside eden 9 siyanobakter, 5 yeil alg 1 krmz alg, 1 kahverengi alg ve 22 diatome tespit edilmitir (29). Protozoalarn hidrokarbon kullanmad bilinmektedir. Hidrokarbonkullanan maya ve bakterilerin bulunduu bir ortama protozoa kltr ekildiinde, bunun ham petrol direkt olarak kullanamad belirlenmitir (30).

Hidrokarbonlarn Ykmlarn Etkileyen Abiyotik Faktrler Ya ve hidrokarbonlarn kimyasal kompozisyonlar: Petrol hidrokarbonlar znrler, aromatikler, asfaltlar (fenol, ya asitleri, keton ve porfirin) ve rezinler (piridinler, quinolinler,
296

. DEMR, Z. DEMRBA

karbazoler, slfokridler ve amidler) olmak zere drt snfa ayrlrlar. Yaplarndaki bu farklla bal olarak mikrobiyal tutunma ynnden de hidrokarbonlar farkl hassasiyetlere sahiptirler. Bu hassasiyetleri n-alkanlar > dall alkanlar > kk molekler arlkl aromatikler > sikloalkanlar eklinde sralanabilir (31). Paralanma oranlarnn en yksek znrlerde olduu, bunun hafif aromatikler ve yksek molekler arlkl aromatikler tarafndan takip edildii belirlenmitir (32).

Ya ve hidrokarbonlarn fiziki durumu: Suya dklen ya dalr ve yzeyde bir tabaka oluturur. Rzgar ve dalga hareketleri sonucu su-ya karm meydana gelir. Bu emlsiyonun oluumu, ya yzeyinde art meydana getirir. Bylece, mikrobiyal saldr iin geni bir yzey olumu olur (33). Ya ve hidrokarbonlarn konsantrasyonlar: Sv ekosistemlerde birok organik bileiin kullanlma ve ykm oranlar, Michaelis-Manten kinetiklerine uygun olarak bileiklerin konsantrasyonlaryla orantldr (34). Naftalen ve fenantren gibi yksek molekler arlkl polisiklik aromatik hidrokarbonlarn kullanlma oranlar toplam madde konsantrasyonundan ziyade suda zlmeleriyle ilikili olduklar belirlenmitir (35). Scaklk: Scaklk, petroln kimyasal kompozisyonu ve fiziksel yapsn, mikroorganizmalar tarafndan metabolize olma orann ve mikrobiyal kommnitelerin yapsn etkilemesi ynleriyle hidrokarbonlarn biyolojik paralanmalarn etkiler. Dk scaklklarda, yan viskozitesi artar. Ksa zincirli alkanlarn buharlama oranlar azalr. Bunlara bal olarak hidrokarbonlarn suda znrll de artar. Biyolojik paralanma oranlar genellikle scakln azalmasyla azalr. Bunun, primer olarak enzimatik aktivitenin veya Q10 etkisinin azalmasnn bir sonucu olduuna inanlmaktadr (36,37). Yaklak 30-40C arasnda hidrokarbon toksiditesinin artt belirlenmitir (19). Bununla beraber, termofilik hidrokarbon kullanan bakterierin de mevcut olduu bilinmektedir (38). Oksijen: Alifatik (39), siklik (31) ve aromatik (8) hidrokarbonlarn bakteri ve funguslar tarafndan katabolizmalarnn ilk adm, substratn oksijenazlar araclyla oksidasyonudur. Oksijenazlar substrata tutunmak iin molekler oksijene ihtiya duyarlar. Bu nedenle evredeki hidrokarbonlarn mikrobiyal oksidasyonu iin aerobik artlar gereklidir. Deniz ve tatlsu ortamlarnda suyun st yzeylerinde normal olarak oksijen snrlayc artlar olumaz. Ancak, sucul ortamlarda sedimentler yzeyindeki ince bir tabaka hari genellikle anaerobiktir (40). Oksijenin topraktaki varl ise oksijenin mikrobiyal kullanlma oranna, toprak derinliine, topran suya doyup doymamasna ve oksijen tketimine yol aabilen madde paralanmalarna baldr (19). Besinler: Hidrokarbonlarn dk konsantrasyonlarda inorganik besin ihtiva eden sucul ortamlara salnmlar, mikrobiyal byme iin zararl olan karbon/azot veya karbon/fosfor bileiklerinin meydana gelmesine sebep olur (41). Nehir, deniz ve gl ve bunlarn sedimentleriyle birlikte yeralt sularnda azot ve fosforun bulunmas hidrokarbonlarn mikrobiyolojik paralanmalarn snrlar (42, 43). Tuzluluk : Hidrokarbonlarn mikrobiyal paralanmalar zerine tuzuluun etkisinden bahseden birka alma vardr. Bunlarn birinde, Shiaris (15) nehir az sedimentinde naftalen ve fenantren kullanma oranlar ve tuzluluk arasnda genellikle pozitif bir korelasyon olduunu rapor etmitir.
297

