Hcre zar

Hcre zar veya plazma membran canl membran olup hcre ile d ortam arasnda bir engel oluturur. Fosfolipit tabakadan yaplm ift tabakal seici geirgen bir zelliktedir. Membran ift tabakaldr. Mycoplazmalarn membrannda steroller vardr Proteinler membrana gml durumda bulunmaktadr. Bunlar tayc, sensrler, enzimler, ETS gibi bir ok fonksiyonel protein bulunmaktadr

 Zara gml proteinlerin zar iindeki ksmlar hidrofobik, d ksmlar ise hidrofiliktir. Zarn tm yaps H balar ve hidrofobik etkileimle kararl tutulur. Ayrca Mg+2 ve Ca+2 gibi katyonlar zarn kararl yapsnda grev alr.

 Membranda bulunan lipitler ve proteinler srekli yer deitirirler. Membrann ana fonksiyonu tanma mekanizmalar ve sinyallerin alnmasdr. Hcre duvar bileenlerini sentezler DNA replikasyonuna yardmc olur Solunum olayn yrtr ATP sentezinde rol oynar.

 Zar proteinleri zar iine gml halde bulunan ve dardan ieriye madde transferi, sinyal alc gibi bir ok fonksiyonu yerine getiren yaplardr. Bunlara integral zar proteinleri denir. Baz proteinler ise zara gml olmayp zarn bir tarafnda yerlemi durumdadrlar. Bunlarada periferal zar proteinleri denir. Bu proteinlerin bazlar lipoprotein formundadr.

 Zar sabit bir yap gibi grnse de aslnda akkan bir zellii ile olduka hareketlidir. karyot membrann farkl klan bir faktrde sterollerdir. Mikoplazmalar ve metanotropik bakteriler hari bakterilerde bulunmazlar. %5-25 orannda zarda bulunurlar ve dzlemsel yapl ve esnek olmayan zelliktedirler. Bakterilerde ise sterollere benzeyen hopanoidler olarak adlandrlan molekller vardr. rnek diplopten Hopanoidler Archaea larda bulunmaz.

Arkaeade zarlar

 Archaea larda Eter ba vardr. Archaealarda ya asitleri yerine yan zincir olarak be karbonlu hidrokorban olan zopren yer alr. Archaea da lipid olarak gliserol dieterleri ve gliserol tetraeterleri bulunur. Tetraeter moleklnde her gliserol moleklndeki fitanil yan zincirleri birbirine kovalent balarla balanmtr. Bifitanil ad verilir. Bu nedenle tek tabakal lipit ieren bir zar ortaya koyar.

Sitoplazmik Zar grevleri

Sitoplazmik membran seici geirgen bir yapya sahiptir. Sitoplazmik membran tama, sinyal alglama ve iletimi, enerji eldesi gibi grevleri olan bir ok protein barndrr. Proton motif g ad verilen bir potansiyel tar.

 Bakteriyal hcreleri evreleyen membranlar btn molekllere bariyer deildir. Baz besinler O2, CO2, NH3 ve su gibi besinler sitoplazmik membrandan ve d membrandan kolayca diffze olabilir. Bunlarn dnda baz olduka toksik antibiyotikleri ieren polar olmayan bileikler sitoplazmik membrandan diffzyonla geebilirler. Ancak bu molekller d membran geemezler. H iyonu bile tad elektrik yk nedeniyle sitoplazmik zardan diffze olamaz. Su diffze olabilir. Ancak zel aquaporinler vastasyla daha hzl tanm salanr.

 Tayc proteinler zardan maddelerin tanmas ve ieride biriktirilmesini salar. Ayrca bu tama sistemi zgllk salar. Besin konsantrasyonuna gre etkilenen bir sistemdir.

Bakterilerde Madde Tanmas

Diffzyon Kolaylatrlm Diffzyon Aktif Tama

Bakterilerde Tama Sistemleri

Diffzyonun kural ok youn ortamdan az youn ortama doru madde ve su geiidir. Sitoplazmik membran birka molekl diffzyonla geebilirken d membran ise btn temel besinler ve atk rnler diffzyonla geebilmektedir. D membrann iki nemli zellii vardr.

