BYOANORGANK KMYA

DERS NOTLARI
PROF.DR.ERHAN DNKAYA
EGE NVERSTES FEN FAKLTES BYOKMYA BLM

1.BYOANORGANK KMYAYA GENEL BAKI 1.1 Biyoanorganik Kimya Nedir? Biyoanorganik bilim daldr. Biyokimyann kimyann biyoanorganik da en genel yer anlamda ald temel biyoloji ve kesitii kimya; alanda dnlrse unsurlarn Kimya en genel anlamda: anorganik kimya ve biyolojinin giriim yapt alanda yer alan bir

biyokimyann

oluturan ve esansiyel anorganik elementleri ieren pek ok molekl ve makromolekln yap ve fonksiyonlarnn incelenmesi ve ortaya karlmasn amalayan bir bilim daldr.

Biyolojik sistemlerde doal olarak yer alan baz anorganik metal iyonlar ve fonksiyonlar Tablo 1.1 de verilmitir.
Tablo1.1

Gnmzde

canl

sistemlerde

doal

olarak

bulunmayan pek ok inorganik elementten de eitli amalarla yararlanlmaktadr. X-n kristalografistlerinin makromolekllerin kullanmalar, bunlarn ve elektron yaplarnn yansra

mikroskopistlerinin ar metalleri

aydnlatlmas amacyla prob olarak civa ve platin gibi antikanser zellikli baz Pt komplekslerinin, antiaritmik Au ajanlarnn ila olarak ve radyolojide grntleme amacyla tptaki olarak verilebilir. teknetyumun kullanmlar rnek

Bunlar da gz nne alndnda biyoanorganik kimyann ilgi alanna giren balca elementler verilmitir. ekil 1.1. de

ekil.1.1.

Sonu olarak biyoanorganik kimyann balca alann; biyolojik sistemlerde varolan

ilgi

anorganik

elementler ve biyolojik sistemlere sonradan ila olarak katlan veya biyolojik sistemlerden gelen molekllerin tanmlanmasnda prob olarak kullanlan anorganik elementler oluturur. Doal bu olarak bunlarn sz biyolojik konusu sistemdeki molekllerin

molekllerle zellikle de proteinlerle etkileimleri ve etkileimlerinin fonksiyonlar zerindeki etkileri incelenir.

1.2.Metaloproteinlerdeki Metal Fonksiyonlar Metaller genelde proteinlerin doal bileenleri olarak bulunurlar.Yaam prosesleri, kendileriyle ilgili ok farkl ve spesifik fonksiyonun gerekletirilmesinde metal iyonlarnn baz zelliklerinden yararlanrlar.

1.2.a.
bir

Dioksijen Transportu;
gerekletirilen en

Bu

alan dahilinde fonksiyon

canl sistemlerde metal iyonlarnn da yardmyla esiz ekilde nemli solunumdur.

Dioksijen transport proteinlerinin bilinen snf vardr; *Hemoglobin Miyoglobin Ailesi *Hemosiyaninler *Hemeritrinler

Bu proteinlerde zayf bir denge uyarnca demir yada bakra O2 moleklnn balanmas gerekleir. Bu olay; geri dnmsz bir elektron transferi yada redoks, O-O bann krlmna rehberlik eden bir

reaksiyon ve oksidasyon kimyasyla ilikin olaylar olmakszn meydana gelir.

Hemoglobin (Hb) ve Miyoglobinde(Mb) dioksijen balama merkezi,oksijen balanmasyla yapsal deiikliklere urayan bir demir-porfirin kompleksidir. Hemoglobin iin bu yapsal deiiklikler, dioksijen yakalanmasnda, metaloproteindeki protein zincirlerinin hareketini ynlendirerek kooperativite olarak bilinen olaylar gerekletirir. Aada porfirin halkas, Hem grubu ve

deoksihemoglobinin dioksijen balamas gsterilmitir

Dier iki solunum proteini dioksijen balama reaksiyonlarnda bir ift metal iyonu kullanrlar.Yumuakalar ve kafadanbacakllarda bulunan Hemosiyanin(Hc) dioksijeni iki bakr atomu arasnda balar.

Deniz balar.

omurgaszlarndaki

solunum

proteini

Hemeritrin(Hr) ise dioksijeni, Fe2

ieren bir merkezde

Bu

her

iki

durumda

O2

molekl

balanma

reaksiyonu indirgenmi yada deoksi formlara oksidatif bir ilaveyi ierir ve bunun sonucunda okside olmu Bu formun peroksit sonu gei trevinin oluumuyla ekillenir. mekanizmalar farkl olarak farkl identik organizmalarda metalleriyle dimetalik merkez ve hidroperoksit

fonksiyonlarn gerekleebildiini gstermektedir

1.2.b.Elektron Transferi;
Bir Lewis baz ( O2) , bir Lewis asidine bal demir ) dnml olarak balanr. Bu hemoglobinin gerekleen ve dioksijen balayan metal dayal merkezinde kimyasal ( Porfirine

asit-baz

kimyasna

reaksiyonlarn nemli bir snfna rnektir. Kimyasal reaksiyonlarn dier nemli bir snf ise, net elektron transferini ieren ,proteinlerde meydana gelen ve bir substrat moleklnde kapsaml bir kimyasal deimeyi yryen katalizlemeksizin redoks transformasyonlaryla

Bu tr biyoinorganik akm tayclar genellikle elektronlarn enzimlere verir yada alrlar ve bylece spesifik bir fonksiyonu yerine getirirler(Nitrojen fiksasyonu gibi). Bazen redoks aktif merkezi dorudan

metaloenzimlerle kombine haldedir. Biyoanorganik kimyada nemli yer tutan ve iki

(bir ift) elektron transfer eden merkezlere rnek olarak demir-kkrt gruplar ve sitokromlar verilebilir.

Demir kkrt gruplar farkl FenSn niteleri biiminde dzenlenmi olabilirler. ekil 1.2 de en genel rnekler verilmitir.

ekil.1.2.

Tablo.1.2.

de

ise

metaloproteinlerle

ska

reaksiyon veren bir substrat olan O2 ve biyolojik sistemlerdeki baz redoks aktif metal iyonlarna ilikin redos potansiyelleri verilmitir (Deerler suda ve standart koullar iin

verilmitir(pH:7.0, 250C). Metal iyonlarnn bir protein matriksi ve bir biyolojik ligant ile etkileimi durumunda ise bu deerler belirgin bir ekilde deiir.)

1.2.c.Metal yonlarnn Yapsal Rol;

Son iyonlarnn zamanlarda yapsal elde edilen bulgular metal birtakm fonksiyonlar da stlenmi

olduklar ynnde ipular vermitir. Bunlara bir rnek ,genlerin ekspresyonunu regle eden baz protein gruplarnn yapsal fonksiyonu bulunan Zn
2+,

ierdiklerinin bulunmasdr. Metaloproteinlerin bu tipine ilk rnek bir kurbaa

tr olan Xenopusdan elde edilen transkripsiyon faktr IIIA(TFIIIA) dr.

Bu

protein

5S

bibozomal

RNAnn

doru

transkripsiyonu iin gerekli bir proteindir. Bu olarak proteinler adlandrlr iyonlar ve inko parmak asit proteinleri balama

kk

nkleik

blgelerinin merkezi oyuunu oluturarak yapsal bir rol oynarlar. Bu rnekte DNA ile dorudan bir etkileim sz konusudur.inko parmak proteini ve DNA etkileimine ilikin bir rnek aadaki ekilde gsterilmitir.

inko

ieren

dier

protein

snflarnda

metal

iyonunun yapy kararl klma gibi farkl fonksiyonlar bulunmutur(rnein DNA ve RNA Polimerazlarda olduu gibi). Ayrca memelilerde ferritin ve dier demir depo ve demir transfer proteinlerinin ekspresyonunda,RNAnn metal iyonlarnn proteine translasyon seviyesinde

kontrol sz konusudur ve bu kontroln yapsal bir takm zelliklerin oluturulmasyla saland ynnde bulgular elde edilmitir.

1.3. Metaloenzim Fonksiyonlar Katalitik fonksiyona sahip metaloproteinler

metaloenzimler olarak bilinirler.Bunlar substrat net bir kimyasal deiime uratrlar. Seilmi verilmitir. rnek reaksiyonlar Tablo 1.2. de

Tablo 1.2

1.3.a.Hidrolitik Enzimler;
Hidrolitik enzimler bilindii gibi bir substrat

moleklne suyun elementlerinin katlmas yada karlmasn katalizleyen proteinlerdir. rnein katalizler. Peptidazlar ve esterazlar karbonil bileiklerini karbonik anhidraz , CO2 in hidrolizini

hidrolizler,fosfatazlar ise fosfat esterlerini paralarlar. ou hidrolitik enzim aktif merkezinde Zn+2 iyonlarn ierir.Bunun yansra Mn+2 , Ni+2 ,Ca+2 , ve Mg+2 bulunabilir.

Bu

metal

iyonlarnn pKa

enzimlerin deerlerini

aktif hem

merkezlerinde de istenmeyen

bulunmalar substratlarn

hem yukarda bahsedilen oksijen ieren

elektron transfer olaylarn optimize edecek koullarn salanmasnda fonksiyon grrler.

1.3.b.

ki Elektron Redoks Enzimleri;

ou metalo enzimler substratn ya ykseltgenmesini yada indirgenmesini katalizler. Bunlar genelde bir ift elektronun transferinin sz konusu olduu iki elektron redoks prosesleridir. Bununla birlikte atom veya gruplar da transfer ederler. rnek olarak verilebilecek nemli bir grup;

hidrokarbonlarn alkole oksidasyonunu katalizler. Sitokrom p-450 enzimleri olarak bilinen bu grup aktif merkezlerinde demir ieren porfirin halkasna sahiptirler.

Fenolik

bileiklerin

orto-hidroksilasyonunu

katalizleyen tirozinazlarn aktif merkezinde ise iki bakr atomu bulunmaktadr. Slfiti slfata oksitleyen slfit oksidaz da pterin halkasna bal molibden atomu ieren aktif merkez grev yapar. Bu kapsamdaki baz metalo enzimler ise grev

substratlardan

oksijen

uzaklatrmada

yaparlar.Bunlara rnek olarak ise DNA biyosentezinin ilk admndan sorumlu ve aktif merkezinde dinkleer bir demir ieren Ribonkleotid redktaz(RR) verilebilir

Dehidrojenlenme enzimler olan

reaksiyonlarn iki

katalizleyen redoks

dehidrojenazlar

elektron

proseslerinin dier bir snfn oluturur. Bu proseslerde bir iki elektro ve iki protonun kaybna

uzaklatrlmas edeerdir. rnek aktif

dihidrojen

moleklnn

olarak

etanol Zn
2+

asetaldehide

dntren

karacier alkol dehidrogenaz merkezinde

verilebilir. Bu enzimin

yer alr.

1.3.c. Multielektron ifti Redoks Enzimleri;

Baz metalo enzimler multi elektron traansformasyonunda grev alrlar(Tablo.1.3.)
Tablo.1.3.

iftlerinin

Bu grupta yer alan Sitokrom c oksidaz iki bakr ve iki hem demir merkezi ieren olduka kompleks bir enzimdir ve dioksijenin suya indirgenmesini katalizler. Protonun membranlarda oluturduu elektrokimyasal gradientin sakl enerjisinin ADP fonksiyona sahiptir. Yine bu grupta yer alan Nitrojenaz, baklagillerin kk yumrularndaki bakterilerde bulunan ve azot yakalanmasnda grev yapan bir enzim sistemidir.Demir, molibden ve kkrt ieren gruplara sahiptir ve alt elektron ile Pi nin balanmasnda kullanlarak ATP oluum prosesine aktarlmasnda nemli bir

1.3.d.Yeniden Dzenlenmeler;
ou olmaz. Kofaktr olarak Vitamin B12 yada onun bir biyolojik transformasyonlar substratn

oksidasyon durumunda herhangi

bir net deiime neden

trevine gereksinim gsteren enzimler sklkla 1,2 karbon yer deitirmesi reaksiyonlarn katalizler. Bu enzimlerde kofaktr bir alkil kobalt(III)

kompleksi eklindeki korrin halkasdr.

B12 koenzimini kullanan enzimatik reaksiyonlarn ou serbest radikal oluumu ve Co-C bann homolitik ykmn katalizler. Metil aktivitesinde malonil adenozil koenzim A mutaz nemli enziminin fonksiyonu

kobalaminin

vardr(ekil.1.3.). Bu gruba dier bir rnek ise sitrat evriminde sitratn izositrata dnmn katalizleyen akonitaz enzimidir. Bu enzimin aktif merkezinde alrlar.FeS proteinlerinin genel rnekte herhangi bir redoks olay yoktur. FeS gruplar yer karn bu

zelliklerine

ekil.1.3.

1.4. Metal yonlarnn letiimdeki Rol zellikle olarak Na+ , K+ , ve Ca

2+

gibi

alkali ve

toprak alkali iyonlar hcresel iletiimde ve buna bal hcresel cevaplarda nemli fonksiyonlara sahiptirler. Hcre yzeyindeki baz protein yapsndaki

reseptrlere balanan bu iyonlar organizmann sinyal iletiminde nemli fonksiyonlar stlenirler.

1.5 Metal yonlar ve Nkleik Asit Etkileimleri Metal etkileirler. Nkleik asit yaplarnn kararl klnmasnda ,zellikle ykl fosfat gruplaryla elektrostatik etkileime girerek fonksiyon gstrerirler. Metal iyonlaryla Mg
2+

iyonlar

DNA

ve

RNA

ile

dorudan

nkleik asitler arasndaki bu

etkileimler spesifik olmayan etkileimlerdir ve Na+ , gibi iyonlar en nemli rneklerdir. yllarda yaplan aratrmalar daha spesifik Son

etkileimleri de ortaya karmtr

rnek olarak Mg

2+

ve dier baz divalent metal

iyonlarnn katalitik RNA moleklleri iin aktivatr olarak etkidii, K+ gibi baz monovalent katyonlarn ise telomer yaplarn kararl klmada grev ald bulunmutur. Bu yaplarn kararllnn hcre iindeki Na+ ve K+ konsantrasyonlarndaki dnlmektedir. deiimlerden etkilenebildii

ekil.1.4

1.6. Metal-yon Transportu ve Saklanmas Bu metal alanda en youn incelenmi

iyonu demirdir. rnein; demir, bakterilere

sideroforlar denen dk molekl arlkl proteinler ile kompleks oluturarak girer. Memelilerde ise demir,serum proteini transferrin tarafndan tanr ve ou yaam formunda ferritin tarafndan depolanr. Yaklak olarak kresel formdaki bir protein olan ferritin 4500 Fe 3+ iyonu saklayabilir.Yaps ve ilevi hakkndaki aratrmalar halen devam etmektedir.

Bu alandaki dier bir rnek ise bakrn tanmdr. Bakr serumda seruloplazmin tarafndan tanr. Albuminin de baz metal iyonlar iin tayc olduu bilinmektedir. Metalotioninler ise sisteince zengin yaplardr,Cd 2+ ve Pb
2+

gibi toksik olanlar da dahil olmak zere belirli metal fazla konsantrasyon artlar durumunda byk

iyonlarnn

miktarlarda sentezlenirler. Bu bulgu metalotioninlerin koruyucu bir rol olduunu gstermektedir.Ayrca metalotioninlerin normal koullar altnda da metal transport, saklama ve konsantrasyonlarnn kontrolnde grev aldklar dnlmektedir.