Polisiklik Aromatik Hidrokarbonlarn Biyolojik Olarak Paralanmas

Basn : Hidrokarbonlarn biyolojik paralanmasnda bir deiken olarak basncn nemi daha ok derin-deniz ortamlarnda ortaya kmaktadr. Basncn etkisi Schwarz ve arkadalar (44) tarafndan, derin-deniz bakterilerini kullanarak tetradekan, heksadekan ve kark hidrokarbonlarn paraland almalarla belirlenmitir. Su aktivitesi : Topran su potansiyeli veya su aktivitesi 0.0dan 0.99a kadar deiebilir. Karasal ekosistemlerdeki hidrokarbonlarn biyolojik olarak paralanmalar, mikrobiyal byme ve metabolizma iin topraktaki su tarafndan snrlanabilir. Dibble ve Bartha (45), ya amurunda yaptklar bir almada %90 su doymuluunda paralanmann optimal olduunu bulmular. pH : Toprak pH topran ihtiva ettii maddelere bal olarak 2.5ten 11.0a kadar deiebilir (19). ou heterotrofik bakteri ve funguslar ntraliteye yakn bir pH tercih ederler (46). Baz topraklarda olduu gibi ekstrem artlarn, mikrobiyal populasyonlarn hidrokarbon paralama zellikleri zerinde negatif bir uyarm meydana getirmesi beklenmektedir. Verstraete ve arkadalar (47), pH 7.4e ayarlayarak bir asidik (pH4.5) topraktaki gaz yann paralanma orannn iki katna ktn buna ilave olarak, pHn 8.5e ykseltilmesi durumda orann nemli lde azaldn tespit edilmitir.
Mikroorganizmalarn Hidrokarbonlara Adaptasyonu

Mikroorganizmalarn nceden Hidrokarbonlara Maruz Kalmalarnn Adaptasyondaki Rol

Bir mikrobiyal kommnitenin, hidrokarbonlara nceden maruz kalmas, hidrokarbonlarn hzl bir ekilde nasl paralanabildiinin aydnlatlmasnda nemlidir. Kommnitenin, hidrokarbon-okside etme potansiyelinde art meydana getiren bu hadise adaptasyon olarak bilinir. Adaptasyon ile ilgili mekanizma bilinmektedir. Bunlar; (i) spesifik enzimlerin uyarlmalar ve/veya basklanmalar, (ii) yeni metabolik zellikler ile sonulanan genetik deiiklikler ve (iii) ilgili bileiklerin trasform olabildii organizmalarn seici olarak zenginletirilmesidir. Seici zenginletirme, evrede hidrokarbon ve petrol paralanmas almalarnda geni bir ekilde ele alnmtr. Floodgate (18), Bossert ve Bartha (19), Walker ve Colwell (24), Atlas (49) ve Cooney (33) tarafndan derlenen almalar, genel olarak ekosistemin kontaminasyon derecesini yanstan hidrokarbon-kullanan mikroorganizmalarn seviyelerini gstermitir. Baz almalar, eitli heterotrofik populasyonlarn deimediini ancak, baz durumlarda ortamlarda hidrokarbon-paralayan yeni birka cinsin varln gstermitir. Hidrokarbon bulamasnn mikrobiyal kommnitenin genetik kompozisyonu zerine olan etkisinin evresel veya lokal artlara bamllk gsterdii sanlmaktadr.

