BYOKMYA I 1.

Giri ve Genel Bak

F. Zihniolu

Biyokimya Nedir?
Biyolojik sistemlerin yap, organizasyon ve fonksiyonlarn molekler dzeyde inceleyen bilim daldr. Biyokimyadaki temel prensipler tm canl organizmalar iin benzerlik gsterirler.

Biyokimya Nedir?
Yaamn Kimyas- Canl Kimyas-Hayati Kimya
- Tm yaayan canllar molekllerden yaplmtr.
(karbon, oksijen, hidrojen) - Bizi canl yapan nedir? Nasl yrrz/konuuruz?

Biyokimya Nedir?
1. Tm canllar oluturan bileenlerin yapsal kimyas ve biyolojik fonksiyon ile kimyasal yap arasndaki iliki, 2. Metabolizma- Canlda grlen kimyasal reaksiyonlarn tm, 3. Biyolojik informasyonu depolayan ve aktaran tm maddelerin ve proseslerin kimyas

Biyokimyann Amac:
1. Biyokimyasal molekllerin kompozisyonlar ve yaplarnn belirlenmesi ve fonksiyonlarnn molekler bazda anlalmas 2. Bu molekllerin biyolojik zelliklerinin aratrlmas 3. Yaam dngsnde bu molekllerin rol ve grev aldklar proseslerin aklanmas 4. Tm bilgilerin insanlk yararna kullanlmas

Biyokimya-Interdisipliner
1. Organik Kimya; Biyomolekllerin zelliklerini tanmlar. 2. Biyofizik; Biyomolekllerin yaplarnn allmasnda fizik tekniklerinin uygulanmas. 3. Medikal Aratrma; Hastalklarn molekler dzeyde anlalmas ve mekanizmalarnn belirlenmesi. 4. Beslenme; Salkl bir yaam iin metabolizma olaylarnn gz nne alnmas ile diyet ihtiyalarnn belirlenmesi. 5. Mikrobiyoloji; Tek-hcreli organizmalarn ve virslerin, bir ok metabolik yolun ve reglasyon mekanizmalarnn aydnlatlmasnda ideal olduu gsterilmitir. 6. Fizyoloji, Yaam proseslerini doku ve organizma seviyelerinde inceler. 7. Hcre Biyolojisi, Hcre iindeki laboratuvar: biyokimyasal mekanizmalarn tanmlanmas 8. Genetik, Belirli bir hcre veya organizmaya biyokimyasal kimlik veren mekanizmalarn tanmlanmas.

Biyokimya
Biyokimya tarihinde en dikkat ekici olan iki ana atlm;
Enzimlerin katalizr olarak rollerinin anlalmas Nkleik asitlerin bilgi-tayc molekller olduklarnn anlalmas

Biyokimya: Ksa Tarihe

Whlerin 1828de reyi laboratuvarda inorganik bir bileik olan amonyum siyanattan sentezi Buchner kardeler 1897de maya ekstraktndan ekerin fermantasyonu Sumnerin reaz kristalizasyonu Flemmingin kromozomlar kefi Mendelin genleri karakterizasyonu Miescherin 1869da nkleik asitleri izolasyonu Watson ve Crickin 1953de DNAnn ikili heliks yapsnn kefi

Canl organizmada bulunan ve hcrenin % 99unu oluturan elementler H(%3-4), O(%25-30), C(%50-60), ve N(%8-10) dur. Bu elementler kovalent ba yapma eilimindedirler. Fakat organizmalar iin baka elementler de gereklidir.

Tm organizmalar iin ikincil olan esansiyel elementler; kkrt, fosfor(kovalent) ve Na+, K+, Mg2+, Ca2+, ve Cl- iyonlar. Kkrt proteinlerin nemli bir bileenidir ve fosfor ise enerji metabolizmasnda ve nkleik asitlerin yaplarnda yer almaktadr. Kantitatif olarak minor ancak vazgeilmez olan ncl ve drdncl elementler ise metallerdir ve bazlar biyokimyasal reaksiyonlarn katalizinde grev alrlar.