1.7. Tpta Metaller Yzyllar boyunca tpta eitli amalarla pek ok metal kullanlmtr. rnein frengi iin Hg2+ , barsak rahatszlklar iin Mg
2+

ve anemi iin Fe boyunca protein

2+

. metallerden etkileimleri bazlar nedeniyle

Tarih istenmeyen

kullanlan metal

nemli zararlara da sebep olmulardr. Bugn ise biyoanorganik kimyadaki bilgi birikimi tp alanna nemli faydalar salayacak dzeye ulamtr.

Bu amalarla gelitirilmi rnek verilmitir. cis[Pt(NH3)2Cl2] =

bileik aada

cis-platin

;testis

,yumurtalk,ba ve boyun tmrlerinin tedavisinde, [Au(PEt3)(ttag)] artritte, = Auranofin;romatoid

(ttag;tetra-o-asetil tiyoglukoz) = Kardiolit ;miyokard

[Tc(CNR)6]+

dokusunun grntlenmesinde kullanlr(ekil.1.5)

ekil.1.5.

1.

BYOANORGANK KOORDNASYON LKELER

KMYA

LE

LKL

KMYASININ TEMEL

2.1. Termodinamik Bak

2.1.a.Sert Zayf

Asit Baz Kavram;

Biyolojik sistemlerde metal iyonlar, ok sklkla asit ve bazlarn sert-yumuak teorisinin belirledii prensiplere gre verici (donr) ligantlara balanrlar.

Baz metal iyonlarnn ilikili ve olabildikleri baz ligantlarn sert-yumuak karakterleri Tablo 2.1 de listelenmitir.
Tablo.2.1.

Bu tablodaki snflandrmada, yumuak terimi byk ve kolaylkla polarize olabilen, buna karlk sert terimi kk ve daha az kolaylkla polarize olabilen trleri ifade eder. Metal iyonlar Lewis asitleri olarak kabul edilir. Metal merkezlerine koordine olan ligant atomlar yada gruplar Lewis bazlar olarak kabul edilir. Biyolojik zincirleri, ortamda bu ligantlar bazlar, protein kk yan

nkleik

asitlerin

hcresel

sitoplazmik bileenler,organik kofaktrler ve su olarak karmza kar.

Genel kural sert asitler tercihen sert bazlarla , yumuak asitler yumuak bazlarla balanrlar.

rnein;X-nlar kristalografisi ile yap belirleme almalarnda ar atom trevleri oluturmak iin, protein kristaline, K2PtCl4 zeltisi emdirilir.

Zayf Pt(II) iyonlar genel olarak,zayf ligantlar olan sisteinin slfidril gruplaryla yada metiyoninin tiyoeter bayla etkileip ba oluturur.

Glutamat

ve

aspartatn

karboksilat

gruplaryla

etkileim daha azdr. Buna karlk Ca

2+

gibi alkali yada toprak alkali

metaller, genellikle karboksilat oksijen atomlar tarafndan, Fe

3+

; karboksilat ve fenoksit oksijen donrleri

tarafndan, Cu edilir. Biyoanaorganik kimyadaki sert-yumuak asitbaz

2+

; histidinin azot atomlar tarafndan koordine

ilkesinin en ilgi ekici gsterimlerinden biri, metalotiyonin proteinlerinde gzlenir(ekil 2.1.)

ekil.2.1

Kk proteinlerden olan metalotiyoninlerin amino asit yzdesinin yaklak % 30 35 i sistein artklardr ve bu slfidril gruplar Cd
2+,Hg 2+,

Pb

2+

ve Tl

2+

gibi

zayf metal iyonlarn istemli bir ekilde balar. Grevleri hcreyi bu metallerin toksik etkilerinden korumaktr.

2.1.b.elat Etkisi ve Irwing-Williams Serileri;

elat oluumu, merkezi bir metal atomuna tek bir liganttaki iki yada daha fazla atomun koordinasyonunu ifade eder. En bilinen elat yapc ligantlardan biri

EDTA(Etilendiamintetraasetik asit)dr. EDTA tpta metal zehirlenmelerinde metal iyonlarnn elat oluturarak uzaklatrlmasnda ve gda alannda gda katk maddesi olarak, tehlikeli bakteriler iin zorunlu metal iyonlarnn elat oluturarak tutulmasnda kullanlr.

Biyokimyasal ve biyolojik aratrmalarda da ortamdaki serbest metal iyonlarnn konsantrasyonlarnn azaltlarak arzu edilmeyen reaksiyonlarn ve etkileimlerin nlenmesinde kullanlr(ekil 2.2.).

ekil.2.2.

Biyoanorganik

kimyada

elat

etkisinin

nemli

bir

rnei porfirin ve korrin ligantlar tarafndan gsterilir. Bu makrosiklik molekller dorudan bir merkezi metal iyonuna ynelmi azot donrlerine sahip drt birbirine yakn pirol halkalarna sahiptirler. Metaloporfirin yada metalokorrin birimleri termodinamik olarak ok kararldrlar. Farkl oksidasyon durumlarnda farkl metal iyonlaryla oluan ve biyolojik sistemlerde nemli grevler stlenen bu biyoanaorganik sitokromlar(Fe), verilebilir. fonksiyonel gruplara ve rnek vitamin olarak B12(Co) klorofiller(Mg)

Anorganik kimyann dier bir temel ilkesi , ligant iin, divalent birinci sra gei metal iyonlarnn balanma ilgisidir. Bu ilgi genel olarak Ca
2+<

Mg

2+

< Mn

2+<

Fe

2+

< Co

2+

< Ni

2 +<

Cu

2+

>Zn

2+

srasyla ifade edilir, bir anlamda stabiliteyi ifade eder ve ilk ortaya koyanlara atfen Irwing-Williams serisi olarak tanmlanr. Bu seri iyonik aptaki azalmayla ilgilidir ve daha gl metal iyon balarnn oluumuna izin veren bir etkidir.

2.1.c.Koordine Ligantlarn pKa Deerleri;

Biyolojik sistemlerdeki ou metal iyonlarndaki pozitif yk, koordinasyon kabuundaki ba yapm protik ligantlarn asit anyonunu(konjuge baz) stabilize eder. Bu etkiye en gzel rnek koordine olmu sudur. Suyun yannda tiyol, imidazol, fenoller, alkoller, fosforik ve karboksilik asitler ve onlarn trevlerini ieren dier pekok biyolojik ligantlar da rnek olarak verilebilir.

Tablo 2.2 de seilmi rnek zerinde bu ligant gruplarnn, metal iyonlarnn varl yada yokluu durumundaki pKa deerleri verilmektedir.
Tablo.2.2.

Trivalent metal iyonlar, protik ligantlarn pKa deerlerini divalent analoglarndan daha dk deerlere kaydrrlar. Koordine suyun bir hidrokso ligant eklinde deprotonasyonu, metaloenzim katalizini aklamak iin birka hidrolitik mekanizmann ilk admdr. Bir protik liganda iki yada daha fazla metal iyonunun koordinasyonu, pKann dramatik bir ekilde dmesine yol aar. Bu etki demir(III) n hidrolizinde gsterilmitir.

[Fe(OH2)6] deeri 2,2 dir.

3+

durumunda suyun deprotonize olmas iin pKa

Buna karn [Fe(H2O)4(OH)2]+ durumunda yaklak olarak pKa 6 da deprotonlanr. Bu sonular, sulu demir(III) ve ou dier metal-iyon komplekslerinin fizyolojik pH ~ 7 civarnda, desteklyici ligantlarn yokluunda var olamayacan gsterir.
Tablo.2.3.

2.1.d.Redoks Potansiyellerinin Dzenlenmesi;

Metal atomlarnn olur. Sudaki iyonlar iin sz konusu olan potansiyeller,bu faktrler tarafndan 1,0 V dan daha byk lde azaltlabilir. Tablo incelenmi 2.4 deki veriler biri inorganik olan kimyada bu en iyi merkezindeki stereokimya ve ligant donr

dzenlenmesi,elektron

transfer

reaksiyonlarnda

meydana gelecek potansiyellerde byk farklanmalara neden

rneklerden dzenleyen

Cu(I)/Cu(II)

redoks etkideki

potansiyellerini

deiik

ligantlarn

yeteneklerini gstermektedir.

Tablo.2.4.

Bakr(I),

d10 iyonu, 4 koordinasyonlu tetrahedral

yada 3 koordinasyonlu trigonal geometride bulunabilir. Dier taraftan divalent bakr (II) kompleksleri, tipik olarak kare dzlemseldir ve bir yada iki ilave zayf bal aksiyal ligant ierir. Bylece tetrahedral geometri oluturan bir ligant evresi, Cu(I) i Cu(II) zerinde stabilize eder. Bu durum redoks potansiyelini arttrarak daha gl bir oksitleme reaktifi oluumuna yol aar.

Tablo

2.4

den

grlecei

gibi

Cu(R-sal)2

komplekslerinde byk R gruplarnn ilavesi geometriyi dzlemselden tetrahedrale ynlendirir. Bu potansiyel artmas ve bakrn indirgenmesi

olaynn daha kolay gereklemesini salar. Ayrca Cu(I), yumuak bir asittir ve bu yzden RS- yada R2S ligantlar gibi yumuak donrlere ba yapmay tercih eder. Koordinasyon arttrr. kabuunda ,yumuak ligantlarn

yerleimi ayrca Cu(I)/Cu(II) indirgenme potansiyelini

Tablo 2.4 . deki veriler Cu(I)/Cu(II) potansiyeli hakknda ligand donr tipi ve stereokimyasnn etkilerini, sadece inorganik kompleksler iin deil ayn zamanda bakr ieren proteinler iin de aklar. Proteinlerde yksek redoks potansiyelleri, donr

ligantlar olarak iki histidin-imidazol ve bir sistein-tiyolat yan zincirlerinin kullanm ile koordinasyon geometrisinin trigonal dzlemsel eklinde dzenlenmesiyle elde edilir.

Ancak lokal protein evresinin ve lokal dielektrik sabitlerinin etkilerini gzden uzak tutmamak gerekmektedir.

2.1.e.Biyopolimer Etkisi;
Bir biyolojik evredeki metal merkezinin

termodinamik kararll, koordinasyon geometrisi, ligant donr yerleimi, belirli oksidasyon durumu iin metalin doasndan gelen zellikleri yansra biyopolimerin varl, onun boyutlu yaps, stereokimyas ve koordinasyon iin ligantlarn varl ile de ilikilidir. Koordinasyonda yer almayan gruplar da hidrojen ba yaparak,koordinasyon oluturarak etkirler. mevkilerinin sterik olarak engelleyerek, yerel hidrofil yada yerel hidrofob blgeler

Tm bu etkiler metalin koordinasyon kabuunda bal ve bal olmayan atomlarla etkileime girerek kararll arttrabilir yada azaltabilirler.

Bu faktrler nkleik asitler ve proteinlerdeki metal balanmalarna k tutarak, biyolojik alanda metal fonksiyonlarnn nasl olduunun aklanmasna yardmc olur.

Yaplan spesifik metal

almalar, balanma

biyolojik merkezlerinin

sistemlerdeki bulunduunu

makromolekllerde (zellikle metaloproteinlerde) ok gl ve gstermitir. Doa sahiptir. Bunlar genellikle proteinlerdeki amino asit artklarndan oluan donrler zerinden protein moleklne balanmlardr. Buna gzel bir rnek olarak; sr eritrosit speroksit dismutazndaki inko balanma merkezi verilebilir (Cu2 Zn SOD).
2

muhtemelen

ok

etkili

elatlama

ligantlarna

Bu

merkezdeki bir

inko

koordine

eden

evre,

metal ,

iermeyen(apo) yakalar.

konumdayken(E2E2SOD;

E:empty)

diyalizde fosfat tamponundan inkonun ok kk miktarlarn Cu2Cu2SOD konumunda, Zn2+ merkezini Cu2+ iyonlarnn igal etmi olduu durumda, divalent inko iyonlarnn arsyla protein muamele yerden edildiinde, Zn2+ merkezindeki bakr bulunduu ayrlr.

Irwing-Williams serileri gz nne alndnda bu durum genel kurallara pek uymaz. Ancak inkonun bu merkez iin fonksiyonel olarak nemli olduu ve spesifiklik asndan zel bir deiimin varolduu dnlr.

2.2. Kinetik Bak

2.2.a.Ligant Deiim Hzlar ;

Tablo 2.5 de pekok esansiyel metal iyonu iin su-deiim hzlar verilmitir.

Tablo.2.5.

Bu deerler M-OH2 yapda olduunu gsterir.

balarnn ok kararsz

,abuk krlan ve saniyede milyar kez tekrar oluan bir

Metal ligant balarnn kararszlklar tipik olarak Tablo 2.5 deki aqua kompleksleri iin gsterdikleri eilimi izler . Genelde ,ligant deiim hzlar , M fazladr.
2+

iyonlar

iin onlardan daha fazla ykl M+3 metal iyonlarndan

ok inert olan Cr

3+

ve Co

3+

gibi 1. sra gei metal

iyonlar biyoanorganik kimyada ok nadiren karmza kar. 2. ve 3. sra gei metal kompleksleri kinetik olarak, onlarn 1. sra karlklarna karn ok daha inerttirler. rnein ; antikanser ila cis-[Pt(NH3)2Cl2], Cl

ligantlarnn kaybyla DNA ya balanr. Platin, biyopolimerin uzun sreli diyaliziyle bile ayrlamaz. Yalnzca siyanr gibi ok gl platin balayan ligantlar DNA dan Pt i ayrabilir.

Benzer bir durum, amino asit artklarna balanmasnda gzlenir.

rutenyum

Fe

2+

gibi

birinci sra gei metal iyonlarnn lde

yksek metal-ligant deiim hzlar, ok dili elatlama ligantlar tarafndan balandklarnda nemli azalr. rnek olarak metaloporfirinler, kinetik olarak daha inerttirler. elat halkasnn bir parasn oluturmayan aksiyal ligantlar, genellikle daha yksek hzlarda deiebilirler. CO, RS- ve CN- gibi ligantlar , M-L balarnda daha inert formlar olutururlar.

ou metaloproteinler,gl elatlama ligantlarna kar uzun sreli diyaliz boyunca bile serbest metal iyonlaryla ierirler. Bu protein merkezlerinin kinetik olarak inertlikleri, proteinin allr. Eer protein stma yada dimetilslfoksit gibi bir zgen ilavesi ile denatre edilirse genellikle metal proteinden ayrlr. sterik engellemelerinden dolay metalin koordinasyon alanna zgenin ulaamamas ile aklanmaya deitirilemeyen sk bal metal iyonlar

2.2.b.Substitsyon Reaksiyonlar;
Bir metal iyonunun dier bir koordinasyon kabuundaki bir ligantn yer deitirmesi, ya birlemeli (associative) (ikinci mertebe) yada ayrmal (dissociative) (birinci mertebe) yolla meydana gelir. Bunlarn anologdur. Dk koordinasyon sayl metaller(< 4) birlemeli ligant yer deitirme, buna karlk yksek koordinasyon sayl metaller (> 6) ayrmal yer deitirme reaksiyonlarn tercih ederler. kinetik ve mekanistik zellikleri srasyla

organik kimyadaki SN2 ve SN1 substitusyon reaksiyonlaryla

Protein

yada

nkleik

aside

bal

metal

merkezlerinde meydana gelen substitusyon reaksiyonlar ligandn makromolekldeki yakn gruplarla etkileimi, bu etkileimlerle makromolekldeki konformasyonal deiimler gibi pekok faktr tarafndan etkilendiinden olduka komplekstir.