 D membran lipopolisakkaritlerin polisakkarit yaplarndan dolay polar olmayan solutlere kar geirgen deildir. Bu durum gram negatifleri bir ok antibiyotikten koruyan bir zelliktir. Polar molekllerin ise geiini salayan bir yapdadr. Porinler 600 kD dan daha kk hidrofilik molekllerin geiini salayan ii su dolu kanal proteinleridir. Membran boyunca bir konsantrasyon gradienti gerekmektedir.

Kolaylatrlm Diffzyon
Membran boyunca impermeable olan baz bileiklerin membrandan bir tayc yardmyla diffzyonuna denir. Tayc ile dzenlenmesi o substrat sitoplazma iinde toplamaz. Yine diffzyon kural geerlidir. Ancak bir tayc vardr. Eukaryotlarda yaygn olmasna ramen prokaryotlarda ok nadir rastlanr. Yalnzca gliserol kolaylatrlm diffzyonla girdii bilinmektedir. E. coli, S. typhimurium, Pseudomonas gibi.

Baz spesifik soltler, byklk, yk ve ayrma katsaylarndan beklenebileceinden daha hzl olarak, elektrokimyasal gradientleri boyunca membranlardan diffze olurlar ki bu gei kolaylatrlm diffzyon olarak tanmlanan bir ekilde olur. Kolaylatrlm diffzyon ile membranlardan gei balca ekilde olabilir: 1) Membran tmyle kateden ve porinler diye adlandrlan kanal proteinleri vastasyla. 2) Molekl arl ve tipine gre farkl olan tayc proteinler vastasyla. 3) Proteinlerin flip-flop hareketi vastasyla.

Aktif Tama
Aktif tama kolaylatrlm diffzyondan farkldr. Konsantrasyon gradientine gerek yoktur. Membrana yerlemi tayc proteinler ile gerekletirilir. Bunlara permeazlar denir. Basit tama, grup translokasyonu ve ABC sistemi. Aktif tama ile bir substratn konsantrasyonu d evreden birka kat daha fazla hale getirilebilir. Bir ok amino asit ve laktoz yaklak 1000 kat daha fazla sitoplazmada biriktirilebilir. Bunun iin enerji harcanmaktadr. Yani aktif tama enerji harcanarak yaplan bir tama eklidir. Protonmotif g, ATP yada enerji asndan zengin bir bileie gereksinim duyarlar.

Sekonder aktif tama (Basit tama)

Solunum olaynda ETS sisteminde protonlarn dar karlmas sz konusudur. Bu ekilde bir pH gradienti meydana getirilmektedir. Bylece bir membran potansiyeli oluturulmaktadr. Byle proton atlm ounlukla primer aktif tama olarak adlandrlmaktadr. Primer aktif tama ile oluturulan ion gradienti metabolik baz yollarda kullanlabilen potansiyel bir enerji eklidir.

Bu enerji eklinin kullanld yerler 1-ATP elde edilmesinde 2-Flagellann dndrlmesi 3-Sitoplazmik membran boyunca molekllerin tanmas

Sitoplazmik membran boyunca bu yolla madde tanmas Sekonder Aktif Tama olarak adlandrlr. 3 tip sekonder aktif tama vardr Simport Antiport Aktif uniport

Laktoz lac permeaz ile tanr. Bu bir simporter taycdr. Her laktoz ile birlikte bir protonda ieri alnr.

Grup translokasyonu
Substratlarn sitoplazmik membran boyunca aktarlrken kimyasal olarak deitirilme mekanizmasdr.

Periplazmik Balama Proteinleri

Periplazmik balanma proteinleri Zar kateden proteinler ATP hidroliz eden proteinler Bu tayclar ABC transportrlar olarak adlandrlrlar. Yaklak 200 eit protein vardr.

