Les techniques didentifications utilises dans le diagnostic bactriologique

Boudjelida.H Bellal.CH

Introduction
Lanalyse bactriologique classique des prlvements avec examen microscopique, mise en culture et identification constitue la majorit des analyses bactriologiques ralises au laboratoire. Nanmoins, cette dmarche demande plusieurs jours et pour certaines infections graves ncessitant la mise en route rapide dun traitement antibiotique

Lidentification rapide de la bactrie responsable prsente un intrt majeur. De mme, pour certaines bactries de croissance difficile, ces tests rapides constituent un moyen de diagnostic particulirement intressant.
En bactriologie les techniques rapides doivent rduire le dlai de rponse pour le clinicien et permettre l'instauration prcoce d'un traitement adapt.

Quest ce que je fais ?

Comment interprter les rsultats ?

Quest ce quun diagnostic?

Comment traiter ?

I.

Dfinition

Le diagnostique bactriologique est un ensemble de moyens permettant didentifier et dimpliquer partir dun prlvement ralis chez le malade, une ou plusieurs bactries, dans un processus infectieux.
Il intervient au dbut de la maladie pour dtecter la prsence du germe en cause, mais galement dans le suivi du patient sous traitement, en notant la disparition ou la persistance du germe initialement prsent, confirmant ainsi la gurison ou lchec du traitement.

 Les testes utiliss dans le laboratoire permettent de prouver limplication dune bactrie donne, soit en rvlant sa prsence directement dans les prlvements analys (diagnostic direct), soit en dtectant des anticorps spcifiques de cette bactrie dans le sang du patient (diagnostic indirect).

II. Le diagnostique direct :

Cest le seul diagnostique de certitude car il permet
lidentification de la bactrie elle-mme ou de ces composants antigniques et/ou son gnome directement dans le prlvement. mais aussi de prciser sa sensibilit au ATB(antibiogramme)

Des prlvements, raliss au niveau du foyer infectieux, sont soumis diffrentes techniques de dtection bactrienne.

Schma gnrale de diagnostique directe

01.Les prlvements destins aux examens bactriologiques

Ce sont des chantillons provenant du foyer

infectieux et vhiculant le ou les agents bactriens susceptibles dtre impliqus dans le processus infectieux.
mono bactriens

Les prlvements

sang, LCR, liquide pleural ..

poly microbiens peau, cavits naturelles..

 Pour assurer la qualit et la fiabilit de lanalyse : Le prlvement doit raliser avant toute antibiothrapie si non sous fentre thrapeutique : dans ce cas, on suspend pendant une dure dau moins de 02 jours, le traitement antibiotique entrepris et on ralise des hmocultures la fin de cette priode .

Il faut faire attention de ne pas introduire des germes

trangers au foyer dinfectieux.

Il faut respecter un volume suffisant du prlvement destin

lanalyse.

Il faut prserver la viabilit des bactries par des prcautions supplmentaires :

o Envelopper les flacons de prlvement dans du coton pendant la dure de transport ver le laboratoire danalyse.

Exp:Les agents de mningite purulente

Streptococcuspneumoniae

Neisseria meningitidis Hmophiles influenzae

o Utiliser des milieux de transport qui prservent la viabilit Exp: TGV (transport de germes vivants STUART pour Neisseria gonorrhoeae.

o Protger les bactries anarobies strictes de tous contacte avec loxygne. Exp :
Pus de collections fermes " lorsque on ponctionne la collection la seringue, le pus est aspir puis laire est totalement expuls du piston.

o Utiliser des culturettes anarobies qui garantissent la survie des bactries pondant 48 h.
Exp : Pus dotite chronique, pied du diabtique, gangrne

le prlvement doit tre transport rapidement au laboratoire danalyse. Pour les tempratures de transport on distingue :
les prlvements quil est prfrable de garder + 4c : cas des prlvements poly microbiens.

Exp

Les urines poste-mictionnelle, les selles, les expectorations pour la recherche du BK

 Les prlvements que lon doit maintenir +37c (tuve) : cas des prlvements mono microbiens qui renferment des bactries pathogne fragiles Hmocultures LCR, liquide de ponction Exp

les pus dabcs non fistuliss biopsies.

Les prlvements quil faut mettre immdiatement en culture en raison de risque de dessiccation encouru si la culture est retarde " de tels prlvements doivent tre raliss au laboratoire mme.

