Hücre zarı

• Hücre zarı veya plazma membranı canlı membran olup hücre ile dış ortamı arasında bir engel oluşturur. • Fosfolipit tabakadan yapılmış çift tabakalı seçici geçirgen bir özelliktedir. • Membran çift tabakalıdır. • Mycoplazmaların membranında steroller vardır • Proteinler membrana gömülü durumda bulunmaktadır. Bunlar taşıyıcı, sensörler, enzimler, ETS gibi bir çok fonksiyonel protein bulunmaktadır

• Zara gömülü proteinlerin zar içindeki kısımları hidrofobik, dış kısımları ise hidrofiliktir. • Zarın tüm yapısı H bağları ve hidrofobik etkileşimle kararlı tutulur. • Ayrıca Mg+2 ve Ca+2 gibi katyonlar zarın kararlı yapısında görev alır.

• Hücre duvarı bileşenlerini sentezler • DNA replikasyonuna yardımcı olur • Solunum olayını yürütür • ATP sentezinde rol oynar. .• Membranda bulunan lipitler ve proteinler sürekli yer değiştirirler. • Membranın ana fonksiyonu taşınma mekanizmaları ve sinyallerin alınmasıdır.

Bunlara integral zar proteinleri denir. Bu proteinlerin bazıları lipoprotein formundadır. Bunlarada periferal zar proteinleri denir. .• Zar proteinleri zar içine gömülü halde bulunan ve dışarıdan içeriye madde transferi. • Bazı proteinler ise zara gömülü olmayıp zarın bir tarafında yerleşmiş durumdadırlar. sinyal alıcı gibi bir çok fonksiyonu yerine getiren yapılardır.

. • Ökaryot membranını farklı kılan bir faktörde sterollerdir. • %5-25 oranında zarda bulunurlar ve düzlemsel yapılı ve esnek olmayan özelliktedirler. • Bakterilerde ise sterollere benzeyen hopanoidler olarak adlandırılan moleküller vardır. • Mikoplazmalar ve metanotropik bakteriler hariç bakterilerde bulunmazlar. Örnek diplopten • Hopanoidler Archaea larda bulunmaz.• Zar sabit bir yapı gibi görünse de aslında akışkan bir özelliği ile oldukça hareketlidir.

.

Arkaea’de zarlar .

• Archaea’larda yağ asitleri yerine yan zincir olarak beş karbonlu hidrokorban olan İzopren yer alır. . • Tetraeter molekülünde her gliserol molekülündeki fitanil yan zincirleri birbirine kovalent bağlarla bağlanmıştır. • Bu nedenle tek tabakalı lipit içeren bir zar ortaya koyar. • Archaea da lipid olarak gliserol dieterleri ve gliserol tetraeterleri bulunur.• Archaea larda Eter bağı vardır. Bifitanil adı verilir.

.

sinyal algılama ve iletimi. • Proton motif güç adı verilen bir potansiyel taşır.Sitoplazmik Zar görevleri • Sitoplazmik membran seçici geçirgen bir yapıya sahiptir. . • Sitoplazmik membran taşıma. enerji eldesi gibi görevleri olan bir çok protein barındırır.

.

Bazı besinler O2. Ancak bu moleküller dış membranı geçemezler. NH3 ve su gibi besinler sitoplazmik membrandan ve dış membrandan kolayca diffüze olabilir.• Bakteriyal hücreleri çevreleyen membranlar bütün moleküllere bariyer değildir. Ancak özel aquaporinler vasıtasıyla daha hızlı taşınım sağlanır. Bunların dışında bazı oldukça toksik antibiyotikleri içeren polar olmayan bileşikler sitoplazmik membrandan diffüzyonla geçebilirler. CO2. • H iyonu bile taşıdığı elektrik yükü nedeniyle sitoplazmik zardan diffüze olamaz. . • Su diffüze olabilir.

• Ayrıca bu taşıma sistemi özgüllük sağlar.• Taşıyıcı proteinler zardan maddelerin taşınması ve içeride biriktirilmesini sağlar. • Besin konsantrasyonuna göre etkilenen bir sistemdir. .

Bakterilerde Madde Taşınması • Diffüzyon • Kolaylaştırılmış Diffüzyon • Aktif Taşıma .

.

.Bakterilerde Taşıma Sistemleri • Diffüzyonun kuralı çok yoğun ortamdan az yoğun ortama doğru madde ve su geçişidir. • Dış membranın iki önemli özelliği vardır. • Sitoplazmik membranı birkaç molekül diffüzyonla geçebilirken dış membranı ise bütün temel besinler ve atık ürünler diffüzyonla geçebilmektedir.

