P. 1
3. Hafta

3. Hafta

|Views: 42|Likes:
Yayınlayan: Uğur Çiğdem

More info:

Published by: Uğur Çiğdem on Nov 01, 2012
Telif Hakkı:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PPT, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

12/04/2012

pdf

text

original

Hücre zarı

• Hücre zarı veya plazma membranı canlı membran olup hücre ile dış ortamı arasında bir engel oluşturur. • Fosfolipit tabakadan yapılmış çift tabakalı seçici geçirgen bir özelliktedir. • Membran çift tabakalıdır. • Mycoplazmaların membranında steroller vardır • Proteinler membrana gömülü durumda bulunmaktadır. Bunlar taşıyıcı, sensörler, enzimler, ETS gibi bir çok fonksiyonel protein bulunmaktadır

• Zara gömülü proteinlerin zar içindeki kısımları hidrofobik, dış kısımları ise hidrofiliktir. • Zarın tüm yapısı H bağları ve hidrofobik etkileşimle kararlı tutulur. • Ayrıca Mg+2 ve Ca+2 gibi katyonlar zarın kararlı yapısında görev alır.

• Membranda bulunan lipitler ve proteinler sürekli yer değiştirirler. • Hücre duvarı bileşenlerini sentezler • DNA replikasyonuna yardımcı olur • Solunum olayını yürütür • ATP sentezinde rol oynar. . • Membranın ana fonksiyonu taşınma mekanizmaları ve sinyallerin alınmasıdır.

• Bazı proteinler ise zara gömülü olmayıp zarın bir tarafında yerleşmiş durumdadırlar. Bunlarada periferal zar proteinleri denir. . Bunlara integral zar proteinleri denir. sinyal alıcı gibi bir çok fonksiyonu yerine getiren yapılardır. Bu proteinlerin bazıları lipoprotein formundadır.• Zar proteinleri zar içine gömülü halde bulunan ve dışarıdan içeriye madde transferi.

• Ökaryot membranını farklı kılan bir faktörde sterollerdir. • Bakterilerde ise sterollere benzeyen hopanoidler olarak adlandırılan moleküller vardır. • %5-25 oranında zarda bulunurlar ve düzlemsel yapılı ve esnek olmayan özelliktedirler.• Zar sabit bir yapı gibi görünse de aslında akışkan bir özelliği ile oldukça hareketlidir. . • Mikoplazmalar ve metanotropik bakteriler hariç bakterilerde bulunmazlar. Örnek diplopten • Hopanoidler Archaea larda bulunmaz.

.

Arkaea’de zarlar .

• Bu nedenle tek tabakalı lipit içeren bir zar ortaya koyar.• Archaea larda Eter bağı vardır. • Archaea da lipid olarak gliserol dieterleri ve gliserol tetraeterleri bulunur. • Archaea’larda yağ asitleri yerine yan zincir olarak beş karbonlu hidrokorban olan İzopren yer alır. . • Tetraeter molekülünde her gliserol molekülündeki fitanil yan zincirleri birbirine kovalent bağlarla bağlanmıştır. Bifitanil adı verilir.

.

enerji eldesi gibi görevleri olan bir çok protein barındırır. • Sitoplazmik membran taşıma. . • Proton motif güç adı verilen bir potansiyel taşır. sinyal algılama ve iletimi.Sitoplazmik Zar görevleri • Sitoplazmik membran seçici geçirgen bir yapıya sahiptir.

.

• Su diffüze olabilir. Bazı besinler O2. NH3 ve su gibi besinler sitoplazmik membrandan ve dış membrandan kolayca diffüze olabilir. Ancak özel aquaporinler vasıtasıyla daha hızlı taşınım sağlanır. Bunların dışında bazı oldukça toksik antibiyotikleri içeren polar olmayan bileşikler sitoplazmik membrandan diffüzyonla geçebilirler. CO2. Ancak bu moleküller dış membranı geçemezler. • H iyonu bile taşıdığı elektrik yükü nedeniyle sitoplazmik zardan diffüze olamaz.• Bakteriyal hücreleri çevreleyen membranlar bütün moleküllere bariyer değildir. .

• Besin konsantrasyonuna göre etkilenen bir sistemdir.• Taşıyıcı proteinler zardan maddelerin taşınması ve içeride biriktirilmesini sağlar. . • Ayrıca bu taşıma sistemi özgüllük sağlar.

Bakterilerde Madde Taşınması • Diffüzyon • Kolaylaştırılmış Diffüzyon • Aktif Taşıma .

.