2.2.2.Elektron Transfer Reaksiyonlar;

Gei metal iyonlarna yada iyonlarndan elektron transferi iin i-kabuk ve d kabuk olarak dizayn edilmi iki nemli yol aklanmtr. bir yada kabuk daha elektron fazla transfer reaksiyonlar, varlyla

reaktantlarn koordinasyon kabuklarna dorudan balanm kprleyici ligandn karakterize edilir. Bu reaksiyon yolunun klasik bir rnei aadaki eitlikte gsterilmitir.

Bu elektronu

eitlikte inert

kararsz

Cr(II)

kompleksi, bir

bir

Co(III)

reseptrne

kararsz,

indirgenmi Co (II) kompleksi ve bir inert Cr(III) tr oluturmak zere transfer eder. Bu klorr gsterilen reaksiyonda iyonunun kprlenmi Co(III) iki den Cr(II) bir merkezine de kompleksin spesifik transferi ekirdekli ekil.2.3.

elektron transfer adm iin gei durumunu salar.

ekil.2.3.

Bu kprlenmi kompleksteki elektron transferi atom transferine kyasla daha hzl olduu iin, klorr iyonu, kinetik olarak inert krom(III) rnnn koordinasyon kabuunda kalr.

D kabuk elektron transfer reaksiyon mekanizmasnda, iki redoks ifti, nc kompleks olarak isimlendirilen bir form oluturmak iin, asosiye zgen moleklleriyle biri dierine yaklar. Daha kabuklar sonra ykseltgen ligantlarn ve indirgenin koordinasyon elektron

arasnda

deiimi

olmakszn

transferi meydana gelir. Metaloproteinlerde i kabuk elektron transfer

reaksiyonlar bilinmemektedir. Protein moleklnn yol aaca sterik engelin problem yaratabilecei dnlmektedir. D kabul elektron transfer reaksiyonlar ise zellikle kk molekllerde ihtimal dahilinde grlmektedir.

2.3. Biyolojik Sistemlerdeki Metal yonlarnn Elektronik ve Geometrik Yaplar Tablo iyonlarnn verilmitir. 2.6. da biyolojik sistemlerdeki metal

en genel oksidasyon durumlar ve ilave olarak d-elektron konfigrasyonlar

gei metal iyonlar iin

Tablo.2.6.

Tabloda numarasndan(Z) kendinden

en

sadaki formal asal

deerler oksidasyon

metalin durumu

d ve

elektronlarnn saysn vermektedir ve metalin atom nceki gazn atom numarasnn

karlmasyla bulunur. rnek olarak; Fe(III) bir d5 iyonudur;(26-3-18=5), Mo(IV) bir d2 iyonu;(42-436=2) ve Cu(I) bir d10 iyonudur;(29-1-18=10).

ekil.2.4. de biyoanaorganik kimyada belirlenen metal iyonlar iin 3 ila 6 koordinasyon says iin en genel koordinasyon geometrileri gsterilmitir.

ekil.2.4.

Biyoanorganik kimyadaki molekllerin komplekslii gz nne alnnca bu idealize yaplardan nemli sapmalarn da mmkn olduu sylenebilir.

Formal oksidasyon durumunda verilen bir metal iyonu bir grup ligant tarafndan belirlenen bir polihedron koordinasyon merkezinde yer aldnda, d orbitallerinde bulunan metal elektronlarnn enerji seviyeleri, serbest daha aaya metal iyonunda olduu durumdakinden drlr.

Bu olay ligant alan yarlmas olarak tanmlanr. Ligant alan yarlmas bir enerji dzey diyagram ile en ak ekilde ifade edilir. Bu diyagramlar bir -elektron orbital enerjilerini ligant alannn kuvvetinin fonksiyonu olarak aklarlar. Biyoanaorganik metal merkezlerine ilikin ok nemli yaplar iin ligant alan yarlma diyagramlar ekil.2.5. de verilmitir.

ekil.2.5.

Proteinlerdeki

metal

merkezlerinin

optik

spektrum,magnetizm ve elektron spin rezonans spektrumu gibi fiziksel zellikleri ile ilikilendirilmee kullanldrlar. rnein; bir proteindeki diamanyetik(iftlememi onlarn yap ve reaktiviteleri bu diyagramlar olduka alldnda

elektronlar olmayan) geometridedir.

Ni(II) gibi bir metal merkezi sz

konusuysa, bu merkez en muhtemel olarak kare dzlemsel

iftlememi iki elektron ieren paramanyetik Ni(II) kompleksleri oktahedral veya geometride bulunabilirler(ekil.2.6.).

d8

tetrahedral

ekil.2.6.

Bir metal merkezindeki ligant alannn kuvveti ,bal ligant atomlar tarafndan yarma belirlenir. aada Ligantlarn verilen dorbitallerini yetenei,

spektrokimyasal serilere gre deiir.

Bu

liste

yksek

ve

dk sz

spin konusu

elektronik olduunu

konfigrasyonlarn

hangisinin

belirleyebilme asndan nemlidir.

Ancak komplekslii zaman, ileri grerekli klar.

metaloproteinlerde,

metal

merkeziyle

etkileim iinde olabilecek organik artklarn okluu ve salkl sonulara ulaabilmek iin , her deneysel yntemlerin de kullanlmasn

2.4.

Koordine Ligantlarn Reaksiyonlar

Daha nce bahsedilmi olduu gibi, pozitif ykl metal merkezi, konjuge baz kararl kld iin, bu merkezde koordine olmu su ve dier molekllerin pKa deerleri, serbest ligantlar olmalar halindekinden daha dktr. Hidroksil iin rnek eitlikte verilmitir. reaksiyon aadaki

Substrat duyarlklarnn

molekllerinin

nkleofilik

ataa metal

art,metaloproteinlerdeki

merkezlerinin fonksiyonu olarak ortaya kar.

Biyolojik proseslerde bu kategori iinde; asit anhidritlerinin, esterlerin, amidlerin,fosfat esterlerinin hidrolizleri saylabilir. ve Schiff bazlar, ve karboksilasyon ve dekarboksilasyon reaksiyonlar transaminasyonlar

Metal merkezlerinin Lewis asidi olarak nasl etkidiklerine bir rnek olarak ntral pHda amino asitlerin hidrolizi verilebilir. Aadaki eitlikte,karbonil gruplarna nkleofilik saldrnn, pozitif ykl metal iyonuna koordine olma halinde kolaylatrlma durumu gsterilmitir.

Bu reaksiyon iin hzlar; metal iyonu; M = Cu

2+

> Co

2+

> Mn

2+>

Ca

2+

~ Mg

2+

eklindeki Irwing-Williams serilerindeki sraya gre deiir. Bu ekilde katalizlenmemi bu tr bir reaksiyonun ntral pH da gzlenebilmesi mmkn deildir. Metal merkezleri tarafndan kolaylatrlan reaksiyonlarda bu kolaylatrlmann dier nedenleri olarak ; kalp etkisi, ayrlan grup reaktivitesinin artmas, N2 ve O2 gibi kk molekllerin aktivasyonu ve koordinasyon tarafndan kimyasal reaktivitenin maskelenmesi saylabilir.

Kalp etkisi,

porfirin halkasnn sentezine ilikin

reaksiyonla aklanabilir.

Kalp

etkisi

metalin

kondenzasyon

reaksiyonlarndaki reaktif birimi organize etmek iin ilev grd bir olaydr. Tetrahedral stokiyometride tercih edilen inkonun kullanm, bu reaksiyonda metalin tanm ve porfirin serbest baznn oluumunu kolaylatrr. Aadaki eitlikte verilen reaksiyon ise ayrlan gruba bakr iyonunun koordinasyonuyla ynlendirilen fosfat ester hidrolizini aklamaktadr.

Biyomimetik

kimyann

bu

rneinde,

pH;4-7

aralnda 2-(imidazol-4-yl) fenil fosfatn hidrolizi, metal merkezi sayesinde 103-104 kez hzlandrlr.

3. BYOLOJK MOLEKLLERN BYOANORGANK KMYADAK LGANTLAR OLARAK NEM Biyoanaorganik kimyadaki ligantlarn ou genel olarak amino asit yan zincirleri yada nkleik asit bileenleridir. Bu gruplar tarafndan salanan koordinasyon

evresi kritik bir ekilde proteinlerin boyutlu katlanmalarna ve nkleik asitlerin tersiyer yaplarna bamldr.

Hcre

membran

matriksindeki

proteinlerin

yerleimi yada kromatindeki nkleozomlarn evresindeki DNA nn sarlm gibi daha kompleks yapsal durumlar biyolojik makromolekllerin metal balama yeteneklerini daha ileri dzeyde ynlendirirler. Bu blmde bu konudaki temel unsurlardan

bahsedilecektir.

3.1.

Proteinlerde Ligant Olarak Etkiyen Gruplar

olarak etkiyen amino asitler ve

ekil.3.1. de ligant

onlarn etkileim biimleri gsterilmitir. En nemli yan zincir ligantlar olarak sisteinin tiyolat, histidinin imidazol, glutamik ve aspartik asidin karboksilat gruplar ve tirozinin fenolat saylabilir. Tirozin haricinde iyona terminal bu amino asitlerin her birinin iki olarak hizmet grdkleri metal iyonu arasnda kprleme ligant olarak ve tek bir ligant belirlenmitir.

Daha az sklkla karlalan metal donrleri olarak serin ve treoninin hidroksil gruplar, metiyoninin tiyoeter grubu, glutamin ve asparaginin karboksamid gruplar, lizinin amino grubu ve belki argininin guanidino grubu saylabilir. Yan zincirden salanan donr atomlarna ilave olarak metal iyonlar peptid ba karbonil gruplaryla, deprotonlanm yaparlar. peptid ba azot atomlaryla ve N terminal amino ve C terminal karboksil gruplaryla ba

ekil.3.1.

3.2. Protein nemi

kritik bir ekilde

Yaps

Asndan

Metal

yonlarnn

Metaloproteinlerdeki ligant donr atomlarnn yerleimini onlarn boyutlu yaplarnn nasl dzenlenmi olduu belirler. Yap, temelde proteinin amino asit dizisine bal olarak belirlenir. Polipeptidin katlanmas pek ok faktr tarafndan etkilenir. Bunlarn en nemlileri olarak; daha polar zgen evresiyle etkileimden kanmak iin genellikle i ksmda yer alan hidrofobik gruplarn etkileimi,spesifik hidrojen balarnn oluumu ve iyonik etkileimler, dislfit balar tarafndan oluturulan kovalent etkileimler ve amino asit yan zincirlerinin metal iyonlarna koordinasyonu saylabilir..

Seilen

metaloproteinin katlanm yaplar

ekil. 3.2 de verilmitir.

ekil.3.2.

Metaloprotein katlanmasnda metalin byk lde deiiklik gsterir.

etkisi ok

rnein ; bir metal proteini olan plastosiyaninin apoproteininin kaybnn saptanmtr. Bu durumun metal balama merkezinin ok yksek bir ekilde proteinin tersiyer yaps tarafndan organize edildii ve metalin yokluunda bile olduka kararl olmasndan dolay ortaya kt bulunmutur. yapsal incelemelerinde, metal iyononun ok kk bir yapsal modifikasyona yol at

Buna karn Zn Zn
2+

2+

parmak proteinlerinde ancak boyutlu yapdan

yada baz dier metal iyonlarnn varlnda yksek sahip bir

kararlla

bahsedilebilmektedir. Bu iki durum arasndaki bir rnek olarak ise Calmodulin ve Troponin C gibi Ca verilebilir. Bu rneklerde metal iyonlarnn balanmasyla ksmi katlanm bir gei formu ve daha sonra tamamen katlanm form gerekleir.
2+

balayan proteinler

Daha yksek dzenli yaplarda da metal iyonlarnn nemli fonksiyonlar vardr. ou metaloprotein ve enzimler birden ok altbirim ierirler.

rnein Cu-Zn speroksit dismutaz bir dimerdir ve iki zde alt birim ierir.

Buna karn bir Mo-Fe proteini olan nitrojenaz bir tetramerdir ve 2- altbirim ve 2- altbirim ierir.

3.3. Nkleik Asit Yaps Ve Metal Balanmalar Nkleik asitlerin yaptalarndan olan nkleobazlarn metal balama merkezleri ekil.3.3. de gsterilmitir.

ekil.3.3.

ekil.3.3. de halka iindeki azot atomlar metal balama asndan ncelikli bir yer igal etmektedirler. Guanozin, adenozin ve sitidinin halka dndaki

amino gruplarnn elektron iftleri ,rezonans nedeniyle byk lde halka iinde delokalize olduklar iin, bu gruplar RNHoranla iyonu daha eklinde zayf deprotonlanmadka koordine edici dierlerine metal

yetenee sahiptirler. Bu trlerin metal kompleksleri, zel koullarn nadiren

haricinde, ntral pH da, DNA ve RNA da meydana gelir.

Deneysel heteroatomlar

ve arasnda

teorik en iyi

almalar, nkleofillerin

nkleobaz purin N7

atomlar olduunu gstermitir. Muhtemelen bunlar en iyi metal balanma

merkezleridir.Nkleobazlarn heteroatomlar, Cu(II), Cr(II) ve Pt(II) gibi gei metal iyonlaryla salam kompleksler olutururlar. Fosfodiester gruplarnn negatif ykl oksijen

atomlar da metal iyonlarna balanrlar. Bunlar zellikle Na+ ,K+ , Mg+ gibi alkali ve toprak alkali metal iyonlar gibi sert metallerle ba yaparlar.

rnek olarak ATP de , ve fosfat gruplarnn deiik metal elatlar, X- nlar kristalografisi ve 31P NMR spektroskopisi ile karakterize edilmitir. ekil.3.4.ve ekil.3.5.de bu ve benzer rnekler verilmitir.

ekil.3.4.

ekil.3.5.

ATP kullanan enzimler sklkla Mg gsterirler.

2+

a gereksinim

Bunlarda Mg-ATP kompleksleri bir substrat yada kofaktr olarak etkir. Hcreler iindeki ATP lerin % 90 ndan fazlasnn 3,8x 10
2

M-1 lik bir balanma sabitiyle Mg

2+

a bal

olduu tahmin edilmektedir.

Mg iyonlar tRNA molekllerinin eker -fosfat omurgasna tersiyer yapy kararl klmak zere zayfa balanr. tRNA nn hem Pt(II) hem de trans[Pt(NH3)2Cl2] kompleksleri kristalografik olarak karakterize edilmitir. Kurun(II) trevi,maya t RNAPhe sndaki omurgasnn ykmnn sahibidir(ekil. 3.6.) eker- fosfat fonksiyon gereklemesinde

ekil.3.6.

Yaplan almalar RNA nn mkemmel bir metal balama kapasitesi olduunu gstermektedir. Ancak iermektedir. biyolojide metal RNA komplekslerinin

fonksiyonu henz kefedilmeyi bekleyen birok bilinmezi

Nkleik asitlerdeki be standart nkleobazn yansra zellikle RNA molekllerinde birka madifiye nkleozit bulunmaktadr.Bunlardan biyoanaorganik kimya asndan en ilgin olanlarndan biri 4- tiyoridindir(S 4U).

ekil.3.7.