Exp

Prlvement de la gorge des pus doreille des pus dabcs fistuliss gnitaux masculins et fminins

02. Les procdures des principaux prlvements bactriologiques 2.1 Les urines mictionnelles: Prlever les urines de la nuit o ayant sjourn au moins
4heure dans la vessie.

Le prlvement est prcd dun lavage soigneux des organes externes. Le malade limine le premier jet durine, puis prlve 20ml de milieu du jet, directement dans un flacon strile en verre ou en plastique fourni par le laboratoire.

 Les urines doit tre transportes au laboratoire danalyse

en moins d1 heure.

Elle peut tre conserves +4c pendant une dure ne

dpassant pas 24 heure.

2.2 Les selle :

Prlever les selles fraches du matin, la quantit de selle doit tre suffisante pour lanalyse.

Les selles peuvent tre temporairement conserves

+4c en attendant lanalyse.

 2.3 Les prlvement pour lhmoculture Prlever le sang au moment des pics fbriles ou des frissons s'il existe, sinon systmatiquement toutes les 3-4 heures.

Dsinfecter la veine du centre ver la priphrie

lalcool iod 2% ou la Btadine.

Dsinfecter le bouchon du flacon dhmoculture la Btadine. Utiliser un dispositif adapt pour effectuer simultanment un prlvement de sang en anarobiose et un prlvement en arobiose.

 Rpartir 10ml de sang par flacon chez ladulte, 5ml par

flacon chez lenfant, 1ml par flacon chez le nourrisson.

Homogniser les flacons et les incuber 37c

Ne jamais mettre au rfrigrateur.

2.4 Les suppuration Dsinfecter la Btadine le site cutan du centre ver la

priphrie. Ponction labcs laiguille monte sur une seringue strile. Aspirer le pus. Adresser la seringue au laboratoire danalyse.

2.5 Le LCR
Dsinfecter lespace intervertbral L4-L5 ou L5-S1du centre vers la priphrie la Btadine.
Ponctionner laide une aiguille strile munie dun mandrin strile. Laisser scouler 2 5ml de LCR dans un tube strile. Retirer laiguille et nettoyer la plaie. Envelopper le tube dans de coton et le transporter rapidement au laboratoire danalyse. Ne jamais mettre au rfrigrateur.

3. Les techniques didentification bactrienne

3.1 Les techniques bactriologiques 1.1 Les examens microscopiques (pralable dorientation) Lexamen cytologique Il permet :
dapprcier la raction inflammatoire et de la chiffrer par mm3 de prlvement. de prciser le caractre des cellules inflammatoires "lymphocytes ou polynuclaires, altrs ou non altrs.

- En pratique des cellules prsentes sous forme dune lame

de verre sont utilises pour le contage. Exp Cellule de Malassez pour: LCR, liquides de ponction, urines .

 La suspension est ventuellement colore avec de bleu de mthylne. On peut utiliser le formol pour immobiliser les cellules mobiles

Il est possible dutiliser un agent mouillant (tween, laurylsulfate de sodium) pour viter les agrgats en cas des bactries en amas staphylocoques .

Lexamen microscopique ltat frais

Cest lexamen dune goutte de prlvement entre lame et lamelle.

Il permet
de voir les bactries ltat vivant. leur morphologie. leur mobilit.
Cet examen, ralis au microscope fond noir, permet de dtecter Treponema pallidum dans une srosit de chancre.

Lexamen aprs coloration :

Lexamen aprs coloration permet dobserver des bactries tues fixes sur une lame et ayant subi laction dun ou plusieurs colorant. Les colorations, ralises sur des frottis secs et fixes, sont classes en : Coloration simple (un seul colorant). Coloration diffrentielle type Gram. Coloration spciales des structures

bactriennes (capsules, spores).

 Coloration simple "coloration au bleu de mthylne"

La coloration au bleu de mthylne peut apporter des informations concernant lagencement et la morphologie des germes. Elle est utilise dans les cas suivants : Cas de tuberculose : distinction des polynuclaires et les lymphocytes. Cas de diplocoques en graine de caf(Neisseria).
Diplocoques en grain de caf intracellulaires

Coloration diffrentielles de Gram

Cest la coloration de base en bactriologie qui permet de distinguer les bactries en Gram positif et en Gram ngatif, cette distinction est fondamentale pour leur identification. Il est alors possible de suspecter en tenant compte de la rponse Gram+ ou - et des morphologies observes d'voquer un probable diagnostic.