Polar moleküllerin ise geçişini sağlayan bir yapıdadır.• Dış membran lipopolisakkaritlerin polisakkarit yapılarından dolayı polar olmayan solutlere karşı geçirgen değildir. • Porinler 600 kD dan daha küçük hidrofilik moleküllerin geçişini sağlayan içi su dolu kanal proteinleridir. . • Membran boyunca bir konsantrasyon gradienti gerekmektedir. Bu durum gram negatifleri bir çok antibiyotikten koruyan bir özelliktir.

. Pseudomonas gibi. Eukaryotlarda yaygın olmasına rağmen prokaryotlarda çok nadir rastlanır. Yine diffüzyon kuralı geçerlidir. S. typhimurium.Kolaylaştırılmış Diffüzyon • Membran boyunca impermeable olan bazı bileşiklerin membrandan bir taşıyıcı yardımıyla diffüzyonuna denir. Ancak bir taşıyıcı vardır. Yalnızca gliserol kolaylaştırılmış diffüzyonla girdiği bilinmektedir. E. Taşıyıcı ile düzenlenmesi o substratı sitoplazma içinde toplamaz. coli.

2) Molekül ağırlığı ve tipine göre farklı olan taşıyıcı proteinler vasıtasıyla. Kolaylaştırılmış diffüzyon ile membranlardan geçiş başlıca üç şekilde olabilir: 1) Membranı tümüyle kateden ve porinler diye adlandırılan kanal proteinleri vasıtasıyla. büyüklük. . elektrokimyasal gradientleri boyunca membranlardan diffüze olurlar ki bu geçiş kolaylaştırılmış diffüzyon olarak tanımlanan bir şekilde olur. yük ve ayrışma katsayılarından beklenebileceğinden daha hızlı olarak. 3) Proteinlerin flip-flop hareketi vasıtasıyla.Bazı spesifik solütler.

• Bunun için enerji harcanmaktadır. Membrana yerleşmiş taşıyıcı proteinler ile gerçekleştirilir. Yani aktif taşıma enerji harcanarak yapılan bir taşıma şeklidir. . Bunlara permeazlar denir. grup translokasyonu ve ABC sistemi. • Protonmotif güç. ATP yada enerji açısından zengin bir bileşiğe gereksinim duyarlar.Aktif Taşıma • Aktif taşıma kolaylaştırılmış diffüzyondan farklıdır. Konsantrasyon gradientine gerek yoktur. Basit taşıma. • Aktif taşıma ile bir substratın konsantrasyonu dış çevreden birkaç kat daha fazla hale getirilebilir. Bir çok amino asit ve laktoz yaklaşık 1000 kat daha fazla sitoplazmada biriktirilebilir.

.

Primer aktif taşıma ile oluşturulan ion gradienti metabolik bazı yollarda kullanılabilen potansiyel bir enerji şeklidir.Sekonder aktif taşıma (Basit taşıma) • Solunum olayında ETS sisteminde protonların dışarı çıkarılması söz konusudur. . Böylece bir membran potansiyeli oluşturulmaktadır. Bu şekilde bir pH gradienti meydana getirilmektedir. Böyle proton atılımı çoğunlukla primer aktif taşıma olarak adlandırılmaktadır.

3 tip sekonder aktif taşıma vardır Simport Antiport Aktif uniport .Bu enerji şeklinin kullanıldığı yerler 1-ATP elde edilmesinde 2-Flagellanın döndürülmesi 3-Sitoplazmik membran boyunca moleküllerin taşınması Sitoplazmik membran boyunca bu yolla madde taşınması Sekonder Aktif Taşıma olarak adlandırılır.

Laktoz lac permeaz ile taşınır. Bu bir simporter taşıyıcıdır. Her laktoz ile birlikte bir protonda içeri alınır. .

.

.

Grup translokasyonu • Substratların sitoplazmik membran boyunca aktarılırken kimyasal olarak değiştirilme mekanizmasıdır. .

.

.

Yaklaşık 200 çeşit protein vardır. .Periplazmik Bağlama Proteinleri • • • • Periplazmik bağlanma proteinleri Zarı kateden proteinler ATP hidroliz eden proteinler Bu taşıyıcılar ABC transportırları olarak adlandırılırlar.

.