Yaam Karakteristikleri
1. Organizasyon 2. Enerji kullanm ve metabolizma 3. Homeostasis (nternal istikrarn salanmas)/evre koullarna cevap 4. reme, byme ve gelime 5. Adaptasyon

Yaam Karakteristikleri 1.Organizasyon

Hcre yaamn temel nitesidir.

Atom Molekl Hcre Doku Organ Organizma Poplasyon Ekosistem Biyosfer

Yaam Karakteristikleri 1.Organizasyon

Atom Molekl Organel Hcre

Doku ok hcreli Organizma

Organ Sistemi

Organ

Kompleks organizmalarn organizasyonu

Organizma: organ sistemlerinden

Sistemler: organlardan

Organlar:dokulardan

Dokular: hcrelerden 4 ana tip doku tr: 1-epithelial; 2-ba doku; 3-muskler; 4-sinir Hcreler:molekllerden

Yaam Karakteristikleri 1.Organizasyon

Vcudumuz milyonlarca hcreden yaplmtr Memeliler ve bitkiler multisellerdir. Her bir tip hcre, farkl bir fonksiyondan sorumludur.

Yaam Karakteristikleri 1.Organizasyon

Gen, zellememi hcrenin olgun, zel hcreye dnm/geliimi Hcreler bu formda belirli bir fonksiyonu yerine getirebiliyorlar.

Farklanma

Yaam Karakteristikleri 1.Organizasyon

ekil ve belirli ayn fonksiyona sahip hcrelerin biraraya gelmesi ile DOKU oluur. DOKU ; farklanm, olgun, zel hcrelerin organizmada belirli bir fonksiyonu gerekletirmek iin bir araya gelmesi.

Yaam Karakteristikleri 1.Organizasyon

Biyolojik organizasyonun her bir aamas nemli zellikler gsterir.

rn: kapilerler kan transportunda grev alrlar.

(Bu zellik tek bir endotelyal hcre tarafndan gerekletirilemez)

Yaam Karakteristikleri 1.Organizasyon Organ

Farkl dokularn gruplanmas ile oluan yaplar. Bir organ bir ok farkl dokudan oluabilir Organn tm fonksiyonunu gerekletirmek bu sayede mmkn olur. Organlar grup halinde alrlar ve bu durumda organ sistemleri olarak adlandrlrlar. rn: solunum sistemi

Organ Sistemleri
Koruma: Deri Destek ve Hareket: Kas ve skelet Homeostasis: Sindirim, Kardiovaskler, Solunum, riner, Lenfatik Koordinasyon/ntegrasyon: Sinir ve Endokrin sistemler Trlerin Devam: reme

Her bir organ sisteminin nemli bir grevi vardr.

Populasyon Organizma Organ Sistem

evresel Etkiler

Doku/Organ Seller Biyokimyasal Molekler ve Genetik

Salk Riskleri

Yaam Karakteristikleri
2. Enerji Kullanm ve Metabolizma Metabolizma- Enerji isteyen ve kullanan biyokimyasal reaksiyonlar. Organizmalar neden enerjiye ihtiya duyarlar? Organizmalar enerjiyi nasl kazanrlar?

 Yaam Karakteristikleri
2. Enerji Kullanm ve Metabolizma Canllar enerjiye ihtiya duyarlar.
Enerji organizasyonun devamnn/dengesinin salanmas (homeostasis) ve aktiviteler iin gereklidir. Temel enerji kayna gnetir.
Baz organizmalar gne enerjisini kullanma yeteneine sahiptir. **Fotosentez** Fotosentez yapamayan organizmalar besin ihtiyalarn fotosentez yapan organizmalardan temin ederler.

Enerji Dnm Canl aktiviteleri;

Organizmann almas iin enerji Organizma ve evresi arasndaki enerji deiimi Enerjinin bir formdan dierine dntrlmesi

Enerji ak ve deiim
Ekosistemde enerji; Genelde gne olarak girer ve s olarak kar.
Sunlight Ecosystem

Producers (plants and other photosynthetic organisms) Heat and Work Chemical energy

Consumers (including animals) Heat and Work

Yaam Karakteristikleri
3. Homeostasis(homeostaz)-evreye cevap
Homeostaz Bir organizmann eksternal(d) evre koullarna ramen internal(i) evre koullarn salayabilme, dzenleyebilme yetenei(nternal istikrarn salanmas) nsan vcut scakl Eer vcut scakl artarsa, terleme Eer vcut scakl azalrsa, titreme.