Bakterilerde Taşıma Sistemleri • Diffüzyonun kuralı çok yoğun ortamdan az yoğun ortama doğru madde ve su geçişidir. • Dış membranın iki önemli özelliği vardır. . • Sitoplazmik membranı birkaç molekül diffüzyonla geçebilirken dış membranı ise bütün temel besinler ve atık ürünler diffüzyonla geçebilmektedir.

Bu durum gram negatifleri bir çok antibiyotikten koruyan bir özelliktir. Polar moleküllerin ise geçişini sağlayan bir yapıdadır. • Membran boyunca bir konsantrasyon gradienti gerekmektedir. . • Porinler 600 kD dan daha küçük hidrofilik moleküllerin geçişini sağlayan içi su dolu kanal proteinleridir.• Dış membran lipopolisakkaritlerin polisakkarit yapılarından dolayı polar olmayan solutlere karşı geçirgen değildir.

E. Yalnızca gliserol kolaylaştırılmış diffüzyonla girdiği bilinmektedir. Ancak bir taşıyıcı vardır. typhimurium.Kolaylaştırılmış Diffüzyon • Membran boyunca impermeable olan bazı bileşiklerin membrandan bir taşıyıcı yardımıyla diffüzyonuna denir. Eukaryotlarda yaygın olmasına rağmen prokaryotlarda çok nadir rastlanır. . coli. Pseudomonas gibi. Taşıyıcı ile düzenlenmesi o substratı sitoplazma içinde toplamaz. Yine diffüzyon kuralı geçerlidir. S.

büyüklük. . 2) Molekül ağırlığı ve tipine göre farklı olan taşıyıcı proteinler vasıtasıyla. 3) Proteinlerin flip-flop hareketi vasıtasıyla. yük ve ayrışma katsayılarından beklenebileceğinden daha hızlı olarak. elektrokimyasal gradientleri boyunca membranlardan diffüze olurlar ki bu geçiş kolaylaştırılmış diffüzyon olarak tanımlanan bir şekilde olur.Bazı spesifik solütler. Kolaylaştırılmış diffüzyon ile membranlardan geçiş başlıca üç şekilde olabilir: 1) Membranı tümüyle kateden ve porinler diye adlandırılan kanal proteinleri vasıtasıyla.

• Bunun için enerji harcanmaktadır. Membrana yerleşmiş taşıyıcı proteinler ile gerçekleştirilir. ATP yada enerji açısından zengin bir bileşiğe gereksinim duyarlar. Konsantrasyon gradientine gerek yoktur. Basit taşıma. • Protonmotif güç. grup translokasyonu ve ABC sistemi. . Bir çok amino asit ve laktoz yaklaşık 1000 kat daha fazla sitoplazmada biriktirilebilir. Yani aktif taşıma enerji harcanarak yapılan bir taşıma şeklidir.Aktif Taşıma • Aktif taşıma kolaylaştırılmış diffüzyondan farklıdır. Bunlara permeazlar denir. • Aktif taşıma ile bir substratın konsantrasyonu dış çevreden birkaç kat daha fazla hale getirilebilir.

.

Bu şekilde bir pH gradienti meydana getirilmektedir. . Primer aktif taşıma ile oluşturulan ion gradienti metabolik bazı yollarda kullanılabilen potansiyel bir enerji şeklidir.Sekonder aktif taşıma (Basit taşıma) • Solunum olayında ETS sisteminde protonların dışarı çıkarılması söz konusudur. Böylece bir membran potansiyeli oluşturulmaktadır. Böyle proton atılımı çoğunlukla primer aktif taşıma olarak adlandırılmaktadır.

Bu enerji şeklinin kullanıldığı yerler 1-ATP elde edilmesinde 2-Flagellanın döndürülmesi 3-Sitoplazmik membran boyunca moleküllerin taşınması Sitoplazmik membran boyunca bu yolla madde taşınması Sekonder Aktif Taşıma olarak adlandırılır. 3 tip sekonder aktif taşıma vardır Simport Antiport Aktif uniport .

Her laktoz ile birlikte bir protonda içeri alınır. . Bu bir simporter taşıyıcıdır.Laktoz lac permeaz ile taşınır.

.

.

.Grup translokasyonu • Substratların sitoplazmik membran boyunca aktarılırken kimyasal olarak değiştirilme mekanizmasıdır.

.

.

Periplazmik Bağlama Proteinleri • • • • Periplazmik bağlanma proteinleri Zarı kateden proteinler ATP hidroliz eden proteinler Bu taşıyıcılar ABC transportırları olarak adlandırılırlar. . Yaklaşık 200 çeşit protein vardır.

