Enzim Kinetiği

Tepkimenin hızını bir çok faktör etkiler:

• Kimyasal kinetik (kinetik-çarpışma teorisi) iki
kilit kavrama dayanır:
• 1.Sadece çarpışan, yanı birbirlerine bağ oluşturma
mesafesine kadar yaklaşan moleküller tepkimeye
girebilir.
• 2. Her kimyasal tepkime için bir enerji engeli
bulunur, tepkimenin olabilmesi için bu engelin
aşılması zorunludur.
• Başka bir değişle
• a. Reaksiyona giren moleküllerin kinetik
enerjilerini artıran
• b. Tepkimenin enerji engelini düşüren
• C. Çarpışma sıklığını artıran etkenler
reaksiyon hızını artırması gerekir.
 Sıcaklık
• Sıcaklığin artırılması moleküllerin hem kinetik
enerjisini hemde çarpışma sıklığını artırarak
tepkimeye giren molekül sayısını artırır.
• Ancak tepkime hızındaki bu artış sonsuza kadar
sürdürülemez, zira sıcaklık eninde sonunda
substratların artık karlı halde bulunamayacakları
belli bir noktya ulaşır.
• Bu sınırlayıcı sıcaklık inorganik moleküller için
son derece yüksek olma eğiliminde iken, çoğu
organik moleküller için orta derecede, ancak
biyolojik tepkimeler için 100oC ‘ın altındadır.
 Enzim konsantrasyonu

• Yüksek reaktant konsantrasyonunda ;