Maintenance of body temperature is an example of homeostasis.

Yaam Karakteristikleri
4. reme, Byme ve Gelime
Aseksel reme tek bir aile; progeni [dl(yavru)] aile ile genetike identik Seksel reme ki aile; progeni [dl(yavru)] genetike farkl

 Yaam Karakteristikleri
4. reme, Byme ve Gelime
Baz organizmalar basite kendileri ikiye blnrler. Multiseller organizmalarda sperm ve yumurta gerekli

Yaam Karakteristikleri
5. Uyarlma/Adaptasyon
Uyarlma(evresel farklanma) : Uyarya annda cevap
Tm canllar evreleri ile iletiimdedirler.
Besin maddeleri Savunma Genelde canlln devam

Yaam Karakteristikleri
5. Uyarlma/Adaptasyon
Adaptasyon Bir organizmann yaamas ve reyebilmesini mmkn klan kaltsal bir davran veya karakter

Zaman ile; adaptasyonlar doal seleksiyon ile modifiye olurlar.

Yaam Karakteristikleri Nedir?

Yaam her zaman deimektedir.. DNA seviyesinde Deiim = Evrim

Evrim biyolojinin temel iskeletidir.

Organizmalarn snflandrlmas
Taksonomi: spesifik kurallara gre organizmalar snflandrma bilimi Organizmalar evrimsel orijinlerine gre gruplar altnda toplanrlar. Taksonomi bilinmeyen trler, fosiller ve molekler biyoloji/genetik yeni bilgilerin toplanmas ile her zaman deiebilmektedir.

Organizma Kategorileri
En az ok spesifik
Domain Kingdom Phylum Snf(Class) Sra(Order) Aile(Family) Genus Trler(Species)
3 Domain Bacteria Archaea Eukarya Bacteria: tek hcre, nukleus yok Archaea: tek hcre, nukleus yok ar aquatic ortamda yaam (s, tuz, asit, oksijen eksiklii) Eukarya 4 Kingdom: Protista Fungi Plantae Animalia

ORGANZMALARIN SINIFLANDIRILMASI
ORGANZMALAR FOTOTROFLAR (enerjiyi ktan) OTOTROFLAR (Cnu CO2den) HETEROTROFLAR (Cnu organik bileiklerden) KEMOTROFLAR ( enerjiyi kimyasal bileikten)

HETEROTROFLAR (Cnu organik bileiklerden)

LTOTROFLAR

ORGANOTROFLAR

(enerjiyi inorganik bileiklerden) (enerjiyi organik bileiklerden)

Hcre
Canlnn en kk yapsal nitesi; tm temel yaam proseslerinin gerekletirilmesinden sorumlu

Figure 1.5

25 m

HCRE
Yaayan tm organizmalarn yapsal ve fonksiyonel birimi hcredir. Tm trlerin hcreleri belirli yapsal zelliklere sahiptir.

Hcre
Her bir organizma tek bir hcre veya bir ok hcreden olumaktadr. Virsler; subseller enfekte partikllerdir ve genetik parazitler olarak davranrlar. Tm hcreler benzer karakteristik zellikleri tarlar. * Bir membran ile kapldrlar. * DNAy genetik materyal olarak kullanrlar.

