BYOKMYA I 3.

Amino Asitler

F. Zihniolu

AMNO ASTLER
Proteinlerin Yap tadrlar Proteinlerin yapsna giren 20 amino asit mevcuttur. Canllk iin gereken amino asitler -amino asitlerdir.

Amino Asit nedir?

-Amino Asit

COO +H
3N

-Karbon

Amino grubu Karboksil Grubu R grubu (yan zincir)

Bir amino asit 3 farkl isime sahiptir: (1) Tm isim; rn: Glisin (2) 3 harfli ksaltma; rn: Gly (3) Tek harfli ksaltma; rn: G

Amino Asit H

C H2N
Amino grubu

CO2H R
Karboksilik asit

Deiken grup
Ayni C atomuna bal iki fonksiyonel grup ierirler: -COOH ve -NH2 Aminoasitleri farklandran yan zincirlerindeki R grubudur.

Amino asitler

CORN L-amino asit

AMNOASTLERN STEREOKMYASI
* C atomu 4 ayr kovalent ba yapabilir. * C atomuna bal bu gruplar arasndaki sterik etkileimleri minimize etmek iin C tetrahedral bir geometridedir. * C atomuna bal 4 grup farkl olduunda boyutlu yapda drt ban dzenlenmesinde iki yol vardr.
-Aminoasitlerin stereoizomerleri

Glisin hari tm aminoasitlerin -C atomu asimetriktir yani drt farkl grup(karboksil, amino, H ve R grubu) ayn C atomuna baldr. Bu nedenle -C atomu kiral merkezdir. Bu merkez asimetrik olup optike aktiftir, polarize saa (D; Dextrorotatory)(+) ve sola (L; Levarotatory)(-) evirir.

Proteinlerin yapsna giren aminoasitlerin tm L-formundadr.

Amino Asitler Kiraldir*

*Glisin hari - R grubu; H

Amino asitler iki farkl stereoizomerdir.

Tm proteinlerde

Doal proteinlerde deil, ancak tabiatta bulunur

Amino Asitlerin Ayna Grntleri

The alpha carbon is chiral

(a) Amino asit steroizomerlerinin ayna grntleri akmaz.

R Grubu( deiken grup veya yan zincir)

Doal proteinlerin yapsna giren 20 amino asitin R- gruplar farkldr.
1. 2. 3. 4. 5. Polarite: hidrofobik / hidrofilik / ykl Yk: pozitif veya negatif Kimyasal zellik: farkl fonksiyonel gruplar Boyut: byk veya kk ekil: dz veya dairesel

Amino Asitlerin Snflandrlmas

Aminoasitler yan zincirlerin baz nemli zelliklerine (hidrofobik veya hidrofilik karakteri, polar veya non polar yaps, iyonize olan grup ierip iermemesine) gre snflandrlrlar. 1. 2. 3. 4. 5. Nonpolar alifatik - hidrofobik Aromatik R Grup - hidrofobik Polar, yksz - hidrofilik Pozitif Ykl - hidrofilik Negatif Ykl - hidrofilik

(1) Nonpolar, alifatik amino asitler

Siklik Amino Asit

(2) Aromatik R- grubu ieren amino asitler

(3) Polar, Yksz Amino asitler

(4) Pozitif Ykl Amino Asitler

Bazik Amino Asitler

(5) Negatif Ykl Amino Asitler

Asidik Amino Asitler

Amino Asit
Glisin Alanin Valin Lsin Izolsin Prolin Metiyonin Fenilalanin Triptofan Tirozin Serin Treonin Asparjin Glutamin Sistein Aspartik Asit Glutamik Asit Lizin Arginin Histidin

Ksaltmalar
3-harfli 1-harfli Gly G Ala A Val V Leu L Ile I Pro P Met M Phe F Trp W Tyr Y Ser S Thr T Asn N Gln Q Cys C Asp D Glu E Lys K Arg R His H