o Exemples de probables diagnostics bactriologiques en fonction des commmoratifs : suspicion de pneumonie (A)

de bronchopneumonie (B)
de mningite (C) de pylonphrite (D)

Les colorations spciales coloration de MGG "May-Grwald- Giemsa

La coloration de May-Grnwald Giemsa est une mthode de coloration utilise en hmatologie pour diffrencier les cellules du sang lors des prparations cellulaires . Elle donne une meilleure individualisation des lments cellulaires tels polynuclaires, macrophages, lymphocytes...

neutrophile s, entours de nombreux globules rouges

Granulocyte basophile

Les bactries peuvent tre observes avec leur capsule comme le pneumocoque (A). D'autres peuvent tre spcialement recherches telle Borrelia burgdorferi dans la maladie de Lyme (B).

 Coloration de Ziehl-Neelsen
utilise pour lidentification directe et spcifique des bactries acide alcoolo rsistante du genre Mycobactrium et des espces pathognes du genre Nocardia. Les mycobactries apparaissent comme de fin bacille rouge soit isol par deux ou en amas, le fond de la lame est bleu.

 Coloration luramine
variantes de la coloration de Ziehl-Neelsen Les bacilles acido-alcoolo-rsistants apparaissent en vert jaune brillants sur fond rouge orang.

Un rsultat positif par cette mthode doit toujours tre confirm par la mthode classique de Ziehl-Neelsen.

Photomicroscopique des BAAR traits par lauramine

 3.2 Les cultures bactriennes

Elles sont ralise en talent une parcelle du prlvement sur diffrents milieux de culture, qui sont en suite incubs dans une tuve rgle 37c.

Avant lemploi le milieu doit :

tre strile. tre nutritif et quilibr Avoir un PH, une viscosit, une pression osmotique, des caractristiques physico-chimique compatible la vie bactrienne. Le carbone, hydrogne, oxygne, lazote doit leur donner sous forma assimilable.

3.2.1 Les milieux bactriologique

On distingue deux milieux de culture : 01. Les milieux disolement On distingue : a) Les milieux ordinaires
Exemple :

La glose nutritive (GN) "pour le dveloppement des Entrobactries" b) Les milieux enrichis :
Exemples :

La glose au sang frai pour la culture des streptocoques prlevs par exemple partir de pus.

Prlvement de gorge avec de nombreuses colonies -hmolytiques (glose au sang frais)

Pus sur une glose au sang frais

La glose au sang cuit pour la culture de : Haemophilus influensae et Neisseria gonorrhoeae.

pneumocoque et Haemophilus influenzae (glose au sang cuit ou glose chocolat)

Milieu luf coagul ou de LoweinsteinJensen .

La glose salinite : milieu denrichis pour les diffrent types des Entrobactries sauf Salmonella typhi.

c) Les milieux slectifs disolement Exemples : Bouillon de Mac conkey : utilis pour isoler les
bactries entriques

Glose Mac Conkey - Salmonella

Milieu Chapman : slectif pour les staphylocoques.

Staphylococcus epidermidis Staphylococcus aureus sur sur glose Chapman

Milieu Drygalski, Hektoen : isolement des Entrobactries.

Pseudomonas aeruginosa sur glose Drigalski

C olonies lac+ sur Drigalski

Colonies lac- sur Drigalski

Salmonella typhimurium sur glose Hektoen

Escherichia coli, Salmonella sur glose Hektoen

Milieu SS : isolement de Salmonella, shgilla.

Glose SS

Salmonella
sur glose SS

E.coli.Salmonella

d) Milieux slectif denrichissement

Eau perptone alcaline EPA : permet lenrichissement du Vibrion cholrique.

02.Les milieux didentification

Ces milieux servent mettre en vidence une ou plusieurs proprits des microorganismes prcdant isols.

3.3 Les techniques didentification bactrienne "aprs culture" 3.3.1 Examen macroscopique "caractres culturaux Laspect des colonies dpond du milieu utilis, de la dure et de temprature dincubation.

3.3.2 Lexamen microscopique des bactries morphologie Ce fait par ltude des bactries isoles dun prlvement. un frottis est ralis partir de la culture bactrienne est color au Gram et examin au microscope.