Mikrobiyal Kommnitenin Genetik Kompozisyonunun Deimesiyle Adaptasyon

Mikrobiyal kommnitelerin kimyasal kontaminantlara adaptasyonu enzim basklanmas veya uyarlmas, genetik deiiklik ve seici zenginletirme ekinde olmaktadr. Bu mekanizmalarndan sadece ncs ayrntl ekilde incelenmitir. Mikrobiyal kommnitenin adaptasyonu iin asl genetik mekanizma, seici zenginletirme ve gen transferi ve mutasyon yntemleriyle kimyasal kontaminantlarn metabolizmasn kodlayan genlerin oaltlmasdr. Son yllarda, bu ilemin direkt takip edilmesinde hidrokarbon-katalitik yollar kodlayan genler iin zel DNA problar gelitirilmitir. Sayler ve arkadalar (48), koloni 298

Polisiklik Aromatik Hidrokarbonlarn Biyolojik Olarak Paralanmas

hibridizasyon tekniini kullanarak, petrol-bulam sedimetlerdeki PAH mineralizasyon oranlarnn arttrlmasna ynelik eitli almalar yapmlardr. evresel rneklerden izole edilen ve sonra prob haline getirilen DNA rneklerinde dot blot hibridizasyonu yntemi, organizmann kltr ve izolasyonuna ihtiya duymakszn zel DNA sralarnn tannmasnda kullanlmtr (49, 50). Yeni tanmlanmakta olan polimeraz zincir reaksiyon (PCR) teknii dot blot hibridizasyon metodunun hassasiyetini arttrmay baarmtr (51).

Plazmidlerin Adaptasyondaki Rol

Transformasyon veya kojugasyon yoluyla transfer edilebilen ve alc organizmaya, hidrokarbon-okside etme zellii (yeni bir fenotip) kazandrabilen yksek dzeyde hareketli bir DNA formu olan plazmid DNAs genetik adaptasyonda zel bir neme sahitir. Pseudomonas sppde naftalen, salisilat, kamfor, oktan, ksilen ve tolueni paralama zelliklerinin plazmidler zerinde kodland gsterilmitir (17, 29). Petrol ve dier hidrokarbonlar iin doal mikrobiyal populasyonlarn ortaya kmas, hidrokarbon metabolizmas iin gerekli enzimleri kodlamakta olan plazmidlere sahip sulara ihtiya duyar. Hidrokarbonlara adaptasyonda plazmidlerin rolleri iin dolayl delil, hidrokarbon ile bulam ortamdan izole edilen bakteriler arasnda pazmid ihtiva etme sklnn belirlendii baz almalar sayesinde ortaya karlmtr. Hada ve Sizemore (52), aktif petrol blgeleri (Meksika Krfezi)nden alnan rneklerde 440 Vibrio izolatn tarad ve bunlarn yksek oranda plazmid tadklarn buldular. Ayn krfezin Campeche Bank blgesindeki sedimentlerden izole edilen bakteriler zerinde yaplan bir almada ise plazmid skl ve petrol alanna yaknlk arasnda ak bir ilikinin olmad fakat, sediment rneklerinin alnd derinlik ile pozitif bir korelasyon olduu sonucuna varlmtr (53). Petrol alannda plazmid-tayan bakterilere yksek derecede rastlamama, alma zamannda blgedeki petrol bulamasnn dk seviyede olmasna balanmtr. Evsel ve endstriyel atklarn brakld bir nehir sedimentinden izole edilen bakterilerin %15inin, kirlenmemi bir blgeden alnan bakterilerin de %10unun plazmid tadklar rapor edilmitir (54). Dier bir almada ise uzun zaman nce hidrokarbon ile kontamine olmu bir yerde, bozulmam bir yere gre daha yksek bir sklkla plazmid ihtiva eden bakterilerin izole edildii gzlenmitir (55). Fredrickson ve arkadalar (56), karasal sedimentlerin derin tabakalarndan (29-260 m) elde edilen bakteriyal izolatlarda, yzey veya s yerlerdekilerden daha yksek sklkla plazmide rastlandn belirtmilerdir. Bu bilim adamlar, plazmidlerin bazlarnn aromatik bileikleri katabolize eden genleri tadn ve bunlarn TOL plazmid probuna hibritleebildii hipotezini ileri srmlerdir. Schutt (57), yksek konsantrasyonda humuslu bileikler ieren bir distrofik glden alnan bakteriyal izolatlar arasndan plazmid tayanlarn benzer zellikler gsterdiklerini tespit etmitir. Adaptasyon esnasnda mikrobiyal kommnitenin genetik deiikliine plazmid DNAsnn itirakn ispatlamak iin, hidrokarbon ihtiva eden evrelerdeki doal bakterilerin ihtiva ettii plazmidlerin fonksiyonlarnn tanmlanmalaryla ilgili daha ileri almalara ihtiya vardr. Sonu Uruna yllarca savalarn yapld kara inci (petrol) ve trevlerinin evreye dklmeleri, evre kirlilii oluturmalar ynnden de bunlar dnya gndeminde birinci sraya ykseltmitir. 299