.

. dış membran proteinlerinin yerleşimi.Protein İhracı • Translokazlar • Bakteriyal hücreler için oldukça önemlidir. toksinler. • Periplazmik enzimler.

karbonhidratlar. Genellikle poliribozomlar olarak adlandırılan uzun zincirler halindedir. lipitler. proteinler. depo granüllerinden oluşur. gerisi dağılmış enzimler. 4/5 i sudur. DNA.İnternal yapılar • Sitoplazma: yarı sıvı bir maddedir. • Ribozomlar: nükleik asit ve proteinden oluşan ve sitoplazmada yaygın olarak bulunurlar. . • Svedberg ünitesine göre 70S dir.

.

Nüklear bölge • Ökaryotik hücrelerden ana farkları olan bir zarla çevrili nükleusun olmayışıdır. • Ayrıca plazmitler vardır. . DNA uzun yuvarlaktır ve sitoplazmada merkeze yakın bir bölgede dağınık olarak bulunm aktadır.

.İnternal membran sistemleri • Fotosentetik bakterilerde kromotofor olarak adlandırılan internal membran sistemleri vardır.

. ya da yüzeyden dışarıya doğru uzanmış çeşitli yapılar oluştururlar.Yüzey yapıları ve İnkluzyonlar • Prokaryotlar ya hücre yüzeyine tutunmuş. kapsüller. diğer cıvık tabakalar…. pili. S-tabakaları. Bunlar fimbria.

• Konjugasyona aracılık ederler.Fimbria • Fimbria ve Pili hücre yüzeyinden uzanan. proteinden oluşmuş filamentöz yapılardır. • Fimbria yüzeye yapışmasını sağlar… • Pili yapısal olarak fimbriaya benzer ancak daha uzun olup yüzeyde sadece bir yada birkaç tanedir. • Virüsler için reseptör görevide görürler. . • Çeşitli fimbria/pili çeşitleri vardır.

.

Bu tabakalar Stabakaları olarak adlandırılır. • Kristal görünümünd eolup çeşitli simetrik formlara sahiptirler.Parakristalin yüzey tabakaları • Bir çok prokaryot iki boyutlu protein sırasından oluşmuş bir yüzey tabakası içerir. • Bazı Archaea larda hücre duvarı görevi görürler. • Bakterilerin her grubunda rastlanmıştır. Hegzagonal. trimetrik gibi • Temel olarak görevleri bilinmemekle birlikte elek gibi işlev gördükleri tahmine dilmektedir. tetragonal. . • Konakçının savunma mekanizmalarına karşı koruma işlevleride vardır.

.

• Kimyasal içeriğine göre ince yada kalın. su tutma gibi fonksiyonları vardır. bazıları proteinden yapılmıştır.Kapsüller ve cıvık tabakalar • Bakteriler yüzeylerinde yapışkan özellikli maddeler bulundururlar. . fagositozdan korunma. esnek olanlar cıvık olarak adlandırılır. • Katı yüzeylere tutunma. • Bazıları polisakkarit. sert veya esnek olabilirler • Sert olanlar kapsül.

Poli-B-Hidroksibütirik asitten (PHB) oluşanlarıdır. Glikojen. • İnkluzyonların çoğu ince bir lipid tabaka ile stplazmadna ayrılırlar. • Pek çok madde metilen mavisi gibi basit boyalarla boyandıklarında düzenli dağılmış koyu renkli görünür. • Polihidroksialkanoat (PHA) ifadesi kullanılır. Bunların hepsine inklüzyonlar denir. fosfolipit gibi • En yaygını. . • Bir başka depo ürünü glikojendir.İnkluzyonlar • Bakteriyal sitoplazmada çeşitli küçük cisimler vardır. • Her granül özel bir madde içerir. Bazıları granül bazılarıda vesikül olarak adlandırılır. Karbon enerji deposu olan bu moleküllerin büyüklükleri değişebilir. • Sitoplazmada kolayca dağılmayan yoğun maddelerdir. • Enerji rezervleri veya yapısal birimlerin deposudur.

• Türe özgü şekilleri vardır. • Fosfolipit.Diğer depo maddeleri ve inkluzyonlar • İnorganik fosfatın fosfat kaynağı olarak kullanılmak üzere polifosfat olarak depo edilmesi • Elementer kükürt biriktirilmesi • Magnetozomlar demir minerali olan magnetit depoları olarak adlandırılır ve hücreye manyetik alana tepki vermesini sağladıkları tahmin edilmektedir. . protein. (Magnetotaksis). glikoprotein bir zarla çevrilidirler.