Bu olarak atomlar , metal

yap

belirli zellikle

transfer ve iyi

RNA S4U bir

molekllerinde daki metal

doal kkrt

bulunmaktadr iyonlar iin

Hg(II) yada

Pt(II) gibi yumuak balama

merkezidir. Bu balanma spesifiklii yaklak olarak mutlak

dzeydedir. nk dier DNA ve RNA donr atomlar yumuak metal merkezlerine byle yksek spesifiklikte balanmazlar. Benzer bir spesifiklik DNA ve RNA ya fosforotiyolat nkleotidlerinin katlmyla baarlabilir.Bu merkezler yumuak metal atomlar iin ok selektif balanma merkezleridir.

3.4. Dier Metal Balayan Molekller

3.4.a.Prostetik
ou

Gruplar;

metaloproteinler protein ksmna ilave

organik bileenler ierirler. Bunlar ou zaman prostetik gruplar olarak

adlandrlrlar ve bazlar bal metal iyonlar ierirler. rnein; protoporfirin IX ieren prostetik gruplar Hem olarak adlandrlrlar ve demir kompleksleridirler.

Prostetik gruplarn dier nemli bir grubu ise klorofillerdir (ekil.3.8.).

ekil.3.8.

Klorofiller

fotosentez

iin

zorunlu

olan

manezyum kompleksleridirler. Folik asidin bir bileeni olan pterin halka

sisteminin bir trevi

molibden kofaktr olarak (Mo-co)

adlandrlr ve molibden balanma birimi olarak i grr. zellikle nitrojenaz haricindeki molibden ieren enzimlerin tmnde gzlenen yapdr.

3.4.b.
Koenzimler etkiyen yaplardr. En Bu olarak, iyi

Koenzim B-12;
dk molekler arlkl, protein

olmayan ve enzimatik katalizde gerek bir substrat gibi incelenmi siyanr metaloenzim ilavesiyle kobalt ieren

kobalamindir(Vitamin B12). vitamin siyanokobalamin Co(I) kompleksi ekline, FAD yoluyla bir iki-

elektron transfer reaksiyonuyla indirgenerek elde edilir. Bu kuvvetli nkleofil, Adenilat B12 koenzimi vermek zere ATP ile reaksiyon verir.

ekil.3.9.

Koenzim B12 deki Co-C bann, radikal trler oluturmak iin inanlr. Metalokobalamin sulu zeltideki, Hg, Pb, ve Sn tuzlarna CH3- iyonunu da transfer eder. Biyometilasyon reaksiyonunun, bu elementlerin birka enzim katalizli hidrojen transfer reaksiyonunun da katld bir homolitik ykma uradna

toksisitesinden sorumlu olduu dnlmektedir.

mantarlarndan izole edilen bir antitmr antibiyotiktir(ekil.3.10).

3.4.c.Bleomisin ve Bleomisin Streptomyces

Sideroforlar;

ekil.3.10.

Bleomisin, metal balayan polipeptid ksmyla ilikili oksijen redoks kimyasn esas alan reaksiyonlar yoluyla DNA ya balanr ve katalizler. Onun sahip glikoprotein onu karakterine, metal kimyann balama hazine eker-fosfat omurgasnn ykmn

zelliklerine, DNA balama ve kesme reaktivitelerine olmas, biyoanaorganik deerindeki molekllerinden biri yapmaktadr.

Sideroforlar ise evreden spesifik demir almn kolaylatrmak amacyla mikroorganizmalar tarafndan retilen kk molekllerdir.

Bunlar yksek bir zelliklerine Triester

znr ilgi ile

kompleksler ferrik

oluturmak iyon

zere balama

sahiptirler. enterobaktin gibi dorusal gibi yapl halkal ve

desferriokzamin

molekller

sideroforlara rnek olarak verilebilirler.

ekil.3.11.

3.4.d.Kompleks Yaplar;
Biyolojik sistemlerde yukarda bahsedilen

yaplardan ok daha kompleks ve makromolekllerle ilikili metal balayan yaplar vardr. Hcre mitokondri, membranlar,virsler, endoplazmik retikulum gibi ribozom, hcre ii

kompartmanlar bunlara rnek olarak verilebilir. Ancak bu gibi yaplarla ilikili metal balama kompleksleri snrldr. hakkndaki bilgiler bugn iin olduka

4.

BYOLOJDEK METAL EREN BRMLERN SEM ,ALIMI VE OLUTURULMASI

Periyodik tablodaki pek ok anaorganik elementin varlna karn biyolojik sistemlerde bunlarn kk bir ksmndan yararlanlmaktadr. En sk karlalanlar Na+, K+, Mg alkali yada toprak alkali iyonlardr. Bunlar genelde, DNA, RNA, nkleozit trifosfatlar gibi kompleks trlerin olduu kadar fosfat ve slfat gibi basit anorganik iyonlarn yklerini ntralize etmek iin kullanlrlar.
2+

ve Ca

2+

gibi

zellikle demir, bakr, inko gibi ou birinci sra gei metal iyonlar biyolojide anahtar rol oynarlar. Vanadyum, mangan,kobalt,nikel ve molibden gibi doal olarak nispeten daha az bulunan ikinci sra gei elementlerinin rollerinin nemi her geen gn elde edilen bulgularla artmaktadr. Tungsten ise biyolojideki metal iyonlar listesine son yllarda eklenmitir.

Bu

spesifik

elementlerin

zelliklerinden

yararlanmak iin doann seimini nasl gerekletirdii, bilinen anorganik zelliklerine gre birinin dierine neden tercih edilmi olduu, rnein niin solunum proteinlerinde kobalt komplekslerinin bulunmadklar nemli geri dnml bir ekilde oksijen balamalarna ramen sorulardr.

Metal iyonlarnn kullanmn belirleyen faktrlerden biri onlarn doadaki bulunma oranlardr. yerkabuunda en bol bulunan gei metalidir. Belki de demirin ou biyoanorganik sistemin en nemli bileenlerinden biri olmasnn en nemli nedenlerinden biri budur. kinci faktr ise metaloproteinlerin aktif merkezlerinin kinetik olarak kararsz ve termodinamik olarak kararl birimler ierdikleri gereidir. Sz konusu kararszlk substratn birleme ve ayrmas kadar, metal merkezinin montaj ve demontajn kolaylatrr. rnein; demir,

Anorganik kimyada Cr iyonlar bilinen kullanlrlar.

3+

ve Co

3+

gibi metal

inertlik zellikleri nedeniyle nadiren

Benzer sebeplerle, ou inert ikinci ve nc sra gei elementleri biyoanorganik kimyada hemen hemen nemli bir role sahip deillerdir. Daha ar gei elementleri eer biyolojik

sistemlerde bulunurlarsa toksik olabilirler.

Belli bir ama iin bir metal iyonuna gereksinim duyulduunda bir hcredeki enerji kullanan prosesler tarafndan konsantre edilebilir. Buna arpc bir rnek baz deniz canllarnda

vanadyumun alm verilebilir. ATP kullanan bir prosesden yararlanlmasyla, bu element deniz suyundan kan hcreleri iine evredeki dzeyin 5 katndan daha yksek dzeylere konsantre edilebilir. Bu hcreler kg kuru arlk bana ~ 27 gr V ierirler. Bu deer Fe miktarndan 100 kat daha fazladr.

Baz canllar ise, biyolojide ok nadiren grlen Ti, Cr, ve Nb gibi metal iyonlarn biriktirirler. V ve dier elementlerin bu canllardaki fonksiyonu henz bilinmemektedir. Ancak zerlerinde youn olarak allmaktadr.

Biyolojideki metal iyonlarnn zellikleri, spesifik fonksiyonlar optimize etmek iin onlarn lokal evreleri tarafndan belirlenir. Bazen bununla beraber, varolan amino asit

artklar bu amaca ulamada yeterli olmayabilir. Bu yetersizlik zel organik fonksiyonlara sahip baz kofaktrlerin anorganik etkiye yardmc olacak ekilde katkda bulunmalarn gerekli klar.

Daha nceki ksmlarda yer yer bahsedildii gibi ou farkl proteinlerde bulunan porfirinler ve korrinler, peptid zincirinden gelen ligantlara baz katklar salarlar.

Byle aygtlardaki biyoanaoganik

birimler kat ipler

bu faz

yzden

modern gibi

elektronik deerli ve

bileenler hizmet

olarak

grrler

katldklar ortamn spesifik fonksiyonel yeteneklerini istenilen ynde deitirirler.

Biyoanorganik iplerin dier bir tipi metal atom gruplardr. {Fe4S4}

2+

gibi demir-kkrt gruplar proteinlerde

yaygn olarak bulunurlar ve nemli elektron transfer reaksiyonlarn gerekletirirler. lave olarak, Fe3O4 yada magnetit gibi baz trler doada , bakteri ,gvercin, ar ve muhtemelen insanda yn bulma ve uyum fonksiyonlarnda nemli grevler stlenmektedir.

4.1.

Metal yonlarnn Biyo-Varl yerkabuunda elementlerin ve ve deniz suyunda miktarlar verileri metal

Tablo 4.1.de bulunan anorganik verilmitir. Tablo.1.1. deerlendirildiinde bulunduklar grlr. Titanyum gibi

bulunma in

Tablo.4.1 biyolojideki

esansiyel

iyonlarnn esansiyel olmayanlardan nispeten daha fazla yksek oranda bulunan metal

iyonlarnn biyolojik sistemlerde herhangi bir fonksiyonu bilinmemektedir.

Bu durumun, bu elementin yaygn iyon formu olan Ti

4+

un, biyolojik pH olan 6-8 aralnda znme ve

hareket glnden ileri geldii dnlmektedir.

Tablo.4.1.

Doa, ekstrakte sokmaktadr? Na+, znrlk,

metal etmekte

iyonlarnn ve onlar

mineral

formlarn iine

nasl nasl

biyoevre

Mg

2+

yada

Zn

2+

gibi

ou

iyon

iin

milimolar

mertebesinde

konsantrasyonlarna

gereksinim duyulduu iin, belirgin bir problem olarak ortaya kmaz. Buna karn demir gibi baz elementler ntral pH da byk lde znmez niteliktedir. haricinde Metal iyonlar iine znrlk problemleri ayrca hcre

absorblanmak zorundadrlar.

Bu verilmitir

durum

her

madde

iin

henz

tamamen

aydnlatlabilmi deildir. ki muhtemel yol ekil 4.1. de

ekil.4.1

Sodyum

gibi

baz

iyonlar

zel

kanallar

iinden

geerler ve hcre membran iinde pompalanrlar. Dier elatlama baz iyonlar hcre membrann ve geerken

ligantlarna

balanrlar

kolaylatrlm

transportla membran geerler. Demirin znrletirilmesi ve mobilizasyonunun en iyi anlalan bakterilerde olandr. Bu sistem klasik koordinasyon kimyasnn temel

ilkelerini kullanmaktadr.

Sz konusu sistemde , ok dk dzeyde bulunan serbest demir hcreler tarafndan alnmaktadr.

Demiri znrletirmek iin baz mikroorganizmalar demir(III) zayfa balayan ve sideroforlar olarak adlandrlan elatlayc reaktiflere sahiptirler.

Sideroforlar bakteri tarafndan evreye salnrlar. Bu maddeler demiri ayrrlar,komplekslemi formda znr klar ve spesifik bir ekilde hcre iine alrlar

En iyi siderofor kateol temelli bileik enterobaktindir. Enterobaktin, Fe(III) aadaki eitlikte verilen ve 10
49

deerindeki bir oluum sabitiyle (Kf)ok zayf bir

ekilde balar. Bu deer serbest enterobaktin ligantnn protonasyon hesab iine alndnda pH:7,0 de 10
25

deerinde gzlenen bir disosiyasyon sabitiyle ilikilidir. Byle zayf balanmalar demirin hcre iinde salnm iin mekanizmalar gelitirilmesini gerekli klar.

Demirin oluturulan trianyonik kompleksi znr niteliktedir ve hcre iinde aktif bir ekilde tanr. Bu komplekslerin yaps bir seri deneyle akla kavuturulmutur. Enterobaktinin komplekslerine benzer ferrik olduu komplekslerinin ve bu optik de

absorpsiyon spektrumlarnn, tris-(kateolato)-demir(III) komplekste ligantlarn metali, aromatik halkann herbirindeki halka oksijenlerinden birini ve bir amid oksijenini tercih ederek kateolat edilmitir. dianyonlar olarak koordine ettii tahmin

Bu kompleksler optike aktiftir ve trevine verilen rnek aada grlmektedir

ve

izomerleri eklinde bulunabilirler. Bu komplekslerin krom

Bu komplekslerin vanadyum (IV) analounun, [V(enterobaktin)] -2 , X-nlar kristalografik yap analizi sonularna gre oluturulmu model ekil.4.2. de verilmitir.

ekil.4.2.

E.Coli

membrannda

bulunan

spesifik

bir

reseptrle

ferrik

enterobaktinin enerji baml bir mekanizma ile hcre iine alm ekil.4.3 de verilmitir.

ekil.4.3.

[Fe(ent)]3- almnn kinetik incelemeleri, ou enzimatik reaksiyona benzer ekilde Michaelis Menten Kinetii benzeri bir doygunluk davran gstermektedir. [Fe(ent)]3iin gzlenen reseptre balanma sabitinin (Km) 0,3 mikromolar olduu belirlenmitir. Yaplan deneysel almalar inert [Rh(cat)3]3kompleksinin, [Fe(ent)]3- kompleksinin reseptr tarafndan almn inhibe etmedii buna karn enterobaktinin amid balarn taklit eden [Rh(N,N-dimetil-2,3dihidroksi benzamid)3] kompleksinin etkili bir ekilde [Fe(ent)]3- almn 100 mikromolar dzeyinde inhibe ettii belirlenmitir. Bu bulgular metal enterobaktin kompleksinin membran reseptr tarafndan tannmasnda amid ve tris-(kateolato) ksmlarna gerek duyulduu, trilakton halkasnn ise esansiyel olmad sonucuna ulalmasn salamtr.

4.2. Dk Dzeyde Bulunan Metallerin Hcre i Kimyas ve Zenginletirme Stratejileri Bu blmn deniz giri blmnde baz VO42iyonlar canllar iyonu gibi

tarafnda Bu

suyunda ykl

vanadyumun slfat

formunda biriktirilmesinden bahsedilmiti. negatif trler, transport iyonlar olarak bilinen spesifik bir sistem yoluyla hcre iine d membrandan geerek girerler. Hcre iinde vanadyum indirgenir ve hcre ii bileenlerine balanr. Bylece artk ortamdan dar difzlenemez.

Dier

elementler de

ayn transport

sistemi

tarafndan sitoplazmaya geirilirler. lgin bir rnek; kanserojen olan CrO42-(kromat anyonu) formunda kromun transferidir. Kansere nasl neden olduu tam olarak bilinmese de hcreye girme , son ve hcrede bir immobilize lde olma mekanizmas yllarda akla

kavuturulmutur (ekil. 4.4.).

ekil.4.4.

Vanadat iyonlar gibi kromat iyonlar da hcre iine anyon transport sistemiyle tanrlar. Sitoplazma da glutatiyon(GSH) ile reaksiyon verir. Glutatiyon bir sistein slfidril grubu ieren ve hcre iinde tripeptidtir. GSH ile reaksiyon veren CrO42- , Cr(IV) ve Cr(V) e indirgenir ve bir Cr-S ba oluur. Sz konusu metal iyonu bylece vanadyum gibi hcre iinde tutulur ve artk plazmaya geri difzlenemez. ~ 5 mM konsantrasyonda buluna bir

DNA ya balanmas, Cr(III) formuna indirgenerek gerekleir ve bu iyonun kanserojenik etkisi bu ekilde gerekleir. lgin olan durum +2 ve +3 oksidasyon

durumlarndaki kromun, bu ekliyle hcre iine girii mmkn olmad iin kanserojen olmad bilinir. Bu durum kolaylatrlm transportun metal

toksisitesindeki nemini ortaya koymaktadr.