• Hem tepkime için yeterli enerjiye sahip
moleküllerin sayısı
• Hemde bunların çarpışma sıklıkları
yüksektir. Bu moleküllerin tümü veya bir
kısmı tepkime için yeterli enerjiye sahip
olduğu zaman geçerlidir
• A ve B gibi iki farklı molekülü içeren tepkimeleri
ele alalım:
• A + B → AB
• A ve B nin derişiminin bir kat artması tepkime
hızını bir kat artırır.
• Hem A hem de B derişiminin bir kat artması ise
çarpışma olasılığını dort kat artırır. Dolayısıyla
reaksiyon hızı 4 kat artar.
• Reaksiyon hızı, reaksiyona giren moleküllerin
konsantrasyonu ile orantılıdır
Hız ∝[reaksiyona giren moleküller]
veya Hız ∝ [A] [B]
Başka bir durum için
A + 2B → AB2
Hız œ [A] [B] [B]
Veya Hız œ [A] [B] 2
• Genel bir ifade ile n sayıda A molekülü m sayıda
B molekülü ile reaksiyona girdiğinde
• nA + mB → AnBm
• Hız œ [A]n [B]m olur.
• Keq hız sabitlerinin oranıdır:
• Kimyasal reaksiyonları çoğu geri dönüşümlü
olduklarından n molekül A ile m molekül B den
AnBm ‘in oluşturduğu bir tepkime için
• AnBm → nA + mB
• Uygun hız ifadesi ise Hız œ [AnBm]
• Geri dönüşümlü reaksiyon da ise
• nA + mB ↔ AnBm
• Bu ifade şu şekilde okunur: “ n molekül A ve m
molekül B , AnBm ile dengededir”.
• İncelenen tepkime için denge sabiti k
kullanıldlğında œ sembolu yerine = simgesi
kullanılabilir
• Genel bir durum için
• nA+ mB ↔ AnBm
• İleriye (hız1) ve geriye (hız-1)yönelik
tepkimelerin hızları şu şekilde gösterilebilir:
• Hız1= k1[A]n [B]m
ve Hız-1= k -1[AnBm]
İleri ve geriye yönelik reaksiyonların hızları
birbirine eşit olduğunda, sistemin dengede olduğu
söylenir, yani
• Hız1 = Hız-1
• Dolaysıyla k1[A]n [B]m = k -1[AnBm]
• Ve
•
• k1 [AnBm]
• Keq (denge sabiti)
• k –1 [A]n [B]m
• Dengeki bir sistemin aşağıdaki önemli özellikleri
akılda tutulmalıdır:
• 1.denge sabiti , tepkime hız sabitleri olan k1/k-1
oranıdır
• 2. Dengedeyken öne ve geriye olan reaksiyonların
hızları(hız sabitleri değil) eşittir
• 3.Denge , dinamik bir durumdur. Dengedeyken
reaktant veya ürün konsantrasyonunda net
değişiklik olmamasına karşın A ve B sürekli
AnBm’e çevrilmekte (bunun tersi de geçerlidir).
• 4. Denge halindeyken A ve B ve AnBm
konsantrasyonları biliniyorsa, denge sabiti
sayısal bir değerle ifade edilebilir.
• ΔGo, Keq’dan hesaplanabilir
• Denge sabiti, ΔGo ile aşağıdaki ilişkiyi
gösterir
• ΔGo = -RTlnKeq R, gaz sabiti T= mutlak
sıcaklık
• Denge sabiti 1 den büyükse reaksiyon
kendiliğinden(spotan) oluşur, yani soldan sağa
olan reaksiyon favoridir.
• Denge sabiti 1 den küçükse bunun tersi geçerlidir.
• Bir tepkimenin denge sabiti, bu tepkimenin
kendiliğinden gerçekleşip gerçekleşmediğini
göstermesine karşın, bu tepkimenin hızla
gerçekleşip gerçekleşmediğini göstermez, yani o
tepkime için geçerli olan enerji engelinin niteliği
hakkında bilgi vermez.
• Bunun nedeni,keq’in ΔGo’yi belirlemede
sadece başlangıç ve bitiş hallerini dikkate
almasıdır
• Tepkime hızları, ΔGo’nin niceliği yerine
enerji engelinin niceliğine bağımlıdır.
• Enzimle katalize edilen reaksiyonların hızını çok
sayıda faktör etkiler:
• Sıcaklık:
• Sıcaklık artarken enzimle katalize edilen bir
reaksiyonun hızı da artmakla birlikte bu artış
sadece dar sınırlar içinde görülür.
• Reaksiyonun hızı başlangıçta sıcaklık artışı ile
orantılı olarak artar ve bu olayın nedeni
reaksiyona giren moleküllerin kinetik enerjilerin-
deki artıştan dolayıdır.
• Ancak enzimdeki bu kinetik enerji artışı, enzimin
ikinci-üçüncü yapısını sürdüren zayıf hidrojen ve
hidrofobik bağları yıkacak enerji engelini aşar.
• Bu sıcaklıkta , denatürasyona bağlı olarak katalitik
aktivite kayıp olur.
• Sıcaklıkta 10oC lık bir artışın biyolojik bir olayın
hızında yaptığı artış faktörüne Q10 veya sıcaklık
katsayısı denir.
• Birçok biyolojik olayın hızı,sıcaklıkta 10oClik bir
artış olduğunda yaklaşık iki kat artar(Q10=2).
• İnsan gibi homeotermik organizmalar beden
sıcaklığının ancak çok dar aralıklar içinde