Protein yapsna girmeyen aminoasitler

S-Adenozilhomosistein Sitrulin L-Homoserin S-adenozilmetiyonin -Siyanoalanin L-Ornitin -Alanin D-glutamikasit Sarkozin D-Alanin -Aminobtirikasit(GABA) L-Tiroksin Azoserin Homosistein

Standart amino asitlerin baz trevleri ve doal proteinlerin yapsna girmeyen amino asitler

Standart amino asitlerin baz trevleri ve doal proteinlerin yapsna girmeyen amino asitler

Amino asitler sentez sonras modifiye olabilirler.

serin fosfoserin

zel amino asitler

Prolin de serbest amino grubu yoktur. imino asit 2o amin

Dislfit ba Sistein

zolsinin Stereoizomerleri

zolsin ve Treonin 2 asimetrik merkezi bulunan amino asitlerdir.

Amino asit artklarnn hidropati skalas

Farkl hidropati skalalar (fizikokimyasal)

ESANSYEL AMNOASTLER
nsanlar ve hayvanlar tarafndan organizmada sentezlenemeyen besinlerle dardan alnmas gereken aminoasitlere zorunlu yada esansiyel aminoasitler denir. Valin Lsin zolsin Fenilalanin Triptofan Metiyonin Lizin Treonin

Proteinlerde bulunan aminoasitlerin zellikleri

AMNO ASTLERN AST/BAZ ZELLKLER

Amino asitler: zayf bir asidik -karboksil ile zayf bazik bir -amino grubuna sahiptir.
Asit: proton donor

Baz: proton akseptr

Bir Amino asit hem asit hem baz olarak davranabilir.

Ionisation states of amino acids NH3+ H C R COOH

H+

Amino Asitlerin yonizasyonlar

NH3+ H C R COOH+

NH2 H C R C

pH 1 Predominant form at pH 1

pH 7 Predominant form at pH 7 Dipolar veya Zwitteriyon

pH 11 Predominant fo at pH 11

COOH grubu: pK = ~2.2 pH 7 > pK, proton kayb COONH2 grubu: pK = ~8 pH 7 < pK, proton kazanr NH3+ oluur

pH 7 de, amino ve karboksil gruplar ykl

dipolar Zwitteriyon form

Amino asitlerin yan zircirleri dnldnde senaryo daha komplikedir.

yonizasyon pHya bamldr.

Zwitteriyonik form Gruplar protonlanm

Gruplar deprotonlanm

Amino asitlerin Zwitter-iyon Formu

H
zwitterion = hibrid iyon

H 3N

C R

CO2

pH = 7 (fizyolojik pH)

zoelektrik Nokta
Amino asidin di evreya kar yksz grnd noktaya izoelektrik nokta denir ve pI ile gsterilir.
(pozitif yklerin says = negatif yklerin says)

pI = (pKi + pKJ)
Ki = K1 (veya KR bazik amino asitler- R, H, ve K) KJ = K2 (veya KR asidik amino asitler- D and E) veya

pI = (pK1 + pK2)

Amino asitlerin pKa deerleri (25C)

Amino Asit Glisin Alanin Valin Lsin Izolsin Metiyonin Prolin Fenil Alanin Triptofan Serin -Karboksil grubu 2.4 2.4 2.3 2.3 2.3 2.1 2.0 2.2 2.5 2.2 -Amino grubu 9.8 9.9 9.7 9.7 9.8 9.3 10.6 9.3 9.4 9.2

Amino asitlerin pKa deerleri (25C)

Amino Asit Sistein Tirozin Asparjin Glutamin Aspartik asit Glutamik asit Lizin Arginin Histidin -Karboksil grubu 1.9 2.2 2.1 2.2 2.0 2.1 2.2 1.8 1.8 -Amino grubu 10.7 9.2 8.7 9.1 9.9 9.5 9.1 9.0 9.3 3.9 4.1 10.5 12.5 6.0 Yan Zincir 8.4 10.5

Tampon olarak Glisin

Izoelektrik Nokta (pI): amino asitin net bir yknn olmad pH deeri

Yksz bir R grubu olan amino asit iin: pI=(pK1 + pK2) / 2 Glisin iin; pI = (2.34 + 9.60) / 2 = 5.97

Alaninin Titrasyon Erisi

izoelektrik nokta net ykn sfr olduu nokta

Alanin sadece 2 ayrlabilen protona sahip, birinci pKa deeri; 2.4; ikincisi ise 9.9.