Agencement des coques

3.3.3 Etude des caractres biochimiques

Les testes prliminaires bass sur la mise en vidance rapide dun caractre mtabolique dont les plus recherchs sont : Loxydase ,La catalase, *La recherche de ces enzymes se fait gnralement pour lidentification des cocci Gram + "les staphylocoques et les streptocoques " et aussi pour les Entrobactries.

galerie biochimique
permet en principe de finaliser lidentification de lespce Galerie classique

Figure : galerie biochimique classique

 Les galeries miniaturises

II.3.4 Etude des caractres antigniques "Recherches complmentaires"

La technique, gnralement utilise, est l'agglutination sur lame du germe isol partir dune culture de 24h par un antisrum spcifique. Exemple : Srotypage de Shigella, de Salmonella, de Pseudomonas aeruginosa. srogroupage de streptocoques et de Neisseria meningitidis.

technique d'identification par agglutination.

II 3.4 Lantibiogramme
Ralis lorsque le diagnostic direct est positif. La dtermination de la sensibilit permet llaboration des milieux disolement slectifs, le contrle dune infection par chimio thrapeutique et enfin elle peut tre utilise comme approche dans la caractrisation et lidentification bactrienne.

la souche peut tre dtermin en milieu liquide par la mthode de la CMI ou par la technique des disques en milieux solides. milieu utilis: glose Mueller Hinton .

Lactivit de chaque antibiotique sera apprcie, par le diamtre de laurole dinhibition provoqu autour du disque.

II.3.5 Les techniques immunologiques

se fait directement dans les prlvement. utilises en cas dinfection dcapite par un traitement antibiotique administr avant prlvement. utilises pour la recherche des antignes responsables de mningites. Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae Steptococcus pneumoniae

1 recherche des antignes solubles

cest la dtection dantignes bactriens librs dans les liquides biologiques au cours dinfection. La technique des particules de Latex sensibilises aux anticorps antimicrobiens spcifique Elle permet dans un prlvement (LCR, urine, liquides pleuraux) de rvler la prsence dantigne bactriens responsables de mningites, de Listeria monocytognes, dEscherichia coli KI et de Streptococcus agalactiae.

 La technique consiste mlanger 25 mm3 de prlvement 10 mm3 de chaque latex et agiter 3 minutes avant de lire. Une suspension de particules de Latex sensibilises un anticorps spcifique est mise en contacte avec une goutte de prlvement. La prsence dune agglutination permet dincriminer le germe correspondant lanticorps spcifique.

technique de centre-immuno-lectrophorse Cest une technique de migration lectro phortique inverse sur gel. Elle permet de rvler dans un prlvement de LCR ou de liquide pleurale prsence dantigne de: * N.meningitidis. *s.pneumoniae. * H.influenzae. *Lesteria monocytogenes. *Escherichia coli KI . * Streptococcus agalactiae.
.

 Dans un gel dagarose, sous une diffrence de potentiel, les antignes migrent vers lanode et les anticorps vers la cathode. Sil y a correspondance, un prcipit fin se forme leur rencontre dans la glose. La position de larc de prcipit dpond de la quantit dantignes prsents.

La technique immunchromatographique sur membrane Elle permet de rvler la prsence dantignes de Legionella pneumophilia srogroupe 1 dans les urines du patient. Ces antignes apparaissent prcocement au cours de la maladie et persistent pendant plusieurs mois

2.recherche des antignes bactriens

Technique ELISA- SANDWICH
Utilis pour la Recherche de Chlamydia trachomatis et Mycoplasme dans les prlvements gnitaux.

Schma : technique ELISA-SANDWICH

Technique immunofluorescence directe (IFD)

o Un anticorps spcifique de la bactrie recherche, est fix sur une lame pour immunofluorescence. o on met en contacte cet anticorps avec une goutte de prlvement du patient. o Si ce prlvement renferme la bactrie recherche, Il y a raction antigne- anticorps o on rvle cette raction en ajoutant un anticorps monoclonal marqu soit par la fluorescine. o Le test est ralis paralllement avec des tmoins positifs et ngatifs.

II.3.5 Les techniques molculaires

amliorent la sensibilit du diagnostique bactriologique direct dans les infections impliquant des bactries croissance difficile. ont un bnfice clinique li: *gain de sensibilit * gain de temps * gain de spcificit *dtection dorganismes morts, difficilement cultivables

Prlvement des chantillons

Il faut: librer des acides nucliques des bactries . empcher la dgradation des acides nucliques libres. liminer les inhibiteurs des ractions damplification ou dhybridation . utiliser un tampon appropri aux ractions effectuer. adapter le volume dchantillon et de le concentrer selon la sensibilit de la technique et le nombre de bactries prsentes dans lchantillon sil est connu.