Protein hrac
Translokazlar Bakteriyal hcreler iin olduka nemlidir. Periplazmik enzimler, d membran proteinlerinin yerleimi, toksinler,

nternal yaplar
Sitoplazma: yar sv bir maddedir. 4/5 i sudur, gerisi dalm enzimler, proteinler, lipitler, DNA, karbonhidratlar, depo granllerinden oluur. Ribozomlar: nkleik asit ve proteinden oluan ve sitoplazmada yaygn olarak bulunurlar. Genellikle poliribozomlar olarak adlandrlan uzun zincirler halindedir. Svedberg nitesine gre 70S dir.

Nklear blge
karyotik hcrelerden ana farklar olan bir zarla evrili nkleusun olmaydr. DNA uzun yuvarlaktr ve sitoplazmada merkeze yakn bir blgede dank olarak bulunm aktadr. Ayrca plazmitler vardr.

nternal membran sistemleri

Fotosentetik bakterilerde kromotofor olarak adlandrlan internal membran sistemleri vardr.

Yzey yaplar ve nkluzyonlar

Prokaryotlar ya hcre yzeyine tutunmu, ya da yzeyden darya doru uzanm eitli yaplar olutururlar. Bunlar fimbria, pili, S-tabakalar, kapsller, dier cvk tabakalar.

Fimbria
Fimbria ve Pili hcre yzeyinden uzanan, proteinden olumu filamentz yaplardr. Fimbria yzeye yapmasn salar Pili yapsal olarak fimbriaya benzer ancak daha uzun olup yzeyde sadece bir yada birka tanedir. Virsler iin reseptr grevide grrler. Konjugasyona araclk ederler. eitli fimbria/pili eitleri vardr.

Parakristalin yzey tabakalar

Bir ok prokaryot iki boyutlu protein srasndan olumu bir yzey tabakas ierir. Bu tabakalar Stabakalar olarak adlandrlr. Bakterilerin her grubunda rastlanmtr. Baz Archaea larda hcre duvar grevi grrler. Kristal grnmnd eolup eitli simetrik formlara sahiptirler. Hegzagonal, tetragonal, trimetrik gibi Temel olarak grevleri bilinmemekle birlikte elek gibi ilev grdkleri tahmine dilmektedir. Konaknn savunma mekanizmalarna kar koruma ilevleride vardr.

Kapsller ve cvk tabakalar

Bakteriler yzeylerinde yapkan zellikli maddeler bulundururlar. Bazlar polisakkarit, bazlar proteinden yaplmtr. Kimyasal ieriine gre ince yada kaln, sert veya esnek olabilirler Sert olanlar kapsl, esnek olanlar cvk olarak adlandrlr. Kat yzeylere tutunma, fagositozdan korunma, su tutma gibi fonksiyonlar vardr.

nkluzyonlar
Bakteriyal sitoplazmada eitli kk cisimler vardr. Bunlarn hepsine inklzyonlar denir. Bazlar granl bazlarda vesikl olarak adlandrlr. Sitoplazmada kolayca dalmayan youn maddelerdir. Enerji rezervleri veya yapsal birimlerin deposudur. nkluzyonlarn ou ince bir lipid tabaka ile stplazmadna ayrlrlar. Her granl zel bir madde ierir. Glikojen, fosfolipit gibi En yaygn, Poli-B-Hidroksibtirik asitten (PHB) oluanlardr. Karbon enerji deposu olan bu molekllerin byklkleri deiebilir. Polihidroksialkanoat (PHA) ifadesi kullanlr. Bir baka depo rn glikojendir. Pek ok madde metilen mavisi gibi basit boyalarla boyandklarnda dzenli dalm koyu renkli grnr.

Dier depo maddeleri ve inkluzyonlar

norganik fosfatn fosfat kayna olarak kullanlmak zere polifosfat olarak depo edilmesi Elementer kkrt biriktirilmesi Magnetozomlar demir minerali olan magnetit depolar olarak adlandrlr ve hcreye manyetik alana tepki vermesini saladklar tahmin edilmektedir. (Magnetotaksis). Fosfolipit, protein, glikoprotein bir zarla evrilidirler. Tre zg ekilleri vardr.