. DEMR, Z. DEMRBA

Endstriyel gelime ve dzensiz ve kontrolsz kullanm sonucu doaya bulaan polisiklik aromatik hidrokarbonlar ok byk tehlikeler ve olumsuzluklar meydana getirirler. Polisiklik aromatik hidtrokarbon ile kirlenmi ortamlardan izole edilecek PAH paralayan bakterilerin, hidrokarbon bulam ortamlara ekilmeleri, ekosistem dengelerinin yeniden kurulmasna byk katklar salayacaktr. Ayrca, polisiklik aromatik hidrokarbon paralayan plazmid veya gen fragmentlerinin, PAH paralama zellii olmayan bakterilere transferi, evrenin daha ksa srede temizlenmesi iin, evreci fenotipik karakterlere sahip yeni sularn ortaya kmasna katkda bulunacaktr. Rekombinant DNA teknolojisinin byk nimetleri olarak petrol yiyen bakterilerin gelitirilmeleri, uygulamal evre bilimleri ve evrenin hidrokarbonlardan temizlenmesi ynnden de olduka nemlidir. Kaynaklar
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. Oil in the Sea-inputs, Fates, and Effects. National Academy of Sciences, National Academy Press, Washington, D.C., 1985. Baker, J.M. (ed.): Marine Ecologyand Oil Pollution. John Wiley & Sons, Inc., New York, 1976. Wolfe, D.E. (ed.): Fates and Effects of Petroleum Hydrocarbons in Marine Orgnanism and Ecosystems. Pergamon Press, Inc., Elmsford, New York, 1977. Means, J.C., Hasett, J.J., Wood, S.G. ve Banwart, W.L., Sorption properties of polynuclear aromatic hydrocarbons by sediments and soils. Environ. sci. Technol., 14: 1524-1528, 1980. Shiaris, M.P. ve Jambard-Sweet, D., Polycyclic aromatic hydrocarbons in surficial sediments of Boston Harbour. Massachusetts, U.S.A. Mar. Pollut. Bull., 17: 469-472, 1986. Gibson, D.T., Microbial degradation of aromatic compounds. Science, 161: 1093-1097, 1968. Cerniglia, C.E.: Aromatic hydrocarbons: Metabolism by bacteria, fungi, and algae. In: Hodgson, E., Bend, J.R. and Philpot, R.M. (ed.), Reviews in Biochemical Toxicology, Elsevier/North Holland Publishing Co., New York, 1981. Cerniglia, C.E.: Microbial transformation of aromatic hydrocarbons. In: Atlas, R. M. (ed.), Petroleum Microbiology. Macmillan Publishing Co., New York, 1984, pp: 99-128. Feriello, D.A., Mylroie, J.R., Gibson, D.T., Rogers, J.E. ve Chakrabarty, A.M., XYL a nonconjugative xylenedegradative plasmid inPseudomonas Pxy. J. Bacterial., 127: 1217-1224, 1976. Kanemitsu, H., Fukuda, M. ve Yano, K., Plasmid-borne biodegradation of toluene and ethylbenzene in a pseudomonad. J. Ferment. Technol., 58: 175-181, 1980. Yano, K. ve Nishi, T., pKJ1 a naturally occurring conjugative plasmid coding for toluene degradation and resistance to streptomycin and sulfonate. J. Bacteriol., 145: 552-560, 1980. Davies, J.I. ve Evans, W.C., Oxidation metabolism of naphthalene by soil pseudomonad: The ring-fission mechanism. J. Biochem., 91: 251-261, 1964. Jerina, D.M., Selander, H., Yagi, H., Wells, M.C., Davey, J.F., Mahadevan, V. ve Gibson, D.T., Dihydrodiols from anthracene and phenanthrene. J. Am. Chem. Soc., 98: 5988-5996, 1976. Kiyohara, H., Nagao, K. ve Nomi, R., Degradation of phenanthrene through o-phthalate by an Aeromonas sp. Agric. Biol. Chem., 40: 1075-1081, 1976. Shiaris, M.P., Seasonal biotransformation of naphthlene, phenanthrene, and benzo[a]pyrene in surficial estuarine sediments. Appl. and Environ., 55: 1391-1899, 1989.

300

Polisiklik Aromatik Hidrokarbonlarn Biyolojik Olarak Paralanmas

16. 17. 18. 19. 20. 21. 22.