 Technique de la polymrase chain reaction La PCR consiste en une succession cyclique de trois tapes : *dnaturation thermique *Hybridation des amorces *Elongation.

Application de techniques molculaires

elle est applicable dans le diagnostique des tuberculoses paucibacillaires, des infections gnitales et des Endocardites hmoculture ngative. peut dans certains cas s'appliquer directement l'chantillon analyser, supprimant ainsi les dlais de mise en culture et les problmes lis aux germes non cultivables. Cette technique peut ainsi tre utilise pour dtecter Neisseria gonorrhoeae et Chlamydia trachomatis de prlvement gyncologique ou encore Mycobacterium tuberculosis dans un prlvement pauvre en bacilles.

 Dtection de gnes de rsistance aux antibiotiques, soit directement dans le prlvement, soit partir dune culture de la bactrie. Dtection de gne de rsistance loxacilline Mec A de Staphylococcus aureus au niveau dun pus. Dtection de la rsistance aux glycopeptides chez une souche dEnterococcus faecalis. Dtection de gne confrant le caractre toxinogne de Corynebacterium diphteriae Identification des bactries inconnues partir de leur squence nuclotidiques, grce aux banques de gnes.

Comparaison (trs thorique) des mthodes classiques d'identification des bactries avec une approche par PCR.

Interprtation des rsultats danalyse bactriologiques

1 .Examen cytobactriologique des urines (ECBU) associe un examen cytologique et un dnombrement des bactries urinaires (bactriurie ) partir dune culture sur glose nutritive. Cet examen concerne le dnombrement des leucocytes par mm3 durines, en plus on va rechercher la prsence de microorganismes, dhmaties et de cellules de tractus urinaire.

Linterprtation dun ECBU sappuie sur une corrlation entre ; la leucocyturie, la bactriurie et les renseignements cliniques suivants :

Les facteurs de risque : sonde urinaire Les symptmes : brulures mictionnelles, fivre. Le traitement antibiotique rcemment administr au malade.

Tableau 1 : Interprtation de lECBU chez le non sond

 2. Hmoculture
Les bouillons dhmoculture sont examins ds la 6me
heur dincubation, puis tous les jours, la recherche dun trouble .
Ds quun signe de culture apparait, on prlve un chantillon du bouillon. A partir de cet chantillon, on effectue une coloration de Gram et des cultures sur milieux enrichis en sang. Si lhmoculture reste ngative, le dlai maximal dincubation est de 10 15 jours ; il est prolong 4 semaines dans les cas dendocardite infectieuse et de suspicion de brucellose...

 Linterprtation des hmocultures bases sur les critres suivants : * Les signes cliniques et le diagnostique voqu. *Le nombre dhmocultures positifs au mme germe *Le terrain immunodprim ou non

Tableau 2 : interprtation des rsultats dhmoculture

 3 Examen cytobactriologiques du LCR

Examen macroscopique Le LCR peut tre clair (eau de roche) rouge (hmorragique) jaune citrin ou purulent (eau de riz).
LCR clair

Examen cytologique
Il est ralis sur une goutte de LCR non centrifug, la recherche des cellules inflammatoires , on dnombre les leucocytes par mm3 et on en prcise le type : lymphocytes ou polynuclaires .

Frottis sur lame et culture

A partir du culot de centrifugation du LCR, un frottis est prpar et est color au bleu de mthylne pour la recherche des bactries intra et/ou extracellulaires. La culture est ralise sur des milieux enrichis en sang puis incubs 37cpendant 48h Une analyse cytochimique peut tre effectue au lit du malade par une culture dun prlvement du LCR sur un tube de glose au sang cuit.

La recherche des antignes solubles

permet la dtection rapide dantignes bactriens librs dans le LCR au cours dune mningite purulente. on utilise gnralement la technique des particules de latex sensibilises aux anticorps. permet de poser un diagnostique tiologique rapide chez le nouveau-n et le nourrisson surtout si la mningite a t dcapite par des antibiotiques.

 LECB du LCR est toujours complt par le dosage des protines et du glucose. Linterprtation dun ECB de LCR est base sur les donnes cliniques et les rsultats de la cytorachie, de la protinorachie, complts si ncessaire par la glycorachie et la chlororachie.