Hcre Tipleri
Tm canllar hcrelerden yaplrlar. ki tip ana hcre formu vardr. * Eukaryotic(karyotik) * Prokaryotic(Prokaryotik)

 Prokaryotic: membranla evrili yaplardan yoksun

Bacteria Archaea

Eukaryotic: membran ile evrili organelleri ierirler. (kompartmanlama/ zelleme)

Hayvanlar, bitkiler, protistler ve fungi

Prokaryotik Hcreler
Nkleus yoktur DNA sitoplazmada bir blgede paketlenmi olarak bulunur ve buna nkleoid blge denir.
DNA RIBOSOMES CELL WALL CELL MEMBRANE

PROKARYOTIC

CELL

( BACTERIA)

karyotik Hcreler
Bitki, hayvan, fungi ve protistler Protistler ounlukla kk, tekhcreliorganizmalardr ve hibir snf iinde yer almazlar. Genelde prokaryotlardan hacimce 1000-kat byk - Kompleks internal yaplar ve mekanizmalar hzl transport ve hcrenin i ve d ortam arasndaki komnikasyonun salanmas asndan gereklidir. Bitki hcreleri farkl olarak kloroplast ve vakuol ierirler, genelde bir hcre duvar ile evrilidirler.

RIBOSOMES

CELL MEMBRANE

NUCLEUS

CHROMATIN

LYSOSOME

BACTERIAL CELL TO SCALE

EUKARYOTIC CELL

MITOCHONDRIA

Hcre yaplar arasndaki majr farkllklar iki snf organizma tanmlar: Prokaryotik ve karyotik
PROKARYOTK HCRE Boyut kompartmanlama DNA iermesi 0.2-5m ap Yok Sitoplazmada nkleoid olarak serbest DNA replikasyonunu takiben basit blnme Mitokondri yok, oksidatif enzimler plazma membranna bal KARYOTK HCRE 10-50 m ap Var, eitli organellerde Nkleusda, proteinlerle kondanse Somatik hcrelerde mitoz, gametlerde miyoz blnme Oksidatif enzimler mitokondride

Hcre replikasyon mekanizmas Enerji metabolizmas

Prokaryotlar tek tip hcreden oluur. karyotlar multiseller bitkiler ve hayvanlar, basit multimolekler organizmalar(protozoalar, fungiler ve algler) ierirler.

karyotik Hcre Nukleus

Hcrenin kontrol merkezi Nuklear sv Chromatin olarak adlandrlr. DNA ve protein kombinasyonundan oluur. DNA replikasyonu ve DNA nn RNA ya transkripsiyonu nukleusta gerekleir. Nuklear klf, endoplazmik retikulum(protein sentezi) ile balantldr.

karyotik Hcre Sitoplazma

Sitoplazma: sitozol(hcre svs) ve organelleri( hcrenin metabolik aktivitelerini gerekletiren zellemi yaplar) ierir.

karyotik Hcre Plazma Membran

Hcre Membran Hcreyi d ortamdan ayrr. Materyallerin hcre ii ve dna gei hareketlerini dzenler.

Plazma membran balca lipid ve proteinlerden oluur.

Lipidler: ounlukla fosfolipidler, bilayer Proteinler: ntegral veya peripheral Karbohidratlar: Membrann d yzeyinde lipid veya proteine bal olarak bulunurlar.

Endoplasmik Retikulum (ER)

Przsz ER: Lipid sentezi, detox, karbohidrat metabolizmas Przl ER: Protein sentezi (bal ribozomlar ierir)

Ribozomlar
Protein Sentezi Serbest veya bal Serbest olanlar hcre iinde kullanlacak proteinlerin sentezinden sorumlu Bal olanlar ER membranna baldr ve dar transfer edilen tipik proteinlerin sentezinden sorumludur.

Golgi Apparatus
Hcrenin rnlerinin oluumunun sonlandrlmas, snflandrlmas ve paketlenmesi Bir ucundan ER rnlerini alr. Dier ucundan ise materyaller hcrenin dier ksmlarna (genelde plazma membran) gnderilir.

Lizozomlar
Membrana bal yaplar; atk organel ve besinlerin degradasyonundan sorumlu. Hidrolitik enzimleri ierirler.

Vakuoller

Membrana bal depolama blgeleri

Mitokondri, Kloroplast
Mitokondri: ATP sentezi Kloroplast: Karbohidrat sentezi

Sitoskeletal Elementler
Hcrenin yapsal iskeletini oluturur. Hcre yzeyinde ve iinde materyallerin hareketinden sorumludur. Mikrotbller Centrosome dan byrler Mikrofilamentler tici kuvvetler

Elementler ve Bileikler
Madde: yer kaplayan ve ktlesi olan herey Element: kimyasal reaksiyonlar ile dier maddelere dnemeyen maddeler. CHNOPS, Ca, K, Na, Cl, Mg z elementler: Fe, I vb.