değişimine dayanabilir. Dolayısıyla insanda
sıcaklıktaki bir değişikliğe bağlı olarak reaksiyon
hızında değişiklik olması, ateş veya hipotermi
dışında kısıtlı bir öneme sahiptir.
• Reaksiyona ait enerji engelini aşabilmede gereken
yeterli kinetik enerjiye sahip moleküllerin
sayısındaki artış homeotermik organizmalar için
çok kısıtlı bir seçeneği oluşturduğundan bunlarda
enzimler reaksiyon hızını nasıl artıracaktır?
• Yanıt:
• Enzimler reaksiyona ait enerji engelini düşürme ve
reaksiyon giren moleküllerin konsantrasyonlarını
artırma becerilerinde yatar.
• Çoğu enzim içim en uygun sıcaklık, içinde
enzimlerin yer aldığı hücrelere ait en uygun
sıcaklık ve bunun üzeridir. Ör. Doğal sıcak su
kaynaklarında yaşamaya uyum sağlamış
mikroorganizmalarda en uygun sıcaklık suyun
kaynama noktasına yakın olabilir.
• pH:
• Enzimler için en uygun etkinliğin tipik
olarak pH 5 ve9 arasında yer aldığı
gözlenmıştır. Öte yandan birkaç enzim(ör.
Pepsin) bu sınırın öldukça dışında kalan pH
değerlerinde etkilidir.
• pH etkinlik eğrisinin biçimi aşağıdaki
faktörler tarafından belirlenir:
• 1. Yüksek veya düşük pH’da enzimin denatüre
olması
• 2. Enzim veya substratların yüklü hallerinde
değişiklik olması. pH, substrat bağlama veya
katalizde görev yapan bir artığın(kalıntının) yük
ve yapısında değişiklik yaparak etkinliği
değiştirebilir.
• Bunun göstermek için eksi yüklü bir
enzimin(Enz-) artı yüklü bir substrat ile(SH)
reaksiyona girdiğini var sayalım:
• Enz SH → EnzSH
• Düşük pH’da enz- proton alır ve eksi yükünü
yitirir:
• Enz- H+ → EnzH
• Yüksek pH’da SH iyonize olur ve artı yükünü
yitirir:
• SH → S + H+
• Verilen bu örnekte tanım olarak sadece SH ve
Enz- birbiriyle etkileşeceğinden uc pH de
değerleri, Enz- ve SH+!ın etkin derişimlerini
düşürür ve böylece tepkime hızını azaltır
• pH değiştiğinde enzimler konformasyon
değiştiğine uğrayabilir. Etkin üçüncü veya
dördüncü yapının devamı için substratın bağlı
olduğu bölgenin ardında yüklü bir grup
gerekebilir. Bu grubun yükünde değişiklik olurken
protein çözülebilir, daha katı bir hal alabilir veya
protomerlerine ayrılabilir.
• Bunların tümü etkinlik kaybına yol açabilir.
• Zaman(reaksiyon süresi)
• Enzimle katalize edilen reaksiyon hızı
zamanla azalır. Bunun nedeni: reaksiyon
ürünleri kendi aralarında birleşerek ters
yöndeki bir reaksiyonu meydana
getirmeleri, enzimin zamanla inaktive
olması, reaksiyonu önleyen maddelerin
oluşması ve nihayet substratın
tükenmesidir.
• Işık ve diğer fiziksel faktörler:
• Enzim aktivitesini artırır veya azaltır.
Kırmızı ve mavi ışık, tükürük amilazı ve
diğer bazı enzimlerin aktivitelerini artırır.
Ultraviyole ise azaltıcı etkiye sahiptir.
 Reaksiyon dereceleriBelirli bir
• miktardaki enzimin reasiyon hızı başlangıç
substrat konsantrasyonuna bağlı olarak
artmaktadır. Başlangıçtaki bu ilişki doğrusal
olarak devam ederken, daha sonra hiperbolik bir
şekil almaktadır.
• Lineer fazın başlangıcında enzim birinci
dereceden bir kinetik gösterir. Hiperbol fazında bir
platoya erişilmekte ve reaksiyon hızı değişmeden
devam etmektedir. Enzim reaksiyonu bu durumda
sıfırınci dereceden bir kinetik göstermektedir.
• Enzimin tekrar en uygun pH’ya geri getirildiğinde
etkinlik, bu değişikliklerin şiddetine bağlı olarak
geri dönebileceği gibi geri dönmeyebilir de.
• ENZİMLERLER DENGE SABİTLERİNE
ETKİMEZLER:
• enzimler, daha sonra p gibi bir ürün ve serbest enzim
vermek üzere bozunan bir enzim-substrst kompleksi(EnzS)
yapmak üzere substratla bağlanan bir moleküldür.Bu olay
en sade şekilde şöyle gösterilebilir:
• k1
• Enz + S ↔ Enz +p
• k-1
• İleriye , geriye doğru ve reasiyonun tümüne
ait hız ifadeleri (Enz) deyimini ortak olarak
içerir
• k1
• Enz + S ↔ Enz +p
• k-1
• Hız1 =K1(Enz)(S)
• Hız-1 = (Enz)(P)
• Genel denge sabitine ait ifadede (Enz) değimi
ihmal edilebilir:
• k1 (Enz)(P) (P)
• Keq = = =
• k-1 (Enz)(S) (S)