• Sayısıda değişken olabilir • Protein yapısında bir zara sahiptir. 45-120 nm genişliğe sahip olabilirler. • İçleri gaz ile dolu. proteinden yapılmış. • İki farklı proteinden oluşur. GvpA.Gaz vezikülleri • Planktonik bazı prokaryotlar suda hareket edebilme yeteneğini sahip oldukları gaz keseciklerine borçludur. GvpC . mekik şeklinde yapılardır. 300-1000 nm boy. • Çoğunlukla Siyanobakterilerde görülmektedir.

Endospor • Bazı bakteriler zor şartları atlatmak için hücre içinde spor üretirler buna endospor denir • Üreme amaçlı değildir. • Zor şartları atlatmak için üretilir – – – – Sentral Subterminal Terminal Terminal .

.

• Spor yapısında en dışta Eksosporium – Altında spor örtü – Korteks (Gevşek çapraz bağlar içeren peptidoglikandır) – Öz duvarı – DNA nükleoid ve ribozomlar bulunur .

.

• Vejetatif hücrenin aksine oldukça dayanıklı bir yapısı vardır sporların. • Bunu sağlayan dipikolinik asit ve büyük miktarda kalsiyum iyonları içerirler. Bu maddeler sporun dayanıklılığını sağlamaktadır. • Suyun azaltılması ve DNA nın kararlı halde kalmasını sağlar. • %10-25 oranında su içerir. • pH daha düşüktür • Asitte çözülebilen küçük proteinler (SASPs) özdeki DNA ya bağlanarak korumak ve germinasyon sırasında enerji ve karbon kaynağı olmak.

• Aktivasyon sıcaklık ve hafif bir nem ile gerçekleşen kısa sürede oluşan bir çimlenme sürecidir. . germinasyon ve gelişme olarak üç basamakta gerşekleşir.• Aktivasyon.

Flagella • Bilinen bakterilerin hemen hemen hepsi hareketli veya hareket etme özelliğine sahiptir. kanca ve flamentten oluşur. • Hareket organeli genellikle flagelladır. . • Flagellin adı verilen protein alt birimlerinden sentezlenir. • 4 tip flagella vardır bakterilerde. • Flagella bazal yapı. • Bazal yapı bir çubuk ve etrafında halkalardan meydana gelir.

.

.

.

Flagella hareketi: Rastgele eğilimli koşma hareketi ile hareket sağlanır .

.

Hareket enerji harcanarak gerçekleşir. Bu enerjide proton motif güçden sağlanır. .

protonların akışına bağlı olarak artar yada azaltılır. • Saniyede 120 mikron kadar hareket edebilir.r hızla dönmez.• Kamçı sabit bi. .

• Bu bakterilerin koloni morfolojileri farklıdır. . • Cıvık bir madde salgılanarak bu madde ile yüzeye tutunur ve • Bu bakteriler filamentöz yada çubuk şeklindedir. • Bu hareket tarzı katı yüzey üzerinde kayma hareketidir. • Mekanizması tam olarak bilinmez.Kayma hareketi • Bazı prokaryotlar hareketli olmakla birlikte kamçıları yoktur.

. • Konsantrasyon yoksa yavaş bir koşma hareketi vardır. Konsantrasyon var ve pozitif yönde ise koşma hareketi daha düzenli ve uzun bir sürede gerçekleşir. kemotaksis. • Bakteriler bir önceki algı ile bir sonraki algı arasındaki farka göre hareket ederler. • Ya kaçış (negatif) yada yönelimdir (pozitif ) • Fototaksis.Kemotaksis • Maddelere karşı yada maddelere doğru bakterilerin yapmış olduğu hareketdir.

• Konsantrasyon artışı koşma hareketini hızlandırır.• Negatif etkili durumlarda da mekanizma aynı şekilde işlemektedir. . Koşu sırasında ileri yöndeki hareket kamçı motorunun saatin tersi yönünde dönmesiyle gerçekleşir. Saat yönünde döndüğü zaman kamçılar birbirinden uzaklaşır ve takla atar.

Bu nedenle takla yerine brown hareketi ile yön değiştirirler.• Tek kamçısı olan (monotrichous) bakterilerde hareket farklıdır. Dönüş sistemi aynı olmasına rağmen saat yönünde dönüşü yoktur. .