Gaz veziklleri
Planktonik baz prokaryotlar suda hareket edebilme yeteneini sahip olduklar gaz keseciklerine borludur. ounlukla Siyanobakterilerde grlmektedir. leri gaz ile dolu, proteinden yaplm, mekik eklinde yaplardr. 300-1000 nm boy, 45-120 nm genilie sahip olabilirler. Saysda deiken olabilir Protein yapsnda bir zara sahiptir. ki farkl proteinden oluur. GvpA, GvpC

Endospor
Baz bakteriler zor artlar atlatmak iin hcre iinde spor retirler buna endospor denir reme amal deildir. Zor artlar atlatmak iin retilir
Sentral Subterminal Terminal Terminal

 Spor yapsnda en dta Eksosporium

Altnda spor rt Korteks (Gevek apraz balar ieren peptidoglikandr) z duvar DNA nkleoid ve ribozomlar bulunur

 Vejetatif hcrenin aksine olduka dayankl bir yaps vardr sporlarn. Bunu salayan dipikolinik asit ve byk miktarda kalsiyum iyonlar ierirler. Bu maddeler sporun dayanklln salamaktadr. Suyun azaltlmas ve DNA nn kararl halde kalmasn salar. %10-25 orannda su ierir. pH daha dktr Asitte zlebilen kk proteinler (SASPs) zdeki DNA ya balanarak korumak ve germinasyon srasnda enerji ve karbon kayna olmak.

 Aktivasyon, germinasyon ve gelime olarak basamakta gerekleir. Aktivasyon scaklk ve hafif bir nem ile gerekleen ksa srede oluan bir imlenme srecidir.

Flagella
Bilinen bakterilerin hemen hemen hepsi hareketli veya hareket etme zelliine sahiptir. Hareket organeli genellikle flagelladr. 4 tip flagella vardr bakterilerde. Flagellin ad verilen protein alt birimlerinden sentezlenir. Flagella bazal yap, kanca ve flamentten oluur. Bazal yap bir ubuk ve etrafnda halkalardan meydana gelir.

Flagella hareketi: Rastgele eilimli koma hareketi ile hareket salanr

Hareket enerji harcanarak gerekleir. Bu enerjide proton motif gden salanr.

 Kam sabit bi,r hzla dnmez, protonlarn akna bal olarak artar yada azaltlr. Saniyede 120 mikron kadar hareket edebilir.

Kayma hareketi
Baz prokaryotlar hareketli olmakla birlikte kamlar yoktur. Bu hareket tarz kat yzey zerinde kayma hareketidir. Mekanizmas tam olarak bilinmez. Cvk bir madde salglanarak bu madde ile yzeye tutunur ve Bu bakteriler filamentz yada ubuk eklindedir. Bu bakterilerin koloni morfolojileri farkldr.

Kemotaksis
Maddelere kar yada maddelere doru bakterilerin yapm olduu hareketdir. Ya ka (negatif) yada ynelimdir (pozitif ) Fototaksis, kemotaksis, Bakteriler bir nceki alg ile bir sonraki alg arasndaki farka gre hareket ederler. Konsantrasyon yoksa yava bir koma hareketi vardr. Konsantrasyon var ve pozitif ynde ise koma hareketi daha dzenli ve uzun bir srede gerekleir.

 Negatif etkili durumlarda da mekanizma ayn ekilde ilemektedir. Konsantrasyon art koma hareketini hzlandrr. Kou srasnda ileri yndeki hareket kam motorunun saatin tersi ynnde dnmesiyle gerekleir. Saat ynnde dnd zaman kamlar birbirinden uzaklar ve takla atar.

 Tek kams olan (monotrichous) bakterilerde hareket farkldr. Dn sistemi ayn olmasna ramen saat ynnde dn yoktur. Bu nedenle takla yerine brown hareketi ile yn deitirirler.

lm Nasl yaplr
Sitoplazmik membranda sensr proteinleri vastasyla lmler yaplr. Kemoreseptrler olarak adlandrlan bu proteinler evredeki deiimleri alglar ve bu sinyalleri sitoplazmadaki reseptrler aracl ile kam reglasyonunu salayan genlere aktarrlar. Cezbedici, beher ve tp deneyi ile grlebilir.