Atom ve Molekller
Atom: en kk kimyasal nite Atomik yap elementin davrann tanmlar. Atomlar genelde 3 subatomik partiklden oluur.
Proton Ntron Elektron

 Atom Says = Proton says Elektrike ntral atomlarda = electron says Atomik Ktle nite olarak llr Daltons; proton ve ntron = 1 Dalton, electronlar = 0 Daltons Dalton; protonlar + ntronlar + electronlar

Elektronlarn Enerji Seviyeleri

Elektronlar; kimyasal reaksiyonlarda yer alan taneciklerdir. Bir atomun elektronlar enerji seviyeleri ile farklanr.
Enerji: i yapma yetenei

Potensiyal enerji: Bir pozisyonda lokalize olma durumunda depolanan enerji.

Bir atomun potansiyel enerjisi , elektronlar atomik nkleustan uzaklar.

Atomlar arasndaki etkileim Moleklleri oluturur.

Molekl: 2 veya daha fazla atomdan oluan madde. Atomik balar: Atomlar arasnda elektron etkileimleri sonucunda oluan ekimler yonik balar: elektronlarn atomlar aras transferi Kovalent balar: valens elektronlarn paylam Molekller aras kimyasal balar: Hidrojen balar, van der Waals etkileimleri

Fonksiyonel Gruplar

Fonksiyonel Gruplar

Bir ok biyolojik koul altnda karboksilik asitler karboksilat anyonu olarak bulunurlar.

Fonksiyonel Gruplar

Bir ok biyolojik koul altnda aminler amonyum iyonu olarak bulunurlar.

Fonksiyonel Gruplar

Fonksiyonel Gruplar

Biyokimyasal bileiklerdeki balar

Temel Biyomolekller
1. 2. 3. 4. Nucleic Acidler Lipidler Karbohidratlar Proteinler

Karbohidratlar
C, H, ve O ierir. Hidrojen/ oxygen 2:1 Monomer: monosakkarit

Karbohidratlar

Monosakkaritler Disakkaritler Polisakkaritler

Lipidler
C, H, ve O ierir. Karbohidratlara kyasla oksijen daha az. Suda znmezler

Proteinler
C, H, O ve N ierir Monomer: amino asit Fonksiyon: Yapsal ve fonksiyonel bileikler.

Nucleik Asitler
Hcrede genetik bilgi depolanmas ki Tip; DNA bilgi depolar RNA bilgi depolanmas ve bilginin transferi (protein retimi)

Temel Biyomolekllerin Hcre iindeki Lokalizasyonlar

(her yerde)

Protein

DNA
( nukleus, mitokondri)

Lipid
(btn membranlarda)

Karbohidrat

(mitokondri sitoplazma)

Tipik bir E. coli hcresi: 70% 15% 7% 3% 2% 3% Lipidler Karbohidratlar Dierleri Proteinler Su Nucleik Asidler

Biyomolekller-Polimerler
Biyokimya; byk oranda biyopolimerler ile ilgilenir. Biyopolimerler bir ok kk organik molekln birlemesi ile meydana gelirler. monomerler - kondenzasyon

Makromolekller
Makromolekller monomerlerin kovalent balar ile birlemesi ile oluur. (rn: polisakkaritler, proteinler, nkleik asitler) Lipidler ok nemli biyomolekllerdir, ancak makromolekl deildir.

Organizmadaki temel yaplar

Fatty Acid

Triglyceride Phospholipid

SI Birim(Unit) Sistemi
SI Unit
Length Mass Amount Volume Energy Electric potential Time Temperature meter gram mole liter joule volt second kelvin

Symbol
m g mol L J v s K

Prefix
gigamegakilodecicentimillimicronanopicofemto-

Symbol
G M k d c m n p f

Multiplication Factor
109 106 103 10-1 10-2 10-3 10-6 10-9 10-12 10-15