Ntral metal komplekslerinin hcreye alm, hcre membranndan pasif transportla gerekleir. Buna rnek olarak antitmr ila cis-

diamindikloroplatin(II);(cis-DDP) yada cis- platinin alm mekanizmas verilebilir. Uygulamada cis-platin hastaya sulu tuz zeltisi olarak enjekte edilir. Platinin yars serum proteinlerine balanr ve yars atlr. Artakalan ksm deiik dokulara yaylr.

Serumda ila byk oranda, ~ 0,1 M lk yksek bir klorr iyonu konsantrasyonuna sahip olarak, cis-[Pt(NH3)2Cl2] formunda kalr. Ntral metal molekl, cis- platin , hcre plazma membranndan iyonu sitoplazmaya pasif dk olarak bir difzlenir. klorr Burada ~ 3 mM lk daha konsantrasyonuna Sz konusu bileik,

sahiptir. cis-[Pt(NH3)2 (OH)2Cl2]+

gibi katyonik kompleksler oluturacak ekilde hidroliz olur ve bu rn ,kendisi bir polianyon olan DNA ya balanr ve sitotoksik etki gsterir. cis-DDP nin hidroliz reaksiyonu onun biyolojik aktivitesinin esasn oluturur(ekil.4.5.).

ekil.4.5.

ekil. 4.5. den grlecei gibi klorr iyonlar su ve hidrokso kompleksleri oluturacak ekilde yer deitirir. lacn bu hidrolize formlar DNA ile cis-DDP den daha hzl bir ekilde reaksiyon verir. Ancak bu mekanizma ile alan antitmr ilalar iin unutulmamas gereken bir nokta da cis-DDP rneinde olduu gibi bunlarn hidroliz rnlerinin dier hcre ii komponentlerle de reaksiyon vererek yan etkiler ortaya karabilecekleridir.

Buna rnek olarak daha nce anlatlm olan Crun glutatiyon ile etkileimi verilebilir. Dier bir etkileim rnei olarak hcre iindeki askorbik asidin, platinli antikanser ilalardaki Pt(IV) Pt(II) ye indirgemesi verilebilir. Bu etkileimlerin temelinde daha nceki

blmlerde bahsedilen sert-yumuak asit baz teorisi yatmaktadr.

4.3. Metal Gruplarnn Kendi Kendine Oluumu Pekok balanrlar. rnein balanr. Buna karn baz durumlarda biraz daha kompleks metal ieren birimler kullanlr. Bu gruplarn mekanizmalar detaylandrlm olmakla birlikte in vivo da nasl olutuklar ve proteinlerle nasl birletikleri henz tam olarak bilinmemektedir. Zn
2+

metal,

proteinlerdeki

ve

nkleik

asitlerdeki ,balanma merkezlerine basit iyonlar olarak ; karboksipeptidaza ve inko

parmak proteinlerine, bakr; plastosiyanine bu ekilde

Sz

konusu

proseslerin

oluumu

kendi

kendine

oluum prensibi ile aklanmaya allr.

Bu ilke, arzu edilen model molekl oluturmak iin bilinen yada tahmin edilen biyolojik donr atomlarn ieren en basit ligantlar ve metal iyonlarnn reaksiyonlarn yorumlamaya alr. Bu yaklam, biyosferin evrimi boyunca geosferden kaynaklanan mevcut kimyay kullanarak, metal merkezlerinin oluumunda doann izledii yola benzer aklamalar getirmeye alr.

Kendi

kendine

oluum

yaklam,

demir-kkrt olarak tekrar

proteinlerindeki, {FenSn}m- gruplar ve diiron- karboksilat proteinlerindeki bilinen protein {Fe2O(O2CR)2}2+ ekirdek ekirdekleri yaplarnn

oluturulmasnda baarl bir ekilde kullanlmtr.

Bu blmde balca bu iki gruba ilikin rnekler tantlacaktr.

4.3.a.Demir-Kkrt Gruplar;
Demir Kkrt gruplarnn ve baz zellikleri Tablo. 4.2. de verilmitir. Proteinlerdeki bu gruplarn biyolojik fonksiyonlar, elektron transfer reaktifleri olarak grev almalardr.
Tablo.4.2.

(i) [1Fe-0S] Gruplar

Bu grubun bir

;
rnei olan

C.pasteurianum

rubredoksin(Rb) proteininin kristal yap analizlerinin sonularna gre izilmi geometrisi ekil. 4. 6. da verilmitir. Bu protein ortalama 2.29 A mesafeli bir Fe S ban esas alan 4 sisteinato slfr atomlar tarafndan tetrahedral olarak koordine olmu tek bir demir atomu ierir.Protein zincirindeki sistein eklinde ligantlarnn bulunmutur. konumu;Cys(6)-X-X-Cys(9)-Gly ve Cys(39)-X-X-Cys(42) Proteindeki birim {Fe(SR)4}n- eklinde gsterilir.

ekil.4.6.

(i) [2Fe 2S]

Bir

Gruplar
[2Fe

;
2S] ferrodoksin(Fd) sonular iki

S.platensis
X nlar

proteininin

kristalografisi

kkrt ligant kprs ile tetrahedral olarak koordine olmu iki demir atomu ieren bir {Fe2S2(S-Cys)4}2grubunu tanmlamtr(ekil. 4.7.). Fe2 S2 birimindeki Fe.....Fe arasndaki uzaklk 2,7 A boyutundadr.

ekil.4.7.

(i) [3Fe 4S]

nceleri ferrodoksinin

Gruplar
de

;
bulunan 7demir

A.virelandii
X-nlar

kristalografisi

bulgularna

dayanlarak yapsnn bir [4Fe 4S] ve bir [3Fe 3 S] grubu ierdii ileri srlmekteydi. Ancak daha sonralar yapnn Fe3S4 eklinde bir dzenlenme ierdii tesbit edilmitir(ekil.4.8).

ekil.4.8.

Bu (Sistein)

dzlemsel biriminin

olmayan

yapnn

daha

sonra

incelenecek olan [4Fe 4S] yaplarndan bir Fe S uzaklamasyla trevlendii dnlmektedir.

ve akonitazn inaktif formuna ilikin veriler ayn [3Fe 4S] grubunu iaret etmektedir. Bu moleklde Fe..... Fe atomlar arasndaki uzaklk 4,1 A olarak belirlenmitir.

A.vinelandii Fd i, Desulfovibrio gigas 3Fe 4S Fd i

ekil.4.9.

(i) [4Fe 4S]Gruplar;

Biyolojik sistemlerdeki en yaygn demir- kkrt gruplar bu snf iinde yer alr. Temel yap, kelerde birbirini takip eden Fe ve S atomlar yer alan bozulmu bir kp yapsdr. Fe.....Fe ve S....S atomlar arsndaki uzaklk srasyla ~ 2,75 A0 ve 3,55A0 dur(ekil.4.10).

Bu kp, kelerdeki 4 demir atomu zerinden proteindeki 4 sisteinil slfr atomu yoluyla proteine tutturulmutur(ekil.4.10).

ekil.4.10.

[4Fe-4S] gruplarnn biyolojik sistemlerde farkl dzenleni ekilleri de mevcuttur. rnein; P. aerogenes Fd inin merkezinde artndan balanr. Dier Fe 4 bir rnek olarak; nitrojenazn MoFe 2

adet [4Fe - 4S] merkezi vardr ve proteine 8 sistein

proteininin kristal yapsnn belirlenmesi sonucu 2 adet 4 S grubunun dorudan bir S S ba ile bal olduu ortaya karlmtr.

4.3.b.Polidemir Okzo Gruplar ve Biyomineralizasyon;

Biyoanorganik kimyadaki son gelimeler, iki

ekirdekli demir okzo merkezleri {Fe2O}2+ ieren bir protein snfnn kefedilmesine yol amtr. Bu birimlerde, iki demir atomu hidroksit yada dier bir monoatomik kprleme ligantyla birbirine balanmtr. Byle yaplar demir(III) 'n hidrolitik kimyasnda ve ayrca demir(II) bileikleri, dioksijen tarafndan oksitlendii zaman oluan bileiklerde karmza kar. Bunlara ilikin tipik reaksiyonlar aadaki eitliklerde grlmektedir.

Bunlara ilikin tipik reaksiyonlar aadaki eitliklerde grlmektedir.

Metaloproteinlerde hemeritrin(Hr) ve ribonkleotid redktaz(RR)da ; -oksodidemir(III) ksm bir yada iki ilave kprleyici karboksilat grubuyla balanr. Bu yaplarda yakn demir atomlar arasnda oluan Fe-O-Fe kpr as ~120 - 1300 dir. Sz konusu proteinlerde bulunmu yaplar olan -

okzobis(-karboksilato)didemir(III) demir karboksilatlar konusu

temel kimyasal

anorganik kimya alannda yaplan almalar sonucunda, iersinde, bileikler olarak yaklak yz yldr bilinmektedir.

Bu komplekslerin genel forml [FeO(O2CR)6L3]+ formlyle verilir. Burada demir(III) iyonuna l kprleme yapan merkezi bir oksijen atomu bulunur(ekil.4.11.a.).

Anorganik kimyadaki bu yaplara olduka benzeyen hemeritrindeki yap ise {Fe3O(O2CR)2}2+ birimidir (ekil.4.11.b.).

Ribonkleotid ekilde karboksilat (ekil.4.11.c).

redktazdaki yap da benzer kprlenmi didemir birimi ierir

Biyolojik grubunun Memeli grubu ieren

sistemlerdeki

bir

polidemir

okzo

ok daha ilgin rneklerinden biri demir ferritinleri, bir hidrate farkl ferrik miktarlarda oksit fosfat

depolama proteini ferritindir. ekirdeini

evreleyen 24 alt birimli bir proteindir. Her bir protein altbirimi ~ 175 amino asit ierir. Apo yada baka bir deyile metal iermeyen ferritin 4 500 demir atomu depolayabilir. Bu durumda yaklak olarak 1 amino asit bana 1 demir iyonu der.

X- nlar kristalografisi yoluyla yapnn simetrik olduu belirlenmitir. Bu simetrik yapy 24 asimetrik altbirim

oluturmaktadr. Yap kabaca iinde boluk bulunan kabuk benzeri bir kre yapsdr. Bu yapnn d ap 130 A0, i ap 75 A0 dur. Kompleksin ii ile balantsn salayan iki tr kanal vardr.

Bunlardan biri i yzeyinde 4 hidrofobik amino asit art ieren drtl kanallar ve dieri daha ok aspartat ve glutamat aminoasitlerinin oluturduu 3 hidrofilik aminoasit art ieren l kanallardr. Bu kanal sistemlerinden ferritin en l kanallar metal yerler olarak giriinin olduu

adlandrlanlarn gerekleebilecei

moleklne makul

dnlmektedir(ekil.4.12).

ekil.4.12.

Ferritinin demir ekirdeinin yapsnn deiik analiz yntemleriyle incelenmesi sonucunda, yapnn oksit ve veya hidroksit iyonlaryla kprlenmi ve olarak koordine olmu belirlenmitir. / oktahedral

demir(III) iyonlarndan olutuu

Bu yapda demir-oksijen arasndaki uzakln 1,95 A0 ve demir- demir arasndaki uzakln 3,3 A0 olduu ve bu mesafe ierisindeki boyutta yaklak yedi komu demir atomunun bulunduu tespit edilmitir.

Bu boyutlar, oktahedral

boluklar ksmi olarak

dolduran demir atomlar ile oksijen atomlarnn ok yakn bir ekilde paketlenmi olduunu gsterir. Bo oktahedral merkezler dzensiz bir ekilde biimlendirilebilir yada bir tabaka eklinde olabilir. Bylece yaplar yapnn, FeO6 birimlerinin, boyutlu

ekirdei doldurmak zere, oluturacak oluturulduu dnlmektedir

birbirleriyle iki boyutlu dzenlenmesiyle

ekilde

Ferrihidrit

olarak

isimlendirilen

bir

mineral

yukarda tanmlanan yapya benzemektedir. Ferrihidrit iin elde edilen bilimsel bulgular ile izole ferritin molekln demir ekirdeinden elde edilen bulgular uyum gstermektedir. Ancak bu bulgular, ferritindeki yapnn tamamen tanmlanmas iin yeterli deildir. Bu nedenle henz ekirdek geometrisi ve demir giri klarnn mekanizmas hakknda daha fazla tanmlayc almaya gereksinim vardr.

Ferritin ekirdeinin oluumu biyomineralizasyon olarak tanmlanan proseslere bir rnek olarak verilir. Organizmalar Kemie (Fe3O4) deiik amalar iin basit kalsiyum verilebilir. mekanizmas ve model bileiklerden mineralleri sentezlerler. mekanik dayanklln buna rnek veren olarak fosfat ve manyetotaktik partiklleri bilgi Ferritin hakkndaki bakteriler tarafndan retilen oluum aratrmalarla

ekirdeinin dorudan

sistemlerin incelenmesiyle elde edilmektedir.

Bu bilgiler, oluum yolunun Fe(II) nin hidrofilik kanallar iine yada i ksmn kenarlarna giriiyle baladn, Fe(II) nin Fe(III) e oksijen ile

oksidasyonu ile birka balatc kompleksin oluumuyla devam ettii eklindedir.

Bu komplekslerin, ekirdei oluturmak zere Fe(II) nin Fe(III) e oksidasyonuyla birlikte olan hidrolitik polimerizasyon ile byd dnlmektedir.

Bu anorganik [

olaya

benzer

mekanizmalar

demirle Bu

ilgili oluum ekil

reaksiyonlarda

grlmektedir.

eklini aklamaya ynelik olarak sentezlenen bir bileik, FeIII4FeII8(O)2(OCH3)18(O2CCH3)6(CH3OH)4.67], 4.13. de gsrerilmitir. Yapnn bozulmu bir sodyum klorr yaps gsterdii ve ferritin iin dnlen demir ve oksijenin boyutlu kafes yapsna benzedii belirlenmitir. Byle komplekslerin daha ileri karakterizasyonuyla ferritin ekirdeinin ayrntlar, oluum ve ykm hakknda daha ayrntl bilgi sahibi olunabilecektir. yollar

ekil.4.13.

4.4.zellemi Birimler Basit metal aqua iyonlar ve polimetalik

gruplar tartldktan sonra bu ksmda biyolojideki baz zellemi metal balayan molekllerden bahsedilecektir. Bu birimler enterobaktin gibi iyonoforlardan farkldrlar. nk tek bir fonksiyonel amaca sahiptirler. Demir slfr gruplar gibi birka farkl metaloproteine dahil olabilirler ve belirli bir metabolik gereksinimi yerine getirmede nem tarlar.