Leahy, J.G. ve Covell, R.R, Microbial degradation of hydrocarbons in the environment. Microbiol. Rev., 54: 305315, 1990. Williams, P.A. ve Murray, K., Metabolism of benzoate and the methylbenzoate by Pseudomonas putida (arvilla) mt2: evidence for the existence of a TOL pasmid. J. Bacteriol, 127: 1217-1224, 1974. Floodgate, G.: The fate of petroleum in marine ecosystems. In: Atlas, R. M. (ed.), Petroleum Microbiology, Macmilan Publishing Co., New York, 1984. Bossert, I. ve Bartha, R.: The fate of petroleum in soil ecosystems. In: Atlas, R.M. (ed.), Petrolecum Microbiology, Macmillan Publishing Co., New York, 1984. Austin, B., Calomiris, J.J., Walker, J.D. ve Colwell, R.R., Numerical taxonomy and ecology of petroleum-degrading bacteria. Appl. Environ. Microbiol., 34: 60-68, 1977. Kirk, P.W. ve Gordon, A.S., Hydrocarbon degradation by filamentous marine higher fungi. Mycology, 80: 776782, 1988. Ahearn, D.G. ve Meyers, S.P.: The role of fungi in the decomposition of hydrocarbons in the marine environment. In: Walters, A.H. and Hueck-van der Plas, E.H. (ed.), Biodeterioration of materials. John Wiley & Sons, Inc. New York, 1972. Pugh, G.J.F., Fungi in intertidal regions. Veroeff. Inst. Meeresforsch., Bremerhaven Suppl., 5: 403-418, 1974. Valker, J.D. ve Colwell, R.R., Microbial degradation of model petroleum at low temperatures. Microb. Ecol., 1: 6395, 1974. Ahearn, D.G. ve Crow, S.A.: Fungi and hydrocarbons in the marine environment. In: Moss, S.T. (ed.), The biology of marine fungi, Cambridge University Press, Cambridge, 1986. Cooney, J.J ve Summers, R.J.: Hydrocarbon-using microorganisms in three freh-water ecosystems. In: Sharpley, J.M. and Kaplan, A.M. (ed.), Proceeding of the 3rd International Biodegradation Symposium, Appl. Science Publishers Ltd., London, 1976. Song, H.G., Pedersen, T.A. ve Bartha, R., Hydrocarbon mineralization in soil: relative bacterial and fungal contribution. Soil. Biol. Biochem., 18: 109-111, 1986. Valker, J.D., Colwell, R.R., Vaituzis, Z. ve Meyers, S.A., Petroleum-degrading achlorophyllous algae Prototheca zopfi. Nature (London), 254: 423-424, 1975. Cerniglia, C.E., Gibson, D.T. ve van Baalen, C., Oxidation of naphthalene by cyanobacteria and migroalgae, J. Gen. Microbiol., 116: 495-500, 1980. Rogerson, A. ve Berger, J., Effect of crude oil and petroleum-degrading microorganisms on the growth of freshwater and soil protozoa. J. Gen. Microbiol., 124: 53-59, 1981. Perry, J.J.: Microbial metabolism of cyclic alkanes. In: Atas, R.M. (ed.), Petroleum microbiology. Macmillan Publishing co., New York, 1984, pp: 61-98. Jobson, A., Cook, F.D. ve Westlake, D.W.S., Microbial utilization of crude oil. Appl. Microbiol., 23: 1082-1089, 1972. Cooney, J.J.: The fate of petroleum pollutants in fresh-water ecosystems. In: Atlas, R.M. (ed.), Petroleum microbiology. Macmillan Publishing co., New York, 1984, pp: 399-434. Pfaender, F.K. ve Bartholomew, G.W., Measurement of aquatic biodegradation rates by determining heterotrophic uptake of radiolabeled pollutans. Appl. Environ. Microbiol., 44: 159-164, 1982. Thomas, J.M., Yordy, J.R., Amador, J.A. ve Alexander, M., Rates of dissolution and biodegradation of waterinsoluble organic compouds. Appl. Environ. Microbiol., 52: 290-296, 1986. Atlas, R.M. ve Bartha, R., Biodegradation of petroleum in seawater at low temperature. Can. J. Microbiol., 18: 1851-1855, 1972.

23. 24. 25. 26.

27. 28. 29. 30. 31. 32. 33. 34. 35. 36.

301

. DEMR, Z. DEMRBA

37. 38. 39. 40. 41. 42. 43. 44. 45. 46. 47.