.Ölçüm Nasıl yapılır • Sitoplazmik membranda sensör proteinleri vasıtasıyla ölçümler yapılır. beher ve tüp deneyi ile görülebilir. • Cezbedici. Kemoreseptörler olarak adlandırılan bu proteinler çevredeki değişimleri algılar ve bu sinyalleri sitoplazmadaki reseptörler aracılığı ile kamçı regülasyonunu sağlayan genlere aktarırlar.

Fototaksis • Fototrofik bir çok mikroorganizma ışığa bağlı olarak hareket edebilir. Buna fototaksis denir. • Skotofobotaksis karanlığa geçişde hareket • Fototaksis ışık yoğunluğuna bağlı hareket • Metil alıcı kemotaktik proteini (MCP ler) 5 tanedir E. coli’de. • Tar iletim sistemi aspartat ve maltozu algılar ayrıca Co ve Ni gibi ağır metalleri… .

• CheA-CheW ikili sistem… • CheY-P flagellanın saat yönünde dönmesini sağlayarak yuvarlanmayı uyarır. .

.

• Aerotaksis • Ozmotaksis .

• Aksiyal filamentler: Spirochetler flagella yerine hücre duvarından uzanan aksiyal filamentler veya endoflagella ya sahiptirler. • Burgu şeklinde hareketi sağlar… .

– F piluslar – Tutunma pilusları veya fimbriyalar . küçük kısa uzantılardır. • 2 çeşit pili vardır.Piluslar • Tekili pilus çoğulu pili olan flagellaya benzer. Yüzeylere tutunmak için görev yaparlar. Hareket ile ilgileri yoktur. • Pilin adı verilen proteinlerden oluşur.

yüzeylere yapışmak. .• F piluslar konjugasyonu sağlar • Tutunma pilusları ise organizmalara tutnmak. • kırmız kan hücrelerinin aglutinasyonuna neden olurlar. akıntılara karşı koyabilmek gibi görevleri vardır.

Glikokaliks • En ince mukus tabakadan en kalın kapsüle kadar hücre duvarı dışında bulunan polisakkaritleri içerir. Bazıları kapsül oluşturur. Hücreyi kurumadan koruma. Hücreyi koruma görevi üstlenir. (Diş taşı oluşumu) . Yüzeylere tutunma görevi de vardır. • Kapsül organizmanın salgıladığı hücre duvarı dışındaki koruyucu tabakadır. • Mukus daha ince olan ve daha gevşek bağlanmış olan bir tabakadır. besinleri yakalama gibi görevleri vardır.

Endosimbiyozis • Mitokondri ve kloroplastın bir zamanlar bakteri olduğunu iddia eden teoridir .

siyanobakterilerle büyük benzerlikler göstermektedir. ökaryotik genom. • DNA analizleri ve filogenetik çözümlemeler hücresel DNA'nın plastit DNA'sından gelmiş olabilecek parçacıklar bulundurduğunu düşündürmektedir. • Plastitlerin iç yapısı ve biyokimyası. bileşimi daha çok prokaryotik hücre zarına benzemektedir. örneğin tilakoit ve klorofillerin varlığı.Mitokondri ve plastitlerin endosimbiyoz kökenli olduklarına dair bulgular aşağıdaki gibidir. bakteri ve plastitlerin filogenetik çözümlemeleri de gösteriyor ki plastitler en çok siyanobakterilere yakındır. • Mitokondri ve plastitler ait oldukları hücreden farklı olan bir DNA taşırlar ve bu DNA bakterilerinkine benzemektedir • İki katlı zarları vardır ve en içteki katman hücredeki diğer zarlardan bileşim açısından farklıdır. • Yeni plastit veya mitokondri oluşumu sadece ikiye bölünme işlemine benzer bir süreç sonunda olur. • Dış membranlarında bakterilerdeki porin benzeri proteinlerin olması .

Organel genomlarındaki birçok gen ya kaybedilmiş ya da hücre çekirdeğine kaymıştır. bakterilerde olduğu gibi başlangıç aminoasidi olarak N-formilmetiyonin kullanmaktadır. • Bu organellerin ribozomları bakterilerinki gibidir (70S). .• Hücre çekirdeği tarafından kodlanan bazı proteinler bu organellere transfer edilmektedir ve hem mitokondri hem de koloroplast genomu bakterilere kıyasla daha küçüktür. • Bakterileri etkileyen antibiyotikler mitokondri ve plastitleride etkilemektedir. Bu da endosimbiyoz ilişkiyle konak hücreye olan bağımlılığın artması gerektiği görüşüyle örtüşmektedir. • Mitokondri ve plastit kaynaklı proteinler.

You're Reading a Free Preview

İndirme
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->