4.4.a.Porfirinler;
Porfirinler , demir, manezyum ve dier metal iyonlarn, drt azot atomunu kullanarak kare dzlemsel bir koordinasyonda balarlar. Metaloporfirinler gruplardan kovalent , pirol halkas yoluyla zerindeki dorudan

balama

proteinlere balanabilirler yada bu ii makrohalkann st ve altnda bulunan aksiyal koordinasyon pozisyonlarna ligant balama yoluyla yaparlar. Bu her iki balanma tr proteinlerde bulunur. de porfirin ieren

Porfirin halkasnn merkezindeki salam yap, hem serbest bazda ve hem de metaloporfirinde metal balamay ve metal salmay zorlatrr. Bu nedenle Hem oluturmak zere porfirine demirin sokulmas ancak ferroelataz ad verilen bir enzimle enzimatik olarak gerekletirilir. Bu enzim Fe
2+

iyonlarna gereksinim gsterir.

Sz konusu enzim, muhtemelen halka dzleminin dndaki pirol azotu iyon iftlerinin birine dorudan demir balamak iin porfirin halkasn bzer.

Bu ekilde metal iyonlar N-alkil porfirinlerde, alkillenmemi analoglarndan 104 kez daha hzl bir ekilde elatlanrlar. Alkilasyonun metal balamay kolaylatrc ekilde porfirin halkasn bozduu bilinmektedir.

4.4.b.Korinler ve Hidroporfirinler;
Dier bir zellemi birim korinlerdir. Korinlerin benzer. Porfirinler gibi korinler de bir makro halkal yap oluturmak zere drt pirol grubunun kullanld ve bunlarn drt azot atomu ile koordine edildii bir kare dzlemsel yapy ierirler. En byk fark, A ve D pirol halkalarn metin karbon atomunun yokluudur. balayan de yaps byk lde porfirinlere

Bu zellik, metal merkezlerindeki geometriyi bozar. temel nedenlerdendir. Kobalt, Vitamin B12 molekln oluturan

Bu

durum, meydana gelen kompleksin zelliklerinin olumasndaki

en nemli

metal korinoid kompleksini meydana getirir. Onun koenzim ekilleri, 1,2 - izomerizasyonu ve radikal tevikli redoks reaksiyonlarnda fonksiyon gsterirler. Korinler doada ayrca nikel kompleksleri eklinde de bulunurlar. Bu formlar, termofilik organizmalarn metan dntren hidrojenaz enzimleri tarafndan kullanlrlar.

Porfirinlerle ilgili zellemi ligantlarn dier bir snfn, sirohemleri, klorinleri, ve bakterioklorinleri, dionhemleri ieren izobakterioklorinleri, korfinleri

hidroporfirinler olutururlar. rnek olarak; porfirin seviyesinden on elektronla indirgenerek oluan bir hidroporfirin olan korfin verilebilir. Bu tetrapirol, doal bir ekilde faktr F430 olarak meydana gelir. Bu, metanojenik bakterilerde bulunan S-metil

koenzim-M redktazn nikel ieren bir prostetik grubudur.

4.4.c.Metal Nkleotid Kompleksleri;

Hcrelerdeki en nemli molekllerden biri adenozin trifosfattr(ATP). Fosforil ve nkleotidil
2+

transferaz

enzimleri, ska

bu

polianyonun zellikle Mg

komplekslerine

substrat

olarak gereksinim duyarlar. ATPnin Mg

2+

, Ca

2+

, Na+ , ve K+ kompleksleri

ATP azlar iin nemli substratlardr. Bu enzimler ATP nin hidrolizini katalizler ve enerji transferleri iin bu reaksiyonlardan trevlenen enerjiyi kullanrlar.

ATPnin yaps ve onun en nemli metal kompleksleri ekil.4.14. de verilmitir.

ekil.4.14.

ATPnin metal komplekslerinde, metal iyonlar, bazn heteroatomlarna ilave olarak - , - , fosfat oksijenleriyle de balanabilirler.

Mg

2+

iyonu iin koordinasyon yalnzca oksijen

atomlar zerinden meydana gelir.

Bu

durumda

metal

civarnda

oktahedral

pozisyonlar suyun katlmyla salanr.

4.4.d.Molibden Balayc Kofaktrler;

Molibden, Molibdenin biyolojik sistemlerdeki tek esansiyel zel nemi, Mo(VI) ve Mo(IV)

ikinci sra gei metalidir. oksidasyon seviyeleri arasndaki iki elektron transfer reaksiyonlarn gerekletirme yeteneinden Ayrca, Mo
VI(O) 2

ileri gelir.

+ S grlecei

S = O + MoIV (O) gibi substrat yada

reaksiyonundan

substratlara bir okzo atomunu transfer edebilirler.

Molibden ieren en az iki spesifik kofaktr vardr.

Bunlardan biri demir-molibden kofaktr (FeMoco) olarak isimlendirilir.

Bu kofaktr nitrojenaz enziminde bulunur.

Son proteininin

yllarda yaps

nitrojenazn

molibden-demir olarak

kristalografik

tanmlanmtr(ekil.4.15).

ekil.4.15.

Sz konusu kofaktr, iki kp benzeri unsur ierir. Bunlardan biri drt demir atomu , dieri demir ve bir molibden atomu ierir. Burada alr. Bu yapnn nasl ilev grdn aklamak iin deiik hipotezler ne srlmtr. molibden oktahedral olarak koordine yer

olmutur ve demir atomlar iki kp fragmentinde

Bunlardan biri, grubun merkezindeki iki yada daha fazla demir atomu tarafndan indirgenmek zere aktive edilen ve dinitrojen balayan ancak molibden zerinden dorudan bir koordinasyonun meydana gelmedii dnlen bir mekanizmadr. Bunlara karlk ilave olarak yada molibden demir iermeyen, ieren buna

vanadyum

alternatif

nitrojenazlar bulunmutur. Bu nedenle mekanizma aydnlatlmasnda daha ok aratrmaya gereksinim duyulmaktadr.

Redktazlarda, oksidazlarda ve dehidrogenazlarda ve okzo transfer kimyasndaki fonksiyonlarda grev alan dier baz farkl molibden kofaktrleri vardr. Bu rneklerde molibden balayan yap iki kkrt

atomuna metali koordine eden substitue bir pterindir. Bu modifiye pterin, urothion olarak adlandrlan bir bileiin kefinden sonra tanmlanabilmitir. Bu bileik, bu tr molibden kofaktrlerinin nemli idrar metabolitidir(ekil.4.16). en

ekil.4.16.

Nitrojenaz haricinde, molibden kofaktr ieren bilinen btn enzimler bu pterin trevini iermesine ramen, dier metal koordine eden atomlar belirgin bir ekilde farklanrlar. Bu yollarnda transferinde yaplarn yada ve enzimlerde proteinden elektron proteine grev transfer molibden ald

depolanmasnda

dnlmektedir.

5.

HCRELER NDE METAL YONLARININ KONSANTRASYONLARININ

KULLANIMI VE KONTROL Hcreler konsantrasyonlarnn tutulmas zorunludur.

iinde belirli

metal aralklar

iyonu dahilinde

Metal iyonunun toksisitesi, sklkla, merkezlere gerekleir. Metal iyonu homeostazisi ve metal iyonlarnn

hcre iindeki yoluyla

balanmas

detoksifikasyonu

deiik mekanizmalar tarafndan gerekletirilir.

Bunlara

rnek

olarak;

ekstra

seller

metal

tayclar, hcre iine pasif transportu kontrol eden metal - arac protein yapsal deiimleri, iyon kanal pompalar, metal ile kontrol edilen translasyon verilebilir. Ayrca pH daki deiimler ve redoks durumu hcre tarafndan, ilgili reseptr molekllerine balanma ve salnm etkilemede kullanlr. yon konsantrasyon gradientleri de enerji ve transkripsiyon ve

bilginin saklanmas ve iletilmesi amacyla kullanlr.

5.1.Metal yonlarnn Yararl ve Toksik Etkileri

Metal iyon konsantrasyonlar canllar iin belirli aralklar dahilinde olmak zorundadr. Eer zorunlu bir metal iyonunun konsantrasyonu ok dkse ,onun grev ald proses etkili olamayacak ve organizma bir metal iyonu eksikliinden kaynaklanan biyolojik fonksiyon bozukluu gsterecektir. Sz konusu metal iyonu konsantrasyon aralnn alt eiinin zerine kldnda , ortamdaki metal iyonu konsantrasyonu biyolojik fonksiyonunun tam olarak yerine getirilmesi iin yeterli olabilecektir. st eiin zerine klmas durumunda ise metal iyonu kacaktr. toksisitesi ortaya

rnein; metal iyonu uygun olmayan bir merkeze balanrsa, bu merkez iin uygun ve yararl dier bir metal iyonunun balanmasn engelleyebilir. Yada baland yerde arzu edilmeyen bir reaktivite gsterebilir. Bu yaklam baz biyolojik fonksiyonlara sahip metal iyonlar iin ortaya konur. Ancak yoktur . Tamamen etkisiz yada tamamen toksik olabilirler. ekil.5.1.de bu olayn grafiksel bir sunumu gsterilmitir. baz metal iyonlar ise hcrede

bulunabilmelerine ramen

bilinen

biyolojik fonksiyonlar

ekil.5.1.

Homeostasis;

buradaki anlamyla

yararl

metal

iyonu konsantrasyonunun doru bir aralkta tutulmas ve detoksifikasyon; yararl olmayan metal iyonlarnn toksik konsantrasyonlarnn uzaklatrlmas olaylar, metal iyonlarnn alm, kullanm,saklanmas ve atm arasnda bir dengeye gereksinim gsterir. Biyolojik sistemlerde yararlanlmayan metal iyonlar yksek affiniteyle spesifik olmayan bir ekilde belirli merkezlere balandklar iin genellikle toksiktirler. Salam bir ekilde balandklar iin kinetik olarak inerttirler ve kolayca uzaklatrlamadklar iin metal balama merkezinin fonksiyonunu inhibe ederler.

Metal oluturmalar,

iyon

toksisitesinin

dier ykan

muhtemel hidrolitik

nedenleri olarak; biyolojik svlarda znmez tuzlar biyopolimerleri reaksiyonlara katlmalar, yada hidroksil radikalleri gibi zarar verici rnleri oluturan redoks reaksiyonlarna katlmalar saylabilir.

Metal iyonlarnn bu etkilerine iki rnek olarak demir ve platin ile ilgili mekanizmalar verilebilir.

lk

rnek;btn

organizmalar

iin

zorunlu

bir

metal iyonu olan demirdir. rnein transportu grev alr. Demir eksiklii, onun azalm kaynaklar yada artm kaybndan ileri gelebilir. Hemoglobin sentezi iin gerek duyulan yetersiz kaldnda anemi ortaya kar. miktarlar ve insanda deiik demir elektron balca transport dioksijen yollarnda

Yksek dzeyde demir alm ise kaza ile demir bileiklerinn yutulmasyla yada hasarl hemoglobin oluumu ile karakterize olan talasemi gibi bir hastaln tedavinde ar miktarda kan verilmesi sonucunda oluabilir.

Ar demir biriktirilir ve kolayca atlamaz. Ar demir alndnda, demir saklama mekanizmalar doygunlua ulatnda metalin ar miktar sisteme verilir ve bunlar dokulara zarar veren oksijen temelli serbest radikallerin oluumunu katalizleyebilirler.

Bu etkilerden korunmak iin demirle elat oluturan desferriokzamin gibi ilalar kullanlr ve bu yolla demir atlm kolaylatrlr (ekil.5.2.)

ekil.5.2.

kinci rnek olarak ise; cisplatin gibi platin temelli antitmr ilalar verilebilir. Platin(II) olaylarndaki kemoteraptik kullanlr. Ligant substitusyon hznn yava olmas serumdaki yksek klorr iyon konsantrasyonu(0,1 M) varlnda nispeten reaktif olmayan bir formda kalmalarn salar. kompleksleri inert olma katlma zellikleri bir olaylarnda cisplatinin olarak

inerttirler ancak genelde olduka toksiktirler. Katlma uygulamalarnda avantaj

Sz konusu bileiin etki mekanizmas nceki ksmda tartlmt. Hatrlanaca gibi DNA ile kararl etkileimi ile fonksiyon gstermesi nedeniyle zararl bir etkisi sz konusudur. Ancak tmrl dokularda organizma dzeyinde yararl karmaktadr. daha fazla etkimesi etkisini n plana

Buna karn palladyum (II) bileii, cis-[Pd(NH3)2Cl2] ,105 kez daha yksek bir hzla ligant substitusyon reaksiyonuyla yrd iin genellikle kanser kemoterapisinde cis-platinden ok daha toksiktir. Tahminen palladyum kompleksi hcrenin nukleusunda DNA ya dnmsz bir hasar vermeden nce, ou biyolojik yap ile hzl bir ekilde reaksiyon vererek toksik etkisini gstermektedir.

5.2. Bu transport

Sk Kontrol Altndaki Yararl Bir Metal: Demir ksmda zellikle memeli demir proteini transferrin ve depolama proteini

ferritin zerinde durularak demir mobilizasyonu ve reglasyonu ile ilgili sistemler aklanacaktr. Bu rnek sisrtemler, gen ekspresyonu zerinde metal iyonu etkilerine kontrolde asndan bir metal giri yapmak kimyasal ve ve homeostatik iyonu etkilerini

yorumlayabilmek

varolan

biyolojik problemleri

ve yeni aratrma bulgularn

aklamada nclk edebilirler.

5.2.a. znrletirme, Alm ve Transport;

nceki konularda deinilmi olduu gibi, Fe(II)nin ntral pH da hemen tamamen znmez olmas nemli bir problemdir. Bu bakmdan demir, evrede nemli miktarlarda

bulunmasna ramen, zeltide hidratlanm iyonlarnn ok dk seviyelerde olmas, alm iin uygun formunun ok az bulunmas sonucunu dourur. Daha nce anlatlm olan, bakterilerde sideroforlar

ve kolaylatrlm demir transport sistemi, canllarn demir alm iin gelitirmi olduu yollardan birini oluturmaktadr.

Memeli sistemlerine baktmzda gdalardan gelen absorblanm demirin vcut iine transportunun yaplmas gerekmektedir. Bu fonksiyon, Fe(III) iyonlarn sk bir ekilde balayan yaklak 80 kilodalton molekl ktleli bir glikoprotein olan, transferrin ailesi proteinleri tarafndan gerekletirilir. Bu proteinler serbest demir iyonunun znmez

olaca koullar durumunda demirin znrletirilmesine ve transferine imkan verir.

Bu proteinler Fe(III) yaklak olarak 1020 M-1 lik bir Kgz sabitle balarlar . lgin olan, bu proteinler , fizyolojik olarak

mevcut olan karbonat anyonunu da demir balanmasyla sinerjistik bir ekilde balarlar. Bu balanmann demir balanmasn kolaylatrd dnlmektedir. Bu sinerjizm muhtemelen hcre iinde demirin salnm iin ok nemlidir. Transferrin ailesinden yaps aydnlatlmtr. bulunmaktadr. birka proteinin kristal laktoferrin stte

protein;

ekil.5.3. de her biri bir atomu balayan benzer iki ksm ieren bir protein molekl grlmektedir. Sz konusu protein ailesinden olan bu protein; laktoferrin stte bulunmaktadr.

ekil.5.3.

Her bir Bu sktrr. Bu olay, blge,

ksm

ise,

demir

baland

zaman gibi

mentee gibi bklen iki alt ksm ierir. demir-karbonat nitesini mengene

bu protein ailesinin bir yesi olan ve stte

bulunan insan laktoferrini iin gsterilmitir.(ekil.5.4.)

ekil.5.4.