• Yani , enzim derişiminin denge sabiti üzerine

hiçbir etkisi yoktur.Bir diğer değiyişle, enzimler
hızları etkileyip hız sabitlerini etkilemediğinden
bir hız sabitler oranı olan Keq i etkilemezler.
• Başlangıç hızı enzim derişimleri ile orantılıdır:
• Bir reaksiyonun başlangıç hızı , ters reaksiyonun
oluşumuna izin verecek yeterli düzeyde ürün
oluşmadan önce ölçülen hızdır. Enzimle katalize
edilen bir reaksiyonun başlangiç hızı daima enzim
derişimi ile orantılıdır. Ancak dikkat edilecek
husus bu ifadenin sadece başlangiç hızı için
geçerli olduğudur.
Substrat derişimi reaksiyon hızını
etkiler
• Ders anlatımında, enzim reaksiyonları sanki tek
bir substrat ve tek bir ürüne sahipmiş gibi ele
alınır. Bu durum enzimle bazı reaksiyonlarda
görülmesine karşın enzimle kataliz edilen
reaksiyonların çoğu iki veya daha fazla sayıda
substrat ve ürüne sahiptir.
• Diğer tüm koşullar sabit tutulurken(S) substrat
derişimi artırırılacak olursa, ölçülen başlangiç hızı
vi(pek az substrat tepkimeye girmişken ölçülen
hız) maksimum bir hıza(vmax)a kadar yükselir ve
artık daha fazla artış göstermez.
• Substrat derişimi artarken hız da belli bir
noktaya kadar artış gösterir ve bu noktada
artık enzimin substratla doyduğu söylenir.
• Ölçülen başlangıç hız, maksimum bir
değere ulaşır ve substratın enzime göre çok
büyük bir molar derişiminde bulunmasından
ötürü substrat derişiminde yapılan ek
artışlardan etkilenmez.
• Ör M.A. 100 bin olan bir enzim, M.A 100 olan bir
substrat üzerine etki yapar ve ikiside 1 mg/ml
derişiminde bulnursa her mol enzim başına bir
mol substrat var demektir.
• (Enz)=0.1μg/ml=10-9 mol
• (S) =0.1 mg/ml=10-3
• BU durum , enzime göre substratta 106 molar bir
fazlalık sağlar.(S) 100 kat düşürülürse bile hala
enzime göre 10.000 kat daha büyük bir molar
fazlalığa sahiptir.
• Şekilde A ve B noktalarında , enzime oranla çok
daha fazla miktarda substrat moleküllerinin
bulunmasına karşın ortamdaki enzimin sadece bir
bölümü substratla bağlanır.Bunun nedeni
Enz +S EnzS reaksiyonuna ait denge
sabitinin sonsuz büyüklükte olmayışıdır.
• A ve B noktalarında, (S) daki artış veya azalış S
ile EnzS şeklinde birleşen Enz miktarını artırır
veya azaltır ve dolayısıyla vi, (S)’e bağımlı
olacaktır.
• C noktasında, enzimin hemen tümü substratla
birleşmiş olduğundan(S)’de ek artış yapılması,
reaksiyona girecek serbest enzim bulunmadığın-
dan reaksiyon hızında herhangi bir artışa neden
olmaz.
• B noktası, büyük kuramsal ilgi çeken bir hali
özetlemekte olup burada enzim moleküllerinin tam
yarısı substratla doymuş haldedir. Dolayısıyla
burada ölçülen hız, o özel enzim derişimi için
ulaşılabilecek maksimum hızın yarsı(Vmax/2)
olur.
 Michaelis-Menten Eşitliği
• Mikaelis –Menten sabitinin, Km değeri ile
gösterilen ve maksimum hızın yarısına neden olan
substrat derişimi, Vi’i (s) ‘in bir fonksiyonu olarak
grafik haline getirerek deneysel yoldan
belirlenebilir. Km’in boyutu molar derişimdir.
• (S), Km’e yaklaşık eşit olduğunda Vi (S)’deki
değişikliklere çok duyarlı olup enzim yarı
maksimum hızda çalışır.
• Gerçekte, birçok enzimin Km değeri bunların
substratlarının fizyolojik derişimlerine yaklaşık
eşittir.
• Michaelis-Menten Eşitliği:
• Vmax (S)
• Vi =
• Km + (S)
• Substrat derişimi değişikliğe uğradığında, birçok
enzimin nasıl davrandığını açıklar.
• Enzimle katalize edilen bir reaksiyonun
• başlangıç hızının, (S) ve Km’e bağımlı oluşu,
Michaelis-Menten eşitliğinin aşağıdaki şekilde
örneklenebilir:
• (1) Km’e göre (S) çok küçük iken (A noktası).
• Km’e (S) eklenmesi paydanın değerinde pek az
değişiklik yapacağından (S) ihmal edilebilir.
Vmax ve Km’in ikisi de değişmez olduğundan
bunların oranı K gibi yeni bir sabitle gösterebiliriz
• Vmax (S) Vmax (S) Vmax
Vi= ;Vi≅ ≅ (S)
• Km+ (S) Km Km
∀ ≅K(S)