Fototaksis
Fototrofik bir ok mikroorganizma a bal olarak hareket edebilir. Buna fototaksis denir. Skotofobotaksis karanla geide hareket Fototaksis k younluuna bal hareket Metil alc kemotaktik proteini (MCP ler) 5 tanedir E. colide. Tar iletim sistemi aspartat ve maltozu alglar ayrca Co ve Ni gibi ar metalleri

 CheA-CheW ikili sistem CheY-P flagellann saat ynnde dnmesini salayarak yuvarlanmay uyarr.

 Aerotaksis Ozmotaksis

 Aksiyal filamentler: Spirochetler flagella yerine hcre duvarndan uzanan aksiyal filamentler veya endoflagella ya sahiptirler. Burgu eklinde hareketi salar

Piluslar
Tekili pilus oulu pili olan flagellaya benzer, kk ksa uzantlardr. Yzeylere tutunmak iin grev yaparlar. Hareket ile ilgileri yoktur. Pilin ad verilen proteinlerden oluur. 2 eit pili vardr.
F piluslar Tutunma piluslar veya fimbriyalar

 F piluslar konjugasyonu salar Tutunma piluslar ise organizmalara tutnmak, yzeylere yapmak, akntlara kar koyabilmek gibi grevleri vardr. krmz kan hcrelerinin aglutinasyonuna neden olurlar.

Glikokaliks
En ince mukus tabakadan en kaln kapsle kadar hcre duvar dnda bulunan polisakkaritleri ierir. Kapsl organizmann salglad hcre duvar dndaki koruyucu tabakadr. Bazlar kapsl oluturur. Hcreyi koruma grevi stlenir. Mukus daha ince olan ve daha gevek balanm olan bir tabakadr. Hcreyi kurumadan koruma, besinleri yakalama gibi grevleri vardr. Yzeylere tutunma grevi de vardr. (Di ta oluumu)

Endosimbiyozis
Mitokondri ve kloroplastn bir zamanlar bakteri olduunu iddia eden teoridir

Mitokondri ve plastitlerin endosimbiyoz kkenli olduklarna dair bulgular aadaki gibidir.

Mitokondri ve plastitler ait olduklar hcreden farkl olan bir DNA tarlar ve bu DNA bakterilerinkine benzemektedir ki katl zarlar vardr ve en iteki katman hcredeki dier zarlardan bileim asndan farkldr, bileimi daha ok prokaryotik hcre zarna benzemektedir. Yeni plastit veya mitokondri oluumu sadece ikiye blnme ilemine benzer bir sre sonunda olur. Plastitlerin i yaps ve biyokimyas, rnein tilakoit ve klorofillerin varl, siyanobakterilerle byk benzerlikler gstermektedir. karyotik genom, bakteri ve plastitlerin filogenetik zmlemeleri de gsteriyor ki plastitler en ok siyanobakterilere yakndr. DNA analizleri ve filogenetik zmlemeler hcresel DNA'nn plastit DNA'sndan gelmi olabilecek paracklar bulundurduunu dndrmektedir. D membranlarnda bakterilerdeki porin benzeri proteinlerin olmas

 Hcre ekirdei tarafndan kodlanan baz proteinler bu organellere transfer edilmektedir ve hem mitokondri hem de koloroplast genomu bakterilere kyasla daha kktr. Bu da endosimbiyoz ilikiyle konak hcreye olan bamlln artmas gerektii gryle rtmektedir. Organel genomlarndaki birok gen ya kaybedilmi ya da hcre ekirdeine kaymtr. Bu organellerin ribozomlar bakterilerinki gibidir (70S). Mitokondri ve plastit kaynakl proteinler, bakterilerde olduu gibi balang aminoasidi olarak N-formilmetiyonin kullanmaktadr. Bakterileri etkileyen antibiyotikler mitokondri ve plastitleride etkilemektedir.