Tableau 2 : Interprtation de lECB du LCR

En cas de mningite purulente dont la culture de LCR est ngative, on parle de Mningite Puriforme Aseptique (MPA) : les causes sont : - prise dantibiotique avent la PL(Ponction lombaire) - implication de germe croissance difficile. On ce cas, dautres techniques de diagnostic sont ncessaires (cultures sur milieux spciaux, Immunofluorescence directe, PCR).

 Le diagnostic bactriologique indirect consiste mettre en vidence les anticorps sriques spcifiques du germe responsable et engendrs par le conflit immunologique qui se produit lors de la maladie. dans certains cas, le srodiagnostic est seul ralisable : o Si le germe responsable ne peut pousser en culture, exemple Treponema pallidum. o Sil est trs difficile ou impossible isoler exemple : brucellose la phase de foyers viscraux profonds.

o Sil a t dtruit par un traitement antibiotique

il est ralis en effectuant au moins deux srodiagnostics quinze jours dintervalle et en conservant les prlvements de srum afin de dterminer rtrospectivement les titres danticorps en prsence du mme antigne.

linterprtation du srodiagnostic au dbut de la maladie le srodiagnostic est ngatif, il ne devient positif que huit dix jours aprs le dbut clinique dans certains cas, cet examen peut mme rester ngatif si le conflit antigne-anticorps a t limit dans le temps ou dans son intensit (maladie dcapite par les antibiotiques). on peut rattacher au diagnostic microbiologique indirect la dtection immunochimique des antignes bactriens.

Diagnostique bactriologique de quelque bactries Les mycobactries

Examen cytobactriologique de cracha Prlvement: Le prlvement est obtenu le matin, avant antibiothrapie et aprs rinage de la bouche au srum physiologique strile, puis examin dans les deux heures suivantes par le laboratoire

Crachat sanglant

 1-Examen direct du prlvement

* La coloration de ziehl-Neelsen la fuchsine. * La coloration de Dugommier l'auramine.

Mycobacterium tuberculosis est un bacille coloration Gram positive, immobile, sans capsule et sans spore. Aprs coloration de Ziehl-Neelsen , il apparat comme un bacille rouge de 0,2 0,3 m de large sur 3 5 m de long, lgrement incurv, extrmits arrondies.

Bacilles tuberculeux aprs coloration de Ziehl-Neelsen

2-La culture:
ne donne une rponse que plusieurs semaines aprs le prlvement, alors que le traitement a dj t entrepris sil existe des signes cliniques suffisants et un examen direct positif. utile pour confirmer le diagnostic, identifier lespce en cause et en pratiquer lantibiogramme.

3- Lisolement
Milieux: solide: Lwenstein-Jensen, Coletsos. liquide: Milieu d Dubos, Youmans

Certains prlvements rares tel liquide de ponction sont centrifugs puis ensemencs directement.
Lisolement des mycobactries se fera aprs dcontamination et fluidification. Les tubes ensemencs sont dabord incubs 2 jours 37c en position horizontale, et non capuchonns pour que la totalit de la surface du milieu soit ensemence, et que le liquide svapore

 Les tubes seront examines aprs 48H, puis chaque semaine pendant 2 4 mois pour rechercher les colonies de mycobactries.
Toutes les colonies qui apparaissent aprs 4 jours sont des mycobactries.

Les tubes de culture sont gards au moins 8 semaines l'tuve 37C avant de considrer la culture comme ngative. La lecture est faite 1 fois par semaine.

Colonies de mycobacterium tuberculosis sur milieu Lowenstein-Jensen

Cultures de Mycobacterium tuberculosis

 Biochimie : arobie strict, catalase positive, nitrate positif. Au cours de sa croissance il synthtise une quantit importante d'acide nicotinique ou niacine qui peut tre mise en vidence par une preuve biochimique, le test de Konno ou niacine-test. La positivit de cette preuve est spcifique de Mycobacterium tuberculosis.

Conclusion
Le rle du laboratoire de bactriologie clinique repose sur lisolement et lidentification de lagent pathogne, ainsi que ltude de la rsistance aux agents antibactriens. Les mthodes dites traditionnelles comprennent lexamen direct, la culture et lidentification ainsi que la phnotypie alors que la bactriologie molculaire repose sur la mise en vidence dacides nucliques bactriens et la gnotypie. Une deuxime approche diagnostique, cette fois si indirecte, est utilise en microbiologie : la srologie. Elle peut tre plus ou moins tardive, prsentant des problmes des ractions croises, mais elle a comme avantage dtre un dernier rempart de diagnostic.