• Bir diğer değişle, substrat derişimi maksimum

yarısı kadar bir hız eldesl için gereken substrat
derişiminin (Km) önemli ölçüde altında ise Vi’i
başlangıç hızı substrat derişimi olan (S)’e bağımlı
olur.
(2) Km’e göre (S) çok büyük iken(c noktası):
Paydadaki (S)’e şimdi Km eklenmesi bunun
değerinde pek az değişiklik yapacağından Km
ihmal edilebilir:

• Vmax (S) Vmax(S)

• Vi = ; Vi ≅ ≅ Vmax
• Km + (S) (S)
• Bunun anlamı,substrat derişimi olan(S),
Km’i fazlasıyla aştığında Vi başlangıç hızı
maksimumdur (Vmax) dir
• (3) (S)=Km olduğunda(B noktası)
• Vmax(S) Vmax(S) Vmax(S)
Vi = ; Vi= =
• Km (S) (S) +(S) 2(S)
•
• Vmax
• =
• 2
• Buna göre, substrat derişimi Km değerine
eşit olduğunda Vi, başlangıç hızı,
maksimum hızın yarısı olur.
• Bu ifade Km’in deneysel olarak nasıl
belirleneceğini de söyler.
• Km ve Vmax belirlemede Michaelis-
Menten eşitliğinin doğrusal bir biçimi
kullanılır.
• Km ve reaksiyon derecesi:
• Substrat konsantarsyonu. Km’den çok küçükse
reaksiyon hızı substrat konsantarsyonu İle kabaca
orantılıdır. Bu durumda reaksiyon hızının
substrata göre birinci basmaktır
• Substrat kons. Km’den büyükse, hız sabit olur ve
Vmax / 2e eşittir. Bu durumda reaksiyon hızı
substrat konsantrasyonundan bağımsızdır ve
reaksiyon sıfırıncı basamaktır.
• Birçok enzim, Vi,(S)’e karşı grafik haline
getirildiğinde Vmax’ın (yani Km)’in
kolayca hesaplanmasına izin vermeyen
doyma eğrileri sağladığından Km ve Vmax
un eldesini sadeleştirmek için Michaelis-
Menten eşitliğini aşağıda gösterildiği
şekilde ters çevirip faktör haline
getirilebilir:
•
• Vmax (S)
Vi =
Km + (S)
Eşitliği ters çevirelim
1 Km + (S)
=
Vi Vmax (S)
• Faktör haline getirelim
• 1 Km 1 (S)
• = x +
• Vi Vmax (S) Vmax (S)
• Sadeleştirelim
• 1 Km 1 1
• = x +
• Vi Vmax (S) Vmax
• Bu bir doğruya ait eşitliktir
• Y=a.X+b
• Bu eşitlikte
• 1 1
Y= ve x = dir.
• Vi (S)
• Y veya 1/Vi, x veya 1/(S)’in fonksiyonu olarak
grafik haline getirilirse y’nin kesim noktası olan b,
1/vmax, eğim yani a, Km/Vmax olur.
• Y=0 yapılarak x ekseninin eksi kesim noktası
hesaplanır Böylece
• X= - b/a =- 1/Km
• Böyle bir eğriye çift resiprok eğri denir; yani
Vi’nin resiproku(1/Vi), (S)’nin resiprokuna
(1/(S))karşı çizilmiştir..
• Km, eğrinin eğimi ve y eksenini kesim noktası
veya x ekseninin eksi kesim noktası kullanılarak
çift resiprok veya Lineweaver-Burk eğrisinden
hesaplanabilir
• Çift resiprok işlem Km’in belirlenmesi için görece
birkaç nokta gerektirir ve Km’in saptanmasında en
fazla kullanılan yöntemdir.
• Km değeri oldukça yararlı, pratik değere sahiptir.
Km’nin 100 katı bir substrat derişiminde bir enzim
hemen hemen maksimum hızda etki gösteriri ve
dolayısyla maksimum hız(Vmax) var olan etkin
enzim mıktarını yansıtacaktır
• Km değerleri bize Vmax’ i ölçmek için ne kadar
substrat kullanmamız gerektiğini söyler.
• Çift resiprok işlemin de enzim inhibitörlerinin
değerlenmesinde yaygın bir kullanımı vardır.
• Km , enzimin substratına olan ilgisini
yansıtmaktadır.
• Km’in büyüklüğü ile bu ilgi arasında ters bir ilişki
var. Yani Km ne kadar büyük olursa enzimin ilgisi
o kadar az olur.(bunun tersi de doğrudur).
 Enzim İnhibisyonu
• Enzim inhibitörleri katalizi etkileyen (reaksiyonu
yavaşlatan veya durduran ) maddelerdir.
• Enzimler birçok seluler prosesi etkilemektedir.
Olayısıyla enzim inhibitörleri bilinen en önemli
farmasötik ajanlar arasında saymak mümkündür.
Ör. Aspirin(asetil salisilik asit) prostaglandinleri
(AĞRI OLUŞUMU GİBİ BİRÇOK OLAYDA
ETKİLİDİR) SENTEZİNİN İLK BASAMAĞINI
İNHİBE ETMEKTEDİR
 Aspirin
•
• Siklooksijenaz
• aspirin(-)
• Araşidonat ↔ PGG2 PGH2-----
• Cox