. dış membran proteinlerinin yerleşimi. toksinler. • Periplazmik enzimler.Protein İhracı • Translokazlar • Bakteriyal hücreler için oldukça önemlidir.

proteinler. depo granüllerinden oluşur. lipitler. • Svedberg ünitesine göre 70S dir. DNA. • Ribozomlar: nükleik asit ve proteinden oluşan ve sitoplazmada yaygın olarak bulunurlar. . gerisi dağılmış enzimler. karbonhidratlar. Genellikle poliribozomlar olarak adlandırılan uzun zincirler halindedir.İnternal yapılar • Sitoplazma: yarı sıvı bir maddedir. 4/5 i sudur.

.

. • Ayrıca plazmitler vardır.Nüklear bölge • Ökaryotik hücrelerden ana farkları olan bir zarla çevrili nükleusun olmayışıdır. DNA uzun yuvarlaktır ve sitoplazmada merkeze yakın bir bölgede dağınık olarak bulunm aktadır.

.İnternal membran sistemleri • Fotosentetik bakterilerde kromotofor olarak adlandırılan internal membran sistemleri vardır.

pili. .Yüzey yapıları ve İnkluzyonlar • Prokaryotlar ya hücre yüzeyine tutunmuş. S-tabakaları. ya da yüzeyden dışarıya doğru uzanmış çeşitli yapılar oluştururlar. diğer cıvık tabakalar…. kapsüller. Bunlar fimbria.

• Fimbria yüzeye yapışmasını sağlar… • Pili yapısal olarak fimbriaya benzer ancak daha uzun olup yüzeyde sadece bir yada birkaç tanedir. • Çeşitli fimbria/pili çeşitleri vardır. proteinden oluşmuş filamentöz yapılardır. • Konjugasyona aracılık ederler. • Virüsler için reseptör görevide görürler. .Fimbria • Fimbria ve Pili hücre yüzeyinden uzanan.

.

• Bakterilerin her grubunda rastlanmıştır.Parakristalin yüzey tabakaları • Bir çok prokaryot iki boyutlu protein sırasından oluşmuş bir yüzey tabakası içerir. • Konakçının savunma mekanizmalarına karşı koruma işlevleride vardır. • Kristal görünümünd eolup çeşitli simetrik formlara sahiptirler. • Bazı Archaea larda hücre duvarı görevi görürler. Bu tabakalar Stabakaları olarak adlandırılır. . tetragonal. trimetrik gibi • Temel olarak görevleri bilinmemekle birlikte elek gibi işlev gördükleri tahmine dilmektedir. Hegzagonal.

.

• Katı yüzeylere tutunma. bazıları proteinden yapılmıştır. su tutma gibi fonksiyonları vardır.Kapsüller ve cıvık tabakalar • Bakteriler yüzeylerinde yapışkan özellikli maddeler bulundururlar. esnek olanlar cıvık olarak adlandırılır. • Kimyasal içeriğine göre ince yada kalın. . • Bazıları polisakkarit. sert veya esnek olabilirler • Sert olanlar kapsül. fagositozdan korunma.

• Bir başka depo ürünü glikojendir. • Sitoplazmada kolayca dağılmayan yoğun maddelerdir. • İnkluzyonların çoğu ince bir lipid tabaka ile stplazmadna ayrılırlar. fosfolipit gibi • En yaygını. Poli-B-Hidroksibütirik asitten (PHB) oluşanlarıdır. • Pek çok madde metilen mavisi gibi basit boyalarla boyandıklarında düzenli dağılmış koyu renkli görünür. Karbon enerji deposu olan bu moleküllerin büyüklükleri değişebilir. • Her granül özel bir madde içerir. • Polihidroksialkanoat (PHA) ifadesi kullanılır. Glikojen.İnkluzyonlar • Bakteriyal sitoplazmada çeşitli küçük cisimler vardır. . Bunların hepsine inklüzyonlar denir. Bazıları granül bazılarıda vesikül olarak adlandırılır. • Enerji rezervleri veya yapısal birimlerin deposudur.

protein. . • Fosfolipit.Diğer depo maddeleri ve inkluzyonlar • İnorganik fosfatın fosfat kaynağı olarak kullanılmak üzere polifosfat olarak depo edilmesi • Elementer kükürt biriktirilmesi • Magnetozomlar demir minerali olan magnetit depoları olarak adlandırılır ve hücreye manyetik alana tepki vermesini sağladıkları tahmin edilmektedir. glikoprotein bir zarla çevrilidirler. • Türe özgü şekilleri vardır. (Magnetotaksis).

mekik şeklinde yapılardır. GvpC . • Çoğunlukla Siyanobakterilerde görülmektedir. GvpA. • İçleri gaz ile dolu.Gaz vezikülleri • Planktonik bazı prokaryotlar suda hareket edebilme yeteneğini sahip oldukları gaz keseciklerine borçludur. • Sayısıda değişken olabilir • Protein yapısında bir zara sahiptir. 45-120 nm genişliğe sahip olabilirler. 300-1000 nm boy. proteinden yapılmış. • İki farklı proteinden oluşur.