Gibbs, C.F., Pugh, K.B ve Andrews, A.R., Quantitative studies on marine biodegradation of oil. II. Effect of temperature. Proc. R. Soc., London, Ser. B, 188: 83-94, 1975. Mateles, R.I., Baruah, J.N. ve Tannebaum, S.R., Growth of a thermophilic bacterium on hydrocarbons: a new source of single cell protein. Science, 157: 1322-1323, 1967. Singer, M.E. ve Finnerty, W.R.: Genetics of hydrocarbon-utilizing microorganisms. In: Atas, R.M. (ed.), Petroleum microbiology. Macmilan Publishing Co., New York, U.S.A., 1984, pp: 299-354. Hambrick, G.A., DeLaune, R.D. ve Patrick, W.H., Effect of estuarine sediment pH and oxidation-reduction potential on microbial hydrocarbon degradation. Appl. Environ. Microbiol., 40: 365-369, 1980. Atlas, R.M., Microbial degradation of petroleum hydrocarbons: an environmental perspective. Microbiol. Rev., 45: 180-209, 1981. Atlas, R.M. ve Bartha, R., Degradation and mineralization of petroleum in seawater: limitation by nitrogen and phosphorus. Biotechnol. Bioeng., 14: 309-317, 1972. Cooney, J.J., Silver, S.A. ve Beck, E.A., Factors influencing hydrocarbon degradation in three freshwater lakes. Microb. Ecol., 11: 127-137, 1985. Schwarz. J.R., Walker, J.D. ve Colwell, R.R., Deep-sea bacteria: growth and utilization of n-hexadecane at in situ temperature and pressure. Can. J. Microbiol., 21: 682-687, 1975. Dibble, J.T. ve Bartha, R., Effect of environmental parameters on the biodegradation of oil sludge. Appl. Environ. Microbiol., 37: 729-739, 1979. Atlas, R.M.: Microbiology-fundamentals and applications, 2nd (ed.), Macmillan Publishing Co. New York, 1988, pp: 352-353. Verstraete, W., Vanloocke, R., DeBorger, R. ve Verlinde, A.: Modelling of the breakdown and the mobilization of hydrocarbons in unsaturated soil layers. In: Sharpley, J.M. and Kaplan, A.M. (ed.), Proceeding of the 3rd International Biodegradation Symposium. Applied Scinece Publishers Ltd., London, 1976, pp: 99-112. Sayler, G. S., Shieds, M. S., Tedford, E.T., Breen, A., Hooper, S.W., Sirotkin, K.M. ve Davis, J.W., Application of DNA-DNA colony hybridization to the detection of catabolic genotypes in environmental samples. Appl. Environ. Microbiol., 49: 1295-1303, 1985. Ogram, A., Sayler, G.S. ve Barkay, T., The extraction and purification of microbial DNA from sediments. J. Microbiol. Methods, 7: 57-66, 1987. Holben, W.E., Jansson, J.K., Chelm, B.K. ve Tiedje, J.M., DNA probe method for the detection of specific microorganisms in the soil bacterial community. Appl. Environ. Microbiol., 54: 703-711, 1988. Trevors J.T., DNA probes for the detection of specific genes in bacteria isolated from the environment. Trends Biotechnol., 3: 291-293, 1985. Hada, H.S. ve Sizemore, R.K., Incidence of plasmids in marine Vibrio spp. isolated from an oil field in the NorthWestern Gulf of Mexico. Appl. Environ. Microbiol., 41: 199-202, 1981. Leahy, J.G., Somerville, C.C., Cunningham, K.A., Adamantiades, G.A., Byrd, J.J ve Colwell, R.R., Hydrocarbon mineralization in sediments and plasmid incidence in sediment bacteria from the Campeche Bank. Appl. Environ. Microbial., 56: 1565-1570, 1990. Burton, N.F., Day, M.J. ve Bull, A.T., Distribution of bacterial plasmids in clean and polluted sites in a South Wales River. Appl. Environ. Microbiol., 44: 1026-1029, 1982. Ogunseitan, O.A., Tedford, E.T., Pacia, D., Sirotkin, K.M. ve Sayler, G.S., Distribution of plasmids in grounwater bacteria. J. Ind. Microbiol., 1: 311-317, 1987. Fredrickson, J.K., Hicks, R.J., Li, S.W. ve Brockman, F.J., Plasmid incidence in bacteria from deep subsurface sediments. Appl. Environ. Microbiol., 54: 2916-2923, 1988. Schutt C., Plasmids in the bacterial assemblage of a dystrophic Lake: evidence for plasmid-encoded nickel resistance. Microb. Ecol., 17: 49-62, 1989.

48.

49. 50. 51. 52. 53.

54. 55. 56. 57.

302