Bozulmu oktahedral demir koordinasyon kabuu, tirozinden gelen iki fenolat oksijeni, histidinden gelen bir imidazol azotu, aspartik asitten gelen bir karboksilat oksijeni ve bal karbonattan gelen iki oksijeni ierir. Karbonat ayrca peptidin iki NH grubuyla ve

arginin ve treoninin yan zincirleriyle de ba yapar.Bu yap ekil.5.5. de gsterilmitir.

ekil.5.5.

Karbonat

ve

demir

atomlarnn

sinerjistik

balanmas bu geometrik dnmeler yoluyla aklanabilir. Bu protein ,ak bir ekilde karbonat iin bir balanma cebi oluturur ve bu cep, polipeptid iskeleti ve yan zincirler ile ilikili hidrojen balarnn oluumuna imkan verir. Balanma merkezine karbonat balandnda, metal balama pozisyonu tamamen organize edilir. Bylece, demir(III), nispeten sert bir metal iyonu iin uygun, oksijence zengin ligantlarn bol bulunduu bir evrede koordine edilir.

Enterobaktin

gibi

transferrin

de

hcre

iine

alnmak iin bir membran yzey reseptrne balanr. Bu ilem reseptr aracl endositoz olarak ifade edilir(ekil5.6.) Transferrin transferrini reseptr buna demir karn balam balayan apotransferrini

balamayan bir dimerik glikoproteindir. Transferrindeki demir ve karbonat balanmasyla meydana gelen byk konformasyonal deiimler, ykl ve ykl olmayan transferrin arasndaki farklanmann esas nedenini oluturur.

Reseptrn transferrine balanmasyla, reseptr ieren alnr. Vezikl zarf, klatrin olarak adlandrlan bir membran ksm, kaplanm vezikl olarak adlandrlan bir vezikl eklinde endositozla hcre iine

proteinle kaplanmtr. Klatrin, Hcre iinde, vezikl oluumunu endozom kolaylatrmaktadr. oluturmak zere

vezikl,

kaplamasn kaybeder. Endozom pompas ierir. membran, ATP kullanan bir proton

Bu molekller, pH y 5-6 arasna drmek iin protonlar endozom iine pompalarlar. Bu dk pHda demir, karbonat ve tirozinat ligantlarnn protonasyonunun bir sonucu olarak salnr. Salnan demir kullanm iin yada ferrinde depolanmak iin uygundur. Apotransferrini henz zerinde tamakta olan reseptr ieren vezikln bir ksm plazma membranna kaynar.

Vezikl

da

aldnda

yaklak

pH;7,4

civarndaki ortamda, apotransferrin reseptrden salnr. lem tekrar balayarak ayn ekilde devam eder. Fizyolojik koullar altnda bu evrimin tamamlanmas 15 dakika srer. Bu olayda pH farklarnn hem transferrinde hem de transferrin kontrol reseptrne edilmesinde apotransferrinin nemli olduu balanmasnn grlmektedir.

ekil.5.6.

5.2.b.Alm ve

Depolamann

Metaloreglasyonu;

Organizmalar, daha sonra kullanmak zere metal iyonlarn biriktirme ve depolama yntemleri gelitirmilerdir. En iyi karakterize edilen metal iyonu depolama sistemi ferritindir. Ferritin, yaps, oluumu ve polidemir ekirdei nceki konuda anlatlmt. Ferritin, transferrin tarafndan hcre iine transfer edilen demir iin bir depo olarak grev yapar ve gerektiinde byk miktarlarda metal iyonu salabilir.

Ferritine demirin alm ve ferritinden demirin salnmnn olduunun hcre molekler tarafndan ayrntlar ayarlanmasnn henz tam nasl olarak

aydnlatlamamtr.

Ancak apoproteini

transferrin

resreptr

ve

ferritin

ve siderofor retimi iin de gereken

proteinleri reten genlerin almasn demirin kontrol ettii son yllarda elde edilen bulgulardandr.

Bakterilerdeki siderofor biyosenteziyle ilgili genler, transkripsiyonal seviyede demir tarafndan kontrol edilir. Fur(demir alm reglatr) olarak adlandrlan bir protein, koordine bir ekilde ok sayda geni kontrol eder. Bu protein, Fe 2+ gibi divalent metal iyonlarnn varlnda, DNA nn spesifik bir ksmna balanan 17 kilodalton molekl ktleli altbirimlerden oluan bir dimerdir. Metal gereklemez. iyonu yokluunda bu balanma

Demir

konsantrasyonunun

yksek

olduu

koullarda, Fur proteini bal metal iyonlarn ierir, spesifik DNA reglatr blgesine balanr ve ilgili genin transkripsiyonu basklanr.

Dk proteini

metal

iyon

konsantrasyonlarnda,

Fur

metal iyonlarna

ve dolaysyla DNA ya

spesifik olarak balanamaz ve gen triskripsiyona urar.

Memelilerdeki transferrin reseptr ve ferritin ekspresyonu da metale baml bir ekilde kontrol edilir. Ancak protein ekspresyonu translasyonal seviyede kontrol edilir. Depolanm dzeyleri ferritin mRNAs yava hcresel bir demir ekilde derse nispeten

translasyonda kullanlr. Buna karlk, hcresel demir dzeyleri artarsa, ferritin mRNA translasyon hz dramatik bir ekilde artar.

Transferrin reseptr iin mRNA demirce zengin durumlarda nispeten kararszdr. Ancak demirce fakir koullarda daha kararl hale gelir. Bu iki olayda da demir-sorumlu elementler yada IRE olarak isimlendirilen yaplar mRNA molekllerinin dizi/yaplarnda belirli blgeleri oluturmaktadrlar. Sz konusu IRE formu lup yaplar ekil.5.7. de gsterilmitir.

ekil.5.7.

Bir IRE, ferritin mRNAsnn 5 ucunda bulunur. Buna karlk birka IRE yapsnn bu duruma zt olarak 3 ucunda yer ald da belirlenmitir. IRE, molekl ktlesi 90 kilodalton olan ve IREbalama proteini olarak isimlendirilen bir protein iin balanma merkezi olarak grev yapar. IRE balama proteini, ferritin sna mRNAsna baland buna

balandnda, mesajn proteine translasyonunu nler. Transferrin karlk reseptr mRNA ykmn zaman, sz konusu RNAnn translasyona nler

engel olmaz.

RNA daki IRE iin bu proteinin affinitesi, demir tarafndan kontrol edilir. Bir yaklak 10 balanr. Buna karlk, demirle muamele edilen hcrelerden izole edildii zaman, disosiyasyon sabiti 5x10-9 M deerine yakndr. demir
11

elatlaycsyla

muamele

edilmi

hcrelerden izole edildii zaman IRE-balama proteini M lk bir disosiyasyon sabitiyle RNA ya

Bu protein son yllarda saflatrlm, kolonlanm ve yaps tanmlanmtr. Amino asit dizisinin aydnlatlmas dikkat ekici bir sonuca ulalmasn salamtr. Bu sonu IRE balayan proteinin, mitokondriyal enzim akonitaz ile homolog olduudur. Akonitaz ,demir kkrt grubu ieren bir enzimdir ve Fe3S4 ve Fe4S4 gruplar arasnda dnmlerle i grr. akonitaza koymutur. Daha ileri almalar ekivalent bir deer IRE-balayc gsterdiini ortaya proteinin akonitaz aktivitesine sahip olduunu ve sitozolik

Bu proteinlerin

zellikleri

nedeniyle, deiimlere

hcre ilikin

iindeki IRE

demir olarak grup

konsantrasyonlarndaki

balayc

anlalmasnda demir

model

sistemler proteindeki

kullanlabilecekleri nerilmitir. Yksek dzeylerinde, Fe4S4 eklindedir ve nispeten IRE ieren RNA moleklleri iin dk affiniteye sahiptir. Dk demir durumlarnda, grup disosiye olur. Bu deiim RNA iin affiniteyi arttrr. Fur proteini, transkripsiyonal seviyede i grr buna karlk IREbalayc protein translasyonal seviyede i grr . Bu rnekler metal iyon konsantrasyonlarndaki deiimlere cevapta gen ekspresyonunu kontrol eden proteinlerin ilk rnekleridir.

5.3.

Toksik Bir Metale rnek;Civa

Yararl elementlerde olduu gibi toksik elementlerin etkin uzaklatrlmas iin de, canl sistemler tarafndan benzer mekanizmalar gelitirilmitir. Bunlar sistemidir. Bu sistem bakterinin d evresinin temizlenmesinde etkili olduu kadar civann alm ve transportunu da ynetir. Bu sistemin ilgin bir zellii de detoksifikasyonda grevli proteinleri kodlayan genlerin ekspresyonunun da metal-iyon konsantrasyonu tarafndan regle edilmesidir. arasnda en iyi kodlu anlalm civa olan proses, bakterilerdeki plazmid detoksifikasyon

5.3.a. Civa Detoksifikasyonunda Grevli Enzimler;

Civa iyonlar, tiyol gruplarna olan yksek ilgileri nedeniyle ou organizmalar iin yksek oranda toksiktirler. Pekok protein ve enzimin tiyol gruplarna balanarak onlar inaktive ederler. Ayrca yol aabilir. Bu tr bileikleri detoksifiye etmek iin, normal metabolik prosesler, Civa(II)nin

kendisinden ok daha toksik olan civa bileikleri oluumuna

bakterilerdeki sistem organomerkryal liyaz ve merkrik iyon redktaz isimli iki enzimden yararlanr.

Bu

enzimler

srasyla

aadaki

reaksiyonlar

katalizlerler. RHgX + H+ + XRH + HgX2 Hg(O)+NADP+ + 2RSH

Hg(SR)2 + NADPH + H+

lave olarak bu proteinleri kodlayan proteinini kodlayan genleri ierir. Balama proteini, organizmann

operon, bir

periplazmik balama proteini ve bir membrana bal transport

evresindeki

civa

bileiklerini yakalar ve onlar transport proteinine nakleder. Transport proteini, onlar aktif detoksifikasyonun

yapld yer olan sitoplazmaya tar. Sz konusu operon, transkripsiyonal reglatr protein; MerR, ile de ilikilidir. Bu protein, ykselmi civa dzeylerine cevap iin ihtiya duyulan dier genlerin transkripsiyonunu kontrol eder.

ou metal karbon balar kolayca hidrolizlenebilir. Buna karlk civa-karbon balar genellikle daha kararldr ve kolayca krlmaz. Enzimin mol bana dakikada 1-100 mol civarndaki bir ortalama turnover saysnda bile ,organomerkuryal liyaz bu hidrolizi yaklak bir milyon kat hzlandrr. Bu enzim 22 kilodaltonluk bir molekl ktlesine sahiptir. Bu enzime ilikin gelitirilen mekanizmalardan ne kan bir teori ekil. 5.8de verilmitir

ekil.5.8.

ekilden anlalaca zere, bu sistemdeki tm proteinlerde olduu gibi, civa ile etkileen ligantlar, aktif merkezdeki sistein slfidril gruplardr. Organomerkryal liyazn rn bir civa tiyolat bileiidir; Hg(SR)2. Bu bileik, enzimin sisteinat ligantlarnn glutatiyon gibi endojen tiyollerle yer deitirmesiyle oluur. Bu kompleks , her altbirimi bir flavin grubu tayan ve her biri 60 kilodaltonluk iki altbirim ieren dimerik bir enzim olan merkrik iyon redktaz enziminin substratdr. Bu enzim de dieri gibi Hg(II) substratn balayan sistein tiyolat gruplarn ierir.

NADPH yardmyla Hg(II)yi Hg(0)ya indirger. Bu proses, NADPHdan flavine hidrit transferini ierir. Hg(II) indirgenmi Civann oluur. Civa atomu ayrlr ve yeni bir Hg(II) balanr. Oluan civa atomu hcre membranndan difzlenerek dar atlr. koordine flavinin olmu tiyolat kompleksinde yrr. bileii

saldrsyla

reaksiyon

indirgenmesiyle

flavin-tiyolat

5.3.b.Civa Detoksifikasyon Genlerinin Metaloreglasyonu;

Civa alm ve balanmas prosesi, yalnzca

nispeten yksek civa dzeylerinde alacaktr. nk dier koullarda bu proteinler ve ncllerinin sentezi lzumsuz bir enerji kaybna yol aar. Ayrca bu sistem organizma iin tehlikeli olabilecek dier metal iyonlarnn almna da yol aar. Bu nedenle ilgili sistem ancak civa bileiklerinin yksek konsantrasyonlarnda eksprese edilir.

Bu

ilem

,civa

detoksifikasyon seviyede

genlerinin eden

ekspresyonunu edilir. MerR bir

transkripsiyonal

kontrol

intraselller civa sensr ; MerR proteini tarafndan kontrol

dimerik

DNA

balayan

proteindir.

Bu

protein civann g alglanan dzeydeki farklarn alglayarak DNAya spesifik olarak balanr. Bal civann yokluunda ,Mer genlerinin

transkripsiyonu balar. Civa balandnda ise bu genleri aktive eder. Bu etki protein-DNA ynledirilir. kompleksinin yapsndaki deiimlerle

Proteine civann balanmas, 5 DNA da, 33 derecelik bir sarmal almasna neden olmaktadr. Bu yolla civa , MerR-DNA kompleksine etki eder ve RNA polimerazn transkripsiyonunu balatr. Hcre iinde civa konsantrasyonu eik deeri atnda detoksifikasyon sistemi genleri hzl bir ekilde transkripsiyona urar . Maksimum transkripsiyonel hzn yarsna karlk gelen konsantrasyon 10 nM,dr. Cd(II), Au(I), Zn(II) ve Au(III) gibi dier metal iyonlar da transkripsiyonal aktivasyonu indkler ancak 3 de 2 daha yksek konsantrasyonlarda bu etki sz konusu olmaktadr.

5.4. Metal-iyon Oluturulmas ve

Konsantrasyon Kullanm;

Gradientlerinin

Membrann iki yan arasndaki iyon gradienti, enerji saklanmas ve bilgi iletimi amacyla kullanlr. Bu adan, sodyum, potasyum, kalsiyum ve proton zel neme sahip iyonlardr. Onlarn iyonik gradientleri, biyoenerjetik ve sinir sisteminin fonksiyonunun temelini oluturur. Bu sistemlerin fonksiyon gstermesi iin iki tip protein zorunlu olarak gerekmektedir. Bunlar pompalar ve kanallar olarak isimlendirilirler.

Pompalar transportunun,

membrann

kar

tarafna

iyonun

ATP ve ADP dnm ile iftlenmi

olduu sistemlerdir. Bu proteinler, katalitik olarak ATP hidrolizi ya da ADP ve inorganik iin fosfattan ATP sentezi ATPazlar gerekletirdikleri ,bunlardan ayrca

olarak da bahsedilir. Onlar iyonik gradienti oluturur ve srdrrler

yada ATP sentezlemek iin iyonik gradienti kullanrlar.

Kanallar, membrandan

iyonlarn gemesini farkl hidrolizi

iyonik olarak yada

gradientler iyon

yardmyla proteinlerdir. bu

salayan

Pompalardan sistemlerde ATP iftlenmemitir.

transportu,

senteziyle

dorudan

Kanallar basit bir iyon transport sistemi deillerdir. Buna karlk birer kap olduklar iin, onlarn iyon

transport yetenei (veya kapasitesi) bu kaplar etkileyen membran potansiyeli yada nrotransmitterler gibi ekzojen ligantlarn konsantrasyonu benzeri baka koullardan da etkilenir. Bu koullardaki farklanmalar, bileiin bir taraftan dier tarafa iletilmesine de imkan verir.