Glutamik Asitin Titrasyon Erisi

Glu+
COOH H3N+ C CH2 CH2 COOH
14 12 10 8 6

Glu0
COOH3N+ C CH2 CH2 COOH H H 3 N+

Glu COOC CH2 CH2 COOH H2N

Glu 2COOC CH2 CH2 COOH

Ykl bir R grubu olan amino asit iin:

(Ntral iyonizasyon durumu pK ortalamalar)

pI=(pK1 + pK2) / 2
pK3

pH

pK2
4

pK1
2

Glutamik Asit iin; pI = (2.19 + 4.25) / 2 = 3.22

2.0 3.0

Isoelectric point
1.0

Equivalents of OH- added

Histidin

Lys 2+
COOH H3N+ C CH2 CH2 CH2 CH2 NH3+
14 12 10

Lys +
COOC CH2 CH2 CH2 CH2 NH3+ H H2N

Lys 0
COOC CH2 CH2 CH2 CH2 NH3+ H H2N

Lys COOC CH2 CH2 CH2 CH2 NH2 H

H H3N+

pK3 pK2 Isoelectric point

pH
8 6 4

Lizinin zoelektrik Noktas Nedir?

pK1
2

Equivalents of OH- added

Aromatik Amino Asitler UV Ik Absorsiyonu

Ninhidrin Reaksiyonu

Fingerprinting - Ninhidrin
1910: Siegfried Ruhemann (English) Amino asitler ile reaksiyon 1954 Oden and von Hoffsten; parmak izi analiz reaktifi Duyarll iyi Porz yzeylerde de kullanlabilir (kat, tahta vb.)

Fingerprinting - Ninhidrin

Orijinal parmak izi

Scanlanmi grnt

Ninhidrin
Siyanr tayininde kullanlabilir
0.025 g/ml (biyolojik rnekler) Basit, doru, hzl, seimli, duyarl

Yeni doanda Fenil Alanin Dzeyleri

Fenilketonri

nsan Plazmas amino asit bileenlerinin tayini

yon deiim kromatografisi ile ayrma sonucu kolon sonras ninhidrin ile trevlendirme.

Amino Asit Kompozisyon Analizi

1. Protein dizi analizi kyaslanmas 2. Proteinlerin fonksiyon veya zelliklerinin belirlenmesi 3. Molekl ktlesinin tayini 4. Saf proteinin MWsinin deerlendirilmesi 5. Protein mhendislii 6. Endstri(gda, iecek vb.) 7. Nropeptidler

Amino Asit Kompozisyon Analizi

1. Amid Ba Hidrolizi(asidik, bazik, enzimatik, ksmi vb.) 2. 20 Amino asidin pH gradienti ile iyon deiim kromatografisinde ayrlmas 3. Kromatografik olarak ayrlan amino asitlerin kolon sonras ninhidrin veya OPA ile trevlendirilerek miktarlarnn belirlenmesi

Amino Asitlerin yon Deiim(Katyon) Kromatografisi ile Ayrlmas

AA karm iyon deiim matriksine uygulanr ve fraksiyonlar ayr deney tplerinde toplanr, her bir tpteki amino asit ninhidrin ile belirlenerek, sonular kromatogramda deerlendirilir..

Amino Asit Analizrnden Elde Edilen Kromatogram

Yksek pH daki tamponlar ile ele edilen amino asitler genelde yan zincirlerinde artan pK deerlerine sahip olanlardr. Asidik(anyonik) amino asitler hidrofobik olanlardan daha nce ele olurlar, en son ise bazik(katyonik) amino asitler elue olurlar.

Neden NH4+ kromotogramda grlr?