• Serin-OH
• Cox + asetil salisilat → serin-O-asetil+salisi-
lat (inaktif)
•
• Benzer şekilde ibuprofen birinci basamak
ile ilgili substrat veya ara ürünleri taklit
ederek inhibisyon etkisi yapabilir.
• İnhibisyonun incelenmesi ayrıca enzim
mekanizmaları ve metabolik yollar hakında
bilgiler sağlar.
• Biyokimyada enzim inhibisyonları birkaç
gruba ayrılarak incelenebilir.
 İnhibitörler
• 1. Tersinmez (irreversibl) inhibisyonlar
• 2. Tersinir(reversibl) inhibisyonlar
• Tersinmez inhibisyon:
• İnhibitör enzimin aktif bölgesine kovalent olarak
bağlanır.
• Enzimin protein yapısında bozulma meydana
gelir.Or. Enzimin aktif bölge serin amino asitleri
ile fosforlu organik bileşiklerin bağlanması .
• Bu bileşiklerin en iyi bileneni(kimyasal savaş
ajanı olarak geliştirilmiştir) diizopropil
florofosfattir(DFP).
• DFP , aktif merkezinde serin içeren asetil kolin
esteraz’ın çok güçlü bir inhibitörüdür.
• Bu enzim bir nörotransmitter olan asetil kolini
hidrolize eder. Asetil kolin esteraz’ın inhibisyonu
pulmoner sistemde şiddetli spazm neden olur,
normal nöromukuler ve kardiyak fonksiyonu
bozar.
• Benzer ajanlar tarımda insektisit(böcek öldürücü)
olarak kullanılr (bunlar insanlar için öldürücü
toksik maddelerdir).
• Ayrıca bir çok enzimin aktivitesi ağır metallerle
sıkı kovalent bağ oluşturan sülfidril gruplarına
bağlıdır.
• Bu nedenle Hg, pb,Ag ve diğer metaller çok
toksiktir.
• Hatta Fe ve Cu gibi esansiyel mineraller bile aşırı
alındıklarında entoksikasyona (zehirlenmelere)
neden olabilirler
• Reversibl inhibisyonlar:
• Kompetetif(yarışmalı)
• Unkompetetif
• Nonkompetetif inhibisyonlar ayrılabilir.
• Kompetetif inhibisyonlar:
• Yaygın bir inhibisyon türüdür
• kompetetif inhibitör, enzimin aktif bölgesi için
substratla yarışırlar. İnhibitör, aktif bölgeyi işgal
ettiğinde, substratın enzime bağlanması
engellenmektedir.
• Kompetetif inhibitörler, genellikle substratta
benzerlik gösteririler ve Enzim- inhibitör(El)
kompleksini oluşturmak üzere enzimle birleşirler,
ancak bu birleşme katalizle sonuçlanmaz.
• İnhibitör molekülünün geometrisinin bilinmesi
sayesinde normal substratın hangi parçasının aktif
bölgeye bağlandığı hakkında fıkır edinilebilir.
• Substrat derişiminin artırılması inhibisyonu
engeller ve inhibitör varlığındaki Vmax, inhibitör
yokluğundaki ile aynı olacaktır.
• Substrat ve inhibitör derişimleri kiyaslanabilir
olduğu durumlarda, substat için Km büyüyecektir.
• Burada artan inhibitör derişimi ile doğrunun eğimi
değişir, ancak 1/v ekseni üzerinde bulunan 1/max
kesim noktası aynı kalır
• Ör. Suksinat dehidrogenaz için malonat bir
kompetetif inhibitördür. Çünkü malonat, enzimin
substratı olan suksinata yapı olark benzerlik
gösterir
Raises apparent Km
V unaffected
max
• Suksinat dehidrogenaz
• Suksinat + FAD → Fumarat + FADH2
• İnhibisyon sonucu, ara metabolizmada oldukça önemli bir
metabolik döngünün (krebs döngüsünün) inhibisyonudur.
• Krebs döngüsü benzer şekilde sitratın kompetetif
inhibitörü olan florositrat tarafından etkilenir.
• Sitozin arabinozit ve 5-florodeoksiuridin gibi kanser
kemoterapisinde kullanılan birçok ilaç nükleik asitlerin
biyosentezinin kompetetif inhibitörleridir.
• Aktif bölge için kompetisyona dayalı birçok medikal
tedavi örnekleri vardır
• Ör. Metanol zehirlenmesi, etilen glikol
zehirlenmesi
• Bu örnekler Alkol dehidrogenaz inhibisyonu ile
ilgilidir.
• Kompetetif bir inhibitör olarak etanol, etilen glikol
zehirlenmesinin tedavisinde kullanılır.
• Etilen glikol; otomobil antifirizinin önemli bir
yapısı(ingesyon ile; 50ölüm/yıl)
• Etilen glikoun kendisi toksik değil, ancak zarar
oksidasyon ürünü olan oksalik asitten meydana
gelir
• Oksalik asit kristaller böbreklerde birikir.
• Alkol dehidrogenaz
• Etilen glikol → Aset aldehid
• Bu reaksiyon etkin olarak, etanolun uygun
dozunda durdurulabilir. Etkinin esası etanolun bir
substrat gibi reaksiyona girmesi ve dolayısıyla
etilen glikolun aldehide oksitlenmesinin önlenmesi
• Etilen glikol zararsız olarak ekskrete edilir.
• Etanol ayrıca yarışan bir inhibitör olarak metanol
zehirlenmesinin tedavisinde kullanılabilir.(metaol
, bir karaciğer enzimi olan alkol dihidrogenaz ile
formaldehide (birçok doku için zararlıdir). Körlük
metanol ingesyonun enyaygın sonucu körlüktür;
çünkü göz formaldehidin zarralı etkisine
duyarlıdır.
• Etilen glikol Aset aldehid oksalik asit
böbrek taşı
• Unkompetetif inhibisyon:
İnhibitör aktif bölgenin dışında bir yere bağlıdır ve
kompetetif inhibitörden farklı olarak inhibitör
yalnız ES kompleksine bağlanır.
İnhibitör, ES’ye bağlandığından hem Km hem de
Vmax değişir. Linewever-burke çizimleri, farklı
inhibitör derişimleri için birbirine paralel doğrular
oluşturur.
Bu tür inhibisyon tek substratlı tepkimelerde seyrek,
çok substratlı tepkimelerde ise daha sık görülür.
Lowers apparent Km
Lowers Vmax
Vmax / Km unchanged
• Non kompetetif inhibisyonlar:
• İnhibitör aktif bölge dışında bir yere
bağlanır , ancak inhibitör serbest enzime ya
da ES kompleksine bağlanır. Bu durumda
substrat için km değişmez ancak Vmax
değeri değişir(düşer).
apparent Km
unaffected
Lowers Vmax
• İlaç olarak enzim inhibitörleri:
• Penicilin ve Amoxicilin(antibiyotikler)
bakteriş hücre duvarını sentezleyen
enzimleri inhibe eder
• Aspirin: prostaglandin (ağrya neden olan)
sentezinin ilk basamağını inhibe eder
• ACE inhibitörleri(Anjiotensin konverting
Enzim): captopril, enapril ve lizinopril)
• ACE
• Anjiotensin l → Anjiotensin ll
• (vozodilatasyon) (vazokontriksiyon)
• ⇓
• Hipertansiyon
• Kan kolesterol düzeyini düşüren ilaçlar:
• Kolesterol sentezindeki hidroksi metil glutaril –
KoA (HMG-KoA) redüktaz yapısal analogları ile
kompetetif olarak inhibe edilir(statin grubu ilaçlar-
lovastatin, simvastatin, pravastatin, .....)
• Statinler, HMG-KoA redüktazı çok düşük
konsantrasyonda(1 mikromol) Halkuki HMG-Koa
‘nin Km değeri 10 mikromoldur.
• Bu ilaçlar koner kalp hastalıkları ve inme
tedavisinde kullanılaktadır.
• Ayrıca bu inhibitörler , labortavar testlerinin
gerçekleştirilmedimde kullanılan ayıraçlarda da
kullanılır. Ör. Asit fosfataz tayınında tartarat
maddesi bir inhibitör olarak kullanılır. Bu enzim;
karaciğer, böbrek, eritrosit, dalak kemik ve
prostatta bulunmaktadır.
• Tartarat, %95 oranında prostat kaynaklı
enzimi inhibe ettiğinden, özellikle bu
dokuya spesifik prostatla ilgili hastalıkların
değerlendirilmesinde kullanılır.
• Prostetik Acp=Total ACP-Non prostetik
ACP
 Katalizde etkili olan bazı
mekanizmalar
• Asit-baz katalizi
• Kovalent kataliz
• Metal katalizi
• Asit-baz katalizi:Substrat bir kez katalitik
noktaya bağlandığında, civardaki aminoaçil
kalıtlarının yan zincirlerindeki yüklü(veya
yüklenebilen) fonksiyonel gruplar, asidik veya
bazik katalizörler olarak fonksiyon görerek kataliz
olayına katkıda bulunurlar.
• Asit-baz katalizinde amino asitler:
• Amino asit kalıntıları asit oluşturucular baz oluşturucular
• (proton verici) (proton alıcı)