Endospor • Bazı bakteriler zor şartları atlatmak için hücre içinde spor üretirler buna endospor denir • Üreme amaçlı değildir. • Zor şartları atlatmak için üretilir – – – – Sentral Subterminal Terminal Terminal .

.

• Spor yapısında en dışta Eksosporium – Altında spor örtü – Korteks (Gevşek çapraz bağlar içeren peptidoglikandır) – Öz duvarı – DNA nükleoid ve ribozomlar bulunur .

.

• Vejetatif hücrenin aksine oldukça dayanıklı bir yapısı vardır sporların. • Bunu sağlayan dipikolinik asit ve büyük miktarda kalsiyum iyonları içerirler. Bu maddeler sporun dayanıklılığını sağlamaktadır. • Suyun azaltılması ve DNA nın kararlı halde kalmasını sağlar. • %10-25 oranında su içerir. • pH daha düşüktür • Asitte çözülebilen küçük proteinler (SASPs) özdeki DNA ya bağlanarak korumak ve germinasyon sırasında enerji ve karbon kaynağı olmak.

• Aktivasyon. • Aktivasyon sıcaklık ve hafif bir nem ile gerçekleşen kısa sürede oluşan bir çimlenme sürecidir. . germinasyon ve gelişme olarak üç basamakta gerşekleşir.

kanca ve flamentten oluşur. • Hareket organeli genellikle flagelladır. • Flagellin adı verilen protein alt birimlerinden sentezlenir. • Bazal yapı bir çubuk ve etrafında halkalardan meydana gelir.Flagella • Bilinen bakterilerin hemen hemen hepsi hareketli veya hareket etme özelliğine sahiptir. • Flagella bazal yapı. . • 4 tip flagella vardır bakterilerde.

.

.

.

Flagella hareketi: Rastgele eğilimli koşma hareketi ile hareket sağlanır .

.

.Hareket enerji harcanarak gerçekleşir. Bu enerjide proton motif güçden sağlanır.

r hızla dönmez. • Saniyede 120 mikron kadar hareket edebilir. protonların akışına bağlı olarak artar yada azaltılır.• Kamçı sabit bi. .

• Bu bakterilerin koloni morfolojileri farklıdır. • Cıvık bir madde salgılanarak bu madde ile yüzeye tutunur ve • Bu bakteriler filamentöz yada çubuk şeklindedir. • Mekanizması tam olarak bilinmez.Kayma hareketi • Bazı prokaryotlar hareketli olmakla birlikte kamçıları yoktur. • Bu hareket tarzı katı yüzey üzerinde kayma hareketidir. .

• Bakteriler bir önceki algı ile bir sonraki algı arasındaki farka göre hareket ederler.Kemotaksis • Maddelere karşı yada maddelere doğru bakterilerin yapmış olduğu hareketdir. Konsantrasyon var ve pozitif yönde ise koşma hareketi daha düzenli ve uzun bir sürede gerçekleşir. . • Konsantrasyon yoksa yavaş bir koşma hareketi vardır. kemotaksis. • Ya kaçış (negatif) yada yönelimdir (pozitif ) • Fototaksis.

Saat yönünde döndüğü zaman kamçılar birbirinden uzaklaşır ve takla atar.• Negatif etkili durumlarda da mekanizma aynı şekilde işlemektedir. . Koşu sırasında ileri yöndeki hareket kamçı motorunun saatin tersi yönünde dönmesiyle gerçekleşir. • Konsantrasyon artışı koşma hareketini hızlandırır.

Bu nedenle takla yerine brown hareketi ile yön değiştirirler.• Tek kamçısı olan (monotrichous) bakterilerde hareket farklıdır. . Dönüş sistemi aynı olmasına rağmen saat yönünde dönüşü yoktur.