Pompa ve kanal sistemlerini daha salkl bir ekilde yorumlayabilmek gerekmektedir. Birinci membrann ilke; iki membran potansiyelidir. potansiyel Bu ,bir yan arasndaki farkdr. iin baz temel ilkelerin bilinmesi

Membran potansiyeli membrann her bir yanndaki iyon konsantrasyonu farkyla belirlenen her bir iyondan ileri gelen potansiyellerinin toplam olarak mukayese edilir. Bu farklar , denge potansiyelleri, belirli bir iyonun transportu iin net yrtc kuvveti retmek amacyla gerekli deerler(byklkler) olarak yorumlanabilirler.

Konsantrasyon farklar potansiyelleri belirler; V = (RT/zF)ln(Cout/Cin) Bu

Nernst

eitliine

gre

eitlikte R = gaz sabiti , T = mutlak scaklk, z = net iyon yk, F = Faraday sabiti, Cout = hcre dndaki iyon konsantrasyonu, Cin = hcre iindeki iyon konsantrasyonunu ifade eder. Tipik memeli hcresindeki hcre ii ve dndaki iyonik bileim Tablo. 5.1 de verilmitir.

Tablo.5.1.

Bu iin

deerler

gz nne

alndnda

Na+

denge potansiyeli;

[(8,314JK-1mol-1)(310K)]/(+1)(96,485(mol-1)ln(145mM/12mM)= +68 mV

Benzer ekilde K+ iin denge potansiyeli 99 mV olarak hesaplanr.

kinci ilke; kondktanstr. Kanallar btn iyonlarn transportuna edeer etkinlikte izin vermezler. Buna karlk, iyon seimliliinin deien dereceleri gzlenir. Bu katyon ve anyonlarn seimi eklinde olduu gibi ok benzer anyonlar veya katyonlar arasndaki yksek seimlilik fark eklinde de gzlenebilir. Bir kanal tarafndan iletilen akmn voltaj ile ilikisi onun konumu ile ifade edilir; = g x V

 = g x V Bu eitlikte i=akm, g=kondktans ve V=voltaj ya da membrann iki yan arasndaki elektrokimyasal potansiyeldeki net farktr. Kondktans,g, ohm ya da siemens(S) birimi ile ifade edilir. Bir zelliktir. iyon kanalnn kondktans bir molekler

5.4.a
yonik

yonik Gradientlerin Oluumu

gradientlerin oluumu enerji baml

proseslerdir ve bu enerji ATPnin ADP ve iyonik fosfata hidrolizi yoluyla salanr ve kullanlr. Bu mekanizmaya en bilinen rnek Na+ ve K+ gradientlerinin oluumunda sorumlu ve Na+ - K+ ATPaz enziminin de grev ald ve bilinen sistemdir. Bu membran proteini iki komponentten oluur. Bunlardan biri 100 kilodaltonluk katalitik altbirim ve 45 kilodaltonluk bir assosiye glikoproteindir. Na+ - K+ pompas olarak

Bunlar 22 tetramer eklinde organize olmutur. Enzim aadaki reaksiyonu katalizler;

3Na+in + 2K+out + ATP + H2O 3Na+out + 2K+in + ADP + Pi

Bu sistem ekil 5.9da zetlenmitir.

ekil.5.9.

Bu sistemde ;membran proteininin hcre iine ak konformasyonunun Na+ iyonlarna ilgisi yksektir ve 3 Na+ balama merkezi vardr. Na+ iyonlarnn balanmasyla ATPaz enzimi aktif hale gelir ve ATPnin hidrolize ve membran proteinine fosfat iyonunun balanmas sonucu membran proteini konformasyon deitirerek da ak bir pozisyon alr. Bu konformasyonun Na+a ilgisi dktr ve 3 adet Na+ iyonu da salnr. Bu konformasyonun potasyum(K+) iyonlarna ilgisi

yksek olan iki potasyum balama merkezi vardr ve K+ iyonlar balandnda ,bal P proteinden ayrlr.

Onun ayrlmas proteinde konformasyon deiimine yol aar ve K+ iyonlarnn baland merkez hcre iine dndrlm olur. Bu konformasyonun K+ ilgisi dktr ve 2 K+ iyonu hcre iine salnr. Bu yolla hcre dnda Na+ hcre iinde K+ yksek konsantrasyonda oluturulur ve bunun sonunda hcre d +, dolaysyla ona gre hcre ii de negatif yklenmi olur.

5.4.b

yon Kanallar Yoluyla yon Transportu

Na+-K+ ATPaz saniyede yaklak 100 kez bu dngy evirir. Buna karlk iyon kanallar saniyede 106-107 iyonu transfer eden proteinlerdir. yon transportundaki bu yksek hz,zellikle sinir hcrelerindeki potansiyellerinin zorunludur. sinyal iletiminden gibi sorumlu sinyal olan aksiyon iin oluumu hzl olaylar

Kanallar

farkl

konformasyonlarda

bulunabilirler.

Bunlar iyonlarn transfer edilebildii ak ya da iyon transportunun gereklemedii kapal yada,inaktif formda bulunabilirler. ki iyon kanal daha ayrntl olarak incelenmitir.Bunlar;bir nrotansmitter ile kanal;asetilkolin reseptr ve voltaj kanal olan sodyum kanaldr.

5.4.b(1)

Asetilkolin Reseptr
reseptr henz atomik dzeyde

Asetilkolin bir molekldr. Biyokimya, ortaya koymutur.

ayrntl bir ekilde tanmlanamam byk ve kompleks biyofizik ve molekler biyolojik

teknikler bu proteinin yapsnn genel bir grnmn Elektrokimyasal Sz konusu tekniklerle de aksiyon biyolojik

mekanizmas belirlenmitir. asetilkolin reseptrnn fonksiyonunun gsterimi ekil.5.10 da verilmitir.

ekil.5.10.

Asetilkolin glikoproteindir.

reseptr

byk

bir

oligomerik

Bu protein 2 genel stokiyometrili 4 farkl tip 5 protein zinciri ierir. Toplam kilodaltondur. lk olarak kas, beyin ve elektrikli ylan balnn elektrik reten organnda bulunmutur. molekl ktlesi yaklak 300

Elektrikli ylan bal ve dana kasndaki reseptr molekllerinin 4 alt biriminin homolog olduu ortaya karlm ve bunun ortak bir atasal ilikiden kaynakland dnlmtr.

Birincisinde vardr. Her bir

437,

ikincisinde 501 amino asit

glikoprotein

iki

asetilkolin

nrotransmitterini balar. Bunlarn bulunmaktadr. Reseptrn ayrntl yaps elektron mikroskopik almalarla ortaya karlmtr. Bu yapnn ematik gsterimi ekil.5.11. de verilmitir. her biri bir altbirimi zerinde

Pentagonal ekilde dzenlenen be alt birimin tarafta yer alr. Hidrofobik molekln dndrmektedir. amino asitlerin dalmnn grev analizi

byk

ksmlar ekstraselller tarafta , kk ksmlar intraselller

onlarn

membrana

tutunmasnda

aldklarnn

Her bir altbirimde benzer pozisyonlarda 20-25 bitiik hidrofobik amino asit ieren 4 blm vardr. Bunlarn bakteriyel fotosentetik dizilimde belirlenmitir. Bu blgelerin zel nemi iyonun membrandan gemesi iin kanal oluturmalarndan kaynaklanmaktadr. reaksiyon anolog merkezindeki bir yapyla, benzer bir ile olduklar X-nlar kristalografisi

ekil.5.11.

yonun membrandan transferi iin temel olarak farkl iki mekanizma nerilmektedir. Bunlardan birincisinde; iyon bir taycya

balanr, daha sonra tayc dnerek yada transfer edilerek difzlenir ve membran geince iyon salnr. Olas ikinci mekanizmada ise; bir kanal almasyla taycnn herhangi bir nemli hareketi olmakszn iyon membran geebilir.

Asetilkolin reseptr ileri dzeyde kompleks protein snflarna bir rnektir. Normal koullar altnda kanal kapaldr ve nemli sayda iyonun membrandan geii sz konusu deildir. Asetilkolin varlnda, muhtemelen reseptr molekl iyonlarn serbest geiine imkan verecek ekilde ak pozisyona geer. Asetilkolin reseptr spesifik olmayan bir katyon kanaldr. Yalnzca pozitif ykl iyonlar geebilir ancak farkl katyonlar arasnda az bir seimlilik sz konusudur.

Fizyolojik koullar altnda sodyum iyonlar en nemli seilen trdr ve geii ok hzldr. rnein; kas asetil kolin reseptr tipik olarak transfer iin 10 m sec. ak kalr. Bu sre yaklak 104-105 verir. ilikilidir. iyon geiine izin

Bu ak birka pikoamperlik bir akm ile

Bir molekler konformasyonel

deiim bana

membran geen 105 iyonun hareketinden kaynaklanan byk ykseltici faktrden dolay ve retilen sinyalin kolayca llebilir bir form gelitirmek mmkn olmutur. Bu yntem yama-kenetleme yntemi olarak (akm ) olmas nedeniyle, ilev halindeki belirli bir kanal izlemek iin bir yntem

adlandrlr ve ekil.5.12. de gsterilmitir.

ekil.5.12.

Bu

yntemde,

iinde

bir

elektrod

bulunan

bir

mikropipet hcre membranna dayanr. kinci bir elektrod hcre iine sokulur. Hcrede geecektir. Mikropipetin ok kk olan akl tek bir kanala ilikin olduu varsaylr. Asetilkolin varlnda llen pikoamper boyutundaki akm, reseptrn ak ve kapal konformasyonlar arasndaki dnmle birlikte yrr. kanal oluan akm iki elektrod arasndan

kapsayacak boyutta olduu iin llecek akmn tek bir

Asetil

kolin

reseptrnn

asetilkolinle

ilikisi

ekil.5.13. de verilmitir. ekilden grlecei gibi asetilkolinin dk

konsantrasyonlarnda kanal kapaldr. Daha sonra vezikllerden asetil kolin salndnda, konsantrasyon artar. Reseptre bir molekl balandnda kanal hala kapaldr. kinci asetilkolin balanmasyla kanal belirgin bir ekilde alr.

Asetilkolin konsantrasyonu difzyon yoluyla yada asetilkolin esteraz tarafndan hidrolizlenerek azaltlr. Ayrca asetil koline forma dntrlr. uzun sre maruz kalmak reseptr dier kapal formlardan baka bir inaktif

ekil.5.13.

5.4.b.(2);Voltaj

Kaps

Sodyum

Kanal;

Asetilkolin

reseptr,

asetilkolin

konsantrasyonundaki arta bir cevap olarak alr. Reseptrlerin youn olarak bulunduu blgedeki membran potansiyeli, potasyumun ~ -100 mV luk denge sodyumun ~ potansiyeli yaknndaki dinlenme deerinden

+ 70 mV luk denge potansiyeline doru deitii iin, bu proses sodyum iyonlarn kanal iine doru ynlendirir. Membrann bu lokal depolarizasyonu bir aksiyon potansiyeli oluturulmasna yol aar.

Bir aksiyon potansiyeli hzl bir repolarizasyon tarafndan izlenen bir byk membran depolarizasyonudur (ekil.5.14). Membran boyunca, potansiyelin saniyede 50 metre hzla hareketi sinirsel iletimden sorumludur. Sz konusu aksiyon potansiyeli duyar byk lde sodyum

membrandaki

voltaj

(sensitive)

kanallarnn varlna baldr. Bu kanallar, membran olduunda potansiyeli kapaldr

dinlenme deerine yakn

ekil.5.14.

Aksiyon potansiyelinin daha az negatif olmasyla artan bir olaslkla ak duruma gei gerekleir. Bylece beraberinde kanallarnn geer, yaylr asetilkolin gelen almasna reseptrlerinin neden olur almas ve ve

membran

potansiyeli,

sodyum membran

depoloarize olur, daha fazla sodyum iyonu membran depolarizasyon ve yayld membrannn blgelerde takn blgelerine almasna kanallarn

neden olur.

Sodyum kanallarnn yalnzca birka milisaniye kadar ksa bir sre ak kald anda ve daha sonra inaktif Daha sonra bir puls retilir (kapal ) duruma geilir. membran spesifik potasyum

kanallarnn yardmyla repolarize olur. Potasyum kanallar, balang depolarizasyonuna cevap olarak, ancak sodyum kanallarndan daha yava bir hzla alrlar (ekil.5.15).

ekil.5.15.

Voltaj

duyar

sodyum

kanallarnn

karakterizasyon

almalar sonucunda bir byk ve bununla ilikili iki kk proteinden olutuu, byk altbirimin, ~ 270 kilodaltonluk tekrar eden yapsal ksmlarnn herbirinin 600 aminoasitten oluan 6 transmembran proteinden meydana geldii belirlenmitir(ekil.5.16). Bu yapnn, asetilkolin reseptrnn altbirimlerinin baz ksmlaryla benzer olduu bulunmutur. Bu benzerlik hakknda yapsal bilgi olduka azdr. yon transport molekllerinin baz nitelikleri de

belirlenebilmitir.

ekil.5.17.

Asetilkolin seimlidirler.

reseptrnden

farkl

olarak

sodyum

kanallar, dier iyonlardan olduka fazla bir ekilde sodyuma Sodyum daha kk olduundan kanaln dar aralndan potasyumdan kanaldan geer. Dier iyonlardan lityum ve amaonyum hidrosit kanaldan kolayca geer. Bu Elde sistemde edilen iyonun byklnn kanaldan geile ilikili olduu dnlmektedir. bulgulara dayanlarak gelitirilen hipotezlere gre zellikle sodyum iyonunun bir su moleklyle ba yaparak kanaldan kolayca getii dnlmektedir. de 11 kez daha byk bir geirgenlikle

yonlarn sz konusu kanallardan geiinde dier nemli bir parametre sodyum iyon kondktansnn pHya bamlldr. Kondktans pH daki dle azalr. Bu veri gzlenen tek-proton balama sabiti,

pKa=5,5 ile uyumludur. Bu sonu, iyonun iyon kanalnn hz snrlayan blgesi iinden geerken iyonla etkileen yada yakn pozisyona gelen tek bir karboksilik asidin etkisiyle yorumlanr.

Sonu olarak, iyon transportunun voltaj bamll, saflatrlm sodyum kanallarnn dzlemsel lipid ift tabakalar iine yeniden yerletirilmesiyle incelenmitir. Bir tek kanaln kondktans membran potansiyeline bal deildir. Buna karlk bir kanaln ak olma olasl kuvvetli bir ekilde potansiyele baldr. -100mV luk bir potansiyelde, kanal ancak % 5 inden daha aznda ak ilgili zamann pozisyondadr.

Membran -70 mV a depolarize edilirse, her bir kanal ilgili zamann %90 ak pozisyondadr.

KAYNAKLAR
*Heinz-Bernhard Kraatz , Nils Metzler-Nolte , Concepts and Models in Bioinorganic Chemistry, Wiley-Interscience,2006 *Rosette M. ,Roat-Malone, Bioinorganic Chemistry : A Short CourseWiley-Interscience ,(2002) *J. J. R. Fra'usto da Silva, R. J. P. Williams The Biological Chemistry of the Elements : The Inorganic Chemistry of Life Oxford University Press,(2001) *S. J. Lippard, J. M. Berg, Principles of Bioinorganic Chemistry, University Science Books, (1994) *I Bertini, H. B. Grey, S. J. Lippard, J. S. Valentine,Bioinorganic Chemistry, University Science Books, (1994)