• Glu, Asp R-COOH R-COO-

• ..
• Lys, Arg R-NH3+ R-N-H2
• Cys R-SH R-S-
• Serin R-OH R-O-
• Kovalent kataliz:
• Bu tip katalizde, enzim ve substrat arasında
geçici kovalent bir bağ oluşur. A ve B
arasındaki bağın hidrolizini ele alalım.
• H2O
• A-B + X: A-x + B A+ x + B
• Metal katalizi:
• Tüm enzimlerin %25’ten fazlası sıkıca bağlanmış
metal iyonlarını içerir veya etkinlikleri için
bunlara gereksinim duyar.
• Metalloenzimler, tüm arıtma işlemleri boyunca
korunan fonksiyonel bir metal iyonu kesin bir
miktarda içeririler.
• Metal ile etkinleşen enzimler, bu metali daha
gevşek bağlar, fakat etkinlikleri için metalin
eklenmesini gereksinirler.
• Şu halde metalloenzimler ile metalle etkinleşen
enzimler arasındaki ayrım, belli bir enzimin o
metal iyonuna gösterdiği affiniteye dayalıdır. Her
iki durumdaki mekanizma birbirine
benzemektedir.
• Metallerle yapılan üçlü kompleksler , katalizde
fonksiyon yapar:
• Katalitik nokta(Enz), bir metal iyonu(M) ve
substratın(S) stoikiyometrik olarak 1-1-1 oranında
yaptığı üçlü komplekslerde 4 şema olasıdır.
• Enz-S-M M-Enz-S
Subs-köprü kompl Enzim-köprü kompl

M
Enz-M-S

Basit metal köpru kompl Enz

,
S
döngüsel metal köprü kompl
• Metalle etkinleştirilen enzimler için bunun dördü
de olasıdır. Metalloenzimler, metali tüm aritma
işlemleri boyunca korudukları için(yani bunlar
önceden EnzM halinde olduklarından) Enz-S-M
kompleksi oluşturamazlar. Bu durumda 3 tür
genelleme yapılabilir:
• (1) Tümü olmasa da kinazların çoğu(ATP
fosfotransferazlar) Enz-nükleosid-M tipi substrat-
köprü kompleksi yapar
• (2) Substrat olarak piruvat veya fosfoenol
piruvat kullanan fosfotransferazlar,
fesfoenol piruvatın diğer reaksiyonlarını
kataliz eden enzimler ve karboksilazların
metal-köprü komplesksini yapar.
• (3) Belli bir enzim, bir substratla köprü
komplekslerinin bir tipini yaparken bir
diğer substratla diğer tipini oluşturur.
• A.Enz-köprük kompleksleri(MEnzS):
• Enzim köprü kompleksleri metallerin etkin bir
komformasyonu sürdürmek için çatısal roller
yüklendiği(Ör.glutamin sentaz) veya bir substrata
metal bir köprü attığı (Ör.piruvat kinaz) var
sayılır.
• Ayrıca piruvat kinaz bir substratı(ATP) gerekli
yerde tutmakta ve bunu etkinleştirmektedir.
• B- Substrat köprü kompleksleri(EnzSM):
• Nukleosid trifosfat enzimi, metal ve substratla
üçlü kompleks oluşturması, metalin koordinasyon
küresindeki suyun yerine ATP geçmesine
bağlanabilir.
• ATP-4 + M(H2O)6+2 ↔ ATP-M(H2O)3-2 +3H2O
• Daha sonra üçlü bir kompleks oluşturmak üzere
enzim bağlalanır.
• ATP-M(H2O)3-2 + Enz ↔ Enz-ATP-M(H2O)3-2
• C- Metal köprü kompleksleri:
• Bir çok proteinin(Ör.karboksipepptidaz A,
Sitokrom C, methemoglobin) etkin noktasında
metal bağlanması ile ilgisi olan bir His kalıtının
varlığı gösterilmiştir. İki elamanlı EnzM
kompleksi için hız kısıtlayıcı basamak birçok
durumda suyun, metal iyonnu koordinasyon
küresinden uzaklaşmasıdır.
• Enz + M(H2O)6 ↔ Enz-M(H2O)6-n + nH2O
• Öte yandan metalloenzimler için substratın(s) ikili
EnzM kompleksi ile birleşerek üçlü metal
kompleksi yapması zorunludur.
• Metal iyonlar katalizde çok sayıda fonksiyon
üstlenirler:
• Metal iyonları; enzimlerin , kimyasal
reaksiyonların hızını artırmada kullandığı bilinen
4 mekanizmadan birine katılabilir.
• 1. Genel asit-baz katalizi
• 2. Kovalan kataliz
• 3. Reaksiyona girenlerin birbirlerine
yaklaştırılması
• 4. Enzim veya substratta uyarılmayı kamçılama
• Metal iyonları tıpkı protonlar gibi lewis asitidir
(elektrofillerdir) ve bir sigma bağı yapmak üzere
bir elektron çiftini paylaşabilirler.
• Metal iyonları nötral çözeltilerde var olabilmeleri,
genellikle 1 den büyük bir + yüke sahip olmaları
ve π bağları yapabilmeleri nedeniyle super asitler
olarakta kabul edilebilirler.
• Bunlara ek olarak (protonlardan farklı olarak)
metaller enzim veya substrat üzerindeki bazik
grupların oriyantasyonu için üç boyutlu kalıp
hizmeti verebilir.
• Metaller , elektron sağlayarak nükleofilleri
etkinleştirebilir veya bizzat nükleofil olarak
davranır.
• Bir metalin koordinasyon küresi enzim ve
substratı bir araya getirebilir(yakınlaştırma)
veya enzim veya substrattan herhangi
birisine çelat oluşturan
burkulmaya(gerilme)neden olabilir.
 Regülatör Enzimler
• Metabolik işlevlerin kontrolu , enzimatik
reaksiyonların düzenlenmesi ile olur.
• - Substrat düzeyinde kontrol:
• Birçok substratın düzeyi Km seviyesinde
olduğundan, enzimler substarat
konsantrasyonundaki değişikliklere cevap verir
• Ayrıca bu düzenleme , özelleşmiş fonksiyonu olan
bazı enzimler tarafından(düzenleyici enzimler)
yapılır.