Ölçüm Nasıl yapılır • Sitoplazmik membranda sensör proteinleri vasıtasıyla ölçümler yapılır. • Cezbedici. Kemoreseptörler olarak adlandırılan bu proteinler çevredeki değişimleri algılar ve bu sinyalleri sitoplazmadaki reseptörler aracılığı ile kamçı regülasyonunu sağlayan genlere aktarırlar. beher ve tüp deneyi ile görülebilir. .

Buna fototaksis denir. • Skotofobotaksis karanlığa geçişde hareket • Fototaksis ışık yoğunluğuna bağlı hareket • Metil alıcı kemotaktik proteini (MCP ler) 5 tanedir E. coli’de. • Tar iletim sistemi aspartat ve maltozu algılar ayrıca Co ve Ni gibi ağır metalleri… .Fototaksis • Fototrofik bir çok mikroorganizma ışığa bağlı olarak hareket edebilir.

• CheA-CheW ikili sistem… • CheY-P flagellanın saat yönünde dönmesini sağlayarak yuvarlanmayı uyarır. .

.

• Aerotaksis • Ozmotaksis .

• Aksiyal filamentler: Spirochetler flagella yerine hücre duvarından uzanan aksiyal filamentler veya endoflagella ya sahiptirler. • Burgu şeklinde hareketi sağlar… .

– F piluslar – Tutunma pilusları veya fimbriyalar . • Pilin adı verilen proteinlerden oluşur. Hareket ile ilgileri yoktur. Yüzeylere tutunmak için görev yaparlar.Piluslar • Tekili pilus çoğulu pili olan flagellaya benzer. küçük kısa uzantılardır. • 2 çeşit pili vardır.

yüzeylere yapışmak.• F piluslar konjugasyonu sağlar • Tutunma pilusları ise organizmalara tutnmak. • kırmız kan hücrelerinin aglutinasyonuna neden olurlar. akıntılara karşı koyabilmek gibi görevleri vardır. .

• Kapsül organizmanın salgıladığı hücre duvarı dışındaki koruyucu tabakadır. Yüzeylere tutunma görevi de vardır. besinleri yakalama gibi görevleri vardır.Glikokaliks • En ince mukus tabakadan en kalın kapsüle kadar hücre duvarı dışında bulunan polisakkaritleri içerir. • Mukus daha ince olan ve daha gevşek bağlanmış olan bir tabakadır. Hücreyi kurumadan koruma. (Diş taşı oluşumu) . Bazıları kapsül oluşturur. Hücreyi koruma görevi üstlenir.

Endosimbiyozis • Mitokondri ve kloroplastın bir zamanlar bakteri olduğunu iddia eden teoridir .

bakteri ve plastitlerin filogenetik çözümlemeleri de gösteriyor ki plastitler en çok siyanobakterilere yakındır.Mitokondri ve plastitlerin endosimbiyoz kökenli olduklarına dair bulgular aşağıdaki gibidir. • Dış membranlarında bakterilerdeki porin benzeri proteinlerin olması . ökaryotik genom. • Mitokondri ve plastitler ait oldukları hücreden farklı olan bir DNA taşırlar ve bu DNA bakterilerinkine benzemektedir • İki katlı zarları vardır ve en içteki katman hücredeki diğer zarlardan bileşim açısından farklıdır. siyanobakterilerle büyük benzerlikler göstermektedir. • DNA analizleri ve filogenetik çözümlemeler hücresel DNA'nın plastit DNA'sından gelmiş olabilecek parçacıklar bulundurduğunu düşündürmektedir. örneğin tilakoit ve klorofillerin varlığı. • Yeni plastit veya mitokondri oluşumu sadece ikiye bölünme işlemine benzer bir süreç sonunda olur. • Plastitlerin iç yapısı ve biyokimyası. bileşimi daha çok prokaryotik hücre zarına benzemektedir.

• Bakterileri etkileyen antibiyotikler mitokondri ve plastitleride etkilemektedir. Organel genomlarındaki birçok gen ya kaybedilmiş ya da hücre çekirdeğine kaymıştır. • Mitokondri ve plastit kaynaklı proteinler. bakterilerde olduğu gibi başlangıç aminoasidi olarak N-formilmetiyonin kullanmaktadır. • Bu organellerin ribozomları bakterilerinki gibidir (70S). Bu da endosimbiyoz ilişkiyle konak hücreye olan bağımlılığın artması gerektiği görüşüyle örtüşmektedir.• Hücre çekirdeği tarafından kodlanan bazı proteinler bu organellere transfer edilmektedir ve hem mitokondri hem de koloroplast genomu bakterilere kıyasla daha küçüktür. .