•
• Bu enzimler;
• -Allosterik etkiyle
• -kovalent modifikasyonla
• Fizyolojik şartlar değiştiğinde enzim sentez
hızında değişimler yaparlar.
• Allosterik Enzimler:Aktif bölge dışında bir yere
(regülatör bölge) nonkovalant olarak bağlanan
effektör(modilatör, modifier) molekül tarafından
düzenlenirler.
• Bir allosterik effektör:
-enzimin substrata olan ilgisini değiştirebilir (Km
değiştirir)
• -Enzimin maksimal katalitik aktivitesini
değiştirebilir(Vmax değiştirir)
- Her iki değişikliği bir den yapabilir.
- Allosterik effektörler(etki yönünden)
- -negatif effektörler
-pozitif effektörler
• Allosterik enzimler; genellikle birden fazla alt
birimi vardır(oligomeriktir), çoğunlukla 4 alt
birimden oluşur.
• Bunlar genellikle metabolik yolun başlarıbdaki bir
anaktar basamağı katalizler.
• Allosterik effektörler:
• 1. Substratın kendisi bir effektör görevi yapabilir
(homotropik etki).
• Allosterik bir substrat genellikle pozitif bir
effektör olarak fonksiyon gösterir.
• Enzimin bir bölgesine bir substrat
bağlanması, diğer aktif merkezlerin katalitik
özelliklerini uyarır yani bu bölgler
kooperativite gösterir.(bu etki hemoglobinin
oksijen bağlaması ile benzerlik gösterir.
• Allosterik enzimlerde Vo, (S)’ye karşı
grafiklendirildiğinde sigmoidal bir eğri elde
edilir.
• 2. Effektör substrattan farklı olabilir.; bu
etkiye heterotropik etki adı verilir.Ör
feedback inhibisyonu
• (-)
• A B C D K

• (k) kons. Artış olması metabolik yolda ilk

hız inhibe olur.
• Enzim Allosterik effektör
• Fosfofruktokinaz ....... Fruktoz-6-fosfat(+)
• Piruvat karboksilaz ...... Asetil-KoA (+)
• Tronin deaminaz ....... İzolösin(-)
Aspartat Transkarbamilaz...Sitidin trifosfat (-)
• Kovalan Modifikasyonla Düzenleme
• Önemli bir regülasyon şeklidir. Sıklıkla, protein
kinaz ya da protein fosfatazlar tarafından katalize
edilen fosforilasyon/defosforilasyon olaylarını
içeririler. fosforile ve defosforile biçimleri
arasındaki dönüşüm
• Bir enzime genellikle onun aktivitesinde önemli
değişiklikler yaratır.
• Serin, treonin ve tirozin hidroksilleri fosfat
gruplarının eklendiği gruplardır.
• Glukoz metabolizmasında bir enzimin
fosforilasyonu glikojen yıkımını uyarırken, bir
başkasının fosforilasyonu ,glikojen sentezini
inhibe eder.
• Kovalan modifikasyonun enzim düzenlenmesinde
özel avantaji var. Enzimin fizyolojik olarak aktif
olan biçiminin oranını, peptidin bir kısmının ziyan
edilmesi yada peptidin tümünün yenilenmesine
gerek kalmadan değiştirerek enerji akışının miktar
ve yönünü düzenler. Bu şekilde hızlı ve tersinir
kontrolu mümkün kılar.
• Katalitik etkinlikleri fosforlama/fosforsuzlaştırma
ile değiştirilen enzim örnekleri
• Etkinlik durumu
• Enzim düşük yüksek
• Asetil-KoA karboksilaz EP E
• Gklikojen sentaz EP E
• Glikojen fosforilaz E EP
• HMG-KoA redüktaz EP E
• EP(fosforlu enzim) E(fosforsuz enzim)
• Kovalan modifikasyonda
fosforilasyon/defosforilasyon çok sık
görülmekle birlikte bu işlem diğer
şekillerde de yapılabilmektedir.;Örneğin
• -Adenilasyon
• -Uridilasyon
• -ADP-ribozilasyon
• -Metilasyon
• Enzim sentezinin indüklenmesi/baskı-lanması:
• Allosterik enzimlerle ve kovalan modifikasyonla;
var olan enzim aktivitesi değiştirilebilir.
• Oysa hücreler, var olan enzimin sentez hızını
değiştirerek düzenleme fonksiyonunu yapar.
• İnduksiyonla.....sentez artışı olur
• Baskılanma..... Sentez azalması olur
• Bu iki etken ile aktif bölge sayısında değişim olur.
• Bu enzimler gelişimde sadece bir basamakta veya
belirli şartlarda gereksinim duyulan enzimlerdir
• Ör. İnsulin, kan glukozunun arttığı
durumlarda, glukoz metabolizmasında
anahtar durumundaki enzimlerin sentezini
artırır.
• Ancak protein sentezini düzenleyen
enzimlerin aktivitesi diğer düzenleyici
enzimlere göre daha yavaştır, ve bunlar
hücrede sürekli kullanılan enzimler değildir.
• Enzim regülasyonu ile ilgili mekanizmalar farklı farklı
sürelerde etkili olur.
• Mekanizma effektör süre
• Substrat varlığı substat hemen
• Alosterik kontrol son ürün hemen
• Kovalan modi- başka bir enzim hemen/dak
• Fikasyon
• Enz.sentez/yıkım hormon/metaboli saatlar/günler